1DPEA

Dipeptide-binding protein
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFISGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATEFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title 2 A resolution structure of DppA, a periplasmic dipeptide transport/chemosensory receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide transport
total genus 155
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dpeA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dpeA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dpeA01
4NF4B 3FJMA 5F1QA 4ONYA 1KWHA 1ZJLA 3G3HA 1RYOA 4RK9A 2HXWA 3TTKA 3VVDA 3IOWA 4RPNA 4F2QA 3TELA 3L6HA 5AA2D 5L9OA 1RYXA 2AL4A 4RYAA 4FEBA 4JDFA 3C32A 4KYSA 4EXKA 3FVNA 5AE4A 1FTMA 2QS4A 4LUBA 4R74A 1WODA 3SEWA 2V93A 4DIGA 3BFTA 1N7XA 1S50A 2I6EA 4TOZA 1B9JA 4NF6B 3DP8A 3OO6A 2F97A 1LAFE 4JBZA 1O64A 3R26A 4GXAA 4GD5A 1JETA 1Q1KA 4IO3A 3IB2A 3RTWB 1UTBA 4GRKA 4JSDA 3U94A 3VVFA 5ICTA 4KR5A 3IJOB 2A5TA 3HO7A 1GR2A 3JV9A 1Q35A 4EUOA 4OVJA 4G8NA 3PMWA 1JW1A 4OWDA 5B7DA 3QIMA 2F35A 5AA2A 1XVXA 3G7WA 4KCCA 2HAVA 2UVGA 3S9NC 1LLSA 3UIFA 4GIZA 4EF2A 5IAIA 4OTEA 2B4LA 3N5LA 2ZXTA 3EHSA 4ZZEA 3W15C 5TP9A 1O63A 1XC1A 3EPEA 3K01A 2H4IA 3DP4A 4NF4A 3TTMA 1CE2A 1JNFA 2PX1A 2D3IA 1QJMA 2R6GE 3GBAA 3HCQA 1NMUA 3FXQA 2HFBA 1LB9A 4LONB 4R6HA 2DS9A 2V3TA 2F7AA 4ZEDA 1N0TA 4WEPA 4C1UA 3H6UA 3VDFA 3MVZA 1B58A 3G3JA 2QS2A 4F39A 5IKBA 4OZ9A 2YPNA 3IOVA 4EQBA 4O3AA 4H8IA 3HHFA 3VXCA 3K4UA 1OVTA 1LFHA 4YMAA 3ILUB 3E4RA 5DTBA 1MXZA 1UTHB 4FORA 3EN3A 2UYEA 3CFLA 3B6WA 3KOSA 3OSQA 1B7UA 3BBRA 2DYXA 3MBPA 3VE1B 3CHGA 3MVWA 3OXNA 1CB6A 3R6UA 4KQPA 5JTYA 4OHNA 2H9BA 3K2DA 5KCJB 3K0VA 2DE4A 4Q8RA 1TFDA 3DRFA 3PUVE 4BDQA 2UVJA 1QULA 2XXPA 3H6TA 1B46A 3S4UA 