1N84A

Human serum transferrin, n-lobe
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title THE POSITION OF ARGININE 124 CONTROLS THE RATE OF IRON RELEASE FROM THE N-LOBE OF HUMAN SERUM TRANSFERRIN. A STRUCTURAL STUDY
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n84A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n84A02
5AA2A 3T9XB 4XKPA 2O69A 3TTMA 5H8HB 4MFIA 4FEBA 3H3GA 2ZYNA 4MBPA 3PMXA 4JWYA 2QPQA 5H8SA 4HTGA 4FJPA 4LQ5A 1MG1A 4P0GA 3S9LC 1ZIUA 3M3KA 4XKRA 4GWOA 1OQHA 3T9HB 4EF1A 1D9VA 2VD2A 4JWOA 4OMBA 3IX1A 4ZEFA 1USYE 4FIMA 3OO6A 4F3BA 2HQ0A 1NH7A 4ZECA 3VVDA 2QL3A 4O3AA 1IXGA 1MQGA 3FIRA 1MXZA 4BDMA 4ZZEA 2F5XA 1N0TA 2A5TB 2F7AA 3KZGA 5CRYA 3N94A 1P1WA 4HCWA 3OMBA 1FQCA 3U72A 4X9TA 2DS9A 2XXTA 3C9HA 3GBBA 4OESA 5I56B 1FQEA 3V83A 5JTYB 3SEUA 1P1NA 1UTBA 3KN3A 4G8HA 2PBWA 3RT6B 3TELA 2DE4A 1Y4CA 1SDXA 1I6AA 2ONSA 4Z0IA 5F7VA 2PYYA 1RYXA 1B4HA 4G77A 4OWDA 3H7MA 1SW2A 2P1SA 1M5DA 1ZKBA 1SYIA 4QFOA 3G3IA 3OSRA 3MUQA 1PB9A 4YAHX 3HV1A 3O6GA 2X26A 4YB5A 3U8QA 5H8QB 4YU0A 1LGBC 4IB2A 3S9EA 3CR9A 5B7DA 4BLAA 3I5OA 3VXCA 1JW4A 5HPQA 2Y7PA 4R2BA 5CBSA 1PB8A 3TCHA 4F29A 1J1NA 1UIVA 3IB1A 4F3PA 1GGGA 2GH9A 3LSWA 4KFQA 3T9UA 2Z8EA 1II5A 5CMMA 2R6GE 4ONYA 3FJ7A 4UA8A 3RPWA 3SEVA 4N07A 4KYDA 3KEIA 1NNKA 2O1LA 4NF6A 4RPNA 4FATA 1DTZA 4JXIA 3UIFA 1SW1A 1QUKA 4NF5B 3UGWA 3K0VA 2DXYA 2DE2A 5TU0A 4R6KA 1IIWA 4F3SA 1MY3A 3G3GA 1Z7ME 1I6QA 3RUMA 2XXPA 4ECFA 3IJOB 1LBBA 4G2ZA 4X48A 1Z7NE 1LAFE 5K2YA 3M8UA 3UN6A 3DP4A 3R7XA 3T96B 4N6PA 1B46A 1SQYA 3K6VA 3IOUA 3U92A 2AYSA 2VD3A 4IY5A 3OSQA 2X7PA 2RKMA 4OETA 3MJNA 2I0CA 3K2DA 2THIA 4JSOA 3MQ9A 3IAZA 4EQBA 1SW5A 2I4BA 3GZGA 1AH5A 1NH8A 1TFAA 4KCCA 3HCQA 4ZEKA 3SKPA 4TOZA 5DEXB 4TLMB 4OEVA 5TP9A 1R9LA 3ZSFA 4PFWA 3SEWA 1P1OA 2DE3A 3ILTB 1O7TA 2HEUA 3QXMA 1DSNA 1NL5A 4OFLA 3TTLA 3A09A 5I59A 2F8DA 1PBQA 5H8QA 3T66A 4RY1A 3IOVA 1MY1A 1UIUA 2F34A 1PBPA 2KLFA 