4XTCQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter in complex with alginate pentasaccharide-bound periplasmic protein
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
molecule keywords AlgM1
molecule tags Transport protein
source organism Sphingomonas sp. a1
total genus 140
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ02
1B3HA 3K6UA 1B7HA 3TQLA 4FATA 2DWIA 2VOZA 1HSLA 1TFAA 1XOCA 4KPTA 4QSCA 3GZGA 4GXSB 4IO5A 4QFOA 1MQIA 3MVXA 1Y4TA 4XKQA 3CR9A 2UXAA 1UTBB 3Q26A 3KOSA 3UN6A 3MVYA 2OWTA 3T9HB 3FJMA 3G3IA 1B5IA 1GR2A 2ONKE 3TTRA 3FIRA 1B1XA 4QFKA 1SYIA 3G3FA 2I3VA 3PUXE 3KFMA 4YB7A 1B40A 2HEUA 5L9MA 2QMWA 4YKKA 3Q28A 2ONSA 4U4SA 3MC2A 4IO2A 2F5XA 3T22A 2NVUB 3CG3A 1MY4A 1N0TA 2F7CA 4EF2A 2V3UA 5CMKA 4RA1A 3CFXA 2PMSA 4F29A 4QFNA 1USYE 1OQGA 3FASA 1OVBA 5JEIA 4XIGQ 3MVWA 4OVJA 3HPIA 5ICQA 1FCKA 2F35A 2A5SA 4KYEA 1IXCA 1SI1A 2O51A 4G68B 2KLFA 3C35A 4BDNA 2V3QA 5I2NB 5KCJA 2RKMA 1MY0A 2UVJA 4X1DA 1IUDA 3N5LA 3UK4A 1N04A 3O6IA 2DWAA 2DWJA 4H5FA 1A40A 2XXYA 1D9YA 2Y7KA 3C32A 4BDMA 4ISUA 5K2XA 3E4RA 2HXWA 2ZNTA 2Q89A 1N7WA 1D9VA 4XKNA 2XD2A 2Q88A 4PQJA 3KBRA 1FTMA 4RK9A 4F3SA 1MY3A 5F1QA 5IAIA 1B51A 2HFBA 3D4CA 5H8HA 4N13A 4IO4A 2B3FA 4H1XA 5ITOA 2YLNA 3QUFA 1B5JA 4JBZA 2Z22A 1Y4CA 3DELB 4ELQA 4AB6A 1YAEA 4JB7A 3A3CA 3PMXA 4GD5A 3RLFE 2O68A 3EF7A 1URSA 3V83A 5I56B 3K6VA 3E13X 1B46A 4NEDA 3K00A 4IB2A 2I3WA 2CMOA 3C34A 1NNPA 3D4GA 4KI0E 4ZZAA 1B7ZA 4OESA 5IKBA 1LLSA 3EHTA 3MUQA 4OEVA 1N7XA 3TQWA 4XKRA 4KQPA 1PC3A 1B1HA 2A5TB 4QFLA 3M3LA 4OFOA 1EH3A 1FQAA 2O1MA 3FATA 1US4A 3LC8A 3T9XB 4IGRA 2F6PA 1YCJA 3OEKA 2ZMBA 3SEYA 3VFJA 4KYDA 4H8JA 4FIMA 4G77A 1R9QA 1BLFA 2VHAA 2NUVA 3GXAA 2YPNA 1Y3PA 1NKXA 2V3TA 4NF8B 1B9JA 5A5XB 5I57B 1B3EA 4OQOA 1B05A 1QW0A 4ZECA 3TYHA 3I6VA 1ZLQA 4LZ5A 4KD5A 1EU8A 4G68C 2Y7IA 5I58A 3IL1B 2DYXA 4LZ8A 1IXHA 4NWDA 3DM0A 5I59A 2QRYA 5AA4B 2B65A 4U1ZA 3OD7A 3VLUA 4IGTA 