4XTCQ

Crystal structure of bacterial alginate abc transporter in complex with alginate pentasaccharide-bound periplasmic protein
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKARAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords AlgM1
publication title A solute-binding protein in the closed conformation induces ATP hydrolysis in a bacterial ATP-binding cassette transporter involved in the import of alginate
doi rcsb
source organism Sphingomonas sp. a1
total genus 140
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xtcQ02
4PP0A 1B1HA 4GL8A 4FAJA 3I3VA 1LBBA 2DE3A 4ZS9A 4GFRA 2H9BA 3KOSA 2O84X 2KLFA 3T9VA 3ZKLA 2F7BA 1LFIA 4M4GA 3IOWA 3SKPA 3IB2A 1SDXA 1N7XA 1LGBC 5TP9B 2OZZA 3CR9A 2D21A 5JTYA 3OO7A 2YLNA 1DMBA 1TFAA 1B32A 2X26A 5KDTA 4F19A 2DWAA 4LATA 3GLBA 3PD9A 5AA4B 4HTGA 3L6HA 2Z8FA 1NMUA 3H7MA 3IO6A 4IY6A 1QUKA 4R74A 5I59A 4F3PA 1O7TA 4ONYA 4NMYA 2REGA 4MLVA 1N0TA 3M8UA 3IAZA 2DVCA 4QFPA 2PT1A 2A5TB 3O28A 5DVIA 5KCJB 3R7XA 2OWTA 4L17A 4BDOA 3OMBA 1B2HA 2P2AA 1JNFA 4KYSA 1Q35A 1MXXA 2QMXA 4LQ5A 1USYH 4P11A 4Q0CA 4H8IA 4R72A 3KN3A 4P0GA 1B6HA 5H8FB 2RC8A 2CZLA 4BLAA 2Y7KA 3OO9A 1EH3A 3IJXB 2QRYA 4KI0E 1HSLA 1NNKA 3TELA 4F22A 5DYHA 2D5WA 2VD3A 4JWXA 3T9HB 4BDRA 3PU5A 2XXWA 5EYFA 2HQ0A 2NWJA 1P1OA 4ZEFA 5I56A 3MUQA 3B6QA 1CB6A 2RCAA 2Z23A 5F7VA 4GVOA 4MF3A 1UTHB 1ELJA 3GBBA 3OOAA 1AH5A 4PETA 3CI8A 4R73A 1XS5A 3OENA 3PUZE 4X1BA 2ANJA 3OO6A 2Q2AA 4PFWA 1A8FA 3RN8A 3KGCA 3LSWA 4OYVA 3VE1B 4P0IA 5JEIA 4XKPA 1IXHA 3KN8A 2AL5A 4KD5A 3QUJA 4U23A 4LA9A 3CFZA 3FJMA 4LUBA 4DLDA 1B9JA 2HEUA 3THIA 3TTMA 4OZ9A 3ZS6A 3I5OA 4YZZA 4NF5B 2ZNSA 1N3WA 4G8NA 1UIUA 3R6UA 4EQ7A 3RGYA 3QK6A 3OEMA 5ISUA 4QFNA 3UGWA 4DXBA 5ICQA 1IUDA 2LAOA 1RYOA 4LZ8A 1MDP1 2I4BA 4OESA 1XT8A 1S7YA 3U8QA 3TODA 1HSJA 1B52A 3GZGA 4IO7A 2B3FA 1MXVA 4WXJA 1MPCA 3M3KA 4LQ2A 1B0LA 3N5LA 2ONRA 2VOZA 4EXLA 1P1QA 3EHSA 1VR5A 2OBGA 3PD8A 1Z7NE 1QKAA 3O97A 1URDA 3TTNA 5CC2A 4G68C 