1JEUA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kek
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
total genus 180
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jeuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jeuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jeuA02
1GR2A 4DE8A 2DE3A 5CBRA 3TDJA 1Y3QA 1JW4A 3N26A 3PPOA 3GBAA 4H0WA 2ONSA 2H4IA 3LR1A 4NWDA 3RT6B 2QS4A 5FTHA 2D3IA 3L6GA 4G68C 1IXIA 3VXCA 5M2VA 2HAVA 3U1OA 2I3VA 2F78A 2HEUA 1B58A 4H8IA 2YJPA 4X9TA 3RY3A 4UACA 3SEWA 1D9YA 1D9VA 1B32A 3SETA 2X7PA 1LBBA 4XTCQ 4YB6A 3RN8A 2B65A 1N7XA 3MVWA 1WODA 3SEVA 1A55A 4OESA 2ZMBA 1I6QA 4N07A 1M5CA 2O51A 3EF7A 3MVXA 3MQ9A 1UIUA 1Y9UA 5DVJA 2VP1A 3OSQA 3PPQA 4BDLA 4FJPA 1URGA 4F1YA 3OO7A 1FTJA 3IOVA 3O28A 3C36A 5IKBA 3IB1A 3IK6B 4G8NA 2DWHA 3KJTA 1B7HA 2HQ0A 2G29A 3LUYA 2ALUA 1BP5A 1R9QA 4BDQA 3PD8A 4I62A 2H98A 3A3CA 3U94A 1NH8A 3S9EA 2H25A 2O1MA 3L6HA 1SBPA 5ELVA 3VLVA 3UK4A 3VVFA 1B3EA 1QJMA 1R6ZA 3Q28A 4ZE9A 4C1TA 5FHNA 1IUDA 2Q2AA 4OEUA 3G7WA 5K2XA 4LATA 3V8XB 1MPDA 3LBSA 3QSLA 4OEVA 1B3HA 2A5TB 2F97A 2HZLA 3O6IA 4XKPA 1SW5A 2ESNA 1O64A 5CMKA 4G2ZA 4QHQA 2G93A 5DVIA 1QW0A 4ECFA 4F1UA 2X26A 3PUZE 5CC2A 3JZJA 1B5HA 2DXRA 3RLFE 1ZBMA 3IB2A 4DLDA 1MY0A 2QPQA 3UORA 1FQEA 1H43A 1OQHA 3DRJA 4G68A 3OO8A 2Y84A 3MJNA 2GFEA 1QKBA 3D4GA 2XD2A 4NF5B 2AYSA 2ZYMA 4DIGA 1UTBB 3G3IA 1NKXA 4F19A 1MY2A 4JDFA 5DTBA 3QXMA 2Z8DA 3MC2A 4RPOA 1LB9A 3U8QA 4MF3A 1OMPA 3OELA 1TFAA 3FJGA 5BWJA 1MY4A 4BDRA 4FE8A 1YTVA 2Z22A 3N6UA 5JTYA 1UTHA 1A8EA 3C34A 2XX8A 3MWBA 4GFRA 3MZ1A 3H03A 2ZNSA 3T22A 1MH4A 4KYEA 3KN7A 4ZEBA 1USYE 3H6WA 5I2NB 2GRVA 3PMXA 4NF4A 3EPEA 4AB5A 2XXWA 2UVIA 1OLAA 2F6PA 1M5FA 4GLIA 4KYSA 4YKPA 4KR5A 4ELRA 2OZZA 3MZBA 4QF9A 4RK2A 4RJZA 1FTLA 3O6GA 5I56B 3GZGA 3DP6A 4R75A 4MLQA 1N3WA 5AA3A 5TP9A 3FV2A 4OQOA 2XXQA 4JB7A 3UGWA 5HM4B 3U93A 4IO4A 3DP4A 1LBCA 4EXLA 3V83A 1SI1A 3OD7A 5AA4A 4H65A 4IY5A 