3SDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipoteichoic acid at 2.1 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipoteichoic acid at 2.1 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA02
1R9QA 1S7YA 1WODA 5DTBA 4IO3A 1MQIA 4YMAA 4OFOA 2QS3A 2VD3A 3IL1B 3K1MA 4LA9A 1P1OA 1USYE 2Z23A 1LAFE 1Y4TA 3EPEA 4ESWA 2VHAA 1NKXA 4F1VA 1USYH 4KYDA 5H8HB 1DPEA 5CBSA 1ZBMA 4RPOA 3OXNA 4G8NA 2Q9TA 5HBCA 4JSOA 3ZKKA 3THIA 3S9EA 3FV2A 2V3UA 3K6XA 3BKIB 4U1OA 1VFDA 2HZLA 1OLAA 2DVZA 3HSTA 4I1DA 3CI8A 3PUVE 3PV0E 4N13A 1SW1A 1URSA 1N84A 4FEDA 4ZZEA 3FVGA 1KWHA 4O3AA 5JTYA 3RGYA 4KPTA 4F1YA 3A3CA 4F3SA 4G68B 2QRYA 2OWTA 1NL5A 4NF5A 3VVEA 1HSEA 3C33A 4QHQA 4I9DA 3U94A 1MXZA 1LCTA 2XD2A 5CI5A 4TOZA 5L9MA 1MQHA 2F34A 1PB7A 3WAFA 4NWCA 5CC2A 5ICTA 2I58A 4OMBA 5DYHA 1A99A 3CR9A 3VFJA 5AA3A 1I6BA 5I84A 4JWOA 1PB9A 5H8QB 1QUKA 1QW0A 2F8DA 2BJJX 2FNCA 2QJEA 1B51A 1N04A 2QS2A 2Y7RA 2ZYMA 3Q26A 4H1XA 4R6HA 5FTIA 4YKPA 4R6KA 2XXVA 3DM0A 1AOVA 4H8JA 3FVNA 3FVOA 4DXCA 1DSNA 4ISUA 1T0KA 3IB1A 1AH5A 4F2OA 1XVYA 3BBRA 3LUYA 3HHGA 2F36A 4MFIA 1LBBA 1Q35A 1VFEA 4Q30B 4IGTA 1EZOA 3V8XB 3CFZA 4R74A 5JK4A 4H6DA 2DWIA 2XXWA 3LR1A 4JB7A 2V84A 3LSFB 1IUDA 3G3HA 3OMBA 2HAVA 4K3FA 2Q2AA 4YB7A 1SBPA 3CSBA 4OTEA 4BDOA 2THIA 4KQPA 3IAZA 2UVGA 1FQAA 4XKPA 1Y20A 3TCHA 2O69A 3C31A 3R6UA 2HCAA 1TXFA 3OO9A 2ESNA 3B6TA 4H65A 4P11A 3UORA 5CBRA 4U22A 4ZEFA 4HCWA 4P0IA 5AA4A 4F19A 2H99A 5LOMA 3E9XA 1GTKA 1LGBC 1DTGA 1M5EA 3SEWA 4C1UA 3CG1A 2HZKA 5FHOA 3K02A 2H5YA 1MXXA 1JVXA 4LATA 4H67A 1JW1A 3OO8A 3TYHA 1O63A 4O3CA 1UTBA 5CMBA 1LB8A 4G2ZA 1Y3PA 4X1BA 1LFGA 5H8HA 1ZIUA 4BDNA 1Y1MA 4GL0A 5IKBA 3KN7A 4ZEKA 4RYAA 4DIGA 2VOZA 2ZMBA 3FZVA 1M5DA 1US5A 3JV9A 1UTBB 3MQ9A 4LZ5A 1B40A 4NEDA 2ZXTA 2I0CA 3L6HA 3PUWE 2ZYKA 2ABHA 4R2FA 5TPAA 3C32A 2UYEA 5TP9B 5KCJB 2UVJA 5FTHA 3TTMA 1IZ1A 3T66A 3B7DA 3H6VA 3QK6A 4GXSB 5EYFA 1S50A 3CFLA 1YCJA 3VE1B 3TEPA 4GLIA 1LCFA 2H4IA 4YICA 3F11A 1FTMA 4NF6A 1SDXA 1EH3A 2O1LA 3FJ7A 5FHMA 2B3BA 4XTCQ 3QXMA 3HV1A 2XD3A 2HFBA 4HW8A 4YKKA 4POWA 2AL5A 1MY3A 1O7TA 1RKMA 2Q88A 3N5LA 