3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
4JSOA 1Y3NA 2Q2CA 4AQ4A 1MY1A 4ND9A 3JV9A 5FHNA 5LOMA 2IEEA 4PFYA 3ZKKA 1ZMGA 2E1SA 4ZEFA 2QSXA 3T9UA 3CVGA 1XS5A 2DVCA 2NUVA 3AXFA 4G8HA 2GH9A 5EHMA 2YLNA 1B52A 1PDAA 3OEMA 5H8FA 2CZLA 4IB2A 4NF6A 1M5FA 3CG3A 5I56A 3O6IA 4NF8A 4F29A 4YB5A 4NMYA 1B5IA 4PFWA 1P1NA 3FUZA 2O69A 1JVYA 4OENA 3BFUA 1UIUA 4EF1A 2UVGA 3K01A 4FEBA 1H43A 4P0IA 1ZTYA 4C1UA 3LBSA 3BKIB 2KLFA 1H45A 1JW5A 3C36A 4ZS9A 3PUZE 3T9XB 4Q30B 1Y3QA 5I2NA 1Z7NE 1URDA 2B3BA 1AIVA 5TU0A 2H5YA 2ZYOA 3SEWA 1MM6A 4IO2A 1QKAA 3UP9A 3RGYA 4OERA 4DE8A 2ZYKA 4IO3A 2QMWA 5FHOA 5ICTA 3BBRA 3MP1A 1UTBB 1FTMA 1IITA 4KCDA 2UXAA 4OFJA 2FNCA 1IIWA 3KSXA 2O1LA 1IXHA 3U1OA 3FVGA 2UYFA 1VFEA 3H6WA 5I84A 2UYEA 3G3HA 3U93A 4E0WA 3H06B 1VE4A 4PFUA 4DXUA 1POTA 3TQWA 4WEPA 4F3GA 3E13X 1NL5A 3TCHA 1IQ7A 2F35A 1FTLA 5AA4A 2QS1A 3MVYA 1LAHE 4F2OA 4YKJA 1MRPA 1OIBA 3EHTA 1MPDA 3CIJA 4THIA 1M5CA 3IOUA 4YMBA 3IOWA 1EZOA 3N26A 3I5OA 2YPNA 2ONRA 4U1OA 4OETA 3EPEA 3K6UA 3PU5A 4X48A 2XXHA 4YB7A 2V3UA 1B3FA 2YJPA 1LAFE 3B6WA 3HHGA 1BLFA 4RPNA 5KCJA 3FV1A 4DDDA 2QJEA 1N04A 4YMAA 1MY4A 5A5XA 5B7DA 2P0SA 2DWJA 3OO8A 1OQHA 5I58B 2F34A 5IKBA 2F78A 3QXMA 3LC8A 3TTKA 4NF4B 4OFOA 1OLCA 1B32A 2PBWA 5ITOA 2Y7WA 3BFTA 2CMOA 3LR1A 1LBBA 3S9LC 1MY2A 1FQAA 3EHSA 5HM4B 2THIA 3I3VA 3LSWA 2UVJA 1DPEA 3UA8A 3FVKA 5K2YA 2IA4A 3HV1A 4K3FA 3TTMA 4BDLA 2Y7KA 4FORA 4JDFA 2DOJA 1QKBA 3E9XA 1B1XA 5J1DA 4R6KA 4U22A 4GIZA 1AL3A 1WODA 2XXVA 1LFGA 3B6QA 3TCFA 4G68B 2ZNUA 2QS2A 1F9BA 4KI0E 1JW4A 3KN7A 3Q27A 4AB6A 1B51A 1O7TA 5EYFA 4KR5A 5JTYB 2Z8EA 1B4HA 1FQEA 5TP9A 3WAEA 1NNFA 1DOTA 2OK2A 4TLMB 4GD5A 1MQDA 1N76A 1LAXA 3IB2A 3M3KA 2H99A 4U1ZA 2DE2A 3QIMA 2VGQA 4LVQA 4R6YA 3FXQA 4ELPA 2PVUA 1PC3A 1A8EA 1YAEA 2H4IA 5ISUA 2VD2A 4AB5A 4U23A 5KDTA 4PE5B 5CBSA 3L6GA 2DWAA 5DYHA 3TAJA 2REGA 4P11A 2Y7PA 3G3KA 3MPLA 3VVEA 3QSLA 2M8CA 1NH8A 3T66A 3VDFA 3LSFB 3B6TA 5L9OA 4NF6B 4R2FA 2O7UA 2X7PA 4NF8B 3RQTA 4F1VA 4F3PA 1II5A 2ANJA 4G8MA 1XOCA 1PB9A 3SEYA 3HPIA 2XHDA 4KYEA 4ELQA 1QUJA 4U2RA 