3TCHA

Crystal structure of e. coli oppa in an open conformation
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVTLAEKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNISRDLFEGLLVSDLDGHPAPGVAESWDNKDAKVWTFHLRKDAKWSDGTPVTAQDFVYSWQRSVDPNTASPYASYLQYGHIAGIDEILEGKKPITDLGVKAIDDHTLEVTLSEPVPYFYKLLVHPSTSPVPKAAIEKFGEKWTQPGNIVTNGAYTLKDWVVNERIVLERSPTYWNNAKTVINQVTYLPIASEVTDVNRYRSGEIDMTNNSMPIELFQKLKKEIPDEVHVDPYLCTYYYEINNQKPPFNDVRVRTALKLGMDRDIIVNKVKAQGNMPAYGYTPPYTDGAKLTQPEWFGWSQEKRNEEAKKLLAEAGYTADKPLTINLLYNTSDLHKKLAIAASSLWKKNIGVNVKLVNQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSNSSMNTAHYKSPAFDSIMAETLKVTDEAQRTALYTKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNTYTRNMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Escherichia coli peptide binding protein OppA has a preference for positively charged peptides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3tchA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tchA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3tchA02
3K2DA 4IO7A 4JB7A 3VV5A 1CE2A 1MXYA 3VVDA 1DSNA 2XXRA 3MJNA 1MXZA 5I58B 3FIRA 3U1OA 3B7DA 4OERA 3M3LA 2HAUA 2PMSA 1PC3A 4GXAA 2D5WA 1GVCA 3EPEA 2P2AA 4NWDA 1FTKA 2XX7A 1I6AA 2ZNSA 3PUVE 1JW4A 1II5A 3THIA 3RYBA 4ELQA 2YJPA 3DLNA 3TPAA 4BDQA 1YPNA 2XXPA 3QUJA 1IUDA 1O7TA 2V3TA 4PFYA 1P99A 3JZJA 1B46A 4IO2A 5IKBA 5HBCA 4O3AA 4YB6A 2XXYA 2DP8A 4NWCA 1OQHA 5FHMA 3RQTA 1B1HA 2Z23A 2A5TA 3OO9A 1M5EA 4IO4A 1AH5A 3BFTA 3CFZA 3O29A 2I3WA 3FJGA 3KGCA 4NF4B 3EQ1A 3K1MA 2A5SA 5HPQA 4FORA 3UP9A 2NWJA 2H9BA 3ILTB 4OFLA 3IORA 1BLFA 2Q9TA 2XD2A 1JW5A 4NF6B 4NF8B 5F7VA 1A8EA 3Q27A 3Q29A 1J1NA 3N94A 4LP2B 4BDOA 4EQ7A 3PPOA 2LAOA 5DYHA 5JTYB 1ZU0A 3K6UA 4GL0A 3CIJA 1QVSA 4FEDA 3TMGA 2I4CA 4BDNA 1LAGE 5CMMA 2Y7KA 1MY3A 4H1XA 1USYH 3FVGA 2V93A 1S7YA 1RYOA 1LCFA 4QFLA 3AXFA 4KFQA 1QJMA 2I0CA 2XXXA 4GXSB 2OWSA 2RC9A 3K6XA 1OIBA 2Q88A 2R71A 1XVYA 3TTRA 2DOJA 4G68C 3OD7A 2Y7PA 1MXUA 4LQ5A 4G68B 2NUVA 3M8UA 2G29A 5A5XA 1JEUA 3U93A 2V3QA 3CFXA 1LFIA 4FE8A 4DZ1A 5JK4A 2VD2A 3RN8A 1ZTYA 5I2KB 5M2VA 