4NF8A

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in peg2000mme
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
287
structure length
285
Chain Sequence
STRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein, receptor
total genus 81
structure length 285
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf8A02
4YKIA 2QMXA 3FJGA 3PUWE 2Q2CA 4OERA 4E0WA 3U92A 5AA3A 5FTIA 4KR5A 3RY3A 3TTRA 4H8IA 4QSCA 3TEPA 3GLBA 4DIGA 1BTJA 1NH7A 3HPIA 1R9QA 3FVOA 1NNFA 4NF6A 3B6TA 4O3BA 2REGA 5CBSA 3RUMA 1FQEA 5AA1A 4P11A 1DTGA 4QRZA 1JQFA 3E4RA 1MPCA 3SEWA 1XT8A 1UIUA 1EZOA 1BIYA 2PMSA 2DWJA 2XXWA 4U1ZA 4F18A 1Q1KA 1HSJA 4N13A 2THIA 3M3KA 1B32A 3C33A 2Y7IA 4LZ5A 5ITPA 1B58A 1B05A 3MBPA 2PT2A 1FTMA 4U4SA 1GTKA 1MQJA 3IK6B 1Y3PA 4BDOA 2GFEA 4JSDA 2UYEA 4RYAA 5KCJA 5TP9B 4ESWA 4QHQA 3FVKA 5A5XA 3OD7A 3SKPA 3FJ7A 1MPBA 4OYVA 1QULA 4TLMB 4THIA 1B7HA 3ECRA 3H03A 2ABHA 4JB7A 3RNNA 3HSTA 4OZ9A 2DE2A 4XKQA 3IO4A 1RYXA 4GOTA 5FHMA 2AYSA 4QFOA 3FVNA 3KJTA 1MXZA 1EZPA 3H6WA 3OEMA 5ICQA 5I2NB 2QRYA 1Y3NA 5H8HB 2YJPA 1LAFE 1CB6A 4JWOA 3N6UA 1SYHA 2REJA 3G3IA 1FQFA 4PQJA 4NF6B 3O2AA 3T22A 2QJEA 1LBCA 2F7AA 5IKBA 3QYTA 3U93A 2UVIA 3QK6A 4OETA 3VXBA 3KJ7A 1RKMA 1FTOA 4KPTA 2UVJA 3AXFA 2ZNSA 2PX1A 3C32A 2HAUA 4TQUQ 4POWA 2DVCA 2P2AA 3CVGA 2XXRA 4JBZA 5EYFA 3ZS6A 2XXXA 5CMKA 1TXFA 5H8QA 2HAVA 3G3HA 2F6GA 1YPNA 4GRKA 3HHFA 4JXIA 3M3FA 4KHZE 4EXLA 2F6PA 4OVJA 1XHYA 3FV2A 1P1WA 5I58A 1LFIA 1A8EA 3DELB 2ZYMA 4M1VA 4OFLA 4K3FA 1A40A 1S7YA 4U1OA 3USDA 4BDRA 3O6IA 3SERA 1NNKA 1PEBA 4H65A 1D4NA 2QS4A 3T66A 4DXUA 3MVYA 3SESA 4G77A 1US5A 3PMVA 1LCFA 1VR5A 2PT1A 4OHNA 4ZEDA 1JVYA 3C36A 3LR1A 3W9WA 1O7TA 3T93B 1MS7A 2CMOA 