3KJ7A 1URGA 3N26A 3SESA 4OWDA 4GFRA 1LB8A 4ECFA 3TDJA 1WDNA 1D3KA 2F7AA 4RJZA 1SD3A 3OSQA 5BWJA 2OLBA 3JYRA 1FW0A 1UQWA 5DTBA 3I3VA 3LUYA 1OIBA 4BDQA 3FXUA 3PPNA 1USYH 5CI5A 3TZAA 2Z8EA 1JVYA 2O1LA 3TTNA 3LSFB 1CE2A 1NL5A 1DTGA 1B0HA 4QRZA 3SEWA 3TTMA 4ZE9A 3ZKLA 3MVZA 2ZNUA 2M8CA 4RNSA 1IIWA 1SBPA 5H8FA 3A09A 3QYTA 3RT8A 3AXFA 3UORA 5I84A 2UVIA 4ELRA 3LSLA 3CIJA 3OMBA 3SEVA 1MQDA 1B3GA 3V8XB 1ZU0A 4JDFA 3USDA 1Z7ME 4GOTA 2YJPA 3K1MA 2F97A 1HSJA 3M3KA 3IO4A 2ZYMA 1GVCA 4PE5B 4KFQA 3TEPA 4E0WA 4DXUA 3VXCA 5ELVA 2ZYOA 4UACA 1F9BA 1DPPA 1SYHA 1J1NA 4WXJA 4R73A 3PUZE 3HV1A 3M3FA 1FTOA 4PFYA 5CBSA 1XS5A 1VE4A 3LSWA 2REJA 4NF6B 1XC1A 5H8QB 3TCHA 4O3AA 1A55A 2ZYNA 3W15C 3OO6A 1VR5A 2GHAA 1SW5A 4X9TA 1B58A 4TQUQ 3ILUB 4R72A 1OLCA 2QS3A 2LAOA 1JW5A 4L17A 3B6QA 3HHFA 1NH8A 5DT6A 1TT1A 4TLLB 1I6AA 2AIXA 3VVEA 3EPEA 4F3GA 5ISUA 2HAVA 1H43A 5FTIA 1GTKA 1SW1A 2IA4A 5I2KB 2QL3A 3B6WA 2PT1A 3CI8A 1LFHA 1MXYA 1JVXA 4RY1A 1RYOA 2QJEA 5H8NA 1LFGA 3TPAA 2NOOA 5AA1A 1UTBA 4DDDA 3CRBA 4PFUA 2X26A 3MPLA 3FVGA 3N94A 1P1WA 1FTJA 2I4CA 5CMCA 3DP4A 2WKYA 3H7MA 1P1OA 5JTYB 1A8FA 2G29A 2H5YA 1B5HA 4R74A 3G3KA 3A3UA 3H6WA 2HZKA 3EHUA 4RK2A 1PDAA 2UVHA 4U21A 3V89B 5JK4A 5KDTB 1H3DA 3HHGA 3RNNA 4X48A 2REGA 2D3IA 4LP2B 4P0GA 4Q8RA 4DZ1A 4Q30B 4U23A 4R2FA 4E0XA 3HSTA 1SQYA 2OZZA 4ZEKA 4YB6A 3SEXA 4MLQA 2XXPA 3ECRA 3DP6A 1LAXA 2AL4A 4G68A 4QF9A 3O6HA 3JV9A 4Q0CA 2FA7A 3LBSA 1OVTA 1Q1KA 1SI0A 2QS2A 5LOMA 4OYVA 2Q8JA 4F3BA 3U93A 3QXMA 1P1QA 3H03A 2UYFA 3MZ1A 4DIGA 4PETA 1IXIA 3C4MA 1FQBA 2DVZA 3M8UA 2O7UA 2AYSA 4OERA 2RCAA 5M2VA 4NF4A 2B3BA 3WAFA 5L8DA 1P1UA 1NH7A 3OO9A 1M5FA 1LAHE 3R7XA 3BFTA 3OEMA 2XX7A 4H5GA 4ZS9A 4P11A 4R75A 3T93B 4N6PA 1MH4A 1SDXA 3MPKA 4JXIA 3K0VA 3G3JA 3Q29A 5AA2A 3SERA 4YU0A 1UIVA 1OLAA 2AL5A 3TUSA 4I8CA 1JW1A 1FTLA 4IY6A 1PBQA 3EN3A 1QJMA 1UTHA 1M5EA 5KCJB 3W9VA 3KG2A 1ZTYA 1Q35A 3THIA 1S7YA 4EXLA 3IAZA 2DQVA 4C1TA 4I1DA 