3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
3AXFA 1AOVA 1VR5A 2QPQA 5JEIA 3H6WA 3BFUA 2I4BA 3DELB 2XX7A 2D21A 5AA4B 4GD5A 5AA1A 5TPAA 2I3VA 3MZBA 2VD2A 4PETA 5K2XA 1IXHA 4WEPA 3MPLA 4KYDA 1QUJA 3T9XB 1J1NA 3FJGA 5H8NA 4YB7A 2HZLA 4H0WA 3GBAA 3V8XB 4G8MA 3FGSA 1MH3A 2QS1A 3TCHA 4HTGA 4QRZA 1YCJA 4H6DA 4KQPA 3KJ7A 3FXUA 4YKKA 3B6WA 2O7IA 3VVDA 3LBSA 2QJEA 3VFJA 2PYYA 4ZEDA 4OFOA 4OWDA 1HSJA 4ZEBA 1QULA 3HSTA 3L6HA 1JQFA 4YB6A 3KN8A 2DYXA 3K6VA 3UIFA 2BJJX 3MW0A 4XKRA 4EQBA 1MQJA 2GFEA 4H8IA 1BIYA 4ESXA 3MPKA 3PPQA 4LONB 3OENA 5KZTA 3PMWA 3EN3A 4GRKA 3PUVE 5I2KA 4NF6B 2M8CA 3PUZE 5AE4A 4QSEA 4KCCA 1QUIA 2H25A 5H8HA 4ONYA 5K2YA 4OEVA 2UVHA 1A8FA 1QKAA 3QUFA 2I3WA 4XXUA 3I3VA 1B9JA 4QF9A 4F3PA 4JWOA 4QFPA 4M4GA 4OTEA 5KDTA 1Z7ME 3QUJA 1LAXA 5TP9B 1T0KA 2D5WA 1MRPA 5A5XB 1NH8A 2A5TA 4ZEIA 2KLFA 5CBSA 3BFTA 4Q5TA 3Q26A 1FTKA 2RINA 2IEEA 1PC3A 1URDA 4ESWA 1MM7A 3RTWB 4EXKA 4O3BA 4YAHX 1GGGA 3E3KA 3VE1B 3MVZA 4DCYA 2P1SA 2B3FA 3C35A 2XHDA 4FORA 3UORA 3CVGA 3RQTA 4FIMA 4GL0A 5LOMA 1MPCA 4YMAA 2LAOA 2R71A 3FV1A 4EUOA 4RXLA 5AA2A 1EH3A 3W9VA 5DEXA 2YLNA 3IORA 1OQHA 2I0BA 4G68B 4L17A 2UVGA 2XXQA 3G3KA 4IO7A 2X26A 2ZXTA 3O6HA 3UN6A 4MLVA 3RGYA 2VD3A 3TCFA 1Y9UA 3TTRA 2R6GE 3LC8A 4C1TA 1JW5A 3OSRA 5I2NA 3CFXA 1TFDA 3RY3A 5I56B 4YU0A 1F9BA 3V5AA 3HHGA 1H45A 3FVGA 3HN0A 4Z7EA 4F3BA 2Y7IA 1POY1 2PX1A 3E4RA 4R74A 3IO4A 4R73A 1TFAA 4UACA 3TTNA 4X1BA 3KSXA 3RT6B 2UYEA 3CG3A 1ZBMA 2ANJA 3TCGA 2F34A 3IB2A 1JEVA 4F19A 3L6GA 2O1MA 3A3UA 3FD3A 2DXRA 4X48A 2I48A 3H03A 5EHSA 2IA4A 1FQCA 1PDAA 1RYXA 1B3EA 1Y3QA 3OD7A 3ECRA 4NWDA 4OERA 4ZZEA 5CBRA 1UTBB 1FTLA 5F7VA 2G29A 2NXOA 2V25A 4DDDA 2RC7A 5B70A 3O66A 3JV9A 4HS7A 1D3KA 5I58A 4EF2A 2XD3A 2I49A 4ZECA 5I57A 4G68C 2XXUA 3FJMA 3TZAA 4EQ7A 1B58A 5L9SA 4TLMB 1MQIA 2ONSA 1IZ1A 3C4MA 5ITOA 2RF1A 4LZ5A 3B6TA 3PPOA 2PMSA 3K4UA 3ILUB 3CG1A 1B1XA 3A3CA 3TDJA 2O68A 1SYIA 3FVOA 3MWBA 3C34A 3S2VA 2DSFA 4ELPA 4JSDA 4MBPA 2QS2A 1DTZA 1WODA 3PUXE 4KD5A 3FV2A 4DE8A 1PEBA 3UA8A 2O84X 4H5FA 1QW0A 5FHOA 5CMCA 5JTYA 