3MQ9A

Crystal structure of ectodomain mutant of bst-2/tetherin/cd317 fused to mbp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
454
structure length
454
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITAARDGLRAVMEARNVTHLLQQELTEAQKGFQDVEAQAATANHTVMALMASLDAEKAQGQKKVEELEGEITTLNHKLQDASAEVERLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bone marrow stromal antigen 2 fused to Maltose-binding perip
publication title Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Antiviral protein
total genus 158
structure length 454
sequence length 454
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mq9A01
3DP6A 3EHUA 3OEKA 5BWJA 3VV5A 5AA2B 4OENA 2FYIA 1ZLQA 1MH4A 1SYIA 3O29A 4DIGA 3B6TA 1US4A 1SI0A 1IUDA 3PD9A 4U21A 2H99A 1B2HA 3BFTA 1AOVA 2F78A 3RTWB 2YPNA 2ZNTA 1USYE 1POTA 4QRZA 2HCAA 3DELB 1GV8A 2AL5A 3MC2A 3FATA 1FTMA 3MWBA 4IGRA 2XXYA 2XX8A 4XKNA 4FAJA 1M5EA 1LCTA 4C1UA 3TUSA 2A5TB 3HCQA 1JVXA 2RF1A 5I84A 2IA4A 2O7IA 4ZS9A 1S50A 3RUMA 4N6PA 3O6IA 1AMFA 3F11A 4R2FA 5FHNA 3EN3A 2Z8DA 2O7UA 1B3GA 3E3KA 3FGSA 5IKBA 5JTYA 3H6WA 4TQUQ 2XX9A 3H4ZA 2P1SA 2NOOA 4DXCA 4L17A 2Y84A 5DYHA 1PBQA 1P1QA 3T9XB 5I58B 1JETA 2Z23A 2A5TA 1A8EA 1MDP1 4ZEFA 4MF3A 1D4NA 1BKAA 3C32A 4NF4B 2HZKA 1IQ7A 1IXCA 4TOZA 1NKXA 4JWOA 4F29A 4NWDA 1MPCA 4PFYA 2F7BA 4H8JA 1B52A 2HXWA 1H43A 3CRBA 4IGTA 1Z7NE 3TODA 5TU0A 4JBZA 4XKRA 3U93A 4NF4A 3CG3A 1ZBMA 1AL3A 3O6GA 1LFIA 1SBPA 1R1NA 5CBRA 4KPTA 2H5YA 3FZVA 4XKPA 3SDFA 3DP8A 4NMYA 3TKDA 4XIGQ 3MZBA 4TLMB 3KSXA 3G3JA 1I6AA 4ESWA 2PT1A 4QFKA 3QAXA 4N07A 4M1VA 4GXSB 3S9NC 3G3IA 2UVJA 2QMXA 3OXNA 3USDA 4KYDA 2VP1A 3VLVA 4RY1A 1US5A 5I56B 4ZZEA 1LGBC 3MQ9A 2DYXA 3G3GA 4WXJA 3C36A 3U8QA 1MY0A 4YKPA 3VLUA 4BDOA 3V83A 3TCFA 1B0LA 4QFNA 