3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
3MZ1A 1MY0A 1FQFA 2ALUA 2VGQA 1B7ZA 1DPEA 3MP8A 3PMXA 3BKIB 3N94A 3HPIA 1LBCA 2O7UA 3LSWA 4KR5A 1MY2A 2VP1A 3VVDA 2DQVA 4FEDA 4PETA 4TLMB 4EXLA 2QMWA 5H8FB 2Q88A 3FVKA 3T9HB 1RYOA 4NF5A 1SYIA 2RC8A 3TELA 3TTKA 3KN7A 4PFTA 4DZ1A 4LZ5A 3HHGA 1B0LA 1UIVA 2PT2A 1VFEA 1B5JA 2QRYA 1DSNA 5DVIA 4AQ4A 3TUSA 4DLDA 5CC2A 4THIA 1A55A 1JW5A 4ELOA 3I5OA 4ZEFA 2Y7WA 3SESA 1BP5A 4PFUA 4DE8A 3V8XB 3PPQA 5KCJB 4PQJA 2ZYKA 1M5DA 4H6DA 3RY3A 4MH5A 2Q2CA 3VVEA 2V84A 3CRBA 4TQUQ 1JVYA 4FATA 1IXHA 5I2KA 1D3KA 2H25A 3EN3A 1N3WA 1OIBA 2HZLA 4NF8B 1A99A 2DS9A 3IB1A 1R1NA 1LAFE 1PBPA 5DT6A 5H8NB 4XKRA 1B5IA 1O64A 1SW1A 3OO9A 4KI0E 5EYFA 1RYXA 1SBPA 5FHMA 3TCHA 4YICA 4F39A 5AA2B 1A8EA 1N3XA 3RGYA 5AE4A 3I3VA 1B3HA 1SD3A 2RCBA 5L9SA 1OLAA 2ZYMA 1N84A 3UN6A 5K2YA 5AA2A 3O28A 5CMCA 2PYYA 1MQHA 2REGA 4BDNA 4OZ9A 1LAGE 4YB7A 2F6GA 2G29A 4U4XA 5AA2D 1UIUA 5AA3A 2QL3A 3MPLA 3MZBA 3PMWA 1SQYA 2QS2A 4P11A 4X9TA 1I6AA 5TP9B 3VDFA 3KN3A 5L9OA 4JWYA 2V3TA 2DWHA 3RTFB 4RPNA 4KYEA 1NNPA 4MLVA 3OSRA 1FTOA 2YPNA 3RLFE 5HPQA 3TKDA 5ITOA 2DE3A 3IOUA 4NWDA 1CE2A 3EF7A 1R6ZA 3FVOA 4OENA 5H8HB 3ZSFA 5JTYA 3G7WA 4NF4A 2R71A 5B70A 1IZ1A 1MH3A 2QPQA 4OFOA 4QSCA 1D9YA 1MQGA 1QULA 2QS4A 4P0IA 4Q30B 1IXIA 3D4CA 3C9HA 1M5EA 3U72A 3IB0A 4G4PA 2NVUB 1SI0A 5AA1A 4NF4B 4NEDA 4HS7A 1YCJA 4HCWA 2P0SA 3MVZA 3PUXE 3S9MC 4WKMA 4DDDA 4ELQA 5KZTA 1NMUA 3TAJA 1IXCA 2I49A 1MPCA 3DP4A 3MZ9A 4RA1A 3R6UA 4U22A 1FTKA 1JVXA 3K2DA 3K6UA 1S9TA 3O29A 3G3GA 1WVJA 2AL4A 1FTMA 4C1TA 4OHNA 5AA4B 2D5WA 2VD3A 3B6WA 4G8NA 4O3BA 1B5HA 3A3UA 2OJTA 2OCUA 1FQDA 4NWCA 3LC8A 5AA4A 2E1SA 4YMAA 1AOVA 1M5BA 3KZGA 4H1XA 1B3LA 2X7QA 1QUKA 1NNTA 4GL0A 3CIJA 2I0CA 4KCDA 3FJMA 4QRZA 5ICQA 2F35A 3IOTA 4U1ZA 4YKKA 5ITPA 1T0KA 3SEWA 4MBPA 3R7XA 3W15C 1P99A 4NF6A 4ELPA 1JEUA 2RF1A 3OSQA 5I84A 3OOAA 1PDAA 1UTHB 2Y7IA 3IOWA 1ZLQA 4I1DA 3IOVA 2FYIA 2V25A 3FASA 2ANJA 3O9PA 2XXHA 4IO4A 4ONYA 3O2AA 4F2QA 4HW8A 2HEUA 3T66A 3T9XB 3V5AA 4P0GA 1B1HA 2X7PA 4GRKA 1TT1A 4FJPA 3ZKKA 4O3AA 