1DPEA

Dipeptide-binding protein
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFISGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATEFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 2 A resolution structure of DppA, a periplasmic dipeptide transport/chemosensory receptor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide transport
molecule keywords DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 155
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dpeA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dpeA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dpeA01
3IJOB 1LBBA 2FYIA 1Y9UA 4AB6A 3VVEA 5IAIA 3I6VA 4FEBA 3K1MA 3MVXA 4HTGA 3K6XA 4GXAA 3TMGA 3JYRA 3QSLA 1B51A 2DXRA 3DLNA 3H03A 1FQFA 1B7UA 1LLSA 4POWA 2O51A 3LSWA 2Z22A 1D3KA 2VD3A 1MRPA 1SYIA 2GHAA 5K2YA 2F35A 3OO9A 3KJ7A 3K1PA 4IO3A 3PMWA 1PC3A 1NFTA 3MPLA 2H98A 2XXVA 3S4UA 3IB1A 4U21A 2O7UA 5KZTA 1O7TA 1ZIUA 3MAMA 1LGBC 5B7DA 1B0HA 5TPAA 4ELRA 1TFDA 2NUVA 3TCFA 3MZBA 3VFJA 1Y4TA 1VFDA 1DTZA 1MY4A 3FV1A 4Q0CA 4ZEFA 1DMBA 2Q89A 3UA8A 3K01A 2Y7KA 5I59A 1BP5A 1WVJA 3O6GA 4ZEIA 4BDNA 2PYYA 3IX1A 2F8DA 1UIVA 3TQWA 5DEXB 4EDPA 3H06B 4OERA 1POTA 3ILUB 3T9HB 4L17A 2NVUB 1B4ZA 3FJ7A 4JSDA 4OHNA 3CVGA 2X26A 2DWAA 2PMSA 3PUXE 4DXUA 4U1OA 1WDNA 4OENA 4YB5A 3C36A 3MUQA 4GQOA 4H5GA 3DELB 2AL4A 5CMBA 3WAFA 4F39A 3SETA 1P1NA 2I3VA 2UYFA 1M5CA 3O6HA 3O2AA 3HSTA 4THIA 2HQ0A 4FE8A 1TT1A 3V83A 4PE5B 3ZKLA 1FQEA 1URDA 1N7WA 1IZ1A 2DYXA 4DCXA 4E0XA 1PB8A 4UA8A 3BBRA 3FVGA 1AOVA 3UORA 1VFEA 2XXHA 4BLAA 1EU8A 3B6TA 1HSEA 2VHAA 4OWDA 5IKBA 1ZU0A 1JW5A 1D9VA 4F1YA 1LBCA 2B3BA 1R9LA 1FTOA 2OLBA 3FASA 2PT2A 1PBQA 4ONYA 3N94A 1N7XA 3Q25A 1XT8A 2VP1A 1B58A 4I9DA 1FTLA 4QFKA 3OENA 1B46A 1HSLA 1NH7A 1SBPA 3DM0A 3TFLA 1OQHA 3EF7A 4EQ9A 5I2NB 2M8CA 5A5XB 2B4LA 3DRGA 5HM4B 4LZ5A 4OEVA 5HBCA 1MY1A 5I2KA 3IB0A 4EQBA 3EQ1A 1ZKBA 3K00A 4H8JA 3PU5A 1PB9A 4YKJA 4RA1A 1Y20A 5H8HA 3HHGA 1B4HA 1XC1A 2NOOA 4DLDA 3PPQA 4P0IA 