3VLUA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with saturated trimannuronate
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
total genus 186
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vluA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vluA02
3RPWA 3OO7A 2F7AA 3VLVA 3K4UA 2NXOA 1DSNA 4FAJA 3EHTA 1AH5A 5FHMA 3BBRA 2OLBA 3KJ7A 2W7YA 3G3GA 5ITOA 3OOAA 1XC1A 4FORA 4PFWA 2Z23A 1I69A 3C35A 3B6QA 3W9VA 1N0TA 3ODBA 3PMXA 4G8HA 2F97A 4ZEFA 3MZ1A 5I59B 4FEBA 1FQCA 3MQ9A 4JDFA 1FTJA 5JTYA 1LGBC 4U21A 3ILUB 1P1QA 1HSEA 3OD7A 1LAXA 5B70A 4AQ4A 1MXWA 5B7DA 1A55A 4ZDMA 3DELB 4L17A 2NUVA 3TTLA 4GLIA 2KLFA 4JSOA 3PD9A 2VGQA 2XD3A 1TFAA 4U23A 1ZBMA 4NF5B 3Q26A 3D4GA 1H44A 1GV8A 3VLWA 5TU0A 2A5TB 5KDTB 3C31A 3K0VA 3L6HA 2Y7PA 3T93B 4BLAA 2XXVA 1Y20A 3FJMA 4QHQA 4P0IA 2V25A 4DLDA 4O3AA 2UVHA 4HCWA 5DEXB 3OO9A 1H76A 3U1OA 3DP4A 4QFKA 3RT6B 4NWDA 4GL0A 1TWYA 1H45A 4H65A 3T9XB 4XIGQ 4FEDA 3OEMA 2AIXA 4OEVA 4FATA 1A7LA 1IITA 5KCJB 2Y7WA 1IXIA 2REJA 1SW2A 4FIMA 2F36A 3FVOA 3DP6A 1BTJA 4F3SA 3JYRA 2UXAA 1PBQA 3TQWA 4LZ7A 1MY3A 3BFTA 4UA8A 1NH7A 2LAOA 2OWTA 3KFMA 3IO6A 3MVWA 3PUYE 3O97A 1ZJLA 1FCKA 5EHSA 5CMBA 3QYTA 3M3KA 4R74A 4HS7A 1B3LA 5I59A 5DVFA 4JXIA 4IO3A 1UIUA 1FTLA 4YB7A 4NF4A 2QS3A 3T66A 1MM6A 4IB2A 1M5BA 4IO6A 3UN6A 3OXNA 2ZYMA 4ZEBA 2FNCA 1O64A 3K01A 2ONKE 4F3GA 2QJEA 3PPRA 2QS1A 2I0CA 5K2XA 2I49A 3K6XA 5I2KA 2UVJA 4U4XA 2E0SA 1JW1A 2DP8A 3HN0A 3Q25A 4YICA 1US5A 4NEDA 4XKNA 5FHOA 3K6UA 1KWHA 4FJPA 1GTKA 1QULA 2H9BA 5EYFA 3QK6A 5I84A 3IORA 3FV1A 1HSJA 4QF9A 3MUQA 4OQOA 3KN8A 5HBCA 1NNPA 2A5TA 3VXBA 4KR5A 2F8DA 3LSWA 1LAFE 1B4ZA 4LVQA 1P1OA 1RKMA 3PMWA 1PDAA 3I3VA 4RA1A 4TLLB 3EHUA 1US4A 3OSRA 1QKAA 4PQJA 1PB9A 5CBSA 4H8JA 4ESWA 2GH9A 1JVYA 4X1BA 4GXAA 1RYOA 1URDA 3ILTB 3MBPA 3MZBA 1B3FA 3EN3A 4QRZA 3B7DA 4P0GA 3M3FA 1P1NA 5KCJA 3OO8A 5DVJA 4EQ9A 1NL5A 1ANFA 3E3KA 2HQ0A 1SYHA 