1A40A 3FV1A 3O2AA 4N07A 4I8CA 1LLSA 3JZJA 3TMGA 1BKAA 2P0SA 2REJA 4GLIA 3G3KA 3H6TA 4ZEIA 2RINA 3EQ1A 4ZZEA 2UVHA 1MG1A 1D4NA 1H45A 4Q30B 2XX7A 1B58A 2THIA 1B40A 3U93A 5I57A 4AQ4A 3K6UA 3S9NC 3PUXE 1R9QA 1UIVA 2ZYMA 4R6YA 3UA8A 3UORA 2XD3A 4U1ZA 3CFXA 1SYHA 4G68B 5CM6A 2E0SA 3OO8A 4PE5B 4IY5A 4YKPA 1DPPA 3TAJA 2F7CA 1A55A 1PDAA 2GFEA 3FXUA 3G3IA 2FYIA 4FIMA 3Q28A 3PPNA 4NF4B 2AYSA 3HPIA 3K1NA 1URGA 5BUUA 2ZYKA 5ICTA 1O64A 2R9JA 2DVZA 2F35A 3T22A 4YMAA 1UTHA 2IA4A 2DE4A 5H8QB 2ZXTA 3EHUA 2PX1A 5TPAA 3TDJA 4FECA 4ZECA 2Q9TA 3FJGA 4HCYA 5IAIA 3RLFE 4IO6A 3FGSA 4JWOA 4K3FA 4F31B 4FEBA 2Y7RA 2OLBA 3H6VA 4YMBA 1ZMGA 2NXOA 3KJ7A 2AIXA 4IGRA 4NWCA 1LAFE 1JW1A 1OVBA 2VD2A 4ZZAA 1F9BA 5L9SA 4XXUA 1JW5A 1PEBA 1NKXA 2I0BA 1N04A 2XXUA 1CE2A 3V5AA 4O3CA 3K1PA 2QJEA 4DE8A 2XXRA 3PMXA 5M2VA 3PPRA 3KFMA 3T9XB 1YAEA 4FEDA 2GH9A 3PUWE 3CG1A 4H0WA 1YTVA 3QYTA 3V83A 2R6GE 1UTBB 4ZE8A 1FQDA 3ECRA 4ZDMA 3F11A 4OETA 2BJJX 1EZ9A 2I6EA 3C4MA 4MLQA 3FVNA 4RYAA 2QPQA 1Z7ME 5L8DA 3O9PA 2YJPA 5J1DA 2F36A 2F34A 2V3QA 4FORA 1JVXA 3FATA 4F3BA 1ZTYA 1PBQA 1N84A 2RCBA 1IXIA 1NH8A 2X7PA 4NWDA 4R6KA 3O6HA 2I58A 3PMWA 3TTRA 2O51A 3USDA 3CVGA 1MPBA 5DEXB 1B3HA 1EZOA 5K2YA 3RT8A 4RA1A 4NF6B 3VXCA 1URSA 3DP6A 4HS7A 1A54A 1A8EA 4OHNA 4BDLA 1H43A 2H4IA 4I9DA 1D3KA 3N6UA 3CSGA 3MAMA 1B0HA 3Q25A 3VDFA 2DSFA 3RUMA 2GRVA 1B3FA 3TEPA 1B4HA 5ITOA 5AE4A 1MY1A 1FTJA 1SI0A 1QKBA 1YPNA 4AB6A 2Q89A 3CSBA 2O69A 4OVJA 2PVUA 1OLCA 5I2KB 3G3FA 4ELPA 1VFDA 5I2NB 4GQOA 4EF2A 3DM0A 3IX1A 3E4RA 2DWHA 1Q1KA 1OLAA 2GHBA 1OMPA 4ZEDA 1JVYA 4H1XA 4JBZA 3GBAA 4C1TA 2XXTA 1OQHA 3QUFA 1JETA 2IEEA 1A7LA 4OENA 4ZE9A 2DXRA 1M5FA 3K0VA 3PUVE 4ZEBA 2UVJA 5LOMA 2ALUA 2Y7PA 3HHGA 4FJPA 1TFDA 1NNTA 5H8QA 2O1MA 4X48A 3PPOA 3TQWA 3VV5A 4KCDA 3RQTA 1LCFA 4PQJA 2Q2CA 1LAXA 4N13A 5BWJA 1H3DA 5KZTA 2V93A 1US4A 3MVXA 5AA1A 1Y9UA 1XHYA 1MH3A 2HFBA 5A5XB 3LBSA 1Y3PA 1L5TA 2HAUA 4OEUA 4G2ZA 4XKQA 1DOTA 4IO5A 3C9HA 1RYXA 4OFOA 4N6PA 