3VE1B

The 2.9 angstrom crystal structure of transferrin binding protein b (tbpb) from serogroup b m982 neisseria meningitidis in complex with human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
677
structure length
675
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPETDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin-binding protein 2
publication title The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
total genus 216
structure length 675
sequence length 677
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B03
5DYHA 1MY1A 1VFDA 5JTYB 1AH5A 3FXUA 1SBPA 4GXSB 1POTA 5TPAB 3FUZA 5I56B 1JW1A 1LBCA 3C33A 2UYEA 3TKDA 3MUQA 4KI0E 2O51A 3ILUB 2XXHA 4LZ7A 3GXAA 1XS5A 3GBAA 4LZ5A 4FAJA 4QHQA 3S9NC 2I0BA 1JVYA 4RPNA 4NF6B 4OZ9A 2OWSA 2DQVA 2O84X 1O64A 1FW0A 1KWHA 4YKJA 2CMOA 3V83A 3U1OA 3FATA 3TFLA 5JEIA 3M8UA 1QKBA 3W9WA 1IZ1A 3C35A 4NWCA 3MP6A 5CMBA 2YJPA 4FIMA 5DT6A 1MM7A 5CM6A 2X7QA 5FTHA 1XVXA 4LATA 3EF7A 4OMBA 1MXUA 3TTNA 3DP4A 3QK6A 3FGSA 1FQBA 2VD3A 3O28A 3CFZA 2UVGA 3O97A 2DE3A 1DOTA 4IO2A 1MY4A 3SETA 3T66A 4F1UA 3IOVA 1LFHA 2BJJX 4WEPA 2F6PA 1XT8A 4OENA 1P1WA 1GGGA 3K1PA 2KLFA 2HQ0A 3PUVE 1XVYA 1B51A 4P0GA 4U1OA 4N13A 4PFTA 3B7DA 4ONYA 3H3GA 2QS4A 4BDRA 1FTMA 4ZE9A 4LQ2A 4GL8A 4LUBA 5I59A 1IXGA 4NF8B 2I49A 1XHYA 1JVXA 4EF2A 4H67A 3IOUA 3QSLA 2OZZA 4YKPA 1LGBC 4M1VA 2XX9A 2XXTA 2DWAA 3T9UA 4F39A 3A09A 1DMBA 5H8NB 3FV1A 5CBSA 1UTHB 1R6ZA 4F29A 2DXRA 1FQDA 1PB9A 2AL5A 1B58A 2I3VA 3PV0E 4OHNA 1JETA 3GZGA 3TAJA 1DPEA 3VFJA 4F2OA 1Y20A 4OFOA 4PP0A 4U21A 1LFIA 5AE4A 1ZKBA 5B7DA 1AIVA 1B52A 2PT1A 4PFWA 4G8HA 4OETA 5DEXB 1Y3NA 2V3TA 3PUZE 1EZPA 2UVIA 1TWYA 2F6GA 2HAVA 4G8MA 3ODBA 1N04A 4G68C 4FORA 5KCJB 1MY3A 2F97A 4ZZEA 2YLNA 1FQCA 3FVGA 1B6HA 3S9LC 1NNFA 1BIYA 4JDFA 4FJPA 3FASA 3SEWA 2E1SA 2M8CA 3MZ1A 5AA3A 3O29A 3IO6A 1MG1A 4HTGA 4N07A 1NH8A 2F8DA 1JQFA 3MZBA 2RC9A 2LAOA 2VHAA 4X1BA 3T9HB 4PFYA 2F7CA 3VVEA 1SYHA 2D21A 1OVBA 