3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
1N76A 2QSXA 3MBPA 1XHYA 3PMVA 3IOVA 3OSRA 1MS7A 3C33A 3IX1A 2Z22A 5TP9A 3N5LA 3CI8A 2F6PA 5I2KB 2Z23A 1ZBMA 4QSEA 3U94A 5DEXA 3MUQA 4H8JA 2DWHA 5ITPA 1ZKBA 2E1SA 3E4RA 2AL5A 5AE4A 1VSOA 1B7ZA 4GXSB 3RQTA 1QUJA 1MY3A 2KLFA 4DLDA 1T0KA 3WAFA 3RNNA 2B65A 3T96B 3MJNA 2H5YA 4OYVA 2AYSA 3CIJA 3DLNA 3FATA 4X48A 1CE2A 4DCXA 4KPTA 2UVIA 4P0IA 4Q30B 2AL4A 2QS1A 3TCFA 3RN8A 4F1YA 2XXPA 4ELRA 1SQYA 2V93A 1EU8A 2F7CA 4F22A 3I5OA 2XXXA 5I56B 1MDQA 3IJXB 3T9XB 4BDQA 3LBSA 3MWBA 4AB5A 1BIYA 2M8CA 1MY4A 2GFEA 4YKPA 4N13A 2PMSA 4OFJA 4EUOA 1Q1KA 4IO3A 4U22A 3SEWA 1B46A 3FXRA 2D3IA 2I58A 2VHAA 5DTBA 5F1QA 4F39A 2HZKA 2CMOA 5CI5A 1ZJLA 4OHNA 4OETA 2DE3A 3RTWB 4JSOA 3TUSA 1D9VA 3K6XA 1Y3NA 1I6QA 4THIA 3C36A 1JVYA 1AH5A 2HAUA 4NEDA 2Y7IA 3SKPA 3EN3A 2QPQA 1B6HA 2QS3A 3T9HB 4MFIA 4ZS9A 3TCGA 1EZPA 4Q8RA 3MP8A 4WEPA 3LSFB 1IXIA 3FJ7A 2V3TA 1IXCA 2PT2A 3HHGA 2BJJX 1FTJA 4FEBA 3CG1A 2ESNA 3FXQA 2F34A 4I1DA 1B3FA 1QUKA 2DXYA 5HPQA 5I2NB 1BP5A 3A3UA 4QSCA 3N6UA 3MVZA 4NE4A 3LSXA 1GR2A 3RY3A 4FECA 4R75A 1UTHB 1RKMA 5DVJA 4U23A 1SD3A 2NOOA 5EYFA 4MBPA 2ZYOA 4JWOA 1B1HA 5H8QA 4HS7A 2Q8JA 4RY1A 3R6UA 1Y1ZA 1Z7NE 3H6VA 1B0LA 4O3CA 1XC1A 1SYIA 1MXYA 3IB0A 4RPNA 2XXIA 2Z8DA 3R26A 4BDNA 1MPCA 1OLAA 3Q26A 2AIXA 3H6UA 4NF6A 1A8EA 1LAGE 3SEXA 2NWJA 4X1BA 1B2HA 3IO4A 1WVJA 1WODA 2O7IA 4O3BA 3C32A 3G3JA 3K6UA 4I8CA 4RNSA 3MZBA 1CB6A 1SW5A 3KJTA 3Q29A 3F11A 3MPLA 1FQAA 3PUZE 2O68A 2F7BA 3ONMA 2FYIA 2A5SA 5CM6A 1H43A 4OZ9A 2NXOA 3O28A 1B3HA 5TPAA 3TODA 3OXNA 2RC9A 5AA2B 3MP1A 1BKAA 3SESA 3CSGA 4H5GA 3RGYA 4WEDA 3HV1A 1IZ1A 4X1DA 4RJZA 4WKMA 4ZEKA 1L5TA 1TT1A 3RTFB 3KOSA 1TWYA 3SEUA 3K02A 2PX1A 4R2BA 4F3GA 1A55A 4GL8A 4JB7A 2I3VA 3I3VA 3C4MA 1N3XA 2Z8FA 5ISUA 2OZZA 1USYH 1USYE 3HCQA 1SW1A 4JSDA 3QIMA 1MG1A 2UVGA 4OMBA 3PUXE 5L9OA 3W9WA 1B5JA 3TTNA 5I57B 2DQVA 3C34A 3MZ1A 3PMWA 3TMGA 1B7UA 1PB8A 4F1UA 2DOJA 2F78A 4NWCA 2Q2CA 1SW4A 2OWTA 4I62A 4QFOA 1MXWA 2WKYA 2OWSA 4ESXA 1IEJA 1F9BA 5JK4A 4R9FA 1I6AA 3OEMA 4G77A 3TKDA 