1QJMA

Crystal structure of a complex of lactoferrin with a lanthanide ion (sm3+) at 3.4 angstrom resolution
Total Genus 211
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
211
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Lactoferrin-Metal Interactions: First Crystal Structure of a Complex of Lactoferrin with a Lanthanide Ion (Sm3+) at 3.4 Angstrom Resolution
pubmed doi rcsb
molecule tags Lactoferrin
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 211
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA03
2F6GA 1CE2A 3E3KA 3OD7A 1MY0A 1N0TA 4EQ7A 4WEPA 3S2VA 4WKMA 1MH3A 1A40A 4AB5A 4X1BA 4FEBA 2I49A 1Y20A 3IO6A 1MDQA 3G3HA 1PC3A 4OYVA 2Z8EA 2DXYA 4DCYA 2Q9TA 1ZLQA 1TFDA 2XD3A 5H8QB 2DOJA 4U21A 3I3VA 1XVXA 3LC8A 4LZ8A 5B70A 4N13A 4JSDA 4O3CA 3DP8A 5CMCA 3C36A 2QS4A 1R9QA 3KZGA 4G68B 3QIMA 3GLBA 5CM6A 3Q25A 2QS2A 4ZDMA 4OXVA 1MY4A 2DVCA 4ZECA 1ATGA 2Q2CA 4P0IA 3M3FA 4E0XA 1QVSA 3PV0E 3HO7A 3IO4A 3U72A 1NMUA 2RKMA 4ESXA 2UYEA 2LAOA 4I9DA 3JV9A 2HAUA 1WVJA 2XXYA 3LUYA 1MPDA 2O7UA 1JEVA 5ITOA 3PPNA 1OLCA 3CFLA 3T96B 2QRYA 4PQJA 2OZZA 4FAJA 2A5SA 1JW5A 2ALUA 1WODA 4UA8A 4U1OA 2RCAA 3E9XA 1P1UA 5ELVA 1CB6A 1I6QA 2O84X 4H8JA 4TLLB 2Y7WA 1MQDA 4F31B 3VLVA 4HCWA 3KGCA 3CSGA 1ZTYA 3IX1A 2Z8FA 3L6HA 2ONRA 4YU0A 1S9TA 5K2XA 3KN8A 4F22A 3MJNA 1MY2A 4ELOA 3FGSA 4OERA 4GRKA 4QFOA 5H8HA 1Y3PA 1XVYA 2QMWA 1FQEA 1M5EA 2Y7IA 5FTHA 3GBBA 3SETA 3EHSA 4KFQA 1L5TA 3HSTA 3H03A 2AL5A 1T0KA 4XXUA 1OQHA 4G8HA 1N84A 4RY1A 3R6UA 5JEIA 2PX1A 5K2YA 1N3XA 3EQ1A 2HQ0A 1GV8A 5AA4A 2IEEA 2OCUA 1R6ZA 1OLAA 1B7HA 1VFDA 3LSXA 4KYSA 1SW2A 3KG2A 3UIFA 3FATA 4GWOA 4ND9A 5JTYA 2V93A 1PBPA 2V25A 3KN3A 1Q1KA 4ZEDA 1B1XA 2XX8A 3MC2A 3I6VA 2IA4A 1ELJA 2I48A 3TTLA 