4U2RA 2YLNA 3TFLA 2V3UA 4FAJA 4JSDA 4ZEIA 3N6TA 3OMBA 1SYHA 4HS7A 3C34A 4GIZA 1N0TA 3TQWA 1IXHA 1JETA 4MLVA 1FQFA 1ATGA 4GF8A 2GRVA 5H8HB 1UTHB 3K1NA 4R73A 1PBQA 1M5CA 4WEPA 2NXOA 5BUUA 1NL5A 5FHOA 3HN0A 4R9GA 1Y9UA 1YCJA 3T93B 4DCYA 3SERA 3CG3A 4R6HA 1BKAA 3IL1B 3JV9A 3S9NC 3K02A 3D4CA 4E0WA 4LATA 1H43A 2IA4A 4IO6A 3KOTA 3HV1A 3FXQA 3GZGA 1MQJA 3Q26A 4F39A 4H0WA 3C31A 3DP4A 2HXWA 4JWXA 1N76A 4HCYA 1ZLQA 1POY1 5AA4A 4BDMA 2Z22A 1P1WA 3P7IA 4FJPA 4NTLA 1HSLA 1XVXA 5TPAB 4QFKA 3BKIB 1LFHA 4ZZEA 1MY1A 1AMFA 3FJ7A 2QMXA 3S9EA 3FUZA 2O7UA 4NEDA 1KWHA 1FCKA 4RNSA 1XC1A 4RJZA 3RPWA 1B7HA 1SI0A 2REGA 1MDP1 4WXJA 3KG2A 4NE4A 3DRGA 5ISUA 4FECA 4X1BA 1Z7NE 3LC8A 5I56B 1MXWA 2OBGA 4U1ZA 1RKMA 1UTBA 3CR9A 4I62A 4NF5A 1LSTA 1OLCA 4EUOA 1MG1A 1UIUA 4OEVA 4XXUA 3V5AA 5DTBA 1Y3NA 2O6AA 4OZ9A 3PPRA 4RY1A 4YKIA 1B3FA 1B0HA 2AL5A 3RTWB 3MP6A 3SEWA 1XHYA 4ELPA 1QKBA 3B6WA 2DWJA 4PE5B 1B3LA 2F36A 2QS2A 4QFPA 2F35A 2O68A 3VLWA 2PBWA 2Q2CA 4PQJA 4P0GA 5KCJB 2ONRA 3QAXA 2AIXA 1M5BA 4X9TA 5H8QA 4XKNA 1VFEA 2I49A 1GR2A 1QW0A 4PETA 3LSXA 5B7DA 5DVJA 3TTNA 4YMAA 2UXAA 1EZ9A 2RCBA 2UYEA 4EDPA 4DCXA 3MVYA 1B4HA 3ZKKA 2F7AA 2QS4A 4NF6A 4NF8A 5CI5A 2HZKA 4O3BA 3K1PA 3T66A 5H8NA 2YPNA 5CBRA 2RF1A 2QS3A 1PB9A 2QL3A 1ZIUA 5JTYA 1M5DA 1H44A 3PGFA 1POTA 3B6TA 3W9VA 3TCFA 2B3FA 1MPDA 1L5TA 2WOPA 4DE8A 1P1OA 2GFEA 4LUBA 3C33A 1SVXB 3FASA 2DWHA 3CSGA 2F7BA 1PB7A 2RINA 5L9MA 2REJA 3KSJA 1I6BA 1B3HA 3R7XA 1AOVA 1Y3QA 3MVWA 3SETA 3M3FA 3VDFA 4M4GA 1MH3A 1FQCA 3UA8A 1IIWA 3TTKA 1D9YA 2H98A 1MM6A 3RYAA 1HSEA 2ZMBA 4DXCA 4KYEA 2WKYA 3PUWE 5DEXA 3TCHA 2XXWA 3MVZA 4F29A 1B6HA 3K4UA 1B7ZA 3H7MA 4G68A 2XXTA 3FV1A 4U22A 1MY2A 2ZYNA 2QPQA 3UN6A 4GLIA 3FV2A 5I2KA 3O6HA 3S2VA 3K6VA 3T9UA 3I3VA 3OO6A 1EH3A 4TOZA 5KDTB 1EZPA 2DXRA 2M8CA 1LGBC 3HPIA 2F34A 4KYSA 2B4MA 3LVUA 1MXVA 4WEDA 1P1UA 4QFNA 3DELB 4OFJA 1B5HA 2PT2A 4U4SA 2PX1A 4MF3A 5DVIA 1Z7ME 5H8HA 2X26A 2O1MA 3CRBA 4AB6A 4ZE9A 1B7UA 3T96B 1DOTA 4F3PA 2H25A 5F1QA 3H6WA 3DRJA 2G93A 4X48A 4G8MA 5AA2D 1FQEA 3OSQA 3MPKA 1JVXA 3G3FA 1LCTA 4KYDA 1PBPA 3OEMA 3IJOB 