4Z7EA

Soluble binding domain of lmo1422 abc-transporter
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
270
structure length
270
Chain Sequence
EITIAGKLGAEPEILINMYKLVIEDETDLKVNVKPNMGKTSFVFNALKSGDIDIYPEFTGTVLETFLKENAKTHDPEEVYTQARDGLAKDFDMTYLKPMKYNNTYALAVSPEFAKENNLEKISDLGPVSDQVKAGFTLEFKDRSDGYKGIQDKYGLTFSNLKTMEPKLRYNAIKSGDINLLDAYSTDSELAQYKLKVLEDDQQLFPPYQGAPLMLTKTLDKYPELKKPLNKLAGKITDDEMRKMNYEVNVNGKSAYTVAKDYLKDQGIIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the Substrate-Binding Domain from Listeria monocytogenes Bile-Resistance Determinant BilE
doi rcsb
molecule keywords Lmo1422 protein
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes egd-e
total genus 98
structure length 270
sequence length 270
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4z7eA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 4z7eA02
3H06B 1MPCA 1QJMA 5ICQA 1IEJA 4G68A 2Q89A 3OSQA 3CI8A 2B65A 3ZKKA 4RNSA 4R75A 1MXYA 3V83A 3FVOA 1SI1A 1SW1A 3MPKA 4FEDA 3IK6B 4FJPA 4XXUA 1Q1KA 4F3BA 3E3KA 3OO9A 2CZLA 3PGFA 1MXVA 4NF8A 1TFDA 2NUVA 3PPNA 3HHGA 4DLDA 1B3FA 3TFLA 1IZ1A 2I3WA 4JWOA 1HSJA 4OTEA 3MUQA 2BJJX 1ATGA 4KCCA 4LZ7A 2UXAA 4ZDMA 2XX8A 1B5JA 4EQBA 3MVXA 1BKAA 4OEUA 3FGSA 4YZZA 1RYXA 4GVOA 2RCAA 3MZ9A 3FJ7A 3N5LA 1URGA 4KCDA 4H5GA 4ISUA 4C1TA 1UIUA 5ITOA 2VD3A 1MXUA 2OLBA 3T9VA 1SQYA 2NXOA 2Z23A 3KBRA 5B7DA 4F29A 1UTBB 3TTRA 4POWA 3PUYE 1ZJLA 1EZPA 2O68A 1M5EA 2HXWA 1IXIA 4RY1A 4F1YA 2I0CA 2LAOA 1IIWA 4KI0E 1MQIA 3CFXA 3Q26A 1PB8A 1B5HA 4LONB 4H8IA 4LA9A 3RNNA 1B0HA 3TCFA 4F19A 3IJOB 1Y3QA 1B05A 3E9XA 2P2AA 3EPEA 2RF1A 5KDTA 4KFQA 4XKQA 2F34A 3UGWA 1B4HA 1B4ZA 3ZKLA 3HN0A 1LBCA 4N07A 4IO2A 5ISUA 5H8SA 4KHZE 3OEKA 3FZVA 3T9XB 4RJZA 3MQ9A 4OMBA 1Y3PA 2QMXA 1D4NA 4O3CA 3K2DA 3QUJA 1M5BA 2DP8A 2QS1A 4LUBA 