3IB2A

Structure of the complex of c-terminal half (c-lobe) of bovine lactoferrin with alpha-methyl-4-(2-methylpropyl) benzene acetic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin.
pubmed doi rcsb
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib2A02
3CIJA 3TODA 3EF7A 3SETA 1ZJLA 4JXIA 4OMBA 5CMCA 2GHBA 1A54A 1OQGA 3MVYA 3MAMA 2ONSA 2VD2A 3O97A 3KOTA 1Y9UA 4LZ5A 3FASA 3N94A 3Q29A 3G3KA 4H0WA 2PX1A 2F34A 5FTIA 2F5XA 3KGCA 3PUWE 4GIZA 4YZZA 1PEBA 5FHMA 4AB5A 2DS9A 3VLUA 4C1TA 3DLNA 5CBRA 3K1NA 1TT1A 3CI8A 4H8IA 2Y7RA 2HEUA 4RPNA 1LAHE 3K2DA 1N76A 3QK6A 1CE2A 1I6AA 2DXYA 2IA4A 4IO4A 1TWYA 4ONYA 3U1OA 1MPCA 1ZMGA 1M5BA 3PU5A 2Y7WA 1MXVA 4NF5A 4NF5B 4EXKA 1B40A 1P1UA 3ZSFA 1B46A 2H5YA 2XXIA 4R2BA 1JETA 2XXWA 1PB8A 1SYHA 1OQHA 5EHSA 2YPNA 3Q26A 1XS5A 1MM6A 4R74A 4FECA 5JTYA 3TTMA 3G3FA 2P2AA 3EHSA 2R9JA 5I56A 5I56B 3P7IA 4G8MA 1S9TA 3VFJA 3TELA 2R71A 3N6UA 1MDP1 5DEXA 4HW8A 3CR9A 4QFLA 3HHFA 4PFYA 3UGWA 2Z22A 1ZIUA 3EPEA 1B3FA 3HCQA 1FTLA 1DPPA 3RTFB 4AB6A 1SD3A 4NMYA 1Y3PA 3MPKA 5H8FB 4R6HA 4U2RA 4DIGA 3TPAA 1II5A 1NL5A 2QMWA 1LFHA 1B4HA 4Q8RA 3OSQA 4P0GA 4F29A 1MDQA 3LUYA 3ZKKA 1B9JA 3FD3A 2DXRA 1XOCA 3G3JA 1LB8A 1QUIA 4YAHX 2H9BA 5AA4A 2NWJA 2OCUA 5KDTA 2R6GE 5KDTB 2Q8JA 1M5EA 1HSEA 2OWTA 1FTOA 3V89B 4M1VA 2I3VA 3E3KA 4ELPA 3S2VA 5HPQA 1YTVA 2ONKE 1MQJA 5DTBA 3B6QA 3H06B 1M5FA 2Q9TA 3JZJA 3QUFA 1S50A 2F35A 3B6TA 3MZ9A 1QKAA 2XD2A 3R6UA 4E0WA 5CC2A 4NF4A 4IY6A 3W15C 2AL5A 4YKKA 4PFUA 1WVJA 1GV8A 2DWHA 1NMUA 1OVBA 4E0XA 4GXAA 3FZVA 3TTLA 3K6VA 4WEPA 2A5SA 1P1QA 4EQBA 1J1NA 3IAZA 4IY5A 2UXAA 4F39A 5M2VA 2BJJX 3FVNA 3OMBA 4BDNA 2NXOA 2QS4A 1M5CA 3O2AA 2I0CA 1FCKA 1YAEA 1B3EA 4OHNA 3GBAA 3CFXA 1NNKA 1SW5A 3C32A 1MH3A 2QMXA 3RT8A 3FGSA 3HPIA 2F7BA 3OEMA 4N6PA 3DELB 1H45A 3IR1A 2DP8A 4GL8A 4EXLA 2ZYNA 4OVJA 4RK2A 3DP8A 2ZYOA 1MQIA 4FATA 3TKDA 3Q27A 2D21A 2O69A 4GL0A 3SEWA 3LSLA 1B3LA 