4XTCQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter in complex with alginate pentasaccharide-bound periplasmic protein
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp. a1
molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
total genus 140
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ02
1N04A 4YB7A 4OEUA 5ITOA 1EZ9A 1TT1A 5JTYA 3PUWE 4GL0A 4ESWA 5I58B 2ONRA 1XVXA 3PD9A 3ZSFA 1B40A 2O1LA 3PUYE 4P0GA 2H98A 3EN3A 4YKIA 1FW0A 4ZZEA 3WAEA 5J1DA 3PD8A 3FVNA 2WKYA 1YPNA 3S2VA 3W9VA 2THIA 3K6VA 3PPRA 1NL5A 3WAFA 1B7ZA 4RA1A 4GWOA 4RYAA 3ZKLA 1SD3A 2VD2A 4PFYA 1NNTA 2DE3A 4ZEKA 2CMOA 1VE4A 2GFEA 1P1NA 2Y7RA 4G77A 5H8HA 3TCFA 1MXVA 2AYSA 3G3FA 2UVJA 1LLSA 1MQJA 4KCDA 1M5EA 2I6EA 1JETA 1US5A 2PT2A 2G29A 2PVUA 1NKXA 3MUQA 2X26A 3GXAA 4NEDA 2F7BA 4OFLA 1Q1KA 1B9JA 1QVSA 4U1OA 3T9XB 3UA8A 1SYHA 3TQLA 1DTZA 4H67A 4ELPA 1B5JA 2FYIA 4EF2A 2GH9A 1IXCA 2ALUA 2F6PA 3MJNA 1B05A 3QYTA 5I2NB 1LCTA 2AIXA 4Q5TA 3CG3A 2Q8JA 3RY3A 4ESXA 2XXYA 3R7XA 3IOTA 1JEVA 3N94A 4ELOA 2I3WA 5K2YA 3V89B 1ZKBA 3U93A 5I59B 3A3UA 3PUXE 2HQ0A 1Y4CA 5I57A 3S9LC 1A55A 2Q2CA 3KSXA 4JWYA 3LC8A 4NE4A 4I8CA 3C35A 4RPNA 3RTWB 4AB6A 3SERA 3K6UA 2UXAA 1BTJA 2H99A 3KZGA 1IIWA 4OWDA 3GBBA 3T9VA 3UORA 2YPNA 3VV5A 1LFIA 1IUDA 1UIVA 1QKAA 2F7AA 4U21A 1MY0A 4ZEIA 3ZKKA 4LZ7A 3KFMA 4YMAA 2A5TB 3FD3A 3FVGA 1O63A 1IQ7A 2QMXA 4QFLA 1MM7A 4XKQA 2UVGA 3EPEA 1Y20A 1UQWA 3HHGA 2NWJA 4DZ1A 5F7VA 1LSTA 1AH5A 1O7TA 1SI1A 2I49A 2REJA 1OLCA 3FV2A 1DMBA 3PPPA 4NF8B 3SEXA 4ELQA 3W15C 3RPWA 1LGBC 3FXUA 3CR9A 4KI0E 1B1HA 4YMBA 5A5XA 3SEYA 4GL8A 3KN7A 1GVCA 1Y1MA 2PX1A 1N0TA 2F78A 3TTMA 3VVFA 4G68A 1B3EA 4P0IA 5TPAA 1WVJA 4POXA 2NVUB 4Q8RA 1FTMA 1R9LA 4PFWA 2P2AA 1D9YA 1P99A 1XVYA 2RINA 3KG2A 3QSLA 4LVQA 2XXIA 4PFTA 3T9UA 3TFLA 5BUUA 4YB6A 1MY3A 3S4UA 4NF4B 1JW5A 3E3KA 3H6TA 2QRYA 3OD7A 3RQTA 1QUIA 1SDXA 5FTIA 3P7IA 1LCFA 1R1NA 4NWCA 3IO4A 4YKKA 