3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
4JSDA 4HTGA 1LAGE 3VDFA 3GXAA 2I0BA 4I1DA 1USYE 5JTYB 4F3SA 3RY3A 5TP9B 2AIXA 4O3BA 3QSLA 2A5SA 1PBQA 4G68B 4I9DA 4BDQA 3HPIA 3PPRA 3KN8A 2KLFA 4EQ9A 3TTRA 4BDNA 2BJJX 3GLBA 2Z8DA 3OSRA 4QFNA 4EF2A 5KZTA 1B05A 3Q26A 4FE8A 3K02A 5EYFA 1P1UA 3T9XB 2D21A 3G7WA 1A40A 4IO3A 3DP4A 3I6VA 1H45A 2Y7IA 1OLAA 2GRVA 2QPQA 1B0LA 1Y3NA 1XVYA 2QS1A 2YPNA 3O6IA 1ANFA 2VOZA 3TTNA 3N5LA 3C34A 3F11A 1DPPA 2PYYA 3TMGA 3FZVA 3HV1A 3U93A 5H8QB 4YZZA 5CI5A 3ZKKA 2Y7WA 1NMUA 2V3QA 4DXCA 3LUYA 1ELJA 3OMBA 4PFYA 1XC1A 4EDPA 2A5TA 1O64A 1LCFA 4LUBA 1IXHA 2O7UA 1BKAA 1H44A 2F8DA 1LSTA 2ZYNA 2WKYA 2PT1A 1NNTA 1YTVA 3FVKA 3A3UA 1I6QA 1FTLA 3TQLA 2YJPA 2PMSA 3UA8A 1SI1A 4OEVA 3C32A 1AOVA 3BBRA 3I5OA 1WODA 1POY1 2REJA 3T66A 3I3VA 2XXPA 3UN6A 4WEPA 4ELOA 1EH3A 2V84A 4LZ8A 3O9PA 4KQPA 1B3FA 3RTWB 2IEEA 5FHNA 4U22A 2ZYKA 4QFKA 3RT6B 3IO4A 4YKPA 4GLIA 2RC9A 4NF8A 3ZKLA 5M2VA 1PB8A 3MP8A 1H3DA 2UVHA 3PUYE 2XX8A 3MWBA 4NF5B 3MVZA 3K00A 4QFPA 4DXUA 5AA2B 5I59B 3OSQA 4IB2A 1MQHA 1NH7A 2XX7A 2QJEA 2OWTA 2AYSA 4LATA 4OMBA 3PD9A 3SERA 1SBPA 3KSJA 3PUVE 4ZDMA 2HXWA 1MQIA 4F22A 4NF4A 3C36A 2R6GE 5ITPA 1M5CA 3FIRA 4ZE9A 4R72A 2F6GA 5B7DA 1HSLA 2YLNA 1I69A 4EXKA 4F18A 2PVUA 5CM6A 4EF1A 2DVCA 4G8NA 2GFEA 4YB5A 4MBPA 4R2BA 3TAJA 4PFUA 1MQGA 1URGA 1NL5A 4DCYA 1JEVA 1HSJA 3IR1A 3DLNA 1LAFE 4TOZA 1MG1A 2ANJA 1OVBA 3H3GA 3IO6A 4YMBA 3EHTA 2XXQA 3PGFA 4H6DA 3IB1A 3S9NC 3G3KA 3QXMA 1MXXA 1N3WA 1SW4A 1EZ9A 3FVNA 3SKPA 2QMWA 3IB2A 4RK2A 2H25A 4Q0CA 1BP5A 4XIGQ 1WDNA 5I2KB 3IAZA 2B65A 2O51A 3N26A 3MZBA 2Z8FA 3LR1A 2HZLA 1NNFA 2XXIA 3OEMA 3PUZE 3U8QA 1F9BA 2VGQA 3SEVA 3RLFE 5BUUA 2ONRA 3KSXA 3QYTA 2VHAA 3DP8A 3K01A 4KR5A 1D3KA 1QKBA 3K6XA 1IITA 1MY2A 3MP1A 3TCFA 1FQAA 2Z8EA 1SW5A 3VLVA 3OO9A 4IY6A 3M3KA 5DTBA 2XXVA 1MDQA 1FW0A 4GD5A 1CE2A 4XTCQ 1KWHA 1IEJA 3G3HA 4ZZEA 5ISUA 5H8NA 1FQEA 2B3FA 1DOTA 4Z0IA 2DWAA 5AA2A 2OJTA 1GVCA 3VVEA 1FQBA 1II5A 3THIA 3Q28A 3GBAA 4G4PA 3S9LC 4HCWA 1MQDA 4C0RA 4YMAA 3HN0A 4OYVA 1LAHE 4MF3A 1MH3A 1UTBB 