1Z7NE 4K3FA 3IOUA 3HCQA 3ONMA 2THIA 3VVFA 4QSEA 5A5XA 3PV0E 4YB5A 1MQHA 1MY2A 1B4ZA 3VXBA 3U92A 1B52A 4IY5A 3FD3A 2H25A 3MW0A 1NMUA 4EQ9A 3S9NC 4H67A 5H8HB 5F7VA 3BFUA 5DVJA 4BDOA 4I9DA 1QUIA 3PD8A 3G7WA 1R9LA 4OXVA 4LZ7A 3K02A 4DXCA 4IO6A 1SW4A 4AB5A 4TLMB 3E3KA 1LCTA 4ND9A 1JETA 4R2BA 5AA4A 2XXRA 1ATGA 2QMXA 2HZLA 4YMBA 1MH3A 2GH9A 4O3BA 3IB2A 4BLAA 2Z8DA 3O6GA 2R9JA 2I6EA 1BIYA 1Y20A 3MBPA 1H76A 1WODA 3K2DA 1B3LA 1US5A 3OO8A 2UYEA 1IXGA 3PUYE 3VVDA 4GQOA 3HN0A 5EHMA 4NF5B 1N3WA 4G4PA 1MY1A 1S9TA 2ABHA 3ODBA 3OXNA 1IZ1A 4OENA 5AA3A 1GV8A 2R6GE 3L6HA 4H8IA 4H65A 3F11A 5DEXA 1POTA 3KZGA 3C36A 1L5TA 3TKDA 1JEVA 3ILTB 4KYSA 3KN7A 4GIZA 2NXOA 4PP0A 1LGBC 3K1NA 1O64A 1ZMGA 2F78A 2PX1A 2XXTA 3R6UA 1H45A 2I48A 3IJOB 2RC9A 4LATA 2E0SA 2RC8A 3Q25A 4LUBA 5I58B 3T9UA 1WVJA 3PU5A 3FVNA 1A8EA 2XXWA 3RUMA 4EF1A 2ANJA 3LR1A 2DE4A 4YZZA 3KJTA 3TCFA 1M5DA 1POY1 3W9WA 3MZ9A 1QUKA 2I49A 4MLVA 5B70A 2I0CA 4F18A 1LB9A 3QIMA 3MJNA 4U22A 2RINA 1N76A 4RYAA 3RTFB 4JWYA 4G8MA 2RCBA 3OOAA 2IEEA 2OBGA 1LFIA 4QHQA 4HW8A 5TU0A 3DLNA 2XXIA 3VLVA 3PUWE 2FNCA 3C33A 2F7BA 3RPWA 1VSOA 4EXKA 4R6HA 3BKIB 4R9FA 1MS7A 4N07A 4OEUA 4ESXA 4BDLA 1N84A 1AH5A 3SETA 1ELJA 2DXRA 3E9XA 4X1BA 5AE4A 2GFEA 3O2AA 1A99A 2DE3A 1LSTA 3FGSA 5B7DA 3U8QA 4HS7A 5L9SA 4ZDMA 3FV1A 4POXA 2P0SA 5TPAA 4HCYA 1LBBA 1Y3QA 3FVOA 3IOTA 1MDQA 1GGGA 4ZEBA 1FQCA 1BP5A 3CG1A 4OZ9A 2F8DA 2PBWA 1LAGE 4M1VA 1RYXA 3TELA 1XVXA 2P1SA 1MDP1 4GL0A 1QKBA 4ONYA 4XXUA 4Q5TA 3HO7A 2ZXTA 4FAJA 4U2RA 2H99A 2Z8FA 4JWOA 3KN3A 1M5BA 1B6HA 2XD3A 2UVGA 5TP9B 3RN8A 3EHSA 3TFLA 2D21A 4EDPA 4GLIA 3RGYA 4LVQA 4F39A 4OFLA 2DWHA 3FJGA 4DXBA 3PMVA 1URDA 1AOVA 1CB6A 3V5AA 3H3GA 4IO7A 4LQ2A 4HCWA 2OK2A 1QKAA 2Y7WA 5J1DA 2F6GA 2HAUA 3QUJA 4PFTA 4GL8A 3RY3A 4U4XA 3RT6B 1QULA 1Y1ZA 4R9GA 3C31A 3MWBA 3TODA 2O6AA 4GF8A 1MXWA 4FORA 1PEBA 1LBCA 5KDTA 4ELOA 1JEUA 5DVFA 2DVCA 1HSEA 2O84X 4POWA 1EZOA 2P2AA 4YKIA 