3MQ9A

Crystal structure of ectodomain mutant of bst-2/tetherin/cd317 fused to mbp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
454
structure length
454
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITAARDGLRAVMEARNVTHLLQQELTEAQKGFQDVEAQAATANHTVMALMASLDAEKAQGQKKVEELEGEITTLNHKLQDASAEVERLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bone marrow stromal antigen 2 fused to Maltose-binding perip
molecule tags Antiviral protein
source organism Escherichia coli
total genus 158
structure length 454
sequence length 454
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mq9A01
1VFEA 3LUYA 3K6WA 1B6HA 3U94A 1BIYA 1NMUA 4GL0A 2Q89A 3N5LA 3CFZA 2Y7WA 4NF4B 3KZGA 5AA1A 1NFTA 4LP2B 4DE8A 1N3WA 1S50A 4YMAA 1LGBC 4DXUA 3G3FA 3DELB 3MPKA 2H9BA 3SESA 3EPEA 3C34A 1UTBB 3T9VA 5ICTA 3UGWA 4LUBA 4N13A 5KDTA 2ESNA 4F3SA 2DWIA 2LAOA 3LSWA 3IR1A 2P2AA 1UIUA 2X7PA 4JB7A 2ABHA 4U21A 4FAJA 1MXUA 1EU8A 5LOMA 3FVKA 1MQDA 3KG2A 3V8XB 3I5OA 2ZXTA 3B6QA 3OSQA 3FV1A 2RC9A 2XXQA 4Q8RA 5KZTA 4OERA 3QXMA 4KR5A 3RTWB 4H5GA 5H8FB 1JW4A 3ILUB 2XHDA 2ANJA 1URGA 4KYDA 5L9OA 2XD2A 4JWYA 1A8EA 1IQ7A 3GZGA 1N0TA 4YKPA 3GBBA 4JWOA 3T9XB 3UN6A 3FD3A 1LB9A 5FTHA 2O51A 4F31B 3EHSA 2QSXA 4AB5A 1YCJA 2I0BA 3OEMA 3B6TA 2B3FA 1USYE 2PX1A 3TPAA 1MXXA 3VDFA 1EH3A 2PT2A 4MLQA 4NF8A 4JXIA 4AQ4A 1B1HA 4LQ2A 2VGQA 4JSDA 4L17A 4G68B 4RYAA 1US5A 1RYOA 4LA9A 4GWOA 1CB6A 4U4XA 1M5EA 3FJ7A 1LAXA 1M5CA 1SW1A 3UA8A 1Y9UA 4Q5TA 4AB6A 1TFDA 4FECA 3D4CA 2XXXA 3LSLA 4IY6A 4PFWA 2OK2A 3VVEA 4Z0IA 3PD9A 2XD3A 4OZ9A 5I56A 1WVJA 4NF5B 5HPQA 1LFIA 3MVWA 4H1XA 4GL8A 1MS7A 3B7DA 3OOAA 4E0XA 3VVFA 4R6KA 1R1NA 2DWAA 4THIA 4R9FA 3TELA 1MQJA 2NWJA 4IO6A 1N7XA 2V93A 3K6XA 4OFOA 1L5TA 3IAZA 1MDQA 3H6WA 1LSTA 4PFTA 2A5TB 2ONRA 1ANFA 2VD3A 3MW0A 4XKQA 2V84A 4QFLA 3O28A 4ZZAA 2RKMA 1POY1 5AA3A 1XVXA 2F35A 2O84X 1MY0A 3GBAA 1Y1MA 4G77A 2DS9A 3E13X 1OVBA 2DE3A 1FQDA 3FVGA 1ELJA 4EQBA 1US4A 3IOTA 4XTCQ 5K2XA 5JK4A 1FQCA 