3S9LC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 2
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
Knots found
sequence length
674
structure length
515
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transport protein
total genus 115
structure length 515
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC03
3C34A 2XXRA 3I6VA 1IEJA 3OSQA 1OLCA 2P0SA 1XT8A 2F7CA 3FVKA 1XOCA 3TKDA 3TODA 4KYEA 3TTNA 1ZKBA 1Q35A 1XHYA 3QAXA 1ZIUA 5CRYA 2QRYA 3HHFA 1Y3NA 3T96B 1MS7A 2ONKE 2ONRA 1S9TA 2DSFA 1FQAA 1R1NA 2ZNUA 3QSLA 1VFEA 3IOWA 5BUUA 5FHNA 4Q0CA 4NEDA 5F7VA 2O7UA 4X1BA 3PUXE 4JBZA 4YKPA 1M5CA 4DXBA 4G2ZA 3MJNA 3CFLA 5K2YA 4FEBA 4U22A 3E3KA 5I58B 1WVJA 2Z8EA 4YAHX 1ATGA 4F22A 3M8UA 1US4A 2Q89A 1B5JA 5FHOA 5HPQA 1MY1A 1UTHA 2XXHA 3G3GA 3H6VA 3Q25A 1MY4A 4XKRA 5AA1A 1Y4CA 2R71A 3UN6A 2F36A 3RY3A 2XXIA 5L8DA 4F3PA 4KI0E 3GBBA 4ONYA 5TPAA 4BDNA 5FTHA 2VD2A 2Z8DA 1Y4TA 3W9WA 3V5AA 4H65A 4F1YA 1USYE 4FEDA 3IX1A 1B7HA 3KG2A 4QHQA 5CI5A 2F35A 3SERA 1MXXA 2ANJA 4GL8A 5ICQA 4LP2B 3F11A 4XIGQ 3TCHA 1QKAA 1B40A 3FVOA 1LAGE 2OK2A 3C9HA 1A54A 4ZEKA 4LZ7A 5A5XB 1XS5A 5L9MA 5I84A 4R2FA 3OSRA 4GOTA 5DYHA 5H8FA 3RGYA 2VGQA 4C1UA 4KYSA 2I0BA 4I9DA 3QYTA 3MVXA 1MPDA 4NMYA 1SYHA 3OO6A 4OFOA 1IUDA 4XKPA 2A5TA 4G4PA 4G8HA 1JVXA 2P2AA 2X26A 3PU5A 2AL4A 1SD3A 3LSWA 3ONMA 3MP8A 4KPTA 4XKNA 1B6HA 3QK6A 1JW5A 1UTBA 1SW1A 1SW2A 1OVBA 1B05A 1Y3PA 2M8CA 4NTLA 2Y7PA 3Q26A 4WXJA 1D4NA 4QSDA 4R72A 4I8CA 4BLAA 1MQGA 4ZEDA 2V3UA 5CMKA 3V89B 5EYFA 4K3FA 5I57A 1YTVA 4ELPA 3MBPA 3U94A 1UTHB 1N3XA 4IO2A 3K6WA 3N6TA 4F2QA 1MXZA 2OJTA 4ELQA 3R6UA 3AXFA 2DXRA 3C31A 5TPAB 3PMXA 4NE4A 2PMSA 2G93A 3TFLA 1DTGA 2G29A 3USDA 3W15C 4E0WA 1FQCA 3H06B 3LSFB 1PBQA 3FVGA 3OXNA 2XXXA 3PMWA 2CMOA 1OMPA 2F6PA 1MXWA 3D4GA 1B2HA 1MH3A 2VD3A 4EF1A 3I3VA 1OQHA 2LAOA 4RNSA 1TFAA 2VP1A 3BBRA 5B7DA 4PFWA 3DELB 2YLNA 1SI0A 3H3GA 4OFLA 5H8FB 2F7BA 1TFDA 