3Q26A 4EUOA 2Z22A 1MM6A 1PB8A 3O6IA 3S9LC 5ITPA 2V3UA 1GV8A 1SQYA 1M5DA 1FQFA 4POXA 1DSNA 3N94A 2FNCA 4QFLA 5FTHA 1II5A 3MWBA 2Q8JA 5I58B 1B7UA 1IITA 3PPQA 4FATA 4X1DA 1FTOA 3MVZA 2DE2A 3TTLA 1PB9A 2DS9A 3S9EA 1B51A 3HCQA 4LZ5A 3K02A 2F8DA 3TUSA 3T9UA 3K4UA 2V3TA 1QUIA 4GRKA 5JK4A 5H8HA 5CBRA 4DXCA 4TLLB 1MY4A 3SEXA 1Y1MA 4G4PA 3TTKA 4WKMA 1EU8A 2OJTA 2XXYA 3R26A 1S50A 4WEDA 1AL3A 1Y4CA 3FVGA 3LSXA 3HHFA 3OEKA 1VSOA 4QSEA 4F18A 3KJTA 3ILUB 1SD3A 5HPQA 1QVSA 5H8NB 3MP6A 4EDPA 3OD7A 3ZKKA 2VGQA 2UVGA 1FQCA 2HXWA 3MBPA 3TYHA 1UQWA 2F97A 3MP1A 3B7DA 1TT1A 3H6UA 1VE4A 3A3UA 5TP9A 3RT6B 3RNNA 3ODBA 1Y20A 2FA7A 2H98A 2UVIA 3MPLA 3V89B 2I3VA 3U1OA 3SERA 2H25A 1ANFA 1JEUA 3AXFA 3OELA 4OMBA 4QF9A 5AA4A 1US5A 1IXCA 1H44A 3VVEA 4EQ9A 4BDNA 2YPNA 3TCGA 4RNSA 4NEDA 5EHMA 2VP1A 1MQGA 3CRBA 4RPNA 1IXGA 2O7UA 3VLWA 3SEWA 3MP8A 1B7ZA 2DWJA 2I4CA 2I0CA 3BBRA 1R9LA 3KG2A 1XOCA 3D4CA 4IO4A 1R6ZA 2A5TA 4F1VA 4YB6A 4NE4A 4FE8A 5KCJA 2OWSA 2H5YA 4G77A 4M1VA 5DTBA 3E3KA 3KSXA 4DXUA 4JB7A 5DVFA 1Y3QA 5K2XA 4PFTA 4EF1A 3SEYA 4I1DA 2PYYA 5H8FA 2QMWA 1MQHA 1TWYA 4GXAA 3BFTA 3KZGA 2Z8DA 1AMFA 2DYXA 4Q8RA 4YKJA 4E0XA 1FTMA 3H03A 1DTZA 2E1SA 1B46A 1YCJA 2UXAA 4MFIA 1D9VA 3OSQA 1ZU0A 3W9WA 4Z0IA 1ZJLA 2I49A 5JTYB 1QUJA 4H6DA 2HAVA 2R71A 4H65A 5KDTB 4NTLA 4ISUA 3VVDA 3FXRA 4F2OA 3IL1B 1POTA 4GD5A 3TQLA 3MJNA 1MQJA 1S9TA 4F1YA 5CI5A 3DELB 5I59B 1JW4A 3IB1A 4BDMA 4KQPA 3WAEA 1MPDA 4ND9A 3RPWA 3K00A 3W15C 1GTKA 1NFTA 3RY3A 1QJMA 4R2FA 1B7HA 4YAHX 4TOZA 4C0RA 4F29A 3A09A 1RKMA 1MXUA 2O68A 1N3XA 3TCHA 1M5BA 2HZKA 1JEVA 4LVQA 4NF5A 3PPPA 1TXFA 1I69A 4X9TA 1O63A 3DP8A 3M3LA 3HSTA 4JSDA 1FQAA 3SETA 2F6PA 4IGTA 4OFLA 4Q5TA 5HM4B 5H8NA 3IOUA 4LONB 3O6GA 3IJOB 4NF8B 4THIA 4MH5A 4KFQA 4R6HA 1WODA 2XXXA 1BLFA 1MQIA 4EQBA 1SBPA 4F3SA 1A99A 3JV9A 2XHDA 3DP4A 5I56B 2NUVA 5L9MA 3FJ7A 1ZKBA 4XKRA 4YB7A 3C32A 2ZYNA 4QHQA 4H5FA 1JQFA 2O7IA 4QSDA 4GOTA 5FTIA 1B3EA 3EN3A 3PV0E 2ESNA 4LP2B 5B7DA 