3SDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipoteichoic acid at 2.1 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipoteichoic acid at 2.1 A Resolution
rcsb
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA02
4U4SA 1HSEA 4IO4A 2O69A 1O7TA 1SI1A 1GGGA 3K1PA 1KWHA 1TFAA 2AIXA 4RPOA 1R1NA 5FHNA 4DCYA 4H5GA 3PUZE 4H1XA 4HCWA 2H4IA 2QS1A 2PT2A 4RA1A 1JW5A 4NF8B 1RYOA 3FVGA 5I58A 2H98A 2I58A 4Z7EA 1H44A 1R9QA 4GIZA 5ICTA 3MC2A 4IY5A 4KR5A 5DVIA 1H43A 5K2YA 4AB5A 2XXUA 1B1XA 4GF8A 2RF1A 4BDNA 2OK2A 3Q28A 2O51A 3PPNA 4H65A 3OENA 3PU5A 3H6VA 4KFQA 3S9EA 2LAOA 3KFMA 3V5AA 4UA8A 2YLNA 3PUVE 2UYEA 4EDPA 3HHGA 3C9HA 2QPQA 1VR5A 4M4GA 2QSXA 1A8EA 4DZ1A 2P0SA 3H6UA 1XS5A 2OLBA 2YJPA 4YMBA 1B3LA 1FQEA 3UIFA 2HXWA 4XKRA 3IK6B 4LZ8A 3SESA 2F97A 4F1UA 2Y7IA 3CFXA 5L8DA 1OLCA 3P7IA 4JB7A 3SEWA 2V25A 4OQOA 5CRYA 5CMKA 4P11A 5EHMA 1P1QA 2XXVA 3K6VA 1B40A 4DE8A 3K00A 3BFTA 1B3FA 4LONB 3E3KA 2GFEA 3IX1A 5TPAB 1DTZA 2F5XA 3KEIA 2F7BA 2FA7A 2OJTA 1MM6A 2ZYOA 4Q30B 4BDOA 1JETA 1M5FA 3C36A 3CI8A 3TELA 4KYSA 3KOSA 5AA2A 3W9WA 4OFJA 3C33A 3VVDA 1LLSA 3HHFA 1MG1A 3RUMA 4LZ7A 4PFTA 3CSBA 3SKPA 3DLNA 3U94A 5DT6A 3TCHA 5KDTB 4JBZA 1LAXA 3D4GA 4FIMA 1OMPA 4MFIA 4F1YA 3IOWA 4BDLA 4BLAA 5I84A 1HSJA 1URGA 5TPAA 5KCJA 3VLVA 2V3QA 1FQBA 4AQ4A 1A55A 5F7VA 3MP1A 1SW5A 4G2ZA 3PD8A 3GXAA 2F7CA 3E13X 2D3IA 4FECA 3TQLA 3V83A 2QRYA 4NWCA 4I9DA 3VV5A 3R26A 3VFJA 3FASA 4JSDA 3RPWA 5KDTA 1AMFA 2ONKE 4QFKA 1JNFA 3QSLA 3RGYA 4TOZA 2A5SA 1H3DA 3FXUA 3ECRA 2O68A 4H6DA 4WKMA 1FQCA 5TU0A 3KN7A 3QK6A 3TDJA 4POWA 4MLQA 4QFNA 4QFOA 3K2DA 1B0HA 1MPBA 4DXBA 2XD3A 3I6VA 4GVOA 4YU0A 3O6GA 4K3FA 3USDA 4YMAA 1IZ1A 1POTA 1SD3A 4R72A 5DYHA 2I0CA 4OYVA 2BJJX 1EZPA 4XXUA 4FATA 4OWDA 1ZJLA 3MW0A 3RT8A 3K6WA 2OBGA 4DLDA 3OD7A 2Y84A 1JQFA 4I1DA 3FUZA 4X9TA 4G68B 4QSEA 1BKAA 3QYTA 3CVGA 4ND9A 5HBCA 3H03A 2XX8A 4LATA 5CI5A 3O2AA 3C4MA 4GL8A 1SDXA 2AYSA 1BP5A 3KJTA 4RNSA 3A09A 2E0SA 3PPOA 2NXOA 4ZE9A 3EPEA 2QMXA 4RPNA 4ESXA 4ELOA 3MQ9A 1IXIA 3MJNA 1A40A 3B6TA 1IXHA 4IO5A 1N0TA 3IJOB 1N7XA 1MQDA 1WODA 2PX1A 3FZVA 4NF5A 1N7WA 