2I4BA 1EZPA 3D4CA 3AXFA 1UTBB 1FQBA 3MC2A 1FQDA 1IXGA 1JEUA 3P7IA 2PVUA 4WEDA 2GRVA 2F7CA 3PPOA 4Q8RA 2Y7KA 4BDOA 2DVZA 5ICTA 4F19A 1Y4CA 3SDFA 2RCBA 3LUYA 2VP1A 3T96B 2RCAA 2ZYKA 3UA8A 1AIVA 1MQHA 2OCUA 1Z7ME 5ICQA 4I62A 3UIFA 3FJGA 1USYE 1OIBA 5DTBA 1MH4A 3SEXA 2ZYNA 2XD2A 4Q30B 3RTWB 2DSFA 1F9BA 4GWOA 1SW4A 1MG1A 4KHZE 2QMXA 3C32A 3C9HA 4G8MA 4BDNA 1PBPA 1O7TA 1WODA 3U94A 1ZLQA 3RT8A 3JZJA 3G7WA 5AA3A 3C34A 3HSTA 3K2DA 1MQIA 3VVFA 1B46A 3A3CA 2ZXTA 1NH8A 4PFYA 1B7HA 3KN7A 3MWBA 3IJXB 3U8QA 4RYAA 4OENA 3F11A 1A8EA 1TXFA 2IEEA 2QPQA 4YKKA 2DE3A 2V3QA 3HHFA 3W15C 3G3IA 3G3JA 4OZ9A 3ONMA 2AYSA 3PPNA 2I58A 4ZZEA 4I8CA 1WVJA 2O7IA 4PFTA 5LOMA 2ESNA 2P1SA 3MPKA 4C1TA 1M5FA 1GGGA 4R9GA 4YB5A 3M8UA 5TPAA 1OVTA 2O68A 4RK2A 2GHBA 3USDA 2Q88A 1B0HA 1LBBA 5I58A 4IO5A 4HCYA 5AA1A 3VVDA 2Q9TA 1UTHA 3KSJA 4KI0E 4POWA 1B6HA 1MY2A 5L8DA 2RF1A 4JB7A 5L9SA 4EXLA 1R9LA 3E13X 2I4CA 5CC2A 5ITPA 3O28A 4IY6A 2ZNSA 2UYFA 4P11A 4FE8A 3ZS6A 1QUKA 4XKPA 4F39A 2NVUB 1HSLA 1B58A 4AB5A 3OSQA 4X48A 4TLMB 1MS7A 4WKMA 4G68A 1P99A 1B4HA 1Y1ZA 2ZYOA 2HZKA 3UP9A 1XOCA 4YKPA 2ONRA 3O2AA 3H7MA 4NF8B 4H0WA 1GVCA 2XXUA 4MLQA 4OETA 1YPNA 4IGTA 5IKBA 4NF4B 3FVNA 2VOZA 3QUJA 2O1LA 2QL3A 4MFIA 5J1DA 3KEIA 2RC9A 3FXQA 2ABHA 3FXRA 1LAGE 5AA2A 3Q28A 3CRBA 3IJOB 3HO7A 4DE8A 1H43A 3CSBA 1JEVA 3I5OA 3IB0A 2RC8A 3H3GA 1SW5A 3OELA 1Y3NA 5I2KB 2QRYA 2OBGA 2R6GE 4THIA 4ZE9A 5EHMA 1B5HA 4DZ1A 3RY3A 1A54A 1LCTA 4F31B 1IXHA 3H03A 1VSOA 2DE2A 4IGRA 2F5XA 4KD5A 2I3VA 3TQLA 3LSXA 1JW5A 4IO7A 2VHAA 1R9QA 1MPBA 5L9MA 2O84X 2Z8FA 2F78A 3VV5A 4MBPA 2XXYA 1FQFA 4GRKA 1D3KA 2Q8JA 4H8IA 3TCHA 1NNTA 1MQGA 2H5YA 2V3UA 4H1XA 3SESA 3OENA 2HEUA 2B65A 1NKXA 2DYXA 4IY5A 1POTA 3WAEA 4KCDA 1DPPA 2XX7A 4OESA 5CMMA 3RNNA 4QSEA 1PB8A 4YB6A 3VXCA 3IR1A 4LP2B 1CB6A 2NWJA 3O66A 3SETA 4Q0CA 1B05A 2P2AA 3FZVA 4LQ2A 4U22A 2QMWA 3OO6A 4GOTA 4F2OA 1M5CA 2XX9A 5F1QA 4OXVA 4NF8A 