1DPEA

Dipeptide-binding protein
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFISGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATEFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide transport
molecule keywords DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title 2 A resolution structure of DppA, a periplasmic dipeptide transport/chemosensory receptor.
pubmed doi rcsb
total genus 155
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dpeA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dpeA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dpeA01
1OLAA 3K02A 3K6VA 1P1OA 4ZE8A 4FATA 4G77A 4I9DA 2ZYNA 3ONMA 1N84A 3KJ7A 1N76A 3E4RA 3N94A 5DYHA 2OWSA 2QRYA 4PQJA 4G2ZA 4X1BA 3FVOA 1YTVA 1EZOA 3FD3A 1NNTA 5ITPA 3WAEA 3BKIB 2HXWA 3AXFA 4OHNA 3D4GA 4KI0E 2RINA 1FQAA 1OIBA 2BJJX 1H44A 1LCFA 1MPCA 3MVYA 3HSTA 5ICQA 1LFIA 4RXLA 1HSEA 2V3TA 1AOVA 4GIZA 4F39A 3K1PA 5CBRA 2NOOA 2F5XA 1D3KA 2O1LA 1P1QA 2XD3A 4EF2A 4OQOA 4TLLB 1I6QA 4I62A 4BDRA 3I3VA 1MXVA 4IB2A 4RPOA 3MZ9A 3PD8A 1R9LA 4U23A 5I57A 1MH3A 3OEMA 3S9LC 1B1HA 4F1UA 3I6VA 4RJZA 3OEKA 3W15C 3GLBA 4XKNA 1B5HA 4QFOA 2Q9TA 5AA2A 1IXIA 3SESA 3MVXA 2QS2A 4X1DA 4THIA 2F6PA 3S9MC 4R74A 2B65A 3Q29A 2ZYKA 4FECA 4YAHX 2F36A 1IZ1A 3SEVA 1GTKA 2WKYA 4NF6A 3O6PA 1NKXA 3K1NA 4H6DA 4I1DA 4JWXA 4ZEBA 4EUOA 1SI0A 1NH8A 1H3DA 2O7UA 3TPAA 5I56A 3IK6B 4ECFA 3C34A 1SW4A 3OD7A 4EXKA 4GFRA 4U1ZA 3EF7A 4F1VA 3G3JA 3LR1A 3E9XA 1OMPA 3RYAA 1FTKA 2RKMA 2O1MA 3MVZA 3A3UA 3DRFA 4H5FA 1VE4A 4H0WA 1MXYA 2VGQA 5AA4B 1HSJA 4RNSA 1EU8A 3O6IA 5CM6A 5IKBA 4ISUA 3DP6A 1A7LA 4ZDMA 4U22A 3FVKA 3PPNA 4G68B 3CSBA 2XXIA 5ITOA 2ALUA 3MAMA 4F3PA 4EQ7A 1JVYA 1R6ZA 3THIA 1MG1A 1PB7A 5LOMA 3M3KA 3OENA 3O29A 3PUXE 1O63A 4LONB 5L9OA 1LGBC 1IEJA 1A99A 3FATA 5K2YA 1ZU0A 5H8NA 4R9FA 1LFGA 1SBPA 1FQFA 3C4MA 3UK4A 4F3SA 4P0GA 2OCUA 1PBQA 1LLSA 3OO6A 1DOTA 3PD9A 2XXXA 3H3GA 1MDQA 3Q26A 4OVJA 5FHOA 4NWCA 1IXCA 1M5EA 1NFTA 4YMAA 3QXMA 1RYXA 1FCKA 4OXVA 