2O7IA 1SW1A 5I59B 5K2XA 3MPKA 1JQFA 4GXSB 4DCYA 4DIGA 1LFHA 3KEIA 2DWIA 3V5AA 3U92A 3O29A 4N6PA 3DP6A 3VDFA 4KYSA 1LCFA 4I62A 1A7LA 3LSLA 3H4ZA 3C33A 5JK4A 5KDTA 1II5A 5KCJA 2UXAA 3DRFA 1IQ7A 2Q9TA 2NWJA 1B7ZA 5B70A 2O69A 1NH8A 2ZYOA 3K2DA 4YAHX 4OMBA 5TU0A 2HXWA 1VR5A 2I48A 1ZBMA 3DRIA 2I3WA 4ZE8A 2G29A 4KPTA 3VE1B 4FORA 4MFIA 2Y84A 3IOUA 2A5TA 4F3PA 4BDRA 4OESA 5CMKA 3R6UA 2HCAA 3IOTA 4F1VA 1A8FA 4NWCA 3TCGA 4ZS9A 1MPCA 1NKXA 4XXUA 5TP9A 3G7WA 1FCKA 2DVCA 1MS7A 4YB7A 3M3LA 2REJA 4HS7A 2OZZA 1OLAA 3RLFE 4JWXA 1OVTA 1LB9A 1FTKA 4JXIA 4YMBA 3G3JA 1M5DA 2X7PA 4C0RA 4F18A 2ONKE 3IL1B 2GFEA 3IORA 1B52A 2ZYNA 1H43A 2XD3A 2AL5A 2OK2A 4YKIA 4PQJA 4U2RA 1SW4A 2GHBA 3MVZA 3EN3A 2XXWA 5BUUA 1DTGA 4RJZA 2X7QA 3TPAA 3K1NA 3SESA 3RPWA 4FJPA 3OO7A 5JEIA 4BDOA 4IO7A 4OFJA 3TUSA 5I2KB 4IO6A 3PPNA 4DXCA 1VE4A 2KLFA 4U23A 2O1LA 5H8HB 4EF2A 5H8QB 4OEUA 3OSQA 1LAGE 4H6DA 5I57A 3O28A 3Q27A 4RPNA 4NF8A 4H67A 1MXWA 3OO6A 3SEYA 2I49A 2DXYA 1SQYA 3CR9A 4U1ZA 1JNFA 5EYFA 3T22A 1LSTA 2F6PA 1MDP1 1MH4A 4EUOA 3MP8A 4MH5A 3TAJA 1SD3A 4H0WA 3PAMA 3LVUA 1PBPA 1I6QA 5KDTB 5KCJB 3W15C 4H65A 2H9BA 3SEWA 4NF5A 4LZ7A 3OOAA 4OQOA 2Y7IA 2I0CA 3B6QA 2F78A 3C32A 5F1QA 4HCWA 4GVOA 3VLVA 3FXRA 1F9BA 2A5TB 2WOKA 4NF4B 2OWSA 4KQPA 3O6IA 3MWBA 4GL8A 4IGTA 1QW0A 3N5LA 4F3SA 4ZE9A 3LC8A 4HCYA 2ONRA 1JW1A 5L9MA 4G2ZA 4X48A 4PFYA 2XD2A 2O68A 3T9XB 4U22A 4ZZAA 2OCUA 3TTKA 2GRVA 1FQAA 2YPNA 4F3BA 2W7YA 1M5FA 3KSJA 1YAEA 1MQJA 2Q2CA 2UVHA 4TLLB 3W9WA 4JSOA 4DXBA 3S9EA 3H6VA 4KYEA 2ANJA 3GBAA 3VXCA 4OZ9A 3ZKKA 3KOTA 2O6AA 2H4IA 3MC2A 1A99A 1NNKA 1MQIA 1URGA 4F22A 2R71A 3OMBA 3IOVA 4KYDA 1ZLQA 4IB2A 3KJTA 1A54A 4JBZA 4XKQA 3LR1A 4X1BA 2DSFA 2RC8A 4LUBA 2OWTA 3KN3A 3FJMA 3KN8A 1XOCA 2DWJA 4G68C 5DTBA 1MXXA 5ITPA 1AIVA 2OBGA 4M4GA 1B05A 2HEUA 2D3IA 3T96B 2Q2AA 3U94A 4NF8B 3QK6A 1OLCA 2FA7A 4O3CA 2AYSA 1WODA 3TTMA 3DRHA 4RK2A 3FUZA 3MQ9A 4HW8A 5DYHA 3TZAA 4Z0IA 1N76A 2B4MA 3K4UA 3FTOA 1JW4A 3H6TA 3Q28A 2H99A 2R9JA 3U72A 1QJMA 3N6TA 1IUDA 