1P1NA 3HPIA 4ISUA 4F39A 1FQBA 4EXLA 4YB5A 1MDP1 4I1DA 2Q2CA 4OFJA 1QJMA 2Z23A 1MXYA 3KEIA 3VDFA 5FTHA 4BDRA 3IB0A 1B0HA 1PB9A 1B32A 5IKBA 2OJTA 4NMYA 4R9FA 2H5YA 2VGQA 4R9GA 1NMUA 1XHYA 2XXYA 1LFGA 3K00A 3PGFA 1JVXA 1MM6A 5CMBA 5I84A 1N3WA 3SKPA 3Q25A 2XXPA 2DE2A 1LAHE 5AA2D 4TLLB 3N6TA 1IXIA 3SEVA 1O64A 2H99A 2WKYA 3V83A 1SW2A 3MUQA 2F35A 3RPWA 5CI5A 2V93A 1A40A 3T22A 1MXXA 1N04A 1EU8A 1B2HA 5I59B 2DWIA 2V3UA 3U8QA 2PT2A 4RA1A 1B3FA 2DWJA 1NNPA 3KN7A 4U2RA 5ISUA 3OO7A 1P1QA 4DLDA 3H6UA 2XXRA 2REJA 4YKPA 3SEUA 4ND9A 3ONMA 2HZKA 3OOAA 3D4GA 1NNTA 4RK9A 2I6EA 3TFLA 2CZLA 1VFDA 3C31A 2ZMBA 4ELQA 1B1HA 3S4UA 1MXUA 2F7CA 1SQYA 1GV8A 1PB7A 5AA4A 2AL4A 3B7DA 3A09A 3G3IA 1Y20A 3MC2A 2A5SA 4XKQA 3MP8A 5H8QA 4H67A 1PB8A 2QL3A 4BDOA 3M8UA 2XXVA 2UVJA 4GXAA 2Z8FA 1N7XA 3QAXA 4R2FA 1USYH 4JXIA 1YPNA 3C32A 1MY0A 4N07A 2XXXA 1N76A 4R2BA 1LBBA 2DQVA 2OZZA 4DXUA 2YJPA 5FHMA 3DM0A 1HSLA 3GBBA 2F78A 5EHMA 4OFLA 4GIZA 4P0GA 5KCJB 1B51A 3IOWA 1SD3A 1I69A 3CSGA 1EZ9A 2RC9A 4XKNA 2ONRA 3FUZA 4Q8RA 3T66A 4G2ZA 3RN8A 1AH5A 4PE5B 4F2QA 2Y84A 1H76A 3T9HB 1UQWA 5B7DA 1ZMGA 4YICA 3CIJA 1RYOA 4O3CA 1Y4TA 4F29A 1P1WA 3IAZA 1EZOA 2HCAA 2Y7RA 5TPAB 2B3BA 1Y4CA 4UA8A 4DXBA 2GRVA 5H8NB 1IIWA 1LCTA 1Z7NE 4Q0CA 1DPPA 3QIMA 3Q29A 5EYFA 4MF3A 1MPBA 4YKJA 1YTVA 1A8EA 3RTFB 3KBRA 1L5TA 4ELRA 4PQJA 3MZ1A 4OYVA 5DYHA 1FQAA 1VSOA 4YKIA 4NF4A 1O63A 3TPAA 3K01A 2XXIA 3LSFB 3K1MA 4ZS9A 2RCAA 3IR1A 2NOOA 2X7QA 2YPNA 4DCXA 4BLAA 2V3TA 2UVIA 1FQEA 3O6IA 5I2KB 2AL5A 3QYTA 4ZZAA 1GTKA 1R9QA 1LFIA 2E0SA 4AB6A 5H8HB 4KHZE 1M5CA 2OWTA 4I62A 3JYRA 4FEBA 4DIGA 2ONKE 1JW4A 4NF8A 1SBPA 4OVJA 3IB1A 4F2OA 2FYIA 4GVOA 5KDTB 3U72A 2A5TB 1VE4A 1B05A 2Q88A 4QFLA 4H65A 4RY1A 4BDNA 4ECFA 1Y3PA 4N6PA 2O51A 4HCWA 3UP9A 4M1VA 4LZ8A 1IUDA 1A7LA 1FTMA 4FAJA 1FCKA 3P7IA 5L9MA 4TOZA 3Q27A 3USDA 1BLFA 3EPEA 3N5LA 2OWSA 1LLSA 3H3GA 4C0RA 3TODA 4PFWA 5AA2B 3OMBA 4FJPA 4LQ5A 4Q30B 5H8FA 3K2DA 3MP6A 2QMXA 1I6QA 3N6UA 1OLAA 2PBWA 3LUYA 4H8JA 3OEKA 3PUYE 1JW1A 1SI1A 4PFYA 1BTJA 1B40A 4F18A 1Q1KA 2Z8DA 3CFZA 