3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
b'TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
2Y7WA 1UIUA 3B7DA 1IXHA 4BDLA 4QFNA 5L9MA 3CSGA 2Q9TA 2M8CA 3MVXA 1XS5A 2OLBA 4LA9A 1MY1A 1XVYA 3D4GA 2QPQA 3KFMA 3WAFA 3FV2A 3IO6A 3Q25A 4G2ZA 4ZZEA 4FJPA 1IIWA 2QS1A 1MQIA 1YCJA 5BUUA 1N7WA 3ILUB 3K6XA 4H8JA 4H5GA 3IL1B 4HS7A 1B4ZA 1P1WA 1SW2A 2IEEA 2O6AA 1BLFA 2I0CA 3ONMA 4KPTA 4F3PA 4NF5B 3ZSFA 4QSDA 3EF7A 4PFUA 3MPLA 3TZAA 4EF2A 1S9TA 5AA4A 2I6EA 5EYFA 3FIRA 1LSTA 4OFLA 4GXAA 4GF8A 3MQ9A 1GR2A 1I6BA 3TYHA 3W9WA 3ZKKA 1AOVA 2OBGA 3DP8A 4GL0A 1Z7ME 4I8CA 4KI0E 1MXUA 1UQWA 1PDAA 3MJNA 5TPAA 2Q2AA 4G8NA 3LSWA 1NNTA 4MLQA 4Q8RA 4POWA 1GTKA 3K2DA 1QW0A 1QUJA 2I48A 3G3HA 4NE4A 3C34A 1JW5A 2F6PA 4IO6A 3U1OA 5I58A 4MFIA 3FXQA 2NVUB 4ZECA 1B3FA 1TT1A 5TP9A 5KDTA 3IO4A 2HAVA 3EHUA 4KD5A 5AA3A 2KLFA 3A09A 4IGRA 1ZU0A 3MZBA 3I5OA 1OVTA 3T66A 1OVBA 4EUOA 1FTLA 1N04A 3KN7A 3MP8A 1B5JA 5AA2A 2ZNTA 1DPPA 1IXIA 1N7XA 1Y3QA 4HW8A 4YZZA 3IR1A 3ZS6A 4ESXA 2Q2CA 3PUYE 3C36A 2DE2A 3M3KA 1FQDA 2R71A 2XXYA 5H8NB 3S2VA 3O6HA 1DOTA 2GRVA 2QMXA 1PBQA 2FA7A 2AL4A 3CVGA 3GXAA 3QUFA 1ZTYA 1I6AA 4LZ7A 1EH3A 3HHGA 1I6QA 4E0XA 3OD7A 2VP1A 3QIMA 3IORA 4F3SA 2NWJA 2REGA 1A40A 3MBPA 1O64A 3QK6A 4KR5A 2ESNA 2I4BA 4PFYA 3K6WA 3RTFB 3FXRA 3W15C 3S9NC 1MQHA 2DWAA 1LBCA 2RC9A 2XD2A 2ZXTA 4QRZA 5H8QB 5AA4B 4DDDA 2D21A 1T0KA 1IZ1A 1VFDA 3CR9A 4YKJA 4YKKA 4BLAA 3PPQA 5H8FA 4FORA 2F78A 2D5WA 3FGSA 2NOOA 1BIYA 3K01A 1UTHB 3SESA 5KDTB 4PFTA 3HSTA 4U21A 1Y20A 4GFRA 5KZTA 4NF8A 4WXJA 3H06B 1KWHA 1B52A 1JEUA 1OIBA 4NWDA 3TCFA 2RINA 1EZOA 2HCAA 2XXQA 3VVFA 4R6YA 3S9LC 1UTHA 4H6DA 1AMFA 3OEKA 4ZEIA 4F39A 5A5XA 4U2RA 2QRYA 3RT8A 1SW1A 1QJMA 4GRKA 3MVYA 1A99A 1S7YA 4G68A 1AIVA 1VSOA 4WEPA 4U4XA 3TAJA 4ELPA 4GXSB 4DXBA 4EDPA 3B6QA 1MXXA 1OLAA 4I62A 3Q28A 3W9VA 2ONKE 4IY6A 3PPPA 3KSJA 3TTNA 2OJTA 3KBRA 1XOCA 3K1NA 1FCKA 4RPOA 4C1TA 5TU0A 4F29A 4IO2A 3OO8A 3IAZA 2VGQA 3O28A 3TTKA 5I57A 2V25A 3TEPA 5AA1A 4OZ9A 1FQEA 2FYIA 3CI8A 3IX1A 4OHNA 2XXVA 3VVDA 1B0HA 2UVJA 2XXPA 4R74A 4XKQA 2YJPA 