4XTCQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter in complex with alginate pentasaccharide-bound periplasmic protein
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp. a1
molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
total genus 140
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ02
2QS2A 1FCKA 3RY3A 3FXRA 4MH5A 1VFEA 1MM7A 2UVGA 1ANFA 3FVKA 4LQ5A 4QSDA 4DLDA 4FORA 1Y1ZA 5TPAB 1FTOA 1WODA 4ZEIA 1ZBMA 3UIFA 1NNTA 2HFBA 3E4RA 5HM4B 5KCJA 1S7YA 3OEKA 1JEUA 4JSOA 3TTMA 4L17A 4N13A 2DS9A 2F78A 2HAUA 3JZJA 3PUWE 4GD5A 4IY6A 2O6AA 4QFNA 3UP9A 1RYOA 3FVOA 3N94A 3CG3A 1USYH 3KFMA 3H6UA 4QFLA 3I3VA 1NL5A 4YKKA 3RNNA 1HSJA 4KPTA 3DP6A 3SETA 4C1UA 1B52A 3V83A 3S9MC 1FQFA 2DYXA 5DT6A 2XXIA 5DTBA 1NMUA 4GOTA 2V3UA 1DTZA 4YKPA 3K1NA 5ISUA 1YAEA 3IR1A 5H8FA 1OQGA 2HQ0A 2DVZA 5TP9A 4F3GA 5KCJB 1URGA 4NF8B 4YU0A 5KDTB 5JK4A 3L6HA 4GIZA 4H6DA 3RN8A 3E9XA 3PUVE 1OIBA 1UTBA 3Q25A 4FEBA 4HCWA 3OO8A 1GVCA 1Q35A 2XXWA 5H8HB 5KZTA 3RTWB 5F1QA 3QYTA 2DXYA 1EZ9A 5TU0A 4ZEDA 1MM6A 1B46A 2XXHA 3C36A 3G3FA 1PBQA 3GBAA 3KGCA 3LSWA 4GVOA 4MF3A 4U23A 3S4UA 3K2DA 4EXKA 4KQPA 4ZE9A 5CM6A 3KJTA 1B05A 5ITPA 1NH8A 1LB8A 2QMWA 4AB6A 4F39A 5I57A 3UK4A 3G3JA 1TFAA 4JWYA 1RKMA 1VE4A 2THIA 3H6WA 2Q8JA 3PPOA 3Q28A 1B32A 2I3VA 2XX7A 3N6UA 4R6HA 2O68A 3GZGA 1A54A 2AYSA 4R72A 3FZVA 1URDA 4I62A 3OD7A 3F11A 1XVYA 4G8NA 5F7VA 1WVJA 1LFHA 3OO7A 4GXSB 4RPNA 1JVXA 1QVSA 3LSFB 1B5IA 1SYIA 4WXJA 4R9GA 3OOAA 4JWOA 3P7IA 4POXA 3IOUA 5FHMA 1YTVA 4DXUA 5CC2A 2XXXA 4G77A 2OCUA 4IO6A 1XS5A 5AA2D 3TPAA 1MG1A 4F2QA 4H0WA 4C0RA 1TWYA 3K4UA 5ITOA 1QJMA 3B7DA 1GGGA 2UYFA 4NF4A 2XXYA 4O3CA 4GFRA 2HZLA 2OWTA 4QRZA 3T9UA 3TCHA 4DXCA 4F31B 2GHAA 4U1OA 1QUJA 3ILTB 3IO6A 3CFXA 4Q30B 1Z7NE 4H1XA 1MPCA 2Z8FA 1GV8A 4K3FA 5I58B 3ECRA 1B40A 2O1MA 1BTJA 2X26A 3KOTA 5I59A 2E1SA 1M5BA 1MXVA 4NEDA 3O29A 3MUQA 4N6PA 1Y9UA 1R9QA 1B5HA 3IX1A 1II5A 