5K2XA 1URGA 1S7YA 4OETA 2GRVA 1QJMA 5DVFA 5KZTA 4GLIA 5CMCA 3LSWA 2F36A 4RXLA 1MXUA 1URSA 2W7YA 4ONYA 5CC2A 3USDA 4F39A 3MWBA 4IO7A 1PBQA 5ITPA 4I9DA 5H8FB 2B3FA 4IY5A 2A5SA 4WEDA 2NXOA 5JTYB 1IZ1A 1N3WA 2NOOA 1Y9UA 2V3TA 4I62A 4UACA 3IORA 4WXJA 3T93B 4QF9A 2M8CA 5HM4B 1H76A 1B3LA 1UTBB 4HCWA 2H4IA 3TEPA 5CMKA 1B0HA 4H65A 4TQUQ 4FATA 3B7DA 1FTJA 2HAUA 1CB6A 1YAEA 2H5YA 4F3PA 1NNKA 2DVCA 4XIGQ 2Z23A 1LAFE 1MY2A 4KR5A 1AMFA 4PP0A 3ILTB 3SKPA 2V25A 2DXRA 3MZ9A 4RJZA 4AQ4A 3MVXA 5H8SA 1S50A 3DP8A 2G93A 5IKBA 2Z8DA 4IY6A 4UA8A 4Z0IA 1SW2A 4AB5A 4IGRA 3S9NC 3EF7A 2DWHA 3BBRA 3C32A 3MP8A 4G8HA 4YKPA 4U4XA 4XKPA 4YAHX 3VE1B 2DOJA 3EHTA 3MVZA 1MPCA 3K6XA 3GBAA 4EQ7A 3K6WA 3IB1A 2Z22A 4FIMA 2I0BA 3KOTA 3UN6A 4MF3A 3S9EA 1PB8A 1LFGA 4R2BA 5TU0A 3F11A 1J1NA 3OXNA 1B0LA 1VSOA 4KD5A 4P11A 2GHAA 2HFBA 1MQDA 1FQEA 3H06B 1IXGA 1P1WA 4JDFA 1SW5A 3KN3A 2O6AA 2P1SA 1UTHB 4H6DA 1POY1 4F31B 3PPOA 4IGTA 1B4ZA 4TOZA 3TELA 4XKRA 4DXCA 3O6HA 3KJ7A 3K0VA 2XX8A 3VDFA 5BWJA 3FVOA 2F5XA 1SYIA 4R74A 3TMGA 3H6WA 3EHSA 4QFOA 4ZEFA 1B58A 2O68A 2F97A 2ZNSA 2O69A 2O51A 2HZLA 3IJOB 2PYYA 4JBZA 5I2NA 3B6QA 3MP6A 2B3BA 2LAOA 3FGSA 2I3VA 1LBCA 3EHUA 3U8QA 1I6BA 2O7IA 3ILUB 4OEVA 3SESA 1AOVA 1BLFA 1SW1A 2UYEA 1JQFA 3IL1B 4QSEA 3G7WA 3QK6A 3CFZA 1MXWA 5CBRA 2R71A 3OO8A 1FQBA 2H9BA 2OWTA 1ZU0A 1MY1A 1ZMGA 1VFEA 1P1UA 3N5LA 2KLFA 1H43A 4BDLA 4THIA 3O29A 1SW4A 3HSTA 2F34A 4U22A 1DPEA 2RKMA 3ONMA 3I3VA 4XXUA 3MQ9A 4F22A 5CRYA 2ONSA 4KHZE 3T96B 1B51A 3K1MA 2ZYKA 3BFUA 3CFLA 3E9XA 4KFQA 4EQBA 2IEEA 4EUOA 3FATA 3OSQA 1PB9A 2PBWA 5I2KB 1LAGE 3FJ7A 3IJXB 2R9JA 4H5FA 4KYEA 4OQOA 3U94A 1ZJLA 5H8NA 5HPQA 1QULA 3A09A 1NH8A 3HO7A 1QW0A 5CMMA 4EDPA 2DE2A 1XS5A 2Y7KA 3VVDA 4BDNA 3FUZA 3PUVE 4RY1A 3Q26A 3KSJA 3OEKA 3TTKA 1HSEA 1B46A 2F8DA 4NF5B 1ZIUA 1S9TA 3SEWA 4DCXA 2OLBA 4DE8A 5H8HB 5AA4B 1R9QA 4OFJA 4IO5A 3OOAA 4EF1A 1SQYA 2E1SA 2DSFA 1MM6A 3C4MA 2OBGA 3H3GA 