2Y84A

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
DSFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp. dnt
total genus 63
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y84A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y84A02
3OOAA 4YB7A 2B3BA 3TAJA 4R2FA 1FQCA 4QFKA 2ZNTA 5I2KA 4RPNA 2CZLA 2V84A 3FV2A 3HHGA 4R73A 3ZKKA 2QJEA 3B7DA 1MDQA 4GIZA 3SEWA 3LUYA 4WEPA 3TKDA 2F8DA 3B6QA 1MS7A 3E13X 3QAXA 4FEDA 3Q26A 3ODBA 1MQIA 4YB6A 3M8UA 1VFEA 3OSRA 1VR5A 4EF2A 4MFIA 1J1NA 4KI0E 3S9LC 4KYEA 4QSCA 4EQBA 3C33A 1OLAA 1ELJA 5DTBA 1H45A 5FHNA 2DYXA 1DTZA 3KBRA 2R9JA 4C1TA 2DWIA 3K1PA 1IXCA 3FXUA 3GBBA 1EZ9A 2Y7WA 1ZTYA 1XC1A 3TEPA 1A40A 3UP9A 5IAIA 1RYOA 1ANFA 4I1DA 2XXIA 4AQ4A 3FJ7A 3MPKA 1QUKA 3I6VA 5DYHA 2OBGA 5AA4A 1PBPA 2QRYA 4R74A 1NKXA 3L6HA 4NTLA 5B7DA 1ZBMA 2O84X 3KJTA 5FTHA 3TCFA 3BBRA 3T93B 4XKPA 5TP9A 4U4XA 4ND9A 3WAEA 3S2VA 4EQ7A 5CBSA 5HM4B 3QIMA 4FEBA 4GFRA 3TUSA 4TQUQ 2HCAA 5CMBA 2GH9A 4KQPA 3MWBA 2UVGA 3DP8A 4IO7A 3ILUB 4R72A 1N3WA 3HV1A 5ITPA 3P7IA 4I8CA 3TTMA 4MBPA 2O1LA 5IKBA 1YAEA 2ZYKA 4U1OA 4KFQA 4NF8B 2H9BA 2XXUA 1XOCA 3GBAA 3HCQA 4LQ2A 5B70A 1FTJA 1GR2A 4IO5A 3TCGA 2RC9A 4R6HA 4MH5A 4F2OA 4UACA 2NVUB 2F7CA 1AH5A 1URGA 1MY2A 1MPBA 2O7UA 3IB0A 4N13A 3EHSA 4OFOA 2E0SA 5J1DA 4AB5A 5KCJB 3PV0E 5BWJA 2W7YA 1NMUA 1Y3PA 3G3JA 1JVYA 1NFTA 3H3GA 5I58B 1HSLA 3VVDA 4ESWA 1JW4A 4KPTA 5I2KB 2UXAA 3KOTA 4E0XA 3PPNA 3UA8A 4MLQA 4U1ZA 3T9UA 3SEUA 3O66A 3H6WA 3N26A 1SW2A 2Y7IA 2ZYOA 5AA2B 1B32A 3Q25A 1IUDA 2AIXA 2I3WA 5JTYB 2DE2A 1SYIA 3CSBA 4PFTA 3K6UA 3VDFA 1B46A 1LLSA 1R9LA 4JDFA 5ELVA 3K2DA 1MY4A 4GVOA 4H0WA 3RTFB 4R2BA 2ZYNA 2QS2A 5I56A 1B3EA 1IEJA 4YKIA 1PB9A 4OYVA 2I48A 3M3KA 5LOMA 1HSEA 2PX1A 3I5OA 1FQDA 2VOZA 2B65A 2I4CA 4XIGQ 4EXLA 4XKNA 3G3IA 1MDP1 2IA4A 5AA4B 2I6EA 2KLFA 3DP4A 1IXHA 3ZKLA 1B2HA 1UTHA 1XHYA 4PQJA 2ZYMA 2Q88A 3VLUA 3UN6A 4C0RA 1II5A 3QXMA 4ZE9A 4NF4A 2X7QA 3FVNA 1SVXB 1LBCA 2A5SA 4RPOA 3MVWA 4ONYA 3VV5A 3KN8A 4JBZA 4ISUA 4RA1A 4U22A 3RTWB 3IR1A 3U8QA 2M8CA 3G3KA 4GOTA 3UK4A 1KWHA 4YU0A 1DPPA 2OZZA 4C1UA 2OK2A 2DS9A 4LZ8A 4K3FA 