4GXAA 1LCFA 5AE4A 3IOUA 4LVQA 3MP6A 4M1VA 4XKNA 3QUFA 5CMCA 1B0LA 3U72A 2AIXA 4MBPA 2ZYOA 2I4CA 3H06B 3PD8A 4G8HA 4G68C 3PUXE 1SI1A 2NVUB 1YAEA 4R72A 2ONSA 1B05A 1Q1KA 3IJXB 5KCJA 4ECFA 5H8NB 1MQGA 3K6UA 1MQIA 4OWDA 3TZAA 3AXFA 2WKYA 1LBCA 5AA4A 3QAXA 1B5IA 3CIJA 2PBWA 4DCYA 1B1XA 3KN3A 2O1MA 4F1VA 2GHAA 1I69A 4ZZEA 2G93A 4YAHX 5DEXB 5H8HA 1XT8A 4G8NA 3C9HA 4LQ5A 4KYEA 2AL5A 4FATA 5IKBA 5DVIA 2HFBA 3V89B 3G7WA 5AA2D 4GLIA 1B32A 2F8DA 3H4ZA 4RK9A 3LSXA 2QS3A 2XXUA 2I49A 3IB0A 3DM0A 4OFJA 1ZBMA 3MBPA 2I58A 3MAMA 4TOZA 4EF2A 4YB7A 2AYSA 1SYHA 4QRZA 3C33A 1LLSA 1B40A 3E3KA 3TYHA 1Y4TA 5K2YA 3TCGA 3O6GA 2H5YA 2P0SA 2RC7A 1FTLA 1NNFA 3C36A 1NH8A 3MZ1A 2DXRA 1MY2A 3OD7A 1NNPA 3PPRA 1B51A 3ONMA 1QKBA 4BDNA 2UYEA 2PT1A 4F1YA 4TLMB 2V3UA 3Q25A 2R9JA 3FIRA 2F7AA 1USYH 1IEJA 1EZOA 3TTMA 1ZTYA 3PV0E 3FXQA 4QSCA 4F1UA 5HBCA 4FEDA 2OJTA 4FEBA 4F19A 4I8CA 1LCTA 5F7VA 2XX9A 2QL3A 3MUQA 1IIWA 4DZ1A 4Q30B 3EN3A 3HPIA 3FZVA 1A54A 2RCAA 3HHGA 4ZE8A 2A5SA 3DLNA 3Q28A 1P1NA 1MXZA 4NF4A 3K00A 3PPPA 1ATGA 4MH5A 4Q0CA 2HAUA 4NF6B 2RCBA 5TP9B 3R7XA 1JEUA 2UVHA 3KJ7A 3K1MA 4G4PA 3UORA 4YU0A 3DP4A 1UTBA 1JW5A 3A3UA 1H45A 2OWTA 2I0CA 2ZMBA 4QF9A 3KGCA 3KJTA 3Q29A 4XXUA 5CBSA 1B5JA 5EHSA 3L6HA 4XKPA 1IZ1A 1FQFA 1TT1A 1LFHA 3KBRA 4XIGQ 3VLVA 1DMBA 4NMYA 1B2HA 1P1QA 4EDPA 4F2OA 4Z7EA 3FXRA 1MH4A 3Q26A 2I48A 1XS5A 3RTFB 3IOVA 3O2AA 1SI0A 4PP0A 2FA7A 1B3FA 2G29A 2XXVA 3T96B 3CR9A 3T22A 3TKDA 4F29A 4KD5A 1P1OA 4RXLA 4WEPA 4OVJA 3JZJA 1PDAA 4ZEKA 4DXCA 4F2QA 2BJJX 1Y3QA 2ZNTA 4C1UA 4BDOA 2AL4A 3IORA 5FHMA 3WAEA 4NWDA 4YB6A 4G68A 4FORA 4FIMA 3PUWE 4IO7A 3FGSA 3G3HA 3VXCA 3VLWA 2DE2A 1N84A 2QS4A 2QPQA 3H6UA 4KCDA 4EXLA 4LZ8A 4NF5A 4U23A 3MZBA 3TQLA 4ONYA 3ZKKA 2DWJA 3EQ1A 2Q2CA 4JBZA 5I2NB 4I1DA 3TQWA 3R26A 3BBRA 3LC8A 3MVXA 3S9MC 4N07A 4O3AA 4OENA 4QFOA 3O6HA 2A5TA 4P0IA 2NUVA 3RT8A 4C1TA 1B52A 2V3QA 4M4GA 3RN8A 1MXWA 3O97A 1PC3A 1MXYA 4R9GA 2F97A 1MY1A 4ISUA 1LAFE 1LB8A 1HSLA 4HTGA 1A55A 3FJGA 