3MQ9A

Crystal structure of ectodomain mutant of bst-2/tetherin/cd317 fused to mbp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
454
structure length
454
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITAARDGLRAVMEARNVTHLLQQELTEAQKGFQDVEAQAATANHTVMALMASLDAEKAQGQKKVEELEGEITTLNHKLQDASAEVERLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bone marrow stromal antigen 2 fused to Maltose-binding perip
molecule tags Antiviral protein
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 454
sequence length 454
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mq9A01
3KOSA 1M5CA 3T22A 3KJ7A 3TODA 3FV1A 3V89B 3OO7A 4THIA 1Y3NA 1UTHB 1Q35A 2KLFA 3MP1A 5CBSA 4JSOA 1RYXA 1ZBMA 2LAOA 3RT8A 1WVJA 1QJMA 4JB7A 1MQHA 4TQUQ 1J1NA 2ONSA 4OERA 5CI5A 3R7XA 2UXAA 5ISUA 1LB9A 1IXGA 1MPCA 2HAVA 4ESXA 3Q26A 1FQCA 5B7DA 2BJJX 1IITA 1B52A 5CMMA 4LQ5A 3PPPA 2XXQA 5B70A 1OQGA 3OD7A 2AYSA 3U8QA 1D4NA 1B46A 3FVGA 4F18A 1MQGA 5KDTB 4JWOA 4QHQA 2DVCA 4PFUA 3M8UA 1BIYA 3MW0A 1I6BA 1VFDA 4DCXA 3CI8A 1R1NA 3DELB 4XKPA 4RYAA 4BDNA 4R2FA 2VP1A 2HAUA 2A5TB 4U1ZA 4F19A 1MXZA 3HCQA 5KZTA 3EN3A 4RPOA 3M3LA 1M5BA 1URGA 1S9TA 2NOOA 3HPIA 5I59B 3R6UA 1NH7A 1OMPA 3IO6A 2HZKA 3TCGA 1WDNA 3UA8A 3KBRA 3ODBA 4N07A 3B6WA 3DM0A 4MBPA 4TOZA 3L6HA 4HCWA 5CMCA 4GL8A 2DXYA 2YLNA 4ZZEA 5ICQA 4U21A 1ATGA 4LQ2A 2Q88A 1N84A 2XD3A 1SYIA 4EXLA 5FTIA 1JVYA 3GZGA 3C31A 4KYSA 4POWA 2Y7PA 4QFNA 3PUYE 1DTZA 2O7IA 5AA2B 1TWYA 3MJNA 4NF6B 3RPWA 4HS7A 2F78A 4JSDA 5TU0A 3H3GA 3PV0E 2I0CA 4F39A 4U4SA 1CE2A 1POY1 3IOTA 1Y1MA 1N0TA 4E0WA 4IO5A 3DP6A 4R9FA 3T9VA 3VVDA 3O97A 4IB2A 3WAFA 1UTHA 4GQOA 2IA4A 4OHNA 1S50A 2XX7A 4FECA 2W7YA 4F29A 1A8EA 3C35A 5CMKA 2DE4A 3RTWB 4H8IA 5DTBA 3T93B 3S9EA 3B6TA 1LBCA 5H8QB 1R9LA 2DSFA 5TP9B 2XXHA 1QVSA 3FATA 1BLFA 1PB8A 2UVGA 4IO3A 5H8SA 2Q8JA 1UIVA 2F6PA 2QS2A 3K1PA 4X9TA 3TQWA 3ECRA 1EH3A 1QUJA 1JEVA 4P11A 1B5JA 3C32A 2P0SA 4LA9A 4Z7EA 3G7WA 4Z0IA 3JZJA 2Z8DA 5DEXA 4ZEIA 