1VSOA

Crystal structure of the ligand-binding core of iglur5 in complex with the antagonist (s)-atpo at 1.85 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
251
structure length
243
Chain Sequence
TLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Partial agonism and antagonism of the ionotropic glutamate receptor iGLuR5: structures of the ligand-binding core in complex with domoic acid and 2-amino-3-[5-tert-butyl-3-(phosphonomethoxy)-4-isoxazolyl]propionic acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 75
structure length 243
sequence length 251
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1vsoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1vsoA02
5AA2D 4XXUA 1US5A 2OZZA 5I2KA 3TKDA 5I59B 3IO4A 5TPAA 3DM0A 4OTEA 1HSEA 2XX8A 4U22A 2XXVA 1P1UA 3IORA 2QSXA 1FTLA 2V84A 2GH9A 5IAIA 4P0GA 1H3DA 4NWCA 2M8CA 1MH4A 3HHFA 2DVZA 1VE4A 4YMBA 3M3FA 3VLWA 3H03A 4YKIA 4DXUA 3K1MA 3FASA 1LFHA 2I0BA 1DPEA 3O9PA 3PMWA 2V93A 3USDA 4ZEIA 2Q89A 4ELQA 4ZEDA 5HPQA 3MZBA 4GL0A 3VFJA 3FJMA 4ISUA 3SDFA 4G8NA 4G8MA 3RQTA 1FW0A 1JNFA 3OO8A 4R9GA 2IEEA 3IK6B 5AE4A 5DVFA 4DXBA 3MZ1A 4ECFA 3FZVA 4HW8A 4LUBA 3G7WA 5H8HA 4R72A 1Y1MA 4IO7A 2V3UA 4YKKA 1I6BA 3K02A 1XS5A 1O7TA 3RT6B 1R9QA 4H5FA 3FGSA 2CZLA 3RTWB 4NMYA 4G77A 1I69A 4FATA 3KOSA 4MH5A 5F1QA 3ECRA 3S2VA 3IB0A 1LFIA 2Q2CA 4H5GA 1MXVA 1R6ZA 1MRPA 2XXUA 4GXAA 3CRBA 4OWDA 2XXTA 3N6TA 3B7DA 3FXUA 4N13A 5JTYB 1XVXA 4U4XA 1B40A 2H99A 4XKRA 1B0LA 3MJNA 1B1HA 2DXRA 2XXQA 4BDRA 4FORA 3FV2A 1FQDA 2F7BA 2XXHA 3JZJA 3O6IA 5CBSA 3SEWA 1GR2A 3ODBA 5KCJB 2I3WA 2OK2A 5ITPA 5AA4A 4OEUA 1B1XA 1FQCA 1A8EA 2ZXTA 5TP9A 4RY1A 4TLLB 3DP6A 4KCCA 3TTRA 3FVGA 4Q30B 3MBPA 3GBBA 1NNTA 2F35A 3KFMA 2I49A 3T93B 4XKQA 1LCTA 1B7UA 3E9XA 3KEIA 