3TUSA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with meta-hydroxy benzoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Meta-hydroxy benzoic acid at 2.5 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tusA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tusA02
3L6HA 2WKYA 3T93B 2Z8EA 2UVGA 3LSXA 1OMPA 3MW0A 1DTZA 4NWCA 4OEVA 2R6GE 3ECRA 5I58B 3KN7A 3Q25A 3A09A 4KHZE 1VFDA 1A7LA 3FZVA 3TCFA 1Q35A 1H45A 1MY3A 4BDRA 1TXFA 3MPKA 5DYHA 3LR1A 1Y1ZA 3MVYA 4AB5A 1B58A 1LSTA 4YAHX 3TTNA 2M8CA 4EQ7A 3FVKA 3OELA 2Z22A 2IA4A 1VFEA 3OOAA 2REJA 5KDTB 2NXOA 2I48A 3TQLA 3HN0A 5H8SA 2F36A 2PVUA 1CE2A 2O69A 2DXYA 1DSNA 2F97A 3PUZE 4YKJA 4IO5A 3C36A 4NF5A 4GQOA 1QULA 4WKMA 1B51A 2A5TB 3EHTA 3HCQA 2W7YA 1QW0A 1B5IA 1R9LA 4KD5A 4I9DA 3BFTA 1S9TA 4X48A 1HSJA 2Q89A 2DWHA 2GFEA 3B7DA 4FECA 2ZYKA 3GBBA 3C31A 4GWOA 3CSGA 1LCTA 4F19A 2Y7RA 4RYAA 4GOTA 3SESA 5CI5A 3CG1A 4MBPA 3ODBA 3PPOA 3JZJA 5TPAB 2P2AA 2ZYMA 3RY3A 3IR1A 3L6GA 2R9JA 4JBZA 5TP9B 3FXQA 1SDXA 5CMKA 3OEMA 4G68A 5A5XA 3VE1B 1UQWA 3DP4A 3OO6A 2DSFA 3OSQA 1O7TA 4IB2A 2I0BA 4JWOA 4IO7A 2F5XA 1SD3A 5ISUA 3UK4A 1Y4CA 4DXBA 4BDLA 3T9VA 5F7VA 4XXUA 2QL3A 2F6GA 4QHQA 1FQFA 5AA1A 4OQOA 1ZMGA 1QUIA 3PU5A 4R2FA 2DVZA 4G8MA 5AA2D 2B3BA 1IXIA 2XXUA 5H8FA 1FQBA 5B70A 2DE2A 5HM4B 3SEVA 2F35A 2AL5A 5KCJA 3QAXA 3V5AA 3FUZA 3FV1A 1IXCA 5H8NB 3VXBA 4O3AA 1BLFA 4YB6A 1US5A 5DT6A 3BFUA 2DE3A 1OVBA 4LQ5A 1B40A 1DOTA 3LSWA 5I59A 3MP1A 4NTLA 4TQUQ 2NOOA 1MPDA 4MLVA 4R9FA 4OFOA 3GZGA 3VVDA 1MQHA 2I6EA 3CRBA 5K2YA 2XXHA 3FVNA 3HO7A 5JTYB 3KG2A 2HEUA 3VLUA 4XKNA 3PPNA 1URSA 1M5CA 2RINA 3OMBA 2DQVA 1AH5A 1MPCA 3H06B 3MC2A 4DDDA 1B6HA 2G93A 1M5BA 2F8DA 3R6UA 1O63A 1URDA 1N3XA 4F31B 3HHGA 2R71A 3FJGA 3B6WA 2V84A 4LZ8A 3TTRA 1LAXA 3EPEA 1P99A 3IJOB 4JDFA 2I3VA 1B3LA 3K6VA 1B7HA 4BDQA 4Q30B 4FE8A 1LAGE 4QFOA 1NNFA 3OO8A 1B4ZA 4ONYA 4ZEIA 5FHOA 5CMBA 2XX9A 1SYHA 1SBPA 