1ZU0A

Crystal structure of the liganded chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
529
structure length
529
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the liganded and unliganded periplasmic chitin oligosaccharide binding protein
rcsb
molecule tags Sugar binding protein, signaling protein
source organism Vibrio cholerae
molecule keywords Chitin Oligosaccharide Binding Protein
total genus 168
structure length 529
sequence length 529
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1zu0A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1zu0A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1zu0A02
2PT2A 4OZ9A 1JW5A 2DWAA 3TEPA 4ISUA 3IL1B 1OVTA 2I3VA 1LFGA 3PUWE 1FTKA 5AA2B 2HXWA 4FE8A 3N6TA 2M8CA 2G93A 3V83A 2O1LA 4GIZA 5TPAB 3VVDA 1QW0A 3LC8A 3UN6A 3IOVA 4RPOA 2DVZA 4TOZA 4PFYA 1Y3QA 3TKDA 1URGA 1MY4A 4NF8A 1SQYA 5TP9A 3RY3A 4R75A 2AL4A 2OK2A 1P1UA 4GQOA 4YKIA 3MC2A 4R74A 4Q30B 3VDFA 2R9JA 1VFDA 1IEJA 4KD5A 4NWDA 4FATA 3I6VA 2QS2A 4RK2A 3S9NC 3CFXA 1OMPA 3RT8A 4E0WA 5DEXA 5FHOA 1HSEA 2GFEA 2ZNSA 4DLDA 3MVWA 4QFLA 2F7BA 4GXAA 3M8UA 3C9HA 4NE4A 1ZLQA 3SESA 1OQGA 2P2AA 3CSBA 5DVFA 3MP6A 3H6TA 2B65A 2GHAA 2RC7A 3PU5A 3E3KA 1II5A 2DYXA 1QULA 5FTHA 3GZGA 4EUOA 1IUDA 3Q27A 1B7UA 1XVXA 3TMGA 2Q2CA 3FVNA 1MQDA 1ATGA 1MXXA 1NKXA 3R7XA 1EZ9A 3C4MA 3FJ7A 4YKJA 2V3UA 2DWIA 3RPWA 4IGTA 4OYVA 4EXLA 3VXBA 2DOJA 2P1SA 1O64A 4BLAA 4ZEKA 4QHQA 2X26A 3MW0A 3K2DA 4ZE9A 4WEDA 2RCAA 4LVQA 3LSLA 2OBGA 1MY2A 1US5A 1Z7NE 3KBRA 4AB6A 3G3KA 5H8HA 4IB2A 2RC8A 2HZKA 2VOZA 3PD8A 5H8QA 3B6TA 2WKYA 3DRJA 1UTHB 4ELQA 4IO2A 4JWOA 2XXYA 5ISUA 5LOMA 1MDQA 1N04A 3HO7A 3PPOA 1RKMA 4IO5A 1R9QA 4RA1A 4IY6A 1LCFA 4F39A 3M3KA 5I58B 1I6QA 4N07A 3PPRA 5DVIA 3A3UA 3S9LC 5H8FA 2V93A 1LB9A 1B5HA 