3PPQA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
TIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 100
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppqA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppqA02
4R2FA 2DP8A 5CBRA 1MXZA 4F2OA 5HBCA 2OJTA 1MQDA 5I57A 1EU8A 3VXCA 1NH7A 4WXJA 2I58A 1MQGA 1USYH 1B0LA 3OXNA 3PPOA 5J1DA 2P1SA 4I1DA 1NNTA 4R73A 4XKPA 1Z7NE 3PPNA 2R6GE 2DE4A 2VP1A 4HCWA 1P1NA 4YZZA 1B5JA 1JEVA 4PFWA 3CI8A 3V89B 1MPDA 1SDXA 4X9TA 1LB8A 1MPCA 3OELA 2VD2A 2Y7KA 1VE4A 4XKNA 3O28A 3K6WA 3S2VA 5A5XB 3G3FA 2I0CA 1LCTA 4JSDA 4EXLA 4ZEBA 4G68B 4BDRA 4IO6A 3Q29A 4GL0A 3IJOB 4MFIA 3VLWA 5DVFA 3GZGA 3IB0A 4ELOA 2UYFA 4IO5A 4G8MA 1LBBA 2HAVA 1WODA 2KLFA 3RN8A 4Z7EA 5H8NB 2P2AA 3U1OA 3GXAA 1EZPA 3C32A 2Q2AA 3K6VA 4TOZA 2OBGA 2R9JA 4G2ZA 1B4HA 1UTHA 5I2KB 2ZMBA 2RC7A 3TEPA 4H8JA 4C1UA 1YAEA 3A3UA 3CVGA 3MVWA 4GQOA 2H4IA 1MQIA 4GL8A 3FIRA 3QXMA 4U1ZA 4KR5A 4OWDA 3IB1A 4XIGQ 1SW5A 3SEVA 1LAXA 3RT6B 2DS9A 5L9OA 4YKJA 5CMCA 4JSOA 3OO7A 4YKIA 3I6VA 1LSTA 4IO7A 1Y4TA 5EHSA 1BLFA 5DEXA 4GFRA 2HCAA 2UXAA 1B52A 1R6ZA 2DWAA 4R6KA 4QRZA 2V3QA 2D3IA 3PPQA 4NF5B 1I69A 3OOAA 2Q88A 5HM4B 1MQHA 5ITPA 1N3WA 4R72A 3A09A 4G8HA 2Z22A 1SI1A 3M8UA 4LZ7A 1DTGA 1S50A 4G77A 2CMOA 5ISUA 3KSJA 1JW5A 1FQBA 2F36A 2IA4A 4YKKA 1Y1MA 2YPNA 4QSEA 4RPNA 4ZZAA 5H8HA 2DWHA 3K0VA 5K2XA 1URGA 1XT8A 3OSQA 2CZLA 2O51A 4EDPA 2RKMA 4RPOA 2F97A 1EH3A 1BKAA 4ZEIA 3UORA 1JW1A 5IKBA 1YPNA 5AA4A 2ZYKA 4G68C 3MAMA 4AQ4A 5TPAB 3G3GA 1Z7ME 3BBRA 2V3TA 1B0HA 1MDP1 3TTLA 1OQHA 3QK6A 1UQWA 1Y20A 2XD2A 3KSXA 2Z8EA 4GIZA 1ZJLA 4IO2A 4YMAA 1GR2A 2GRVA 3K1MA 1EZ9A 4FJPA 3PU5A 3MZ1A 3F11A 1QJMA 2G93A 2Y7RA 1PBPA 3K00A 4IO4A 4GVOA 5AA2A 1TFDA 2XXPA 4NWDA 4ZE9A 1MDQA 1ANFA 5IAIA 4BDMA 1VSOA 4YKPA 4EQ9A 2F35A 3T9XB 2F5XA 4QFOA 4LA9A 3PPPA 2O68A 2XXIA 3HSTA 5I57B 1JW4A 4NF8A 1UIVA 1POTA 1LFHA 4F19A 1Y9UA 3OENA 2RCAA 1S7YA 4OESA 3MPKA 4NTLA 4KHZE 1QUKA 5CMKA 5I2NA 4RA1A 4LONB 1II5A 3G3IA 4R74A 3W9VA 2XXQA 2NWJA 3RNNA 2Y84A 3M3KA 5L9MA 2DXYA 2A5SA 2XXUA 5CI5A 4R6HA 5I56B 2I3WA 1FQDA 1HSEA 1B4ZA 4PQJA 