2V93A 4F31B 4U4SA 4G8NA 5H8HA 2D3IA 4ZZAA 2HZLA 2RC8A 3FJMA 3VE1B 1LCTA 3G3FA 3S9EA 4F1UA 2BJJX 4KHZE 4LUBA 4XKQA 2DXRA 1B3GA 4R9FA 3R26A 1N0TA 3F11A 5I2NB 3H6TA 2Q2AA 1A8FA 4TOZA 4UA8A 5JEIA 1GTKA 3EN3A 4GQOA 4DXCA 2XXYA 4E0XA 4PQJA 4RYAA 1B7HA 3OD7A 1BTJA 4F2QA 3A09A 2XXTA 3Q26A 4LONB 1MY3A 1H76A 2O51A 2A5TB 3KJTA 4NF5A 1FTOA 1MPCA 2XXWA 2ZYMA 3MVXA 1T0KA 5H8QA 1RKMA 1IXGA 3KG2A 2XXXA 1ZKBA 4YKKA 3RUMA 4RJZA 2QL3A 5CRYA 3IB1A 4HS7A 3FASA 2PYYA 2B65A 4LZ7A 3UGWA 3K1MA 4TLLB 1P1QA 2GHAA 3N94A 1US5A 3DM0A 1USYH 3G3JA 5CC2A 1YCJA 1MM7A 3EQ1A 5AA4B 4NEDA 1B58A 4QF9A 2UVIA 3FXRA 3T22A 1GVCA 5AA3A 1LGBC 4M1VA 2XX8A 4F22A 3A3UA 3V89B 1IZ1A 4MLVA 1IEJA 1Y4TA 1LLSA 1B46A 1RYXA 3UN6A 1MQGA 1N84A 1XT8A 4XXUA 3Q28A 3QK6A 2XXIA 1UQWA 1MQJA 1MXWA 3T96B 1S50A 4IO6A 1FQBA 2F6PA 2XD2A 2OWTA 3KOSA 2Z22A 3JZJA 3TKDA 2ZNSA 4C1TA 5TPAA 4PFTA 4KYDA 3PMWA 1FQFA 1SW1A 2HFBA 1MQHA 2VHAA 4FE8A 3VFJA 3T93B 1B05A 2R71A 2VOZA 5DT6A 2DE4A 4U4XA 3ZKLA 1B5JA 4EDPA 3U72A 3C9HA 3DP4A 4LQ2A 5CI5A 4POXA 4L17A 2F7CA 3PMVA 1N7WA 2I4CA 2I3WA 4Z7EA 1ZBMA 1NH7A 3GXAA 1QUIA 3CR9A 1MPBA 1ZJLA 3H7MA 3ONMA 1JVXA 3QYTA 2F7AA 1P1UA 1Q1KA 4OQOA 4FIMA 3TCGA 3K6XA 1EH3A 2XX9A 4JSDA 1EZ9A 3FJ7A 5TP9B 1OVTA 2B3FA 2Q88A 2G93A 4GXSB 1IUDA 2F7BA 3CFLA 5DEXA 1MQIA 4I8CA 3RT6B 2AL4A 1GGGA 2Z8DA 3TODA 3PD9A 4QFOA 2Q9TA 4MFIA 4YKIA 2QMXA 4X1DA 4ZEIA 4YU0A 4HCWA 2RCAA 3RTWB 3MZBA 4LP2B 2OBGA 2F8DA 3IORA 4JBZA 2F5XA 3OO6A 4F19A 2OWSA 2FYIA 3TDJA 1FTKA 1PEBA 4QFLA 3OXNA 1ZU0A 3RT8A 3TQLA 4IY6A 3C32A 1SQYA 4ZEKA 1A55A 1MXVA 3K6VA 5H8HB 1YTVA 1MH3A 1MS7A 2Y7IA 3OOAA 1LB8A 3EHUA 1OLAA 1CE2A 1DTGA 3OSQA 4GL0A 1TFDA 2O1MA 5CMKA 3TTNA 1MH4A 3SEXA 4MLQA 1B1HA 1B3HA 4R72A 4OYVA 4H8JA 4R75A 3MAMA 2RINA 1O64A 3C4MA 3O6HA 4N13A 5H8NA 4EXLA 3O6GA 4ZE8A 1XC1A 4IO7A 1QJMA 4Z0IA 4H5GA 4I62A 4EQ7A 3CFZA 5I2KB 5FTIA 3O29A 1FW0A 4R9GA 4NF5B 3V8XB 1SYHA 3GBBA 2AIXA 4JWYA 4G77A 3JYRA 1FTJA 2OLBA 1D3KA 1JEUA 4OXVA 5ELVA 1GV8A 5L9SA 1JQFA 3R6UA 3MP6A 2V25A 3TTLA 1Y3PA 3KOTA 2I0CA 3PV0E 5DTBA 2Z8FA 3CRBA 3N5LA 