3SKPA 1VR5A 1Y1MA 4EXKA 1MXWA 3K1NA 4IO4A 2XD2A 4H0WA 1O64A 5KZTA 1H45A 1TT1A 1FTLA 1JEUA 4JDFA 3TTRA 1HSLA 4DXUA 5I56B 1BP5A 1MXXA 4RPOA 5H8QA 2GHBA 3VVEA 4NF4A 1S50A 4F1VA 3LSFB 2X7PA 4ZE9A 1UTHB 4ZZEA 2RC9A 2O1LA 1ZBMA 3IOVA 1LGBC 3RTFB 1Z7NE 4QSDA 3SEUA 4X9TA 3VV5A 2OWTA 1B0LA 4PE5B 5EHSA 4BLAA 5FHOA 3A3CA 2DS9A 1D9VA 1FTKA 1R1NA 1B46A 4NWCA 4MFIA 1VSOA 3H6TA 2VHAA 3ILUB 2UVHA 1P99A 3I5OA 1QW0A 1NH7A 5FTIA 3C32A 4JBZA 3CI8A 1I69A 2D5WA 4FE8A 1B6HA 3UORA 4EXLA 3CRBA 4QFPA 3RUMA 3TTNA 2B65A 1YCJA 2Y84A 1QUKA 3FVGA 4PP0A 3GBAA 4RA1A 4OZ9A 4YMBA 3CG3A 4BDMA 1Z7ME 3ODBA 2XXUA 3CFZA 3KEIA 3SEYA 3ZKKA 5H8NB 3ONMA 3U8QA 2O7IA 2KLFA 4F29A 3HHGA 1Y4TA 3PD8A 4H1XA 2F35A 4OFJA 4N6PA 4LUBA 2VD2A 3H6WA 1S7YA 4BDNA 4EQBA 2REGA 2X26A 1PB8A 1MQIA 3PMWA 1POTA 2F78A 1Y9UA 3M8UA 2RC8A 4U22A 1M5FA 4LONB 2F7CA 4NWDA 3SDFA 1FTOA 4MH5A 5AA2B 3OO9A 2QMXA 5IKBA 2HZKA 3TQWA 3TUSA 2F34A 3FVNA 4RYAA 2DWAA 3TTMA 4XKPA 4PFWA 2QS1A 4FORA 1O7TA 3RNNA 3C31A 1IXHA 3CIJA 1JW4A 3C33A 3IL1B 4R74A 4NF8B 1MXZA 2ANJA 1B5HA 3K1MA 2H25A 2A5TB 3WAFA 4QFNA 1FQDA 1A54A 2ESNA 3O6GA 2XX7A 4Q8RA 3CG1A 3K00A 1FQBA 1SDXA 3N6UA 2OK2A 1MS7A 4R9FA 3MVZA 3QYTA 2QJEA 1UTHA 2DQVA 3JZJA 1SD3A 3T9XB 1URDA 3IR1A 2I58A 2F7BA 1IITA 1AL3A 2VOZA 4KQPA 4R6YA 3FUZA 1IZ1A 3MZBA 4QHQA 5J1DA 4M1VA 1US4A 3PUYE 5IAIA 4JWXA 3FXQA 5I84A 2DE4A 4M4GA 1EZOA 3KFMA 3PMXA 4G4PA 3N94A 1ZJLA 1A55A 1DTZA 1OVBA 1NFTA 1BTJA 1N76A 1DPPA 3G3IA 3KBRA 1SYHA 4ELRA 3SEXA 4R6KA 2RF1A 1UTBB 3IOWA 4F39A 4F18A 1RYXA 3C4MA 4R72A 3TYHA 1LFHA 2REJA 3BBRA 3KJTA 2HXWA 1FQAA 1QJMA 4FEDA 4YMAA 3DELB 3U94A 4G77A 1SW1A 1OQGA 3KJ7A 5CMMA 3GZGA 4OQOA 1MRPA 2DWHA 2DVZA 4U4XA 1AIVA 1DMBA 3HCQA 1IXGA 3S9EA 1FTJA 4ZEKA 4NF4B 1TFAA 1MDP1 