5ICQA

Methanobactin periplasmic binding protein
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
575
structure length
568
Chain Sequence
b'SHGLAMHGAPQLPKDFDHFPYADPAAKKGGRLRVGLPGTFDSLNPFNVTAAQGLVGNVFQGLMARSQDEPFTLYPLIAQSIDIDPARTRVTFHLDPRAHFSDGKPITAEDVLFSFDLLKAKGRPQQRIAYGLVKSATAPDPHRVAYDLTGVGDRELPLILAIMPVLPKHALDVERFSDATLAKPLGSGPYVVADVQAGARLLLKRDPNYWGADIPSQRGFYNFDEIDLQYFRDGNSLFEAFKAGLIDYRDETSTTRWSTGYDFPALRDGRMARESLKNENPKGLNGFVFNTRRALFKDARLREAFGMMFDFEWVNANYYAGLYTRTKSFFDESELSSSGRGASEKERALLAPWPDAVRAEILEGEWRPPVSDDRDMARRALDLLAAAGCRVDGDRLMKDGEPFSFEIMVKDRDQERLALAYASSLARIGVEVRVRLVDEVQYQRRRQKFDFDMMIGQYVASASPGNEQRMRWSSATANQESSFNLAGAASPAIDGMISALLSARSQEDFVTAVRAYDRVLLSGFYVVPLFHASEQWIAHSTDIVRPERSPRYGSPIFGPTLESWWRKN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Methanobactin transport machinery.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Methylocystis parvus OBBP MbnE
source organism Methylocystis parvus obbp
molecule tags Periplasmic binding protein
total genus 186
structure length 568
sequence length 575
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5icqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5icqA01
3IORA 3CFLA 1B05A 3SEWA 3W15C 3B6QA 4MLVA 3RUMA 3RT8A 3KSJA 1R9LA 5KZTA 2QMWA 3K00A 3PV0E 4F1YA 3EF7A 4ND9A 5DEXA 4DCYA 1LFGA 2ONRA 3MAMA 1S9TA 1JQFA 2WOLA 1OQGA 2Y7PA 2THIA 5H8NB 2V3UA 4PP0A 1LGBC 5ICTA 2KLFA 4NF4A 2H4IA 1PDAA 2YLNA 3T93B 1GTKA 1Q1KA 5BWJA 1SW4A 4EF1A 2CMOA 1URGA 3BFUA 1B7UA 1MM6A 4YMBA 1B4HA 4R73A 3G3JA 3G7WA 2RC7A 4DXUA 2FNCA 5ITOA 4G68C 4KI0E 3H6VA 2A5TA 4LQ5A 4XKRA 5J1DA 1M5BA 4JXIA 5H8FA 1JW4A 5KDTB 3M3FA 3K1MA 3K2DA 2YJPA 1LFHA 3OO6A 3S2VA 1NMUA 5CMCA 2H98A 1Y20A 2I3VA 3VVEA 5H8HA 5I2NB 5M2VA 3HHGA 2ZYNA 3LBSA 