3KZGA

Crystal structure of an arginine 3rd transport system periplasmic binding protein from legionella pneumophila
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
SLNLTIGTSKFNPPFEVWSGNNSSLYGFDIDLMQEICRRLHATCTFEAYIFDDLFPALKNREVDLVIASMIITDERKKHFIFSLPYMESNSQYITTVDSKISTFDDLHGKKIGVRKGTPYARQVLSENRNNQVIFYELIQDMLLGLSNNQVDASLMDYEAAKYWMASEPYAYKLIGKKYKLIGKKISIGEGYSIMANPDQFVLIKKINKILLEMEADGTYLRLYSEYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an arginine 3rd transport system periplasmic binding protein from Legionella pneumophila
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1
molecule keywords Arginine 3rd transport system periplasmic binding protein
total genus 60
structure length 228
sequence length 228
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kzgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kzgA02
1XVYA 5HM4B 3OO9A 1LBCA 4DZ1A 1M5EA 4G68A 4IO5A 3VVEA 4FEDA 1FTLA 2V25A 5L9MA 5DEXB 2ANJA 5TPAA 4U4SA 3QUJA 1FW0A 5FTIA 4I62A 4WXJA 1LFHA 2F7AA 2XX8A 4H67A 1YAEA 1URSA 1LBBA 1LFIA 1A8EA 5ELVA 1ZLQA 4PFUA 2DWAA 4PE5B 3U72A 4DIGA 1IXCA 3RY3A 3H7MA 3HHFA 3O28A 3TQLA 4H65A 3KG2A 4FECA 1FQCA 1J1NA 4EQ7A 4DDDA 1PEBA 2PT1A 1B32A 1UTBB 1P1QA 2XXXA 1MRPA 4BDQA 1UTHB 3MJNA 3ONMA 3U1OA 3UGWA 3RUMA 3SKPA 1XS5A 2H9BA 3B6WA 1M5CA 2YLNA 4KD5A 3IR1A 1P99A 2DXYA 4OETA 3T22A 5KZTA 1Y3PA 3TCGA 4R9FA 4GOTA 2GHBA 2P1SA 1B0LA 1ZTYA 3C34A 1M5FA 4LATA 5KDTA 2X7PA 1MPDA 2RCBA 4E0XA 3K6UA 3K0VA 2QRYA 3QAXA 4LZ8A 2RC8A 5EHMA 3LSLA 2R71A 1JW4A 3IOWA 4EQ9A 4GIZA 4NTLA 1LAGE 3BKIB 5ICTA 2UYEA 3TEPA 4H1XA 1FTJA 2X7QA 5A5XA 1B4ZA 4OVJA 1L5TA 1IZ1A 3LSFB 5I59B 4F3GA 1MH4A 3UORA 2RC7A 2Y7PA 1I6QA 4ZE8A 1FTOA 4QFPA 3RTWB 1HSJA 4WEPA 1MXUA 3B7DA 3PU5A 5AA2D 2XXYA 1NNPA 4F1YA 4ZEIA 2I4CA 4IO2A 2VHAA 3TYHA 