2Y84A

Dntr inducer binding domain
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
DSFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp. dnt
molecule tags Transcription
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 63
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y84A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y84A02
4F1VA 1YCJA 1CE2A 2RC9A 1M5EA 4EDPA 3S9MC 1POTA 4Q5TA 1A54A 2HAVA 1GTKA 4XKQA 3S2VA 3IOVA 3SETA 5AA2A 5I2NB 1H45A 1USYE 3FASA 2H25A 5TP9B 4OZ9A 3EF7A 4YAHX 3S9LC 1H44A 2UYEA 2XXIA 4Z0IA 3U72A 1QKBA 1URSA 2XXWA 4OEUA 1HSLA 2AIXA 5KCJA 3RNNA 4GL0A 1QUKA 2DWJA 4KQPA 2E0SA 5LOMA 5I2NA 3T9UA 5L9SA 4YU0A 1NMUA 1QUIA 1Z7NE 1P1NA 3H3GA 5CMBA 4ZZEA 1NKXA 1QVSA 1ZJLA 4F3BA 1LBBA 1FTOA 2PT2A 4HS7A 4PFYA 1SI1A 5FHOA 2XXQA 1MS7A 2ANJA 2UVIA 2UVGA 1F9BA 2XXHA 1B46A 1IZ1A 3I6VA 4JSDA 1B5IA 4POWA 4RPNA 3IO6A 4E0WA 4HW8A 2I4BA 4PP0A 1QJMA 4GD5A 5H8NB 3IB0A 3PUYE 1FQCA 3MQ9A 4R2FA 4ECFA 3SDFA 4KR5A 1A8FA 4NF8A 4F22A 3MVWA 3RGYA 5HPQA 1AL3A 2XXYA 3C34A 1URDA 2D21A 5I84A 4QHQA 1FW0A 3BKIB 2I49A 4RPOA 2HCAA 2QS3A 4R6KA 4H6DA 3O9PA 1DTGA 3LSWA 3O66A 1B5HA 1I6BA 5DVJA 2UYFA 3PUXE 2GRVA 2RF1A 4WEPA 2Y7KA 3PPPA 3Q29A 3BFUA 1B3LA 5IKBA 3HV1A 1A7LA 1O7TA 2H4IA 4MLVA 1B5JA 4IO7A 1Q1KA 1HSEA 2XHDA 3D4GA 2XD2A 2NXOA 1ZLQA 2VP1A 3UK4A 4OFLA 3G3KA 3PPNA 3DELB 1M5BA 2VHAA 1S50A 3N5LA 2R9JA 4R72A 3RTFB 3RT8A 3IR1A 3K4UA 4Q30B 3G7WA 4EQBA 2V3UA 3IB1A 1LSTA 5DVFA 4NF6A 1BTJA 1B7ZA 5H8HB 4JWYA 3QXMA 3G3FA 4I8CA 3MP8A 4ELQA 4QFOA 2OJTA 3TMGA 2Y7RA 4U21A 1DPPA 3C9HA 1NL5A 2H5YA 5CBRA 3KJ7A 4LUBA 4GVOA 3JYRA 5FHNA 2HQ0A 3LSLA 4G8MA 5H8QA 2ZYNA 4ELPA 3PPRA 2PX1A 2UVJA 1VR5A 5K2XA 3IOWA 2OZZA 1JW1A 2B3FA 1SVXB 2UXAA 4DE8A 3M3FA 1IQ7A 1XHYA 4DDDA 1Y1MA 3O6IA 4ZEBA 3WAFA 1OQGA 3ZKKA 1OQHA 4FJPA 2VGQA 3IB2A 4BDQA 1SD3A 4ZE8A 1DSNA 3F11A 4G8HA 1MY1A 3IK6B 4R74A 4KHZE 3K2DA 1SDXA 1TFDA 3EHUA 1SQYA 4MFIA 4U1ZA 4KCCA 3V5AA 1MH4A 3CR9A 3MZ1A 1L5TA 3TPAA 4F18A 2ZNUA 4IO6A 3K00A 3K1MA 2F6GA 3G3IA 4PETA 3K1PA 2QS4A 3UORA 1QUJA 4BDOA 1SW2A 3GZGA 3N6UA 4IY6A 3U8QA 3VXBA 1FCKA 1B4HA 4POXA 5JK4A 5TPAA 3MW0A 2H9BA 