2RCAA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with glycine at 1.58 angstrom resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
total genus 95
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcaA02
2QS3A 2V3QA 3TTMA 4TOZA 1ZKBA 2R9JA 3TYHA 2CZLA 3HHFA 5DVFA 4F3GA 1I6BA 3TTRA 2XXRA 5I84A 2UYFA 2I48A 1NNPA 1FTOA 4OZ9A 4P0IA 4FIMA 1LBBA 2ZNSA 4ZECA 1NNFA 2Z8DA 1ELJA 1MDP1 1ZBMA 3IOTA 3K6UA 3IR1A 2A5TA 3UIFA 4F29A 3EPEA 2XXVA 3IB2A 4EQBA 3R7XA 4DXBA 2LAOA 2HQ0A 4JSOA 3F11A 1DTZA 3UK4A 1NFTA 2H4IA 2DYXA 2OWSA 3N26A 1OQHA 2UVGA 3OELA 2HXWA 2THIA 4ZZAA 1AL3A 2I4CA 5M2VA 1F9BA 3PD9A 4O3BA 3Q29A 3UP9A 2XXUA 1MPCA 1B5IA 1NMUA 1H44A 3L6HA 1H3DA 4XXUA 3G3JA 4GF8A 4TLMB 5DEXA 2XX9A 2I3WA 3Q26A 1P99A 3VLWA 1JW1A 1R9LA 2ONRA 1SYIA 2OLBA 2F35A 3AXFA 3UN6A 4O3AA 4G68C 1D9YA 1P1WA 4OQOA 1US4A 4P0GA 1MXWA 3ZS6A 4ZDMA 4EXLA 3V8XB 3H6TA 2F78A 4H5FA 2FNCA 3FV2A 3SERA 2DWHA 3CFZA 4KD5A 4F22A 4DIGA 2HZLA 3BFTA 1TXFA 4ELPA 5I59B 1QW0A 3O2AA 1MY0A 1QULA 4F1UA 3I5OA 2F6GA 4NF5A 3MP6A 3K00A 1LAFE 3PUVE 4LZ8A 1A8EA 1GVCA 1Y20A 1PB9A 1O63A 1MQDA 1MPDA 5IAIA 1ZTYA 1Z7ME 4LUBA 4U2RA 5HPQA 4I62A 1EU8A 3SESA 4LQ2A 4WXJA 4NF8B 1EH3A 4OTEA 2RINA 1URGA 4MF3A 5I58A 4ZZEA 5HM4B 3RN8A 1S7YA 1SBPA 2DE3A 2P0SA 3DP4A 3FJ7A 3FGSA 1H76A 4IO4A 3S9NC 3QUJA 3QK6A 3TQLA 3CRBA 4OESA 5I2NA 5CMMA 3M3FA 1ZU0A 4ESWA 4Q0CA 3C35A 3E3KA 3GBBA 1MH4A 4TLLB 1GGGA 4RPOA 3D4CA 4MLQA 3S4UA 3TCFA 2VP1A 2OBGA 2XXXA 3T22A 3M3LA 3ECRA 3ZKKA 1B3GA 4NWDA 2QS2A 4IO3A 3M3KA 1H45A 1MY1A 3KFMA 3RNNA 1IIWA 5EHMA 1IEJA 4PFTA 5CM6A 5CMKA 2WKYA 2PMSA 3OOAA 1SQYA 4NE4A 3U92A 4QFPA 3BKIB 1P1OA 3JZJA 3O66A 1SW2A 3SDFA 5J1DA 1B0HA 4F1VA 3MVZA 3K01A 3K2DA 5DYHA 3PUYE 2UYEA 4ELQA 1ATGA 3C32A 2IA4A 2ZYMA 4G68B 1EZOA 4Q30B 4X1BA 1DSNA 3EF7A 3TPAA 5I56B 1DTGA 2A5SA 3IOWA 4OEUA 3CR9A 3GBAA 4IO5A 1LAGE 2OZZA 1QVSA 3HN0A 4E0XA 4ZE8A 1URDA 3SEWA 2P1SA 4YB7A 4GVOA 1A55A 1S50A 3H4ZA 4JXIA 1OLCA 4KCCA 1AMFA 4PQJA 1OLAA 3G3FA 5AA1A 4IO6A 4IGTA 3N6TA 1ZMGA 5H8QB 3C9HA 4O3CA 1D3KA 4Z7EA 3G3IA 4ZEKA 3UA8A 3L6GA 4F18A 3ZKLA 1I6AA 4XKPA 4YB6A 