4QHQA 5J1DA 4ZE9A 3M8UA 4XXUA 2O69A 1GGGA 3TMGA 1MY4A 3KN7A 2I49A 1JW5A 4PFTA 4YB5A 4E0XA 2DXRA 1IITA 4O3CA 1JEVA 3OO7A 4OYVA 4I8CA 1SW1A 3T66A 3L6GA 2IA4A 4KPTA 4PFUA 1TFDA 2PT2A 3GBBA 2UVIA 4KYDA 3OMBA 4GRKA 5FTHA 4R9GA 5CRYA 5TPAA 4FE8A 1USYH 4QFNA 3F11A 4GXSB 4LATA 3O2AA 2Y7KA 3S9NC 2YPNA 4KQPA 3H6VA 4RYAA 2F35A 4LUBA 4KD5A 4BDNA 1BP5A 1MY2A 2OK2A 3QAXA 1FTJA 2VD3A 4O3AA 3IL1B 3RNNA 1NL5A 3MW0A 3DRHA 5A5XA 3G3KA 4MH5A 5JTYA 3KFMA 2HAVA 5L9MA 2XHDA 2R9JA 1IIWA 3N6TA 3TZAA 2FYIA 1MQJA 3U8QA 5AE4A 5M2VA 1JVXA 4TQUQ 1MH4A 1VFEA 2AIXA 1VR5A 3CFLA 2FA7A 1XVYA 2E1SA 2ZNSA 5HBCA 5KDTB 3HHFA 2P2AA 1Y3QA 2UYEA 4LP2B 2I3VA 1NNPA 4KFQA 1B3HA 4M4GA 2AL4A 2WOKA 1MXUA 1MQIA 5DTBA 3LVUA 1S50A 4C1TA 5H8SA 1H43A 5CMCA 3JYRA 2H5YA 3B6QA 1UTBB 4R75A 2YLNA 4Z0IA 5I2NB 2OBGA 4YICA 3DLNA 1RKMA 2F8DA 2GFEA 1ZLQA 4L17A 2R71A 4QRZA 3LSWA 4MLVA 2XXVA 2F97A 3QUJA 3TDJA 4ESWA 5CC2A 2UXAA 1MY3A 3EPEA 2XX9A 3MVWA 3IOTA 2DXYA 3UIFA 5H8QB 3U94A 2DWIA 3MQ9A 2A5SA 3CFZA 2Z22A 3VVFA 3C35A 3R26A 4ZEDA 1M5CA 1FQEA 3TAJA 4FIMA 1B7HA 4LZ8A 2NUVA 3VFJA 2ESNA 1Z7ME 1B52A 4UACA 2XXUA 3FUZA 1CE2A 4R73A 2DWHA 3H06B 2XXQA 4IO4A 4YMBA 3CI8A 4MFIA 4YZZA 2Q88A 2XX8A 1FQDA 1OQGA 1LAFE 3MBPA 3N26A 4LA9A 2HCAA 3M3FA 4RY1A 4LQ5A 2OJTA 3DRGA 1ZIUA 1P1NA 3G3GA 3USDA 2PBWA 1Y9UA 1BTJA 1LB8A 1MPBA 3TKDA 2H25A 3FIRA 2PT1A 3C36A 4UA8A 4AQ4A 4F2QA 2VHAA 2I6EA 2Q8JA 3KOSA 1MDP1 4NWDA 3VLUA 4BDQA 1Q1KA 3JV9A 2GH9A 4X9TA 3QIMA 3PGFA 4OTEA 3FXRA 4PP0A 4U2RA 1FW0A 3TTNA 4JSOA 1WVJA 4F31B 1A55A 1QKAA 4FJPA 4RK2A 4RA1A 3T9UA 1QULA 1AIVA 2RC7A 2P1SA 1POY1 2V84A 2Z8DA 1GVCA 2A5TB 3H6UA 4XIGQ 1B7ZA 2XXWA 4IO5A 2O51A 3H6WA 2O84X 3DP4A 1DTGA 4OERA 4Z7EA 1B58A 5TU0A 1P1UA 3RN8A 3TTLA 5B70A 5AA4A 2DS9A 3C33A 4Q0CA 2QL3A 2Z8FA 3D4CA 4IY5A 4G68A 3V89B 3FV1A 2V3UA 2Q89A 4LVQA 1PC3A 3ILUB 4F2OA 4G68C 1DTZA 4PETA 2F6GA 2I3WA 3LSXA 3KN8A 3FV2A 2GHAA 2ONSA 3KSXA 4F18A 4POXA 2QJEA 2DE4A 4H8IA 4O3BA 5KCJB 3VV5A 2DP8A 4G8MA 3VE1B 3PPOA 5HPQA 3TTKA 3S9EA 