1PC3A 2F35A 1URSA 2O7UA 2VHAA 1ZKBA 3E9XA 1B4HA 5DVFA 1ZTYA 2XHDA 2DVZA 3W15C 1PB8A 3TCGA 1SQYA 3HSTA 1PBQA 3T96B 3CFLA 1EH3A 4IO2A 3JYRA 4NMYA 2P1SA 4R6YA 3VLUA 4ZECA 4DDDA 2O1MA 3KJ7A 3VLWA 1PBPA 3PV0E 3N6UA 5I57B 4G4PA 3KBRA 1URDA 1VE4A 1Y1ZA 1LBBA 3O9PA 3VXBA 4RJZA 3FXRA 4ZEFA 2Y7PA 1FTOA 4ZEIA 5LOMA 1SYHA 3I5OA 3RT6B 3IAZA 4YKJA 4OERA 1D4NA 4QRZA 1US4A 1MQGA 3ZKKA 4IGTA 3FATA 1ZBMA 2GHBA 1PB9A 2UYFA 3KSXA 3IO4A 1FTJA 4ISUA 4IY6A 1MQJA 3ILUB 1FQFA 4R73A 5B70A 5I57A 1QUJA 2I49A 3MBPA 2DWIA 1QJMA 4KQPA 2IEEA 1QVSA 4HTGA 3RQTA 1CE2A 4POXA 2RC8A 4ECFA 2CMOA 1IXCA 1N04A 2NUVA 3OELA 1I6QA 4WEPA 2HAUA 2O1LA 5DVJA 3F11A 2OWTA 1Y4TA 1M5CA 2HFBA 1ATGA 2Y7KA 1Z7ME 5L9SA 4OEUA 3OO8A 4OENA 2PT1A 1LAGE 1NNFA 2XXIA 2DQVA 3O28A 2QS4A 2XXTA 3MP6A 4LVQA 4IO6A 2ALUA 1JVYA 1LSTA 4C0RA 4JDFA 2XXXA 3VE1B 2ZNTA 3G3JA 4YAHX 4H67A 4LUBA 4F2QA 2DWAA 4F29A 3TMGA 1FTLA 2XD2A 1B9JA 1B3EA 2X7PA 5DEXA 3KN3A 2WKYA 1LCTA 3TEPA 1N76A 4U1OA 1A7LA 3TTLA 4QSCA 2XXRA 3M3KA 5J1DA 3K02A 3PPPA 2F78A 4Z0IA 3HO7A 4F18A 4TLLB 3PGFA 4ZDMA 4O3AA 1EU8A 1NNTA 3GZGA 1SI0A 5KZTA 1SW1A 5ISUA 2GRVA 4R2BA 4OESA 3S9NC 3L6GA 3BBRA 2Y7WA 4P0IA 1UTHB 2H99A 1UQWA 3UORA 3ZSFA 1ZIUA 2Q88A 3K4UA 4NF8A 3EF7A 3PMWA 2HAVA 3FGSA 3SDFA 2F8DA 4R74A 3S2VA 3GBBA 3T9XB 4ZEDA 3H06B 5DTBA 3UK4A 2OCUA 2ZNSA 2HQ0A 5L9OA 2VP1A 5L9MA 2H5YA 3U93A 1CB6A 1MXYA 3T9VA 4KCDA 4PETA 2ZYMA 3MVWA 1MM7A 3LBSA 3TTMA 1B7UA 2X26A 1UTHA 4PFUA 2ANJA 4YB5A 5JTYB 4YKKA 4GOTA 4NF4B 3HCQA 3OXNA 4XKPA 2UVGA 2XXWA 2NVUB 1P99A 1I69A 2B65A 2ONSA 4KCCA 2RINA 3O66A 2H9BA 2DXRA 5H8FB 3FV1A 3QUJA 4MBPA 4MLVA 1A99A 4ELQA 3U8QA 2DSFA 4QFPA 4ONYA 3DELB 4YB7A 2XXYA 1QKAA 1N3WA 3DM0A 2I3WA 1LB8A 1MPCA 3D4CA 1NL5A 5JTYA 4QFLA 3TPAA 4R6HA 2HCAA 1AL3A 2FNCA 3IOTA 5IKBA 3LSFB 5H8FA 1TFDA 4XTCQ 5IAIA 1B52A 1MY1A 2OZZA 2A5TB 1ZU0A 3THIA 3JZJA 5JEIA 4NWDA 1RKMA 4WXJA 3FIRA 5CM6A 2RCAA 1PB7A 1YTVA 1NH7A 2AL5A 3FD3A 3DP8A 3C32A 2ABHA 2REGA 5M2VA 2OWSA 3MAMA 1POY1 1P1UA 3LR1A 4BDMA 3TZAA 4EQ9A 2G29A 3UP9A 4OXVA 3S9MC 3A3UA 4X48A 1OQHA 4JWXA 2I3VA 1LFIA 3HV1A 1JEUA 4EQ7A 5I2NB 3IO6A 