4K3FA

Crystal structure of a putative tonb-dependent receptor (pa5505) from pseudomonas aeruginosa pao1 at 1.60 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
GAESLTVAATPVPHAEILNVVKPLLAKEGVDLKIKEFTDYVQPNVQVSEKRLDANFFQHQPYLDEFNKAKGTDLVAVTGVHIEPLGAYSSKYKKLDELPSGATVVIPNDATNGGRALLLLDKAGVIKLKDNKSITATPKDIVDNPKNIKIRELEAATLPRVLTQVDMALINTNYALEAKLNPTKDALAIEGSDSPYVNILVARPDNKDSDAMQKLAKALHSAEIKQFIQEKYKGAVVPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Probable TonB-dependent receptor
publication title Crystal structure of a putative TonB-dependent receptor (PA5505) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 1.60 A resolution
rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 72
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4k3fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4k3fA02
3CVGA 4P0IA 2Q9TA 4XTCQ 3V89B 2DVCA 1IQ7A 4EQ9A 3MZBA 5CI5A 4O3AA 1MXZA 1A55A 4E0XA 4DXBA 1GR2A 4NF6A 3VLUA 3S9EA 4ELQA 1N3WA 5F1QA 2CMOA 1B5HA 3TELA 4WXJA 2PYYA 3OEMA 4H5FA 1VE4A 4KR5A 2I4BA 3LSWA 5BWJA 3VVFA 5AA1A 4NF5B 1M5FA 2R6GE 4ZEFA 3K01A 1B32A 1QKBA 1B5IA 2HAVA 1ATGA 1UIUA 1Y4CA 4X1BA 4OEVA 5KDTA 4X48A 2XXWA 3FGSA 1NMUA 2Z8FA 4XIGQ 3Q25A 2UVGA 3FVKA 3IAZA 2ESNA 2H99A 1HSLA 1D9VA 2ZYOA 1WDNA 3RTWB 1M5DA 3AXFA 2YJPA 1LLSA 3MBPA 1MDQA 3KSXA 4IY5A 3HHGA 1OMPA 1B4ZA 2GH9A 1LFHA 5TU0A 4RYAA 2OLBA 3RPWA 1NL5A 5TPAB 1A8EA 3U72A 4ELRA 1MH4A 1FTOA 2XXHA 4C1UA 4QFNA 2QMWA 3CRBA 3MP6A 2OCUA 3EQ1A 3GZGA 4OETA 3THIA 4GFRA 3B6QA 3IL1B 2Q2AA 3C36A 3D4GA 1MG1A 3QSLA 1VFDA 2ONKE 2OBGA 3CIJA 4YZZA 3A09A 1R6ZA 1AIVA 4YKIA 4ZZEA 4DCYA 1JW4A 3H03A 4NWDA 3IOUA 4JSOA 3T66A 3PPQA 1ZTYA 3RN8A 1EZ9A 3VVEA 5I59B 1YCJA 1N7WA 4GLIA 1S50A 5TP9B 1BP5A 1MS7A 3SEUA 4FEDA 3SESA 2XXUA 1LBBA 2DQVA 2REGA 4R9FA 4HCYA 