1UTBA 1B05A 1MH4A 1LBBA 2RF1A 3SEVA 2XXHA 1NL5A 4LONB 4ELOA 2THIA 2I0CA 3N26A 3R7XA 3M3FA 4GF8A 4ZEIA 3G3IA 3RPWA 2XX8A 4GQOA 3CFZA 1N7WA 3PPPA 2VOZA 2QMXA 4YMAA 4M1VA 1M5BA 1PEBA 3OO6A 2QS2A 4NF8A 1XT8A 4ZDMA 2Y84A 4NF5B 1B0HA 1O64A 3TYHA 1MXXA 1US4A 4KFQA 4PP0A 5B7DA 4OEVA 1OQGA 4H1XA 4R73A 3TTLA 4ISUA 2F8DA 1AMFA 2FNCA 3H6TA 3QUFA 3GBBA 4H6DA 2XX9A 5FTIA 5L8DA 3PUWE 3C35A 5ELVA 1B1XA 5CRYA 2ONRA 3HO7A 4IO2A 1POTA 4TQUQ 1HSLA 2QS4A 4BDRA 5JTYB 2H4IA 4H8IA 1YCJA 4LATA 5FHOA 4QSDA 4IO7A 1H3DA 3VLUA 1JNFA 3OO8A 2F7AA 5I59A 1YPNA 2ZNTA 2OK2A 4XKPA 3DP8A 2QJEA 4PFWA 4KYDA 2RINA 4LQ2A 2CZLA 4ESWA 4JDFA 3O6HA 1H76A 1MQJA 1AL3A 4O3AA 3M3LA 2ZYNA 3W9VA 4GLIA 1SI0A 4XXUA 5H8SA 4ZEFA 2ZNSA 1M5DA 3ZS6A 2XXYA 3U8QA 3ZKKA 4GVOA 3ZKLA 4YMBA 4KI0E 3C9HA 4FEDA 5CBRA 2O69A 4E0WA 3G7WA 4GD5A 1OLCA 3TZAA 3G3FA 4ZEBA 3SEYA 3ODBA 3VLWA 2DWIA 3O9PA 2V3QA 1Y3PA 5M2VA 3TCHA 4I9DA 3IOWA 4X9TA 4YZZA 3UK4A 1M5EA 4OFOA 4AB6A 1WDNA 3PPOA 4EQ9A 3H6WA 1B9JA 3S2VA 4F1VA 1FTMA 4RK2A 4LZ8A 3CR9A 3TTMA 1B4ZA 3QUJA 1GVCA 3IB1A 2H99A 3FVNA 4OTEA 5I2KA 2YJPA 1NMUA 1B58A 3VVDA 4H0WA 5H8NB 5L9SA 3MZ9A 1XS5A 4OQOA 3H06B 3H7MA 3PD9A 4F18A 2HFBA 4QFPA 3K1PA 1P1QA 3DM0A 1N0TA 2LAOA 4DXUA 2F97A 1A7LA 1RYXA 1ATGA 2NVUB 3ECRA 1P1NA 3UA8A 1TFDA 3CSBA 3KEIA 2B3BA 5K2YA 3FJMA 2VD3A 5AA4B 5AA3A 4F29A 1N7XA 4R6YA 2P2AA 3FZVA 5J1DA 3FVGA 4OESA 1R1NA 3EHSA 3BKIB 2ABHA 3H4ZA 4RK9A 3DELB 1NH8A 3VFJA 3DP4A 2VP1A 1YTVA 3VDFA 1MPBA 3TQWA 1FQCA 5H8NA 4R6HA 1QW0A 1O63A 4F31B 4OXVA 3DP6A 3KN8A 1PBQA 4YAHX 4F2QA 1B4HA 1DSNA 1SW2A 3O97A 3RLFE 4ZECA 5I56A 4M4GA 4ELPA 4YKKA 4NMYA 1ANFA 3O2AA 1UIUA 3MC2A 4IGTA 4BDLA 2XXQA 4C0RA 2UVHA 3FXUA 3UIFA 1FQFA 3K01A 1S50A 4DIGA 4NWDA 3IJOB 1PDAA 1LB9A 3T66A 5BWJA 1BTJA 3UP9A 1J1NA 3PD8A 2RCAA 4UACA 2HXWA 2DVCA 3FIRA 4KCCA 3G3GA 5KDTB 3KN7A 5I58B 5ITOA 1VFEA 1VE4A 1NNKA 3PPQA 3JZJA 4PE5B 3TELA 3ZSFA 4Z7EA 4GIZA 3P7IA 5AA1A 2HEUA 2A5TB 4POXA 1MXUA 1SBPA 1B32A 2I48A 1B3EA 1MY2A 3E3KA 1VFDA 5I2NA 2ANJA 5FTHA 1IXGA 3B6TA 2O6AA 3O29A 1KWHA 3Q28A 1D4NA 1OVTA 