4R2FA

Crystal structure of sugar transporter achl_0255 from arthrobacter chlorophenolicus a6, target efi-510633, with bound laminaribiose
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
GAIKFWDMPWATPAYNDAAKKIAEGFSGANSKATYQIIQWNNFYQTFSSAIASKTGPAVSTGGGFQAFQFEEQGQIAYADKVIEKLKSNGQFDDFLPGVVEPFKTSKGYVAVPWQLDIRPLWYRKSLFEKAGVGVPTDWASLLEAGKKLKGVGAVGFATGSGAGNNIGNHLMIMMMLNNGGGVFTKDGELDVLNDRNVEAVEFLLELVSNGVIDPAAVSYTTDNLNAQWKDSKAAYGMLTLGVPERVGDTSGDIVVASPIAGPHGDKAALIFPNNIMMYTNTPSQEASEEFVVYYLGKLKELWQQKLMNALPVFKSITEMPEFTADPNNVKIVNEYVPIAKTFASQGTALSANLAALDGGQALNQFTQTVLTGKTDAKSALTAFDTGLKSVLKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Arthrobacter chlorophenolicus
publication title Crystal structure of sugar transporter ACHL_0255 from Arthrobacter chlorophenolicus, target EFI-510633
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r2fA02
2XXWA 4Q5TA 3RN8A 5I2KB 1M5EA 3C32A 1GV8A 3PPOA 4LONB 3I5OA 4YB7A 2FA7A 2QPQA 3HN0A 1VSOA 2XXXA 3VLVA 4IY5A 1MXVA 4EF1A 3G3KA 3K1NA 4YMAA 1A55A 2ZXTA 2OWTA 3OXNA 5CM6A 2QS4A 4KYDA 5H8NB 1LBBA 4OWDA 4KYSA 3FV2A 4GFRA 4RPNA 4OFOA 2DYXA 1URGA 4ZEIA 3A3CA 4ZEDA 1D9YA 4PFYA 4LVQA 1EZ9A 4UA8A 2ABHA 2I58A 4H1XA 2ONKE 5FTIA 1OLAA 2V3TA 4Q0CA 2DSFA 1B7UA 4Q8RA 4F22A 1B9JA 4KR5A 2Z22A 1S50A 4LQ2A 1ELJA 2OBGA 2F35A 3OSQA 1IUDA 4BDMA 5DEXA 3SDFA 3KOSA 1MXZA 5ISUA 3R26A 3RT8A 1MDQA 3TEPA 1T0KA 2V3QA 1XVYA 1UTBB 2OJTA 4KCCA 3H6VA 4JDFA 5BUUA 1MXWA 4QFNA 1VE4A 3K01A 1B3EA 1MXYA 3MW0A 2I49A 5KZTA 1Y4TA 1B52A 5I58B 3IORA 1PEBA 2PX1A 2GHAA 3OENA 3MP1A 2Y84A 1USYE 4YU0A 3SEUA 5A5XB 4YKKA 5ELVA 3S9EA 4JWOA 4MFIA 1QKBA 3A09A 3W15C 4BDOA 4LZ8A 3K0VA 5CC2A 3ILUB 1QULA 5L9OA 1XOCA 4U21A 4MF3A 4O3BA 2F97A 1SD3A 3A3UA 3T9VA 5H8QA 1AIVA 3P7IA 2H5YA 1TWYA 2A5TA 4JB7A 1B1HA 3H06B 3V83A 3PV0E 