5EYFA 5H8NA 3U93A 4ECFA 4OFOA 3PGFA 4H6DA 5ISUA 1YAEA 3B7DA 3SEVA 4G8NA 4NMYA 4I8CA 4LQ2A 3VVFA 5B7DA 4OETA 2YLNA 1MM6A 1MY3A 4QSCA 3LSWA 3OENA 4G2ZA 4IGRA 4GVOA 3MUQA 2VD3A 5AA2A 1LFIA 3UK4A 4TOZA 1GTKA 4NF5B 3C9HA 3TFLA 2ABHA 1POY1 3VFJA 2XXQA 4KD5A 4LA9A 2AIXA 3FIRA 3S9NC 4GXSB 1R9LA 2QS3A 4Q0CA 1LB9A 2W7YA 4YZZA 1FTMA 1D9YA 1LAGE 3OEMA 2XXRA 4I1DA 1DOTA 3O6IA 5I2NB 2NVUB 4OFLA 5AA1A 4NF8A 4GLIA 2A5TA 2H4IA 3FZVA 1NL5A 2H5YA 2PYYA 2ONSA 1B2HA 1P1OA 1ZU0A 2PMSA 4POWA 2HFBA 3E13X 3OSQA 3UA8A 1GR2A 1PBQA 4Z0IA 4QSEA 1LBCA 1US5A 5EHMA 3PU5A 4YB6A 4ONYA 3EHTA 4KCCA 4MF3A 5L9MA 4DZ1A 5AA2D 1B1HA 1DPEA 4PFTA 3VXCA 4AB6A 3IOUA 4H65A 2I4BA 1AMFA 4C0RA 4BDQA 4FIMA 4DIGA 3EN3A 1IQ7A 3LSLA 1MPBA 2UYFA 4IO5A 2D21A 1URSA 2V3UA 2ZYNA 1YTVA 1Q35A 5I59B 1M5DA 3U1OA 3BFTA 1H43A 3V89B 3FASA 3RN8A 1P1QA 3H6VA 1IIWA 2WKYA 2PT1A 1UTBA 1VE4A 3K1PA 1SW5A 2AL4A 1M5BA 3TCGA 1B40A 5DT6A 4EF2A 3EPEA 1OIBA 3PPQA 4RXLA 3O29A 1A99A 5L9SA 3N26A 4R9GA 5CMKA 2GHAA 2ZNSA 3DM0A 3O28A 4QFKA 5DTBA 3FXRA 4MLVA 2QL3A 4DCXA 4FJPA 4EDPA 2V3QA 1P1NA 1TWYA 1RKMA 4ZEIA 3W9WA 2QPQA 3MVYA 3A3UA 1SI1A 4NTLA 5KCJA 4Z7EA 2CMOA 1IUDA 4YB7A 5A5XB 3QUJA 3W15C 3S9LC 1XS5A 1N7WA 5H8SA 4KR5A 2O51A 4NF6A 2HAVA 4HS7A 2OBGA 3Q27A 3K6UA 3IORA 3TQLA 1MM7A 4OEVA 4O3AA 2O6AA 2YPNA 3FVOA 3Q28A 3TZAA 3TTKA 1N3WA 1JNFA 4RJZA 2F8DA 1USYH 4LZ5A 4NF5A 5JK4A 1MQHA 1SQYA 3Q29A 1B9JA 2I4CA 3ECRA 1SBPA 4TLMB 3G3JA 2ZMBA 3H6UA 4H8IA 3TKDA 4E0WA 4LP2B 5M2VA 2NWJA 3SEWA 1B3GA 5I2NA 4RPNA 4GIZA 3KOTA 2UVIA 5HPQA 2RC7A 3V8XB 1Y4CA 3MP1A 3C35A 3HPIA 5F1QA 5L9OA 2OLBA 3D4CA 4R6HA 1MQGA 2Q8JA 3VLWA 1HSJA 1JETA 5I2KB 4LVQA 2NOOA 3PPOA 1B3HA 4GXAA 2ZYOA 1LBBA 3G7WA 3B6QA 4RK2A 3K02A 4NEDA 1B5JA 3ZS6A 4F19A 2DE2A 3O66A 