5ICQA

Methanobactin periplasmic binding protein
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
575
structure length
568
Chain Sequence
SHGLAMHGAPQLPKDFDHFPYADPAAKKGGRLRVGLPGTFDSLNPFNVTAAQGLVGNVFQGLMARSQDEPFTLYPLIAQSIDIDPARTRVTFHLDPRAHFSDGKPITAEDVLFSFDLLKAKGRPQQRIAYGLVKSATAPDPHRVAYDLTGVGDRELPLILAIMPVLPKHALDVERFSDATLAKPLGSGPYVVADVQAGARLLLKRDPNYWGADIPSQRGFYNFDEIDLQYFRDGNSLFEAFKAGLIDYRDETSTTRWSTGYDFPALRDGRMARESLKNENPKGLNGFVFNTRRALFKDARLREAFGMMFDFEWVNANYYAGLYTRTKSFFDESELSSSGRGASEKERALLAPWPDAVRAEILEGEWRPPVSDDRDMARRALDLLAAAGCRVDGDRLMKDGEPFSFEIMVKDRDQERLALAYASSLARIGVEVRVRLVDEVQYQRRRQKFDFDMMIGQYVASASPGNEQRMRWSSATANQESSFNLAGAASPAIDGMISALLSARSQEDFVTAVRAYDRVLLSGFYVVPLFHASEQWIAHSTDIVRPERSPRYGSPIFGPTLESWWRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Periplasmic binding protein
molecule keywords Methylocystis parvus OBBP MbnE
publication title Methanobactin transport machinery.
pubmed doi rcsb
source organism Methylocystis parvus obbp
total genus 186
structure length 568
sequence length 575
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5icqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5icqA01
1PEBA 3SEXA 4I9DA 3K4UA 2PT2A 1N04A 4GLIA 4LUBA 4YKIA 3IOWA 3C35A 3N6UA 3Q26A 4RY1A 3VDFA 1TXFA 2QSXA 4YZZA 3O6IA 2R9JA 4IB2A 3R6UA 2I0BA 3AXFA 1MDP1 1JNFA 1M5BA 1DMBA 4N6PA 2PYYA 4OZ9A 1MY4A 2Q88A 2F8DA 2QRYA 1HSJA 2H25A 4P11A 4XKQA 3IJOB 2I3VA 1H43A 3M3FA 4MF3A 3EPEA 1FTOA 4NF6B 2NWJA 1GGGA 2A5TA 3IORA 4GVOA 1PBPA 5AA2A 4XKPA 1YTVA 2AIXA 5TP9B 4QFNA 3QIMA 1RYXA 3C9HA 3M3KA 3GLBA 3KSJA 3SDFA 3CVGA 4C1TA 3F11A 4KYEA 1MPCA 2XXHA 1JW4A 3TTLA 2F5XA 3GXAA 4U23A 2ONKE 3KJTA 4DCXA 1VSOA 4Q5TA 4PFTA 5I56B 1SW4A 4YAHX 5FHOA 1SQYA 3CSBA 4MH5A 1B5JA 2O84X 