3PPQA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
TIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 100
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppqA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppqA02
3U94A 5A5XB 2P0SA 1D3KA 5HBCA 4GF8A 4XKPA 1USYH 1RKMA 2XXUA 4OESA 4PFYA 3O66A 5AA4A 5I58A 1Y20A 1MQGA 4ONYA 5L9MA 5FHMA 4R2BA 2CMOA 4IGTA 3UORA 5BUUA 1UTBA 2PYYA 3V83A 2H99A 4R73A 4EF2A 3V5AA 1Y1MA 2OBGA 1A8EA 3R7XA 4OWDA 3G3IA 4GXAA 1FTLA 2DE3A 2Q8JA 2DVZA 2O84X 1Q35A 3SDFA 2NUVA 5ITPA 1UTHB 1AH5A 1MQJA 2OWSA 4RYAA 4HCWA 3VVDA 1N3WA 2HZKA 2OK2A 3B7DA 1BKAA 3IB2A 3CFXA 4U21A 2F7BA 1M5DA 1Y4CA 3O29A 4JXIA 2PMSA 3C35A 1SI1A 3LC8A 3UA8A 3FV1A 2O69A 3MZBA 3FXQA 1JETA 3B6WA 3H03A 4R6YA 2AL5A 2O1MA 3D4GA 3QK6A 3FV2A 5DTBA 4LVQA 4MFIA 1T0KA 3KSXA 3L6GA 4RK9A 1H43A 2F5XA 1IUDA 1MXWA 2M8CA 3K2DA 4ESWA 3HCQA 1UQWA 3TKDA 1QVSA 1HSEA 2F78A 4G8MA 2I3VA 3JYRA 3C4MA 3G3GA 2QMWA 1QW0A 1Z7NE 4TLLB 2OWTA 3F11A 1L5TA 4Z7EA 3OO6A 2I0BA 4FIMA 4I62A 4TLMB 3HPIA 3OD7A 2F34A 3TFLA 4F1YA 4RK2A 5KDTB 2ANJA 2HAUA 3OENA 4EXKA 1FTMA 3E13X 3E4RA 1A55A 3FVKA 3H4ZA 3PPOA 4G68A 3OXNA 3SESA 4HW8A 2Y7KA 3N6TA 2QMXA 1IZ1A 1N04A 3FVOA 4G68C 3H6WA 3W9WA 3KOSA 4X1BA 3RTFB 4EXLA 1IXHA 1LFGA 3SEWA 1S7YA 1IITA 3KJ7A 2ZYMA 2D21A 5H8SA 5I56A 5IKBA 1Y3NA 1MS7A 2YJPA 3EPEA 3KFMA 5J1DA 3LBSA 3LSLA 3KSJA 4XKQA 2H5YA 5FTIA 5HPQA 3CIJA 1ZTYA 4LQ5A 2F36A 4JSDA 2O1LA 2Q2AA 2F8DA 4Q5TA 1MY1A 2Z8FA 4ISUA 3EN3A 1KWHA 1N76A 3MP1A 3E9XA 3PGFA 2B65A 3JV9A 4OQOA 4H67A 4Z0IA 1P1NA 3RLFE 3THIA 4PETA 5KZTA 3PU5A 4O3BA 3FVGA 3TZAA 1MPBA 4FATA 3RN8A 3SEXA 3FXUA 1LSTA 3K01A 1EH3A 4GD5A 3QSLA 1B32A 3RY3A 3MW0A 1SD3A 2QJEA 3T9UA 3IORA 1BTJA 5I2NA 2ZNSA 5F7VA 5FHNA 4ELPA 4H6DA 1B4ZA 4RXLA 4PQJA 1PC3A 4XXUA 4H5FA 5FTHA 4BDNA 1MQDA 3K00A 1LLSA 1NKXA 3H7MA 4G68B 4IO2A 4OYVA 1UTHA 1H76A 1URGA 3OSQA 3MZ1A 1GV8A 4RPNA 2QS3A 