3S9LC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 2
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
Knots found
sequence length
674
structure length
515
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 515
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC03
2P0SA 4JWXA 3KSJA 3IK6B 4OETA 3SESA 2HEUA 4GQOA 4R72A 3IAZA 2IA4A 1MXVA 1S7YA 1MXZA 3U8QA 2ZYKA 4BDOA 5FHOA 5H8HB 5I2KA 1EZ9A 3H6UA 3MZ1A 4MBPA 1YTVA 1DSNA 5HM4B 1I6BA 1QW0A 2CZLA 1IEJA 4H67A 3HN0A 1B58A 3K6UA 4XKNA 3PPPA 3KGCA 4H8IA 2PT2A 3IX1A 3KN8A 5EHSA 1PC3A 4YMAA 2E0SA 3VVDA 4RPOA 3MVZA 4QFPA 4BDQA 3RUMA 3K6WA 3SETA 4YAHX 3K1PA 3CG1A 4DCXA 4X1DA 3E9XA 3RT6B 4HCYA 2VGQA 4JDFA 2ONKE 3TCGA 1EZPA 4AQ4A 3V83A 1B3GA 5CC2A 2DXRA 1NMUA 2O1LA 4FIMA 4MF3A 3QXMA 5L9SA 3IO4A 3C32A 3QSLA 4TOZA 1MQIA 3K6XA 3RLFE 1B51A 1L5TA 4NF8A 4KCDA 3CG3A 2UVJA 3PUVE 3K6VA 2XXWA 2HXWA 1Y3PA 1FTOA 5AA4A 5I58A 3FIRA 4AB6A 3EF7A 4XKQA 2NWJA 3MPKA 1USYE 2XHDA 1N7XA 4O3AA 3RGYA 3EHSA 3I3VA 4FAJA 2HAVA 5AE4A 5EHMA 2Y7WA 1MY3A 1MDQA 1ZBMA 4N13A 3CSGA 3OENA 3TTMA 5I59A 2RINA 1JETA 1D9VA 3G3IA 4NF5B 4F22A 3E13X 5AA1A 4C1TA 3OSQA 4GD5A 4F1UA 5I56A 1XOCA 3OSRA 3AXFA 1B52A 1FQFA 3TUSA 3EHTA 3TCFA 1TFAA 4OERA 2AYSA 4U1ZA 4NF4A 4BDRA 4F3BA 2VD3A 1UTHA 4MFIA 4EF2A 2KLFA 5FHNA 1DOTA 4ECFA 3KJ7A 3C36A 4JB7A 4R75A 1LFHA 4FEDA 1Y4CA 2PBWA 1FQBA 3T93B 2UXAA 3A3CA 1IIWA 1ZJLA 3RY3A 4U22A 3UA8A 3KZGA 1NL5A 3BFTA 2CMOA 4YKJA 2H99A 1GV8A 2ONRA 5CM6A 3PMVA 2B65A 2F6PA 1N76A 4F18A 2QS4A 4HCWA 1Y1ZA 4ZE9A 4DXCA 2I4BA 3M3LA 4ZZAA 3Q29A 4RYAA 5EYFA 4POWA 3EQ1A 2HAUA 4G77A 4JWOA 1SQYA 4E0XA 5I2KB 3TTLA 4OQOA 3G3KA 4LZ7A 4JSDA 1NNKA 1QUJA 4IGRA 1B4ZA 1PB9A 3JYRA 3W9WA 4R9GA 4R74A 3K2DA 3SEXA 1B5HA 2OCUA 2I0CA 1MY0A 1FW0A 4DLDA 4ZS9A 1FCKA 5FTHA 2OWSA 4XIGQ 3E4RA 3OELA 2UVHA 3R26A 1XHYA 3SEWA 1PB8A 3V89B 3T96B 4R9FA 2Z23A 2QS2A 4PFYA 3H4ZA 3A09A 3DP6A 4EQ7A 3H3GA 4ESWA 2RF1A 4QF9A 4MLVA 1QULA 4RXLA 2QS1A 1GR2A 5K2YA 4LVQA 3IB1A 4R6KA 2OK2A 1R9LA 3EHUA 1POTA 2ANJA 4KCCA 2ZXTA 3EN3A 4NF8B 3O9PA 4QHQA 3G3GA 3TDJA 5H8QA 5AA4B 1YPNA 4X48A 5JTYA 1BKAA 2PX1A 1VFDA 