1DPEA

Dipeptide-binding protein
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFISGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATEFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title 2 A resolution structure of DppA, a periplasmic dipeptide transport/chemosensory receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide transport
total genus 155
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dpeA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dpeA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dpeA01
4DCXA 1B3EA 1D3KA 3LVUA 2Y84A 3K2DA 5AE4A 5H8QB 3A3UA 1MXYA 3K6VA 2Y7PA 2VHAA 3H6WA 5DTBA 1H44A 4ZE8A 2F7CA 4O3CA 2PT2A 1IXCA 3QXMA 3KEIA 2YPNA 3Q25A 5M2VA 1SYIA 1I6AA 4Q5TA 1NH8A 4EXLA 1I6QA 3RT8A 1GGGA 3WAEA 1YTVA 2D21A 2GHBA 2I3WA 3F11A 4E0WA 1URSA 3VVEA 1WODA 3OO6A 1B7UA 1UIUA 3SEXA 2OCUA 4ZE9A 1SBPA 4ESXA 4RK9A 4GXAA 1B3HA 2DVZA 3CHGA 3N6TA 5I58B 1FQBA 2Q2CA 5I58A 1FQFA 2I49A 5KDTB 3KOSA 3MP1A 2ZNSA 3ECRA 4OQOA 2D5WA 2I48A 1CE2A 1NFTA 2V3UA 5KDTA 1H43A 2XHDA 3PMWA 4ZEFA 3SESA 4KQPA 1LGBC 2Q8JA 2RKMA 1AL3A 4RK2A 5A5XB 1LCFA 3HSTA 3VXCA 3TODA 1EZOA 4DZ1A 3H6VA 5H8HA 2UVGA 4N6PA 2ESNA 1IITA 5A5XA 4GFRA 3EPEA 2XXIA 4GL0A 3HPIA 4U21A 1S50A 3H03A 5JK4A 2H4IA 1IXGA 3PPRA 2DXYA 1DSNA 1PC3A 3TTRA 1Q1KA 2VOZA 1Y20A 2PT1A 1M5CA 2Y7WA 3HO7A 4DIGA 2NWJA 4HTGA 4FECA 4BDLA 2O84X 3TTLA 4KD5A 3TZAA 1GVCA 1B1HA 4KR5A 5CBRA 1JNFA 2UXAA 1RYXA 1YAEA 1O63A 1M5BA 3FVOA 1M5FA 5BWJA 3RT6B 2XXTA 1N04A 5CBSA 3HCQA 4OFLA 2Z23A 1YCJA 3OO7A 3OD7A 2WOPA 4LATA 2VP1A 2B3FA 1WDNA 4ZEBA 2ALUA 2ANJA 1MQGA 2THIA 2XX8A 1B7HA 3FIRA 4F3PA 2QSXA 5I2KA 1N7XA 4XKPA 4GRKA 4ELPA 2HAVA 2V3TA 3PPQA 2PMSA 5DVFA 2DWHA 2F35A 2XXXA 3U92A 5I59B 5IAIA 3G3FA 3RYAA 1B2HA 3RPWA 4C1TA 4FAJA 1NNPA 3FV2A 1B3FA 3TMGA 4R72A 4R6HA 4FIMA 4LONB 1LFIA 4P0IA 1URGA 2NXOA 3KSJA 4F29A 3K0VA 3M3LA 4H8IA 2O51A 3E13X 2KLFA 3T96B 2AIXA 2OK2A 3V89B 4RJZA 3O6PA 2FYIA 1QUJA 3OO8A 2O69A 3S9NC 4WEDA 