2H98A

Crystal structure of the effector binding domain of a catm variant, catm(v158m)
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
SQTLRIGYVSSLLYGLLPEIIYLFRQQNPEIHIELIECGTKDQINALKQGKIDLGFGRLKITDPAIRRIMLHKEQLKLAIHKHHHLNQFAATGVHLSQIIDEPMLLYPVSQKPNFATFIQSLFTELGLVPSKLTEIREIQLALGLVAAGEGVCIVPASAMDIGVKNLLYIPILDDDAYSPISLAVRNMDHSNYIPKILACVQEVFATHHIRPLIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the altered regulatory roles of three LysR-type transcritional variants of CatM and BenM: CatM(V158M), CatM(R156H) and BenM(R156H/T157S)
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator catM
total genus 59
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h98A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h98A02
1UIUA 4AB6A 2ABHA 1Y1MA 4I62A 4ESWA 4G68B 2B3BA 3CFLA 2O7UA 4FORA 3PD9A 4RPNA 3KJTA 4WXJA 3V89B 4KQPA 1EZOA 4M1VA 1RYOA 1BKAA 4QF9A 3N5LA 4THIA 4JSDA 4U22A 4GL8A 4H6DA 2H98A 5LOMA 4BLAA 3G3HA 4U2RA 4GVOA 3CIJA 4AB5A 1BLFA 5L9MA 3ZKLA 5I2KB 1J1NA 3IO4A 3TTRA 1Z7ME 3K2DA 2I0BA 3MUQA 2NXOA 5TPAB 2ZYOA 1QVSA 4O3BA 2HQ0A 1B5JA 5CC2A 1P1QA 3T22A 3RNNA 1VE4A 3MP8A 1H3DA 3VE1B 1P1WA 3I6VA 1XVYA 5A5XA 3MAMA 5CBSA 1FQFA 3CFZA 2A5SA 2QJEA 2R9JA 3MC2A 1YTVA 1NH7A 3U92A 2I49A 4H8JA 2VD3A 2PMSA 5ITOA 4RJZA 3LSLA 3PUYE 3SEVA 4JWOA 1R9QA 5I56A 2V93A 3OOAA 1ZTYA 1MG1A 3Q27A 1GVCA 5JK4A 3E4RA 2O7IA 3O29A 3MP1A 3OSRA 2QPQA 1IXGA 2GHAA 3TCFA 4LATA 5HM4B 2UYEA 4R9GA 3UP9A 1NKXA 1NNTA 4KHZE 3UK4A 4K3FA 2RCBA 5AA3A 5TP9A 2O1MA 1YAEA 4XKRA 5KDTB 4Q8RA 1POTA 2UVJA 1YCJA 2Y7PA 3N94A 2DQVA 2I58A 2AIXA 2Q2CA 1QUIA 4LZ8A 5DEXA 1IXHA 3CSGA 3VLUA 2ALUA 3Q29A 3PMXA 3K01A 1A99A 5I57B 4DDDA 1XOCA 1XHYA 5BWJA 4YAHX 4ZEDA 1SW4A 1SYIA 4H5GA 3LR1A 4F1VA 3TKDA 2DE3A 4YB6A 5J1DA 3LBSA 1MXVA 4ND9A 1JEUA 4L17A 5L8DA 2DOJA 1NL5A 1ZIUA 4Q30B 5H8NB 3G3JA 1ZKBA 1O64A 3TTMA 4IY6A 2I6EA 1Y4CA 1AIVA 1LAGE 3LUYA 3SERA 3JYRA 1NNFA 1FQBA 5H8QB 3FV1A 4FAJA 3MPLA 1R1NA 2HCAA 4QSDA 1USYH 5FTHA 3MZ1A 1A54A 3VDFA 