3SEUA 1B3HA 2ONSA 1AOVA 2Q88A 1JW5A 3LSXA 1POTA 2Z8EA 3KJTA 2FNCA 4E0WA 2DVCA 3ONMA 1MQGA 4RJZA 3V5AA 5FTIA 4KYEA 3PUVE 1IXIA 4BDNA 3LC8A 3QSLA 1OVTA 3JV9A 4YU0A 1D3KA 2O7IA 1OMPA 4U1ZA 1SW5A 5L8DA 4DLDA 3V8XB 3W9VA 2I4BA 4ELRA 3O29A 4NF4B 5AA2B 1SW1A 2UVIA 1B0HA 3K1PA 1PB7A 3DP4A 4OENA 3HN0A 3OEKA 4OESA 4YB7A 1MPDA 3VV5A 1JW1A 3MZ9A 1N3WA 1SDXA 3KGCA 3T9HB 3U93A 3M8UA 2QPQA 2O84X 1FTOA 1US4A 4QHQA 1WODA 3MP1A 2OBGA 3HPIA 2O69A 3Q29A 4I1DA 1NNPA 3CFXA 4BDMA 1URDA 3I5OA 1WVJA 3FATA 1L5TA 1TXFA 3Q26A 3MWBA 1VR5A 3UP9A 2I4CA 2I0CA 1MXYA 4QSEA 3U1OA 4KR5A 3T9VA 3S4UA 2Y7KA 4L17A 2H98A 2HAUA 2LAOA 4F2QA 1IXCA 1WDNA 3IAZA 1H76A 5DT6A 2Y7IA 5H8QB 3D4GA 1MDP1 3K6VA 1M5CA 4DIGA 5I57B 3FV1A 1N04A 4OFLA 3CSGA 3KN8A 3FUZA 1MM6A 3TMGA 2ZNSA 3PUZE 5H8SA 3RPWA 3TPAA 5JK4A 3CFZA 4HCYA 4PFUA 4HS7A 2QS2A 2ABHA 2DWHA 4LONB 4H65A 4E0XA 2A5SA 4R74A 3HV1A 3QK6A 3KZGA 1A40A 2O1MA 2QS3A 5DVJA 3PUYE 2DP8A 5DEXB 3I3VA 4QFLA 4UA8A 1EZPA 1NNFA 4OEVA 1SW4A 1Y4TA 3HCQA 1OQGA 3B6QA 3PPOA 3FXQA 2YJPA 1TFDA 1LSTA 3O6GA 1N76A 4YKPA 3MVWA 3KJ7A 4IY6A 3H6WA 2Z8DA 2RC9A 3C33A 1P1NA 1LGBC 3N5LA 1UTHB 1MY0A 1GV8A 2Y7WA 4OYVA 2HFBA 4OFJA 1MPBA 5EHSA 3BKIB 3ILUB 1M5BA 1DOTA 4TQUQ 1UTBB 3MPLA 1QW0A 2UVHA 3MC2A 3G3KA 3HSTA 3B6WA 4OETA 3TCFA 4Q5TA 3THIA 3TCGA 4NF8B 2XXYA 1B3GA 3EHSA 4EF1A 1MPCA 1IXGA 1MQHA 3RNNA 1H44A 2Y7RA 2PMSA 3LSWA 2DE2A 2OCUA 4F3GA 3RTFB 3S9LC 2R6GE 2XXXA 5KDTB 3A3UA 2QMWA 3GBAA 2YPNA 1HSJA 2F7AA 2DE3A 2VGQA 1LFGA 4FEDA 1N3XA 1Y3PA 4BDLA 3QXMA 3MVZA 4NEDA 2ZYNA 2D5WA 1LB8A 1B6HA 3MVYA 4MBPA 1B5IA 1GGGA 5I56B 4IO5A 4RXLA 2F97A 5FHMA 1A99A 4PE5B 3K1NA 3CFLA 5I2NA 3H4ZA 1NH8A 2YLNA 2XXIA 4OVJA 5FHOA 4MLQA 3T9UA 1DSNA 5CRYA 2F34A 1B5HA 5F7VA 1LAXA 1YTVA 3IX1A 4AB5A 1MQJA 1QKAA 2UYFA 1ZU0A 1YPNA 