1UTHA 3IO6A 3BBRA 1SI1A 4ONYA 3PU5A 5H8FB 3FD3A 1XVYA 3HN0A 3EQ1A 4DCYA 5KCJB 4KYEA 3OOAA 1MY0A 2XD2A 5FHNA 1LFGA 3U93A 2Y7WA 2O1MA 4BDMA 3MVYA 3MVXA 3S9MC 4HCYA 3B7DA 3VXBA 1P1UA 2XXVA 3TDJA 1MH3A 1ZIUA 1EZOA 4RA1A 3HSTA 3QK6A 1B7HA 1MRPA 4YU0A 4PFUA 5H8HB 4FIMA 4LZ7A 1FTOA 3KN3A 2I6EA 3OSQA 4YKIA 1A99A 4P0GA 2Q89A 1A40A 3USDA 2UYEA 4RXLA 5CMCA 5DVIA 1N04A 4P11A 3PGFA 3C31A 1H44A 4HCWA 2OLBA 4BLAA 4Q5TA 4DXBA 2O51A 1JEUA 2I3WA 1NNTA 2QL3A 5AA2A 2HAVA 3G3HA 4XKNA 3IR1A 3S9NC 4OVJA 3RT8A 3UGWA 3FGSA 3KZGA 3FVOA 3WAEA 3EF7A 1Y3QA 2DP8A 3EHUA 3N6TA 4GOTA 2XXUA 3VXCA 2UXAA 2XXRA 2FA7A 5A5XB 3LC8A 1NKXA 1MM7A 3A09A 2X7QA 2IEEA 1BLFA 3KJ7A 4LVQA 1II5A 4L17A 1JW5A 1GGGA 4EQ7A 2D21A 2XXWA 3K2DA 1P1WA 2OJTA 3T9UA 3M3KA 3CVGA 3KSXA 4ZEDA 4GWOA 1S7YA 5I57A 4TOZA 3OO9A 2DS9A 1FCKA 1URSA 2XXTA 1ZLQA 3D4CA 3ILTB 2DWAA 2O1LA 2PVUA 1UIVA 1O7TA 5DYHA 3KOTA 3O6IA 4OFLA 4K3FA 4BDOA 2GH9A 3MVWA 3K4UA 3GXAA 2F5XA 3K6WA 2UYFA 3MP6A 4ZZEA 2F36A 5EHSA 3D4GA 2XD3A 4NF4B 3OEKA 1P1OA 4ZE9A 2R9JA 5HBCA 3MQ9A 2B3FA 1DMBA 1AIVA 1MQHA 4R74A 1LCTA 3CG3A 4G68C 1H45A 3PUYE 1FQBA 1TFAA 5TP9B 2I49A 4NF5A 3E13X 1LCFA 5DEXB 3FASA 4MF3A 3H03A 4XKQA 3IOUA 1MXZA 4F19A 4YKJA 3MW0A 4GXAA 1Z7ME 4DXCA 3M8UA 4PFYA 3BFUA 2DXRA 4LZ5A 4PFTA 4NF4A 3QXMA 2PT1A 3TTRA 2RCBA 1LGBC 1JEVA 1QKAA 2GHAA 4ND9A 4ELQA 3CFXA 5JTYA 3K1MA 3B6QA 3S9EA 4YICA 4LP2B 3KG2A 4WXJA 1NH7A 2Q88A 3BFTA 1A54A 4TLLB 4H65A 3PUVE 3UORA 1EH3A 1NFTA 4F3SA 4IO6A 3PMXA 2PYYA 3PPRA 4XTCQ 4ZE8A 3TFLA 1IXHA 2OBGA 3OO7A 2Q9TA 3K00A 1R9QA 1ZTYA 2ZYKA 3AXFA 1LAXA 3FV2A 2DSFA 4F3PA 3U92A 1RYOA 1PBPA 1ZU0A 3S4UA 3LUYA 1IIWA 1JW4A 2I0BA 4YB7A 3VLVA 4G8NA 3TEPA 5CMKA 2NUVA 1FQDA 1XVXA 2G29A 2RKMA 2ONSA 4JBZA 1MXVA 1JETA 1S9TA 1B5IA 1OVBA 2XHDA 3VVEA 1DPPA 2DYXA 3IORA 4XKRA 3GBAA 4HTGA 1DOTA 1QULA 5CMMA 4QFNA 1R9LA 3OD7A 1MPDA 2YPNA 3FUZA 3IOTA 5HM4B 2HQ0A 2ONKE 2I4CA 4RPOA 4DZ1A 4U21A 4DE8A 2W7YA 1URGA 3PPNA 3KSJA 4ECFA 4MH5A 2ZYMA 3IB2A 1ELJA 4AQ4A 1IITA 1LSTA 3G3KA 2P0SA 4H67A 3FJGA 3CRBA 1B3LA 2V3UA 1YAEA 3L6HA 2DVZA 