3K6UA 3I3VA 4KI0E 2VHAA 1MPBA 3H6UA 4XIGQ 4NF5A 2H5YA 3S9LC 2Z8EA 2I0BA 1LLSA 2D21A 2GRVA 3IR1A 4IO7A 3L6GA 3A09A 4GLIA 3V5AA 3FJMA 5ITOA 1NNTA 1FW0A 3TTKA 3VFJA 3U93A 1N3XA 2XXRA 3SESA 3PUWE 3IK6B 1PC3A 3A3CA 1FQEA 4F1UA 3G3IA 2DWJA 5CBRA 1BP5A 2XXUA 3FUZA 4EF2A 2XXVA 3HSTA 1VFEA 4IO2A 2OWTA 4KFQA 1DTGA 3PPQA 5CC2A 4X1DA 4MF3A 1PDAA 4G8MA 2UVHA 3H03A 5AA2A 2O68A 4M4GA 1GR2A 1Y4TA 4U1OA 1XVXA 4JDFA 4GOTA 1Y3PA 2F36A 4AB6A 3VLUA 2NWJA 1YAEA 2O7UA 1B6HA 2HEUA 4G68B 3QYTA 4ZE9A 3PPOA 1LBBA 2A5SA 4QSEA 4YU0A 2PYYA 4C1UA 4I62A 4ND9A 4R75A 2H99A 3SEVA 1A55A 1I69A 4R72A 5DVIA 3KJTA 4LONB 4NF4B 5CM6A 4G77A 1MY0A 4AB5A 2VD3A 3USDA 4I1DA 2F34A 1OVBA 4F3GA 5A5XB 3RQTA 1RYOA 4DLDA 1FTOA 1ZLQA 2I3VA 5EHMA 3A3UA 2V3QA 1B3HA 4OFLA 1JETA 4OMBA 1MQDA 2DVZA 4ZEBA 5AA4B 3FXRA 3O66A 4HTGA 4PFTA 4TLLB 4POXA 2D3IA 3PU5A 1I6QA 4XXUA 3S9NC 3PD8A 1MY3A 4E0XA 1AL3A 1O64A 4G2ZA 3OOAA 3SEXA 2RC8A 2AIXA 2ONKE 2D5WA 4F3BA 1SI1A 4DXCA 3C34A 2R6GE 2O69A 1B3LA 5DVFA 3JV9A 1PB7A 3SEUA 2FYIA 1MY4A 4RJZA 3H7MA 3F11A 4DZ1A 1TXFA 4Q0CA 3E9XA 3G3JA 2XXTA 3KFMA 4R6YA 3VDFA 1B32A 5JEIA 1H3DA 5I2KB 4GFRA 4DXBA 1AMFA 4DDDA 3QUJA 2V84A 5H8FA 1B51A 4N6PA 4NWDA 2XHDA 1KWHA 3BBRA 3S9MC 1L5TA 3C33A 1UTBB 1PBPA 4KD5A 4P0IA 3TKDA 3D4CA 4U22A 5I2NB 4Q8RA 1B2HA 2I4CA 4XKRA 4Q5TA 4O3CA 4ZE8A 3GBBA 3TTRA 2I4BA 1P1OA 3PD9A 3ZSFA 4ELOA 3QAXA 4YMAA 1MY1A 4G68A 1B7UA 3MWBA 4XKNA 2Y84A 3IX1A 1B1XA 4XKQA 1LCTA 3GLBA 2F5XA 3SEYA 2RC7A 4GD5A 2QS4A 2V3TA 2UYEA 4FATA 2DWIA 3OEKA 3TUSA 1P1QA 4EQBA 2H9BA 2M8CA 3FVKA 2V25A 1SYHA 4I9DA 1SVXB 3VVFA 4G68C 3PPRA 3E4RA 2XXPA 1B1HA 3C9HA 3TYHA 2E0SA 3C4MA 1EZPA 3T9UA 4U23A 5JTYB 4H5FA 1B58A 2DYXA 4BDQA 5DVJA 2F35A 3D4GA 3RGYA 1Q1KA 3B6QA 2DP8A 1MY2A 3TTMA 2UVIA 3K0VA 2OK2A 2OLBA 1MXXA 4OVJA 5H8HB 3H06B 2I3WA 3UGWA 3O2AA 1OVTA 4YB6A 1WODA 2PVUA 1YPNA 5AA4A 1USYE 4F2QA 1Y1ZA 3QUFA 3KN7A 4OEVA 5ITPA 1H44A 1IXHA 4FE8A 1LFHA 5I56A 1XOCA 4F1VA 1B3GA 3H6VA 1FQDA 4PFWA 3U72A 1BTJA 