1LAXA 1OMPA 4OENA 4F19A 4LONB 4OXVA 3K4UA 2HEUA 2VD3A 3KJTA 4U2RA 3TZAA 1FTLA 3O9PA 4GRKA 3FZVA 1B5IA 4LATA 1VR5A 4FE8A 2XXUA 1Z7NE 2QL3A 3CI8A 3H4ZA 2DWIA 2B65A 4Q30B 4ISUA 3VFJA 4GXAA 5AA2A 3VVEA 4YB5A 2QPQA 4RPOA 4BDQA 4BLAA 2O7UA 1N7XA 1ANFA 1R6ZA 4G68C 5I84A 3C9HA 3VLUA 3BKIB 3TPAA 5I59A 1DOTA 1YTVA 1MH4A 4GIZA 4OFOA 3RT6B 3L6HA 1JEUA 3OO7A 3K2DA 2XD2A 4YU0A 4G8MA 5AA3A 2RC7A 1EZPA 3FJMA 3CVGA 4F1VA 2F7CA 3G3GA 3E4RA 1XHYA 4K3FA 4LP2B 3TAJA 1T0KA 4F3BA 3IR1A 5H8QB 4HS7A 1Y3NA 4G68B 1A99A 2XXTA 2DQVA 2ZYMA 1JNFA 2ZXTA 3VXCA 1B3FA 3IOUA 3K02A 3HN0A 1NMUA 5DVJA 4LZ5A 2O84X 4YKJA 1D4NA 1Y3QA 3H7MA 4NF4A 3W9WA 1H3DA 4ZE9A 4G2ZA 1IXIA 1NNPA 4KYSA 5CI5A 3SETA 1MQIA 3DP6A 1JVXA 4RNSA 1Q35A 3O28A 4ECFA 4ZECA 1ELJA 4QFPA 3B6TA 2UVIA 2D21A 1JVYA 1B6HA 3HCQA 3FVKA 3JYRA 4F2OA 4PETA 3Q28A 3N6TA 4HTGA 5B70A 5TP9A 1B3HA 1JW4A 2H25A 2P0SA 4IB2A 1MDP1 1A7LA 5DTBA 1MPDA 3GZGA 3RTFB 2RF1A 3QUFA 2ZMBA 1JW1A 5EHSA 1IXHA 1ZLQA 1BKAA 1GTKA 2V3UA 1II5A 2Q2AA 2QS1A 2QS2A 2X7QA 2Y84A 3H6VA 3DM0A 3L6GA 3MZBA 4FJPA 4GQOA 4OTEA 2VOZA 5DYHA 3UIFA 3V5AA 1N7WA 1O64A 2FA7A 4DXUA 5H8NB 3UP9A 2XXHA 1PC3A 3CSGA 3OEMA 4ELRA 1FCKA 3GLBA 3RNNA 1OIBA 1AL3A 1OQHA 3KEIA 4QHQA 3TODA 2ANJA 3OELA 4JSOA 3RT8A 5KCJB 3HPIA 4G8NA 3AXFA 2REGA 3TCHA 2I0CA 4TLMB 3N26A 3PMXA 1EU8A 1N3XA 3D4CA 1PBPA 1URDA 4F29A 1TWYA 2V84A 2HZKA 1MG1A 4GXSB 5ICQA 3O6GA 1MS7A 1BP5A 4FORA 2V93A 4H8JA 3SEVA 4ZEDA 1B4HA 1ZBMA 4O3CA 5L9SA 2D3IA 1SBPA 4H5GA 3UK4A 5AA2D 2DE4A 1D3KA 2I4CA 3T66A 4R6HA 3MBPA 3THIA 4O3BA 5EHMA 3I5OA 4NF6A 3TKDA 3JZJA 5DT6A 4C0RA 5AA2B 5L8DA 3O97A 4MBPA 3V8XB 1NNFA 4Z7EA 3FXQA 3FV1A 3MVYA 1XC1A 2RC8A 2XXRA 4NTLA 4X1DA 3H03A 4JWXA 4IO2A 1MH3A 3C31A 4OHNA 4F18A 3C33A 1OVTA 4ZEBA 3FXRA 4R72A 3U72A 3OSRA 4JWOA 1M5BA 5DEXA 3IB2A 4JB7A 4R73A 1FTKA 4RK9A 4R2FA 5FHOA 1L5TA 3MPLA 2BJJX 3VXBA 4M4GA 4OERA 1MY4A 3PGFA 4EQ9A 4PFUA 3O66A 1TFDA 2HCAA 2DYXA 