4DZ1A 3FV2A 3MVWA 4ESWA 3K1MA 2NVUB 4KYDA 1WDNA 4WEPA 3LUYA 4U4XA 4OWDA 4QFOA 1QW0A 1M5EA 4O3BA 4R75A 4UACA 4DCYA 1AIVA 1GGGA 3N26A 3E13X 1B5JA 3PUYE 2RC7A 2Y84A 3KEIA 4XKNA 1SVXB 2XD2A 4QFKA 4H5GA 3IOTA 2A5SA 1HSEA 2F7AA 3C35A 3K01A 2F6GA 3ZSFA 2QSXA 2W7YA 3C34A 3B6WA 4DDDA 3IO4A 2ONSA 2P1SA 3MZ9A 4LZ7A 4E0WA 4GL0A 5DVJA 1B5HA 1QULA 1LAHE 3Q29A 2B65A 3MZ1A 2ZNTA 4QSCA 4G68A 3UK4A 1R1NA 2O6AA 1ZLQA 4GIZA 2G93A 1B3LA 1J1NA 3PGFA 3G3GA 1FCKA 1LFHA 4JWYA 4U1OA 2AL4A 3LSLA 4NF4A 1B5IA 4ESXA 2RC9A 2ABHA 3KN7A 3K6XA 4F39A 1MY2A 1KWHA 2XXIA 4U4SA 3P7IA 3G3JA 1ZIUA 3QIMA 4RPOA 5TU0A 2UYEA 2PMSA 5AA2B 2OK2A 1I6BA 2DOJA 5FHNA 2I3WA 1D9YA 5CRYA 1SI1A 4RK9A 3LSFB 5I57B 4PFUA 3PMVA 1SW1A 1B05A 2DP8A 3B6TA 4GF8A 4DCXA 4GXSB 1NL5A 1MS7A 3TZAA 4AB5A 1UTBA 2RF1A 4IO3A 4NF8A 4KHZE 2HZLA 2H99A 3H6WA 4OFJA 3L6GA 3VFJA 3OXNA 2QL3A 1T0KA 3C33A 1B3GA 1OQGA 4G8MA 4IO2A 3MVYA 5B70A 3O66A 4POWA 2OCUA 3TFLA 1ZBMA 2QS2A 3T66A 4MBPA 5DEXA 1MM7A 3TCFA 4HW8A 1PBPA 1SW2A 1XC1A 3EPEA 5TPAB 4NF6A 5ELVA 4JSOA 3MPKA 3IR1A 3VLVA 4HCWA 1P1UA 1BTJA 3S2VA 3FD3A 4I62A 4O3AA 1IQ7A 3Q27A 5F1QA 1IEJA 3C31A 4EXKA 1Y4TA 2DQVA 3K2DA 1MXZA 3SESA 3H06B 5CMBA 4KCCA 1NNFA 4G8HA 2O1LA 5I2KA 2RKMA 5AA3A 2Y7IA 1MRPA 1SW5A 4R2BA 3UN6A 5I2NA 1LB8A 4OERA 3SDFA 1B4ZA 5EHSA 3U92A 4F3GA 5CMCA 3H4ZA 3G7WA 3D4GA 2WKYA 1BP5A 1FQBA 5HBCA 1FTKA 3U94A 1FW0A 3ONMA 4ZEKA 5H8SA 2ONKE 1LFGA 4ELRA 3EF7A 3H3GA 3EHTA 2UYFA 3IK6B 3W9VA 5AA2D 2HCAA 3KOTA 2V25A 3VLUA 3HV1A 2Y7WA 1FTLA 3U72A 4TLMB 2QS1A 2V84A 4R9FA 2DXYA 1NNPA 2G29A 2XXHA 1Y1ZA 5CMMA 1P1NA 4U2RA 5IKBA 4OTEA 3V8XB 2VHAA 1LBCA 2XX8A 4IB2A 4GWOA 5AA2A 3RTWB 2XX9A 1LCTA 2XXVA 4DIGA 4OQOA 2PT2A 3TPAA 4RY1A 4XIGQ 5A5XA 4QRZA 3QAXA 1DTGA 3KBRA 4RXLA 2D3IA 3FVOA 1DPEA 3BKIB 3VXBA 3LC8A 4BDQA 3S4UA 1XVXA 3CG3A 1AOVA 4RK2A 1MXYA 3WAFA 2Q88A 3IB0A 4YU0A 4F2QA 4C1UA 2F78A 4R9GA 3FUZA 1GVCA 1LAGE 1OIBA 4H8JA 3KSJA 4U22A 4JXIA 1SW4A 3TKDA 2NOOA 1EZPA 3G3HA 1LB9A 4KR5A 