2H98A

Crystal structure of the effector binding domain of a catm variant, catm(v158m)
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
SQTLRIGYVSSLLYGLLPEIIYLFRQQNPEIHIELIECGTKDQINALKQGKIDLGFGRLKITDPAIRRIMLHKEQLKLAIHKHHHLNQFAATGVHLSQIIDEPMLLYPVSQKPNFATFIQSLFTELGLVPSKLTEIREIQLALGLVAAGEGVCIVPASAMDIGVKNLLYIPILDDDAYSPISLAVRNMDHSNYIPKILACVQEVFATHHIRPLIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords HTH-type transcriptional regulator catM
publication title Structural basis for the altered regulatory roles of three LysR-type transcritional variants of CatM and BenM: CatM(V158M), CatM(R156H) and BenM(R156H/T157S)
rcsb
source organism Acinetobacter sp.
molecule tags Transcription
total genus 59
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h98A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h98A02
3H6WA 3V89B 3FUZA 1JVYA 3K6VA 4QHQA 2I48A 3MPKA 3U1OA 4NWDA 3FVGA 2UXAA 1A55A 1WDNA 2DE2A 1H3DA 3IJXB 4FE8A 3TMGA 4ELOA 1R1NA 4KQPA 1VE4A 1N7XA 1UIUA 2B3BA 3D4CA 5ISUA 5I57B 2A5SA 3K6UA 3T9XB 4OEUA 2F5XA 1QVSA 4JWXA 3H7MA 3MZBA 2F7BA 2I0BA 4G68A 1LFHA 1SW2A 4IO3A 1FQAA 3CRBA 4YKJA 4BDMA 4OEVA 1AOVA 1WVJA 2FA7A 1UTBA 4RK9A 3LC8A 1B7ZA 2O6AA 3K00A 4U1OA 4U4XA 3D4GA 3SEVA 2O68A 3TFLA 4ESXA 1JEUA 2UVGA 4ZEKA 2VHAA 4EF1A 4F39A 4H6DA 4MBPA 1A54A 5I84A 3K6XA 4U1ZA 4KPTA 1MXUA 2V93A 4H8IA 4PFUA 1LLSA 4R6YA 2NXOA 1L5TA 5KDTB 4G8NA 3C34A 5JTYB 1B0LA 1NMUA 5BWJA 3LSWA 2B65A 1POTA 3BBRA 2XX7A 1OQHA 3E4RA 3SESA 4ZEIA 2OJTA 4PFYA 4FATA 1USYE 4OETA 2X7PA 4TOZA 3SEUA 1FTMA 5FTIA 4RPNA 1TFAA 4OXVA 2REGA 3RGYA 3U94A 1ELJA 3O6IA 1LBBA 3TTNA 4H8JA 1VSOA 3S9LC 1LBCA 3O6GA 5IKBA 3HPIA 2H98A 1HSJA 1II5A 2Y7RA 3EHSA 1MH3A 4BDNA 5I59A 3MPLA 2D3IA 2RC8A 2QS4A 5L9MA 4X1BA 2HEUA 1R6ZA 4N13A 2F7AA 4YKKA 1FW0A 3MP6A 4O3BA 1IXHA 2FNCA 3KEIA 5I56B 2HAUA 4QFKA 1JNFA 5AA2D 1B5HA 1GVCA 1P1WA 5CBRA 3B6TA 3E13X 4Q8RA 2NOOA 1ANFA 2HQ0A 4OFJA 1SI1A 2A5TA 1NL5A 5CMCA 3SEXA 1FQCA 2R9JA 4F3SA 1B1XA 3VLVA 1H43A 4OENA 1MQDA 1SDXA 