1MH3A 3GXAA 3QIMA 3LSLA 1DPEA 4R2FA 5TP9A 1SDXA 3E9XA 4GXSB 4G68C 1B0LA 4X9TA 5CMKA 1R6ZA 4QSDA 4OEUA 4IO2A 2DS9A 3UORA 4LATA 1SYIA 5IAIA 4U4SA 3E4RA 1MXYA 1D4NA 1I6QA 1SW1A 3FASA 4KCCA 2DWHA 4OWDA 2ZMBA 3QUFA 1QJMA 4XTCQ 3FV2A 4O3BA 1USYH 3O6IA 2R71A 1EH3A 4GF8A 4MLVA 1FQEA 1MXXA 1DTZA 1JVXA 1Q35A 4BDQA 1NMUA 1AOVA 2Z22A 1RYXA 3G3HA 2HFBA 3SEUA 3IL1B 3R26A 5CRYA 2GHAA 3CVGA 4OFLA 4PP0A 2PBWA 1IQ7A 3A09A 4XKQA 2O1MA 1MDQA 2I3WA 3PUZE 3TPAA 2DOJA 2QSXA 3KJTA 1SVXB 1IIWA 4OMBA 2FYIA 4YU0A 4YAHX 4KYSA 1YTVA 1S50A 4ONYA 3R6UA 1ZU0A 4N07A 3K00A 4LQ5A 2F6GA 2QS4A 4UACA 5TPAB 4F3PA 2P0SA 3GBAA 3PU5A 3H6VA 1B40A 1QKBA 1N3XA 5I58B 1LFIA 1LAHE 3L6GA 2PT2A 1UTHB 1QVSA 1B5JA 4OFJA 1SQYA 1Y4TA 1Y1MA 3K02A 4RNSA 4ELPA 4DXBA 3M3LA 2V93A 1AMFA 4H67A 4DIGA 4HTGA 4XXUA 1MDP1 3K1PA 4F1UA 4ECFA 3DP8A 3OMBA 1FW0A 1SI1A 1B3HA 2VD2A 1JW4A 4NF6A 1II5A 2CZLA 1PB7A 3RUMA 3TYHA 4H6DA 4NWCA 4RPOA 3T9HB 4G68B 1Q1KA 4EDPA 3H6WA 2X26A 2VD3A 1XVYA 1ATGA 3IO4A 3KN3A 4C1UA 3GBBA 4G77A 2V84A 2D21A 1MXVA 2DQVA 3KGCA 3FVKA 4EXKA 2ALUA 4LZ8A 3RGYA 3SEYA 1B1XA 3H4ZA 1FTOA 1EZOA 3C33A 2FA7A 2X7PA 1OQHA 3KSXA 4BDRA 1YAEA 1VE4A 2HZLA 5I57A 2HXWA 1BIYA 3TCFA 4R6KA 3CFLA 5AA2D 1S9TA 1J1NA 2DWAA 5FHNA 4LZ5A 3C36A 4MF3A 3O9PA 5AA2B 1AL3A 1EZ9A 4F18A 5BWJA 4QSCA 2H4IA 3S9MC 1MPCA 5H8NA 1MQDA 2UVGA 4RJZA 4DCXA 2IA4A 3TDJA 2HAUA 4NMYA 1Y3QA 3FGSA 2CMOA 2O6AA 1MM7A 5CMCA 2Q89A 2ZNUA 1NNFA 5F7VA 3IAZA 3THIA 4ZE8A 3KOTA 1QUJA 3KG2A 1MY4A 5I2NA 1ZKBA 3U93A 2OWSA 3TUSA 2AL4A 4KYEA 1QW0A 2Y7RA 3C4MA 3N6UA 3N5LA 2H99A 3MJNA 3V5AA 3MP1A 4KYDA 2YPNA 3FUZA 3IOUA 2XXPA 1O63A 4QFNA 2PX1A 3RN8A 5FTHA 2PYYA 1SI0A 1ZMGA 2V3TA 1NFTA 3H6UA 1OQGA 1IXCA 3CI8A 3A3UA 3I6VA 3CFXA 3TTNA 4YMBA 2XXTA 5H8FA 3MAMA 2PMSA 1IUDA 3MPLA 4YMAA 1M5EA 5H8HB 4I9DA 3FD3A 1B2HA 2XXHA 5I56A 3TZAA 3WAFA 1IZ1A 2OK2A 3TFLA 4ND9A 1MY0A 1LFGA 1B3EA 1VR5A 1DTGA 5HM4B 4XKRA 5TP9B 5A5XA 