4K3FA

Crystal structure of a putative tonb-dependent receptor (pa5505) from pseudomonas aeruginosa pao1 at 1.60 a resolution
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
GAESLTVAATPVPHAEILNVVKPLLAKEGVDLKIKEFTDYVQPNVQVSEKRLDANFFQHQPYLDEFNKAKGTDLVAVTGVHIEPLGAYSSKYKKLDELPSGATVVIPNDATNGGRALLLLDKAGVIKLKDNKSITATPKDIVDNPKNIKIRELEAATLPRVLTQVDMALINTNYALEAKLNPTKDALAIEGSDSPYVNILVARPDNKDSDAMQKLAKALHSAEIKQFIQEKYKGAVVPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of a putative TonB-dependent receptor (PA5505) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 1.60 A resolution
rcsb
molecule keywords Probable TonB-dependent receptor
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 72
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4k3fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4k3fA02
4JSDA 3HPIA 2XXQA 3SKPA 2Q8JA 1B3GA 4GRKA 3S9NC 4OHNA 4H67A 3GBAA 4AQ4A 2P0SA 4ELOA 3MW0A 1PB9A 4ZS9A 3OSRA 4M1VA 3THIA 2I4BA 5J1DA 3A3CA 3FGSA 1B9JA 3T9UA 3T22A 3TDJA 1QUIA 3G3IA 2QMXA 3KN8A 4IGRA 2H4IA 3PPOA 1MY2A 3CFLA 1NNFA 2HZKA 4GVOA 4C1UA 2RF1A 4AB6A 1NH7A 4P0IA 1H45A 1YTVA 5F1QA 2Q2AA 4ZEKA 3EHTA 3RGYA 1MM7A 1MY4A 4GXAA 4DLDA 5H8FA 4JB7A 3UP9A 3FVKA 2F5XA 2X7QA 2FYIA 4RXLA 2AL5A 3IOWA 4X1BA 1NL5A 4ZDMA 3PU5A 5K2XA 1B3EA 5I2KB 4XKPA 1B52A 2F6GA 1JQFA 2HCAA 2X7PA 1FQAA 1LFIA 4QSEA 1NKXA 3I3VA 5I57A 1I6QA 1SW1A 4ESXA 1LFHA 1ZTYA 2ALUA 3TQLA 3MUQA 3RTFB 4OENA 3HN0A 4YKJA 1B7ZA 3DM0A 1OQGA 1MQJA 1B3FA 4F18A 5JEIA 1TFDA 3O66A 4XKRA 1MDQA 4NF6B 5EHSA 3N6TA 3W9VA 3U1OA 2O1MA 4E0WA 1Y4TA 1Q1KA 3E13X 4IO5A 1DOTA 3IL1B 1POTA 3OENA 3U72A 3Q25A 2ESNA 3TTMA 3TPAA 3GLBA 1IIWA 1XT8A 1BLFA 2O51A 3RQTA 5F7VA 4POWA 1I6AA 4ZEFA 5AA2D 4GWOA 4P0GA 3KOTA 1LBCA 4YKKA 5H8QB 4EDPA 4FE8A 1B58A 1FQEA 4ECFA 