1MS7A 3KOTA 5CI5A 1EU8A 2UXAA 2XXXA 3R6UA 1PB7A 1DPEA 4RNSA 2Y7RA 3FJMA 4WKMA 1SVXB 4X1DA 4X1BA 1R6ZA 2HZLA 1ZJLA 4KCCA 5ITOA 4MBPA 2Y84A 4WEDA 4EF1A 2XXIA 3PUVE 4Q30B 1IXGA 3FV1A 2XXRA 4O3BA 4RPNA 5H8NA 1A7LA 4OWDA 1B3LA 1MM6A 2B3FA 3VXBA 2HAUA 4XKNA 3BKIB 4ESWA 1OLCA 1URDA 1MQJA 3GBBA 3K0VA 5H8SA 4IB2A 3TDJA 4JWOA 1ZLQA 3CG3A 4NF8B 2PX1A 4FE8A 2O7UA 4DCYA 4EQ9A 5I2NA 5A5XB 4F1UA 1B51A 2REJA 3VLVA 3U8QA 3EHSA 4FATA 2R9JA 3G3FA 2O51A 1SBPA 3GLBA 4RJZA 4H5FA 4YB5A 3EHTA 4OEVA 1M5EA 2RKMA 5I2KB 3KJTA 2E0SA 1N3XA 1PBPA 2OZZA 1OQGA 2ABHA 4JSOA 4XKPA 3T9HB 2D3IA 1O7TA 2I58A 4GOTA 3HN0A 4R9FA 4U22A 1POTA 3O2AA 5TP9B 3ZKLA 3TTRA 1RYOA 4FAJA 5B7DA 5H8FB 2DWJA 3OEMA 3LBSA 4BDMA 3A3UA 4OVJA 1SD3A 3SEUA 2RC8A 3EN3A 4IY5A 3PUWE 3Q26A 4G68C 4YAHX 3LSXA 3C32A 2CZLA 3QSLA 1H43A 2Z8FA 3VXCA 3PPOA 4U1OA 2IA4A 2QS4A 3K4UA 1Y4TA 1MH3A 4RK2A 4G8MA 1SYIA 2HXWA 3OSRA 5I56A 1YAEA 4DZ1A 2VOZA 3TQWA 3O97A 2UYFA 3TKDA 4OMBA 1SQYA 3C33A 4TOZA 3CIJA 3VDFA 3VVEA 4F1VA 2V84A 2XXTA 4GLIA 1FTKA 4HCYA 3SEVA 2H4IA 3SEXA 3S9MC 2ZYOA 3HPIA 1D9VA 1NH8A 3DM0A 3FUZA 5DVIA 1UIVA 3CRBA 5TPAB 5DYHA 3RNNA 3LSFB 4Z7EA 1B7ZA 1MPBA 1TWYA 3B6TA 5AA2B 5F1QA 4I9DA 1XHYA 4P0GA 1SW5A 3UORA 2GFEA 2ZNUA 3MZ9A 3O29A 3TPAA 2I3WA 3LC8A 2GH9A 1B3HA 2AYSA 3MAMA 4G8HA 3U94A 4H67A 4ZZAA 1Y1ZA 4IO7A 3QYTA 1QUIA 3RPWA 3IOWA 3BFUA 4QFPA 1NMUA 1URGA 3QAXA 3FVGA 5JEIA 4GVOA 1P1UA 3ODBA 1A55A 1SI1A 4RY1A 1OMPA 2DP8A 3MPKA 1JNFA 3RQTA 2Q89A 3PMWA 4XIGQ 3RUMA 1B58A 4IO5A 4AB5A 1IITA 3R7XA 4DXCA 4QSCA 1JVYA 4ELQA 3KN8A 3B6WA 4ZS9A 2H25A 5CBRA 2ZYKA 1MY3A 3ILTB 3V8XB 3E9XA 3O6GA 4NF6A 2AL5A 4NF5A 5I56B 4EXLA 3IJOB 5CMMA 5L9OA 1QULA 1MH4A 4F3GA 4UACA 5BWJA 2HZKA 2DXRA 1QKAA 3OO9A 1LFHA 1DMBA 1MDQA 3G3JA 2W7YA 4G4PA 4R6KA 4H8IA 3K1PA 4YMBA 5I57B 5IAIA 3RT6B 5IKBA 3FXUA 3K6UA 4RYAA 3Q29A 5HBCA 4YKIA 3BFTA 3TCHA 2DYXA 3O6IA 4OETA 3V89B 3FJ7A 1PC3A 1P1OA 3GZGA 4KHZE 4OEUA 4EQ7A 3E13X 1AL3A 4ZDMA 1IXCA 2DWHA 2XX7A 4GWOA 4KYEA 3MP6A 4OFOA 4F2QA 5M2VA 2QJEA 4G77A 1D9YA 4R9GA 5F7VA 4TLMB 4YICA 4L17A 4LONB 4N6PA 1B1XA 