3LUYA 2ZNTA 3V5AA 4PFUA 5A5XB 3CFLA 1I69A 4OEUA 1I6AA 1LSTA 4U4SA 1M5FA 2O7IA 2HZKA 2OBGA 2H98A 2HEUA 2Q2AA 1TT1A 3TMGA 4TQUQ 3QUJA 4AB5A 3IR1A 5CRYA 1N3WA 4NF4A 3T96B 3K6XA 5DTBA 1B3HA 2ESNA 3FV2A 3IB1A 1JW4A 3TQLA 3WAEA 5I58A 1WDNA 2XXPA 3MVZA 1SQYA 3KN8A 4JXIA 3O6GA 3HN0A 2QJEA 2Z8FA 3RT6B 3UP9A 3QIMA 5TPAA 1NNTA 3C32A 4HCYA 1M5CA 5I56A 4F3GA 1ANFA 2DS9A 2GHBA 1B9JA 1TFDA 3OO8A 2QS1A 2XXXA 1QUJA 4JWYA 1FCKA 3PPNA 3MBPA 3KSXA 2P1SA 2A5TB 1FTKA 2QS3A 4NF6A 1D9YA 1AMFA 1A8EA 1B1XA 1LB8A 3G7WA 3BKIB 4OESA 4XIGQ 3JYRA 2F78A 4ZEBA 4MH5A 3RNNA 1EH3A 3TTKA 2CZLA 4G8NA 3VE1B 2H25A 1DPPA 4R73A 5JK4A 1WVJA 1UIVA 4EDPA 3T22A 5L9MA 2ZYKA 3CIJA 4XTCQ 3N6TA 2ANJA 3SDFA 4QFOA 4OEVA 2AL4A 2B3FA 5KZTA 1PB8A 2XHDA 3EHUA 4IO4A 3ONMA 3IB0A 3FD3A 2DSFA 1YTVA 1B46A 1SI1A 2XXIA 3PUYE 1CB6A 1B1HA 1HSJA 1GTKA 3R6UA 4MF3A 4WKMA 4YKIA 5CC2A 3DP8A 2O1MA 4ZEIA 4NF8A 1NL5A 3ZKLA 1SW2A 4Q0CA 4G68B 1LAHE 4NMYA 4AQ4A 4BDQA 3HHGA 4M4GA 1UQWA 1M5EA 5H8NA 1LLSA 1LAXA 5L9OA 5H8QB 1LFGA 1UTHA 3MC2A 2GRVA 2O7UA 1P1UA 4IGRA 2V25A 4ZECA 4KHZE 5K2XA 1F9BA 1LCTA 3TDJA 4QFPA 4DIGA 3E4RA 4EQ9A 1PBPA 3IJOB 2OJTA 3PMVA 3M3LA 2X7PA 4ZZAA 2XXVA 1Y3PA 1P1OA 4C1UA 4GXAA 3SERA 3HPIA 4GWOA 3WAFA 5DEXA 5H8HA 1B3EA 1D9VA 2PBWA 4I62A 1QUKA 3OD7A 3N26A 4Z7EA 3LC8A 1ZU0A 4FEBA 1P99A 2RF1A 3TPAA 2Y7IA 1QULA 5KCJA 1OQHA 4E0WA 4ELRA 2RCAA 3KZGA 1MXZA 3B6WA 1AOVA 2XXUA 1MQIA 2R9JA 3IAZA 4KPTA 1YPNA 4FECA 4POXA 3RN8A 5IKBA 1Y4TA 4XKNA 4OFJA 3TTMA 3HV1A 3AXFA 2ZXTA 4HS7A 1B7HA 3RPWA 4H8JA 2OCUA 3TYHA 4XXUA 3T9VA 5DVFA 1ATGA 1URGA 1B0LA 3OEKA 1IITA 2Z8DA 2G93A 3EN3A 3SEUA 3LBSA 3U8QA 4EQ7A 5CMCA 3KBRA 3FIRA 2O1LA 4E0XA 1IIWA 4LVQA 4DLDA 1MM6A 3K01A 4DE8A 1EZOA 5I57B 3I5OA 5A5XA 1PBQA 4K3FA 1GV8A 1TFAA 3IK6B 3TCFA 1MH4A 2QSXA 3OEMA 2DVZA 4YMAA 3CRBA 3E13X 4IGTA 4H5GA 3DLNA 3MVWA 2HAUA 2DE2A 4X48A 2AIXA 3FJGA 3A3UA 5TP9B 4U2RA 4NWDA 1PDAA 4MLVA 4HCWA 1MPBA 1MQGA 4RA1A 1NMUA 3A3CA 3C34A 2DWIA 5HBCA 3M3FA 1VR5A 