4NF5A 4C1UA 3PGFA 3FIRA 3O2AA 1N76A 4KYEA 3FJMA 1Y3QA 3VLUA 1POY1 2D3IA 4OENA 4JXIA 1TFAA 3MWBA 1N3WA 2Y7KA 3HHFA 3CVGA 3KEIA 1B3FA 1IQ7A 3RT6B 4I9DA 2VOZA 3Q26A 2P1SA 4GQOA 3DP4A 3G3IA 2I4CA 3KGCA 5AA2B 2XD3A 5J1DA 3CG3A 2I48A 1OQHA 1AMFA 4LA9A 4GIZA 1O64A 4DXUA 2OCUA 2ONSA 1EZOA 2W7YA 2DQVA 3QXMA 3PUZE 2O7IA 3KFMA 2I3WA 2HFBA 1IITA 4O3CA 3M3LA 3U94A 1ZMGA 5ICQA 3SEWA 1JW4A 5JK4A 1S9TA 3TQWA 1OVTA 4R2FA 1IXGA 2AIXA 4FEBA 4R75A 2F7CA 1FQFA 4N6PA 5I56A 4P0IA 1WVJA 4MLVA 1MPBA 4AQ4A 3OD7A 4X1BA 4ELOA 4ESWA 2ANJA 1LFHA 5DT6A 4FJPA 2ALUA 3PU5A 3Q27A 5AA4A 4EDPA 2ZYOA 3U8QA 4ISUA 3IB1A 4ZEKA 5H8SA 2HZLA 2XXIA 4ESXA 5HPQA 1QUJA 3L6GA 3S9MC 1ZLQA 4F1YA 4EUOA 2THIA 3LSXA 2XXUA 1FTLA 3MVYA 1P1QA 2F78A 4PE5B 3IL1B 4RK2A 4F2OA 4F39A 2FNCA 3QK6A 4IGTA 2DE3A 1Y1MA 3EF7A 1B32A 2AL5A 1M5DA 4FATA 3KSXA 2A5TB 2HAUA 4XKRA 3H6WA 3PUWE 3SESA 1LLSA 3VVDA 5JEIA 2Z23A 3SETA 3FJGA 3FJ7A 2XXRA 4ZDMA 5TP9B 3DLNA 4WKMA 3IB2A 3T66A 3FXQA 4PFTA 5FHOA 3MJNA 3T9HB 3SEVA 2OWSA 4THIA 3WAEA 5H8NA 4N13A 1B5IA 4OETA 1OMPA 3VDFA 3TKDA 3FD3A 4R9FA 2VP1A 1RYOA 5ITOA 3K6UA 2XX7A 3SEYA 3CFZA 1B7HA 4R6YA 4MH5A 3KJ7A 1B51A 4G8NA 4YB5A 4OQOA 2QS3A 3FUZA 1PC3A 2V93A 4X9TA 4N07A 4GRKA 4H8JA 1HSLA 2REJA 3C36A 4GL8A 2Z8DA 3RQTA 5EHMA 4NF4B 1VFEA 4TLMB 3RUMA 4ECFA 3V5AA 1NKXA 3O6IA 4H5FA 3RY3A 1LCFA 1DMBA 1B1XA 3UN6A 1MRPA 4F2QA 3QUJA 4G68C 2RCAA 3KN3A 4OEVA 4RPOA 5I59A 5CMCA 1M5CA 5I56B 3ZKLA 4DE8A 2M8CA 4OYVA 3K2DA 3H3GA 2CZLA 4F31B 3OO9A 5I58A 2O7UA 2D21A 4WEDA 3PPRA 1H3DA 2CMOA 2Z8FA 1EH3A 4LP2B 2WKYA 1BKAA 1LAXA 3PD8A 4BDQA 3TCFA 1FTMA 4QSCA 3G3GA 3K02A 1LAGE 4F3BA 4FEDA 4KCDA 3B6QA 1N3XA 4OEUA 3HV1A 4RY1A 4XTCQ 3KJTA 5I2NB 1I6AA 2RINA 2LAOA 3USDA 3JZJA 4G8MA 3DELB 1JQFA 4IO7A 2AL4A 2Q8JA 3GLBA 3G7WA 4YMBA 5I84A 4G68B 2DWJA 3ODBA 3M8UA 1AL3A 2I3VA 