5ICQA

Methanobactin periplasmic binding protein
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
575
structure length
568
Chain Sequence
SHGLAMHGAPQLPKDFDHFPYADPAAKKGGRLRVGLPGTFDSLNPFNVTAAQGLVGNVFQGLMARSQDEPFTLYPLIAQSIDIDPARTRVTFHLDPRAHFSDGKPITAEDVLFSFDLLKAKGRPQQRIAYGLVKSATAPDPHRVAYDLTGVGDRELPLILAIMPVLPKHALDVERFSDATLAKPLGSGPYVVADVQAGARLLLKRDPNYWGADIPSQRGFYNFDEIDLQYFRDGNSLFEAFKAGLIDYRDETSTTRWSTGYDFPALRDGRMARESLKNENPKGLNGFVFNTRRALFKDARLREAFGMMFDFEWVNANYYAGLYTRTKSFFDESELSSSGRGASEKERALLAPWPDAVRAEILEGEWRPPVSDDRDMARRALDLLAAAGCRVDGDRLMKDGEPFSFEIMVKDRDQERLALAYASSLARIGVEVRVRLVDEVQYQRRRQKFDFDMMIGQYVASASPGNEQRMRWSSATANQESSFNLAGAASPAIDGMISALLSARSQEDFVTAVRAYDRVLLSGFYVVPLFHASEQWIAHSTDIVRPERSPRYGSPIFGPTLESWWRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Methanobactin transport machinery.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Methylocystis parvus OBBP MbnE
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Methylocystis parvus obbp
total genus 186
structure length 568
sequence length 575
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5icqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5icqA01
2B65A 3H6TA 3G3GA 3N26A 1O7TA 5L9OA 3Q25A 3PAMA 3OO6A 1B32A 3KOTA 1B9JA 4IO2A 5A5XB 3DELB 2XXHA 2UVIA 1NMUA 2PBWA 3PMVA 2F7AA 3IB0A 1N7XA 3PPQA 3CR9A 2XXYA 2YPNA 3OSRA 4EUOA 3MVXA 3TPAA 4NF5A 1B7ZA 4HW8A 4IO3A 1RKMA 3GXAA 3RTFB 4F31B 4KYDA 4R9GA 1A8FA 2PT2A 4DXUA 5IKBA 2Z22A 1AIVA 3B6TA 3KZGA 5ICTA 1VSOA 3SEXA 4KYEA 3T9VA 4ZDMA 2XD2A 4KYSA 2Q88A 2E1SA 3CFXA 5LOMA 1MXZA 1EZPA 4RNSA 3U92A 2RCBA 1LAGE 2DS9A 1PEBA 3K4UA 4ND9A 1SW5A 1D9VA 1MQJA 1JVXA 1XS5A 4KQPA 1BIYA 1YCJA 1Y20A 1OVTA 2QL3A 4N13A 1NNKA 1L5TA 2OBGA 3E9XA 4GIZA 1FW0A 3P7IA 2NVUB 