2XXHA 2ZNUA 1UTHB 3PPPA 2IA4A 3PD8A 2PX1A 3B6TA 3U72A 3VLUA 3RLFE 5H8QB 3KGCA 3KG2A 4OZ9A 2XXRA 5HPQA 5L9SA 2HEUA 4EQ9A 1WODA 4WEDA 3C36A 2DE4A 4E0WA 5AA3A 2A5TA 1LFGA 4BDMA 3K4UA 2QPQA 1P1NA 2Y7WA 4OFLA 3KOTA 3EHTA 4RYAA 3MVWA 1P1UA 2Y7KA 1URDA 3TZAA 5DVJA 1NL5A 4R9GA 1B40A 1B3EA 1MXZA 5CMMA 4F3SA 1LAFE 2ANJA 2Q9TA 5FTIA 1POY1 5TP9A 2FNCA 3UA8A 3KJTA 4XTCQ 4LATA 3OELA 1LAGE 1P1WA 1DSNA 1LLSA 4H65A 2THIA 1MPDA 4OETA 4GOTA 4C1UA 1I6QA 3KFMA 4JXIA 3IR1A 4R6YA 3N6UA 4RK2A 4BDLA 1J1NA 4P0GA 3EHSA 1AL3A 1VE4A 1GTKA 1FTOA 1MG1A 3JV9A 4IO3A 4YICA 3VVEA 3HSTA 1OVTA 4F18A 1B52A 4PFUA 1LB8A 3O6IA 3IOTA 3IO4A 1P99A 3IORA 1O64A 4PQJA 3IOUA 1LGBC 5AA4B 2DOJA 1GVCA 4KD5A 4ESWA 2WKYA 3PMVA 2OWSA 4EDPA 3KOSA 1YTVA 3KN8A 4EF2A 4JSDA 2ZYMA 4R73A 4BDNA 5CBRA 3UP9A 3MZ1A 5H8FA 3PMXA 2XXTA 4IY5A 4ZEIA 1NNPA 1SW2A 3VE1B 4PFTA 3UORA 2F6PA 2F7BA 2R71A 1XS5A 2V3UA 4AB6A 2OBGA 1B3HA 4L17A 4ECFA 3G3GA 3M3LA 1II5A 3RTFB 1OLAA 4BDOA 2F6GA 4ZEBA 3Q27A 1YCJA 1OQHA 4TQUQ 1WVJA 3GBBA 4GXSB 5L8DA 1QULA 2XX9A 3PPQA 1B7UA 1ZKBA 4YMBA 3VLWA 3ILUB 4I62A 3FJGA 5HBCA 3PUWE 1NNKA 1AMFA 4MLQA 3MWBA 5J1DA 3G3JA 4QSEA 2ONKE 2Z22A 2Y7PA 1NMUA 3QSLA 1CE2A 1US4A 1IITA 1WDNA 4OQOA 1MXXA 3VVFA 4M4GA 4KYEA 3C33A 1LB9A 2I48A 2DXRA 1IXGA 4HW8A 3K01A 3TELA 5A5XB 3USDA 4XKNA 2RCBA 3U8QA 2DVZA 2GRVA 3ECRA 1I6AA 2Q8JA 4QRZA 1I69A 5FHNA 3Q28A 5DEXA 3SKPA 4ZEFA 1XC1A 1NKXA 4OESA 4GFRA 1N7XA 4OYVA 5AE4A 1H43A 3IJXB 1D3KA 4OENA 1RKMA 3RQTA 2I3VA 2QMWA 3OMBA 4ND9A 2F78A 3B6QA 1LFIA 5DT6A 3SETA 4X9TA 1M5CA 3BKIB 4KYSA 4PP0A 4ZE9A 4GD5A 1PB7A 5BUUA 1Y3NA 1MDP1 5CBSA 4N13A 4U21A 2GHAA 3IX1A 2XXQA 4F2QA 1TXFA 3DLNA 2VD2A 2HAVA 2DYXA 2V3TA 4IY6A 4G68B 2UVIA 1NFTA 3U94A 3TMGA 5I2NA 1SVXB 3PV0E 5CRYA 5I2KA 1YAEA 3KN3A 2REGA 4QHQA 2AL5A 2H99A 1FTJA 3W9WA 3GXAA 3HHFA 