4JWOA 3FVGA 4OERA 2XXRA 3DM0A 1BP5A 4F2QA 4PFUA 3EQ1A 2RINA 3Q29A 4ELRA 1OLAA 4LA9A 3PUVE 2ONSA 1A40A 3CG3A 3MP8A 3PPPA 3PPQA 2I48A 4EUOA 3KZGA 2Q2AA 5AE4A 4F1VA 1OLCA 4HW8A 3S9EA 4R72A 4EQBA 3LSFB 2DXYA 3IOWA 4YKJA 2H98A 2OZZA 4MH5A 3SERA 5AA4A 1L5TA 1I6AA 4G8NA 4C0RA 1B7ZA 3CSGA 4WXJA 3G3FA 3S9NC 3ZSFA 3BKIB 2UVIA 4EF2A 1SD3A 1CE2A 4TQUQ 2B3FA 2GFEA 1BLFA 1UQWA 5CI5A 4ELQA 2OJTA 5BUUA 1Y9UA 3PGFA 4ZS9A 1MXUA 2RC7A 2YLNA 4GFRA 3HPIA 3VDFA 3MP6A 4OHNA 5H8QA 1PC3A 4WEPA 3PV0E 4X1DA 4R2BA 1LLSA 4N6PA 4F22A 2QS2A 3CFZA 3IOVA 3O6HA 1A99A 3T22A 5H8HA 3PMVA 4DXUA 1MPDA 1VFEA 1QUIA 4JBZA 3PD8A 2XXWA 3OEKA 4YKIA 2BJJX 5HPQA 3RTFB 5ISUA 4Z7EA 3MW0A 4IO4A 2G93A 1B32A 1PEBA 1D9YA 1LSTA 4KQPA 5ELVA 1P1UA 4JWYA 4JSDA 4EF1A 4U2RA 3CG1A 4I1DA 5JK4A 5CBRA 4DCYA 1Y3PA 4RK9A 3IB2A 1LB9A 1N04A 4LONB 2ZNTA 2H25A 1N84A 2D3IA 3ECRA 4DXCA 4NF6B 3IB1A 3TTRA 1B1HA 4NE4A 2R9JA 1ELJA 1B52A 3LC8A 4POXA 4GL8A 1I6BA 3UK4A 3ZKKA 4EQ7A 4F29A 1URSA 4GIZA 3MZ9A 1XVXA 1FTMA 4OFOA 1JQFA 1ZIUA 4R9FA 3HCQA 1POY1 1MY1A 4R6HA 3R7XA 4DDDA 2ANJA 3CR9A 2REGA 2DE4A 2WKYA 4H5GA 4ISUA 4NF5A 3S2VA 1NNKA 2I0BA 5FTIA 1XHYA 3GLBA 2AL5A 5I57B 1B3GA 3IK6B 4E0XA 2XXIA 3K1NA 3FXUA 3MVYA 5H8SA 5KDTA 4U1ZA 3VFJA 2DWJA 5DVIA 5L9OA 1Z7NE 3PUWE 5H8NB 1N3WA 4JWXA 4FECA 2YJPA 3JV9A 3RLFE 2DWIA 3VVEA 4PE5B 4BDLA 3K6VA 2O69A 5DEXA 2X7QA 2O7UA 4Z0IA 1VFDA 1P1WA 2XHDA 4M1VA 1LB8A 4Q5TA 3EHSA 1N7WA 2Z8DA 5DYHA 3B6WA 3N6TA 1GR2A 2HCAA 5K2YA 1D9VA 1M5DA 1XS5A 1SBPA 3B6TA 3IOTA 3N26A 2A5SA 1LBCA 1H3DA 4M4GA 5I2NB 1MXZA 4QFOA 1XT8A 4OYVA 3PUXE 3TAJA 3TKDA 2Z8EA 3S9LC 3UGWA 1N7XA 2F34A 1S7YA 4N13A 4F3BA 4NTLA 1WDNA 3LBSA 1LCFA 1B7UA 4K3FA 3TTKA 1B5IA 3IX1A 3KOSA 1A8FA 2NOOA 3QSLA 3EF7A 4OVJA 2DVCA 5H8FB 3U92A 3O29A 2XXXA 4OTEA 3SEWA 3TELA 2F6PA 2Y84A 4LUBA 4R6YA 4ELOA 4ZECA 3HHGA 1OMPA 5I56B 3ZKLA 1TFDA 1MRPA 3G3KA 3FATA 1R1NA 2HAVA 1T0KA 4ZEDA 3SEVA 5A5XB 2UYEA 