1N76A 2I4BA 3CG1A 1A8FA 1OQGA 1XVYA 4OEUA 4Q30B 5CC2A 3S4UA 4ESXA 2PVUA 5L9SA 3Q25A 3FD3A 2A5TB 3Q28A 1AL3A 2E1SA 2PX1A 4QSDA 1IQ7A 3VVDA 3TPAA 3A3CA 4GRKA 1D9YA 2Q89A 4PFTA 5B7DA 4RYAA 5KCJB 3PUVE 1LAGE 2WKYA 1MY0A 4OMBA 1M5DA 4OQOA 1MXYA 2DE2A 2ZYOA 2THIA 3N6TA 2OZZA 4JBZA 2HEUA 3VDFA 3MZ9A 3OD7A 4GWOA 1ZMGA 1MH4A 5JTYA 3FGSA 3THIA 1N7WA 2V25A 4YB6A 2VHAA 1PB7A 1B51A 3MUQA 4JWOA 1SW4A 3C31A 2O84X 1Y4CA 1LLSA 1DTZA 3DP6A 4WEDA 1Y3PA 3N5LA 4AB5A 4KPTA 4U23A 3BKIB 3FZVA 2D21A 3ZSFA 4DXUA 1LB9A 1FTLA 1MY2A 5TP9B 3GBBA 3MPLA 1M5FA 3LR1A 3K02A 4KQPA 3K6XA 1HSJA 1IXCA 2G29A 3R6UA 2DQVA 3K1PA 2B3BA 5H8SA 3PUXE 4Z0IA 4H6DA 3T96B 1A8EA 1VR5A 4QHQA 4OETA 5LOMA 4KYEA 5ICTA 3RPWA 3S9LC 3DELB 2O1LA 2OLBA 3WAEA 3OO8A 2FYIA 1HSLA 3D4GA 1B7ZA 5KDTB 4ECFA 2H25A 5AA2D 1PB8A 1LGBC 2XHDA 2ALUA 1MQJA 2P0SA 4OEVA 4H8IA 1GGGA 1MH3A 3KN8A 5F1QA 1USYE 1ZU0A 3C35A 1NNKA 3U92A 4F2QA 4EXKA 3LUYA 4BDLA 4LQ2A 3O2AA 5FHNA 4JB7A 4N13A 3ZKKA 4POWA 1JQFA 1PEBA 4IO3A 5I59A 2AL4A 2XXWA 1Q1KA 4I8CA 5EYFA 3R26A 4LATA 4KI0E 3TELA 3LSXA 1JVYA 4YB7A 2F7BA 3FXRA 1FQEA 3BFUA 2HQ0A 3KZGA 1EZOA 1N3XA 1PC3A 1S9TA 1P1UA 3O9PA 2O7IA 3H6VA 5TU0A 3OMBA 2F78A 4ZZEA 1UTBB 4U2RA 3KFMA 5JK4A 2H98A 1BTJA 2QMWA 3AXFA 1DPEA 1AMFA 5I58B 1T0KA 4H5FA 5H8QA 3QUFA 1FQCA 2F7AA 3E13X 3C4MA 3KEIA 4GOTA 3VV5A 3P7IA 2HZKA 3Q27A 4LP2B 3CFZA 4RJZA 3PPRA 4PFYA 3GLBA 3TODA 4XKQA 2X7PA 3FXQA 2I4CA 4ZECA 4YAHX 3H4ZA 2UVGA 1I6QA 3TCGA 3RTWB 4DE8A 3TYHA 1B3HA 3KBRA 5EHMA 2GFEA 1MPBA 3O97A 3VVFA 3IX1A 1H43A 4O3BA 4FE8A 1MM7A 4NF6A 3N94A 4OYVA 4IB2A 2O7UA 1NKXA 2Y7WA 2QS4A 1OMPA 5CM6A 1MY3A 1SYIA 1NNFA 2DOJA 2YJPA 1D3KA 4YMBA 2PYYA 1US4A 5ELVA 3KN3A 3EN3A 4X1DA 4F3PA 5K2YA 1D4NA 5H8FA 1GVCA 4G8NA 4M1VA 1MXXA 3KJTA 4O3AA 1H44A 1IXGA 3ZKLA 4OENA 3UIFA 3FJGA 3RY3A 4THIA 4LUBA 1DMBA 1MY4A 4F22A 1NMUA 4FATA 2DVCA 2Y7IA 3DLNA 4P0IA 4NF4B 1B3EA 3TFLA 1B6HA 2OWSA 1JEUA 4F3BA 1B05A 3N26A 1SD3A 1AOVA 3HV1A 3V83A 1POY1 5JTYB 3TQLA 3FJMA 4RK2A 1R9QA 1IXIA 2XXHA 3S9MC 1B32A 2H5YA 3I5OA 2I49A 2REGA 4K3FA 4XKRA 4RK9A 4POXA 3EHUA 1LFGA 1B3GA 1RKMA 4JWYA 2V93A 3FVKA 