2YLNA 4IO6A 4R6YA 4R6KA 3PUXE 1QVSA 2A5TA 2H25A 5AE4A 1B5JA 3BBRA 1IXGA 4F19A 4QSDA 3EHSA 3K02A 4EQ9A 1PBPA 3P7IA 2Q89A 3TELA 1H3DA 4QSEA 3IX1A 2NUVA 3IORA 4DLDA 4FEDA 2Z8FA 3K1PA 2P1SA 2AL4A 1JW4A 2V84A 1ATGA 3EHUA 1OIBA 4RA1A 5H8QB 5CMBA 4ELQA 3ZSFA 1B52A 4H5FA 3OO7A 1B4HA 4H6DA 4XKNA 1B5IA 1NMUA 2F8DA 4MLQA 3MP1A 2DWHA 3QUFA 4ZEKA 4F1VA 3FASA 2OCUA 4LQ5A 1QKBA 4R73A 1O64A 4R72A 4LA9A 4G68C 4QF9A 3E9XA 3QSLA 4AB5A 1LLSA 3M3LA 2QS3A 2QS2A 3TKDA 4NEDA 3BFTA 3PGFA 2DS9A 4XIGQ 3C31A 4OENA 1ZTYA 2NOOA 3Q27A 1SYIA 3K00A 2O6AA 4H5GA 3K2DA 2H9BA 2A5TB 4MFIA 1IIWA 4ZECA 4IY5A 4IY6A 3TCHA 3CR9A 3F11A 3S9NC 2OBGA 3IL1B 1OMPA 3UN6A 2I0BA 3TMGA 3MP6A 3O66A 4N6PA 4IGRA 3FZVA 1P1QA 2ESNA 1LSTA 3PMWA 4H8JA 3QUJA 1OLAA 5KDTB 1B7UA 3ILUB 4F1YA 4TOZA 1XC1A 3I5OA 4GIZA 3SEXA 1N76A 3FXQA 2B3BA 2RINA 1SI1A 1ZJLA 4LUBA 4YMBA 5H8NB 2DOJA 3GBBA 3MP8A 4DCYA 1IUDA 3JZJA 3EQ1A 3T9XB 1JEUA 2V3UA 4KCCA 2XX9A 1MXUA 1XVYA 2NWJA 2I3VA 4F2OA 3CRBA 1A54A 5H8SA 2GRVA 1FQAA 3V89B 4NF8B 5EHMA 3CI8A 2Y7RA 3KEIA 5DVIA 3EHTA 4KYSA 3MJNA 4HW8A 3W9VA 1UTHB 2ONSA 5L9MA 4BDQA 4NTLA 3TODA 3HCQA 1O63A 1LBBA 4G4PA 5KZTA 3A3CA 5F7VA 4XXUA 1TFAA 1AOVA 1RYOA 4QFKA 4TLLB 1OLCA 1AH5A 3T9HB 4I62A 4YKJA 1B3LA 3TUSA 3OENA 5TP9A 1JW5A 1LAGE 1M5EA 2Q9TA 2I48A 3U8QA 1R9LA 1LB8A 1MRPA 3MQ9A 4MLVA 3RN8A 5FHOA 1Y20A 3S4UA 3U72A 3VLWA 2X7QA 1URSA 1USYE 2Y7KA 4UACA 2R9JA 2RCAA 1D3KA 4GQOA 4OMBA 3KOTA 1MQHA 1JW1A 3K4UA 4NMYA 2AL5A 3T9UA 4G8NA 2D3IA 1ZKBA 5I2NA 4X9TA 1FQDA 5H8HA 1H43A 2XHDA 1IQ7A 4WKMA 1N3XA 3T9VA 4H0WA 4P0GA 1OVBA 5I59B 3O28A 2QL3A 4FATA 3A09A 4IB2A 2VD3A 2G29A 1S50A 4H1XA 3QXMA 3QIMA 4DXCA 3V8XB 4ECFA 1DPEA 3N94A 5I57B 4F3BA 2OJTA 1N84A 4PP0A 