3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
1SBPA 1MY1A 2Z22A 5FHNA 4QRZA 1R9LA 3S2VA 1XC1A 2F35A 2I4BA 3H7MA 3K2DA 2DSFA 3VLUA 3DP8A 1NNFA 5M2VA 4PFTA 2F8DA 4OEUA 5H8FA 4FATA 1IEJA 4KD5A 3O6HA 3F11A 3VE1B 1EZPA 1UIVA 3RTWB 1A8EA 1S50A 2I48A 2F7BA 3OEMA 1QJMA 4YKKA 3OO7A 1FQDA 4ELOA 3UP9A 3SEUA 4EQ9A 4H0WA 4GF8A 3SETA 4YMAA 4OMBA 2ZYKA 2HAVA 4BDLA 5I2NA 1ZJLA 2V93A 5I84A 2PVUA 3S9MC 1S9TA 5FHOA 5EHSA 4H65A 1ZTYA 2DWJA 3CFXA 2Z8FA 3RQTA 1USYE 3L6GA 3QAXA 4F19A 4THIA 3MVYA 2F78A 1A7LA 2F7CA 4QSDA 3O66A 1LB8A 4HTGA 5DEXB 1JNFA 4O3CA 5K2YA 4BDMA 1B5HA 1XHYA 5AA4B 1OQHA 2OJTA 3O29A 4OYVA 3Q26A 1FTJA 3B7DA 1A54A 3A3CA 1SD3A 2Y7IA 4RA1A 1LLSA 2M8CA 1B5IA 4N6PA 4RK2A 4LONB 4PFUA 1A55A 2DWHA 3SEVA 2H9BA 4NF4A 1RYOA 4EQBA 3KEIA 4LUBA 1B32A 2F5XA 3T9VA 2A5TB 4R9GA 3OO9A 4GRKA 4YAHX 5H8HA 5H8QA 1DSNA 2VD2A 3FGSA 1MQHA 2YPNA 3TYHA 1B3FA 3FVNA 1LBCA 4XKQA 3VLWA 3FVKA 5KDTA 4GVOA 4H6DA 4RPOA 3OO8A 1MM6A 3PUVE 4IO3A 1QUIA 2KLFA 4KCDA 1B58A 5DYHA 3RPWA 4DDDA 2XD2A 3IB0A 1D3KA 1LSTA 3U92A 4POXA 2CMOA 2AIXA 4R73A 3T9HB 1M5BA 5JEIA 3CI8A 4JBZA 1ELJA 1TWYA 2Z8DA 4OTEA 1QULA 4LZ7A 3S4UA 1QUJA 1ZBMA 3U1OA 3T22A 2RC9A 4C1UA 3ODBA 4ESXA 1WDNA 3OEKA 5CMKA 1MRPA 3RLFE 3C34A 2ONKE 3MVXA 3PMXA 4TOZA 4I8CA 4AB5A 1XVXA 4ZS9A 4C1TA 4G2ZA 1URDA 4ISUA 1QVSA 2REGA 3U72A 1TFAA 1ZIUA 3CIJA 2D21A 3TQWA 3GZGA 5I56A 5IAIA 1O7TA 1PB8A 1M5DA 1BP5A 1A8FA 1I6QA 3BBRA 3C36A 3IO4A 4R2FA 4YB5A 1URSA 2Z23A 5L9SA 3G3HA 2I4CA 4BDNA 4NWDA 3S9NC 5CM6A 1DPEA 1US5A 4YU0A 2XXHA 3IO6A 3H03A 3DELB 3KSJA 1LCTA 3UK4A 3B6WA 4F2QA 2F34A 4XKRA 2ZNSA 1DPPA 2XXIA 2I49A 3HHGA 2Y7PA 3KG2A 2ZNUA 4JDFA 5ELVA 3GLBA 4L17A 3USDA 1H3DA 3FJMA 1PDAA 4OVJA 4M4GA 3IOWA 3VDFA 4MF3A 5FTIA 1JQFA 1SVXB 2FA7A 2X7QA 1JW1A 3MPKA 1II5A 1JVYA 1B3GA 3HCQA 4RK9A 1UTHA 4R74A 4TLMB 3CRBA 2DP8A 1POY1 3IJOB 1PB9A 4K3FA 2F97A 3B6TA 1QW0A 3RN8A 4N13A 2REJA 4Q8RA 5TPAB 1Y3PA 4OFLA 2Q9TA 4X1BA 2H98A 5DT6A 3H6UA 5I58B 3U94A 5H8NA 2PT2A 4LQ2A 3TTMA 2ONSA 1JW4A 2PX1A 2VHAA 4DZ1A 1FW0A 4R9FA 4DXUA 4F1VA 3E4RA 5I2NB 