3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
molecule tags Transport protein
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
4F1UA 4GF8A 1A54A 1MRPA 1WDNA 1M5CA 3KOSA 4QFKA 1XHYA 5B7DA 5AA2D 1S9TA 3E4RA 5I2KB 3TZAA 3QUJA 5EHSA 1SDXA 5J1DA 4YKJA 1XVYA 3CG3A 3UN6A 2F97A 2M8CA 3EPEA 2ALUA 3E3KA 5A5XB 3H6WA 3K1PA 2HZKA 3VVEA 3O6GA 3IJXB 3KEIA 2DWAA 3FVGA 5KCJA 5I57B 3MVXA 2F36A 1JEUA 3FV1A 3S2VA 4AB6A 1FQAA 4LZ5A 4L17A 4Q0CA 3W9VA 4H6DA 1Y3PA 3EN3A 2DYXA 5I59B 1MXZA 4ZEKA 2DWIA 4G77A 1OVTA 3KSXA 4EQ9A 4U2RA 5AA2A 3OO8A 3PPRA 1H3DA 1PBQA 4WEPA 1BLFA 2REJA 4OERA 4YAHX 3PUZE 5F7VA 5ITOA 3G3IA 1LFIA 2G29A 1XC1A 4DXCA 4HCWA 3S9NC 3O6HA 2ZYNA 2Y7PA 3HV1A 3FXQA 3KJ7A 1LBCA 2ZNSA 3PPOA 3K1MA 4PFYA 1B51A 4OTEA 2F7CA 4ZDMA 1FQCA 1UIVA 4IO3A 4ZEBA 1I6BA 3GBAA 3MC2A 1HSLA 4C0RA 3TAJA 3EF7A 5H8HA 4H8JA 2XX7A 2W7YA 1JW1A 1FTKA 2ZMBA 4KD5A 2H9BA 5KCJB 2ZNUA 3IO4A 2OJTA 1N76A 5B70A 1M5DA 2OLBA 4NE4A 4QSDA 1B3FA 3CI8A 1ZKBA 3VLVA 4R9GA 3U8QA 4OXVA 2AL5A 2HQ0A 2ANJA 4H1XA 3ONMA 4TOZA 4Q8RA 1MH4A 3SDFA 1MY1A 1II5A 4RA1A 1HSJA 4O3AA 4R72A 4QRZA 3I3VA 4P0IA 2F7BA 4MLVA 4BDMA 2XXQA 2Q9TA 1OLCA 2X7PA 2Y7RA 5AA2B 4ZS9A 1DTZA 2D5WA 4BDLA 3SKPA 1M5BA 4XIGQ 4I9DA 1GGGA 1IQ7A 2DQVA 5CRYA 1QUJA 3IB2A 1B5HA 5I84A 3B6QA 1NL5A 3OXNA 1P1OA 3ODBA 4DIGA 4OESA 1PDAA 1B32A 3SEUA 4QSCA 2DWJA 3FXRA 2Y7KA 4XXUA 5JK4A 1LAXA 2VHAA 3IOVA 3UA8A 1YAEA 4FECA 1S7YA 4X1BA 1R9LA 1I6AA 4QFNA 3TQWA 3GZGA 1B1XA 1Z7ME 4ZZAA 5BWJA 3K4UA 3M3LA 5H8HB 2QPQA 3KBRA 4LATA 3FVKA 2NXOA 1R9QA 4HW8A 1ZJLA 4TQUQ 4XKPA 3VV5A 4JSOA 4M4GA 1P1QA 4EQBA 2DE3A 2I0CA 4UACA 1B0HA 2XXXA 1YTVA 4LVQA 3USDA 2F5XA 2Y7WA 3CVGA 2FNCA 2D3IA 1NNPA 4OWDA 1Y1MA 2RC9A 4BDQA 2XXTA 4GOTA 4JWYA 4LA9A 4OFJA 2OBGA 4GVOA 4LUBA 3FASA 4EDPA 3TMGA 4MFIA 1QVSA 4F3GA 4FAJA 4N07A 4X1DA 4WXJA 4G8HA 3OENA 4DCYA 3QXMA 5FHMA 3WAEA 1URSA 5CMMA 3RTFB 1WODA 1USYH 3I6VA 3LSLA 1ZU0A 3EHUA 4POWA 4IO2A 2UVGA 4YZZA 3HPIA 2XHDA 1FQFA 3IO6A 3IOTA 3OO6A 4LONB 3KOTA 2B65A 1ZTYA 2NWJA 2Z8EA 4MLQA 1B3LA 2I3VA 1QUIA 1B6HA 1N0TA 1PB9A 5JEIA 3EHSA 5IKBA 