5ISUA 3DP4A 3SEXA 1O7TA 5AA4B 1ZU0A 2VD2A 5CBRA 4GXSB 4BDQA 5L8DA 5FTHA 4PE5B 1AMFA 2F36A 5I59A 3KN3A 4N6PA 4FORA 4MLQA 1UIUA 1XOCA 1B7HA 3C31A 4NMYA 4U4SA 4YZZA 4IGTA 1MS7A 2Q2CA 3PGFA 4X1DA 3SDFA 3PUWE 3RPWA 4OESA 2PT2A 1N7WA 3MPLA 3V5AA 1POTA 3MVYA 2OBGA 2I58A 1EZ9A 1US5A 5L9OA 4WEDA 1TT1A 4LVQA 1HSLA 3CSGA 1B5HA 3CG1A 2P0SA 4WXJA 5I56A 3QAXA 1Y9UA 3MBPA 1MPBA 2Y7IA 4OEVA 2ZYOA 1B2HA 4QF9A 1B51A 1F9BA 3G3KA 3MPKA 3IK6B 4HCWA 3C34A 4WEPA 1II5A 3DRFA 1OVBA 3K0VA 3KEIA 1N76A 4R6YA 5ELVA 1QUKA 3E9XA 5CMMA 5JTYA 3IOTA 1USYH 2O1MA 4R74A 1WVJA 3FV2A 1IXGA 4THIA 1A8FA 3IJOB 4NF8B 3V83A 1QKBA 2PBWA 5TPAB 2ESNA 3O66A 1JETA 1D3KA 4DXBA 1FTKA 1HSEA 4NF4B 4Z7EA 1NL5A 2ZNUA 3VV5A 4RA1A 3H7MA 3MZBA 2XX8A 5DYHA 1MDQA 1P99A 2PT1A 2OK2A 4HW8A 1A7LA 3RT6B 4QSDA 1SW2A 3KG2A 4FEBA 1IQ7A 1I6QA 1FCKA 4XKPA 2QMXA 3MQ9A 4JB7A 2ALUA 3C9HA 2GRVA 2V3QA 1VR5A 3TMGA 2A5TB 2B65A 2XHDA 1M5DA 2A5SA 4OETA 5H8FB 2RC8A 3O6HA 1XS5A 4X48A 3K4UA 2HAVA 3BKIB 4H8IA 4P0GA 4JWXA 5A5XA 3M8UA 3IX1A 4XIGQ 2Q8JA 4F3GA 5H8HB 3JZJA 3OEKA 2OWTA 4GL8A 5DVJA 1JNFA 3FXQA 1VSOA 4YB5A 3RGYA 3K1PA 1ZKBA 2ZXTA 2I0BA 1MY0A 1H44A 3W9VA 4ZEKA 1MRPA 3HN0A 3TFLA 3ILUB 2DVCA 1LSTA 4M1VA 4RPOA 2NUVA 2XD3A 4F39A 3WAFA 1MY3A 4NTLA 2E1SA 1M5FA 4IY5A 1YTVA 3MWBA 2OJTA 1TFAA 2B3BA 1FQEA 3C33A 2UVJA 3FATA 3RNNA 2V3TA 3KOTA 1YPNA 5IAIA 1GV8A 4R2BA 1QW0A 2XXIA 1LLSA 3PMWA 4PETA 2I6EA 4ZE8A 3OO7A 3LR1A 3D4CA 1T0KA 3IJXB 3OOAA 2ZNTA 3FVNA 1H3DA 4I1DA 1MXWA 2GHBA 1MY4A 3PUXE 1IUDA 5DVIA 3Q27A 2ABHA 4FECA 4KD5A 3VDFA 1MQHA 3DRIA 3E4RA 3PPRA 5I58A 2F6GA 3TTLA 4EF2A 1B3FA 3FVOA 2D3IA 5JTYB 3KZGA 3MC2A 4KYEA 3BBRA 3K1NA 4F3SA 3UN6A 2DP8A 2VGQA 2DE2A 4FJPA 1JW1A 2I48A 3TPAA 3VFJA 3U94A 1SVXB 3C32A 4KHZE 2M8CA 2F5XA 2W7YA 4KYSA 