2RC8A 2B3FA 3FVGA 1FW0A 5FTHA 3OO6A 4GVOA 3WAFA 1QUKA 2VD2A 1ATGA 2IEEA 5CMMA 2RKMA 3PUXE 3MZBA 4I62A 2XXVA 2DVZA 3BBRA 1AH5A 2XXYA 4XKNA 4R2BA 1MXXA 2GRVA 4IO5A 2B3BA 3EN3A 4QFKA 3HO7A 5ICTA 1WODA 1JETA 3TFLA 4F29A 1S7YA 1B6HA 1PBQA 3E13X 1DSNA 4OFLA 4R74A 3OSRA 1II5A 5F1QA 3OELA 1FQEA 4FE8A 5AA2A 1SW2A 1FTKA 3HCQA 3M3KA 3BFTA 1P1UA 3OO7A 3UORA 3SEXA 4ONYA 4ZE9A 4HCWA 3N26A 3GXAA 3DP6A 3T22A 5CRYA 1CE2A 4OHNA 4H0WA 3EHUA 1Q1KA 1B5HA 2OZZA 4DXCA 4HCYA 3IO6A 3IOUA 1D3KA 1QVSA 5I59B 4RA1A 2QSXA 3H6UA 1FCKA 1LAFE 4YICA 3LC8A 3FVNA 3CI8A 1SYHA 2H4IA 3ILTB 5H8HA 4WXJA 2F5XA 1PDAA 4ELPA 1P99A 1Y20A 3B6TA 2F6PA 3CR9A 4KFQA 4JBZA 2Q89A 3EQ1A 4IO6A 3N94A 3MPKA 3SKPA 4OFJA 1KWHA 2DE2A 1POTA 3O6HA 3MVWA 2NOOA 4KPTA 3MC2A 3E4RA 4M4GA 4TOZA 1MM7A 4KHZE 4BDRA 4RJZA 4KD5A 1DPEA 1BLFA 3N6TA 2XXPA 4U22A 3RLFE 4G2ZA 4HS7A 3VV5A 4ZE8A 1LGBC 4RK9A 3U93A 4GWOA 2A5SA 1UTHB 4GXSB 3MPLA 4NF8A 1NH7A 3VVFA 3C34A 5TP9A 4U1ZA 4ELRA 4FECA 3ZKKA 4FAJA 4NMYA 5TPAB 3JV9A 1NNFA 1H76A 3ZSFA 3K6VA 1B46A 5FHNA 1MXUA 1B0LA 4OVJA 2E1SA 4MLQA 4E0XA 3ONMA 4GLIA 3FV1A 3IB0A 1H43A 1O7TA 1LAHE 1P1NA 1JEUA 4YZZA 3W9VA 3MBPA 2Z8EA 5HM4B 1MQDA 2G29A 4C0RA 5CBRA 4NF4A 1SYIA 1MH3A 3PUVE 4ZZEA 3TZAA 1B3GA 3MAMA 4EQ7A 3R7XA 1D9VA 1FQBA 4ELQA 1IZ1A 1USYH 3U72A 4DIGA 3CRBA 4XKPA 3KOTA 2DWIA 4GXAA 4EXKA 1A8EA 2PMSA 2P0SA 4F3PA 3K6XA 3S2VA 3IOTA 5H8HB 4QRZA 3KZGA 3T93B 1A99A 4YKIA 2DS9A 4ZECA 3O29A 1MG1A 1DTGA 2X7QA 1NNKA 2ZYNA 4R9GA 3CG1A 2ZNTA 5I57B 3U1OA 1FQDA 2QL3A 4DXBA 3IOWA 3MZ9A 1JW1A 3U92A 4LZ7A 1TXFA 1B05A 3PMWA 2F36A 3UA8A 2NWJA 1OQGA 1SW1A 4JWYA 4ZEBA 1N7XA 3VXCA 2DP8A 4IO3A 2Q9TA 5I2NA 4AB6A 1YTVA 2H9BA 1EU8A 2D5WA 1SBPA 1NMUA 5BWJA 1RYXA 3O97A 3K1MA 3V89B 2DXRA 4F19A 4G68A 1OIBA 2KLFA 5AA1A 1NH8A 3TCHA 3I3VA 3GZGA 2HEUA 4TQUQ 1TFDA 1LFIA 