4F3SA 3LSFB 2FA7A 4LP2B 1ZBMA 3U8QA 2XXUA 3OD7A 3UA8A 2D3IA 1LBCA 1VSOA 3RTFB 3IX1A 4IO7A 1BIYA 1TFDA 4N07A 3V8XB 5CMKA 1ANFA 4R74A 1AH5A 5AA2A 3QAXA 4YMBA 2B65A 1LBBA 1NH8A 1HSEA 3O6HA 5F1QA 2E0SA 1UTHA 1SQYA 1JW4A 5AA4A 3PGFA 4DXBA 1F9BA 4QFOA 4EQ7A 4C0RA 4JDFA 3A09A 3TCHA 3TDJA 2XXVA 4Z7EA 2VGQA 1JEVA 3Q28A 2REJA 2PYYA 4DXCA 4I1DA 3H6WA 4R2FA 2UVGA 2HFBA 1IXCA 1A7LA 3FUZA 1OVTA 3FVNA 1MDQA 4QFKA 2V3UA 1B52A 3CR9A 3FVGA 1DOTA 2DWAA 1O63A 1RKMA 3K6VA 4BDOA 1MY0A 4ELPA 3ZKKA 1QUJA 3MWBA 2PBWA 4NF4A 1Y9UA 3PUXE 1HSJA 2I0CA 1M5BA 3FVOA 2G93A 1PBQA 1XC1A 3TZAA 2AL5A 1MDP1 3O6IA 4XTCQ 2D21A 3VXBA 5AE4A 4OFJA 2XXPA 4AQ4A 3ILUB 3KEIA 1URSA 3B6TA 1MQIA 4TOZA 3RY3A 4HS7A 3TAJA 1XT8A 2QS4A 4PFWA 5CMCA 3UORA 3IOVA 3T96B 1EZ9A 4IY5A 1LAFE 3QIMA 4DXUA 1WODA 4U4SA 2YLNA 1B32A 1FQDA 1DPEA 4OQOA 1H45A 3R7XA 1B5IA 1D9VA 3BBRA 5A5XB 3TCGA 2Q2AA 4R73A 4F3PA 1MXYA 1IZ1A 3M3KA 5M2VA 3QUFA 3USDA 1MS7A 3H03A 4E0WA 2VHAA 1AL3A 3IL1B 5I56B 1A40A 2CZLA 1FTLA 2OWSA 3HN0A 1B4HA 3FJGA 4FIMA 4X48A 4OTEA 3OO6A 2IA4A 2F97A 3FIRA 5EYFA 2AL4A 3MVWA 4KCCA 4EXKA 3C32A 3JV9A 2XXYA 3MVYA 1MY1A 4QHQA 2Z8DA 3KBRA 4YZZA 4U23A 3FZVA 3PPNA 2NWJA 5TP9B 3MVXA 3KSXA 1A8EA 4KCDA 4HW8A 3H06B 3HSTA 2Y7IA 4RPOA 4JXIA 2Y7KA 1LB9A 1EH3A 1Y20A 5ICQA 1D9YA 2DXYA 3GXAA 3N6UA 5DEXB 3B6WA 1B4ZA 3N26A 4NMYA 3K6UA 4IGTA 4X1DA 4NTLA 1JVXA 3I3VA 1IQ7A 1B58A 2Q88A 3V83A 3H6UA 5KCJA 4IB2A 3VVEA 3FD3A 1L5TA 4U21A 3SETA 2XXXA 1WDNA 2V84A 3QK6A 4Z0IA 1O7TA 4ISUA 3RQTA 1S7YA 5DYHA 2Q9TA 3E3KA 4F29A 3S9NC 4POXA 4RXLA 3B7DA 3GBBA 1UIVA 4XKPA 4P0GA 2DXRA 2WKYA 3IK6B 5I2NA 1B3EA 4OESA 3SESA 2RINA 3L6GA 2XXIA 3IB2A 3KN8A 3KG2A 1HSLA 3KJ7A 3S9LC 1QJMA 4U1ZA 1JVYA 5ISUA 3OELA 3DM0A 2OBGA 4IO6A 1SI1A 2OJTA 1LAXA 1ZU0A 1B7HA 1UTBA 3K02A 3FXUA 1Y3NA 3TUSA 3OEKA 5AA2B 1DTZA 3TMGA 3QYTA 2DWHA 1B3LA 1II5A 4R9FA 4I9DA 4RA1A 1UTHB 3MJNA 4MF3A 5AA4B 5H8HA 3IJXB 2UYFA 1B7UA 3G7WA 2Y7WA 3UIFA 3U94A 2QMWA 1OQGA 4DE8A 4PFYA 4G77A 4KYEA 4MBPA 3TEPA 4EQBA 3O28A 3WAFA 