4POXA 5BUUA 4R6HA 4DE8A 4ZEIA 4ZZAA 3KFMA 3RQTA 1B4ZA 4YKIA 5FHNA 3SKPA 3QSLA 2O1LA 4KQPA 4ESXA 4ELOA 3TAJA 3B6WA 3CIJA 1NNFA 1WODA 4EXLA 1DSNA 1FTJA 1DPPA 4F2OA 4F22A 1YCJA 3LUYA 2X7PA 4EXKA 3T9UA 1AH5A 2Q88A 2FA7A 4RYAA 3Q26A 4P0IA 2GFEA 4YU0A 4EDPA 2X7QA 2O68A 2NXOA 2VOZA 1B0HA 2WOKA 2ANJA 4C1TA 2CZLA 3CVGA 1TFDA 1Y1MA 2DE3A 2HZKA 3I3VA 3N6UA 4OTEA 1NNKA 2WOPA 4YKPA 1POY1 3DP8A 1P1WA 2G29A 4YKJA 1BP5A 4H6DA 1FTLA 5HBCA 1H43A 3TDJA 5AE4A 4OFOA 5I2KB 3GLBA 3S4UA 3JYRA 1QKAA 4E0WA 3SEUA 3GBAA 3V89B 4F18A 3PD9A 1LB9A 1I6AA 1OMPA 3HHFA 3UIFA 3PUVE 4OWDA 2F35A 1Y4CA 1FQAA 4KFQA 2DWHA 1I6BA 3RYAA 4F3PA 1MXZA 4RY1A 2I4BA 4XKQA 4G8HA 1EZOA 4N07A 5CMBA 1B3GA 3S9EA 1B5IA 1DOTA 2QS3A 3IR1A 4ZEDA 4I62A 4N13A 4ELQA 4EQ7A 4IO5A 3P7IA 3O6GA 1PEBA 3SETA 1QUJA 4PFWA 2B4MA 4OZ9A 4BLAA 3V8XB 4BDNA 3Q25A 2RCBA 1ELJA 4KR5A 4QRZA 4JWOA 3FVGA 3HO7A 1NNTA 2B4LA 4JWYA 4JBZA 4U1ZA 1UTBA 4IO4A 2PX1A 1SBPA 2QSXA 4RNSA 3H6UA 2V25A 1XHYA 2RF1A 1IXCA 3DP6A 5F1QA 3LSWA 1H76A 3OD7A 1A40A 1BLFA 2I0CA 2OCUA 1JEUA 4EUOA 4MFIA 1B1XA 1XVXA 1TXFA 5L9MA 4H5GA 1Y3NA 3TQLA 3MZ1A 2F97A 4RPNA 2P1SA 3TODA 1N0TA 1JVXA 3PMVA 3IB1A 3RTWB 1ZIUA 4UA8A 4FE8A 4PFUA 5CRYA 4NF5A 2XXUA 2XXVA 4Q30B 4KCCA 1P1NA 3PPQA 4GVOA 4R9GA 4AB5A 2REJA 4IGRA 3QIMA 4H1XA 3PPOA 2R71A 3IB2A 1IXIA 1QVSA 2Z8EA 3TTKA 1IZ1A 1JW5A 4K3FA 3KGCA 4F1VA 5KCJA 3O6IA 4RJZA 2AL5A 3PPNA 4GRKA 2OLBA 2XX9A 1NH7A 1N3XA 4Z0IA 2HCAA 4OMBA 1B0LA 3G3HA 2PVUA 3C36A 3QYTA 1ATGA 1D4NA 5K2XA 5B70A 5DEXB 3MVXA 2H99A 1N7XA 4QHQA 1OVTA 3D4GA 3DRKA 2XXWA 1SI1A 1ZLQA 1Y3QA 4ONYA 1A8EA 5EHSA 1URSA 3KOSA 4OEUA 3ONMA 5I57A 1I69A 4YB7A 4TQUQ 4BDMA 2UVHA 2H25A 3CI8A 5I84A 1MG1A 3A3CA 3ZS6A 4QFPA 2DS9A 3H6WA 5ITPA 4BDLA 2DXRA 2XXQA 1LAXA 3O97A 3SEYA 1B46A 