1N84A

Human serum transferrin, n-lobe
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title THE POSITION OF ARGININE 124 CONTROLS THE RATE OF IRON RELEASE FROM THE N-LOBE OF HUMAN SERUM TRANSFERRIN. A STRUCTURAL STUDY
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n84A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n84A02
2QRYA 1QKAA 5FHNA 4ESXA 3K4UA 1Q35A 5EYFA 4FIMA 1NL5A 3OXNA 1T0KA 3VVFA 1S50A 3M3FA 2PMSA 1MRPA 3R26A 1URDA 5AE4A 3PUYE 3O29A 1ZMGA 1CB6A 1PB9A 5BUUA 1FQEA 3E9XA 1FQAA 4ZEDA 1EU8A 4LA9A 4KHZE 4L17A 3FJ7A 3W9WA 1PEBA 2I0CA 4WKMA 3MVWA 4DDDA 3ZSFA 3DP8A 5ISUA 1N3XA 2I6EA 1M5EA 3PD8A 3CFXA 4PFYA 4GD5A 4NF5B 3UORA 5ICTA 4LZ5A 1FCKA 4KQPA 4TOZA 4ZZAA 2XXIA 2Y84A 2B3FA 1NNKA 5LOMA 1DPPA 3KEIA 2F35A 3U93A 3H3GA 4F3BA 4NEDA 4XKNA 3MAMA 3P7IA 4FORA 1M5FA 3R6UA 1ZTYA 1Y20A 4EQBA 4OHNA 4WXJA 2ANJA 3N6TA 5AA3A 5AA2B 3ODBA 3PPPA 1JW4A 5A5XB 4DE8A 1M5BA 4IO4A 4P0IA 1AH5A 1P1OA 3FZVA 1QKBA 3C31A 5HPQA 3H6VA 4Z0IA 1B3GA 4XKPA 1IXHA 3MWBA 4H65A 1IITA 3U72A 1DPEA 3S2VA 4ONYA 3UK4A 1B7UA 4QHQA 2NXOA 2O7UA 4ZEFA 1MY0A 1Z7ME 3K02A 3QAXA 1VFEA 3DELB 3G3JA 3VVDA 4LZ7A 1VSOA 2XXQA 3IR1A 5ITOA 3RT6B 2O68A 3CR9A 4KYDA 1SI1A 3OO9A 5H8NB 3KZGA 1SYHA 4JBZA 2R6GE 5B7DA 3THIA 1JQFA 5I59A 3TQWA 2UXAA 3PPNA 5CMCA 1N7XA 1MY1A 3LSXA 5F7VA 1A8EA 2O7IA 1BLFA 2CMOA 4GIZA 1XC1A 2Y7WA 5I56B 5AA2D 1B46A 1MQDA 4QFLA 5H8HA 3FVOA 5H8SA 2AYSA 2UVGA 2Z8EA 4YKJA 1TT1A 2BJJX 2VD2A 3RT8A 4PFTA 1QUKA 2VD3A 1WDNA 3SKPA 3PPOA 1UTHA 4GFRA 1XS5A 3V83A 2QMXA 2ONRA 3VE1B 1B3FA 1FQFA 4X9TA 5FHOA 3VLWA 4ECFA 2F5XA 4GLIA 1DTGA 3T66A 3PMXA 5K2YA 3AXFA 3TTRA 4TLLB 1CE2A 4IO7A 4E0XA 3CSBA 4FEBA 2DXYA 1MS7A 4YICA 3FXUA 1Y1MA 3R7XA 3IL1B 3UA8A 3H6WA 2XXVA 3MPKA 2HAVA 1QUJA 2H25A 3WAFA 1MPDA 1B6HA 3EHTA 1JW5A 2HXWA 1AIVA 3MJNA 2D5WA 3O66A 4C0RA 4GXSB 3CFZA 4ZDMA 4GRKA 3U92A 4NF4B 2YJPA 5KZTA 2O69A 3H4ZA 1I6QA 2XX7A 3KJTA 4XTCQ 3OMBA 