4NF4B 4ZEDA 1MPCA 2AYSA 5B7DA 1BTJA 3MZ1A 1B3HA 3W15C 3IB2A 1PB7A 2OCUA 4THIA 1IXCA 1Y3QA 3S4UA 3VVEA 1B51A 3PPPA 5L9OA 4G77A 2REJA 5HM4B 2Z8FA 4YICA 3TYHA 4NF6A 1FTJA 5H8HB 2Z23A 4EXLA 4KCDA 3C32A 1FQDA 4GD5A 5HBCA 4LUBA 2YJPA 1Y4CA 5DVJA 3TTLA 2PVUA 2RCBA 4DCXA 4F1YA 1JEVA 3IOUA 1B3GA 3FV1A 3ZS6A 2V3TA 3O29A 2F7CA 3UORA 4HCWA 4YB5A 1LAGE 3PMWA 4P11A 1MRPA 4F3GA 4X48A 5H8FB 1MG1A 3RLFE 3FVKA 3AXFA 1AH5A 3IK6B 3RN8A 3K4UA 1DPPA 1A8FA 1GV8A 2H4IA 2ZMBA 2VD2A 3DP6A 3KN3A 1QUJA 2ZXTA 1MXWA 1B4HA 3ODBA 1NNFA 4GL8A 5K2XA 3IB1A 1NFTA 2Q9TA 3U92A 2I0CA 2XX8A 2XXQA 2GHBA 4DE8A 1LGBC 2I58A 3T66A 1Q1KA 3Q26A 3OMBA 4DCYA 4H65A 1B3FA 2PMSA 3KSJA 3CFLA 4QFNA 2OZZA 5DEXB 4DXCA 1Z7ME 4YU0A 1SD3A 4RJZA 2X26A 1ZMGA 1PDAA 2DWJA 1D4NA 3IR1A 3V8XB 3MUQA 3PUVE 1ZJLA 3PMXA 4GLIA 4ZEFA 1B52A 3JZJA 2QL3A 4UACA 3M3KA 3I3VA 1N3XA 3ILUB 3THIA 5DVFA 4HS7A 2AL4A 2NUVA 2DXYA 4JWOA 1XVYA 3FXRA 4BDRA 1LCTA 3N5LA 4FEBA 4I9DA 5LOMA 3HO7A 5KCJA 1UTHB 2DYXA 3VV5A 3EQ1A 3HHGA 2VGQA 2O1LA 3G3KA 2IA4A 1UTBB 2Z8EA 1B7UA 1RKMA 1BP5A 5I58A 2H5YA 4RXLA 1O64A 3OEMA 1FTOA 3GBBA 3PMVA 3MVYA 1OLAA 3UN6A 4G4PA 1DTGA 5DTBA 4FAJA 1LAFE 1RYXA 2OLBA 2Q88A 3IB0A 4I1DA 3VDFA 5DT6A 3RT6B 2DE4A 4QSEA 2DWHA 2OBGA 4IY6A 1DPEA 1SYIA 3CSGA 5I2NB 3IJOB 4F1UA 3MZ9A 4DDDA 2XD2A 1ZU0A 4NF8A 2BJJX 4O3CA 1JETA 2QPQA 2W7YA 1I6AA 4F31B 2DQVA 1B4ZA 1IZ1A 3O2AA 1EZOA 5ITOA 2CMOA 3KBRA 1M5CA 2Y84A 4Q0CA 3H6UA 3KSXA 4IGTA 4F2OA 4PQJA 3R26A 1B05A 3QUFA 4OERA 4YB6A 1PBPA 3OENA 3PPRA 4UA8A 1HSEA 3T9VA 5I59B 4ELPA 4QSCA 2XHDA 4FEDA 1B58A 5DYHA 2ESNA 5IAIA 4OHNA 2NWJA 3ILTB 4H67A 1BLFA 3KG2A 1D9VA 1FCKA 4E0WA 1A40A 4HW8A 1AL3A 2CZLA 2F97A 3IOVA 1Q35A 4YMBA 4M1VA 3RQTA 1A7LA 4JDFA 2XXHA 1FQEA 4OFOA 3H3GA 1BKAA 2QRYA 4EF2A 2P0SA 1S7YA 3PUXE 2A5TB 1LFIA 4K3FA 3A09A 4KCCA 4R75A 2I3WA 3RTFB 1QKBA 4NMYA 2Y7IA 1MS7A 3VFJA 4PFTA 3MQ9A 3ZKLA 5KZTA 4O3AA 4FIMA 3LBSA 3U8QA 5J1DA 5CMMA 3H06B 2AL5A 2QSXA 3LSLA 3PUWE 1ZKBA 1O7TA 3K1MA 3O97A 4RYAA 2HFBA 3T93B 3A3CA 1QUKA 3T9HB 1I69A 1F9BA 2ZYMA 