4ND9A 1EU8A 5BWJA 2D5WA 1N3XA 1MPBA 2ZYKA 3A3CA 4R6YA 5FTHA 1IIWA 4DE8A 5J1DA 5JEIA 3O6HA 3CSGA 4OWDA 1Y3NA 2QMXA 5DVIA 2H99A 4PQJA 3G3HA 4YAHX 1YCJA 3CR9A 3PPQA 3T96B 1B3GA 2V25A 3CFZA 2F7AA 4UA8A 3HO7A 4NF4B 3VV5A 5BUUA 3KSXA 3N6TA 3PMXA 1DOTA 1H76A 1QUKA 2DE2A 2Q89A 5EHSA 3W15C 3FJMA 1N7XA 2X7QA 2UXAA 4IO5A 4N07A 4MLQA 1XVXA 1MQIA 4TLMB 2V84A 4I9DA 3OELA 4JSDA 3RT8A 4F22A 4LZ8A 2F7BA 3O28A 4QHQA 3O9PA 3B6TA 3T66A 4F3BA 3ONMA 5B7DA 1B3EA 4LATA 4Q5TA 1AH5A 1BP5A 1DMBA 1P1QA 2Q9TA 4YICA 4YMAA 3PPPA 2GRVA 1LBBA 4AQ4A 5JTYA 3SESA 3IL1B 4ESWA 3UA8A 1LAGE 3M8UA 4ZECA 2F5XA 4NF6B 1B9JA 4RNSA 3SEUA 1B0HA 4M1VA 1Y20A 5L8DA 3IAZA 4EQ9A 1B3HA 4KCCA 4LZ5A 2DWHA 2G29A 3ILUB 4ELPA 3OXNA 3IJOB 4Z0IA 4ZZAA 5AA2A 1SW2A 4OXVA 1B6HA 1FW0A 1QKBA 2AL4A 2B65A 3KZGA 5H8QA 1VFDA 4ZEBA 4WKMA 3I5OA 4FE8A 4EQBA 5I56B 2RKMA 2Y84A 2XXQA 2ZNSA 1HSEA 1RYXA 3AXFA 4LZ7A 5K2XA 4F1UA 2DWJA 3OO6A 3FASA 3FXQA 4P0IA 2YPNA 3R7XA 1ATGA 3MVZA 1AMFA 4C1TA 5KDTA 2P2AA 5L9MA 2VP1A 3OEMA 1FQDA 3A3UA 1MY4A 2H25A 2PMSA 2VHAA 3HV1A 1LLSA 2QJEA 4KD5A 1B51A 4AB5A 1FQEA 1MY3A 3G3KA 4TQUQ 1M5CA 1IUDA 4LUBA 5CBRA 3SKPA 4NWDA 4YKJA 3T9HB 5EHMA 1NFTA 5AA3A 3BBRA 1B58A 4X48A 5CI5A 4F2OA 2P1SA 3JV9A 1MDQA 2I6EA 4OQOA 3C31A 2ALUA 3UGWA 2CMOA 4FIMA 2RC7A 5I2KB 3RGYA 3VDFA 2XXPA 1QULA 2OK2A 1TT1A 2I0CA 1OMPA 3E13X 3KJ7A 3SEWA 2DWIA 1O63A 2DWAA 3FATA 3K01A 3MPKA 4G4PA 5H8FB 2HEUA 2ONKE 5ICTA 1PB8A 1UQWA 3GLBA 1FQCA 2WKYA 1N04A 1UTHA 5I57B 1IITA 3KN8A 3MJNA 2R71A 3PMVA 1WDNA 4OENA 4G8HA 4OEUA 3C4MA 4H8IA 4JBZA 3VFJA 5HBCA 5A5XB 2HCAA 2GH9A 2GFEA 1B4ZA 4GRKA 5L9SA 2Y7KA 3LSLA 3LUYA 1UTHB 2DE3A 4NMYA 3PU5A 2FYIA 2DQVA 2AL5A 4JWXA 4LP2B 1SDXA 4NWCA 4DCYA 4THIA 4PFYA 3H3GA 2NVUB 4BDMA 4XIGQ 1Y1MA 2VOZA 4OETA 3U94A 1JVYA 2HXWA 3K1PA 5K2YA 5I2NB 2BJJX 3FIRA 1NNKA 2H5YA 3ZSFA 3Q26A 3UORA 2H4IA 3N5LA 3CSBA 3LC8A 4WEDA 5FHOA 4ISUA 1P99A 3WAEA 1P1NA 5A5XA 1SI0A 3EF7A 4DIGA 