5JK4A 5K2XA 3IOTA 4U22A 4ND9A 4AQ4A 3S9LC 3FVGA 2O51A 3N6UA 1MQJA 4R6KA 2LAOA 3ZKKA 2RC8A 3MJNA 3RUMA 3MUQA 5A5XA 3PPNA 1MXZA 2AL5A 3DM0A 2GHAA 4IB2A 3T96B 4XKNA 4F39A 4KCCA 4HS7A 3AXFA 1IXCA 4KFQA 2UXAA 3VLVA 2X26A 2DVZA 3MZ1A 1Y1MA 1JETA 3IB1A 2I0BA 1DMBA 1N3WA 4FAJA 4ZEFA 4BLAA 4F29A 1D9VA 5DVIA 3PD8A 4FORA 4ELPA 1UQWA 1B0HA 5LOMA 1NNTA 4NF4B 3K6XA 1MG1A 2Q2AA 5L8DA 3Q29A 2F6GA 2QS3A 5CC2A 4MH5A 3MBPA 4WEPA 3CG3A 3FD3A 4H1XA 5H8HB 4I1DA 2QSXA 2QS4A 3K1PA 4F3SA 1FQCA 1SQYA 1R9QA 2R9JA 1M5EA 1H44A 4R2BA 3K02A 1UTBA 2WKYA 3CVGA 1GTKA 4X1DA 1OIBA 2DE4A 4H5GA 3TQLA 3LR1A 1B7ZA 3MZBA 1TFDA 4R75A 4YMBA 4NF5A 3MP8A 4LVQA 1B7UA 2DXRA 2B65A 1XVYA 4XTCQ 1B4HA 1Z7NE 2I3VA 3LUYA 5IKBA 1MXUA 3G7WA 1S7YA 2Y7RA 4NTLA 1Y3NA 1RKMA 1Y3QA 4Q0CA 4OEVA 3THIA 4FE8A 3EHSA 1MPCA 1B7HA 2PMSA 1PEBA 3QYTA 4GFRA 2YJPA 4ZZAA 5TPAA 4F31B 4Z7EA 5BUUA 1I69A 2YLNA 5I58A 2ABHA 3PV0E 4KQPA 4F3GA 4DE8A 1XS5A 3KN8A 3E3KA 3C33A 2D3IA 1LFGA 2OBGA 2UYEA 5I2KB 1P99A 3O97A 5I56B 1CE2A 3C9HA 3KJ7A 2G29A 3FZVA 1ZLQA 1NNPA 2DQVA 3FASA 5BWJA 1BKAA 3K00A 2QJEA 3C32A 3GXAA 1MY0A 3KFMA 1B9JA 2QMWA 5FHMA 1A40A 3OSQA 3MW0A 3CG1A 2V84A 4RNSA 3ONMA 1EZOA 3K1MA 1PBPA 3ILTB 1MXYA 2XXYA 4EQ7A 1B46A 2NUVA 4P11A 1YCJA 2DVCA 3KGCA 3MQ9A 2OK2A 3TZAA 5CRYA 4G8MA 3QXMA 1MM7A 2HQ0A 2IEEA 4YICA 3KJTA 5ISUA 4JB7A 1I6AA 3T9UA 1MPBA 1VR5A 3O6IA 4YKPA 4IO7A 1UTHB 3G3IA 3TEPA 4YZZA 1O64A 4QF9A 4E0XA 3O2AA 3EF7A 3V8XB 1XT8A 4IGTA 2QPQA 2DE2A 3I6VA 4R72A 4PETA 1N7XA 5H8NB 3MVZA 1NKXA 3TCFA 1SI0A 3VV5A 1B3EA 2RF1A 3PPQA 1HSLA 1R6ZA 3EHTA 4FECA 2Y84A 3VVFA 1B4ZA 4G4PA 2XXQA 5AA2D 1MH3A 3ILUB 3UORA 3OMBA 3RY3A 1N0TA 3TCGA 3EQ1A 1IXGA 2NXOA 3G3FA 1VFEA 2PT1A 3O9PA 5A5XB 1MY2A 1POTA 4R6HA 1KWHA 4GL0A 3T9XB 1JEVA 2XXVA 4MFIA 3T93B 1GGGA 2RINA 2HCAA 3UGWA 3MPLA 4ECFA 2HXWA 3TTRA 1Y1ZA 4EF1A 1SI1A 2PYYA 1SYIA 5B70A 4UACA 3DP4A 3SEXA 1B1XA 3CFLA 4ZEBA 1DTGA 4U1ZA 3A3UA 3FVOA 3IK6B 2RCAA 3D4GA 2IA4A 2OZZA 1M5CA 2UVHA 1JW5A 2R6GE 4HW8A 3MVWA 2O7UA 5I2KA 1AH5A 3C31A 4KI0E 1T0KA 4U4SA 4OQOA 3FIRA 4M1VA 5KCJB 