3CG1A 3FD3A 3R26A 2O84X 1JW4A 2H25A 3KG2A 4QSDA 1ATGA 3BKIB 3LBSA 3B6QA 2E1SA 3JYRA 2UXAA 3PGFA 4H8IA 1B1HA 3MBPA 5I56A 4LVQA 5AA2D 3H7MA 4U4XA 3RT6B 1FCKA 3TAJA 3O2AA 3K00A 3KJ7A 4G8MA 3B7DA 5I59B 4IO4A 1XHYA 2O6AA 2H4IA 2O1LA 3MJNA 4R6HA 1B0HA 1MRPA 1O63A 1H45A 2Y7IA 2HAVA 2QS1A 3S4UA 4R2BA 1PBPA 5I57B 2ANJA 4JSDA 3K1MA 3RT8A 2GHBA 2Q2AA 3FVNA 1LAGE 4DCXA 5CM6A 3T22A 3CI8A 1A55A 5H8QB 5TPAA 2WKYA 1M5BA 4F3PA 5I59A 2F8DA 1GVCA 3GZGA 1LAHE 2PBWA 3UP9A 4YB6A 3O66A 4GF8A 3O9PA 4H6DA 4WEPA 4ND9A 2V3UA 4HTGA 3IR1A 2I48A 2X26A 3K6WA 5H8HA 4MBPA 4I1DA 2D3IA 1MY4A 3MUQA 3H6VA 4Q0CA 1JEVA 3FV2A 2V3QA 1PB7A 4H1XA 5CMKA 4NTLA 1NH8A 3RTFB 1OLAA 1P1NA 3RGYA 1AIVA 1LAXA 3ONMA 2REGA 4QHQA 3TPAA 4EXKA 1QULA 2DVZA 4X48A 3T9UA 4WKMA 3K02A 3PMXA 5ELVA 3E4RA 4IO7A 3ILUB 1P99A 5AA4A 3TQWA 4ELPA 4YKKA 1D9YA 1B58A 5FTHA 5LOMA 2D21A 2RCAA 1NFTA 5ITOA 3Q26A 3EPEA 5KZTA 2QS2A 4ONYA 2QL3A 3MPLA 3A3CA 3W9WA 4YICA 4RK2A 4Z0IA 2OBGA 1WODA 3O28A 2OJTA 1GTKA 5FHOA 3N6UA 5CC2A 3KFMA 1B7UA 4WEDA 2Z22A 3KOSA 1M5FA 3HO7A 4JXIA 2V3TA 4THIA 1WDNA 4LZ8A 4F2OA 3C9HA 1Q1KA 4X1DA 3MAMA 4IY5A 3AXFA 4LZ5A 3K6VA 2DWAA 4F1UA 3HHGA 1RYXA 3OEMA 4H5GA 2XXQA 3MZ9A 5ICQA 2CMOA 3N5LA 3EHTA 3QUJA 3FXQA 1H3DA 4ECFA 4R74A 3IOVA 3UIFA 5DVJA 4QSEA 2ZYOA 3KSJA 1MG1A 4GQOA 5ICTA 3OSRA 4PE5B 3SEXA 2ZYNA 1POY1 3CVGA 4G8NA 3CFLA 1N3WA 3KN7A 4QF9A 5FTIA 5HPQA 1QKBA 4G8HA 3VLWA 3IOUA 1LBCA 1QUKA 1B7HA 1MXVA 4MFIA 3MVXA 3V8XB 1TXFA 3ECRA 1LAFE 4TLLB 3FUZA 2V84A 4ZZAA 1MS7A 5B70A 2ONRA 5J1DA 2G93A 1MXZA 4LATA 1LB8A 4GD5A 1A8FA 4RJZA 4OQOA 1NNTA 3MZ1A 5JTYB 2D5WA 3RY3A 4JWXA 3CSBA 2RKMA 3MW0A 3IJOB 3IX1A 3TTNA 2VOZA 4I62A 4IY6A 3FVKA 4KHZE 2FNCA 1QUIA 4ZEKA 2OWSA 1XT8A 4NWCA 1MQIA 1QUJA 4I8CA 1O7TA 1MXWA 2E0SA 2DE3A 1BIYA 