3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
1A54A 4QFPA 1Y20A 3DP6A 2XXYA 3IX1A 3K4UA 4ND9A 2GH9A 2DE4A 4I9DA 5AA2A 1B3EA 1DMBA 4ELOA 4I1DA 2GHAA 1LGBC 3K1MA 3PPNA 2OBGA 2Y7WA 2RINA 3HHFA 4POXA 5CBSA 2XX9A 2X26A 4UA8A 4G8MA 4K3FA 3R26A 4U4SA 2F97A 4R73A 4O3CA 1QJMA 1A8EA 4GQOA 1EU8A 1M5DA 3HO7A 4ONYA 4G68B 2XXPA 2HZLA 2NOOA 2ONRA 4PFWA 1II5A 3Q27A 5K2XA 1M5FA 3IR1A 4FAJA 3KEIA 3MVXA 2V84A 4LUBA 5H8NB 4H65A 3CSBA 2UVIA 1LB9A 3FGSA 2OJTA 3C35A 3C9HA 4DE8A 1I69A 1WODA 1SD3A 4ZEDA 3O28A 1PEBA 4JXIA 3SESA 3SEXA 1FQEA 2RC8A 4N13A 4F2QA 1JETA 4F31B 4TQUQ 2HAUA 2OCUA 3CFZA 4OTEA 1GV8A 3M8UA 3S9EA 3O97A 3FV2A 4NF8B 2I6EA 2PX1A 2B65A 3MP6A 1MXUA 1ZIUA 3K2DA 4YZZA 5I2KB 4JSOA 1JQFA 2YLNA 5H8FB 3MPLA 3HV1A 3PV0E 1PB9A 3QIMA 2DSFA 4EF2A 4R6KA 2G29A 4IB2A 4RJZA 1B46A 1Y4CA 1MY1A 1MQHA 2V3TA 5AA4A 3TZAA 2Y7IA 5AA3A 3QXMA 3TYHA 1TFDA 2CMOA 1JW4A 2H5YA 2UYFA 1VR5A 3FJ7A 3L6HA 3KN3A 3PUVE 5L9MA 4X48A 2O1MA 3TCGA 3K1PA 3SKPA 3IJXB 4OWDA 1LFGA 3M3KA 1D9VA 3BFTA 1MQIA 3R7XA 4PP0A 5DEXB 4F3SA 3PGFA 4ZZEA 3S9LC 2GRVA 2X7QA 3C31A 2A5TB 4ZECA 2RC9A 2AIXA 2I3WA 4LQ2A 4OFLA 4YKKA 4IY6A 2O6AA 4ZEBA 1LFHA 3ILUB 3T93B 2Y7PA 1N84A 3FASA 4DXBA 3CFLA 3ECRA 3T9UA 4F3BA 4U21A 5TP9A 3CRBA 4P0IA 2V93A 5L9OA 4XIGQ 2Y7RA 3T9HB 4Z7EA 4LATA 4XKRA 5FHNA 4R9FA 3Q28A 2WKYA 2PMSA 2F7CA 3RTWB 5FTIA 3BFUA 4R74A 5I2NA 3MVWA 1NMUA 3G3IA 1NNPA 3LSXA 1Q35A 5KDTA 1LCFA 3QK6A 5CMMA 3H4ZA 3FATA 3KN7A 1JNFA 1N0TA 1B3GA 3JZJA 5I58B 2F34A 1R9QA 1BKAA 3U8QA 1R6ZA 1Y1MA 3H6UA 2O1LA 5H8HA 2XXRA 3G3KA 3RNNA 3TAJA 1D9YA 2ZMBA 3N5LA 5I59A 5H8NA 3U94A 2I3VA 3OO6A 1QULA 4U1OA 3SEUA 4G77A 3N6UA 3KJTA 1BP5A 2BJJX 1MRPA 1IZ1A 2F6PA 4GLIA 1PC3A 1QW0A 2F6GA 5EHMA 3H6WA 4ELQA 4ELRA 4QRZA 2DOJA 2OZZA 2R9JA 1ZBMA 1H43A 4WKMA 3PU5A 5K2YA 1MY3A 2FNCA 2F7BA 3EN3A 4IO3A 4JDFA 3IK6B 4NF8A 4E0WA 3PPQA 4ZEIA 5IAIA 2UVHA 3MC2A 1H3DA 3K6UA 3Q29A 1GTKA 5KCJB 4QHQA 1MDP1 1MG1A 5CC2A 5I2KA 3MW0A 3TTNA 3GBAA 1IITA 5H8FA 1NKXA 4G68C 3G3FA 4ECFA 2F36A 2D21A 4GXAA 2HXWA 1B3LA 4QFOA 2QMXA 1Y1ZA 3N6TA 2GHBA 