5I2NB 2ZNUA 3IJXB 4LATA 3IX1A 1MG1A 4PP0A 2NUVA 1MS7A 1IITA 4MFIA 2HXWA 3E9XA 2V84A 4OEUA 4DZ1A 2F36A 3TYHA 3PD8A 3O29A 2RC8A 1B46A 2RKMA 1PBQA 1M5BA 2F8DA 4IO3A 4KYEA 3C36A 4U21A 3TMGA 1MQHA 1B7ZA 4ZE8A 4QFKA 4KCDA 4HCYA 2D3IA 3ODBA 3TTKA 5CM6A 2W7YA 1UIUA 3OELA 1O7TA 4POWA 4IO2A 1LB9A 3CFLA 3IL1B 2DWAA 2XX8A 4IGTA 3ZS6A 4F3SA 1IQ7A 1QKBA 1ZIUA 3RLFE 1SW5A 1B7UA 3PMXA 2ALUA 2HAVA 3BBRA 3O97A 4Z0IA 1H44A 5I58B 4OESA 3LSLA 3FIRA 1B6HA 4AQ4A 1A99A 5I57B 3FATA 3H6VA 3G3HA 3VVEA 4ZDMA 5ICQA 2F97A 3OSQA 4WEDA 2Z8EA 2AYSA 1JEUA 3C33A 2V3QA 3IK6B 3HCQA 2VP1A 1B7HA 3PUWE 2E1SA 1ATGA 4NF5A 1N84A 1LAFE 3M3FA 4KFQA 4BDMA 1US4A 4ELOA 3H06B 4U1ZA 2O7UA 3RT8A 3M3KA 1Y1ZA 3KGCA 4IGRA 1AIVA 3KG2A 2XXWA 1JVYA 4F31B 4K3FA 5CMMA 5BUUA 3H4ZA 3VLWA 1MXZA 1OIBA 2DP8A 2XD2A 4BDQA 4P0IA 3N26A 1MQDA 4JWYA 1BKAA 1NNKA 3ZKKA 3BKIB 1UTHA 1ZLQA 3T9UA 5HPQA 3ILTB 1S7YA 4X9TA 4E0XA 4G77A 4NWCA 5DT6A 1GVCA 4BDLA 1R6ZA 1LFHA 3MZ9A 2B65A 1IEJA 2F6GA 5ELVA 2Y7PA 3TKDA 1R9LA 1FTJA 3K6WA 4OMBA 4KPTA 5H8SA 3VXBA 3O9PA 2ZYOA 4G8HA 2OBGA 3LSXA 4O3AA 2GH9A 4MH5A 3JZJA 4XTCQ 1TWYA 3UGWA 4IB2A 3EHSA 3G7WA 4C1UA 4GF8A 4F22A 3G3FA 3K6XA 5J1DA 1SVXB 3WAEA 4U23A 5ICTA 3S9NC 3OXNA 3PPPA 1FQFA 3MBPA 3U93A 2RCBA 3KFMA 3Q28A 3TAJA 4FATA 4IO6A 3OEMA 3W15C 5ITPA 1Y1MA 2OK2A 1B0LA 1RKMA 3G3JA 1B5JA 4OZ9A 1OVBA 4GWOA 3MP1A 3PV0E 4U1OA 1A54A 4PFTA 3VV5A 1WVJA 4LA9A 3VVFA 3EHTA 1WDNA 3TELA 3DP6A 4QFOA 4R6HA 4DXCA 4FEDA 5H8QB 3KOTA 2AIXA 1M5DA 1MY2A 3GZGA 3KSJA 2I4CA 1Q35A 1SI0A 5BWJA 4NF6A 4EF1A 2QS4A 1N7WA 4R72A 2Q89A 1VFEA 3I6VA 1DMBA 2XXHA 3K1NA 3SETA 2DVZA 4OQOA 1R1NA 3OO8A 3TTMA 4WXJA 1M5FA 4U4XA 1B3HA 3FXQA 3PPNA 4R6YA 4H1XA 1ZTYA 4F1YA 3MVYA 3T9VA 5TP9A 2ZYMA 5A5XA 4RJZA 4ZEFA 2Q8JA 2THIA 4GQOA 4RPOA 2DWHA 3FZVA 3IO6A 3B6QA 1LBCA 2Z22A 4IO4A 5DVJA 2O69A 3DP8A 2DOJA 3SEWA 4THIA 1B4HA 2FA7A 2PT1A 3IOTA 5CMKA 3F11A 4U4SA 4G4PA 4GFRA 3R7XA 3EF7A 2QRYA 3HHFA 4POXA 5DTBA 1DSNA 1H43A 1NL5A 1MY3A 3RUMA 3N94A 4RPNA 5CRYA 4H5GA 4LZ7A 4P11A 2PVUA 5IAIA 3SDFA 2P2AA 1P1UA 3FJ7A 3S9EA 1FTOA 