4BDLA 4TQUQ 1IIWA 3ECRA 4FEBA 2I4BA 1OIBA 4LZ8A 3IOWA 1H45A 2H98A 3PPPA 3O6GA 4G8HA 2GRVA 3WAFA 1FQAA 1SQYA 1DPPA 3O6IA 4FORA 3EQ1A 3TQLA 3RT6B 4FAJA 3IJXB 5ISUA 1OVTA 5H8FB 4AB5A 1A7LA 2F35A 3FJMA 1MH4A 2XX7A 4YKIA 4F3SA 1B58A 1D9VA 5BWJA 2ZNUA 4ELRA 1TFAA 4H8IA 1Y3PA 2PBWA 2R9JA 2QS1A 2XXYA 1QUKA 1IQ7A 3FJ7A 4ZE8A 1A40A 4ECFA 4G2ZA 2DWAA 3S2VA 1P1OA 2IEEA 4ND9A 5JTYA 3S9NC 1OQHA 4WXJA 3VVFA 4YB7A 1LAFE 2KLFA 2A5SA 1I6BA 3VXBA 1OLCA 2IA4A 5M2VA 3JZJA 2REGA 5JK4A 1LFIA 5CMKA 3S9LC 3KN7A 5B7DA 3L6HA 1FTKA 1YTVA 3MZ9A 3QAXA 3DP4A 4G77A 4OENA 5DVFA 3Q25A 4NE4A 2HFBA 4JWXA 1EZOA 5AA2B 4PP0A 1B7ZA 1IXIA 3V8XB 2O7IA 3ZSFA 4BDOA 1UIVA 1O64A 1MQIA 1VR5A 5I56B 3CR9A 1FQCA 1MY4A 3I3VA 3TUSA 3I5OA 2FA7A 3B6TA 3M8UA 4FE8A 3MVZA 5CRYA 5LOMA 1SW2A 2V3UA 4DCYA 1B1HA 4LA9A 3ILUB 2Y7RA 5AE4A 2DOJA 2QS4A 2OCUA 2UYEA 1JVXA 3G7WA 4YMBA 4Q30B 3TODA 1OLAA 4JB7A 4U4XA 3HO7A 1NH8A 4R74A 2R71A 3FGSA 3QYTA 2RC8A 3I6VA 4H65A 4X48A 4DCXA 4EUOA 1B52A 5H8FA 1POTA 3TEPA 1EU8A 3FJGA 3G3FA 3KZGA 2OLBA 4MLQA 4OHNA 3AXFA 3T66A 3TELA 5H8HB 3CG3A 1NNKA 4QFPA 1ZJLA 2V3QA 1FTOA 2XXIA 1A8FA 3G3JA 4NWCA 1NMUA 2GFEA 4ZDMA 5K2XA 4QSEA 4PE5B 4X1DA 5EHSA 1TT1A 4YU0A 1QJMA 3T22A 4GOTA 1UIUA 3M3KA 1GTKA 1LB9A 1SDXA 4FECA 1M5FA 1MM6A 4LP2B 2F7CA 4IO6A 1N7WA 2DP8A 3MAMA 3SETA 2VP1A 1MXZA 1D4NA 4DIGA 3S9MC 4EF1A 1AOVA 4R6KA 3K6UA 1B46A 1Y1ZA 5EYFA 2Q2CA 4DDDA 4U23A 2Q88A 1N0TA 3P7IA 4OFLA 5I59A 4ZEFA 1MQHA 1OQGA 3EHSA 3PMVA 1PB8A 4C1TA 1QKAA 3CRBA 3IB0A 3HHGA 3QUJA 2E1SA 5I59B 1B0HA 4I8CA 4RJZA 3SKPA 5H8HA 3UK4A 3CI8A 1MXYA 2YLNA 4OEUA 5I2KB 4DZ1A 2HAVA 3C36A 5CBRA 2VD2A 2XD3A 4R6HA 5DT6A 3SERA 4M1VA 3K1PA 3BFUA 3FD3A 4IY6A 3K4UA 4P0IA 2W7YA 5CMCA 3SEVA 4F39A 4ZE9A 3O2AA 5H8NB 1FTJA 4G8NA 3IOTA 2BJJX 2XXWA 2ZNTA 3KGCA 5H8QB 1P1UA 1POY1 3U8QA 3PUXE 2AL4A 1DTZA 1IEJA 3LSFB 1VSOA 3KEIA 5B70A 2UVGA 1R6ZA 1ZU0A 5AA3A 1CE2A 3R26A 4LZ5A 4ESXA 