5DVFA 3HN0A 1BIYA 1A8EA 3FVKA 2ONKE 1B32A 4R2FA 3K2DA 1SYIA 4GOTA 2XXTA 1VFEA 5I59A 4JWOA 3MPKA 1XOCA 2GFEA 1YPNA 5CI5A 4ISUA 3O2AA 1N7XA 2F6PA 3RT8A 3B6WA 1J1NA 4LQ5A 4F3SA 2THIA 3TPAA 4KPTA 4DLDA 4EF1A 2Q89A 4YKPA 3V5AA 5L8DA 2Q2AA 5KDTB 3W9VA 5CMBA 1MXVA 4GL8A 2O69A 1B5IA 1NNKA 1ANFA 5DEXA 3VDFA 4AQ4A 4R75A 3FXUA 1A7LA 2PT2A 3TELA 3RPWA 4C1TA 2O68A 1USYE 3P7IA 4ZS9A 1PB7A 2DSFA 4JXIA 4IO7A 4YB5A 3IJXB 4TQUQ 3HHFA 4OMBA 4X48A 5TPAB 4BDOA 4U23A 5ICTA 3G3FA 3JYRA 1B7ZA 1B05A 4O3BA 3H4ZA 5A5XA 4WEDA 4U4SA 2O1MA 3PUXE 3KN7A 2ZYMA 3E4RA 2FNCA 5H8FA 1MXYA 1URGA 3USDA 1MQJA 2QSXA 2X7QA 3TAJA 2I0CA 3VXBA 3RLFE 3R7XA 2P0SA 3K6WA 3T9HB 3T9VA 3IB0A 4THIA 2I0BA 3Q26A 1B4ZA 4G68C 3PD9A 2E0SA 1II5A 3DP4A 3TCHA 3R26A 2H98A 4XKNA 3CR9A 3S4UA 2P2AA 3KSXA 2I6EA 2NXOA 1IXCA 4YKIA 1LCTA 3O97A 1MG1A 4U1ZA 5FHNA 4POXA 3OOAA 4ELPA 3MBPA 2V3TA 2PBWA 1XC1A 3N6TA 3WAEA 3T9UA 4JWYA 2PVUA 1DTGA 4L17A 4NE4A 4DXBA 3UN6A 3SESA 4OHNA 5DVJA 5I2KA 5KCJB 4DXCA 4C1UA 1B4HA 3T93B 3HV1A 3U92A 4F1UA 2DE3A 4F3PA 3TODA 3DLNA 4NF6B 1UQWA 3A09A 3QSLA 4F2QA 2CZLA 3RY3A 2XXVA 1B52A 4XKQA 4EUOA 3H3GA 3QK6A 3FJMA 3G3KA 1H76A 3F11A 3G3GA 5DYHA 1FCKA 3MP6A 4Q30B 2OWSA 4LATA 4LZ7A 3MWBA 1WDNA 4OTEA 3KSJA 4P11A 1B0HA 1BLFA 4EQ9A 3N5LA 4ZEFA 1DSNA 5KDTA 1FQFA 3UP9A 4IY5A 4F1YA 1LB8A 3D4GA 3CSBA 4F3GA 3K01A 2XXIA 4QF9A 1ZKBA 3OO7A 2Q88A 4MBPA 1B7UA 3LBSA 3MW0A 2Z23A 4HTGA 1XT8A 1QKAA 5I57A 2HZLA 1LSTA 4ZZAA 3MP8A 1UIUA 2V84A 5CC2A 2F5XA 3FD3A 5TPAA 3T22A 3O9PA 2Y7KA 3IAZA 4PETA 2M8CA 3MQ9A 3PMVA 2DP8A 1NNTA 2XX9A 1B3EA 4K3FA 4G8MA 4PFYA 3UGWA 2G93A 4R73A 3CFXA 3DP6A 4DE8A 1KWHA 3PUWE 4HW8A 4FECA 3SERA 3OO8A 2I3WA 3MVXA 1H3DA 5TP9B 2B3FA 4KI0E 4Q5TA 4XKRA 3PPRA 4IY6A 1IXIA 1NH8A 3VLUA 3S9MC 