2UYEA 1N76A 5CMBA 3L6GA 1FTMA 1BIYA 2O7IA 4GLIA 4TLLB 3G7WA 1XHYA 2I48A 4GQOA 3T22A 5CBSA 2E0SA 3TCGA 2DXRA 2ESNA 1YPNA 2LAOA 3CFLA 4XXUA 3JYRA 2QS3A 2Z22A 3K6VA 3O97A 1R1NA 3BKIB 4M4GA 1LFIA 5I84A 1MPDA 4RXLA 5CMCA 1LAHE 1MH4A 3C34A 1L5TA 1JW5A 1S9TA 2VGQA 2NUVA 3PD8A 3V8XB 4EXLA 4HW8A 1I69A 1MXZA 5I58A 1Q1KA 1LCTA 5AA2B 1ZU0A 3H7MA 2ZXTA 2NXOA 1Y3QA 1SYHA 4R2BA 4R9FA 1B3FA 1EZOA 3EHSA 3IK6B 4G2ZA 4F1YA 3MP6A 4XKPA 3K0VA 1OVBA 3HHGA 2F7CA 4GF8A 4EQ7A 3KEIA 4PFUA 3EN3A 3IB1A 3U1OA 5B70A 3DELB 2XD2A 1O64A 1JW4A 2RCAA 4JXIA 4GXAA 1TFDA 4R75A 5DEXB 3TYHA 5AA1A 1IXIA 4ELRA 3PUZE 2XX8A 1MQDA 5DYHA 2Q2CA 4XTCQ 4H5FA 4HCYA 2M8CA 3GBBA 3MVWA 4R6KA 2PBWA 2I3WA 5I56A 2ZNTA 1A7LA 1JEVA 2QL3A 3MZBA 3TTRA 1T0KA 1P1WA 1UTBB 3TQLA 1PDAA 3QIMA 1OLCA 3FGSA 1M5DA 1DPEA 4MFIA 4R74A 4O3AA 1LAFE 3QXMA 1PC3A 1IEJA 4RA1A 2XXUA 5TP9B 2IA4A 2QS4A 3W9WA 4X1BA 3MVXA 3B6WA 2ZYNA 4PFTA 4EF1A 2OLBA 1BLFA 3IB0A 3M3FA 3BFUA 4WEPA 5IAIA 4LVQA 4U4SA 4XKQA 1IXCA 4E0WA 1LGBC 2QSXA 4P11A 4H67A 4YB7A 3CIJA 3TELA 2RCBA 1CE2A 1I6QA 3QSLA 4G68A 1TXFA 1O7TA 1URSA 3C32A 2I4CA 3U8QA 3Q27A 3TFLA 3S9LC 1MQGA 1SW5A 3PD9A 1SW1A 1A8EA 4OFLA 1H45A 2R9JA 4E0XA 4NF5B 4OERA 3KBRA 3HHFA 3TEPA 4FECA 3OMBA 2O69A 1PB9A 4ZE8A 3SEYA 4OZ9A 3PV0E 2XXRA 3CVGA 3TMGA 3C9HA 1LCFA 4G8MA 2Z8DA 3H6TA 1DSNA 4IO3A 3THIA 3ZKLA 3TUSA 4UACA 5FHNA 3SERA 5H8QB 2RC8A 1MRPA 2F34A 2KLFA 2ZMBA 3FJ7A 3M3KA 3RPWA 3VLUA 1J1NA 1QUIA 3DLNA 1B1HA 1B7UA 3IORA 3M3LA 4IO7A 2RC9A 3V89B 2XHDA 1MQJA 4TOZA 1QW0A 3KSJA 2OZZA 4IGRA 2PT2A 3TCFA 2H98A 2O7UA 2X7PA 4KCDA 4OESA 4U2RA 1AIVA 4QF9A 4OYVA 3EHUA 1IXGA 1H43A 3K6XA 1D9VA 1MXXA 3CRBA 3H03A 4R2FA 1SW4A 2O51A 2Y7WA 2YLNA 4BDRA 1POTA 2ONRA 3FVGA 3EQ1A 3HN0A 3VLWA 5I2KA 1R6ZA 2A5TB 2V93A 3QUJA 1MS7A 3KN3A 3TDJA 3PGFA 1PEBA 4F3PA 2UVHA 3KOSA 3SDFA 4DCXA 2PVUA 1H44A 2Y7RA 4MBPA 5M2VA 1A8FA 2F36A 5AA4A 4DZ1A 3IB2A 1IXHA 1EH3A 1A99A 3BFTA 1SBPA 