3SDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipoteichoic acid at 2.1 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipoteichoic acid at 2.1 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA02
4U22A 3SKPA 2XD2A 1XHYA 3CRBA 2FNCA 5ELVA 1IXHA 3Q27A 2M8CA 2G93A 4R6KA 2XXPA 2OCUA 4H8JA 3MZ9A 1TXFA 4EF1A 2CZLA 4K3FA 5I59B 3DP8A 3PMWA 1QW0A 1ZIUA 3W15C 2ZNSA 2QL3A 4U1ZA 5DT6A 4YB5A 3TYHA 4F1YA 1A7LA 1SYHA 3USDA 1BIYA 5HPQA 5M2VA 1XS5A 3E4RA 3GBBA 3OO7A 1R6ZA 1LAHE 2GHAA 2P1SA 3TKDA 3RTWB 1S7YA 1B3HA 2QPQA 2VP1A 4X9TA 1B2HA 2A5SA 1Q35A 3TODA 2O51A 2OZZA 5ITPA 3RGYA 3ZKKA 3G3HA 3MAMA 1PB7A 2I6EA 4QFNA 5I84A 2Y7IA 1MH3A 1FQEA 1QULA 2O1LA 3IORA 4R9GA 1LB9A 5H8HB 1B4ZA 5I57A 3Q28A 3OSRA 3OO8A 4R2BA 1LAXA 1TWYA 1Y9UA 4L17A 1S50A 4U23A 4JB7A 2PT1A 1US4A 4KQPA 2VD3A 5TP9A 4FAJA 5HM4B 4FECA 2I3WA 3HHFA 1P1OA 2X7QA 4YB7A 1R9LA 2ONSA 3KEIA 1PEBA 3RUMA 1B7UA 3E9XA 4KYDA 3RNNA 4IY5A 3OENA 2RC9A 4F3GA 3C32A 4F39A 1IUDA 4OETA 5I2NA 1N76A 2OBGA 4LZ5A 4IB2A 3G3KA 2QS2A 4BDRA 3GZGA 3TTNA 3FV2A 2I49A 4NF5B 5DEXB 4ECFA 3K01A 3MP1A 3IAZA 2IA4A 3B6QA 3CFLA 4UA8A 3T9XB 1JEUA 3FVOA 5EYFA 2RCAA 1MPCA 3H6WA 1PC3A 1FQDA 5A5XA 3HSTA 4AQ4A 4RNSA 3G3GA 2QS3A 4EXKA 3D4GA 4IO5A 3UP9A 3TEPA 2V3QA 5AA4B 3ODBA 1B0HA 4G4PA 2GRVA 3F11A 2O7IA 4AB6A 5CM6A 4BDLA 4H5GA 1QKAA 1FTJA 1A8FA 4BLAA 1FCKA 1MXZA 4MLVA 3L6GA 2A5TA 5AA2B 5H8FA 3EN3A 3OEKA 2Q89A 1LFGA 2DSFA 4GWOA 5TPAA 2H98A 2DYXA 4EQ7A 5I58A 3PUVE 3ZS6A 2AIXA 4HCYA 4GIZA 4OVJA 4KYSA 1A8EA 3KOTA 4YKKA 4E0WA 2IEEA 2Y7KA 4DE8A 1MPDA 4FIMA 5L9MA 2E1SA 1URGA 5H8NB 2RF1A 3MVWA 1D3KA 4H5FA 5FHNA 2I3VA 1LLSA 5JK4A 3MPLA 3H4ZA 2O68A 1SW2A 4PFUA 4DCXA 1SW4A 4GFRA 5L9OA 1EZPA 1B4HA 1Y3PA 1B3FA 2Z22A 3IB2A 3O29A 3R26A 4FJPA 4AB5A 2NVUB 2ZMBA 4GXAA 3OMBA 3G3FA 4I9DA 2DOJA 4OQOA 3TQLA 4U1OA 2F6PA 3FIRA 3PUYE 2UVJA 4P11A 1MXXA 3O28A 3SDFA 3I5OA 2Z23A 2XXTA 5AA3A 4POWA 3THIA 4YICA 1B1HA 1RYXA 3CSGA 4KCDA 1XVYA 3LSXA 4TOZA 1A55A 2XD3A 4MLQA 3JZJA 4GD5A 4I1DA 3GLBA 4QF9A 3PUWE 3KBRA 1VSOA 1MY3A 1Z7NE 4NF8B 2DQVA 1ATGA 3T93B 2O7UA 1DPPA 3RY3A 3TPAA 3FASA 