1MXZA 4O3CA 2F36A 3KSXA 3UA8A 3PPQA 2PT2A 1LCFA 1M5CA 2F34A 3UGWA 1PB7A 3ZS6A 3O97A 1LAFE 4EUOA 2H98A 2Q2AA 1ZKBA 3K4UA 1TFDA 1UIUA 1DTZA 5FHNA 2O69A 3OO7A 3FUZA 1P99A 4H0WA 3G3HA 4FEDA 3CVGA 3KOTA 4QFPA 4LA9A 3U72A 4IO3A 4F1YA 5H8NB 2H4IA 1MPBA 1OQHA 1MXVA 4FE8A 2ZYKA 4ZEFA 4KCDA 3MP6A 4RXLA 2ESNA 3GBBA 4WEPA 5ITPA 4Z7EA 5CC2A 4F2QA 2FYIA 4XKPA 1I6QA 1DSNA 4ZE8A 2CZLA 1OMPA 3TMGA 3QSLA 3TTLA 4M4GA 5I2NA 4OFJA 4FEBA 3S9MC 1NFTA 1S50A 1MM6A 3K01A 1H44A 3KSJA 3PUVE 1NNTA 1B3FA 3PPPA 3VV5A 3OSRA 2XXXA 1QUJA 4JSOA 4YKPA 3SDFA 5ICTA 2GHBA 3KGCA 3BBRA 3IK6B 1B4HA 4P0IA 2XX8A 2I0BA 3CFLA 4H6DA 1ZIUA 5FTHA 1VFDA 3UP9A 4OETA 3VLWA 1MQJA 4I62A 1Y9UA 5CMBA 2XXHA 1AL3A 1ZJLA 3P7IA 4YKJA 2V93A 3IORA 3K6XA 3ZKKA 5K2YA 5I56A 4G8HA 1JQFA 4JSDA 4QSDA 1FQDA 2XX9A 3OENA 2OCUA 3KEIA 3PPRA 4FECA 2A5TA 1MM7A 3O29A 1R6ZA 4UA8A 3N6TA 3GBAA 2DXYA 5HBCA 4G2ZA 1TXFA 1XHYA 2XXUA 4NF4B 3FJ7A 2W7YA 3ZSFA 1AMFA 5CMMA 4KCCA 2G93A 4THIA 1O63A 4NF8A 2XXVA 3FXQA 1PBPA 4DLDA 5I57A 4U1OA 4DCYA 2VGQA 1MPCA 3IOWA 4F1UA 2DOJA 4KHZE 3FXRA 5AA2B 1DPEA 1DOTA 2Z23A 4PFWA 4R6YA 4JWXA 2Y7PA 4NE4A 1IEJA 3FZVA 4WKMA 1FTKA 1KWHA 3TAJA 3RTWB 4ESWA 4NF5A 3T96B 1UTHB 3CSGA 3IR1A 3DP8A 2H9BA 2ALUA 1B32A 2I58A 1JW4A 4HTGA 3UIFA 3H06B 3I5OA 1VFEA 1DMBA 1RKMA 2X7PA 1B2HA 2PVUA 1A54A 3H6TA 2D5WA 4YAHX 4DE8A 1NNFA 3H6VA 4MBPA 2QS4A 2BJJX 3SEUA 5FHOA 2PYYA 3MP8A 2OWSA 3FV2A 3GLBA 5L9OA 1P1NA 1SVXB 4OMBA 2Q9TA 3EQ1A 2QSXA 4BDRA 1B7UA 4NMYA 3KN8A 3LSXA 5HM4B 2ZNSA 2R71A 4GWOA 4G8NA 5CBRA 4C0RA 4NWCA 4YICA 4ZEIA 3S9EA 1BTJA 5BUUA 3U94A 2OJTA 5I59B 3H4ZA 3SKPA 4MF3A 4YMAA 5CRYA 4F3PA 4ZEDA 1TWYA 1D4NA 1FQFA 4NTLA 5DEXB 4DCXA 1ANFA 1MPDA 1ZBMA 2RF1A 5HPQA 2Q2CA 3QAXA 1SW2A 4GXAA 2DE2A 3IB0A 4MH5A 1R1NA 2HCAA 5EHSA 3L6GA 1A7LA 3JZJA 1MQGA 1B0LA 1YPNA 3MQ9A 3T9VA 2RC7A 1MXUA 2QS1A 2HQ0A 2I4BA 2V84A 4EQBA 4NF6A 1PB8A 4FJPA 3MZBA 5H8QA 3VDFA 1YTVA 3Q27A 3CFZA 3U1OA 4RPNA 