2XD2A 4ZS9A 1JEVA 4KI0E 1QUKA 2BJJX 4OXVA 1ANFA 1MY3A 1MY4A 3DP4A 2UXAA 2KLFA 3EPEA 1POTA 2VOZA 3K01A 4ELOA 3G3KA 2VGQA 4BLAA 4QFNA 1UTBA 1N7WA 4O3CA 4F3GA 3IJOB 4EF2A 4HCYA 2I4BA 4BDNA 3MW0A 5K2XA 2YPNA 3LC8A 3OO9A 2Z23A 3LSLA 4I8CA 1TWYA 3KN3A 4EDPA 4AQ4A 3RLFE 3VVDA 1LAHE 5TPAA 3TQLA 2HFBA 4IO5A 4F3PA 3PMXA 1VFDA 2OK2A 3TAJA 3IO6A 3IB2A 5ISUA 2F7BA 4N07A 3G7WA 2I49A 3PU5A 4EXKA 2DVZA 2O68A 2F34A 2O1MA 3Q26A 1LAXA 4GF8A 1FW0A 2RKMA 2D5WA 3RTWB 1I6QA 3G3JA 3FUZA 3MVWA 4LVQA 1MQGA 1MXVA 4WEPA 4O3AA 5J1DA 4OFJA 3VV5A 3S9LC 5H8FB 3RPWA 4ZDMA 3L6GA 1XVXA 1QJMA 1B0LA 3EF7A 1MY0A 3HV1A 2H98A 3R7XA 5ICTA 4X1DA 4EQ7A 3FIRA 1JVXA 3RQTA 2RC9A 4F29A 2ZYNA 4YAHX 5LOMA 1MXWA 1AIVA 2HCAA 2NVUB 2ZNUA 5FHNA 1UTBB 4FIMA 4U21A 2OWSA 1ZBMA 2Q2AA 3DM0A 5M2VA 3PUZE 3GZGA 2ONKE 5DVFA 4G8MA 4DCXA 2OWTA 2H99A 5CMCA 5TPAB 1PB9A 3U94A 1QUJA 1PDAA 4FJPA 3ONMA 1GGGA 3LSWA 1EH3A 3V83A 2W7YA 4KYDA 3MZ9A 2FYIA 2V93A 1M5CA 3E13X 3G3FA 1EU8A 3C4MA 1JETA 1SD3A 2XX8A 3OELA 4NF5B 5HM4B 3ILTB 4PFTA 1CE2A 2PVUA 1SW4A 4L17A 2ZYKA 3IB1A 4F22A 3K6WA 3CFXA 1IXCA 3SDFA 2F5XA 3O97A 1Y1MA 5DEXB 3K6VA 3DP8A 4U4XA 3TZAA 3SETA 3LUYA 3O6HA 4R74A 5KDTA 2IEEA 3M8UA 3CFLA 1B3EA 3OO6A 2UYFA 5F1QA 3DLNA 2O7IA 3CFZA 2XXTA 5H8NA 3TPAA 5CMMA 3KOSA 3S2VA 2XXYA 3IR1A 1H76A 3HN0A 2NXOA 2I4CA 2ZXTA 2VP1A 3TCGA 4IO3A 4Z7EA 5TU0A 2F7CA 1B3GA 1M5FA 4YB7A 3IJXB 3MPLA 4U22A 3L6HA 3OSRA 4Z0IA 2CZLA 3SEUA 4LATA 3MWBA 2DWIA 3B6QA 1LFGA 4NF8A 3JV9A 3SEVA 4BDLA 5L9SA 1FTJA 1B7ZA 1IEJA 1UTHA 5I2KB 1LFHA 1N3WA 1PB8A 5DVJA 1GR2A 2XD3A 1PBQA 3VDFA 3Q25A 2DYXA 1IXIA 5AA4A 1J1NA 5DTBA 3KZGA 1SW5A 1Y1ZA 3K6XA 1I69A 4ZZAA 1FQCA 1ZU0A 3Q29A 4RK2A 2DE4A 1B46A 4ZEBA 3CSGA 5DYHA 