3A3UA 3RQTA 4R2BA 2XXIA 3CFXA 2F35A 1YCJA 4KI0E 1Z7ME 3TCFA 4M4GA 2B3BA 1UTBA 2OLBA 4ONYA 1MQDA 1O63A 2XHDA 1UTHA 1AOVA 4H5FA 4UACA 5I2KB 4NF4A 1EZPA 5CMMA 5DT6A 1LCFA 5DVFA 2O1LA 4JB7A 2O1MA 1UIVA 1NMUA 1RYOA 3MVXA 4QFKA 1I6BA 3GXAA 1XC1A 4FAJA 3H6UA 2HFBA 1JETA 1JNFA 4OESA 3IOTA 5ITOA 4KCDA 4R72A 4EDPA 3PPNA 1A7LA 1A8FA 5IAIA 3VFJA 2ONSA 1GTKA 2O7IA 4RPNA 2ZNTA 1SYHA 5I58B 1MS7A 3H6TA 1OVBA 5AA4A 3I5OA 5I2NB 5I59A 4GXSB 3IO4A 2V84A 1ZJLA 3PUVE 2HQ0A 1BP5A 5AA1A 2NWJA 4EXKA 4U21A 3GLBA 2AL4A 3G3KA 4PETA 4RNSA 4UA8A 3UIFA 4XTCQ 3JZJA 1NKXA 4LUBA 2XXRA 3EN3A 5F1QA 1DTZA 3G3HA 1FQBA 4OYVA 3QSLA 2DYXA 4TLLB 4X1DA 1CE2A 2PX1A 1MY1A 3I6VA 1B3HA 5JTYB 3OSQA 2Q2AA 2DP8A 2LAOA 3G3FA 3TTRA 3C35A 2Q8JA 3FXUA 1ZIUA 2XD2A 3LR1A 2HZKA 3TFLA 4I1DA 4O3AA 3SEUA 3ECRA 5J1DA 1QKAA 1MY2A 3FASA 3FVNA 2THIA 1POTA 5I2KA 2I3WA 4NF6B 2R6GE 3MBPA 3RNNA 3TUSA 1Y3NA 3SEXA 3U94A 3VXCA 1B7UA 1LGBC 1SYIA 2B65A 1NNTA 4G8NA 2CZLA 1KWHA 4TOZA 3K4UA 1EH3A 4OERA 1SW4A 4F39A 4XIGQ 1DTGA 1USYH 4IO3A 3WAEA 3Q27A 1MG1A 4DE8A 1AL3A 1UQWA 4AQ4A 1B1HA 2H98A 3CFZA 1ANFA 1FQFA 4Q30B 2F6GA 3OXNA 1N7WA 4MH5A 5TPAB 4NWCA 3K2DA 4F3BA 1T0KA 2QSXA 5KCJA 3N5LA 1B3FA 4WKMA 5CM6A 3R6UA 3L6GA 2I6EA 3O9PA 5I58A 2AYSA 2RC9A 3O29A 1NNFA 5H8FA 1B1XA 2F97A 1A55A 1SD3A 4Q5TA 3K1PA 4FATA 3FV1A 2AIXA 2ONKE 3CI8A 5L8DA 3IB0A 3KFMA 3SERA 1XOCA 4R6YA 1JEUA 1SBPA 1NNKA 2I48A 3TAJA 5ITPA 3T96B 5FHOA 3FVGA 4LVQA 2Z8FA 1Y4TA 3RT8A 3PUYE 3IJOB 1PB7A 5H8QA 1LAFE 4ND9A 1B46A 2CMOA 1BKAA 4IO6A 5JTYA 5BUUA 3KN7A 4NMYA 3EHSA 4NE4A 3MVWA 4ELQA 2XX9A 4OFOA 2O7UA 4F19A 1QVSA 4XKNA 3MWBA 3QIMA 1Y4CA 4NF6A 4FEBA 1M5DA 4KR5A 2E0SA 1LSTA 3DP4A 3JYRA 3MVZA 1PB9A 3KGCA 3EF7A 1IITA 5H8SA 4AB5A 4R74A 1JEVA 1WVJA 1US4A 2RKMA 4YB5A 1OQHA 3EPEA 4THIA 5A5XB 3VLVA 4JWXA 3VVDA 1JVXA 2VP1A 