3MQ9A

Crystal structure of ectodomain mutant of bst-2/tetherin/cd317 fused to mbp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
454
structure length
454
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITAARDGLRAVMEARNVTHLLQQELTEAQKGFQDVEAQAATANHTVMALMASLDAEKAQGQKKVEELEGEITTLNHKLQDASAEVERLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Antiviral protein
molecule keywords Bone marrow stromal antigen 2 fused to Maltose-binding perip
publication title Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 454
sequence length 454
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mq9A01
4GL0A 1TFDA 2ALUA 3OO7A 3FVNA 1M5DA 2DQVA 2H25A 1FQDA 3GBAA 5H8QA 1HSJA 4GFRA 2Z22A 1LB9A 1MQHA 3VXCA 2KLFA 3H6VA 2V25A 2H98A 4AB5A 3ZKLA 5CI5A 1B0HA 4OYVA 4U1OA 2D5WA 1HSLA 2F36A 4GXAA 4KCCA 2ZNUA 4Z7EA 3CVGA 3V83A 3PUYE 2IEEA 1PC3A 3KN3A 3VV5A 1LFHA 1T0KA 1VFDA 3CFLA 4U21A 1SVXB 3VVFA 3H7MA 5H8SA 2ONRA 1SW2A 2RINA 4TLLB 1M5FA 2VP1A 5I2KA 1ZLQA 3IR1A 1FQBA 3USDA 5CRYA 1A7LA 4R6HA 1NH7A 4NEDA 3UGWA 2Q9TA 1WVJA 1SYIA 4OZ9A 4E0WA 4GL8A 2F6PA 3OO9A 1SW5A 4FATA 1VE4A 4NF6A 4RY1A 2Z8FA 3PPPA 2Y7IA 3QSLA 4BLAA 1MXXA 4NF4A 2ZYOA 2ZYNA 3K1MA 1QVSA 5DYHA 4YB5A 5DTBA 3HN0A 2I4CA 3PUZE 2PMSA 4QF9A 1SQYA 3N26A 4GIZA 5TP9A 3CSBA 5I58A 4ELOA 1S9TA 2GH9A 4LONB 4IO6A 4GOTA 5HM4B 3TFLA 4YU0A 3QUJA 2Y84A 3G3HA 1B32A 1B5HA 3FASA 1CE2A 1NKXA 1MQIA 4OENA 3EQ1A 2XXQA 3IAZA 2DWHA 3N94A 3TKDA 2DE4A 1MS7A 1Z7NE 4R72A 5ITPA 4NF4B 3W15C 4PE5B 2Y7RA 2V84A 1NFTA 2F6GA 1JEUA 2NUVA 2I49A 3N5LA 2QRYA 3OO6A 3B6WA 4K3FA 5JTYA 1NL5A 4YMBA 4WEDA 1DMBA 2XX7A 1JETA 5TP9B 1UTBA 5EHMA 4R6YA 2I4BA 2Q89A 4F1UA 3I3VA 5DVJA 1UQWA 4GXSB 4H1XA 3KFMA 4OESA 3JV9A 3V89B 2HXWA 3TQWA 1LCFA 3VDFA 3FJGA 1B3FA 1MXWA 2P0SA 4X1BA 1JW1A 3U72A 4EQ9A 1O7TA 2DP8A 1ZKBA 4MFIA 3TCFA 4QFLA 3CRBA 4ONYA 3IB1A 3W9WA 4E0XA 1H45A 2FA7A 2ZNSA 4F1YA 1MY2A 3KOTA 4F2OA 5H8HA 1UTBB 4QFNA 4ZEBA 4DIGA 4FEDA 5H8NA 4G68A 4G77A 5AA2D 3TMGA 