3Q26A 3OSRA 1JVXA 4BLAA 3IJXB 2GH9A 5BUUA 3SETA 4OERA 3G3KA 3TTKA 1MY1A 2PMSA 4I9DA 1F9BA 3M3LA 5DTBA 5A5XA 3E9XA 1Y3QA 3U94A 1SVXB 2DYXA 4H67A 4HCYA 2VD3A 1O63A 3H6WA 2ONSA 3T66A 1A54A 3PD8A 2QRYA 3MZBA 3LSLA 4Q5TA 2AYSA 2DWIA 3IAZA 3TKDA 5H8NA 1XC1A 3S9NC 4EUOA 1P1QA 4DCXA 4UA8A 4P11A 1NFTA 5CMBA 1R1NA 2LAOA 4GXAA 4PETA 2B3FA 2OCUA 1IIWA 2W7YA 5L8DA 5DVJA 2DXRA 2RCBA 1CB6A 2RF1A 1TT1A 3FV2A 2PT1A 1P1WA 1SI0A 1US5A 4NMYA 3W15C 3MC2A 3UA8A 4LVQA 2Q2CA 4AB6A 4XTCQ 1ZKBA 5DT6A 4HW8A 5ITOA 2RC9A 4ZEKA 3PMWA 3VXBA 1URSA 1B9JA 1B3FA 4HS7A 2XXVA 4UACA 4DLDA 3OEKA 3HCQA 1LAFE 3EF7A 5B70A 1QULA 3E4RA 1QKBA 4RXLA 1OVBA 2XX9A 1OLAA 4F1YA 4FAJA 4NF5A 4N6PA 4JDFA 1UTHB 1FTKA 2H9BA 3E3KA 3K6UA 1GV8A 3IK6B 3PMXA 1B46A 4TLLB 3PUZE 1MM6A 1TXFA 4G4PA 4BDNA 3FV1A 4IGTA 4Q8RA 3FVGA 2QMXA 3O6IA 3IOUA 2XX7A 4LZ5A 3SKPA 2ZNTA 3MW0A 1FTMA 4EQBA 3CR9A 2DSFA 2I0BA 4PP0A 2I3VA 5JEIA 3OO6A 5DEXB 4ZEFA 1LFIA 4GXSB 3L6HA 4NE4A 2XXTA 5FHOA 3U8QA 1VFDA 2XX8A 4QFLA 4ZS9A 1XOCA 4WKMA 5DVIA 1PDAA 4OVJA 2IEEA 4F29A 4KFQA 4F3GA 1SYHA 1DOTA 2BJJX 1OIBA 3RGYA 2QSXA 3FUZA 4ELPA 3ILTB 4FECA 5TPAA 2X26A 4GLIA 4ISUA 3PV0E 1OLCA 4R75A 4C0RA 3VLVA 1A99A 3UN6A 1L5TA 2ZYMA 4DCYA 1MG1A 4H65A 1B1HA 3KJ7A 2UVHA 5CBSA 4U4SA 1N84A 4R2BA 3C33A 2HZLA 3TDJA 2H99A 5H8HB 3T9UA 5CRYA 1TWYA 2Z8FA 1RYOA 3IOWA 3KN7A 4MBPA 4QFNA 4YB5A 1VFEA 3O6GA 2HFBA 4QFPA 4EF1A 4DZ1A 4JWXA 1P99A 1SQYA 4MLQA 3B6WA 1B5HA 1FCKA 3TUSA 1Q35A 4IY6A 2QS1A 3DP8A 1B2HA 3UGWA 3TCFA 1B1XA 2O1MA 1KWHA 3VFJA 4C1TA 5AA4B 2GHBA 3SEYA 4U4XA 2ESNA 3W9WA 3T9VA 3QYTA 3O6HA 1B40A 3FASA 3FJ7A 3QSLA 4NEDA 1IZ1A 2B65A 2QL3A 1B7UA 4BDOA 1H3DA 1WVJA 3WAFA 4GD5A 2DWJA 4RNSA 3VVEA 3B7DA 1B58A 5I56A 2ONRA 4DXCA 4F3SA 3SEWA 3RLFE 2AL5A 2QS3A 4DXBA 4IGRA 1I6AA 2ABHA 1TFAA 2REJA 2XD3A 3SESA 2NUVA 5AA2B 1B3LA 2E0SA 1RYXA 1IEJA 3IB2A 2ZXTA 3KG2A 1R9LA 1LBCA 2A5TA 4QSCA 3VE1B 4ELRA 2R71A 4L17A 3SEXA 1LCFA 4ND9A 3K01A 3H3GA 3U72A 2F6GA 1XHYA 4NF8B 3JZJA 2ANJA 4U22A 5FTHA 3IO4A 4KCDA 4H5GA 5KCJA 4HTGA 4X1BA 2XXXA 5I2NB 3S9EA 3ZS6A 4OFJA 2QPQA 1B5IA 4GF8A 4OHNA 3H03A 3QAXA 3EPEA 4Q0CA 