3K1NA 1JW4A 3FVOA 1DSNA 4GL8A 2H98A 3IX1A 4FEBA 2PT2A 1MY3A 5BWJA 3TCHA 1J1NA 2RCBA 3C35A 1B7ZA 1SW2A 3OO8A 3SESA 3B7DA 3FD3A 3P7IA 3Q27A 4YAHX 5CMKA 4K3FA 3TZAA 3FV2A 1USYH 3PMWA 4H8IA 4FAJA 2DQVA 1WVJA 3PPQA 2VP1A 4QHQA 4G8HA 3KFMA 2ZYMA 4KYSA 2XXRA 3RGYA 2Q89A 4YU0A 4RA1A 3ZS6A 2A5TB 1NKXA 1NNPA 4F1YA 3IJOB 1ZU0A 3DM0A 1MY1A 4PFTA 5H8FA 1I6BA 1UQWA 3OO7A 2XXWA 2OWSA 2NWJA 4ND9A 1IXGA 2FA7A 3VVDA 2Y7KA 3TKDA 1SYHA 4QFLA 4QRZA 3LC8A 4UA8A 3RNNA 4Z7EA 1VR5A 1B46A 2CZLA 4U23A 4P0IA 4RK9A 4JWXA 1GR2A 5I58B 3IB0A 2F35A 2THIA 4ELRA 3Q29A 2V93A 4OZ9A 2HFBA 3M3FA 2PX1A 4NF8B 3EF7A 3CRBA 4XKQA 1ZJLA 1LFGA 2ZMBA 3OXNA 2B3BA 3FUZA 3IJXB 3PUWE 1PB9A 5CMCA 4M1VA 3WAEA 3W15C 2DE2A 2F6PA 1FQFA 4OQOA 3TUSA 1LAXA 4N07A 3K1MA 4GXAA 1RKMA 4LZ7A 5ICQA 1BTJA 1EU8A 3V83A 2XHDA 2DP8A 5TPAA 1UIVA 4KPTA 2E1SA 1Y4TA 1M5EA 2GHAA 2RKMA 5CBSA 1MPDA 1TFDA 4IY5A 1LB8A 4R6YA 2ZYOA 4NF4B 5K2YA 3IOUA 4KYEA 3MVWA 5JK4A 5JEIA 4WKMA 3WAFA 1UTBA 1XS5A 5A5XB 3VFJA 1BLFA 1MPBA 4OERA 3CIJA 1ZMGA 4X1DA 5L9MA 2Y7PA 1LBCA 3QIMA 1B5JA 3VVFA 1TT1A 5HBCA 4LZ5A 1SYIA 4EQBA 2QS2A 1M5BA 4FEDA 3SEUA 3RT8A 3K2DA 1B5HA 4IO6A 4GXSB 1QUJA 1P1WA 3OELA 3K6WA 2F36A 2UYFA 3CSGA 3FJMA 2OK2A 3ILTB 3HHGA 4OENA 3JV9A 2DWIA 1IQ7A 4FJPA 3UGWA 3V5AA 4BDMA 1XT8A 4R9FA 3RTFB 2LAOA 3DELB 1R9LA 4GL0A 5F7VA 4R6KA 1NH8A 2UVIA 2DWHA 3TELA 1B0HA 4O3CA 5I84A 1PEBA 1JNFA 3ONMA 4M4GA 2QL3A 4JWOA 1B1HA 5ICTA 3SEWA 1PBPA 1OQHA 3TTKA 3FXUA 2ZXTA 3K0VA 4L17A 1MM7A 3U1OA 3N94A 4NTLA 2DXRA 5I58A 1GTKA 2I4BA 2UXAA 1VSOA 3C9HA 3MP6A 4ECFA 3B6QA 1DTGA 3HSTA 1A54A 3S9MC 1N84A 1UTHB 3H4ZA 2NVUB 3JYRA 3HO7A 3KOTA 3MQ9A 5H8NB 5EHMA 4DZ1A 4JBZA 1OLCA 1XVXA 1MM6A 1PDAA 1FQDA 3LSFB 2RC8A 2UVGA 3IOVA 1AMFA 4X1BA 1N0TA 1B32A 5EHSA 4LA9A 2I0CA 4OVJA 3UORA 1VFDA 1B1XA 4MFIA 3FXRA 3RN8A 4G68C 2O69A 1YAEA 1XHYA 4BDLA 2NUVA 2DS9A 4ZS9A 1MS7A 2ZNUA 5CMBA 2HAVA 3FASA 2P0SA 3OOAA 5A5XA 4PQJA 3TTMA 3QUFA 4POXA 2XXYA 3E9XA 3C31A 5DVJA 1AIVA 3MC2A 4R2FA 4OFOA 1MXVA 1JVXA 4OTEA 3VXBA 3MAMA 2HZKA 2P1SA 1PB7A 2AL5A 3TTLA 4OFLA 2PBWA 