4XKQA 3TCFA 3O6HA 2PMSA 1POTA 4IO3A 5JK4A 3MZ1A 3VVEA 3FJMA 3PV0E 4IO2A 2Z8EA 3CR9A 3W9VA 3TTRA 3ECRA 4Q8RA 1XHYA 4ELPA 4EDPA 3UGWA 3R6UA 2Y84A 3IJXB 1A8EA 4OFJA 3T9VA 2HQ0A 2ABHA 2GRVA 2REGA 2DWAA 1JEUA 3IORA 4YU0A 4FEDA 4XKPA 3C32A 3B6WA 1D9YA 1D4NA 1OVTA 4NF8A 3LC8A 5BUUA 1QUJA 1ATGA 4WXJA 3KEIA 3A09A 3GBAA 3LSLA 2X26A 1MY1A 2W7YA 2H9BA 1Z7NE 3HO7A 1I6AA 4YKJA 2ZMBA 4DXBA 1LBBA 2XXPA 2HAUA 1XVXA 3IX1A 4OEVA 5CBSA 3H03A 2ZYMA 3K1MA 3CIJA 4K3FA 1A40A 5EHSA 1US5A 3FASA 3H6TA 3U72A 2O6AA 1MQDA 1M5FA 1B3FA 3N6UA 3O28A 1B3LA 2V93A 4F29A 3B7DA 4ZECA 3FZVA 1MY0A 3R7XA 3QUFA 4R6KA 1I6BA 2H98A 3TODA 4DZ1A 3GZGA 3FVGA 4R6YA 2LAOA 5DEXB 3K2DA 1B3EA 2DVCA 4BLAA 3CG3A 4N07A 1FQCA 4ELOA 3HPIA 4JWYA 1YCJA 1XT8A 1H45A 2E0SA 2XXRA 4FORA 4QSCA 1DPPA 3UP9A 5KDTA 5I2KB 2WOLA 4DCYA 1LSTA 1H76A 5FTIA 1FTMA 1DSNA 4U4SA 1MXWA 3PUZE 1SW2A 1UTBA 4DIGA 5TP9B 4NF8B 5I2NA 3EHSA 2DOJA 3OELA 3O66A 4KYEA 5H8HB 3T96B 4F19A 4QFPA 3TUSA 4HCWA 4KYSA 2I4CA 3T9HB 4LQ2A 1LB9A 3VXCA 5DVIA 1NNKA 5H8QA 3KOTA 1N3WA 5HM4B 2I48A 3EHTA 4OZ9A 3SKPA 3Q25A 1WODA 2ZNUA 1QJMA 2Y7IA 2M8CA 1A8FA 3DELB 4MLQA 5F7VA 3RTWB 1MPDA 3Q28A 1R9QA 1MM6A 1M5BA 1IQ7A 2I4BA 1II5A 3SERA 4F3BA 1XC1A 2RCBA 2DWJA 2OWTA 5I84A 2RCAA 3LUYA 4G8NA 2FNCA 4JDFA 4WEDA 5JEIA 3SDFA 2B4MA 5FHMA 1AMFA 4OENA 3FGSA 4DLDA 4DCXA 1GR2A 2QMWA 3FXUA 2UVHA 1OLCA 4GXAA 1URGA 4NF4A 4EXLA 1QUKA 2XXHA 4DDDA 3RQTA 3O9PA 2Y7PA 5ISUA 4QSEA 1LFHA 3Q27A 3T9XB 3K6XA 2ZYOA 4YKPA 2O7IA 3CG1A 4F3GA 1YAEA 3DRIA 2XD2A 3O6GA 3G3FA 2ANJA 1EH3A 4DXUA 2F7CA 4NF5B 4EQBA 2P0SA 4PFYA 4GF8A 2Z23A 3VXBA 2DE2A 1FTLA 2DVZA 4FAJA 1US4A 1S7YA 2I58A 1MQHA 3IOVA 1PB9A 2A5TA 4U4XA 4RPNA 1TT1A 1EZ9A 3B6TA 3MPKA 3PMXA 4ZZAA 4U21A 1FTOA 4QSDA 3CFXA 3U93A 1UQWA 1MXXA 3CSGA 1B3GA 4BDMA 4ND9A 1MM7A 3ZS6A 3RYBA 2Y7RA 2VD2A 4PFWA 2XX7A 1M5DA 1B4ZA 1WDNA 2DYXA 3P7IA 3PPPA 3K0VA 4OFLA 3OOAA 3SEYA 2VP1A 4OESA 1PEBA 3U1OA 2RC8A 3IB2A 1N7WA 1NNFA 2QSXA 3HCQA 3OSQA 2X7QA 5KCJA 2ONKE 3WAFA 3MWBA 3OO8A 4KCDA 