4F3SA 1MY0A 1A7LA 4R9GA 4KCDA 5KZTA 4ZS9A 1H76A 2QS1A 3SEYA 4OETA 3B6WA 3P7IA 1P99A 1LFHA 2XX9A 1MXVA 2A5TB 4OTEA 2RCBA 4GRKA 1FQEA 2V3TA 1YCJA 1MXYA 3EPEA 4U4SA 4ELRA 2HXWA 2H25A 3OO9A 1UTBB 1R6ZA 4ZEIA 4H6DA 3LC8A 2DWAA 3DP4A 3FV2A 1GR2A 2DP8A 4MF3A 4QFPA 4GD5A 4U1OA 1LFIA 1GTKA 2ZYOA 5I57B 4RK9A 3SEWA 2REGA 3G3KA 4M4GA 4O3CA 3S9EA 4F1VA 3ZS6A 1AL3A 3UGWA 3H6UA 2DWIA 4ZECA 4OERA 3RPWA 2Z8FA 4XKQA 4PP0A 5KDTA 5CC2A 4YB7A 1PDAA 3HN0A 2GFEA 3U72A 3HSTA 3SEVA 3TEPA 4F2OA 2QS3A 4H1XA 2D5WA 3MVWA 2HCAA 1M5FA 3S9MC 2UYFA 1UIUA 3PPQA 5EHMA 3OEMA 1A55A 4MLVA 3MW0A 2Z22A 4QSCA 1N7XA 1YAEA 2NXOA 3MPKA 1DMBA 5TP9A 5L9SA 4I1DA 3RUMA 4KHZE 4WKMA 4DZ1A 1WDNA 4JDFA 4R2BA 1EH3A 3KSJA 4TLMB 4P0IA 1FTOA 2B3FA 2O69A 5JTYA 4YB6A 4EUOA 1P1UA 1B3LA 3SKPA 3B7DA 4X48A 1OVTA 2Q88A 1QULA 3O6IA 1J1NA 3KN3A 5CMBA 3DLNA 3VLUA 1A40A 3OMBA 1B1XA 3PMVA 2Q2CA 2ZNSA 3RTFB 3G3FA 4TLLB 4KYDA 2DE3A 3FJGA 2XXWA 4YKJA 3TUSA 2XXTA 1FCKA 3D4CA 1N0TA 3MVYA 4MLQA 4QFLA 1N7WA 3IL1B 4KD5A 1SBPA 3LR1A 1P1QA 3MAMA 4C0RA 5IKBA 1B58A 5HM4B 3TYHA 1SYIA 2O1MA 4H8JA 5AA4A 5H8HA 5KDTB 5A5XA 1M5BA 1IXHA 3HV1A 3UIFA 1MXUA 4GXAA 4N07A 2ESNA 4R74A 1MQIA 5KCJB 3HHGA 4NF5A 3O97A 4FAJA 1O64A 2X7QA 3T9XB 4IY5A 1IZ1A 3FUZA 4JWOA 1MQDA 5J1DA 1HSJA 3B6TA 1JW1A 1B4HA 4KR5A 4IO5A 3TPAA 3S4UA 4I62A 1IXCA 1FQFA 3C35A 2HQ0A 1VFDA 3K01A 5TP9B 1QKBA 3JYRA 1MY2A 3IO6A 1UIVA 1DTZA 5JTYB 3JV9A 3PD8A 2I3VA 4KQPA 4OENA 4GWOA 1LGBC 1H3DA 1QW0A 3V8XB 5JEIA 4PFUA 1KWHA 1N76A 4U1ZA 4WEDA 4LZ8A 4WEPA 3N26A 2O7IA 1FTMA 2YPNA 5I56A 3IJXB 3U93A 2ZYMA 3T22A 4RA1A 1BIYA 3G3IA 1I6BA 4NF4A 3TAJA 1B3EA 4YMBA 1TWYA 4RPOA 1S50A 5FTIA 4HS7A 4THIA 2X7PA 3N94A 1R9QA 4LONB 4EQ7A 1LSTA 1ZBMA 1IXGA 3MUQA 5HBCA 3WAFA 1LAFE 1SW5A 1MDP1 2DS9A 2HZLA 5AA4B 5H8HB 1PC3A 5I2NA 4BDOA 4P0GA 4JB7A 4DCYA 2OZZA 1PB7A 1HSLA 2HEUA 3V83A 1FTLA 5EHSA 1XC1A 1NL5A 4RK2A 1LBBA 2HAUA 4NF5B 2NUVA 4EDPA 4DIGA 2F8DA 1S7YA 