1RYOA 1SW1A 2F6PA 3CFZA 3GBAA 3HHFA 4GWOA 2RF1A 3H06B 4WEPA 3IL1B 2DYXA 4YB6A 4YZZA 4POXA 4QSCA 3W15C 3EHTA 4F3PA 2ESNA 5A5XA 1JQFA 1B6HA 4RA1A 1H44A 5KCJB 5L9SA 1XVYA 3SEUA 3VV5A 2AIXA 3UIFA 4MBPA 5AA4B 1N3XA 2ONSA 2XXTA 2ZYOA 1MPCA 3DLNA 4KYEA 4MH5A 2A5TB 2F97A 5DEXA 4HS7A 3T9XB 4KYDA 4MLVA 2Q89A 4ZEIA 4AB6A 3KJTA 3GZGA 3QUFA 1O7TA 4H1XA 3S4UA 3TAJA 2RKMA 1USYE 3HV1A 5IAIA 4I1DA 1SW4A 1YPNA 3CSBA 3MQ9A 1VE4A 4PFTA 2HEUA 4KCDA 1NH7A 3A09A 3E3KA 4KD5A 4R9FA 3S9EA 1ELJA 5CMMA 3N94A 1M5BA 1SW5A 1WODA 1ATGA 4GVOA 4X9TA 4JWYA 1B0LA 3OEMA 3K6XA 3ONMA 4IO5A 4OEVA 1JW1A 5H8QA 1HSLA 2Z8EA 3MJNA 3W9VA 1MH3A 1YAEA 3Q29A 3EHUA 3KBRA 4F1VA 3RPWA 2R6GE 2PT2A 4WEDA 2I58A 3OO8A 5DYHA 1Y9UA 2RC9A 5ITOA 1NNFA 4LZ7A 1ANFA 2D5WA 4H0WA 1B3HA 2QL3A 4ZS9A 2XXHA 2XXXA 3M3LA 4P11A 2RC7A 4IB2A 3OELA 4H8JA 1FCKA 3ZKKA 2NOOA 4EDPA 2A5TA 1GGGA 1A99A 2F6GA 2E0SA 3PUWE 3PUZE 4IO3A 5DEXB 3O28A 1OVBA 1FW0A 3RT8A 1PBPA 5AA2D 5I2NB 2ALUA 1UTBB 2HXWA 5JTYB 1MXVA 4OVJA 3KN8A 3OOAA 3T9VA 4UACA 3K0VA 2HZLA 1IXCA 2XD2A 2V84A 2FYIA 3MVXA 4JBZA 1URSA 3O9PA 3RUMA 5TU0A 2F7AA 3IJOB 4LUBA 1I6QA 3TYHA 4F29A 3PUVE 4QHQA 1LAHE 2V3TA 3H6VA 3IR1A 3VLUA 3CFLA 2QSXA 3Q26A 3C33A 3M3FA 1TFDA 2ABHA 3MC2A 3PUYE 2V25A 1QUJA 5AA2A 2RCBA 4QFOA 1ZIUA 3A3UA 4KQPA 2RCAA 3OEKA 4JDFA 3O6HA 3PD8A 1ZMGA 4FEDA 4E0XA 4ZEKA 1VFDA 2XXRA 2THIA 3VVEA 1B4HA 5TP9B 1MXUA 5EHMA 4R72A 3VLWA 5DVIA 3VXCA 4DXUA 3G3KA 3GXAA 3CG1A 1B40A 3LSWA 2X7PA 4O3AA 1N84A 1P1QA 4YB5A 5TPAB 3ODBA 2DWJA 2G93A 4N07A 1LAXA 4IO7A 1XC1A 2I4CA 3DP8A 2XXQA 2REJA 5KCJA 3B6QA 4BLAA 1JEVA 2O6AA 3MVWA 4DXBA 3TDJA 5KDTA 1MM7A 2VHAA 3BBRA 4ELOA 3MVYA 2DE2A 5ICQA 3BFTA 4QF9A 4U2RA 2P2AA 1GR2A 3TCGA 1LFHA 1Y4TA 3FATA 5ICTA 1B3FA 1B7HA 2O7UA 4MF3A 1OMPA 1SVXB 4WKMA 1FQDA 4F2OA 3VE1B 4KPTA 3Q28A 4IGRA 4POWA 2NVUB 4O3CA 3TTKA 1II5A 4R9GA 1NFTA 3LUYA 1GVCA 1R9QA 4DE8A 1A54A 4QFKA 1MY0A 1QUIA 