4OWDA 3KFMA 2F78A 2ONSA 4XKQA 1CB6A 2O51A 2D3IA 2DQVA 2QJEA 3GXAA 4ZS9A 4OQOA 1LAFE 4YICA 3K01A 2HAVA 2R9JA 3ECRA 1DPEA 5HM4B 4WKMA 4XKPA 4XKRA 1Y20A 1N84A 1B2HA 2E1SA 4KHZE 5CRYA 1R9LA 1A55A 3HSTA 1B40A 5IAIA 4OHNA 4TLLB 1FQBA 2D21A 2PYYA 1ELJA 4N6PA 4BLAA 3MC2A 2I58A 1IXCA 1MQIA 4EF2A 3MZ9A 4YKPA 4JBZA 3IAZA 3MWBA 2F6PA 1DTZA 5AA2B 2FNCA 5ITOA 4IB2A 5AA3A 3LR1A 3R6UA 5I56A 2F97A 2ZNUA 3USDA 1B9JA 4KQPA 4THIA 4O3CA 3TYHA 2HEUA 2Y7RA 4Q5TA 5I2NB 3FVOA 4LZ5A 1IITA 2DWAA 4RYAA 2XXVA 5H8FB 3UK4A 4QFOA 4GL8A 3FTOA 1N7WA 3TUSA 4RA1A 3O9PA 4QRZA 2PT1A 4OMBA 2XD3A 3OO8A 5ITPA 3PD9A 4GWOA 3HHGA 5DVFA 1OMPA 3WAEA 4F22A 5FTHA 4DDDA 3W15C 3IJXB 2WOKA 1VR5A 2DE3A 1URDA 2O1LA 4E0XA 2ZNTA 1NH8A 3IK6B 4Z0IA 3N6UA 4N07A 2VGQA 2A5TB 4OENA 3VXCA 1LB8A 4P11A 3H03A 5K2YA 3C35A 3Q25A 4MFIA 3KOSA 2AYSA 2Z8EA 2V25A 1FTJA 4P0IA 4OETA 1WVJA 2BJJX 1Q1KA 3FGSA 1FTMA 4IY6A 5I57B 3QXMA 4ELOA 3H6TA 3VFJA 3RY3A 3MPLA 2DVCA 1B32A 1BP5A 3QIMA 3PUZE 3H4ZA 1NFTA 2NOOA 1B5IA 3MZBA 1Y1MA 1MPCA 1SD3A 4AB5A 3O2AA 3U8QA 4U4XA 4IO5A 3DRHA 1TT1A 1RYXA 1ZMGA 5DT6A 1IXGA 3C4MA 3U72A 1VE4A 2DXYA 3TDJA 2B3BA 3F11A 5L9SA 2I6EA 3IOWA 3CSBA 3DRIA 1AIVA 4YKKA 3O97A 3V89B 3MP1A 3KZGA 5ELVA 3U94A 2R6GE 3G7WA 1MQDA 3G3GA 4HCWA 4KCDA 2B4LA 1SW2A 3FZVA 3KJTA 5I59A 2XX9A 1JEVA 1LBCA 3TELA 1A40A 1H45A 3PUXE 2OWTA 5I84A 3UGWA 3N26A 4DXUA 4LZ7A 3G3JA 3PMXA 5I58A 4LA9A 2F6GA 4R72A 4KPTA 1JVYA 2OZZA 1B52A 4F1YA 3PAMA 4BDRA 3BFUA 2H99A 3O6PA 1B3EA 1TXFA 4F18A 3A3UA 3T9HB 3LUYA 3T9VA 2THIA 3H06B 3HCQA 3U92A 5LOMA 4GOTA 2HFBA 4TLMB 1LFGA 1FW0A 2QMWA 3DRFA 4G8HA 1QUIA 4C1UA 1URGA 2DVZA 3TTLA 3VE1B 1NMUA 3WAFA 2ZYMA 3DM0A 3MAMA 4GD5A 3V8XB 1ZBMA 2CZLA 3IB0A 1TFAA 4LZ8A 1NNKA 3L6HA 3TAJA 4NF4A 4HW8A 2DWIA 1ZKBA 4KR5A 2UVGA 1D4NA 1XT8A 4EXLA 4KD5A 3MBPA 1I69A 3H6VA 5AA1A 3KJ7A 2Q8JA 3H3GA 2UVJA 4YZZA 4H8JA 4NMYA 1BIYA 1EU8A 3TEPA 3M3KA 3L6GA 4OXVA 2QRYA 3QYTA 3EHTA 4Z7EA 1OVBA 2UVHA 1AL3A 1WDNA 4H5FA 2ZYOA 2FA7A 4DXBA 2Y84A 4UA8A 4YAHX 1NKXA 1XOCA 3KN3A 2XXHA 4ZEFA 5FTIA 3C32A 2X7QA 5AE4A 1B58A 4PFWA 4TQUQ 1H3DA 4F19A 1NNFA 