2F6GA 3K01A 4TLLB 1R1NA 4JWXA 1URSA 4ISUA 3TQWA 5A5XB 1MY4A 3BFUA 4LATA 1IXIA 3TTNA 3T9VA 1SI0A 3V89B 2XXUA 4WEPA 4YKJA 3G3FA 1B9JA 3SDFA 4QSEA 4EXKA 1B4ZA 5I58A 4H8JA 5KDTB 2IEEA 3HN0A 3QSLA 3KGCA 3VDFA 3K1NA 1B0HA 4MH5A 3PGFA 4GQOA 3KN8A 1MPCA 4U4XA 4RNSA 1KWHA 4DDDA 1B51A 4ZEBA 1B58A 4MF3A 2E0SA 2ZNTA 2DSFA 2QJEA 2REGA 4L17A 1B1HA 1MS7A 3VLUA 3CFLA 3SERA 4NWCA 4GXAA 2F7CA 4R72A 1QULA 3WAEA 3PPOA 1MXWA 3TTRA 1IITA 4NF8B 4C1TA 3R6UA 3QYTA 1N04A 3FZVA 4ND9A 3RQTA 3FXRA 2ALUA 1TT1A 1MH4A 4I9DA 3S9NC 4HS7A 1F9BA 3FJGA 1FTLA 1DPPA 2OWTA 3FV2A 2AIXA 4GF8A 1B0LA 4NTLA 4P11A 3B6WA 1AMFA 4LZ5A 3PD8A 2QSXA 1UTBB 1B3GA 3FVGA 1M5BA 5L8DA 2Q88A 3TODA 4M4GA 5BWJA 3GBAA 3PUVE 4DXCA 1WODA 1IEJA 4NEDA 2DWHA 2G29A 3C33A 3ECRA 4JDFA 3CVGA 1LAGE 1EZPA 3MZBA 1IXHA 2DXRA 1QKBA 3RLFE 3CI8A 4NWDA 2W7YA 3R26A 1B52A 2DOJA 5TPAA 2Q2AA 1USYH 2D21A 3C31A 3MWBA 1A8FA 3O28A 4XIGQ 1IUDA 3VLWA 1Y3QA 2OCUA 4WKMA 3PD9A 2UVGA 2V3TA 4Q0CA 4U4SA 4EUOA 1HSLA 4OVJA 3TKDA 2I48A 1H43A 4F3GA 1P99A 4ZEDA 4N13A 5DYHA 4X1DA 2R71A 4P0IA 1TXFA 5KCJA 4F2QA 2XX9A 5CMCA 5I57A 2I4CA 3KSXA 3O97A 1ANFA 3A3UA 4JBZA 3KOSA 1P1UA 1BTJA 5I2NA 3OO8A 4XTCQ 3O6IA 3L6GA 5L9MA 2XXRA 2QMXA 3Q25A 3FVNA 4ESWA 1OVBA 5DTBA 1OVTA 1MXYA 2O6AA 1MPBA 3UP9A 4R6HA 5DVIA 3KJTA 1B5HA 4R9FA 1JVYA 3JYRA 4NF8A 4LUBA 4DXBA 3QAXA 3B7DA 2QS2A 4OFOA 3C4MA 3MVZA 2Q2CA 2VGQA 4H67A 4AB5A 5K2XA 1T0KA 2O51A 2OJTA 4O3CA 3K6WA 2DWIA 4BDOA 2O7UA 3USDA 1MQDA 2G93A 4Q30B 4NF4B 4WXJA 1SYHA 3FVKA 4KQPA 2X7QA 1XT8A 2I49A 1S9TA 3L6HA 1I6BA 4LP2B 1FTJA 1B2HA 3HSTA 4MLQA 2NWJA 2D3IA 3IO4A 4KR5A 3LUYA 4M1VA 1YTVA 4LQ2A 3K6XA 2R9JA 5TP9B 3ZKLA 4KD5A 2UVHA 4E0XA 4QFKA 3I6VA 5DT6A 1N7WA 4H8IA 1MXVA 1XVYA 5I59B 4F31B 2XXVA 1FCKA 3SETA 4YKPA 1LFGA 2PT1A 1N3WA 3MZ9A 4H5GA 4C1UA 3C36A 3IJXB 4JB7A 5KZTA 3ONMA 1OMPA 4NE4A 4RK9A 3G3HA 1LCFA 5I58B 2VHAA 3MBPA 2HZKA 3LBSA 4EF2A 4RA1A 3IORA 3BBRA 1BLFA 3DP6A 5I84A 