3VE1B

The 2.9 angstrom crystal structure of transferrin binding protein b (tbpb) from serogroup b m982 neisseria meningitidis in complex with human transferrin
Total Genus 216
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
677
structure length
675
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPETDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFRRP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Transferrin-binding protein 2
publication title The structural basis of transferrin sequestration by transferrin-binding protein B.
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule tags Transport protein
total genus 216
structure length 675
sequence length 677
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ve1B03
3AXFA 1LBCA 1B3HA 3D4GA 2ABHA 3K6VA 4GXSB 3BKIB 2OLBA 2QRYA 3MJNA 5FTIA 4F3SA 3GXAA 2DQVA 1POTA 2REJA 2HEUA 3T66A 3G3GA 1RKMA 1SYHA 2O51A 1Q35A 1VR5A 2Z8FA 3LSWA 5A5XA 2OCUA 1LLSA 3M3FA 3C9HA 2VD3A 5H8QB 1LB8A 4XKQA 5DVFA 3G3FA 4ELOA 1AOVA 1MY4A 3KN7A 2QPQA 4NTLA 4EXLA 1ATGA 3TFLA 2F35A 1ZTYA 5CMMA 1LAFE 3PD9A 4WKMA 4ELQA 1N04A 1IZ1A 3UN6A 3U8QA 4DCXA 3VXCA 3RTWB 2FYIA 2F34A 3W9WA 4I8CA 3LSXA 4OQOA 2RC9A 3VLUA 2DWHA 4LATA 3FD3A 4U1ZA 4WEPA 4ZE9A 1AMFA 3ZSFA 3KFMA 4H0WA 3WAEA 2F6GA 1URGA 3HN0A 1WVJA 1EZOA 1ZJLA 2Y7RA 1B2HA 4H8IA 3FXQA 1NKXA 1LFHA 5KZTA 3PPOA 3MQ9A 1XVYA 3PMVA 3TKDA 4EDPA 3CSBA 5JTYA 3U1OA 2R6GE 3KGCA 1TWYA 2DWAA 4YKJA 2D21A 2ZXTA 2REGA 4TLLB 3KJTA 2UVHA 3PUYE 5CMBA 2H25A 4RYAA 4Q30B 5EYFA 3MVXA 1GVCA 4LUBA 4POWA 1IQ7A 1B1XA 4ZEDA 5K2XA 5A5XB 3W15C 1MH3A 3ZKLA 3TTRA 4G2ZA 2XHDA 4OWDA 5I2KB 4C0RA 1P1NA 4C1TA 1P1OA 1GTKA 1IIWA 1FTOA 2UYFA 3TELA 5AA2A 3LSFB 1A55A 2OJTA 1MXYA 2F7AA 2AL4A 5H8SA 4I9DA 2H5YA 1FQEA 3IJOB 2XXHA 3CFLA 3ZS6A 2AIXA 2Q9TA 1EZ9A 3N5LA 4JBZA 5CRYA 2PYYA 3PUWE 3KZGA 4BDRA 2RINA 4F39A 3H6TA 1DMBA 3HCQA 3Q29A 5L8DA 4ZEBA 4PFYA 1MXXA 1SI1A 4BDLA 1SD3A 5AA1A 1FQDA 3EN3A 1Y3QA 4IO3A 2P0SA 4UACA 3H06B 2D5WA 1FTKA 2PBWA 