2RCAA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with glycine at 1.58 angstrom resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 95
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcaA02
2E1SA 1MH4A 3IK6B 1FQDA 5F1QA 3OENA 3B6WA 2F34A 3HSTA 4FEDA 3TFLA 4H5GA 2DP8A 1B7HA 4JB7A 3SEXA 4LZ8A 3TELA 1A7LA 1M5BA 2AL4A 2HAVA 1H43A 4DCYA 3O28A 1YAEA 4PE5B 3H6UA 3G3IA 3IO4A 4KFQA 1J1NA 1IXCA 3UN6A 3JYRA 1EZ9A 4RA1A 3V8XB 1VSOA 2PBWA 4QF9A 3PGFA 4DZ1A 2DYXA 1MXVA 1DPEA 2B65A 3KOTA 2Y7WA 4ZEBA 4OYVA 2XXPA 4I9DA 3CG3A 1ZTYA 2HXWA 4ELOA 4WXJA 4OFOA 4ND9A 5H8FA 1FCKA 4X9TA 3VLUA 1FQFA 4IO6A 3FV1A 3QUJA 2BJJX 1SBPA 3PPRA 1Y4TA 4KHZE 3FASA 1AH5A 2DWHA 2VOZA 2PMSA 3T93B 2XXXA 3QUFA 3W9WA 4IB2A 3DLNA 2DOJA 3O9PA 3SESA 4F18A 3K2DA 4JDFA 1MY0A 3SEYA 4PFTA 3FVGA 5HPQA 1Q1KA 4I62A 1FQCA 1MXUA 4OEUA 1A40A 2HAUA 4H5FA 4GFRA 3WAEA 1N7XA 3R7XA 4EF2A 1S7YA 1SVXB 4ELQA 4PP0A 4MF3A 3BBRA 2DWJA 3ILTB 3PV0E 1B5HA 2QS4A 1QW0A 5H8FB 4LONB 4OERA 4OESA 3Q26A 2AL5A 2ZYMA 4RPNA 3VVDA 1LLSA 4O3AA 1ZU0A 4JWYA 4DCXA 2LAOA 1ZMGA 1UTBB 5H8SA 2XD2A 3E3KA 4R6YA 2OBGA 3EF7A 5DEXA 5B7DA 1H3DA 2D5WA 1OIBA 3OEKA 3CSBA 1LB8A 4GXSB 1B52A 1FTJA 1TXFA 4YICA 4Z0IA 1D4NA 3OD7A 2Y7IA 2KLFA 3H06B 3E9XA 3HCQA 4ZZAA 3BFTA 2RF1A 3LSXA 4G8MA 2QS2A 3S2VA 1POY1 1M5EA 5TPAB 4LQ2A 1MQIA 2FA7A 3JZJA 4ESWA 4F19A 3VXCA 3ILUB 3K1MA 4C1TA 4QFNA 1OLAA 3W9VA 3TTNA 4NF8A 1MM7A 1LCTA 5L9MA 4F22A 1URDA 3RTFB 3V83A 1I6BA 5CMMA 2OCUA 3OSQA 5ITOA 4L17A 2O51A 1O64A 4R73A 3OELA 4XKQA 1MXWA 4IO7A 4ZEFA 3RUMA 3MAMA 5H8HA 1Y20A 1MQDA 3K4UA 3O2AA 2QMWA 1L5TA 4BDLA 5I84A 2Y7PA 1BIYA 4YZZA 1Y3NA 3KN3A 5FHOA 3O97A 5M2VA 4IY6A 3GXAA 1FW0A 2Q89A 1ZBMA 4M1VA 3FD3A 3THIA 2ONSA 4MLVA 1O7TA 1P1UA 1B3EA 4ZS9A 2ESNA 4KI0E 2IA4A 5AA2B 5L9OA 2RC7A 3EHTA 2P0SA 4MH5A 1T0KA 4QRZA 1USYH 1GVCA 4RK2A 2I49A 4XKRA 2HFBA 4HCWA 1B05A 3KJTA 1LB9A 3RTWB 2Z8EA 3VDFA 3K6XA 4GQOA 2F7AA 4EQ7A 1P1OA 1AOVA 4DLDA 2UVJA 1LFHA 4Q8RA 2CMOA 2DE3A 5DVFA 3H7MA 3PU5A 2V93A 3RY3A 2X7PA 1DOTA 4O3BA 4TQUQ 2V84A 3TCHA 5H8HB 4F29A 2XXRA 1B32A 5CMKA 1A8EA 1EU8A 2DSFA 2W7YA 