3S9LC 2UVJA 3JV9A 5CMMA 3FVGA 2E1SA 3ECRA 2B3BA 4R9GA 4IY5A 3T22A 5I84A 4FEDA 3OSRA 1XVYA 3MJNA 4NF8B 5I59A 3PPNA 3KOTA 1B4ZA 1LAXA 1FQBA 3C34A 2DQVA 3D4CA 1B46A 1DOTA 4DE8A 4PE5B 2OJTA 3IJXB 4YKJA 4G4PA 5KZTA 1US4A 2AL4A 1H3DA 2PX1A 5L8DA 2O6AA 1Y3NA 5AA4A 3Q28A 1UQWA 1ZKBA 3G3KA 2UYEA 2RINA 2I48A 3OENA 3E3KA 5ITOA 1DPEA 3LUYA 3ZS6A 4IO5A 3H03A 3MAMA 3PPRA 1H45A 3SEUA 1FTKA 1WDNA 2F35A 3MP6A 3UK4A 3IL1B 3TMGA 4HS7A 5I57B 1FQCA 1P1NA 3DM0A 3IO4A 2XXUA 1NFTA 1URSA 1ELJA 1SDXA 3DRGA 3HN0A 3O97A 4RA1A 3KFMA 1OQHA 3KZGA 3T9HB 1UTBB 4BDNA 4QF9A 1QVSA 5DVFA 4H8JA 1FQFA 3IK6B 1NNPA 5H8HA 3IR1A 4IO2A 3N94A 3VVFA 2V3QA 4PETA 4YMBA 4KCCA 3KBRA 4LZ5A 4DZ1A 1EU8A 3K00A 3T66A 3QXMA 1Q35A 4RPOA 2VP1A 2ONSA 3UGWA 2B3FA 2F78A 4POXA 1Y3QA 1URGA 2PBWA 3E9XA 3V83A 2X7QA 4ZEBA 4GRKA 1R6ZA 4PP0A 4R6KA 3PUZE 3U8QA 2A5TB 1MS7A 3UA8A 4AB6A 2F7AA 1US5A 4GL0A 1O7TA 4MLQA 3KJ7A 2YPNA 3IB1A 1URDA 2H99A 3BFUA 3VFJA 2VD3A 3OEKA 3K1NA 1Y4TA 3FVOA 4GF8A 1O63A 1D9VA 1A55A 4L17A 3IB0A 1AL3A 2O51A 4I8CA 3TQLA 2DXYA 2HFBA 3MUQA 4G8HA 1Y9UA 2FA7A 3OO6A 4LZ8A 4FATA 1B0LA 3U92A 2QS2A 5L9SA 1LB8A 2ALUA 1VFDA 1MXUA 2I58A 2ZXTA 2Y7RA 1H44A 4AQ4A 3H3GA 1NMUA 4O3AA 4N07A 3TDJA 4F22A 2NOOA 3EHTA 3K2DA 4BLAA 1JETA 4LP2B 4G68A 3PPQA 5CM6A 3LC8A 2AL5A 3DELB 5EHMA 3PD9A 1VR5A 2WOPA 2V3TA 3RPWA 1TFDA 2PT1A 4U4XA 5AA4B 1DPPA 3FTOA 1Y3PA 4OFJA 3DRJA 1MY0A 1MPBA 1ZLQA 1LFGA 4KD5A 4JB7A 4H67A 4M4GA 1QUIA 4PQJA 3H6TA 3U93A 3TTNA 4OXVA 1M5DA 4NTLA 2QJEA 4DCYA 4ZEFA 1LFIA 3FUZA 1SI0A 1BTJA 1BP5A 4XIGQ 3KGCA 1LAFE 2O7UA 4LQ2A 1II5A 4YICA 2FNCA 2DP8A 3PUVE 3SEYA 1IXHA 4LA9A 5F1QA 1LSTA 2M8CA 4F3SA 3LVUA 2RC7A 3SETA 1TT1A 2XHDA 2RC9A 1SYHA 5H8HB 1B0HA 1MH3A 3OELA 1M5CA 4EF2A 2O7IA 3KSXA 3L6GA 2HZKA 3CFXA 1USYH 