3RN8A 1CB6A 4ZEDA 3CFZA 1P1OA 2F8DA 2OCUA 3EQ1A 5AA1A 3SESA 5IAIA 2QMXA 2O69A 3GXAA 3GBBA 1UIUA 3K6VA 1SYHA 5H8FA 5KCJB 4GQOA 3PU5A 4Q0CA 3OEKA 4QFNA 1GV8A 4LQ2A 1B0LA 1MDP1 3S4UA 3SEYA 4PFTA 2CZLA 3DP6A 4I62A 3CG1A 1MQJA 3FVGA 3A3CA 1OVTA 2HZKA 3SEUA 3FJ7A 4L17A 3U1OA 1MXYA 4OHNA 1LB8A 3TTKA 3MP1A 1EZ9A 2XXUA 2F6PA 1LAXA 5DVIA 1SBPA 1LGBC 1WVJA 4YKKA 3G3JA 1S7YA 5I2KB 1PBQA 2XXXA 3VLVA 1H76A 4KYDA 2O68A 1Y3NA 3GBAA 4H0WA 5FTIA 2YJPA 5CMCA 1TFAA 3CIJA 3K01A 3T9XB 4F39A 4MH5A 1UIVA 2QSXA 3RUMA 1B9JA 2F35A 3CSBA 4UA8A 5F7VA 1AH5A 2P1SA 3RLFE 4U23A 1B3HA 1I6QA 2I48A 4HTGA 4KD5A 1YAEA 2H98A 3OO6A 1XOCA 3Q26A 4YB6A 1R1NA 4NMYA 4FORA 3B7DA 3KOTA 1FTLA 2ESNA 1MXZA 4IGRA 2A5SA 1JEVA 4QSCA 3D4CA 1HSJA 3TTNA 2XXTA 5L8DA 3E13X 3ONMA 2ABHA 1DTZA 1TXFA 3OEMA 1UQWA 2I3WA 3K1NA 1FTMA 3V89B 1MQIA 4RJZA 1FQAA 2X7PA 3FV2A 4OXVA 5AA3A 5B70A 4WEDA 1LCTA 3TKDA 4NEDA 2Y7WA 4X9TA 2DE3A 3R26A 4IGTA 2DWHA 4ZE9A 2A5TB 2Q2CA 3BFTA 1IEJA 3OMBA 1MXVA 2X7QA 4QRZA 4RK2A 2QJEA 4E0XA 5I56A 1MQGA 4KYSA 4NF6B 3AXFA 1AIVA 1I6AA 2FYIA 3VV5A 4QFLA 3Q28A 1NNFA 3SERA 5JTYB 4LVQA 4GIZA 1GGGA 5DTBA 3C32A 3H6TA 5CBSA 3CFXA 2O1MA 4IY5A 1J1NA 3G3HA 4AQ4A 2DWAA 4BLAA 1O64A 3PD8A 4U4XA 4YICA 4GL8A 4C1UA 3R6UA 5ICTA 5AA2D 1VSOA 3FVKA 3DLNA 3A3UA 3MZ9A 3VLUA 1AMFA 4OMBA 4KFQA 3L6GA 1EZOA 4F1UA 2OLBA 3EHTA 3LSFB 3TCGA 1OVBA 2ZNTA 3QUFA 4IO4A 3TEPA 3FGSA 1AOVA 2H99A 1EU8A 1ATGA 1B32A 1JVYA 3U94A 4NWCA 4I1DA 1IITA 5HM4B 4LA9A 3VFJA 1N76A 2DYXA 3MUQA 3FXQA 2DXRA 1R9QA 3PV0E 4KYEA 4F19A 4YMAA 1Q35A 4ZECA 1FQDA 3FATA 4F2QA 3K6WA 1Y3QA 1OMPA 4N07A 2QS2A 5DT6A 1LBCA 5H8HA 3TQLA 1D9VA 2O84X 3CI8A 3FD3A 3O28A 4LONB 3H7MA 1JW4A 2AL4A 4R2BA 2RCAA 4TLMB 4YB5A 3T22A 4F3GA 5KZTA 1MQHA 4GWOA 3LR1A 3IL1B 2DE2A 1XS5A 3PUVE 4H1XA 4ZS9A 5K2YA 4F31B 4H8IA 4ZZAA 2DSFA 3Q25A 1BP5A 5CC2A 3EPEA 4PFUA 4XTCQ 3VLWA 1UTBB 3FZVA 3B6QA 1MH3A 3TAJA 4RK9A 3T9HB 4QFPA 1P1QA 4FIMA 4ZEFA 1TT1A 4YB7A 3W9VA 3O6GA 2Z8FA 4C0RA 1Y9UA 4DZ1A 2E1SA 1QULA 4HCYA 2ZMBA 4XKRA 5I56B 4MLQA 1MG1A 4U4SA 1Y4TA 2AYSA 1LAGE 1MRPA 1D4NA 4MBPA 5KDTA 5EYFA 1P1UA 4ONYA 5DEXA 5I57A 1BIYA 2DP8A 3ZKLA 3TDJA 