3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
2REJA 3OOAA 3DLNA 2DWAA 4JB7A 4LP2B 3RT8A 3V5AA 1B3EA 3T66A 4GWOA 3K2DA 1A7LA 3CRBA 2ESNA 2E1SA 1Y9UA 4LONB 4YB6A 4WEPA 1OVBA 1QUJA 2B3FA 2OCUA 3QSLA 4YB5A 5EHSA 3G3FA 3SDFA 3H6VA 1ZJLA 3GBAA 5H8SA 4QFOA 5I2NA 4QFKA 2IEEA 2D3IA 5ICQA 4R6KA 1MY0A 5ITPA 1JW1A 3RGYA 1A55A 1RYXA 4R2FA 4F19A 2XXIA 4R73A 1LFIA 1P1NA 2QS2A 4H5GA 4F22A 1CE2A 1H45A 4GL8A 4FATA 4NE4A 3U93A 5L9MA 3PGFA 4G2ZA 4LQ2A 4YB7A 1NH7A 1D4NA 3KN3A 2NXOA 2ZYNA 3N94A 3QAXA 3IK6B 2Q8JA 1NNFA 2F7CA 1Z7ME 2I0CA 5JTYA 1B58A 4KFQA 3MZ1A 3CSBA 1B46A 4YMBA 4YAHX 2DS9A 3A3UA 1SW5A 3PPOA 2UYFA 4IO4A 4TLLB 2OK2A 4M1VA 2FNCA 1MH3A 3B6WA 3G3GA 3EQ1A 3HSTA 2ONKE 1D3KA 3JZJA 1MY4A 1US5A 4U1OA 5JTYB 4U2RA 4LVQA 3JYRA 4R9FA 5F1QA 4BDQA 2Y7IA 5KCJA 4OERA 1FQAA 1URGA 3OENA 1Y4TA 3CR9A 3QUFA 4YKKA 3TPAA 3TKDA 5IAIA 3IJOB 2O1LA 5JEIA 3S4UA 2V3UA 3GXAA 1PB7A 4ELRA 4I9DA 3UP9A 1UTHB 2F6PA 1ZMGA 1XT8A 2D21A 2Q2CA 3K01A 3PMWA 3K6XA 1ANFA 5TP9B 4KD5A 1BIYA 4F2OA 4NTLA 3KGCA 4R6YA 2GFEA 3LSLA 2DE2A 4YZZA 2AL5A 1IXHA 1FQDA 3FZVA 1B2HA 4JBZA 1N7XA 1JEVA 2RCAA 5F7VA 3SETA 1LSTA 1TFAA 4F3BA 1QKAA 1B51A 2VD2A 2RC9A 4TOZA 3FD3A 2OWTA 3CFZA 4X48A 2REGA 3CSGA 3TQWA 2F8DA 1B05A 4NF4A 1FW0A 5CMBA 1LLSA 1FTOA 1OVTA 1QKBA 1VR5A 1Y1ZA 2DYXA 2VP1A 3MUQA 3MZBA 4N13A 2O51A 4X1BA 2Q88A 2RC8A 4DXUA 1N76A 1MQHA 3O9PA 4HCWA 3IAZA 4PETA 1ZKBA 1H76A 3B7DA 4U4XA 3KZGA 1URDA 1DOTA 1QUIA 4G68C 4IB2A 2XX7A 4RK9A 3RNNA 3TTMA 1ELJA 2NOOA 4RY1A 1OLCA 3VDFA 2PT2A 3MP8A 3SKPA 3TMGA 3MWBA 5K2YA 4F31B 3EN3A 3RPWA 3EHSA 1A8FA 3HV1A 3TODA 4LATA 4PFWA 3W9VA 2RF1A 5H8NA 5BUUA 3B6QA 3IORA 4NEDA 1FCKA 1N3XA 3WAFA 1IUDA 1D9YA 4EXLA 1USYE 2YLNA 5DT6A 1AL3A 3VXCA 4C1TA 5TPAB 3VFJA 4R9GA 2DP8A 4OXVA 4EF1A 1QULA 4ISUA 3KJ7A 4IO3A 1Y3PA 2OBGA 1XOCA 4THIA 1HSLA 1P1OA 1IZ1A 4N6PA 4QFPA 4RNSA 3JV9A 1FQCA 2DXYA 1I6BA 3A09A 3T93B 5KDTB 4NF5A 3FGSA 2F6GA 3M8UA 4H8JA 1JVXA 3RTFB 3KN8A 3S9NC 1O64A 4KYSA 1MXZA 3O6HA 4G68B 3CG1A 3MC2A 3O97A 2ONSA 4DXCA 2ZXTA 1Y3QA 1J1NA 1O63A 1SW1A 3USDA 4Q8RA 