1P99A 1IUDA 3P7IA 4QHQA 4OESA 3U92A 5H8HB 1L5TA 1LB9A 3OO6A 2RF1A 3KG2A 5I2NB 1XC1A 1Y1MA 2DVZA 5CMCA 1SI0A 3OO7A 3THIA 5CC2A 3C35A 3GBAA 5I59A 4O3CA 4X48A 3TTLA 1URSA 1NFTA 3LUYA 1B46A 3VV5A 1JW1A 3G3GA 1DSNA 1SW4A 1Y3NA 3C31A 3OXNA 1SDXA 3DP6A 3U93A 1MDP1 2Q88A 2R6GE 3ECRA 2I0BA 4GIZA 1N76A 2H99A 1B5IA 1VE4A 2F36A 4JDFA 3SDFA 4DXUA 2ZNSA 2A5SA 4UA8A 2F97A 3C4MA 1LAGE 2DXYA 3EPEA 1FTMA 1MXVA 2G93A 3QXMA 4OERA 1MXZA 1RKMA 1TXFA 1A54A 3H3GA 4QF9A 3TTMA 3UGWA 4C1UA 2BJJX 4LZ5A 4YU0A 1LGBC 2V3QA 1JQFA 1XVXA 3SEWA 4H65A 1XT8A 2UVHA 3VFJA 4FEBA 3G3IA 3K6VA 3F11A 5JK4A 3PMXA 5B70A 3H6TA 4M4GA 2LAOA 2V3TA 5DEXB 1B3GA 4IO3A 3DELB 3UIFA 3VLUA 5I2KA 2YPNA 3MVWA 4O3AA 4MLVA 1P1NA 3TFLA 2G29A 4MF3A 2NUVA 3RTWB 4QFKA 1LLSA 1MG1A 2Y7IA 2B3BA 2ONRA 4NWCA 1B32A 4R2BA 4KYDA 2OCUA 1O63A 1MY2A 1NNPA 1P1QA 2F34A 2DS9A 2PT2A 2QS2A 3H4ZA 4KCDA 4NF6B 2OK2A 4ISUA 5ITPA 2UVGA 1FTJA 1B3EA 3UN6A 3JV9A 3JYRA 2ONSA 3UA8A 4P11A 2RCBA 2F7BA 1N0TA 1PB9A 1ELJA 1B40A 3G3KA 2VD3A 1M5CA 1UTBB 3KEIA 4G68B 2XHDA 4OYVA 2O1MA 1B05A 3H6WA 2OWTA 5FTIA 4DE8A 4ZE8A 3RGYA 5J1DA 3OMBA 2NXOA 3MZ1A 4JB7A 3VE1B 3V83A 3SKPA 1Q1KA 2A5TB 3N26A 3H6VA 4QFLA 5LOMA 2GHAA 4ZEFA 4DCXA 4F2OA 2QS3A 1ZMGA 2F7CA 5AE4A 2XD3A 5I84A 1MQGA 2Z22A 4ELRA 3IOUA 1JETA 2QL3A 2XXHA 1IEJA 4ONYA 4R2FA 1A8FA 5I59B 1JEVA 1B7UA 2Z23A 2O84X 1HSJA 1Z7NE 1II5A 3PUZE 3RN8A 5FHNA 5DEXA 3DLNA 1GGGA 4BDOA 1LCTA 4ND9A 5JTYB 1LFIA 3FATA 1PEBA 2DE4A 4H0WA 4XKRA 3S4UA 1Y9UA 4YMAA 5HPQA 5I58B 5ISUA 1B4HA 5AA2D 3KN3A 4GD5A 1B2HA 3SETA 4ELOA 3CFLA 4EQBA 3Q27A 5H8QA 1POY1 4I1DA 4C0RA 2ZMBA 4YB6A 5CMKA 4BDRA 5CM6A 3MC2A 4IGTA 1LFGA 1I69A 2X7PA 1B0LA 1MM7A 2F7AA 2P1SA 2RC7A 2F35A 5DVJA 4AB6A 2O1LA 4LP2B 4M1VA 1FQCA 1MY4A 5L8DA 5KCJA 2O68A 2QMWA 2I49A 3E4RA 2XXWA 3IB1A 3M3LA 3FVNA 2I4CA 2VHAA 3H7MA 2H9BA 2CMOA 4X9TA 2F8DA 4EXKA 1RYXA 1R9QA 1H76A 3AXFA 4PE5B 1B6HA 1D4NA 1M5FA 1MXWA 5EHSA 2ZYMA 3OELA 4ZEBA 1N84A 1NNKA 2WKYA 3RLFE 3S9EA 1F9BA 1LCFA 3I6VA 2UVIA 1JW4A 2H5YA 2XXUA 3MVZA 4FIMA 3K00A 5DTBA 4JWXA 2PMSA 5DT6A 4YKPA 4TQUQ 4U1ZA 2HQ0A 