1FTOA 3LR1A 3IOWA 3SEUA 1KWHA 1FQCA 4GOTA 5DEXB 2AL5A 1A40A 3G3IA 3IAZA 5HBCA 4JXIA 3EQ1A 3PPNA 1PDAA 2ZNUA 4C1UA 3FJGA 3ECRA 3TTNA 1DSNA 2ESNA 5L9MA 5F1QA 1B3GA 1UIUA 1EH3A 4N6PA 1GV8A 3MZ1A 1QKBA 2QSXA 3R6UA 5CM6A 1N76A 2QMWA 3M8UA 3MW0A 4OESA 4LA9A 2UVHA 5DVIA 5KDTB 3T22A 4WKMA 2AL4A 2Q89A 2RC9A 4L17A 4MLQA 1GR2A 1US4A 2YLNA 2I48A 1P1QA 1VFDA 4NF5A 3TCGA 5I56A 1MXYA 1N84A 3MP1A 3HHFA 4R6YA 3M3LA 3CSBA 1FQAA 1XT8A 3LSXA 3OMBA 3IX1A 4LQ2A 3S9MC 2F35A 3M3KA 1P1OA 1PB7A 2RCBA 3PV0E 1IEJA 4KYDA 3KOSA 4O3AA 4OZ9A 4Q0CA 5I2KA 3PMVA 5FTHA 2UYFA 3TTRA 1EZOA 4IO3A 1HSLA 4H1XA 1LB8A 2NUVA 3C36A 1OVBA 3K1NA 5AA4A 5JK4A 4U1ZA 1F9BA 4ZZAA 3UGWA 1B2HA 3Q29A 1QUKA 1I6QA 3CRBA 3MPKA 4X9TA 2XXXA 1USYE 1A8FA 1NH7A 3CG1A 4IO6A 4I1DA 4NMYA 1PEBA 4GVOA 2QJEA 1MDQA 4QSCA 2Q9TA 3ODBA 3DLNA 4R6KA 2Z8EA 2ZYNA 4GD5A 5I58A 3IK6B 4FEBA 3DELB 3A3CA 4TLLB 3Q27A 4YZZA 3MC2A 3C34A 2OZZA 3KGCA 4KCCA 5LOMA 3I6VA 1LBBA 5L9OA 5KCJA 1MQHA 5ICTA 1B1XA 2VGQA 1GGGA 3O6IA 4U4SA 2R6GE 3LUYA 3IOVA 4JSDA 1B5HA 2OJTA 3QUJA 4H0WA 4XKNA 4BDMA 4R9FA 5H8FA 1HSJA 1Y3PA 2DXYA 2ZNTA 3JV9A 1H45A 1A54A 3QXMA 1LB9A 3RLFE 3B6WA 1I69A 1RYXA 3M3FA 4GFRA 2Y7WA 3DP4A 4KPTA 2OCUA 2XXVA 3IO6A 4X48A 5AA1A 2XXWA 1FQFA 5FHMA 5I56B 2XXPA 4E0XA 2CZLA 1LAHE 3K1PA 4NWDA 5TPAB 4DXBA 3LSLA 3G3JA 3U1OA 1B32A 4OYVA 3ZS6A 5TP9B 1SI0A 4X1BA 3CFXA 2OK2A 4POWA 3IB0A 1ATGA 4M1VA 1YCJA 1LFHA 1BIYA 2VP1A 1B7UA 4PE5B 4YICA 4LQ5A 1UTBA 3N6UA 2Z8FA 3H6UA 2O1MA 1TFAA 1OLAA 2DS9A 2XX7A 3MAMA 4LZ8A 2YJPA 4ND9A 1TXFA 1POTA 1QUJA 4HCYA 3TUSA 1AIVA 1DTGA 3PMWA 3PU5A 1Z7ME 2I4BA 3BFTA 1XOCA 5AE4A 1WODA 3KBRA 2I58A 5FHNA 3D4GA 4RK2A 4MLVA 2QS3A 5H8QA 4OMBA 4F2QA 4F3SA 3QIMA 4DDDA 4FAJA 1Y4TA 2E0SA 2A5TA 2Y7IA 4QRZA 2RCAA 4DIGA 1Y1ZA 3G3KA 1MQGA 4F1UA 4QFKA 1FQDA 1USYH 4EXKA 3K01A 1B52A 3FASA 4R9GA 3E13X 2XD3A 3V83A 1MXZA 2ONKE 4MH5A 2Y7PA 4F1YA 3T9HB 3HV1A 2HAVA 1D9VA 4HW8A 1ZTYA 3R26A 