1P1OA 4GVOA 1RYXA 1HSEA 3LSWA 1MM7A 4RPOA 4FJPA 3A09A 5F1QA 1SVXB 3T22A 4Q30B 2DYXA 3H03A 1UIVA 1XVYA 2QS3A 4H8JA 1ANFA 3I5OA 4MBPA 1EZPA 3RT8A 2ZNSA 4G4PA 3ZS6A 4GFRA 4L17A 4DIGA 2ABHA 1N04A 3W9WA 3VXCA 3VVFA 5B70A 4EDPA 3G3JA 1B9JA 2V3UA 3MZ1A 3E9XA 3BKIB 1IXIA 1CE2A 3IOUA 3OSQA 5ICTA 1UTHA 4C1TA 1MDQA 3VVEA 4YB6A 1OIBA 3CSGA 5HBCA 1GGGA 2DXYA 3A3CA 2DWAA 4G8NA 3TQLA 5I57A 2H9BA 4U2RA 1QKBA 3PPRA 3E3KA 3SEVA 1M5CA 4U22A 3OEKA 2XXXA 4LQ5A 2QS2A 1ZU0A 5ITOA 4RPNA 3OENA 2D5WA 3OELA 4X1DA 3MVYA 5IKBA 4H1XA 4FIMA 2REGA 1PBPA 3UP9A 1SW1A 1RYOA 4QF9A 3TKDA 1LLSA 1B5HA 1BIYA 2I4BA 3TTRA 3IB0A 3DM0A 3A3UA 5I56A 2DQVA 3IOTA 5TPAB 1B05A 2UVJA 4ESXA 2XXIA 4GIZA 5L9SA 1ZKBA 5FTHA 3F11A 5ICQA 2XXQA 4LZ5A 2O7IA 3K02A 3S9MC 1ATGA 2HZKA 1PB7A 1A7LA 4YB5A 2W7YA 1Y3NA 4X1BA 1AH5A 4H67A 4OENA 4ZEFA 5F7VA 1JEUA 3K6WA 3BBRA 1MY2A 4QSEA 2R6GE 3DELB 4OMBA 2PT2A 4LZ8A 4NE4A 4KYSA 1B7ZA 3PMXA 5CM6A 1MXZA 2RF1A 4OFOA 3RQTA 4DCYA 2B3FA 2DP8A 4GL0A 1B51A 3UK4A 3HPIA 4KHZE 4XTCQ 3VVDA 1MXXA 1QUKA 2E0SA 1T0KA 3KSXA 2Z8DA 1WVJA 1NNTA 3MVZA 3CIJA 1SDXA 4FEBA 3FD3A 3CR9A 3MUQA 5CRYA 4I62A 3OXNA 5H8SA 2F7AA 2R71A 1MXYA 2REJA 1QUIA 1B5JA 1MPDA 4NF4A 4YMAA 2I58A 3VLWA 4AB6A 2QRYA 1NH8A 1MY0A 1B1HA 4KYEA 3HHGA 3PUYE 4NF5B 4RY1A 4HTGA 1M5BA 3SEWA 4IGRA 1TFAA 3MAMA 5BUUA 4IGTA 3UIFA 3GBBA 2O7UA 1QUJA 3KGCA 1N76A 1FTOA 5H8QA 5DTBA 4BDOA 2I0CA 1H76A 4MLVA 1YCJA 1IIWA 1MXWA 3TCFA 3FUZA 4OYVA 1TT1A 2Q88A 1D3KA 1N3XA 3MBPA 1XVXA 1DTGA 4WEPA 3FVOA 5JTYB 4OHNA 1SW5A 3KN8A 4R2BA 1B7HA 3K00A 1OQGA 1IEJA 4F3GA 1Z7ME 5ISUA 4ZZAA 2THIA 1FW0A 1LFIA 4U1ZA 1FTKA 3VDFA 3PMWA 3OEMA 1H44A 1SBPA 2O68A 3LSLA 3QUJA 1YPNA 2F35A 4LZ7A 4HCWA 3M3FA 1BLFA 3TPAA 1LAGE 3FZVA 1ELJA 5JK4A 3FXRA 1AMFA 3IL1B 3PD9A 4E0XA 4BLAA 4R6HA 3W15C 1P1QA 1R9LA 3UN6A 4OETA 1WDNA 4YAHX 3TDJA 1FQDA 2F5XA 3HSTA 3TFLA 5A5XB 1TXFA 4NMYA 2RCBA 3IB1A 1JW5A 3JV9A 4IO5A 3WAFA 1FCKA 2LAOA 3ILTB 3O6IA 3MPKA 4DCXA 2FYIA 2I4CA 3PMVA 5AA2D 3PPOA 4U23A 1B3FA 1B0LA 4YKIA 1S7YA 3K6VA 5AA2B 3M3LA 4O3AA 1POTA 2RKMA 4YKJA 1NNKA 