3VFJA 4LUBA 1PEBA 5KDTA 3ODBA 3VVDA 1B7ZA 2RC7A 2PYYA 4G77A 4OFOA 4JB7A 1IXGA 4GOTA 3U94A 1MPDA 3IL1B 1OQGA 4EUOA 1UTHA 4KD5A 2B65A 4BDLA 1PC3A 3FIRA 2HZLA 4F3BA 3LSFB 1R9QA 4EQBA 3MVYA 4JSOA 1B9JA 2Q88A 2ZMBA 3ZKLA 3KBRA 3OENA 2QJEA 2Q8JA 2PX1A 4RXLA 2DSFA 4F1YA 2BJJX 4R6KA 4XTCQ 4GVOA 3VDFA 2NWJA 4YZZA 2UYEA 1NNKA 2PT2A 2FA7A 4EF2A 4QFPA 4F2QA 3SEWA 3LSWA 1UIVA 1T0KA 3T9HB 3K2DA 4R73A 1HSJA 3W9VA 4OYVA 4EQ7A 3QSLA 4LONB 2W7YA 2ALUA 3R7XA 3Q28A 3CR9A 4RYAA 4H0WA 2DWIA 4ZE8A 1UTBA 1B46A 4OEVA 3K0VA 1A54A 3T93B 2ESNA 3HPIA 5DEXA 1EZ9A 1B51A 4R9FA 1IXIA 4C1TA 2G29A 3OSQA 1KWHA 2XXVA 1FTKA 1LLSA 3TQLA 4GL8A 3BBRA 4KFQA 3M3LA 1N04A 3DLNA 2ONKE 1OIBA 1Y9UA 4IB2A 1IXHA 4QFOA 1FW0A 4U4SA 2F34A 4UA8A 5DTBA 4LQ2A 3MP1A 1MDQA 2QPQA 3VVFA 3TTMA 3HV1A 3CIJA 4KCDA 4XKQA 3SESA 4MH5A 3BFUA 3TTKA 1JNFA 3TTRA 2Q2CA 3M3FA 1CE2A 3K1NA 4ZDMA 4E0WA 2KLFA 4IO2A 3UGWA 4FORA 1B3FA 1Y4TA 3RLFE 4K3FA 4ELOA 4H67A 3B6WA 2Q9TA 4XXUA 5H8SA 4U22A 3TTLA 1VFEA 3PPPA 4GRKA 3FV1A 4G68B 2DXYA 1OVTA 5A5XA 5TPAB 1YPNA 2UVGA 2F6PA 3RQTA 1L5TA 2XXUA 3KOTA 2DE2A 1O64A 2OWTA 3SEUA 3G3FA 4YKJA 2H98A 3TYHA 1MY1A 1EZPA 2DP8A 1OVBA 4IO3A 3GBAA 3L6GA 1RKMA 2R9JA 5EYFA 1B4ZA 4Z7EA 2PVUA 3P7IA 3VE1B 4R9GA 5H8HB 1MY2A 3K6UA 4LP2B 3KN3A 4G68A 3IK6B 1Y20A 4LQ5A 1MM7A 3Q29A 3TCHA 1QKAA 1A7LA 2RCBA 1M5DA 1N0TA 3JV9A 1TFDA 2Y7PA 1JW5A 2NUVA 1LFHA 1MQJA 3H6UA 2I0BA 1NNPA 1R9LA 3IJXB 3MP6A 3KEIA 4OTEA 1B1XA 2AYSA 3JZJA 1XC1A 1IIWA 4PFTA 4DZ1A 5AA4B 1MQHA 4F3SA 2I6EA 3LSXA 1URGA 2X7PA 4E0XA 1R6ZA 2B3BA 1QJMA 4NF5B 2HEUA 1IEJA 1Y3QA 1ELJA 3IOTA 1N7XA 1Y4CA 3R6UA 2I58A 4NF6B 4F19A 3D4CA 2F7CA 2V25A 4YB5A 1HSEA 1SDXA 1BTJA 1ZJLA 3OD7A 1D3KA 4F31B 4G68C 3IORA 4OMBA 3IB2A 2R6GE 1MXYA 4FIMA 3E13X 3I3VA 2XXWA 4NF5A 