2WKYA 1JW5A 1S9TA 2ONRA 1B7UA 4EF1A 3DRHA 1I69A 1I6BA 3MZ9A 1R1NA 1Y1MA 3H6VA 3TPAA 3VV5A 1QUJA 1Y20A 4F3PA 3O6PA 3MZBA 3BFTA 1NNKA 3K6XA 2ZYNA 3M3LA 2XX7A 5FHNA 3MQ9A 3A09A 1PB7A 2QS3A 3VE1B 1MY2A 3FXRA 4F39A 4RYAA 2Z23A 2ZNSA 2IEEA 4ONYA 1YPNA 4NF5B 1IXCA 3PMVA 1N3WA 2H5YA 3K02A 5H8NA 4ZZAA 3G3JA 3B6QA 4H1XA 3UP9A 4E0WA 2Q2AA 3PPPA 4AB5A 4QSEA 4XXUA 4Z7EA 1RYOA 2HXWA 1EZOA 2PVUA 4F2OA 4DXCA 4TQUQ 3W9WA 1NH7A 5CRYA 4H0WA 1WODA 3TZAA 1B9JA 4RJZA 3FASA 1USYE 5DYHA 2DE2A 4H8IA 4R2FA 2DWIA 3WAEA 1LCFA 3K1MA 1LBBA 5KDTA 5JTYA 3PMXA 3EF7A 3O66A 3THIA 3VXBA 2Z8FA 1UIUA 4WXJA 4EQ9A 3T96B 4R6HA 4GFRA 5AA3A 1JQFA 4ECFA 4NF4A 2Y7WA 3SERA 4BDMA 4NWDA 1B3LA 4KCDA 2O1MA 2HCAA 4KFQA 1UTHA 3KN3A 4QFKA 4O3CA 3O29A 2XXTA 4Q30B 3OO8A 2F97A 3G3FA 1B52A 4C0RA 3VVEA 5B70A 2XXWA 4X1DA 4R75A 3P7IA 5H8FA 5TU0A 4KPTA 3DP6A 2CZLA 3TCGA 2A5SA 3TCFA 3S9NC 3H06B 3ONMA 1ZBMA 3OOAA 3LR1A 5K2XA 4N13A 1QW0A 3MWBA 1QULA 1R9LA 1SBPA 3SEWA 2BJJX 2I4CA 4YB7A 3RUMA 4X9TA 3IAZA 1DSNA 1JVYA 2DWAA 4OENA 4H65A 3C4MA 3N5LA 1Z7NE 2XD2A 4TOZA 1AH5A 3B6TA 5I2KA 3OEMA 2VOZA 4OQOA 3T9VA 4EDPA 1B40A 3TKDA 5AA1A 2QS4A 2WOKA 1MY3A 3V8XB 4U1OA 1EH3A 5AA2D 2UVGA 4THIA 4GD5A 1B7ZA 4KI0E 3W15C 1LBCA 2HEUA 4FAJA 3WAFA 3O2AA 2V25A 3C36A 4MLVA 3I6VA 4U4SA 1YCJA 2QMWA 2XXRA 4E0XA 2D5WA 3VLUA 3HCQA 3CG1A 1DTZA 3KOSA 2Q89A 2P2AA 3ODBA 3DRIA 3G7WA 4QFPA 4XKRA 3VVDA 1JVXA 1TWYA 3VXCA 3FD3A 5H8NB 1P99A 2OK2A 1BKAA 5CMKA 1N3XA 3MVWA 3T9XB 3TFLA 3MW0A 3KN7A 1JEUA 4XTCQ 4KHZE 2HAUA 3D4GA 1ZIUA 1MQDA 1SYIA 4ZE8A 2QL3A 4Q8RA 3N6TA 3OSQA 4IGRA 4H5GA 5FTHA 1A40A 3U72A 1P1QA 2H98A 1B7HA 3MC2A 2RF1A 1LLSA 4HCWA 3K6VA 2I4BA 3Q29A 4H5FA 5CC2A 1AMFA 5DTBA 4NEDA 2ZMBA 5KDTB 5JTYB 1Y4CA 3KG2A 1MDQA 1MRPA 4EQBA 3DP8A 3MP8A 3JZJA 