3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
3BP8A 4PZJA 3TELA 3F8BA 2PJPA 1EV7A 3LSWA 4LB6B 2NS0A 2E1NA 2Y75A 3JTGA 1LGBC 2QQ9A 4M4GA 2B65A 3HSRA 1TLHB 1E17A 2ANJA 5DCMB 2P7VB 3KGCA 1T0KA 1KQ9A 3DELB 1FPQA 4UUVA 3M8EA 4FEDA 1WVJA 1YFHA 1SFXA 2J5OA 1HQCA 1G3YA 3G3JA 1H9GA 3PMVA 4MGRA 5DCFA 1B7UA 1ELJA 2Z8FA 5JK4A 4AVPA 3GXAA 1XSDA 3FM5A 2ZYKA 5FHMA 3S9LC 2VC1A 2HEOA 4QFNA 2DLLA 1R6ZA 2NXOA 3QAXA 3NRVA 3R7XA 4A2UA 4MF3A 1OYIA 2HYFA 4FT8A 4OMZA 2RC8A 1OYWA 3LAPA 4U0WA 3QPTA 2VT3A 3I71A 1CF7B 4I02A 1F9BA 3OV8A 4ZE9A 1LB9A 5F64A 4ZEKA 3V83A 3V7RA 2O0YA 5EYFA 1ANFA 1PP8F 1RUOA 4G8NA 1HKQA 2XRNA 2HFHA 1SD7A 3PQJA 4A0XA 3IX1A 5FTHA 2HQ0A 2KIFA 2GZWA 2XAQA 5D4RA 2FU4A 1J59A 2XXWA 2IP2A 4QRZA 1ATGA 2VBXA 3QOPA 1GGGA 3PUWE 1GXQA 2YLNA 4F29A 3U9GA 1TWYA 4G2ZA 2FYIA 1MKMA 4GYGA 4AIJA 1FYLA 2LAOA 3FM3A 2V3UA 1ZKBA 4IB2A 4LD5A 5M2VA 1XDUA 1JETA 3RPUA 2QBYB 3DP4A 4C1UA 1N0TA 3C32A 5AA2D 3G3ZA 2KRFA 1ZG1A 2PFBA 4ASNA 1STZA 4BLAA 5H8FA 4U7BA 3MWBA 3DP7A 1B2HA 5I56B 4NWCA 5BPIA 1FOKA 1OQGA 3LAJA 2V84A 2OQGA 4OIOF 3J81Z 2IPQX 1C0WA 4JBZA 1UHWA 5BPDA 1ZTYA 3OO6A 3EF7A 3S9MC 3TQNA 1FT9A 3OSRA 2XXVA 3RYPA 3CO7C 5L9MA 1N7WA 2LF7A 3TTRA 2VGQA 3KLNA 2XX8A 4KPTA 4HQMA 1K79A 1YW7A 3O3KA 1R36A 4XKNA 2OA4A 1T39A 5IKBA 3CDHA 2RVCA 4BDRA 3HV1A 3FMQA 1H0MA 4GLIA 4IO2A 1MS7A 4RJZA 4ZS9A 2FA5A 1TFDA 1ZLJA 4LLNA 4IPAA 5FGMA 3KJTA 4TV7A 3IOWA 5L3CA 3FJ7A 3GLXA 4UACA 3GWZA 4F22A 3Q27A 5AA4A 3M8UA 1LDDA 2D1HA 3IJXB 1URDA 1J9IA 4R1HA 3MVZA 2O1MA 5LGUA 2XUBA 2Y7IA 4RGUA 3OMBA 1V3FA 3I6VA 2ELHA 4BNCA 3BKIB 4U88A 5IT9K 3K9TA 4M9XA 4S04A 5L3EA 1B1BA 2A61A 3DPTA 2MD5A 4HTGA 4DXBA 5KCJB 1SDXA 4PETA 4G6DA 4YFKF 4KHZE 5TJJA 2DK5A 1N84A 4ESBA 2RF1A 4QWQA 2HCAA 4QSCA 3O6BB 1G6NA 1OVTA 3MZ1A 3U92A 4Q48A 2M8CA 2VC0A 2YX7A 3I4PA 1HW1A 3BDDA 3RUMA 2AIXA 4PFTA 3KOTA 1QQIA 3HIFA 4GGGA 3GFJA 2ZCWA 