3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
4NF8B 1JVXA 2F36A 3VXBA 4RPNA 4DZ1A 3FD3A 5EYFA 4NF8A 4NTLA 4F29A 1B6HA 1Y20A 1UIUA 4NWDA 3S9LC 2THIA 3VE1B 1B32A 2REGA 5JTYA 3SEUA 4ECFA 3JZJA 1GVCA 2RC8A 4F2QA 1A54A 1P1OA 2B3BA 1OVTA 3RTWB 1SI0A 4FATA 1ZIUA 2Y7RA 1OVBA 3T96B 3O9PA 3C35A 2OLBA 1MH3A 3PU5A 4FECA 3KBRA 4GLIA 4TOZA 4H5FA 1EZPA 1MY4A 3MPKA 3WAFA 4BLAA 4KYSA 4EXKA 4GRKA 3E13X 4PQJA 2UXAA 2I48A 4JWYA 5IKBA 1Y3PA 2QSXA 4KCCA 5H8QB 4H65A 4BDOA 2DE2A 4F39A 2Y7KA 3V89B 2M8CA 3H7MA 4JBZA 4PFYA 3M3FA 2DOJA 4WKMA 5H8QA 3BFUA 4Q8RA 4C0RA 1QULA 1AMFA 1OQHA 4KCDA 1EH3A 5CMCA 3ECRA 3O29A 4R73A 2KLFA 3BFTA 3Q25A 4YMAA 4WEDA 3OSQA 4YICA 2Z23A 4XKRA 3FIRA 5H8HB 1D9YA 2P0SA 5BUUA 1MQGA 1JVYA 4OEVA 3N6UA 3V83A 4JB7A 2AL5A 5ELVA 4BDQA 1OMPA 1PEBA 2F78A 2QS2A 3CG3A 3DM0A 2RC9A 4X1DA 3TQWA 1SVXB 1OIBA 1SI1A 2RCBA 2VD3A 1B3EA 3ONMA 4GQOA 3IORA 4QSEA 4OYVA 4YMBA 3GBBA 4GXSB 1XVXA 4F3GA 1SQYA 2XX8A 3IL1B 4OQOA 4DCYA 4U23A 2XXWA 3S9EA 1QKBA 3P7IA 4JDFA 2VHAA 1Z7NE 1VR5A 2F8DA 1MY3A 3HO7A 2ABHA 3H4ZA 4QSDA 2OK2A 4IO7A 4AB6A 3K6WA 4H6DA 3FATA 1B9JA 5CI5A 5H8HA 2OCUA 5TP9A 1IQ7A 1B1XA 1H45A 1LBCA 1MXXA 2DYXA 2VP1A 3EN3A 1URGA 3KZGA 4MH5A 5EHMA 3PGFA 3Q26A 4QFOA 3FXUA 4YKJA 4OERA 1I6BA 2A5TB 2H98A 1JW5A 2O1LA 1Y9UA 2CMOA 4LONB 1AL3A 1ZBMA 2QMXA 2D3IA 3BKIB 3TEPA 1LLSA 1LSTA 4GL8A 3RNNA 3MVYA 2ESNA 2IEEA 1KWHA 3EHUA 3ZKLA 1MRPA 1RKMA 4JSOA 2QRYA 4GOTA 2V3QA 4F3SA 3FJMA 2H25A 3THIA 4C1UA 3M3LA 1B7ZA 2XXPA 4E0WA 1Z7ME 5A5XA 1TFDA 4GXAA 3UA8A 2F5XA 2XXTA 2F7CA 5A5XB 2QS3A 2Z8EA 1SW5A 4DXCA 1HSLA 3IX1A 3KJ7A 1B4ZA 1B3LA 4G8HA 4WEPA 4X9TA 3RN8A 3E4RA 5LOMA 4Q5TA 2O7UA 5I58B 1MQJA 3HCQA 1Q35A 1B1HA 4R6YA 4XXUA 1FQEA 1LCTA 1PB8A 3DP4A 3HHGA 2XXQA 3PPPA 4R9FA 5AE4A 2DP8A 2Y7WA 1B46A 1FTJA 2I3VA 2REJA 4H8IA 1SW1A 3PMXA 1MDP1 4U4SA 3T9VA 3QYTA 4P11A 4IB2A 2O84X 3CSBA 5L8DA 1YPNA 1BP5A 3T22A 4F22A 3O6GA 2Y7PA 1JW4A 1USYH 4OETA 2V84A 3MZ9A 3RGYA 3K01A 1NH8A 3DELB 3RTFB 4G2ZA 1ZU0A 1MXZA 1URDA 2Q9TA 3CR9A 3O97A 4U1ZA 5DVJA 3TTMA 3EF7A 3ILTB 3IB1A 3OXNA 