1UIUA 4ND9A 4LATA 2A5TB 3PD9A 1JEVA 3FVNA 4DXUA 3T22A 3G3JA 1H44A 1US4A 1GGGA 4UACA 3B6WA 3ILUB 1ZIUA 3T66A 1FTMA 1UQWA 3TZAA 5CBSA 3CI8A 2I49A 4NMYA 4I1DA 2O6AA 3D4GA 1Y1MA 2Q9TA 4RNSA 4WKMA 4PFUA 4LONB 4ESXA 1EZOA 4YB6A 5I57A 4KD5A 1VFEA 2V3QA 1MPDA 1FTKA 4OEUA 5CMCA 3N6UA 5CBRA 3FVKA 1QUKA 1IZ1A 3OO8A 1NH8A 4I62A 1A54A 3L6GA 2ZNUA 1J1NA 3K01A 4DE8A 2PYYA 1Z7ME 4F29A 4U2RA 3M3FA 1MPCA 3ZSFA 2HZKA 2O7UA 2XXVA 1Y3NA 4ZEDA 4THIA 2F35A 3L6HA 3PPNA 1GTKA 2DE2A 4H0WA 2HZLA 4I8CA 2REJA 4RPNA 1P1UA 3RTFB 2UVIA 3FUZA 2FNCA 1B9JA 1B5JA 2M8CA 3UIFA 4QSDA 1MM6A 4BDMA 2GHBA 1EU8A 2V3UA 1A55A 1M5DA 1PBQA 3HSTA 1XVXA 3O2AA 1OVBA 3HHFA 4QRZA 5F1QA 3RQTA 4OEVA 3DLNA 4KYEA 5TP9A 3O66A 3CIJA 1MPBA 1RYOA 1BTJA 3FVOA 1US5A 4NWCA 1O64A 5HBCA 3VDFA 2XXHA 4M4GA 1FQEA 4ELQA 1N3XA 1DTGA 4G8MA 2VHAA 3FASA 4BDNA 3IR1A 3S9MC 2D5WA 1PDAA 2F8DA 1MQGA 3USDA 3FVGA 1OVTA 4U4SA 5ISUA 1A7LA 2NUVA 4H8JA 4LZ5A 3IOUA 1DPPA 4K3FA 2QMXA 1SI0A 3O29A 3MVXA 2ZNSA 3VFJA 2XXUA 4OFJA 4BLAA 2BJJX 3SEVA 4RK9A 4EF1A 1H3DA 3CVGA 3IOTA 1ZMGA 5L9MA 2E1SA 4KI0E 2Q2CA 3FZVA 4LP2B 1MG1A 2O69A 3MP1A 2R71A 2OJTA 5AA2D 2QL3A 2I0BA 4ELOA 4QFOA 5KDTA 1POY1 3H6VA 1QJMA 2Q8JA 4O3BA 2RKMA 1MM7A 5DVFA 3ONMA 1A40A 3G7WA 4TLLB 2ALUA 2FA7A 4RY1A 3CSBA 5AA2B 3PUYE 2DE4A 4HW8A 3UK4A 3ZKLA 1YCJA 4PE5B 3K00A 1B6HA 5CMMA 2O7IA 4F1YA 1LLSA 1WODA 4KHZE 3U92A 4ZECA 4KPTA 3Q25A 4HS7A 4BDLA 1TXFA 1JQFA 3QUFA 3IOWA 2RC7A 1FQCA 1IQ7A 5I57B 3MJNA 1URGA 2F78A 3KJTA 2XD2A 1O63A 3B6QA 3B6TA 2QS3A 3GLBA 4OHNA 2OWTA 4L17A 3MAMA 1TFDA 1OLCA 4NWDA 3OO6A 1SI1A 4IO2A 4XKRA 3K0VA 3UORA 1LFIA 1II5A 1B7ZA 1DTZA 3KBRA 4O3CA 4U4XA 3S9NC 5H8NB 4F1VA 1VSOA 1A99A 1T0KA 3Q26A 3TQWA 3TTRA 5TPAA 3IB0A 1FTLA 2I48A 1MQDA 3TMGA 3U94A 4GF8A 2ZYOA 3O6HA 2PT1A 5TU0A 4R2BA 4EUOA 1MH3A 2DQVA 4IO5A 2ABHA 4YMBA 1H76A 3GBAA 1LB9A 2XXRA 5DEXB 3PMXA 2ZYNA 3MVYA 3SKPA 2H98A 1MRPA 3N26A 3VVFA 3H03A 1D4NA 4YKIA 4NEDA 2RC8A 4I9DA 1PBPA 1B5IA 5DT6A 3IL1B 1PEBA 1SD3A 2GHAA 2LAOA 3KOSA 3QUJA 1RKMA 3MP8A 3DM0A 3BKIB 2DS9A 4C1UA 1Q35A 2ZYMA 3LSLA 4NF6A 4Q0CA 3CFLA 5BWJA 5ITOA 2QRYA 2ZNTA 4OFOA 1Y4TA 2NXOA 