4RK9A 2ZNSA 1IUDA 3T9UA 2M8CA 4G77A 1P1NA 1IIWA 3O29A 2QS1A 5H8SA 4ZEDA 4OZ9A 1N3XA 4TOZA 5FTHA 2I48A 3SKPA 2DE2A 2ZYKA 2O7IA 5A5XA 4DCYA 1SYIA 5HM4B 1BTJA 1IXGA 2HCAA 5I84A 1MY1A 4QF9A 1JW1A 4C0RA 3PUYE 4GD5A 2W7YA 3U72A 4LUBA 2QRYA 3IB2A 3D4GA 2B65A 3QYTA 2Y7PA 3EHTA 4OETA 1LLSA 2DYXA 1CB6A 2I49A 2ZNTA 3RTWB 4G68A 4G68B 4KHZE 3FJ7A 2ANJA 3CFZA 3BBRA 4PP0A 1POTA 1EU8A 4FE8A 3K0VA 4LZ7A 2Z8DA 1TFDA 3V83A 2O6AA 3G3IA 2HZKA 3BKIB 3VLWA 4ELQA 3WAFA 1NKXA 3S9MC 3M3LA 1A99A 3R26A 3IOTA 4KFQA 1I69A 2QS2A 1B51A 3RUMA 2O68A 4RNSA 1A7LA 4JB7A 2ONRA 3TZAA 2I3WA 4R72A 3K00A 3VVEA 3MWBA 1N7WA 2KLFA 1D9YA 1MXUA 3BFUA 5IAIA 3TCHA 3O66A 4RY1A 3PV0E 1GR2A 3K02A 3KJ7A 4ZS9A 3K1MA 2X26A 4NWCA 3CVGA 3ILTB 4LQ5A 1N3WA 5CBSA 5ICQA 2XXXA 1O64A 2RC7A 5L8DA 4POXA 5K2XA 1FTJA 3AXFA 1GVCA 5FHOA 3H6WA 1EZOA 3FXQA 2O51A 3CSBA 2PVUA 1B7UA 1HSLA 4F1VA 3K6UA 1IXIA 3FVKA 2NVUB 3VE1B 3LR1A 3U8QA 4RPOA 4DLDA 4XXUA 1MXZA 3O6IA 2YLNA 1LAFE 4MH5A 2OLBA 2UVIA 1IXHA 4YB7A 1DTZA 5H8NB 5AE4A 1MY3A 1A8FA 2V84A 1UQWA 3QXMA 4KR5A 1WDNA 2DOJA 3MPLA 3U92A 4JBZA 4ESXA 1B0HA 4KYDA 4BDLA 4ELOA 2DSFA 1Y4TA 3L6HA 3G3GA 1JEUA 4DCXA 3W9VA 3SEUA 1ELJA 3MVZA 4U23A 4GRKA 3TAJA 1MRPA 4Q0CA 3IK6B 4L17A 2V3UA 4PQJA 3MP8A 3IB0A 3JV9A 3ODBA 2H4IA 3I3VA 4MF3A 4DZ1A 5L9SA 4F3BA 2F6PA 5ICTA 4QSDA 1ATGA 3B7DA 3MVXA 4FEDA 3OSRA 4WKMA 4NF8A 4NF8B 4IO5A 1R6ZA 3KN7A 3UK4A 4QHQA 2O1LA 3PPPA 4LP2B 4ZZEA 2FYIA 1S7YA 2XXQA 5IKBA 3A09A 4EF1A 3FATA 5L9MA 3ZKLA 5I59B 1RYXA 3KZGA 3HO7A 1FQDA 2F97A 3C31A 4HTGA 4Z0IA 4TQUQ 3FJMA 4F18A 1UTBB 1P1OA 1R9QA 1LFIA 4GFRA 3N6TA 4EF2A 4H6DA 1PBPA 3VDFA 2VHAA 3PMXA 3FUZA 4Q5TA 4PFWA 2A5TB 1Y3QA 1LCTA 2REGA 5F7VA 3OO6A 2UVJA 3OXNA 2HZLA 1OMPA 2E0SA 3IO6A 3UIFA 3O6GA 2OK2A 1SI1A 3FVOA 2VD3A 5F1QA 2G93A 3OOAA 1MY0A 3T22A 4R73A 3MVWA 3FVGA 1GTKA 3SEYA 4YMBA 1Y4CA 4H8JA 4GOTA 4F3PA 4KI0E 3I6VA 4LATA 3A3CA 4LVQA 3MQ9A 5B7DA 4KCDA 5H8FA 