3PPQA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
TIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 100
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppqA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppqA02
3QK6A 1II5A 1NMUA 2DOJA 5FTHA 3SEUA 2ZNTA 2HZLA 2XXUA 4OMBA 1B5JA 1Y4TA 4ZEKA 3U8QA 5ICTA 3OOAA 3OO7A 3O28A 3TFLA 3G7WA 4WXJA 2UVIA 4NWDA 3C4MA 1UIUA 2PBWA 3PMWA 3PPOA 4M1VA 4R74A 4ZEIA 1N0TA 5A5XA 2ZMBA 4PQJA 1MDP1 5H8QA 3KN3A 4KR5A 4KHZE 3PGFA 4G4PA 3IJOB 2XXRA 1LFIA 5CI5A 1PB8A 2DSFA 3C34A 4GL0A 2M8CA 5I2KB 3WAEA 1FTLA 3HHGA 3DM0A 5M2VA 3ZSFA 2XXVA 2GHAA 4N6PA 1B0HA 4EXLA 3FZVA 4YKPA 4GVOA 5CRYA 4C0RA 3OO9A 3H6TA 4IO2A 2ONRA 3TQLA 3IB1A 1F9BA 4JXIA 3FUZA 2I0CA 3PUWE 4DE8A 3K6XA 4U1ZA 4U21A 1CB6A 3LR1A 1B46A 3V83A 4F1UA 3S9NC 3FV1A 1VE4A 2RCAA 4QFOA 5H8NA 3RTFB 1JNFA 4R6KA 1B7ZA 1MPBA 1QUKA 3PU5A 2QJEA 3QSLA 2ALUA 4O3CA 5TP9B 3O6HA 1MY2A 3U1OA 4F3GA 2OK2A 3CVGA 3MZBA 3S9EA 1I6AA 3MJNA 4QSDA 3IK6B 3K6UA 4DIGA 3OMBA 3GLBA 2I49A 3KJTA 2F7AA 3EHUA 5EYFA 4U22A 3UIFA 2HZKA 1MQDA 5HPQA 1A54A 2Q8JA 2LAOA 2NWJA 3C33A 3OXNA 3LBSA 4JWOA 1LCTA 3AXFA 5H8SA 1I69A 1M5BA 2REJA 4RK2A 3MAMA 3PUZE 4XKPA 1Z7NE 3A09A 3IOUA 1MDQA 1PB9A 1RYOA 3KEIA 1TWYA 4GLIA 1B3GA 2WKYA 1S7YA 4EXKA 3VVDA 3E13X 5AA3A 2X7PA 3R7XA 1A8FA 1B5IA 1LSTA 1M5EA 4G68C 4RXLA 3TDJA 3UGWA 4MH5A 4RA1A 3K1PA 3FJGA 2OWTA 4R9FA 3QAXA 4KCDA 4ZEDA 3RN8A 5A5XB 4Q0CA 4IO5A 4QFNA 3H06B 4U1OA 4BDLA 3BFTA 3FVGA 1D4NA 4F18A 2F6GA 2VGQA 2GH9A 5L8DA 2OZZA 3O2AA 3SETA 5BUUA 3D4GA 4KYDA 5I57B 4P0GA 3B7DA 3GZGA 3C36A 1N76A 3PPNA 1VFEA 2DWIA 4RPNA 1FTMA 1JEVA 4XIGQ 5JTYA 4LQ2A 3F11A 3KOTA 2ANJA 3OELA 1H44A 4JWYA 4MBPA 4ELOA 4PFWA 3W9VA 2RC7A 2ZYOA 3CG1A 4R6YA 1P1UA 2V25A 4YB5A 5KCJA 3LUYA 5DTBA 2XD2A 1M5CA 1URDA 4R75A 3A3CA 4RK9A 4YMAA 1PEBA 1D9VA 2DXYA 3Q28A 1FQBA 1H76A 1JETA 4LZ8A 4I1DA 4ZS9A 1HSEA 3OO6A 3UP9A 5ITPA 