2QPQA 1MY1A 5B7DA 4IO4A 2XXIA 1A99A 1MPDA 3A3UA 2O1LA 2I3WA 3JYRA 4BDMA 3C34A 2RCBA 4GWOA 4U23A 3TDJA 1ELJA 4NWDA 4XTCQ 1NH8A 2PYYA 2R6GE 5CI5A 4NWCA 3U1OA 1M5DA 1Y3QA 1R1NA 1ZIUA 1L5TA 4ZE9A 5AA2D 2LAOA 1A7LA 2P0SA 3N6TA 1NL5A 3O29A 4YZZA 1MQDA 2XX7A 1WDNA 2Y7PA 5HBCA 2E0SA 5I59A 2E1SA 4FORA 2O7UA 5EHSA 1IITA 1B9JA 1BP5A 3MUQA 1MY2A 1BKAA 5FTHA 1I6AA 1NNTA 4Q5TA 3FXRA 4GXSB 3UA8A 4OESA 1WVJA 3I6VA 5I57A 2I0CA 4KYEA 5DT6A 1VE4A 3MVXA 3KFMA 5L8DA 3TTLA 4WEDA 4F1UA 3GBAA 1QW0A 4HCWA 2F36A 2H4IA 5JK4A 5AA4B 3SEYA 1LGBC 4LQ2A 2DE3A 2QMWA 1N0TA 2B65A 3H4ZA 1USYH 3FATA 1B2HA 3KN8A 3TTKA 2DXRA 5ITOA 1MXYA 3TYHA 4UA8A 3IOWA 3V5AA 5CM6A 4MF3A 3RTFB 3IOTA 1IZ1A 1ZMGA 4NF4B 3TFLA 2V3TA 1LB9A 3LSXA 3VLVA 1US4A 5AA2A 1KWHA 1MH4A 2Z8DA 4E0XA 4QFPA 2HQ0A 4GLIA 5JTYB 1LCTA 2XXHA 3OEKA 3VLUA 3PPNA 3MZBA 2D21A 2HEUA 2RC7A 3IOUA 1NKXA 3VE1B 3FXUA 2O51A 1PC3A 3LBSA 4I1DA 4AB6A 3K1MA 1XOCA 3PPRA 1B1XA 5H8FA 1OQHA 1B0HA 4EUOA 1SW1A 1SW2A 4P0IA 3H6TA 3H6UA 4OEUA 3FV1A 4KD5A 1QKAA 2OLBA 3IAZA 2F97A 1P99A 3FVGA 1MM6A 4KQPA 4YB6A 1D9VA 4GD5A 1P1UA 1GVCA 3VXCA 2X26A 3PPQA 3CIJA 1M5BA 2ZNTA 4X1BA 4R2BA 4IO2A 2ZYOA 3PPPA 4Q8RA 3K1NA 3E3KA 4GL0A 5AA2B 3LSFB 3PUVE 3TQWA 2RF1A 5L9OA 1HSEA 2G93A 4ND9A 4OTEA 3N5LA 3KBRA 1I6BA 3W15C 4FECA 4G2ZA 2X7PA 4OEVA 1B6HA 2DXYA 3UIFA 4NF5A 1A55A 3K0VA 3VVFA 4XKPA 1D9YA 1FTKA 1R6ZA 1N7XA 1URDA 2IA4A 2F35A 2UVHA 5DEXA 4C1TA 3KGCA 2ANJA 2RC8A 2F78A 3KN7A 4G8HA 1Q35A 3OSQA 4DXBA 3S9EA 1DPPA 4EF1A 2FA7A 4ZZEA 1MXXA 4F2QA 3KSXA 2QS1A 1URGA 3OMBA 4DE8A 1YAEA 4YICA 5B70A 4R75A 3MZ1A 2Q88A 3HHGA 2XXUA 4OFOA 2GH9A 3QAXA 2A5SA 5KCJB 4NE4A 4PE5B 2O84X 4YB5A 1SVXB 5I2KA 3IOVA 5A5XB 4H67A 5I84A 2DQVA 1DMBA 