3QYTA 1SVXB 3N6TA 4BLAA 1ZMGA 4GWOA 2XXYA 4NTLA 2XX8A 1FQBA 2BJJX 1P1QA 3PD9A 2QL3A 3O9PA 1FQEA 1N3XA 5LOMA 5AA3A 2DVZA 4X1DA 4Q30B 2VD3A 2HFBA 1DSNA 4IO2A 3H06B 1JVXA 1MPCA 1XS5A 2O68A 3TEPA 4ZE8A 2O84X 2DSFA 4R2BA 4F1YA 4AQ4A 2O1MA 2Y7PA 2P2AA 3PPRA 1MXUA 4RJZA 2F36A 4RPOA 4AB5A 2DWHA 3IB2A 4G68B 4YAHX 3TODA 4N6PA 5ICQA 1P1UA 5DT6A 3SDFA 4R6KA 4FECA 1JVYA 2ZNUA 3LBSA 3RQTA 3GLBA 4GRKA 4R9GA 1YTVA 4KI0E 2VGQA 1JEVA 5L9OA 1URSA 1SDXA 1PB8A 1OQHA 3PV0E 1SYIA 2GHAA 1NNFA 4IO6A 2I0BA 4C1TA 4DXUA 4YKPA 3TPAA 2ZNTA 4TQUQ 4R74A 3GXAA 4POWA 5DEXA 3L6HA 4OTEA 5EHMA 5CBSA 3IOWA 1FTJA 1SW5A 4U22A 3EPEA 2ONRA 1JETA 2Q89A 1IZ1A 3IR1A 2HCAA 3UA8A 4MLQA 3TAJA 5DVJA 1B5JA 1B51A 3Q27A 4M4GA 2V84A 3TTMA 4EDPA 1MM7A 3QUJA 3R26A 1P1WA 4IO3A 1UTBA 1NNTA 4FEBA 2VP1A 5DYHA 1I6QA 2CZLA 1TFDA 2UYEA 4THIA 5I2NB 2I49A 3MUQA 1J1NA 3KOTA 4OXVA 3KZGA 4YB7A 3IO6A 5JEIA 4F2OA 2G29A 3IOTA 4F31B 4UACA 3TTRA 1H3DA 1B7HA 3FV2A 2LAOA 3OSRA 1ZJLA 4QHQA 3PU5A 3DP8A 4ZEDA 1B52A 4NF5A 1XT8A 3H6UA 3K1NA 3OMBA 5I57B 2PVUA 2DYXA 1MXWA 4POXA 1PB9A 2AL5A 1H43A 1SD3A 4KFQA 3OSQA 5H8QB 3BBRA 1HSEA 2XXRA 3EHUA 5CMCA 3T9XB 3EHTA 1O7TA 1YAEA 4NF4B 3KSJA 1EU8A 2DP8A 1LFGA 5IKBA 5ICTA 1M5CA 2WKYA 1S7YA 1JQFA 3KJ7A 3O6GA 4OFJA 4H1XA 3USDA 2RCBA 1VSOA 2R9JA 2Z22A 4AB6A 1MXVA 4GVOA 4IO5A 1IIWA 4F39A 4ELPA 1B3HA 4OENA 1MQIA 4BDMA 3MC2A 4H8JA 4ELOA 3VE1B 1NNKA 2DS9A 4XKRA 1SYHA 5TPAA 1GTKA 3PPOA 1R9LA 2O51A 4JB7A 4ZE9A 4LZ8A 4N07A 4U2RA 2G93A 2H5YA 3O29A 4LA9A 5AA2B 2NOOA 1ELJA 3O66A 4KYSA 4OQOA 3U1OA 2Q2CA 4KYDA 1CE2A 4OWDA 2H25A 4IGTA 3I6VA 1DTGA 3L6GA 1B9JA 4Z7EA 4JXIA 4U4SA 3H4ZA 3FJGA 4RK9A 1AH5A 3O2AA 1OVTA 3OXNA 4ESXA 5I59A 2FA7A 1MXXA 1LGBC 1MY0A 4QFPA 2QS1A 5TP9A 2THIA 2F97A 4MFIA 3S9NC 1MDP1 4OHNA 3QUFA 1R1NA 2HEUA 1WODA 5L9MA 1KWHA 4FE8A 1IXCA 