3CG3A 3R26A 4IO2A 2DWAA 1P1OA 1A7LA 1OVBA 2XXWA 3H6TA 1JQFA 1PBPA 2B3FA 3C32A 4RK2A 4ZE9A 4GQOA 4JXIA 1PEBA 1MXXA 3BBRA 1M5DA 1BTJA 4YKJA 3GZGA 2G93A 1MQDA 1LAFE 4M1VA 2REJA 5H8FA 4POWA 5A5XA 2VHAA 5KZTA 1QUJA 1SD3A 3O6HA 2X7QA 3PU5A 4JWXA 2Y7PA 3Q27A 1B3EA 4I8CA 3HHGA 3V83A 3DELB 4KCDA 4QRZA 2R9JA 2QJEA 3PUXE 3MP6A 3OO7A 4OZ9A 2DYXA 5CMKA 1B51A 1VFEA 4FE8A 3UA8A 4F3SA 1DTZA 4ZEBA 1FTKA 2D3IA 4WEDA 3RT8A 1MY3A 2NUVA 4HCWA 3KN3A 2VP1A 4GLIA 3K6XA 3VE1B 4OERA 1KWHA 3DLNA 3ZKKA 4DZ1A 2Z23A 3VLUA 4LZ8A 3RY3A 3CI8A 3C34A 4JSDA 1B46A 3QAXA 1NH7A 4ND9A 1OLCA 2Z8FA 2GHBA 1OQHA 3C31A 4ESXA 1FTMA 3VVFA 3UORA 4XIGQ 4QF9A 1AMFA 3H6UA 1A55A 4JBZA 1R9LA 3LSLA 5H8NB 1B5JA 3TODA 5ICTA 4XTCQ 4NTLA 3OO9A 4IO4A 3O28A 4G68C 4FEBA 4M4GA 1LLSA 3MW0A 4F31B 5ICQA 5L9SA 2ONKE 2ONRA 4WKMA 1OIBA 3FIRA 5H8HB 4NF5A 3IOUA 2ZYMA 4NE4A 2WKYA 4G4PA 1AH5A 1BLFA 3TZAA 2V25A 2PX1A 2FA7A 3MP8A 4Q8RA 1MY1A 4OMBA 4JB7A 2H4IA 2F5XA 1O64A 1JETA 3KN7A 2ANJA 1AIVA 2DXYA 4C0RA 1QUIA 4R75A 4ZZEA 5FHNA 4JWOA 2F8DA 1A8FA 2DS9A 3FVKA 3G3JA 1NNKA 4R6YA 2RF1A 4R2BA 4LZ5A 2XD2A 1IXHA 2KLFA 4EXKA 3VLVA 1J1NA 4DXCA 3MVXA 1GTKA 4OHNA 1Q1KA 2FYIA 1SBPA 2ZYKA 2CMOA 1F9BA 5ITOA 4LA9A 4ZZAA 3TCHA 1MH3A 2I3VA 2PT1A 3SEXA 4G68B 4H0WA 2XX9A 1ZTYA 2O51A 1N0TA 5AA4B 2DSFA 1USYH 4QFPA 3TYHA 5TP9B 4FECA 3E4RA 1IITA 2RINA 2V3QA 4LQ2A 1NKXA 3UIFA 1SVXB 3CSBA 3U72A 4ZDMA 2REGA 3CG1A 3BFTA 4NF6B 4EQ9A 1UTBA 2OWTA 1XHYA 4BLAA 1B3FA 3K6UA 3RUMA 4R6KA 2HEUA 5JEIA 3PV0E 4NF8A 2DWIA 4U23A 4N6PA 4YZZA 4OXVA 5CMCA 1FQBA 4YAHX 2A5TA 3PD8A 1QJMA 3E13X 3K6WA 4LVQA 3IOTA 4P11A 1UQWA 3SESA 3IL1B 4QFKA 4F29A 4BDOA 3OO6A 2QS1A 3LR1A 4MF3A 4FIMA 3U92A 3K0VA 2BJJX 4LATA 5I59A 4JDFA 2VD2A 3OD7A 1AL3A 3K2DA 4LZ7A 5I56A 4U2RA 2RC7A 1H45A 1B7HA 2I48A 2E1SA 