1YPNA 1MH3A 1B51A 2NXOA 1TT1A 3PU5A 4EQ9A 2HQ0A 2Z8FA 1LAGE 2CMOA 3RT8A 2Q8JA 4GL0A 3WAFA 1SI1A 5TU0A 3SESA 4GWOA 2NOOA 4ZDMA 1ZMGA 4JSDA 1JEUA 3T66A 1MQDA 1RKMA 5H8HA 4OFJA 3RQTA 1Y1ZA 3K0VA 3N5LA 3VFJA 4F1YA 4N6PA 3DP6A 3PD8A 3A3UA 4OQOA 3K00A 2REGA 4QHQA 4M1VA 3PGFA 3S9EA 5CRYA 5AE4A 4THIA 4R6YA 1MXXA 1TFDA 4DCXA 1FQAA 2WKYA 2Q89A 4EXKA 3Q29A 1FCKA 3OELA 2V3UA 3FASA 3UGWA 1OVTA 1LFIA 3KSXA 1SDXA 1OQHA 5H8FB 3T96B 1AMFA 1B0HA 1OQGA 3MQ9A 4I9DA 3IO6A 5L9SA 4PFWA 3C34A 2ONRA 4F29A 5HPQA 2RKMA 2I3VA 3OMBA 3V83A 3U1OA 1M5EA 2UYFA 1SW5A 1CB6A 5H8SA 3V89B 4ELPA 2QMWA 4GQOA 3KEIA 3OO7A 1GVCA 4G68C 4O3BA 3IB2A 2ABHA 2FNCA 4UA8A 3EN3A 4WEDA 1XS5A 5I2NA 4DIGA 5I56B 5ITOA 4BDMA 3IOWA 2RC7A 1QUJA 2X26A 2DOJA 4Q8RA 4QFPA 1H43A 2THIA 2HZLA 3MAMA 1JW5A 3MP1A 1FW0A 5KZTA 3TTNA 3OXNA 5JEIA 4LA9A 2GHBA 1UTHB 2O1MA 2Y84A 1BLFA 5CM6A 4G4PA 4ZEBA 1LB9A 4OWDA 3MVZA 1USYE 4R6KA 2H4IA 4NF4B 1SW1A 1Y4TA 1D4NA 4U2RA 1PEBA 3QSLA 3O97A 5F1QA 1MXUA 3KOSA 1BIYA 1VE4A 3G3HA 1T0KA 4ZEIA 4TLLB 4ZS9A 1S7YA 2I58A 3IAZA 1NH8A 1LB8A 4P0IA 3U93A 4EDPA 2YLNA 2F35A 4U21A 3AXFA 4BDRA 5K2XA 2VHAA 3O2AA 1LAXA 3PPOA 1NNPA 4LQ5A 4XTCQ 1B05A 3CG3A 1LCFA 4P0GA 2H99A 1IXGA 4JB7A 1A8EA 4IO2A 3H06B 4YKKA 4H6DA 3FD3A 5H8HB 3W9WA 1MXZA 4XKQA 4X9TA 2FYIA 2PT2A 2BJJX 4GRKA 3SETA 1MXYA 4BDOA 3OO8A 3SEXA 3O28A 4H67A 2HZKA 1NNKA 3SEVA 1B7HA 1Y9UA 4ZEKA 4ZE8A 5I59B 4NF5B 4RNSA 4IO6A 3DM0A 2DXYA 2RCAA 1F9BA 1LSTA 2H98A 2AYSA 2P2AA 1QKBA 3ECRA 3OEKA 3FIRA 1B40A 4DXUA 3PUXE 2RF1A 2I0BA 3FVGA 1UQWA 1AOVA 3IX1A 4X48A 3GLBA 1IXIA 4R75A 5FTIA 1ZJLA 4ZECA 2OWSA 1B3FA 4EF1A 2DWAA 4G8MA 4POXA 4GXSB 4O3AA 1B5JA 3CFLA 2AL4A 4Z7EA 1Q1KA 2Q2CA 1B7ZA 1PB7A 4F3SA 2XHDA 2IEEA 4ZEDA 1SBPA 3CVGA 3JV9A 4ECFA 3T9HB 4RK9A 2I4BA 1S9TA 4DLDA 2DXRA 3C32A 3VLWA 4QSEA 1P1WA 1B1XA 4JSOA 1MH4A 5I2NB 3V8XB 1MQHA 2V3QA 4ESXA 5TPAA 3HO7A 1TWYA 2QS3A 3W9VA 1ZU0A 3K1NA 3FUZA 4JXIA 3M3LA 5HBCA 3FXQA 3RGYA 5ICTA 5CBRA 3TTLA 4NEDA 1P1OA 1M5DA 5H8QA 3RN8A 3IK6B 2XX9A 1B4ZA 3KZGA 1PC3A 3K6XA 2P1SA 3O29A 4RYAA 2DVCA 5I57A 2V3TA 3V5AA 4NWDA 4AB6A 3H6VA 4L17A 4H8IA 2F7BA 