2E0SA

Carbohydrate recognition of c-terminal half of lactoferrin: crystal structure of the complex of c-lobe with rhamnose at 2.15 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Carbohydrate recognition of C-terminal half of lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-lobe with rhamnose at 2.15 A resolution
rcsb
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2e0sA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2e0sA02
2KLFA 5ITOA 3FXQA 4LVQA 4UACA 2XXUA 3L6GA 3OELA 2DXYA 4XXUA 1SW5A 2R71A 4NF6B 2PT2A 1FQDA 2D3IA 1EH3A 3PU5A 4LZ7A 4TLLB 3C34A 4NF8A 1ATGA 1Y4TA 1LAGE 2A5TB 2XXWA 3WAFA 4F22A 1MY1A 4XIGQ 4KQPA 1LFIA 1VFEA 1B58A 1NNKA 5JK4A 1D9VA 1B5HA 2V84A 4POWA 1A8FA 2DYXA 1N76A 1NL5A 5I57B 1YAEA 3QYTA 2W7YA 5H8NB 3FVOA 4RNSA 4YKPA 4KYDA 2H5YA 1HSJA 4NF4B 2FNCA 5L9SA 4JSDA 3OO6A 2I49A 3TQWA 1PBPA 4HCYA 3PMWA 3V8XB 3TCGA 4QFNA 4E0XA 3S9MC 1LAFE 3PD8A 4MBPA 3C36A 2RINA 1SQYA 1ZLQA 4ELRA 2ZNUA 2Y7IA 4AB6A 4F3BA 2UYEA 4PETA 3K6WA 1YTVA 1NKXA 1QUJA 3MW0A 3IOVA 3FV1A 3TYHA 1Z7ME 4GFRA 4GQOA 4OENA 4P0IA 5F1QA 3FXRA 1US4A 3VDFA 3A09A 3OO7A 1Y3QA 1JEUA 1MQIA 2O7UA 3PGFA 1N7WA 2PVUA 3Q27A 3PPNA 4QSCA 1B05A 2DOJA 1A55A 4TQUQ 4LONB 5CC2A 5M2VA 5I2NB 1YCJA 4X1DA 2ZYMA 1B51A 2PX1A 5ICQA 4MLQA 3E3KA 1NNTA 3VV5A 3LR1A 3AXFA 1IXIA 1QVSA 2QS4A 2Q2CA 1POY1 3RQTA 2Q88A 3K4UA 3IO4A 1NH8A 4LUBA 3SEVA 1I6QA 1PB7A 4G68B 3KBRA 3T66A 2HCAA 1SDXA 2PBWA 4ESWA 3MAMA 5HPQA 5CMCA 4HW8A 1LAHE 2PYYA 4IGTA 3OD7A 3A3CA 3UORA 1MDP1 3FVGA 1JW1A 3W15C 1AH5A 1B3HA 4O3CA 3RN8A 3O66A 4ELQA 2OK2A 1SW4A 2HZLA 3OXNA 3T9VA 1H76A 1MQHA 1LGBC 2IEEA 4EF2A 3IO6A 3MPLA 3OSQA 3PMXA 1URSA 3JV9A 4KFQA 4X48A 3VXCA 2OJTA 3MVWA 4LP2B 4RK9A 5J1DA 3K6UA 4POXA 4OESA 3K2DA 2H98A 2Q2AA 2I58A 3ODBA 3MZ1A 2XXHA 3TEPA 4GL8A 3QIMA 1P1WA 1MXVA 1N04A 1OLAA 1WODA 4Z7EA 1USYH 3QAXA 2HAVA 1B0LA 5H8SA 2F6GA 2OCUA 4ONYA 1OQHA 4FECA 1BLFA 2XXQA 1ZBMA 2QRYA 5EHSA 4DXBA 4R6KA 