1SQYA 5ITOA 1TWYA 3W9VA 3KEIA 4GVOA 3PU5A 1MH4A 2HEUA 1LBBA 1OMPA 5H8FB 1URSA 2F7BA 3S9EA 3C4MA 3K6UA 1B58A 3R7XA 4THIA 3H6VA 4FECA 2OLBA 2ABHA 3BFTA 2QMXA 3TDJA 2Y7RA 1GV8A 2OCUA 2Q88A 1JW1A 2E0SA 1LFHA 2DE4A 4LVQA 3UP9A 3SEYA 1DPEA 2DXYA 5DEXA 4F31B 4RY1A 1FTJA 2RC7A 4OEUA 2XXUA 4N13A 3ECRA 3K1PA 1LGBC 4H65A 4NE4A 3L6GA 1Y9UA 1Q1KA 3O6HA 1A8FA 3S2VA 3A3CA 5KDTA 4ELPA 4HS7A 1Q35A 5KCJA 3MZ1A 3OEKA 4F19A 4XKRA 2G29A 3EHSA 1UTHA 3CVGA 4ZEKA 3VE1B 2M8CA 2Q2CA 2CMOA 5TPAB 1B52A 1N04A 1OVTA 1B4HA 1OQGA 4YB7A 2ESNA 2F34A 3BKIB 3MPLA 3L6HA 3O97A 2QRYA 1S50A 5AA2D 2D5WA 2ONSA 4BDRA 4F1UA 3EQ1A 4IGRA 1JVYA 3QAXA 4GRKA 2H4IA 4GF8A 2REGA 3CFLA 4GOTA 3O28A 1MXUA 1M5FA 2DWJA 3KOSA 2DOJA 4MLQA 5AA1A 1MXWA 4PE5B 1URDA 5B70A 2XXTA 4DE8A 3FATA 5AA3A 1B4ZA 4FIMA 3FVGA 3FXQA 2O6AA 4IO5A 1FCKA 4KFQA 4NEDA 3KN7A 1MXZA 4E0WA 3AXFA 1B5IA 1R9QA 2DSFA 4ONYA 4BLAA 3IOWA 2O7IA 1MPCA 2VD2A 3MVYA 4JWYA 3D4CA 3GBBA 1YPNA 2XXHA 4U4SA 1T0KA 3LSWA 4U21A 3ZSFA 4EQ7A 1US4A 1D4NA 1HSEA 5I2NA 4X9TA 3TODA 5AA4A 1US5A 5FTIA 1QVSA 4QSCA 4NF6A 4N6PA 4I62A 2V3TA 2OZZA 1SW1A 3VLUA 4OETA 3SETA 1MRPA 4IO4A 1SD3A 1PC3A 4ZEFA 2HQ0A 3G3IA 2XD3A 3TCGA 4U1OA 4OHNA 1QJMA 4R73A 4F39A 4R6HA 4ZECA 2Q8JA 3R26A 4PP0A 3H6UA 2Z22A 1YCJA 3PPOA 4LP2B 3MW0A 3H03A 4EXLA 2Z23A 1IXCA 1S9TA 3EHUA 3E3KA 3BFUA 3MZ9A 4F3PA 3M3LA 2O1MA 3KG2A 4G2ZA 1MQJA 4KCDA 2Q9TA 1FTOA 2H99A 3UIFA 2R9JA 2F7AA 1QUKA 2Q2AA 3MJNA 4GQOA 4RNSA 3QUJA 4F2OA 5I56A 4YICA 2QS4A 4I8CA 5IAIA 1Y1ZA 2DYXA 3G3JA 1D9VA 3O6GA 3W9WA 4NWDA 2OBGA 4G77A 2RINA 3MPKA 1L5TA 5CMMA 2G93A 1D9YA 1Y1MA 2DE3A 1SI0A 1N7WA 3N6UA 4C1TA 4DLDA 4OESA 3OENA 2V3UA 4JXIA 4HCYA 5K2XA 1LB9A 1ZLQA 2ALUA 2XD2A 1B40A 4YB6A 1B6HA 4GWOA 3TYHA 3VXCA 5H8HA 2O1LA 1CB6A 4RXLA 1Z7ME 5L9SA 3RUMA 4OWDA 4TQUQ 1RYOA 3IK6B 3K6VA 2HAUA 3T9HB 2GH9A 1SVXB 1ATGA 2DVZA 4BDOA 3PD8A 1GGGA 1QW0A 5DEXB 3PMXA 5DVFA 2X7PA 1NFTA 1R1NA 3CFXA 3HCQA 1FQCA 5FHOA 4FATA 5I57B 2QS3A 1QUIA 1Y20A 3G3GA 3MBPA 5HPQA 4ZZAA 3LSLA 3LBSA 3EPEA 4MLVA 4XKPA 5KDTB 4HW8A 4KD5A 2X26A 2I3VA 5LOMA 