5AE4A 2P1SA 3OO6A 3G3HA 5HM4B 1IQ7A 2DS9A 1M5FA 3QIMA 4QSDA 5L9OA 1GTKA 1FTKA 2F7CA 4QFLA 3UK4A 3TAJA 3FVOA 1YCJA 3KN8A 2O1LA 4NF8B 4YKIA 3T66A 3Q25A 2QS3A 2V3UA 5F1QA 1Y4CA 3G3GA 2B3BA 2HZLA 2RCAA 3TFLA 1O7TA 1SBPA 2NVUB 3KOTA 3SETA 4ZEKA 2H98A 4OWDA 2X7QA 1OLAA 4R73A 3MUQA 1B4ZA 2VOZA 3ILTB 4GXSB 2HCAA 3UIFA 3VLVA 1Y9UA 4HCYA 4OFJA 3CG1A 2XX9A 3K6VA 1MXYA 3PGFA 3K00A 3MQ9A 1URDA 4H5GA 3U94A 4OTEA 3HHGA 3FJ7A 4GXAA 3OO8A 1NNFA 1LFGA 3BKIB 4O3BA 3SDFA 1AOVA 2Z8FA 1UIUA 4NE4A 3MP8A 1D3KA 3MBPA 3HHFA 2I6EA 1B5IA 1NNKA 3KZGA 1FTLA 3N94A 5KDTA 2F7BA 4HW8A 4EQ7A 2XD2A 5AA2D 4ISUA 3RNNA 1LFIA 5FTHA 3RT6B 4BDLA 5ICTA 5EYFA 3EHTA 3CRBA 1F9BA 4O3AA 4GIZA 3LBSA 1XVYA 4AQ4A 4PQJA 1US4A 1JW5A 2A5TA 5I57B 2O51A 4FJPA 4YB7A 1UQWA 3VLWA 4U2RA 2V93A 3SERA 4OENA 5I59A 1TFAA 2Q89A 3OSRA 1MM7A 2I49A 4BDOA 1B7ZA 2F97A 1OQHA 3MP6A 1QUIA 4ZDMA 3TQLA 1FQBA 1MDP1 1TT1A 1DSNA 4LZ7A 4FEBA 5KCJB 2R71A 4IO4A 3GXAA 3V83A 4GL0A 3C36A 3Q27A 1B3EA 1URSA 1NFTA 4G8NA 4UA8A 2GHAA 4WEPA 1B4HA 2OZZA 3RUMA 1QKAA 3LR1A 3DP4A 1ZKBA 4LZ8A 4F31B 3CFXA 3OMBA 1BKAA 1II5A 4K3FA 2RC9A 3TEPA 1MPDA 2O1MA 2Q2AA 3K6XA 3S2VA 3ZKKA 3DP8A 1ZJLA 2G93A 3M3KA 3MAMA 4WKMA 3I6VA 2ZYKA 4OFOA 2PT2A 5CMBA 4NF6A 4OESA 3IB0A 4YICA 3KEIA 1NNPA 5AA1A 4YB5A 2O84X 1I6AA 4ESWA 3PUZE 4OZ9A 2IEEA 2QL3A 4KHZE 1N04A 5FHNA 3MC2A 3N26A 4U4XA 4YZZA 4R6KA 2RCBA 4YKKA 1N7WA 4KYDA 4QFPA 3N6UA 4F22A 3MPKA 3HO7A 5FHMA 2VD2A 2B3FA 4X1BA 3LSXA 1SW5A 3THIA 3K2DA 3MVYA 4NTLA 3QSLA 5H8QA 4GWOA 1NKXA 1JW4A 3KG2A 5TP9A 1JQFA 1T0KA 3T9HB 3DLNA 1ZU0A 2PMSA 3R26A 1Z7NE 4MFIA 2YPNA 1H76A 4OXVA 4KPTA 1LAHE 1YTVA 4QSCA 2QS1A 1VR5A 2RINA 3O9PA 1A99A 4BDRA 5CRYA 2QRYA 3FJGA 3IO4A 2FA7A 3CFZA 1SDXA 4RXLA 1B9JA 3FGSA 1M5EA 1NMUA 2DWAA 3MVXA 2F7AA 2XXYA 1PEBA 2HQ0A 2HXWA 1Z7ME 2QSXA 3O6HA 4QRZA 4MH5A 1LAGE 4PFYA 2ZNUA 1SQYA 3HV1A 5EHSA 3SEWA 3IAZA 2R9JA 2I48A 3V8XB 1VSOA 2ZXTA 1ZIUA 1IIWA 4DCYA 5IKBA 1DMBA 1SW4A 4R2BA 3UN6A 3M3FA 4BLAA 2REJA 2ZMBA 