3DLNA 4EQ7A 4ISUA 3UP9A 3RN8A 1D9YA 2UVJA 2I0BA 3TTMA 3MVWA 1B46A 2ONKE 3FUZA 3Q27A 3S9MC 2XXWA 1YAEA 3KEIA 4XKPA 1A8FA 1MQHA 4OXVA 2NOOA 5JTYB 3S2VA 2QL3A 4QRZA 2YPNA 3MC2A 4YMAA 5J1DA 4H5FA 2PVUA 4JSOA 4MLQA 4GOTA 3E3KA 2H99A 5CI5A 2F78A 4O3BA 3M8UA 3M3LA 4RA1A 4XKNA 1BLFA 1BP5A 1IXCA 3A09A 3HO7A 3IOTA 1L5TA 1OMPA 3VVFA 3GBBA 5HPQA 1PDAA 1B3GA 2O1MA 2I48A 4LONB 2XXVA 1JETA 1FTMA 3CG1A 3EF7A 2UVIA 1QULA 2O6AA 4ZEIA 3H6WA 1Y4CA 4JWXA 5AA2B 1TXFA 5TP9A 4LVQA 3JZJA 4HS7A 1JVYA 2PX1A 1M5BA 3UA8A 4O3AA 4U4SA 3I5OA 3LC8A 4ZS9A 3CFZA 3HV1A 2A5SA 2O1LA 3JV9A 3B7DA 3M3KA 4F18A 4YB6A 3TCGA 1USYE 2YLNA 3PUVE 1FTJA 4F3PA 3MP6A 1GR2A 2RKMA 4AB6A 4ZZAA 4IO7A 4YMBA 3TZAA 1S50A 1UTHA 3EHUA 2F7BA 1CB6A 3KJ7A 3CFXA 3CR9A 3S9EA 1DTGA 1A99A 2ZNUA 3KN8A 4I1DA 3TCHA 3K6XA 1TFDA 3ZKKA 1A7LA 3FVGA 3SDFA 4QFLA 1JVXA 1IXHA 4DIGA 1Y1MA 2Z22A 4RK2A 3RUMA 3QUFA 1US5A 1R9LA 1D4NA 2QS3A 3T9XB 1IUDA 2I3VA 2XD3A 3O2AA 3I3VA 3RY3A 4FIMA 2GRVA 3G3HA 4IO6A 1Z7NE 4U21A 1OLAA 1MY2A 1I6AA 1R1NA 1XT8A 3B6WA 4HTGA 2Z23A 4KYDA 2XXUA 3K1PA 3K1MA 1JW5A 4XTCQ 3EHTA 4NF6A 2ZMBA 5L9SA 1D3KA 4H1XA 4N13A 3R26A 1FW0A 1YCJA 1DSNA 2HCAA 3USDA 3S9NC 3G3JA 2O69A 4OFOA 2OBGA 1XS5A 1Y4TA 4R2FA 5AE4A 1Y3PA 5ICTA 3KG2A 1ELJA 5TP9B 3H7MA 1J1NA 2Q89A 1B4ZA 2H9BA 4ZDMA 1I6BA 1MQGA 3TYHA 4ELPA 3GLBA 3L6GA 4QHQA 3MUQA 5DVJA 1MDQA 3MZ1A 3SESA 3DM0A 4AB5A 3WAFA 1WODA 3OO9A 4N6PA 3V89B 5DVIA 1MM6A 5I2KA 3QXMA 4BDNA 5IAIA 3H03A 1O64A 2NXOA 1ZMGA 1MPDA 4HCWA 3MP8A 3OD7A 1UTHB 4LQ2A 4OENA 4FE8A 3IB1A 4OZ9A 1MY1A 1PB9A 3W9VA 1YPNA 2RF1A 3PUZE 2KLFA 4NF5B 2GFEA 1MG1A 4GWOA 4MBPA 3U72A 2Q2AA 4Q0CA 1VE4A 4FATA 4RNSA 4HCYA 5CBSA 4X1BA 4DXBA 1D9VA 4KCDA 4Z0IA 2HXWA 4H67A 3O6IA 3MPLA 5AA3A 2R9JA 3UIFA 3MWBA 2HFBA 4GVOA 4R75A 3K0VA 5CMKA 5CM6A 4FORA 1UQWA 3QAXA 1MQDA 3H6UA 4R6HA 2B3BA 2G93A 1MY3A 2UYEA 4OESA 5HM4B 2XX8A 2O7UA 1LCFA 1JNFA 4IO5A 2QMWA 3C35A 4NWCA 4NF6B 4NF8B 4F1VA 1QKBA 2XD2A 1M5CA 1B05A 1TFAA 3C31A 2THIA 1MQJA 3V8XB 1B5IA 3TODA 3GBAA 1OVTA 1QUIA 