1LB8A 4OZ9A 3CFXA 4NF8B 1R6ZA 4LZ5A 1MPDA 2REGA 4LATA 1Z7NE 1R1NA 1B5JA 1UQWA 3S9NC 1GTKA 1A40A 3ZS6A 2ONRA 1R9LA 2E0SA 2HAVA 2ZNSA 4NEDA 3OMBA 1FQAA 1US5A 3FATA 3LBSA 1B40A 3KN8A 1IEJA 2XX9A 4R6HA 4G4PA 4NE4A 3QIMA 1Y3NA 2QMWA 1JW5A 4RXLA 3C4MA 5ITPA 2O6AA 1URSA 3MP8A 3LSWA 1Y3PA 2X7PA 3RTWB 4BDLA 1HSJA 2O69A 2VHAA 1XHYA 2I0BA 4IGRA 3OOAA 1XS5A 3LUYA 5KCJA 3TTLA 4NF6A 5IKBA 1PBPA 5DTBA 1JNFA 3Q29A 1MY0A 3GBAA 1XVXA 3FASA 1MQGA 3S9LC 1HSEA 3C33A 3MP6A 2ESNA 1A7LA 3HHGA 1A54A 1DOTA 2PT1A 2XD2A 1MPCA 3MVZA 2H98A 1MH4A 2OLBA 2PYYA 3TQLA 3FVKA 3SERA 4BDNA 3L6HA 3TYHA 3MUQA 1YPNA 3KN7A 4QF9A 1N0TA 5K2YA 4G77A 3PD9A 1VR5A 3TELA 3IAZA 3BFUA 3TODA 2HZKA 3C35A 3TUSA 1MQHA 3H6TA 4PFUA 4F18A 2DWHA 1J1NA 1UTHA 3MVXA 2O1LA 5FHMA 1H44A 5L8DA 4X1DA 2V84A 3QSLA 3IK6B 3FXRA 3VLWA 2I0CA 4DCXA 4EQBA 1B3HA 5TPAA 3PMXA 1AOVA 4ZS9A 5JTYA 4K3FA 5B70A 3FZVA 4MBPA 3V8XB 2F7AA 4POXA 4NWDA 1QW0A 3K00A 1IXIA 3CIJA 3F11A 1FQCA 1YCJA 1PB8A 1MY4A 5EYFA 3D4CA 4EXLA 2DXYA 4OTEA 1B0HA 2ZNUA 3E3KA 4EF2A 1ZBMA 1PB7A 3TTMA 2Y7RA 4JWXA 1URDA 4U2RA 1US4A 4RYAA 4DLDA 2Y7IA 1M5FA 1MQJA 3D4GA 1VFDA 1O63A 4JSOA 2GH9A 1JVYA 2I4BA 1ZU0A 2Q2CA 2H99A 4Z0IA 3Q28A 3G3HA 1FTJA 3HPIA 5KCJB 3MZ1A 4E0WA 2YPNA 1SI0A 2R71A 3M3FA 3K6WA 4NF6B 3C9HA 3TTKA 2DVCA 2QJEA 4F3GA 2R9JA 5KDTA 5CMBA 2O84X 2XHDA 3KG2A 3FXUA 1CB6A 4IY6A 1D4NA 4POWA 1M5BA 3R6UA 1UIVA 3T96B 1GR2A 4H5GA 2HCAA 4G8HA 3IR1A 3T9UA 1MY3A 4AB5A 5I57A 3FVOA 3OEKA 4OERA 1L5TA 5K2XA 1DTZA 4I1DA 1B4HA 2ZYKA 4F1UA 2OK2A 5F7VA 1SW4A 3VXBA 3TTNA 1NFTA 3GBBA 1ANFA 3H7MA 3UP9A 3IOVA 2UVGA 3G3JA 3CSBA 1GGGA 1I6BA 3K4UA 2HQ0A 3IJOB 2Y7WA 2YJPA 1BIYA 2HXWA 3RPWA 5EHSA 4JSDA 1SVXB 2P2AA 2O51A 3N6UA 3N5LA 4YB6A 2DOJA 4XKQA 4C1TA 1A8FA 3B7DA 3C31A 1OLCA 2PT2A 4GF8A 1N84A 2Q88A 4OESA 3RGYA 3UIFA 4O3AA 2ZMBA 