3RGYA 4KCDA 5K2YA 4G8NA 1LBBA 4GVOA 1SD3A 3MUQA 2I6EA 2ONRA 3PMWA 2VD3A 3KZGA 1R6ZA 4ZZEA 3DP6A 3MPKA 1MXXA 3UK4A 4THIA 4FECA 4ESXA 1MH3A 1NNKA 2HZKA 1SW1A 3KOSA 4YMBA 2OLBA 1B0HA 2DS9A 1B9JA 1Y3PA 2FNCA 2RCAA 2A5TA 2RC8A 1PEBA 3TTMA 4OFJA 4GWOA 1XVXA 1QKAA 1QJMA 2XXHA 2A5SA 1JEVA 1NKXA 3H4ZA 4H1XA 2H9BA 2GFEA 1XS5A 4HW8A 1N7WA 2VGQA 1SQYA 3LC8A 4AQ4A 2I4BA 4OHNA 4YB6A 1ELJA 2UVHA 1DMBA 1TFDA 3H03A 2P1SA 5EYFA 3KJ7A 1NH7A 4XTCQ 4F2OA 4R2BA 3SETA 4HTGA 2XXYA 4ZECA 5JK4A 3IOUA 4P11A 3U94A 4FORA 2D3IA 1USYE 3ODBA 2VP1A 4FATA 2V3TA 3EQ1A 4IGTA 3EHUA 4X48A 1LFIA 2H98A 1JVXA 1Y4CA 5I58A 2Q9TA 3OXNA 3TDJA 1B4ZA 1R1NA 5CBSA 2HZLA 4U21A 3H3GA 3KG2A 3CFZA 1MY2A 4MLQA 1N0TA 3DELB 2F7BA 3T22A 5AA3A 4I8CA 5IKBA 2ABHA 2O6AA 2F78A 3SKPA 2O68A 1XT8A 5AA4A 1MS7A 3C36A 4POXA 3TMGA 1YPNA 3D4GA 4DIGA 3KEIA 3MQ9A 1WODA 4U23A 4EXKA 2DQVA 4F1YA 3FVOA 5ICTA 1SYHA 3CFLA 1NNFA 2QSXA 1BP5A 2XHDA 3K6VA 3C31A 4U2RA 1MRPA 5I58B 2H5YA 3CSGA 1Q35A 5DT6A 3C4MA 4ZEIA 1SDXA 3O29A 2OWTA 4QSDA 4QFOA 2R9JA 1B58A 2F6GA 4U1OA 3MPLA 1QVSA 3A3UA 4R9FA 3KBRA 5DVJA 3IB2A 4H8JA 1FTLA 3V5AA 5FTHA 1IXIA 3OO7A 1N76A 2ANJA 2F35A 5AA4B 2ALUA 4BDMA 3UP9A 1FTOA 1PBQA 4GLIA 2DXRA 4NF6B 3SEVA 4JSDA 1MXYA 3O6GA 2F7CA 1P1WA 1QULA 2ZNUA 1BKAA 4PFUA 2I4CA 1OVTA 1B7ZA 3Q28A 4NE4A 3I6VA 3TUSA 1N84A 2H25A 4MFIA 4TLMB 3PUXE 3HHFA 1OQHA 3HN0A 3UIFA 4F1VA 2I0CA 3U72A 1UTBA 2P2AA 2REJA 5AE4A 4H6DA 2YPNA 4RPOA 2UVGA 3RT8A 1B51A 1URGA 1QUJA 1US5A 3B6TA 2NWJA 2Z8DA 3OEMA 1NNTA 4Q0CA 1HSLA 3ZKKA 4NEDA 2Z8FA 2XXWA 2YJPA 1IXGA 1JEUA 3R26A 4BLAA 3MVZA 1MPCA 3K6WA 4F2QA 5CC2A 3LSWA 4GL0A 4RJZA 1IXHA 3QIMA 5TPAA 3K02A 3N6UA 3C35A 5KCJA 3GZGA 4K3FA 4JWXA 3FVKA 3N94A 1UTHA 2DVCA 3MP8A 1NH8A 4G77A 3VFJA 3FJGA 4YKJA 3TAJA 3U92A 1PC3A 3N5LA 1OLCA 2Q8JA 4NMYA 2O7IA 3HPIA 5K2XA 4N07A 2DWAA 5L9SA 1WDNA 2X7QA 4WKMA 4EXLA 2I58A 3UA8A 1IEJA 1PB9A 3C32A 1NL5A 4WEPA 3FGSA 1MQGA 2VHAA 2NXOA 3PD9A 1B3HA 3IO6A 3OO8A 5KCJB 5AA2A 3H6TA 1H45A 3G3KA 1EH3A 2I3VA 2QS3A 3FIRA 4TOZA 5FHMA 1LAFE 1UTHB 2I3WA 3T66A 1OVBA 1MY3A 5KDTA 5TU0A 1NMUA 1TWYA 4AB6A 2F36A 