1LSTA 3K1PA 3UORA 3MVWA 3S2VA 5H8FA 1I6BA 4Q8RA 3RNNA 4H65A 2QSXA 1EH3A 4NF6A 3Q27A 1S7YA 2VD3A 2X7QA 3QK6A 5L9SA 3C4MA 1DOTA 3I6VA 2H9BA 2HQ0A 1PB9A 2ZYMA 3MP8A 3FXRA 1P1WA 5K2XA 5CMCA 2UVHA 1MH3A 1USYH 4DCYA 5K2YA 4MLQA 1BP5A 3GLBA 4OHNA 3DP4A 1M5CA 2Z8FA 1BLFA 2NVUB 4RNSA 2ONSA 2XXTA 4O3BA 3T66A 1QVSA 3A3UA 3LC8A 4U1OA 5F1QA 3GBBA 3PUXE 3L6HA 4OFJA 1N76A 1B40A 4C0RA 3MPKA 4F22A 3KGCA 1IITA 1A40A 5TP9A 1MY3A 2A5SA 1B6HA 5KCJA 1JEUA 4FEDA 1A99A 5AA3A 5HBCA 3IB0A 2VD2A 5I2NB 3T9VA 3OO8A 4P0GA 4R6YA 3N26A 4NF8B 4OESA 5CBSA 1QW0A 4DXBA 3PMWA 5CMMA 3CFZA 1Y3NA 3O97A 3UK4A 4G4PA 3VXBA 1F9BA 3I5OA 3OELA 3QXMA 3TMGA 3K6XA 3HHFA 1FQAA 4DLDA 3FJ7A 3U92A 5I2KA 2F35A 1NL5A 3CSGA 2AL4A 3OO7A 5I2NA 1DPEA 3LUYA 2O68A 4KYSA 4KQPA 4NF8A 3S9LC 4U23A 5KDTB 5HM4B 3GXAA 3IO4A 1DTZA 1MM6A 1MXUA 5ITPA 5IAIA 4FE8A 3C35A 2DE4A 3ZS6A 4ZEDA 1UTHB 2Y7KA 2QMWA 4M4GA 2F36A 4ISUA 4Q5TA 1XVYA 4EF1A 3IO6A 4EDPA 1UIUA 5AA2A 1B05A 1D9VA 5B7DA 3C31A 1LBBA 2GRVA 3OO9A 4FEBA 1II5A 1DTGA 5DVFA 2XXRA 2OCUA 4OXVA 1JW1A 1OLCA 2Q89A 2V93A 4IO5A 1URSA 3PUYE 1P1UA 3THIA 3VXCA 3SKPA 1B5IA 4FJPA 2ABHA 2I3WA 1HSLA 2XX7A 1VR5A 1N3XA 2XD3A 2PMSA 1LFGA 2XXPA 4NE4A 3SEYA 5JEIA 3EHSA 1UTBB 4YU0A 3HN0A 2CZLA 3MVZA 5DEXB 4R75A 4BDRA 1SD3A 4YMAA 4RA1A 3K01A 3IAZA 3ILTB 3KZGA 2XXXA 1MXXA 4KCCA 1MPBA 1DSNA 3PUVE 5AE4A 3KJTA 3VVEA 4IO6A 4P11A 1CB6A 1YCJA 4FATA 1MQGA 3K4UA 4YKIA 5I58A 4HCYA 2R71A 2I4BA 4ZECA 3PPOA 1B5HA 2I3VA 5L9MA 2F6GA 4PFUA 4YMBA 3A09A 3ZSFA 3H3GA 2I4CA 4OZ9A 1Y1MA 2DXRA 2I0CA 3Q25A 3FJGA 2GH9A 4PFWA 3PPQA 2OLBA 2O51A 4R72A 4OWDA 2DVCA 1ZTYA 4KI0E 2M8CA 2REJA 1FQBA 2Y7WA 3T96B 1ZMGA 1H76A 3PUZE 2YJPA 1XVXA 4HW8A 3O6HA 5L9OA 4BDMA 3TELA 1N7WA 5CRYA 3FXUA 3HSTA 4U2RA 4AB5A 5AA1A 3FASA 4DE8A 1NNFA 