4GXSB 1ZTYA 1OIBA 4NF6A 4NF6B 4F2OA 3JYRA 4BDQA 1N7XA 4KQPA 4KYEA 1AIVA 3HV1A 3PMVA 1VR5A 1LFGA 3TTRA 2RKMA 3QUJA 3T93B 3M8UA 4FORA 5DVIA 1FQBA 4O3CA 1F9BA 1PBQA 4DXUA 5JK4A 1SW2A 4F2QA 2F7AA 3N26A 2OWSA 1MY4A 1Y1MA 5I58B 5I58A 3TTNA 1SI0A 3TCGA 4EUOA 3SESA 1AH5A 1PB7A 4ZECA 3G7WA 4MLVA 4WXJA 1JVYA 5B70A 3IB1A 1JEVA 3PMWA 4PE5B 5L9OA 4RA1A 4DXBA 2ZNUA 2O7UA 3TDJA 1USYE 4ECFA 5ITPA 3GBBA 3MW0A 4ZEFA 1P99A 2X7QA 3CG3A 4JWOA 1FQAA 2LAOA 4IO7A 3TTKA 1I6QA 1FW0A 1VFEA 1M5DA 1URSA 4ZEBA 3UORA 1XT8A 4OESA 4OFLA 2XD3A 4XIGQ 4ZZAA 3DP4A 2D3IA 3M3KA 2UVGA 1LBCA 4M4GA 1NH7A 1B7HA 4NTLA 2ESNA 2ALUA 1B52A 3OO9A 4OENA 3H6TA 1L5TA 3LSFB 4FIMA 3HHGA 1Q1KA 1XC1A 2I58A 1JVXA 1BIYA 3T9HB 1ZLQA 1Y3NA 3UA8A 4X1DA 2H98A 2Q89A 1H43A 2V93A 2E1SA 4R75A 2H99A 1ANFA 4H67A 4U1ZA 4ZE8A 5ISUA 1FTKA 3OO8A 3V5AA 1MH4A 5DVFA 2RCAA 4OFJA 1UTHA 1UTHB 3IOUA 1LBBA 3S4UA 2RC8A 2F8DA 3PUXE 3GZGA 4ISUA 2QJEA 4QFKA 4QRZA 2XXUA 5HBCA 1B1HA 1IZ1A 2V3QA 5H8HA 5H8HB 5I2KB 5I2KA 1IXCA 3C35A 4G8HA 1QULA 3O28A 3C34A 1QUKA 4H65A 2QS3A 4X9TA 3K6XA 4BLAA 1PDAA 4TLLB 4X1BA 1B3GA 3PPOA 4Q30B 4EQ7A 4U22A 4KCCA 2F7CA 1UIUA 2HFBA 4LA9A 1NFTA 3V8XB 3H4ZA 2AYSA 2PT1A 2Y7KA 1LCFA 4DDDA 3K1PA 4IO3A 1EZPA 4BDMA 4N13A 3FIRA 3IO4A 3RPWA 5AA2A 5AA2B 3USDA 3S9EA 2V3TA 5TP9B 5TP9A 1RYOA 3F11A 4G2ZA 2FA7A 2OJTA 3EN3A 1N84A 1IITA 1D3KA 3RGYA 1UIVA 4F1UA 4IGTA 2NOOA 5BUUA 4ELRA 1B5IA 3TQLA 4KPTA 4NEDA 4QFNA 3T96B 2DVZA 1JW4A 4QFPA 5CMMA 3VVFA 2ZYMA 5TU0A 1VFDA 4YKPA 3VXBA 1Z7NE 2VOZA 1MXYA 5BWJA 2DWJA 4OWDA 3ZS6A 5H8NA 1OLCA 5KCJB 5KCJA 1PC3A 5FHNA 5CM6A 2VP1A 3PD9A 2F78A 2RF1A 3IL1B 2VGQA 2HAUA 1I6BA 2UYFA 1B2HA 3CG1A 4LQ2A 1B58A 4U4SA 4PETA 3L6GA 4GQOA 2OZZA 2PBWA 4ESWA 2Q2AA 2XX7A 1R9LA 1XVYA 1JNFA 3PPRA 3Q25A 2QSXA 2UYEA 1URDA 1R1NA 5EYFA 4IGRA 4DXCA 3GXAA 4HCYA 4JSDA 5DT6A 3TEPA 2UVHA 4R6YA 4I62A 2Y7IA 4FAJA 4P11A 4UA8A 5I2NB 5I2NA 1AL3A 1IEJA 3ILUB 