3PUYE 4X9TA 5I2NB 1LFIA 2V3QA 2QL3A 1B7ZA 3RGYA 1LLSA 2Y7PA 2WOKA 1QKAA 4KYDA 5F7VA 4DZ1A 3TQLA 3O97A 4R2BA 3CSGA 1MQGA 2XX7A 4ZEDA 2DVCA 3B7DA 3TPAA 3EF7A 1N0TA 1LCTA 1SI1A 1XC1A 4O3CA 3H7MA 3G7WA 1LAFE 5HPQA 5CMMA 4OEUA 4LA9A 2DE3A 4P0GA 1HSJA 2F7CA 1M5CA 1MM6A 2O7UA 3IB0A 3TAJA 1PBPA 1B6HA 1ZMGA 3FATA 1T0KA 2DE4A 2O1MA 1BLFA 2AYSA 4H65A 3QUJA 1SDXA 3QUFA 4JSOA 3OXNA 2Y7RA 3K1PA 4OWDA 1MY0A 2F78A 4QFKA 3MVYA 2P0SA 1USYE 1OVBA 4OFOA 3LUYA 4R73A 1DPPA 2HEUA 5DYHA 4NF6B 5JEIA 4PFTA 3D4CA 3DRKA 4OXVA 4R6YA 3DELB 4BDNA 1MXUA 2IEEA 3JV9A 2I3WA 4F1YA 2XHDA 1B0LA 3MBPA 2QSXA 1Y4CA 1IXHA 3CG3A 1A8FA 3E13X 2B4LA 3UK4A 4M4GA 3RT6B 2ZYKA 4WXJA 3JZJA 3RQTA 4I62A 5L9OA 2DP8A 4N13A 4LP2B 4YAHX 1M5EA 3DRFA 4U23A 5B7DA 2H25A 1FQBA 2VHAA 4FEDA 4L17A 1B05A 3OO7A 3VVFA 1ZBMA 2E1SA 1MY3A 4O3BA 4GOTA 4F19A 2WOPA 2DSFA 1BKAA 2F6PA 1SYIA 4HCWA 3HN0A 2X7PA 4PQJA 2R6GE 1N76A 3EPEA 3UIFA 2Q9TA 4YMBA 1Y9UA 5EHMA 3IO4A 4G68B 1PBQA 5I56B 2FA7A 1POTA 2HCAA 3MWBA 1B3HA 1UQWA 1MXZA 2UYFA 4R9FA 5A5XA 4G8HA 3CR9A 3LR1A 4I8CA 2CZLA 3QIMA 3N6UA 1LBCA 2O84X 2NXOA 3IB2A 4PE5B 5AA4A 1QUIA 4OESA 1QJMA 5L8DA 4ZEBA 3FVGA 4M1VA 2Z8DA 1UIUA 2Q89A 1Q1KA 4BDLA 1Y3NA 4QF9A 1AIVA 1OIBA 1PB9A 3H06B 2VGQA 3SETA 2WOLA 5KZTA 1S7YA 3O6GA 2Z8EA 4QSEA 1YAEA 3MAMA 3EHTA 3FJGA 2QS3A 4TQUQ 3DP8A 3MVZA 1BTJA 1RYOA 4QFOA 2PYYA 1R9LA 4XKNA 3SEXA 4PFWA 3OSQA 5KCJB 4KI0E 1EZOA 5H8FB 1SW1A 4K3FA 4PETA 3BKIB 4POXA 4YB6A 5I57A 1XHYA 4OVJA 2HZLA 4YB5A 4GD5A 3T93B 3OEKA 4UACA 1MPDA 1I6BA 1MS7A 4OTEA 5H8SA 3MUQA 4TLMB 1B1XA 1Q35A 1FCKA 2I0CA 2DXRA 4POWA 4ELOA 2YPNA 1EU8A 2OCUA 2QRYA 3IO6A 2HFBA 2ZNTA 4IO4A 1P1WA 4RNSA 2FYIA 2PBWA 3RUMA 1SI0A 4U21A 1B3FA 4LATA 3WAEA 3AXFA 1LFHA 4LZ7A 3U1OA 1BIYA 3FVKA 2XX8A 4ZDMA 3KG2A 1Y20A 1MQHA 1IXGA 1I6AA 