3G3IA 3Q26A 4KD5A 4GF8A 3IB2A 4YB7A 1MPDA 3SEVA 3V8XB 4WEDA 2ZYNA 1RYOA 3C31A 3O6IA 4ZEDA 4QFKA 2NUVA 4BLAA 5L8DA 1Q35A 2XXQA 2NXOA 3HO7A 3O6HA 5CMMA 3OMBA 1S9TA 1CE2A 2OK2A 4POWA 2REJA 1ZLQA 3LSXA 2Q2CA 1HSLA 1I6QA 4RYAA 2VOZA 3RQTA 5H8HB 4F3PA 4WXJA 3N6UA 4TLMB 1NFTA 3KEIA 1N7WA 3ECRA 2DWHA 3SESA 3UN6A 2A5TA 3VLWA 1OLCA 4FE8A 3GBBA 1OVTA 1EU8A 1URSA 3N94A 4MBPA 5ICTA 4G77A 2O6AA 4BDNA 4U23A 2R71A 3G3KA 1PB7A 3KGCA 2XXRA 3VXBA 3K2DA 2I58A 3ZS6A 5BWJA 5B70A 2WKYA 2O68A 3S2VA 1H76A 3PU5A 4KYDA 3P7IA 2RCBA 4OWDA 4ZDMA 1R9LA 2REGA 5CMKA 4GFRA 5CI5A 1R1NA 4KYEA 1QUIA 1URDA 2V93A 3PGFA 3EQ1A 1B3GA 2NVUB 1YAEA 1H3DA 1O7TA 3F11A 5ICQA 1SDXA 2XXYA 2I6EA 2H5YA 3PPRA 4QF9A 4JSOA 1A55A 1A8FA 4GLIA 4BDOA 5KDTB 1B7ZA 3QUFA 4NE4A 3FXQA 5BUUA 3MP1A 4QSDA 5AA2D 2ONRA 1N0TA 1MS7A 4LQ5A 4BDMA 2UVJA 3VLUA 1RKMA 4UACA 1MXXA 3H6VA 4G68A 2H99A 3IL1B 3W15C 1IXIA 1US5A 5FTIA 4GQOA 2XD3A 2VGQA 4DCXA 4PE5B 4THIA 1YCJA 1QKAA 5H8FB 1MDQA 5H8QA 2OWTA 3PMWA 3TODA 4P11A 1D4NA 3PUXE 4OXVA 4OERA 2FNCA 3RTWB 4FEDA 1PEBA 1B4ZA 3CG3A 4R2BA 4I8CA 3BBRA 4H5FA 4R6HA 3LSWA 2PX1A 1S50A 2RC8A 4U22A 2VP1A 2ZYMA 3I6VA 3CR9A 2HZLA 1LAGE 4DXCA 1GR2A 4KR5A 3EHTA 3VLVA 1ZJLA 4GIZA 1EZ9A 4XKPA 2YPNA 3Q25A 3QYTA 3IX1A 3H03A 4YMBA 5IAIA 4QRZA 4GOTA 4OYVA 2QPQA 3KSJA 5I2NB 1JW5A 1BP5A 3PPQA 5EHMA 3MJNA 2PT2A 3S9MC 2Q88A 4ZE8A 2Z23A 5EHSA 1B7UA 3DP6A 3PPOA 2IEEA 2ZYOA 5FHMA 3TELA 1LCFA 4NEDA 4RK9A 5DVIA 4IB2A 3L6GA 1SD3A 5L9SA 3IO4A 5I57A 2G29A 4H6DA 4MLQA 4YB5A 3T93B 4N6PA 1N3XA 3C9HA 3FZVA 4EUOA 1NH7A 3KFMA 3DELB 3KOSA 1JNFA 3K4UA 2D5WA 2DWJA 3OO7A 4LZ8A 1NKXA 2Z22A 4KQPA 4C0RA 3CFXA 2ALUA 5TP9A 4ESWA 3CSBA 2X26A 1L5TA 1ELJA 1OQGA 4NTLA 3FJMA 3THIA 1DSNA 2DE4A 4FATA 4GVOA 4H0WA 3GLBA 4F1VA 3Q28A 3CI8A 1SVXB 3CVGA 3UIFA 1FTJA 1SW1A 2QRYA 1D3KA 4I1DA 3TTRA 3OENA 4NF5A 3TEPA 2PMSA 1FTOA 1B05A 2AYSA 1SW4A 4KFQA 3KN7A 3TQWA 4QSCA 4YZZA 3K6VA 2I4BA 1H43A 2FYIA 3M3KA 3MW0A 5EYFA 4GD5A 2Q8JA 3G3JA 2F34A 