4R2BA 3TUSA 1B6HA 2DE3A 3OSQA 1UTHB 2A5TB 2I3WA 3ZS6A 4IO2A 1FTOA 4PFTA 1EU8A 4DZ1A 4ZS9A 1OQHA 3KG2A 4LA9A 4BDQA 4H8JA 4O3CA 3R7XA 1YAEA 5KDTA 3K4UA 1NNKA 1NNPA 4R9FA 2RF1A 1MY3A 2HEUA 3KJ7A 2O7IA 3MP8A 2OWSA 4RA1A 4JDFA 4F19A 2RCBA 4RJZA 1MQDA 4NF5A 2O7UA 2THIA 4GWOA 5LOMA 3K01A 3H6TA 2YJPA 4X1DA 1US5A 4M4GA 5KCJA 4XXUA 5H8NB 4G68B 2XHDA 1SI0A 4MH5A 4KYEA 1P1UA 2REGA 1I6AA 1N7XA 2RCAA 1QW0A 3EPEA 3FIRA 3MPLA 2UXAA 2X26A 3KSJA 3QAXA 1XHYA 1MRPA 1US4A 1LAXA 4YZZA 3Q27A 2F97A 5I2NB 3P7IA 3TCGA 5KDTB 3TEPA 4IO3A 4FAJA 2F8DA 4I9DA 1D3KA 2OCUA 1I69A 3G3IA 1B9JA 2DOJA 4H67A 4JWXA 1OLAA 1UIUA 4EF2A 4HW8A 5TU0A 4G68C 1B5JA 4Q0CA 3IJXB 3OMBA 1GVCA 3MZ1A 3KEIA 1D9YA 2UVIA 5KCJB 1FQEA 1MY4A 1YCJA 3FATA 3C9HA 4IGRA 3SEYA 1B4HA 3C36A 3PV0E 5CMMA 4N13A 1VR5A 4POXA 3TELA 4ZE9A 2DXYA 4JSDA 1B7HA 4U1ZA 1N04A 3CSGA 2HCAA 2H9BA 3H03A 3MZBA 4LATA 3FGSA 3K6UA 3OEMA 1UIVA 1I6BA 4ZEIA 5ITOA 1AIVA 4QFPA 3M3FA 4RK2A 2UYEA 3SDFA 1MDP1 4G8NA 3KZGA 2RC7A 4ELQA 2H5YA 1NH8A 3PPNA 3GLBA 4QSEA 3D4GA 2XXIA 3PMWA 5AA1A 2F34A 4FJPA 3QIMA 2WKYA 3VFJA 2RC8A 3EN3A 4IO4A 4TLMB 2Z23A 2PYYA 3V8XB 3PPOA 3U94A 5TPAA 3MZ9A 4I8CA 1WDNA 2H99A 4HCWA 2I58A 4F29A 5L8DA 4OQOA 3FJ7A 1GGGA 3GZGA 1USYE 4DXCA 2DVZA 4JWYA 4QSCA 1MY0A 2OK2A 3A09A 3JZJA 4C0RA 4MF3A 5I56A 3OD7A 2G93A 3FZVA 5L9SA 1B7ZA 3DLNA 1AOVA 1OQGA 4NMYA 3O66A 1XC1A 1QKAA 4IGTA 1IQ7A 3E13X 3E3KA 3T66A 3H6WA 3FV2A 3AXFA 4IO7A 3FXQA 4LUBA 3LR1A 3TCHA 1AL3A 3MAMA 5TPAB 3LSWA 4IB2A 3SKPA 4ZZAA 3OXNA 3IB2A 1Y1MA 2DSFA 5CMCA 1PBPA 1EH3A 3EHUA 4H65A 1Q35A 4C1TA 4PFUA 1B52A 3TDJA 3F11A 4AQ4A 3PUXE 1OVBA 3RTFB 1R9QA 3HHFA 5I56B 3MP6A 2OJTA 4IO5A 3SERA 1AH5A 2PBWA 5CC2A 4GLIA 2NXOA 3RPWA 1MPCA 1POY1 2GFEA 1LBBA 3MVYA 2A5SA 3DP6A 4JSOA 2XX9A 3FVKA 4BDLA 1MXYA 1P99A 1Y3QA 1MXVA 4H6DA 1A99A 3MP1A 4OTEA 5ELVA 3CG3A 2AL5A 2ESNA 4U22A 4EDPA 1B46A 1FTMA 1BLFA 3R26A 2XXPA 4R75A 3RGYA 4LZ5A 3MC2A 2YLNA 3G3FA 3O29A 1FQAA 2VOZA 4JB7A 4F39A 2O51A 4MLQA 2ZNTA 5CMBA 