4QFPA 2XX9A 3C4MA 1L5TA 1ELJA 5H8FB 3UN6A 3LSWA 4MF3A 3DP6A 1O7TA 3R26A 4G8NA 4K3FA 3FGSA 4OESA 4NF4B 4QFKA 2GHBA 2DE4A 1B3HA 3IOVA 4KHZE 5H8SA 3MZBA 3R7XA 3U1OA 3TTRA 3I3VA 1WVJA 2H5YA 5B7DA 1PDAA 4FEDA 4U22A 2D21A 1DTZA 2YLNA 5DVIA 3O6HA 1QUKA 3PD9A 4LZ8A 1LBBA 1FQBA 5ITOA 3LSFB 3T9UA 5ISUA 5L9MA 4OMBA 3TYHA 4BDMA 4G8MA 1GTKA 4ZS9A 4POXA 1M5FA 2XHDA 2XXYA 2B65A 2O6AA 1LAFE 3GLBA 4N13A 1S50A 2XXHA 3EHTA 4GF8A 3TTLA 3PPQA 4MBPA 4BDRA 4DLDA 1M5EA 2VD2A 3LBSA 3MP6A 4ND9A 3IJXB 4H1XA 1FQCA 3MVWA 3RLFE 4DXUA 3IJOB 1QJMA 3C36A 5DEXB 4R9GA 3TCHA 1EZOA 2DWHA 1N7WA 1PC3A 2H4IA 1A8FA 1B0HA 3A3CA 4NE4A 4ESXA 5KZTA 5KDTB 1N3XA 3TUSA 4GD5A 3U72A 2F97A 3W9WA 2HXWA 2PT2A 1SBPA 3FV1A 2ZNTA 5DYHA 3KN7A 1B05A 4UA8A 3VDFA 1R1NA 1MQHA 4RK2A 3MZ1A 4H0WA 2AYSA 2H9BA 2O7IA 4QFNA 3A3UA 4R2FA 3SEVA 1ATGA 3SESA 4LATA 2I3WA 4FJPA 4NWCA 1Y1MA 5CM6A 4XKPA 4IY6A 1LCFA 2ZNSA 5CBRA 3KGCA 2GHAA 3FV2A 1JEVA 1IUDA 3LUYA 3S2VA 3VLVA 1EU8A 1TT1A 3KEIA 3VV5A 2OWTA 4ZEBA 3UIFA 4KYDA 3U94A 3TTNA 1LAGE 1ZJLA 2I4BA 5CC2A 1DPEA 5AA1A 1CB6A 4POWA 1MPDA 3CFZA 3H6TA 3IR1A 3MP8A 1FTOA 3PD8A 2X7QA 4R74A 4F1YA 3F11A 3QK6A 4H8JA 3H3GA 3MP1A 1IXIA 1XOCA 1D3KA 3RT8A 4YKKA 2UVIA 2ZYMA 3OD7A 5CRYA 3SERA 3G3GA 3GZGA 2HZLA 3KSXA 2A5SA 4I8CA 1MQDA 5HM4B 2DSFA 5HBCA 1B3GA 4OHNA 3K00A 1B7UA 1UTHB 2F6PA 4OFJA 4ONYA 4R6HA 3JYRA 3RUMA 4F2OA 3K6XA 3EHSA 2WKYA 3GXAA 4E0XA 4NF6A 1NNPA 1EZ9A 5ICQA 2QPQA 4JWXA 1R9LA 1NNKA 3QAXA 4U21A 1UTBB 3N5LA 4ELRA 2Z22A 3BBRA 4KFQA 4O3CA 1XVYA 1UTBA 4EF1A 1US5A 4G68A 5KDTA 2ONKE 3PUVE 2DXRA 1DOTA 2Q89A 5CMMA 1URSA 3CVGA 5I2KB 5JTYB 1A40A 3OSRA 1P1UA 2XXVA 1XS5A 4M4GA 4OFOA 3CFLA 2V25A 2XXRA 1MH4A 5DEXA 4EQ9A 1P1NA 5I57A 3Q28A 4XKQA 2PVUA 2RCAA 5I56A 2ONSA 4IY5A 1SYHA 4RXLA 5DVFA 3USDA 1MXWA 3MVXA 3MW0A 3K02A 3SKPA 4RNSA 3KG2A 2UVHA 4GIZA 3JV9A 3FVGA 2A5TA 1QW0A 3OMBA 2ANJA 4RJZA 2DE3A 1SYIA 1P1QA 4X1BA 1H44A 3B6QA 5CMKA 4OFLA 1B5HA 2DWAA 4I1DA 1NFTA 3CI8A 3IO6A 3KFMA 1NKXA 4DE8A 3N94A 3QXMA 4TQUQ 2UVGA 3QUJA 4PETA 3O2AA 2ZXTA 3OO7A 3I6VA 1Y4CA 1II5A 3VXCA 