1H9TA 1MDQA 3MVYA 1R1UA 4ND9A 5CMCA 2ZMBA 2IW5A 4RAYA 1IW7F 1FQCA 4PFYA 3THIA 1YG2A 4NF6A 3FIRA 1XSVA 3TKYA 4C0RA 1B9MA 1A40A 3B6TA 4YFNF 4JXIA 1ZBMA 4DCYA 2E1CA 3TGNA 3IB0A 2O1LA 1WODA 2QS1A 4XIGQ 3V4GA 1US5A 3L9FA 3F23A 1YTVA 4POWA 2ZO4A 1UCRA 5H8SA 1WRJA 4Y13A 2A5SA 1YLFA 2XXYA 3IL2A 1N76A 1Y3PA 3O28A 5HPQA 5E1XA 1MY2A 4LMYA 3RYRA 3FV2A 4RGRA 2L54A 2W24A 4HZFA 1LNWA 3FHZA 3EETA 2D5WA 4Y17A 4ZYGA 1UTHB 4FAJA 4ZZLA 1SYIA 2DQVA 4NF5A 3SKPA 1BKAA 3B73A 4U4SA 5FLXK 2O7IA 1FBQA 4KN4X 4ZYEA 3ZQ7A 1PBQA 5FTIA 4RB1A 1VFEA 3FXUA 2H27A 3SEWA 3R6UA 4ONYA 4PE5B 2HEUA 4QHQA 4CICA 5DEXB 3CFZA 3H6VA 1XD7A 2ZFWA 2W25A 3TO9A 4G7ZF 1MRPA 2FF4A 1IXCA 3HYIA 3T8TA 4L0YB 2RNJA 3CUQA 2ACJA 3MAMA 3PPRA 4YICA 2PBWA 2QQBA 5H8QB 3SEYA 3VLWA 4I62A 1DMBA 4O6JA 3VVDA 4CO8A 3WGHA 3CJNA 3TTNA 2ZNTA 4FECA 3RIRA 2VBYA 1B7ZA 1Y9UA 1SW2A 3RT6B 1KU3A 1LCTA 3WU1B 4OEUA 4RNSA 4DDDA 3IR1A 4TQUQ 3CIJA 1IEJA 2JPBA 2PQ8A 4HLXA 4OIPF 1PB8A 3GYHX 4EVIA 3I54A 2GA1A 4LA9A 3UIFA 1I5ZA 1PDNC 2RC7A 3U72A 4RB0A 3DM0A 4LZ8A 3U1OA 3H7MA 4K2EA 4KDPA 3KBRA 5ICTA 5JEIA 4O3AA 1REPC 1MJAA 2EFQA 1L5TA 3BPVA 1R00A 3M3LA 4NF4A 4KUMA 1AWCA 3JSOA 4ZEBA 2G93A 3ZP5A 3F8MA 1K78B 1O3SA 5LBQA 2A07F 3ABUA 2FNCA 2HAVA 3FVGA 3N6UA 3KZYA 2XXUA 4BAYA 3IKVA 2UXXA 4H8JA 3I3VA 1FYMA 4FJPA 3SETA 3MEXA 4DLDA 1Z7ME 5EEHA 4WKMA 4RK9A 4YU0A 1TNTA 5LRRA 4OMBA 3NQOA 3L7WA 1USYE 1P92A 2VXZA 5CVUA 3QU6A 1KU2A 1QVSA 1YAEA 3SQNA 2QJEA 1QO0D 4YMAA 2D21A 1U78A 2FBIA 3VB2A 5E8IA 2EV5A 3RKYA 3MCZA 3RT8A 4GIZA 2EFOA 4A0YA 2UZKA 3EYIA 3I5OA 3N97A 4KCCA 1HKSA 1I1GA 3RTWB 3Q28A 4GXAA 3TOBA 3IO4A 1FP2A 1LB8A 3KP2A 5BOXA 3ISPA 2CW0F 1POY1 4G8HA 5LHGA 2PT1A 3QXMA 4WEDA 4GRKA 1QNTA 1YCJA 1I6XA 4ECFA 5K5QA 4EXLA 3K02A 4G77A 2G9WA 2O6AA 4I09A 1ZGJA 4AIKA 3VXBA 3T22A 5AIQA 1VR5A 3E5XA 4QSDA 5KK1A 2DS9A 4UNOA 3T96B 4G68B 1XC1A 2F7AA 3V5AA 1UQWA 3U8QA 