1P1WA 4H0WA 4QFNA 4WEPA 1NNTA 2XXIA 2QPQA 1AL3A 3DELB 3T22A 4KCCA 1MRPA 5AE4A 3K01A 4R75A 1O64A 3H06B 1I6QA 4GD5A 3T96B 3IX1A 3IJXB 4F29A 1POTA 4G68C 4KD5A 1A8FA 3EHTA 1JEUA 3MPKA 3PPNA 1OIBA 3FIRA 4ONYA 4JWYA 3QIMA 1B52A 1MY2A 1XHYA 3LC8A 4RJZA 2RKMA 3K2DA 1LAGE 4RA1A 5AA2D 3C9HA 3PD8A 3EN3A 4EF1A 3PPQA 4F22A 4F18A 3VVDA 2Y7WA 4PP0A 5I58A 1PC3A 3H6WA 3IOWA 4Q8RA 3BFTA 2ANJA 4EDPA 3VDFA 1MH3A 3FUZA 4XKNA 2QS1A 1JVYA 2Q89A 3M3LA 3U72A 3HO7A 5KDTA 4POXA 2DP8A 1CE2A 2GRVA 3N6TA 5KZTA 2O68A 1ZKBA 3FXRA 3N6UA 4F39A 3CG3A 2I48A 1PEBA 3R7XA 2V93A 1PBPA 3A09A 4HCYA 3I3VA 1SYIA 2PMSA 3O6GA 3CRBA 3B6WA 3W9WA 3FV1A 1B32A 1BKAA 4MLQA 3SEXA 4OETA 1D9VA 1M5BA 1B5JA 1MXWA 3E13X 3MWBA 4ND9A 2AIXA 1A7LA 4OQOA 4OWDA 4QSCA 1DMBA 4Z0IA 3SETA 3ZS6A 5DVFA 2O6AA 4BDQA 3TZAA 1LAHE 1H45A 2V3TA 4QFOA 2DWHA 1MPBA 2O51A 2ZNTA 3MC2A 3H4ZA 3PMXA 4PETA 1MPDA 1DOTA 1MY4A 4U23A 1EZPA 3C4MA 1B46A 3QAXA 3MP6A 4GXAA 3K0VA 3CVGA 4XKQA 1D3KA 5A5XA 5AA2A 4U2RA 1TFDA 2I3VA 4JWXA 4NTLA 3KZGA 4ZEBA 3TAJA 2E0SA 2F7CA 2XXTA 4MH5A 1LB9A 4EQ9A 2UXAA 4ZEDA 1BLFA 2AYSA 3U8QA 3VXBA 5AA2B 3K4UA 1LAXA 1MQGA 1YPNA 3FJGA 1BP5A 2H9BA 3IB0A 1MM7A 4FORA 4YB6A 4ESXA 5ITPA 2Q2CA 1AIVA 3K00A 4EXKA 2DS9A 3I5OA 4PFTA 4GOTA 3CIJA 4DXUA 1IXIA 1N3WA 2F97A 5F1QA 1A40A 4NF6B 1SD3A 3U93A 3OOAA 4FE8A 1XVXA 2HAUA 1JW5A 1B3LA 4GL8A 3USDA 3PPRA 1MXVA 3Q28A 4PFYA 2P1SA 4QFKA 4G8MA 4DLDA 4FAJA 3SKPA 4EXLA 3RUMA 1WDNA 2VP1A 2F7BA 4LZ8A 2AL4A 5H8NB 2O7IA 4E0XA 1NNPA 1WVJA 1XS5A 4LONB 1B7HA 3KEIA 2QMWA 2W7YA 3PGFA 2IEEA 1N0TA 1XT8A 4KYSA 2A5SA 2DWJA 3AXFA 5BWJA 3PUYE 1SW2A 1IITA 2I0BA 4OERA 3RTFB 2ONRA 3SEVA 1SI0A 3H3GA 5TU0A 4FATA 3TCFA 1EU8A 4ZS9A 1AMFA 2DSFA 2GHAA 3H6UA 2NVUB 3EHSA 1JEVA 1SW5A 2HXWA 4JDFA 4PFWA 4WKMA 1ATGA 3DP4A 3K6WA 4ZE8A 3TPAA 3MVXA 5I59A 2F5XA 2F7AA 1P1UA 4EQBA 3KOTA 3U1OA 1OVTA 1MPCA 1NFTA 1Y1ZA 4OZ9A 1I69A 3LBSA 2X7PA 2DE2A 4KCDA 3SDFA 4RXLA 2DVCA 4JXIA 3C34A 3RLFE 2PT1A 2NXOA 3QYTA 2E1SA 4LQ5A 3K6UA 3K1PA 4NF4B 3JYRA 5ELVA 4IY6A 1J1NA 1BIYA 3TCGA 3OO6A 1Y3QA 1SI1A 4ZZAA 3H03A 5BUUA 3TFLA 4F3BA 1Z7NE 3O6HA 3S2VA 3KSJA 