3MQ9A

Crystal structure of ectodomain mutant of bst-2/tetherin/cd317 fused to mbp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
454
structure length
454
Chain Sequence
b'EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITAARDGLRAVMEARNVTHLLQQELTEAQKGFQDVEAQAATANHTVMALMASLDAEKAQGQKKVEELEGEITTLNHKLQDASAEVERLRR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bone marrow stromal antigen 2 fused to Maltose-binding perip
publication title Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Antiviral protein
total genus 158
structure length 454
sequence length 454
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mq9A01
3RTFB 2QPQA 1FQAA 4OERA 3M8UA 4FEBA 2ZYKA 1MQIA 1XS5A 3TYHA 1SYHA 4KYDA 4JSOA 1AMFA 3VE1B 2DWJA 4YICA 1LSTA 1FQDA 3B6TA 3IO6A 3T9HB 3KFMA 2E1SA 2F6PA 1LB9A 3UIFA 5CRYA 3MZBA 4FECA 2A5SA 2I48A 1BLFA 1FTKA 3N94A 1IEJA 3TCFA 3R7XA 2PMSA 4KR5A 3VLWA 1B4ZA 1B5HA 3L6GA 5FTHA 3PPOA 4LQ5A 3G3JA 3IOUA 2XD3A 3OSRA 4G4PA 5I2NB 2F7BA 4LZ5A 1MH4A 1MPBA 1N84A 1SW5A 3KN8A 1URSA 4R6YA 4H1XA 1VSOA 5ITPA 2OJTA 5EHMA 3HHGA 3KZGA 5FHOA 4YB6A 3V5AA 1R6ZA 1VFDA 3CFZA 4OFJA 2Q89A 5IAIA 4YMBA 4MH5A 4C1UA 1LLSA 1M5FA 3PMXA 2OBGA 4ESWA 1ZLQA 1GVCA 3K6UA 5DT6A 3FXQA 4NMYA 2Z8DA 3N5LA 1A8FA 4KPTA 4NF5A 3LBSA 3FZVA 1BIYA 3ZKLA 1H3DA 3RT6B 2DOJA 5F1QA 4ISUA 5AA4A 3M3KA 4LQ2A 3GBBA 3W15C 3LSFB 1II5A 3M3FA 4H65A 2CZLA 3R26A 2XXQA 4C1TA 1Y4CA 3KOTA 1ZU0A 3PUXE 1UTHB 3MP1A 2QS2A 3SDFA 3CSBA 1MXXA 4OQOA 3C34A 3MP6A 4ZEDA 4AB5A 1A55A 1FQCA 4IGRA 1CB6A 1PC3A 4LUBA 4IB2A 3TQWA 3CRBA 2REJA 3O2AA 1B7ZA 3U8QA 3EHSA 4XKRA 1YTVA 1URDA 2FYIA 4WEPA 3F11A 3FD3A 1LAHE 1MXYA 3B6WA 2QRYA 3MWBA 4R9GA 2P0SA 4U4SA 1NH8A 2H25A 1JW4A 4PFUA 3CR9A 2PT2A 4QFPA 4GWOA 3UGWA 3UORA 4N13A 