4ZS9A 3THIA 4ZEFA 4JWYA 1B32A 4N07A 3O6HA 4KR5A 5I58A 5I84A 1FTOA 3TQLA 1PB9A 2DWHA 4HCWA 5TP9B 2QS3A 3HHFA 4ZECA 4JWOA 4DE8A 2DVCA 4RJZA 3MC2A 2X7QA 1Y3PA 3U72A 1S7YA 4ELPA 1Y4CA 4YZZA 3N6UA 2M8CA 1MDQA 1CE2A 3TAJA 3T9UA 2GFEA 4Q0CA 4FIMA 3OENA 3SEXA 3CG3A 4Q8RA 4O3BA 4WXJA 4YKJA 1SI1A 3IL1B 5HBCA 3CSBA 3QUFA 3SEWA 5F7VA 3W9WA 4OVJA 4F18A 3TDJA 1XVXA 2RCAA 3G3GA 2XXYA 4IB2A 4IO3A 1B2HA 1N3XA 2Q8JA 4IY6A 2DSFA 3BKIB 2DQVA 4OETA 3KN7A 3TODA 4RPNA 4PP0A 5I57A 4KYEA 3LBSA 4NF4A 2UVHA 4BDLA 1USYE 3FGSA 3OO9A 3MVXA 3QK6A 4JBZA 1N84A 2ZMBA 4DXCA 3Q26A 1EU8A 3EHUA 3O97A 4H8IA 3ZS6A 4R9GA 1LB9A 5A5XB 2V3TA 3MVYA 3TUSA 3L6HA 5I2KA 4R6HA 1MXXA 4H8JA 3H03A 4JXIA 3G3FA 4BDOA 1MXUA 2UXAA 1GR2A 4ECFA 3U94A 3ONMA 2E1SA 1II5A 1D4NA 3UN6A 1EZ9A 1XVYA 1PDAA 4KI0E 4F31B 5H8FA 3LSWA 3RY3A 2ZYOA 4GD5A 5CBSA 2UYFA 5AA4B 4LQ2A 4U4XA 3D4GA 1B0HA 4QHQA 1MY4A 4K3FA 1OMPA 2VHAA 5I2NA 4F1UA 1MPBA 2O51A 1FTKA 3H3GA 3FD3A 1MXWA 4R2FA 2V3UA 2O7IA 1XT8A 4JSOA 2XD3A 3HN0A 4NF5B 4U21A 3M8UA 3I6VA 4ISUA 3LSLA 4PFYA 5FHMA 1A99A 2QS2A 4BDMA 1JQFA 1JVYA 4R74A 5KCJB 5B7DA 4F1YA 3EHSA 3K6VA 2B65A 1LFGA 2O84X 2XX8A 3ZSFA 4G2ZA 1GTKA 4GRKA 1SBPA 3K02A 4QSEA 2Q9TA 4HS7A 2AL4A 5ISUA 3FASA 3EHTA 5H8HB 4LQ5A 2XXRA 4IY5A 5EYFA 4DDDA 3UK4A 1OVBA 1IXCA 1B5JA 5DEXB 5DVJA 2NOOA 1RYXA 1JW5A 4H6DA 3U92A 3DP8A 1R9LA 3OOAA 3KEIA 1NFTA 2ANJA 3OSRA 2P2AA 4C1TA 3IOTA 2YLNA 5AA3A 4YB7A 3QXMA 3O2AA 4YKIA 3MP6A 1N7XA 3H06B 2CZLA 4UA8A 3MBPA 1MQJA 3BFTA 1J1NA 1Y20A 2OLBA 2Y7RA 2V93A 1DSNA 3KJ7A 3QUJA 2RC7A 3UP9A 3PMVA 4QFLA 1JVXA 1UTBA 5TPAA 3EF7A 2B3FA 4ZDMA 4U1ZA 1ZTYA 1BIYA 5DVFA 2OWTA 2Z23A 1SW2A 2I48A 2QMXA 5L8DA 3KSXA 1B3LA 1MPCA 1TXFA 1B46A 4GVOA 3PPQA 5KDTB 4KYSA 2DP8A 3P7IA 4R75A 3KG2A 1IXGA 4ELOA 1O7TA 1N0TA 3DLNA 4Q5TA 5CM6A 1PBQA 3FXUA 5CMKA 4G8MA 3SKPA 2H99A 4IGRA 3RLFE 3DM0A 1UTHB 1B9JA 4U2RA 2OBGA 5L9OA 1SD3A 2F6PA 4YAHX 3MUQA 1VFDA 1B7UA 4IO5A 1UQWA 3VVEA 1XS5A 3FVNA 