4WKMA 3K6WA 4IY6A 4Q5TA 3MZBA 4NF4B 1QKBA 2PVUA 5AA3A 1SI1A 3RY3A 1Y1ZA 1JETA 3SEXA 1D9VA 2I0CA 3O97A 4KR5A 1B9JA 3HHGA 1ZTYA 1PBPA 1LAGE 3TEPA 5ELVA 2D5WA 2Y7WA 3A3CA 3EN3A 1ZJLA 4XTCQ 4Q30B 3S4UA 1B40A 2YJPA 3RTFB 1QUIA 3UN6A 4XKRA 1VFDA 1J1NA 3K01A 1VSOA 1JW4A 4H5GA 2G93A 4OMBA 1YPNA 1KWHA 1A54A 5CMKA 1AL3A 2V25A 4AB6A 3FJGA 3MC2A 4G8HA 2H99A 1CB6A 4ONYA 1URSA 4H65A 4C0RA 4H8JA 3RT8A 4OEUA 3EQ1A 2B4LA 4OFOA 3GXAA 4TLMB 1Q35A 5IAIA 5DVFA 5I59A 2WOPA 3MJNA 5H8FB 4C1UA 3KJTA 2I0BA 3IR1A 2UVGA 3KZGA 3DM0A 4HTGA 4JXIA 4GQOA 1P99A 1TXFA 5DVJA 3T93B 3FTOA 1ANFA 4N6PA 2UVJA 2F34A 3TELA 3L6HA 1S9TA 3E3KA 2DE3A 5DEXA 1IUDA 4HCYA 2RC9A 1R1NA 1ZBMA 3TCHA 4M1VA 4GVOA 1NMUA 1I69A 3KSJA 4JWOA 5FHNA 4ZEFA 3IB1A 3EHUA 1B0HA 4WEPA 4YB7A 5L9SA 3H7MA 1SD3A 3HN0A 4KCCA 5I2KA 3PU5A 1TWYA 2AL5A 3RUMA 2HFBA 5KZTA 1BLFA 1MS7A 1UTHA 1B6HA 1PB8A 2QS1A 2F7BA 1QW0A 1SW5A 2CMOA 3CHGA 5TP9A 3KN3A 4ZS9A 5H8HA 1BKAA 2O68A 4NEDA 4R72A 3MP1A 4P0IA 3PMWA 1DPEA 1ZMGA 1Y3PA 2F7AA 3RLFE 2NXOA 1Y1MA 1SDXA 1LAHE 1Y4TA 1XOCA 4P11A 4R2FA 4N13A 5AA2D 1DMBA 3PPRA 2HZKA 3LBSA 2R6GE 4DXCA 3QYTA 2NWJA 4EQ9A 4IO7A 4ZZEA 3RT6B 1N7XA 3HV1A 3IOWA 3U92A 3UA8A 5CI5A 5I59B 2PX1A 2G29A 1USYE 1L5TA 1B7UA 1JNFA 4KHZE 3BBRA 4NTLA 3N5LA 5I57B 3PPQA 4MF3A 4BDLA 3VLVA 2D21A 2Q2AA 4H67A 4OETA 3G3HA 3W9WA 3H4ZA 3FJ7A 4GLIA 5AA2B 4U1OA 4GL8A 2D3IA 3IO6A 3RPWA 2RF1A 3CRBA 2REJA 3DRKA 4ESXA 4QFLA 4BDOA 3I5OA 1IXGA 3V5AA 3ZKLA 4DE8A 1UTHB 3QSLA 2ONRA 3PUYE 4JSDA 5CMBA 4ELQA 1Y4CA 5EHMA 1IXHA 4ZEKA 3M3LA 3IAZA 1SVXB 5I58A 4NF6B 4FEBA 3RGYA 1B0LA 4IGTA 1SYHA 2DQVA 4GWOA 3SETA 1N3XA 2H4IA 4YKIA 3PUWE 4GD5A 1XS5A 5I56B 3MPLA 4NF5A 1LBCA 3G3IA 5AA1A 2QS4A 3VDFA 3V8XB 1O7TA 3OSRA 5BWJA 1T0KA 3ODBA 1UIUA 3ZSFA 3TFLA 1TFAA 4EF1A 3TTMA 1PDAA 2QS3A 2VOZA 4YKKA 3IJOB 2XXYA 4NE4A 3QK6A 4F22A 4JB7A 1LCTA 2HZLA 3JZJA 1SQYA 5K2XA 1QVSA 1O64A 4LZ7A 1B46A 2ZXTA 3KG2A 3SEWA 4R2BA 3OO9A 4IO6A 2B3FA 1SYIA 2PYYA 3IO4A 3CVGA 3V83A 1B32A 3TCGA 4ELRA 5DT6A 2CZLA 