4R9GA 4HCWA 3O28A 3T96B 4GL0A 1I69A 2V84A 4G4PA 4YAHX 4RK2A 4LP2B 1H76A 1B32A 2XXUA 1L5TA 4H6DA 2XXRA 1DTZA 3QIMA 3B6TA 1MY4A 1OQGA 5KCJB 1LAHE 3TTNA 4F22A 4NMYA 4THIA 3I6VA 2XXXA 2I4BA 3C35A 4R72A 2X7PA 4RPNA 1Z7NE 4O3AA 1II5A 1YAEA 3HCQA 4M1VA 4OFLA 2UYFA 4HS7A 1P1WA 1UTBA 4KYSA 5I2NB 1PB7A 1OMPA 2H98A 2I58A 3PPQA 4Q0CA 3B6WA 5CC2A 4IGRA 2Q2CA 4MLQA 1WVJA 4R75A 5H8QA 4ZE9A 4YB7A 1B51A 1ATGA 4NF6A 4DIGA 1D9YA 1GR2A 1ZIUA 3N94A 5JK4A 2YLNA 1US4A 4OEUA 3Q26A 3TKDA 5J1DA 1SVXB 3CVGA 4XXUA 2VP1A 2DOJA 1B9JA 3FVGA 4OYVA 2RC9A 5DTBA 5F1QA 5DT6A 4YZZA 2DVZA 3ZS6A 4YKIA 3TEPA 4GWOA 3WAEA 4EQ7A 3GXAA 1VE4A 3FV1A 4YMAA 1SW4A 4R6KA 3K6UA 1ELJA 1O7TA 3TCGA 1J1NA 5L9OA 4ESWA 3A3UA 4ELQA 1AL3A 1FTKA 2QS3A 1XOCA 3UIFA 4YMBA 1IXIA 2OLBA 3BFUA 2QPQA 4LQ2A 4I1DA 3FV2A 4I9DA 3VLUA 2F6PA 2RCBA 1TXFA 5L9SA 2DE3A 5DVFA 1B4ZA 3RNNA 2QL3A 3CRBA 5I2KA 3QUJA 1SI0A 4JWOA 4KD5A 1UIVA 5M2VA 4ZS9A 1PDAA 1XVYA 3H6TA 4KCDA 5CBSA 1NFTA 2REGA 3K6XA 1N0TA 3TZAA 1MH3A 1JEVA 1LBBA 3USDA 4N6PA 1OVBA 2PVUA 5JTYA 1GVCA 5CMKA 1SQYA 4NF8B 4EF2A 1Y1ZA 4EXLA 4AQ4A 3ONMA 4U21A 2ZNUA 2WKYA 4BDMA 2A5SA 3N6UA 3DLNA 4UA8A 3HV1A 2F78A 3N26A 4F1UA 1A8FA 4JSOA 3MPLA 3T9XB 4IO3A 1B40A 4RYAA 4U22A 2RINA 1MQGA 2H99A 4KFQA 4R6HA 3TTLA 1SW1A 2OBGA 1LB9A 2OK2A 4F3SA 4BDRA 1MH4A 3VV5A 4MH5A 3HO7A 1NH8A 2NVUB 4YB6A 2O84X 4P11A 3KSXA 1URSA 3E3KA 3QYTA 3OO6A 4FJPA 4I8CA 2Q9TA 3PU5A 4K3FA 5ICQA 2ZNSA 2O1LA 1B3HA 1YPNA 4X1BA 4ELPA 2NOOA 2P1SA 1MXUA 3FVKA 3QUFA 4GVOA 1B0LA 3OOAA 1IXGA 3SDFA 3PMVA 1B52A 3MVXA 4ZE8A 3KJ7A 3GBBA 3C33A 2OWTA 1N76A 1ZU0A 1FTLA 2ABHA 3IB0A 3O9PA 3H6UA 4U2RA 3MP6A 4TQUQ 3IO6A 3FATA 1EZ9A 2W7YA 1R9QA 3C34A 1A54A 3V8XB 3O6IA 5ITPA 1Y3PA 1EZOA 4LONB 1DMBA 3C4MA 2REJA 3GZGA 2G93A 3UP9A 1MQIA 3E13X 3DP6A 4F2QA 1SW5A 1ZJLA 3KG2A 4Q8RA 2V3UA 1P99A 3TELA 3G3HA 1B3LA 5L9MA 3OD7A 4NWDA 2P0SA 3IORA 4MF3A 4KCCA 4FECA 2F7AA 1Y4CA 4YKPA 3QXMA 3S9NC 4Q5TA 