3E9XA 1IIWA 3QXMA 3S9MC 3N6TA 5DT6A 4U21A 3K6VA 1M5CA 3I6VA 5I58A 4YB5A 2CMOA 4ELQA 4TQUQ 1MY0A 3SEVA 1GR2A 3MW0A 1H76A 4UA8A 1P99A 2ZNUA 2B3BA 2F5XA 1IZ1A 4YICA 2M8CA 3JYRA 1SYIA 1BIYA 1PC3A 2X7QA 3MC2A 3FASA 3RTFB 4YKKA 4YKIA 3CIJA 3LR1A 4RJZA 3DLNA 2GHAA 3O29A 3OSRA 1VFEA 1POY1 2XXPA 3T96B 1MQDA 4ELOA 4OEVA 5CMKA 1FQEA 2ZYOA 4PFYA 4ECFA 1PB7A 3K6WA 1NH7A 1WVJA 1XVYA 3M3FA 1P1WA 1I6QA 4F1UA 3A3CA 1N7WA 5I84A 1ATGA 1USYE 5L9OA 3UP9A 1Y3NA 2XXQA 4KYEA 3VVFA 2PBWA 3C36A 5CBSA 3MQ9A 1LSTA 1MH4A 4OXVA 2Z8EA 3IORA 1B1XA 3BFUA 2I48A 3HN0A 3IOVA 2QS4A 4XTCQ 4JDFA 1MDQA 2ZMBA 3GXAA 2QS3A 1N76A 3CFLA 3QSLA 2DWIA 3FZVA 5FHOA 3SEUA 1MY3A 3HO7A 1I6AA 1MXWA 3MZBA 4KPTA 3UIFA 5H8HB 3FXQA 4Z7EA 3T93B 3ILTB 4H67A 3FIRA 5FHMA 3FVKA 1OVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PP0A 1B1HA 4GL8A 4O7IA 4N6DA 4FAJA 3I3VA 1LBBA 2DE3A 1QGXA 4ZS9A 4GFRA 1NV1A 2H9BA 3KOSA 2O84X 2KLFA 3T9VA 3ZKLA 2F7BA 1LFIA 4M4GA 3IOWA 3SKPA 3IB2A 1SDXA 1N7XA 1LGBC 2XWIA 5TP9B 2OZZA 3CR9A 2D21A 5JTYA 3OO7A 2YLNA 1DMBA 1TFAA 1B32A 4PCDA 2X26A 4MCOA 5KDTA 4F19A 2DWAA 4LATA 3GLBA 4HE1A 3PD9A 3RPLA 5AA4B 4HTGA 3L6HA 4PF8A 2Z8FA 1NMUA 3H7MA 4HE0A 3IO6A 4IY6A 1QUKA 4R74A 5I59A 4F3PA 1O7TA 4ONYA 4NMYA 2REGA 4MLVA 1N0TA 4OVTA 3M8UA 2B4LA 3B8BA 3IAZA 4OVRA 2DVCA 4QFPA 4MNCA 2PT1A 2A5TB 3O28A 5DVIA 5KCJB 4P47A 3R7XA 2OWTA 4L17A 4NAPA 4BDOA 3OMBA 1B2HA 2P2AA 1JNFA 4KYSA 1Q35A 1MXXA 2QMXA 4LQ5A 1USYH 4P11A 4Q0CA 4H8IA 4R72A 3KN3A 4P0GA 1B6HA 5H8FB 2RC8A 2CZLA 4BLAA 2Y7KA 3OO9A 4P56A 1EH3A 3IJXB 2QRYA 4KI0E 1HSLA 1NNKA 3TELA 3KC0A 4F22A 5DYHA 2D5WA 2VD3A 4JWXA 3T9HB 4BDRA 4NHBA 3PU5A 3FXBA 2XXWA 5EYFA 2HQ0A 2NWJA 1NV0A 1P1OA 4ZEFA 5I56A 3MUQA 3IFCA 3B6QA 5IZZA 1CB6A 2RCAA 4MX6A 2Z23A 5F7VA 4GVOA 4MF3A 1UTHB 1ELJA 3GBBA 1YZ0A 3OOAA 1AH5A 4PETA 3CI8A 4R73A 1XS5A 3OENA 4GBVA 3PUZE 4X1BA 2QVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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