3DLNA 1IEJA 1ZTYA 3TUSA 4NF4B 5AA2B 2D3IA 3RNNA 2ZNUA 2NUVA 2NVUB 1A99A 5DT6A 1XT8A 1B32A 4C1UA 2OZZA 3EHUA 1F9BA 3K6WA 1AIVA 4RXLA 1ZMGA 4OEVA 2I6EA 2DS9A 4FIMA 1B2HA 3K01A 2Z22A 2F6GA 1IXIA 2PMSA 1OVBA 2V93A 3W9VA 3PMWA 1POY1 2I49A 2UVIA 3SEVA 3USDA 5H8QA 2IA4A 5H8FB 1EZPA 4Z0IA 3FGSA 3OMBA 3IOVA 5ICTA 2CMOA 4F29A 2ZYKA 4H6DA 4F3BA 2DVCA 5HBCA 1OIBA 2XXVA 3IOUA 5FHMA 2GHAA 3FXQA 3H7MA 3CHGA 5CBSA 1FTJA 3N26A 4F18A 3PV0E 4JXIA 5I59B 1JW1A 4NE4A 1BIYA 4R9FA 2Y84A 4BDOA 4BDLA 1EZ9A 4ZE9A 2QS1A 3GZGA 1MXYA 1B3FA 2OWSA 2Q9TA 2WOLA 3ILTB 5I2KB 2UVHA 1D9YA 3MPKA 2O68A 2XXIA 3MVYA 3QUJA 3T93B 3IO6A 1FTLA 5BUUA 2I3WA 3DRFA 1ATGA 5IKBA 4ELPA 1LB9A 2DWHA 3CR9A 1I6AA 3DRKA 4JSDA 3MP1A 5TP9A 1B05A 1OQGA 4BDRA 4IO7A 4U2RA 3O6GA 1NH8A 5DEXA 5ISUA 3UORA 4DLDA 1PC3A 4HCYA 3RLFE 3TTKA 3PPOA 4JWYA 4LQ5A 2OBGA 3EHSA 4UA8A 4DXUA 3O9PA 3FJ7A 3HO7A 5L9MA 2GHBA 4XKNA 4QHQA 1XOCA 2R6GE 4GOTA 2O1LA 4YU0A 1MG1A 2X7PA 1NKXA 3SESA 3H6WA 4ZECA 1NNTA 3B7DA 5IAIA 4ZDMA 1HSLA 4G2ZA 1B1XA 3QAXA 3U1OA 1XS5A 1QKAA 1LAGE 4QFOA 1ANFA 1GR2A 3TCHA 1CB6A 4F31B 1O64A 2UYFA 3UN6A 4PFWA 1P1WA 2RCAA 3RQTA 4EQ7A 4FORA 3H6UA 3V5AA 3MPLA 1Q1KA 3IOTA 3SKPA 3G3GA 4WKMA 4WEPA 3HHGA 3RTWB 1FCKA 4F1YA 2F34A 1J1NA 2Z8EA 3H4ZA 2DE4A 4O3BA 2VD2A 2QMXA 1Z7ME 2DE3A 3LBSA 2DSFA 4YB5A 2F36A 4TLLB 2RC8A 1M5FA 2ZYOA 2QPQA 4GL8A 5KCJA 4EXKA 4DXBA 5H8QB 5CBRA 2G29A 3PU5A 2OLBA 1A8FA 2XXQA 2NXOA 3PGFA 3KN8A 1UTBA 3LSFB 1QUKA 5A5XA 3FZVA 2G93A 3FJGA 4QSDA 1GV8A 5BWJA 3CFLA 4NWCA 2O69A 3HSTA 3RN8A 2Q2CA 3BKIB 1B3EA 4HTGA 4F19A 1D3KA 2H4IA 1N84A 3V89B 1H76A 3B6WA 3FIRA 3S9MC 5L9OA 1DTGA 2P0SA 3PUXE 4QRZA 1TFAA 4ELOA 3G3IA 2FYIA 4G68B 2H9BA 4LATA 3DP4A 3TQWA 2Y7IA 4TLMB 5J1DA 2E0SA 1A7LA 3HHFA 3K1PA 5H8SA 4G77A 2GRVA 