3C36A 4G77A 1UQWA 1B3FA 3LSLA 4QSDA 1SW4A 2UVGA 4LZ8A 4Z0IA 3QIMA 4KFQA 1F9BA 1ZBMA 2A5TA 4H0WA 2AYSA 3CR9A 3FV1A 1LGBC 3RPWA 1JNFA 2ABHA 2I3VA 2XD2A 3E9XA 1I6BA 1B40A 4E0XA 1VFDA 1I69A 3CVGA 3WAFA 1MG1A 5I59A 1MPBA 1FQAA 5CM6A 3QK6A 4OTEA 4ZE8A 3BBRA 5ISUA 2BJJX 1B0HA 1B1XA 1S7YA 1Z7NE 1NNFA 2B65A 4OEVA 1BTJA 2B3BA 2I58A 2I4CA 3B7DA 1P1QA 3EQ1A 1B3GA 2B3FA 4G2ZA 4I62A 4R75A 5DEXB 4BDMA 2Z8FA 3MP6A 4PP0A 5DYHA 2NOOA 1Y3NA 3FJGA 1MQIA 3UORA 4ESXA 3U94A 2H99A 1BLFA 4YU0A 2Z8DA 3C32A 4QFPA 2I3WA 3TYHA 4L17A 2AIXA 2A5SA 4QFKA 4ZECA 3Q26A 1MY3A 5DTBA 3OENA 4R6KA 3MWBA 4K3FA 3VLUA 3L6HA 1LFHA 3LSFB 4IO6A 5IAIA 4LQ2A 1ANFA 3GXAA 3RN8A 4EQ7A 2H5YA 3IO6A 2O69A 3IJOB 2IEEA 2V93A 4OEUA 4RK2A 1AIVA 3SETA 2R9JA 3W9WA 3THIA 3O6IA 5F7VA 5H8QA 2DP8A 3UIFA 3Q28A 3VE1B 1OQGA 3OO7A 1ZIUA 2Y84A 3IO4A 4YZZA 3DP8A 3PD9A 1GV8A 3GBBA 1NNKA 3PGFA 4N13A 1N0TA 3G3KA 3LUYA 2ONRA 3MUQA 2NUVA 4LONB 2UVHA 3LSXA 5I2NA 2XXWA 1N7XA 4R72A 4WXJA 3TDJA 1Y3QA 5FHOA 3JZJA 1H3DA 2P1SA 3EHUA 5H8HA 1A8FA 3U8QA 3U93A 3UGWA 4BDLA 3PPNA 1MY1A 3BFTA 1USYH 2D21A 4RY1A 1MM7A 3P7IA 2XXPA 4YKIA 2HCAA 5EHSA 3TQLA 3VXCA 3A3CA 4UA8A 5TPAA 5CBRA 5I57B 3H4ZA 1NH7A 1PC3A 1URGA 1MH4A 2ZNSA 3KFMA 4RXLA 4U21A 5M2VA 4N07A 5FTIA 3ZKLA 4IGRA 4MFIA 5CMKA 3E3KA 1FQBA 5CI5A 2Q8JA 4IGTA 1M5FA 2HQ0A 4ZS9A 4I8CA 3IORA 3SEXA 3GBAA 4GOTA 4RNSA 1JW1A 2DWIA 3QAXA 4G68B 3TTLA 4FECA 3BFUA 4F2OA 3D4GA 1HSJA 3OMBA 4WEPA 1MY4A 2Y7RA 5JEIA 2ZXTA 1US4A 1URSA 1MPDA 2FA7A 2F5XA 2XXYA 1XT8A 3CSBA 3FUZA 5DVFA 4DIGA 1M5CA 4O3CA 3CFXA 3IB2A 2Y7PA 3MVYA 3GZGA 5H8QB 4BDQA 4OESA 1BIYA 2F97A 3UA8A 4GIZA 1MDQA 2V3UA 2UYEA 1TXFA 1OQHA 2ZYNA 4FORA 5HBCA 1N7WA 3TMGA 1XS5A 2XX8A 1DOTA 1AL3A 3O6HA 3HO7A 1IUDA 1URDA 4GLIA 4JSOA 4M1VA 4YMBA 4GXSB 4ISUA 3RQTA 3PPPA 2GHAA 3V89B 3ONMA 2DWJA 2H4IA 2PVUA 2XXRA 3OXNA 5H8SA 4FAJA 3IJXB 4ZEBA 2F6PA 2UVJA 2ONKE 4WEDA 3KOSA 3G3HA 2NWJA 2ZYOA 1LLSA 3Q29A 3C4MA 4QFOA 4ZDMA 1L5TA 1XC1A 4OWDA 3FZVA 2F7CA 5CMBA 1LCFA 4KYSA 5I56B 2O6AA 2DOJA 1MXWA 1B9JA 2F7AA 1H45A 1B4ZA 3CSGA 4OYVA 4RJZA 