2HZLA 3FJ7A 2I3VA 3MZ9A 3DP8A 4ZE8A 2F5XA 3HCQA 4LATA 2RC7A 4NF8A 4GD5A 3JYRA 1PB9A 2DXRA 3RNNA 4H6DA 3CFXA 4R9FA 4IO3A 3L6HA 4H0WA 5ICQA 4ECFA 3Q25A 2IA4A 4Q5TA 3RTWB 1NNPA 4NEDA 4F3BA 3QXMA 1B4HA 4FJPA 2GFEA 1JW1A 1ZBMA 2RCAA 2UYEA 3W9WA 2I0BA 1Y3NA 5KDTB 3H6VA 1Y3PA 1OMPA 1LAFE 3TZAA 1QW0A 4OEUA 5TPAB 5I58B 4DE8A 1JETA 3FGSA 3TTMA 3HN0A 1DPPA 4R2FA 3C31A 3D4GA 1NL5A 4QSCA 2O84X 2NXOA 5DTBA 3C36A 4JB7A 3K02A 2G93A 2XX9A 4PQJA 1ZIUA 5FHNA 4OHNA 4BDMA 5DVFA 3IR1A 3KG2A 5CMKA 2XXTA 3G3KA 1EH3A 4OYVA 1SD3A 4P0IA 4GXSB 1XVYA 1MM7A 3LR1A 3EQ1A 1QKBA 1H44A 1BP5A 4UACA 1GR2A 4IO2A 4H8JA 3KN3A 2OLBA 4QHQA 3HV1A 3I3VA 1J1NA 3RT8A 4M4GA 4YB7A 3RPWA 4IO7A 3S9NC 1GTKA 2QS4A 3O6HA 3SERA 1SYIA 4DCYA 1S50A 3MVYA 4N07A 1N0TA 3TQLA 1MQJA 2I4CA 3IX1A 3O6GA 2ALUA 2XXHA 4IGTA 1SBPA 2XXWA 3UA8A 2KLFA 1MXUA 2PT1A 5H8FA 5L9SA 4KD5A 5H8QB 3TTRA 4OZ9A 2XX7A 1N3WA 4F29A 3CI8A 4I62A 4TQUQ 1WVJA 1POTA 3OO9A 2RC9A 1MPCA 2QS1A 3IOTA 3U93A 3C32A 2GHBA 4LZ7A 3ZSFA 1IXHA 1H76A 5L8DA 2Z8EA 3FUZA 3E4RA 3O29A 2IEEA 2QSXA 3FIRA 4GVOA 2AYSA 2RINA 1UIUA 3THIA 3CIJA 1M5EA 4GXAA 2NWJA 2P2AA 4DXUA 2UVJA 4Q30B 2Q8JA 2V3UA 1B7HA 5I59B 1QKAA 3HPIA 1XVXA 2RCBA 4X1BA 2DQVA 4YMAA 3K00A 1US4A 4JSDA 1T0KA 4FATA 2VD3A 3G3IA 1LFIA 3JZJA 4R6HA 3D4CA 4BDQA 4DLDA 3LC8A 4MLVA 3U1OA 3TCGA 2Z23A 4O3AA 2HEUA 2Y7PA 1QJMA 4EQ9A 4OMBA 4OFLA 1NFTA 2ZMBA 3EHTA 5B7DA 4ESXA 3EN3A 3ZS6A 2OWSA 3O28A 2ANJA 1MQGA 1B3LA 4NF6A 2AIXA 3SEWA 2R6GE 4QF9A 3OD7A 3S4UA 3QIMA 4YKIA 4G68C 1A7LA 1SW2A 1ZTYA 1IZ1A 2WKYA 1OLCA 1B58A 1O63A 1MY1A 3TPAA 4BDOA 3PUVE 1EZOA 1AL3A 2DWAA 4OTEA 5FTIA 1HSLA 2FNCA 2V93A 1DOTA 2Q88A 2H99A 5AA4B 2DSFA 1FCKA 1D9YA 1QUIA 2O7IA 2LAOA 1VE4A 4F22A 5H8QA 1USYE 3IOVA 3OEMA 5CMBA 1A54A 1P1UA 1P1OA 2DXYA 3Q26A 4H5GA 