4H67A 3IB1A 2XD3A 3TTMA 4HCYA 1NH7A 3GLBA 4HTGA 3I5OA 3VVFA 4GIZA 3KN8A 3IO4A 4KCCA 3CG1A 3K4UA 5AA2D 1CB6A 3L6HA 1OIBA 5H8SA 2OCUA 4OFJA 3MZBA 4ZEFA 3H7MA 3Q29A 2QPQA 3U1OA 3K0VA 4R6KA 2PYYA 2VHAA 2ONSA 4PQJA 2H98A 1O7TA 4YZZA 2RF1A 4GL0A 1ZTYA 3A3UA 4OESA 5I56B 4OMBA 3O9PA 2THIA 3PPRA 4YU0A 1JEUA 2UVJA 5AA2A 4NF4B 2F34A 2H99A 2Q8JA 1B51A 1JETA 3PV0E 2I58A 3EHUA 3ECRA 4X9TA 4F19A 2NOOA 2PT1A 4OZ9A 5AE4A 3G7WA 1T0KA 3MWBA 1GGGA 1ANFA 1IIWA 2IEEA 2RKMA 3K6VA 3TQWA 3EF7A 2HZKA 1PB9A 2PBWA 1B1HA 2WKYA 1XVXA 5I2NB 2XX8A 4FJPA 3MP6A 4UA8A 3WAEA 4LQ2A 1EZ9A 3EN3A 3G3HA 3FZVA 3RQTA 5IAIA 4ELOA 3RT6B 1POY1 1II5A 3OD7A 1POTA 3PPOA 5ITOA 3BFTA 1DPEA 5ICTA 3TELA 2ABHA 1RYXA 4EXLA 3KSXA 4OYVA 1FTJA 3PUWE 3TQLA 2F6GA 4ZZAA 5DVIA 3FVNA 4XTCQ 2AYSA 1B3HA 4DLDA 3MZ9A 3O6HA 2ZNTA 4FE8A 4QFOA 1MPCA 1B7ZA 1BKAA 3S9LC 3KJ7A 5LOMA 1N04A 4JSOA 2XXPA 4YMAA 2XX7A 3S9NC 2OWSA 4F1UA 3RN8A 4U4XA 1B0HA 4KFQA 3FASA 4Q8RA 4LATA 3A3CA 1B5IA 5DEXA 2V3QA 3K1MA 3RNNA 4MFIA 3CIJA 4QF9A 3QIMA 3CSGA 1Y20A 3K00A 3IK6B 1DPPA 4OVJA 3CRBA 3HO7A 5AA2B 1A8EA 2V25A 4H5GA 1JEVA 4IO4A 1YPNA 4QFKA 3O2AA 2DXYA 5KCJA 3H6TA 3FD3A 2RC9A 3UA8A 2QL3A 1GVCA 1ZJLA 3SETA 2R6GE 3BKIB 1LBCA 2OWTA 4R75A 3PPPA 3TZAA 1TXFA 3O66A 2FNCA 4OEVA 3M3LA 2PX1A 3THIA 1N84A 5DVFA 5M2VA 4F18A 1MQJA 4O3AA 1VR5A 3UP9A 4UACA 1MDQA 2F7AA 3LBSA 2DOJA 3N6UA 3BFUA 2H9BA 4F3GA 4AB5A 5DTBA 5CM6A 1LAHE 2PT2A 1IQ7A 3DM0A 3UORA 4JSDA 1B5HA 1P1NA 2I4CA 1LAXA 4NWDA 3JZJA 2XD2A 2I48A 3S2VA 4F29A 4H8IA 1D9YA 3K1PA 2UVIA 1LLSA 4EQBA 4DE8A 1ZMGA 4IO3A 2F78A 4IO6A 4EQ9A 3VLVA 3KBRA 3EHTA 1NNKA 1JNFA 3FXQA 1SI1A 1URSA 4U23A 4DCXA 1Q1KA 2Y84A 5CMCA 1AMFA 4G68A 4OQOA 3RT8A 1FTKA 2DVZA 4YB5A 5CMMA 3RLFE 3CG3A 3C4MA 1BLFA 2IA4A 3Q28A 1MM6A 3K1NA 2XHDA 2DE2A 4IY6A 1IXIA 4LZ5A 4GLIA 2GHAA 3PGFA 5DEXB 1IITA 2H5YA 4PFYA 4IGRA 5BWJA 1F9BA 3IB2A 1PBPA 2ZXTA 5H8NB 1CE2A 2XXYA 2PVUA 3MZ1A 4FECA 2I0CA 2B3BA 