1JVYA 1PBQA 3PUZE 1LCFA 2QRYA 4OERA 1DMBA 4Q0CA 3MVWA 3I5OA 1FQBA 3G3GA 1P1OA 4KYDA 4POWA 3TQWA 2ZNSA 3UA8A 4AQ4A 4GL0A 3FASA 2AL4A 1P1UA 2Q9TA 2Y7WA 2V93A 1MY2A 4GOTA 3K6UA 2BJJX 1PB9A 3VLWA 2QS1A 3T66A 3EHTA 3RN8A 1AOVA 1UTBB 3FVKA 4ZEBA 1MQGA 3FXRA 4NEDA 5I59B 1SYHA 3IO4A 2UYEA 4ZS9A 1O63A 1MPDA 2XD2A 4LZ7A 3O9PA 1MXUA 1MQJA 1PB8A 4TLMB 1NNPA 2OZZA 3EQ1A 2VD3A 2O7IA 3VVDA 1TWYA 1FTOA 5L9SA 2QS2A 3CRBA 4LUBA 1OLCA 4QSEA 3LVUA 2VHAA 2RINA 4R75A 1WDNA 4E0XA 3TCGA 3HSTA 3H6TA 1IITA 3QUJA 4G77A 2XXTA 1FQFA 3N94A 5HM4B 5I56B 3FJ7A 1M5EA 2HQ0A 3S9MC 3N26A 1Y3PA 3Q29A 1B52A 4U1OA 1ANFA 1LBBA 4QFNA 5CM6A 3VXBA 1PC3A 3OSQA 4IO2A 4LATA 2QL3A 4ZE9A 3U93A 1UTHA 2UVIA 3SERA 3IB0A 1DTGA 2DWJA 3L6HA 5JEIA 1Z7NE 3MP6A 3THIA 1FQCA 3MVZA 2Z22A 3DELB 3H3GA 4OFJA 4OFLA 5HPQA 2D5WA 1RYOA 3CFZA 4LQ2A 3H03A 4X1BA 4ECFA 3IOVA 4GFRA 4LONB 3KBRA 3CG3A 4L17A 4OXVA 3MP1A 1QJMA 5I2NA 3IAZA 4YICA 2DXYA 3GXAA 3FJMA 4H65A 3CFXA 5H8QA 5I57B 3SESA 3UK4A 3HV1A 2Y7KA 3FD3A 4DLDA 1ZMGA 1MH4A 1Y1ZA 1BKAA 4F2QA 3HCQA 5DVFA 2F34A 3U1OA 2HXWA 4UACA 3TTNA 3EPEA 1Z7ME 2Q2AA 3IL1B 2F7AA 2QJEA 4OYVA 2ONSA 2F7CA 4GF8A 1SD3A 2OWSA 2X26A 3WAEA 4DIGA 2F8DA 4NWDA 5A5XB 4QFLA 3UP9A 3DRGA 1P1QA 4NF6A 1LAHE 3OELA 3PPPA 3PUYE 3U72A 2IA4A 4IY6A 1USYE 3USDA 4C0RA 2LAOA 1MQDA 3OO9A 1B40A 3ZSFA 3MJNA 2YPNA 5AA2D 3O6PA 4YKKA 2UXAA 2FYIA 4U23A 3K6XA 1GVCA 3UGWA 4MF3A 5B7DA 4IO6A 3B6TA 4FAJA 2GH9A 4NF8A 3GZGA 1AL3A 3RLFE 5TPAA 4DZ1A 1R1NA 4H0WA 3A3UA 4YMAA 4O3AA 3OSRA 5TP9A 2XXXA 1SDXA 3U8QA 3I6VA 4LP2B 4M4GA 3LSLA 1PB7A 1LCTA 4NWCA 4TOZA 3ECRA 3AXFA 4F1UA 3C4MA 1EU8A 2XXHA 3FZVA 3TEPA 1OQHA 4OHNA 1B6HA 2DWIA 3H4ZA 1HSJA 1IEJA 4FIMA 3CHGA 3E3KA 1ZBMA 1D9VA 2HZLA 2DWAA 5I58B 5EYFA 4GXAA 4XTCQ 2XXPA 1UTHB 3T9HB 4Q8RA 