4X1DA 4OEVA 1MQDA 3L6GA 2D3IA 4NF8B 1FQFA 3K00A 3K6WA 2DWAA 2Q2AA 3OOAA 1ANFA 2O1LA 3H6UA 2X7QA 2REJA 4ELOA 2D21A 4OVJA 1MH4A 3HV1A 3PUVE 2RC8A 3E4RA 1DMBA 4LZ8A 1MQGA 2XHDA 3K6UA 3QK6A 3KJ7A 2PBWA 4X1BA 3H03A 4PFWA 3G7WA 4G8NA 1MY4A 4QF9A 4ZS9A 1MY0A 1VFEA 2ZYOA 4LZ5A 2OWTA 3O9PA 1H3DA 4RA1A 1A8FA 3H6VA 2AYSA 2H5YA 3H6WA 3IB2A 3A3CA 2F5XA 2XD3A 3LBSA 2I49A 5H8HA 4F22A 1LCTA 2A5SA 2I58A 4TOZA 3LC8A 5I59A 3WAEA 4F2OA 3RT6B 4ZEDA 3UN6A 2V84A 1QW0A 4ZE8A 5H8NA 4G77A 2NVUB 1XT8A 1JW1A 4LVQA 3TPAA 2XXPA 2PT1A 3MVYA 4YKJA 3JZJA 3VXCA 3KSJA 4NWCA 4Q5TA 4K3FA 4YU0A 4NTLA 3VLVA 2RC7A 5KDTB 3CRBA 1MRPA 2XXVA 2HZLA 5HM4B 1FQDA 3FXQA 5KZTA 4EUOA 1XVYA 1FCKA 4Z0IA 3T9HB 1MH3A 4H0WA 3UIFA 1XHYA 2QJEA 1B46A 2XXWA 1KWHA 3QYTA 2ESNA 4N6PA 1EZ9A 1ZIUA 3SEWA 4QFNA 1VSOA 5EHSA 2OJTA 1H44A 2I0BA 4GXAA 4KQPA 3CFLA 3SERA 1LFHA 2OZZA 3FVGA 4KYDA 3TTMA 2Y7IA 3O6GA 3OD7A 3U92A 1JEUA 4FAJA 2M8CA 1EH3A 4DE8A 1M5FA 2VGQA 4DCXA 2VP1A 4GL0A 2Y7RA 1QUKA 3FXRA 3DP8A 2A5TB 3TCGA 3RPWA 4JSOA 2RKMA 3TTKA 4I1DA 2ZYNA 4NE4A 2HZKA 3K0VA 2UYFA 1AIVA 1TT1A 3O66A 3CR9A 1N76A 4F31B 5BWJA 2I4CA 1R1NA 4M1VA 3O2AA 3MJNA 4GL8A 3L6HA 2HCAA 4P0IA 1B51A 2YPNA 3MP6A 3CVGA 5TP9B 4R2FA 3KN7A 1Y9UA 4GIZA 5TPAA 1B32A 1FTMA 3PU5A 4MH5A 3C32A 1US5A 3O6HA 5I58A 2H4IA 4HCYA 1Y1MA 2G29A 3K02A 3A3UA 2ABHA 1AH5A 2ZNTA 1SW5A 2UYEA 3FV1A 4R6KA 1Y1ZA 1MXWA 3ODBA 1MY3A 3T22A 1N84A 3G3FA 3W15C 3HPIA 4RPOA 1MQJA 1Y4TA 2H9BA 4YKKA 1SDXA 1HSLA 3BFTA 4JWYA 4GWOA 4AQ4A 3IOVA 3JYRA 5TU0A 1VFDA 2NWJA 5IKBA 3K1MA 3K6XA 3CG1A 1BTJA 3AXFA 3C35A 3IB1A 4EXLA 4NF4A 4NF6A 4H6DA 2X7PA 3U93A 4R9FA 4DIGA 4GRKA 3THIA 2GH9A 3LUYA 1S7YA 4DCYA 3O28A 2DVCA 3B6WA 3SDFA 1D9YA 4NWDA 3FV2A 2IEEA 3KZGA 5H8FB 3VVDA 4I9DA 4MF3A 4DXBA 1B0LA 4YMAA 4AB5A 1IQ7A 2GFEA 4RXLA 3GLBA 2XD2A 3MP1A 1PC3A 