2HAUA 1I69A 3K6WA 3LSXA 5ISUA 2DE3A 1YTVA 2RCAA 2UVJA 2ABHA 3CG3A 1IEJA 3OEKA 2W7YA 1IXIA 4LONB 2NUVA 4FORA 1H44A 1H76A 5K2XA 1USYE 4PFWA 3KJ7A 4U23A 5DYHA 3M3FA 3R7XA 3TTLA 1FQDA 4R6HA 2I58A 4KHZE 2H5YA 2O6AA 3P7IA 1TWYA 4P11A 4YAHX 2PVUA 2O69A 4OENA 3H6VA 1LAXA 3FATA 4YKJA 2ZYMA 4GD5A 3RPWA 3H4ZA 3K02A 1O64A 4DXUA 3MW0A 2OWTA 4IGRA 1MXXA 3U92A 4RYAA 4NF4B 1TFDA 5K2YA 3WAFA 5CMKA 1B3EA 3T9VA 2HEUA 3HSTA 1TXFA 2F7CA 1P1NA 4I8CA 1JW1A 3TKDA 1GV8A 3KBRA 3SDFA 3AXFA 1Q35A 4N6PA 3OOAA 3C32A 1QULA 4NEDA 4TLMB 4QRZA 4H8JA 3E3KA 1FTKA 2ZNUA 1DPEA 2HAVA 1CB6A 4GRKA 2I49A 2PBWA 1IIWA 1XHYA 1FTMA 3ZKLA 4KPTA 3S9MC 2BJJX 3HN0A 4GVOA 3PUWE 4H0WA 2FYIA 4ESXA 1GVCA 3PPQA 3C4MA 2UYFA 4ZEKA 4BLAA 2PT2A 4KYSA 4QSDA 1A99A 1B52A 4NF5B 5AA4B 4MFIA 2Y7RA 3BFUA 3O2AA 1D4NA 1MPCA 4OFJA 1SW2A 3S9NC 4KYDA 1PDAA 1ZBMA 4EF1A 5DVIA 4QFNA 3D4GA 3MC2A 1IXGA 3SEVA 3IO6A 2VOZA 2RF1A 2QMXA 3EHTA 1NL5A 2WKYA 4DCXA 3B6QA 4POWA 2VD3A 4C1UA 3QYTA 4OTEA 2V93A 2G29A 1N7XA 2Z23A 3V83A 1S9TA 3IAZA 4M1VA 3U93A 4IY5A 5FHNA 4PFTA 1QUIA 1XVXA 1BLFA 1AH5A 3T9HB 3Q26A 5CRYA 4IO7A 4X1BA 2ZYNA 3FJ7A 3KOTA 2P0SA 3PD9A 4LP2B 3PV0E 1Y1MA 2OZZA 1B3LA 5H8HA 1JVYA 2OCUA 3KN3A 3FXRA 5ICQA 2QS4A 3FGSA 1OLCA 3E4RA 1MXWA 1B7HA 3KZGA 4F18A 1LAHE 1LFGA 4OEUA 3U8QA 2ZNSA 1MQGA 1EZOA 5TP9B 4RK9A 4P0GA 3A09A 2Q88A 3IJXB 3KEIA 5KCJB 2GRVA 2ALUA 2I0CA 2F34A 3G3JA 4NF5A 5H8FB 3O6IA 4F22A 1IUDA 4TQUQ 1ZU0A 3TELA 3JV9A 3EHUA 2XX7A 3CVGA 1B58A 4DCYA 1SI1A 1MDP1 3QK6A 2O68A 1IQ7A 4H5GA 4BDLA 2Z22A 3MZ9A 4R75A 3RTFB 1Y9UA 5H8QB 3MP6A 1QJMA 2DVCA 1N3WA 1Y1ZA 4BDNA 2XXVA 3ZS6A 5M2VA 1AIVA 3FVKA 4YZZA 4R9GA 3CG1A 4GL8A 4HTGA 3QXMA 1B7ZA 3DP8A 4XXUA 3V89B 5CMBA 2REJA 1Y3QA 4YU0A 3PMWA 3IB1A 1RKMA 3K6VA 4MLVA 3N6TA 2FA7A 3CR9A 1VE4A 4OWDA 4BDRA 4EUOA 2F8DA 3T93B 1NH7A 1XT8A 