3MZBA

X-ray structure of nika in complex with the doubly hydroxylated iron complex, 1-o2
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mzbA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mzbA01
1Y9UA 3OO7A 1BTJA 3UK4A 5B7DA 3VLWA 2H4IA 1NMUA 3KN8A 1B3GA 1FQDA 1OMPA 3IJXB 2ZYOA 2DOJA 4GL0A 2O84X 2V3TA 1R6ZA 4P0IA 3LVUA 4DE8A 1ZJLA 1VSOA 4F29A 3IOWA 1QUJA 2ZMBA 3WAEA 3PPPA 5F7VA 4NF5B 4WEPA 1N3WA 1FQAA 3ECRA 4EXKA 5BUUA 3IOUA 3O97A 3RT6B 5EHMA 3MPLA 4OESA 3LUYA 3FVNA 4RPOA 3VLVA 2OLBA 1HSLA 1P1UA 1OQHA 3TCHA 3ZSFA 4R75A 1P1WA 4NF4B 3T9UA 3KSJA 1ZMGA 1AIVA 1D9VA 3A3UA 5TP9B 2QJEA 4GWOA 2PT2A 5JEIA 4NMYA 4PE5B 3U93A 4IGRA 3HN0A 1JEVA 1VFDA 3KJTA 1EZOA 5BWJA 2P2AA 2F6GA 1S7YA 3SEYA 4FJPA 3W15C 4ZEBA 3IO6A 3IB0A 3C4MA 1EH3A 4LZ5A 3LSFB 5AA2A 3Q29A 1LLSA 1MDQA 4KYEA 1LFGA 3C35A 4U1OA 3VFJA 5I2NB 2WOLA 3IL1B 4FEBA 4M1VA 2F35A 4GXSB 5HBCA 5HM4B 3SEVA 1Y3QA 5IKBA 4KPTA 3RY3A 2Q9TA 4RY1A 4XKRA 4DXCA 3TCGA 4F18A 3PPRA 4TLMB 5KDTB 4OQOA 1LCFA 1J1NA 3CSBA 4LATA 3FXUA 4H67A 1B2HA 3OSQA 1XC1A 1DPEA 3RLFE 3T22A 2OWSA 1MM7A 2DS9A 4OETA 1B5JA 3G3KA 3MW0A 3SEUA 3MQ9A 4ZE8A 1B3EA 2HQ0A 2UVJA 3G3JA 1GR2A 3SEWA 4X1BA 4H5FA 3G3FA 3K1PA 1N84A 2PT1A 1QUIA 1JVYA 4F1VA 3PMWA 2XXXA 4G8NA 4MBPA 3FGSA 3H6TA 4R73A 5K2XA 2F7BA 2H98A 2Q88A 5CMKA 5I57B 4ELPA 2QS3A 1SDXA 4G2ZA 2HAVA 3TEPA 3BFUA 4U1ZA 1MPDA 1MQHA 4OENA 2AIXA 2OCUA 3TELA 3DRJA 3EHSA 5ITPA 1ATGA 4OMBA 1LSTA 2XXQA 1N7XA 1MQJA 2NWJA 3BFTA 4YMBA 3V89B 1SD3A 2A5TA 4ESWA 3C36A 1H3DA 4LQ2A 1CE2A 4H0WA 5J1DA 2XXVA 3OEMA 3H6UA 3MAMA 3H3GA 5H8HA 3IB1A 4TLLB 1MY0A 3KSXA 3CIJA 3MZ1A 1RYXA 4GLIA 3TUSA 5TU0A 4MLVA 1ZBMA 2Q8JA 2XD2A 1RKMA 2PBWA 1UQWA 4IY5A 2AL4A 4YMAA 5I57A 1SI0A 3QIMA 3ZKKA 2Z23A 1Y4CA 1NH8A 3THIA 2Z8FA 1OVTA 3K1MA 3DRGA 2QRYA 3G3HA 4ZECA 4ZS9A 1FQFA 5DTBA 2G29A 5CMBA 5DYHA 4C1TA 3G7WA 1MPBA 1TWYA 3I5OA 3PUZE 2I0CA 1S9TA 5LOMA 4F22A 3O6PA 3PGFA 4JSDA 1JW5A 