4O3BA 4X1DA 1NNKA 3CSGA 4ESXA 3L6HA 3H4ZA 3K0VA 3TZAA 3G3HA 2F7BA 1WODA 1USYE 3G3FA 3QAXA 3BFTA 1NNPA 3E9XA 1US4A 3LSFB 1BKAA 3PMXA 4F19A 3RTFB 3FXRA 3U72A 4OQOA 3FJ7A 1MQHA 1A40A 4MFIA 5AA2B 4DXBA 3JZJA 2I4CA 1B3FA 3N5LA 3IOTA 4P0IA 4RNSA 1USYH 1N84A 4F1YA 3B6QA 4YAHX 4QFNA 4JSDA 4IY5A 4LA9A 1VFEA 4OTEA 5AA4B 2RC7A 2GHAA 3MVXA 4F3BA 5LOMA 4RK2A 4O3AA 4DZ1A 4H1XA 3H6UA 3MWBA 3KJ7A 1LAFE 3UORA 4YB6A 1DTZA 2PYYA 3O2AA 3C4MA 3FVOA 3UA8A 4IO6A 3K1MA 3EPEA 4BDLA 4DCYA 5KDTA 4DDDA 1UIUA 1Y4CA 1T0KA 4JBZA 3HSTA 4U1ZA 4IO3A 3LSLA 3O66A 2P2AA 2DVCA 4TOZA 4YKKA 2HXWA 1MQJA 2ONKE 5I2KB 3C36A 4ND9A 2Y7PA 3D4GA 3HHFA 5H8FA 1QW0A 3V89B 4UA8A 5CBRA 4RXLA 3K6UA 4YICA 3RUMA 2NWJA 1MXWA 3OO9A 3VDFA 4NF5B 2ONSA 2B3BA 4EF1A 1UTBB 3H06B 1OIBA 3BFUA 4GRKA 1OLAA 4OVJA 2HCAA 3ZSFA 1IEJA 5F7VA 2V3QA 4KCDA 3TCHA 1MPCA 4OFLA 1BLFA 2VD2A 3Q27A 3FVKA 2F35A 3USDA 2HFBA 3EHSA 3PPPA 2Y7KA 1Y1ZA 2F7AA 2A5SA 5H8SA 4QFLA 2W7YA 1A7LA 1FTLA 4F18A 4HW8A 1B0HA 4G2ZA 4U4XA 4Q30B 1VSOA 1Y3QA 1B2HA 3HCQA 4KCCA 3FVNA 1B32A 2RKMA 4ECFA 1ZBMA 5I2NA 5I84A 4R75A 3RLFE 1O63A 3DM0A 2DP8A 5M2VA 5FHOA 4KYSA 5HPQA 3VVFA 1B40A 4GL0A 4YU0A 1FQEA 4PQJA 1ZIUA 2Y84A 1RYXA 2Z8EA 3IOWA 1H45A 2XD2A 1XC1A 3SEXA 1FQFA 1BTJA 1MH3A 4ELOA 5FHNA 1JEVA 1S7YA 3RT8A 1MDP1 4C1TA 4Q5TA 2F36A 3H6TA 2V3UA 3H6WA 2IA4A 4R9GA 3KOTA 4EXKA 4ELQA 4I9DA 3SKPA 2QMXA 1MRPA 1ZTYA 5HM4B 3RGYA 1JEUA 2F5XA 2PVUA 4IO5A 3W9VA 4X9TA 4IY6A 2XX8A 3PD9A 3KJTA 3UK4A 4JB7A 4ZEFA 4PETA 2B65A 3VVDA 3OSRA 3U93A 1N7XA 5I59B 5F1QA 2XXWA 1B3LA 1P1QA 4ELPA 4XKQA 2ZNUA 3PUWE 1HSEA 3T9XB 4G4PA 2QL3A 4AB6A 1PC3A 3OSQA 5K2YA 2RINA 3K1NA 2UXAA 1M5BA 3D4CA 1A99A 1AL3A 1B5JA 1SI0A 3K02A 2DOJA 3IORA 3OO6A 3Q29A 4JWXA 2V84A 3ILTB 5AA1A 5JTYA 3OELA 2Q9TA 1J1NA 3LR1A 3G3GA 4JWOA 4LONB 1B4HA 4ZS9A 3MPLA 3B6TA 2H4IA 1B5HA 1B5IA 5AA2A 1XOCA 2NOOA 1IUDA 1MQDA 3I3VA 2E0SA 1H44A 3S9EA 1Y9UA 3TCGA 4RPOA 5DVJA 1SYIA 1MXYA 1A54A 1R9QA 2UVHA 1VE4A 3O9PA 1N76A 3ZKKA 