3TCFA 3UP9A 4PFTA 3VV5A 4P0GA 1AL3A 4ONYA 4LZ5A 2XXVA 2Y7WA 1NH7A 4DE8A 5L9SA 2Y7KA 3T22A 2XXQA 3K6XA 2RKMA 2ONSA 4N13A 4F22A 4XKPA 3H6VA 4QF9A 1BKAA 2Z23A 4R2FA 3V83A 2HZLA 4XXUA 3E13X 1B7ZA 3MVYA 2X7PA 3K0VA 4H65A 3ZSFA 3MVXA 5CMBA 4NF8B 1LCTA 2HZKA 3K2DA 4G68A 4IO7A 4KHZE 1IITA 2XHDA 5CRYA 1OLAA 4JWXA 4LUBA 2OK2A 1MM6A 3IJOB 3H6WA 5HBCA 1OLCA 4I8CA 3H7MA 3T9VA 4G2ZA 2AIXA 4TLMB 4IB2A 1SW2A 1FTMA 1M5EA 3PUZE 2DWJA 3TUSA 3JV9A 3QXMA 2QS3A 4PP0A 5FTHA 1QJMA 3M3FA 2B3FA 2F5XA 3BFTA 3DP4A 1MY2A 3GBBA 2I58A 4EQ7A 1ZLQA 3TMGA 3TQLA 3TQWA 2I0CA 5BUUA 5AA2D 3IB0A 3U94A 4GL8A 4KYEA 3I3VA 4QFKA 1MY3A 5I56B 1VR5A 2DWAA 4YKJA 5AE4A 1B3LA 4K3FA 4QFLA 2D21A 4I9DA 3TCGA 3H6TA 3DELB 2RC8A 3UORA 1FQFA 2OZZA 2QMXA 1DPPA 4H67A 3MP8A 2NXOA 4G77A 1IUDA 4FAJA 1N7XA 1B1HA 4GD5A 4F19A 3MPKA 2IEEA 3FJMA 3HN0A 4JWYA 2DWIA 1UQWA 1PBPA 4GOTA 4MH5A 2V93A 1FQAA 4YB6A 3U93A 3FVGA 2ZYKA 4ZZAA 5I2NA 1QW0A 1ZU0A 4BDRA 3W15C 1EZPA 3D4CA 2OWSA 3TTNA 1OIBA 4BDQA 1M5BA 3OO7A 2PT1A 5CBRA 5ITOA 3SEVA 2PX1A 2ZMBA 3CFZA 1LCFA 1LB9A 3FXRA 4RPNA 1DMBA 5H8FB 4G8MA 2I3VA 2XXXA 3FIRA 3QIMA 3Q28A 5I57A 2O7IA 3K6VA 4F1VA 1TXFA 3PUXE 4EXLA 2D3IA 2REJA 5H8QA 2DE2A 3KBRA 1RKMA 1A40A 4FIMA 4LQ5A 3O28A 1OQGA 4NF4A 2F8DA 1URDA 1NKXA 4QSCA 1B0LA 5CC2A 2DXYA 3SEWA 1UTHB 4YU0A 1MQGA 1PEBA 1DTZA 5FHNA 1GVCA 1LAXA 4DLDA 4QSEA 3G3HA 4OFLA 3FATA 5DVFA 4MBPA 3KN3A 4M1VA 4RA1A 4QFOA 4NEDA 5KCJB 4HS7A 3R6UA 2E1SA 1B7UA 1BTJA 2H98A 1QVSA 5JTYA 2F6PA 3IK6B 2NVUB 5HM4B 4IGRA 5I2KB 1GGGA 2Y84A 1Z7NE 1N0TA 2DOJA 3FJ7A 3CG3A 3EHSA 1ANFA 1IXGA 1DPEA 2V3QA 4LZ7A 2I48A 3ILTB 1B0HA 3ONMA 4NE4A 5AA2A 3PPPA 1NFTA 1VFEA 4GIZA 1Y3QA 2XX9A 3TFLA 5L8DA 3QAXA 3KOSA 5A5XB 1PBQA 3N94A 1URGA 3ZKKA 3FZVA 4JWOA 3ILUB 4DDDA 1DOTA 4JBZA 3T96B 4ZDMA 3HO7A 2F6GA 4KCCA 5FHMA 3OO9A 