3H6VA 1AIVA 4R9GA 5I56B 2XD3A 1Y3QA 1R9QA 2QPQA 4GXAA 1I6AA 4FIMA 3B6QA 1DSNA 4NF5A 3V89B 1FQBA 3SEUA 3KSJA 2PYYA 3KN7A 2O1MA 2Q88A 4IY5A 4X1DA 3MC2A 5FTIA 1EZPA 1PBPA 4LVQA 2GH9A 2H4IA 5H8QA 3D4CA 1BTJA 4LA9A 4OVJA 1HSJA 3F11A 2D21A 1Y1ZA 3VLVA 4EF1A 3IOWA 4Z7EA 2XX7A 3RLFE 3MVWA 1VFEA 2DXYA 3O66A 5KDTB 3N6TA 2UYEA 4ZE9A 2O69A 3S9MC 4NTLA 3EHSA 3MBPA 3MZBA 4BDRA 1Z7NE 4F31B 2VD2A 1IIWA 3TPAA 4N13A 1RYOA 1IQ7A 4NWDA 4R6HA 2ZXTA 2FYIA 3CI8A 4NF5B 3TODA 1B5JA 3VXBA 3IL1B 2F8DA 3G3HA 5CBRA 3Q25A 4YKIA 2XX9A 3MP6A 1B3LA 2Y7RA 1GGGA 4ZDMA 3QYTA 4IO4A 1N3XA 2RCBA 4IGRA 3TKDA 3EPEA 3OO6A 3TCFA 4ELPA 4U1ZA 1BLFA 4AB5A 3IB0A 2V3QA 5H8QB 3ONMA 1DTZA 3PPOA 3W15C 3PMVA 4UACA 1LAGE 3T9HB 4QSCA 1JW1A 3N26A 4RY1A 3LSFB 3G3FA 3G7WA 3UGWA 1RKMA 4LZ7A 3O6IA 4YKKA 2THIA 4GRKA 1URSA 2H99A 3HHGA 3FXQA 1LAHE 5L8DA 5KZTA 2ZMBA 4R72A 1B7UA 5DVIA 4OENA 4NWCA 3RT6B 4KYSA 4LQ5A 1QUKA 3U93A 3OMBA 4BDNA 2RC9A 4XIGQ 2OZZA 3FXRA 2OK2A 1FQEA 4F3GA 1HSEA 2RINA 5LOMA 2QS1A 1VE4A 5BWJA 4QFLA 1R9LA 3FXUA 1A99A 5JTYA 2GHBA 3MP1A 3C33A 4H0WA 1PDAA 5HBCA 3SERA 3ZSFA 4Q5TA 1NFTA 3IOVA 4RNSA 4NF4B 3G3GA 3HV1A 4JWOA 2ZYNA 4XKPA 4N6PA 5TP9A 1OQGA 4POWA 1SW5A 4R6KA 4IO5A 3MW0A 3TQWA 2PX1A 3C34A 4EQBA 5H8NA 2HQ0A 5DYHA 4G4PA 3MJNA 4M4GA 5I57A 4EQ9A 1B5IA 2DE2A 3T96B 1Z7ME 2REGA 2NUVA 2Y84A 4Q30B 1JW4A 3FZVA 1JW5A 3SDFA 1A54A 1B4HA 3CG1A 4HCYA 4MBPA 4KQPA 3FV2A 5I2NA 1FTKA 4KPTA 4DXCA 4HS7A 5ICQA 4RXLA 3IB1A 1VFDA 1MDQA 5JTYB 1MM6A 1UIUA 4NF6A 1XOCA 4ONYA 2QRYA 3A3CA 1KWHA 3VE1B 3OOAA 3P7IA 3LSLA 2E0SA 2DE4A 1MY4A 1B1HA 3OSRA 5I2KB 4KCCA 5TP9B 4F39A 5H8NB 2Q2CA 1B3FA 2V3UA 4BDOA 5I57B 3RN8A 1YCJA 3DM0A 2HEUA 4U4XA 1US4A 1SI1A 4DXUA 1XVYA 2IEEA 4UA8A 1F9BA 1GR2A 3FATA 1VR5A 1FQAA 1JVYA 4JSOA 3USDA 2UYFA 2XXQA 5I2NB 5IAIA 1MQHA 3L6HA 3LUYA 3WAFA 1H44A 2UXAA 3VVFA 2Y7KA 4KD5A 1M5DA 4IO3A 4OQOA 4F3SA 2I48A 2O1LA 4I1DA 3R6UA 3QSLA 1ZIUA 3S9LC 2G93A 1NNPA 4XXUA 3KSXA 3CRBA 3PPPA 5CMBA 3G3JA 1PB7A 3TYHA 4PETA 1EZOA 1P1QA 4EUOA 4FAJA 1LAXA 4IO2A 1IUDA 3RPWA 2R6GE 5HM4B 1MY1A 4GL8A 1LBCA 3VVEA 1MPBA 4FEBA 3OO9A 2UVIA 1B3GA 