3T9XB 2P2AA 5FTIA 3U1OA 3UP9A 1N84A 3GBBA 1H45A 5H8HA 1MXYA 3MVZA 3MZBA 1ZMGA 3G3HA 1LAHE 4GF8A 2UVGA 2LAOA 4LVQA 4E0XA 4L17A 4GXSB 2WOLA 3ZKLA 1TT1A 3I3VA 3DRGA 3H03A 3H06B 4H5FA 1MS7A 1FQCA 1NNPA 2HFBA 4JWOA 4PQJA 1A7LA 1A99A 3T9HB 4QRZA 4EXKA 3H6UA 2VGQA 4XKRA 5TPAA 2NUVA 2ZNUA 4EXLA 1MH4A 3PD9A 1SDXA 4AQ4A 3T9UA 1SYIA 3E3KA 1H43A 3R26A 2WOPA 1FQDA 3KJTA 4FEBA 4XKQA 5FHNA 3T22A 2NOOA 2R9JA 1UQWA 1I6AA 5A5XA 4ELOA 3MVWA 4YKPA 3PPOA 1IITA 4YKKA 2DWHA 1FTJA 4R2FA 1ATGA 5I2KA 3K1MA 4JSOA 4PFUA 1YPNA 3JZJA 1URSA 2Y7IA 1QKBA 1JW1A 1POY1 3QSLA 3RGYA 1P1NA 4KCCA 3RLFE 4M4GA 1Y1ZA 4C1TA 4F3GA 3CRBA 4ZEIA 3PD8A 4F1YA 3LSFB 3VLUA 4I8CA 1S7YA 2QRYA 3FXQA 1MM6A 4BLAA 5JTYA 2V3QA 2Q2AA 2I0BA 5DVJA 1AH5A 3Q27A 1UTHA 1ZJLA 3SEYA 3SKPA 3PUYE 2VOZA 3L6HA 1MQGA 4G68A 3K00A 4H67A 2O69A 5ICQA 4F1UA 2B3BA 4OYVA 5AA2A 5H8FA 1FQBA 5CC2A 3IO4A 1Y3PA 3RYBA 4ELPA 3FJ7A 1N04A 1EU8A 2D5WA 4NF4A 4ESWA 1JETA 4QSDA 3UN6A 3OEKA 2O1MA 3CSGA 4R6YA 1M5EA 4OENA 1WDNA 3D4GA 1B46A 3ILUB 4YMBA 5BWJA 2PVUA 1PB8A 4F2OA 3UGWA 3Q28A 5AA4A 3C9HA 3I5OA 1IUDA 3KG2A 2GHAA 4KFQA 4IY5A 3E4RA 4EDPA 3MJNA 1SD3A 4LZ7A 1RYOA 3O2AA 1ELJA 3O6IA 3IB2A 4NF5B 4MFIA 3U72A 4GL8A 2Q8JA 3T93B 4F39A 4ZE9A 4H5GA 2UVHA 1Y4TA 3OSQA 4O3BA 4QSCA 3FVKA 3LR1A 1NKXA 4ZE8A 3PUVE 2RC9A 4IGRA 4TQUQ 4LZ8A 3FGSA 3T66A 2V3TA 2A5TB 2HQ0A 4U1OA 1JEUA 3K02A 4JWYA 3U8QA 4PP0A 2QS3A 5DEXA 2QPQA 2F5XA 4ZECA 4ZZEA 3C36A 4IGTA 3EF7A 4NF6B 2B4LA 3SDFA 3FJMA 4JWXA 3W9VA 4F18A 3KJ7A 1DPEA 3LC8A 4OHNA 5FHMA 4PFYA 3FV1A 1VR5A 3IJXB 1GVCA 5CBRA 3USDA 1MXXA 5B70A 4TLMB 4EQ9A 3IR1A 4HTGA 4UA8A 4WEPA 4ZEKA 1B5HA 3GBAA 1R1NA 3HO7A 2HEUA 3QYTA 4PETA 5H8HB 3QUFA 4R6KA 3A3UA 3TUSA 3HSTA 4RK9A 3EPEA 3MP1A 1PBPA 4FATA 1GV8A 1LFGA 1VFDA 4PFWA 1PB9A 