5F7VA 2UVHA 1MXVA 3IORA 5AA1A 3VVEA 1FQFA 3T9XB 3KGCA 1D9YA 4IO3A 5L9MA 2OJTA 3MP8A 4BDQA 2XXQA 1B1HA 3DELB 5EHMA 2ZNSA 1ATGA 2XXTA 3HN0A 4F31B 5DVJA 3EHUA 5ICQA 4WKMA 1OIBA 3UORA 3PMWA 4PE5B 4FECA 2AL5A 4NMYA 3MZBA 3TCHA 3E9XA 3R7XA 2F7AA 3KSJA 2VGQA 2PT1A 1JW1A 5FHOA 4DXBA 1N7XA 1XT8A 3HHFA 2R71A 3K4UA 2A5TA 3FXRA 3HPIA 3TTKA 3TELA 4HCYA 1BTJA 4E0WA 1M5FA 4OFLA 3CFZA 4F22A 3IOVA 1MY1A 1YCJA 2V93A 1WVJA 1A7LA 3C4MA 4NE4A 1WDNA 1FQEA 2F97A 5TP9B 4G68A 4FIMA 3CSGA 2HFBA 5A5XA 2UYEA 1B5HA 3H03A 2VD2A 1TFAA 4ELQA 1MQJA 3FV1A 4YAHX 3D4GA 3H6UA 3H4ZA 4FAJA 2DE3A 4HTGA 3FJMA 4OERA 5FHMA 1PBQA 2QS4A 4IB2A 3QK6A 4DCYA 4LP2B 2XXHA 3IJXB 4H5FA 4ZZAA 3SDFA 4LUBA 4HCWA 3TQWA 3SEYA 2F6GA 2YJPA 3HSTA 2HAUA 4FATA 3C36A 3PMVA 3L6GA 3K6WA 3KN3A 2I0CA 2RINA 5TPAB 1OLCA 1B7UA 2YPNA 3EQ1A 3FVKA 4YICA 1IZ1A 2PMSA 5DEXA 3GZGA 1ZIUA 5L8DA 3TFLA 4MLVA 1B3GA 5M2VA 3G3GA 4BDNA 4POWA 1GTKA 3T22A 3CI8A 1MXWA 3K02A 2Z23A 4IO4A 1PB8A 2ZXTA 1IIWA 5AA3A 3EHTA 1MM7A 1Z7ME 5I57B 3VLVA 3R26A 3OD7A 1USYH 2F36A 4LONB 5EYFA 3DLNA 1B5IA 3PUZE 3MUQA 3T9VA 1Y3NA 1XVXA 1SD3A 3MZ1A 4KYSA 2O7IA 3QUJA 1VSOA 2XXXA 3FATA 1JETA 1ZLQA 2QMXA 3I3VA 5I84A 4IGRA 1FTOA 1S50A 3K1MA 3PUWE 2OWTA 3PD9A 2ESNA 1P1NA 4PETA 1AIVA 2B3FA 1EZPA 2ONKE 2Z8EA 1I6QA 2F5XA 2F78A 1B9JA 3S4UA 1B6HA 1A99A 1LFHA 3CG1A 1MM6A 2QS1A 4F18A 3MVYA 4G2ZA 2REJA 4PP0A 3O6IA 3JYRA 3VXBA 1Y4CA 1FTLA 2Z8DA 3MP6A 4OESA 2F6PA 1M5CA 4TLMB 3IL1B 4RXLA 3C35A 3LR1A 4X1DA 2ONSA 2H25A 1Q35A 4KR5A 2DE4A 3U94A 2G29A 1P99A 4OXVA 1ZKBA 5H8NA 1OVBA 4NF6A 1QUIA 2NUVA 1VFDA 5A5XB 5KCJA 3W15C 4OETA 3K01A 4DXCA 3GXAA 2VD3A 2ANJA 2Z22A 4RJZA 4WXJA 4YKJA 2O51A 2FA7A 4YMBA 1DPEA 1GV8A 4O3CA 1EU8A 5JK4A 4IY5A 1UIVA 3RLFE 4OEVA 1EH3A 2Y7PA 5KDTA 4F3BA 1FTMA 5K2YA 5ISUA 4QFLA 5AA2A 3OENA 4XKRA 1N76A 1SW4A 3SERA 1NNTA 4QFOA 5JTYA 3THIA 1UTBA 3RUMA 2QPQA 1GGGA 4PFYA 3IJOB 4QSDA 5CMMA 2RC8A 4R9GA 4G8NA 2Q2AA 4EUOA 5DEXB 1XVYA 3G3FA 3LSWA 1JVXA 1N7WA 3A09A 1O7TA 3PPRA 3BFUA 4P11A 5EHSA 1FQBA 3TDJA 4HS7A 4GLIA 3B6WA 3E4RA 4JWXA 3MJNA 2XD2A 3SKPA 1B58A 3B6TA 2PBWA 3ONMA 3TQLA 3TTRA 4LATA 1IITA 