4RJZA 1AMFA 3K0VA 4R6HA 1IQ7A 2OCUA 4ELRA 4QF9A 4U4SA 1OLAA 1A8FA 1B0HA 5EYFA 5LOMA 2THIA 4LVQA 2YLNA 2QJEA 1D4NA 2V93A 3A3CA 2B3FA 3RPWA 1XOCA 2VOZA 1GV8A 2I3WA 4AB6A 2XXIA 3DP8A 1PDAA 3SKPA 5DEXA 4ELQA 3V8XB 3BKIB 4FIMA 3E3KA 4RK9A 1AOVA 2Z8FA 4L17A 2H4IA 3Q26A 1P1QA 2Q2AA 2OWSA 2HZKA 4FEBA 3O97A 2O51A 5CRYA 2QS4A 4OFLA 3KN8A 1Y4TA 1TFAA 1LAHE 1XC1A 3GBAA 4F1VA 3IOUA 3H6VA 5F1QA 2DWJA 1ELJA 2XXTA 2RF1A 4M4GA 3GLBA 4DCXA 1XT8A 5CBRA 2O68A 3G3JA 3O28A 1XS5A 1RYOA 4KCDA 3THIA 3FV2A 3MWBA 5CC2A 4R72A 3TELA 3QUJA 3S9NC 4LUBA 2NVUB 4IO2A 2IEEA 1B7ZA 1MM7A 1USYE 4Z0IA 5HPQA 1I6QA 5H8QA 4N6PA 1B05A 3EF7A 2VHAA 2X7QA 1KWHA 4F3GA 2QS3A 2X7PA 4IGRA 3MQ9A 2F7CA 2DP8A 2PX1A 4G2ZA 4EDPA 3VVEA 3U94A 3DP6A 4PQJA 1IIWA 3C4MA 3PD8A 3RUMA 1MPBA 4H67A 4POWA 4OENA 2HCAA 3MUQA 5I2NB 1SVXB 3K00A 3K1MA 4KPTA 2XD3A 4ZECA 3MVZA 4YZZA 1SW5A 4DXCA 1JEUA 4QSDA 3FJ7A 4KYDA 3TZAA 3D4CA 4LONB 4N07A 4GXAA 3T96B 4H0WA 4NF4B 1USYH 1RKMA 3KOSA 4GL8A 3W9VA 2XXXA 1B3HA 4ELOA 4H6DA 4BDOA 4KYSA 4JXIA 2F7AA 1JEVA 3ZS6A 4GIZA 4G77A 1NKXA 3IK6B 5I2KB 3EQ1A 2Q2CA 4OETA 5TU0A 2HFBA 4OXVA 4F22A 4O3BA 5HBCA 5DVIA 4U4XA 4GD5A 3PUYE 4KI0E 5AA4B 2DWAA 4EUOA 1JW5A 4ZE8A 4ZS9A 2F7BA 3B6TA 2UVJA 2QSXA 3C33A 4XKQA 4DZ1A 1LFIA 3TCHA 1B5JA 1T0KA 3TTLA 1N84A 2OBGA 4OMBA 3S9MC 4NE4A 4DIGA 2I4CA 3TAJA 1F9BA 1N3WA 4FEDA 4EQ9A 1LGBC 3IB1A 4OESA 1N7XA 4P11A 2HQ0A 4F29A 1B1XA 4KYEA 3G3FA 3RTFB 1S50A 3KSXA 1UTBB 5FHNA 3TQWA 4FJPA 1FTOA 3K01A 4FAJA 4P0GA 4DLDA 2ONKE 4O3CA 4K3FA 2VD3A 2XXRA 1B3EA 1FW0A 1H3DA 1AL3A 4EF2A 3D4GA 4OERA 1GTKA 1HSEA 1ZTYA 4ZEKA 2DWIA 1MXXA 4OYVA 4XIGQ 4JB7A 1Y3PA 1OVTA 1H43A 5I57B 4G4PA 4ND9A 5ITOA 4F39A 4NMYA 3CVGA 4U23A 4MF3A 3OEKA 2QRYA 3SERA 5I58A 5DVJA 1N7WA 5DVFA 4TLMB 1EU8A 1FTLA 4IY6A 2H5YA 5I2KA 1YCJA 3CG3A 1B2HA 3G3GA 4JWXA 3SEUA 4E0WA 5B7DA 5H8HB 3OO7A 5CMMA 2YJPA 4GRKA 1FTMA 4X1BA 4NWDA 1VR5A 3IOWA 3TCGA 2ABHA 4IGTA 