3PU5A 2R9JA 1OIBA 4EQ9A 4X1BA 4PFUA 3CI8A 4YKKA 1SYIA 3K1MA 4FECA 4TOZA 3R7XA 1Q1KA 1IXCA 2DOJA 1DOTA 3B7DA 3G3KA 4EXKA 1VSOA 5H8SA 2F7BA 1B7ZA 4OENA 3TODA 2XXIA 3TTRA 1Y4TA 2AL5A 2V3TA 3LVUA 3KJ7A 1MM6A 3KFMA 4FORA 1QKAA 5FHOA 1EZPA 1S9TA 1FQCA 4OVJA 1PC3A 3FVNA 4N6PA 4F3PA 1FQFA 1SYHA 3RNNA 1MQIA 4BDNA 3MZ9A 3GXAA 3K6VA 1JETA 3UP9A 1H3DA 4F2QA 3K00A 1P1UA 1YAEA 1BTJA 3TTKA 3UA8A 1PB8A 3FVGA 4AQ4A 5I84A 5ICTA 4GXAA 4FEDA 3IO6A 4EDPA 1TWYA 3K6WA 1M5DA 3SERA 5I2KB 1NMUA 4JXIA 5AA2B 4XXUA 4R2BA 4KD5A 4LQ5A 4C0RA 1B2HA 3B6TA 2QMXA 1MDQA 4ZS9A 1DPPA 2PT2A 2RCBA 1NNPA 3QAXA 4IO7A 4XKNA 1PBPA 5I59B 4U21A 1AOVA 3TAJA 3CG3A 3FVKA 3VVEA 1B0LA 3K6XA 1NFTA 1QVSA 4OXVA 3HHGA 1M5BA 4L17A 4HW8A 4DZ1A 3M8UA 4G8HA 4ELOA 4O3CA 4K3FA 2YLNA 4X48A 2V3QA 4N13A 4HTGA 1MXYA 5TU0A 4ZEIA 3KG2A 3PUVE 1A54A 2I3WA 5CI5A 3SESA 3QK6A 1XHYA 3T9XB 1MQGA 4TLLB 5TPAB 3PPRA 5CBSA 3ZKKA 3K0VA 3CSBA 4LP2B 1J1NA 1QULA 3TQWA 4POXA 5L9MA 4KCCA 3MP6A 2A5TA 3VV5A 1USYH 3BFUA 4GVOA 3S9LC 1JW1A 4GL8A 1P1OA 1LLSA 1IZ1A 3HO7A 5IAIA 2UVJA 4DXCA 3MW0A 3ODBA 3TFLA 3IB0A 5DT6A 4KFQA 1S50A 3PUYE 4OWDA 1FQAA 2M8CA 3EHTA 4WEPA 1ATGA 4E0WA 1MDP1 5I58B 2OWTA 2PX1A 1NL5A 3C32A 3HHFA 4U4XA 2F7CA 5BUUA 3TTMA 3IOUA 4MBPA 4C1UA 4NF5A 3OO6A 3FXQA 1UTBA 2DVZA 3JYRA 1QUIA 2ZXTA 4OFJA 4I8CA 4XIGQ 1B1XA 4F3BA 1B3FA 4IB2A 2Z8EA 2ZYOA 1MXUA 2V93A 3S2VA 4R9GA 1TT1A 4QFKA 3N5LA 4F2OA 4IGRA 2F34A 5HBCA 2XXPA 1P99A 1BKAA 3HCQA 4ESXA 2CZLA 3KOTA 4ELQA 1D3KA 3QIMA 4KI0E 4ZZEA 3KN8A 3RYAA 3CFZA 5I57B 1ZLQA 4YZZA 3TZAA 2Y7KA 3DLNA 4NMYA 1B1HA 4QSCA 1QUJA 5J1DA 1TXFA 4EUOA 4WXJA 5I2NA 3GLBA 3PPPA 5FTIA 3I5OA 4G8MA 1OVBA 4DXUA 4O3BA 3EHSA 2UVGA 3H6UA 4FATA 3IOWA 5I56A 1MRPA 4NE4A 4U23A 3O97A 4RYAA 1MY3A 4X1DA 3VVDA 3TCFA 4ZECA 1WVJA 4JWXA 2I4CA 1H45A 4I1DA 4IO3A 4GF8A 4DCXA 2PYYA 4Q5TA 4LZ8A 1OLCA 4TQUQ 3MP8A 1MS7A 4M1VA 3HSTA 3IAZA 2D5WA 2I49A 3M3KA 2FYIA 1MG1A 1US4A 2XXVA 3RTFB 1LAGE 3W9VA 