1FTLA 2DQVA 3G3KA 2ANJA 1SYHA 3O6GA 3MQ9A 3PPQA 2O84X 5AA1A 3TTKA 3UN6A 1GGGA 1IXIA 4AB6A 3SEWA 1B4HA 2XXUA 1ZLQA 5DVFA 4H67A 3DP6A 4F3PA 2Y7WA 5L9OA 1PBQA 4OZ9A 3TCHA 3QK6A 5I56B 5TPAA 1M5FA 4F1UA 1UQWA 4KYDA 1BLFA 2WKYA 4PFUA 4LA9A 5KCJB 4RXLA 3OELA 3BFUA 4KCDA 5AA3A 1H43A 2OLBA 1USYH 2ABHA 2F7BA 1DPEA 3EPEA 3QXMA 1S50A 2LAOA 4G8HA 3SESA 4H0WA 1OIBA 3K1MA 2F34A 5CBRA 3K00A 1BKAA 1Y20A 1ZBMA 4G68A 3OO7A 4ZEBA 3KOSA 1II5A 1XHYA 3DP4A 3Q25A 4MLQA 5CMCA 3C4MA 4R2BA 4O3CA 2H4IA 4LZ8A 2B3BA 2ONRA 1FQFA 3FJ7A 1B7UA 4NWCA 5FTHA 3CFXA 1A99A 4ZZAA 4E0XA 3TELA 5FHNA 4MFIA 2HXWA 3R7XA 4R74A 5BWJA 2B65A 3OSRA 3C31A 2ZMBA 1M5EA 2HZLA 4OTEA 3F11A 4FEBA 2I58A 3T9HB 2QS3A 3U92A 4E0WA 2O7UA 5I84A 3K6VA 2Q2AA 4Q0CA 1PB8A 3LSWA 3CI8A 1JNFA 4O3AA 3TFLA 1Z7NE 2O6AA 2XXYA 3LUYA 4NF5B 1B3FA 1OQHA 2AYSA 1B52A 1MXYA 3G3JA 4OESA 1BTJA 3N5LA 3U72A 1AIVA 2GHBA 2RCBA 1PBPA 2ZYOA 3AXFA 3MPKA 4JWYA 4P0GA 5H8QA 2H5YA 3RY3A 2ZNTA 3HO7A 3M3FA 5I58B 1P99A 3C35A 3EHUA 1FTKA 3HPIA 3ONMA 3OO9A 3PUZE 2XD3A 1B40A 2DWJA 3PU5A 4NWDA 3TTNA 4DZ1A 5CMKA 1SW2A 2Y84A 4RPOA 1SI0A 1NH8A 4EF2A 4G4PA 2Z8EA 3D4CA 3KOTA 1Y4CA 3C33A 3OEKA 4H65A 4MLVA 4KHZE 3H06B 1N3WA 4Z7EA 4DCXA 1B3LA 1GV8A 1ZU0A 1YCJA 5CI5A 4BLAA 2XXPA 4EXKA 4DDDA 1B0HA 1B4ZA 4OEUA 1SQYA 3UA8A 2QJEA 2HAUA 3KSXA 2P2AA 5DTBA 3Q29A 1KWHA 1LB8A 1I6QA 1M5CA 3TTLA 3ZSFA 4ECFA 1A40A 4EDPA 4HW8A 1N04A 5AA4A 2DVCA 3H6UA 3R26A 1MQJA 2I48A 4I8CA 3ZS6A 1SBPA 1ZIUA 2KLFA 4FORA 4OENA 1XVYA 4GLIA 2FA7A 3RTWB 5B7DA 2A5SA 4PE5B 4I1DA 3CFLA 3IO6A 3T22A 4FJPA 2F78A 2O68A 4IO5A 1M5BA 1SDXA 3A3CA 4QRZA 1IIWA 4PQJA 3VVEA 1PC3A 2I0BA 1HSJA 1TWYA 4BDNA 1MXXA 3G3IA 1NMUA 3W9WA 5LOMA 1R1NA 4NF8B 1N84A 4GF8A 4X1DA 2THIA 2XD2A 4F1VA 1A8EA 1Y3NA 3K02A 5EYFA 4G8MA 3M3KA 2Z23A 3KJTA 4KYEA 3PMXA 2HEUA 3KG2A 4H1XA 3P7IA 1BP5A 3LBSA 4Q30B 3RN8A 1B5JA 2Z8DA 4F29A 2HAVA 1URSA 3LR1A 2I6EA 1LAHE 3ILUB 3H4ZA 3L6HA 3I6VA 1ZTYA 2F7AA 4ZEIA 4KI0E 3TQLA 3PD9A 2PMSA 3SEXA 4ELPA 2H25A 4BDRA 1UTHA 4OMBA 3OEMA 5CMMA 3FXUA 2M8CA 1MPBA 3HHFA 1LBBA 3IL1B 3IO4A 