3S9MC 1USYE 4H67A 4OVJA 4F2QA 3EHUA 1DPPA 2QS1A 4ESXA 1LB9A 1B3GA 3VXBA 3B6QA 4LONB 2F8DA 4MBPA 3OELA 4IGTA 1URSA 2GHAA 4OYVA 1LLSA 1JQFA 3IOTA 1B05A 3RLFE 2I4BA 1NNPA 4N13A 1H76A 3FVKA 2VP1A 5B70A 2VD3A 5AA2A 2NVUB 3O6IA 4NF5B 4I1DA 3FVNA 2VOZA 3W9WA 1JNFA 4PP0A 3TCGA 3QUFA 2P1SA 3HO7A 1I6QA 5I2NA 1R9QA 1US5A 1OVTA 1GV8A 4EQBA 5H8FA 4IY5A 1A54A 3OO7A 4C1TA 1S9TA 5TP9B 2RKMA 2O84X 3T9XB 1MY4A 3GLBA 4JDFA 3K00A 2X7PA 4ECFA 4KCCA 3LSFB 4I8CA 3TTMA 1MDQA 1UTHA 2PVUA 3PPNA 5CM6A 3IX1A 4OEUA 1SW5A 3D4GA 1R1NA 2ABHA 3N5LA 4ZDMA 1JW1A 3QSLA 1DTGA 1Y4CA 3C36A 4X1DA 4G77A 2Z8DA 5H8QB 4RXLA 4U23A 2I48A 5FHNA 3RT6B 3G3KA 4L17A 3IOVA 1QKAA 2FYIA 4OFOA 5L8DA 3FD3A 5I57A 1FTLA 5BWJA 2AL4A 1VFDA 3R26A 4OTEA 5J1DA 4DIGA 1B51A 3E3KA 4POWA 5H8NB 2H4IA 2UYFA 4H5GA 4IGRA 3ZKLA 4JSOA 4JWYA 2XXQA 3OEKA 3VLVA 3I6VA 4H6DA 4ZEDA 3PMVA 1SBPA 2UVIA 5TPAA 3OOAA 3IO4A 1MH4A 3RGYA 4YKJA 4YU0A 4JWOA 4GRKA 3CHGA 4G8NA 4OESA 1XS5A 2QSXA 5CBSA 5ICQA 1PDAA 2W7YA 3T22A 4H65A 5CMKA 1MQHA 4XTCQ 3FXUA 2I3VA 3VVEA 4ZEKA 3Q28A 4M1VA 4FEBA 2OJTA 4ZE8A 4RPOA 4QSEA 3I5OA 2DYXA 4EF1A 1A8FA 1SW4A 3ONMA 4MLQA 5DEXB 4PFTA 3SEXA 2E0SA 4QSDA 4R6YA 1Y1ZA 1D9VA 1M5FA 3PUYE 1YAEA 4F1VA 3A3CA 1PB8A 1GGGA 1TFDA 3PU5A 3MUQA 3IOUA 2Z8FA 5EHMA 3OXNA 3BBRA 2HZLA 4R74A 1R6ZA 4I9DA 5K2XA 5JEIA 4ZEBA 3SEUA 1N3WA 1B4ZA 5TU0A 4EXKA 2KLFA 1IZ1A 2Y7IA 3MP8A 5ICTA 1ANFA 4F3BA 2Q89A 3S4UA 1B0LA 1D3KA 1GTKA 2OK2A 3TKDA 5CMBA 4POXA 1MS7A 1PEBA 1YTVA 1S50A 5KCJA 3GBAA 3KSXA 3SDFA 3ZSFA 2XXIA 4U1OA 4QF9A 3O66A 2B65A 1NH7A 4PFUA 3TZAA 2CMOA 1MRPA 2WOLA 3KN7A 2RC7A 1MM7A 4LVQA 4C0RA 3EN3A 2O7IA 4Q8RA 3TODA 1EZOA 2ZYKA 2HCAA 3GBBA 1MPBA 3RTFB 4UACA 4G2ZA 4IO3A 1P1QA 4Q0CA 1IEJA 1QUJA 2XXUA 3LSWA 2IEEA 4FIMA 1LAHE 3ZS6A 1TWYA 1NNTA 4R6KA 5H8SA 3OENA 2DE2A 4QSCA 1SI1A 4ONYA 4RK2A 4G4PA 1MY0A 2ALUA 4R2BA 1WODA 3OSRA 3H6UA 3S9LC 3PV0E 3LSLA 1SYIA 1BTJA 2ESNA 4ISUA 4XIGQ 3EF7A 3UIFA 5L9OA 3IO6A 3E4RA 2Q2AA 5CMCA 4F2OA 3PD8A 2OLBA 3RUMA 1SDXA 2Y7WA 3LBSA 5KZTA 3SEYA 4FATA 3MW0A 1QUKA 4BDLA 4GQOA 3IR1A 2DE4A 4R75A 3A09A 2GH9A 3MZ1A 2H5YA 