2ONRA 2I58A 3JZJA 1N04A 4U1OA 3DLNA 1JEUA 3PV0E 5KZTA 3CIJA 1PB8A 3TTLA 2BJJX 4YICA 4YB5A 3U93A 1JETA 3PPNA 1FTMA 2H9BA 4BDNA 1OMPA 1NNTA 3V5AA 3GXAA 3ILUB 3TFLA 1CB6A 2HQ0A 2DWHA 1MS7A 3SEVA 1UIVA 1SD3A 1TXFA 2Q2CA 4OEVA 2G93A 4L17A 1R9QA 4OFJA 1I6BA 4R9FA 3FXRA 4LZ7A 2V3QA 1QKAA 1LGBC 4E0XA 3MWBA 3IK6B 4F1VA 3KEIA 3TTNA 2DOJA 5DVJA 2F7CA 2ZYOA 5CI5A 4ZZAA 1D4NA 4MBPA 2YJPA 3FXUA 1RKMA 1A99A 4NF8A 1RYXA 4H5GA 3C36A 2V84A 5H8FB 2NVUB 3OEMA 5CRYA 3O6GA 4OTEA 5H8HA 3DP6A 4K3FA 2VD3A 1SVXB 4OWDA 1IQ7A 1D3KA 5CMBA 1LAHE 5CC2A 3K6VA 3T93B 2QL3A 1Q35A 4TLMB 1H76A 1N3XA 5A5XA 1H43A 4LZ8A 3MVZA 3DELB 3FASA 5I57B 1R1NA 1IXIA 1US5A 2DSFA 5IKBA 1MDP1 1JEVA 1FQDA 4KYDA 1A40A 1A7LA 3TODA 4ZECA 1EZ9A 1NNKA 3RUMA 4F29A 4OERA 1RYOA 2WKYA 3MBPA 4OZ9A 2OBGA 2ZXTA 5H8NA 1F9BA 1AIVA 1LAXA 3FJMA 3MZBA 3U8QA 4DCYA 1N3WA 4HS7A 1I69A 1B51A 1ZIUA 1NNPA 4OQOA 3HCQA 3PPRA 1MM6A 4EQ7A 2B3FA 3K4UA 3MJNA 1MXVA 3ECRA 2GH9A 1NMUA 1MH4A 4BDLA 2XX7A 4NEDA 4Q5TA 4C1TA 2Z8DA 3VVFA 4QFPA 4UA8A 3IB1A 2RC8A 4H8IA 1XS5A 3K2DA 4RYAA 5JK4A 3JV9A 4G8NA 1II5A 3VVDA 4BDOA 4QF9A 2QMWA 2QPQA 3D4CA 4TOZA 2QSXA 3E3KA 1LSTA 4WEPA 4FIMA 1IUDA 4MFIA 5IAIA 3R6UA 3OO7A 4Q0CA 4R6KA 3K0VA 3UIFA 3JYRA 2R71A 4NTLA 3VLVA 3TMGA 4JWYA 2QRYA 1FTOA 4LZ5A 1ELJA 1VR5A 3HHGA 2XXIA 1B05A 4FECA 4O3CA 3KZGA 3MP1A 3LSFB 2ONSA 1MG1A 1A55A 3UN6A 1PEBA 2I0BA 4NF8B 3KJTA 2V93A 4GLIA 4ZEBA 2OCUA 1JVYA 1YAEA 4RK9A 4OXVA 1JVXA 3C31A 2DXYA 2I3VA 5H8HB 3MPKA 3H3GA 3VV5A 3OXNA 3KJ7A 1N84A 5A5XB 3FVGA 1B7HA 3OO6A 1ATGA 3C32A 4R75A 3VDFA 3DP8A 1POY1 2DWIA 5DEXA 4QSDA 2PX1A 3KN7A 4G8MA 1QULA 3E9XA 1LFGA 1Y3QA 4HTGA 3FD3A 2GHBA 4KHZE 5H8QA 1B4HA 4IGTA 2F7AA 4F22A 4POXA 5H8NB 3C4MA 4WXJA 1DSNA 3IOUA 3TCFA 4QSCA 3QUFA 3IO4A 2Q89A 4QFLA 2I4CA 1B5HA 1T0KA 5TP9B 4DCXA 3EPEA 1XC1A 5B70A 