2AIXA 2Z8DA 1LFIA 3OO9A 4TLMB 3O28A 2ZYOA 3PUZE 5ICTA 2V3TA 4YZZA 3TAJA 3VVEA 1P1WA 2I58A 3B7DA 1VE4A 4P0GA 3SEXA 3SEWA 1NNFA 1S7YA 4KD5A 3T66A 4YB5A 4LZ5A 1IZ1A 3CFXA 3SETA 5AA2D 3OO8A 4BDLA 3UGWA 4DXBA 2X26A 2Y84A 4ZEFA 1D9VA 4WXJA 4JXIA 4Z0IA 1JEUA 2UYFA 4F1UA 4FEBA 2O68A 2OWSA 3H03A 4H5GA 4IO2A 4H67A 1A8EA 1D4NA 2QS4A 2Z8FA 3K1NA 3Q29A 1H3DA 4LP2B 4OWDA 5JK4A 3S9NC 3E3KA 4I9DA 1POTA 1Y4TA 3KN3A 5M2VA 1A55A 4KR5A 3B6WA 4L17A 3ILUB 4U1OA 4ZE8A 1FTKA 3ZSFA 2NVUB 4HCWA 3O66A 3S9MC 3L6GA 2IA4A 3PUWE 2V3UA 2GFEA 1MG1A 5I56B 3MPLA 1MM6A 2DVCA 4ELOA 2FNCA 3R6UA 1MXVA 1RYXA 4R6KA 3ZKKA 4F3PA 4ZEDA 3LSLA 1QVSA 4BDNA 1BTJA 5FTHA 5HPQA 1MQIA 3A09A 1FQFA 1N84A 3C34A 2LAOA 3FXQA 1MY1A 2O69A 3IO4A 3KJTA 3C33A 3PV0E 4I62A 2QS1A 2F34A 1A7LA 3TDJA 4GFRA 3Q27A 2F6GA 3TCGA 3N6TA 3VVDA 3H6VA 2ZMBA 1PB9A 5AA2A 1XHYA 4XTCQ 4MLQA 4NMYA 3FJ7A 1XC1A 2VGQA 2P1SA 3K6UA 1MY2A 1P99A 3AXFA 3HSTA 4O3BA 3H6WA 2NXOA 3K2DA 3OEKA 4F18A 2YPNA 3MJNA 5I2NB 3RPWA 1NH7A 4ZEKA 3IB0A 5DTBA 2GRVA 2PT1A 2NWJA 3U93A 4ZECA 4F19A 5I59B 2FA7A 5BWJA 2HAUA 2F7AA 1I6QA 1M5CA 2I49A 1USYE 2NUVA 4LQ5A 4LQ2A 4OENA 5AA4A 2E0SA 4TLLB 5B70A 4IO3A 1XT8A 1B0LA 3RY3A 1N04A 5AA4B 4G68B 4NEDA 4G77A 1TFAA 3UK4A 1OLCA 3IOUA 1B4HA 3SEYA 4F3BA 3K6VA 4YU0A 4ELQA 4ISUA 1N7XA 2W7YA 3GBAA 2R71A 2B3FA 1LB9A 3PPRA 4ZEIA 2H99A 3E9XA 1B5IA 4LUBA 4MFIA 3TMGA 3PUYE 4KPTA 1DSNA 1HSJA 2YJPA 4R72A 3TZAA 5KCJA 1TXFA 5FHOA 4AQ4A 4KQPA 3KSJA 3HN0A 5AA3A 1MY0A 2NOOA 2DWJA 4F1VA 2E1SA 3O6IA 5ITPA 1N3WA 1RYOA 2I6EA 3EQ1A 4DIGA 4U4XA 1WDNA 1YCJA 1IEJA 2XD3A 3HV1A 1NL5A 4XIGQ 3FVKA 2PX1A 4OVJA 3IOWA 5K2YA 5F1QA 4IO5A 1GV8A 3VLWA 5EHSA 2DXYA 5JEIA 3MVZA 4YB6A 1B52A 1M5BA 1R6ZA 3I5OA 3M3KA 3DLNA 3QSLA 4PFUA 4RPOA 1B5JA 2FYIA 1LGBC 3M8UA 3QUFA 2R9JA 4N6PA 4ZE9A 2HEUA 4EDPA 1PBQA 1LFGA 1UIVA 2I4CA 4O3AA 4ZDMA 1LAXA 4IGRA 1I69A 1B58A 2X7PA 4DDDA 3G7WA 3K1MA 4RY1A 3TFLA 1CE2A 3HPIA 3VLUA 5H8FA 2Y7IA 1Y3NA 5FHNA 3MQ9A 4IO4A 4YKPA 4X48A 4MLVA 1MDQA 4EQ7A 3TODA 2OJTA 3LC8A 1Q1KA 2XXXA 1HSEA 1LFHA 4Q30B 3QIMA 3KOTA 1B40A 