4C1TA 4G4PA 1QKAA 2XXVA 2XXUA 2F35A 3HCQA 3OSRA 2QS1A 3PPQA 4ONYA 3V5AA 3BBRA 1AOVA 3IJOB 4U23A 1ZBMA 4MH5A 1B05A 3M3FA 2RKMA 4YB6A 2BJJX 3MP6A 3V83A 1MXVA 5CM6A 4LZ8A 2XXPA 3H4ZA 3UP9A 1TXFA 4IO4A 1IUDA 5K2YA 2GHBA 4XKQA 4DZ1A 1B9JA 2OWSA 1AL3A 1NNTA 2HCAA 5I56A 3G3JA 4ELQA 3RPWA 1O7TA 4MBPA 3TFLA 3Q28A 3OOAA 1LB8A 1AMFA 4OQOA 4GRKA 1Y3QA 3DP8A 5CBSA 4H67A 3HHFA 4R6YA 4YMBA 4JXIA 3CG1A 3ECRA 3Q27A 3QK6A 1MM7A 5LOMA 4ND9A 4G2ZA 2PMSA 3GLBA 3BFUA 4H5GA 1MY4A 3TDJA 1TFDA 3R6UA 1R6ZA 3EHTA 3SEXA 2Q89A 5H8SA 4OENA 1MY2A 2QJEA 1SW1A 1P1UA 1IEJA 4OEVA 1SD3A 1Y3NA 2I6EA 5FTIA 1H45A 3SEVA 4BDRA 1DPPA 3VVDA 1L5TA 2Y84A 3C33A 3K6VA 5DEXA 2VD3A 1NH7A 1B3GA 4H8IA 1P99A 4GFRA 2NVUB 2ZYMA 5DVFA 2IA4A 3MZ9A 3VFJA 2F8DA 5L9MA 4P11A 4BDOA 3OSQA 2O69A 2HAVA 3QAXA 4DXUA 4RXLA 1POTA 5DVJA 3MVYA 4RPOA 1T0KA 4H0WA 5I56B 2OWTA 1EZ9A 3T93B 2ONSA 1N7WA 2ZYOA 3N5LA 3MW0A 1OMPA 1NKXA 4QF9A 1A99A 3A3CA 1MQIA 3G3KA 4ZECA 1LCFA 5L9SA 4NF4A 4PETA 3TKDA 3CR9A 2I0BA 3N26A 1O63A 3UK4A 2PX1A 4AB5A 1BIYA 3FD3A 3RY3A 1AH5A 4EF1A 2RINA 4N6PA 1A7LA 2RCAA 2Z22A 4BLAA 1D9YA 4HS7A 4LZ7A 5H8NA 4R74A 4LQ2A 3CRBA 1ANFA 1OLAA 4YMAA 1B3EA 2V3TA 3T9VA 3MP1A 1JW5A 3T66A 5DEXB 2GH9A 4QHQA 2RCBA 3C32A 2RC8A 3TCFA 4ZEIA 5TP9A 3KG2A 1BTJA 3Q26A 3B7DA 1JQFA 3CSGA 2DWHA 4FATA 3P7IA 4QFOA 4UA8A 3K01A 5TU0A 3G7WA 3FGSA 2AIXA 3HO7A 2UXAA 1MPCA 2DOJA 5CBRA 2R9JA 3PUVE 4R6KA 2V93A 3H7MA 2NOOA 1A40A 3KN7A 3KFMA 2Z23A 5M2VA 2B3BA 4YU0A 1IITA 4OZ9A 5DT6A 3TTMA 3O97A 3Q25A 5DVIA 4NF6A 3G3FA 1LAGE 4NF4B 3PMVA 1DMBA 4OVJA 4OMBA 2NUVA 2I58A 2OCUA 2HXWA 3OD7A 1IXCA 2H25A 2PT1A 4IGTA 3FVNA 3H6VA 4I1DA 3FXUA 3TTLA 1HSEA 3F11A 2VGQA 5H8NB 1KWHA 2V3QA 3VXBA 1DOTA 4PE5B 3C31A 3S9EA 1PEBA 2R6GE 3OMBA 3MWBA 2UYEA 3T9UA 3VE1B 4X9TA 1RYXA 3VVFA 4Q30B 5H8QA 4R6HA 1Y4TA 1VFEA 3K02A 5TP9B 1XT8A 4ELRA 1LB9A 5HM4B 2WKYA 4JB7A 3TPAA 2ONRA 1NH8A 3K6WA 4EQ7A 3K2DA 5ISUA 3HN0A 2G93A 2KLFA 1A8EA 3ZKLA 3PGFA 4F18A 4AQ4A 4F3SA 3QYTA 3R7XA 1DTGA 4XTCQ 4GD5A 3DM0A 2O68A 4OFLA 4ZEFA 3RN8A 3OO9A 5CMKA 2XXYA 1UQWA 2YLNA 2F6GA 1FTJA 1MDP1 3FATA 