5BUUA 4OEUA 2AIXA 5A5XB 2UVIA 4LZ7A 4PQJA 1TT1A 3PPRA 3TEPA 3OMBA 1I69A 4BLAA 3S9MC 4NEDA 4GIZA 4ZE9A 1ZKBA 3TFLA 2VHAA 1TWYA 3LSLA 3UN6A 4QSCA 3M3KA 2XXIA 1RYOA 5M2VA 1SW4A 2RC9A 1Q35A 4FECA 4N13A 4G2ZA 3EF7A 4F39A 1VSOA 4H5FA 3W15C 2NXOA 3FVOA 4QFLA 1GGGA 3WAEA 4PP0A 1OQHA 2ZYKA 1YAEA 4ELRA 4JWYA 4Q30B 5H8NB 2Y7RA 3D4GA 4ELQA 2OZZA 4RPNA 1J1NA 3QIMA 2LAOA 3U1OA 3N94A 3ZKKA 1Y1ZA 1PDAA 2I49A 3LR1A 1B3LA 4LA9A 4EQ9A 3H6TA 2O69A 2P0SA 3IOWA 1FQFA 2QS3A 4UACA 2DWJA 1NH7A 1VE4A 2QS4A 4KR5A 4OFLA 5F7VA 1XS5A 4PETA 5H8NA 1GR2A 3V89B 2Z8EA 2OK2A 1PB8A 3M8UA 4X9TA 1SW2A 2UYFA 3H03A 1ANFA 2DWHA 1B5JA 2XXHA 3G3KA 1LCFA 2ZXTA 3OOAA 1FTJA 4BDQA 3TZAA 5JK4A 1FQCA 2ZNSA 2F97A 2GHAA 3IB1A 3CFXA 1EU8A 5L8DA 2F7AA 4GL0A 5I57A 3S9EA 1LB9A 1Y3PA 2QRYA 3C33A 5ISUA 4I9DA 4F3GA 5H8FB 5H8QA 1JQFA 3U72A 4RPOA 1XOCA 4F1VA 3UA8A 4O3CA 4P0IA 4EXLA 1DPPA 3QUFA 4MLVA 1ZIUA 2XD2A 5DVIA 3DM0A 4HCWA 1FQEA 1SQYA 1FQDA 4RK9A 4BDNA 3OO6A 3E9XA 2DS9A 1FTLA 3EQ1A 1SVXB 4ESXA 3PPNA 3N6TA 1TFAA 4GFRA 3G7WA 4X1BA 5EHMA 1JVYA 1SYHA 4YB7A 2DQVA 3QYTA 1OMPA 2HFBA 4U1ZA 1SI1A 2RINA 1EZOA 5FHMA 1MQDA 4GWOA 2GFEA 4OETA 1VFDA 1Z7ME 4ZEBA 2P2AA 1SW5A 2DOJA 1B3EA 4JDFA 3V5AA 1UQWA 3KN8A 1URDA 2RC8A 1SW1A 2ZNUA 3RPWA 1H44A 5CI5A 3SERA 3SETA 5DT6A 3WAFA 5TP9B 1N84A 1B4HA 4F18A 1B3HA 1I6QA 1P1OA 5KCJB 4YAHX 4HS7A 2O1MA 3PU5A 3FJMA 4DXUA 3H06B 1YTVA 1S9TA 4POXA 1AH5A 3PMVA 2HAUA 4OVJA 3TDJA 4AQ4A 1NMUA 5CMBA 2VGQA 3SEVA 4O3AA 2IEEA 5EHSA 1IZ1A 4KYEA 2YLNA 1FTOA 4POWA 5I2KB 4DDDA 3PUWE 1DMBA 2B3FA 3PD8A 1B32A 3FVGA 3RN8A 4GXAA 3TCGA 4ZEIA 2THIA 2XHDA 3G3HA 4GLIA 4AB6A 3C34A 1ZU0A 4OERA 1WVJA 2F5XA 3PV0E
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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