1LAXA 1FQFA 4YU0A 5B7DA 4K3FA 3RUMA 3KOTA 1N3XA 1MXXA 2O51A 5H8HB 3H6UA 4F2OA 2HCAA 4F39A 3UORA 4I9DA 1P1UA 2Y7PA 3VXCA 3Q28A 2XX7A 3H6VA 1OMPA 4ISUA 1WVJA 3TCGA 1HSJA 3IAZA 5AE4A 1XVYA 3I6VA 4ZE9A 1ANFA 4R2BA 3MQ9A 1FTJA 5A5XA 2VD3A 5JTYB 3KN7A 3FASA 2X7PA 4H6DA 2RKMA 2REGA 4NWCA 1MQHA 1UIUA 2Y84A 3GZGA 2XXHA 3MPLA 2DXYA 3K1PA 1NKXA 4WKMA 1TT1A 4LZ7A 3B6QA 4BLAA 2I3VA 3B6WA 1PBQA 3IL1B 3E9XA 3EN3A 3RY3A 4IO7A 1CE2A 2ONKE 3SEXA 2F8DA 3DP8A 3E13X 1VE4A 4RJZA 3SKPA 3K4UA 4G8HA 1TWYA 3DM0A 3HPIA 3K6XA 5CBRA 4OWDA 4DLDA 4GL0A 2F34A 4EDPA 4QRZA 2W7YA 1B6HA 1XT8A 2D21A 1UTBA 1XHYA 2I4BA 4UACA 3T66A 1PB7A 2O7IA 4L17A 3PD8A 4YICA 3SETA 3KSJA 3S9LC 3TCHA 1MM7A 1NH8A 3KGCA 3I3VA 4DE8A 1SDXA 1FTMA 4YZZA 2ZYKA 1YCJA 3CFXA 4NF8A 3N94A 1T0KA 4JSDA 5I57B 1VR5A 3PPNA 5JK4A 3C4MA 4NF4B 1II5A 3ILUB 2H9BA 1FQDA 5TU0A 3CG3A 1B7HA 3CIJA 1N3WA 3HSTA 4GXSB 1FW0A 3TFLA 2V3TA 1B46A 2DOJA 3O6IA 3H7MA 4FE8A 4X9TA 5L9MA 2Q2CA 3SEVA 4M1VA 3K0VA 4UA8A 3IO4A 1JW5A 5FTIA 1SI1A 2XXWA 2RF1A 4R74A 1JVXA 1YPNA 1OQGA 1B9JA 5FHMA 5AA4B 4R9GA 4YMAA 4OFJA 2Y7RA 4R2FA 1MPBA 3SEUA 2PT1A 2Z23A 1SW5A 1US5A 2H25A 3PPOA 4F1YA 1MS7A 1LB8A 3JV9A 3RQTA 3PMWA 3S2VA 3FXUA 3RPWA 1B51A 4IO2A 3K6VA 4FEBA 3LSLA 2D5WA 4C1TA 3W9VA 2Y7WA 1RYOA 1ZLQA 4POWA 1B5JA 4JB7A 3FATA 2IEEA 4BDNA 1SVXB 4BDOA 3D4GA 1MM6A 1Y3NA 3G3HA 1AIVA 4G68A 3U72A 3EHSA 3K1NA 1UTHB 5I56A 3HV1A 1ZIUA 5KDTA 3KZGA 1JNFA 4JWYA 1MQJA 1M5FA 4ND9A 3T9XB 1M5EA 5KZTA 3U1OA 1O64A 3FD3A 3EHTA 4LZ5A 4RXLA 2PVUA 4BDQA 4HCYA 1YAEA 3FJMA 3PPRA 1MXZA 2XXPA 3FVOA 4JWOA 2UVHA 3IK6B 4YB5A 2NWJA 2YJPA 4OEVA 1KWHA 1MY4A 3C36A 2X26A 2QS4A 3MPKA 4P11A 1DPPA 1LSTA 4LVQA 1XC1A 3B6TA 4EF2A 1MG1A 2NOOA 3MZ1A 4YMBA 3FVGA 3OO7A 1TFDA 4EQ7A 1QKBA 4XTCQ 3T9VA 3PMVA 3FJGA 2XXQA 3LBSA 4LP2B 4OYVA 2I58A 4G8NA 1Y1MA 2V3UA 2DQVA 4GL8A 1POY1 3C31A 4R72A 2VHAA 2OWTA 3LR1A 4NEDA 1MDQA 2Q9TA 4THIA 4HTGA 4QF9A 1Y1ZA 4I1DA 2P2AA 5B70A 2QSXA 5ICQA 2YLNA 4KI0E 4EF1A 3U93A 5KCJA 3MAMA 1B5HA 3MP8A 1SI0A 4XKRA 4ESXA 4GFRA 1HSLA 4NF6B 2E0SA 3TEPA 3DLNA 3R6UA 4XIGQ 5AA2B 4R73A 4GQOA 2F7AA 5TPAB 1N04A 