3PV0E 4F1UA 2P2AA 2FYIA 3MVXA 2ZYOA 2D5WA 1JVYA 1UTHB 3S9NC 1GVCA 1AIVA 1H3DA 1CE2A 4GVOA 1DPEA 2DP8A 2VHAA 2I4CA 4BDOA 3QK6A 4F3SA 3KJ7A 3CSBA 2RC8A 5CI5A 3SESA 1POTA 2ONRA 1MY2A 2UVHA 3B6TA 4IGTA 4G8MA 1JW5A 1B9JA 3TCFA 1B46A 4M1VA 3B6WA 4YZZA 2VOZA 1FQCA 1Z7ME 4RA1A 5KZTA 2B3FA 1Y1ZA 3A3UA 3KN3A 4GF8A 4R6YA 4R2FA 1MQDA 4OEUA 1MQIA 1JETA 2ZNUA 4LQ2A 4G8NA 5I56A 4BDQA 1DSNA 4O3BA 3V8XB 2ESNA 2Q88A 3UGWA 4F3BA 1IITA 4E0XA 1QKBA 4OFJA 2Q8JA 2OK2A 1FQFA 2Z8EA 4MH5A 4P0GA 3IJOB 2Y7PA 1N3WA 3FUZA 1A99A 3E13X 1T0KA 1L5TA 3BFUA 4ZEDA 4PQJA 2G29A 2Q9TA 1P99A 1MM7A 4O3AA 3CG1A 2ZNTA 3KOSA 2HZLA 1HSJA 4N13A 3EHUA 1BLFA 3FJGA 4G68A 1MQJA 1BP5A 2HAUA 1GR2A 2AYSA 4LZ8A 1YAEA 3T96B 3KFMA 4OESA 3LSWA 3ECRA 3V5AA 2Z8DA 1A40A 4DCYA 4KYEA 1Y1MA 1ZJLA 3O97A 2YPNA 4DXBA 2QRYA 5ITOA 1B6HA 4FEBA 1FQAA 4C1UA 1MQHA 3IOTA 4NWCA 2DXYA 4JWYA 1B52A 3C34A 5F1QA 3PPNA 1ZLQA 3A09A 3H6VA 3HO7A 3VXCA 3VVFA 1VFDA 2V3UA 4LUBA 5TU0A 2RC7A 3GXAA 4HS7A 1LAGE 5CMKA 1JNFA 2DWIA 5B70A 2AL5A 3A3CA 4H67A 2X7PA 4FATA 1BKAA 2F5XA 3K2DA 1JVXA 2UVIA 1URSA 1P1NA 2PYYA 1UTBB 3KJTA 4RK9A 2Y7RA 1DOTA 1Q1KA 3K00A 2HAVA 3ZKLA 4UACA 4ELPA 4OZ9A 3EPEA 3FVNA 2H25A 5EHMA 3EQ1A 1LFHA 4Z7EA 4DXCA 4MBPA 3PGFA 2F7BA 5CBSA 2QS1A 2E0SA 3FGSA 2I0CA 3MPKA 5L8DA 4ONYA 1FTMA 4WXJA 3S2VA 4OMBA 4P0IA 4NF4B 2R71A 5H8QA 4Q5TA 2PBWA 4XXUA 5I2KB 3SERA 5IAIA 1LFIA 2V93A 3FXRA 2OWSA 4ELQA 3IK6B 2DWAA 1MQGA 1N0TA 3MW0A 1LBBA 3VFJA 1OQHA 3PPOA 4R6HA 5JTYA 1N7WA 1H44A 3JV9A 5KDTB 4RY1A 3O9PA 4DLDA 1WVJA 1QUKA 4HW8A 1JW1A 4U2RA 3FJMA 4H0WA 4DXUA 3MP6A 4F31B 4JWOA 1ZTYA 3S9EA 3QUFA 1MRPA 4QFLA 4DDDA 4OENA 4TLMB 1ELJA 2YLNA 3K6UA 2DVZA 3QAXA 3PMVA 4IO3A 1GGGA 4MF3A 3S9MC 2PT2A 3IOVA 2ZYNA 3IO4A 1SYIA 3CR9A 2I48A 4NWDA 3T22A 3IX1A 3KGCA 4GQOA 4JSDA 5KCJB 4F29A 3M3FA 4U21A 2GHBA 4F2QA 1OLCA 4H6DA 5CMCA 2XHDA 1PBQA 2OLBA 3M8UA 1ZBMA 1R9QA 4H1XA 1HSEA 4QFOA 3CFXA 1P1QA 4N6PA 4NF6A 3FD3A 2DE3A 1MDQA 1LGBC 3O6GA 3U92A 5DYHA 2V25A 1MY0A 1B5JA 3OELA 4ZEIA 3TTLA 4ELOA 3W9VA 5DTBA 4I62A 3CFZA 2DVCA 2XX8A 3PD8A 3SEXA 3TQWA 5I59A 2PVUA 4TQUQ 2ZXTA 1CB6A 1O7TA 