3U1OA 4O3BA 2V3TA 2FNCA 2ZYNA 1SW5A 4KI0E 1AH5A 1B46A 1DPPA 2Z23A 4POWA 2B3BA 4LZ7A 3CI8A 4HW8A 1DOTA 4G2ZA 3FXUA 3T9HB 4WXJA 3IOWA 3K01A 1SDXA 2HZKA 1LFGA 3DP8A 2PVUA 4BDRA 5J1DA 3LSFB 4FE8A 5F1QA 5H8NA 3IO4A 2GFEA 2VHAA 4F3PA 1NL5A 2CZLA 1XVYA 3PMXA 3T66A 1N04A 4HCYA 3OENA 4F3GA 4E0WA 4EQ7A 4H8IA 4NWCA 3V83A 4H5FA 1EZPA 3JYRA 4U1OA 2UVGA 3H3GA 3H6TA 4ESXA 2UVJA 1TXFA 3FUZA 5I59B 1KWHA 3MVYA 1P1UA 3G3KA 3HO7A 4DDDA 3IJOB 4IO5A 3IK6B 1PB9A 3G3IA 1URDA 3KEIA 4RJZA 4PQJA 3P7IA 4YKJA 1A8FA 1OLCA 2XX7A 4ZDMA 1YTVA 2UYFA 2F6PA 2RINA 4P0GA 1Y1ZA 4OESA 2DE4A 1MM7A 4R6HA 1Z7ME 3VXBA 3OO8A 4YZZA 3RLFE 1QVSA 4KQPA 3MQ9A 3KSJA 3ZS6A 4XKRA 3CG1A 1MY4A 4NEDA 2O1LA 3CFXA 1SW2A 2QMXA 2Y7PA 3VVDA 3TCFA 1FTMA 2THIA 4EXKA 3KN7A 2H25A 3N6UA 3PMVA 4ELRA 1A40A 4TLLB 3RUMA 3N6TA 4IO2A 1LBBA 2F7BA 3OEKA 5I58B 1GGGA 1N76A 3HSTA 1BKAA 3SEVA 3I6VA 1D9VA 2H98A 1UTHA 3VFJA 4NF6A 1MQHA 3O29A 1QUKA 3A3CA 3SKPA 4KCCA 5DT6A 1O64A 1MY3A 1DTGA 1IITA 1B9JA 2F5XA 4F3BA 1MDP1 2R71A 3UIFA 1ZJLA 5DYHA 2DXYA 1EZ9A 2YLNA 4GXSB 4R2FA 1LAHE 1XOCA 5AA2A 1QJMA 1GTKA 2O7IA 1JNFA 3QIMA 5FTIA 1R9LA 3OO7A 1SD3A 1RYXA 3DP6A 4O3CA 4QFNA 2ZNUA 5I57B 3L6GA 4RK2A 1S7YA 4U4SA 4IO4A 4R2BA 3RNNA 3SETA 4K3FA 2ALUA 1NNKA 4ZECA 3PU5A 1MPDA 3TUSA 3KOTA 3CG3A 1PEBA 3K02A 3K1PA 2VD2A 3ECRA 1AMFA 3QYTA 2V25A 4ELQA 3LBSA 4GF8A 3O6IA 1GVCA 2VP1A 4WEDA 2XXTA 3JV9A 1B7ZA 3MWBA 3PPNA 2OLBA 3MP1A 1Z7NE 3PPQA 1JVYA 1ZKBA 1M5FA 3IX1A 3TTLA 3SEWA 1OVTA 4R73A 1XHYA 3M3KA 4EQ9A 5TPAB 3MP8A 2GRVA 4R75A 5FHOA 4MFIA 2Q2AA 2NOOA 1JVXA 1MPBA 5H8QB 5FHNA 1YPNA 5A5XB 4H0WA 1B0HA 1MRPA 3GXAA 1D3KA 2XXIA 4GD5A 3SEXA 5I2NA 1N7WA 1FQEA 4U22A 3SEYA 3ILTB 4I62A 5CMMA 3R6UA 3QSLA 3QUJA 1GV8A 5CM6A 3ODBA 3TAJA 1H3DA 1D4NA 5H8FA 2GHBA 2Z8EA 4U1ZA 2Q9TA 5I2KB 2E0SA 1IXHA 2O7UA 3M3FA 3VV5A 1A7LA 2DVZA 1SQYA 3K6VA 1IXGA 3N26A 4ND9A 4YKKA 4F22A 4RA1A 3KSXA 3D4GA 4OEUA 3N94A 2O68A 4ZEFA 1UIVA 3RY3A 3IB2A 1R9QA 2ZYMA 4ZEIA 1B4ZA 1P99A 2HQ0A 4OETA 