4RK9A 3SDFA 4AB6A 1B4HA 3C31A 4H5GA 4ECFA 3TCFA 3AXFA 3FV2A 1JETA 3N26A 5I2NB 4GXAA 2ZNUA 5I56A 4DCXA 1B2HA 2XXUA 3O97A 3R26A 1AH5A 4XKNA 5L9MA 1B7HA 1B05A 4F1YA 3PUWE 1RKMA 1B32A 4R6HA 4ZZEA 3TTNA 4JXIA 1GVCA 1LAHE 1IITA 1TFDA 1YPNA 3HHFA 2XXQA 4KD5A 4F19A 2DSFA 1B51A 4YKPA 1P1OA 3T9UA 4JWXA 1B52A 1Y4TA 2I4BA 3KEIA 1MQDA 2QS3A 3PD8A 2RC7A 4YAHX 4I9DA 4GL8A 3MBPA 4YKJA 5A5XA 2GH9A 3JV9A 1Y3PA 3Q25A 4C1UA 3K4UA 4QFLA 3SEYA 5CRYA 3FXRA 2PT1A 3FXQA 4H5FA 4JSDA 2P2AA 3KN8A 2CZLA 3FVGA 3MVXA 5EHMA 3N6UA 1JQFA 4KYDA 4DXCA 1FQCA 4KCCA 3RUMA 3QSLA 2E0SA 1OVBA 3K1PA 3VFJA 1USYE 3CFLA 4X1DA 1MXYA 2D3IA 5A5XB 1EZOA 1N04A 1IEJA 1ZTYA 1UTBB 1J1NA 4EQBA 4ZEDA 2G93A 3IL1B 4G68A 2F36A 4NTLA 5BWJA 3SKPA 3DP6A 1LCTA 4KQPA 2RC9A 3TTRA 1B58A 3PPRA 3PU5A 4ZZAA 1O63A 4C0RA 1GTKA 4EDPA 1MM6A 3PUVE 3TTMA 4NMYA 5I59B 4GFRA 4FEBA 1I6QA 2Z22A 4POWA 5I58B 1FTLA 5I2KB 2QS1A 4QSEA 2PBWA 3G3FA 3MAMA 4XKQA 3M3LA 4X48A 5DEXA 2XXXA 4EF2A 3TZAA 1O7TA 5KDTA 3H03A 4GVOA 1SDXA 5IKBA 3TQWA 1XOCA 2A5TB 3C33A 4DXBA 4Z7EA 2RKMA 5FHNA 2REJA 3K6WA 4BDOA 1WODA 4BDRA 3OEKA 5TU0A 2DVCA 2FNCA 3LR1A 1HSLA 1DTGA 1QUIA 3MC2A 1H76A 2O1LA 4QF9A 3QUJA 4R9FA 3UP9A 1SI1A 2DWAA 5TPAB 4NE4A 2PX1A 3QXMA 1DPPA 4HTGA 2HZKA 2H98A 3OEMA 3IK6B 1NFTA 1OMPA 3IAZA 4JBZA 4JWOA 1LFIA 4GWOA 3FD3A 4XIGQ 4YB5A 5JTYB 3T22A 1VSOA 1SW2A 3TFLA 1QKBA 4JDFA 3G3JA 1MS7A 3ECRA 3CI8A 3MQ9A 1SW5A 1JEVA 1ZJLA 3FVNA 2HAUA 3SEUA 1BKAA 2WKYA 4BLAA 4F1VA 2OZZA 3N6TA 1ZU0A 1PEBA 4KHZE 1Q35A 2RINA 1POTA 4LQ5A 1PBQA 2Q2AA 2V3QA 1B6HA 2O51A 2OBGA 1XVXA 3K6VA 4GF8A 3VV5A 1R9QA 4QFNA 4RYAA 3C34A 2ZNTA 1ZMGA 4IO7A 2NXOA 4IY5A 2F7BA 1PB9A 4FIMA 2DE4A 2QMXA 2O7IA 5ICTA 1MXZA 3B6QA 4TOZA 4ND9A 4XKPA 4N6PA 5DVJA 1TWYA 3ILTB 3KJTA 4IB2A 3SEVA 3U92A 2HAVA 3OELA 5ELVA 2ONSA 4DXUA 1XVYA 4XTCQ 2F78A 1QVSA 3KG2A 3KSXA 4H67A 4NF8A 4EUOA 2XX9A 5JK4A 4Q8RA 4EF1A 2VD2A 3TODA 1IQ7A 2W7YA 3JYRA 3FXUA 3MJNA 4R6YA 1P1WA 3PUYE 5F1QA 3S4UA 1A54A 3FATA 5CMMA 1H44A 1D9VA 1PB7A 3CG1A 2F34A 3DELB 4LP2B 1ELJA 3KJ7A 4R2FA 5LOMA 2DVZA 3M8UA 2LAOA 