4QSDA 3CI8A 3SEWA 1IUDA 1URGA 1Y3QA 3ILUB 3GBAA 1LLSA 5AA4A 3LBSA 2XXYA 4C1UA 3H7MA 2A5TA 4EUOA 1MXVA 3IJXB 1AOVA 3T9HB 2XXHA 4U4SA 2O6AA 1R1NA 2QS2A 4F18A 1TWYA 1ZBMA 2F97A 1UQWA 4KR5A 4XKQA 4HW8A 2XXTA 4R74A 3G3KA 2DSFA 3IB1A 5IAIA 4RNSA 3SERA 4LUBA 4KPTA 1H3DA 3Q25A 2FNCA 3L6HA 4ZEBA 3KN3A 1IEJA 3LSLA 3O97A 1YCJA 3TCHA 1S7YA 4R73A 3N5LA 3MZBA 4PFUA 1TFDA 3CG1A 4PETA 2QS4A 5I58A 1SYIA 3KBRA 2XX9A 3MZ9A 1B7ZA 3TFLA 3F11A 5DEXA 1ANFA 5TPAA 2E1SA 1JVXA 4H1XA 5AA4B 2GRVA 3KN7A 2KLFA 3TPAA 4GQOA 2HZLA 3PV0E 2A5TB 3IO4A 3CSGA 1LAXA 1D3KA 3IOVA 3RUMA 1NNPA 2RC8A 5HBCA 3LSWA 5CMMA 2NWJA 4RJZA 1USYH 1MY2A 5I59B 1DOTA 2M8CA 1OLCA 1EH3A 1B4HA 4OZ9A 3S9LC 1P1NA 3EN3A 3IJOB 4NTLA 4X1DA 3MVZA 5TP9A 5H8HB 5DVIA 1ZLQA 4UACA 3HSTA 3EQ1A 4QFKA 1FQDA 4DCXA 1MXYA 1UTHB 2I48A 2DE4A 4U4XA 5TPAB 5FTHA 3BBRA 3HN0A 3T9UA 3A3CA 3TCFA 2VHAA 3FASA 3DM0A 4H8IA 1OLAA 4R9FA 1XT8A 3V89B 4JWYA 1FTJA 1N84A 3MW0A 1PBPA 1MQJA 2D3IA 3RTWB 2RF1A 2F34A 4G68A 1PB8A 4OMBA 4ZEIA 3PUVE 1FTOA 4M4GA 4IO5A 4IO2A 5I57A 1BTJA 2HAUA 2DVCA 2QMWA 3FXQA 4POWA 2B3BA 3VXCA 3O6GA 3QK6A 3CG3A 1MG1A 4C1TA 3K1MA 2AL5A 3LC8A 3RLFE 1IQ7A 3Q28A 4DZ1A 3MP1A 2I49A 3OO7A 5TP9B 4NE4A 3O2AA 5KDTA 4XIGQ 1LGBC 2R9JA 1WODA 2DWAA 1B1HA 3FD3A 1JW1A 1VR5A 3FXRA 2V3TA 1QVSA 4U23A 2DS9A 4F31B 3VXBA 3M8UA 1MY3A 3K2DA 4P0GA 1UIUA 4FE8A 5CMBA 4ZZEA 5H8FA 4BDQA 1US5A 4EXKA 2B65A 3KGCA 4QSEA 1QUIA 3UN6A 1UTBB 3IOTA 3B6QA 2GH9A 1FQCA 2DP8A 3EHUA 1A55A 1LCFA 5H8QB 5TU0A 3MUQA 1LSTA 4NF6B 3FVNA 4I62A 3K6VA 2Q8JA 2DWHA 1B1XA 5CRYA 1I6AA 3OELA 4F1VA 2AIXA 1JETA 2XD2A 2XX8A 4OFOA 3VLVA 1OVTA 3I3VA 1USYE 4OENA 1HSLA 3D4GA 1NH7A 4ISUA 3FJMA 1B7HA 4BDNA 1RYXA 4OXVA 3DP4A 3RGYA 1A40A 4RXLA 1DSNA 1IXCA 1QJMA 4OTEA 3OEMA 4GXAA 1B2HA 2VOZA 5CI5A 3PMWA 2XXWA 4EQ9A 1P1QA 3MVYA 1N7WA 4G77A 3K0VA 4RY1A 4NF5A 2F36A 3TTMA 1JEUA 4F29A 4LZ8A 3RY3A 3ILTB 3A09A 4QSCA 4F3PA 1GTKA 3T93B 3VVEA 5I2KB 4JDFA 