1CB6A 1Y4TA 4QFKA 3LC8A 4BDLA 1QJMA 1LFGA 4QSCA 4KR5A 1B3HA 1N7XA 5L9OA 3HHGA 4OXVA 1MH3A 4C1UA 4NTLA 2H98A 1D9VA 2F7BA 3MJNA 5CI5A 3IB1A 4U4XA 3K6WA 1EZPA 3GXAA 1B7ZA 3VV5A 2GHAA 4RNSA 2DE2A 4YAHX 4MH5A 5H8NA 3QIMA 2UVJA 5H8SA 2AYSA 1B3LA 1MXUA 5H8FB 2H99A 4WEPA 2A5TB 3S9MC 5I57A 2B3BA 3KEIA 3N6UA 4KCDA 3GLBA 3RGYA 1IXHA 5DTBA 3W15C 2PBWA 1M5BA 4YKIA 3U94A 2I6EA 4QSDA 4PFYA 3V5AA 1MXYA 3KBRA 3MBPA 4IGRA 5FHNA 4OFLA 1MY2A 1USYE 1FQAA 1IXGA 4ZEIA 2XD2A 3G7WA 2DS9A 1B7UA 3VFJA 4H1XA 4QFNA 3TTNA 3PPQA 4H0WA 4FAJA 3ODBA 2GHBA 2H5YA 3MC2A 3OO6A 4KYEA 3WAFA 4RYAA 2PX1A 3VVEA 1MXVA 4R75A 4DXCA 3MW0A 1JW4A 1P1QA 3G3GA 2REJA 3FZVA 2DVCA 3VVFA 3C33A 3THIA 4JWXA 3IO6A 3CI8A 2XXIA 3O29A 4IB2A 3IJOB 5ISUA 2HAUA 2XX8A 2Z8FA 5CC2A 3MZBA 3PPPA 3OEMA 4H8JA 2OJTA 4F19A 1NL5A 3K1MA 2QMWA 3HCQA 4GOTA 1TFAA 1ZJLA 4ECFA 3H3GA 1I6QA 5DVJA 3DP6A 1DOTA 1LB9A 2G29A 3PV0E 1Q1KA 4FEDA 2Z22A 4G8MA 4AB6A 3R26A 4HCWA 3IB0A 1LGBC 4R6KA 1JEUA 3BFUA 1BKAA 5CMCA 1N0TA 2I0BA 3E4RA 3KJ7A 4PFWA 1DMBA 2O1MA 4ZEFA 4YKJA 4FECA 4ZEBA 3VLUA 3DELB 2Y7KA 3VXBA 4AQ4A 1LLSA 2GH9A 1UQWA 5EHSA 1FQEA 2OK2A 5I59A 3LSXA 2UVIA 4TQUQ 4YKPA 4DXUA 1IXIA 3IJXB 1HSEA 1SYHA 3T96B 1Y4CA 3CSGA 3CFLA 4KQPA 1B0LA 3PUWE 3VVDA 3V83A 3SEYA 3RT8A 4KYSA 3VLVA 3RTWB 4KHZE 4LA9A 3QXMA 1A99A 3JYRA 2FYIA 3FUZA 1RYXA 1B58A 2RC7A 2DWIA 1XOCA 1B32A 3V89B 2QRYA 4IY5A 1AH5A 2B65A 5AA2A 3TQWA 3FXRA 4KYDA 2Y7IA 5I2KB 5TPAA 2OCUA 2QL3A 1A8FA 1USYH 3WAEA 4DZ1A 2DSFA 5TP9B 4ZS9A 3MVXA 3KG2A 2ANJA 3BBRA 4GIZA 2RCAA 1J1NA 4QSEA 1LFIA 2DXRA 2D3IA 3TELA 4C0RA 1MQGA 2ZNTA 2PYYA 4NMYA 1L5TA 2ZMBA 3KOSA 1FTKA 5IKBA 3VDFA 3S9EA 2F5XA 2M8CA 2E1SA 3A3UA 1YTVA 2F97A 2HFBA 1Q35A 4DDDA 5FHOA 3A3CA 2Q2AA 5H8FA 4I8CA 1SD3A 3FXQA 3OXNA 2ZXTA 2UXAA 1XVXA 4XKNA 1QUKA 4ELOA 4F31B 5A5XB 3FVKA 3VE1B 4N07A 4LONB 1R1NA 4H8IA 4OMBA 2VGQA 1IUDA 3HO7A 2KLFA 3TODA 4QFLA 5FTHA 1R9QA 4G4PA 1OIBA 1EZ9A 1GV8A 4OFOA 1N7WA 3OSRA 5DT6A 1FQCA 5H8QA 1LCTA 1JQFA 4RK2A 2G93A 4U22A 5HBCA 3TMGA 4M4GA 4OETA 3MZ9A 1URSA 2HZKA 4GLIA 2V84A 4MFIA 2DVZA 5H8HA 4BDRA 2NVUB 1N84A 3UGWA 1N76A 4H67A 