3RT8A 2QJEA 1I6AA 4JDFA 1QVSA 5FHOA 3BFTA 2XXUA 1ZKBA 4KFQA 4ZE8A 3C4MA 4MFIA 3D4CA 1B5HA 3WAEA 3N94A 3Q25A 3FVGA 3LBSA 4ZE9A 3K0VA 4EF2A 1BTJA 1B3LA 5BUUA 3O66A 3EHTA 2VD2A 4EQ9A 3DELB 3TMGA 3MQ9A 2RINA 3CVGA 1IEJA 3RTFB 4QHQA 5I57B 3W9WA 1P1WA 3UIFA 3QXMA 3EHSA 3IB1A 3TUSA 3U8QA 1B1XA 3M3KA 5CMBA 3I3VA 4XKPA 4R75A 1MXVA 4X1BA 3SEWA 3OO9A 5TP9B 2H99A 1FTOA 1MY1A 5H8HA 1II5A 2DWJA 4KHZE 3H7MA 3LC8A 3RQTA 2REJA 1NFTA 1EH3A 4KCCA 4XTCQ 5K2YA 1UIUA 4GLIA 2I0BA 3OSQA 2Q2CA 3DLNA 4Q0CA 2ZYMA 5AA2D 4GOTA 3C9HA 3QUJA 3LUYA 4YMAA 3OXNA 1OLAA 4GL8A 5I2NB 3ILTB 3O6IA 2HZKA 3UORA 3K4UA 3MVZA 4G68C 1D4NA 3VE1B 1QUIA 3DP4A 1SBPA 1GV8A 3OOAA 4TLLB 3MJNA 3HN0A 1LB8A 5DVJA 4DZ1A 1GTKA 5DVIA 1MH4A 2PMSA 4WEPA 1N04A 4ZECA 3K6XA 4ZZAA 1N84A 3VV5A 2XXWA 2KLFA 3QIMA 5A5XB 1USYH 4NF5A 5ISUA 5DEXA 3KN7A 1B3EA 3MBPA 3SEYA 5CMMA 2DWHA 3RT6B 4R74A 1YTVA 3EF7A 2BJJX 3LSFB 4YKPA 1SI0A 4NE4A 4PFTA 1J1NA 1KWHA 1UIVA 4PFYA 4LZ7A 2D21A 1SVXB 4NTLA 3PD9A 4FEDA 5H8SA 3FV1A 1AMFA 1NNPA 1PB8A 3U1OA 3H6UA 2A5TB 5AA4A 5JEIA 5H8FB 3MZ1A 4WKMA 4FE8A 4ND9A 2NUVA 3H06B 4PETA 1N3XA 4H8IA 2ABHA 2H9BA 5CBRA 3MWBA 1SI1A 5TPAB 3RLFE 4H65A 3C33A 3V89B 4EQBA 5I58B 1O64A 4G8HA 3CI8A 1H43A 2HCAA 1B05A 4F2OA 5AA2A 4ZZEA 5EHSA 2QS4A 3IB0A 5F7VA 4JSOA 1B3GA 3KZGA 3C36A 3C31A 3DP6A 4EDPA 2UYEA 4HTGA 3L6HA 1NNFA 2HXWA 4KR5A 1B32A 2D3IA 1DTZA 4DIGA 4ZS9A 1Y3NA 1TFDA 2ALUA 1NNKA 4OTEA 3Q29A 5HBCA 3VLWA 4QRZA 5LOMA 3AXFA 1Y3QA 1Y4CA 4YAHX 4O3CA 5AE4A 1EZOA 4IO2A 4LP2B 4LA9A 5H8NA 2UYFA 1D9YA 1USYE 4QFPA 4PE5B 3V83A 1NKXA 3WAFA 1RKMA 1B5IA 2AL4A 1YCJA 2Z8FA 1B7ZA 3KSXA 4XKNA 5FHMA 2DXRA 2F36A 1M5DA 4RPOA 2Q2AA 1MG1A 1JQFA 1I69A 5FTHA 5BWJA 4GRKA 4F1VA 3RPWA 3VVDA 3SETA 3HPIA 1URDA 1DTGA 4U4XA 1IXCA 2F97A 2F78A 4PFWA 4R72A 1QUJA 3IJXB 1LAFE 4RYAA 2XXHA 4U4SA 4ISUA 5J1DA 1SW5A 1A54A 1B51A 3M3LA 1EU8A 4IGRA 4Q8RA 3I6VA 4ESXA 1VE4A 4KD5A 1P1UA 1OIBA 3KG2A 2ANJA 3K6VA 4QSCA 1AOVA 2GH9A 4R73A 1AL3A 2V84A 2F6GA 4NF8A 1XT8A 4PP0A 4QSEA 3QSLA 1IXIA 1OQGA 4QFKA 3TAJA 1D9VA 3P7IA 2XXYA 3PU5A 1UTHA 4LONB 3K6WA 3JYRA 3R6UA 4YU0A 4BDNA 3O2AA 