1B32A 2REGA 4NF5A 1BP5A 1UTBA 1MQIA 4BDMA 3CFXA 3OSQA 1URGA 1JW1A 4O3AA 3PD8A 4U4SA 2RCAA 1PBPA 4U2RA 3T9HB 3B7DA 3PUVE 1SQYA 3PD9A 3QK6A 2DVZA 4ZEIA 3MVYA 1VE4A 1QKBA 3T66A 3T96B 3EHSA 2RKMA 4KPTA 1URSA 1R9LA 1KWHA 2UVHA 3B6WA 3MP8A 3SETA 3PMWA 4F19A 4LQ5A 1Z7NE 2O1LA 1N76A 4NF4A 4HW8A 1USYE 2XXUA 3HSTA 2XD2A 1CE2A 1P1UA 2Y7KA 4KR5A 5JTYA 4QFOA 3O6HA 3FIRA 4F2QA 1M5EA 4OFOA 2F97A 1FQCA 3TTRA 4F3GA 3UGWA 1IZ1A 4X48A 2PT2A 4PFWA 1URDA 3QIMA 1Y20A 2DE4A 3EF7A 5BUUA 4KD5A 4N13A 4DZ1A 1ANFA 3UORA 4TLLB 3K1NA 3A09A 4N6PA 4R9GA 4ESWA 3H03A 5L9OA 2XXWA 3CRBA 2DYXA 3IJOB 3MAMA 1D9VA 1XVXA 3FV2A 3SEXA 3UA8A 1UTHA 3ONMA 3EN3A 4ELPA 3HV1A 1MXXA 4G68B 5DEXB 2FA7A 1AOVA 2Y7WA 3FATA 3D4GA 4TQUQ 2OLBA 2XXRA 1FTJA 2XXTA 3FJ7A 2XD3A 1B2HA 1USYH 4GF8A 3MC2A 4P11A 1Z7ME 1SI0A 2DXRA 2LAOA 2B65A 4THIA 2HFBA 1GR2A 4GXSB 3RNNA 1SW4A 4RNSA 2VP1A 3CSBA 4PETA 4EQBA 1EZOA 3H6UA 3K1PA 1N7XA 1MY3A 2NXOA 4FATA 4JWXA 1B0HA 4KI0E 4NF5B 2AIXA 3LC8A 1ZLQA 3VXCA 1WVJA 2UVIA 1JNFA 1UTBB 2OK2A 3TKDA 3SESA 2DWAA 1H3DA 2QJEA 1FCKA 4QFKA 4YU0A 3CI8A 5CBSA 4OEUA 3GBBA 3PUZE 1NFTA 1S9TA 1HSJA 3I5OA 4YZZA 4M4GA 4YB6A 4X1DA 1PC3A 2QS3A 1QW0A 4C0RA 2HAVA 1O64A 4IB2A 5HM4B 1Y3PA 5HPQA 5ITOA 4JDFA 2I48A 3ZKKA 2XXVA 5EYFA 2ZYMA 4EXLA 2XXYA 3LUYA 2GFEA 4LP2B 1UIUA 5DVIA 1US4A 3RY3A 4NF4B 2RINA 4FJPA 4O3BA 4XXUA 3H06B 4H65A 1MY0A 2X26A 4JWOA 4IO7A 5JTYB 1DTZA 4OYVA 1OLCA 4R74A 1OVBA 2R9JA 5ICTA 3Q29A 4OVJA 1B5IA 4H5FA 3N6UA 1HSLA 3C33A 2I0CA 4R6YA 3SEWA 5CMMA 3RTWB 1EH3A 3TAJA 5EHMA 3CG3A 2ZYKA 3MP6A 1P1WA 1QJMA 1SYHA 4KYSA 4U22A 1Y1MA 3IO6A 4EF1A 3IX1A 4G2ZA 1XVYA 4F1YA 1Y3NA 3LSWA 4Q30B 4YAHX 4GD5A 3K6XA 4YKIA 2OJTA 3CSGA 1ZKBA 1B46A 3UK4A 3GZGA 1UTHB 5TP9A 4LONB 3O9PA 4BDQA 3FVNA 3FJGA 4BLAA 4IO4A 3RT6B 1N0TA 4JSOA 4F39A 1MQGA 3TCHA 2Q88A 