3KOTA

Structure of the citrobacter freundii effector binding domain containing three amino acid substitutions: t103v, s221a and y264f
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
198
structure length
198
Chain Sequence
QEKLKIGVVGVFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSAVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSFWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVLH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the AmpR Effector Binding Domain Provides Insight into the Molecular Regulation of Inducible AmpC beta-Lactamase.
pubmed doi rcsb
source organism Citrobacter freundii
molecule tags Transcription
molecule keywords HTH-type transcriptional activator ampR
total genus 56
structure length 198
sequence length 198
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kotA02
3CG1A 4H8IA 1QJMA 3C9HA 2FNCA 3PPPA 1B3FA 1LSTA 4GD5A 2I4CA 3K1PA 1LCFA 1BTJA 5HBCA 3KEIA 3TEPA 1SDXA 2PT1A 3N6TA 5I2KA 2DE4A 3FGSA 1SYHA 3CR9A 3IORA 2DP8A 4R6HA 4R9FA 3FZVA 3K02A 3FJGA 3ZSFA 4U2RA 3CIJA 2ZYKA 4YAHX 4X48A 1MXUA 1MDQA 1F9BA 1B3LA 1TFDA 2OJTA 5TPAA 3B6TA 2F8DA 2ONSA 2ZNSA 4LUBA 5DVFA 3USDA 3CSBA 4HTGA 5BUUA 1MXVA 2Y7WA 3O2AA 1MQHA 2E0SA 2UXAA 1Q35A 1VE4A 4QFKA 2XXUA 3VXBA 1IXIA 1YCJA 1T0KA 4LZ8A 2DXRA 1H43A 1P1OA 3C36A 3T9UA 4QFOA 2I49A 5FHOA 2H5YA 1NKXA 3T22A 2CMOA 2DYXA 1FW0A 1ZTYA 4QSDA 1O64A 4QSEA 4WEDA 3N6UA 4NF8B 4HW8A 2DE2A 4ZZAA 3IB0A 3PD9A 3B7DA 3BFTA 3G3GA 3IO6A 3S9EA 1MQDA 1NNFA 1QUJA 1SD3A 2DWJA 2QS3A 4HCYA 1AL3A 3OOAA 4G68B 4QRZA 3B6WA 3EHSA 2NVUB 3WAFA 2A5SA 1AOVA 4OWDA 4YKJA 1LFGA 1QKBA 3IR1A 3QUJA 2V3QA 3PUVE 4GF8A 4O3BA 4BDNA 3S9NC 2DWHA 4EXKA 4ZECA 1LFHA 1USYH 2OWTA 1A99A 1B3HA 1ELJA 3G3JA 3HV1A 3H3GA 3SEUA 3SESA 4ELOA 3DP4A 1H44A 1URGA 2X7QA 1PB8A 