1MS7A 5ITOA 1B5HA 2Z8DA 1XVXA 2PVUA 1DOTA 4FJPA 2M8CA 1MXVA 4PFYA 4KD5A 3IL1B 3GBAA 1Z7NE 3G3FA 1TXFA 1GV8A 2V93A 4DXCA 4F3PA 4MH5A 5AA1A 1GVCA 4EUOA 5I59B 4DXUA 1D9YA 5FTIA 5A5XB 3K6UA 3LSXA 3SEYA 1WDNA 1XT8A 2V84A 1B5IA 3UGWA 4GXSB 4EQBA 3BKIB 3O97A 4ZE8A 5I2NA 3OEKA 4N13A 3O6IA 3VXCA 1O63A 3K1NA 3E4RA 1AOVA 3TAJA 4N07A 3SEUA 1MDP1 5ITPA 3PUWE 5CMMA 5H8QB 4RXLA 3TCFA 1B3GA 4LZ5A 5CBSA 1O64A 3K01A 1FTMA 1MXUA 4RK2A 3OOAA 3A3CA 4U22A 3UN6A 4R9GA 2P2AA 3IB2A 4UACA 5A5XA 4ZEKA 4EXKA 4EXLA 3AXFA 4KYEA 3EN3A 4KYDA 1MY2A 3HPIA 4N6PA 5AA2D 1Q35A 4G68A 4Q8RA 1EZOA 2B3BA 1VSOA 5FHMA 1UIVA 1SYIA 1TT1A 3FXQA 1R9LA 3G7WA 1US5A 2HZKA 2F36A 2HZLA 3KG2A 3T9UA 3HN0A 1MY4A 1NNKA 3K1MA 1ANFA 2E1SA 1JVXA 4FEBA 5EHSA 4G77A 1B4ZA 1ZMGA 3MZ1A 1DPEA 1H45A 4U2RA 1B2HA 3B7DA 4F2OA 3SEXA 4AB6A 3B6WA 3OMBA 1SW2A 4QHQA 4F19A 1Y3QA 3H6TA 1FQDA 2THIA 3CIJA 5JK4A 4C1TA 5TP9B 1NMUA 1YAEA 1SW4A 4YB6A 3K6XA 1N84A 4PP0A 2UXAA 2IA4A 2XXHA 1B46A 1MXXA 2GH9A 5CBRA 1YPNA 1LGBC 2ZXTA 3CG1A 3T66A 3C34A 3RTWB 4H8JA 4ZZAA 4FEDA 3S9LC 2Z22A 1IIWA 4U4XA 4QSDA 3TTNA 4R6KA 5I56B 2VD3A 4KPTA 1MQHA 3LC8A 5TP9A 1UTBB 1FTKA 3U1OA 3U92A 1I6BA 1Q1KA 3CRBA 1PEBA 4X1BA 3EHTA 1T0KA 1B0LA 2UVHA 2V3UA 1YCJA 1OIBA 4Q5TA 3VDFA 2AL4A 4HCYA 4ZS9A 2D21A 3O29A 3T22A 3MPKA 5HPQA 3M3LA 4H0WA 1P1OA 4R9FA 5B7DA 1D9VA 5I56A 1AIVA 2Q2CA 4LQ5A 2O6AA 1R6ZA 2QL3A 2I4BA 3FJGA 1BIYA 1DSNA 3FV2A 3ZKLA 2Z8EA 2VOZA 3C31A 1AH5A 3SEVA 2R9JA 1B1HA 1NFTA 1BLFA 4KI0E 4C1UA 4F39A 1MY3A 2PMSA 1MXZA 3OSQA 2RC9A 5EYFA 3N26A 4F1VA 1OVBA 1LFGA 1MY0A 3OEMA 1B58A 2QS2A 1SVXB 1LB9A 2Q89A 4F3SA 4IO3A 2X7QA 3QXMA 4THIA 3PPQA 1XVYA 3KGCA 3WAFA 4EF2A 1B3HA 4TQUQ 3OO9A 2I4CA 4FAJA 1MQIA 2R71A 4FORA 4GD5A 4GQOA 3VVFA 1B51A 4XKQA 5ELVA 2HEUA 1MH3A 5CMCA 1I6AA 5AA3A 4JWOA 3IR1A 1BTJA 3I3VA 4M1VA 1FW0A 2NOOA 3B6QA 2V3TA 2F34A 3W9VA 1QW0A 1IQ7A 1N3XA 2QS3A 4NF6B 2Z23A 1LFHA 3CR9A 3FVNA 2VD2A 1XHYA 5FTHA 1LAHE 3BFUA 4LA9A 4WEDA 4L17A 4HS7A 2I48A 4NTLA 2DWHA 3OO7A 3PPRA 3IB1A 3Q26A 2XX7A 3K0VA 3JV9A 3MZ9A 5AA2B 2F6GA 2DP8A 4EF1A 1SBPA 1GR2A 3FVKA 1QUKA 4GXAA 1M5EA 2ZYNA 3O6HA 