4QSEA 1D9YA 3W9VA 4EXKA 1M5BA 4QHQA 2RCBA 3N6UA 5M2VA 3C35A 5JK4A 4G4PA 2I48A 5L9MA 1UTHB 2XXUA 3K1PA 3ZS6A 3IO6A 5HBCA 3OENA 4NWCA 4GOTA 3CG1A 2Q89A 3PPOA 1B2HA 1R1NA 3TPAA 3H6VA 2OZZA 1FQCA 1Y9UA 1N3XA 2A5SA 3UK4A 3VXCA 1MDQA 4IO5A 3PUYE 4ZEBA 1LB9A 3OO7A 4WXJA 3TMGA 4GFRA 1PB8A 3IR1A 2NXOA 3S2VA 2G29A 3S9MC 4MH5A 2WKYA 4LATA 3DLNA 1B9JA 1PBPA 1NNTA 1SW5A 2PT2A 3DELB 5H8FB 2XXRA 3K4UA 2HXWA 5AA2D 4KQPA 1NFTA 5I56B 2PX1A 4F18A 4OZ9A 3THIA 4FECA 1XVXA 2VP1A 4OVJA 1R9QA 5TPAB 5DVFA 1ZLQA 4RA1A 1IXIA 4MF3A 2DSFA 4MBPA 2QS3A 3K1NA 1XVYA 3MW0A 1A54A 2HAVA 4O3CA 4F3BA 2XXPA 4BDQA 5FTHA 3U94A 1AOVA 3SEVA 3D4CA 1POY1 2R9JA 2F36A 4OEVA 5CM6A 4KFQA 2HAUA 1TWYA 1MXYA 5IAIA 4TQUQ 3H03A 1Q35A 3VLWA 5FHMA 4R6HA 1GR2A 4R73A 4GLIA 4FATA 5I57A 2ONSA 4IO4A 3IJOB 4YICA 1UIVA 4QFNA 5DEXB 2X26A 3HO7A 1MG1A 2V3TA 4HW8A 4FEDA 4Q5TA 3LSLA 4GL8A 4NF4A 3FZVA 3LSXA 4GF8A 3PD8A 3SDFA 4ECFA 3TUSA 1MY0A 2XX7A 4EUOA 3CSBA 4XKRA 4DZ1A 3DP6A 1B40A 1EU8A 1URGA 2RKMA 3L6HA 3CI8A 4KCCA 4IGRA 1Y4CA 4OHNA 4C0RA 3TEPA 2P1SA 1SI1A 3PUVE 3KSJA 3USDA 3E4RA 2HEUA 3MVZA 1OMPA 4POWA 5ITPA 2RC9A 1SYIA 2F6GA 4H67A 4LZ8A 3U8QA 4YB6A 4H1XA 3G3GA 3PPNA 3RTFB 2D21A 2XD3A 4ZECA 2DE3A 3EF7A 3HSTA 3VV5A 3OO9A 5F7VA 1LFHA 3FXUA 4O3AA 5B70A 2D5WA 1LFIA 2QRYA 4RK9A 1SDXA 1VSOA 4YZZA 1H44A 2DVZA 2LAOA 3M8UA 4WKMA 1ATGA 5KCJB 4LA9A 3KFMA 5L8DA 4NWDA 3WAFA 1I6AA 4IY5A 5H8NB 5A5XB 4RPOA 3T9VA 1ANFA 2HQ0A 3G3IA 3KBRA 2OJTA 3N6TA 3PMXA 1D4NA 1XHYA 3C33A 3MWBA 3O97A 4I9DA 3IB0A 4H0WA 4UACA 3MUQA 1SVXB 1VFDA 3W9WA 3FJGA 3R7XA 3MBPA 2H9BA 3GLBA 4GXAA 3IOVA 3K6WA 1P1OA 3I6VA 3V5AA 3FD3A 4Q8RA 4X9TA 1D9VA 5DVJA 4H5FA 5AA2A 1ZIUA 1R6ZA 3QAXA 4ZEDA 3MVWA 4M4GA 4BDOA 4FJPA 1VR5A 1Y20A 4JXIA 4BDNA 1B3EA 1Z7ME 3MJNA 2DWIA 5I59A 2I0BA 2FA7A 2I58A 3RY3A 4EQBA 4DCXA 4PETA 3CFXA 4LQ5A 4OEUA 2V3QA 1TXFA 2GFEA 2DXYA 1S7YA 4ISUA 2X7QA 4QSCA 3M3FA 3U92A 4BDMA 1SW2A 4YAHX 4R2BA 1A7LA 4DCYA 1SBPA 3B7DA 1KWHA 2REJA 2Y7RA 3IL1B 1LSTA 2DP8A 2DWHA 1B3LA 3PPRA 1SI0A 2QPQA 2A5TA 3H6UA 5KDTB 3SETA 5BWJA 1B0LA 4BLAA 