4C1TA 3PD9A 2WKYA 1P1QA 1Y3NA 4NF6B 3MP8A 2XXPA 3SEWA 5CMBA 5TPAA 4JB7A 4IO6A 4KFQA 4HCYA 2F8DA 2UVIA 1YAEA 3FJMA 2V84A 3FXUA 4Z0IA 1XVXA 4OMBA 2YLNA 1M5DA 2O7IA 5H8QB 4WKMA 3L6GA 2V3UA 1DMBA 3KFMA 4OYVA 1Z7NE 3UGWA 1B46A 3N6UA 4LP2B 5H8NB 1B2HA 5CM6A 1YTVA 3KN8A 2GH9A 1B0HA 1VR5A 4YAHX 4OWDA 3TCFA 3O9PA 3MBPA 2RF1A 3I5OA 4XKNA 1N0TA 5ICTA 3WAFA 1GTKA 4ZE8A 3EHUA 2UYEA 2XXWA 2ZNSA 3OO8A 4LZ7A 3FJ7A 4XKPA 4GXSB 4ECFA 2UYFA 4ESWA 1IXIA 1ZTYA 1US4A 2XXRA 3OO6A 1DOTA 4XIGQ 5EHSA 4X1DA 4R73A 4HTGA 3CG1A 1LSTA 5F1QA 5H8SA 3U72A 3R6UA 3O28A 3SERA 5I2KB 1IXGA 5A5XB 4Q30B 2ANJA 4JSDA 4PE5B 4EUOA 4KI0E 1B5JA 2HZLA 2QS1A 4NEDA 2ZYKA 5AA2B 3VVFA 3CSBA 1DSNA 1QUIA 4LQ2A 1IEJA 4DIGA 3OEKA 1J1NA 2LAOA 3K2DA 3VE1B 1OIBA 1WODA 4F18A 2AIXA 2H25A 1JW5A 1URGA 3HHFA 2E1SA 2OWTA 4POXA 4OTEA 2VD3A 2G29A 2Z8DA 1EZPA 4KYEA 3CI8A 1S9TA 3OSQA 3PPNA 4R6KA 4QFPA 3G7WA 3V83A 4H0WA 4JWYA 4R9FA 3PD8A 1I6BA 1UIVA 4QFLA 4IB2A 3MVZA 3C31A 4G8HA 4N6PA 4PP0A 1MY1A 3RNNA 3RT8A 2P2AA 3LR1A 3O6HA 1SW4A 4RA1A 4F3PA 3CVGA 5TP9A 3TPAA 3F11A 3CFZA 3BKIB 4ELRA 5HPQA 5CBSA 2ONRA 5ELVA 4XKQA 4PFWA 1P1OA 4I62A 1FQBA 4RY1A 3G3IA 4AB5A 2KLFA 2OWSA 3C35A 1ZBMA 2DVCA 4EQ7A 1SYHA 3N94A 3TQWA 3WAEA 3OELA 4GRKA 4C1UA 3N6TA 4KYSA 1OLCA 2XXTA 2F6PA 4NF8B 4GF8A 4G2ZA 4YB7A 4KHZE 2M8CA 3FASA 2O69A 3EPEA 3MW0A 3K1NA 4NF5A 3HN0A 4BLAA 4X9TA 1MQIA 4R9GA 4ONYA 1GGGA 3FIRA 4NF4A 4WXJA 1JQFA 1MPBA 5L9SA 3S9NC 1RYOA 4E0XA 4XXUA 2GHAA 1LB9A 5ITPA 1PB9A 4XTCQ 5JK4A 2Y7KA 4EDPA 1A99A 1VFEA 4H5FA 3KOTA 2O1MA 4P0GA 2DSFA 1UQWA 1A8EA 3E3KA 3FATA 2DXRA 2XXVA 3GZGA 3TTRA 1XC1A 4BDOA 5F7VA 1MDP1 2HCAA 5H8HA 2PBWA 1POY1 1B1HA 1US5A 1N84A 4Z7EA 1FQFA 4ND9A 4ZDMA 3LSFB 4G68B 1S50A 2OK2A 3CR9A 3VXCA 2I3VA 3GBAA 4U2RA 5L8DA 3G3GA 5M2VA 2R6GE 4OFLA 1NH8A 1B40A 3CIJA 3LUYA 3ZKKA 4H5GA 3M3FA 3QK6A 4R2BA 1SW1A 2Q2CA 3G3HA 1MDQA 4NE4A 1XHYA 1EZ9A 3B6WA 2IEEA 3SEYA 3DP8A 3K1PA 4AB6A 2D5WA 3TTMA 4IO2A 1TXFA 2ZNUA 1BIYA 1N7WA 4KD5A 4LZ8A 4LATA 2DP8A 4ELQA 3OSRA 2PX1A 4MH5A 3ZSFA 2NVUB 