3KSXA 1IXIA 3VE1B 3UK4A 2NVUB 4F31B 2I3VA 3I5OA 3T96B 4XKNA 1RYOA 3PD9A 5ISUA 3UIFA 4LQ2A 4XIGQ 3BBRA 3MVWA 3HO7A 3CFXA 4UA8A 1B2HA 5A5XB 4KQPA 4LZ8A 4U23A 2B3BA 1P1OA 4Q8RA 3KGCA 5L9MA 4FEBA 4Q30B 3Q26A 4OFLA 4RK9A 3S9LC 1B3EA 2I0CA 1MXZA 1ZU0A 3CFZA 2OBGA 5F7VA 4OXVA 4F1VA 3KN8A 2E1SA 4F3PA 3CG1A 1EZOA 2XXWA 1NNTA 2DS9A 3C35A 2BJJX 3PMVA 2Q8JA 3TTKA 3EHTA 3K6VA 3T9HB 1II5A 1Y4TA 4EF1A 2VHAA 4FIMA 3FXRA 3DM0A 3TPAA 3H3GA 1UTHA 1XT8A 1N76A 3CIJA 2A5TA 2DE2A 4DE8A 5AA2A 3BKIB 3FXUA 3PU5A 3L6HA 4BDNA 4ZECA 3U92A 3H6UA 2XX8A 2XXTA 3UORA 4KD5A 1MXUA 3O6HA 3OSRA 1AMFA 3MW0A 3UN6A 3TQLA 4ESWA 2F5XA 1FW0A 3IOWA 2V3TA 4EQ7A 3RTWB 3VXBA 1RKMA 2XXRA 2GRVA 2DXRA 5I84A 1LGBC 3PGFA 3HCQA 3RLFE 5FHMA 1D4NA 2IA4A 4U4SA 2V3QA 2XD2A 4N6PA 1N0TA 5KZTA 4X9TA 4EXKA 1BIYA 1A8FA 1ZJLA 5AA2B 1LCTA 1IEJA 3FVGA 3LSLA 1OIBA 3G7WA 1NMUA 3IO6A 3Q25A 5I2NA 3S4UA 3OEKA 3O6IA 1B7UA 2R9JA 4OERA 5IAIA 1ZIUA 3S9MC 3WAEA 5AA3A 2P1SA 1MPDA 3S2VA 4R74A 1LAFE 4XKQA 1S7YA 3QXMA 4F3BA 1A55A 2I48A 2ONSA 4C1UA 1B0LA 3OELA 4ZDMA 1JW5A 3RQTA 2QPQA 4QFOA 1PB8A 4ESXA 1MM7A 3TTRA 3RUMA 4NF8A 2OWTA 4BDMA 4TQUQ 4H5FA 4EQBA 1TWYA 1ATGA 3E4RA 2XXVA 4R73A 5K2YA 5H8FA 3EF7A 3VLUA 3HV1A 1Y20A 5HBCA 1EZ9A 4YKIA 5EYFA 3CI8A 4YB6A 2QL3A 2PT1A 3PMXA 2YPNA 5DT6A 1PB7A 4QFKA 2R71A 3SETA 2B3FA 1B4ZA 1HSEA 1YPNA 4NE4A 2E0SA 1OMPA 2D3IA 3JYRA 4OEVA 1JQFA 4ELRA 3GBBA 2GHAA 1USYH 4NF8B 4WEPA 2UYFA 3B6TA 2OLBA 1R6ZA 1Y1ZA 3TTMA 1Y9UA 1H44A 4WKMA 3HSTA 4FE8A 5H8FB 2O1LA 4QHQA 3MWBA 2OZZA 2HZLA 3O9PA 1SW1A 1PB9A 1FTKA 4PP0A 4OFOA 1DSNA 3IL1B 4ELPA 1LLSA 1MH3A 4F22A 4F18A 1B3LA 4XKRA 3PUWE 2RC9A 3MBPA 2F35A 1ZBMA 3QUFA 3U8QA 2DWIA 2UVJA 1MQGA 3ILUB 4HTGA 1LAGE 1M5EA 3ZKKA 2FYIA 5DEXA 3LBSA 3V5AA 3THIA 1DPEA 1TFAA 4ZEKA 1RYXA 1J1NA 3MUQA 4WXJA 3K2DA 1IZ1A 3ONMA 1H76A 1GV8A 1FCKA 3TODA 4H5GA 4HS7A 4R6KA 4YB7A 2F78A 2ANJA 2Y7WA 3QYTA 2G29A 4PFWA 1N7WA 5L9OA 4G8HA 1Q1KA 4F3GA 4H0WA 2XXUA 3SEUA 5FHNA 3C33A 1LSTA 1TT1A 1N3WA 4R2FA 