3H4ZA 4IY6A 3DP8A 4JB7A 5H8HA 4H8JA 3BFUA 1B7ZA 4KQPA 4OERA 1MXUA 2QS4A 3A3CA 2OK2A 4JWOA 3S4UA 3FXRA 1Y1ZA 4H6DA 2F36A 4R74A 1LAXA 5I56A 2XXQA 2RCAA 3VVEA 1N7WA 3C32A 3FVKA 3FATA 4O3CA 2FNCA 3BFTA 2XXRA 2XX7A 4R2BA 4LZ7A 4F3GA 2VGQA 5H8FA 4G4PA 1MPCA 4RY1A 4ZECA 5CC2A 3VXBA 3K6WA 1JW1A 2YJPA 2XXYA 3T9VA 1PB8A 3TAJA 2V84A 4DDDA 1GV8A 2XXTA 4BDMA 2I3WA 5BUUA 1UTBB 3MAMA 1O63A 3T9UA 4AQ4A 1ZBMA 3RPWA 5TPAB 3DP6A 1PC3A 2V93A 3Q25A 4OEUA 3VLWA 2DXRA 3TTKA 3E4RA 3O9PA 2B65A 3FIRA 4E0WA 3VVDA 3UK4A 5I59B 3EPEA 1FTLA 2XXXA 2QSXA 5FHOA 3IJXB 1P1UA 1FQCA 4YKIA 3RGYA 4FAJA 2Q88A 2H98A 1IXGA 1B0HA 3RTFB 3IR1A 2FA7A 1F9BA 4F2OA 1FQBA 1N76A 3O29A 3C4MA 2GHBA 4G68C 3K01A 1BIYA 2OWSA 2ZNTA 4JDFA 5DYHA 3Q26A 3MZBA 2Q2CA 3O6GA 4QF9A 1Q1KA 3P7IA 1R6ZA 4U23A 4LZ8A 3T96B 3FV1A 3TTLA 3QSLA 4Q5TA 4THIA 5B70A 4GXAA 4BDQA 1N0TA 4JXIA 4G8NA 3PMXA 4OVJA 5F7VA 5H8HB 4IGTA 3ILTB 1WDNA 1BKAA 3OO6A 2P2AA 4FEDA 4GQOA 2Z8DA 5I56B 2B3FA 3JYRA 3IOWA 3H3GA 2O7IA 4BLAA 1ZKBA 2F5XA 5FHNA 2GHAA 5H8FB 1B3FA 3TQLA 3DELB 5EHMA 1SVXB 4QFNA 1B5HA 1B5JA 4DCYA 3MZ9A 2RC7A 4IB2A 5I58A 2DYXA 3SETA 1LSTA 5DTBA 3KSXA 1QW0A 2ZYOA 3F11A 3OELA 4R9GA 1YTVA 3KOTA 3O28A 1N84A 4GL8A 5DEXA 3QUJA 1B51A 4F3BA 1IEJA 1OVBA 4X1DA 1S9TA 4PP0A 5ICQA 4UA8A 1LFGA 4NWDA 2Y7IA 4YKKA 3LBSA 1B6HA 1UIUA 4EUOA 2VOZA 5AA4A 2XXPA 4YU0A 4IO4A 1SW2A 2F97A 3CIJA 3QYTA 5L9OA 3IO4A 3PPPA 3C34A 2HAVA 1JEVA 4QSDA 4H65A 4F2QA 3SEXA 5JK4A 4NF5A 4NEDA 5CMCA 4IGRA 2ZYNA 2GH9A 3RLFE 4ZZEA 2E0SA 2PT1A 4GLIA 2DWJA 3OEMA 1T0KA 3VDFA 4X48A 1MS7A 1M5EA 4PE5B 4OEVA 4ONYA 1DPEA 2I6EA 3LSLA 2O68A 1M5DA 1O7TA 1M5FA 3FGSA 1NNKA 2V3QA 4RK9A 1QUKA 4ESXA 4R6YA 2DE3A 1MDP1 3TQWA 4P0IA 4H5GA 3O97A 3V83A 4EF2A 2HZLA 1LFIA 1XVXA 4XXUA 4YAHX 2QJEA 1B7UA 1SI0A 3K02A 4LP2B 3HHFA 4KYEA 5KCJA 2HQ0A 4NF8A 1AIVA 3O66A 3KBRA 4MLVA 1IITA 1GGGA 4ZE8A 1NMUA 4POXA 2UVGA 1DPPA 2G29A 1A54A 3FJ7A 3K1NA 4X9TA 5ISUA 3BBRA 4MH5A 1XC1A 2WKYA 5I58B 1QKAA 2VHAA 3FV2A 1II5A 5I2NA 3QIMA 1OQHA 4U22A 3OOAA 1MXZA 