1GVCA 3IOUA 1LAFE 4BDMA 4I62A 1S7YA 2V93A 3T9XB 1T0KA 2R6GE 2RKMA 4OWDA 3IB1A 5EHMA 3E9XA 3MVWA 2DE3A 3V8XB 1XS5A 4OVJA 3HN0A 4K3FA 3ILTB 4KPTA 4F1YA 4ZE9A 1TXFA 4QSDA 2DWHA 4P11A 4QHQA 1B0LA 1R9LA 4EUOA 4UA8A 4JWXA 3KN7A 4MH5A 3DM0A 3BFTA 3SEVA 5HM4B 5L9SA 1LFHA 1OLAA 1YTVA 3CVGA 4RK2A 4ZECA 1UTBB 1IXGA 2GRVA 5IKBA 1MH4A 3ZKLA 4GXSB 2HZKA 3EHTA 1UIUA 5TP9A 5H8HB 1Q1KA 1FQBA 1JVYA 1FTJA 4XXUA 2Z8FA 1I69A 2A5TB 4BDLA 2VGQA 2OJTA 1XVXA 2I3VA 4XKPA 1MXVA 4ONYA 3T9UA 3PUXE 2DSFA 1I6AA 4NF6A 4ND9A 5B70A 3K6UA 3THIA 1POY1 2HCAA 3M3LA 1RYOA 2XXHA 2ZYKA 1GTKA 1NL5A 2GHAA 1LAXA 3FV1A 3MP1A 3O6IA 4Z0IA 3EF7A 5AA2A 3I3VA 3FVGA 1MDP1 1IQ7A 3IJXB 4XTCQ 1YPNA 3TAJA 2AIXA 3UORA 4YMAA 2QS1A 3H6WA 1PEBA 1EZPA 2FYIA 3VLVA 3VXBA 3OXNA 1MRPA 2QMXA 4GVOA 4XKNA 3VLWA 1SD3A 2XXTA 2IA4A 4OETA 1UIVA 4ZDMA 4JWOA 5AA2B 1P1WA 3K1NA 3VLUA 3O2AA 4ESWA 1ATGA 4YU0A 4ZE8A 3SEYA 3IOTA 4R72A 5H8FB 4RA1A 1N7WA 3WAEA 1MG1A 1WDNA 1LAGE 1NNPA 1PB9A 1QJMA 3IB2A 3MZ9A 1B1HA 4IY5A 2QSXA 2Y7RA 3RT6B 1Q35A 1MQDA 3FV2A 2X7PA 1SW4A 3D4GA 4EQ9A 5DEXA 5FHMA 2Y7PA 3FXRA 3C36A 3U94A 3SEUA 3N6TA 1O7TA 3KSJA 3O66A 4GL0A 4GRKA 4FE8A 4JSOA 1S9TA 3UGWA 1MPDA 3L6GA 2F5XA 2F97A 4JDFA 1MY3A 3TZAA 4OFLA 4OFJA 2O7IA 1P1QA 3K0VA 5I2KB 3I5OA 4DXBA 4IGRA 2O69A 3BBRA 4C0RA 2OZZA 3BKIB 3PPNA 4RJZA 2Q9TA 4G8NA 1B32A 1FTMA 2RC7A 1IITA 2UVHA 3FUZA 3OD7A 4U4SA 5DEXB 3S2VA 5I2NB 5I59A 1XC1A 3E3KA 3KEIA 3CIJA 5DVJA 4ZZEA 1B7ZA 2XXRA 4GOTA 2H9BA 2QS4A 2Z22A 3GBBA 4ELQA 1DSNA 1EH3A 4FECA 3T9VA 5I2KA 1WVJA 2V84A 3K6WA 3KBRA 5TU0A 2R9JA 4POXA 1MDQA 3ECRA 3VE1B 1R9QA 2ALUA 4FEDA 3FXQA 5H8QB 2G29A 3DELB 3FATA 1TFDA 3V89B 2RINA 2VHAA 4H8IA 1AMFA 3OO6A 4TLMB 4XKRA 5JK4A 2PT1A 3PPPA 3GZGA 4OEVA 4YKJA 3RLFE 1QVSA 4HCYA 3K1PA 3RUMA 2DWIA 3S9LC 1VFEA 1GR2A 1VSOA 1EZOA 3IX1A 3H7MA 1OMPA 2YPNA 3FASA 4F3SA 3R6UA 4IO2A 3VVFA 1VFDA 2P0SA 4ZEKA 4OHNA 3V83A 3SERA 2AL4A 4EQ7A 2BJJX 3FVNA 5CBSA 2XXXA 5H8FA 3TEPA 1AOVA 1IXCA 3IOVA 1EU8A 3OO8A 2CMOA 2I3WA 1IEJA 4O3BA 2QMWA 3TTRA 3N26A 4DCYA 2A5TA 1MXWA 5CRYA 2UVGA 2UYEA 