2V25A 3IOVA 2XHDA 3O66A 3C9HA 3H6UA 4OHNA 5EYFA 4Z0IA 4RPOA 1NNKA 1QVSA 3O28A 3QK6A 2Y7RA 1Y1MA 3IO6A 5TP9A 5CM6A 4ELPA 4MFIA 5H8FB 3K1PA 2Y84A 3MP1A 4TOZA 3OELA 1IITA 1II5A 1EZ9A 4AQ4A 3R26A 3T66A 1T0KA 3PMWA 1I69A 3WAEA 1IQ7A 4LONB 2O7IA 2DS9A 3TCGA 2VD2A 1JNFA 5I2KA 3PPOA 2QPQA 5DVIA 4F31B 3S4UA 1MG1A 3IB1A 5KZTA 1Y3NA 1AIVA 1BKAA 3VE1B 2VD3A 1I6BA 5AA2D 2E1SA 4F1VA 1N3XA 2GRVA 3N6UA 5H8SA 3FVKA 3IX1A 4C1UA 3RQTA 2ONRA 2DP8A 4GRKA 5TPAB 2X7QA 3TTKA 3B6TA 5JTYA 4LQ5A 3G3GA 1FQEA 3MAMA 4ZZEA 3PD9A 4XTCQ 1EZPA 1MXXA 4KR5A 3S2VA 1XT8A 4R6KA 5FHMA 3B7DA 3CSBA 3K6WA 2DSFA 2VP1A 2XXQA 4F19A 3PGFA 2NWJA 1XVYA 4F2OA 4EQ7A 1PB9A 4F22A 3S9LC 4OTEA 4WEDA 3O9PA 1O7TA 3IJXB 1MRPA 4GVOA 5DYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FBCA 1B3HA 3K6UA 1B7HA 5IM2A 3TQLA 4FATA 2DWIA 2VOZA 1HSLA 1TFAA 1XOCA 4KPTA 4QSCA 3GZGA 4GXSB 4IO5A 4QFOA 1MQIA 3MVXA 4MIJA 1Y4TA 4XKQA 3CR9A 2UXAA 1UTBB 2PFYA 3Q26A 3KOSA 2ZZVA 3UN6A 3MVYA 1DBZA 2OWTA 3T9HB 2HHMA 2V4CA 3FJMA 2VPNA 3G3IA 1B5IA 1FPKA 1GR2A 2ONKE 1Q9DA 3TTRA 2JJKA 4N15A 3FIRA 1B1XA 4QFKA 1SYIA 2B4MA 4XFEA 3G3FA 2I3VA 3PUXE 3KFMA 3BIHA 4YB7A 1B40A 2HEUA 5L9MA 2QMWA 3BIGA 4YKKA 3Q28A 2ONSA 4U4SA 3MC2A 4IO2A 2F5XA 3T22A 4I40A 2NVUB 3CG3A 1MY4A 4NN3A 1N0TA 2F7CA 4EF2A 2V3UA 5CMKA 4RA1A 3CFXA 2PMSA 4F29A 4QFNA 1OQGA 1USYE 3FASA 1OVBA 5JEIA 4XIGQ 3MVWA 4OVJA 3PTYA 3HPIA 2FBPA 4N8YA 5ICQA 1FCKA 2F35A 4I3EA 2A5SA 3FXBA 4KYEA 1IXCA 1SI1A 2O51A 4G68B 2KLFA 3C35A 4BDNA 2V3QA 5I2NB 4PAKA 5KCJA 4MJOA 2RKMA 1MY0A 2UVJA 4X1DA 1IUDA 3N5LA 3UK4A 1N04A 3O6IA 2DWAA 2DWJA 4H5FA 1A40A 2XXYA 1D9YA 2Y7KA 3C32A 4BDMA 4ISUA 5K2XA 3E4RA 2HXWA 1EYJA 2ZNTA 2Q89A 1N7WA 1D9VA 4XKNA 2XD2A 1YZ0A 2Q88A 4MNCA 3KBRA 4PQJA 1FTMA 4RK9A 4F3SA 1FBEA 1MY3A 5F1QA 5IAIA 1B51A 2HFBA 3D4CA 5H8HA 4N13A 4IO4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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