3EQ1A 1A55A 1MY4A 4XKPA 4G68A 2DXYA 4LUBA 4OHNA 1AMFA 3MJNA 3THIA 4GLIA 3FASA 1MQGA 3U92A 3VLUA 4LQ2A 4GOTA 3KOSA 4NF4B 1AL3A 2Y7KA 3QXMA 1GR2A 5I56A 1MPDA 3VLVA 2Y7WA 1M5EA 1OMPA 3TTLA 3O6GA 2VHAA 3TEPA 4NTLA 3MQ9A 1B5IA 3WAFA 2QSXA 2QMWA 1JETA 1S9TA 3G3GA 3O28A 3QSLA 3HO7A 4JB7A 4F1UA 4JDFA 5F1QA 4MLQA 1D4NA 3PD9A 3MVWA 1CB6A 2GHAA 4YMBA 1LCFA 2I58A 3OO6A 3R6UA 1XT8A 4FECA 5DVIA 1P99A 1BP5A 4JBZA 4KI0E 4F3GA 1DPEA 4OXVA 1XVYA 3TQLA 3IJOB 4NF8B 5FTIA 2F7BA 1EZPA 3CI8A 3GLBA 1HSEA 1ZJLA 3SESA 1XS5A 4YZZA 1OQGA 1I6BA 2Q2AA 5DEXB 2ABHA 4I9DA 1NFTA 3T93B 1NKXA 4QSDA 2Q9TA 2HAUA 1OVTA 5L8DA 3VXCA 2F7AA 5M2VA 1UTBA 1DOTA 1PBPA 2ZYNA 2G93A 1P1OA 1MXVA 3PU5A 1NH7A 4QSCA 4G8NA 2DE4A 2DE3A 2DVCA 1XVXA 3UK4A 3EHUA 1LAGE 4OETA 4TQUQ 3E13X 1XC1A 2UXAA 4E0WA 1US5A 2H4IA 3IOVA 1MY1A 3M3LA 5HM4B 2ZNTA 2XX9A 2UYFA 1URSA 5H8FB 1UIVA 2NVUB 4IY6A 2QS3A 1YAEA 3PMVA 4RK2A 1FW0A 2F5XA 4JWXA 2HEUA 1B4ZA 2ZNSA 4X1DA 2H98A 2H9BA 2GHBA 1SDXA 1POTA 5FHNA 1KWHA 4GXSB 3FVKA 3W9WA 1ELJA 4FE8A 2CMOA 1N0TA 1QVSA 5DVFA 1B52A 3CSBA 1MDQA 1SYHA 3SERA 1QUKA 3U94A 2P0SA 4NE4A 1ZKBA 3OO9A 2XXTA 1I6AA 2O1LA 5L9OA 1FQDA 3T96B 2O6AA 2REGA 3R26A 4PFUA 4IY5A 3KJTA 4JSOA 4R75A 4HW8A 1IXGA 2HFBA 1SW4A 5AA3A 4NEDA 1JNFA 4EDPA 3KN3A 3SEXA 1B3GA 4ZEKA 1H3DA 4U22A 4LVQA 4R6KA 3IOUA 3K02A 1ANFA 3ZKLA 1LGBC 3O2AA 1S50A 4KYSA 5I59A 3PPRA 3H7MA 5HBCA 2NWJA 3CRBA 1IXCA 3FVNA 1D9YA 4OENA 1CE2A 4RYAA 3CR9A 2ZYKA 3DLNA 4F1VA 3QK6A 4EQ9A 3TUSA 4KR5A 3MAMA 3S9LC 4QHQA 3RNNA 5JTYB 2OCUA 2R9JA 3I5OA 4XIGQ 3LR1A 2X7PA 1Y3NA 1SW1A 1II5A 3SEYA 1N3XA 1MH4A 5TU0A 1URGA 2F6PA 3DP4A 3K0VA 2VOZA 5CC2A 2DS9A 2ESNA 4N13A 2OLBA 3GXAA 1TXFA 3KZGA 1NNFA 2HQ0A 1ZU0A 1B3LA 1XOCA 1DTGA 2FNCA 1D9VA 4NF5B 4QFNA 4ZE9A 1TT1A 1OLCA 1MXWA 3HV1A 3MVXA 3C9HA 3K1PA 3TQWA 3S9MC 4LP2B 1LB8A 4I8CA 4IO5A 1B5HA 3FXRA 3LSWA 3U1OA 1LSTA 4GL8A 1USYE 5KCJA 3V89B 3D4CA 1UTHB 2I0CA 4WKMA 3ZSFA 3H6TA 5JK4A 4RNSA 4AB5A 3K6UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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