1B5HA 2O1MA 5B70A 1F9BA 3HHFA 2CZLA 5AA2A 2V25A 1I6BA 1LBCA 5A5XA 5AA1A 3TTKA 1MXWA 1SBPA 1B05A 3T22A 5JTYB 1AMFA 1QULA 1H43A 3LSFB 1TFAA 3HHGA 4Q30B 3IOWA 4EDPA 4MLVA 4PE5B 2H5YA 3SESA 4TLMB 4HCYA 3I5OA 3RPWA 2Q2AA 4R2FA 3KSJA 5FTIA 2QSXA 1HSEA 2UVJA 4QFOA 2DE2A 1MQHA 3S9EA 1MXZA 4ELRA 3C36A 2OCUA 2QS1A 2ZYOA 3C9HA 5H8NA 3IX1A 2AL4A 1LFHA 3C32A 1EZPA 2Z8DA 1Y4TA 2PYYA 3MP8A 4DXBA 4QF9A 3L6GA 4ND9A 3H03A 2DYXA 1XHYA 3KFMA 4RA1A 3U1OA 4AB5A 1H44A 1MPCA 2ZXTA 5I56A 1N04A 3PUZE 2VGQA 1R6ZA 3EPEA 2G29A 2ZYNA 4H67A 2F8DA 1D4NA 4O3BA 4BDLA 1NNFA 2IA4A 5EHMA 4U1OA 4MBPA 1LAFE 4JSDA 4KYEA 1MDP1 4OQOA 4IO6A 4WEPA 3TQLA 3PUWE 2DWJA 3BKIB 4H0WA 2PT2A 1D9VA 1RYOA 2DXRA 2I4CA 4DLDA 4FATA 3M3LA 1KWHA 4IY6A 3EF7A 4F1YA 4MFIA 1O63A 4PQJA 4PFWA 3TMGA 3G3FA 1NNTA 1Y3NA 1A7LA 3K6WA 2Z23A 3TODA 2IEEA 1PBQA 2I3VA 3IB2A 3Q27A 3M3KA 4E0WA 2ZNTA 4NF4A 4EF1A 1B5IA 2ONSA 2Y7RA 1SDXA 2QJEA 3MZ1A 4YKKA 4Z7EA 3SETA 1MDQA 4N13A 2Z22A 2FYIA 1LB8A 4G68C 5DYHA 4OESA 1NKXA 3G7WA 1HSJA 4R2BA 3KOSA 1LFIA 4GOTA 5KCJA 1B58A 2XXPA 3W15C 2F6GA 4ZEKA 1SD3A 3G3IA 4G8NA 2H4IA 2I3WA 1VFDA 4GL8A 2OZZA 3FGSA 3RQTA 5DVJA 2HZKA 4IB2A 5I2NA 3FUZA 2Q88A 1BKAA 2ZYKA 4FEDA 2HEUA 3MQ9A 4OFJA 3GLBA 3V5AA 3E4RA 1MM6A 4F2OA 5HM4B 2YPNA 1M5DA 4N07A 2XHDA 4G2ZA 4G8MA 3Q29A 1LAGE 4OEVA 4AB6A 4YU0A 5I58B 1M5CA 2FA7A 4H8JA 5FHMA 4ELOA 1POY1 1MPBA 4OWDA 1BIYA 5DEXB 4RK9A 4H5GA 4QRZA 5L8DA 3JYRA 1YTVA 3JZJA 3UGWA 4H5FA 4RPOA 4DCYA 5CM6A 3K00A 1B3EA 1R9LA 4F3GA 3U94A 2XD3A 1MXXA 2ONKE 1FW0A 2GHAA 1FQBA 2HCAA 1Y9UA 2OWSA 3SEVA 2I0BA 4BLAA 3TUSA 4F39A 2NUVA 3LR1A 2O51A 3U8QA 3MBPA 3MC2A 1NMUA 3W9VA 1GGGA 2Q89A 3SEYA 4PP0A 3IK6B 4NWCA 3KN8A 2PT1A 1OQHA 5ELVA 3K1NA 2UVIA 3K1PA 2PBWA 2UVHA 5K2XA 4DXUA 2V3QA 4DXCA 3OSQA 3JV9A 3S9MC 1IZ1A 1RKMA 2X26A 4KI0E 2Z8FA 2Y7PA 3K01A 3SEXA 4NF8A 2Y7IA 2RCAA 1OIBA 3H06B 3D4CA 3PD9A 2RC7A 2RKMA 1H45A 3VFJA 2PX1A 4OETA 4LQ5A 2E0SA 4R6YA 2F7CA 