4F1UA 3EHUA 2DWIA 2HQ0A 4QFLA 2YJPA 3WAFA 3D4GA 3VFJA 3VV5A 4WXJA 2RINA 1GGGA 3PUXE 1T0KA 3EQ1A 5CI5A 2W7YA 5DVIA 3CFZA 4LP2B 2ONSA 4PE5B 1H76A 4BLAA 3LSXA 1S50A 1PBQA 4FATA 4ZECA 1Z7NE 3ZS6A 1P1OA 2DWHA 4OWDA 1B1HA 2Q88A 4FIMA 5I56A 5DYHA 4JBZA 4GLIA 1JNFA 4YB6A 4H8JA 4R74A 1HSEA 1USYE 4XKRA 2ALUA 5ELVA 4H5FA 2I6EA 1S9TA 1SI0A 3FVKA 3PMWA 5DEXB 1A40A 4WKMA 3SEXA 3T96B 2QS3A 2AIXA 5JTYA 3LR1A 2CMOA 1XVXA 3M8UA 3DELB 1N04A 3O29A 1LAXA 5DTBA 3S9LC 3VXBA 4C0RA 4JWXA 2F97A 4BDRA 4F3PA 3G3HA 5CMBA 3TYHA 3R7XA 4NF5A 1B7HA 2RC9A 4QFOA 4XKPA 4I8CA 4EXKA 3CG3A 1P1QA 5LOMA 2DQVA 4G2ZA 3RTWB 4HCWA 4UACA 2VOZA 4G8MA 1ZMGA 1MS7A 5I57A 5AA2A 2D5WA 1QUIA 1B1XA 4OFJA 3H3GA 3TAJA 5KCJA 2DS9A 1XOCA 1ZTYA 5I2NB 5I2KB 3N26A 1MPBA 4OERA 3N6TA 1GR2A 1DTZA 5FHMA 1B3LA 4QFPA 1GV8A 1A99A 4F3GA 3HO7A 3SESA 5JEIA 3S9EA 4MFIA 4IGRA 3SEVA 4U2RA 2XXYA 3C31A 4JB7A 2QS2A 4FECA 5K2XA 2FYIA 4QSCA 1JQFA 3O97A 1BP5A 3S2VA 1ZBMA 4G68C 2ZMBA 3DP6A 4YB7A 3FJMA 2XXIA 3TQLA 3T9UA 1F9BA 1SD3A 3TKDA 3V5AA 2ZNSA 2PT2A 5CMCA 4H1XA 2H98A 3RGYA 4O3BA 3CIJA 4DXUA 3D4CA 2KLFA 1PBPA 1MDQA 1NH7A 1BLFA 2GHBA 3I6VA 3ONMA 1N7WA 1FQAA 2R9JA 4KR5A 1IXHA 2DE3A 3TODA 1B58A 3OO6A 3GBAA 5CC2A 3LSWA 1YPNA 3QXMA 1FQCA 5H8HB 2Q2CA 4U1ZA 1Y4CA 5I59B 4E0XA 2O6AA 4H67A 1JVXA 3R6UA 4Q30B 5H8NB 3V8XB 1ELJA 2ONRA 1QUJA 1Z7ME 3ZSFA 2F35A 3K1PA 2V3QA 4IO5A 1Y20A 1B2HA 4HTGA 1QKBA 5EHMA 2O69A 2UVJA 2AL4A 4G4PA 3OO7A 4R6HA 2P0SA 4IO7A 3CSGA 2O51A 3Q29A 4TLMB 3A09A 3MBPA 2YLNA 4R2BA 1UTBA 3QIMA 5CMKA 4XIGQ 1LSTA 1FQBA 2O1MA 2ZYKA 3T66A 3TDJA 1A55A 1DOTA 2DE2A 1PEBA 3QUFA 3IO6A 1VR5A 1R6ZA 1NH8A 3OXNA 3MAMA 1B9JA 3IB0A 2Z8EA 2QSXA 5F7VA 2Z8FA 4FEBA 2ZXTA 1EU8A 2XX7A 5CM6A 4YAHX 3E13X 1JEVA 1OMPA 3IAZA 1ZU0A 4POXA 1FTKA 3LSLA 3LSFB 5JK4A 2B3BA 2HAUA 4GF8A 3TUSA 1SBPA 4OFOA 