3IB2A

Structure of the complex of c-terminal half (c-lobe) of bovine lactoferrin with alpha-methyl-4-(2-methylpropyl) benzene acetic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib2A02
1XT8A 3UK4A 1NKXA 2HZLA 5JTYB 1JVXA 4OYVA 3KFMA 4YB6A 3U8QA 1LB9A 3OD7A 3H6TA 4EQ7A 4UA8A 1FQCA 3A09A 2R9JA 2ANJA 1Z7NE 1RKMA 1IXHA 4U1OA 4ZEBA 1RYXA 4IO6A 3K6XA 1MDP1 4G2ZA 4F3BA 3VLWA 3G7WA 4R2FA 3T9XB 1MG1A 5DYHA 2I4CA 4GWOA 1M5FA 1I6BA 2DOJA 4DDDA 1QVSA 1FQDA 3IOUA 3H6UA 4LQ5A 1URDA 4YB5A 4EF1A 4LZ7A 3SDFA 3MWBA 3KJ7A 2OWSA 4KCDA 3T96B 3E13X 3K1NA 4KI0E 2F97A 5I2NA 3Q25A 3TTMA 1M5CA 1OVBA 2D21A 3DELB 1B51A 3C4MA 1B0HA 4IO5A 1WDNA 3EHTA 3AXFA 3JZJA 1IITA 1TWYA 1ELJA 3CG3A 1DTZA 1B2HA 5K2YA 3C9HA 1VE4A 4XXUA 4YU0A 2WKYA 2Q2CA 2DSFA 2E0SA 1XOCA 1N3XA 1Y3PA 2XXWA 3KOSA 3MPLA 1B4HA 3A3UA 2ZYMA 1JEUA 3KJTA 2XXYA 2RC8A 4ZEDA 4NF5A 2VOZA 1GR2A 3O28A 1MQGA 3QYTA 4GIZA 2O69A 3OENA 3IAZA 1B05A 2V3QA 5CMBA 4ELOA 4F18A 1QKBA 3K0VA 4GQOA 1LFGA 2V84A 1DOTA 3C31A 4ZE9A 4OMBA 2IA4A 3C34A 2O7IA 5ITPA 3PPQA 4WKMA 3OEMA 2ZYNA 3HHGA 3S9NC 1B7HA 2F36A 2FYIA 1LBCA 1XHYA 3K4UA 3O66A 3KG2A 1JEVA 2QRYA 1WODA 3UORA 2ZMBA 1B3GA 3HCQA 4DZ1A 2G29A 3RTFB 1Y3NA 4XIGQ 2H4IA 3W9WA 4KYDA 1FTOA 4H1XA 2H9BA 5AA1A 4O3AA 3ZS6A 2I48A 5L9SA 4BDNA 4EQ9A 4NF4A 4F1YA 1LBBA 2PT1A 2CZLA 2XD3A 4GXAA 4NWDA 4HTGA 3S2VA 1EH3A 2F7BA 4IY6A 3SESA 1NNTA 1B7ZA 1I69A 3QAXA 2X7QA 3N6TA 3D4CA 2XX8A 3IK6B 2AL4A 2ONKE 1XVXA 5K2XA 1AH5A 4C0RA 4U1ZA 5TP9A 1UTHB 1A8FA 3TCFA 5H8NB 5AA3A 3EQ1A 2P2AA 2KLFA 2XXQA 5TPAA 1MXZA 4KQPA 3VVEA 4AQ4A 2H5YA 4F1VA 3N26A 1ANFA 3LBSA 4U4SA 5FHMA 4H5GA 1USYH 5I2KB 2Y7IA 2ZXTA 3KSXA 1NNFA 2F5XA 4DXUA 2HAVA 1R9QA 4WXJA 3QSLA 4LZ5A 1QUIA 4ESXA 3CIJA 4JXIA 1H43A 4H67A 4HCYA 1UIUA 1MXVA 1S7YA 2NUVA 2P0SA 3MVXA 3TKDA 4YMAA 5H8QA 1T0KA 1USYE 3SEWA 1NH8A 3TMGA 3EHUA 2O51A 4BDQA 1B58A 4I62A 4ZDMA 3FXRA 3U94A 2Y7WA 4H65A 