3MVXA 3B6QA 3FVOA 3VLWA 3K02A 2OWSA 2P2AA 3N5LA 4Q8RA 2NOOA 1OVTA 3T9XB 3CG1A 3U92A 2KLFA 3V83A 5TPAA 3PGFA 4AB5A 1GTKA 1A8EA 4H6DA 4LATA 4YMAA 1B3LA 1Y9UA 5I58A 5HBCA 2Z8EA 3G7WA 1MXWA 5ICQA 2XXXA 4H1XA 4PFYA 1YPNA 1FQFA 3FUZA 4HCWA 2PVUA 2O84X 2HEUA 4GOTA 3MPLA 3H6WA 3M3FA 2F36A 2Y7PA 2F35A 4F3BA 1GGGA 3QSLA 2CMOA 1Y4CA 3S9LC 3KN3A 3H6VA 2ZYNA 2OWTA 4LA9A 1S7YA 2F34A 1LB8A 2Z23A 1LB9A 4DIGA 4X9TA 3USDA 3ILTB 2HAUA 3PUXE 2QS2A 4FEDA 1O63A 4IY5A 2UYFA 1MQHA 5KDTA 1MXZA 3C34A 4G8HA 1P99A 3SERA 3PMVA 3U94A 1B3HA 2O7UA 4YMBA 1FTLA 2E0SA 1OIBA 4G68A 1B0LA 3V89B 1MH3A 2B3BA 5B7DA 4KYEA 3B6TA 5AA3A 2A5SA 3VVEA 3QXMA 3BFUA 4G77A 2XHDA 3M3KA 4DDDA 2I3WA 4I62A 4IO6A 1LCTA 1AL3A 5I59A 2Y7IA 3G3FA 3ZKLA 3EHUA 4RPNA 2VGQA 1MRPA 2PMSA 1L5TA 5I84A 1O7TA 1MY1A 5DVFA 4R6HA 2ZNTA 3G3JA 1PDAA 1MXYA 1HSEA 1SW2A 4BDRA 3OOAA 4DXCA 1XHYA 3W9WA 4LQ2A 4NWCA 2FNCA 5CMKA 3QYTA 3RPWA 4R2FA 3H6TA 1ZBMA 3DP4A 2H99A 4EXKA 2NUVA 5AA2A 4N07A 4GIZA 4OFLA 4I9DA 3M8UA 4I8CA 4I1DA 2HZLA 4WEDA 4RY1A 5TPAB 4MH5A 3H7MA 2DVCA 4PE5B 1DTGA 3RLFE 3WAFA 4G4PA 5I56A 2UYEA 2VHAA 4OMBA 5FTHA 5I58B 3CVGA 1JW5A 3K01A 3AXFA 1LBBA 3KOSA 1TT1A 2QS1A 2Q9TA 3OEKA 1GVCA 4F3SA 3TQWA 4IO2A 2IA4A 5FHMA 3IOTA 4QFNA 5ISUA 4RPOA 1VFDA 2QS4A 3LSLA 3OO9A 2XX9A 2ZNSA 3M3LA 4F1UA 4JBZA 2ZMBA 4DXUA 3HHFA 2DQVA 3V8XB 2XXHA 4ONYA 2Z22A 5ELVA 3H4ZA 4EQ9A 1A54A 1ZU0A 2F7BA 4DXBA 1QUJA 1JW4A 4ZEDA 1DPPA 3O2AA 4QRZA 3K1MA 1AH5A 3SDFA 3PMXA 2D5WA 3TCGA 5CM6A 2W7YA 4F2OA 4Z7EA 5M2VA 1IXGA 3ZSFA 4ELRA 2THIA 5KDTB 3MZ9A 1GV8A 4F31B 2UVGA 3KGCA 2PT1A 4FAJA 2H5YA 1YCJA 2V3TA 3FV1A 2GRVA 1QUKA 1M5FA 4GQOA 5AE4A 2UXAA 3T9VA 1UQWA 5LOMA 2I6EA 2DS9A 3HO7A 1D9YA 2IEEA 2Y84A 3ODBA 4WKMA 3MQ9A 1EZPA 4GL8A 1H44A 4YB7A 4U4XA 5I59B 3C9HA 3KSJA 4LUBA 3K6WA 3L6HA 1SW5A 3IAZA 4IY6A 