5FTHA 3R26A 2DWAA 2V3UA 3DRIA 3FIRA 1I69A 5DVFA 4DLDA 1POTA 2F8DA 2I3WA 4OYVA 3TFLA 4R2BA 3B6QA 3RUMA 5I59B 1POY1 4JDFA 4Z0IA 3TDJA 1FQBA 2VHAA 2QL3A 3IOTA 2XX7A 4JSOA 1B3FA 2B4LA 1B52A 2NOOA 2XXRA 3FV1A 5A5XB 1XVXA 2GHBA 2OJTA 1LB9A 2B65A 3C9HA 3EN3A 4KR5A 1MQDA 2V93A 2YJPA 3S4UA 4ELRA 4BDMA 4ZZAA 4F2QA 1VR5A 3MVWA 2DQVA 2HFBA 1Y3PA 2DE3A 2QSXA 4E0XA 4EQ7A 4ND9A 2AYSA 5I2KB 3O66A 3SDFA 1P1OA 5HPQA 1PDAA 1M5BA 1EZPA 4IO7A 3CFXA 5I58B 1M5FA 1PB9A 4BDLA 2HZLA 3QK6A 5TPAB 3BKIB 2KLFA 5I59A 3ILTB 4IO4A 3U94A 1B4ZA 1JVXA 4DCXA 1ZIUA 4NF8B 5DVIA 2O7UA 1Y4TA 5CBRA 3PPNA 4ELOA 4H8IA 3RTWB 4DDDA 4ZE9A 4BDOA 2FYIA 3UORA 2X26A 3KEIA 3FVOA 2F7AA 2B4MA 4L17A 1MXZA 4UACA 2I4CA 1O64A 1LBBA 5I2KA 2ABHA 4P0GA 3VXBA 4EQBA 3OOAA 4ZZEA 2RC8A 4R6YA 5I58A 3CG1A 5IAIA 1NKXA 1LBCA 1NNKA 4F3PA 1CB6A 4R2FA 1B6HA 4RXLA 1ZTYA 4IY6A 4GL8A 3CFZA 3ZKLA 1PBQA 5I84A 4F3SA 1XOCA 4NF8A 3IAZA 1ZU0A 3FXQA 5B70A 1L5TA 4P11A 1S50A 2WOPA 4DZ1A 3FASA 3E3KA 1EU8A 1P1NA 3G3GA 4G68A 2DE4A 4NF6B 4H1XA 3Q28A 3PD8A 4O3AA 4LZ8A 1B40A 3RT8A 1VFEA 2FNCA 4U23A 3TODA 1MPCA 4G4PA 3KG2A 4FATA 2UXAA 4R9FA 3PMXA 1JETA 2W7YA 3FATA 3IB2A 4HS7A 4OWDA 4ELQA 5H8SA 2I3VA 5CMCA 3LSXA 3S2VA 1JW1A 3T66A 1MQGA 3SETA 4H65A 2BJJX 3UGWA 2ONRA 2CMOA 4MH5A 5FHNA 4ONYA 2THIA 3OO8A 1D9YA 1IUDA 4OZ9A 4NWDA 1Y1ZA 2ANJA 3Q25A 1DTZA 1NNFA 3LBSA 1A54A 2OBGA 1FTKA 2QS1A 1QUKA 2HZKA 2DVZA 2Y7RA 4WEDA 2IA4A 1M5CA 3HSTA 4M4GA 3H03A 1YAEA 3G3IA 4ECFA 1MRPA 3HPIA 1WODA 3KN3A 2ALUA 3MBPA 3Q26A 1B1HA 5EHSA 2R6GE 2VD2A 2HEUA 2P1SA 4OTEA 3R6UA 4U22A 1I6QA 1Z7ME 3KZGA 4YKIA 3FVGA 3V5AA 1SW5A 4NF5A 3O2AA 2REJA 4KHZE 2ZXTA 1N7WA 3PAMA 1SI1A 4JB7A 1USYH 3TMGA 3CG3A 2R71A 4HCYA 1IEJA 3PD9A 4H6DA 3MZ9A 2QS2A 4F1UA 1DSNA 1DTGA 1M5DA 3TTMA 1LFHA 1JEUA 4RYAA 4NF4A 5K2YA 2NXOA 5TP9A 2DWIA 1UTHB 1B3LA 1MY4A 1QULA 1OLAA 2UVHA 4QSEA 3H6VA 3E9XA 1SW1A 1H76A 4R9GA 2B3FA 3N5LA 4OEVA 2I48A 4KCDA 3OENA 