1B5JA 4GL0A 1NH8A 4IO2A 4OHNA 4P11A 4BDRA 1FTKA 4H67A 4DLDA 4XKNA 5AA4B 4TOZA 2OLBA 5I58A 3EQ1A 3CI8A 1TT1A 3UP9A 1PEBA 2F7CA 1IIWA 2XXRA 3N94A 5FTIA 4MBPA 3VVDA 4TLMB 3MJNA 3PUXE 3MZ1A 4E0WA 2QMWA 2Y7PA 3MP6A 1IZ1A 1ZIUA 2Q2AA 3C33A 3CFXA 3R26A 5DVIA 3FVGA 2PVUA 1MS7A 1OQHA 4OESA 4F3SA 3C4MA 4OZ9A 2Z8DA 3IB2A 3W9WA 1S50A 3GBAA 5KCJA 4LQ5A 5CC2A 4QFPA 3CRBA 3PUZE 5CBSA 2I3VA 1JETA 4Q5TA 1NNKA 4F1UA 3V89B 3O28A 4H1XA 2ESNA 4IY6A 4ESXA 4F3GA 3MPLA 4RNSA 1P99A 4RPOA 1WODA 4M1VA 1P1WA 4DCXA 1JW5A 3TTNA 4RA1A 5H8FB 3DP6A 3S4UA 4OENA 2DVCA 1B46A 2RC9A 2KLFA 2ZYMA 3K6VA 3OO9A 3HN0A 3M8UA 4KHZE 4NE4A 5H8HA 1MY0A 1EZPA 1YAEA 2OCUA 2PYYA 3UGWA 3QUFA 4ESWA 1MXYA 5I56B 4F18A 1R9QA 3H06B 3TQWA 1JNFA 2P2AA 2QS1A 5H8NB 1SQYA 3WAEA 2XXWA 1ZU0A 2XXQA 1MXWA 4U21A 5H8QB 4L17A 5H8SA 4ZEBA 1O63A 1UTHB 3TQLA 4RK2A 2G93A 4F2OA 3O6HA 3VXCA 3RN8A 1JEVA 5I59A 2F5XA 3BBRA 4YMAA 3HHGA 5B70A 3MVWA 4IGTA 3QXMA 5I56A 3UK4A 1B7UA 1CB6A 2YLNA 3VVEA 5ISUA 2I0BA 5TU0A 3HCQA 2X26A 5AA4A 3KJ7A 4NMYA 1DTGA 2O1MA 1NNTA 2H98A 1B4HA 5I2NA 4JB7A 2Y7KA 1FQCA 2O7IA 4QFNA 4DZ1A 3RUMA 5DT6A 2H4IA 2F35A 2VOZA 5JTYA 4NEDA 3GZGA 3PPNA 4P0IA 3CFZA 4OFJA 3PUYE 1EZ9A 1NH7A 4XIGQ 4ECFA 4LQ2A 1MPBA 4GXAA 2A5TA 1XHYA 3G7WA 3JZJA 3T9VA 5TP9A 1SI1A 2I6EA 3BFUA 3FASA 1TWYA 1I6QA 4QHQA 4U1OA 4LZ5A 5IAIA 5LOMA 1LLSA 2B3FA 5L8DA 2I48A 2D21A 2E1SA 4G8NA 3I5OA 1LAHE 3K2DA 4NF8A 2QPQA 4OERA 4R2FA 3E13X 2O6AA 1IQ7A 3EHUA 4R74A 5I59B 1TFAA 1OVBA 2H9BA 3MAMA 4ZDMA 1PC3A 1LB9A 3CSGA 4OQOA 5CMKA 2GHAA 2XHDA 3KN7A 1L5TA 1OQGA 3FJMA 1H3DA 2XXHA 4G4PA 3SEXA 5AA1A 2DS9A 4NWCA 3TYHA 1M5DA 1OMPA 4QF9A 4F29A 3RT8A 1Y3NA 1DPEA 3FVNA 3O6GA 3PPQA 2P0SA 3TMGA 3EHTA 4DCYA 4RXLA 2CZLA 4KI0E 1D9YA 1GVCA 5JK4A 4H0WA 1VSOA 2AL5A 3TELA 1MY4A 1QVSA 2B65A 3H6TA 5A5XA 3K4UA 1MXZA 4TLLB 