4PFTA 3FJMA 3ZSFA 5AA4A 3KZGA 3UGWA 5AE4A 3VFJA 3TTKA 4ESWA 1ZLQA 1DTGA 3CFXA 5KDTA 3B6QA 1UTHB 3MVWA 2E1SA 1NFTA 4YKKA 1Y20A 3O6HA 5L9OA 2ZXTA 3QK6A 3R7XA 3K6UA 4IO3A 1XVXA 1BKAA 1P1NA 2QS2A 4UA8A 5AA2B 5K2XA 3MZ1A 3ONMA 2QS1A 3FIRA 3H3GA 2H25A 2A5TA 3PPQA 2ONSA 4R6YA 3FD3A 3K1NA 3FVGA 4U21A 4JSDA 1VE4A 1L5TA 2V25A 5J1DA 4RNSA 4GF8A 1SQYA 2B65A 4ZEFA 1N0TA 3TTMA 4PE5B 2OWTA 1GVCA 1IXHA 2I58A 3MPLA 3HPIA 4R75A 3JYRA 2XXQA 1MS7A 4F3SA 1DMBA 3TODA 1LFHA 4PP0A 4ZDMA 4F1YA 3C9HA 5TPAA 4F2OA 4BLAA 3A3UA 3FVOA 4NF8B 4I8CA 5TP9A 3DELB 3DM0A 3PMXA 2ZNUA 2X26A 5ELVA 3UIFA 2Z8DA 2QPQA 3KJTA 4YU0A 3ILUB 3O66A 1B3FA 4UACA 4QFPA 2PT1A 1NMUA 3T9HB 1JVYA 3I6VA 1HSLA 1LCFA 1R9QA 4OHNA 3O2AA 4EXLA 3OXNA 3PMVA 4YB5A 2Q8JA 1SI0A 4DCYA 4YB7A 3OO9A 3P7IA 1B7UA 1FQAA 1M5DA 1B32A 3TFLA 3U92A 5CBSA 5I56B 3UP9A 3PUVE 1MQGA 1PC3A 2VGQA 1PBPA 4EF1A 3KEIA 1Y1MA 3H6WA 1MXUA 2Y7KA 5L9SA 1QUKA 2RC8A 1UIUA 1P1WA 2F6PA 5H8NA 4OTEA 1SW2A 3QXMA 1OLCA 1QJMA 3IL1B 2FYIA 4XKPA 4I1DA 3G3HA 3IO6A 1M5FA 3KGCA 2H9BA 2O6AA 2Y7PA 1H44A 2REGA 4RXLA 3PPPA 3E13X 1PEBA 1JQFA 3UA8A 1LBCA 3M8UA 3H7MA 1B52A 3E4RA 4QSCA 3FATA 4BDNA 4RPOA 2OJTA 3O6IA 3W9WA 2RCBA 1NNKA 2XXYA 3USDA 2AL4A 1CB6A 4F2QA 1TT1A 5L9MA 5JTYA 5DTBA 1Z7NE 1MH4A 1ANFA 2QMWA 4KFQA 3TMGA 3MP6A 3FGSA 1XVYA 4Q0CA 1R1NA 1B46A 3IO4A 3ILTB 2ZYOA 1SW1A 2H99A 1NL5A 4H65A 1B1HA 3CI8A 4HCYA 4KR5A 1ZKBA 3U1OA 4PFWA 2DE4A 4C1TA 2H98A 1IEJA 4NF5B 1MXWA 2CMOA 4QFLA 3KBRA 2I49A 4R74A 1Z7ME 1WODA 4TOZA 2HAVA 5IAIA 3EHSA 3OENA 1JETA 3MAMA 3JV9A 2D5WA 1S7YA 1POY1 3I3VA 1OIBA 5KZTA 3N26A 3CR9A 2O7UA 1UIVA 1H76A 1YTVA 3IB0A 1JW1A 3T9UA 3IOVA 1Y3NA 1MH3A 3K6WA 1O64A 1LB9A 1SW4A 3O9PA 4HW8A 2PT2A 2UYEA 3PMWA 4PFUA 4G68C 1FTKA 4LATA 4LZ7A 4F18A 4ZEBA 3H6TA 5FTIA 1PB8A 3KSJA 4G68B 3DLNA 5A5XB 4Q5TA 1QKBA 1BTJA 2HAUA 3G3IA 5EHMA 2CZLA 2PYYA 1MQDA 2Z23A 3K02A 3UORA 4H5GA 4QSEA 4Q8RA 3UN6A 3VV5A 3U8QA 