1N3XA 1B1XA 4LP2B 4I1DA 4ZEIA 4KQPA 4TQUQ 4FE8A 3DP4A 4NEDA 3H6WA 4ZEDA 4JWXA 4PFUA 2O1LA 3ONMA 2XXWA 2DXRA 1BLFA 3EHTA 5I2NA 1XS5A 3SERA 3U8QA 4LVQA 2VD3A 1JNFA 5M2VA 4IO5A 5F1QA 2P0SA 2Q2CA 4XTCQ 1IZ1A 5CM6A 3DM0A 5CBSA 2X7PA 3TTRA 3GBBA 1EZ9A 1MXYA 2UYEA 5ICQA 2O51A 5KDTA 1A8FA 5CC2A 3OXNA 2RF1A 3ILUB 4OFJA 4POWA 1OVBA 3S9EA 4JWYA 2A5SA 1UTHA 4F39A 3VXCA 5CRYA 4XKQA 3VLUA 2DXYA 2H9BA 3CHGA 2WKYA 3KGCA 1NH7A 1IQ7A 1H43A 3I6VA 2H5YA 4WKMA 1LCTA 1QKAA 3PV0E 3HV1A 4AQ4A 3CI8A 3VE1B 3T96B 4G8MA 2Y7PA 4XKNA 3DELB 5H8NB 1A40A 3PUWE 4GD5A 2REGA 4QFPA 4U4XA 2RKMA 1TXFA 4YB7A 1US4A 1Y3NA 3M3FA 3OELA 1OIBA 1UTBB 1PB7A 4RK2A 2HAUA 4DCYA 3IJOB 1D4NA 3C34A 1BIYA 4GOTA 1JQFA 5L9OA 1US5A 4F31B 2RCAA 1NNPA 3IK6B 1TT1A 4HCWA 1MY3A 2ZNTA 3CR9A 3MUQA 2F6PA 3M3LA 4QRZA 4Q5TA 3RQTA 5DEXB 3SEXA 3MZBA 3OMBA 4QSCA 1BP5A 1PBPA 3KFMA 3UA8A 5DVJA 2F36A 3TZAA 4UA8A 2F97A 1B4HA 1JW4A 1B58A 3O6IA 1IXIA 4R72A 4H5GA 2Y7KA 2X7QA 4LQ5A 4YKKA 1UTBA 4EF2A 1SVXB 2ZNSA 4I9DA 1MXWA 3DRHA 4N13A 4EF1A 4U4SA 3K00A 3I3VA 4JWOA 1F9BA 4Q8RA 2XXHA 4FORA 1AL3A 5L9SA 5FTIA 3RNNA 1FTOA 3L6HA 1BKAA 4JBZA 4IO3A 2RCBA 4QFLA 2CZLA 3K4UA 1Z7NE 5DEXA 3RTFB 2O1MA 4YKPA 2Q89A 4OEUA 2RC9A 4MFIA 1NFTA 1B7UA 4OVJA 1PEBA 3K1NA 3MVXA 1Y1MA 4R6HA 4FECA 5KZTA 1AMFA 2Z8DA 4YU0A 1FTLA 3C32A 4GQOA 3MVZA 1B3HA 1P99A 1I6AA 2XHDA 3DRFA 5AA4B 3QSLA 2D5WA 5A5XA 2NUVA 2AL5A 3JV9A 3UN6A 2XX8A 1MH3A 1A99A 4GIZA 4RNSA 3T9HB 3PPOA 1MQIA 1MG1A 3N26A 1H44A 3K6VA 3UP9A 2XX9A 1ZLQA 2ZYMA 4XXUA 1MY1A 1TFDA 3TTLA 1GVCA 3FJMA 4LA9A 3MWBA 4G68C 3IX1A 3KN7A 4QSDA 4PETA 2I49A 5TPAA 3B6WA 3C31A 3TTKA 3PUXE 2RC7A 3DP6A 5JK4A 3W9VA 2PYYA 2V3QA 3Q27A 3FXRA 3PPQA 1YPNA 3H4ZA 3GXAA 1MH4A 5DT6A 1B9JA 4PFWA 4KYSA 2OWTA 5H8QB 4F3BA 4KCCA 3K2DA 1XVYA 1A8EA 5FHOA 3U92A 3KOTA 3LC8A 3PUVE 3KJ7A 3FV2A 2G93A 2RINA 3IOVA 3IR1A 3LSWA 4XIGQ 4U2RA 4GVOA 2DWHA 3OO6A 2O69A 3IO4A 2HXWA 4BDRA 2DP8A 1UIVA 