4NEDA 5CC2A 5FHOA 1MH4A 1D9YA 1B4HA 4F39A 5I2KA 3L6HA 1L5TA 4OQOA 4XTCQ 2REGA 2V3QA 1BLFA 3BFUA 3M8UA 4FECA 4L17A 4LP2B 3HN0A 1Y3NA 4R73A 1N7WA 4YICA 5AA2B 5KCJB 2R6GE 5TPAA 3IB0A 1VSOA 3UA8A 3I6VA 5H8FA 4FAJA 3LSFB 4LZ5A 1BIYA 4ZDMA 3TTLA 2FYIA 3DLNA 4TOZA 5DT6A 4BDOA 3B6QA 1B9JA 3SDFA 1HSJA 1LCFA 4FE8A 3IOVA 3IOWA 3MQ9A 4ND9A 4EQ7A 3VV5A 1B3LA 1GGGA 4H65A 1QKAA 1MXZA 1GR2A 1LAFE 1S9TA 4YKIA 3TZAA 2AIXA 2DVZA 2YLNA 1GV8A 2DWJA 2QPQA 1B05A 3JYRA 2H5YA 1SI0A 4QSEA 4HTGA 3H6VA 4NWCA 4RNSA 1USYH 3OD7A 4NF4A 3KOSA 3K1MA 2A5TB 1P1WA 3T9VA 1QKBA 1DTGA 4KD5A 4GXAA 1Y9UA 2IA4A 4QHQA 3FJ7A 1FQEA 2XD3A 4YB6A 1XT8A 2Z8FA 4WKMA 2A5TA 3SEVA 3IJXB 4NF8A 2XXWA 1XVXA 2Z8DA 3BBRA 1SW2A 4RJZA 4O3AA 3T96B 2UVJA 4EDPA 5TU0A 4LQ5A 3S2VA 5DEXB 1B32A 3HPIA 4XKRA 3VLVA 3RTWB 2RF1A 2OJTA 1JVXA 2Y7KA 3TCFA 4X1BA 2OWSA 3FXRA 3HHFA 1MRPA 2X7QA 1B3FA 4DCXA 3C32A 2F8DA 2V84A 4IGTA 3T9HB 1N84A 2QS3A 2QS4A 3G3KA 2XX9A 5FHMA 3PV0E 3LSWA 1QULA 2XXPA 4YKKA 3FD3A 3OSQA 1LAXA 4KFQA 3T9XB 3QYTA 5I2NB 4EF2A 3VVEA 2VOZA 3FGSA 1B0LA 2UVGA 4ELQA 2QSXA 4M4GA 2I3WA 1TXFA 3ZKLA 3IAZA 1IIWA 3SEYA 3L6GA 5I2NA 1ANFA 1FQCA 1JW4A 1UIVA 1B52A 4TLMB 3TELA 3MWBA 5H8QB 2Z23A 4XXUA 1XVYA 2E0SA 4X48A 2H98A 3H6UA 1AMFA 4OFOA 4LZ7A 3T22A 4QF9A 4WEDA 1MPCA 4G68B 4KYSA 4POXA 4F1VA 4DXCA 5F1QA 4RY1A 1A40A 2F34A 3CFLA 3MP6A 4I62A 2P2AA 2RINA 1A55A 4PFYA 4H67A 4ZEBA 2D21A 1IUDA 1N3WA 4JDFA 3MZ1A 1B7HA 1NH8A 3Q29A 3FJMA 1B4ZA 2P0SA 2O6AA 1B51A 5K2YA 1LAGE 2F6PA 3A3UA 2E1SA 3N5LA 4QFKA 2W7YA 3DP4A 3RLFE 3MC2A 2NOOA 3N94A 1O7TA 4F22A 3HV1A 4I8CA 4PFTA 5HM4B 1Q1KA 3SKPA 1MXYA 1DTZA 2YPNA 5DVJA 1UQWA 4KCCA 1OLAA 3CSBA 3E4RA 3QUJA 4ZZEA 5LOMA 4IY6A 1Y3QA 2DWAA 2XXTA 5CMCA 3UN6A 1OVBA 4DDDA 1ZKBA 3Q27A 4GF8A 4GQOA 1J1NA 2AL4A 2HXWA 3TCHA 1WODA 3RPWA 4YKJA 5I58A 4THIA 4F19A 1P1OA 4LATA 4YMBA 2F5XA 4PP0A 1GVCA 4FATA 4FORA 4ZZAA 5H8FB 4YB7A 3VFJA 3DP8A 4OHNA 