1UTHA 2H99A 4KR5A 2XXIA 2O7IA 3FJGA 3U94A 3H6TA 4WEDA 4M1VA 3C34A 4F31B 4YKIA 2A5TA 3U92A 2P2AA 5EHMA 2Z8DA 2GRVA 2OK2A 3THIA 3A09A 3CSBA 4U4XA 2ZYKA 5CI5A 1OIBA 3O29A 5JTYA 4F3BA 3W9WA 1B58A 2QS4A 2UVHA 5EYFA 3H3GA 2E0SA 4N13A 5H8QB 3T22A 3H6UA 3TTNA 2PT2A 1Z7NE 1VFDA 2I4BA 3MVWA 2QL3A 3U72A 3PPNA 1MXUA 5I2NA 4OYVA 2XD3A 3QIMA 2QS2A 3PD8A 4DXBA 2AL4A 3LSXA 4IO5A 1MXYA 1F9BA 3JYRA 2QSXA 3SEWA 1OQHA 3LSWA 2F34A 4EXLA 1VR5A 1NNKA 4ZZEA 4OFOA 2B3FA 3FV2A 3MQ9A 1US5A 3VLUA 2PYYA 1Y1ZA 4U22A 3ILUB 1EH3A 4FIMA 1Q1KA 4NMYA 1N3WA 1UTHB 3PUYE 3V8XB 3JZJA 4NF8A 1B4HA 2XXWA 1R1NA 2ABHA 3Q29A 4NEDA 3EQ1A 2DVCA 2A5TB 1VE4A 2O1MA 4NF5A 3K6UA 3MPLA 3N6UA 4F22A 3S9LC 5AE4A 4O3CA 2ZNTA 1B2HA 2FA7A 1BP5A 4FEDA 4FJPA 3G3HA 4KQPA 5ITPA 3SERA 1D4NA 2O84X 3OEMA 1JW4A 2VP1A 1MPBA 1IXGA 2RF1A 3T96B 1SBPA 4F2OA 5FHOA 3C36A 4GL0A 4KFQA 3MZBA 3KGCA 2XD2A 2DVZA 2PBWA 1CE2A 3B6WA 3ZS6A 1USYE 1GR2A 4K3FA 5I2NB 1PB8A 4OEUA 3ILTB 3MZ1A 3MUQA 4YB5A 3T9HB 2LAOA 4GXSB 2H4IA 2Y7IA 1LCTA 3H06B 4THIA 5ICTA 1QUKA 1J1NA 5I2KA 4NTLA 3K1NA 3VLWA 1DPEA 4GXAA 4QSEA 1B52A 1PC3A 5A5XA 1QKBA 3G3GA 3K00A 2ZXTA 5BUUA 2Q2AA 4GWOA 5L8DA 4Z7EA 1B0LA 4QFLA 1B3HA 1Y4CA 4IGRA 1I6QA 4F39A 3PD9A 3N6TA 1A55A 4NF8B 2F78A 4PQJA 5AA4A 4RK2A 4KYEA 2REGA 1B7HA 4NF5B 4H65A 4I62A 2VD2A 3FIRA 1LFHA 1LLSA 4KHZE 5ELVA 1JEVA 5I58A 1GV8A 4F29A 3TTRA 2QMWA 1H44A 3JV9A 5K2XA 1SI0A 4EXKA 2UYFA 4F1VA 4IY6A 1MM6A 3QUFA 4EUOA 1B46A 2E1SA 2O7UA 3RGYA 1Y9UA 5CMCA 4U4SA 4DCXA 2I3WA 2CZLA 4R2BA 3R26A 3IR1A 2XXRA 3A3UA 2THIA 1LGBC 3C35A 1FTLA 2I4CA 3BKIB 3IB1A 3SETA 4NWCA 4IY5A 1RYOA 3K6XA 4LQ5A 3UGWA 2Q8JA 4O3BA 1XS5A 4F1YA 3TELA 3LC8A 2DS9A 3K0VA 5KDTA 3TQLA 1IXIA 1SQYA 3E13X 2X7QA 1N3XA 4RNSA 2HFBA 5AA4B 3IOUA 4U1ZA 4JBZA 1SW2A 1B40A 5F1QA 1UTBA 4XKNA 2V84A 3IAZA 1MPDA 3RTWB 1QW0A 4IB2A 3RUMA 2ONKE 3RQTA 4PFWA 3DP4A 5I58B 4R75A 1M5FA 4H5FA 1SI1A 2FYIA 4R2FA 2O1LA 1B5JA 3PV0E 3O66A 4Q5TA 1VSOA 4X48A 4YKPA 4DDDA 3PMWA 3VXCA 3DP6A 1MXXA 1Y20A 1D3KA 4ESWA 4PFTA 3C4MA 2DE2A 1LFGA 1URDA 3MJNA 3RT6B 3UIFA 2Q2CA 5FTHA 3PPPA 1MY0A 