2H25A 3SKPA 3K6XA 1IIWA 1FTJA 1HSJA 2XD3A 1B05A 1GGGA 1B5IA 4OFLA 4KI0E 3D4GA 2E1SA 5FHMA 1MS7A 4I8CA 4QFNA 3QUJA 3VVFA 5AA2B 4KD5A 3USDA 2I0BA 3O6HA 3FJGA 4QHQA 2V84A 1Q35A 2UYFA 3D4CA 4C0RA 1QJMA 2PVUA 1IXGA 3MP6A 4PFTA 3TQLA 1IXCA 5H8QA 3K6UA 2XXUA 3N94A 3U1OA 4NF6A 2V25A 5EYFA 4ESXA 3S9MC 3RN8A 4FIMA 2FA7A 3N6UA 2ONKE 1B5HA 3RGYA 3FTOA 4K3FA 1FQCA 4Q0CA 3HCQA 3WAFA 1LAGE 3MPKA 3T9XB 2F34A 1VE4A 4EDPA 2IEEA 3AXFA 3K02A 4IO6A 4GXAA 1ANFA 4F2OA 2OK2A 2DSFA 1Q1KA 1PC3A 3FJ7A 2PMSA 4HTGA 5AE4A 4YICA 3GLBA 4BDNA 5ISUA 3DLNA 1FTMA 4RJZA 4TOZA 4WXJA 4KYDA 1SYIA 5L9MA 2DYXA 2HCAA 4EUOA 2GHAA 3GBAA 5JTYB 3VVEA 2VGQA 1O63A 3QYTA 3OO9A 1O7TA 1YTVA 1II5A 1MXUA 3RPWA 2QPQA 5ITOA 3HHFA 3B7DA 1WDNA 3CSGA 1UIUA 4X48A 4H8JA 5AA3A 3V83A 1DPPA 1B7ZA 3T9VA 2Y7WA 1MXXA 1SYHA 4N07A 2A5TB 3E13X 3QUFA 3S9NC 2OZZA 1URGA 1DOTA 1SW2A 5CMMA 5H8HB 3TQWA 1YCJA 2NVUB 4THIA 1URDA 4YKJA 1WVJA 3H06B 5CI5A 3W9WA 3O6GA 1NNTA 4AB6A 4NWCA 3TTNA 4E0WA 3RYBA 3A3CA 1GV8A 1MXVA 2VP1A 3P7IA 5JTYA 1OQGA 1B32A 2YPNA 1T0KA 3FUZA 3S9LC 2GH9A 3O28A 4LUBA 3HHGA 4F19A 1TFAA 1LB8A 4F1YA 4ZEFA 3QXMA 4LZ7A 4FAJA 1IXHA 2D21A 3TYHA 1HSEA 4NE4A 4RK9A 3MP8A 5AA2D 4OERA 1N0TA 3K0VA 3R7XA 2QS4A 4EQ9A 1M5EA 4HW8A 1R9LA 1SW4A 2F5XA 2B3BA 1LAHE 2GRVA 3CFLA 1XHYA 3OEKA 4I62A 3UIFA 4MF3A 4G8HA 2ONSA 3HO7A 4BLAA 2I6EA 1KWHA 2YLNA 3CRBA 4Z7EA 5ICTA 1ZKBA 3EF7A 1LGBC 4YAHX 1N76A 4KFQA 2Z22A 4LONB 4R6KA 1B51A 3K6WA 4OXVA 1URSA 3O9PA 2F7CA 3K01A 4DIGA 4POXA 2I58A 1ELJA 1FW0A 2DVCA 2R9JA 2Q2AA 3A09A 3BBRA 4MLQA 3MP1A 5H8NA 3T93B 4ZDMA 4G77A 2ZNUA 3VDFA 3DRKA 2Y84A 2ZYNA 1QW0A 1RYOA 2F78A 3OSRA 3LR1A 4O3CA 4AB5A 1P1QA 3LSLA 2I4BA 1USYE 5ELVA 4GF8A 4OFOA 1LFIA 2D3IA 3O29A 3C33A 5KCJB 2XXYA 3PMVA 1QVSA 4PP0A 4YB6A 4DXUA 2PX1A 4QFOA 4GRKA 2Z8EA 3ZS6A 4QFKA 1AOVA 4XKPA 3JZJA 1B7HA 2WOKA 1H45A 2O68A 1Y20A 4F3GA 1OLCA 4GFRA 1MM6A 1A55A 3TPAA 2UVGA 5H8FB 5I56B 3M8UA 2ZYKA 