4G4PA 3C31A 1MDQA 4HCYA 4N6PA 3VLVA 4XTCQ 3HN0A 1B05A 4U1OA 3U92A 2UVJA 3TTNA 1N7XA 1P99A 1SYIA 2ZMBA 3K6VA 3OSRA 4KFQA 3RTWB 3CSGA 1LBBA 3IO4A 4F31B 4R75A 5TP9A 4NMYA 2DWIA 2UVHA 1SYHA 3FASA 4NWDA 2Q9TA 3TMGA 2QS2A 2Z8DA 2DSFA 3R6UA 4GRKA 1MG1A 4F18A 4GL8A 2X26A 1PB7A 5K2YA 3MP8A 3MPLA 1D9YA 4HTGA 3UN6A 1MY3A 2Y84A 3IAZA 4L17A 4YKJA 3WAEA 1Q1KA 4XKNA 4F3GA 1B3EA 2O68A 4GFRA 3UGWA 1EZ9A 1SBPA 4TOZA 5DVJA 4NF8A 4C0RA 1EZPA 4JSOA 2H4IA 2NWJA 1MRPA 1QULA 2UXAA 2OZZA 3FIRA 4BDMA 1AL3A 1ZKBA 4LATA 2GH9A 3BKIB 5CMBA 1PBQA 1DOTA 4GXSB 1MY2A 2ONRA 4IO4A 4OERA 3TQWA 1M5CA 2OJTA 3OO7A 1TWYA 1B5HA 4QFLA 1B9JA 3K1NA 1URDA 4U4SA 1B3GA 5I84A 1I6AA 1DTGA 3PPRA 4OFOA 3KOTA 4LONB 1JEUA 4KI0E 5FHOA 4NF4A 4Q8RA 1B3LA 2O51A 2XX8A 3HSTA 4DLDA 4ELQA 4YKKA 3SEYA 3TPAA 2PVUA 3C9HA 2LAOA 2HQ0A 5I2KA 5L9OA 4U1ZA 5ELVA 4YKPA 1M5EA 2I49A 1FQBA 3MP6A 4KR5A 1WDNA 3OO9A 2DS9A 4YMAA 4RNSA 2H9BA 1FQEA 1Z7ME 2UVIA 5F1QA 4THIA 4RY1A 1XVXA 2AYSA 4KCCA 4ZZEA 3GBBA 1ZBMA 3IK6B 3U93A 2X7QA 1MXXA 1B5JA 3K6WA 4EQ7A 2ZYKA 4GIZA 1JW4A 4IY5A 4GL0A 3T96B 2B3FA 3H6TA 3N5LA 1S9TA 1MDP1 4FJPA 3K1MA 3DM0A 2Z23A 1NNTA 2GHBA 3EF7A 4H5GA 5CC2A 3DP6A 4UA8A 4EQBA 1O63A 1R9LA 1XOCA 2PT1A 1BLFA 2GHAA 3LSXA 4GQOA 3UP9A 4EQ9A 3MBPA 3PD9A 3PMWA 4NF6B 4Q0CA 3QXMA 4F19A 2HCAA 5CM6A 3FZVA 4ZZAA 2XXPA 3MUQA 1DSNA 1LCFA 3RNNA 5JEIA 2ZXTA 1JVYA 3IX1A 5CI5A 3N26A 3OMBA 2V93A 3PPNA 4NF4B 1JNFA 3H3GA 3TCHA 5I58B 3T9HB 4OETA 5I57B 1XHYA 1B5IA 3G3HA 3IOVA 4C1UA 3VFJA 2DE4A 3KG2A 1LBCA 2YPNA 4OMBA 3VDFA 3K02A 4BDQA 2ZYNA 2UYFA 1VFEA 1BIYA 4U22A 4NEDA 4GLIA 1MPDA 1RYXA 4LQ2A 1R1NA 3CVGA 1US4A 5H8NA 3D4CA 1US5A 1J1NA 1AMFA 2I48A 1SI0A 2G29A 4YAHX 3TTLA 2D3IA 1B1XA 2P1SA 2VGQA 2I0CA 2Y7WA 1YCJA 4N13A 4OFJA 4P0GA 4K3FA 4M4GA 4DXCA 4F1UA 4NF6A 1NL5A 1PDAA 1WVJA 5L8DA 1QKBA 1ZLQA 3FVNA 4F3BA 3C32A 3IO6A 3MPKA 3ZKLA 4BDRA 4OZ9A 1BP5A 4R2FA 4KYSA 3PV0E 1XT8A 1LB8A 