5DT6A 4BDMA 5M2VA 3QAXA 3MPLA 2A5SA 2HCAA 3KN8A 1VFEA 2O68A 3K1PA 4U21A 2XHDA 3ODBA 2G93A 4IB2A 4XIGQ 3TODA 4QFLA 3TYHA 4F1VA 4WKMA 5CMMA 1Y1MA 4G2ZA 1OQHA 2AL4A 4MH5A 1MQHA 3OENA 4QSEA 1FQAA 2ESNA 2UVJA 1MDP1 1B5IA 2Z8EA 3PUWE 1M5BA 2DSFA 3ZS6A 5I56A 4FE8A 3OEMA 2QJEA 3K0VA 2ZNTA 1XVYA 1R9QA 2VD3A 2X26A 2I0CA 4THIA 4OFOA 4I1DA 5I59B 4R72A 5I84A 3TTRA 4RPNA 3HHFA 2NWJA 4U4SA 3RYAA 2OJTA 4X1BA 3O66A 2DE3A 4BDLA 4KCDA 4OXVA 2VD2A 5CBSA 4QHQA 2UYFA 1QKAA 1MPDA 2BJJX 1MH3A 5I2KB 2GHBA 2FA7A 4OESA 2HAUA 2XD3A 2DYXA 3RY3A 1DTZA 4ZZAA 1Q35A 2ZYOA 3DRKA 3G3JA 1SW2A 2XXTA 3W9WA 4DCYA 3VV5A 3C4MA 1B3FA 5ITPA 3C32A 5L9MA 1PC3A 2UYEA 3O97A 4HCWA 1JW4A 4R75A 4H8JA 2I49A 3K6XA 3G3KA 3S9MC 1P1OA 5JTYB 2REJA 2A5TA 1B4ZA 1JVYA 4R73A 1MG1A 1LB9A 2CMOA 3CI8A 2OK2A 3C34A 5I57A 1H76A 1UTHB 4NF6A 1HSJA 1Z7ME 3S9EA 2YJPA 4GQOA 4YB7A 4G68B 4G8NA 1PBQA 4U4XA 5KCJB 4O3AA 1B3GA 5AA2B 4KI0E 5H8FB 1IQ7A 3PMXA 1DPPA 3IOVA 3BKIB 1XC1A 4F3BA 4H65A 1B4HA 1UIVA 1A40A 4NF4B 3MZ9A 4QFNA 4Q0CA 1B58A 3MC2A 2AYSA 2XX9A 2RC8A 1FTLA 2F7BA 5AA4B 3RTWB 2R6GE 4YMAA 1BKAA 1MM7A 3LSXA 4JBZA 1A55A 4RYAA 3FUZA 1Y3QA 2XX7A 4Q8RA 3N94A 4U1ZA 3TCGA 4F3PA 4LQ2A 3WAEA 4JSDA 5J1DA 1BP5A 2ABHA 1QW0A 2F36A 1SYHA 1MRPA 2RKMA 3IOWA 2ONRA 2NXOA 3VXBA 3KBRA 4FAJA 3BBRA 4NEDA 5DEXB 2F6GA 5I59A 3EN3A 4NWCA 4LUBA 2DQVA 4MF3A 1EZ9A 1FQEA 3O28A 5K2YA 3TAJA 3O29A 3LSLA 3PUZE 1JEVA 3VLWA 4GD5A 4DXBA 3SEVA 3FTOA 3VVDA 4GRKA 4LONB 1M5FA 3KSXA 1US4A 2THIA 1N3XA 1B0HA 4OVJA 2PMSA 1LFIA 4F2QA 2P1SA 3DP4A 4ELQA 5CM6A 1VE4A 1P1WA 3TMGA 1B7UA 2Y7RA 2ANJA 1GTKA 5CMCA 1CE2A 3SEWA 2O51A 3PPPA 4LP2B 2DVCA 4K3FA 5I58A 5H8NA 3VLVA 2CZLA 1QJMA 2FYIA 3HN0A 3FATA 1Y9UA 4Q5TA 4XKNA 5CMBA 3AXFA 4H8IA 1WODA 4GVOA 4UACA 4N6PA 1URDA 4U23A 