4G8HA 3EHTA 2H9BA 1SDXA 2Z8EA 1XOCA 5ICTA 1SYHA 1VR5A 3OELA 1N84A 2VGQA 5LOMA 1I69A 5H8QB 5TU0A 4KYSA 4UA8A 3T22A 3KFMA 4JWXA 5AA4A 4YB5A 3Q27A 1LAFE 1POY1 3ILUB 1OQHA 2Y7RA 4LUBA 3RUMA 3I6VA 4EF1A 5B70A 1JW1A 4FORA 4EQBA 4FAJA 3LSLA 3EPEA 3UN6A 4NTLA 1PB7A 4NF6B 3K0VA 5CMBA 4G68B 5L9MA 5DT6A 3H3GA 4LA9A 2GRVA 5CC2A 3IAZA 2YLNA 2H98A 3MAMA 4Q0CA 2ZNUA 1B40A 1NNPA 2UVJA 1Y4CA 2GHBA 5IKBA 2R71A 3QYTA 4JWYA 4POWA 4KQPA 4IO4A 3V83A 1EZ9A 1M5FA 4ZZAA 1B51A 1DTZA 4KD5A 3LSWA 1QVSA 4KCDA 3QAXA 4EF2A 5TPAB 2ALUA 4G4PA 2RC7A 1OIBA 2OCUA 1Q35A 4GL0A 4QHQA 3THIA 2IA4A 3SDFA 5KZTA 1NNFA 1LB8A 1QJMA 1SVXB 1N3WA 4G68A 1OMPA 1MM6A 1PC3A 3FVKA 2DE4A 3FV1A 4YB6A 4LQ5A 1GTKA 5BUUA 5CBSA 1IQ7A 4IO5A 3K1NA 2RC8A 5KDTA 4PETA 4IB2A 3V89B 3HHFA 4U1OA 4R2FA 3KBRA 4F3BA 5I58A 3IK6B 3Q25A 2P1SA 3S9LC 2QMWA 1PB9A 4HW8A 2A5TA 3KGCA 4QFLA 2REGA 2DE2A 4DDDA 1US5A 3SERA 2F6GA 3V5AA 4G8MA 2V25A 4QFKA 4U2RA 3VVFA 1MQGA 4OWDA 4C1UA 4EXKA 1HSEA 1HSJA 3JV9A 2X26A 3T93B 3OMBA 2HCAA 4R72A 2ZMBA 5H8FA 1Y20A 3HPIA 4F2OA 5KCJA 2O84X 5K2XA 1IUDA 1FQEA 1JQFA 5AA2D 2ZXTA 4R9GA 4U1ZA 1UTBB 3W15C 4JXIA 2V84A 3JYRA 1A8FA 4Z0IA 2I4BA 2R6GE 1LLSA 1MDP1 1DPEA 3A3CA 3LR1A 1QKBA 1I6BA 4TLMB 5H8HA 1M5CA 4E0XA 4IY6A 5DVFA 1TXFA 1MQDA 2XX7A 4NF8B 4OERA 3E9XA 4XIGQ 2Y7KA 1AOVA 1MQIA 4N6PA 1DTGA 1FTLA 3SETA 4FATA 4MLQA 1B52A 1LFIA 2D5WA 4OENA 2H25A 1FTKA 3N94A 3GLBA 4GFRA 2O7UA 3O6GA 3VE1B 4N07A 2Y7PA 1LBCA 4R6KA 3U1OA 4EDPA 2VD2A 1QUIA 5I84A 2HZLA 4H5FA 4RYAA 4IY5A 1B3GA 3PV0E 1JVXA 2DWJA 3L6GA 3T9VA 3TTKA 3TPAA 2Q2AA 5I59B 2E0SA 5A5XA 1URDA 4QF9A 3GZGA 4KHZE 3QSLA 4PQJA 3U72A 2QRYA 1MY1A 3CFLA 1GV8A 1Y1MA 1LFHA 3OENA 4OEUA 4FJPA 3O66A 2F35A 2PBWA 3TQLA 1UQWA 4C1TA 2X7PA 3RT6B 5JEIA 1ZMGA 4KR5A 3V8XB 4EXLA 2G93A 4U4SA 1B5HA 1Y9UA 5EHMA 1P99A 3MPKA 5F7VA 1D3KA 1FW0A 2REJA 3VV5A 1Y4TA 3K6VA 4MLVA 1R6ZA 5FHMA 4IGRA 1LAHE 1D9YA 4FE8A 4QRZA 3B6WA 4GRKA 3IL1B 3TAJA 5ICQA 4U4XA 4G2ZA 5IAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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