1DTZA 4ELOA 4IGRA 1OLAA 4X1BA 3H03A 2OZZA 4ZS9A 2P1SA 1T0KA 2M8CA 3USDA 1B5HA 3EHUA 4KHZE 2X7QA 5ELVA 4ZE9A 4KFQA 4MF3A 4JSOA 3U8QA 1II5A 4F18A 3KOSA 2YPNA 2GH9A 3FJMA 1ZMGA 3CVGA 1N3XA 5CI5A 5CBRA 1A99A 5EYFA 1DPEA 1B3LA 3W15C 4HS7A 4IO3A 3FVNA 4RPNA 3F11A 3KN8A 4LONB 1SVXB 3VE1B 3PUYE 1PBPA 1LAGE 5CMBA 2D21A 4GRKA 2REGA 2Y84A 4ZEDA 2XXHA 2E1SA 4MLVA 5I59A 5EHMA 5ICQA 5ISUA 1ZU0A 3C35A 2QJEA 2IEEA 2O6AA 3TFLA 2Y7IA 4BDQA 4RY1A 3FATA 2XX8A 5JTYB 1MH3A 3CSBA 2O69A 1JW1A 3G3GA 1BLFA 1TWYA 1I6BA 4LATA 1AL3A 4OQOA 3SEUA 1FW0A 4PETA 1QUIA 1M5BA 5B7DA 2DYXA 4YB5A 4YMBA 2Z8DA 3O9PA 4PFUA 5BUUA 1P1WA 2FYIA 3OELA 2ONKE 1VR5A 3U93A 1MM6A 1O7TA 5CRYA 3BFUA 5L9MA 4QFPA 1MPCA 5TU0A 1QW0A 1B4HA 4QFKA 2REJA 3FASA 1Y20A 4OXVA 3OSRA 4EF1A 1JETA 2Q8JA 4OHNA 4H67A 1Y3PA 4OMBA 1VE4A 3THIA 3HV1A 3M3LA 3IO6A 5KDTB 3OO9A 4QSEA 3RQTA 4P11A 1B58A 5HM4B 1B7HA 3S2VA 4GFRA 1OQHA 5DEXA 3TTKA 2XXRA 4R74A 2IA4A 2F7CA 1B3GA 1URSA 5I58A 3HN0A 3CRBA 3U92A 2VOZA 1Q35A 3UK4A 4R6YA 4NE4A 3MVZA 4OEVA 1H43A 2QS1A 4C0RA 3PUZE 1SW4A 2Y7RA 3RPWA 2NXOA 3TMGA 1MXVA 3FV2A 2PMSA 1IXCA 3MZ9A 3I3VA 2UXAA 4IY5A 3EHTA 3BKIB 1HSJA 3K4UA 2YJPA 3W9VA 3C31A 3VLUA 2UVIA 1H44A 1HSEA 3E9XA 1DSNA 2DQVA 4X9TA 4H6DA 4LZ5A 4GIZA 4NF8B 1IXIA 4DIGA 2ZYKA 3Q27A 1AIVA 2DSFA 2OBGA 2F6GA 4ZEBA 4RNSA 3S9EA 3PUVE 5I57A 3TEPA 3OO6A 1I6AA 1POTA 3E4RA 1CE2A 1TFAA 1QULA 4X1DA 1OQGA 2CMOA 2B65A 1JQFA 4DXBA 2Z8FA 4GVOA 1PB7A 3K1NA 2DVCA 3IB1A 3MPLA 2Q88A 4IGTA 5I56B 2DP8A 2RC8A 3KFMA 1SYIA 4OTEA 2XXYA 2Y7KA 4KYSA 5B70A 4QHQA 3ZSFA 4PE5B 5DVFA 2F36A 3ZKLA 1VFDA 3HHFA 4IB2A 2X26A 2DOJA 3UP9A 2F78A 1JEVA 3BFTA 4ESWA 4OFLA 1OIBA 3SERA 5I84A 2HEUA 3S9LC 1NNTA 3CSGA 5DTBA 4NTLA 4BDMA 3K2DA 4PFYA 4RPOA 2OCUA 3O66A 1QUJA 1UQWA 1Y4CA 1F9BA 3WAFA 5TP9A 3IL1B 3A09A 2H4IA 2PYYA 3S4UA 1AOVA 2W7YA 5TPAA 1B3EA 2RF1A 2Z22A 2HAVA 5JEIA 1BP5A 1M5DA 5H8QA 1PBQA 1GR2A 5A5XA 3M8UA 4H8JA 4G8MA 1ZLQA 5BWJA 2I6EA 4UA8A 2QRYA 2HZLA 1NH7A 5L8DA 1FTOA 2QS2A 