1N0TA 3ONMA 1RYXA 3R7XA 5KCJA 4IY6A 1USYH 2XX8A 4E0WA 5I56B 3Q26A 3TKDA 2H99A 3MVYA 1B3EA 4QF9A 2PYYA 5CI5A 3B7DA 5H8SA 4LQ5A 1NL5A 1EH3A 3U93A 3CVGA 4GLIA 2ONKE 1FTMA 4GL0A 1UIUA 3EHUA 4RA1A 4R9FA 3V83A 1FCKA 2DXRA 4Z0IA 4GXAA 4NF8A 3M3FA 4MBPA 5FTHA 2H98A 1AOVA 2GRVA 2O7UA 3RN8A 4FJPA 1JNFA 3C33A 4YZZA 5BUUA 4IO4A 3THIA 3T96B 4IO5A 1LFHA 3BFTA 5F1QA 2Z8FA 3VVFA 3TTKA 2I48A 5FHOA 2F7CA 3TEPA 4Z7EA 1DOTA 1US5A 1Y4CA 3FXUA 4PFTA 3SERA 3KN3A 2I3VA 2ZMBA 3H6WA 1TFDA 5TP9B 2Y7PA 4F29A 4KHZE 1B3HA 2XXVA 1LCTA 3S2VA 5I57B 3CFZA 3OO9A 2OCUA 1M5CA 1XVXA 3DRIA 1OLAA 3OO7A 1B52A 1USYE 4GFRA 1MPCA 3IX1A 4MLQA 3V5AA 4DLDA 1Y3NA 2ZYMA 2DVZA 2AL5A 1B51A 3PUXE 3A3CA 2QMWA 5EHSA 2ALUA 5EHMA 1SI0A 3H4ZA 1NNFA 4XTCQ 4YB5A 3EHTA 1NNTA 1CB6A 3EHSA 1N76A 1DSNA 2P0SA 4YICA 1TFAA 2FNCA 3K1NA 2VP1A 4G4PA 1O64A 4ISUA 1HSLA 1MPBA 2V84A 1WVJA 3MPKA 1LSTA 2Z8DA 3VFJA 3O9PA 1M5DA 3KN7A 1QULA 2DE4A 2OLBA 1UTBA 4X1DA 2Z23A 1AL3A 5TU0A 4HS7A 2GFEA 3PPRA 3GLBA 2F78A 3MWBA 1KWHA 3VVEA 3QK6A 4EF1A 4H1XA 3M3LA 4QFKA 5H8QA 3TELA 3LSWA 4G68C 3IOTA 4RJZA 1LLSA 1IXIA 1URGA 4OQOA 3FVOA 3MQ9A 1LBCA 4WXJA 1B5JA 3S9NC 4IO6A 1MY4A 4OMBA 5DVFA 3G3FA 3JYRA 4QFPA 2B4MA 3ZSFA 4OWDA 3CG3A 5KDTA 3MAMA 3GZGA 1TWYA 3K6UA 5CMKA 4EQBA 5L9SA 2KLFA 1MY3A 1LAFE 4C0RA 2O7IA 1P1UA 2H5YA 2I6EA 3ZKKA 3V89B 3LVUA 4MLVA 4U2RA 3MW0A 2R71A 3ILTB 2Q9TA 2D21A 5ITOA 1ANFA 1IXGA 3K01A 4JXIA 3KFMA 5B7DA 2OWTA 1NH7A 3D4CA 4P11A 1ZTYA 4LZ5A 3UA8A 3RUMA 1GGGA 3LBSA 3TDJA 3CIJA 4IO7A 3TTLA 1D9YA 1JQFA 4FEDA 1S50A 3TCFA 2XXRA 4BDQA 5TP9A 3KEIA 5I58B 5H8NB 3IK6B 1PB7A 3G7WA 2F97A 3E13X 1IXHA 4P0IA 4DZ1A 4JDFA 5DTBA 4F22A 3DLNA 4KR5A 3IJOB 4PE5B 3FZVA 4ELRA 4R2BA 3RQTA 1OIBA 2I4CA 2RF1A 4U22A 1MXVA 4BDRA 1D4NA 4OFLA 1A54A 5AE4A 