3OEMA 4GRKA 5TU0A 2QL3A 3C31A 3C4MA 4JBZA 1P1NA 2NVUB 4F18A 1JNFA 3LSWA 4FEDA 3MPKA 1MH4A 1UQWA 2CMOA 4RK2A 2DE4A 2XXWA 1FQEA 3RUMA 5FHNA 4P11A 2B3FA 3MVZA 4WEPA 4BDNA 1N04A 1MQHA 1POY1 1N3XA 4NF4B 1Y1ZA 3D4GA 4ZZEA 5I59B 1B1HA 2PT1A 1PBPA 2R6GE 3R26A 1H43A 2DVZA 3W15C 1OLAA 4ESXA 3PPOA 4TLLB 1IIWA 2Y84A 1N3WA 2VD2A 3DLNA 2RKMA 4PE5B 2ZYMA 4PFTA 4LA9A 3C33A 5AA1A 5JTYA 4LQ5A 4QSEA 2F78A 3HPIA 4H65A 5H8FA 3OSQA 5FTIA 4R6HA 2E1SA 5CBRA 4DIGA 3C9HA 3RLFE 1B51A 2F36A 1N84A 4G68A 2GRVA 3VV5A 4OWDA 3FATA 1URDA 4HCYA 4LZ5A 3BFUA 2X26A 2XD2A 2ZNTA 4RK9A 4R6YA 3RTWB 3PUVE 2RF1A 4G8HA 2XHDA 2OZZA 2RC7A 1BP5A 4G68C 3RT8A 4KYSA 2H4IA 1DSNA 2F7AA 3EHSA 1VR5A 3EPEA 2ZNUA 2H25A 1I6AA 4N13A 2O69A 5B7DA 1N7WA 5HBCA 1NMUA 2BJJX 1GV8A 2QS1A 3S4UA 4F39A 1MXWA 4G4PA 4ELQA 1VFEA 1FCKA 1B2HA 2XXTA 3ZSFA 5DT6A 3G3FA 5IAIA 4BDRA 3T66A 1MRPA 2O51A 2Z8EA 3G3IA 3IJOB 4WEDA 4YKKA 3K6WA 3FGSA 4F22A 1SW1A 4F3BA 3PU5A 4GF8A 3MQ9A 1FTMA 2QMXA 1LCFA 1I6QA 1FQAA 4ZE8A 4ECFA 5L9OA 2ZNSA 4OERA 3FJ7A 2RC9A 5KCJB 1TXFA 4OVJA 1OIBA 1VFDA 4IO3A 3TELA 3DP6A 4GLIA 1M5FA 1ZJLA 4QFLA 2DYXA 3HV1A 4LZ7A 2QS3A 4G8NA 1QUKA 5I58A 4ZZAA 1FTJA 1DTGA 1WVJA 1MH3A 3CFXA 4KI0E 1MQGA 3OENA 1FQCA 3MP6A 2ONKE 4H8IA 3Q26A 5I2NB 4GWOA 4OEVA 1KWHA 2DWIA 1JW1A 2PT2A 1AOVA 3EHUA 3IOWA 4ONYA 1FW0A 4OHNA 1B9JA 3DELB 4FATA 1UTBB 4DLDA 4XKNA 1MM6A 4Q0CA 4ZDMA 1TT1A 2X7QA 4DZ1A 3UGWA 4QRZA 2XX7A 4P0IA 1Y4TA 3SEXA 3V5AA 5H8HB 1B3FA 4C1TA 1LAHE 2F34A 4NF5A 1TWYA 4NF6A 2DSFA 5FHOA 4OMBA 1B40A 3VLWA 2XXHA 1SD3A 4H0WA 4ZEIA 2H99A 5KZTA 2FYIA 1LFIA 1IXIA 3F11A 3B6QA 4HCWA 2HEUA 3EHTA 3KN7A 3E9XA 1M5DA 1SYHA 2QS2A 5CM6A 2DP8A 1B0HA 1LLSA 1P1OA 1SW2A 1M5EA 4R2BA 1FTKA 4M4GA 2ESNA 5JEIA 1M5CA 1Y3PA 4MLVA 2QSXA 4BDMA 3O9PA 1LSTA 2GH9A 4YKJA 1LGBC 4YB5A 2DVCA 4G8MA 5CMBA 4KYDA 3O97A 3VVFA 4F3GA 1B05A 2XXRA 4RY1A 3S9EA 3QUJA 2OCUA 3PPQA 2H9BA 3T93B 4PFUA 1R6ZA 4R6KA 1P1UA 2A5TA 2LAOA 1S50A 1URGA 3Q25A 4E0XA 3G3KA 5JTYB 2UVIA 4PETA 2IEEA 1OMPA 5H8FB 3WAEA 1ELJA 2ANJA 