4QHQA 4ND9A 3KBRA 2VHAA 5A5XB 3HHFA 4R9FA 1QULA 4R2FA 3FXRA 2ZXTA 3PPQA 2DS9A 4YMBA 3CVGA 5CC2A 1ZJLA 4EQ9A 4K3FA 3RNNA 4YB7A 2ANJA 1A7LA 3ODBA 4HTGA 4ZZAA 3PPPA 1P1NA 1MQGA 4YB5A 3G3HA 1Y4TA 4ZECA 3C9HA 5KDTA 1OLAA 3CFLA 3DP8A 1Y3PA 2I0BA 4F3GA 5TP9A 1UQWA 1SQYA 3MQ9A 2RCAA 3IB1A 1N7XA 2DSFA 4ELRA 3CG1A 4F31B 1A99A 4RK9A 3FJMA 2F5XA 5EHSA 1MXXA 3E13X 1FQDA 2OCUA 2XX8A 5EYFA 3O6GA 3UORA 4Q30B 3TQLA 3V83A 1US4A 3IB2A 1O63A 4F1UA 1B5JA 4LQ2A 4GVOA 4ESWA 2HQ0A 1SW1A 4F3SA 3SEVA 1B1XA 3CI8A 1Q35A 1OQGA 4MH5A 2F7CA 3EHSA 4RPNA 4H8IA 3DRKA 5AA4B 3G3IA 3VLUA 3MVXA 3O28A 3K0VA 3DP6A 1FQAA 1F9BA 3KEIA 1N3XA 2RC8A 1UIVA 1VSOA 3KN8A 1N04A 4DLDA 4JXIA 3SKPA 1LBBA 3VVFA 3K6WA 1IXIA 4AQ4A 3PMWA 3RT8A 1HSJA 3QK6A 1O64A 1T0KA 4U21A 4KI0E 4GFRA 3ILUB 2XHDA 3JYRA 2O69A 2GHBA 3FATA 2ONKE 3E9XA 1DMBA 1IQ7A 1FTOA 2P0SA 1LAXA 1UTBB 2V84A 5I59B 3SESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K2DA 1RDXA 1DCUA 4IO7A 4JB7A 3VV5A 1CE2A 1MXYA 3VVDA 1DSNA 2XXRA 1NV7A 3MJNA 3MSTA 1MXZA 2QVVA 5I58B 3FIRA 3U1OA 3B7DA 4OERA 3M3LA 3FXBA 2HAUA 2PMSA 1LBVA 1PC3A 4GXAA 2D5WA 1GVCA 3EPEA 1FBGA 2P2AA 4NWDA 1FTKA 2XX7A 1I6AA 2ZNSA 3PUVE 1JW4A 1II5A 3THIA 3RYBA 4ELQA 2YJPA 3DLNA 3E78A 5IZ3A 3TPAA 4BDQA 1YPNA 2XXPA 3QUJA 1IUDA 1O7TA 2V3TA 4PFYA 1P99A 2ZZXA 3JZJA 1B46A 4IO2A 5IKBA 5HBCA 1FPDA 4O3AA 4YB6A 2XWOA 2XXYA 2DP8A 4NWCA 1OQHA 5DW8A 3LUZA 5FHMA 3RQTA 1B1HA 2Z23A 2A5TA 3OO9A 1M5EA 4IO4A 4P47A 1AH5A 3BFTA 3CFZA 3O29A 2I3WA 3FJGA 4OVTA 3KGCA 4NF4B 4NGUA 3EQ1A 3K1MA 2A5SA 5HPQA 4MNPA 4FORA 3UP9A 2WX9A 2NWJA 1YZ0A 2H9BA 4GWZA 3A29A 3ILTB 4OFLA 3IORA 2VPOA 1FBDA 1BLFA 2Q9TA 2XD2A 1JW5A 4NF6B 3RPLB 4NF8B 5F7VA 1A8EA 3Q27A 4N8YA 4PC9A 3Q29A 4N6KA 1J1NA 2QVUA 3N94A 4LP2B 4BDOA 4EQ7A 3PPOA 2GQ1A 2LAOA 5DYHA 5JTYB 5A5LA 1ZU0A 3K6UA 4GL0A 3E79A 3CIJA 4PF6A 1QVSA 4FEDA 3TMGA 2I4CA 4BDNA 1LAGE 5CMMA 2Y7KA 1MY3A 1YYZA 4H1XA 4PGPA 1USYH 3FVGA 1G0IA 4GX3A 1LBWA 2V93A 1S7YA 1RYOA 1FPFA 1DK4A 1LCFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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