5TPAA 3PAMA 4EUOA 3ZSFA 4RPNA 3CIJA 3HPIA 2XD3A 1KWHA 5DEXB 3CFZA 1MY1A 4GIZA 4K3FA 4KYDA 4OHNA 4GWOA 4I62A 1PB8A 4OERA 3RY3A 3GBBA 5CMBA 3RTFB 3QK6A 1B58A 2HAVA 3OO9A 3PUWE 1B5IA 1SW5A 5M2VA 4UACA 4MFIA 1N7WA 4RK2A 2LAOA 3L6HA 5I58A 4IY6A 3OD7A 4WEDA 1NNFA 2R71A 3FJMA 1QJMA 4ELRA 5CMCA 2B4LA 2Y7KA 3FVNA 2XXXA 3LSLA 1IIWA 1LAHE 1P1OA 3O28A 2THIA 4R72A 1R9QA 4U1ZA 4GXAA 4G8NA 1L5TA 3IB2A 4F1VA 2XX9A 2YLNA 2DYXA 3TTRA 5ICQA 3CRBA 4OVJA 3QSLA 1B1HA 1S50A 4G68C 2P1SA 1PB9A 3M8UA 4FECA 4U22A 3FXUA 3CI8A 3HV1A 2GH9A 4P0GA 1AOVA 5EYFA 4PFUA 3OO7A 1OMPA 1POTA 2OWTA 4GXSB 4LZ7A 3CSGA 1IUDA 5HM4B 2REGA 1QKBA 4JWOA 2UXAA 3MVZA 1MXWA 4ZZEA 4KR5A 4M1VA 5CI5A 3O6HA 4RNSA 4U21A 1FQEA 5KCJB 2KLFA 4YKKA 4ZEIA 4JBZA 2B65A 1NL5A 3TYHA 3RYAA 4R73A 3K6UA 1JEVA 4JDFA 5A5XB 1M5EA 4F1UA 4FJPA 4OFOA 2ABHA 5JK4A 2XX8A 3VLVA 1MQHA 2XXPA 2DOJA 1MPDA 2HZLA 1HSEA 2ZYMA 4Q0CA 4X1BA 3C31A 2F6PA 3Q25A 1MQJA 3RYBA 3VLWA 5I2NA 1ZU0A 1MQIA 3FATA 2V84A 4BDQA 3C33A 1P1UA 1GVCA 3TODA 3RT8A 4F3GA 2RKMA 1RKMA 3QUFA 3S4UA 1A8EA 2GFEA 2B4MA 3IX1A 4P0IA 1UTHB 1IITA 2OCUA 1I6QA 5LOMA 2F7BA 1FTMA 4ZEDA 5TPAB 4NF5A 1FQDA 3QYTA 4QFLA 1SI1A 4EXLA 3RGYA 4OYVA 2VHAA 1CE2A 1MXVA 1XC1A 5ELVA 2XXYA 2F7CA 4R6YA 2REJA 3JYRA 4POWA 4G8MA 4OEUA 4FEBA 1N0TA 4OTEA 1IQ7A 1SD3A 3U94A 4LONB 5I58B 1XHYA 4OMBA 5B7DA 4GQOA 2ZNTA 1MXXA 4YKPA 4KYSA 3Q27A 4JWXA 1YAEA 1B4HA 4ESXA 1SVXB 4OETA 1OVTA 4ZS9A 4X48A 2DWJA 1LGBC 1VE4A 4ZEKA 1S7YA 4NF6A 3TAJA 3MVXA 2AYSA 4OFLA 1MM7A 2DVZA 4F2QA 4LVQA 4IO3A 2W7YA 1PBQA 3ZKLA 2VGQA 4IO6A 3ZKKA 4YMAA 1B6HA 4FE8A 3TELA 3OXNA 3EQ1A 4OESA 4ELQA 4HW8A 1B51A 3FV2A 4ND9A 3ILUB 4ISUA 3T9UA 2X26A 5I56A 1A54A 2Z8DA 3KEIA 1UIVA 1FW0A 3CG3A 4OWDA 3EN3A 1MM6A 3C32A 3MBPA 3E4RA 1SW2A 2Y7PA 1PDAA 