2GH9A 2H4IA 3FJMA 2F7CA 3TPAA 1FCKA 3EN3A 2P1SA 3MVZA 3U1OA 3IB0A 2LAOA 3M3LA 1M5CA 3UA8A 4QSDA 3T22A 3H6TA 5EHMA 4MF3A 3O28A 5IAIA 2F35A 2I3WA 3IX1A 4ZEIA 2Z8DA 4XKQA 4QFPA 5AA2A 3C35A 3FZVA 4NTLA 2F8DA 4RY1A 2UVIA 4YB6A 3RGYA 2Z22A 2OWSA 3CFZA 1Q1KA 1BP5A 2ZYKA 4EQ9A 4Q30B 4ZZEA 4EDPA 4HTGA 1B7HA 1IUDA 3KOTA 3F11A 3SETA 1URGA 1JEVA 4QRZA 3K6XA 1EZOA 4MH5A 5B70A 1H43A 2I0BA 4EUOA 5I56A 3U8QA 1MM7A 5DTBA 1GV8A 2DE4A 1B4ZA 1B3FA 4THIA 2UVJA 3RTFB 4BDNA 5ITPA 2O68A 3M3FA 4NF8B 2G93A 2RCBA 1HSLA 3CIJA 3PPOA 3PPPA 4R9FA 3TELA 3SDFA 2NUVA 1FTMA 1URDA 4U23A 3LSFB 3RPWA 4YU0A 5ICTA 4R6YA 2F7BA 3PUZE 2Z8FA 1MQDA 1MY2A 2ALUA 4M1VA 2AL5A 3E4RA 3UGWA 2YPNA 3HHGA 1FTJA 4ZEBA 4F2OA 1I6AA 1B52A 3MZBA 4E0WA 3IJXB 3BFUA 2E0SA 1FQAA 1MY0A 2QPQA 3HPIA 1DTGA 3FVKA 1FTLA 4FEDA 3G7WA 4IO7A 2CMOA 2HEUA 4GF8A 4YMBA 1PEBA 5K2YA 4F1VA 4OFJA 3HV1A 2XX9A 3H4ZA 2PT1A 2FA7A 3S9LC 3LSXA 4ZE8A 1ZMGA 1PC3A 1A40A 2V25A 2BJJX 3B6TA 3MQ9A 4NF6A 3TCHA 1DPEA 4ND9A 2NXOA 4N6PA 5I59B 2P0SA 4EXLA 1MQGA 5HM4B 1R1NA 4LZ5A 3KSJA 4GXSB 2A5TA 1I69A 2F78A 4I8CA 3O6GA 1P1QA 4I9DA 3CRBA 3Q25A 1XHYA 4DLDA 1SYIA 1TWYA 5AA2D 4DIGA 5H8NA 3R26A 1JETA 2HXWA 3DP4A 2RC8A 3K0VA 3GLBA 1TFDA 3FUZA 1Y1MA 3CG1A 2DWAA 4GLIA 1LB8A 1ZIUA 4JB7A 4DZ1A 1CB6A 2ZNTA 3D4CA 4U22A 3A3UA 1FQEA 4OYVA 5FTHA 1SYHA 5CMBA 3VFJA 3MJNA 2AYSA 5KDTA 3KN3A 2D21A 3HCQA 4ZZAA 1KWHA 3B7DA 5CBRA 1B40A 4OTEA 2I4BA 4FJPA 1TFAA 4DCYA 2GHBA 2I0CA 4RXLA 2DE2A 4XKNA 1VSOA 1P1NA 3OEKA 4OZ9A 3S4UA 4EXKA 1NH7A 3G3IA 2O1LA 1UTHA 1IXHA 2DE3A 4TOZA 3VLVA 1QKBA 4G68C 1LSTA 4BLAA 2Z8EA 2F34A 1POTA 3VE1B 4WEPA 1B5IA 2VGQA 4XTCQ 2G29A 3KZGA 2R6GE 4R2BA 1FW0A 5CRYA 3I5OA 3PPRA 3RT6B 1LCTA 1M5FA 3FJ7A 3SERA 1MH3A 3C31A 3JZJA 1NMUA 2F5XA 3CFLA 3V89B 5IKBA 2XXPA 3Q29A 4M4GA 2ONSA 3TKDA 3LC8A 3T93B 4G68A 3CI8A 4PQJA 1BKAA 3G3HA 4OXVA 3B6WA 1ANFA 2AIXA 4XKRA 3UIFA 1A8EA 1SI0A 3Q28A 4G77A 4LA9A 1Z7NE 3PUWE 3K1NA 4GXAA 5I58B 4L17A 3TFLA 