3IORA 4RA1A 1N04A 3TAJA 3FVKA 1DMBA 3H7MA 4U21A 3EQ1A 4RPNA 1LAXA 2DE2A 3B6TA 2XXTA 3SESA 2O6AA 1FCKA 2XXIA 2H99A 3DP8A 2M8CA 3TKDA 3JYRA 3L6GA 3KOSA 3V8XB 1FQEA 1I6BA 1A7LA 1B46A 3F11A 5KCJA 4X1DA 1MY2A 3U72A 3GZGA 4QF9A 1GTKA 1NL5A 3MVYA 3N6TA 4IB2A 4N6PA 3EHUA 4OHNA 5L8DA 2VOZA 3ODBA 4IO2A 3KBRA 2LAOA 4ISUA 5H8FA 1SQYA 1MDP1 1B0HA 4G68B 4IGTA 5I56A 2O7IA 3FZVA 3PUYE 4EXLA 2ESNA 4R74A 2QMXA 2QMWA 1AH5A 4X9TA 4DXBA 3VVDA 2XXPA 1SBPA 1XT8A 4JXIA 1R9QA 3MC2A 1LAFE 1PB8A 2Y7IA 4PFYA 3OD7A 2GFEA 3TCFA 5AA4A 4NTLA 1D3KA 4BDQA 4YZZA 4YB5A 3M3KA 5AA1A 4C1UA 3VV5A 3QAXA 4PQJA 3CVGA 1B0LA 3E4RA 3RYAA 4Q30B 2UVIA 3FD3A 3PU5A 2DWJA 2E0SA 1R1NA 4ZEKA 1IITA 4FEDA 3MJNA 1QKBA 4O3BA 3EPEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y9UA 3OO7A 1BTJA 4MNCA 3UK4A 5B7DA 3VLWA 2H4IA 1NMUA 3KN8A 1B3GA 1FQDA 1OMPA 3IJXB 2ZYOA 4N6KA 2DOJA 4GL0A 2O84X 5F24A 2V3TA 2VT5A 4O7IA 1R6ZA 3FBPA 4P0IA 2V4CA 3LVUA 4DE8A 1ZJLA 1VSOA 4F29A 3IOWA 1QUJA 2ZMBA 3WAEA 3PPPA 5F7VA 1EYIA 4NF5B 4WEPA 1N3WA 1FQAA 1FPGA 4P3LA 3ECRA 4EXKA 5BUUA 3IOUA 3O97A 3RT6B 5EHMA 3IFCA 3MPLA 4OESA 3LUYA 3FVNA 4RPOA 3VLVA 2OLBA 1HSLA 1P1UA 1OQHA 3TCHA 3ZSFA 4R75A 1P1WA 4NF4B 3T9UA 5J16A 3KSJA 1ZMGA 1AIVA 1D9VA 3A3UA 5TP9B 2QJEA 2KQZA 4GWOA 2PT2A 5JEIA 4NMYA 4GX3A 4PE5B 3U93A 4IGRA 3HN0A 1JEVA 1VFDA 3KJTA 1EZOA 5BWJA 2P2AA 2F6GA 1S7YA 3SEYA 4FJPA 3NOHA 3W15C 4ZEBA 3IO6A 3IB0A 2Q74A 3C4MA 3LUZA 1EH3A 4LZ5A 3LSFB 5AA2A 4OVQA 3Q29A 1LLSA 4MNPA 1MDQA 4KYEA 1LFGA 4MEVA 3C35A 3T0JA 4U1OA 3VFJA 5I2NB 2WOLA 3IL1B 4X8RA 4FEBA 4M1VA 4NG7A 2F35A 4GXSB 5HBCA 5HM4B 3SEVA 1Y3QA 1Q9DA 5IKBA 4KPTA 3RY3A 3IFAA 2Q9TA 4RY1A 4XKRA 4DXCA 3TCGA 4F18A 5I5PA 3PPRA 4TLMB 5KDTB 4OQOA 1LCFA 1J1NA 3CSBA 4PFRA 4LATA 1EYJA 3FXUA 4H67A 1NV4A 4MIJA 1B2HA 3OSQA 1XC1A 1DPEA 3RLFE 3T22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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