4LQ5A 1M5DA 1D9VA 1DTZA 3TCGA 1LCFA 3RQTA 5ITOA 2X26A 4BDOA 1JQFA 4ZEFA 1MM7A 2H99A 1EZ9A 3C34A 1LBCA 3Q26A 3KFMA 4G77A 4HTGA 4JXIA 2PVUA 2UVJA 3PMVA 1R6ZA 4QFLA 5A5XB 2F35A 2I49A 4KCCA 1SVXB 2HQ0A 3N6UA 2Y7KA 4MBPA 4POWA 1CB6A 4EQBA 5I57A 1B6HA 1F9BA 1LGBC 4U22A 4OYVA 1L5TA 4LUBA 3G7WA 4HS7A 1B5HA 4NF4B 2X7QA 4NF6B 1JW4A 4KR5A 5HBCA 1DTGA 4GD5A 3E4RA 2I4BA 1B1XA 1B5IA 1AH5A 3H6TA 5DVIA 3U1OA 5I56A 1SI1A 3LSFB 4XIGQ 1A54A 2D5WA 2I4CA 1QW0A 3VVDA 4ZS9A 4L17A 1MS7A 3FVKA 3MP6A 5DYHA 4FIMA 3E13X 4QSCA 2OWSA 4ESXA 5A5XA 4U21A 4ZEDA 2VOZA 3FVOA 5AA2D 3C9HA 1DMBA 3OMBA 4IGTA 5K2XA 3MVYA 4OFOA 1MXUA 2ZYMA 2QL3A 1H44A 3PUYE 1SYIA 3LC8A 2NWJA 3DP8A 3PV0E 2DOJA 1NKXA 2DXRA 3LSXA 3MAMA 3PUVE 4LZ7A 2E0SA 4DE8A 5KDTA 2V25A 3IB0A 1MY1A 2XX8A 3HCQA 3MBPA 4AB5A 4RPNA 4H5FA 5AA4B 2XXVA 3TYHA 4X9TA 2XX9A 4R6HA 2NVUB 2F36A 1WODA 5CM6A 1MQIA 4NMYA 4PFTA 5FHOA 2DE4A 5I57B 4MF3A 1JW5A 2P1SA 3G3HA 2YJPA 3IR1A 3QUJA 1FQEA 1QUKA 4TQUQ 4U23A 3VV5A 3ZKKA 4QFNA 3CG3A 2H98A 2V3QA 2UVIA 1DPPA 4GQOA 4H6DA 3TDJA 2XXQA 3QIMA 1MY2A 5L8DA 4DLDA 1JEUA 3QYTA 4LZ5A 3B6TA 4C1UA 5ISUA 4N07A 3T96B 4PP0A 4F3GA 2VD3A 2QPQA 3PPRA 3MVZA 3FIRA 3PUWE 2O1MA 2R71A 4GXAA 4NF8A 4WXJA 5FTIA 4QF9A 1LCTA 1B9JA 5M2VA 3UIFA 4AQ4A 1JETA 3S9EA 3C32A 3S9MC 2QRYA 3H3GA 2HFBA 4PFYA 1H3DA 1P1UA 4F18A 3K4UA 2ZNSA 5AE4A 2DVZA 3UK4A 4Q5TA 1UTBA 4UACA 1TT1A 3MVXA 1HSEA 2PYYA 2UXAA 4YKPA 5I59B 1LB9A 5CC2A 5ICTA 1NNTA 5J1DA 3W15C 1VE4A 1B3GA 1MM6A 2XXWA 1MQGA 2V3TA 4R75A 4WKMA 5I58A 2XHDA 2PBWA 4U1ZA 4KQPA 2ZNUA 4P0IA 3MJNA 3U8QA 4QSEA 4ELOA 4F39A 2CZLA 1B7HA 3MW0A 5HPQA 3OSQA 3H03A 4WEDA 5H8NB 3ODBA 4YKIA 4IY6A 4RYAA 4IO6A 1NFTA 1US4A 3FJGA 3Q27A 1LFGA 2G93A 3PD8A 5H8HA 1YAEA 4F2QA 1Y1MA 2GH9A 1N0TA 1RKMA 2PX1A 1MPCA 2Q89A 3HHGA 3GLBA 3O28A 4M4GA 5ELVA 3TUSA 3Q28A 4JSDA 2W7YA 4XKQA 1OQGA 5KZTA 1PDAA 4GFRA 3O29A 2NUVA 4OQOA 1B3HA 4YICA 4DIGA 1POTA 3IOWA 4GIZA 3MPLA 4IO7A 3TCFA 1NNKA 4FAJA 3FJMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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