3USDA 3EHUA 4EUOA 3S9NC 4EQ9A 4P11A 4G68A 1HSJA 3L6GA 4OEVA 4OQOA 3IOVA 4DDDA 1FTJA 1S9TA 1MS7A 2OWSA 4OZ9A 1AIVA 1IXGA 4RXLA 1JVXA 3HCQA 3N26A 1OMPA 2UXAA 4I8CA 1N7XA 3IB2A 2Z8FA 1YTVA 4PETA 4M4GA 3W9VA 2Z22A 4DXUA 2ZXTA 5FHMA 3LBSA 1IQ7A 5CMCA 3IORA 4WXJA 3G3HA 2RC7A 4GL8A 1LSTA 2Q9TA 1SYHA 1UQWA 1LB8A 4RK2A 5CBRA 3CI8A 2ZYMA 2XX8A 3IJOB 4KCDA 1B52A 1SW4A 2GFEA 3TELA 2DWJA 3KG2A 3THIA 3V8XB 3OO8A 2I48A 3K01A 4FATA 2DE3A 1EH3A 2I49A 4POWA 1EZOA 4X9TA 5CMKA 5DVIA 1N3WA 3ONMA 3N94A 3T9VA 4F18A 1US4A 4RK9A 2RCAA 1XHYA 1PDAA 2Y7KA 2O51A 5M2VA 3MP1A 1LAXA 2XX7A 2VD3A 1MXVA 4FEDA 2DS9A 3FVNA 2ONKE 3H3GA 3H06B 3H7MA 3DLNA 1O64A 4NTLA 4Q5TA 3IAZA 3G3GA 4GD5A 3PUZE 3EPEA 4FORA 3KOSA 4EXLA 3C34A 4MLQA 1MH3A 3G7WA 2X7PA 1US5A 1S50A 3WAEA 2ZYNA 2XXHA 4LVQA 1B7UA 1NNFA 1RKMA 2CZLA 1VSOA 3KOTA 4YKPA 2DVCA 1UIUA 1OVBA 5CMBA 1P99A 2ONSA 5DVJA 1XS5A 3U1OA 1POY1 5DEXA 4H8IA 3RY3A 1URGA 2A5TA 2VP1A 5HM4B 3MZBA 3C4MA 5DT6A 3C36A 1P1UA 1ZLQA 3EHSA 4OVJA 4BDLA 4H5GA 2QSXA 4M1VA 2M8CA 4OXVA 2D3IA 1F9BA 3QUFA 4DLDA 1OLAA 4KD5A 3TQWA 3FV1A 2HFBA 2QMWA 3RGYA 2AYSA 1MQJA 3T66A 1GVCA 3K0VA 3FVGA 4KI0E 4TOZA 3TEPA 3SERA 1SYIA 2XD2A 2XD3A 4Q8RA 4WEDA 2H99A 5TP9B 2A5SA 2DXRA 4F3PA 2ESNA 3EHTA 3VFJA 5AE4A 1JW1A 1I6QA 2Q2CA 4KFQA 3TUSA 4F1YA 4KYDA 5FHOA 3I3VA 1IXHA 4JSDA 1L5TA 4TLLB 1Y3PA 1B6HA 5HPQA 2AL5A 5LOMA 1M5EA 1OQHA 3TTMA 2V25A 5I58A 4R6YA 4R75A 5I2NB 1B4ZA 4Q0CA 1B4HA 3TODA 3E4RA 4PFUA 2DWHA 3KZGA 1B0HA 2F8DA 2XXTA 5L8DA 5KDTB 3FVKA 3DP4A 5EHSA 4EF1A 2H25A 3O2AA 2ALUA 1P1WA 1VFEA 4LONB 3EQ1A 4DZ1A 4EQBA 3TTLA 2XXWA 4BDQA 3UGWA 1BTJA 4LP2B 3S2VA 1LBCA 1KWHA 2AL4A 5H8HB 3O9PA 1TWYA 2V3QA 4GWOA 1A40A 1I6BA 5I59B 5ELVA 4NEDA 3H6VA 4U4XA 3B6WA 3Q26A 3IO6A 1AL3A 2IA4A 3I6VA 1MQDA 3U93A 3E13X 4NF6B 1SI0A 4QFKA 1MM6A 3SDFA 1JEVA 1MPBA 3C33A 2P0SA 2VD2A 1I6AA 3OSRA 1LAHE 4ZDMA 1XOCA 3SEYA 1FTMA 2B3BA 5KCJA 3RPWA 3K6XA 4O3BA 3Q25A 3ZSFA 4BDRA 3RTFB 1SQYA 5KZTA 4AQ4A 4KR5A 4GXSB 3O66A 3T9XB 2VGQA 3FXUA 5TU0A 1IUDA 4XXUA 4C1UA 1A8FA 3S4UA 1PB8A 1SW2A 2NXOA 3IOWA 