2V79A 3C31A 4YKIA 3ZS6A 3O6IA 1RNLA 4UVAA 3COAC 2XROA 2DOJA 4EJOA 4ESFA 3J7AO 2H5YA 4KIFA 4HCYA 1BC7C 3T9XB 4HF1A 1IAWA 4ZYHA 5DEQA 3I64A 1QZYA 4X48A 5FB2A 4UV9A 5BWJA 3L6GA 1N3WA 1K6OA 3KFWX 1O3QA 4UA8A 1ZAOA 2QENA 3V89B 5KCJA 2F35A 2PVUA 2VBZA 5F1QA 5CMKA 1VFDA 3V8JA 2DPDA 3T93B 2Y7WA 4OU0A 2LNBA 1J7KA 3CVGA 5E18F 3O29A 3PMWA 3HOSA 4YMBA 4I01A 1MY0A 3W15C 1U2WA 4IRIA 1P4WA 3FUZA 3T5XA 2NOOA 2ZMEB 2HTSA 4QFPA 1LJ9A 4U7DA 5BMZA 2ZYMA 3L2CA 1AOVA 2VOOA 2YPNA 3LSXA 4KFQA 2BGCA 3E5QA 1FTJA 3WGIA 2OQRA 4D0PA 2UVGA 2OLBA 1Y1ZA 1MJ9A 3ZMZA 1T98A 2VD2A 3K69A 1NKXA 2EK5A 3J80K 1QKBA 4G9YA 3TCGA 3ZMUA 4GXSB 3WAFA 3BROA 3IOUA 1I6QA 3GFIA 4CGZA 1JHHA 2F8DA 1POTA 3I53A 3HPIA 2GRVA 1MZBA 3QRFF 1E2XA 2RCBA 4H67A 3K2ZA 3OD7A 2OWSA 4I0BA 4B8XA 3IJOB 3K00A 4ESWA 2DWHA 4F1YA 1FTLA 4L9VA 4M71A 1UTHA 2DXYA 1D8KA 1QGPA 2ZNUA 2L01A 3VDFA 1KQ0A 5DVIA 1BJAA 5ICEA 3MBPA 4EM0B 2ABHA 4MLQA 1QJMA 3B6WA 1H43A 5E8GA 3E6CC 1B4AA 1GTKA 2AL5A 2PYYA 2HAUA 5JFRA 2R3SA 2XAHA 5D8KB 1KYZA 1FLIA 4F2QA 3IB1A 1Z6RA 4L0ZB 5I57A 2JZYA 4R6HA 2NAZA 3VFZA 4KYEA 3KEQA 5DEXA 4IRHA 1URSA 3GZ5A 5DYMA 1DPRA 4TLMB 2DU9A 4F18A 3KEOA 1FSHA 1R22A 2PMHA 3FASA 1N7XA 3TOAA 2Q8KA 4BDMA 2R6GE 2QYOA 1P1WA 4IO7A 4Z0IA 1ZG5A 3M1EA 1ZIUA 4YB7A 3TO7A 2IJLA 3KFMA 5AA4B 3S9NC 4ZE8A 3RGYA 1M5CA 3MZYA 1OLAA 1B52A 3G73A 4HW8A 3Q9SA 4M9ZA 1EZ9A 3SFZA 4YIIA 1SW1A 2QQAA 2VT2A 4LVQA 4YB6A 3TQLA 2IA0A 4LFUA 4HDVA 4QFLA 2XAFA 4NQWA 5D5XB 4DXUA 5IAIA 2ZNZA 3Q29A 2IA2A 3K6XA 4IO3A 3MW0A 4GVOA 3MPKA 2WV0A 1ZRDA 4R9GA 2XX7A 3MPLA 4LLGF 1FW0A 2W84A 3R60A 3ZMTA 4CXFA 3RLFE 1S29A 1LSTA 2OD5A 1FY7A 2DI3A 3GF2A 2H98A 4OFLA 1J2XA 1Z05A 3UORA 1P1QA 1XOCA 2Y7RA 2MA3A 5TU0A 4H8IA 5J1DA 4EJVA 2RINA 3SERA 2JRTA 1W5SA 3HRUA 2I4BA 3WTUC 4NF6B 3K0LA 2ADUA 5JTYB 2DE2A 2I3WA 3PD8A 5FO5A 2HDCA 1RYXA 3VODA 1OKRA 2GWRA 1IZ1A 3UP9A 3WTWC 3RY3A 5CBRA 