2P1SA 1NNFA 1LB9A 5DEXB 3VLVA 4KD5A 5K2YA 3RQTA 1N3XA 4L17A 4DLDA 2ZYMA 3SEUA 2R71A 5LOMA 1B1HA 2DS9A 4RXLA 1B9JA 3IX1A 5KDTA 5AA4B 2F6PA 5BWJA 2DOJA 3ILUB 4GL0A 3IB0A 1UTBA 2I4BA 4DXCA 1HSLA 4DXUA 3R6UA 3MVYA 5TPAA 1VFDA 1VFEA 1MH4A 4ZEKA 2V3TA 1H45A 1HSEA 4P11A 1JQFA 1I69A 2Y7WA 5I59A 1HSJA 1NNPA 2DXYA 4EXKA 1B40A 4WEDA 4G77A 2OWTA 4QFOA 1N7XA 4R72A 1JEUA 4DZ1A 5HBCA 3HPIA 1QJMA 3K4UA 1US4A 2CZLA 2RC8A 4F19A 2ONSA 4M4GA 1A40A 3OMBA 1SDXA 2X7PA 1URDA 1MM7A 4GFRA 4MFIA 3OSRA 4NMYA 3PPRA 2AL5A 3PUXE 4IO2A 4QSEA 1ANFA 4C1UA 3H6VA 2IA4A 2RCBA 2PMSA 5KCJB 4ND9A 2Y84A 3O6HA 4QFKA 3MBPA 4MF3A 5EHSA 1SW5A 1I6QA 1PBPA 3C36A 3FZVA 1NH7A 1MY0A 4F31B 2ANJA 4R6KA 4XIGQ 1EH3A 3G7WA 5I2NB 1B3LA 3FXUA 1EU8A 3IOVA 3OSQA 2DP8A 1NFTA 4F1YA 3KOSA 3UGWA 5AA2D 2X26A 2I4CA 4YB5A 2QMXA 3E9XA 4U1OA 3RNNA 1B32A 2I0CA 4PFTA 4GD5A 2O84X 3T22A 1TT1A 1Y9UA 3CVGA 4YKPA 3SEWA 5FTHA 3PPNA 3FVOA 3PGFA 3OEKA 2ZYKA 4TQUQ 2M8CA 1ZIUA 5KDTB 2DE4A 3PD8A 1N3WA 4R73A 2UXAA 2V3UA 3KN3A 2A5TA 4KYSA 1FCKA 2DSFA 3FVNA 3B6QA 4PQJA 1IXIA 3RT6B 5M2VA 4R9FA 3V5AA 5JEIA 1EZPA 1LCTA 4GRKA 3ODBA 4XKRA 3PU5A 4OFLA 1H3DA 1QVSA 4QFPA 1OQGA 2Y7PA 3T9HB 3HSTA 2W7YA 3T93B 1B0LA 2NUVA 3PV0E 1URSA 4KI0E 4Z7EA 5DT6A 4RPOA 1QUJA 4K3FA 3TDJA 2DE2A 4JWYA 1MQIA 4EQ9A 1B3EA 3DP4A 1SW1A 3SKPA 2HAUA 2NWJA 3THIA 2DVZA 1P99A 4F29A 3N26A 3Q28A 3LR1A 4F1UA 4G68A 1SW4A 1S7YA 2DVCA 1P1WA 1SYIA 4F22A 4YB7A 1FQFA 2E1SA 3TUSA 1MXVA 2DWIA 5ITPA 1ZU0A 1MRPA 3SERA 3VFJA 1Y20A 4QSCA 1B7HA 1H43A 1B58A 4PFWA 5I57A 4YZZA 4RJZA 2D3IA 4YICA 3TMGA 4N07A 3K00A 4EQBA 3UORA 2Z8EA 4G8MA 3R7XA 5B7DA 4PETA 3IB2A 4KR5A 4M1VA 2I49A 3FASA 5TU0A 4KFQA 5H8NA 4OFJA 4EF1A 3OENA 5IKBA 2IEEA 4BDOA 3SEVA 1Z7ME 1LAHE 3EHSA 3MPKA 4WXJA 1H76A 3L6HA 2AYSA 1XOCA 4NF4A 1PB7A 4LA9A 4OHNA 3U92A 5FHMA 3PMWA 3SEYA 3U94A 1VSOA 2V25A 1RYOA 1JW4A 3TPAA 4OYVA 3CRBA 3G3IA 2A5TB 4LZ5A 2VP1A 3VV5A 4KPTA 3K6UA 3N6UA 3OXNA 3U93A 3IK6B 2Q8JA 2ZNSA 1H44A 2QS2A 3FJGA 4E0XA 2CMOA 4IY5A 3ECRA 3E13X 3TTNA 1OIBA 