3K00A 3K6WA 4F3SA 4F31B 2H9BA 1I6BA 1Y1MA 5AA4A 4RJZA 1II5A 4F22A 4R6KA 2OLBA 2QS2A 2Q89A 4XKRA 1IXCA 2DXYA 3E3KA 3VXCA 4F2QA 4R9FA 3IJXB 2ABHA 2XX7A 1Z7NE 4H65A 2DYXA 2P0SA 1Q1KA 1SW5A 1OMPA 4Q8RA 3OOAA 4DXUA 1IXHA 1GVCA 2QMWA 1QVSA 5ITOA 4IO7A 1POY1 4ISUA 1FQAA 2ZNSA 1P1NA 3U92A 3KG2A 2I48A 3S4UA 5TU0A 2GH9A 1LBBA 3MPKA 2THIA 2I3WA 2O69A 3R7XA 4EXLA 3OXNA 4R72A 1MXVA 1TXFA 1IQ7A 3SEYA 5I2KA 1QJMA 1DTGA 3R26A 4Z0IA 3U94A 3TTLA 3KN3A 2D3IA 2GFEA 5ISUA 4ZEKA 2I0CA 4L17A 4R6YA 4QSEA 3UGWA 3VV5A 4NF4B 3MP8A 4TLLB 2ZMBA 4EQBA 3PD8A 3MVYA 1ZMGA 1UTBA 3MZ9A 2Y7RA 4O3CA 3TUSA 5I58B 1MY2A 3MAMA 3CG1A 4LP2B 2UYFA 3MQ9A 4R74A 2R6GE 2Y7WA 3QXMA 5ELVA 2FA7A 5ITPA 5J1DA 4RY1A 3JV9A 1MY0A 3RY3A 4R2FA 1LB9A 3H7MA 1M5DA 1Z7ME 4H8IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OVSA 5DYHA 1MY1A 1VFDA 5JTYB 1AH5A 3FXUA 1SBPA 4GXSB 1POTA 5TPAB 3FUZA 1FBFA 5I56B 1JW1A 1LBCA 3C33A 4PAIA 4N17A 2UYEA 3TKDA 3MUQA 3ROJA 4KI0E 4O94A 2O51A 3ILUB 2XXHA 4NHBA 4LZ7A 3GXAA 1XS5A 3GBAA 4LZ5A 4PAFA 4FAJA 4QHQA 3S9NC 2XWKA 2I0BA 4P47A 1JVYA 1BK4A 4RPNA 4NF6B 4OZ9A 2OWSA 2DQVA 2O84X 1O64A 3T1BA 1FW0A 1KWHA 3U65A 4YKJA 2CMOA 3EKIA 3V83A 1K9YA 3U1OA 3FATA 3TFLA 5JEIA 4G61A 3M8UA 1QKBA 3W9WA 1IZ1A 3C35A 4NWCA 3MP6A 5CMBA 2YJPA 2Q8MA 4FIMA 5DT6A 1MM7A 5CM6A 2X7QA 1NUXA 5FTHA 1FPJA 1XVXA 4LATA 3EF7A 4OMBA 1MXUA 3TTNA 3DP4A 3QK6A 3FGSA 1FQBA 2VD3A 3O28A 3CFZA 2UVGA 3O97A 2DE3A 1DOTA 4IO2A 1RDYA 1MY4A 3SETA 3RPLB 3T66A 4F1UA 3IOVA 1LFHA 2BJJX 4WEPA 2F6PA 1XT8A 4OENA 1P1WA 1GGGA 2KQZA 3K1PA 2KLFA 2WEFA 2HQ0A 3PUVE 3LV0A 1XVYA 1B51A 4P0GA 4O7MA 2OWZA 4U1OA 4N13A 4NF0A 4PFTA 3B7DA 4ONYA 3H3GA 2QS4A 4BDRA 1FTMA 4ZE9A 4LQ2A 4GL8A 4LUBA 5I59A 1IXGA 4OA4A 4NF8B 2I49A 1XHYA 1JVXA 4EF2A 4H67A 3IOUA 2CEXA 3QSLA 4QBAA 2OZZA 4YKPA 4IR8A 1LGBC 4LN5A 5I3SA 4M1VA 2XX9A 2XXTA 2DWAA 3T9UA 4F39A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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