2RCBA 3LSWA 3A3UA 3FVKA 2ANJA 5AE4A 1OLCA 3LSXA 1IXGA 4RK9A 1IZ1A 5DVIA 3RT6B 5DVJA 3E13X 1Y1ZA 4NF8A 1OLAA 4R74A 1FQAA 3TEPA 1MQGA 1B5HA 2HQ0A 2ESNA 4MBPA 3TTMA 4I1DA 3S9EA 5K2YA 3PUYE 2YJPA 1T0KA 4YB6A 1BLFA 4KQPA 5JEIA 1MH4A 3K0VA 4ESWA 4DIGA 1LFHA 2V3UA 4PFYA 1MXZA 4QSCA 5F7VA 3R26A 1WVJA 2I0CA 3R7XA 1ZJLA 3UIFA 1VFEA 5I2NB 1N7XA 3BBRA 4IGTA 4JSOA 1XVXA 1N76A 2DXRA 5EHSA 3PD8A 1D4NA 3MZ1A 3I5OA 3A3CA 3GBAA 1GTKA 1SW1A 5FTIA 4IO4A 1B3HA 1LCTA 3S2VA 5I57A 3G3HA 5HPQA 3I3VA 5ITPA 2D21A 3FV1A 4R2BA 1B3GA 2Q8JA 4NMYA 4DDDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PCRA 1PEBA 3SEXA 4I9DA 3K4UA 2PT2A 1Q9DA 1N04A 4GLIA 4LUBA 4YKIA 3IOWA 1BK4A 1NV7A 1DCUA 3C35A 3N6UA 3Q26A 4RY1A 3VDFA 1TXFA 2QSXA 4YZZA 3O6IA 4N8GA 2R9JA 4IB2A 3R6UA 2I0BA 3AXFA 1MDP1 1JNFA 1FBPA 1DMBA 1M5BA 2FIEA 4N6PA 2PYYA 4OZ9A 4P3LA 1MY4A 2Q88A 3PTYA 2F8DA 4NF0A 2QRYA 1HSJA 2H25A 4P11A 4XKQA 3IJOB 2I3VA 1H43A 3M3FA 4MF3A 1IMBA 3EPEA 1VDWA 1FTOA 4NF6B 2NWJA 3QMFA 1GGGA 2A5TA 3IORA 4GVOA 1NUZA 1PBPA 5AA2A 4XKPA 1FJ6A 1YTVA 2AIXA 5TP9B 4QFNA 3QIMA 1RYXA 3C9HA 3M3KA 3GLBA 3KSJA 3SDFA 5IM2A 3CVGA 4C1TA 3F11A 4KYEA 1MPCA 2XXHA 1JW4A 3TTLA 2F5XA 3GXAA 4U23A 1IMCA 2ONKE 3KJTA 4DCXA 1VSOA 4Q5TA 4PFTA 5I56B 1SW4A 4YAHX 5FHOA 1NV0A 1SQYA 3CSBA 4MH5A 4N4UA 1B5JA 2O84X 3S9LC 1FBCA 2UVJA 5ET8A 3JV9A 5CMMA 3FVGA 2E1SA 3ECRA 1FBEA 2B3BA 4R9GA 4IY5A 3T22A 5I84A 4FEDA 3OSRA 1XVYA 3MJNA 4NF8B 1FBHA 5I59A 5IGAA 3PPNA 1IMFA 3KOTA 1B4ZA 1LAXA 1FQBA 3C34A 3EKIA 2DQVA 1IMAA 3D4CA 1B46A 1DOTA 4DE8A 1SPIA 4PE5B 2OJTA 3IJXB 4YKJA 4G4PA 5KZTA 4I3YA 1US4A 2AL4A 4MAGA 1H3DA 2PX1A 5L8DA 2O6AA 3SZPA 1Y3NA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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