3KZGA 4QFOA 4M1VA 4GL0A 4QF9A 3TQLA 4NF5B 3IB2A 1QVSA 5AA2A 4EF1A 1I6BA 4RPOA 4QFPA 4RXLA 3PGFA 3BFUA 2O1MA 4I8CA 4OVJA 3DRJA 1IEJA 1ZJLA 5CBSA 4ZZEA 4G4PA 4BDQA 1UTHA 3QXMA 4F2QA 1ELJA 3KSXA 5F7VA 1M5EA 1NNPA 5H8NA 4ELPA 3LUYA 1HSJA 4ELOA 1ZTYA 4LQ5A 3G3FA 5JTYA 1UIUA 1JETA 1SW5A 2DWHA 3TKDA 4KHZE 4R9FA 1IXGA 1MY2A 2I4CA 3RNNA 4O3AA 3GLBA 4F31B 3IJXB 1XHYA 1B0LA 1ANFA 2I0BA 3F11A 3MBPA 1NNTA 5H8SA 4MLVA 1B5IA 2XXXA 4WXJA 3A3UA 4OTEA 4XKPA 3SDFA 1P1OA 1LAXA 1ATGA 1MPDA 3PD8A 3O97A 2XXPA 2QRYA 3S2VA 2QSXA 3D4GA 1B3EA 4GFRA 1P1UA 2ZYKA 1B3LA 4XKNA 3C9HA 4H8IA 1I6AA 3CI8A 2D21A 3RYAA 4P11A 2XXIA 4POXA 3A3CA 3TYHA 3FVKA 1D9YA 4G8NA 3C4MA 4MLQA 4JB7A 2H5YA 2QS4A 4PETA 3EHSA 5TPAB 1UQWA 4IGRA 1POY1 4LP2B 2QMXA 3HHFA 4DZ1A 2UVGA 3UK4A 3CRBA 4LA9A 2ZNUA 1RYOA 3CFXA 2I58A 2XX9A 4X9TA 3T9UA 1PEBA 3K02A 4PFUA 1OQGA 5J1DA 1J1NA 2DP8A 4R6YA 3HO7A 5L8DA 1IITA 1R6ZA 4YZZA 3MJNA 3OSRA 1B5JA 1Z7ME 2XXYA 3PUZE 5CM6A 1MXZA 2DE4A 4Z7EA 2DE2A 4MBPA 3S9LC 4WEPA 3ILTB 1Y1MA 5LOMA 4NE4A 3H7MA 1T0KA 2E0SA 3RQTA 4ECFA 1MY0A 2G93A 2WKYA 1B7HA 1S9TA 2QMWA 1DOTA 4JDFA 1LAFE 3CIJA 1O64A 3FZVA 1UTHB 4QSCA 1O63A 3OD7A 3RY3A 5H8NB 5DVJA 3VLWA 5JTYB 2A5SA 2RF1A 3N6UA 3MVWA 2HZLA 1GGGA 3PUVE 3M8UA 4IO2A 2YJPA 1H45A 2Z8DA 5CC2A 1USYE 3WAEA 4H5FA 2ESNA 5AE4A 3FVNA 4F19A 2B65A 1P99A 3TTNA 1PDAA 2CMOA 3IK6B 1SYHA 2QS3A 1R1NA 3KBRA 2HFBA 3ECRA 5FHNA 3OEKA 3A09A 3HN0A 1B32A 1EZPA 1Q1KA 1QULA 1JEVA 1SW2A 5CI5A 1GTKA 3RYBA 4RY1A 3G3KA 4K3FA 2V84A 1A8EA 1I69A 3OXNA 4R2BA 3THIA 3PMVA 3RN8A 2PX1A 3H6UA 4IY6A 5I56A 5FHOA 2F34A 1MQGA 2F7BA 3SERA 4WEDA 1KWHA 3OELA 3Q26A 4OFLA 3LSFB 4ND9A 4TLMB 1ZMGA 1A40A 3OEMA 4FIMA 3S9NC 2QS2A 4C1TA 3FJGA 3ZS6A 3CG3A 2ZMBA 4YKKA 1S50A 2F36A 3VLUA 4P0GA 2V3UA 1MY3A 1MG1A 3I3VA 3QIMA 4WKMA 4PFWA 2ONSA 3FXQA 2F7CA 2F7AA 1EZOA 1GVCA 3U8QA 2RKMA 2O84X 4GF8A 1MH3A 4U4SA 3E3KA 3L6HA 2H25A 4TQUQ 1IXIA 3MVYA 4KCCA 4YU0A 1DSNA 1EZ9A 1N0TA 3VVFA 4GIZA 4R72A 4EXLA 4Q30B 5DEXA 3B6WA 4O3BA 4OXVA 3KN7A 2V3QA 