3V5AA 3IR1A 4I62A 1FQCA 5DVIA 1ZU0A 1DOTA 2XXXA 4KHZE 1B6HA 3FATA 3HSTA 4PFTA 2A5SA 4RPOA 3QSLA 4F3PA 4GL0A 3EPEA 4H65A 1A54A 3TCFA 2XX7A 1D3KA 3M3KA 3O6IA 3PUXE 3ZKKA 2I4CA 2XHDA 4NWCA 4MLVA 4F19A 3CSGA 1UIUA 2ZYNA 1SVXB 1Y1ZA 4ESXA 3CVGA 3N94A 2XXIA 3OO8A 1H3DA 3O29A 3DP6A 4H1XA 1ELJA 1AIVA 1RYOA 4PFUA 1IITA 1LBBA 3C9HA 4DCXA 1NNPA 4C0RA 1P1UA 5CI5A 3TTMA 3USDA 1MH4A 5LOMA 3C4MA 4KD5A 1SW1A 3N26A 2ONKE 2QJEA 4NMYA 1AOVA 3K01A 5TP9A 1O63A 4IO4A 4PE5B 4F39A 2X26A 3T96B 5H8QB 5AA1A 4EF1A 5I2KB 3H6VA 1P1OA 4OEUA 2Y7WA 4YMAA 2H25A 2O69A 3K1PA 2Y84A 5FHNA 2R9JA 3IK6B 1DPPA 5H8FB 2QS1A 1UIVA 4H67A 3GBAA 3WAEA 4AQ4A 2Y7KA 5I59A 3S2VA 4LZ8A 1QULA 4PFWA 5KZTA 1JNFA 1N3WA 3IORA 4X9TA 1JW4A 3VVFA 1M5BA 2FYIA 3N5LA 1OLCA 4FATA 5DT6A 4OFOA 1Y9UA 1MS7A 3VVDA 3S9EA 3MWBA 4O3AA 4QFKA 4OQOA 3IAZA 4IO2A 3ZKLA 3GBBA 5FHOA 1H44A 3O9PA 5JTYB 3MZ9A 4F3GA 4U4SA 5DYHA 4DXUA 4OERA 3TMGA 4RYAA 1IEJA 2XD2A 4ZE9A 2GHAA 2HQ0A 1LLSA 2DS9A 1T0KA 1B3EA 1O64A 3RNNA 2QMWA 4FORA 3PV0E 5L9MA 2OZZA 4F29A 5A5XA 3ECRA 2H9BA 2F36A 1H45A 3PUYE 2PMSA 4H5FA 3MP8A 1Y3NA 3IB2A 4LATA 1BTJA 3TZAA 3I3VA 2QSXA 4QF9A 1B1HA 4OEVA 4R73A 3R7XA 1EZPA 2XXVA 4NE4A 2REGA 2F97A 3JYRA 5AA4A 2ESNA 3KFMA 2QL3A 3SEYA 1WDNA 1LAXA 1AMFA 1F9BA 1OIBA 2VD3A 3BBRA 3K1MA 1D9YA 2RC9A 1MRPA 5K2XA 2D5WA 1QJMA 3B6QA 4NWDA 1YPNA 2B3BA 3OMBA 3V83A 1DTZA 4NF5A 4X1BA 1I6BA 4G4PA 1MXZA 3T9HB 5BUUA 3H6WA 1UTBB 5TPAB 3VXBA 3MP1A 4N13A 1FQFA 1ZJLA 1PB8A 5KCJA 2O6AA 3EQ1A 1WVJA 1ZKBA 4GOTA 2IA4A 1LCFA 1QUIA 3TTKA 1QUKA 1TT1A 3U93A 3FIRA 4G8HA 1MPDA 1OVTA 4RK2A 1IZ1A 2VP1A 1LFHA 2I3VA 1Q35A 4ZEKA 3PUVE 5H8HA 4R72A 1A7LA 4EQ7A 4EQBA 1M5DA 1QKAA 3IOWA 4WKMA 4H0WA 5DEXA 1B4HA 3RTWB 4H5GA 4AB5A 4FAJA 1VR5A 3LUYA 4QFOA 3FJGA 4ZEDA 5ELVA 4GIZA 2YJPA 2ZNSA 3E9XA 3TTRA 3GXAA 2NWJA 2DVZA 3CFXA 3CR9A 4RA1A 4YICA 2HFBA 1L5TA 3N6TA 3ILTB 4GWOA 1IIWA 3VLWA 1IQ7A 3TTLA 4WEDA 1MG1A 4FEBA 1P99A 5TU0A 2HAUA 1AL3A 2THIA 3DELB 