5KCJB 3PV0E 4H8JA 4KYDA 3CI8A 3HHFA 1Y3PA 2ZNTA 2W7YA 3M8UA 1N76A 3TPAA 4AB6A 3IOTA 3S4UA 3T9UA 4JB7A 1IIWA 1IXIA 1Z7NE 4NMYA 1JQFA 2F7CA 3FJGA 1EZPA 4DIGA 5CBRA 3LSXA 4ZEBA 4E0XA 3V8XB 3B6TA 2AL4A 1B3HA 1MXYA 3D4GA 5JTYA 4EUOA 4WXJA 5H8SA 1DMBA 5TP9A 4H5GA 3CG1A 3H06B 1P1OA 3KN3A 3O29A 4XKNA 4G68A 4QF9A 1SDXA 3R6UA 2V25A 4PETA 3H7MA 5DYHA 5IKBA 4ISUA 1N3XA 2I3WA 3CFZA 1B3LA 4P11A 2HCAA 4LQ5A 1S7YA 4XXUA 2I49A 3USDA 4O3AA 2VD3A 1FTKA 1LFIA 3KBRA 2FYIA 2UYEA 2XXXA 1BIYA 3U94A 1EZOA 1ZIUA 1FTMA 4H5FA 4F2QA 1Y3QA 3K4UA 5TU0A 3TEPA 1TFAA 2H9BA 5J1DA 4YKKA 1NNKA 3IL1B 2R71A 4DXBA 2F5XA 4ELQA 4AQ4A 2D3IA 5FTHA 3TQWA 3ODBA 1H76A 2GHBA 1P1QA 3CG3A 1N7XA 4ZE8A 4JSOA 3IORA 3E13X 5I2NB 4U2RA 4YKJA 5H8QA 5AA4B 3DP6A 4GIZA 2I58A 3OD7A 2O84X 1B7UA 4IGTA 4H67A 4TLMB 3PPNA 5L8DA 4NF6B 3O66A 1M5DA 1MY0A 4R9GA 4WEDA 1B7HA 4IO2A 3RQTA 1IZ1A 1VE4A 4X48A 3PUXE 4LONB 3ILUB 1QULA 2NXOA 4ESWA 4KI0E 4H0WA 4ESXA 5I57A 2RF1A 3U72A 1P1NA 2F78A 1P99A 1VFEA 3A09A 2RCAA 1AH5A 1JEUA 3T22A 3OO6A 4C1UA 3UK4A 3TFLA 1B2HA 3CSBA 4DDDA 4KHZE 1B3GA 3SDFA 3B6WA 3FJ7A 5DT6A 4RPOA 3FGSA 4OFJA 4Q30B 2F97A 4RPNA 1POTA 4POWA 3RPWA 5ELVA 4TLLB 4QSEA 1IUDA 1ZBMA 4UACA 4ZEIA 3KGCA 4P0GA 4NF5A 1JW5A 3O2AA 4OXVA 3VV5A 3C33A 4Q8RA 5I59A 5FHMA 1O63A 1R6ZA 4DCXA 5I56B 3U92A 1MDP1 3KJTA 2P2AA 3V89B 4YKIA 3KJ7A 5CC2A 1O7TA 3GZGA 3G3FA 3E4RA 2I4CA 2H5YA 4U4XA 2QSXA 4MH5A 3PPPA 4NWCA 3VLWA 1MY4A 4AB5A 3SEXA 3T96B 4R74A 5L9OA 1DTZA 3QK6A 1AL3A 1TXFA 5CRYA 2ZNSA 5DVIA 5HM4B 4LQ2A 4RJZA 4FORA 2O68A 5H8HB 1XOCA 2UVJA 1RYXA 3N6TA 4R75A 3MVXA 3H6WA 3CR9A 2FNCA 1ZTYA 1B3EA 4GFRA 1B9JA 4F3GA 1UIUA 2Y84A 1QKAA 4RYAA 3FV1A 4U1ZA 4JDFA 4F1VA 2X7QA 1Y4CA 4H1XA 1A99A 4QFOA 4F29A 1JETA 5F1QA 1LCTA 1A55A 1A7LA 5I2KA 1B51A 4KCCA 3Q25A 5AE4A 4QSDA 1ZKBA 2IA4A 3T9VA 3H6TA 3JZJA 1LLSA 1I6AA 3EN3A 4IO7A 4PFWA 4Q5TA 4ZEDA 2I6EA 1H43A 3MUQA 2I48A 3KZGA 3T93B 2XX9A 4G8MA 2NOOA 1A8EA 2ONKE 1OIBA 4F3BA 3PMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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