1MY0A 1M5FA 3M3FA 4O3BA 1YAEA 1US4A 4IO3A 5TP9A 5AA2A 1OQGA 4U2RA 3K6VA 2HFBA 1Y4CA 2UVHA 2DS9A 1IXCA 2O68A 2R9JA 3TUSA 3UK4A 3FVKA 3PMXA 4HCYA 1UTHB 4NF6A 1SQYA 3S4UA 1NNTA 5L9OA 4OESA 3ILUB 3O29A 1DMBA 1JW1A 2RC8A 4ZEFA 1OMPA 4DXUA 2O84X 3MVXA 2DE4A 2GRVA 3KJ7A 4KQPA 3RY3A 3THIA 3OSRA 2VD2A 4TLLB 3SERA 1T0KA 4Q5TA 2F97A 2PT1A 1MY3A 2AYSA 5CBSA 4K3FA 5CMMA 1D3KA 2XHDA 3N26A 3G3JA 3T66A 3U93A 1VR5A 1LBBA 4R6HA 1JVYA 4PETA 1OIBA 2CZLA 3JV9A 2B3BA 4GD5A 1YPNA 4AB6A 4ECFA 4H1XA 1MXWA 1EH3A 4BDMA 4C1TA 2I4BA 5K2XA 2ZYKA 5ICQA 3I5OA 1USYE 1P1QA 1XHYA 3TODA 5EHSA 3DP6A 1PBPA 2HQ0A 1O64A 2DP8A 5B70A 3TMGA 1MG1A 4TQUQ 2VP1A 1MM7A 1FQDA 1Y1MA 3K00A 4DLDA 5KDTA 4JWXA 4RYAA 3PPQA 4MLQA 3QUFA 3MBPA 3CSGA 3G3HA 3SEWA 3V89B 4ELPA 2Y7IA 2PT2A 2Q2CA 3QXMA 1N3XA 1PDAA 1Y20A 2H25A 3TCGA 4GFRA 2Q9TA 1SI1A 2G29A 3KN7A 4N07A 4LONB 4NMYA 3GBAA 3PUVE 1UTBB 4U23A 5F7VA 3K1NA 3V8XB 1NFTA 3CFZA 3TPAA 5I56B 1MS7A 1XS5A 5L9SA 1IXIA 1LLSA 2UYFA 3U94A 2Y84A 4G8NA 4ZE8A 2ZNSA 1DPPA 4E0WA 3E3KA 4NF5A 4QFLA 1PBQA 2CMOA 1EZ9A 3D4CA 4G2ZA 4NF8B 1ZLQA 4FEBA 1R1NA 3ZS6A 1A99A 1QUJA 3LSLA 2O69A 3R6UA 2ONKE 3FXUA 4GXSB 3MPKA 4PE5B 3KSJA 1SDXA 4G77A 3VE1B 2H99A 4KYEA 2QS2A 1POTA 3MPLA 5ITOA 1WVJA 2HEUA 1AL3A 1NNPA 3TTNA 3TTKA 2DE2A 4EQ9A 5I57A 1MQGA 1MY4A 4C1UA 5HBCA 4I9DA 3CI8A 1YCJA 4UACA 3VLUA 3MVYA 4EQBA 4H8JA 3RT6B 5J1DA 4H5FA 5DVIA 4KPTA 3CIJA 4Z0IA 5FTIA 3G3IA 1NKXA 2XXQA 3CR9A 3EN3A 3MZ9A 4GWOA 5DEXA 3FVNA 1B58A 1B5HA 2YJPA 5KDTB 1B1XA 3FXQA 3K01A 1OQHA 1I6BA 1FQFA 2DVCA 2D3IA 2ESNA 2UYEA 1JEUA 4QRZA 5AA2D 3IR1A 5ISUA 2XXIA 4Z7EA 2O1LA 2UXAA 4R72A 5L9MA 1LFGA 2DYXA 1RYXA 1R9QA 3B6TA 5H8HA 3TYHA 2OBGA 1BKAA 3MVZA 3IX1A 5IAIA 2Z22A 2G93A 4FIMA 1PC3A 4NF4B 2D5WA 2NVUB 3OEMA 3PD8A 5H8HB 3KZGA 4POWA 4GIZA 1H43A 1UTHA 5I84A 1O63A 3KG2A 3USDA 3TTRA 4Q8RA 1IXHA 1WDNA 3PPRA 1EZOA 1FTJA 4FEDA 4OEVA 1MXUA 2VD3A 4OEUA 5I59A 