1LAFE 1MPDA 3EQ1A 1A8FA 1M5DA 4XIGQ 2V25A 5KCJA 1SDXA 4KQPA 3G3KA 1SBPA 3I6VA 1IITA 1MQDA 4MF3A 3MVWA 2O69A 3RN8A 4ZE8A 4OETA 4PFUA 4U1ZA 3TZAA 1R6ZA 2RCBA 2G29A 1XOCA 4GFRA 5DT6A 4PFTA 3VFJA 4FORA 4H0WA 3O29A 1EU8A 1FTKA 5AA2B 4PP0A 1MPCA 5FTIA 1NH8A 1OQHA 4G68C 4JXIA 5AA4A 3Q27A 5FHNA 5L8DA 1LLSA 3FXQA 3CFZA 3PPPA 2REJA 5I56B 5ITPA 3IOVA 4PQJA 2H25A 1VFEA 5CMCA 4IO3A 1M5CA 2RC7A 5BWJA 2UVJA 2VD2A 3K00A 4XTCQ 4EUOA 3L6GA 3Q28A 4QHQA 2AYSA 3LSXA 3C35A 2CZLA 3IB0A 4XKQA 2XX8A 5I2NA 3QUJA 3KG2A 2HXWA 3WAEA 3RT8A 2D3IA 3CR9A 2PYYA 5L9MA 1LAGE 2O68A 1B40A 1MPBA 4XKNA 3Q26A 4ELQA 1BIYA 2Y7RA 3O28A 4OESA 3TELA 5K2YA 1PB7A 3S2VA 2DWJA 3S4UA 3K6UA 2DE2A 2O6AA 1DPEA 2NWJA 2A5TA 4RK2A 4RJZA 1ZJLA 3MZ1A 2F78A 2P1SA 5TU0A 1BKAA 2VOZA 4RA1A 3SEUA 3S9MC 2PBWA 1OLAA 4KFQA 3FZVA 3S9EA 2DE3A 1B4ZA 4EF2A 4YKPA 3W15C 4MLQA 2M8CA 1J1NA 5FHOA 2XXPA 3KBRA 2O7IA 2D21A 3IJXB 1P1OA 1N7WA 3R26A 3PUYE 1BTJA 3OELA 5H8SA 3BKIB 4NMYA 3N26A 2GHAA 3G3HA 4LVQA 3OMBA 3LR1A 2AL4A 4R73A 1B1XA 2Z8FA 4ISUA 2ONKE 4GL0A 5KCJB 1P1QA 3A3UA 5DYHA 3G3GA 1IEJA 3IR1A 1IXHA 1IXCA 1DMBA 4NE4A 1FW0A 3OD7A 4ND9A 1WODA 3TEPA 4UACA 5CBRA 3SEYA 3OO8A 5AA4B 3BBRA 5I2KA 2I49A 3VXBA 3IB2A 4U23A 1FQBA 1B1HA 1P1NA 1AMFA 2H98A 1QVSA 5DTBA 3O97A 3IORA 1B7UA 3LBSA 1S50A 3TYHA 3PUWE 4DE8A 2OZZA 2DP8A 2R6GE 1B5JA 4HCYA 1TFAA 3PPQA 5I2NB 3N94A 5L9SA 3KFMA 1SI1A 1TWYA 2ABHA 4H8JA 1ZMGA 4ZZEA 4Z0IA 1WDNA 4NF6A 3VLUA 3TTKA 3F11A 3P7IA 4KCDA 1SYIA 2F6PA 5AA1A 3TUSA 4KCCA 3QAXA 1Y1ZA 2ANJA 4U21A 2V3UA 2F8DA 3E4RA 4F3PA 3BFTA 3KSXA 2ZNUA 3VE1B 1LCFA 1PBQA 2YPNA 3R7XA 1B6HA 4ZE9A 1VSOA 2A5TB 4NWDA 4R72A 1MXUA 3ZS6A 4MLVA 2E1SA 3O6IA 2RC9A 1M5BA 4R2BA 4FEBA 2YLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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