4Q0CA 2H25A 4GL0A 2F6GA 4Q5TA 4F29A 3RT6B 3RNNA 4XKNA 3I6VA 1URGA 2ZNSA 1I6QA 3MP8A 3WAEA 3E9XA 4U22A 3PUXE 2THIA 2RKMA 1D3KA 5DTBA 4FIMA 3CSGA 4ESWA 4IY5A 1Y4TA 5I59A 3EN3A 3G3GA 2UVIA 1OVTA 4XKPA 1A8EA 4QFNA 1II5A 4DCXA 3TPAA 2R71A 4RK2A 3CFLA 2Z8FA 1N7XA 1YAEA 1FTJA 4XKRA 4U23A 4E0XA 2X7PA 3ODBA 2UVJA 4THIA 1B3EA 3HN0A 1N7WA 5J1DA 2V93A 5CBRA 1HSEA 1MM7A 4NF6B 3VV5A 3N94A 3TUSA 1AOVA 2D3IA 3DM0A 4GXSB 4QFPA 3Q28A 1US4A 4GLIA 1D9YA 4QFOA 2REJA 4RK9A 2DVZA 2F34A 3TAJA 4R9GA 3FATA 1F9BA 2H98A 1D4NA 1SW2A 3V83A 2RINA 5I56B 4POXA 5AA2B 4U21A 2XHDA 4AB6A 4NTLA 2UYFA 5L9OA 2I0BA 3O6HA 3IB0A 2Y7RA 5A5XA 1UTBA 1IIWA 2ESNA 2OZZA 1LFHA 2DQVA 3CVGA 3BKIB 4DCYA 5FHNA 4YMBA 1B1XA 3RGYA 4IO7A 1IXGA 2OWTA 3S4UA 3R26A 3FVKA 2HFBA 3I5OA 1NL5A 4N6PA 1LFIA 3MVZA 1LAGE 5KDTA 4POWA 4QFLA 1MM6A 3L6GA 4FAJA 1SW4A 1B5IA 2ZYKA 1TT1A 5CMCA 3ZSFA 4KYEA 3EF7A 5H8FA 1MQHA 3L6HA 4OQOA 1ZIUA 2QS2A 4OWDA 1IXCA 1B1HA 4NF8A 3PGFA 1UQWA 1FQEA 3S9LC 1MPCA 4ZEFA 2XXPA 3K1MA 4KCCA 1OQHA 3A3CA 3V8XB 3RT8A 3O29A 3TTNA 2OLBA 5EHMA 3IJXB 1MY1A 3KZGA 1QUKA 2B3BA 2XXUA 5JK4A 3K6UA 4OEUA 3JYRA 4KD5A 4BDRA 1FTLA 5CC2A 3UIFA 1POY1 3D4GA 3FJGA 3SKPA 2QMWA 4LVQA 3KN7A 4KYSA 1FQAA 1OMPA 3S9MC 1SVXB 5TP9B 3TDJA 4JWYA 4GOTA 1YPNA 3PMWA 3OELA 1FW0A 3U72A 1O7TA 3PPOA 3OO6A 3E3KA 2XXHA 3H06B 1M5BA 1TXFA 1Q1KA 4OFLA 3OO8A 3U1OA 3MZ1A 2REGA 5CMKA 4M1VA 2B3FA 3FVGA 3LSWA 5B70A 1MH3A 3OXNA 1L5TA 2Y84A 3PMVA 3U92A 3RQTA 1FQBA 1R1NA 3SETA 3BBRA 4KPTA 3JV9A 5BUUA 1NNPA 3PUVE 5H8HB 4G68A 3IOWA 3LC8A 4EQBA 4OVJA 3PV0E 2AL5A 2RCBA 3PUWE 3H3GA 1LGBC 1B6HA 4MLVA 4QSCA 1CE2A 1HSJA 1VFEA 3H6VA 2V25A 5M2VA 3CFZA 3FJMA 1BKAA 2O68A 2QSXA 4HW8A 4G8NA 5I59B 5IKBA 3USDA 2O84X 3HHFA 1M5DA 2DE4A 2DVCA 4MH5A 2E1SA 1GGGA 3IL1B 2XD2A 5JEIA 3IB1A 4RJZA 3GBBA 3KGCA 1P1OA 4PQJA 5CMMA 1MPBA 3MQ9A 4ECFA 1H3DA 3SEYA 4IGRA 1LAFE 1FCKA 1I6AA 3O2AA 2DXYA 4QSDA 