2DXRA 3P7IA 1FCKA 2F7BA 3O9PA 4OZ9A 2B65A 3FV2A 3FIRA 1CE2A 4JB7A 3U72A 2F7CA 3V5AA 4BDQA 4BLAA 3C9HA 2V93A 4MFIA 3H6WA 4HS7A 5CMKA 2H9BA 1MQIA 2XXXA 1TFAA 3JZJA 3KFMA 4F2QA 1N7XA 1AH5A 2H4IA 3RT8A 3WAFA 4RPOA 5CBRA 1DSNA 3ODBA 2OLBA 1DPEA 3S9LC 2A5SA 2NUVA 4GRKA 2RCBA 4H0WA 4F1YA 1R6ZA 2AL5A 3IO4A 3OO8A 3O97A 1IZ1A 4E0XA 3UORA 1I6QA 3Q25A 5H8NB 4OWDA 1H45A 4ESWA 3IL1B 1US5A 2F36A 2I0BA 3C35A 1MQJA 3ECRA 4G8HA 1QUIA 1QVSA 2ONSA 1URSA 4OVJA 1AIVA 2NXOA 1NNFA 3MP1A 2KLFA 4U4XA 4F2OA 1B7UA 4F31B 5I59B 1MXVA 3T9UA 4F3SA 1SVXB 4N13A 1Y3PA 4IO4A 4WEPA 4YZZA 5AA4B 1LB9A 4IB2A 3R26A 4JSDA 5I58B 4U4SA 2IEEA 2XX7A 1B1HA 2QS1A 3KSXA 1R9LA 3N6TA 3Q26A 4LUBA 1QJMA 1Q35A 3EPEA 3PUYE 2VHAA 4R2FA 5BWJA 3N6UA 3O66A 4P0IA 1BTJA 3IB2A 1LAHE 4DXBA 4OERA 4FJPA 1B3HA 1SBPA 3M3LA 2F35A 2OCUA 2ZYMA 3CRBA 4H6DA 4H8IA 1FTOA 5TPAB 4F3PA 1OLCA 3EHSA 2HAVA 2BJJX 2HAUA 1EU8A 3M3KA 4HCWA 2PYYA 4OENA 1XOCA 2Z8EA 2B3FA 3PMVA 5JTYB 3SEXA 2FA7A 3TAJA 3W15C 1SD3A 2I58A 2DE3A 5KZTA 4OFLA 3MW0A 4F29A 4G68A 4OYVA 1LB8A 1ZU0A 4AQ4A 3G3FA 3IOTA 2Y7PA 3H03A 4ISUA 2FNCA 1SW4A 3RUMA 2Q88A 4JBZA 4X9TA 1S50A 2GHBA 3K0VA 3OEKA 1FTKA 3RQTA 1B2HA 1B6HA 1LBCA 2Q89A 1MPDA 1IQ7A 1NL5A 4LVQA 3TTMA 3SESA 5B7DA 2DWHA 4BDNA 3OENA 2I48A 4IY5A 3IO6A 4R9GA 3MUQA 2O1MA 1TT1A 4ONYA 3CFXA 3QIMA 5ELVA 4R2BA 3TEPA 3H3GA 4XKQA 3LSXA 1MQHA 4LA9A 3U92A 4OTEA 5AA4A 3K2DA 1H3DA 1UTBA 2XX8A 1JQFA 1B40A 1ZIUA 1XC1A 3VXCA 2Q2AA 3GBBA 4DZ1A 1BP5A 5JEIA 1KWHA 3HCQA 4H5GA 3T93B 3K6WA 1TFDA 2HCAA 5FHNA 2P1SA 1Z7ME 1ELJA 1NNKA 3RGYA 4QSCA 2QMXA 1GTKA 1MM6A 2I3VA 4NF6B 3O6GA 4GL8A 3GXAA 1Y1ZA 4IGRA 5EHMA 4DCYA 2O7IA 1ZTYA 2Y7WA 1B3EA 3KN8A 2F78A 4QFPA 2GFEA 2V3TA 2O7UA 2X26A 3FATA 2RKMA 3PPPA 1P99A 5CM6A 4EF1A 4ZE9A 1M5DA 5I56A 4ELRA 3HO7A 3PD9A 3TQWA 1FW0A 4KI0E 5AE4A 5CMBA 2ZXTA 1MY1A 4EUOA 3W9WA 4UA8A 2I6EA 1LFHA 1URGA 4MF3A 2PX1A 4IO7A 3FASA 1HSLA 3BKIB 3VXBA 