1OMPA 1RKMA 5H8SA 1FQAA 3MJNA 4QSDA 3TODA 4F39A 1FTJA 5DVJA 3T9UA 5I2KA 3G3JA 2QMWA 5ITOA 2XXPA 3SDFA 4YICA 4OYVA 3RGYA 4KPTA 5KCJB 3LR1A 1I6QA 3TDJA 3PGFA 5AA4B 3PMWA 1QKAA 1WODA 5IAIA 1FCKA 2D3IA 3MC2A 4JWXA 1Y3NA 3EF7A 3OMBA 1IUDA 1B7UA 4GQOA 4X48A 1J1NA 4TQUQ 1BTJA 3QK6A 3CFLA 4EUOA 3TTRA 5H8HB 3T93B 1MG1A 3OXNA 1SBPA 3C32A 2HXWA 1FTKA 5ITPA 3B6WA 1UTHB 1XC1A 4UACA 4DCXA 5CMKA 4BLAA 4FJPA 3V5AA 1B3HA 2H99A 3W9WA 3TTNA 2XXWA 2F34A 1R6ZA 1NKXA 4HCWA 1ZIUA 5M2VA 5CC2A 1WDNA 3H7MA 5AA2B 2ZNSA 3PPOA 3S9NC 2D5WA 4POXA 3TCHA 2HCAA 2OWSA 3H6VA 2I3VA 2I3WA 2R6GE 4ELPA 2DWHA 4YKIA 4H65A 2KLFA 3FVOA 5JTYA 3HCQA 1S9TA 4JDFA 4I9DA 4BDLA 1H76A 4DLDA 1PB8A 4N6PA 4U2RA 3K0VA 4GOTA 1VSOA 5L9SA 1D9YA 1FQBA 3GLBA 2I4BA 1O63A 4WKMA 3RT6B 3C4MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VFEA 3LUYA 3K6WA 1B6HA 1NV1A 3U94A 1BIYA 1NMUA 4GL0A 2Q89A 3N5LA 3CFZA 2Y7WA 4NF4B 3KZGA 5AA1A 4N15A 1NFTA 4LP2B 2ZZXA 4DE8A 1N3WA 1S50A 4YMAA 1LGBC 4DXUA 3G3FA 3DELB 3MPKA 2H9BA 2QVVA 3SESA 3EPEA 4XFEA 3C34A 1UTBB 4NQ8A 3T9VA 2FIXA 4MMPA 5ICTA 3UGWA 4LUBA 4N13A 5KDTA 2ESNA 4F3SA 2DWIA 2LAOA 3LSWA 3IR1A 2P2AA 1UIUA 2X7PA 4JB7A 1KA0A 2ABHA 4U21A 4FAJA 3SZPA 1MXUA 1EU8A 5LOMA 3FVKA 1MQDA 3KG2A 3V8XB 3I5OA 2ZXTA 3B6QA 3OSQA 3FV1A 2RC9A 2XXQA 4Q8RA 5KZTA 4OERA 1DK4A 3QXMA 4KR5A 3RTWB 2Y5LA 4H5GA 5H8FB 1JW4A 3ILUB 2XHDA 2ANJA 1URGA 4KYDA 4MAGA 5L9OA 2XD2A 4JWYA 1A8EA 2WX9A 1IQ7A 3GZGA 1N0TA 1D9QA 3GBBA 4YKPA 4JWOA 1FRPA 3T9XB 3UN6A 3FD3A 1LB9A 5FTHA 2O51A 4F31B 3EHSA 2QSXA 1QGXA 2PCRA 4AB5A 1NUZA 1YCJA 2I0BA 3OEMA 3B6TA 2B3FA 4IR8A 4OVTA 1USYE 2PX1A 3TPAA 1MXXA 4QXDA 2R8TA 3VDFA 1FPGA 1EH3A 2PT2A 3FBPA 4MLQA 4NF8A 4JXIA 4AQ4A 1B1HA 4LQ2A 2VGQA 4JSDA 4L17A 4G68B 4RYAA 1US5A 1RYOA 4LA9A 4GWOA 1CB6A 4U4XA 2PFYA 1M5EA 3FJ7A 1LAXA 1M5CA 1SW1A 3UA8A 1Y9UA 4Q5TA 4AB6A 1TFDA 3ROJA 4FECA 1IMAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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