1HSJA 4JXIA 1N3WA 1B7HA 2VP1A 3U93A 4F3SA 2XXPA 3OOAA 3LR1A 3TFLA 1SW2A 1ATGA 3B7DA 2V84A 3FXRA 3O97A 2OBGA 2XXXA 2V93A 2Y7IA 2Z8EA 4KFQA 4TQUQ 2Z8DA 1VR5A 4UA8A 1IXIA 4IO6A 2V25A 3KEIA 1B3LA 3DELB 3K4UA 4GIZA 4GWOA 2R6GE 1AH5A 3HCQA 3PUZE 4QFNA 5J1DA 1MXUA 2F34A 2UVGA 3G3HA 5KZTA 1BLFA 4JBZA 5I84A 2DVZA 3H6TA 1QKBA 3ODBA 2NVUB 3TELA 1MS7A 1LGBC 3VE1B 4H1XA 5BUUA 2DOJA 3CR9A 1ANFA 5KDTB 3MP6A 3WAEA 1LCTA 4YKPA 1ZU0A 1TT1A 4GLIA 3IJXB 1P1NA 3OEMA 4H5GA 3OMBA 3MZ9A 5I2NA 4EQ9A 3C4MA 4ZEFA 4OYVA 4F2QA 3C31A 3VLUA 4P0GA 4OXVA 5I58B 1KWHA 4QSEA 5JK4A 3MBPA 3W15C 4EQBA 3GZGA 3PUXE 3OO9A 3FATA 4G8HA 1OQHA 3C33A 3GXAA 4PFTA 3FXUA 4NE4A 3FJMA 4GFRA 1MH4A 4GL8A 1HSEA 2THIA 2QJEA 2RCBA 1SW4A 3E3KA 1NH7A 5L9OA 3OXNA 3RTWB 2X7PA 1MXWA 2UYFA 2QSXA 4FECA 3MW0A 2ONSA 4ZDMA 2ESNA 4YKKA 1DMBA 5KCJA 2O51A 4X9TA 5DVJA 3SDFA 4DDDA 3T9XB 4C0RA 3MZBA 3FXQA 5I59B 3BBRA 4R73A 1OIBA 4FATA 4G68A 3KFMA 5H8FA 2XXYA 1JNFA 4EXLA 2P1SA 3DP4A 2F7CA 1MY2A 2XD3A 5I56B 2X7QA 3KG2A 2RCAA 3UP9A 1B05A 2O1MA 3VLWA 1MXXA 4IY6A 4KYSA 4NF4B 1B4HA 4U23A 2FYIA 5JEIA 1MDP1 1UTHB 3G3FA 2Q88A 1NFTA 4KQPA 3TAJA 4NF5A 3IOVA 4DIGA 2F6GA 4YZZA 4ELRA 2OLBA 1LFGA 4F31B 2Y84A 3C34A 3KN7A 5ICQA 4GRKA 3T9UA 1NKXA 3W9VA 5M2VA 1XS5A 3MQ9A 1SW5A 3S2VA 3K02A 5ICTA 3VVEA 1NNFA 1RYXA 5K2XA 1SYHA 3V8XB 2F5XA 2F7BA 5ELVA 1H45A 3SERA 2Y7PA 1IXGA 3MWBA 4RJZA 4GXAA 2A5SA 5F7VA 1JW4A 1B0LA 1IXHA 1B32A 3FGSA 3MPLA 1I6AA 4IO3A 1B1XA 1B1HA 4TLMB 2OZZA 3TTNA 3C9HA 1B0HA 3LC8A 3LSXA 4ZEBA 1USYH 4F39A 4F3PA 1Q1KA 1SW1A 2PMSA 4P0IA 2F36A 3K1MA 3OEKA 2HFBA 3WAFA 3PPOA 2HQ0A 1BP5A 3PPRA 3N94A 1IUDA 3EPEA 4Q30B 3RN8A 2VD2A 2ZMBA 4XKPA 4ELPA 2I6EA 1NNPA 4GVOA 3FD3A 5B70A 3PGFA 3SEYA 2PVUA 4WEDA 2HCAA 2Q2AA 2D21A 3T9VA 2QPQA 1B2HA 4GL0A 4WXJA 2GRVA 3R7XA 4GXSB 5CRYA 3TYHA 4F3GA 2H25A 4OVJA 1B7UA 2B3FA 4PFWA 1P1OA 2X26A 3FJGA 4H5FA 5IKBA 1JEUA 1GVCA 4R2FA 3IO6A 5I2NB 2AIXA 2V3TA 3MVWA 4IY5A 5H8QB 3ILTB 1B3EA 4OTEA 2DYXA 5JTYB 1M5FA 2DWHA 4FORA 4AB5A 3TODA 4QFKA 5DTBA 4WEPA 3ECRA 1S50A 4DZ1A 3S9LC 3Q28A 3LSFB 1PB7A 3PD8A 3ZS6A 4G2ZA 2NOOA 3CFXA 4OESA 5DVIA 1SVXB 2G29A 