1QW0A 2V3QA 3C33A 4P0GA 2RF1A 4KCCA 5AA2B 3E13X 4YKKA 5FTIA 2GRVA 3PD9A 1MY3A 1RKMA 4MFIA 5JEIA 3W9VA 2Y7PA 2Q89A 3G3KA 4F3SA 2ONRA 4JDFA 3T9XB 3KGCA 3TTNA 1DMBA 3RT8A 4BDQA 5H8QA 2F7AA 3ILUB 2ABHA 4C1UA 1R6ZA 1OQGA 2WKYA 3H6UA 5AE4A 3KOSA 1VE4A 5I56B 3C32A 3SEUA 2X7PA 2VOZA 1LBCA 4KCDA 1B1XA 2DWJA 3KJTA 1XOCA 4YB5A 1B3GA 4BDRA 5CMMA 3G3JA 1GVCA 5BWJA 2ZXTA 3GZGA 4U1OA 2VD2A 2HZKA 2RKMA 4G8NA 1M5EA 2DXRA 4F2QA 1NNFA 3KN8A 4KPTA 1R9QA 3VLUA 3IOUA 2DWIA 3MPKA 1S9TA 4OWDA 3IB1A 3R6UA 1MM6A 3FV2A 3HO7A 3K00A 3RUMA 2O1MA 3IJOB 3OEMA 1B7ZA 5JTYA 1S50A 1FQBA 1US5A 2NVUB 1GGGA 4NEDA 4Z0IA 4OHNA 4FE8A 3S9NC 2REJA 3H7MA 1HSEA 3SESA 1XC1A 4OMBA 4JWXA 4XKPA 4I1DA 2UVGA 2XXTA 4P11A 4TLMB 2I6EA 1MXYA 4OFLA 4IO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KLFA 5ITOA 3FXQA 4LVQA 4UACA 4X04A 2XXUA 3L6GA 3OELA 2DXYA 4XXUA 1SW5A 2R71A 4NF6B 5IZZA 2PT2A 4N15A 1FQDA 2Q8MA 2VPNA 2D3IA 1EH3A 4PE3A 5I7IA 3PU5A 4LZ7A 4TLLB 3C34A 3LV0A 4NF8A 1ATGA 1Y4TA 1LAGE 1DK4A 2A5TB 2XXWA 3WAFA 1FSAA 4F22A 2F3BA 1MY1A 4XIGQ 4KQPA 4N91A 1LFIA 1VFEA 1B58A 1NNKA 3A29A 5JK4A 1D9VA 1B5HA 2V84A 4NG7A 4POWA 1FJ6A 1A8FA 2DYXA 1N76A 1NL5A 5I57B 1YAEA 3QYTA 2W7YA 5H8NB 3FVOA 4RNSA 4YKPA 4KYDA 2H5YA 1HSJA 4NF4B 1QGXA 1NUWA 2FNCA 1D9QA 5L9SA 4JSDA 3OO6A 2I49A 3TQWA 4N17A 1PBPA 4HCYA 3PMWA 1IMFA 3V8XB 3TCGA 4QFNA 4E0XA 1JP4A 3S9MC 1LAFE 3PD8A 4MBPA 3C36A 2RINA 1SQYA 1ZLQA 4ELRA 2ZNUA 2Y7IA 3T0JA 4HXVA 4AB6A 2B4LA 4F3BA 2UYEA 4PETA 3K6WA 1YTVA 1NKXA 1QUJA 3MW0A 3IOVA 3FV1A 4QXDA 4OVRA 1FPGA 5ET8A 3TYHA 1Z7ME 4GFRA 4OVSA 4GQOA 4OENA 4P0IA 2VPOA 1EYJA 5F1QA 3FXRA 1US4A 3VDFA 3A09A 3OO7A 3RYDA 1Y3QA 4MJOA 1JEUA 1MQIA 2O7UA 3PGFA 1N7WA 2PVUA 3Q27A 3PPNA 4QSCA 1B05A 2DOJA 1A55A 4TQUQ 4LONB 5CC2A 5M2VA 5I2NB 1YCJA 1LBYA 4X1DA 2QVUA 2ZYMA 1B51A 2PX1A 2V4CA 5ICQA 4MLQA 3MSTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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