3G3KA 4OERA 4MLVA 3OO8A 1R6ZA 4KFQA 2ESNA 3Q27A 2O7UA 1NNKA 4GRKA 1B3EA 1Y3QA 1UTBB 1S9TA 1A7LA 2ABHA 5JTYA 2ZYNA 2VOZA 1B05A 1BIYA 4PETA 1A40A 1I69A 4XKQA 5ICTA 4YKKA 2Q8JA 4GD5A 5F1QA 5LOMA 4WEDA 4FATA 3QYTA 1POTA 4HW8A 4Q8RA 4BDMA 4OVJA 4JBZA 4E0WA 1SW4A 2Q88A 3CSBA 4U21A 4R6HA 4ONYA 4G2ZA 1OVTA 4EUOA 1FTLA 4F3SA 1GR2A 4JDFA 2O1LA 4U1ZA 3FV1A 1QKAA 1BP5A 4Q5TA 5ELVA 1Y3PA 1B2HA 1WODA 2CMOA 2O69A 3W9WA 3CVGA 4N6PA 3OMBA 3KSXA 1B1HA 1BLFA 4GWOA 1VFEA 4H65A 1B52A 3O28A 4R9FA 2QPQA 3TZAA 2QS1A 2DE4A 2YPNA 4X1DA 1LCFA 1D4NA 5AA2D 2V25A 3RLFE 3OO9A 2X7QA 1BTJA 3QAXA 1FQBA 3O6GA 3MUQA 1B4ZA 1PBPA 2F36A 2XXYA 4NF4A 4RK9A 5CRYA 4RA1A 4U23A 4POXA 1NH7A 1FCKA 4LATA 4F3PA 4OENA 2VD2A 4LQ5A 5K2XA 1H43A 3MVYA 4N13A 1XS5A 3O6HA 3QUFA 4FJPA 3PUXE 3CG1A 3LSFB 4F2QA 3B7DA 2FA7A 5I2KA 3PUZE 1JVYA 3TTKA 2I49A 5KDTB 4MBPA 1VSOA 3OEKA 3OSQA 5TP9A 4ELRA 4RPNA 4IY6A 1B1XA 5AA4A 1QUIA 4RY1A 5BUUA 3LUYA 4GXAA 2ONSA 5DEXB 4EXKA 2RCBA 1M5CA 1WDNA 3M8UA 3C34A 2ZYOA 1Y9UA 1VFDA 1JETA 1M5DA 4OHNA 2R6GE 3TKDA 2XHDA 1B4HA 3RT6B 1UIVA 3USDA 4U4SA 1A54A 1LAHE 2DWJA 5DVIA 2Q89A 3OD7A 4HS7A 2F6PA 3P7IA 5JEIA 2ALUA 2XD3A 4PP0A 3IOUA 1UTHA 3ILTB 3MWBA 2GRVA 5K2YA 3QSLA 4NF5B 4R6YA 2F7CA 4Z0IA 2NUVA 3ONMA 3O97A 1DPEA 1RKMA 3N5LA 3TAJA 3A09A 2RC9A 3T9HB 1LBCA 4X48A 5I58B 3H06B 2DWAA 4PFUA 4QHQA 1Z7NE 3K02A 5ITOA 3PU5A 4EQ9A 3OENA 2AL4A 2AIXA 1OVBA 3TUSA 4DCYA 1PC3A 4G77A 2GFEA 1MY3A 1P1NA 5KCJB 3FVNA 4QFOA 3ZSFA 4PE5B 5I2NB 3EQ1A 5L8DA 3H6WA 1IZ1A 1NNTA 1B40A 4FORA 1LFHA 3U8QA 2O6AA 1QUJA 2B3FA 1MRPA 3KN8A 2O84X 5ITPA 2XXTA 3MP1A 3TDJA 4H5GA 5EYFA 1PB8A 1IQ7A 3FIRA 3KJTA 4KPTA 2NXOA 2R71A 3TTLA 2ZNUA 2QMXA 1SW1A 3EHUA 3LSWA 2PT2A 5L9SA 4ZEDA 1B3FA 3T93B 1IXCA 1JEVA 5CBSA 3H03A 1O7TA 4AB5A 2O68A 2RC8A 2AL5A 5H8NB 3Q25A 3PGFA 4U1OA 2BJJX 2HEUA 4NF6A 1AOVA 3IORA 3MVWA 3KN3A 1GTKA 2Z8EA 4DCXA 5CMBA 3RTFB 2I0CA 1PDAA 3IOVA 4F3BA 5AA3A 1IITA 5F7VA 5BWJA 2QJEA 3O9PA 1MQIA 3T9UA 3IX1A 2DP8A 2HAVA 2V93A 1PEBA 3PMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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