1IQ7A 2OK2A 4DCXA 2G93A 3OEKA 4RK9A 3VLUA 5I57B 3ILUB 3IO4A 5ISUA 3M3KA 3KN8A 1MDQA 1JQFA 4G68A 2XXHA 1QVSA 2XXUA 4HS7A 1YTVA 5FHNA 3H7MA 5KDTB 3FXUA 2GHBA 5L8DA 5I2NB 4F2QA 4FECA 1NH8A 2VGQA 4KI0E 1TWYA 3IK6B 3SERA 5B7DA 3GLBA 5L9SA 5I58B 2I4CA 2HQ0A 2XX8A 3QUFA 4R72A 3PPPA 3SESA 1N7WA 5H8SA 1I6AA 3RY3A 3S9MC 3Q25A 3B6QA 5CMCA 3C36A 1RYOA 4BDMA 4BLAA 3RTWB 5ICQA 3IR1A 4ELRA 4NE4A 1D9YA 5DVIA 2DXYA 1FCKA 4ZECA 4M4GA 1MH4A 2RCAA 1B3EA 2PBWA 2QSXA 1H43A 5TPAB 4C0RA 3S9NC 2PVUA 2F6PA 1JETA 3VLVA 4R6YA 4O3BA 4IO2A 4THIA 4C1TA 4JSDA 2P2AA 1R1NA 4H8IA 3RT6B 4AQ4A 3O2AA 1B3FA 1XOCA 3ECRA 3MP8A 5I57A 4R2BA 4UACA 1EZ9A 4F1UA 4QF9A 2OJTA 1IEJA 4U4XA 3FXQA 4NF8A 3RN8A 4Q5TA 3KJTA 3LSXA 3KGCA 3TQWA 4DCYA 2D3IA 2NOOA 1FQCA 4DDDA 1FQEA 1BTJA 1MG1A 4NWDA 2O1MA 3KFMA 3MVZA 3MPLA 3RQTA 3TUSA 3TODA 3QSLA 5AA4B 2QMXA 1Z7ME 1FQBA 1FTOA 1LSTA 1Y9UA 4KHZE 4OESA 3WAEA 5B70A 1POY1 1DTZA 2YLNA 2I4BA 3C35A 1P99A 4GVOA 5I2KB 5HM4B 4OXVA 3L6GA 4Q0CA 4YAHX 3KBRA 5DT6A 1B2HA 3K6VA 3UA8A 3A3UA 3UGWA 3IO6A 1A8EA 3V89B 5DEXB 1MQJA 4GQOA 1M5FA 2Y84A 1ELJA 1UQWA 5H8NA 3ONMA 3DP6A 3UIFA 4AB5A 4LVQA 3UP9A 4Z7EA 1LFHA 5AA1A 4HTGA 3MUQA 4ELOA 5HPQA 4OHNA 5I59B 5JEIA 4FEBA 3RPWA 3Q27A 4NF5B 5DEXA 1P1QA 2Z8DA 3E4RA 5TP9A 3DLNA 3FJMA 3MVWA 3VXCA 1MY0A 2B65A 5H8QA 3PD9A 1GVCA 1A55A 1ANFA 3ZSFA 3OSRA 3D4GA 4U1ZA 3M8UA 4GIZA 3FATA 4I62A 3E3KA 3O28A 3EHUA 1IXCA 4IY5A 4KFQA 3O9PA 2OCUA 3IORA 4MLVA 2UYFA 4GF8A 3UN6A 3ZKLA 2RCBA 4R73A 1QJMA 4QFLA 3U92A 1MXUA 2DQVA 2GFEA 4BDRA 3ODBA 5A5XB 1NNKA 3OD7A 4RNSA 5H8FA 4G4PA 1OVBA 2NWJA 3TELA 4EQ7A 4I8CA 2G29A 4G8HA 3MZ1A 3MW0A 3W15C 3EF7A 2ONKE 2XXRA 2O7UA 3OSQA 1MDP1 3DP8A 1A54A 2F35A 2Z8EA 2WKYA 1FQFA 3IB2A 4QFPA 3PMWA 5K2YA 1GV8A 3T9XB 1NH7A 1PBQA 2OZZA 3ILTB 1QKBA 4N07A 1L5TA 2NUVA 1UIVA 4OFJA 1Q1KA 1VE4A 1MM6A 3T9VA 1B1XA 5I2NA 2D21A 1QKAA 4G77A 3W9VA 1ZU0A 2RF1A 2ZNUA 4PFUA 4EUOA 2PX1A 2RINA 4AB6A 3G3KA 3IJOB 2XX7A 3VLWA 1FTJA 2DOJA 2B3FA 4N6PA 2I6EA 4NF8B 3VV5A 1RYXA 3I6VA 1TFAA 4RPNA 1FTLA 1UTHA 4GFRA 2Z22A 4LP2B 5DVJA 4DZ1A 1IIWA 2M8CA 1Y3NA 2HEUA 3KJ7A 3P7IA 3PU5A 