1IXCA 4KR5A 1H45A 4ZEDA 1SI0A 1XHYA 2OJTA 1A7LA 3H6WA 4IY5A 5DT6A 2CMOA 3OENA 4F2OA 4X48A 3PUXE 1TFDA 3QXMA 3CVGA 4MLVA 4DXUA 3O6IA 3FV2A 2I58A 3IJXB 3UORA 4WEDA 3KGCA 3W9WA 2H25A 4IGRA 4H67A 3E13X 2X7PA 1JW1A 1D9VA 2GFEA 1S7YA 1DPEA 1A54A 2PBWA 4DIGA 1QULA 4JWYA 3PPNA 1GV8A 1ELJA 1JEUA 2PT1A 3TZAA 2ZNSA 3VXBA 3EPEA 2GHBA 1LSTA 1AIVA 3O28A 2Y7KA 4NEDA 4GF8A 5K2XA 3OXNA 3H6TA 2PX1A 4NF4A 1PBQA 1ZMGA 2ZNTA 5DEXB 1P99A 3SKPA 5ELVA 4PP0A 4OYVA 4PETA 2UVJA 2O6AA 5A5XA 3ILUB 2DQVA 1JNFA 1LAXA 4NF5B 5DYHA 4ZS9A 1B05A 2REGA 3VVEA 3Q29A 2RF1A 4C0RA 1LGBC 3TPAA 3K1MA 3ZKLA 1M5DA 1GVCA 3FD3A 3LUYA 1R6ZA 4EF1A 2WKYA 2UYFA 5TPAB 1PB9A 4RPNA 3VV5A 5BUUA 3TDJA 2ONRA 3O29A 2ESNA 1POTA 4G8HA 2Q9TA 1P1WA 3IL1B 1OIBA 4KYEA 3W15C 1DPPA 5AA3A 1B0HA 4I8CA 2AL4A 4BDMA 2XXIA 5HBCA 3G3KA 3OSQA 3TMGA 3TTNA 3I5OA 2VGQA 1A40A 1R9QA 4OETA 5BWJA 3S4UA 2NUVA 3CR9A 1EU8A 2Z23A 4H6DA 3RTFB 5FHOA 5HPQA 1EZOA 4EDPA 5L8DA 4R9GA 3RY3A 4NWCA 1N3WA 2ZYMA 5I2KA 1GGGA 1IXIA 1MH4A 1MQIA 2E1SA 1FTMA 3OO9A 1QUKA 1MQJA 1A8FA 1UTBA 5IAIA 4Q30B 4EUOA 1JVXA 5I2NA 3IOUA 4GRKA 3WAEA 5H8NB 1RKMA 4P0GA 1MM6A 1QKBA 1N7XA 2DE2A 3IOVA 2ABHA 1MS7A 1O63A 5F7VA 3K6WA 5K2YA 1P1NA 4UACA 1B3FA 3EF7A 3P7IA 1H43A 4YMBA 1FQAA 3Q28A 4H1XA 3T9XB 4ECFA 3MVWA 4ONYA 1AH5A 4EQ9A 4KQPA 4DE8A 1SW2A 1VE4A 3LSWA 2QJEA 4F1YA 4LUBA 2DE3A 1MH3A 3BFTA 3TCFA 3N6TA 2OBGA 4LATA 2ZYNA 1B7HA 1Y3QA 1HSJA 4ZZAA 3CIJA 2Y7WA 1MDQA 4QF9A 3RLFE 5I84A 2NXOA 4PE5B 3LC8A 1FQFA 4LVQA 2YJPA 4JBZA 5JTYA 2F8DA 3FZVA 3LSLA 5L9MA 2HFBA 3OEMA 1ANFA 2B65A 4N13A 5I58B 3B7DA 1NL5A 2XX8A 1IZ1A 4MLQA 2H4IA 3EHSA 5H8HA 4WXJA 3IB1A 3LSFB 2Y7IA 4OEUA 4H65A 4NMYA 1HSLA 4RA1A 4FORA 2THIA 1MXVA 3AXFA 5TPAA 2Q2CA 3CFLA 4YKPA 2DWHA 2AL5A 5J1DA 3KSXA 4EXKA 3IJOB 4XTCQ 1MG1A 3VE1B 1FTJA 2CZLA 4JXIA 3KSJA 4OQOA 3IORA 3FXUA 5H8FB 1B40A 3FASA 3MVZA 5LOMA 1LAFE 3IOWA 3K4UA 4NF8A 4C1TA 2X26A 1LB8A 3T96B 3MPLA 2Z22A 4KCCA 4KCDA 1MXUA 2ANJA 2FNCA 2QMXA 4IO6A 4RNSA 3EQ1A 