4I1DA 1AL3A 4G68A 3CFLA 3G3GA 2Y7WA 1MQDA 4IY5A 5DVFA 1IXHA 1UTBA 3KOSA 5HPQA 4LVQA 1L5TA 3QYTA 3ODBA 1S7YA 2GH9A 2THIA 2V25A 2XXRA 3PPRA 4F3GA 2B3FA 1SDXA 5AA2D 1CB6A 3PUWE 4KD5A 5TP9B 3K0VA 4EQ7A 3O9PA 2RC9A 1CE2A 3VV5A 3B7DA 2XXUA 4ESXA 4YKPA 1B3GA 4ISUA 4R73A 3UN6A 2ZNTA 1LB8A 1YPNA 1USYH 5I84A 2Y7PA 3GZGA 1Y3PA 3SKPA 2REGA 3HPIA 4QFLA 5I56B 2NXOA 3E9XA 3FD3A 2QS1A 3RT6B 1QKAA 4QSEA 3CHGA 1VSOA 3RT8A 4FECA 3FGSA 3D4CA 4F29A 3UP9A 3GXAA 1OIBA 5CRYA 3GBBA 5I2NA 1XVXA 3PMXA 5A5XA 2HAVA 3W9VA 1P1WA 1FW0A 5H8FA 2QL3A 1N3XA 1JVXA 4RK9A 4NWDA 4KFQA 1H3DA 3U1OA 2I6EA 4PP0A 3VVDA 2XXTA 5I57B 2Z8FA 5DVIA 4NMYA 2P2AA 4R2FA 3O66A 4DDDA 1URSA 2QPQA 1DPPA 5BWJA 1B3FA 1N04A 2VGQA 1PB7A 3Q29A 1LFIA 3JV9A 3RGYA 1B5HA 3E4RA 2XHDA 4R6HA 1N84A 2IEEA 4GRKA 1SVXB 1B3HA 2DOJA 3EHUA 4R74A 1SI0A 4R9GA 3TDJA 3O6PA 1B1HA 4ZEDA 2FNCA 3DP8A 3ONMA 4G68B 2F6GA 1B6HA 1Y3QA 2UYEA 4AQ4A 3TODA 3MP6A 3KGCA 2Z8EA 3K6UA 4QFNA 4F1UA 1UTBB 4Q5TA 3K6VA 3SEVA 3BFTA 4BDMA 2V3TA 4LATA 3JZJA 1IXCA 5AA3A 2DQVA 4FAJA 2Q8JA 2DVZA 3I5OA 5ISUA 1EH3A 3G3HA 3EPEA 4R6KA 3C31A 4PFTA 5ITOA 4E0WA 1IIWA 1BLFA 3T9VA 3VXBA 2PVUA 3IOWA 4ZECA 4NTLA 3KFMA 3OO8A 4OFOA 2HZKA 1AH5A 3V8XB 3PD9A 4ZDMA 3ZSFA 3S9MC 3RTWB 3UGWA 1BTJA 3L6GA 1OVBA 5EHSA 4YB6A 3V89B 3BKIB 2LAOA 4MF3A 3CSBA 1B9JA 3LSXA 2RCBA 5L9OA 2ZNSA 1Q35A 4NF6A 3FATA 1LFGA 4QHQA 2CZLA 5ICTA 2RCAA 2WOLA 3KG2A 2RINA 3DP4A 2DE3A 2VOZA 1B40A 1YCJA 5H8FB 3MW0A 3C35A 4GD5A 2XXQA 2V93A 1FQDA 3PPOA 1MPBA 4JWYA 4X1DA 1N3WA 4H1XA 3C34A 1QUKA 2AIXA 3MZ1A 1FQCA 2RC7A 2XX7A 1H76A 4GOTA 5H8QA 5ELVA 3DRKA 5CMMA 4OYVA 2PBWA 3TELA 3N26A 1NMUA 3FXUA 3HCQA 4FEDA 4G77A 3FIRA 3CG1A 1GV8A 3R26A 4N13A 2R6GE 2IA4A 1US4A 4U4XA 4LZ8A 5AA2B 2ZXTA 2QJEA 4YICA 1GR2A 1LAHE 1FTJA 1QUIA 2VD2A 5FTIA 4AB5A 2F5XA 4KCDA 2Z23A 2D5WA 5FHMA 1MM6A 3SEXA 4LQ2A 3CFZA 2Y7RA 3K6WA 2Q88A 3IO6A 1B2HA 3IAZA 3H6WA 4FATA 3IO4A 4KR5A 4IO4A 3IR1A 1P1QA 4NF4A 3FV2A 4KI0E 4NEDA 4F2OA 1MM7A 3FVOA 1B1XA 3PUYE 3MP1A 3P7IA 5AA4A 