1MDP1 3FXQA 1PBPA 1OMPA 1TFAA 3HHGA 3FATA 3GBAA 4XIGQ 4R9FA 2I4BA 2QSXA 3K1PA 4OHNA 3S4UA 3BKIB 1S9TA 3PUXE 3RN8A 1ZU0A 3Q26A 2WKYA 3UA8A 4YKJA 4RJZA 5I56B 2NOOA 3HCQA 4OEVA 1QJMA 3O6HA 3T9UA 2RKMA 2UXAA 2F34A 1JEVA 2V3TA 4OXVA 3VDFA 1AH5A 1LSTA 4KI0E 3BBRA 3N5LA 1MS7A 3IL1B 3FVKA 2P0SA 4G68B 3U72A 4JWXA 4HCWA 4Q30B 3ILUB 2QMWA 1N7XA 1NL5A 4RPNA 1IXGA 3VXBA 3IOUA 4IY6A 4F19A 4LVQA 3VLUA 1H76A 1XVXA 2F35A 3G3IA 2NWJA 4NMYA 1Y4TA 1I6BA 4THIA 2FA7A 3SEUA 3CIJA 4EUOA 1PB9A 3B7DA 3FXUA 2LAOA 4OWDA 2F8DA 1HSLA 2ZYKA 3TDJA 2Y7WA 1SQYA 4G77A 3H03A 3TELA 2RCBA 1XC1A 3TFLA 4RXLA 3TTKA 3FZVA 3MZBA 4LQ5A 1MXYA 1OVBA 3H6TA 4F18A 3PPPA 4ZEFA 3VVEA 3CG3A 1MPBA 4JBZA 1VFEA 1FTLA 2O1MA 2F7AA 4KPTA 4IO7A 4OFOA 4YMBA 1MXWA 4IO6A 2O6AA 3U94A 4YB6A 4WEDA 2XX7A 3OD7A 5DVFA 2GFEA 1Y20A 4YKIA 3UK4A 1EZ9A 2THIA 3N26A 3KSJA 3E3KA 3N6UA 2H5YA 2OJTA 2HQ0A 4GL0A 3S9LC 2XX9A 2R9JA 3ZSFA 4OYVA 2PX1A 1JW4A 1UTBA 4X1DA 3OO6A 3LSLA 4IO4A 2XXQA 3H3GA 4GXSB 5CC2A 4POXA 4NEDA 4F22A 2B65A 1IIWA 4X48A 1LCFA 5CRYA 3R7XA 3C35A 4ZEBA 2NXOA 4G2ZA 4C1TA 2VGQA 2HEUA 2Y84A 1M5CA 3DM0A 5B7DA 2UVGA 3QYTA 1WDNA 3TTRA 4LATA 5H8QB 1M5FA 1IQ7A 2ONKE 1VR5A 1NH7A 3VLVA 4XKRA 3N6TA 2QMXA 2O69A 2DE2A 1MM6A 1WODA 3IOWA 1MXUA 1PDAA 3FJ7A 3T66A 4C0RA 3MVYA 4NF4A 4ESWA 2XXVA 3OEMA 4QSDA 4Z0IA 1FW0A 3TCGA 2DE4A 5I2KA 3ONMA 1LBCA 5JTYB 1POY1 1NH8A 1B0LA 2XXIA 3K1MA 4XKQA 1H45A 1R1NA 3IO6A 2REGA 1FQBA 4EXLA 3PPRA 2XXRA 4OERA 4F3PA 1TT1A 5ICQA 4BDMA 1M5EA 4OFLA 3T9HB 3U93A 5L9SA 3G7WA 3PUZE 2I58A 4ZEKA 1NMUA 1DMBA 2DS9A 2F7CA 1ZMGA 3KN8A 5ICTA 3MC2A 3UN6A 5KDTA 3MUQA 3K02A 3TCHA 3MP8A 1IZ1A 4RK2A 2W7YA 4ELRA 3K1NA 1O63A 4M4GA 1NNTA 2YJPA 3TTMA 1US5A 4I8CA 2X26A 1B58A 4FORA 5AA1A 1RYOA 1B7HA 1M5BA 3PMXA 1LCTA 5K2XA 5FTIA 2OWTA 2HFBA 4N07A 1I6QA 1B40A 1UQWA 5IKBA 4ZDMA 2CMOA 1SDXA 3HV1A 1SD3A 1YPNA 2XXXA 3T9VA 1F9BA 2B3BA 4JXIA 3TZAA 1XOCA 4NF6B 2H4IA 1MY4A 2O84X 3PPQA 1SW1A 5KCJA 1OVTA 3IR1A 3LR1A 3SEVA 1FTKA 2R6GE 1ANFA 3G3JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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