3F6OA 1B0HA 5EHMA 5D8LB 3MP8A 2DO7A 1NH7A 3KP6A 2QRYA 1P2FA 1X3UA 3LFKA 5ERIA 4JK1X 5IT3A 3ROUA 3Q5FA 3CO6C 1N3XA 3HHFA 3E13X 4OFOA 1MH4A 1W5TA 5I2NB 4XLPF 1HW2A 2OZ6A 3FJGA 5CI5A 1NNPA 2A5YB 2PX1A 1B51A 3GLBA 1RUNA 1QUKA 3V7CA 5ILSA 4PFUA 1MY1A 3VXCA 4U4XA 3WTSC 3O97A 2RV8A 4GCVA 1H45A 1XVYA 5KZTA 1DDNA 1PP7U 3PMXA 2Q88A 4JWOA 3UK4A 4A12A 1L0OC 4WX9A 2RDPA 4GL0A 3SEUA 4NF5B 4RGXA 2FNPA 1FCKA 1NFTA 2CSOA 2A6EF 1IN4A 1A7LA 4EJUA 2RKHA 2AYSA 3KG2A 5HM4B 3VVEA 5ILVA 4G68A 3IRQA 3HRSA 1CGPA 1QULA 1JNFA 2UVJA 4THIA 1B59A 3E6DA 3VLVA 2HZLA 2WWYA 4HV5A 3CSBA 4A5MA 2BJJX 3H6TA 3S2WA 3IKTA 3VVFA 3TPAA 1R1NA 2PI0A 4IO5A 4PP0A 3C9HA 1O3TA 4ZECA 1XB4A 3CUQB 2R7FA 5ITPA 1SYHA 3M8FA 1FQEA 4IJAA 4M6XA 3H3UA 4Q4ZF 5H8NA 4RPNA 5AIPA 3B7DA 3C3WA 1JGSA 3DFGA 5DT6A 1S3JA 1ZMGA 1HBXG 2EV0A 1DPUA 4U22A 3K6UA 3W6KB 2G7HA 1IUYA 4OQOA 4IF4A 3KJ7A 3TUSA 3CI8A 4YB5A 2PN6A 1A54A 1XN7A 1JEUA 2F5EA 4R74A 2ZMEA 5DD4A 4P9FA 2BV6A 2Y48A 2NRAC 1MXXA 3FVNA 5TPAA 1IRGA 2X4HA 2YPRA 2PT2A 1ZGAA 1B32A 2HXWA 1MY4A 1U3EM 1DPPA 2Q89A 2F5XA 3KCCA 1B1HA 4JSDA 2DXRA 2F7BA 4ZZAA 1AL3A 1BP5A 4NF4B 4HX7A 3M9AA 2ZNSA 4JQFA 3UA8A 4UVBA 3IAZA 5H8HA 3Q26A 2HKXA 1FBUA 2W85A 4G4PA 2KJBA 2EFWA 2D2WA 3KP3A 1SQYA 2CWEA 3GVAA 1O64A 2DSFA 2XXQA 3CFXA 3T9UA 3D4GA 2ESHA 3BFUA 1BBYA 2XD3A 3W9VA 3N4MA 1ONVA 2FBKA 3S9EA 3MC2A 5LGNA 1MQHA 1BTJA 3WTXC 2A3SA 3KZGA 2PG4A 1D9VA 3BJ6A 4G8XA 4H5GA 2DTRA 1BIAA 4NB5A 1ON2A 3RPQA 2MC3A 2QVOA 4PGGA 4HDUA 3CUOA 3N26A 1FZPB 3TTKA 3O66A 4F3GA 4FX4A 4U0YA 3CSGA 2AXLA 2ZBKA 2OBPA 3PPNA 1NMUA 2VP1A 3WTZA 4HA8A 4NTLA 2ZXTA 1EH8A 2XXHA 5L9SA 3BJAA 3A3UA 2K86A 3HOTA 3K2DA 4NWDA 2Z22A 3E97A 2KJCA 3GO5A 1NH8A 5CMBA 2I4CA 3R6SA 1SI0A 2O6GE 4AB6A 2IA4A 2EA4A 1R5HA 4MTDA 3HHHA 3P9IA 5D5UB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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