3RUMA 2I0CA 2OCUA 1SW1A 2O7IA 1A8FA 3BKIB 4OHNA 1NH7A 2XXUA 3BFTA 4KHZE 2DYXA 1B5IA 4LA9A 2DP8A 4KYDA 3UN6A 1ANFA 4YKJA 2UXAA 2V25A 3THIA 1PB9A 4F1VA 2PBWA 3H06B 1AL3A 2ANJA 3I6VA 1EZ9A 4PE5B 4PFWA 3K2DA 4ZEFA 2F36A 1DTGA 4R6HA 1SI0A 4F22A 2NOOA 4ND9A 4U1OA 5HPQA 1LB8A 1IITA 1Y20A 3H4ZA 3OO9A 1B05A 3DELB 2REJA 2B4LA 4RNSA 4R9FA 3N94A 3FJ7A 4GD5A 2QS3A 5I2KA 5AA2A 3CSGA 5H8QB 3I3VA 3TCGA 1ZIUA 2Y7PA 3WAEA 4JSOA 2O7UA 2AIXA 3FASA 1EZOA 1SQYA 3ILUB 4Q8RA 2QL3A 4ZEDA 4ISUA 4OFOA 4WKMA 1R1NA 3MP1A 4YMAA 3OSRA 5KDTB 5JEIA 1LGBC 3PAMA 5DVFA 5I59A 3VE1B 3LSFB 3OXNA 5H8HB 1FQBA 2P2AA 5DEXB 3QUFA 2DVCA 4UA8A 4F18A 5H8NB 3RYBA 2PMSA 1XVXA 1A40A 1JVXA 3DRIA 1UIVA 3C31A 4F29A 1MPCA 3DRGA 2RINA 2FA7A 2THIA 2XXTA 3OEMA 4H67A 1MXVA 1DPEA 1LFGA 1SW2A 1B4HA 1Y4CA 2RKMA 5TPAA 4KPTA 1MQDA 4NTLA 4Z0IA 4R73A 1MQJA 4OETA 2B3BA 4NF8B 4OTEA 3R6UA 2B3FA 3TELA 4EF1A 3IORA 1AMFA 1B3GA 3IL1B 3PUWE 4R74A 3TEPA 1P1QA 3W9WA 4E0XA 1O7TA 2Q8JA 3T93B 4JSDA 5ISUA 2QJEA 4DDDA 1URDA 4U4SA 4LZ7A 3IR1A 3KBRA 2VOZA 4LZ5A 3H6TA 3FUZA 4PFTA 3ZKLA 3G3HA 5KCJB 4PETA 4EF2A 5B7DA 5I58A 3SEUA 1XC1A 2WOPA 1SDXA 4M4GA 3EHUA 1NNTA 5L9SA 4OYVA 5ITOA 3KSXA 2F7AA 3G3GA 3S9NC 1FTMA 1MXWA 2ONKE 3SKPA 2XD3A 1XS5A 1D4NA 3C9HA 3O9PA 1II5A 3VXBA 2V3UA 3TTNA 1I69A 3MUQA 2DE4A 1P1WA 1TFDA 2UVHA 3E9XA 3H7MA 3BBRA 2XXXA 1NNFA 4POWA 4YKIA 3VLWA 2A5SA 2KLFA 4FIMA 3F11A 1IXHA 1LAXA 2E0SA 1SW4A 3TUSA 1H76A 4AB6A 5EHSA 3RQTA 3C4MA 4QRZA 1MXZA 4RY1A 4HCWA 5I57A 3SDFA 1VFEA 1B4ZA 2NUVA 5F1QA 3RT8A 5A5XB 3S4UA 1WDNA 3P7IA 1GTKA 3M3LA 3K1PA 1S7YA 2O68A 3KOSA 1B6HA 1Y3NA 4EQBA 2Z23A 4ESWA 1M5EA 3IX1A 3TMGA 4IY6A 4PQJA 5EHMA 3MPLA 1MH3A 3PUXE 2P0SA 1ZU0A 1ZKBA 2IEEA 3RGYA 3O6PA 3Q25A 1DMBA 2X7QA 1LFIA 2F5XA 3O6HA 4GOTA 1ELJA 2Q9TA 1MXXA 4GIZA 1YPNA 2WOKA 2XXHA 3KZGA 3USDA 3WAFA 3PPNA 4JWYA 1LSTA 1VFDA 2DS9A 2REGA 1LFHA 1UQWA 2DWJA 1IIWA 1VE4A 2VD3A 4F3SA 3DRHA 2HCAA 3PGFA 1HSEA 2DXYA 3VFJA 4H1XA 