4F1VA 4KCCA 4ISUA 4QSDA 4ZE9A 4RYAA 4NWCA 4ESWA 2H4IA 3O29A 1CB6A 2HAVA 4EXKA 1ZJLA 3CFXA 5DYHA 3U72A 4IO2A 1FQAA 1DPPA 3MQ9A 3KFMA 1MY4A 1B1XA 1O63A 1H45A 3B6QA 2XXVA 1VE4A 4THIA 3CVGA 2PYYA 1AOVA 3TMGA 2DE2A 5ITPA 1NFTA 2ZNTA 2NVUB 4PE5B 2HCAA 1XC1A 1YAEA 1JVYA 1MQGA 1B32A 2E1SA 4LA9A 3KSJA 4HCYA 2Y84A 3CG3A 3ODBA 3FIRA 4P0GA 4OERA 4AB5A 3PD8A 3RN8A 3KBRA 2QJEA 3FXQA 3IO4A 1UTHB 3V89B 3TCHA 1B58A 2ZYOA 3VLVA 4F1UA 1HSLA 1UTBB 5I57B 4IO6A 4IO4A 3MZ9A 4IY5A 1D4NA 3MWBA 3GXAA 4H5FA 1LCTA 3R6UA 3LUYA 1P1NA 4UACA 1B5IA 3UORA 4PFYA 4KQPA 3O6GA 4ZE8A 2OK2A 1LAFE 2P2AA 1R1NA 2O69A 4F22A 5TPAA 3EF7A 3K1NA 1OLCA 4OEUA 2Z23A 5AA1A 2ZNUA 1B2HA 1GR2A 1FQFA 2P1SA 1O7TA 3AXFA 4G2ZA 3T96B 4F2OA 3D4GA 4F39A 1DPEA 1B3HA 1MPCA 1SI1A 1USYH 5DVFA 1Y4TA 1EZ9A 5I56B 4YICA 2NUVA 2UVGA 2XXUA 2QL3A 4JWOA 1FQBA 4H6DA 2G93A 2Q8JA 4F29A 1FTLA 2UYEA 3GLBA 3C32A 5I84A 3B7DA 2YPNA 2Q2AA 5B7DA 1ZMGA 1Y3QA 2I0BA 2HQ0A 1NH7A 1J1NA 4QFNA 4NF6A 2H98A 2PVUA 4NWDA 2KLFA 3DP8A 4DXCA 1DOTA 2PT1A 1A99A 3UA8A 3OD7A 3MP8A 2Q89A 4JWXA 4FECA 3LR1A 3ZKKA 4YB7A 3FJMA 4GF8A 1VFDA 4YMBA 4QSCA 3QSLA 4TLMB 3ZKLA 3GZGA 4ZEKA 4PFTA 3CG1A 3OOAA 1FQCA 3VV5A 1NL5A 4GOTA 1OVTA 2QS4A 3VXBA 4NF5A 4G8HA 4ZS9A 3P7IA 1B40A 4KPTA 4OFJA 4NF4B 1URDA 4OESA 4N6PA 3PPPA 4MF3A 1DSNA 3QAXA 2ZYKA 1URSA 3RLFE 3TTKA 3HN0A 3OO9A 4JB7A 1N7WA 2OLBA 3JYRA 4R72A 3SETA 4R2FA 3RUMA 2FA7A 5JEIA 4XKPA 1USYE 2YJPA 3MJNA 4RA1A 2Z8EA 1ZTYA 1Y9UA 4PQJA 5AA4B 2XHDA 3O6HA 2F78A 2VOZA 5JTYA 2O84X 5J1DA 3FJGA 4H0WA 1A55A 2DVZA 2QS1A 5H8QB 4BDNA 4GRKA 2DWIA 3V83A 2OWTA 5CI5A 4BDMA 4YU0A 4FE8A 1QVSA 4QFLA 2NWJA 3H6TA 4C0RA 1MH4A 4N07A 3V5AA 4HW8A 4JBZA 3D4CA 4ELPA 1Q1KA 4XKQA 3QYTA 1DTZA 4MH5A 2PBWA 1LBBA 5BWJA 4MFIA 4Z0IA 1XT8A 3VLUA 4EQ7A 4HS7A 1IXCA 1PBQA 2ANJA 3PUWE 3KJ7A 4R9GA 2QPQA 3VE1B 3PUXE 3OO7A 3B6TA 2IEEA 5EYFA 3LC8A 4JWYA 1UTBA 3RT6B 5A5XA 4XKNA 4RNSA 4F19A 3LSFB 3U92A 1QKAA 4IO7A 2VHAA 1Z7NE 2HEUA 3OMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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