4FAJA 3CG3A 3VXCA 1MXWA 3FVNA 4R6HA 3U92A 2P2AA 2OWSA 5JK4A 4LP2B 4RK2A 1MRPA 2XXWA 4H8JA 3MZ1A 1DOTA 2QMWA 2DXRA 4GVOA 3K02A 1US5A 3N5LA 5H8NA 2DOJA 1B0LA 4YKJA 1IUDA 4ZEFA 4FIMA 1Y20A 3TCHA 3W9VA 3RN8A 1XC1A 3TTLA 4YAHX 1SD3A 3HN0A 4RY1A 3G3FA 1B5HA 1HSEA 2OCUA 4FEDA 1CB6A 3CSBA 3PMWA 3TELA 3U1OA 4ELRA 1FCKA 1XT8A 1P1UA 1XS5A 1NH8A 3H4ZA 4QFKA 3ZS6A 3FXQA 4QFOA 3QK6A 3EHUA 5L9SA 2GH9A 3E3KA 4F3SA 3PMVA 3OELA 4L17A 5M2VA 3UP9A 5I57A 3GBAA 4TLMB 3FIRA 4ELQA 2ZYOA 2QPQA 4ELPA 3K01A 1N76A 2F6GA 4ZECA 4RK9A 3JYRA 3PUVE 4IY6A 4G4PA 2Y7RA 5I56B 3O6GA 4IGTA 2ALUA 1LCFA 3MZBA 5I58A 3CSGA 1USYH 3KN3A 1QW0A 5KCJA 3K1NA 2G29A 3IB2A 4LZ5A 1IEJA 4R74A 3PMXA 4H0WA 3MZ9A 1SW1A 1D9YA 1OLCA 4JWXA 3BFUA 2XXXA 4M1VA 2RKMA 1EZ9A 4F3PA 1ZTYA 3ONMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KOSA 1M5CA 3T22A 2ZZXA 3KJ7A 3TODA 3FV1A 3V89B 3OO7A 4THIA 1Y3NA 4PFRA 1UTHB 1Q35A 2KLFA 3MP1A 5CBSA 4JSOA 1RYXA 1ZBMA 2LAOA 3RT8A 2ZZWA 3GYYA 1WVJA 1QJMA 4JB7A 1MQHA 4TQUQ 1J1NA 2ONSA 4OERA 5CI5A 3R7XA 2UXAA 1LBXA 5ISUA 1LB9A 1IXGA 1MPCA 2HAVA 4ESXA 3Q26A 1FQCA 5B7DA 2BJJX 1IITA 1B52A 5CMMA 4PAFA 2WBDA 4LQ5A 3PPPA 2XXQA 5B70A 1OQGA 1NV2A 3OD7A 3B50A 4O7MA 2AYSA 3U8QA 1D4NA 1B46A 3FVGA 4F18A 1MQGA 5KDTB 4JWOA 4QHQA 2DVCA 4PFUA 1FPBA 3M8UA 1BIYA 3E78A 3MW0A 1I6BA 2F3DA 1VFDA 4DCXA 3CI8A 1R1NA 4MNIA 3DELB 4XKPA 4RYAA 4BDNA 2CZHA 2XWVA 4R2FA 2VP1A 2HAUA 2A5TB 4U1ZA 4F19A 1MXZA 3HCQA 4P1EA 5KZTA 3EN3A 2FIXA 4RPOA 3M3LA 2CEYA 1M5BA 1URGA 1S9TA 2NOOA 3HPIA 5I59B 3R6UA 1NH7A 1OMPA 2XXKA 3IO6A 1FBCA 2HZKA 3TCGA 1WDNA 2JJKA 3UA8A 3KBRA 3ODBA 4N07A 5ET6A 3B6WA 3DM0A 4O7IA 1FSAA 4MBPA 4TOZA 3L6HA 3SZPA 2QVRA 4PFBA 1YYZA 4HCWA 5CMCA 5IZ3B 4GL8A 2DXYA 2YLNA 4ZZEA 5ICQA 4U21A 1ATGA 1FPIA 4LQ2A 2Q88A 3D1RA 1N84A 1K9ZA 2XD3A 1RDXA 1SYIA 4EXLA 5FTIA 4PBQA 1JVYA 3GZGA 3C31A 4KYSA 4POWA 2Y7PA 4QFNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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