5I58A 1Y4CA 4JWOA 1MXYA 4RNSA 4EXKA 5ICQA 1M5BA 1MDQA 1QUJA 1Y3NA 1XVYA 4NF6B 4R75A 1NNFA 3TTLA 1DPEA 1MQHA 1TFAA 2P0SA 1Z7NE 1TWYA 4OETA 2ZYMA 1JVYA 4BDLA 2ABHA 3M3KA 4LONB 3QUFA 4C1UA 3M3FA 4XKRA 1JEUA 3MZ9A 2E1SA 3E13X 5EHMA 1RYXA 2I4BA 3LBSA 5M2VA 4ZEKA 4ESWA 4XIGQ 2OJTA 4RYAA 4IO5A 2DS9A 1BKAA 2F97A 1US5A 1LCTA 5CBRA 1BIYA 4G8MA 3SEUA 3PPPA 3QUJA 1R9QA 1TXFA 2ALUA 3TEPA 3T66A 3RTFB 2XX8A 3H3GA 3TTRA 3EHTA 1MXVA 4XTCQ 1FTMA 3HV1A 3PV0E 3CSGA 4GWOA 1RKMA 4YMAA 4TOZA 3G3IA 1H44A 4QRZA 3RUMA 2PT1A 2BJJX 2HAUA 4G8HA 1A55A 2P1SA 4Q8RA 4ZEBA 3T93B 5L9SA 1FQBA 4ELQA 2WOPA 1YTVA 1OMPA 3TCHA 3U93A 4QSDA 1XS5A 3UIFA 5AA1A 4GLIA 1Y1ZA 4UACA 5DT6A 2UVIA 3QAXA 2UVJA 3R7XA 4DE8A 1QKBA 4N07A 1NL5A 3AXFA 5CMCA 1AMFA 5FTHA 1D4NA 1SI1A 1MXUA 3USDA 2YLNA 5AA4B 5I58B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IJOB 1LBBA 2FYIA 1Y9UA 4AB6A 4NX1A 3VVEA 5IAIA 3I6VA 4FEBA 1Q9DA 3K1MA 3MVXA 4HTGA 3K6XA 4GXAA 3TMGA 2R8TA 3A29A 3JYRA 3QSLA 1B51A 2DXRA 3DLNA 3H03A 1FQFA 1B7UA 1LLSA 4POWA 5EQAA 2O51A 4OVPA 3LSWA 2Z22A 1D3KA 2VD3A 1MRPA 1SYIA 2GHAA 5K2YA 4P47A 2F35A 3OO9A 4DI3D 3KJ7A 3K1PA 4IO3A 1NV2A 3PMWA 2KR0A 1PC3A 1NFTA 3MPLA 4XF5A 4N4UA 2H98A 2XXVA 3S4UA 3IB1A 4U21A 2O7UA 5KZTA 1O7TA 1ZIUA 3MAMA 1LGBC 4MMPA 5B7DA 1B0HA 5TPAA 4ELRA 1TFDA 2NUVA 3TCFA 3MZBA 3VFJA 1FPBA 1Y4TA 1VFDA 1DTZA 1MY4A 3FV1A 4Q0CA 4ZEFA 1DMBA 2Q89A 3UA8A 3K01A 2Y7KA 5I59A 1BP5A 1WVJA 1AWBA 3O6GA 1G0HA 4ZEIA 4BDNA 2PYYA 3IX1A 2F8DA 1UIVA 3TQWA 5DEXB 1SPIA 4EDPA 3H06B 4OERA 1POTA 3ILUB 3T9HB 4L17A 2NVUB 1B4ZA 3FJ7A 4JSDA 4OHNA 3CVGA 2X26A 2DWAA 2PMSA 1KA1A 3PUXE 4DXUA 4U1OA 1WDNA 4OENA 4YB5A 3C36A 3MUQA 4GQOA 4H5GA 3DELB 2AL4A 5CMBA 1IMBA 2DDKA 3WAFA 4F39A 4GWUA 3SETA 1P1NA 2I3VA 2CZKA 2UYFA 1M5CA 1NUWA 3O6HA 3O2AA 3HSTA 4THIA 2HQ0A 4FE8A 1TT1A 3V83A 4PE5B 3ZKLA 2XWKA 1FQEA 1URDA 1N7WA 1EYJA 1IZ1A 2DYXA 4DCXA 4E0XA 1PB8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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