3CHGA 4Q30B 3FXUA 4OZ9A 2NXOA 3V89B 1IQ7A 4WEDA 3Q26A 4H5GA 2GHBA 2Y7RA 2Q2CA 1POTA 1POY1 4I9DA 1HSLA 1F9BA 4LONB 4NF6B 4PP0A 3T96B 4O3AA 2XX9A 5L8DA 1URSA 4PFYA 4BDOA 1A7LA 1FCKA 1US5A 1R9LA 2F35A 1MY1A 2F6GA 1H44A 2XX7A 4MLVA 5EYFA 2OBGA 3N6TA 4F3GA 1O63A 5H8FB 2QS2A 3CFXA 2H9BA 4JWOA 3Q29A 1GVCA 1Y1MA 4YU0A 3DRFA 1BLFA 5FHMA 2O69A 4LQ2A 3JV9A 2W7YA 2I48A 3EQ1A 3FXRA 1YCJA 3O2AA 3MVZA 1DSNA 3E4RA 1B9JA 3W15C 3U72A 1PEBA 4ZZAA 5H8QA 2UYEA 3OMBA 2OLBA 3TPAA 3G3JA 3PMVA 2ZNUA 3CRBA 4P0IA 4GWOA 4QSEA 1JNFA 1MQHA 3VDFA 1HSJA 1SVXB 3B6WA 2GH9A 1LAFE 2QSXA 3OEKA 4P0GA 2HAUA 5KDTA 2HFBA 4G4PA 3K4UA 5H8HA 1IEJA 5DEXA 3ZS6A 1RYOA 1B0HA 2LAOA 3LSXA 3ZSFA 4OFLA 4R2FA 2AL4A 2ZYKA 3LC8A 5H8NA 3G3FA 1AH5A 4QFOA 5KZTA 1JEUA 1LCTA 2Z8FA 1P1NA 5CM6A 1B51A 3KSJA 3D4CA 3FIRA 2D21A 2YPNA 4GQOA 2RF1A 3ILTB 4ZDMA 1OVTA 1DTZA 2I4BA 3CG1A 4RXLA 1BIYA 2DSFA 3CIJA 2OJTA 1FW0A 4ONYA 5AA1A 1MM7A 3MPKA 4NEDA 1Y3PA 1EU8A 2GHAA 4NF8A 3IJXB 1ZMGA 2VGQA 1VR5A 4GRKA 4QFLA 3TQLA 3DRKA 2I0BA 5CMMA 1PBQA 2NVUB 1PB7A 1B40A 1B3LA 4QSDA 2HZKA 3HPIA 3FV1A 3MBPA 2R6GE 5B70A 4FEBA 2DE2A 3C33A 5KCJA 4XKQA 3T9HB 3CVGA 5CMCA 4H8JA 3IO4A 3FZVA 3V5AA 4EQ7A 2DWAA 2DQVA 3TYHA 1N3XA 4P11A 3O29A 3KGCA 4U22A 3C35A 3O66A 3MVYA 3CR9A 3UIFA 2R71A 2Q88A 1XOCA 4BDMA 4F31B 2V84A 5AA2D 1ZTYA 2O1LA 4Z7EA 5AE4A 2Y7IA 2XXRA 5F7VA 3IOTA 3Q27A 1FQDA 2XXYA 1Q35A 3TKDA 2XHDA 1JVYA 1N7WA 2PVUA 2Q89A 4BLAA 1PDAA 1RYXA 4YAHX 3M3FA 5A5XA 4ZEKA 4QFNA 4NWCA 4RPNA 1T0KA 2UYFA 4U2RA 2QMWA 3ONMA 4RA1A 2ABHA 4LUBA 1CB6A 4MFIA 4TLMB 4DCYA 3A3UA 3TTLA 4DXBA 4H6DA 4HCYA 3VLUA 4OMBA 4RK9A 2RC9A 1XT8A 3T66A 1FTOA 3FD3A 4YMBA 1QUKA 4GL0A 3PMWA 5DYHA 3K1NA 1FTKA 4R72A 3K02A 4KQPA 3A09A 3OENA 2B4MA 1N04A 5K2YA 4JBZA 4KCDA 3T9UA 5ITPA 2P1SA 3ECRA 2H99A 1RKMA 1NNKA 3KEIA 1ZJLA 1XVYA 1I6AA 4IGTA 1AIVA 2RC7A 4YICA 2DWIA 1LAHE 1B52A 4MH5A 3CFLA 4FAJA 3DP8A 3HN0A 4G68B 4IO5A 4GXSB 2F8DA 1LCFA 4Q0CA 3IJOB 