2F6PA 2I4BA 3RLFE 4BDQA 3PD8A 4QFLA 1NMUA 2R71A 3KG2A 1US4A 2AL4A 1AMFA 4IO6A 2RINA 3PUWE 1PB7A 2UVHA 1Z7NE 4PETA 1MXXA 5ELVA 3LSWA 3SDFA 3IB1A 4WKMA 1FTLA 4DDDA 1NFTA 5KCJB 3MVXA 1SW1A 1LBBA 3I3VA 3T9XB 5CM6A 2ONRA 4PFWA 1SYIA 1IXHA 3OMBA 4Z0IA 2OK2A 3MPKA 3CFLA 2I3WA 1VR5A 3GLBA 3R6UA 1M5CA 4N13A 2DWAA 2V25A 3GXAA 5AA3A 3G3HA 1B7ZA 1N7WA 3ONMA 1OLCA 1MQGA 3EF7A 1USYE 5I58B 1ZMGA 2A5TB 1MM7A 4F22A 3Q25A 1QUKA 3LR1A 2Z8FA 3D4GA 4RJZA 3U8QA 4XKRA 1LAFE 1JW4A 1US5A 1WVJA 1BP5A 2Z22A 2I0CA 4IB2A 3QIMA 4C1TA 3MVZA 4JBZA 2ZYOA 2QMXA 4OTEA 2GRVA 1PBPA 1LFIA 1CE2A 5CRYA 3TTMA 4OETA 1B1XA 3OENA 3PPOA 2V3TA 3QYTA 3THIA 4ELPA 5KDTA 1Y3QA 2O51A 1UTBB 2Q2CA 4G2ZA 1SI0A 5HM4B 3S9MC 1A7LA 2LAOA 4KYEA 2UVGA 2H99A 2NXOA 2XX7A 3FIRA 4OYVA 3A3CA 1B1HA 1IXCA 1Y1MA 2DVZA 4AB5A 5I57A 1SW2A 4O3AA 1BIYA 3SKPA 1WDNA 1P1QA 4MH5A 5J1DA 3GBBA 3C34A 5CBRA 5I84A 5H8QA 3OELA 3H6VA 4KFQA 5AA2B 5K2YA 3VE1B 2VP1A 2BJJX 2YPNA 1PDAA 4IO7A 3R7XA 2OZZA 4EQ7A 4ZE9A 5EYFA 3S2VA 4GWOA 1XS5A 2R6GE 1N84A 2DQVA 3ILUB 3G3FA 1Y1ZA 4WEPA 3LC8A 3U94A 3OO8A 1YTVA 2DWIA 3FXUA 3IOUA 4GOTA 4M4GA 1I6BA 5ICTA 5H8FA 4LVQA 2Y7RA 3LUYA 3O97A 2UVIA 2IA4A 5M2VA 1XC1A 2ANJA 4U1ZA 2HXWA 5FHNA 3O9PA 1XVYA 3PGFA 5DYHA 5KZTA 4GL8A 3M3LA 5AA2D 3G3IA 3HSTA 2HFBA 2F78A 2F34A 3FD3A 3FJ7A 2O84X 3FV2A 4R2BA 3VV5A 4DE8A 3JV9A 3VDFA 4GLIA 1D3KA 4FEDA 2GHBA 3QAXA 4N07A 4Q8RA 1Z7ME 1R6ZA 4OMBA 3H4ZA 4FE8A 3VLWA 4JXIA 4ONYA 1JW1A 3Q26A 4KCCA 4KPTA 1FCKA 3ODBA 2QS4A 4OFLA 1JQFA 1SW4A 4GFRA 3MP1A 4GVOA 4YKPA 4K3FA 1B3GA 2ZMBA 2HAUA 1IITA 4YB7A 3LBSA 1Q1KA 2M8CA 1NNPA 3HO7A 2ZNTA 4XXUA 4YU0A 2RC8A 3K00A 3MWBA 1Y20A 1OIBA 2NUVA 4IY5A 4PFYA 5TP9B 4FAJA 4MF3A 1N3XA 3SETA 2ZYNA 3KFMA 5JEIA 4C1UA 1DMBA 1I69A 1HSLA 1PBQA 4R6YA 3K1MA 1A8EA 3DELB 1O7TA 3ECRA 3IOVA 2V84A 3OSQA 