2X26A 1GV8A 1TT1A 1ZIUA 3LSLA 3FASA 4KCDA 2Y7IA 3HSTA 3EN3A 5I58B 1BLFA 3C31A 3DLNA 4XKNA 4R6YA 2Z8DA 5HPQA 2RINA 3LUYA 3KN7A 3LR1A 4GQOA 1F9BA 1I6AA 2DE4A 4PE5B 4MF3A 2RCAA 3FV1A 2XD2A 3FUZA 3N6UA 1FTKA 3G3GA 4HTGA 1PB7A 2XXPA 4GF8A 2VOZA 2E0SA 3MJNA 3O97A 4RK2A 3TTLA 3WAFA 3K1MA 5H8SA 2ANJA 3GBAA 4KD5A 2XXIA 5K2XA 3JZJA 4IO4A 4KPTA 1SI1A 4UA8A 3E4RA 3Q26A 1N04A 3OO8A 4Z0IA 3FVOA 4NF8A 4NMYA 4EF1A 5JK4A 4QRZA 2A5TB 3RY3A 4H8IA 4ECFA 1USYE 1Y3PA 1JW5A 3PGFA 1LAFE 5JTYB 1N76A 3M3LA 3M3KA 2QRYA 3TCHA 2ABHA 2VD2A 1MQJA 4BDOA 1PDAA 1SQYA 2O69A 1I6BA 4MLVA 3C9HA 4OESA 3V5AA 4OFOA 1US5A 4NWCA 2FYIA 4Q8RA 1HSJA 3SERA 1Y3NA 1FTLA 2HAUA 2P0SA 1XOCA 4JSDA 4C0RA 2M8CA 3ZKLA 3IORA 2NWJA 5I56A 3MZ1A 4LONB 1MRPA 4QSDA 4XKQA 2QPQA 1PC3A 1EH3A 3V8XB 3QK6A 1SW4A 1L5TA 4DIGA 1I69A 4GXSB 4RNSA 1P99A 1Y20A 3MPLA 4ND9A 1Y1ZA 4R75A 3FVNA 1Y9UA 3SEXA 4LATA 1O64A 2ZXTA 2YPNA 3PPNA 2I4CA 5B7DA 3TTKA 1JNFA 1MQDA 3U8QA 2AL4A 1MPBA 1FCKA 1B58A 3O6IA 3ODBA 4TLLB 3P7IA 4DZ1A 4F29A 4KQPA 4F1UA 2UYFA 2DXRA 1BIYA 4YMBA 3B6WA 4L17A 4F3SA 3Q29A 3IJXB 1POTA 3F11A 4PQJA 4F2QA 1USYH 2XD3A 4Q5TA 5H8NB 3UK4A 4LVQA 1IEJA 3HPIA 1QUJA 4WKMA 5CMMA 3K00A 1N84A 4GXAA 3HV1A 1II5A 3MP1A 4PETA 2F7AA 3CSGA 4R72A 3PD8A 4X9TA 2B65A 5FTIA 2QSXA 3CSBA 1Q1KA 2A5SA 5H8FA 1UIVA 1FQDA 1TFAA 2V3UA 2F78A 3HCQA 3VDFA 4OMBA 1NH8A 1O63A 3DM0A 2UXAA 3UN6A 3RNNA 1T0KA 4EXKA 5H8HB 1SI0A 3M8UA 3RT8A 1MPDA 3K4UA 3C35A 4G68C 3BKIB 4GL0A 2PT2A 2ZYMA 1UTHA 3IOVA 1H44A 1MXYA 4O3CA 1IXHA 2UVIA 1LB8A 4F3GA 2H9BA 2Q8JA 4LP2B 3OENA 2RC9A 1D9YA 3A3CA 3S9LC 3KG2A 3SEYA 3TKDA 1XVYA 1A99A 1R9QA 5KCJA 3G3IA 4ESWA 3RUMA 1B40A 2O7UA 1TWYA 3E3KA 5I2KA 1NNPA 3K02A 1A7LA 4H0WA 4FORA 4NF6B 4WEDA 1B3FA 4I1DA 1ZBMA 4H5GA 5KZTA 4ZS9A 3OO6A 4DXCA 4YKKA 3OD7A 1ZKBA 5EYFA 4IY6A 1LFIA 