2FYIA 1B58A 1M5CA 4OEUA 3OMBA 1OMPA 3IB2A 2E1SA 1GVCA 4ESWA 1QULA 3QXMA 1NKXA 1P1WA 5DEXB 2XXPA 4P0GA 3H06B 1H44A 3H7MA 1N04A 2FA7A 2DWJA 2P1SA 1LAXA 2UVJA 4ZEBA 2ZNUA 2HEUA 2F36A 3MAMA 2NUVA 2F7AA 4IGTA 2VGQA 3RQTA 3TDJA 4GFRA 1LLSA 2GH9A 1D3KA 3PUZE 1LFGA 1SW4A 3THIA 5I58B 1MY1A 3MPLA 4RNSA 5CRYA 2G29A 2RINA 3V83A 3OSRA 4X1DA 1I6BA 3FV2A 1F9BA 2Z8DA 3M3KA 1O63A 1XHYA 5BWJA 1EU8A 4G68A 5H8FB 4QFLA 1JVXA 1SI0A 1TXFA 1QUIA 1MH4A 2DYXA 4XIGQ 1OVTA 2H9BA 4IB2A 3EHUA 4N07A 2Y7PA 1IEJA 3CVGA 4GD5A 4BDLA 2D3IA 2H99A 5TU0A 1PEBA 3FJ7A 3TEPA 4KCDA 1BKAA 5F7VA 2UVGA 3IJOB 2I3VA 5FHMA 5DVIA 4YAHX 1EH3A 3TMGA 2Z22A 1EZ9A 1Y3QA 3OEKA 1B51A 4YICA 2GRVA 1LAFE 4QRZA 1JW1A 1B3FA 1NNFA 3QAXA 3L6GA 2RCBA 1SVXB 4PFUA 3PUVE 1PB9A 3O6HA 3VVDA 4H5FA 2DXRA 5CBSA 2ZYKA 1A8FA 1QKBA 4YKJA 2HCAA 4MLQA 1I6AA 4HCYA 2R9JA 1JQFA 5ICQA 5AE4A 3MZ1A 3IOTA 1ZMGA 1HSEA 4IO2A 4GQOA 2OJTA 1AOVA 5AA3A 1EZPA 1UIVA 3ZKLA 3RT6B 2R6GE 4GL0A 5TP9A 3K0VA 1LCFA 2Y7RA 4WXJA 4R2BA 2YJPA 5LOMA 1PDAA 1JVYA 4BDRA 3OO6A 1FW0A 3PPPA 5ITPA 1MPCA 2XXXA 3KOSA 2XXHA 3K6XA 4F2OA 2B3BA 5HBCA 5HM4B 2ZXTA 3VE1B 2R71A 2VP1A 2DWIA 3ILTB 4RK9A 4ZE8A 3M3LA 4YKKA 3TCFA 2F97A 4U2RA 1ZIUA 3K4UA 3ZSFA 5CBRA 3LR1A 5I57B 5I56A 4KYDA 1D4NA 1QUJA 3MVWA 3QUFA 4ELQA 4H67A 3OXNA 5I58A 1AH5A 2BJJX 5H8HB 1LAHE 4OWDA 3AXFA 3MZ9A 1NNPA 3BFUA 3GXAA 4KHZE 3K6VA 3OELA 4F3BA 3RGYA 3C34A 4UACA 3FJGA 4OESA 3T66A 2XXWA 1FQCA 4DDDA 4IO6A 4JSOA 1MXUA 3FV1A 1Y3NA 3IK6B 4I62A 3BKIB 5AA4B 1RYOA 2UXAA 1B3LA 4H5GA 5BUUA 4XTCQ 2ZNTA 4GF8A 3EF7A 4FATA 1Y1ZA 3IB1A 2AYSA 1GGGA 4JB7A 3B6TA 5JTYB 4OENA 2XHDA 4OVJA 4KYEA 3RTWB 4IO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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