2QS4A 4IO7A 2Y7KA 3FXRA 2GH9A 3H6WA 3HCQA 4HCWA 2RINA 1SQYA 1SVXB 4LA9A 5CBSA 3DP8A 2A5SA 3CI8A 5I59A 4GXSB 3T9HB 5DT6A 3ZKKA 4H5FA 3VDFA 2GRVA 1RYOA 4FIMA 1B0LA 4BDRA 4FORA 2OLBA 2QSXA 1B46A 2Y7RA 3H03A 2CZLA 1P1OA 3PUZE 3FGSA 3G3JA 4IB2A 3IOTA 3PD9A 1MM7A 4IGTA 3IB0A 4NF8A 2DYXA 4ESWA 1US5A 4F31B 3PUYE 2Y7WA 3VVDA 2FYIA 2AL5A 3T93B 4XXUA 1I6QA 4HW8A 4AB6A 2Z23A 2RC8A 4PETA 2BJJX 4N13A 1MPBA 4OHNA 2OBGA 1QUIA 2H4IA 3GZGA 1SDXA 3FATA 4ZE8A 2QS2A 3TTLA 4G8NA 2O6AA 2DWHA 1Y3QA 1VSOA 1Y1ZA 3ILTB 5CBRA 4DDDA 2ALUA 3B6QA 4POXA 3OO8A 4G68B 2I4BA 1H43A 3TCFA 2REJA 3QUJA 5ISUA 1RKMA 1USYH 2V93A 2I6EA 3TTRA 1JVYA 1LFGA 1DOTA 3A09A 3TDJA 1B4ZA 1AIVA 3EQ1A 3K6UA 2ZYKA 3CSBA 4MH5A 2QJEA 2D21A 4ISUA 3Q27A 1URDA 2QMWA 2O1LA 2DE4A 1HSEA 4OEUA 3K02A 3FJ7A 1A8FA 3OEKA 4LQ5A 3MP1A 4R6HA 3VE1B 2NWJA 4X1DA 5I59B 3C36A 4G77A 3M3FA 3MC2A 4OWDA 1P1WA 4P11A 4ECFA 4Z7EA 3HPIA 1QJMA 1L5TA 4AQ4A 1NFTA 4RJZA 1ZLQA 3KJTA 3SEXA 1LB8A 3TMGA 1ELJA 1B52A 1PB8A 1NH8A 2O51A 3L6GA 4EXKA 4O3BA 5AA3A 3QXMA 2R9JA 4F3BA 1FW0A 1I6AA 2QMXA 4BDQA 5TU0A 4NF8B 4TOZA 3T9VA 1B7UA 1URGA 5H8QA 4JWXA 5DVJA 3O29A 4RYAA 3MQ9A 4RPNA 5FHMA 3QUFA 2DVCA 4MBPA 4G8MA 3GBAA 2DWJA 1EZPA 4GVOA 4ZZEA 2VOZA 3ODBA 2I3WA 3O6GA 3R26A 3T66A 2Y7IA 3KZGA 3E13X 1Y9UA 2W7YA 2ZMBA 4F39A 2D3IA 4QRZA 2UYEA 2HAVA 4LUBA 4JWYA 1BTJA 1GV8A 1VE4A 2FA7A 4NF6A 3KOSA 4GFRA 4NWCA 3OO7A 3KOTA 2HFBA 3UK4A 2F97A 2E0SA 3RTWB 3FV1A 1NNPA 3W9VA 3K6XA 1AH5A 1R9LA 3MPLA 1B3GA 3SDFA 3ILUB 1H45A 4RXLA 3VFJA 1Z7ME 1EZOA 4U2RA 2KLFA 1N3WA 5B70A 5I2KA 4DXUA 3MVZA 4RY1A 3CR9A 5JK4A 1ZU0A 2Q2AA 4C1TA 3VV5A 4POWA 3FJMA 1OQGA 5K2XA 3OELA 1MG1A 4Z0IA 3IOVA 1A99A 1B3FA 1M5EA 3GXAA 4TQUQ 3SEUA 4YKIA 3LSLA 4GF8A 1M5DA 4YICA 4BDMA 1B32A 3CFXA 3IOUA 3TTKA 2I49A 3O28A 4ZE9A 1LCFA 3ZSFA 3VXBA 3M3KA 4H0WA 2RCAA 1MQHA 5H8QB 1LCTA 1FQBA 3N5LA 2P1SA 4R9FA 2XXQA 1NNFA 4BDLA 3C33A 1SW4A 3E4RA 3U92A 1B9JA 1O63A 1QUKA 