4PFWA 3RT6B 3MWBA 5A5XA 3KGCA 3VXBA 3PMVA 1MQHA 1SBPA 4RY1A 2XXTA 3K6UA 1A8FA 3DP6A 4R6HA 3CFLA 5EHSA 3W9VA 2D5WA 3MW0A 3TYHA 1RYOA 2QS4A 3G7WA 5KDTB 1XVXA 4FATA 4BDLA 1B3GA 5ITPA 3VLVA 3PUVE 4FJPA 4YICA 1LBCA 2NUVA 2XX7A 5I58A 2I6EA 3W9WA 4HCWA 3FD3A 1IXIA 4YB5A 2KLFA 2ALUA 3O6HA 5ISUA 2ZNSA 1D4NA 3MVZA 4U1ZA 1B6HA 1XC1A 4O3BA 4ZEIA 1Y4TA 1P1OA 4TOZA 1Y1MA 3PUWE 1XHYA 3OELA 1MY1A 2QS2A 3K6WA 4F3BA 3MQ9A 4G8HA 1H76A 3IO4A 4U23A 3SKPA 2V3TA 2HQ0A 4OERA 1US4A 2V25A 3I5OA 2R71A 2F7CA 1JEUA 3TZAA 2AYSA 2VHAA 4OEUA 2HXWA 4ZEKA 3RLFE 1D3KA 2DE3A 4U4XA 3K1PA 3LC8A 4OYVA 4F3PA 5DTBA 3A3UA 2A5TA 5K2YA 4I62A 4G4PA 4F18A 4U1OA 3FXQA 3OEKA 2GFEA 1FW0A 1SW1A 3LSFB 3PMWA 4OVJA 5B70A 1QUIA 3FXUA 3OOAA 3MZ9A 1QUKA 3LSXA 5CMKA 2GHBA 1WVJA 2Y7RA 3PUYE 2X7QA 3C32A 4ISUA 2H4IA 1B1XA 1RYXA 2OJTA 3CI8A 4EQBA 1JW1A 2PMSA 3MAMA 4PFUA 2O6AA 3KEIA 4HW8A 1QKAA 3N5LA 3PMXA 4PFYA 5IAIA 1B2HA 5AA4A 3WAEA 3IB1A 3CR9A 3G3JA 3VXCA 3UGWA 1P1NA 1LSTA 3H3GA 3ZS6A 2B3BA 4JDFA 5J1DA 2F7BA 3KJTA 3T9HB 3T93B 2W7YA 3S2VA 4E0WA 3C34A 3JYRA 4P11A 3RTFB 1EZOA 2FNCA 4Q0CA 3HHFA 3T9UA 3EF7A 4ZEBA 1AMFA 3TDJA 1A54A 3N26A 4OZ9A 4R73A 4EUOA 5F7VA 4EF2A 5M2VA 4H6DA 2P1SA 1B46A 2YLNA 1FQCA 2PBWA 3S4UA 3E9XA 4WEPA 2UVJA 1CB6A 3CFXA 3S9MC 1OVBA 1MY4A 5H8NA 4U21A 2Q88A 1Z7ME 4BDNA 2Z8EA 1YPNA 4G8NA 2F35A 5CM6A 2RF1A 3C4MA 3MVWA 3VLWA 3BFUA 5DVIA 2OWTA 3B7DA 5ELVA 3UIFA 1H45A 4YMAA 3SETA 2O1LA 4ZECA 3RGYA 5FHOA 3C33A 5DEXB 3ECRA 2RC7A 2I3WA 3G3KA 3U92A 1B3EA 2GRVA 2UVHA 3G3FA 3KFMA 5H8HA 2F34A 2IA4A 1LAGE 3VVDA 4LQ2A 1Q35A 4RXLA 1AOVA 1POY1 1B4HA 3R7XA 1B05A 1MH3A 5I84A 3KN8A 5AA4B 1LAHE 2ZYNA 1UTBB 2QJEA 4DCXA 3IX1A 3B6TA 3VFJA 3CG1A 1QULA 1S9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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