2GHAA 2X26A 4FEBA 2UVHA 5DYHA 3TCHA 1ZTYA 2QRYA 1B1HA 1FQFA 3VXCA 4F3SA 1A99A 1Y3PA 1N84A 2WKYA 3FXUA 3R7XA 2V93A 1N7XA 2QMWA 1IUDA 1B0HA 1NH7A 1MPDA 3C33A 3LUYA 3O29A 2ALUA 3OOAA 3OO8A 2OWTA 4FAJA 3HN0A 3RPWA 3FXRA 4R73A 4NF8B 5AA4B 3IOTA 4JB7A 2REJA 3H6UA 4GXSB 4H5FA 1NH8A 2XXVA 3MPLA 4WXJA 3ZS6A 3EN3A 3OO7A 5A5XA 3VVEA 1DMBA 1B05A 2YPNA 3KSXA 4JDFA 4U2RA 1T0KA 1I69A 2D5WA 3FJGA 1SW1A 4EQ7A 2KLFA 3E4RA 3H4ZA 2LAOA 1MXWA 4IB2A 3PPOA 5I2KA 4RY1A 1MXXA 4OFJA 1MM7A 5BUUA 1SW5A 1RKMA 2I6EA 3ZSFA 3ECRA 1LAHE 3C31A 4NF4A 5H8FB 2Z8DA 4XKNA 4H8JA 3ILTB 1LFIA 3KJTA 1US4A 4PFWA 3TTRA 2F5XA 1JQFA 2DQVA 2PMSA 1B3FA 4ZEIA 2VD2A 4DXCA 1KWHA 4GXAA 2RCBA 4HCWA 2I58A 5H8QB 1GR2A 4P11A 1MM6A 2Y7IA 1B4ZA 4G68A 3FJMA 1FTJA 4EXKA 2HEUA 3MZBA 3MVYA 3RY3A 3M8UA 1UTBA 3BBRA 5AA2B 3TCFA 1EZPA 2HZLA 2OK2A 4H67A 4YKJA 4LZ7A 1ZBMA 3N94A 1B1XA 4DCXA 3LBSA 3ILUB 3OSQA 3T93B 4OWDA 3PD9A 1URGA 4XKPA 5ELVA 3UA8A 4YMBA 4U22A 1B58A 1B2HA 1B6HA 3L6HA 2GHBA 3OO9A 3QAXA 3MJNA 3B6WA 3KN3A 4QSDA 4DLDA 3PUZE 1OLAA 1N3XA 5CMMA 1A8EA 3CSGA 1LLSA 4N6PA 1BKAA 1OLCA 4R9FA 2NOOA 3DM0A 4C1TA 3KSJA 2PVUA 4X1BA 2Q89A 1ZMGA 2F78A 4X48A 1ZIUA 1MY2A 3UN6A 1D9YA 4QF9A 4EXLA 1ZKBA 5H8SA 1NNPA 2FA7A 3PMWA 4KI0E 4H5GA 4NF5B 1R6ZA 3PPQA 4PE5B 3SEVA 1Y4CA 1NNKA 3C4MA 4LQ5A 5I59A 3TUSA 1DPEA 2O1LA 3MWBA 3U93A 2OBGA 4LZ8A 3MC2A 4GOTA 1BLFA 4K3FA 3KBRA 4NWDA 5M2VA 2Q88A 4GRKA 3CVGA 2GFEA 2I4CA 4LZ5A 3KEIA 2RKMA 1OIBA 1PB7A 3IO4A 5HBCA 1N0TA 2DWIA 2QPQA 1QKAA 2FNCA 2I3VA 2QS1A 3FUZA 5FHMA 1B7UA 1DOTA 1PDAA 2R6GE 4G77A 3H03A 2Z22A 2ZYKA 2I0CA 3KGCA 4H65A 1WDNA 4G68C 4OENA 4OFOA 4R75A 5I58A 2BJJX 3TTMA 4WKMA 2V25A 3O2AA 4ZDMA 1JVXA 1M5DA 1O63A 5L9OA 2NWJA 3SKPA 4QSEA 2YLNA 3MVZA 4FEDA 3TYHA 2DVZA 4G68B 3SEXA 2V3TA 3QSLA 3RTWB 2ONSA 3UGWA 2XX7A 3ODBA 2ZYMA 3LC8A 2O7UA 4P0GA 4OETA 3JV9A 3I5OA 1QW0A 1M5FA 1SYIA 2IEEA 3OXNA 1EH3A 2NVUB 1LCFA 2NUVA 2THIA 4IO5A 2Y7PA 2ZYOA 4M1VA 3T9VA 1Y20A 5AE4A 2REGA 1UTHA 2F36A 4JWOA 4RXLA 2HXWA 3H6VA 1PC3A 3KN7A 1N3WA 4ISUA 3WAEA 4OEVA 2Q2AA 2RC8A 3FV1A 4OERA 2DS9A 5CI5A 5TU0A 3TZAA 3T96B 1XVXA 2P2AA 2Y84A 5EHSA 3W15C 3T66A 5B7DA 1H43A 