2P0SA 2DVCA 4GL8A 3O6IA 2GHAA 1DTGA 3KSJA 3FV1A 1US4A 1ZU0A 4N6PA 1MPBA 4F1YA 1AH5A 3LSFB 3H6VA 3MJNA 3Q27A 1QW0A 5L8DA 1D9YA 1NNTA 3FGSA 1A54A 1B5HA 2R71A 1JQFA 4TLMB 1IXGA 1XOCA 1H43A 4AB6A 4R75A 3KN8A 4BDOA 5K2XA 4N07A 4GVOA 4QHQA 2B65A 3K00A 3FV2A 2A5SA 2XXQA 4U21A 3IR1A 1I6AA 1HSJA 2F36A 1LAHE 3V83A 1B3FA 2DXYA 2REJA 4IO6A 3IO6A 1JW4A 4JSOA 1T0KA 2NUVA 1SQYA 5EHSA 1Y1ZA 1M5EA 2FYIA 4I1DA 5I2NB 2ONSA 4LP2B 2X7QA 5L9SA 1UQWA 1DPEA 2ZNTA 1IXHA 1R9QA 1B5JA 2OZZA 2QPQA 3PAMA 3HN0A 3PUXE 2VGQA 1IIWA 2XXHA 4OMBA 2THIA 3AXFA 4Q5TA 4OYVA 4JWXA 1A55A 1NKXA 1SYHA 2M8CA 2DQVA 2V25A 1PC3A 5H8HA 3FJGA 3IORA 1MS7A 3KFMA 1A99A 1Y20A 3Q29A 3TQWA 3DRHA 5TU0A 3C9HA 5H8NB 1AL3A 2Y84A 4ZEKA 1MXYA 2Z8EA 3O2AA 4DCYA 5CMKA 1TWYA 4H8JA 4X1BA 1Y3PA 3O6HA 3BFUA 4F22A 3EF7A 3ILTB 3S2VA 4NF8A 5FTHA 1B5IA 4IO4A 1AOVA 3RT6B 3KN7A 1LBBA 3EQ1A 4H5FA 3LVUA 2XXXA 1OMPA 4P11A 5CC2A 1MXXA 2KLFA 3TKDA 3FATA 4G8HA 1FQBA 1POTA 4OESA 2R9JA 3U8QA 4DLDA 4R9FA 4TQUQ 1IEJA 3QSLA 5JEIA 3KZGA 4RPOA 4G77A 4G4PA 4NEDA 3IX1A 3M3LA 3S9MC 1O7TA 2VD3A 3S9EA 1Y3QA 4C0RA 3M3KA 1Y1MA 1ZLQA 5CRYA 3T9UA 1MQDA 3IAZA 4NF5A 2O84X 4R2BA 4HTGA 5I84A 2B3FA 1B40A 4OQOA 5BWJA 2F7BA 1B32A 4YMBA 3FTOA 1LAGE 1ANFA 1VE4A 4YU0A 3TTRA 5AA3A 2QL3A 3E3KA 5M2VA 1N04A 3W9VA 4JXIA 4R6YA 4BLAA 3MZ9A 4GLIA 3IO4A 3OD7A 4YKPA 5H8NA 2DWJA 3G3FA 3GXAA 1IITA 3RPWA 5FHNA 3LBSA 3QYTA 5I57B 1TXFA 5I59B 1YAEA 4I62A 3S9LC 2WOLA 3EHUA 4FE8A 4OETA 1MG1A 3C33A 3TCHA 3TEPA 2QJEA 5CMMA 1NNKA 4QSDA 2I4BA 2BJJX 4ELOA 4Q30B 1MH4A 3G3IA 3MW0A 2GFEA 1EZPA 1B7HA 4U1ZA 3CVGA 3U1OA 3O28A 3FXRA 4MFIA 2PMSA 3TODA 1SDXA 1JEUA 3USDA 3O29A 1VFDA 1B4HA 3BKIB 2PYYA 2UXAA 2OK2A 2XXVA 1J1NA 1URGA 1MDP1 3UORA 2I58A 4QFPA 4U1OA 2G93A 4KYDA 1JEVA 2I49A 3KBRA 1ZMGA 1I6BA 