4LZ7A 4OQOA 1B3HA 4FEBA 4JSOA 3UGWA 2AIXA 3RGYA 4MH5A 1EZ9A 1N04A 1SDXA 3K6UA 1YTVA 3T96B 5K2YA 4DZ1A 1NNPA 2O69A 4F39A 1UIVA 1Y4CA 2QSXA 2M8CA 3PD8A 4RPNA 3IB0A 4POXA 4R9GA 4X48A 4F31B 2PBWA 3TTMA 1SI0A 3H6VA 1B1HA 1B51A 1B3FA 2B3FA 1B4ZA 1GV8A 3RT8A 3RT6B 1HSLA 5BUUA 4WXJA 4KCDA 4IGTA 2ALUA 3OXNA 1BLFA 1SBPA 2Z8EA 2XXPA 4ZEIA 1JNFA 1H45A 2V3QA 1MM7A 4JWXA 1B40A 2Z22A 4ESXA 2DWAA 4RXLA 4LP2B 3CSBA 3PUYE 2WKYA 3VFJA 1A8FA 3PV0E 4M4GA 4R2FA 2HZKA 3O6GA 4JDFA 4LZ8A 4U2RA 3OOAA 5I58B 1S9TA 3C35A 4GXAA 3UK4A 1Z7ME 4ZE8A 3MVZA 2GHAA 4Q30B 1H44A 4GFRA 3MC2A 4ONYA 4G68A 4ELPA 1P1NA 4LONB 2R71A 2ZMBA 2HXWA 1MQIA 3EN3A 5HPQA 3UP9A 3WAEA 2OZZA 1TT1A 1AMFA 4I9DA 4C1UA 4FAJA 2XXQA 3N26A 5CRYA 4NF4A 1DSNA 2V25A 5BWJA 1II5A 5I56A 1UQWA 4YU0A 1WODA 1MDQA 1F9BA 5CBRA 2VD2A 4QFLA 1Y9UA 1PB7A 2XXVA 3CG3A 1SQYA 4GVOA 5JTYA 4RJZA 1ZLQA 3H3GA 1XS5A 4HTGA 2ONRA 2H5YA 4GL8A 3FD3A 1DOTA 3H06B 4XKRA 3KSJA 1T0KA 1Z7NE 3G3GA 1AL3A 3ODBA 1VFEA 3TCFA 3S9MC 3R6UA 3D4GA 1Y4TA 4C0RA 1FTLA 2HZLA 4R6HA 4EQBA 3I3VA 4MBPA 3ZKLA 1FCKA 3THIA 2DP8A 4PETA 4RNSA 3WAFA 4PFWA 4YKKA 2GHBA 3H7MA 1P1OA 3MAMA 4R9FA 4F3SA 3D4CA 3FJMA 1FQBA 4Q0CA 4OWDA 5JEIA 3Q28A 3VVEA 3BKIB 3O9PA 4YMAA 4FE8A 5CC2A 1MDP1 4RY1A 3B7DA 2DSFA 4ZEFA 3CG1A 3HO7A 4G68B 3PD9A 3B6WA 1QUIA 3FGSA 3BFUA 1DTZA 3TTNA 2I6EA 1MG1A 1VSOA 1POY1 3UORA 3DP6A 2I58A 2FNCA 1MH3A 1YCJA 3MPKA 3GXAA 4YKPA 1OQGA 5I56B 1B5HA 1NFTA 4JWYA 3OO8A 4PFUA 4KFQA 1OVTA 4ELRA 1TFDA 5ELVA 1IXHA 3ZKKA 2VHAA 3R26A 2Y7WA 3KG2A 3PPOA 4RK9A 4ISUA 4PFYA 4HS7A 4IO7A 2UVGA 3C9HA 4DDDA 2Q8JA 5IAIA 4RPOA 2Y84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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