1MDP1 2ZYOA 3G3KA 2Z8EA 4ZE8A 2XXUA 4QFKA 3IAZA 4DCXA 5CMBA 4XXUA 2B3BA 2P0SA 4F3PA 4GXAA 1UTBB 2H4IA 5ITPA 1N04A 3SKPA 2QS1A 2XXXA 1N76A 3IOVA 3S9EA 3CR9A 2HFBA 4KYDA 5F7VA 4NF5B 3E9XA 1B5JA 2I6EA 4PE5B 4KYEA 2Q8JA 2XXRA 1FCKA 3WAEA 3MWBA 1IXIA 4U1OA 4HCYA 2OLBA 2NVUB 3K0VA 5H8SA 3LSLA 2DS9A 1FTKA 3H4ZA 3N94A 4OFJA 3IL1B 1FTLA 2A5SA 3U93A 3V5AA 2BJJX 4TLLB 3OELA 4F22A 2FNCA 4IGRA 4G77A 3Q28A 1LAGE 2QL3A 4RXLA 4XKPA 3TKDA 1QKBA 1B1HA 3G3GA 2O1MA 3TFLA 1B05A 3KN7A 4KYSA 4YKJA 3IOUA 1FQBA 5CMMA 4BDRA 2QMXA 2OWSA 4Z0IA 2XXTA 1EZ9A 3PPPA 5FTHA 2F7AA 1L5TA 2UYFA 3GBBA 1TT1A 3O28A 1Y4TA 2FYIA 3ZS6A 1SYHA 1MDQA 3TTKA 3I5OA 2RC7A 3JV9A 4G8HA 1UIUA 3N6TA 1ATGA 1MXWA 1FQEA 3UIFA 1B3HA 3OO6A 3I3VA 3HPIA 3HO7A 3H06B 2O68A 2Q2CA 3OOAA 3RT8A 2HAUA 4NF6B 4E0WA 4PQJA 4R6YA 4BDQA 4EUOA 3M3FA 4QFOA 1VE4A 4EXLA 4X9TA 3OXNA 2QRYA 1DOTA 1B2HA 1A99A 4GLIA 5HBCA 2W7YA 2NWJA 3PD9A 2ZYNA 3LC8A 5AA2A 4JSDA 1OVTA 2ZMBA 2ONRA 5KCJA 3MAMA 4N07A 3E13X 5L9OA 4LATA 3VFJA 1WVJA 3SEYA 1IIWA 4UA8A 4FEBA 1LAHE 3FXRA 1USYH 5L9MA 2DWIA 3PUZE 3SERA 3VXCA 4IO2A 2H5YA 4Q30B 1GV8A 1YAEA 2VGQA 3CSGA 4G68B 3BFUA 4EF2A 1MQIA 1OQGA 3QK6A 3TCHA 4DXBA 1I6BA 1ZMGA 3UA8A 3KBRA 3ZKLA 4OHNA 4QSEA 3H6WA 3H6TA 3KOTA 1D4NA 3FV1A 1TXFA 1MH4A 1LB9A 4JWXA 2XXPA 1AMFA 2Q89A 3WAFA 4U21A 4RJZA 3CFZA 4H8IA 1SW2A 4F3BA 1LGBC 1Y9UA 1ZU0A 3W9WA 1XOCA 3IR1A 2HEUA 3ECRA 1NNKA 1H76A 3IX1A 5I59A 4OZ9A 1EU8A 3GBAA 4RPNA 2V3UA 2X7PA 1FTOA 3VVEA 1Y4CA 1SW5A 4MLVA 3TAJA 4YKIA 1H45A 2Y7KA 1AL3A 1ANFA 3Q25A 4YB6A 1LAXA 1B40A 3N26A 4GOTA 2VD3A 4WEDA 1DTZA 1OVBA 2ZXTA 3LSWA 4JWOA 3PUWE 4GQOA 3O6GA 3K6UA 2ZNTA 2OCUA 3KSXA 2B3FA 1B52A 1P1QA 2ALUA 3MZ9A 2OWTA 3FUZA 3IORA 4P0GA 1P1NA 1Q35A 2RCBA 3RGYA 5TP9A 2I3WA 2THIA 4PFWA 1QKAA 3U8QA 2O84X 1BTJA 2UVGA 3CSBA 4C0RA 2Y7WA 3VXBA 4XIGQ 3HSTA 4NF6A 5HPQA 2PBWA 1YPNA 3PUXE 3OENA 1IQ7A 3W15C 1SDXA 1LAFE 1NL5A 3RNNA 2DXYA 5DVFA 1B51A 2DYXA 3MP6A 1OLAA 1LCFA 3K6WA 4U4XA 4F2OA 4QFNA 4GL8A 4FJPA 4WXJA 5JTYB 5I57A 1P1WA 1MPDA 3H6VA 3JYRA 2VP1A 2ESNA 4GIZA 1MY4A 4NWCA 