1WVJA 1PBQA 5KDTA 3FZVA 3O6GA 5B70A 4DCXA 2DWAA 3VLUA 3JYRA 2DE2A 3CIJA 1QVSA 5CBSA 2XXUA 4LQ2A 3B6QA 4ZZAA 4H6DA 3SETA 4X9TA 4U4XA 3E13X 4F18A 3SDFA 2Q89A 5CMBA 4QSCA 5ITPA 4G68A 2Z22A 3CG3A 3P7IA 3PPRA 2P2AA 1VR5A 2O6AA 5I58B 1EZ9A 2I3WA 5I57A 4R6KA 3UK4A 1D4NA 5ELVA 3TTLA 5F7VA 3HSTA 1SBPA 1GV8A 1ZBMA 1MM7A 2W7YA 4F3SA 3R7XA 3OO9A 3FVKA 1ZIUA 1NL5A 3THIA 2YLNA 3B6TA 1DPPA 2REGA 1SW4A 2DP8A 3MVXA 4MLVA 3H3GA 1GTKA 1LSTA 4F29A 2GRVA 2DE3A 5AA4A 2RKMA 3PUZE 3A09A 3PGFA 3MZ1A 1B3GA 1MXWA 2V3UA 1B6HA 2F34A 3LSXA 4YKKA 2Y7PA 1GGGA 1QUJA 2D21A 4JWYA 5DEXB 2Q2AA 3SEUA 4OFJA 2LAOA 3M8UA 4QF9A 4OEUA 1MY1A 2DWHA 4EF1A 1FTLA 1US5A 4IGRA 1II5A 3CR9A 3T96B 3FIRA 4YKIA 4GQOA 1EZOA 3DRIA 3GBBA 4NF6A 4WKMA 2OWSA 4ZE9A 3SESA 4F3PA 3TCGA 3MP8A 3O9PA 2I0BA 2O1LA 2Y7IA 4I9DA 3N6UA 4GWOA 5H8FB 2F78A 1NNPA 3CFZA 1JW5A 1P1UA 4I8CA 3LR1A 5TPAB 3MPKA 5CMCA 3K1NA 2E0SA 3G3GA 5A5XB 2F6GA 3TFLA 1AMFA 1MM6A 4FIMA 4DXCA 3UP9A 4ZE8A 5ICQA 4IO2A 1FQCA 1TT1A 4L17A 2XXRA 1M5BA 2XXTA 3KSXA 4G2ZA 3RYAA 3DRKA 3K6XA 2AL5A 4MLQA 1AIVA 2D5WA 4TLLB 4ESXA 4LZ5A 1M5DA 4ELPA 5DEXA 4OFLA 3C31A 5ITOA 3IB0A 3KJTA 4UACA 1PB9A 4NTLA 4R2FA 5FHOA 4AB5A 4XKPA 3PD9A 4DDDA 3V8XB 5FHMA 2CZLA 3V5AA 2ESNA 3OOAA 2FNCA 2F8DA 1UIUA 4QSEA 3MWBA 2XXYA 1LB8A 3GLBA 2QMXA 1QKAA 3T9XB 2Z8DA 1MY3A 3PUYE 3H06B 3ONMA 1RKMA 3RT8A 4FEDA 1A7LA 4RK2A 1USYE 1P1OA 5I56B 1UTHA 4ZEBA 4YZZA 3T9HB 4PP0A 2UYFA 3MVYA 2DOJA 2VP1A 1BIYA 5HM4B 4DXBA 3EHTA 5I2KB 3H7MA 1EU8A 3QK6A 1MPDA 5KCJA 4M4GA 4HCYA 1ZKBA 3FUZA 2ZNSA 3A3CA 2H99A 4R73A 2RC7A 3PMVA 4QRZA 1SW5A 1M5CA 4RXLA 3TDJA 4PFTA 3CSGA 4GXSB 3CRBA 5AA1A 4IB2A 2Z23A 1YTVA 1QKBA 1MY0A 1EH3A 3VFJA 3MP6A 1MY4A 2NOOA 1MQHA 2ZNUA 5L9MA 1SW2A 1N7WA 4DXUA 4H65A 3LSWA 4F19A 1QUIA 5DYHA 3A3UA 5DVJA 