2GHBA 4THIA 1ZIUA 3RN8A 3HV1A 4YKPA 3RTWB 3S4UA 1II5A 1FQEA 3C35A 1QUJA 2RC7A 3MBPA 1B9JA 2KLFA 1A55A 3IB2A 1B4HA 1PBQA 4HS7A 5H8FB 2ESNA 4GLIA 2RC9A 1NH7A 3CIJA 1FQCA 5KCJB 2V3TA 2ONRA 2PBWA 3TYHA 1EZOA 4PETA 3RT8A 3ZKLA 4H8JA 3PUWE 3OSRA 1NNPA 4P0IA 1A40A 1MY4A 3LBSA 3U72A 4LP2B 3IOTA 3VXCA 3SETA 3E9XA 3MP8A 5I59B 4QFNA 3H4ZA 5EHSA 3TDJA 5I84A 3C34A 3TEPA 4X9TA 1ZJLA 3TPAA 2ALUA 1NNTA 4R9GA 4U2RA 2XXPA 5I2NA 4YMBA 1PB7A 3PUXE 1R6ZA 4XTCQ 3WAEA 3S2VA 4U1ZA 3LSLA 2FA7A 3SEYA 3MZ9A 3MVXA 2FNCA 1M5EA 2O84X 1Y3QA 4C1UA 1B5HA 3V83A 3S9EA 4GFRA 1J1NA 3Q29A 4NF4A 2GHAA 5ITPA 3M3FA 4RA1A 2XXVA 2P0SA 4H1XA 4XKRA 1MM6A 2HXWA 3TKDA 3HSTA 3QUFA 3CSBA 1ZBMA 3PGFA 2OLBA 2OK2A 4OEUA 4ECFA 4GL0A 4WEPA 1MY2A 3KJ7A 4DE8A 2A5SA 4EXKA 2ZYNA 5ICQA 3IAZA 4OFJA 4ELPA 2OZZA 1N04A 1EH3A 2XD2A 3RNNA 1WVJA 4H5FA 4KCCA 3RGYA 3T22A 1YAEA 3PV0E 3OD7A 1JNFA 1MDP1 3H6UA 3R26A 2GH9A 1IZ1A 4F3BA 5DEXB 4H8IA 1GR2A 3QYTA 2O1LA 2AIXA 4OWDA 1LBBA 4ZZEA 3N6TA 3O29A 4OVJA 1JVXA 4HCWA 2Q88A 1MXVA 3S9LC 3AXFA 2LAOA 5JEIA 1ATGA 1A8EA 2P1SA 4POXA 3VLWA 1YPNA 2ZNSA 3CFLA 2DVCA 1FQDA 3K4UA 4Z7EA 4GVOA 5AA3A 1VSOA 3FXRA 1AIVA 2XX7A 2Y7IA 5L8DA 3RLFE 1UTBA 3G3KA 2F34A 1JW4A 1BIYA 3K1PA 3ZKKA 1PB9A 3F11A 4LQ2A 2Y84A 4U1OA 2HZLA 2BJJX 5H8QB 3VDFA 1MDQA 1LFGA 4ESXA 3Q27A 3K6XA 1BP5A 4FORA 1D9YA 1EZ9A 4LA9A 1P1UA 4YICA 4GXSB 4F1UA 3KFMA 4ZZAA 4ISUA 3QSLA 5IKBA 2E0SA 2D3IA 1QVSA 2UVIA 3K2DA 3M3KA 2O1MA 5I57A 5JK4A 2I4BA 1NH8A 4TLLB 3RT6B 2ANJA 1MRPA 5BWJA 3LUYA 1D9VA 2UVHA 1A54A 4EQBA 4QRZA 2NWJA 2G29A 1TFDA 4WEDA 3FASA 4ZE9A 1ZU0A 3BBRA 2UYFA 3Q28A 3T66A 1DPEA 1SYIA 1XHYA 5H8HA 4FATA 1IUDA 1B0LA 2YPNA 4YKIA 1MY0A 1B3GA 3TUSA 2V3QA 3LSFB 3N94A 3KN3A 4OZ9A 3EHUA 1SI1A 4G8NA 1OQGA 4NF6B 1DPPA 4U22A 4G8HA 1OQHA 5CM6A 4YMAA 4IO6A 3KOTA 2VD2A 1FTJA 1MG1A 2PMSA 1I6BA 4X1DA 1LLSA 3HHFA 1MXYA 2GRVA 4E0XA 1UTHA 3O6GA 3C32A 1MQJA 3U93A 2QMXA 3CFZA 4MLQA 