2XXWA 1A54A 4XKQA 4MF3A 2NOOA 3OO6A 4QFLA 3OMBA 3TTMA 3M3LA 1MY3A 4ZE9A 2DE2A 4DLDA 4N07A 3PPOA 4QSEA 1HSLA 3HO7A 5TP9A 4C1TA 3GZGA 1B4HA 4X9TA 4GLIA 3C33A 2DWHA 1SI0A 5IKBA 4YB6A 3VE1B 4ECFA 2V3TA 1QW0A 2Z8DA 3S2VA 3PUXE 2IA4A 4LZ5A 4YMBA 3IOUA 3CSBA 1PBQA 1RYXA 1SW5A 3H3GA 4L17A 1N0TA 2D5WA 3TTNA 3OO7A 3USDA 4OHNA 3HPIA 4QSCA 1GGGA 3LUYA 3MUQA 5AE4A 3N6UA 3PPRA 4F3SA 3CRBA 3SEYA 3RGYA 4KFQA 1MXZA 3G3GA 4XKPA 4IY6A 3MVYA 3H03A 2QL3A 1LB9A 1YPNA 2QPQA 1TT1A 4RXLA 1PC3A 2HCAA 4JDFA 5I57A 3W9WA 4POXA 4OZ9A 4F1VA 1HSEA 1DMBA 1B9JA 2QS1A 4ELRA 4Q0CA 2A5TA 4KCCA 3CIJA 2P2AA 3E9XA 4U2RA 3W15C 3DP6A 2Q2CA 4U1ZA 3CFLA 2F5XA 1VR5A 2UXAA 4H8IA 4ESWA 1Y20A 1D9YA 1P1OA 3LC8A 2XXQA 2Y7WA 4R6KA 3OD7A 4PP0A 1URGA 4Z0IA 3EQ1A 1BIYA 4FIMA 4ELOA 2QS3A 3FV2A 3S9EA 1D3KA 1BTJA 2HZLA 4NF8A 2Z8EA 1UIUA 1I6AA 1B51A 3UA8A 1JQFA 2ZXTA 1MQJA 3RLFE 3VDFA 3OEMA 4YKKA 3C9HA 3C31A 2I4BA 3V8XB 4R2FA 2DQVA 1VFEA 5CI5A 4BDMA 2ESNA 3TODA 3VLWA 3LSWA 1AMFA 3MZ1A 3PMVA 4RK2A 3PUZE 4NWDA 3MP8A 3OSRA 2XXTA 2KLFA 3TCHA 2QS2A 3OENA 3FXQA 2REGA 3G7WA 1OQGA 4ZEFA 3HCQA 2M8CA 3O6GA 3K6XA 2FNCA 3KN8A 3DLNA 2X26A 3MQ9A 4U4XA 2ZYOA 3HHGA 4EQBA 3IOVA 1VFDA 4RJZA 5DVJA 2F36A 5L9OA 3PGFA 4ZS9A 4PQJA 3KSXA 3UN6A 1MQIA 1D9VA 3V5AA 3A3CA 3IORA 1MH3A 1POY1 1R1NA 3QUFA 2PYYA 1NFTA 4G2ZA 1B2HA 4G8HA 2OBGA 2YJPA 4O3BA 3W9VA 3I3VA 1R9QA 5FTHA 5H8HB 1FCKA 1SQYA 3FJGA 3N26A 1LCTA 3SEWA 4JWOA 1H45A 4ZZAA 4RA1A 4G77A 5H8NB 5EYFA 4F1UA 5EHSA 4QHQA 3VVFA 1B5HA 1MY4A 4FJPA 4HS7A 2Y7KA 1DSNA 4R73A 2ZYKA 3R26A 1N3XA 1ELJA 4JXIA 2Q89A 1WODA 3BFTA 2Y84A 4H6DA 1SVXB 4BDOA 4K3FA 2DS9A 1FQEA 2F7BA 4XKRA 1NH8A 2VGQA 3THIA 1B05A 1EU8A 1II5A 1H3DA 3O66A 1MM6A 1OIBA 4YKPA 2O84X 4OXVA 4GWOA 4HW8A 5CC2A 4MLQA 5CMCA 5FHMA 4JWYA 5DEXA 1MPBA 3G3IA 1LLSA 3LBSA 3H06B 3S9LC 4ZEDA 