5H8NA 1QVSA 3SESA 4ZEBA 3IAZA 4GQOA 2DQVA 4QFNA 4ZDMA 4N6PA 3LUYA 5ELVA 3ZKLA 3E9XA 3K2DA 4Q30B 2UVGA 4NF6B 3KN7A 2AIXA 3FXUA 3IORA 1JW4A 3C32A 3OOAA 2E1SA 3CVGA 3VVEA 3R7XA 5ITPA 2NVUB 2UVHA 1MY3A 1D3KA 1TT1A 2B65A 1NKXA 3TCGA 1D9VA 1MH4A 4L17A 1UQWA 3PUVE 2ZYNA 2GHBA 3H4ZA 3KGCA 1DSNA 1FQDA 5I2KB 1NNTA 1BP5A 4G68C 4YKKA 4FATA 2XXVA 4R6YA 3FIRA 4Q5TA 5I58A 1QUJA 4ESXA 2RC7A 4JXIA 2XXUA 3KFMA 4U21A 3EHSA 4PE5B 3U8QA 1I69A 4DXCA 1AOVA 3KEIA 2YJPA 1PEBA 3T9UA 5F1QA 4EF2A 1NMUA 1Z7NE 3VLWA 2F5XA 3PPNA 1LB9A 4E0XA 1XVYA 3IR1A 4QSEA 1OLAA 3CFZA 1JQFA 3DP6A 2O68A 1H44A 2V84A 5L9OA 1MRPA 1EU8A 3OENA 4M1VA 3IJOB 4OXVA 4PFTA 3VXCA 2UXAA 4ND9A 3LSXA 2O84X 4R73A 1Y1MA 4LVQA 2Q9TA 1WODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C34A 2XXRA 5ET5A 2KQZA 4HXVA 2ZZWA 3I6VA 1IEJA 3OSQA 1OLCA 4MEVA 4GX3A 2P0SA 1IMFA 1XT8A 2F7CA 3FVKA 1XOCA 3TKDA 2ZZVA 4H46A 3TODA 2BJIA 4KYEA 3TTNA 1ZKBA 1Q35A 1XHYA 3QAXA 1ZIUA 5CRYA 2QRYA 3HHFA 1Y3NA 3T96B 1MS7A 2ONKE 4HE2A 2ONRA 4OVTA 1S9TA 2DSFA 1FQAA 1FBGA 1R1NA 2ZNUA 3QSLA 1VFEA 3IOWA 5BUUA 5FHNA 4Q0CA 4NEDA 5F7VA 2O7UA 4PBHA 4X1BA 5EQ9A 3PUXE 4JBZA 4YKPA 1M5CA 4DXBA 4G2ZA 1INPA 3MJNA 3CFLA 4OVQA 4X04A 5K2YA 4FEBA 4U22A 3E3KA 5I58B 1WVJA 2Z8EA 4YAHX 1ATGA 4F22A 3M8UA 1US4A 2Q89A 1B5JA 2Y5KA 5FHOA 5HPQA 1MY1A 1NUYA 1UTHA 2XXHA 3G3GA 3H6VA 3Q25A 2PFZA 1MY4A 4XKRA 5AA1A 5FBPA 1Y4CA 2R71A 3UN6A 2F36A 3RY3A 2XXIA 5EQ8A 5L8DA 4F3PA 4KI0E 3GBBA 4ONYA 4MNIA 5TPAA 4OA4A 4BDNA 5FTHA 2VD2A 2Z8DA 1Y4TA 3W9WA 3V5AA 4H65A 4F1YA 1USYE 4FEDA 1XI6A 3IX1A 1B7HA 3KG2A 4QHQA 5CI5A 2F35A 3SERA 1MXXA 2CZIA 2ANJA 4GL8A 1KA1A 4LP2B 2Y5LA 1FBDA 3F11A 5ICQA 4XIGQ 3TCHA 1QKAA 1B40A 3FVOA 1LBXA 1LAGE 2OK2A 3C9HA 1A54A 4ZEKA 4LZ7A 5A5XB 1XS5A 5L9MA 5I84A 4R2FA 3OSRA 4MHFA 4GOTA 5DYHA 5H8FA 3RGYA 2VGQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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