2F7CA 1Y20A 3UN6A 3C9HA 3MQ9A 3T9XB 3O2AA 3S9NC 1LCFA 2UVGA 3ZS6A 3HO7A 2UXAA 1DMBA 4WXJA 1LB9A 3N94A 3VDFA 2DOJA 4Q0CA 1YCJA 3E3KA 4GVOA 3JYRA 4RPNA 1ZLQA 1B52A 4F39A 4MLVA 4NWDA 3I6VA 3V89B 2HZLA 3C4MA 4EUOA 1M5EA 4PETA 4EQBA 4UACA 3VXBA 2V3TA 4RNSA 4X1DA 2QRYA 1R1NA 1I6QA 4IO3A 3LBSA 4DDDA 1Q35A 4TLMB 3U94A 3K01A 1N84A 3ILTB 3IOWA 2AIXA 1SI0A 4I62A 2AL5A 4R73A 3ZKLA 2DQVA 1B3LA 4KYDA 3OEMA 5DTBA 2DE4A 5B7DA 4DCXA 1NMUA 3BFUA 2OLBA 3AXFA 3K00A 2I58A 2O68A 4G2ZA 5I84A 1H43A 4U4SA 3G3FA 1SYIA 4O3CA 1EU8A 4BDQA 3L6GA 2XX7A 5AA3A 1B58A 2F78A 4IO6A 5DYHA 1MY2A 1PC3A 3M3KA 1URGA 1NFTA 2Q9TA 2ZNTA 4KFQA 3T66A 4GWOA 3WAFA 3KG2A 3CVGA 3R7XA 4GOTA 3OENA 2Q8JA 3G3GA 1ZMGA 3Q25A 3EF7A 4F2OA 5I58B 5DVIA 1UIVA 1NL5A 2NWJA 4RK9A 4GL8A 4K3FA 2IA4A 4KD5A 3GXAA 4R2FA 3SEVA 3RGYA 3TAJA 2RKMA 5JTYA 2ZNUA 1YAEA 3U8QA 1QUKA 1PDAA 4JSOA 1UIUA 1MXUA 2P1SA 4LQ5A 1D4NA 2ESNA 3KSXA 3EPEA 3SETA 3IJOB 5KCJA 1Y1ZA 3RLFE 3VXCA 3OSRA 3KSJA 2HXWA 5H8NA 2VD3A 2E0SA 1LAGE 4YB6A 3M3LA 1S50A 3T96B 2G29A 2PVUA 3QUJA 2HCAA 3CIJA 3G3HA 5CBRA 1B32A 1IUDA 4JWYA 1ZJLA 3FVOA 3ZSFA 5TU0A 3QYTA 2PYYA 1SQYA 1BIYA 4KHZE 4U1OA 3LUYA 2QMXA 4OFOA 1IQ7A 4EDPA 2Z22A 3K4UA 1TT1A 2F6GA 1D9VA 1Y3QA 3F11A 3TELA 1ZBMA 4GD5A 3FJGA 1PBQA 5J1DA 1EH3A 5CMBA 1P1QA 4EF2A 5CC2A 3TUSA 1QVSA 2O7UA 5HM4B 2VOZA 5CMMA 5I2KB 5TPAB 3EHUA 2F36A 2XXRA 1OLAA 2B3BA 1I6AA 2AL4A 4IGTA 3O97A 2H5YA 4OQOA 4NF4A 5IKBA 4ZECA 5AA2A 1ANFA 5I2NB 2RCBA 4X9TA 4LP2B 2OJTA 4POXA 1SW2A 1DTGA 1MG1A 2W7YA 4ZE8A 2DWJA 3PMXA 3TDJA 5ELVA 3TFLA 3R6UA 3W9WA 2Q2AA 5L9MA 2P2AA 1MQIA 2HAVA 4IY5A 4QFNA 3PD9A 3IB2A 4ONYA 5EHMA 1LBCA 1P99A 4F1YA 4P0IA 4G68A 3C35A 3PUWE 4Z7EA 1B4HA 3G3IA 1JEVA 1XVYA 2PT2A 1XOCA 4FAJA 3QUFA 3IO6A 4HTGA 3B6TA 4THIA 4O3BA 3IOVA 4PFTA 