1JEVA 3MC2A 4RPNA 2X26A 3G3KA 3CI8A 5H8NB 3MJNA 4JWXA 5DEXB 3Q28A 1S9TA 1LBBA 3QIMA 3FVNA 3JV9A 4IY6A 3MP6A 1CB6A 5DEXA 3IX1A 2HAUA 2RINA 4HS7A 1P1OA 2Y7IA 1DPPA 1HSLA 1LCTA 4I62A 3FZVA 1Y4TA 3O6IA 5TP9B 5H8FA 1NNFA 4EDPA 1ELJA 1II5A 4EQBA 1A55A 4R2FA 1B1XA 1USYE 1Y3NA 1B58A 1ZU0A 3HHGA 4IO2A 1MXWA 5TP9A 4C1UA 4EXKA 4ELQA 2XD3A 3FJGA 1RYOA 1XS5A 1FTJA 2I0CA 3WAFA 4LQ5A 5CMCA 2BJJX 4G77A 1M5EA 4R6YA 4ZS9A 1PB9A 4ESWA 4MFIA 3QAXA 1TWYA 1MH3A 1F9BA 1LAHE 1XC1A 2WOLA 2NOOA 3CSBA 3UK4A 1MPCA 3TAJA 4QHQA 4TLLB 2AYSA 4JXIA 1WVJA 1B5HA 4K3FA 4MBPA 4G2ZA 4YB6A 3SERA 3K00A 4UA8A 1NL5A 4LZ7A 3OEMA 3TDJA 3E4RA 5EYFA 3PD8A 1SVXB 3DELB 4YKKA 4HCWA 5FHOA 3IOUA 3C9HA 2E1SA 3VE1B 2Q89A 3T93B 1FCKA 5L8DA 4QFPA 3FTOA 2DYXA 4KYEA 2ZNUA 3B6TA 1SQYA 5I2NB 4OERA 4ZZEA 4H8JA 3FASA 2UVJA 1MXZA 4MLVA 5I2NA 1B0HA 1EH3A 5J1DA 1O64A 2REGA 3R6UA 2B65A 1H76A 1N76A 5CMKA 3GXAA 2XX9A 3VXBA 3IB1A 1N3XA 3FGSA 2HEUA 2M8CA 1ZKBA 1MXXA 2UVHA 4NWDA 4UACA 3OELA 5I56B 3PUVE 1JW5A 3E3KA 3MVWA 2OZZA 4YKPA 1UTBB 2VD2A 3PPPA 3U72A 2XXWA 4RXLA 3EHTA 1UTBA 4U1OA 3PUZE 1B7ZA 5K2YA 3DRFA 4X1DA 4KYDA 4DXUA 1FQEA 2O1MA 1B3GA 4BDNA 1ZLQA 2DS9A 2DOJA 1PDAA 1MQIA 2OWTA 4EF2A 1NNTA 3SETA 3B6WA 1LAGE 4R75A 3G3GA 2RF1A 3H6TA 2VGQA 3LSXA 1QVSA 3IOVA 2DWJA 5L9OA 4FEDA 4LA9A 3FUZA 2HXWA 1SD3A 3H6UA 1SYHA 3KN7A 4EUOA 3MP8A 1SW1A 2F6PA 4XKQA 2QJEA 3LSWA 1DTGA 4NE4A 3BBRA 4KI0E 4R2BA 4QRZA 3CIJA 5CMBA 4GQOA 1KWHA 4JB7A 4IO6A 5DVIA 2ZXTA 2RC9A 3K1NA 4I9DA 4GF8A 2F7AA 4QFLA 1FTMA 3LR1A 2CMOA 1GTKA 5B70A 1DOTA 1JW4A 3FXUA 4X9TA 3K1MA 3TFLA 4AQ4A 4JWOA 1FQAA 3GZGA 1LLSA 5AA3A 3T9HB 3OSQA 2A5SA 3KBRA 4F2QA 4ZEIA 4DXCA 3VFJA 4F2OA 1MPDA 2IA4A 3TYHA 5H8HB 2GH9A 2A5TB 4DLDA 4PQJA 1BP5A 1VE4A 3MPLA 1QKBA 1BIYA 1S7YA 3IOWA 3EF7A 5JTYB 3S9MC 2A5TA 4XKNA 3PMXA 3DM0A 3EHUA 4EQ7A 4P0GA 4G68B 3MZBA 4GOTA 2UVIA 2XXRA 3O6GA 4F39A 3TCHA 3W9WA 4GL8A 3TEPA 3MQ9A 5JTYA 2DWIA 4IB2A 4O3BA 5L9SA 2H98A 4G68A 1MDP1 4WXJA 3EHSA 3EQ1A 4ISUA 2XXYA 2F8DA 3IORA 