3KJ7A 4EF2A 3GZGA 1JNFA 4JWOA 1QVSA 1QULA 4X1BA 1MXXA 1S9TA 3PGFA 1CB6A 2Z23A 2R6GE 2HZKA 2PMSA 2O84X 5EHSA 1BP5A 3IOTA 2ZNTA 2ZYNA 3TYHA 4G68C 3FVOA 1SW4A 3RN8A 4OMBA 1B7ZA 4RK2A 4GRKA 4DXBA 3K02A 2ESNA 3UIFA 4OESA 1AMFA 1HSLA 4RNSA 3E3KA 1I6BA 2DQVA 3MQ9A 2XXQA 4GVOA 3IX1A 2GRVA 2NVUB 1B4ZA 4Q0CA 3G7WA 4DIGA 3VLUA 3KZGA 4N6PA 3VXBA 3OEKA 3HCQA 3MZ9A 4G2ZA 5CMMA 1MDP1 3KEIA 2DYXA 5F1QA 3IO4A 3H3GA 5I57B 3LUYA 1B6HA 1US4A 4OFLA 5H8SA 5ICQA 3S4UA 4RXLA 4H8IA 4WEDA 1J1NA 4BDRA 2NWJA 1WVJA 1HSJA 3OSRA 4XIGQ 1TT1A 2RF1A 3ODBA 2I49A 5H8QB 5KZTA 3IK6B 3TTRA 2OCUA 3K0VA 3QUFA 4LZ5A 3SESA 1P99A 2GHBA 3CSGA 1BKAA 1N7XA 1USYE 2NOOA 3K00A 4HCYA 3TELA 4H6DA 4QSDA 4F39A 3ECRA 3W15C 3TFLA 3ILTB 3K2DA 3KN8A 2H25A 4ESXA 4N07A 2I3VA 4U21A 1H3DA 1URSA 3C31A 1LBCA 1I69A 3C34A 3VVFA 1B5HA 3RPWA 1MXUA 3D4GA 3HHFA 3O28A 2QS4A 2V84A 5K2XA 3SKPA 1DPPA 1TFAA 2DS9A 4ESWA 4QRZA 1A40A 2H98A 4ZDMA 4H65A 3S9NC 4ELRA 3IAZA 1YPNA 3RNNA 4GWOA 4QFKA 2W7YA 1UTBA 1FCKA 4F1YA 4NE4A 1DMBA 2AYSA 3KGCA 3V83A 3MC2A 1B0HA 4XTCQ 4O3BA 4I1DA 1RYOA 1M5DA 5AE4A 4KD5A 4ZZEA 4DLDA 3SEUA 1N3WA 2RC7A 3FGSA 3Q29A 4JB7A 1OQGA 4OTEA 2Y84A 1P1WA 1NMUA 4F3SA 2AL5A 3IJXB 4ELOA 1WDNA 5AA1A 5CMBA 3PUWE 3PPQA 4KPTA 1JW1A 1NNPA 4NTLA 3UORA 5AA2B 1EZPA 4XKNA 3DP8A 3O9PA 2I4BA 2PT1A 3KN3A 3MZ1A 2O68A 2ZMBA 3FV2A 5I59B 4ZE9A 3FIRA 4R74A 3O2AA 2UVHA 1A99A 1AH5A 3ILUB 2I6EA 3VLVA 5HPQA 1B7UA 1JEVA 1OVBA 1QUKA 1Y1ZA 3H4ZA 1LAGE 1DSNA 3OMBA 3M3LA 4EQ9A 1PBQA 5I58A 3GBAA 2ABHA 1IXCA 4JWXA 3FVNA 4QFPA 3ZSFA 3FATA 3MP8A 3QUJA 5I2KA 1BIYA 3Q25A 3A3CA 1FQDA 1Y1MA 2ZXTA 1HSEA 1MXZA 3P7IA 2P2AA 5CMCA 3HN0A 4P0GA 4PP0A 2VD3A 4ONYA 2F97A 3VVDA 3PUXE 2E0SA 3PPPA 4OWDA 1DTZA 1ELJA 1NNKA 3O66A 1SD3A 2ONKE 4RY1A 4YKPA 2O6AA 2O7IA 4G68A 1M5EA 1PB7A 1LCFA 2ALUA 5DVIA 4IGTA 4FAJA 1QW0A 1L5TA 2HCAA 3TZAA 5BUUA 1JETA 1UTHA 1I6QA 5JTYA 4XKPA 1O63A 3MPKA 3OELA 4HTGA 3RLFE 5CBRA 1NKXA 1R9LA 3T9HB 4KYSA 2Q8JA 3SERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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