2B65A 5J1DA 2HZKA 1ZMGA 1TFAA 1MRPA 5K2XA 4U21A 4U1ZA 2V25A 4JWXA 4GIZA 1JNFA 1Y1ZA 1RKMA 3FXUA 5CM6A 3AXFA 4I9DA 1XOCA 5CBSA 4L17A 4ZEKA 5KZTA 3C4MA 4FEDA 3RQTA 4Q8RA 5I59A 2OK2A 1LFHA 1QVSA 3WAEA 1MDQA 1SDXA 4GOTA 4Q0CA 1NH7A 3QUJA 3TODA 1MY3A 1L5TA 1VFEA 1SW4A 2D21A 3H03A 4PFTA 4GL0A 3MZ1A 4U2RA 3TUSA 2Y7IA 3FXRA 3BFTA 4NF4A 2ONSA 3TDJA 3K2DA 3K6VA 2O7UA 2Z8FA 2B3BA 1FTMA 3MP8A 2XXXA 5H8SA 4HS7A 2I3WA 4F31B 4MBPA 4TLLB 4NF8B 3S2VA 2XXUA 3IK6B 1IITA 1TWYA 4GL8A 2Q2AA 3KOSA 1YAEA 3VFJA 1XHYA 2ONKE 1P1NA 1FQFA 1SI1A 4F3GA 3QSLA 2UVGA 1F9BA 4E0XA 1JEVA 1OLAA 1QUKA 4XTCQ 5CMMA 1TXFA 4QFOA 2ESNA 2V3QA 1H45A 5KCJB 2BJJX 4KYSA 1LCTA 4EXLA 2NUVA 1KWHA 1DSNA 1B52A 3KJ7A 1A40A 3E3KA 2G29A 4ONYA 4F19A 2E0SA 4R75A 3U72A 2VD2A 1FTLA 3R6UA 1FQEA 4ELRA 3I5OA 4EF2A 4Z7EA 2ABHA 5ELVA 3G3HA 2O1LA 3O66A 2DVCA 2QMXA 4EF1A 1LAGE 2F6GA 4F18A 4OXVA 3ILTB 2F7AA 1FQBA 4F2QA 4G2ZA 2F35A 4KCCA 3RN8A 4ELQA 3SEYA 3GLBA 3TFLA 2NVUB 2OZZA 3VVDA 4F1YA 4X9TA 4P11A 3N26A 4C0RA 3KSXA 3K6XA 3VV5A 4IO4A 1NNKA 1O64A 2ZNTA 3B7DA 4U23A 3PPRA 3IAZA 1B0LA 3MJNA 4ELPA 1QULA 3S9EA 3QUFA 3T9UA 4THIA 2I0CA 2X26A 1OVBA 4G8HA 5H8HA 2AL4A 1MDP1 4DXCA 1PDAA 3BFUA 4QSDA 5AE4A 4ND9A 3V89B 1LB8A 1AIVA 1MXZA 4ZZEA 1A99A 3KGCA 5H8FB 3IORA 1Y9UA 4HCWA 4O3CA 4BDRA 5L9OA 1ELJA 4EUOA 4PFWA 1Z7NE 5KCJA 1ATGA 1XT8A 4ZEIA 2UVHA 3M3LA 2VOZA 3VXBA 4PFYA 5AA3A 3O6IA 2YJPA 2YPNA 3K6WA 2XXYA 3H3GA 4YKPA 3ONMA 1AOVA 4R2BA 2B3FA 4YU0A 4F1UA 4FE8A 5TU0A 4F3PA 5TP9A 2F97A 3LUYA 3VXCA 1B0HA 1M5DA 4JDFA 3TEPA 5ICTA 1I6BA 2UYFA 2H4IA 2DVZA 3GXAA 5I57B 1JQFA 1MPDA 3K1PA 2R71A 4F39A 5CBRA 5A5XA 4G68A 4HTGA 4U22A 2RC8A 3OSQA 1SW1A 1MXVA 2PYYA 2VGQA 4OVJA 2HQ0A 4O3BA 2O51A 3PGFA 3MAMA 2F78A 4YAHX 2A5TA 5CMCA 1RYOA 5I2KA 3T22A 4NF6B 