3KSJA 4R73A 2Q9TA 3RTWB 3W9VA 3S9LC 1DMBA 3VLVA 4HCYA 5CBSA 3K1MA 4OETA 4LA9A 3T9VA 1QKAA 3E13X 3MP1A 1IIWA 1FCKA 4X1BA 4F3PA 3H6UA 4G68C 1A40A 4E0WA 1Q1KA 2OWSA 2VOZA 3PPOA 3EHSA 4Q0CA 2HFBA 3FJ7A 4IO3A 1P1UA 3M3KA 3EPEA 3OD7A 3T93B 2OLBA 3GLBA 4KPTA 1HSEA 1UTBA 3RT8A 1B46A 2Y7KA 5KDTB 3PV0E 1LB8A 3HV1A 4PE5B 1S50A 4F29A 1CB6A 3T96B 1MRPA 3IX1A 3M3FA 3MPKA 3K0VA 1LFGA 2GHBA 4R2BA 3O66A 4U4SA 3K01A 1LAXA 4G8HA 1GGGA 1Y1MA 1VE4A 3N5LA 5H8NA 4ESWA 4F3SA 3TEPA 2IA4A 1II5A 1NKXA 1NL5A 2XXVA 3K1NA 4IO5A 4JB7A 4LUBA 4OFJA 1JW4A 5FTHA 1A7LA 2YJPA 4F1UA 3F11A 2XXIA 4H8JA 1B7UA 3K00A 3HN0A 1OLCA 3H6TA 4OQOA 2O68A 3OO8A 4U23A 2OWTA 2F8DA 1DTZA 2Q89A 1US5A 3I6VA 4EXKA 1YAEA 4TLLB 1ZKBA 4QHQA 1LB9A 3SERA 2R6GE 2DXRA 4POXA 2Z8EA 2PMSA 2I6EA 3S2VA 2XD3A 2YLNA 3H06B 4F18A 1FW0A 3L6GA 3E4RA 2OK2A 1Y4CA 4F3BA 3ZS6A 5I57A 3S9NC 1EU8A 3A09A 4GQOA 1D4NA 4PFWA 4PFYA 5HM4B 1VR5A 2I48A 3OO6A 3WAEA 1H43A 2HXWA 3B6TA 2RCAA 3H6WA 3U1OA 3VLWA 5H8FA 3KOTA 2ZMBA 4H65A 1AMFA 1WDNA 5J1DA 4U2RA 3HCQA 4ZE9A 2H9BA 4AB5A 3TPAA 3QYTA 4XXUA 1MXVA 2GRVA 3K02A 3ILUB 3V83A 1R9LA 2KLFA 1SVXB 1ATGA 1OVTA 3VXBA 4OMBA 4ZEKA 3FGSA 5TP9A 3LBSA 4EQ9A 1FQEA 5I58A 2XHDA 1EH3A 1Y20A 3Q27A 2QJEA 1UTHA 3MW0A 4U1OA 3RNNA 4RPOA 4LZ7A 4ZEIA 1TFAA 1MQJA 3PUZE 3VVFA 3FIRA 4OVJA 4R74A 1XHYA 2DE2A 4H8IA 3H7MA 1QW0A 3TCGA 3H3GA 1MXXA 2I0BA 2VHAA 4MF3A 1QJMA 4NF5B 4OFLA 1NH8A 2UXAA 2Z23A 1Y9UA 3QUFA 3ODBA 1LSTA 1QUJA 1SYHA 2UYFA 3C35A 5K2XA 4F31B 1GR2A 4NF6B 2DXYA 4ELRA 2THIA 1EZPA 1MDP1 1KWHA 2CMOA 1Y1ZA 1POY1 2O1MA 2QSXA 3EHTA 4DCYA 4F22A 3HSTA 3DLNA 1YTVA 3CG3A 4OXVA 5KCJA 3H6VA 3KBRA 4IY6A 4LVQA 3S9EA 2M8CA 1P1NA 4LATA 1N76A 2XX7A 4R9GA 2ESNA 2X26A 4G8MA 3PMVA 4YB6A 5L8DA 2DYXA 3RT6B 1FTJA 3MVWA 4FE8A 2XXTA 2AL5A 3IR1A 4GD5A 1Z7ME 4M4GA 3USDA 5BUUA 3K6XA 1EZ9A 4F3GA 4UACA 3DM0A 3UK4A 2GFEA 5B7DA 1MXUA 1PB8A 1LBBA 2O84X 3CFZA 3KGCA 3O6GA 3G3IA 1B3EA 4OERA 4Q5TA 4IO2A 4MLQA 2UVIA 1IXGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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