3OEMA 3PPRA 3H03A 1M5EA 2AIXA 1A8FA 1LCTA 3QK6A 4NWDA 2DSFA 4P0GA 5FTHA 4ISUA 3RQTA 3TCFA 3KGCA 4G8HA 4ZE8A 4ELQA 2RC7A 1DPPA 3K0VA 3T9HB 4EF2A 4JWYA 3TDJA 4PFUA 2QRYA 1B5IA 3DM0A 1VFEA 5JTYB 1MH4A 1FQFA 1B3EA 2AYSA 4H6DA 4ND9A 1KWHA 4ZZEA 3H6WA 1B7HA 2QS2A 1POTA 2NWJA 4X9TA 1DTZA 3K1NA 1QW0A 3W15C 4YB5A 3KZGA 3O6IA 4IO4A 3O29A 4FJPA 4JWXA 4LONB 2O7UA 4OVJA 4BDOA 1JEUA 1Y4TA 4NF5B 4H5GA 3TUSA 5L9OA 3U1OA 2VHAA 2HCAA 4NF4A 1IXGA 3KOTA 3TKDA 4F31B 3FVKA 1SVXB 2DE3A 3U72A 2THIA 1GR2A 5HPQA 3H7MA 2GFEA 1IUDA 3ZKLA 2NOOA 1FQBA 1S7YA 4R73A 4TQUQ 3Q28A 3RY3A 3VLUA 3C35A 5F1QA 4XKQA 2UYEA 2Q88A 3OEKA 1VFDA 4I1DA 3MZ9A 1LBCA 4I9DA 3W9VA 1JVYA 2GH9A 2UYFA 4JDFA 3E9XA 1QKAA 3H6UA 3KN8A 1MQIA 1B51A 4I62A 4KCDA 3B6QA 3TTRA 4NF4B 3VFJA 4BDLA 3M3KA 4F3BA 1MG1A 4ZEDA 4I8CA 5DVJA 1RKMA 1MPDA 2REGA 4ZEIA 4ZEKA 4F1VA 3A09A 3Q27A 1AIVA 2DXYA 3HPIA 4F2QA 1FQEA 1A54A 1MM6A 2O69A 1UQWA 2RCBA 2Z8EA 5FHMA 3V8XB 3UA8A 1DOTA 1B0HA 3PMWA 4U22A 1N04A 4F3PA 5CMMA 3KSXA 1DSNA 1B5HA 3IJOB 4KYDA 4UACA 3V83A 1UTHA 4POWA 2P1SA 1BLFA 3SEWA 1MY1A 2D5WA 3MP8A 1B58A 1B2HA 3I6VA 2O68A 3KJTA 3OSRA 4NF6A 1MQJA 2REJA 1FQAA 1Y9UA 3TCGA 3RT6B 4AB6A 2ONKE 3M3FA 4JWOA 4G8MA 2HZLA 4G68C 2D3IA 1HSJA 1YPNA 1D4NA 1I6AA 2XXPA 2ZNUA 3K6UA 3MVYA 1M5FA 4JSOA 4Q30B 5CMCA 3OO7A 1M5BA 3TTLA 3OO6A 1B6HA 5H8HB 2PBWA 1MDP1 3VVFA 3K6XA 2QL3A 2VD3A 5B7DA 3FV1A 2PT2A 2XXTA 4YZZA 4OEUA 4EUOA 3MBPA 4RK9A 4HCWA 4OXVA 4ZEFA 4H65A 4R9GA 3L6GA 2XXYA 4Z7EA 1RYXA 4AQ4A 4GRKA 2Q9TA 3KOSA 4NF5A 5ITOA 5CI5A 1MH3A 4WXJA 5AA2A 1GGGA 2V3UA 1HSEA 1OLAA 2G29A 2HZKA 3L6HA 4R72A 3ZS6A 2VD2A 1LGBC 1B05A 5DTBA 2I58A 2W7YA 2H25A 3E4RA 4FEBA 4N6PA 1N76A 2HQ0A 4FIMA 4PFTA 1N3WA 3TPAA 3TZAA 5ITPA 1LB8A 2PMSA 2F7AA 3MC2A 3OD7A 3D4CA 1UIVA 1URDA 5CMBA 1ATGA 1N0TA 3T96B 3FVOA 4RY1A 4MLVA 