3CIJA 3D4CA 1QKAA 4JSDA 1IXHA 3U8QA 5H8NB 3FZVA 3PMWA 1M5DA 2V93A 2XXUA 4OEUA 5FTIA 4RA1A 1MXYA 1OLAA 3B6TA 3G3IA 3CG1A 1N76A 3L6HA 3PPOA 4OXVA 5K2XA 1B3FA 1SW4A 2R6GE 3UORA 1BKAA 1T0KA 3OENA 2QMWA 3K4UA 3N26A 1GR2A 4U2RA 4EXLA 2PBWA 3CSGA 4OTEA 1AOVA 4QRZA 1BLFA 1H76A 1ZMGA 1SW2A 2ONRA 3K0VA 3TCFA 4THIA 4ESWA 2D5WA 1MS7A 1VFDA 5CMBA 1MPCA 2XXIA 2ZYKA 2HQ0A 2HAVA 4QFLA 2XX7A 1ZTYA 2QJEA 1UQWA 1I6AA 3K1PA 3OEMA 3V5AA 1OQGA 1ZKBA 3H6UA 4FAJA 4LVQA 5I59A 3MWBA 2O51A 3FJGA 2DQVA 5J1DA 1AIVA 3VVFA 1DMBA 2OBGA 2DWIA 5F7VA 1JNFA 4FE8A 4FORA 4NF4A 2HFBA 1NNTA 2OZZA 4C1TA 2PMSA 2P2AA 1SDXA 3ODBA 4G68C 1O63A 5H8NA 4Z7EA 1IITA 4PFWA 1PB7A 1VSOA 4ZZEA 3FXRA 3TELA 1LB8A 5L9SA 3C9HA 5I58A 4HCYA 3W9VA 5TPAB 1FW0A 1Y1ZA 2I0BA 3PMVA 2G93A 1FTMA 3S4UA 4R75A 3T9HB 4OZ9A 2F7BA 3UP9A 4QHQA 4YAHX 4EF2A 1BIYA 3KN8A 2RKMA 2ZNUA 3OO6A 1JQFA 1B51A 1VFEA 4GWOA 5DT6A 5I2NA 2GH9A 3RT6B 2Q2CA 3D4GA 3RQTA 4HTGA 1QUJA 2F35A 3FVOA 1QUIA 2UYEA 3PUXE 1DTGA 3T93B 2HZKA 4QSCA 3LSXA 3TQLA 4PE5B 3MBPA 4RYAA 2I0CA 1N0TA 3SDFA 4UACA 5TP9B 1IXCA 2Q8JA 1ANFA 2Q88A 3IAZA 4N07A 4QF9A 3U92A 5TPAA 4ELPA 4NF5A 4PFTA 1YTVA 3FVNA 4YB7A 4HW8A 4RK9A 3IB2A 4GVOA 1AH5A 1GGGA 4ZZAA 1UTHA 3HHFA 4Q0CA 5FHMA 3KOSA 3FASA 2PYYA 1IXGA 4LA9A 4LZ7A 4EQBA 1S9TA 2AL4A 3V8XB 4F31B 1FCKA 3PPNA 1MXUA 1YAEA 1WODA 3W15C 4EUOA 3MUQA 3IOTA 5AA2B 5KCJB 3G3KA 1O64A 2XD2A 1JETA 2QL3A 3H06B 3T9XB 3LR1A 2ALUA 4XKNA 3EPEA 4DCXA 4HS7A 5I2KA 3G3FA 2RINA 3ZS6A 3G3HA 1IIWA 3MAMA 5CBSA 4NF6B 1ZLQA 2ZYNA 3OOAA 2G29A 1F9BA 4FIMA 4KI0E 3OELA 4M1VA 3TKDA 2Q2AA 1SD3A 2UVJA 3VFJA 2DS9A 1US4A 5TU0A 1PBPA 1MM7A 2VOZA 4GL0A 5IAIA 1Y3QA 4G4PA 1POY1 2O1MA 2BJJX 3FUZA 1NMUA 1FTLA 4KYEA 4R2BA 3IK6B 3C32A 1R9QA 1TWYA 3G3JA 3CRBA 2HCAA 1MPBA 5I57B 1A99A 4YKIA 3WAEA 1B2HA 4AB5A 1FQDA 4P0IA 3TPAA 3C31A 1B7HA 2RC7A 4IGTA 1LAHE 2CZLA 3DP8A 4JWOA 5I84A 1FQAA 3MC2A 1JW1A 1J1NA 1H43A 2RF1A 4IO6A 4NF5B 3TTKA 2DVZA 1DPPA 5L9OA 4PP0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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