4RY1A 4R6KA 1URSA 4LONB 4FJPA 4JWXA 1P1QA 4DXBA 2B65A 3CRBA 3IOVA 2Q9TA 1SI0A 3MBPA 1ZJLA 3KN8A 1MXUA 2GH9A 4GL8A 4YZZA 2YJPA 4BDLA 4ELPA 5EYFA 3TQLA 3K01A 2O6AA 4DE8A 3FV1A 5HM4B 3ECRA 1LSTA 1UTBB 2PT2A 3QUJA 4HS7A 3IO4A 1PC3A 3K1PA 4R6YA 5B7DA 3RY3A 1WVJA 3ILTB 4GRKA 4FEDA 4R72A 1FQFA 5KDTB 1DMBA 4R2BA 3PMXA 4IGTA 4ZE8A 5DVJA 1GV8A 2HXWA 4NEDA 3B6QA 3FASA 4PFYA 4G68C 1ZBMA 3OMBA 5AA4A 5FTHA 3K02A 4BDMA 1NNKA 3MZBA 3EHSA 1MY2A 1EZPA 1Y20A 4MFIA 4H5FA 1NFTA 2XXXA 1Y1ZA 2QS4A 1MXXA 2DXRA 2M8CA 3GZGA 2O7UA 4OFJA 3TCHA 4QHQA 1N3WA 2DS9A 3M3FA 2VGQA 4KFQA 3SEVA 3VXCA 1IQ7A 4GF8A 3FGSA 1B7UA 4NMYA 1B40A 5DVIA 1SD3A 3G3IA 4G8HA 3UN6A 3U93A 3G3FA 5HBCA 4FORA 4F2QA 4G4PA 5EHSA 1Q35A 2UVGA 2FA7A 1LAHE 1O63A 1BTJA 4JWOA 3Q29A 4KR5A 3B7DA 1KWHA 1POTA 3OSRA 5AA2D 5TU0A 2OCUA 3DLNA 1AMFA 5I2NB 3KOTA 5LOMA 3MZ9A 1EZOA 1B52A 4QRZA 2I3VA 1SW1A 4R6HA 4DXCA 2FNCA 2DWIA 5BWJA 5DEXA 2Z8EA 3GBAA 1LCFA 1EU8A 1VR5A 3IR1A 2HEUA 5KCJA 2YPNA 3LSFB 4I1DA 4DLDA 1XS5A 1LAXA 1PBQA 4K3FA 2G93A 1JNFA 4PFTA 3MPKA 1B32A 1JW1A 5F7VA 5IAIA 2F7CA 3N6UA 4NF5B 3E4RA 2DWJA 3VXBA 2NVUB 5CM6A 1SW5A 1R9LA 2UYEA 1N0TA 5ELVA 5CRYA 4P0IA 3MP1A 1GVCA 4YB7A 4RNSA 3SEUA 4F19A 4RPOA 1DTGA 3IOTA 4RPNA 3FZVA 3TTRA 2RC9A 1UTHA 3H03A 5H8NA 3RUMA 1DPPA 1B5HA 1YCJA 4F2OA 2OBGA 5I57A 3K2DA 1JW4A 1VFDA 3OSQA 2IEEA 4YKKA 2OK2A 4GVOA 3FUZA 3Q27A 1Z7ME 3FVOA 1H45A 2PMSA 1IXIA 2QMXA 3TELA 2F35A 2OJTA 2VD2A 2NXOA 3F11A 3DP8A 1IUDA 1DSNA 4R75A 5CBSA 1B3FA 3FJ7A 3W15C 4EF2A 4FATA 4F3SA 1Y1MA 2Y7PA 1SQYA 5FTIA 1D9VA 1CB6A 3B6TA 1SI1A 2XXRA 1SYHA 4NF4B 4LQ2A 4I9DA 4JSOA 4P0GA 1Y3QA 1XVYA 2PBWA 2NWJA 2A5TA 3IJOB 4WEPA 3OO7A 4UACA 3R7XA 1FTKA 1QKAA 3ILUB 4ISUA 1B3HA 4Q30B 3MP6A 2ZNUA 3V89B 4LUBA 1IZ1A 1MY4A 1MQJA 1B5JA 3IO6A 4PETA 3DP4A 1H76A 4WEDA 5TPAB 1OLAA 3KSJA 2QL3A 3TTLA 3HPIA 4DIGA 4LATA 3K00A 1QUJA 3VVDA 4RYAA 3T9HB 4PP0A 3BFTA 4NE4A 