3K4UA 5JK4A 2ZNUA 1JW5A 1PB7A 2PMSA 2XXYA 1N04A 4YAHX 4NF5B 3TKDA 3ZKKA 3E9XA 2Y7RA 3EF7A 4Q30B 1LGBC 1IXGA 3H4ZA 3LC8A 4GOTA 4P11A 1SYIA 1ZBMA 4ESXA 5IKBA 1EZPA 3PUXE 1A7LA 3HSTA 3H7MA 1OVTA 3IORA 3KGCA 1POY1 1SW1A 2PVUA 2R71A 2RC9A 3MVWA 4F3BA 4NE4A 1IEJA 1NH7A 3DELB 1IITA 1AOVA 3EHTA 5AA1A 4G8MA 5DVFA 3VDFA 3KBRA 4XKNA 1VFDA 3FVOA 4IO6A 1ATGA 1ZMGA 4ZECA 2V3UA 3O6IA 3ILTB 4X1DA 2XXHA 4MLVA 3CG3A 1SYHA 3B6WA 4PFUA 3VVFA 3EQ1A 3S9MC 1QW0A 4OXVA 2QRYA 2DQVA 2THIA 4OETA 1RKMA 1MXXA 2ZYNA 2QMWA 1MH3A 5DYHA 3VLWA 1DOTA 4HW8A 2O51A 4BDRA 3G3GA 1YTVA 1P1NA 1ZJLA 3C31A 4NTLA 3ONMA 4JSOA 3RNNA 1FQAA 2ABHA 2QL3A 4OFJA 4YU0A 4AB5A 3MP8A 1A8EA 1SW5A 3K02A 3I3VA 2I4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ET7A 1II5A 3U8QA 3O28A 4WXJA 2PBWA 4PAIA 3PMWA 1N0TA 1RDZA 1MDP1 4KR5A 3CHGA 1PB8A 4GL0A 5I2KB 3HHGA 1B0HA 4IO2A 1F9BA 3PUWE 1CB6A 4QFOA 5H8NA 5EQ9A 4R6KA 1B7ZA 2ALUA 4F3GA 3S9EA 3MJNA 4DIGA 5EYFA 2LAOA 1DCUA 1FJ6A 1KA0A 3AXFA 1I69A 1M5BA 1RDXA 4PE3A 1B3GA 2WKYA 1S7YA 2X7PA 5IZ3B 1A8FA 4RA1A 3QAXA 3RN8A 4BDLA 4NAPA 1D4NA 2VGQA 4KYDA 4FBPA 3B7DA 3E78A 4RPNA 1FTMA 5JTYA 4ELOA 2ANJA 4G61A 4PFWA 3W9VA 1P1UA 4YMAA 1PEBA 4ZEBA 2ZZWA 1H76A 3OO6A 3UP9A 4NEDA 5F24A 2Q8MA 1D9YA 4F39A 5IZZA 4P1LA 3L6HA 3RPLA 4L17A 4R73A 4MNCA 4YICA 5KCJB 1N7WA 5AA2B 1NV0A 3IB0A 1FPEA 4BDOA 2OX3A 3B6QA 1HSJA 1LCFA 4GBWA 3IOWA 3MQ9A 3VV5A 4H65A 1LAFE 5LTCA 4PGNA 1BK4A 2BJIA 1GV8A 3H6VA 4RNSA 4PBHA 2A5TB 1P1WA 1DTGA 2IA4A 3FJ7A 3IFAA 2XD3A 4YB6A 2A5TA 3IJXB 3BBRA 3T96B 4O3AA 2UVJA 3VLVA 3RTWB 2Y7KA 2OWSA 3FXRA 4DCXA 2F8DA 1N84A 2QS4A 3G3KA 2XX9A 5IM2A 3PV0E 3QYTA 3VVEA 1B0LA 3ZKLA 2WYPA 3IAZA 1IIWA 3SEYA 1ANFA 1JW4A 4MIJA 1B52A 2Z23A 4XXUA 2E0SA 1KA1A 3H6UA 3LUZA 4G68B 4KYSA 2F34A 2P2AA 1NH8A 3Q29A 2P0SA 2F6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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