1O63A 3FV2A 3VFJA 4GF8A 1MPBA 3VLUA 2D5WA 1FTMA 3OELA 1NNTA 1TFAA 1JW1A 4BDMA 3IJOB 5HM4B 3EQ1A 2XXHA 3I3VA 3PGFA 4FEBA 1UIVA 5B70A 3IOWA 4YU0A 2XXRA 4LQ2A 1IQ7A 3OENA 4XKRA 4XIGQ 3FGSA 3TUSA 1B3EA 4P11A 3GBAA 4GXSB 1JVXA 5H8NA 2AL5A 3G3HA 1WDNA 4EF1A 4EF2A 4GL8A 1FTOA 3IORA 3SEWA 5AA1A 4MLVA 3FXQA 2PMSA 2H98A 1M5FA 2NWJA 4F18A 3U93A 3ILTB 3E4RA 1MPCA 1D4NA 5CBSA 1CE2A 4H1XA 1FTLA 3G3GA 2A5TA 3MJNA 3HV1A 3CHGA 3IOTA 4F2QA 1UTBB 1D9YA 3V5AA 1FQCA 4BDQA 1B9JA 4DCXA 2V84A 4JXIA 3CVGA 2XXXA 3TQWA 4YZZA 3CG1A 3P7IA 4F3GA 3TFLA 4R6KA 1P1QA 1B5IA 1A7LA 1EH3A 1DSNA 3FVOA 3DRIA 3S2VA 2HQ0A 3V8XB 4ELPA 4ZEIA 1AL3A 4KHZE 4IO7A 2RC9A 3CIJA 4R6HA 1B7HA 3K4UA 4X1DA 3HHFA 2G29A 3KGCA 2XXVA 3FV1A 2UVHA 2Z22A 3S9MC 4H8IA 2B4MA 1LGBC 5KDTB 4JSDA 4GL0A 3PMVA 3TCHA 2Y84A 3HPIA 5A5XB 3TZAA 3N26A 3G3JA 1XOCA 4JWYA 4KYSA 2XXPA 1NH7A 3PD9A 1PEBA 4DXBA 3KN7A 3BFTA 4AB5A 1MM7A 5FTIA 4RPNA 1B4ZA 3T9VA 3VE1B 3ODBA 3VV5A 3TTLA 4WKMA 3C34A 2FNCA 4ZECA 3PUVE 2O6AA 4X48A 3Q25A 4QSCA 1QUJA 3K02A 3HHGA 4DE8A 3FXRA 3OD7A 3O6IA 5TPAA 3R6UA 5FHNA 4ZE8A 3TTMA 4U4XA 5EHSA 2ZYNA 4YKKA 2GRVA 1QVSA 4E0XA 1WODA 3FXUA 3PUXE 1QUKA 4GVOA 1BP5A 2ESNA 4GLIA 4C0RA 3H6WA 1HSLA 1DTGA 5EYFA 4LONB 1B52A 4KCDA 4EQ7A 2RKMA 3GXAA 4QSDA 4Q8RA 3FASA 1SYHA 5IKBA 2F6GA 3TDJA 4BDRA 4F3BA 3U94A 4EQ9A 3OO9A 5K2YA 3MPLA 3K00A 2Z23A 3PPQA 4OMBA 1A54A 1H45A 2H5YA 1IIWA 4QFNA 3Q28A 3W9VA 4NF8B 3G3FA 1LAGE 2REJA 4O3AA 5TP9B 3TODA 3DM0A 1A99A 1MXVA 3MZ1A 1B32A 1TXFA 1YCJA 3O2AA 3CRBA 1MH3A 3LBSA 4DCYA 4RYAA 1JQFA 1D9VA 1FTJA 3O6HA 2ANJA 1TT1A 4F1UA 3H6VA 3T96B 4G4PA 4YMAA 4KR5A 4QFPA 2PX1A 1L5TA 1RYXA 2I48A 4RJZA 5F1QA 4XKPA 5DEXB 5DTBA 2E0SA 4ND9A 1YPNA 3K6WA 1JNFA 4P0IA 5H8NB 2F34A 3GLBA 2QMWA 5ICQA 3RLFE 2RCBA 3IOUA 2VP1A 4U22A 1J1NA 3FUZA 4I1DA 