3ILUB 2B3FA 4GRKA 1BKAA 1JEUA 3F11A 1PEBA 1LB9A 1D9YA 1H45A 3WAFA 3P7IA 3MP8A 5FHMA 2OBGA 4XKNA 4AQ4A 4I1DA 3TEPA 3UK4A 4F39A 2OLBA 4ZDMA 1Q1KA 4YKKA 1ZBMA 4Q8RA 2PMSA 1JVXA 2I0BA 4K3FA 1GV8A 4RJZA 1MM7A 3TAJA 3AXFA 3FASA 4R2FA 1B32A 3CIJA 4ZE8A 5AA4A 4OZ9A 2HAUA 2XXWA 2ONKE 1S7YA 3E9XA 4U1OA 2UXAA 4FORA 4IY6A 4G8MA 3FXUA 1MXXA 5EYFA 3MAMA 3O29A 4Z7EA 3FD3A 3TTKA 1HSJA 2Y7WA 2Z23A 3OEMA 4FAJA 2HZLA 3CSGA 4G8NA 3V5AA 1N3XA 1MM6A 2E1SA 1NMUA 5ISUA 4GVOA 2VP1A 3OO7A 5AA2D 3CSBA 4NF4A 4EQ7A 4DLDA 3SEXA 3OD7A 1AIVA 2H4IA 3KG2A 1JNFA 4UACA 3B6TA 3RN8A 1R9QA 3K02A 3DELB 4PFYA 5L9OA 4EXLA 1EZ9A 1NNTA 5CBRA 1D3KA 4ELPA 4YMAA 1QKAA 1LLSA 1SD3A 5TPAB 2XHDA 1URGA 3D4CA 1A55A 2HCAA 2FA7A 3BKIB 4ZE9A 2OZZA 2F36A 3EQ1A 3TFLA 5AA1A 5EHMA 1MQHA 1B3FA 5LOMA 2PT2A 4G68C 1ZU0A 1IQ7A 1OLAA 4PQJA 4HCYA 2V25A 4YZZA 1ELJA 3M3LA 3IOWA 1MPDA 1EH3A 3MVWA 1PB7A 5KCJB 3DLNA 3K1MA 2PVUA 5I57B 5DVFA 3FGSA 3SESA 1GTKA 4ELQA 2BJJX 3KJ7A 1B3EA 5I2NB 2DYXA 1NKXA 3N26A 3C32A 4G4PA 2PX1A 2REJA 4PETA 3RT8A 1DMBA 3CG3A 2XXHA 3T93B 4YMBA 1LBCA 1LFHA 4I62A 5H8FA 3RNNA 1CB6A 3PPPA 2RC7A 1URDA 2XXIA 3TCFA 2UVJA 5B70A 2I3VA 3OOAA 1QJMA 2ZNUA 1QUIA 3E4RA 1FQDA 1B05A 2O7IA 1FTMA 3Q28A 4PFTA 2GHAA 3TQLA 3LSXA 2F35A 3PPQA 1Y20A 1MRPA 2QRYA 4IO2A 4QF9A 2NUVA 1MXUA 4BDLA 4R73A 1EZOA 1M5CA 1VE4A 2XD2A 2A5SA 4U22A 3N5LA 3SEYA 2B3BA 5IAIA 2I6EA 3TYHA 3GXAA 3LSLA 4ZEIA 1B3LA 2NXOA 3PV0E 1A40A 1ATGA 4GL8A 1GR2A 3H03A 3KFMA 2VOZA 4O3BA 1IXCA 4MLVA 4DZ1A 4IO4A 1H76A 4H65A 1DTGA 1N84A 2XXQA 1DPEA 2YLNA 4QRZA 4OHNA 3PUXE 2FYIA 4OERA 4GD5A 3IO6A 3PUWE 2YPNA 1LAXA 1Y1ZA 5AA3A 1H3DA 1POY1 2HAVA 2ZYKA 5CM6A 3U93A 3VV5A 5ICQA 3QK6A 3MP6A 1D4NA 4GLIA 4YB7A 3H6TA 4GFRA 5IKBA 1S50A 4I8CA 3LSFB 3JV9A 4WEDA 3W9VA 1B7ZA 2XX7A 2ZXTA 3S2VA 3G3KA 4XKQA 5FHNA 5BUUA 2AL4A 1O63A 3TDJA 2GRVA 4QFNA 3CG1A 4G68B 3MC2A 3H4ZA 3HHGA 1XHYA 1XVXA 4QHQA 3CFXA 1TWYA 5M2VA 3U94A 1JW5A 1FQFA 