4U4SA 1TT1A 4GQOA 1URDA 1I6QA 3T9UA 1MQHA 4RNSA 2I4BA 3K0VA 4DLDA 4MLQA 1SW5A 3S9EA 4NTLA 3L6HA 3MP1A 3IOTA 3T22A 1TFDA 3SKPA 4IO7A 2H9BA 2O84X 1JVXA 2XXXA 3UA8A 1OMPA 3TCHA 4JBZA 4BDQA 1MPDA 1EU8A 1IIWA 1EH3A 3KOSA 4RK2A 1ATGA 3O66A 2HXWA 4F22A 4GXAA 3USDA 2DOJA 2XXIA 5AA1A 3SDFA 3KZGA 1OVTA 1MY0A 4NWCA 3TELA 3PGFA 5K2YA 1ZIUA 4OVJA 4FJPA 1LB8A 5FHOA 2V25A 4ZE9A 2F6GA 4TLLB 2ZYOA 4Q5TA 2R71A 2DWIA 3VXBA 3C9HA 2ALUA 3RPWA 1QULA 3CG3A 1M5FA 3C36A 3MVWA 3PPQA 4I8CA 3S9MC 1TWYA 1UTHA 1N76A 2ZNTA 4LVQA 4C0RA 1MY2A 4ZZAA 1SI0A 5AA3A 4JXIA 4JSOA 4GIZA 1MH4A 4R72A 3IORA 1IQ7A 1CB6A 1D3KA 3P7IA 2RCAA 2PT2A 1MXXA 3QIMA 3QSLA 2I6EA 2I49A 3KJ7A 4OESA 1NNKA 4F29A 1B3LA 4MF3A 4ZS9A 5AA4A 4EQ9A 3VLUA 2RC7A 4KYDA 2D21A 4POWA 2QMXA 3GLBA 3TUSA 4IO4A 1LFGA 2VOZA 5I2NA 4F3BA 2QS3A 3Q29A 1PBQA 4U23A 3V5AA 3U93A 3B6QA 2ABHA 3FGSA 4RPOA 1B7HA 1B5IA 2HAVA 1P1UA 3IO6A 3H6VA 3KN7A 1JW1A 4GWOA 1XOCA 4QRZA 4DZ1A 2PYYA 2E0SA 1VFDA 4FORA 2DWAA 2Q8JA 5EHMA 5TP9B 4F2QA 4YKIA 1B3EA 3DM0A 4PETA 3VLWA 4ISUA 4KR5A 3RUMA 1MY3A 3MC2A 3IOWA 2GRVA 2RKMA 1PEBA 5I57A 3GXAA 4GOTA 3JYRA 1MQGA 2F35A 3MWBA 3G3FA 3A3UA 1ZLQA 3UP9A 3TEPA 1IITA 5DVIA 1SBPA 3FV2A 2V3QA 3BFTA 3EN3A 3JV9A 1XS5A 3PV0E 1LAXA 4IGRA 1MM7A 3RTWB 4ZEBA 5BUUA 1MXVA 4NF5B 5TU0A 3TODA 2RINA 3PU5A 2QMWA 4LA9A 3T96B 5CMKA 2DS9A 2PT1A 4IY5A 4OZ9A 3QYTA 3R7XA 3OXNA 1M5EA 2O51A 1HSLA 2VP1A 2DE3A 1XT8A 1N04A 1QJMA 2QJEA 1B9JA 5KDTA 5JTYA 3C4MA 2Q89A 4WEPA 3IL1B 3HCQA 3DELB 5FHNA 3W9WA 1NH7A 1O63A 1Y9UA 4H1XA 2THIA 5CI5A 1AIVA 3IX1A 1N3WA 3PUYE 3HV1A 2UVHA 4R2FA 1R9LA 4XKRA 3DP4A 5KCJB 3TZAA 3QUJA 2F78A 5H8QA 3IAZA 1CE2A 4TLMB 1YCJA 1Y3PA 4MLVA 5CRYA 3K01A 5I58B 3MJNA 3K6WA 3CFXA 4P0IA 4BDLA 1H44A 5H8NA 1D9YA 2UVJA 1Y4TA 4R6HA 4R74A 4QSDA 4YMAA 5I56A 4LZ5A 1NNPA 3KJTA 3TDJA 1T0KA 2FYIA 1LAHE 1Y20A 3KGCA 3FXQA 4GL0A 2Z22A 3EHTA 4GFRA 2XX9A 3K02A 4EXKA 1FTLA 4EQBA 1USYH 1Y1ZA 3LSXA 2H99A 3M8UA 3M3LA 3ECRA 2ONKE 5CC2A 3RY3A 4F19A 1SQYA 4N07A 5I2KA 2ONSA 4ZZEA 4AQ4A 2QS2A 3FJGA 3Q27A 