2XXQA 4PQJA 4XTCQ 2DP8A 2ABHA 1WDNA 1M5FA 2D5WA 3FIRA 4NF6B 2F6GA 2ZYOA 1NFTA 4LUBA 4R75A 2X7PA 5JEIA 3Q25A 2V3QA 4ZE8A 3KN8A 3LBSA 1UTHA 5CBSA 1M5DA 3SDFA 4DLDA 4MFIA 4ZS9A 4ZDMA 1OQGA 2DVZA 2Q88A 2FNCA 2PT1A 4GF8A 5CMBA 3U92A 2PMSA 1MPBA 3LSFB 3TYHA 5I57B 3PPQA 1MXXA 1SVXB 5ISUA 3OO6A 3QAXA 1DPPA 5EYFA 1B7HA 1MRPA 3TQWA 5A5XB 3TDJA 1H44A 2VHAA 3TTLA 2HXWA 5ELVA 1M5CA 3VLVA 3G3HA 4QFNA 4N13A 4WEPA 1A8EA 4DCYA 3RGYA 4FECA 4KQPA 2XX9A 3CIJA 3PUZE 4IO4A 4NF8A 4E0WA 2DWAA 1RKMA 3RUMA 4BDRA 5B7DA 4G4PA 1RYOA 5KDTA 4F3GA 2DWJA 3MVWA 1CE2A 4U23A 4N07A 4EXLA 1I6AA 2IA4A 1IITA 5IAIA 4BDOA 3OO9A 2QS4A 3K00A 3RN8A 4C1TA 2GHBA 3VLWA 5M2VA 2OWSA 2XHDA 3O2AA 4H8IA 4FEDA 4QSDA 3OENA 4OVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N04A 5ITOA 4OEUA 1EZ9A 3PUWE 3ZSFA 3PUYE 4N8YA 3WAFA 1B7ZA 4GWOA 2VD2A 4ZEKA 2DE3A 2CMOA 2GFEA 2Y7RA 4OVQA 2AYSA 2UVJA 4KCDA 1JETA 1US5A 2G29A 3MUQA 4NEDA 1B9JA 1QVSA 3UA8A 1DTZA 1B5JA 4EF2A 1B05A 3QYTA 2AIXA 5EQ7A 3RY3A 5FBPA 4ELOA 3A3UA 2HQ0A 1Y4CA 3KSXA 3RTWB 2H99A 4OWDA 1IIWA 3VV5A 1LFIA 4ZEIA 1QKAA 4YMAA 1MY0A 3KFMA 2A5TB 1MM7A 4XKQA 3SEXA 3BIHA 3PPPA 3FXUA 3SEYA 4G68A 2NVUB 4POXA 2P2AA 4PCDA 2RINA 3KG2A 3TFLA 2XXIA 5BUUA 4YB6A 4NF4B 1JW5A 3E3KA 3H6TA 3RQTA 5FTIA 1LCFA 1R1NA 4I40A 1URGA 3ISPA 2WX9A 4RXLA 2XWIA 3MWBA 4IO7A 1PBQA 4I9DA 4IY5A 2NXOA 1IZ1A 2NOOA 3T93B 4P56A 3IORA 2CEYA 1B3LA 1NI9A 4HCWA 4FATA 1CB6A 2H5YA 1NNKA 2DVCA 3MZ9A 4RJZA 3MVXA 1FTAA 4Z0IA 4IY6A 3S9NC 4YKPA 3BBRA 3MVZA 4EQ7A 3IB1A 3KOTA 4O94A 4MF3A 5I7IA 4MX6A 5TU0A 3F11A 3OXNA 1IMAA 4KD5A 3KN3A 1UTHB 3PPOA 1B4ZA 1NV4A 3K0VA 2XX8A 3VDFA 3FVOA 4R74A 3H6WA 1Q9DA 3IJOB 2PYYA 4JBZA 3B6QA 3MP6A 3EHUA 3QK6A 3OO8A 1FQBA 2F34A 4XXUA 1FPLA 4KHZE 3T96B 1B51A 2Y5KA 4EUOA 3GYYA 4KFQA 2IEEA 2PBWA 5I2KB 3FJ7A 2R9JA 3U94A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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