2DVZA 3K1PA 1LAHE 1M5FA 2Q9TA 4YB6A 2QS3A 2XD3A 1B6HA 4BDQA 4DXUA 3QIMA 1MDQA 5FHOA 2ABHA 1VFDA 2ZYMA 4ELOA 1QUJA 2UVIA 1FQBA 3LC8A 2O84X 1US5A 4GL0A 3ODBA 1PC3A 3QUFA 1Y1MA 2V84A 3O6HA 4F18A 1LSTA 3K4UA 2Y7KA 2YJPA 3OENA 1QW0A 3LR1A 1I69A 1A54A 2WKYA 3Q26A 4KI0E 3C34A 2RCBA 2GHBA 3K6UA 1RKMA 5AA4B 1BIYA 2UYFA 1OIBA 3RGYA 4ZZAA 2I3WA 4F2OA 5I2KA 3EF7A 4OYVA 2V93A 1OLCA 4IO6A 4R75A 2Z8DA 3VXBA 5ITOA 1MY2A 1YAEA 2RINA 5ICTA 4IO3A 2ZMBA 1HSEA 3G7WA 4GOTA 3HPIA 2DVCA 4GXSB 3IOTA 1VR5A 2RF1A 1UTHA 4LA9A 1N76A 4H0WA 3VE1B 1BP5A 1B7UA 1US4A 1YCJA 3TZAA 2NVUB 2FNCA 3FVOA 3IK6B 4LZ7A 4LONB 3KBRA 1ZLQA 3IL1B 1H44A 5L9SA 4R9GA 2Y84A 2QS4A 4IGTA 5CI5A 4OTEA 1Y3NA 3OEKA 3MP1A 3RTWB 1RYOA 4BDRA 3UORA 2DQVA 1A8EA 3KSJA 1DOTA 1R6ZA 3U1OA 1MH3A 4OQOA 1LB8A 3EHTA 3HO7A 3GLBA 1ZTYA 4DCYA 4GIZA 1B1XA 3TPAA 2OWSA 2RC9A 5H8NB 3FATA 4G68A 4F1VA 2ESNA 3MW0A 3HHFA 1IZ1A 2H25A 1JEVA 1SBPA 3UA8A 2B65A 1AOVA 3TUSA 1XC1A 1MQJA 2UYEA 4PFUA 2IA4A 1Q35A 3PMVA 1EU8A 5H8FB 3ZKKA 3O66A 3Q27A 2Z8FA 3OXNA 4PP0A 3MPKA 3KOTA 4YICA 3MVXA 2H9BA 2ZNSA 5H8HA 3ZS6A 1FTOA 1ZMGA 4R6YA 5CMKA 1FW0A 1PDAA 1MQIA 1YPNA 1SVXB 1VFEA 3S9MC 2P0SA 4EDPA 4F1YA 2XX8A 4POWA 3IR1A 2QMWA 3H6WA 3EHSA 4TQUQ 4RPOA 2ONRA 4F22A 2O1MA 5FTIA 1QVSA 3O2AA 2ZYOA 4XXUA 3IB2A 5JK4A 4DCXA 2A5TA 1XOCA 1OQGA 3T22A 1MY0A 3H06B 5AE4A 1TFDA 1P1QA 5HM4B 3PMWA 3O9PA 4QSDA 5I56A 3PPRA 5JTYA 3D4GA 3E13X 1B7HA 4RXLA 3FUZA 2ANJA 2XXXA 4R74A 4Q5TA 1AL3A 3CFZA 1M5EA 2I58A 1VSOA 4AB6A 2Q89A 3Q29A 3VVFA 5ITPA 3V8XB 5H8NA 2OK2A 1Y3PA 2Y7IA 3PUYE 3N6UA 4X1BA 4H1XA 1B3HA 5CC2A 3A3CA 2H98A 4KYSA 4HW8A 2DP8A 1JETA 4F19A 5JEIA 4FE8A 4DE8A 4FECA 4POXA 3JZJA 1WVJA 3FV1A 5AA2B 4BDNA 2O68A 1JQFA 3MZ1A 4OFJA 5EHSA 4OXVA 4U21A 2DWAA 4H6DA 2NOOA 2F7BA 4PE5B 2RCAA 2HFBA 1XS5A 2LAOA 4KHZE 4NF5A 3EN3A 1B40A 2Z22A 2HXWA 3MVYA 3THIA 4LZ8A 5F1QA 5I2KB 4KCDA 2D5WA 4C0RA 3I3VA 4U2RA 2P2AA 4U23A 1O64A 4IO7A 1L5TA 