4YKJA 1H3DA 2HQ0A 2QS3A 2I6EA 5I57A 1XOCA 3TTNA 1P1NA 4YICA 5DEXB 2F7CA 2UVGA 3DP8A 4NWCA 2ZYMA 3U1OA 4ND9A 2HFBA 3HPIA 3C32A 1QULA 1FTJA 2QS2A 3RT6B 2F7BA 3EHSA 5BUUA 4Z0IA 1PDAA 3VLVA 1S50A 5EHSA 3MVZA 5BWJA 3GXAA 3K1PA 3VVEA 1NNFA 3MVXA 3HHGA 4XKPA 3SESA 4G2ZA 3LC8A 1BTJA 3FVOA 4OETA 1L5TA 1DPPA 1B58A 3G3GA 5I57B 4BDRA 3RN8A 3MJNA 1M5CA 5JEIA 2XD3A 3VLWA 3KBRA 2O84X 5J1DA 5CBRA 1CB6A 1SI1A 4LVQA 5AE4A 1ANFA 5A5XA 3FUZA 4JXIA 2GHBA 4O3BA 5CBSA 4TOZA 1Y4CA 2FNCA 1DTZA 3G3KA 3C34A 1TXFA 3ZSFA 4OMBA 4GF8A 3TAJA 3G3JA 1B5IA 4LZ7A 5M2VA 1QUJA 1P1WA 5JK4A 3C4MA 2Y7KA 1MH4A 5H8QB 2PT2A 4LQ5A 3OO8A 4AB6A 4M1VA 2PVUA 4EXLA 1IITA 4X48A 1LAHE 4DCYA 2Z8EA 1LBCA 1B1XA 5HPQA 3RT8A 4O3AA 2CMOA 3N6TA 4KYSA 3N6UA 2V3UA 1LFGA 3SEWA 1YTVA 2AYSA 1PBQA 3B6QA 4DXBA 5I59A 1SW4A 3B7DA 3IB0A 3OENA 2CZLA 1MG1A 2W7YA 4PETA 5CMKA 3S9EA 1H43A 1MQJA 3M3KA 5I2KB 1XS5A 1I6QA 1IXCA 2QMXA 3C31A 3UA8A 3PPRA 2NOOA 4GQOA 1XVXA 2DVCA 2QMWA 2VGQA 4ZE8A 3TTLA 2O69A 4KYDA 4U4XA 3M3LA 3TZAA 4JBZA 1Y3NA 4NF6B 4ZEDA 2VD2A 2Q2CA 4G8MA 1R1NA 3DELB 4KR5A 2QS4A 4GRKA 5ICTA 3A3UA 2XXXA 3E9XA 3FV1A 2F7AA 2ZMBA 3PD8A 1Y3PA 5I59B 4OVJA 3M8UA 3H4ZA 1POTA 3UP9A 5FTIA 1MDQA 5DVIA 4EUOA 5I58B 4RYAA 1QJMA 1B1HA 2Y7PA 1JW4A 1D9VA 4QSDA 1URDA 4OWDA 1A54A 3IORA 1A40A 2X7QA 2XXYA 3VVDA 1JVYA 1ZMGA 1O64A 4DDDA 4P0GA 3Q29A 1A8EA 2LAOA 3K1NA 3SEXA 4IY5A 2H4IA 3ODBA 1B05A 3RY3A 1P1QA 2I0BA 4PQJA 3MQ9A 5JTYB 4DXUA 4NWDA 1QUIA 4OHNA 2R6GE 1ELJA 4YKPA 1JVXA 1B51A 4POWA 3PPQA 3DP4A 4G4PA 2QS1A 2O68A 3K6XA 1VSOA 4KPTA 4UACA 3H06B 3O28A 2ZXTA 2DYXA 3ECRA 4FORA 3BFTA 3W9VA 3KOSA 1OVTA 2AL4A 4KHZE 2AIXA 3IK6B 2M8CA 4U2RA 2O1MA 4ISUA 3K02A 3O6GA 3IO4A 3WAFA 1M5BA 3T9UA 3K00A 2X7PA 4XTCQ 4YAHX 2Q2AA 5AA4A 4MLVA 1EZPA 1GR2A 1JEVA 1PEBA 2P2AA 4BDOA 5H8HB 1Z7ME 1WODA 4ECFA 3PUVE 4P11A 2REJA 3QK6A 1O63A 3IOVA 4YKKA 3LUYA 4FECA 3IOUA 2B65A 3K6WA 1XVYA 3S9NC 4JWOA 1FTLA 4I1DA 4P0IA 4HCYA 5FHOA 1FQFA 4NTLA 5K2XA 3IX1A 4I62A 1QUKA 5FTHA 