3OD7A 3RT8A 4F2OA 2YJPA 3S4UA 2F97A 4OENA 5A5XA 3N5LA 4DXBA 3TQLA 4DCYA 4LQ5A 1R1NA 4OWDA 2I3WA 5KCJB 2A5TA 1ZKBA 3IORA 4HTGA 3IB2A 2I4CA 4EXKA 3QIMA 3Q27A 1JW1A 1FTJA 2YPNA 3A3UA 2RC9A 1MY1A 1F9BA 1O7TA 4G68B 4PP0A 1LCFA 5H8FB 1N04A 3M3KA 2REGA 4FJPA 4E0WA 4LQ2A 1YAEA 2B3BA 3O6GA 1UTBA 3FV2A 1LB8A 1AOVA 3OO7A 4N6PA 3QK6A 3ZKKA 4P11A 2WKYA 4G4PA 2AL4A 1MXYA 5IAIA 1LAXA 5HPQA 1LAHE 4N07A 2QMWA 3MC2A 3N6TA 3IJOB 1AL3A 1WVJA 1QVSA 1Y9UA 1URSA 5B7DA 3HV1A 1S9TA 3U1OA 4Z0IA 2DXYA 3DP8A 2G93A 1B3FA 1NNTA 2DWIA 2W7YA 3CRBA 1Y20A 1XC1A 4LZ8A 4ONYA 2DVCA 2DSFA 1SDXA 1LAFE 4KR5A 2D3IA 4LA9A 3I6VA 1B3HA 1JVYA 3TCHA 1H43A 1Z7NE 4QSCA 3TTKA 1LBCA 1TWYA 2XXIA 3O6IA 5TP9B 2VOZA 3K1NA 3BFUA 3I5OA 4ZE8A 3TEPA 1AIVA 1MQHA 3H6WA 1LBBA 4ZEIA 1HSLA 1I69A 4IO7A 2XX7A 1JW5A 1CE2A 4OFLA 3UN6A 5FTIA 1XT8A 2I58A 1SBPA 3FV1A 3TPAA 1QUIA 3HPIA 4KYDA 5DYHA 1R9QA 4H65A 2DWJA 2H4IA 1ZTYA 4GOTA 3FJ7A 4IB2A 5FHMA 3JZJA 5H8HA 3MUQA 4OZ9A 3C35A 1I6QA 4ISUA 3M8UA 1D3KA 1LSTA 1DPEA 3QAXA 3HHGA 3RPWA 3VV5A 4R6HA 1P1WA 1Y3QA 3UGWA 2UYEA 3T9HB 1OMPA 3O28A 4QFLA 2H9BA 2Y7RA 2O68A 5LOMA 2XXQA 4JWYA 2Z22A 2DWAA 5AA3A 1N84A 1R6ZA 2GH9A 2Y7KA 1QKAA 4Q5TA 3VXBA 4YICA 1EH3A 1MQJA 4POXA 2XX8A 2H5YA 1AMFA 4IGTA 4H6DA 3R6UA 4MLQA 4G8NA 4X1BA 5A5XB 5AA2A 1IITA 3JV9A 5ITPA 3THIA 1P99A 4OMBA 1B46A 1MY4A 4RA1A 4Z7EA 3PUWE 4YB5A 3SEUA 1OLAA 4XXUA 4LUBA 1UIVA 1B40A 3LUYA 4G68C 4U1OA 1UTBB 2I3VA 1URDA 2YLNA 1CB6A 4FE8A 3P7IA 3KOTA 3KSXA 4JSOA 3GBBA 4YU0A 4XTCQ 2AL5A 3KN3A 4F19A 2P2AA 1VE4A 4NTLA 1WDNA 1ZLQA 4ZEKA 3F11A 1FQDA 5L8DA 4YB7A 1P1QA 3PMWA 4MH5A 5TPAB 4FEBA 2DP8A 4M1VA 1A8EA 2XX9A 4PETA 1M5EA 3TKDA 1XVYA 1N0TA 2IEEA 1OQGA 3H7MA 3V5AA 1SYIA 5CMBA 2R9JA 4RK2A 4IO4A 3PV0E 4ZZEA 1ELJA 2XXTA 5CMKA 3LBSA 5H8NA 4Q8RA 1FQAA 3D4CA 1N7WA 4R6YA 1M5CA 3VXCA 1M5BA 2Q89A 3S9EA 2Z8FA 3CFZA 3VLVA 3PPQA 2F7AA 2O84X 4PQJA 2DE3A 3HO7A 2GFEA 3QYTA 5DEXA 1JVXA 3U72A 3LSWA 1BIYA 4U21A 5CI5A 5H8SA 4NF6B 1D9YA 1A8FA 1LAGE 3H06B 4EDPA 3PU5A 1IXCA 3RNNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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