4NTLA 3TTRA 3U1OA 4F22A 4PFUA 4ZEBA 1DPEA 1B7UA 2Y7PA 3TCFA 2DWHA 1I69A 3PPQA 1HSJA 3V89B 2I3WA 3LR1A 4F2QA 2QRYA 2XHDA 4XIGQ 4E0WA 2I6EA 5CBSA 1B2HA 3FXRA 4QFNA 2QPQA 3Q27A 4NF5B 4RPOA 4ZECA 1LGBC 4OXVA 4JWOA 2RINA 1TXFA 4YICA 3RGYA 1IXGA 2H25A 2VOZA 1LCTA 4QSDA 1CB6A 4PFWA 3GLBA 4NF8B 3IB1A 2VD3A 2DVCA 5I57A 1P1WA 1F9BA 5HM4B 3FUZA 2DXYA 2PX1A 1PB9A 3N6UA 3H6UA 1H3DA 1FQFA 2DQVA 3O97A 4OTEA 2CZLA 1B51A 1S50A 1PEBA 3IOUA 3MWBA 2XX9A 2FNCA 4I9DA 3A3CA 4AQ4A 3KN3A 3QIMA 2ONKE 3DELB 3ZS6A 3TTMA 3U72A 2Y7IA 4ZEDA 1Y3QA 2NXOA 2XXVA 2Z22A 1NNPA 1XS5A 3PMXA 2WKYA 3C34A 1JW5A 5TPAA 3T93B 3ILTB 2B3BA 1LAGE 4NF5A 4KHZE 4QRZA 2DXRA 5AA1A 3USDA 3RQTA 1DMBA 4XKRA 1AIVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U94A 1D3KA 4GF8A 4OESA 2VPOA 2XXUA 4PFYA 3O66A 4R2BA 2CMOA 2H99A 5ET5A 1Y1MA 4GXAA 5FBPA 4OVRA 1FTLA 1Q35A 1UTHB 1AH5A 2OWSA 1G0IA 2F7BA 3LC8A 3FV1A 2O69A 1JETA 2GQ1A 4R6YA 2O1MA 5DTBA 4N81A 3KSXA 3L6GA 1H43A 3K2DA 1IUDA 1MXWA 3HCQA 1QVSA 4OVQA 1HSEA 4G8MA 3JYRA 1QW0A 3OO6A 3E78A 4F1YA 1FPIA 4EXKA 3OENA 3E13X 3H4ZA 4G68A 3OXNA 2Y7KA 2QMXA 1N04A 3H6WA 4X1BA 1IXHA 3SEWA 2ZYMA 4O7MA 2YJPA 4P56A 3CIJA 1ZTYA 2F36A 4JSDA 4Q5TA 3EN3A 1KWHA 3THIA 2B65A 4FATA 3SEXA 4GD5A 1SD3A 2QJEA 3IORA 1BTJA 1B4ZA 4BDNA 1FPJA 1LLSA 3OSQA 4RPNA 2QS3A 1IIWA 4N6KA 4GWYA 1FQAA 3O6IA 4GX4A 3EQ1A 3TQLA 3RT6B 2QVRA 5ISUA 4AB5A 5H8FB 4F3SA 1MH4A 4ZE8A 1QUKA 1IQ7A 4G2ZA 1P1OA 4WXJA 2IA4A 2HHMA 3L6HA 1FTKA 3QAXA 3Q25A 4JWXA 4PP0A 3KC1A 3I3VA 3TUSA 3I5OA 5LOMA 3BIGA 3ILUB 2OCUA 1K9YA 4Q30B 3ZS6A 5CI5A 4H65A 3GYYA 1B52A 4MLQA 4OHNA 3TELA 3CG3A 4P1EA 1FTOA 1A8FA 2GFEA 4OANA 4YU0A 3T22A 1LB9A 1SDXA 1N7WA 3MAMA 3S9MC 1AOVA 5IM2A 2Q2CA 4U23A 1N0TA 4OFLA 3U65A 3HHGA 5ET6A 5I2KB 2HAVA 3C36A 4P8BA 3BFUA 2W7YA 2B4MA 1FTJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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