1LFHA 1D4NA 1B5HA 1P99A 2R71A 1GTKA 3RT6B 3O2AA 4EF2A 3IB0A 3VVDA 5B70A 3U72A 3IORA 2F6GA 3CG3A 3D4CA 3T9HB 1LCTA 4F1YA 3K4UA 2I4BA 2NUVA 2VOZA 1IITA 2RCAA 4ZE9A 2Z23A 3HHFA 2ONRA 4X9TA 1MQDA 4EDPA 1ATGA 2VP1A 3M3FA 1IEJA 3HHGA 5DTBA 2HZKA 3IOTA 3OXNA 3EF7A 2YPNA 2QRYA 1MM7A 3E13X 4O3CA 4MLQA 1JW5A 4PQJA 3R6UA 5IKBA 1NFTA 1ZLQA 2NOOA 1B7ZA 4GL0A 1LFGA 4NWCA 4EUOA 4ZS9A 2XXQA 2HZLA 3GLBA 4LONB 3W9WA 1PDAA 4OFOA 4JWXA 3FV2A 2XX8A 3KZGA 3I5OA 4QFPA 4TQUQ 1OVBA 5EHSA 4YB7A 1PEBA 1MXZA 3MZ9A 5K2YA 3FASA 5I84A 2O6AA 4WKMA 3K0VA 3RGYA 3MW0A 4U1OA 4DCXA 1QULA 3TFLA 2F35A 1SVXB 1SW5A 2V25A 3K6XA 2I3WA 3QXMA 5ELVA 1CB6A 3TTKA 4DCYA 4YKIA 3ILTB 2HAVA 3C35A 3KOTA 4H67A 3ECRA 5ITPA 4EF1A 1EZPA 4GIZA 3HO7A 4OXVA 5FHMA 3SDFA 3S9MC 4OYVA 1MPBA 2Z22A 4F31B 5I58B 1IUDA 1FTOA 2RC8A 3IB1A 1SI0A 2THIA 3GZGA 4UA8A 4NF8A 5F7VA 5EHMA 4TLMB 2YJPA 3N6TA 3PMWA 3PUZE 3L6HA 4KPTA 5CMMA 4N6PA 2Y7RA 1A55A 1Q35A 3EN3A 3PPRA 3VFJA 3FVKA 2AYSA 3VLVA 1Y3QA 3DP4A 4HTGA 5ICTA 1XVXA 2ONSA 2GFEA 2FNCA 4C1UA 1I69A 4F1UA 1PB8A 3P7IA 5H8SA 3HCQA 4YKPA 3FJMA 2I3VA 4GQOA 4OETA 1MY2A 1Z7NE 4PP0A 3MBPA 2F8DA 3ODBA 3M3LA 1PB7A 3CRBA 3U1OA 5K2XA 4YU0A 5HPQA 3QSLA 3H6VA 3IOUA 3O6GA 1B1XA 1A8FA 1USYE 3PPPA 4NF5B 2I48A 4NF6B 3W9VA 5I2KA 1QW0A 1B3GA 4OFLA 2W7YA 4XKQA 2ZYNA 2ZMBA 1B3HA 1MPCA 5TPAA 4IGRA 4G2ZA 3CVGA 5DVIA 2H5YA 4XXUA 4H5FA 1QKBA 2OK2A 3PD8A 5AA2D 1YPNA 2ZXTA 1S9TA 1DMBA 4EQ9A 3JZJA 3PUWE 3T9UA 2DE2A 4OZ9A 4QFNA 2KLFA 3H3GA 2F7BA 3EQ1A 3KN3A 1PB9A 4KR5A 1H44A 2O68A 3TYHA 1N76A 2OWTA 2Q8JA 1B6HA 4IO4A 3ZS6A 1T0KA 3PV0E 4ZEFA 4OEUA 1SBPA 3C36A 3DP8A 3KFMA 5BUUA 4F2OA 3OO8A 2F5XA 1N0TA 3T9VA 1H76A 3SEWA 4ZECA 1MXUA 4H1XA 1TFAA 2P0SA 1ZMGA 4FE8A 2A5TB 1NNKA 4YICA 1XS5A 2DWJA 2F6PA 3K1PA 4QSCA 2DS9A 1BTJA 2GHBA 3SEUA 3K1MA 1AMFA 5KDTA 3RPWA 3H6TA 3TTNA 4RYAA 1GR2A 2O84X 3G3GA 2OLBA 4F2QA 3TQLA 3U93A 4LUBA 3OO9A 4NEDA 4GXAA 4FJPA 3O66A 2D5WA 4MH5A 2M8CA 3IR1A 4R75A 5I59A 3LC8A 1LB8A 5I57A 2HAUA 1B46A 1GGGA 2REGA 3IO6A 2V3TA 