2GFEA 4LVQA 3CIJA 1JVYA 1JNFA 5JEIA 1BP5A 4IY5A 2V93A 4WEDA 5I84A 3CFLA 4O3CA 3RTFB 4QFPA 2D21A 3OENA 4OERA 1FTMA 4JXIA 3RN8A 3FJGA 2UYEA 3SEUA 3OEKA 3ECRA 2P2AA 2THIA 4POXA 4G68B 4JB7A 1XVXA 1LCTA 1N3WA 4JWXA 3ZKKA 2X7QA 4QFNA 1IIWA 4F19A 3B7DA 5I57B 1LFGA 3TDJA 3OO8A 3QSLA 1S9TA 1B5JA 4OVJA 1QW0A 2ALUA 2HFBA 5CBRA 2GHBA 3KOTA 5IKBA 3BFTA 2ZYMA 3PPRA 2ZMBA 4G8HA 4U1ZA 5KDTB 2HQ0A 2OJTA 3HPIA 4LATA 4X48A 3TAJA 3LUYA 5EHSA 3S4UA 4GF8A 1GV8A 1Q1KA 4YB5A 3VDFA 1POTA 1P1UA 2DQVA 4HTGA 3FIRA 2F7BA 1B0HA 1ZKBA 3O6HA 3T9VA 5H8FB 3IOUA 2H9BA 3IAZA 4BDOA 3PUXE 2Y7KA 1SW2A 3OSRA 3G3GA 3EHSA 3PGFA 3TYHA 5BWJA 2ESNA 1PC3A 4XKRA 2LAOA 2R71A 3ZKLA 4FAJA 4ZECA 1O64A 4IGTA 1A99A 2DWIA 1MM7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QRYA 1QKAA 5FHNA 1EYIA 5IM2A 4ESXA 3K4UA 4KXPA 1Q35A 5EYFA 4FIMA 1NL5A 3OXNA 1T0KA 3VVFA 1S50A 5EQ9A 3M3FA 1IMEA 2PMSA 1MRPA 3R26A 1URDA 5AE4A 3PUYE 3O29A 1ZMGA 1CB6A 1PB9A 5BUUA 1FQEA 2XWVA 4AS4A 3E9XA 1FPJA 1FQAA 4ZEDA 1EU8A 4LA9A 5I3SA 4KHZE 4L17A 3FJ7A 4DI3D 3W9WA 1PEBA 2I0CA 4WKMA 3MVWA 4DDDA 3ZSFA 3DP8A 5ISUA 1N3XA 2I6EA 1M5EA 3PD8A 2FBPA 3CFXA 4PFYA 4NF0A 4GD5A 2BJIA 4NF5B 3UORA 5ICTA 2WEFA 1K9YA 1FBDA 1RDZA 4LZ5A 1FCKA 4KQPA 4TOZA 4ZZAA 1FBFA 2XXIA 2Y84A 2B3FA 1NNKA 5LOMA 1DPPA 1FBPA 1NUXA 3KEIA 2F35A 3U93A 3IFAA 3H3GA 2CZKA 1NV5A 2Y5KA 4NEDA 4F3BA 4XKNA 3MAMA 3P7IA 4FORA 1M5FA 3R6UA 1ZTYA 1Y20A 4EQBA 4P3LA 3CHGA 4OHNA 4WXJA 2ANJA 3N6TA 4MAGA 5AA3A 5AA2B 3ODBA 3PPPA 1JW4A 5A5XB 4DE8A 1M5BA 4IO4A 4MNCA 4P0IA 1AH5A 1P1OA 3FZVA 1QKBA 3C31A 5HPQA 3H6VA 1SPIA 4N15A 4Z0IA 1B3GA 3HFUA 4XKPA 1IXHA 3MWBA 4H65A 4XF5A 1IITA 3GYYA 4P47A 4O8MA 3U72A 1DPEA 4OVSA 3S2VA 4O7IA 4ONYA 3UK4A 1B7UA 1FSAA 4QHQA 2NXOA 2O7UA 4ZEFA 4OVTA 3KC0A 1MY0A 1Z7ME 3K02A 2Q8MA 3QAXA 1VFEA 3DELB 3G3JA 3VVDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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