5CMKA 1B7ZA 5LOMA 3TKDA 2O6AA 1SW5A 3MUQA 4OQOA 1UQWA 4BDRA 1BIYA 2O84X 3M3KA 4I9DA 3QK6A 3A09A 1EH3A 3QUFA 5FHOA 4F29A 1CE2A 3T9VA 1J1NA 5ICQA 5FTIA 3CSBA 4G8MA 5CI5A 2HFBA 3DRHA 1JEVA 4G4PA 4WKMA 5TU0A 3R6UA 1H45A 4BDOA 4H67A 1GGGA 1MXXA 1B9JA 2REGA 1FW0A 1MY1A 3BFTA 3QXMA 4ISUA 2V84A 5CBSA 3HPIA 3OXNA 2PMSA 1MQIA 5H8QB 1MH3A 2XXYA 2DYXA 2HEUA 2DQVA 1LFIA 2PYYA 3LSXA 3G3FA 2DE4A 4X9TA 4IO7A 1SI0A 3S9NC 5JK4A 4ELRA 3MP8A 1ZJLA 4GIZA 4QFKA 3M3LA 4JSOA 2Y84A 3FUZA 1O64A 4HTGA 2F6PA 3OENA 1NH8A 1R6ZA 3PMXA 3Q28A 4EQBA 2DVZA 3N5LA 4F19A 3TCFA 4NF6B 3ZKLA 4U2RA 1A55A 4YAHX 1URDA 5K2YA 4R72A 4JSDA 1LAFE 2ZYMA 3IOUA 3TYHA 1MDP1 2R9JA 1QULA 4U4XA 1B3EA 4KCDA 3T9XB 3FGSA 1LB8A 5AA3A 1B32A 1A99A 1N84A 4R9FA 2ZYKA 3LSFB 1M5CA 2AIXA 1SYIA 3OEMA 1ZTYA 1MXYA 1OLAA 3TUSA 4FEDA 1A54A 4TLLB 4JDFA 3JV9A 3VLVA 2GHAA 1BTJA 4NE4A 3CR9A 4DCXA 3O2AA 3RY3A 1VE4A 2O69A 2F78A 3KN8A 2HAUA 2QPQA 5TP9B 1NFTA 4OENA 1MM7A 2ONKE 4ZECA 3OMBA 5AA2A 3K6VA 4O3BA 1VFDA 3DLNA 4DDDA 3K6WA 2DSFA 4LA9A 4KPTA 4G68A 2QS4A 1B5JA 1D9YA 1VFEA 3GBBA 1N04A 2I49A 4C1UA 1NKXA 4AB6A 2WKYA 5FHMA 1B1HA 3ILTB 4LZ5A 1RKMA 4DXCA 4QFOA 3SEVA 3O29A 2IEEA 3MZ9A 3MW0A 1KWHA 1MXVA 1AIVA 1B3LA 4HS7A 3R26A 3IOWA 2AYSA 1N3WA 4MBPA 4PQJA 2G93A 2F7BA 4F3BA 1EZPA 2Q89A 3R7XA 2XXRA 3T22A 3KN7A 1DTZA 4F31B 1XVYA 1FQDA 1UIVA 3S9LC 3OO8A 3FTOA 4ZDMA 3TTRA 1US4A 5I2KA 3L6GA 1SQYA 3FV1A 4H8JA 2P2AA 5H8SA 3W9WA 2NWJA 3FIRA 3RYBA 3B7DA 1LAGE 2H9BA 2I4CA 4GWOA 2Z23A 1QUIA 4HCYA 3PD8A 2Y7RA 4XKNA 3E13X 2R6GE 4QSCA 5IKBA 4IB2A 4LZ8A 5H8NA 1IXHA 2RKMA 1SW1A 1XT8A 2XX7A 3U92A 4NF5B 4MH5A 4EQ9A 3F11A 3TCHA 3C35A 3KSXA 4YB6A 4RXLA 1DPEA 2DOJA 4P11A 5KCJB 2Z8FA 5DTBA 1S7YA 1FTMA 4U21A 4I8CA 1GR2A 3DM0A 3LC8A 5KDTA 3K01A 1L5TA 3TTMA 