3VFJA 4OENA 3M3FA 1FQAA 3PPNA 1GVCA 1A7LA 3W9WA 2CZLA 2Q8JA 1UTHB 3RTFB 4IO5A 3E3KA 3EPEA 3MPLA 3CRBA 3DM0A 1SW4A 4LVQA 3DP8A 3RY3A 1WDNA 3IB0A 4JSDA 1POTA 3OELA 3G3JA 1UQWA 3B6QA 1B5IA 4H5FA 3EHUA 4KPTA 3BFTA 1JW1A 2H5YA 1NFTA 2GFEA 4F1UA 4ELRA 3TMGA 5ELVA 1NNPA 1A99A 1B5JA 1LCTA 4QSCA 1CE2A 2RC8A 3VLVA 4ZS9A 4YKIA 4OEUA 3PU5A 5DEXA 4QFPA 4THIA 3QUJA 3KN7A 2F97A 5FTHA 5CMBA 4DIGA 1Y4TA 5J1DA 2XXYA 2CMOA 1MDP1 3S4UA 2V3QA 5DVJA 2DWJA 2M8CA 3FXQA 4QFLA 4FEDA 1ZJLA 3W15C 2F78A 1FTKA 4KYEA 4U1ZA 2F6PA 5A5XA 4RK2A 4E0WA 4RYAA 4NMYA 2AL5A 1SI1A 1LFIA 3N6TA 1NNFA 3TCGA 4EQ9A 3H6VA 2QS1A 3OO9A 3C35A 4IGRA 3K00A 3PUZE 3FJMA 2Y7RA 4ESXA 5KDTA 2V3UA 1Y9UA 4NF6B 2H99A 3VVEA 1N7XA 5HBCA 3H6UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AA2A 3T9XB 4XKPA 2O69A 4O94A 3TTMA 5H8HB 4MFIA 4FEBA 3H3GA 2ZYNA 4MBPA 3PMXA 4JWYA 2QPQA 5H8SA 4HTGA 4FJPA 4LQ5A 1MG1A 4P0GA 3S9LC 1ZIUA 3M3KA 4XKRA 4GWOA 1OQHA 3T9HB 4EF1A 1D9VA 2VD2A 4JWOA 4OMBA 1LBWA 3IX1A 4ZEFA 4NX1A 1USYE 4FIMA 3OO6A 4F3BA 2HQ0A 1NH7A 4ZECA 3VVDA 2QL3A 4H46A 4O3AA 1IXGA 1MQGA 3FIRA 1FPGA 1MXZA 4BDMA 4ZZEA 2F5XA 1N0TA 2A5TB 2F7AA 3KZGA 2XWOA 5CRYA 3N94A 1P1WA 4HCWA 3OMBA 1FQCA 3U72A 4PFIA 4X9TA 2DS9A 4OVRA 2XXTA 3C9HA 3GBBA 4OESA 5I56B 1FQEA 4X8RA 3V83A 1RDZA 5JTYB 3SEUA 1P1NA 1UTBA 3KN3A 4G8HA 2PBWA 3RT6B 3TELA 2DE4A 1Y4CA 1SDXA 4PDDA 4HE0A 1I6AA 2ONSA 4Z0IA 5F7VA 2PYYA 3KBZA 1RYXA 1NV1A 1B4HA 4G77A 2Q74A 4OWDA 3H7MA 1SW2A 1FPLA 2P1SA 4NN3A 1M5DA 1ZKBA 1SYIA 1LBVA 4QFOA 3G3IA 4X04A 3OSRA 3MUQA 1PB9A 4YAHX 3HV1A 3O6GA 2X26A 4YB5A 3U8QA 5H8QB 4YU0A 1LGBC 4IB2A 3S9EA 3CR9A 5B7DA 4BLAA 3I5OA 3VXCA 4PBHA 1JW4A 5HPQA 2Y7PA 4R2BA 3BIHA 5CBSA 1PB8A 1AWBA 3TCHA 4F29A 1J1NA 1UIVA 3IB1A 4F3PA 1GGGA 2GH9A 3LSWA 4KFQA 3T9UA 2Z8EA 1II5A 5CMMA 4PCDA 2R6GE 4ONYA 3FJ7A 4UA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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