3HHGA 3B6TA 1ZLQA 1P1QA 3GZGA 1SBPA 3TEPA 1A8EA 3EQ1A 1NNTA 3MP1A 3N6TA 5I84A 4HW8A 2H4IA 1DOTA 1MPBA 2OZZA 4OMBA 2XX9A 2LAOA 5H8QA 4OTEA 3FJMA 4U4XA 3QK6A 1AL3A 3ONMA 3CG3A 5ELVA 3IAZA 3MW0A 1NH8A 3I6VA 2I58A 2PT2A 1PBQA 1OLCA 3LUYA 1USYH 1DTZA 4G68B 4FECA 4KCCA 2X7QA 4TLMB 2NVUB 4ZEFA 4ECFA 3G3KA 2XXIA 1PEBA 1RYXA 2BJJX 3IORA 3S9LC 1UIVA 3CI8A 2ALUA 2ONRA 3PPQA 5I57B 1R9QA 2VD2A 2ESNA 4OETA 4ELRA 1CE2A 4G8HA 3VE1B 4GF8A 4JSDA 4U2RA 3OO7A 3C33A 4NE4A 4PFUA 4TOZA 1AH5A 2QS1A 3D4CA 1XHYA 3A3UA 4P0GA 4FEBA 2F8DA 4I62A 3IO6A 3RT8A 4Q8RA 5F1QA 1Y3NA 4RPNA 1MXWA 1SQYA 5H8NB 4FJPA 5L9MA 3N94A 1LAGE 1BTJA 3MVZA 5ITOA 3CSGA 4GIZA 3OO8A 2F7CA 4KHZE 1KWHA 1B52A 1LBBA 1FQAA 4DE8A 1B4HA 3IOUA 4NF4B 3TCFA 3IL1B 2HZKA 1LGBC 4LQ5A 3KSJA 1POY1 4ESWA 2Y7KA 3K2DA 1NL5A 5CBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AXFA 1LBCA 1B3HA 4NF0A 3D4GA 2ABHA 4I3EA 3K6VA 4GXSB 1NUWA 3BKIB 2OLBA 2QRYA 3MJNA 5FTIA 5EQ8A 4F3SA 3GXAA 2DQVA 1POTA 2REJA 5IZ3B 2HEUA 3T66A 3G3GA 1RKMA 1SYHA 2O51A 3B50A 1IMAA 4JVCA 1Q35A 1VR5A 2Z8FA 3LSWA 5A5XA 2OCUA 4DI3D 2DDKA 1LLSA 3M3FA 3C9HA 2VD3A 2QVRA 5H8QB 4PAIA 1LB8A 1G0HA 4XKQA 5DVFA 3G3FA 4ELOA 1AOVA 1FJ9A 1MY4A 3KN7A 2QPQA 4NTLA 5A5LA 4EXLA 1ATGA 2Y5LA 3TFLA 2F35A 1ZTYA 5CMMA 1LAFE 3PD9A 4WKMA 4ELQA 2Y5KA 1N04A 1LBVA 1IZ1A 3UN6A 3U8QA 3VXCA 4DCXA 1FJ6A 3RTWB 2WX9A 2FYIA 3LV0A 2F34A 4PFBA 3W9WA 4I8CA 3LSXA 4OQOA 2RC9A 3VLUA 2DWHA 5EYHA 4LATA 3FD3A 4U1ZA 4WEPA 1FBCA 4ZE9A 1AMFA 3ZSFA 3KFMA 4H0WA 3WAEA 2F6GA 1URGA 3HN0A 1EYIA 1WVJA 1EZOA 1ZJLA 5EQ7A 2Y7RA 1B2HA 4H8IA 3FXQA 1NKXA 1LFHA 5KZTA 3U65A 3PPOA 3MQ9A 1XVYA 3PMVA 5ET8A 4N4UA 3TKDA 4EDPA 3CSBA 5JTYA 3U1OA 2R6GE 3KGCA 1TWYA 2DWAA 4YKJA 2D21A 2ZXTA 2REGA 2V4CA 3LUZA 4TLLB 3KJTA 2UVHA 2ZZVA 3PUYE 5CMBA 2H25A 4RYAA 4Q30B 5EYFA 3MVXA 1GVCA 4LUBA 4POWA 1IQ7A 1B1XA 4ZEDA 5K2XA 5A5XB 3W15C 1MH3A 3ZKLA 3TTRA 4G2ZA 2XHDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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