4P0IA 1S9TA 2XXIA 4DE8A 3KG2A 2XX8A 2QMWA 2Z8FA 1MY2A 3OSRA 1USYH 3K6VA 5HPQA 2VD2A 1I69A 1JVXA 2X7PA 5I2NA 4F1VA 4BDLA 4IGTA 4PETA 1FQEA 1Z7ME 3PPNA 1FQFA 4YICA 3JZJA 1FCKA 3QXMA 4E0WA 5H8SA 2HZKA 4MBPA 4GOTA 2XHDA 3QUJA 4ZECA 2O1MA 2WKYA 2DVZA 4HS7A 3HHGA 2E1SA 1IQ7A 1PB8A 3KJ7A 4U23A 4R72A 1B3HA 3IB1A 3UN6A 1XVYA 4O3BA 2FA7A 4QFLA 4LATA 1B05A 2RINA 3T22A 1B3LA 1H3DA 1MPCA 3M3FA 2Y7KA 3E9XA 3KOTA 3Q26A 1BP5A 1XHYA 4PQJA 2NWJA 1UTBB 4ZEIA 3RGYA 2VHAA 3SKPA 3KEIA 3U93A 2OWTA 5J1DA 1Y4CA 2A5TB 2WOKA 1Y9UA 3TAJA 1DTZA 4KHZE 4LQ5A 4PFYA 3IOTA 3ZKKA 3TTNA 4AQ4A 4ELRA 1JVYA 3FASA 3DM0A 2GHBA 5AA2B 1SI0A 1L5TA 3W9WA 2HAUA 1DMBA 1B1HA 3MPLA 2PBWA 3ZSFA 3SEVA 3T9VA 1P1NA 2ALUA 3LSLA 4KI0E 1B2HA 4Q0CA 5DVFA 3DELB 5TP9B 2NVUB 4YKJA 1YPNA 1P99A 2QS1A 2O7UA 3MQ9A 4U4SA 4YB7A 4G68C 2NXOA 2HQ0A 1S7YA 2ZMBA 4YAHX 1WDNA 3K6WA 3ZKLA 2O7IA 2ZYOA 1OVBA 4QFOA 3ODBA 4RNSA 1LFIA 1B52A 3TPAA 4ND9A 2UVHA 3FVGA 3CI8A 3PUWE 4X1DA 4X48A 1ZTYA 3F11A 4K3FA 1VSOA 4POXA 1SI1A 4H0WA 1NH8A 2Y7WA 3RYBA 3FJ7A 1M5FA 1PEBA 4JWOA 3RTFB 3K6UA 5I59A 4H5GA 2X26A 3PPOA 4NMYA 2HZLA 4IO5A 1LCFA 2DSFA 3TQLA 3OEKA 4XIGQ 1BKAA 3OEMA 4ECFA 4GF8A 1QUKA 3O6PA 1F9BA 3B7DA 1H44A 2RC9A 2CMOA 3ZS6A 1XS5A 2RF1A 4IY5A 2RC8A 2F6PA 1A40A 3PV0E 2GH9A 1IUDA 4GL0A 5JTYB 1MQIA 4THIA 3T93B 3C35A 3ECRA 1SD3A 3V89B 4RJZA 1MXVA 3VVEA 1A8EA 3K02A 4P0GA 1XT8A 3HPIA 4FJPA 2RCBA 2Q8JA 4ESWA 1ELJA 2PT2A 2I0CA 2IEEA 1OLAA 3O97A 4QFKA 1DOTA 4EQ7A 1MDQA 2G29A 1B3EA 2DXRA 2ZYKA 3RNNA 1PDAA 1POY1 3MP1A 2XD3A 2H98A 3FVOA 1B1XA 2OJTA 1R9LA 1N84A 4OENA 3MAMA 4U2RA 2HCAA 4ELQA 5K2YA 3SERA 3QUFA 4IO7A 1IZ1A 4ZS9A 5I58A 2Y7RA 1PB7A 4KFQA 3PPQA 4UA8A 1LCTA 2ZYNA 3VLVA 5H8QB 5DVIA 4DZ1A 1NNFA 4EXLA 2H25A 2V84A 1OLCA 1TFAA 1FQDA 4ZEFA 3HV1A 3H4ZA 