2B3FA 1ZTYA 2R6GE 1NNPA 4FEDA 3MZ9A 5ICQA 3QK6A 1OQHA 3S2VA 1A55A 1FTKA 1NH7A 5DVFA 3VVDA 2I0BA 3TODA 1D9YA 2ONSA 4KYEA 1KWHA 4H65A 5CMMA 3VVEA 4POWA 1N7WA 2PYYA 4OTEA 5EYFA 1LB9A 3HPIA 4PFWA 1AOVA 3I6VA 3TTLA 4EUOA 2F35A 3R26A 2A5SA 3IJXB 4BDQA 4YZZA 4OMBA 5I59B 4U21A 3MBPA 3UN6A 3SEVA 4H5GA 4KR5A 3CG1A 1POY1 3VE1B 1FTLA 3MQ9A 4RYAA 3K6UA 1Z7ME 4U1ZA 3K00A 4IGTA 3KN7A 4X9TA 3RT6B 4I1DA 1XOCA 2F6PA 4FATA 4YB5A 3N26A 2XXTA 4OEVA 4XKRA 4BDLA 1Y3PA 3K02A 3LR1A 5DVJA 4QSCA 3T9VA 1LBCA 4GL8A 4NF8A 5H8NA 4HS7A 1PB7A 1I6BA 2XD3A 4PE5B 3S9EA 1M5FA 4YB6A 4ONYA 3Q29A 4QFKA 1QKAA 2I49A 3IOWA 3QUFA 2QPQA 3S9NC 1MQHA 1MXYA 2Z23A 5HPQA 2F8DA 3D4GA 3MP8A 3T9XB 4LA9A 2ZNUA 1MXWA 3O2AA 1NNFA 4IB2A 1US4A 3H06B 3W9VA 1B1XA 4NF6A 4OFOA 2FNCA 4QFPA 2IEEA 2XXVA 3E3KA 3U72A 1B7HA 3VVFA 4BDOA 4QSEA 5TPAA 4F1VA 4ESXA 4BDNA 3MWBA 1D3KA 4PP0A 4FAJA 1B2HA 2V3QA 4PETA 1EZPA 4DDDA 1PBPA 4QFOA 3IOTA 3TTKA 1ZKBA 2F6GA 5IKBA 2A5TA 3MZ1A 4OHNA 3U92A 2Z8EA 1IZ1A 1UIVA 3G3GA 1P1UA 1ZJLA 5DEXA 3DM0A 4IO2A 4BLAA 2CZLA 4NF5A 4IO4A 1JQFA 1LFGA 1SD3A 3HCQA 1SQYA 1FQAA 2VD2A 1NKXA 1CB6A 1GR2A 1DPPA 1JNFA 2ANJA 4HTGA 4ECFA 4EDPA 1A40A 1H3DA 3DP4A 2REJA 3FV1A 2Y7IA 4IY5A 1LAXA 1HSLA 3MVYA 4KI0E 2QRYA 3ZKKA 4LQ2A 4U4XA 4F29A 4F18A 3PUXE 2OBGA 2YJPA 5AE4A 4KYSA 2O1LA 4G68C 2F97A 3USDA 4X1DA 3RLFE 2Y7PA 3FXUA 1MXUA 4U22A 3VXCA 3O6IA 3WAFA 1ELJA 3HSTA 3SEXA 1JETA 4JB7A 1MY2A 3D4CA 5CMKA 4RJZA 4ZS9A 4ZDMA 5L9OA 4ELQA 4O3BA 3PPRA 2UVIA 4OVJA 2RINA 2NWJA 1S50A 2REGA 3FV2A 3T93B 3PUYE 4JDFA 4ZEKA 2D3IA 4ELOA 1I6AA 2B3BA 3C35A 2PT1A 2DSFA 2W7YA 2I4BA 3OSRA 4F19A 4YMBA 5H8NB 2D21A 3IOVA 3FVNA 2ABHA 3PMWA 1D4NA 2DVCA 3K6WA 3ODBA 4NE4A 1US5A 3EPEA 1DTGA 3ZS6A 4GL0A 3PPNA 2Q88A 4ZZEA 1SI1A 3MW0A 4R73A 1USYE 3LSXA 3C33A 3EHTA 3RTFB 5CRYA 3A09A 5JTYB 3H6VA 3DP8A 3O66A 4FJPA 1OVTA 4I8CA 3MPLA 1FTJA 1MY1A 3G3IA 3GXAA 1R9LA 2DE4A 4LONB 3K1MA 3TAJA 1FQBA 2I58A 