1MXYA 2B3BA 4H6DA 4F1VA 1MXWA 4ZZEA 5K2XA 2F5XA 4U2RA 4FECA 5CMKA 3KSJA 3IR1A 3RN8A 1PB8A 4NF5A 1UTHA 1B5JA 1P1OA 1VR5A 5AA2D 4OENA 4HS7A 1NNPA 1B4HA 2NOOA 2XXTA 4THIA 1URDA 1LAHE 3T9XB 1JETA 1NH8A 2O68A 2QPQA 2VD2A 3UP9A 4ESXA 5I59A 5I58A 1SW2A 2H4IA 3E9XA 3PMXA 4OQOA 3IX1A 1B3LA 2PVUA 3CFLA 5CM6A 4FORA 1WVJA 4G8MA 3KN8A 1JEUA 4XXUA 4ESWA 1OLCA 4YKPA 5ITOA 5AA3A 5H8HB 5I2NA 2DQVA 1B1HA 2XD2A 4IGRA 3H6UA 1AMFA 3RYBA 3N5LA 1ZIUA 4F2OA 5H8QB 2F8DA 4H0WA 3MP1A 3IJXB 2XXIA 5CBRA 2ONKE 3C33A 1VSOA 3ZS6A 3OOAA 4NTLA 2B3FA 4F3SA 3FD3A 5HBCA 2V25A 4DXCA 1GVCA 5BWJA 3DRHA 2Z8FA 3LVUA 3O28A 1TWYA 2QS1A 2ZYMA 5AE4A 1MY1A 2OWSA 1A40A 4ZEFA 3MZBA 3B6QA 4OFLA 1DOTA 5ITPA 1FQDA 3A09A 2VD3A 4JBZA 3R26A 2HAVA 4I9DA 2NUVA 3PAMA 1XT8A 3N94A 1FW0A 1R6ZA 3F11A 2GH9A 2BJJX 1H76A 4RK9A 2Y7WA 2R71A 4Q5TA 3VXCA 4Z7EA 1B3GA 1JEVA 2D3IA 5CC2A 3KOTA 1GGGA 3U92A 1P1NA 3RNNA 1CB6A 3B6WA 5ELVA 1MDP1 1O7TA 3L6HA 3RTWB 2V3TA 3K0VA 2O69A 3PV0E 4IO6A 2Y7KA 1PB7A 3T66A 1ZKBA 5M2VA 2GHBA 5I2KA 2OWTA 3ZKLA 3ZKKA 3FTOA 1ELJA 1AOVA 1GTKA 3TCGA 3QK6A 4NF6A 1EZPA 1A55A 3SEYA 1IITA 3SDFA 4C1TA 1B2HA 1GV8A 3ZSFA 1POY1 1MRPA 3H3GA 1Z7ME 3FZVA 3MP8A 5TU0A 4NF4A 4JDFA 2H99A 4HTGA 3M3FA 1OLAA 4H5FA 4HW8A 1ZJLA 3USDA 2ABHA 1PC3A 4LQ5A 2ZYOA 3IK6B 4Z0IA 1FQEA 2ONRA 4MLQA 5DVJA 2XXWA 2PT1A 2ZNUA 1I69A 3K6VA 1MG1A 2OLBA 3KJ7A 1F9BA 3K6UA 4IY5A 4ELRA 1ZTYA 4MF3A 3KSXA 2ONSA 1PDAA 1QKBA 3THIA 3CFZA 3O6PA 1LSTA 1JVYA 3C31A 1SVXB 4KQPA 1N3XA 5L9SA 2Q88A 1SBPA 4HCYA 4EXKA 1R1NA 1LBBA 3QXMA 2F36A 5JK4A 4G68A 4AQ4A 5I56A 4DDDA 4OERA 5FHMA 1S50A 3O9PA 2I49A 1IZ1A 2AIXA 5JTYA 4OFJA 1M5BA 3T22A 3PUZE 4GFRA 4F22A 3GBBA 4LZ5A 5CRYA 2IA4A 4UA8A 3T9UA 3OSRA 3KJTA 4NEDA 2DWJA 5I84A 2KLFA 3LSWA 3UGWA 3TTNA 4OETA 1IXIA 2THIA 1H44A 4ZS9A 1SW5A 4TLLB 