4QF9A 1P1NA 2DE2A 4QSEA 3PPRA 3TEPA 4H6DA 4E0WA 2VHAA 2PX1A 1OIBA 4MF3A 2F8DA 1A7LA 4L17A 4NF6A 3QXMA 2Q8JA 3ZKLA 1SBPA 2F7AA 5AA4B 4LP2B 3V5AA 2O1MA 1ZTYA 5H8QB 3KEIA 4IO3A 4EDPA 4HCWA 4X48A 1Y9UA 5ICTA 1LB8A 3QIMA 2Q88A 5I56A 4EUOA 5AA2A 1N84A 3LR1A 3QUFA 3T66A 3VVFA 3P7IA 2HAUA 1P1WA 2GRVA 1SDXA 4F3GA 3B6WA 1S9TA 1JQFA 2AIXA 2GHBA 2XXVA 1N04A 3I3VA 2X26A 4QFKA 3T22A 3MW0A 2F78A 3VLVA 1MQIA 4YKJA 2ZNTA 2W7YA 3VFJA 4TQUQ 4F31B 2V3TA 5I58A 4OZ9A 2UVHA 3K6WA 4ZZEA 4ZZAA 3OEKA 4ZS9A 3Q26A 4P11A 2I0CA 3OOAA 3KBRA 4F1UA 4XTCQ 1FTMA 1J1NA 4I8CA 3H6WA 1P99A 3IX1A 4H0WA 2F6PA 3IORA 1N76A 3FVNA 5ICQA 5DEXB 3M8UA 2QS1A 4YAHX 5H8SA 4F22A 2GHAA 5KCJB 2I4BA 3LSXA 4ELRA 3RTWB 1B46A 3S9EA 3RN8A 5JTYA 5F1QA 3FXQA 1M5EA 1ZKBA 4C1TA 4N07A 3BFUA 2D5WA 5I84A 2I49A 2QJEA 4RA1A 4U4XA 1ZU0A 2I3WA 2RCAA 5A5XB 3PD8A 2DWAA 4Q8RA 1NMUA 1OQGA 1QJMA 1VSOA 1PB8A 2VD3A 3EPEA 2V3UA 3UA8A 2DP8A 1OLCA 4BLAA 3TZAA 1EZ9A 1JETA 1PDAA 2HZKA 1IEJA 2O1LA 4MBPA 4OESA 1PEBA 1BLFA 3TFLA 2Q2AA 1TFDA 2DE3A 2XXTA 2I58A 1YTVA 5I57B 1PB9A 3RPWA 4X1DA 4G8MA 4GD5A 4XKQA 3SERA 2XX7A 2Z22A 3WAFA 4LA9A 3KN3A 4OTEA 3SEXA 1DPEA 3T9UA 4ZEKA 1AIVA 3VDFA 3PU5A 1R6ZA 2P1SA 2PVUA 3LUYA 4ND9A 3C33A 4OETA 4OENA 5H8FB 3PUZE 4IO4A 3O6GA 4EXLA 3QK6A 3IB2A 3CR9A 4ELQA 4NF8B 3RLFE 2VP1A 2HQ0A 2AYSA 3G3HA 3HV1A 1ZLQA 4PE5B 2Z23A 3MVYA 2ZYOA 4MLQA 3FXUA 4YKPA 3C32A 2Y7KA 3MVWA 5ISUA 3TCGA 5H8HA 2RF1A 2Z8DA 4ONYA 2A5TB 3C36A 4OEVA 4ZEIA 1MY0A 2ALUA 5HPQA 1MH4A 1QULA 1A55A 4R74A 4ZECA 3CFXA 1MS7A 4R9FA 4YKIA 4M4GA 1BIYA 2ONSA 2ABHA 1MPDA 4PFUA 1A40A 1SYIA 1B3LA 2RC7A 1JW5A 4LZ8A 5FHOA 2BJJX 3MC2A 2HCAA 1A99A 3GLBA 3HO7A 2R6GE 4JDFA 4X9TA 4X1BA 2DYXA 1GTKA 2CMOA 1A54A 4BDOA 4TOZA 4Z7EA 4Z0IA 1B9JA 2QS3A 1H44A 2A5SA 3M3LA 3PUYE 4GFRA 3G3JA 4O3CA 3MJNA 4IB2A 5DT6A 3H4ZA 3O9PA 4AB5A 1MY3A 1NH7A 1QW0A 3TYHA 3GXAA 4OERA 4YICA 3K6VA 1P1UA 3O6IA 2YLNA 