1GTKA 2FYIA 2QJEA 4UA8A 2Q8JA 1SW5A 3CG3A 3C32A 1QULA 3RTFB 2F36A 5IKBA 2ABHA 5F7VA 1P1NA 4GXSB 4DXCA 2Q89A 4YICA 1OVTA 2HAVA 3MUQA 1NL5A 3N26A 3TTKA 3T93B 4XTCQ 1B4ZA 4C0RA 1R9LA 1ANFA 2QSXA 4KD5A 2B3BA 1P1UA 4X1DA 3EN3A 3IOTA 1ZBMA 3F11A 3RNNA 3E3KA 4HS7A 4R75A 1H45A 3AXFA 4ZS9A 3TFLA 3IJXB 4NF6B 1N7XA 2R9JA 2RCAA 4YKIA 1XT8A 3LSFB 1B32A 3RGYA 3EPEA 1BKAA 4LZ7A 2F7BA 4H8JA 3V5AA 1LAXA 3CVGA 4Q0CA 1ZKBA 3FATA 1B40A 1D9VA 4FORA 3SERA 4DIGA 1ZLQA 5K2XA 1EU8A 4BDMA 4FECA 4FATA 4F1YA 1J1NA 3LSXA 5EHMA 3N5LA 4IO3A 4MFIA 2X7PA 2IEEA 5L9MA 2DOJA 1AH5A 3QSLA 4YKKA 1POY1 2XXXA 2XD2A 4EF1A 2XX8A 2F97A 3K01A 4R6KA 4EQBA 1XVXA 2Z23A 5A5XB 5AE4A 4LP2B 4YB6A 3U92A 1S9TA 2V93A 3UN6A 4OEVA 3TCHA 4NTLA 2ZXTA 4U4XA 4IGRA 3A3UA 3PU5A 4OFOA 4E0XA 4MLQA 2FA7A 1FTOA 2Y84A 3DLNA 3T66A 1TXFA 5I2KB 3KN3A 1A55A 3LSLA 1JVXA 1Y4CA 4QSCA 4G68A 1A40A 4X1BA 4EXLA 5BWJA 2O1LA 1XOCA 3P7IA 4KR5A 4POXA 3FUZA 3RTWB 3ILTB 3SEVA 3TAJA 3MZBA 4PP0A 4THIA 4H5FA 3U93A 3Q29A 3S9LC 1FQDA 4BLAA 1URSA 1MY3A 5L9SA 3MW0A 3O66A 3IO4A 4XKPA 5I57B 2PX1A 1Y3PA 3DP8A 3KSJA 3C31A 1UIUA 3BKIB 3IL1B 1IEJA 3OXNA 2VGQA 4U23A 5I2NB 3ZKKA 3RPWA 5ICQA 5KDTB 3VLVA 1RYOA 2HEUA 2XXIA 5DEXB 1B9JA 1H76A 1MPCA 2Y7IA 3MQ9A 5EHSA 5TPAB 3IX1A 4KQPA 2RKMA 2YJPA 3IOWA 3PV0E 4LA9A 5H8NA 3UIFA 4ELRA 2OWSA 4JSDA 4DXBA 4O3CA 4KYSA 3SEYA 1PB9A 4PE5B 2WKYA 4U4SA 1MRPA 3JYRA 3FXRA 1GV8A 1B0LA 1QUIA 1SBPA 1MY2A 3PMXA 4LATA 4EQ9A 2XXVA 4RYAA 2F6GA 4GIZA 5DEXA 4GQOA 4RPNA 3IAZA 4YMBA 3KBRA 2ALUA 2UVJA 4G77A 3TODA 4IO5A 1R1NA 3G3KA 4PQJA 3IK6B 3UORA 4EDPA 4F39A 2OBGA 2RF1A 3HHFA 3FXQA 4F19A 3PMVA 2XX9A 2XD3A 1ZJLA 4DXUA 1FTJA 1EZOA 1LAGE 1II5A 3K6WA 1FTMA 1B52A 1UTBA 1EH3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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