3H03A 3G3FA 5JTYB 1MDP1 1XT8A 3MQ9A 4IO4A 3TMGA 3E9XA 1TT1A 3FGSA 1B7ZA 1SI1A 4PP0A 5AA2D 4ZEFA 2UYFA 4FIMA 5M2VA 3IJXB 4P11A 3CSGA 1DPPA 4DZ1A 1Z7ME 1QKAA 2UXAA 1MY1A 3B6WA 2B65A 1NNTA 4QSDA 3LR1A 2RC7A 4QFOA 2XXTA 1ZIUA 5H8FA 2UYEA 4U1OA 4U4XA 3EHTA 1LSTA 4YKJA 3DM0A 5DEXB 5TU0A 2UVHA 2NUVA 1NNPA 4RNSA 3PMVA 3CFLA 4Z7EA 3THIA 1SW5A 2RF1A 5KDTB 2V25A 2ZYMA 3HSTA 2IA4A 3RNNA 4PFWA 4DDDA 5DVIA 4ND9A 2UVIA 3VE1B 1ZJLA 5B7DA 1MY2A 3ECRA 2NXOA 3KSJA 3O28A 3JYRA 4F1VA 3QYTA 4XXUA 1FTOA 3T9XB 4X48A 2H25A 2F34A 2F6GA 1MM6A 2XXQA 5DVFA 1Y1ZA 1Y9UA 1WDNA 2QS1A 3PPQA 3TAJA 4HTGA 3AXFA 1RKMA 1MS7A 2AYSA 1B2HA 2R6GE 1NL5A 2RC9A 2Y7PA 2DE4A 4LUBA 3UGWA 5L9SA 4H65A 1QUIA 4GL0A 2XXHA 2QRYA 1ZKBA 4IO2A 2F8DA 3LSLA 1JEVA 1P1WA 5LOMA 3I6VA 1BP5A 3S4UA 1SQYA 5H8QB 5I2KA 4KQPA 2PBWA 3TTRA 5CMKA 2FYIA 1LFGA 4OXVA 1IXHA 5IAIA 4NF5B 2DWAA 5DYHA 3PUYE 3RTFB 3QAXA 1SDXA 1Y4CA 4ZZAA 1H45A 4PETA 3H4ZA 4FORA 5AE4A 4DCYA 3TPAA 2UVJA 3VVEA 1LBCA 4L17A 3QUFA 3O9PA 1R9QA 4OMBA 1JVXA 4HW8A 2BJJX 1B3LA 3EPEA 1LB9A 4U4SA 1XC1A 2Q2AA 4YAHX 5CBSA 3KBRA 4GOTA 2NVUB 4QHQA 1IXCA 2RCBA 4QSEA 3W9WA 5H8FB 4U23A 3UK4A 1Q35A 2G93A 1MQIA 1B58A 2PVUA 2V3UA 1YAEA 4XIGQ 4M1VA 3OEMA 5L9MA 1I69A 2YLNA 3TCGA 3PPPA 2X26A 4H8IA 4WEPA 1I6QA 2O1MA 1UTBA 4R73A 4F3SA 3O6GA 3BKIB 4QFLA 3PPNA 5HBCA 3VFJA 3IX1A 3LSFB 5AA3A 3TDJA 4BLAA 3EHSA 4TLLB 1EZPA 2VD3A 1B4ZA 1UIUA 2I6EA 2QMXA 4KI0E 1IIWA 4GD5A 4NWCA 1QJMA 4Q30B 4PQJA 4H67A 4LQ5A 2GHBA 4NTLA 4QFPA 5AA4B 2O68A 2VGQA 4R6KA 5DVJA 1ZTYA 3DP8A 2F7BA 2GFEA 3Q25A 2XX8A 5A5XA 3K1PA 4H6DA 5CI5A 3O66A 3OO8A 4IB2A 4YKPA 2QS2A 1OVBA 4I8CA 1P1OA 4UACA 4P0GA 1N7WA 4EQ9A 3IO4A 1BTJA 1N04A 1LCTA 4R72A 1F9BA 1PB9A 1GVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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