4ESXA 2XX8A 1YCJA 4RPNA 3H6TA 1OVBA 3TCGA 4ZEKA 4GD5A 1B51A 3O6GA 1IEJA 3GZGA 4R75A 1DOTA 3TODA 4YZZA 1ZTYA 1DMBA 5JTYB 4RXLA 3SKPA 2Y7IA 4ZEIA 4KPTA 3QXMA 3H06B 3FJ7A 1FQAA 5CM6A 4R73A 2D5WA 4TOZA 2G29A 1FTKA 1JETA 3Q27A 3U72A 2DXRA 1N76A 3RQTA 2PT1A 4G4PA 3W9WA 1TT1A 4GVOA 5AA4B 3MVZA 3N94A 3TMGA 1URGA 1UIVA 4QFLA 3V89B 2E1SA 2I6EA 4G2ZA 4QFPA 5M2VA 5KZTA 1JNFA 4BDMA 3T9UA 3V8XB 4AB6A 1UTBA 1EU8A 3CIJA 2THIA 4PETA 1MQJA 2Q2CA 2XXQA 3TEPA 3V83A 4E0WA 4F1YA 4O3CA 3HV1A 3K6WA 3S4UA 3T9VA 5DT6A 4U1OA 3VE1B 2F35A 3BFUA 3LR1A 3TTMA 3KBRA 4KFQA 4ZZAA 4RY1A 2F7BA 1B9JA 3K1MA 4GQOA 3MVXA 2RKMA 5H8QB 1LFHA 5JEIA 2M8CA 2B3BA 3EPEA 3VLUA 4H5FA 2O51A 3QAXA 1BKAA 3DLNA 3FIRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RPWA 3OO7A 2F7AA 3VLVA 3K4UA 2NXOA 1DSNA 4FAJA 3EHTA 1AH5A 1IMFA 5FHMA 3BBRA 2OLBA 1FBHA 3KJ7A 2W7YA 3G3GA 5ITOA 3OOAA 1XC1A 4FORA 4PFWA 1AWBA 1I69A 2Z23A 3C35A 3B6QA 3W9VA 1N0TA 3MSTA 4PFRA 3ODBA 3PMXA 4G8HA 2F97A 4ZEFA 5IM2A 3MZ1A 5I59B 4FEBA 2OX3A 1FQCA 3MQ9A 4JDFA 2F3BA 1FTJA 5JTYA 1LGBC 4U21A 3ILUB 1P1QA 1HSEA 3OD7A 1LAXA 5B70A 4GWWA 4AQ4A 1MXWA 5B7DA 3E79A 1A55A 2HHMA 3IFCA 4ZDMA 3DELB 5IZ1A 4L17A 2NUVA 3TTLA 4PGPA 4GLIA 2KLFA 4JSOA 3PD9A 1Q9DA 2QVRA 2VGQA 4I3YA 2XD3A 1TFAA 4U23A 1ZBMA 4NF5B 3Q26A 3D4GA 1FPKA 1H44A 4MNIA 1GV8A 3VLWA 4O94A 5TU0A 4MX6A 4MNPA 2A5TB 5KDTB 3C31A 3K0VA 3L6HA 2Y7PA 3T93B 4BLAA 2XXVA 1Y20A 4N6KA 3FJMA 4QHQA 4P0IA 2V25A 4DLDA 4O3AA 2UVHA 4HCWA 5DEXB 3OO9A 1H76A 3U1OA 5IZ3B 3DP4A 4QFKA 2CZIA 3RT6B 4NWDA 4GL0A 1TWYA 1H45A 4H65A 4HE2A 3RPLA 3T9XB 4XIGQ 4FEDA 3OEMA 2AIXA 4OEVA 4FATA 1A7LA 4XF5A 1IITA 5KCJB 2Y7WA 1IXIA 4DI3D 2REJA 1SW2A 4FIMA 2F36A 3FVOA 3DP6A 1BTJA 4F3SA 3JYRA 2UXAA 1PBQA 3TQWA 4LZ7A 1MY3A 3BFTA 4NG7A 1K9ZA 4UA8A 1NH7A 2LAOA 1NV7A 2OWTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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