3SEXA 2Z8EA 4G68C 1B32A 1AMFA 1NNTA 1ZKBA 3C36A 4F3GA 4FEBA 4O3BA 4NWDA 4DE8A 1YCJA 1B5JA 1QKBA 1H76A 2B3FA 1MPBA 3S9LC 1QW0A 4RYAA 4F31B 3C33A 1MXXA 4GLIA 2O84X 4OERA 4R6KA 5I59A 1LAXA 4KD5A 2RINA 2G29A 3MC2A 3O6HA 3Q28A 5CMKA 3GLBA 3RT6B 3DP6A 4ZEIA 1UTBA 3TQWA 3FV1A 3IJOB 3RNNA 1B6HA 5AA1A 2A5TA 1A8EA 3G3HA 3K4UA 3MUQA 1VSOA 4LZ8A 2Y84A 5J1DA 4JDFA 4XTCQ 3IOVA 2DQVA 3RQTA 3EHUA 1B7ZA 3PD8A 3D4CA 3QSLA 3H6UA 1FQCA 1TFAA 2D5WA 2QPQA 2Z23A 4X48A 3KJTA 4QFOA 3S9NC 2H25A 1URGA 5JTYB 1EZ9A 4FJPA 5DVJA 3ONMA 4RJZA 2CZLA 1SW4A 2F36A 3VXCA 1O63A 1PB9A 3I5OA 5DEXB 2QL3A 2HQ0A 4K3FA 4OEVA 3HN0A 1LAGE 3E4RA 1SBPA 4I1DA 3OEKA 4U4XA 2B3BA 3MZ1A 2XXYA 1Y20A 1SDXA 4I8CA 3T9XB 2F6GA 4HCWA 2YJPA 2XX8A 4ZE9A 1VE4A 4RXLA 2I4CA 5DYHA 3KEIA 3CRBA 4U1OA 3PGFA 1Q35A 4GVOA 1MQDA 4OXVA 3E9XA 3KSXA 5TPAB 5TPAA 1Y1ZA 5JEIA 4MFIA 3OENA 3HSTA 4R9GA 1QUJA 5AA4B 4TLMB 1A55A 3MZBA 2GFEA 3BFTA 1B5HA 4C1UA 1N04A 3VVDA 4JSOA 5EHMA 3CFLA 3T66A 3FXRA 3C4MA 3M3FA 4NF4B 4OFOA 3KFMA 2P1SA 2I0BA 2XXTA 1BLFA 3W9WA 2WKYA 5ITOA 3MP6A 4ZEKA 4OQOA 3DM0A 2HAVA 3OELA 3THIA 3T9VA 3TCFA 3UN6A 3TFLA 5KZTA 1QVSA 2PMSA 4ND9A 1LSTA 4AQ4A 3TUSA 4P0IA 2XXVA 3PPQA 3O9PA 3TMGA 1T0KA 1Z7ME 1B3HA 1N0TA 1EH3A 3R7XA 5CI5A 3B6WA 4F1YA 2I6EA 4POWA 1BP5A 1BKAA 3EQ1A 3VV5A 1D9VA 4LONB 2REJA 3UP9A 1MQGA 4YICA 1DOTA 4H5GA 3FV2A 4MBPA 4F19A 1US4A 2DVCA 3H3GA 1DSNA 4H1XA 4R9FA 5CMBA 2P0SA 3K01A 3QIMA 2THIA 2O1MA 2Q2CA 2DE3A 3WAEA 3MBPA 3KN8A 1H3DA 5AA3A 1QJMA 2GH9A 4YB6A 4PFTA 2GHAA 3LSWA 4H5FA 1B0LA 1SQYA 1XVXA 4THIA 3LC8A 1MS7A 1DMBA 2HXWA 3MP1A 5A5XB 2Q88A 2FNCA 1POY1 4KYSA 2Z8FA 4R2FA 1MM7A 2DE4A 2ZMBA 4QSEA 1SW1A 4YKIA 4WEDA 1D4NA 1FTMA 1FQFA 4Z7EA 2DWAA 1OVTA 1US5A 3IORA 4OTEA 1NNFA 3KBRA 4O3AA 4ZDMA 1MG1A 2AL4A 3VLVA 1A40A 1JW5A 4MLQA 4G8NA 3SDFA 4F3SA 1ZBMA 3QAXA 1NNPA 1P1WA 1USYH 3K6WA 1MY2A 1ZU0A 3IJXB 4EQ9A 3C9HA 2X7PA 2DWIA 5H8QA 5H8QB 4QSCA 3PUZE 