4U4XA 1OQHA 1PC3A 3H4ZA 2I4CA 2O1LA 3ONMA 3S2VA 3KSJA 3GBAA 4LQ2A 1MPDA 3M8UA 3SEYA 4GOTA 5H8NA 2PVUA 3A3UA 4BDLA 3K1NA 2UXAA 5CRYA 2X7PA 1EU8A 3CI8A 3H7MA 3KOSA 2XD3A 5H8QA 4UACA 5CI5A 3IAZA 4JWYA 3PMVA 1R9LA 3BKIB 1JETA 1MY4A 4R72A 1I6BA 1Q1KA 4F19A 3TQWA 4JSOA 2P1SA 2F7CA 3SKPA 1JQFA 4GXSB 3T9XB 3KGCA 2V3QA 3BFTA 3UN6A 4I8CA 2Q89A 4EXLA 4POWA 4GD5A 4KFQA 1DPPA 4LVQA 5L9SA 3FXRA 4MFIA 4ZEKA 1CE2A 1RYXA 3RN8A 2Z8FA 4BDQA 4Q5TA 4ELRA 4ZEBA 2UVHA 1SDXA 3TPAA 3VXCA 2XX9A 3A3CA 2HXWA 4JB7A 1MQJA 1MXXA 1N7XA 4X1BA 4IO2A 4KD5A 5DVFA 1D3KA 3TODA 1B0LA 3CG1A 3K00A 4NE4A 4ELOA 2G29A 3THIA 3OO7A 3CSBA 4XIGQ 4FEBA 1US5A 4NF8B 3OMBA 4OENA 2ZYKA 3AXFA 5DVJA 4YMAA 3FXQA 4O3AA 2PX1A 4FECA 3C34A 4RNSA 4IO5A 3TTLA 1MY3A 1OLCA 1US4A 1QKAA 2P2AA 3LSXA 1NNPA 4NWDA 4GFRA 3MZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIUA 4AB6A 2ABHA 1Y1MA 4I62A 4ESWA 4G68B 2B3BA 1LBVA 3CFLA 2O7UA 2HPGA 4FORA 3PD9A 4RPNA 3KJTA 4WXJA 3V89B 5IZ3A 4KQPA 1EZOA 4M1VA 1RYOA 1BKAA 4QF9A 3N5LA 4THIA 4JSDA 4U22A 4GL8A 4H6DA 2H98A 5LOMA 1DCUA 4BLAA 3G3HA 4U2RA 4GVOA 3CIJA 4AB5A 1BLFA 5L9MA 3ZKLA 4P1EA 5I2KB 3E79A 1J1NA 1BK4A 3IO4A 3TTRA 1Z7ME 3K2DA 4QXDA 2I0BA 3MUQA 2NXOA 5TPAB 2ZYOA 4MX6A 1QVSA 4O3BA 2HQ0A 1B5JA 5CC2A 1P1QA 5EQ8A 3T22A 3SZPA 3RNNA 1VE4A 3MP8A 1H3DA 3VE1B 1P1WA 3I6VA 4QBAA 1XVYA 5A5XA 3MAMA 5CBSA 1FQFA 3CFZA 2A5SA 2QJEA 2R9JA 3CHGA 3MC2A 1YTVA 1NH7A 3U92A 2XA5A 2I49A 2Y5KA 4H8JA 2VD3A 2PMSA 2OX3A 5ITOA 4RJZA 3LSLA 1IMFA 3MYUA 3PUYE 3SEVA 4JWOA 1R9QA 5I56A 2V93A 3OOAA 2PFZA 1ZTYA 4MEVA 1MG1A 3ISPA 3Q27A 1GVCA 5JK4A 3E4RA 2O7IA 3O29A 4LN5A 3MP1A 3OSRA 2QPQA 1IXGA 2GHAA 3TCFA 1FPIA 4LATA 3B8BA 5HM4B 2UYEA 4R9GA 3UP9A 1NKXA 1NNTA 4KHZE 3UK4A 1KA0A 4K3FA 2RCBA 5AA3A 1D9QA 4MHFA 5TP9A 2O1MA 1YAEA 4XKRA 4OVPA 5KDTB 4Q8RA 1POTA 2UVJA 1YCJA 4PFIA 2Y7PA 3A29A 3N94A 2DQVA 2I58A 2AIXA 4P56A 2Q2CA 4PAFA 1QUIA 4LZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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