4FIMA 4M1VA 3HPIA 4OEVA 4F31B 3D4CA 3PMVA 5EHMA 3H6TA 2QL3A 4ELQA 3SEUA 3MZBA 1LLSA 1ZLQA 1URGA 3KOSA 4NMYA 2OBGA 4LUBA 1QUJA 3MVYA 1SQYA 3MP1A 5CRYA 2V25A 5I2KA 1PB8A 2ALUA 1OQHA 2F6GA 4YKIA 1MXYA 2PYYA 3TTRA 2DE3A 2RC9A 3K1NA 4EF2A 3TQLA 2X26A 3MBPA 3GBAA 2IA4A 2ZYNA 3FGSA 4U21A 4P0GA 1VR5A 4TLLB 2XXXA 4YMBA 3V83A 2REJA 1B5HA 2ZYOA 5JTYB 5CMKA 1HSJA 3HCQA 2CMOA 2ONSA 2Y7KA 3GBBA 1HSLA 3G3GA 3TMGA 4L17A 4ECFA 1P1NA 3SEYA 1MS7A 4IB2A 1QULA 4XXUA 5K2XA 5IAIA 2XXPA 3BFUA 3O29A 4MBPA 4NF4A 1B05A 4FJPA 4U4SA 3OENA 3RT8A 2XHDA 3PUZE 4IO7A 1N76A 2FA7A 2Y7IA 2CZLA 2OWSA 4TLMB 4E0WA 2DE4A 2H98A 4ELPA 1FQDA 3GXAA 3OO7A 1YAEA 2FYIA 4OEUA 4ZE9A 3G3FA 4PQJA 5I56B 1NNFA 5J1DA 5KCJA 2REGA 2UVHA 4X48A 1B1HA 1DPPA 1PDAA 1QUIA 1R9LA 3G3JA 2XX9A 2XXYA 3N26A 4RK2A 4YZZA 4BDLA 3OELA 4IGRA 1B9JA 2Q8JA 4QRZA 3PPOA 3VVFA 5I56A 4GRKA 4YKJA 3TTKA 3N94A 1SVXB 5F7VA 1LFIA 3FD3A 2P0SA 3LSWA 1S9TA 4OVJA 5M2VA 3V5AA 1B7UA 3JZJA 3MJNA 1B7ZA 5CMMA 2R6GE 3CFXA 4PE5B 3G7WA 3EQ1A 1VSOA 3T9UA 1XC1A 1B4HA 2A5TB 1H76A 1R6ZA 2F78A 1B3GA 1OQGA 1SW4A 2H25A 2Y7PA 3FASA 3G3IA 3GZGA 3TTLA 4KYEA 4GWOA 2D5WA 2GH9A 4IO4A 4R9FA 4RY1A 4F3GA 4IO5A 1URDA 1OMPA 4WXJA 1H44A 1JNFA 2DYXA 1TT1A 1N3XA 3KG2A 1JW4A 2YJPA 3M3FA 1CB6A 4IO6A 1IXHA 4X1DA 1H3DA 2A5TA 1B6HA 1OLCA 3UK4A 2OLBA 4MF3A 3PUXE 3T9HB 2KLFA 2RC8A 4XIGQ 4JBZA 5ITOA 5H8FB 4DE8A 3FVKA 1D4NA 1FW0A 1MY1A 4WEDA 3TTNA 1GGGA 2V3QA 3KSXA 4TQUQ 3CSGA 1ZJLA 1II5A 1GR2A 3IOVA 3O97A 4H5GA 3MZ9A 3KN3A 4OENA 1B3HA 4OFLA 4QSEA 2XXQA 1Y4CA 3LSLA 1UIUA 2R9JA 2Z8FA 1N7XA 3QUJA 4LQ2A 3IOUA 2PT2A 3O6IA 4XKRA 2UVIA 3HN0A 3IOTA 4UA8A 4YB5A 1B5IA 2LAOA 3OEMA 4QSDA 3Q29A 3TKDA 1ZMGA 1M5CA 5L9OA 1B58A 2R71A 5EHSA 4R9GA 1FTKA 3TDJA 4X9TA 3S4UA 2QS4A 3S9LC 2YPNA 5CM6A 4ZEIA 1F9BA 2O84X 4ZDMA 2X7QA 1SYHA 4YU0A 1B4ZA 2DWAA 2DXRA 2ZNSA 3MAMA 3R26A 1B0HA 2I3WA 3RNNA 1LBCA 1MQDA 1NMUA 2I49A 1B0LA 3HHFA 1ZTYA 1IXGA 4KR5A 2VD2A 4LZ7A 4DXBA 4H5FA 3T93B 4F3PA 4OYVA 1US4A 3O66A 2RC7A 1UTHB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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