3TTNA 2OWSA 4GIZA 1UTHB 4IGRA 4OFOA 5F1QA 3PPNA 3QSLA 2OJTA 1UTHA 4OEUA 1QUIA 1B51A 1LAXA 5B7DA 5CM6A 3IO4A 2F5XA 3KJTA 2P0SA 2UYFA 2Z8FA 2XXVA 1ZJLA 5FHMA 3KSXA 4YZZA 1Z7ME 2GHAA 4F3GA 1ZBMA 1PB7A 4HW8A 5AA2D 4H65A 4EQ9A 2DP8A 4TLMB 2Q9TA 3U93A 4ZEDA 2RC7A 1VR5A 3FVGA 3TCGA 5F7VA 3G3HA 3T66A 4XIGQ 4PFUA 2ZYMA 1N0TA 3FJ7A 5L9MA 4NF8B 5I2KB 4GWOA 5AA1A 4NF4B 4YU0A 3KFMA 2HFBA 4NF8A 4NF4A 2YJPA 1JVYA 3H06B 4GVOA 2I4BA 4LZ5A 3O29A 4OETA 3T9UA 2G93A 4F22A 1A8EA 3FJMA 3UN6A 3K01A 2ZNTA 4QSDA 2QS4A 1XVYA 2ONKE 2RCBA 4IY5A 3O97A 4FJPA 5FHNA 1SW5A 3U8QA 3OEKA 4WEPA 1XOCA 1US4A 1EZPA 3A09A 3B6QA 1D4NA 5IKBA 1B5JA 4GLIA 4N13A 2ZYOA 3DRGA 3M3FA 4QSCA 2NVUB 2XXPA 4YB5A 4OESA 1POY1 2R9JA 4LUBA 3W15C 3KGCA 1Y9UA 4KHZE 1J1NA 1D9VA 3JYRA 1MDQA 1HSJA 4R9GA 5DVJA 4OEVA 3SEYA 3PAMA 1N84A 1P1WA 2AL5A 4RNSA 3CFLA 3DRIA 2DWAA 5H8FB 3MWBA 4ELOA 2F97A 1MQDA 3TQLA 1P1NA 5CC2A 2P1SA 1I69A 3O66A 2PBWA 2FA7A 3SEWA 1N3WA 3MBPA 4Q8RA 3W9VA 3C36A 5KCJB 4THIA 5I57A 4YB7A 3RN8A 2HZKA 4Q0CA 1FQDA 1Q35A 3U94A 2Z8EA 3I5OA 3OSRA 5KCJA 2O6AA 4JWYA 1MY2A 3K6UA 1MM7A 2O68A 2QPQA 3RQTA 1A7LA 1DTZA 4OFJA 2I0BA 3D4CA 3PUWE 1UQWA 2GRVA 4IO4A 1MXUA 3RYBA 1ANFA 4X1BA 4F31B 1SDXA 4HCYA 3RNNA 4POWA 5LOMA 1B05A 5AA2A 4C0RA 1OVBA 1GV8A 3TQWA 5DYHA 4ZZAA 4R73A 3G7WA 1M5DA 4G8HA 2DQVA 1A54A 1PEBA 3MZ9A 3ZKKA 4PP0A 1IQ7A 1ZTYA 1TFAA 4RA1A 1R6ZA 3JZJA 3KZGA 5JEIA 1YPNA 3L6HA 2QL3A 3KG2A 4TOZA 1MXVA 4U4XA 3UORA 1Z7NE 1BLFA 3K4UA 3OMBA 3PV0E 3C35A 1IZ1A 1AIVA 3MVYA 3IL1B 4G8MA 2QRYA 4BDQA 1XT8A 2F78A 1PBPA 4LP2B 1LSTA 3LBSA 3I6VA 4ZECA 1NH7A 3L6GA 2OLBA 4MLQA 4I8CA 3ODBA 2XXQA 2B4LA 1MS7A 4JSDA 1AH5A 4JSOA 1EU8A 3VDFA 3T9XB 3C4MA 2QS3A 3VLVA 4MF3A 4MH5A 3THIA 1POTA 3LUYA 4Z0IA 1FTOA 2IEEA 4JDFA 3S2VA 4OVJA 3O6HA 5CI5A 2UYEA 4H67A 3O2AA 2RCAA 4PE5B 2PYYA 3TPAA 3DLNA 3ILUB 3TELA 3IB2A 4YKJA 1N7WA 2OBGA 4X48A 4IO3A 3PD9A 1OQGA 1PBQA 5H8SA 2QS2A 3SEUA 3A3CA 3FXRA 1B5IA 4KFQA 1Y4CA 3Q27A 3QK6A 2X7PA 1SW2A 1SW4A 3ZS6A 1JEUA 4ONYA 