3SKPA 4YMAA 3KOTA 3QIMA 3IJXB 3D4CA 3SEYA 5H8FB 1HSLA 2R71A 1QULA 5A5XB 4O3AA 3H3GA 4QSCA 1A54A 2GHAA 1RYXA 4F3PA 5K2XA 1ATGA 1MM7A 3TTMA 3MAMA 2X7PA 3O66A 3TTNA 1ZIUA 1P1WA 4NF6A 4XKPA 3EQ1A 5H8QA 4H67A 2PBWA 1O63A 1N7WA 4ELPA 4DE8A 1B2HA 1JEUA 3VVDA 3H7MA 5I57A 3TEPA 2NOOA 1MXZA 1M5FA 3PPRA 3SERA 3H06B 4ZEFA 4QSDA 5L9OA 2NVUB 3OXNA 4F1VA 2AYSA 3FVNA 5AA1A 4MFIA 1BP5A 4FJPA 3LSFB 4EQ7A 2XHDA 1SI1A 3PMVA 1B4ZA 1ZKBA 3TQWA 3W15C 4ESWA 4KPTA 3A09A 4PQJA 4KQPA 2F6PA 4YB5A 3C36A 1JW4A 5DEXA 2D21A 5LOMA 4WEPA 4GFRA 2ALUA 1Z7ME 3PGFA 5B70A 4PFYA 3T22A 3S9MC 5BWJA 5ISUA 2QL3A 2B65A 1EZOA 4YICA 3WAEA 1FTJA 3FD3A 4PP0A 3FJ7A 1MY4A 1DPPA 1UTHA 2RC8A 1IEJA 1GVCA 2THIA 2UVJA 1PB8A 4Z0IA 3EN3A 4GXSB 2ZYOA 3VVEA 1Y9UA 3S9EA 2O6AA 4ELOA 5CM6A 3TTLA 4AB6A 4NF5B 4G8HA 3PPPA 1FQEA 2GRVA 2Y84A 4AQ4A 1MDQA 4PFWA 3L6HA 1TFAA 2H9BA 4N07A 4C1TA 1JVYA 5CI5A 1T0KA 4GIZA 2GFEA 2OWSA 1FCKA 4F1UA 1Z7NE 1N7XA 3N6UA 4U21A 4GF8A 1TWYA 1RYOA 2P0SA 3RN8A 5BUUA 3UK4A 1II5A 2UYEA 3PPQA 4RPOA 5KDTA 1B7ZA 4EXLA 1B9JA 3IR1A 5M2VA 1MS7A 3IB1A 3TTKA 1URSA 4ZS9A 4KI0E 1SYHA 3Q28A 4H6DA 3OMBA 3UGWA 2RCAA 1IZ1A 3H6VA 3P7IA 4H8IA 4H1XA 4KYSA 1B05A 3GLBA 1XC1A 5I58A 3DP8A 4X1BA 3TQLA 5EYFA 1FQAA 4IB2A 3FXRA 4R6HA 4TOZA 4F22A 1PB9A 3CR9A 4RYAA 2QS4A 4ZEKA 4GRKA 4R9FA 4C1UA 1LAHE 5K2YA 1USYE 3OSQA 4XKNA 3PPNA 1JVXA 5FTHA 4F19A 1MXWA 4QFOA 2HZKA 1QKBA 2HQ0A 3OOAA 3A3CA 2X26A 2H25A 2XD3A 1EZ9A 4F18A 2NXOA 1CB6A 3EHTA 3MPKA 3MUQA 4F3BA 1POY1 1S9TA 1D9YA 1S7YA 4H8JA 1Y4CA 1FQFA 2O1LA 2ZMBA 1XT8A 4IGRA 1IIWA 1VFDA 1LBBA 1CE2A 2XXPA 3OELA 3KBRA 4DCYA 5HBCA 1RKMA 2I6EA 2A5TB 4I9DA 1BKAA 1Y3NA 1VSOA 4X48A 4RA1A 3N26A 1ELJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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