4C1UA 4NMYA 2W7YA 2Y7WA 2REGA 2ZYNA 4XXUA 1P99A 3S9LC 3L6GA 4POWA 1IIWA 4LA9A 1S9TA 3DM0A 1P1QA 5DYHA 3MP6A 2XXWA 3SESA 1MXWA 2QSXA 4JB7A 1FTKA 1YTVA 2D3IA 4ESXA 1O63A 4ZEDA 2ONSA 3TZAA 2HXWA 2DWAA 3IB1A 3M3KA 3MUQA 1F9BA 1SW4A 3PMWA 4DE8A 2PX1A 1LAXA 4NF8B 5F7VA 4P0GA 1IXCA 1ZLQA 4ZEFA 1I6QA 4YKJA 4OEVA 2F35A 2B3FA 2RINA 2Q2CA 3OXNA 4POXA 4G8HA 2HZKA 1B1HA 1Q1KA 4KPTA 5KZTA 3H6VA 1B3LA 3MZ1A 4FIMA 4RY1A 5L8DA 3O6HA 1II5A 2H9BA 5IAIA 3DP8A 1POTA 3VXCA 3QIMA 4EQ7A 1I6BA 2WKYA 4RPOA 4HCYA 3OO8A 3H7MA 2AIXA 3IAZA 3TQLA 5I2NA 4F3SA 1OLCA 4H6DA 1XT8A 3CHGA 5HM4B 4OEUA 3JV9A 3S4UA 5EYFA 4KD5A 2XXUA 2WOKA 3U94A 3HCQA 4RXLA 2DXYA 2O84X 1MXUA 1B2HA 3H3GA 1B40A 4AB5A 3ECRA 1B7HA 3TCHA 3N6TA 5AA2D 2QS4A 4NWDA 1SI1A 1LB8A 3UIFA 4YB6A 1SVXB 3RPWA 4R74A 4EF2A 2X7PA 4BDNA 2E0SA 3O6GA 1IEJA 2VHAA 1TXFA 5ELVA 4M1VA 1MY2A 4OFJA 4R6HA 3PGFA 4O3CA 2HAVA 4TLLB 3N6UA 3IL1B 3KGCA 3QXMA 4XKPA 3HPIA 3SETA 1SBPA 1R9LA 3B6WA 1ZU0A 1B1XA 2V3UA 2Q89A 3C31A 2ZXTA 1UTBB 4YAHX 1H3DA 1OQGA 4Q30B 1H44A 1NFTA 4F19A 4WEDA 1GR2A 3F11A 1IZ1A 3G3IA 2I58A 1B0LA 4H0WA 2UXAA 5H8QB 2IEEA 1BTJA 1LCFA 2F34A 4G77A 5CRYA 3K2DA 4OERA 3SEUA 3TTMA 3HV1A 1B6HA 1Z7NE 1D3KA 1PDAA 2ZNSA 2H4IA 2OWSA 1N3WA 4N07A 5HPQA 4DDDA 2GH9A 1LBBA 3N5LA 4OZ9A 1SW1A 3DP6A 2QMXA 3KOSA 1R6ZA 4I9DA 3CSBA 3MP8A 5KDTB 3OOAA 2QS2A 4BDOA 3M8UA 1XOCA 3PPNA 4DXCA 3OMBA 2G29A 2O6AA 3O6PA 1FTOA 4GWOA 1A8EA 2RCAA 2XXIA 1ZIUA 5ISUA 5AA1A 2O1LA 1JW5A 4GOTA 3I6VA 3OELA 2OZZA 3RT8A 4ZS9A 3DRFA 1AMFA 1OVBA 1OMPA 2F6PA 1YAEA 3MBPA 3BFUA 4FORA 3VDFA 1QVSA 2DWIA 3PV0E 4G8MA 2Y84A 3FD3A 3FV2A 1SQYA 2DOJA 2X7QA 4TOZA 1DMBA 2HZLA 1MY1A 3HHGA 3V8XB 4YU0A 3TTNA 1ZBMA 1I69A 3KSJA 4X9TA 3EQ1A 1N7WA 1MQDA 2YLNA 3TQWA 1ZKBA 2ZYKA 3UORA 3Q29A 2IA4A 