1H45A 1IXHA 1JVXA 2Z22A 3T22A 3OO9A 3M3KA 5H8QA 4XXUA 3MW0A 1GR2A 1LAFE 5ITPA 3MUQA 2H99A 3TUSA 1IUDA 4R6KA 2DSFA 3RLFE 1TFDA 2H25A 2ABHA 2R6GE 4OXVA 1JETA 1A99A 4DE8A 3IO6A 2NUVA 3C32A 2CZLA 5BUUA 2LAOA 5CMMA 2PX1A 1EZ9A 4GD5A 1MH4A 1LB8A 2XD2A 4PFTA 3PGFA 3LSFB 1MQHA 4DCYA 2DXRA 4H6DA 2ONRA 2ZYNA 3SDFA 1XVXA 4E0XA 2H9BA 3R7XA 3K6XA 5EHMA 3UP9A 1QW0A 3MZ1A 1A8FA 3ZKLA 4F18A 4RPOA 1H3DA 1VFEA 3TKDA 4Z7EA 4WKMA 4RYAA 3EN3A 1OVTA 4BLAA 3SKPA 1AMFA 1P1QA 5ICTA 3ILTB 1IIWA 3DRHA 3K6WA 3IOTA 3PPOA 3KOTA 2I3VA 2D3IA 2E0SA 1VSOA 1FW0A 4NMYA 1BTJA 5HBCA 3PUYE 3CVGA 1B0LA 5FTHA 5ITOA 5FTIA 1OLAA 3HHFA 3V83A 4F1VA 2F36A 3DRKA 1DMBA 4QFKA 1B3LA 3KJ7A 3H4ZA 3IJOB 4Q30B 3IAZA 1RKMA 4OWDA 4ND9A 4F1YA 3TTMA 4U2RA 1PB8A 2R71A 3R26A 3K02A 4H1XA 3N6UA 5ISUA 4IGTA 4M4GA 1URDA 4DXBA 2X7QA 4NF5B 3VV5A 5HPQA 4LZ8A 2B3BA 2Z8DA 3D4GA 3P7IA 2YLNA 4LVQA 4H5FA 3CSGA 3LSLA 3OXNA 4NF5A 2F6GA 3RTFB 1BKAA 1SI0A 4G68C 3VVFA 3FXQA 4BDRA 3H7MA 2QMXA 3Q26A 1IXIA 1NMUA 1P1UA 4TQUQ 1DPEA 2QMWA 4F3BA 4OZ9A 4YMBA 3SEVA 5TU0A 4QSEA 1MY0A 4F3SA 1SI1A 3RGYA 4OTEA 3GBBA 1OLCA 2I4CA 2I58A 1R1NA 4P11A 3N26A 2W7YA 4OMBA 4EF1A 4OYVA 4LQ2A 4YKIA 4ZDMA 4QF9A 1QUKA 1LFHA 1US5A 3PU5A 1OQHA 2DE4A 2REJA 2HCAA 1MM6A 4F1UA 5EHSA 4YMAA 4I1DA 4RY1A 2P2AA 3BKIB 4PFYA 4M1VA 3TTKA 5K2XA 3DP4A 4R9FA 4FATA 1QJMA 3TCFA 1XHYA 1B32A 2WKYA 3MAMA 2DE2A 2Q88A 5I59A 4ECFA 3I3VA 3C31A 4NTLA 4U1ZA 4AB5A 4KCCA 3IR1A 2HQ0A 2V84A 1LFGA 4QFNA 1IEJA 5ICQA 2ZYKA 3V5AA 3N94A 3DP8A 1MY3A 2O7UA 4NF6B 4NEDA 5DT6A 1LB9A 3RY3A 3PUXE 2ZMBA 1TXFA 1MRPA 3HV1A 1A40A 2VD3A 3G3JA 3MPKA 2G29A 2B4MA 4NF6A 4N07A 3QUFA 1UIVA 4XKRA 1R9QA 3LC8A 3Q29A 3DRJA 5HM4B 4PFWA 3CG1A 4F19A 1B52A 3ONMA 1B46A 4L17A 3T9VA 4DDDA 5I57B 3FV1A 1Y1MA 3C33A 1QULA 2RC8A 3PMVA 3IJXB 5H8NA 4QFOA 3CFXA 4U22A 2V3QA 2F7BA 4IO5A 5I84A 3KN3A 4XTCQ 2O1LA 1JQFA 3S4UA 4FE8A 1R9LA 2XXHA 4IO7A 3OOAA 1B6HA 4U4SA 1USYH 3V8XB 1MY1A 3VVDA 2DE3A 1FTKA 3O28A 4G8NA 4H5GA 3IB0A 2Y7RA 3QYTA 1L5TA 