3DP4A 4NF5B 5CMCA 3S4UA 3RTFB 3TTKA 2Q8JA 4U1ZA 2DXYA 1US4A 3S9EA 1B51A 3FIRA 1ANFA 3K6XA 2CMOA 4XKQA 1NL5A 5AA4B 1Y1ZA 5I59B 5KCJA 2REGA 5CMBA 4IO3A 2DE2A 4G68C 4PFUA 3TELA 1XVYA 3A3CA 2QJEA 5CI5A 3MZ9A 1MQIA 3C36A 2DWHA 3ONMA 3MQ9A 5ICTA 2D21A 4EQBA 1B58A 4NMYA 4R9GA 5AA2A 1LAXA 3KEIA 1VE4A 4G77A 2I0BA 3LSFB 3CI8A 4U1OA 4KPTA 4JWXA 1LB8A 2O7IA 4G2ZA 2X7QA 4PP0A 3KFMA 3Q26A 1NNFA 3BFUA 1DPEA 1Y3PA 3U72A 3SERA 1KWHA 3IAZA 2I4BA 3V89B 1GR2A 1FQAA 3FJMA 3QYTA 5I57B 2XXQA 4N6PA 1D3KA 1N3WA 3EHUA 3TCFA 2Q2AA 3HSTA 1XS5A 2UVGA 3OO8A 4H5GA 2OZZA 3W9WA 3H4ZA 1MH4A 3BBRA 2A5SA 4X1BA 4ZZAA 4KYEA 3C32A 1SW4A 5BUUA 1B40A 4FJPA 1IXCA 3QSLA 4LZ8A 2HAUA 3UORA 5L9MA 2NVUB 3MPKA 4DIGA 5I2KB 4C1UA 4Q0CA 1A8EA 5IAIA 3MVXA 4OEVA 3PMWA 1YTVA 1USYH 3EHSA 4MFIA 4LUBA 1JW4A 4QRZA 2YLNA 3HCQA 4KFQA 2OJTA 3VVEA 3WAFA 4YB7A 2QMXA 3ECRA 4GRKA 4NF4B 4WEPA 3RYAA 2QS4A 4F29A 2O51A 4FIMA 1DTZA 3D4GA 3VLWA 4EDPA 2H9BA 3W15C 3PPNA 2UYEA 4BDOA 2F7AA 2XX9A 2YJPA 4RXLA 4FAJA 4GWOA 1UTBA 1NMUA 4KCCA 3DP6A 4JB7A 3H03A 4XTCQ 3KZGA 2RF1A 3C35A 1NFTA 2W7YA 4ECFA 2XD3A 4NWCA 4YICA 4H8JA 3K1NA 2F97A 2I6EA 2I4CA 3UA8A 1VFEA 3SEVA 2A5TB 4F31B 2DS9A 1H3DA 1N7WA 1P99A 4MH5A 2ALUA 3K01A 1SD3A 3O66A 4F3PA 3G3IA 5KDTA 1M5DA 1AH5A 1FQFA 2RINA 3OO6A 3ILUB 2UVIA 2F35A 3IB1A 2ZXTA 3TYHA 3VLVA 1N84A 3OMBA 4ONYA 5JTYB 3O29A 4OHNA 4U4SA 2ZMBA 5J1DA 1H43A 4H67A 2I58A 3LSXA 3QAXA 4R2FA 1Y1MA 1OQHA 2Y7IA 1B46A 3L6GA 3EN3A 1N7XA 3DLNA 4R72A 3KOSA 2UVJA 4RY1A 3OEMA 1NNKA 5DT6A 3M3LA 1ZU0A 3K1MA 3KN3A 3PPPA 2XXUA 3SKPA 1MQJA 3SEUA 3Q29A 4DXUA 1S9TA 1URSA 1Y4TA 2LAOA 3DRGA 4G8NA 1B0HA 3JYRA 4MBPA 3U8QA 3TTRA 1DMBA 1TFDA 2UXAA 3I5OA 3T9HB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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