5JK4A 3FJGA 1HSEA 3CG1A 5JEIA 4ZEBA 2XXPA 3W15C 5DVIA 3DRHA 3VE1B 3FVNA 5HBCA 1J1NA 2I3WA 1B05A 3FIRA 1LGBC 3IO6A 3IORA 3R6UA 3FXRA 4DIGA 3RT6B 3TFLA 4LATA 2Y7KA 3B6QA 2H25A 1NH8A 3PU5A 3QUJA 4YKIA 1MDQA 3OD7A 2DE2A 3LUYA 4OETA 4AB6A 1DTGA 2I4BA 1MY0A 2V25A 4ONYA 3FVGA 4NTLA 2XXQA 3IOUA 1EZOA 2DP8A 3C35A 3A09A 2M8CA 4X48A 4DCXA 4I62A 4NE4A 4QFOA 1QUKA 1XHYA 3RNNA 2QS1A 1BLFA 2RC7A 1MQIA 5K2XA 4ECFA 4OTEA 3DRJA 1FQFA 2DWJA 4FECA 1T0KA 3CFLA 3UK4A 2F8DA 3FASA 5TPAB 2V93A 5I2NB 1QUIA 2PT1A 5AA3A 3K6VA 1QUJA 3WAFA 2XXXA 4RK2A 3K6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B65A 3H6TA 3G3GA 3N26A 1O7TA 5L9OA 3Q25A 3PAMA 3OO6A 1B32A 3KOTA 1B9JA 4IO2A 5A5XB 3DELB 2XXHA 2UVIA 2WBBA 1NMUA 2PBWA 3PMVA 2F7AA 3IB0A 1N7XA 3PPQA 3CR9A 2XXYA 2YPNA 3OSRA 4EUOA 3MVXA 3TPAA 4NF5A 1B7ZA 4HW8A 4IO3A 1RKMA 4MNCA 3IFAA 3GXAA 3RTFB 4F31B 4KYDA 4R9GA 1A8FA 2PT2A 1LBYA 4DXUA 5IKBA 2Z22A 1AIVA 3B6TA 3KZGA 5ICTA 1VSOA 3GYYA 3SEXA 4KYEA 3T9VA 4ZDMA 2XD2A 4KYSA 2Q88A 1JP4A 2E1SA 3CFXA 5LOMA 1MXZA 1EZPA 4RNSA 3U92A 2RCBA 1LAGE 2DS9A 1PEBA 3K4UA 4ND9A 1SW5A 4PTKA 1D9VA 1MQJA 1JVXA 1XS5A 1IMBA 4KQPA 1BIYA 1YCJA 4NQ8A 1Y20A 1OVTA 3E78A 2QL3A 4N13A 4JVCA 1NNKA 1NV0A 1L5TA 2OBGA 3E9XA 4GIZA 1FW0A 4GWYA 4O8MA 3P7IA 2NVUB 3T9XB 2P2AA 5FTIA 3U1OA 3UP9A 1N84A 3GBBA 1H45A 5H8HA 4I3YA 1MXYA 3MVZA 3MZBA 1ZMGA 3G3HA 1LAHE 4GF8A 2UVGA 1VDWA 2LAOA 4OA4A 1LBXA 4LVQA 4E0XA 4L17A 5ESYA 4GXSB 2WOLA 4N81A 3ZKLA 1TT1A 1DK4A 3I3VA 4PFRA 3DRGA 3H03A 3H06B 4H5FA 1MS7A 4HXVA 1FQCA 1NNPA 2HFBA 4JWOA 4PQJA 1A7LA 1A99A 3T9HB 4QRZA 4EXKA 1IMAA 3H6UA 2VGQA 4XKRA 5ET7A 5TPAA 2NUVA 2ZNUA 4EXLA 1MH4A 3PD9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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