1IUDA 4Q5TA 3D4CA 5DVFA 4YMAA 3O97A 1DOTA 1IXGA 2XXHA 4KCDA 1R9LA 1SBPA 3MPKA 4LP2B 4R9GA 5AA4B 3TYHA 3IJOB 3LSXA 4OFJA 2HAUA 2NWJA 4NF5B 3IOTA 1MY1A 2HZKA 3O2AA 3T22A 2Z8DA 1DTGA 3ILTB 1LFIA 1URSA 4PFYA 1BP5A 4RXLA 3SEVA 2ONKE 5ICQA 5F1QA 1MM6A 3KN7A 1N3XA 5CM6A 2QJEA 2DWAA 3U93A 3LSFB 1ZTYA 3L6GA 4IY6A 1IIWA 4MBPA 1MPBA 4KFQA 2O6AA 1B40A 4DLDA 3R6UA 4N07A 5B70A 2UVHA 3Q28A 2HAVA 3FD3A 3I6VA 4L17A 1B3GA 4KI0E 3A3CA 1FQCA 4RPOA 1IXHA 1QKBA 1JNFA 3CR9A 4OEUA 2Q88A 1SYHA 4DCXA 5B7DA 1SDXA 2DWJA 1GTKA 1VFEA 4GD5A 2QSXA 4THIA 5IKBA 2V93A 4RNSA 4F2QA 1F9BA 3FJMA 1LB8A 3T9VA 4QRZA 3OOAA 1KWHA 4H8IA 3T9XB 1N84A 2ZYKA 1BKAA 3RNNA 4ZZEA 1SD3A 2D21A 3K0VA 2RKMA 1B3HA 2ABHA 3BFUA 4F3SA 4GVOA 3KJTA 3T93B 4RPNA 4ZEFA 1URGA 2PX1A 1OLCA 2VD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LBZA 4GL0A 3RPLB 1FSAA 1TFDA 2ALUA 3OO7A 3FVNA 1M5DA 2CEYA 2DQVA 4PFIA 2H25A 4QXDA 1FQDA 1FPLA 3GBAA 2WBDA 5H8QA 1HSJA 4GFRA 2Z22A 4PF6A 1LB9A 1MQHA 3VXCA 2KLFA 3H6VA 2V25A 2H98A 3LV0A 4AB5A 3ZKLA 5CI5A 1B0HA 4OYVA 4U1OA 4JVIA 2D5WA 1HSLA 4UABA 2F36A 4G61A 4GXAA 4KCCA 2KR0A 2ZNUA 4Z7EA 3CVGA 3V83A 2FHYA 3PUYE 2IEEA 1PC3A 3KN3A 3VV5A 1LFHA 1T0KA 1VFDA 3CFLA 4U21A 1NUXA 1SVXB 3VVFA 3H7MA 5H8SA 2ONRA 1SW2A 2RINA 4TLLB 1M5FA 2VP1A 5I2KA 1ZLQA 3IR1A 1FQBA 3USDA 5CRYA 1A7LA 4R6HA 1NH7A 4NEDA 3UGWA 1AWBA 2Q9TA 1WVJA 1SYIA 4OZ9A 4E0WA 4GL8A 4PAFA 2F6PA 3OO9A 1SW5A 4FATA 1VE4A 4NF6A 4P47A 4RY1A 2Z8FA 3PPPA 2Y7IA 3QSLA 4BLAA 1MXXA 4NF4A 2ZYOA 2ZYNA 3K1MA 1QVSA 5DYHA 4YB5A 5DTBA 3HN0A 2I4CA 5ET6A 3PUZE 3KBZA 2PMSA 5EYGA 4QF9A 1SQYA 3GYYA 3N26A 2L5VA 4GIZA 5TP9A 3CSBA 5I58A 4ELOA 1S9TA 2GH9A 4LONB 4IO6A 4GOTA 5HM4B 3TFLA 4YU0A 4N91A 4NHBA 3QUJA 2Y84A 2CZKA 3G3HA 1B32A 1B5HA 2Y5LA 3FASA 1CE2A 1NKXA 1MQIA 4OENA 5FBPA 3EQ1A 2XXQA 3IAZA 2DWHA 3N94A 3TKDA 2DE4A 2Q8MA 1MS7A 1Z7NE 4R72A 5ET8A 5ITPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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