1D9VA 1ZLQA 4U1OA 2Y7PA 3MVYA 3TAJA 1O64A 3VLUA 3C34A 4E0XA 4F1VA 3O66A 1SBPA 3G3JA 1UIUA 3FVOA 3IO6A 2UYEA 3TTRA 2UVJA 1AIVA 1PB9A 2ZNUA 1MS7A 3T93B 3CRBA 2NOOA 1XVXA 2QS2A 3C9HA 4F31B 4F1UA 3R7XA 3HN0A 1B7HA 1Y1ZA 3CG3A 3LBSA 4ELQA 4EQ7A 1GTKA 2V84A 3T9HB 1FQAA 1DPPA 5TP9A 3UP9A 4OFLA 4R6YA 2DE3A 3LC8A 1ZTYA 3MVXA 3ECRA 4H0WA 4IY5A 1MXVA 3CFLA 3U93A 3MWBA 3UK4A 1NNPA 2AIXA 3EHTA 2ZYNA 4FEDA 1FW0A 1SW1A 4BDQA 3EQ1A 3TZAA 2D5WA 1BP5A 2Z8DA 4I62A 4QF9A 2F7CA 3OO9A 3B6QA 2FA7A 3KOTA 3IL1B 3IR1A 1ATGA 3IOVA 2F34A 5DYHA 5KZTA 4FIMA 4P0GA 2XXYA 1N04A 4KCCA 3B6TA 5KDTA 4X48A 3RUMA 1ZIUA 4OXVA 2UVIA 3KGCA 4TQUQ 4JXIA 1QUIA 4DDDA 4ONYA 2FNCA 1MRPA 2I6EA 1BIYA 3H7MA 4OTEA 2M8CA 1MXWA 4KYDA 2ONKE 1A7LA 3SDFA 3TTNA 1WDNA 4NWCA 4PE5B 2F8DA 4F18A 1LAHE 2O6AA 4OFOA 4G68A 3FXUA 1H76A 4M4GA 1SW2A 4F39A 2PT2A 3HHFA 3DM0A 3T22A 3TMGA 4O3CA 1Y3NA 4TLMB 1IXHA 1DSNA 2V3UA 1YCJA 4PFUA 4R9FA 1FQFA 1UTBA 3GBAA 3CSGA 1P1OA 3MVZA 3DP4A 5I2KA 2GHAA 5I58A 2Z23A 3BFTA 1IUDA 3H6UA 4WEPA 2VGQA 3IORA 4LQ5A 3D4CA 2HXWA 2NVUB 1QKAA 1URDA 1NH8A 3PMVA 5FHMA 5AE4A 1I6BA 5BWJA 4OZ9A 3H6TA 4EF2A 2OWTA 2HAUA 3QIMA 5I59B 3K2DA 3IOTA 3LSWA 5AA3A 5I84A 3V8XB 4DIGA 3FVNA 1A40A 5FTIA 4XXUA 1QUJA 4LZ8A 3SEUA 3MQ9A 3RT8A 1JNFA 3PD9A 3PUYE 4N07A 1QVSA 5AA1A 1CE2A 3K1NA 4YU0A 3CSBA 3KOSA 1FTOA 3JYRA 4KD5A 2ZNSA 1M5BA 3V5AA 3PUWE 4MH5A 1FTJA 5H8QB 3MJNA 5F7VA 2VOZA 3HHGA 3HPIA 3MBPA 3EHSA 3G3HA 3QUJA 1H45A 1QW0A 1ZBMA 2DVZA 2RINA 4KYSA 4FORA 3SERA 1A55A 1J1NA 5ICQA 4ESWA 3OEMA 4R9GA 3CFXA 3MP6A 4NF4A 3I3VA 1ELJA 1PBQA 5HPQA 2I48A 5CMMA 2XXRA 3MP1A 4U21A 4ZDMA 1OVTA 4MF3A 3H06B 2Q9TA 4NF6B 1M5EA 2OK2A 3FATA 5M2VA 2QJEA 3L6GA 1YTVA 3G7WA 1XS5A 3LSFB 4ZE8A 1O7TA 2X7QA 3RQTA 2Q8JA 2NXOA 4YICA 3N6UA 1IITA 4MLVA 3C36A 1M5CA 3JV9A 5H8FB 3ONMA 1NL5A 2PBWA 1MXUA 2RC8A 4QFKA 4H1XA 4RY1A 3M3FA 3ODBA 3TTMA 2YLNA 2F6PA 3PGFA 1JETA 3HO7A 3O29A 4ZEDA 3CIJA 4E0WA 1N7XA 3MP8A 1N0TA 3TQWA 2O69A 3K4UA 4FEBA 3USDA 1AH5A 3ILUB 3RTFB 3TCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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