1MQGA 1P1WA 1B51A 4GL0A 4LZ5A 1ZKBA 5H8NB 2DSFA 3T22A 2GHBA 1OQHA 3VVDA 3S2VA 3IOUA 4QF9A 4H1XA 2OLBA 4X48A 3G7WA 4PE5B 2KLFA 1N0TA 1LAXA 5F1QA 5I58B 1GV8A 4RK9A 5EYFA 2HEUA 2F78A 3ILTB 4ZEIA 2AYSA 3BFTA 4YB6A 1BIYA 1RYOA 2ZNTA 1NH7A 1B1XA 4R6HA 3IB0A 2B3BA 4G4PA 3UORA 4E0WA 3C31A 1B5JA 5CMMA 3DP8A 3PMVA 3TQWA 3KBRA 1HSLA 3PAMA 3ZKKA 3K00A 1FQBA 1Y20A 4QFKA 3OXNA 5TPAB 2QMXA 4OWDA 4F1YA 3BFUA 4HW8A 1JW1A 3MP8A 4MBPA 4HS7A 1JQFA 4IGRA 1N04A 5H8FA 4GOTA 1F9BA 1UIVA 5ICTA 3C9HA 2QPQA 3MUQA 2THIA 1B05A 5A5XB 3LSFB 4NMYA 2OZZA 5JTYB 1AH5A 3DRJA 1B2HA 4POWA 3VLWA 1URDA 4AB5A 1MXZA 3PUVE 3K4UA 1B4HA 4JBZA 2V3QA 2IEEA 4TOZA 5L8DA 1ELJA 3MP6A 3K6UA 1B5IA 1MRPA 1OVBA 5B7DA 2UYFA 3FXQA 3TYHA 3TQLA 3KGCA 3E13X 2NVUB 2X7PA 1Y3NA 3FVNA 2XXTA 1EZPA 2Q2CA 3SEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OLAA 3K02A 2QVRA 3K6VA 1P1OA 4ZE8A 4GX3A 4FATA 3HFUA 4I9DA 2ZYNA 3ONMA 4G77A 1N84A 3KJ7A 1N76A 4N81A 3E4RA 3N94A 2P3NA 5DYHA 2OWSA 2QRYA 2XWIA 4PQJA 4G2ZA 4X1BA 5EQ9A 3FVOA 1YTVA 1EZOA 3FD3A 1NNTA 3B8BA 5ITPA 3WAEA 3BKIB 2HXWA 3AXFA 4OHNA 3D4GA 4KI0E 2RINA 1FQAA 1OIBA 2BJJX 5A5LA 1H44A 1LCFA 1MPCA 3MVYA 3HSTA 5ICQA 1LFIA 4RXLA 1FPDA 1HSEA 2V3TA 1AOVA 4GIZA 4F39A 3K1PA 5CBRA 2NOOA 2F5XA 1D3KA 2O1LA 1P1QA 4X8RA 2XD3A 4EF2A 4OQOA 4TLLB 1CNQA 1I6QA 4I62A 4BDRA 3I3VA 1MXVA 4IB2A 4RPOA 2FVZA 3MZ9A 3PD8A 3E78A 1R9LA 4U23A 2Q74A 5I57A 1MH3A 3OEMA 3S9LC 1B1HA 4F1UA 3I6VA 4RJZA 3OEKA 3W15C 5IZZA 3GLBA 4XKNA 4GWYA 1NV2A 1B5HA 4QFOA 2XWOA 2Q9TA 5AA2A 4OANA 1IXIA 4P56A 3SESA 3MVXA 2QS2A 4X1DA 4THIA 2F6PA 3S9MC 3ISPA 4R74A 2B65A 3Q29A 2ZYKA 2V4CA 4FECA 4NN3A 4YAHX 2F36A 1IZ1A 3SEVA 1GTKA 2WKYA 4P9KA 4NF6A 3O6PA 1NKXA 3K1NA 2CZHA 4H6DA 4I1DA 4JWXA 4ZEBA 4EUOA 1FTAA 4PCDA 1G0IA 1SI0A 1SPIA 2XWKA 1NH8A 2BJIA 1H3DA 2O7UA 3TPAA 5I56A 3IK6B 4ECFA 3C34A 4GWWA 1SW4A 4P1EA 1YYZA 3OD7A 5ET6A 4EXKA 4GFRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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