1OVBA 1P1WA 5L9OA 4ELPA 1EU8A 1IIWA 3I5OA 4KYDA 3GXAA 4C1UA 1MQDA 1NNFA 3OELA 3FJ7A 5HPQA 1TWYA 3CFLA 5CMBA 1JETA 2DXYA 5KDTB 3DLNA 3IOWA 4LP2B 4OHNA 1QULA 1ATGA 2I49A 2GFEA 4TLMB 2O51A 1B7UA 1UTBB 3IORA 4G68A 4F19A 3MVZA 4U21A 4MF3A 2QMXA 1B4ZA 3MAMA 2H98A 4JDFA 1M5EA 1MH3A 4R73A 2ESNA 2UVJA 2X26A 1UIUA 3VDFA 1SVXB 4IO7A 4R9FA 3FVOA 4ELOA 3H03A 4HTGA 4F2QA 4NF6B 3B6TA 2A5SA 2Z8FA 4JSDA 2HAUA 4HCYA 2VOZA 3LR1A 4ZE9A 2OZZA 1LSTA 3RT8A 3IL1B 1N04A 1FQEA 2DE4A 5KZTA 4OETA 4DLDA 3SEYA 1LAHE 3TUSA 3O6IA 3MP8A 1N7XA 4U1OA 3IX1A 3BFTA 3O2AA 1FQDA 4ZE8A 1MY3A 5DTBA 4G68C 3KZGA 2PVUA 4ISUA 1US4A 1JVXA 5ICQA 1JNFA 1YCJA 1DSNA 4FORA 4KPTA 1NMUA 3PUXE 3T9XB 2CMOA 3MBPA 5AA3A 3IB0A 3QSLA 4G68B 5DYHA 1NFTA 2F7AA 4YB7A 3TTKA 4NWDA 5H8FA 1WVJA 3S9MC 1XVXA 1TT1A 3FJMA 3C9HA 5TPAA 2R71A 4PP0A 4ESXA 4WKMA 2RC7A 4JWXA 3V89B 2IEEA 3CIJA 2P1SA 1B5IA 4FE8A 1OQGA 4KI0E 1H76A 3M8UA 4JWOA 1XOCA 3TEPA 1POY1 3SESA 1YPNA 4TLLB 3UORA 1Q35A 4QFPA 1PB7A 2O6AA 3HHGA 3D4CA 5CC2A 1RKMA 3KN3A 1FTOA 4XKRA 4EF2A 3L6HA 3L6GA 3KN8A 1ZMGA 1GVCA 4G8NA 1H43A 4GLIA 3DELB 4RJZA 1B7ZA 3TYHA 1SW4A 3U93A 2XXHA 1LAFE 1FW0A 1FTMA 2AYSA 5JTYB 3W15C 1O64A 1PBPA 5FHNA 3WAFA 5HBCA 1MQHA 4RK9A 3OEKA 4RY1A 1FQBA 4ECFA 3RNNA 2D21A 1URGA 1QJMA 2F6PA 2I48A 1I69A 4RPNA 3AXFA 5H8FB 4G8MA 2Q88A 1IXHA 2UVIA 3KSJA 5TPAB 2DXRA 4BDNA 3LSFB 1EZOA 4F3PA 1S50A 1SYIA 4PFUA 4RYAA 1N84A 3ZSFA 3KJTA 3PUWE 3LUYA 4FEBA 2DSFA 1ZLQA 3ZKKA 3PMXA 3FUZA 3GBBA 3S4UA 4KCDA 1MG1A 3E9XA 4ZEDA 3HSTA 1IZ1A 2GHAA 4E0XA 3OO7A 3PU5A 1A8FA 3N94A 2XX9A 3TODA 4DE8A 1TFAA 1GTKA 3U1OA 3D4GA 4KYSA 2V25A 1BKAA 4YKKA 5I57A 1AIVA 1MS7A 2XX8A 4POXA 3MPKA 4IO6A 3O28A 1SW5A 3IK6B 2DP8A 1MQJA 2H5YA 2HZLA 2YJPA 4I8CA 1B1HA 1MQGA 4E0WA 1MDQA 1CB6A 2HEUA 3M3KA 1EZPA 4GL8A 3LBSA 2P0SA 5I59A 1ZIUA 4GIZA 2V3UA 4YICA 4KCCA 1FCKA 1D9VA 2YPNA 1MXWA 3FZVA 3TCGA 1SYHA 3CFZA 2QS3A 2QRYA 4Z0IA 5AA1A 3RLFE 3CFXA 3TCHA 1ELJA 5IAIA 1P1NA 1LBBA 3O9PA 4P0GA 4GQOA 1JVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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