4DXCA 2V3TA 3EPEA 4ELQA 1MQGA 4IO6A 4HCWA 1US4A 3TTLA 3OSRA 5CI5A 3QIMA 4O3AA 1LFIA 2H25A 1VSOA 1PB7A 4G68A 4OESA 3LBSA 3ZSFA 1N84A 2I0CA 3MP1A 4ELRA 1QUKA 3DP6A 1P1UA 2AL4A 3N5LA 5EHMA 2GRVA 1B6HA 4PFYA 1VFDA 2ANJA 5B7DA 1M5FA 3PPOA 4IO5A 3K01A 3W9VA 4Q5TA 4O3BA 1Q1KA 4JSOA 4GWOA 4NF8B 1Y20A 4LP2B 4AB6A 5CMCA 3QUJA 4QFPA 3P7IA 3BFTA 3UN6A 3RT6B 3IB2A 4FIMA 3MC2A 5CBRA 3PU5A 3R6UA 4WKMA 4IO4A 3HV1A 3FXUA 1WODA 4I62A 4X48A 3SESA 5AA2B 4EDPA 4JXIA 4IY5A 4OFOA 1NH8A 2O1LA 3PMWA 1H43A 2O6AA 3PPRA 4KHZE 3BKIB 3OD7A 4GD5A 4POWA 3Q27A 1ZKBA 2DWAA 2E0SA 1CB6A 5AE4A 3TUSA 3QUFA 3G3JA 2Q88A 1JEUA 4JWYA 3K4UA 4LZ8A 2UVIA 3R26A 1EH3A 1OMPA 2O69A 1NMUA 2XX8A 5HM4B 1OLCA 1P1OA 3TMGA 1IITA 2E1SA 2DOJA 5KZTA 4RYAA 5TU0A 4IY6A 4MBPA 1MXXA 4EXKA 4RY1A 4G68C 2RKMA 4FEDA 3A09A 5DEXA 4I9DA 3K1NA 1J1NA 2GFEA 1B0LA 4OWDA 1HSEA 2D5WA 5AA4A 3H3GA 3RTFB 4F18A 5J1DA 3M3KA 4KR5A 3K6VA 4ESWA 3EHUA 5I59B 5F1QA 2XX7A 2F36A 1N3XA 5H8FB 1SW1A 3HN0A 5JTYA 4NE4A 1Z7ME 2HZLA 3DLNA 1IZ1A 2GH9A 3KZGA 4H8JA 1LFHA 1D9YA 4QFLA 1GR2A 1NFTA 2A5TA 1AIVA 4LZ5A 2I58A 5DVJA 1PC3A 4TQUQ 1NH7A 3B6QA 4PP0A 2DE3A 5AA1A 1SW4A 2V25A 1R1NA 5AA3A 3PGFA 2QS2A 4ZEIA 4OERA 1FQFA 3TDJA 1BLFA 3T66A 1RYXA 3V83A 1YTVA 3PMVA 1HSJA 4ONYA 3VVDA 1IXHA 3KN3A 5TP9B 2AYSA 5CBSA 2P2AA 2R71A 1MQDA 3C4MA 3SDFA 2F6PA 3R7XA 3JZJA 5ITOA 2HZKA 4H5FA 4NMYA 1N7WA 4NF8A 2CZLA 4OENA 4P0IA 1FQAA 4ZE9A 2UVJA 3C35A 1GVCA 1URGA 4F1YA 1MXVA 4LQ5A 5ICQA 4OXVA 3KOSA 2ZYMA 1AOVA 2VOZA 3TODA 4U2RA 3FJ7A 4G8NA 5DTBA 4OETA 2GHBA 3QSLA 2XD3A 3TTNA 1PBQA 3M3LA 3L6HA 4GXSB 4F1UA 2XXWA 3EN3A 2V3QA 3IJXB 4ZDMA 5EYFA 5I57B 3TPAA 3PUYE 4KPTA 1LBBA 1JVXA 4DCYA 4ZECA 3SEWA 4NEDA 1B3LA 4QHQA 3FV2A 3LSFB 3V89B 5H8QB 4DLDA 1BIYA 4ZEKA 1IUDA 3HHFA 2O7IA 3FXQA 5ICTA 3FJGA 3M8UA 1F9BA 1FTMA 5KDTB 4MLQA 1MS7A 3D4CA 4ZZEA 2XHDA 3FATA 2P1SA 1O63A 3LSXA 4BDOA 4LA9A 2XX9A 4U23A 2NOOA 4ZEDA 4YB7A 4QSCA 4H67A 2G93A 2H99A 1MY3A 3TELA 4DIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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