2DOJA 2XX8A 1JEUA 3TQWA 1PB9A 3E9XA 2XXPA 3M3KA 1UTHB 3HCQA 3LSXA 3TTLA 4FATA 4IO3A 3GLBA 3IJXB 3S9EA 3HHGA 4QFKA 5H8NA 3V83A 1RYXA 2AL5A 3H6WA 3OSRA 1GVCA 3VVFA 4EQ9A 3TELA 2OWSA 4N13A 4JXIA 2XD3A 3MBPA 3M3LA 5CMKA 1IXIA 2F7CA 3W9WA 4F29A 2B65A 3OD7A 3THIA 5ICQA 3H06B 3IX1A 5KDTB 1MPCA 5ISUA 3B6TA 4G2ZA 2D3IA 2V3QA 4OYVA 2XX9A 5I57B 4PQJA 1YPNA 2CMOA 2VOZA 3MP6A 3O97A 1B40A 3QUJA 3DP8A 5DEXB 3KOSA 3QK6A 4ELOA 1SW4A 3QIMA 5ITOA 5TPAB 2PT1A 2F97A 4OQOA 2P0SA 5A5XB 4XIGQ 1FTKA 4P0IA 1MQDA 5TP9A 4X1DA 1LFGA 2F7BA 2G29A 3PMXA 4ZEKA 1B3GA 4OESA 4DIGA 3V8XB 1MPBA 3E3KA 2RC7A 3FVOA 1IXHA 2ONRA 3FIRA 4EF2A 2Q9TA 2HFBA 3G3GA 2VD3A 3HPIA 3SEWA 3KZGA 1ELJA 1XC1A 3KG2A 4JWXA 3UIFA 1II5A 1YTVA 4F3PA 5I59B 3A09A 3O6HA 4R6YA 1XT8A 3N6TA 4XXUA 2I0BA 2Q8JA 3VVDA 2DXYA 2GH9A 5J1DA 3K0VA 1B51A 4F2OA 1LAFE 4G4PA 4NE4A 4RNSA 3TODA 4BDRA 1JNFA 4UACA 3CRBA 4FE8A 4ESXA 1M5CA 3RQTA 1LB9A 1WODA 3OELA 3HHFA 4R9GA 2W7YA 4TOZA 1A40A 4BDLA 3TFLA 4YKIA 1TWYA 2M8CA 2V84A 4GFRA 4MF3A 4OTEA 4ELRA 4U1OA 1LFHA 1MDQA 4GF8A 4RYAA 4BDMA 1RYOA 3IJOB 3VDFA 1B7HA 5I58B 2ONKE 4I9DA 4G8NA 4Z7EA 1NNTA 1B3EA 3PUWE 2Z23A 1JETA 4BDNA 1S9TA 2B3BA 1FQBA 3FVNA 1JW5A 2PYYA 3PMVA 1VE4A 1VFEA 2DE4A 4O3AA 1N04A 4R6HA 2G93A 5F1QA 3K6XA 1IXGA 3K6UA 3U92A 4JBZA 1MY0A 1SI0A 3CFLA 3JZJA 4ND9A 4O3BA 4TQUQ 5CRYA 4DXBA 4YKPA 3K02A 3IORA 3MAMA 4DCYA 1Z7ME 2O6AA 3KFMA 1VFDA 1NFTA 3IOUA 3Q27A 4THIA 4AB5A 3S9NC 4FECA 1MY4A 1P99A 4AB6A 1MXUA 5JTYA 5CM6A 2IA4A 3UP9A 3C35A 1A55A 2Z8EA 1POY1 4M4GA 3DP4A 4ESWA 4F1YA 5JEIA 4EF1A 3QYTA 4NTLA 3PGFA 3C36A 2O51A 5BWJA 1PEBA 1US5A 2ZNSA 3MPKA 4IO2A 4DXUA 2A5TA 1USYH 4LATA 5EHMA 3HSTA 4NF5A 1XVYA 1IIWA 3VE1B 4JSOA 1Y1ZA 2ZXTA 3MVXA 5L9MA 1PB8A 4LP2B 4NF4B 2F7AA 1FQEA 1ANFA 1N7WA 2R71A 1PBPA 4KCDA 2F34A 4KPTA 5AA4A 4GLIA 3HO7A 3RT6B 4EUOA 1IXCA 4OVJA 1MY3A 3IAZA 4O3CA 1B52A 1H3DA 4YZZA 3CG3A 4Q8RA 2DVCA 2PBWA 1ZU0A 2HAUA 3I3VA 3P7IA 4TLLB 5ITPA 3N26A 5FTHA 1R9LA 2XXRA 2O7IA 2RINA 3EHSA 3KN8A 4RA1A 3USDA 2QL3A 1D3KA 3OENA 1P1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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