1OQGA 1H76A 3PUYE 4I8CA 1NH8A 3MWBA 1B6HA 4G68C 4KHZE 1EZ9A 5BWJA 2QJEA 4G8HA 1VFEA 2I0BA 4NF6A 5KCJB 4RK9A 4Q0CA 3RLFE 3RY3A 1L5TA 2CZLA 2VGQA 4GFRA 4P0GA 2ONRA 3WAEA 3CG3A 1QUIA 2QMWA 4NF4A 4YKPA 1LCFA 4OHNA 3TTKA 1XOCA 2PBWA 3G3IA 4H8IA 4YKIA 1IITA 2RCBA 3CFZA 2ZNUA 3OSRA 3DP4A 2O84X 1JW1A 1OVTA 4E0WA 4OFOA 4PE5B 3R7XA 4MF3A 1LBCA 4IO7A 3MUQA 1P1NA 3LSWA 3QAXA 4JWYA 3MVYA 1NNPA 5BUUA 1S50A 1JEVA 2DWJA 3U72A 5H8NB 4BDRA 3ZS6A 2DOJA 3CSGA 1II5A 4I62A 3G3HA 1S7YA 2DE2A 5CC2A 4LP2B 3IB0A 3PMXA 1GTKA 2DS9A 4BDQA 3QIMA 2F6PA 1NKXA 2Q8JA 5H8SA 5CMBA 1Y20A 4OMBA 2A5TA 3RTFB 4ZZEA 5ICQA 4ELRA 4JXIA 4O3BA 1FQAA 1B7ZA 3SETA 3G3KA 1M5DA 1Y3PA 3EHUA 5H8NA 2GHAA 1QULA 4RYAA 4GLIA 3RNNA 4HW8A 4F3BA 4IB2A 4XKNA 3KZGA 1LAFE 1ZLQA 3FJ7A 3KSJA 3TKDA 5AA4B 1MH4A 1USYE 3M3FA 1Y9UA 3T93B 4OTEA 3ODBA 2DXYA 4U23A 2REJA 2XXPA 3TUSA 4ESWA 3EQ1A 4TLMB 2G93A 1WVJA 3H4ZA 1B7HA 1FCKA 1S9TA 1DTGA 4OETA 4NE4A 4G8MA 2KLFA 4IGRA 4R2FA 2O7IA 2R6GE 3IORA 1UIUA 3Q29A 5AA4A 5I59A 4GRKA 1P1WA 3VVEA 3KOTA 1MRPA 3IOVA 4NF5B 2Q2AA 5FHOA 3SERA 1RYXA 4JSOA 3H3GA 3TODA 1D3KA 3PUXE 3QUFA 3G3GA 5I2KB 4NEDA 2YPNA 4YZZA 4F3GA 4RY1A 5AE4A 1Y4CA 5H8QA 3TTRA 3PD9A 3N6TA 3MVZA 4H5FA 1QKBA 3TYHA 3OO6A 2XX9A 1B05A 1B32A 3R6UA 2RKMA 3L6HA 2DYXA 3H6WA 5HM4B 1JW4A 3S4UA 4YICA 3V8XB 3EHSA 1OLAA 3M8UA 4U21A 4PFWA 4FE8A 3ILTB 5I2KA 4OZ9A 2PYYA 3KN8A 1XC1A 4E0XA 4DIGA 3MZBA 1A8FA 1Y3NA 2D5WA 2ZYKA 3LUYA 2H25A 1IUDA 4OEVA 4ELPA 3Q27A 2F7AA 2DE3A 4G8NA 1MDQA 3H7MA 3N5LA 4OFLA 5K2XA 1B5JA 2DVCA 5H8HB 2XXQA 3LSLA 3IJXB 3MP8A 4F31B 2B3FA 4XIGQ 1Y1MA 2W7YA 1VFDA 2RC7A 3RN8A 4DCXA 4O3CA 2ESNA 2ZMBA 3T9HB 2Q9TA 4F22A 1DMBA 4U1ZA 3UA8A 4LQ2A 2Z8FA 1PDAA 4R75A 2Y7RA 2DE4A 3Q25A 1DPPA 4OVJA 1IXGA 1IEJA 4GL0A 1ELJA 5H8HA 5F1QA 4GWOA 3N94A 3TFLA 1MPDA 3GLBA 3PMVA 1TWYA 2UVIA 3DP6A 3IOUA 2UVJA 1M5BA 3FJMA 1USYH 5DEXB 2NWJA 1MXWA 3C35A 4QF9A 3V89B 2I6EA 1HSLA 1A54A 3MVXA 3ONMA 1F9BA 3FVOA 1UTBA 1J1NA 5I58B 4PQJA 3TQWA 4ZEBA 3MPLA 4X1DA 2FYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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