3C34A 3UGWA 2V25A 1Y3PA 5AA2B 1MY4A 3UA8A 5CRYA 1TT1A 4NWCA 1B4HA 3QUJA 2H5YA 1LBCA 1P99A 1NKXA 4YICA 1MQJA 1ATGA 3M8UA 4BDOA 1NNKA 3ZSFA 3MVZA 3S9LC 4H0WA 3G3IA 4FORA 2GFEA 2FNCA 1HSEA 4YAHX 1Y3QA 2DVCA 4KYSA 3BFTA 2PVUA 3BFUA 4G4PA 4OENA 3GBAA 1AOVA 3E9XA 4ELRA 3B7DA 3KN8A 4BDMA 1I6BA 3FATA 3GLBA 4FEBA 2QS1A 1QKAA 3N5LA 4KCDA 3VLWA 3OENA 1FTLA 2XX7A 3S9EA 5KZTA 1OIBA 3H3GA 1Y1ZA 1FQCA 4JBZA 2V93A 3AXFA 3CG3A 1T0KA 1D9YA 2Y7KA 1B9JA 2ONSA 4OHNA 4O3AA 5AA4B 3VLUA 1JW1A 1ZMGA 4KPTA 3CR9A 3CFZA 3U1OA 2XXUA 4AB6A 2HZLA 4U23A 5AA4A 3USDA 1O7TA 3FVKA 5I56A 3HN0A 3K1PA 2Q2AA 1ZIUA 2I6EA 2F34A 2WOKA 5ELVA 1MPBA 3RTWB 3IK6B 1OMPA 5TPAB 4PETA 1MG1A 1B4ZA 3DP6A 3UIFA 1VFDA 4POXA 3FD3A 3CRBA 4R74A 3O9PA 1B40A 3MVXA 3RUMA 4ZEKA 2AL4A 2O7IA 5TPAA 4GXSB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DCXA 1B3EA 1D3KA 3LVUA 2Y84A 4PFBA 3K2DA 5AE4A 5H8QB 3A3UA 4N17A 1MXYA 3K6VA 2Y7PA 4I40A 2VHAA 3H6WA 4GX3A 5DTBA 1EYIA 1H44A 4ZE8A 2F7CA 2HPGA 3ROJA 4O3CA 4PE3A 3QMFA 2PT2A 1IXCA 3QXMA 4MMPA 3KEIA 5A5LA 2YPNA 3Q25A 5M2VA 1SYIA 1I6AA 4Q5TA 1NH8A 4EXLA 1I6QA 3U65A 3RT8A 1GGGA 1K9ZA 3WAEA 1YTVA 2P3NA 4PFIA 2D21A 2GHBA 2I3WA 3F11A 4E0WA 1URSA 3VVEA 1WODA 1FTAA 3OO6A 1B7UA 1UIUA 3SEXA 2OCUA 2QVRA 4ZE9A 1SBPA 4ESXA 4P47A 1NV1A 4RK9A 4GXAA 1B3HA 2DVZA 3CHGA 3N6TA 5I58B 5J16A 1IMFA 1FQBA 4P1LA 2Y5LA 2Q2CA 2QVVA 5I58A 1FQFA 2I49A 5KDTB 3KOSA 5T3JA 3MP1A 2ZNSA 3ECRA 4OQOA 2D5WA 2I48A 1CE2A 1NFTA 2V3UA 2ZZWA 5KDTA 1H43A 2XHDA 3PMWA 4ZEFA 3SESA 4KQPA 1LGBC 2Q8JA 2RKMA 1AL3A 4RK2A 5A5XB 1LCFA 3HSTA 3VXCA 3RYDA 2JJKA 3TODA 1EZOA 4DZ1A 3H6VA 5H8HA 2UVGA 4N6PA 2ESNA 1IITA 5A5XA 1NUXA 1RDZA 4GFRA 3EPEA 2XXIA 4GL0A 3HPIA 4U21A 1S50A 3H03A 5JK4A 2H4IA 1IXGA 3PPRA 2DXYA 1DSNA 1PC3A 3TTRA 1Q1KA 2VOZA 1Y20A 2PT1A 1KA0A 1M5CA 2Y7WA 5DW8A 3HO7A 4N8GA 4DIGA 2NWJA 4HTGA 4FECA 4BDLA 2O84X 2P3VA 3TTLA 4KD5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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