1SYIA 1A7LA 2G93A 3G3KA 3FASA 3I3VA 4O3AA 1TFAA 4YKPA 2R6GE 1JVYA 2QL3A 2E1SA 1USYH 1RYOA 4R72A 4EF1A 3TEPA 4ESXA 4Q8RA 3TTLA 1UTHA 4P11A 1PB9A 5B70A 5TPAB 3DM0A 4IB2A 4ZEKA 3MW0A 3PUZE 5H8QA 1NNTA 2PVUA 4DZ1A 3OENA 5AA1A 5I58B 3FD3A 3S9NC 1ZLQA 4IGTA 1JETA 1B3GA 4JDFA 1FTLA 2DXYA 4TLLB 2DWJA 3BBRA 2XXUA 3U1OA 3M3KA 1B6HA 1NNFA 1H45A 4ZZAA 3IL1B 4HS7A 3VDFA 2HFBA 1MM6A 1LAHE 2B3FA 1JW4A 2QRYA 3PD9A 5I84A 1FQEA 2OK2A 1N3XA 1B7ZA 3MZBA 1OQGA 1A54A 1CB6A 4RPNA 2UVGA 3RUMA 1UIVA 4Q0CA 4NF4B 3S4UA 3SEUA 4YB5A 3S9MC 4U1OA 3KEIA 3MPLA 4NF6B 1M5DA 4QSDA 3G3IA 3FUZA 1MY1A 4QFKA 3K6VA 1R9QA 4DDDA 3BFUA 1A8EA 5L9MA 2UVHA 5FTHA 1DPPA 4Z7EA 1MM7A 2NOOA 4KPTA 4IO6A 1EZOA 4ELRA 1QKAA 1DPEA 3FXUA 5K2YA 3EN3A 2DSFA 4U4XA 3B7DA 2OCUA 3T93B 3C9HA 2QS4A 3DP4A 4F1VA 4UA8A 3I5OA 4NEDA 3Q25A 1BIYA 4U23A 4EQ7A 1B5IA 3OO8A 2F7CA 5AA2D 5ITPA 3H7MA 4IO4A 4BDQA 4PFYA 3M3FA 4FORA 5AA4A 2H25A 3P7IA 3EF7A 4NMYA 1Q35A 2O84X 1LBBA 1AOVA 3R26A 4WEPA 4THIA 1QVSA 3GZGA 3UK4A 4ELPA 1SYHA 3RT8A 2Y84A 4YKIA 3K1NA 2F36A 1POTA 5I56B 4OXVA 4ELQA 3C4MA 3W9VA 1FW0A 1D9VA 1OIBA 2O7UA 2FA7A 3OSRA 4GQOA 1SW4A 4G8HA 5F1QA 5DVFA 4FE8A 1URSA 3MP8A 4ONYA 4ZZEA 3FATA 3ILTB 3TTNA 5JTYB 2PMSA 2F7AA 1N0TA 3TQWA 1IXCA 4X48A 3N94A 4MLVA 4OHNA 2XXXA 2V93A 1JW5A 1O7TA 3RN8A 1UQWA 5M2VA 2X26A 4F39A 4NF5B 4DXCA 3MVZA 3KSXA 4MBPA 5IAIA 4U22A 1PDAA 5EYFA 3OEMA 5I57B 5AA2B 1N3WA 1OLCA 5A5XA 2Z8DA 5KCJB 5FHOA 1MY2A 3F11A 3PPOA 5ICTA 3MC2A 1LCFA 1L5TA 1O63A 2F8DA 1MQHA 3IOWA 4PETA 2V25A 3V89B 1TWYA 3H4ZA 3QAXA 4U4SA 3FVNA 2E0SA 2PYYA 1I6BA 2I4BA 3PPRA 2VHAA 1DTGA 3CSBA 1IUDA 3HCQA 2O7IA 3FIRA 3RY3A 3TCHA 4LQ2A 4RK9A 1OVBA 5L9OA 3H6TA 3C34A 4LQ5A 3SEYA 1R9LA 2P1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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