1PB7A 3T93B 1MXYA 1MQDA 5AE4A 4NWCA 1MXWA 3UGWA 1UIVA 4JSDA 3FIRA 3M3KA 2XX9A 2UXAA 4G68B 2PYYA 3VLUA 3H7MA 2QPQA 4R73A 4OXVA 4FE8A 3FV2A 2NOOA 2I6EA 3TODA 4TLMB 2Q89A 3G3KA 3MAMA 3THIA 1S50A 1LLSA 4JB7A 1ATGA 1AL3A 4F39A 4PFWA 4OHNA 2ONRA 4N13A 1HSLA 1XC1A 1ZMGA 4U2RA 4OFOA 5DVFA 3PD9A 4FECA 4RXLA 3TTKA 3PPPA 1B0LA 1PBPA 3R6UA 3UP9A 1BP5A 3DP6A 3N5LA 2XXIA 3CSBA 3FD3A 2DWHA 1MDQA 4EXKA 3TQWA 5I58B 4IO2A 3C35A 4JBZA 3ONMA 1US5A 4H8IA 1MRPA 3OO9A 3HSTA 5L9MA 3VE1B 5I2KA 5ITOA 1LCTA 3LSLA 4C1UA 3CI8A 5KZTA 1O64A 4O3BA 1RYOA 4KHZE 2H99A 1B4ZA 1TFAA 3PPNA 4TLLB 3MUQA 4G77A 4H8JA 3T9VA 5CI5A 1JVYA 4FEBA 5L8DA 3CG1A 3O97A 2LAOA 2GFEA 4F3PA 1Y4CA 3ZKKA 3W9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XT8A 3UK4A 1NKXA 2HZLA 5JTYB 1JVXA 4OYVA 2CEYA 4PTKA 3KFMA 3IFAA 4YB6A 3U8QA 1LB9A 3OD7A 3H6TA 4EQ7A 4UA8A 1FQCA 3A09A 1RDXA 2R9JA 4XF5A 2ANJA 4MNPA 1Z7NE 1RKMA 1IXHA 4U1OA 1FPEA 5I5PA 1FBHA 4ZEBA 1RYXA 1DBZA 4IO6A 3K6XA 2BJIA 1MDP1 4G2ZA 5IZ3B 4F3BA 3VLWA 3G7WA 4R2FA 3T9XB 1MG1A 2V4CA 5DYHA 2I4CA 4GWOA 1M5FA 1I6BA 2DOJA 3B50A 4DDDA 1QVSA 1FQDA 3IOUA 2Q74A 3H6UA 4LQ5A 1URDA 4YB5A 4EF1A 5DW8A 4LZ7A 3SDFA 3MWBA 3KJ7A 2OWSA 4KCDA 3T96B 3E13X 3K1NA 4KI0E 2F97A 5I2NA 3Q25A 3TTMA 1M5CA 1OVBA 2D21A 3DELB 1B51A 3C4MA 1B0HA 4IO5A 1WDNA 3EHTA 3AXFA 2FHYA 3PTYA 4PF8A 4PGPA 3JZJA 1IITA 1TWYA 1ELJA 3CG3A 1DTZA 1B2HA 5K2YA 3C9HA 1VE4A 4XXUA 5ET7A 4YU0A 2WKYA 2Q2CA 2DSFA 5ET5A 2E0SA 1XOCA 2WEFA 1FPKA 1N3XA 1Y3PA 2XXWA 3KOSA 3MPLA 1B4HA 3A3UA 2ZYMA 1JEUA 2VPNA 3KJTA 2XXYA 2RC8A 4ZEDA 4NF5A 2VOZA 1GR2A 3O28A 5ET8A 1MQGA 3QYTA 4GIZA 2O69A 3OENA 3IAZA 2WYKA 1B05A 2V3QA 5CMBA 4ELOA 4F18A 1QKBA 3K0VA 4GQOA 1LFGA 1FBGA 2V84A 4P1EA 1DOTA 3C31A 4ZE9A 4OMBA 2CEXA 2IA4A 3C34A 2O7IA 5ITPA 3PPQA 4WKMA 3OEMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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