3MZBA 2D21A 2V3UA 3SEXA 4F3PA 1N76A 5AA2A 4M1VA 2RCAA 1D3KA 3SDFA 3VVFA 2Y7WA 1TWYA 4QFKA 4MFIA 5CMCA 2O7IA 3EN3A 2DXRA 1WDNA 4N13A 1LAFE 2DYXA 4RY1A 4IO4A 3IORA 4R2BA 1FCKA 3W15C 2ZNTA 3N5LA 4NEDA 4ZEDA 3IJXB 2XX8A 2VP1A 2XXWA 3V89B 4BDMA 2DS9A 1LB8A 4KQPA 4JWYA 1I6AA 4R73A 1IXGA 5M2VA 3LC8A 4NF8A 4R6KA 2AYSA 2XHDA 3FXUA 2ZMBA 3QIMA 3GXAA 4JSOA 2RKMA 3N6UA 3RQTA 1URGA 4PFYA 2I0CA 4WXJA 5FTHA 4DXUA 3I5OA 5BUUA 1Q1KA 4AQ4A 3IX1A 5ICTA 4HTGA 1IITA 1A99A 1Y9UA 4LZ5A 1MY1A 1GGGA 1P1OA 3MJNA 4I62A 3G7WA 4MH5A 2DOJA 1EZPA 1MXZA 3T9XB 5I56A 3WAFA 1US4A 3PD9A 1MQIA 2NUVA 4RK2A 3H03A 1I69A 4C0RA 2Q9TA 5FHMA 3M3LA 1POTA 4NF6A 4RPNA 1RYXA 1QKAA 4IY5A 3SEWA 2UXAA 2F78A 3VLVA 3PPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4HE1A 2QL3A 2F6GA 4QHQA 1RDXA 1FQFA 5AA1A 4OQOA 2FVZA 1ZMGA 1QUIA 3PU5A 4NGUA 4R2FA 2DVZA 4PAIA 4G8MA 5AA2D 2B3BA 1IXIA 2XXUA 4OANA 3ROJA 5H8FA 1FQBA 5B70A 4NN3A 2DE2A 5HM4B 3SEVA 2F35A 2AL5A 5KCJA 3QAXA 3V5AA 3NOHA 3FUZA 3FV1A 1IXCA 5H8NB 3VXBA 4JVDA 4O3AA 4QXDA 1BLFA 4YB6A 1US5A 5DT6A 3BFUA 2DE3A 5IM2A 3LV0A 1OVBA 4LQ5A 1B40A 1DOTA 3LSWA 4JVCA 5I59A 3MP1A 4NTLA 4TQUQ 2NOOA 1MPDA 1FPGA 4MLVA 4R9FA 4OFOA 4UABA 3GZGA 3VVDA 1MQHA 2I6EA 3CRBA 5K2YA 2XXHA 3HFUA 3FVNA 3HO7A 5JTYB 3KG2A 2HEUA 3VLUA 4XKNA 3PPNA 1URSA 1M5CA 2RINA 3OMBA 2DQVA 1AH5A 1MPCA 3H06B 3MC2A 4DDDA 1B6HA 2G93A 1M5BA 2F8DA 3R6UA 2JJKA 1O63A 1URDA 1N3XA 4F31B 3HHGA 2R71A 3FJGA 3B6WA 2V84A 4LZ8A 3TTRA 1NV0A 1LAXA 3EPEA 4MNPA 1P99A 3IJOB 4JDFA 2I3VA 1B3LA 3K6VA 1B7HA 5EQ8A 4BDQA 4Q30B 4FE8A 1LAGE 4MIJA 4QFOA 1NNFA 3OO8A 1B4ZA 4ONYA 4ZEIA 4MHFA 4NG7A 5FHOA 5CMBA 4LN5A 2XX9A 1SYHA 1SBPA 4RJZA 1AMFA 3K0VA 4R6HA 1IQ7A 2OCUA 4ELRA 4QF9A 4U4SA 4PE3A 1OLAA 1A8FA 1B0HA 5EYFA 5LOMA 4OVSA 2THIA 4LVQA 2YLNA 2QJEA 2B4MA 1D4NA 1RDYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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