4Q8RA 2R9JA 3BBRA 4JSDA 1OVTA 4U1OA 2NVUB 3RN8A 3MP1A 3GBBA 1MXVA 4WEDA 3K01A 2V3UA 5HBCA 3FJMA 2O51A 3TDJA 4HCYA 5I84A 4OFLA 2I0BA 3OO8A 5JEIA 1PBPA 3PPPA 2QMWA 4F29A 1MM7A 3PMXA 4KQPA 1WDNA 3F11A 5AA2B 5H8NA 2XD3A 4JSOA 2F6PA 4G68C 3H6WA 4ZZEA 1P1WA 3FIRA 4GXAA 1MXYA 3T9UA 3KJTA 4F31B 4GL0A 1URDA 1QUJA 1IXHA 1R6ZA 5I56B 3FUZA 1LB8A 2OK2A 4U22A 1PB8A 2D3IA 3K1NA 1B5IA 4LA9A 3M8UA 3SETA 3MZBA 2IEEA 2Y7IA 3O6HA 1N76A 2UVIA 1GR2A 1B40A 3FZVA 4IO4A 2H25A 5JK4A 3IB2A 3OELA 4AB6A 3ILTB 5DTBA 2Q9TA 5F7VA 3D4CA 4F3PA 1Z7NE 3E13X 4MBPA 4YKIA 3ILUB 2DXRA 1M5BA 3IK6B 3ZSFA 3FD3A 2E1SA 4QF9A 1S50A 1VSOA 3M3KA 1B5JA 1P1UA 4ISUA 2G93A 1DPPA 1F9BA 2D21A 5I57B 3TMGA 4G4PA 4PFYA 4LQ5A 2A5TB 2B3FA 2XXHA 1MDQA 4IGTA 2DWJA 3ODBA 1B6HA 2UVGA 2DVZA 4JBZA 2PMSA 2ZMBA 3DELB 3T66A 1EZ9A 4ZECA 4GF8A 4N13A 3HV1A 2OJTA 5CBRA 4ZDMA 5AA2A 4NF8B 2GFEA 2V3QA 3B6TA 3IX1A 1US5A 1S7YA 4YICA 4GFRA 3Q28A 2YPNA 1FQAA 5I56A 3UP9A 3GBAA 1SDXA 1ZKBA 3O97A 1JW5A 3MPKA 4F2QA 4O3CA 4E0WA 3KSJA 4G68B 3VLUA 5L9SA 2AL5A 1A40A 1DOTA 4GQOA 5B7DA 3KOSA 2I3VA 4HCWA 3MAMA 4Z7EA 5B70A 2DWIA 4P0IA 1OLAA 3L6HA 4OEVA 5TU0A 1QKBA 5I2NA 2DOJA 4LZ7A 3T9XB 4LQ2A 1OMPA 2RINA 3SESA 3TPAA 4DXBA 2F78A 4YMAA 2NXOA 4C0RA 1SW1A 2GH9A 4OMBA 2DE4A 2QJEA 4ELPA 3K1MA 4IB2A 3IL1B 2H4IA 4OQOA 5BWJA 4F2OA 1QUKA 3N94A 4RY1A 1N04A 1B3GA 2UVHA 3FVOA 4EXLA 5AA3A 2XXPA 3VV5A 2HXWA 2DSFA 4I9DA 5LOMA 1ATGA 1ZMGA 4G8MA 3DM0A 3TQWA 1R9LA 4RPOA 4FE8A 4DXCA 2GHAA 1MY0A 3TZAA 2OWSA 4X48A 1B0HA 5KDTB 4EF2A 3ZKKA 1H43A 3C36A 3Q25A 1N84A 3PD8A 4KYEA 2XXUA 3RT6B 1TFAA 2A5SA 3TTKA 3Q29A 3S4UA 4YB7A 3K00A 1Q1KA 2ONRA 2H99A 1MQHA 1O7TA 4ZEBA 3VXBA 5HPQA 5CBSA 2VD2A 3MPLA 3CSGA 3UK4A 4QFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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