1JVYA 3FV2A 4EQBA 1B51A 3U94A 2OWTA 2PBWA 2I49A 4H67A 3IB0A 4GF8A 2GH9A 5IKBA 3T9XB 2XXPA 2F36A 3QAXA 4QRZA 3H6WA 4P0GA 4JXIA 3N6TA 4QSEA 2DWIA 4G8MA 1CE2A 1I69A 3UK4A 2ZXTA 4H8IA 4GFRA 1YCJA 1M5CA 1R1NA 4ZDMA 3RY3A 3GBAA 4YKJA 1OQHA 1JVXA 2CMOA 3UN6A 2HFBA 1NKXA 1LGBC 3DLNA 4Z0IA 3Q28A 4U1OA 3KJTA 3EHUA 3SEVA 4DCXA 3VDFA 1SVXB 4E0WA 4OETA 2THIA 4U4XA 1B7UA 3K0VA 1USYH 1POY1 1N76A 4XKPA 1IXCA 4FORA 4YZZA 3VLVA 2H98A 5I57A 3ECRA 4FIMA 3PUYE 3C9HA 1NMUA 3ODBA 3VVFA 2RKMA 3QYTA 3P7IA 2P1SA 1B3HA 2VHAA 4NF4B 4KQPA 3IL1B 3JV9A 2Y84A 3IJXB 5JTYB 2O6AA 3A3CA 4PETA 1MY0A 5H8NB 1BKAA 2ZNSA 1N7WA 3MVWA 3CFLA 1HSEA 3OO6A 2UXAA 1DTZA 2PVUA 4WKMA 4DXBA 3FVKA 5DEXB 1DTGA 1JEUA 2HXWA 4RY1A 2GHAA 1B32A 2HAVA 4ZEBA 3IJOB 1B2HA 3OO8A 2ZYMA 1B3FA 4RYAA 1PB7A 1PBPA 1QUJA 3TKDA 3IOWA 2O69A 5AA2A 2Y7RA 4GRKA 4IY5A 5JK4A 4OESA 5FHMA 1WDNA 2Y7KA 4TLMB 3A09A 2XX8A 3MC2A 1H43A 2DWHA 2VP1A 4RXLA 3TAJA 1IUDA 3FASA 1Y3QA 3UP9A 1FW0A 2H5YA 3FVNA 5DVJA 1MY4A 4NWDA 2V84A 3OELA 4G8NA 4MFIA 1WODA 1PBQA 1B46A 4OENA 4NTLA 3T66A 3FATA 4ZE9A 1B5IA 1S9TA 1B9JA 2QJEA 1B05A 2AL5A 3MVXA 3IO4A 5CI5A 5HBCA 1BTJA 3G3GA 2O68A 1D3KA 3T93B 3H4ZA 4XKNA 5H8HB 2ZYOA 1LBBA 5JTYA 3FVOA 3G3FA 1HSJA 4KFQA 5H8NA 3K1NA 2UVIA 3PPQA 3TCHA 4BLAA 1AH5A 3LSWA 5K2YA 5I56B 3MUQA 3PMWA 5DEXA 3DM0A 3BKIB 3OMBA 3FVGA 2ZYNA 1Y1MA 1OVTA 3PD9A 3MPKA 2XXIA 5CC2A 3HSTA 3A3UA 1JW5A 2ONRA 4K3FA 4F3SA 4PP0A 4GLIA 4RPNA 3IB1A 4RPOA 5EYFA 4LA9A 2O1MA 5F7VA 1Q35A 2XXVA 1O7TA 3B6QA 4AB6A 4XXUA 3MPLA 4DDDA 1IQ7A 1Y20A 5HPQA 4MF3A 2D5WA 4NE4A 4HCYA 5TP9B 1MQDA 1UIVA 1A8EA 1UTBB 1URGA 2FA7A 4KYEA 1R9QA 4QFKA 3GZGA 4IO6A 3OEKA 1B6HA 1LAXA 1Y4TA 4N6PA 5A5XB 4G68B 4MLQA 1SQYA 1NNFA 5ITOA 2QL3A 3TMGA 1B1XA 1R9LA 4POXA 2X7QA 3VLUA 3T9VA 5LOMA 