3C9HA 3IO4A 3OSQA 4ELRA 2Q9TA 2XD3A 3M3FA 4OHNA 2XXRA 3D4CA 4IY6A 1H3DA 3Q27A 2QSXA 2HAVA 1O63A 5CC2A 4I62A 1O64A 3IB1A 3MVXA 1I69A 3VXCA 3E3KA 3RNNA 3PPQA 2X7PA 3PPPA 2PYYA 4MF3A 1OMPA 5CMKA 3BFTA 4F1UA 3EF7A 1I6AA 1URSA 3RT6B 4OZ9A 4RY1A 1I6BA 1L5TA 4G77A 4Q0CA 4FE8A 3RPWA 3OEMA 1POTA 4GD5A 3N6UA 2GRVA 4IGTA 2F34A 2UVJA 3TODA 3MPLA 3U72A 3LSFB 4BLAA 4KCDA 3LSXA 5H8NB 4ZZEA 1H76A 4H8JA 4NF6B 2XXVA 1Y20A 1P1QA 3FZVA 1A55A 3O6GA 2OLBA 1IQ7A 1B3HA 4XXUA 3IOUA 3R6UA 3KG2A 4H1XA 1WODA 3UIFA 5H8FA 3USDA 1QW0A 1NL5A 2PVUA 5KDTB 2DVZA 1UIUA 3FGSA 2XX7A 3KFMA 3H7MA 4ELOA 3MC2A 4JWOA 2E1SA 4FORA 4Q30B 1N04A 1UTBB 1Y1MA 1EZOA 3F11A 4F39A 1QVSA 1MY0A 1P1UA 4F3PA 4LZ5A 2UVIA 3BKIB 2HEUA 1POY1 1LFGA 3FVOA 1Y3QA 4H65A 3PUVE 2DWHA 1SQYA 4YMAA 4PFUA 3QUFA 1QULA 3JZJA 3S9MC 3G7WA 3IOTA 2O68A 4DDDA 4R9FA 2I49A 2DWJA 1LCTA 4KD5A 1R1NA 4KHZE 3PUYE 4G8HA 1B4HA 4U23A 2ZMBA 3MZ9A 2D3IA 1N84A 3RY3A 1N0TA 4OEUA 2XXWA 1BP5A 3TZAA 4RK2A 1JEVA 1MG1A 2O69A 1A54A 5CMCA 4BDLA 3MW0A 4YB5A 1SYHA 1NH7A 1JQFA 1HSJA 1B3LA 1US4A 4OTEA 1US5A 1BKAA 2P0SA 1QJMA 4LVQA 5BUUA 3FJGA 4GL8A 1PDAA 1DMBA 4Q5TA 1D9VA 4OMBA 1QKAA 3N6TA 4GF8A 1H44A 3KN7A 1JNFA 2XXPA 4Z0IA 3TPAA 4YZZA 4DZ1A 4ZEFA 1MPCA 2GFEA 4FJPA 2V25A 3MBPA 5DVFA 2DQVA 3N94A 1CE2A 4QRZA 4QF9A 4DE8A 4N07A 1URDA 1R9QA 2Y7KA 3O9PA 5DT6A 3LC8A 2DSFA 3Q28A 4TOZA 1SI0A 3ZS6A 5H8QB 1N3XA 2XX8A 4LZ7A 1AL3A 3ILTB 1FTKA 1TXFA 1M5BA 4KYDA 2DP8A 2RCBA 5DVIA 1RYXA 4F2QA 5CI5A 4NWCA 3CR9A 2G93A 4YKPA 4QFNA 5I59A 4NF5A 1B0LA 1MRPA 1A8FA 2VP1A 2GHAA 2OCUA 2ZNUA 3LBSA 3TMGA 3QYTA 4F3GA 2XXYA 3PMXA 4HW8A 3C31A 1DSNA 3TYHA 2O6AA 5AA2D 3S9NC 3K6VA 3U92A 4H5GA 2D5WA 2R6GE 3LSLA 3EPEA 4KCCA 1R6ZA 4NF8A 1MY3A 1DOTA 3O6HA 3ZSFA 3H6TA 4F19A 2Y7RA 2H5YA 3OO6A 2HXWA 2A5TB 5L9OA 4GXAA 1D3KA 4M4GA 3OO9A 1MPDA 2ALUA 1LBBA 1NNFA 2NWJA 3CIJA 4U4SA 1YTVA 1LAFE 2QL3A 1B52A 1DTGA 3CRBA 4OVJA 4OENA 1MQGA 3CFXA 4F1VA 3VVFA 4G68B 3A3CA 2D21A 1Z7NE 3VE1B 4JWYA 2LAOA 3KJ7A 1LGBC 4X1BA 5I58A 1LAHE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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