2DP8A 2HZKA 5FTIA 3TZAA 1B7ZA 1XT8A 1N84A 4Z7EA 2AIXA 3LBSA 4P0GA 3RUMA 1B4HA 1B0LA 2H9BA 1XC1A 2O84X 4H8JA 4RPOA 5H8HA 3OSQA 3R6UA 4EF2A 1MDP1 4MLVA 2ZYOA 3RQTA 3U93A 1ZIUA 1VSOA 1F9BA 1AL3A 1LSTA 3MAMA 1M5EA 3OENA 4NTLA 4YKIA 5H8SA 1BKAA 1VR5A 2V3TA 3O6GA 3FJGA 2OWSA 3QAXA 4Q0CA 4RK9A 4Q8RA 1JW1A 2QS1A 3TTNA 5AA4B 2HAVA 2XX9A 3FUZA 1OLAA 1B3LA 2P0SA 3MP1A 4G68B 5I2NA 4RK2A 2FA7A 3H4ZA 1B5JA 1MH3A 4KFQA 2DOJA 4RY1A 4ZEFA 3TQWA 1MY0A 1ZLQA 2Q2AA 2ZYMA 3VXBA 2VD3A 3CI8A 1N0TA 4GWOA 3KG2A 3IO4A 5ELVA 3VLVA 3B6QA 3V5AA 1UIUA 3OO9A 3MC2A 4XKNA 4OFJA 3FD3A 4F3SA 1SVXB 2RF1A 1P1OA 2OJTA 3TKDA 1IQ7A 1Y4CA 1GTKA 1N3WA 4KHZE 2UVJA 4KYDA 2G93A 1Y4TA 1ZMGA 5LOMA 2PX1A 2GHBA 2NOOA 4DXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RY3A 3FXRA 4MH5A 2UVGA 3FVKA 4LQ5A 1WODA 3UIFA 1NNTA 3TTMA 4N13A 4QFNA 4IY6A 3UP9A 3FVOA 4QFLA 3CG3A 3KFMA 4GX6A 3RNNA 3DP6A 5DTBA 1NMUA 1LBVA 3K1NA 3IR1A 5H8FA 1URGA 4YU0A 2WYPA 4H6DA 3E9XA 2JJKA 5TU0A 3K2DA 4KQPA 1NH8A 2B4LA 3Q28A 2I3VA 4R6HA 2O68A 2FBPA 4JVCA 4F3GA 2AYSA 4N8GA 4I62A 5F7VA 3OO7A 1QVSA 4JWOA 4MNCA 3IOUA 5FHMA 2OCUA 4G61A 4H0WA 1QJMA 2CZHA 2UYFA 3T9UA 4QRZA 4U1OA 3IO6A 4Q30B 1FBGA 2QVUA 2E1SA 4NEDA 1Y9UA 1B5HA 3HFUA 1IIWA 4DE8A 1Y3NA 2QMXA 4I40A 3G3HA 4NF4B 2DE2A 3W15C 1N7XA 4IO5A 4MLQA 1MQIA 2V84A 4GWWA 3ONMA 2MKZA 1BP5A 4NHBA 3SESA 1JP4A 3UA8A 1LAGE 1B9JA 1Y20A 4EQ9A 1B3HA 2DWHA 3ILUB 1FRPA 1FW0A 5H8QA 2B65A 5EYGA 2HXRA 4EQBA 4FE8A 3FASA 1AMFA 2VP1A 3OEMA 2PMSA 1MY3A 5CBRA 4LUBA 4F2OA 4XFEA 2RC7A 3VDFA 3RGYA 2XXPA 1TT1A 1O63A 3K01A 5ICTA 3KN8A 2R71A 4MNIA 3PMVA 4G8HA 4XF5A 2HCAA 2GH9A 2GFEA 2Y7KA 3LSLA 2FYIA 4FBPA 4LP2B 4NWCA 1SDXA 4PFYA 4XIGQ 2VOZA 4GWZA 1JVYA 3FIRA 2H5YA 3ZSFA 3LC8A 4WEDA 3WAEA 4P3LA 5A5XA 1SI0A 3EF7A 3ROJA 2UYEA 5CMBA 1FTAA 3TCGA 2ESNA 1YPNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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