4IO5A 5A5XA 4F1VA 3H03A 1OQGA 5ICQA 3MAMA 3PUZE 3FVNA 5JEIA 2B3FA 5AA2A 4ZECA 3TAJA 1KWHA 3H4ZA 3MVXA 2X7QA 4MFIA 2O7UA 3TCGA 2HZKA 3E9XA 3HSTA 1IUDA 1YPNA 2P1SA 4U22A 3QAXA 3Q25A 4L17A 2I4CA 4GVOA 3C33A 1DTZA 1FTKA 3B7DA 1MY4A 2Y7PA 1JW4A 4M4GA 3Q28A 1PB8A 1NNTA 1B32A 3OO7A 3OD7A 4DXUA 4YZZA 4G68C 1AMFA 1Y1MA 1QW0A 3OO9A 1B6HA 4WEDA 1R9QA 1SVXB 5EYFA 1URSA 2XD3A 4FECA 3N26A 2ZYNA 4LQ5A 5H8FA 4TQUQ 3ONMA 4LONB 3TQLA 2G93A 2XXYA 3UK4A 3BFUA 1P1NA 2YPNA 3PPOA 3TTKA 3VVDA 5FTHA 1QKAA 5FHMA 2RC9A 3OOAA 3S2VA 1GR2A 1MXYA 4G8MA 1MM6A 1P99A 2XXUA 2F34A 3QXMA 4YKPA 3DLNA 3UIFA 5AA4B 4DXBA 3FD3A 5TPAB 2Y7WA 3I6VA 3W9VA 3TKDA 4QFOA 3G3JA 4OQOA 1NKXA 3H6TA 3SETA 1MQJA 3FVOA 1LCFA 1H45A 2Q2AA 5AE4A 2F36A 4QF9A 1MXZA 5B70A 1OVBA 3FZVA 5DEXA 2GFEA 1PC3A 3EF7A 1H76A 1M5BA 2DVZA 4U21A 3IO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H6WA 3V89B 3FUZA 1JVYA 3B8BA 1NV2A 1IMDA 3K6VA 4QHQA 1FPKA 2I48A 5EYGA 3MPKA 3U1OA 4NWDA 4PAFA 2ZZWA 3FVGA 2UXAA 1IMAA 1A55A 1NV5A 1WDNA 2DE2A 1H3DA 3IJXB 4FE8A 4PDDA 3TMGA 4ELOA 1R1NA 4KQPA 1VE4A 1N7XA 1UIUA 2B3BA 3D4CA 5ISUA 5LDZA 5I57B 2A5SA 3K6UA 3T9XB 4OEUA 2F5XA 1QVSA 2HXRA 2PFYA 4JWXA 3H7MA 3MZBA 2F7BA 2I0BA 4G68A 1LFHA 1SW2A 4IO3A 1FQAA 3CRBA 1BK4A 4YKJA 4BDMA 4OEVA 1AOVA 4PCDA 1WVJA 2FA7A 1UTBA 4RK9A 3LC8A 1B7ZA 4P8BA 2O6AA 3K00A 4U1OA 4U4XA 3D4GA 3SEVA 2O68A 3TFLA 4ESXA 4MX6A 1JEUA 2UVGA 4ZEKA 2VHAA 4EF1A 4F39A 4H6DA 4MBPA 1A54A 5I84A 3K6XA 4NAPA 4U1ZA 4KPTA 1MXUA 2V93A 4H8IA 4N81A 4PFUA 1LLSA 5I3SA 4R6YA 2NXOA 1L5TA 5KDTB 4G8NA 3C34A 5JTYB 1B0LA 1NMUA 5BWJA 3LSWA 2B65A 4MCOA 1POTA 3BBRA 2XX7A 2KR0A 1OQHA 3E4RA 2V4CA 3SESA 4GBWA 4ZEIA 4OVQA 2OJTA 4PFYA 4FATA 1USYE 1YXIA 4OETA 2X7PA 4TOZA 3SEUA 5ESYA 1FTMA 5FTIA 4RPNA 1TFAA 4GWUA 4OXVA 2REGA 3RGYA 2FHYA 3U94A 1ELJA 3O6IA 1LBBA 3TTNA 4H8JA 1VSOA 3S9LC 1LBCA 3O6GA 4NGUA 5IKBA 3HPIA 2H98A 1HSJA 1II5A 2Y7RA 3EHSA 4LN5A 1FRPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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