3EHSA 1Q35A 4ZZEA 2RC9A 1CB6A 2D21A 3PU5A 2O51A 1S50A 3IO6A 3KJTA 1LBCA 3ZKKA 4O3CA 2O7UA 3DRJA 2E0SA 4PFTA 5AA4A 2NVUB 5CC2A 3VLUA 4H5FA 3K02A 4OVJA 5F7VA 5AA2B 1IIWA 2H5YA 4R6KA 3EN3A 4G68B 4GLIA 3ODBA 2RCAA 4GQOA 2ZMBA 4G2ZA 1XC1A 3KJ7A 5AA1A 5EHMA 4ESWA 3RTFB 3H06B 4IO3A 3T96B 3FXUA 3N6TA 3VE1B 4G8NA 2VP1A 4U22A 3G3IA 3EHUA 4RK9A 1B58A 1Y4TA 3O28A 3TZAA 1B3HA 3PAMA 2B3FA 4FATA 1R9QA 3FJGA 2UVGA 2NOOA 1PBPA 4RK2A 4ELPA 3VXCA 2Z8DA 5DT6A 4R2FA 3TELA 3UORA 4GD5A 1YAEA 1OIBA 4Q5TA 3VVFA 1RYXA 2UYFA 4XXUA 4PFYA 4ZEFA 1MPCA 2I3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IORA 3CFLA 4PBHA 1B05A 4PFIA 3SEWA 4JVCA 4N91A 3W15C 3B6QA 4MLVA 3RUMA 4KXPA 1XI6A 3RT8A 3KSJA 1R9LA 1FBCA 5KZTA 2QMWA 3K00A 3PV0E 4F1YA 2Y5LA 3EF7A 4ND9A 5DEXA 4DCYA 1LFGA 2ONRA 3MAMA 1S9TA 2CZHA 1JQFA 4MAGA 4NX1A 2WOLA 1OQGA 2Y7PA 2THIA 1QGXA 5H8NB 2V3UA 4PP0A 1LGBC 1FPKA 5ICTA 1EYIA 2KLFA 4NF4A 2H4IA 1PDAA 2YLNA 3T93B 1GTKA 1Q1KA 2Q74A 5BWJA 1SW4A 3D1RA 4EF1A 2CMOA 1URGA 3BFUA 1B7UA 4OANA 1MM6A 4YMBA 1B4HA 3B8BA 2P3VA 4PBQA 4R73A 3G3JA 3G7WA 2RC7A 4DXUA 2FNCA 5ITOA 4G68C 3NOHA 4KI0E 3H6VA 2A5TA 4LQ5A 4XKRA 5J1DA 1M5BA 4JXIA 5H8FA 1JW4A 5DW8A 5KDTB 3M3FA 3K1MA 3K2DA 2YJPA 1LFHA 3OO6A 4PTKA 3S2VA 1NMUA 5CMCA 2H98A 4P1EA 4O8MA 1Y20A 2I3VA 4O7IA 3VVEA 4NQ8A 3MSTA 5H8HA 5I2NB 5M2VA 3HHGA 2ZYNA 3LBSA 5ISUA 3DP4A 3SEXA 1O7TA 5AA4B 1ZU0A 2VD2A 5CBRA 1LBYA 4GXSB 4BDQA 5L8DA 5ET7A 5FTHA 4PE5B 1AMFA 2F36A 5I59A 3KN3A 4N6PA 4FORA 4MLQA 1UIUA 1XOCA 1B7HA 3C31A 4NMYA 3KC0A 4U4SA 4YZZA 4IGTA 1MS7A 2Q2CA 3PGFA 4X1DA 3SDFA 3PUWE 3RPWA 4OESA 3T1BA 2PT2A 4XEQA 1N7WA 3MPLA 1YYZA 3V5AA 1POTA 3MVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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