4Z0IA 3T66A 1VFEA 5CBRA 2O51A 1N76A 2WOPA 5H8HB 4H67A 5FTIA 1MRPA 2VOZA 4EQ9A 4KPTA 4U22A 3IOUA 1N3XA 1IXIA 4OEVA 1MQJA 5KZTA 4HCWA 2I3VA 4NF8B 2DWIA 3D4CA 3TYHA 2UVIA 2IA4A 2OLBA 3K1PA 3RN8A 3QAXA 1OQHA 1HSEA 2XD2A 4JB7A 3I3VA 2O68A 1LFGA 5DT6A 3OO7A 4FAJA 3OMBA 3C34A 4F3GA 1DSNA 5EYFA 1GVCA 1D9VA 5LOMA 3DRGA 3U92A 3OELA 4N13A 2Q88A 3WAEA 3RLFE 4IY6A 2HEUA 4GFRA 2B3BA 5H8FA 4LZ7A 3OENA 3PD8A 3H03A 3MZBA 3D4GA 4F2OA 4XXUA 1B0LA 4XKQA 5TPAA 2XX7A 4NF5B 3KN3A 4WEDA 5H8QA 4POWA 1FQAA 2H5YA 4F31B 4F1UA 5A5XA 1B4ZA 4PFWA 1P1WA 2B4MA 1HSLA 3IL1B 3RY3A 1H76A 5BUUA 3TZAA 4PE5B 2AYSA 3C36A 2PVUA 2ANJA 2QSXA 3LUYA 4R9GA 3TUSA 4YB5A 1Y3NA 2AIXA 4LVQA 4BDRA 4E0XA 4EDPA 3MC2A 3I5OA 3SEYA 4OERA 4HW8A 4XKNA 4XTCQ 3FD3A 4H1XA 1FW0A 2YJPA 2Q2CA 2PT1A 2Q9TA 3I6VA 1UIVA 4NWCA 3DRJA 3G3KA 3L6GA 1A8FA 3Q28A 2QS3A 2ONRA 4MF3A 4FECA 4OXVA 3IK6B 4RY1A 4M1VA 2ZYMA 5HBCA 3OO8A 4RA1A 3Q25A 1PBPA 4OFOA 1SYIA 4KYEA 1B0HA 4Z7EA 1D3KA 1MQGA 1LGBC 1BLFA 1BTJA 3PMXA 3CG1A 3CFXA 2OCUA 1SVXB 4ISUA 1OIBA 1ATGA 5ISUA 4G8MA 3N26A 5I56A 2XX9A 4NWDA 3TCFA 3K1MA 3VXBA 3VLWA 1Y4TA 1NFTA 3GZGA 1MH3A 4LZ8A 3C4MA 3FXUA 1FTOA 2F5XA 3DP6A 2OBGA 4PFUA 1R1NA 4XKRA 3RQTA 5I2KA 4QFNA 5KDTB 1LAXA 4BDMA 1I6QA 3WAFA 3O66A 3DLNA 1IXCA 2I48A 1URDA 1URSA 1NH7A 4LA9A 1B51A 3PPPA 1R6ZA 2XXWA 4C1TA 4F3BA 2V3QA 1SW1A 3UGWA 3PU5A 1H45A 3LC8A 4G68B 2I4CA 1N3WA 1FTKA 4MH5A 1Z7NE 5EHMA 3CSBA 3N6TA 4YB6A 2ONKE 3UA8A 5CM6A 2ABHA 5CI5A 4KCDA 2RCAA 4FATA 3VV5A 3IJXB 4KD5A 3H6WA 1B7ZA 3N94A 5JK4A 1MXUA 1LBCA 4BDNA 4WXJA 1OQGA 1YCJA 2O69A 4O3CA 5AA4B 3KGCA 4ZDMA 1FTJA 2P1SA 3TMGA 3RUMA 4NE4A 1P1QA 2F7CA 2QRYA 3MUQA 3SEXA 3U72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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