3E13X 2QRYA 3GBBA 3SEXA 2I6EA 4ZE8A 3B6QA 3H3GA 2WKYA 3FJMA 4IO2A 2IA4A 5JK4A 1I6BA 4LVQA 1MPBA 1OQGA 4NF6A 1N84A 2O84X 4THIA 2RCAA 3PD9A 5L9OA 4YB7A 3HV1A 5JTYB 1GV8A 1UTHB 1Y1ZA 2ZNTA 2ONRA 1EH3A 1CE2A 4QFPA 2BJJX 3DM0A 3AXFA 5LOMA 4OERA 2H5YA 4F39A 3TCHA 3RPWA 2PT1A 5H8FA 1B5JA 1SD3A 2Y7WA 2O6AA 1Z7ME 2VHAA 3QYTA 4IO6A 2OK2A 5CMBA 3K01A 2ZYNA 3KN3A 5ICQA 1L5TA 1N76A 1JW5A 4NF4B 3S9MC 3E3KA 1IXGA 4XKRA 4U1ZA 2VD2A 1JEVA 3EN3A 4HS7A 3MAMA 1B46A 3PV0E 2WOLA 3QUJA 1A99A 5TP9B 1B7UA 3R26A 1Z7NE 2QS1A 1JQFA 3FATA 4ELPA 4R6KA 2HXWA 2E1SA 3FGSA 4YB5A 2FNCA 1GGGA 5CRYA 4R6YA 3LSWA 5AA4B 3RTWB 2CMOA 4G77A 3T9VA 3LSLA 3K6UA 3SEYA 1N0TA 3FTOA 2RC8A 2I58A 3U92A 4H5FA 3H6VA 2OWSA 3OOAA 3FVOA 1KWHA 2NWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JJKA 1GR2A 4DE8A 4O7IA 2DE3A 5CBRA 3TDJA 1Y3QA 1JW4A 3N26A 3PPOA 3GBAA 4H0WA 1FBFA 1FBHA 2ONSA 1LBYA 2MKZA 2H4IA 3LR1A 4NWDA 3RT6B 2QS4A 5FTHA 2D3IA 3L6GA 4G68C 1IXIA 4GWUA 3VXCA 5M2VA 2HAVA 3U1OA 2I3VA 2F78A 2HEUA 4FBPA 1B58A 4H8IA 2YJPA 4X9TA 3RY3A 4UACA 3SEWA 4XF5A 1D9YA 1D9VA 1B32A 3SETA 2X7PA 1LBBA 4XTCQ 4YB6A 3RN8A 4PTKA 2B65A 1N7XA 3MVWA 1WODA 3IFAA 3SEVA 1A55A 1DK4A 4OESA 2ZMBA 2GQ1A 1I6QA 4N07A 2HHMA 1M5CA 2O51A 3EF7A 3MVXA 3MQ9A 1UIUA 1Y9UA 5DVJA 2VP1A 3OSQA 3PPQA 4BDLA 4LN5A 4FJPA 1URGA 4HXVA 4F1YA 3OO7A 4DI3D 1FTJA 3IOVA 3O28A 4P56A 3NOHA 4QBAA 3C36A 3U65A 1FPBA 5IKBA 3IB1A 3IK6B 4G8NA 2DWHA 3KJTA 1B7HA 2HQ0A 2G29A 3LUYA 2ALUA 1BP5A 1R9QA 4BDQA 3PD8A 4N8YA 4I62A 2H98A 1NV5A 3A3CA 1FBDA 4MCOA 3U94A 1NH8A 3S9EA 2H25A 2O1MA 3L6HA 5ESYA 1SBPA 5ELVA 4GWXA 3VLVA 3UK4A 3VVFA 1B3EA 1QJMA 1R6ZA 3Q28A 4ZE9A 4C1TA 5FHNA 1IUDA 2Q2AA 4OEUA 3G7WA 5K2XA 4LATA 3V8XB 1MPDA 3LBSA 3QSLA 4OEVA 1B3HA 2A5TB 2F97A 2HZLA 4PE3A 3O6IA 4XKPA 1SW5A 2ESNA 1O64A 5CMKA 4G2ZA 4QHQA 4I3EA 2G93A 5DVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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