3ZKKA 3HO7A 1MQHA 1UQWA 1GGGA 3CG3A 3EF7A 1ANFA 2A5TB 5I2KB 4ELOA 5BUUA 3H06B 1D4NA 4R6KA 3OENA 3KSJA 2REGA 3USDA 2Q9TA 4JWYA 1DMBA 1LFGA 2OCUA 5DVIA 4GQOA 4X1DA 1N04A 4FAJA 4H5FA 4JWOA 3K4UA 5I2NA 3FV1A 4BDNA 3S9LC 3K1MA 1US5A 5I56A 2F8DA 4NWCA 1YPNA 1FTJA 4OFOA 5HM4B 3C35A 4YKKA 4RA1A 4PE5B 1XC1A 3SETA 4KI0E 4TOZA 2DYXA 4IO5A 3PMVA 3W9VA 3MBPA 3PV0E 1LCFA 3DP4A 2GRVA 5M2VA 1NNTA 2RF1A 3SEXA 2D3IA 3KBRA 4HW8A 1ZJLA 2Z22A 1S7YA 4X48A 3OO7A 3DP6A 5I84A 4QFLA 3PPNA 2H9BA 1OQGA 2NOOA 3QK6A 3LSLA 2I4BA 4EXKA 4XIGQ 4BDLA 3TTLA 1N7XA 3FJMA 3TELA 2DS9A 2DE3A 1UTBA 4ZZAA 3S9MC 4LZ8A 2V3TA 2W7YA 2F7CA 1UTHA 5DYHA 3PPPA 4R72A 3IB2A 4AQ4A 3FJGA 2ZNUA 2I58A 2HAUA 3N6UA 4OEVA 1I6AA 1IIWA 4ZEFA 2X7PA 4R73A 3O9PA 2DP8A 2XD2A 1IXIA 2DE4A 1PB8A 3PUZE 4XKQA 4RK2A 1P1QA 1MY2A 1IXGA 4ZS9A 4POWA 1B3EA 3BBRA 3MVZA 4WEDA 5AA2D 3I6VA 3CVGA 1GV8A 3SKPA 4KCDA 3C33A 1M5BA 4DIGA 2Y7WA 1B5JA 5BWJA 4EDPA 3ILUB 5AA1A 1MXWA 2YLNA 3RUMA 3DELB 3H6UA 3T96B 1MS7A 1B40A 4I1DA 5AA2B 4G77A 3V8XB 3EPEA 3SESA 3SEUA 2XHDA 2I6EA 3H6TA 3WAFA 3PU5A 4F1VA 3OOAA 3CSGA 1EZPA 1EZ9A 2R9JA 1EU8A 1PEBA 4YB5A 3OXNA 4R74A 2Q2CA 5KDTA 3G7WA 4ZECA 1Q1KA 1SI0A 1OIBA 5TPAA 5I58A 5JEIA 2HCAA 4IY6A 3MQ9A 4LVQA 3PUWE 4LP2B 2F34A 4WXJA 1D9VA 4UA8A 2PX1A 5L9MA 1FTOA 4QFNA 2DE2A 3TTNA 3U92A 1I6QA 3RGYA 1VR5A 4DZ1A 5ISUA 4M1VA 4OWDA 1P99A 3V83A 1DPEA 3O97A 5B70A 1N3XA 2QS3A 1ZKBA 3K01A 3MW0A 4F2OA 3CG1A 3RLFE 3HHFA 3Q29A 1LBCA 1MG1A 4RJZA 2M8CA 4EQ7A 1MM6A 3H7MA 3TTKA 3PD8A 3E13X 3Q27A 1P1WA 3VVEA 3KN7A 1RYXA 2QMWA 1TT1A 4RK9A 3KEIA 4LONB 1B1HA 3E9XA 5EHSA 4NF5B 4I8CA 2XXRA 3LSXA 4RNSA 4JBZA 1TFDA 4KHZE 1B3GA 1Z7ME 1MH3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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