3PUVE 4UACA 1JQFA 3FXUA 2GRVA 1AOVA 1IQ7A 2ZXTA 2AIXA 2XXPA 3LSXA 4NE4A 2IEEA 1O7TA 1LGBC 5AA2D 1SVXB 4OYVA 2OBGA 1HSJA 3IX1A 4JWYA 2RC9A 4I9DA 1MQHA 4YKJA 4IO2A 5I57A 5I57B 3SERA 2XX9A 4GWOA 2XXHA 4BDRA 3KN3A 2NUVA 2PT2A 3FJGA 2PYYA 1DTGA 4XKQA 3U93A 3U94A 3SEVA 4BDOA 1NH8A 1KWHA 3H7MA 3OO7A 1B4ZA 1DPEA 1TXFA 1WODA 3KSJA 4N07A 4EDPA 1GGGA 3ECRA 4IB2A 2XXRA 3H6VA 5LOMA 4XKPA 3RLFE 2CMOA 1LB9A 4JWXA 3RN8A 1RKMA 3H03A 1B1XA 3RY3A 5K2YA 4IO6A 2XHDA 4YMAA 4XKRA 4GF8A 1OLAA 1YPNA 1MPDA 4XKNA 4F22A 4YU0A 3LBSA 4YB5A 3IOWA 3KOSA 2V25A 1B05A 2ABHA 3A3UA 3OD7A 5CRYA 3KG2A 5ELVA 4OEUA 3E13X 3PPNA 2I4BA 3N5LA 4G4PA 1XHYA 3CSGA 4HS7A 1H44A 2RCBA 1FQEA 1MXWA 4U21A 3MJNA 3TYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CIJA 3TODA 3KC0A 3EF7A 3SETA 1ZJLA 4JXIA 4OMBA 5CMCA 2GHBA 1A54A 1OQGA 3MVYA 3MAMA 2ONSA 2VD2A 3O97A 3KOTA 1Y9UA 4LZ5A 3FASA 3N94A 3Q29A 3G3KA 4H0WA 2PX1A 2F34A 5FTIA 2F5XA 3KGCA 3PUWE 4GIZA 1FRPA 4YZZA 1PEBA 5FHMA 4AB5A 2DS9A 3VLUA 2JJKA 4C1TA 3T1BA 2OX3A 3DLNA 1FSAA 5CBRA 3K1NA 1TT1A 3CI8A 4H8IA 2Y7RA 1RDXA 2HEUA 4RPNA 1LAHE 3K2DA 1N76A 3QK6A 1CE2A 1I6AA 2DXYA 2IA4A 1FPKA 4IO4A 1TWYA 4ONYA 5I5PA 3U1OA 1MPCA 1ZMGA 1M5BA 3PU5A 2Y7WA 1MXVA 4NF5A 4NF5B 4EXKA 1B40A 1P1UA 3ZSFA 4NAPA 1G0IA 1B46A 2H5YA 2XXIA 4R2BA 1JETA 2XXWA 2OWZA 1PB8A 1SYHA 1OQHA 2WBDA 5EHSA 2XXKA 2YPNA 3Q26A 1XS5A 1LEVA 1MM6A 4R74A 4FECA 1JP4A 2WYKA 5JTYA 3TTMA 3G3FA 2P2AA 3EHSA 2R9JA 5I56A 5I56B 5ET6A 3P7IA 4G8MA 1S9TA 3VFJA 3TELA 2R71A 3N6UA 1MDP1 5DEXA 4HW8A 3CR9A 4QFLA 3HHFA 4OA4A 1NUZA 4PFYA 1RDZA 3UGWA 2Q8MA 2Z22A 1ZIUA 3EPEA 1B3FA 3HCQA 1FTLA 1FBHA 1DPPA 3RTFB 4AB6A 3U65A 1SD3A 4MNCA 4PFIA 4NMYA 1Y3PA 3MPKA 5H8FB 4R6HA 4U2RA 4DIGA 4DI4B 3TPAA 1II5A 1NL5A 2QMWA 4N91A 1LFHA 1B4HA 3IFAA 4Q8RA 3OSQA 3RYDA 4P0GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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