4OXVA 4LQ2A 2PT1A 4E0WA 4KYSA 3MWBA 1ZBMA 3HO7A 1J1NA 3U72A 1USYH 5ICTA 1AH5A 2AIXA 4U4SA 3IB0A 2F6GA 1EZ9A 4OQOA 4N07A 3HHFA 4F31B 3IJXB 4KFQA 2PBWA 5FHOA 1NL5A 4BDNA 4XXUA 1H3DA 3T96B 4F22A 3K02A 5FHMA 1LAHE 2VD2A 1VFEA 4ZE9A 4H1XA 4U23A 2Y7KA 3UK4A 4RA1A 4RXLA 5ICQA 2PVUA 3N5LA 2Z8EA 1MPDA 4QFOA 5CBSA 3HCQA 4ZEKA 1MQDA 3T22A 1IQ7A 2QSXA 3MW0A 4JSDA 3L6HA 3UP9A 3TODA 1CB6A 1WODA 4JBZA 3PGFA 4Q5TA 2DVCA 2DOJA 2F5XA 4KQPA 1YPNA 5KCJB 2X26A 4LUBA 2UYEA 5JTYA 3I3VA 1BP5A 4FECA 3IK6B 4F18A 1US4A 3MUQA 1GVCA 4OTEA 4LZ8A 3CG1A 3TUSA 2DSFA 3QUJA 1FQFA 1FQBA 1H44A 2HEUA 2Z8DA 5CMBA 2O69A 3A3CA 5K2YA 4R75A 4MH5A 1TFAA 2DE3A 1BTJA 4R72A 1LB8A 1HSEA 1ANFA 1LAXA 3CFXA 3MP1A 1MY0A 1UTBA 4GQOA 4GL8A 1ATGA 2B65A 2A5TA 3N6UA 4Q0CA 3FASA 5CRYA 5ELVA 5FTHA 3BBRA 3FD3A 3OOAA 4PQJA 3L6GA 4PP0A 5HM4B 3DP4A 3FZVA 4ZEDA 1BKAA 1QVSA 4LATA 1WDNA 2YLNA 4NEDA 4THIA 3TCGA 3C9HA 3PPRA 1SYHA 4ECFA 4HTGA 2HFBA 3LSLA 1DTZA 4PETA 3WAEA 2ALUA 4FEDA 2V93A 2Y7PA 3OENA 3N94A 1FW0A 1PB8A 2DWIA 1ZIUA 3KJ7A 5L9SA 1VR5A 1B1HA 1LBBA 2I3VA 2ZYNA 3T9UA 3TMGA 3OSQA 1CE2A 3VLWA 4LQ5A 2DQVA 2RCAA 4JXIA 2H98A 1NNFA 2FNCA 3EQ1A 3KGCA 4POXA 4BDQA 4F19A 3PV0E 4HCWA 4RK9A 3D4CA 3FVKA 1S50A 3N6TA 4P0IA 1MXYA 3O66A 3PMVA 2O7IA 1USYE 3O9PA 1MRPA 4R73A 2ANJA 1GV8A 1M5BA 3T9XB 4F1YA 4QSEA 3TQLA 3IB2A 4F3BA 3HV1A 1NH7A 4NMYA 1ZKBA 1US5A 2P0SA 3IOTA 5K2XA 3SERA 2OWSA 2THIA 3TELA 4OENA 1R9LA 3CSBA 1QUKA 3PD8A 1H45A 1OQHA 1NKXA 5DVFA 4K3FA 4XTCQ 4R6HA 4Z0IA 4DIGA 4DLDA 4YB7A 4NTLA 1A8EA 1FTOA 2E1SA 1HSLA 1QKBA 3FJGA 1FQAA 2V3UA 3H6UA 1Y4CA 3JZJA 3PPNA 3R26A 4LVQA 4TLLB 4OFJA 4AQ4A 3K1MA 1Y3PA 3M3FA 2X7QA 4NF4A 4PFWA 3CFZA 3SEYA 1D3KA 4N13A 3H03A 2Q8JA 1N3WA 1EZPA 1M5DA 5H8HA 1B9JA 1LAFE 4JWYA 5EHMA 3V5AA 3PD9A 2P2AA 3KOSA 1R1NA 1DTGA 1YTVA 3FVOA 3PUXE 4IO4A 3RY3A 1TFDA 1WVJA 3LR1A 3M8UA 3T9VA 3PU5A 4NF4B 1B5HA 2PYYA 3E3KA 2XX8A 3G7WA 3USDA 3IOVA 1JVXA 1MPCA 1B7HA 3T93B 3KZGA 3KSXA 2GHBA 1Q35A 2XX9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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