3U8QA 1A55A 2ZNSA 3DP4A 1Y9UA 4OMBA 4QHQA 3ZS6A 3L6GA 4YMAA 4H65A 1B2HA 5ITPA 4U4SA 3TTKA 1B0LA 3B7DA 3KN8A 4WEDA 1H76A 4PFWA 4DDDA 3KGCA 3E13X 4P0IA 2XXTA 3Q29A 1GTKA 4F3BA 5CMCA 3K0VA 4OWDA 2DWIA 1IITA 3PUZE 3MZ9A 3Q27A 3RQTA 5A5XA 4OZ9A 4PFYA 3MVYA 3M3KA 4TLLB 1IZ1A 1B6HA 3PUVE 1WVJA 2XX8A 1SI0A 5I56A 3MVXA 1ANFA 1UQWA 1YTVA 2QMXA 3TQLA 4OTEA 2ZYKA 2ZYOA 4F1UA 2X26A 5ISUA 1TFAA 2F6PA 5DTBA 3IJXB 3PUWE 3DP8A 3PPNA 1II5A 2NVUB 4JBZA 1SW4A 3H6WA 5I59A 1M5FA 4OXVA 3RNNA 3T9UA 5AA2D 4GIZA 1S9TA 1N3WA 3IX1A 1PB8A 3M3LA 5CI5A 3HO7A 4GD5A 5J1DA 4LZ5A 3TCGA 2CZLA 3M8UA 3PPQA 1A8FA 5A5XB 2B3FA 2B3BA 3ECRA 1ZJLA 1MQJA 4ZE8A 4YAHX 2QJEA 4DXBA 3MZ1A 3K01A 3TTLA 1RYXA 1MPDA 3LR1A 5FHNA 5DEXB 1CB6A 3VLWA 2AYSA 5F7VA 1S50A 5CM6A 3K6UA 3GBBA 4ELRA 4U22A 3S4UA 4O3CA 1POTA 2QL3A 4KR5A 1I69A 4RYAA 1GV8A 2GRVA 5I59B 1O63A 3EN3A 4QFKA 4YKPA 3IJOB 2ZNTA 4E0XA 3K1NA 1LSTA 4JXIA 3TZAA 3K1PA 4GOTA 4E0WA 3T9VA 3CR9A 4KYEA 3IAZA 2PT1A 4R2FA 4NF8B 2O84X 3UORA 4G68A 3CIJA 4XKNA 4OEVA 2NOOA 1LFGA 1P99A 2PT2A 3PD8A 3LBSA 3TTRA 5EHMA 1B46A 2XXVA 2F97A 2Z23A 3FUZA 3S9NC 2HCAA 3CFXA 5AA1A 4YU0A 2O7UA 4OFLA 4P0GA 2GHAA 4C0RA 1SYIA 3S9EA 3QK6A 3GLBA 4DE8A 1MG1A 4LP2B 4FJPA 2M8CA 1MDP1 3QAXA 1D9VA 2AIXA 2I0BA 2ONKE 1D3KA 4BDQA 3I3VA 3SEWA 1XHYA 1OMPA 2XXIA 4H67A 4H8IA 4G68B 4PQJA 1ZLQA 4ZEDA 1DTGA 1QUIA 3GBAA 3PMXA 3IOTA 4NF4A 4C1UA 3IORA 1M5CA 1JQFA 3FJMA 2OJTA 4R74A 4QSEA 3IR1A 1Y1MA 3BFUA 1JNFA 3JV9A 5ELVA 2YLNA 5CRYA 4EDPA 4ECFA 1XC1A 1ATGA 1I6QA 2V25A 3PUYE 3KFMA 2Z22A 2XXUA 1FTMA 3T9XB 4KYDA 2OWSA 3A09A 4OETA 4G68C 4G8HA 1AMFA 3ZKLA 1B40A 4LATA 4LUBA 4ZEKA 1AL3A 2R71A 4QFPA 4FE8A 1LCFA 1CE2A 1DPPA 2F5XA 2PVUA 1TT1A 1ZKBA 4X1BA 1JETA 4YB7A 5I2KA 2A5TB 3E4RA 3O6HA 4YB5A 4ISUA 1QKBA 2RKMA 3QXMA 3VV5A 1LGBC 5EHSA 1B1XA 4R75A 1D9YA 1P1NA 3I5OA 2DVZA 3AXFA 2WKYA 3FVNA 5B70A 3BKIB 1N04A 1UIVA 3MWBA 5JEIA 3TEPA 4GF8A 3FJ7A 3K00A 4RK9A 1SW2A 3U1OA 3C9HA 2Q2AA 3CVGA 4G2ZA 4F3PA 1MXZA 5BUUA 3M3FA 2G29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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