3KOTA

Structure of the citrobacter freundii effector binding domain containing three amino acid substitutions: t103v, s221a and y264f
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
198
structure length
198
Chain Sequence
QEKLKIGVVGVFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSAVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSFWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVLH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Citrobacter freundii
publication title Crystal Structure of the AmpR Effector Binding Domain Provides Insight into the Molecular Regulation of Inducible AmpC beta-Lactamase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional activator ampR
total genus 56
structure length 198
sequence length 198
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kotA02
3CI8A 3SEYA 2F34A 3KZGA 2R9JA 2DE4A 1NFTA 2P1SA 3DP8A 2REGA 3H06B 4LA9A 4QSCA 3HHFA 2Z22A 4RY1A 3USDA 1A55A 1B5IA 1JVXA 3KJ7A 2ALUA 4JXIA 3K02A 4OERA 3Q25A 1VFEA 2NOOA 3U72A 1BTJA 1EZOA 1GTKA 1MQHA 2QPQA 1TFDA 3N6TA 2RCBA 3D4GA 4KCDA 3VLVA 4EF1A 4F1UA 3VVFA 4R75A 4JSOA 4M4GA 3BBRA 3K6VA 2GRVA 4BDMA 1WVJA 5H8HB 4NF5A 4I9DA 3H4ZA 4IO5A 1XC1A 4P11A 1MXUA 2ZNSA 4ZEKA 1R1NA 3OELA 2O7IA 1KWHA 4UACA 4RXLA 4U1OA 4QF9A 2I48A 2O68A 1JEVA 4P0IA 4M1VA 3KOSA 3MZBA 1B7HA 3QSLA 2DOJA 4HS7A 3T9VA 1R9QA 4OYVA 1SBPA 4XXUA 4GD5A 3OSQA 5CBSA 1LB9A 4BDRA 5H8HA 2DSFA 2Q9TA 1MXZA 1FTMA 2Z8DA 4H67A 5L8DA 5K2YA 3PMWA 1Z7ME 3SETA 1SI1A 2Y7KA 3OO9A 3KN8A 1WODA 1URGA 3C32A 3CRBA 4GLIA 2XXWA 4RNSA 4RA1A 4G8MA 3MAMA 1QULA 3I6VA 1XVXA 2QS1A 4NE4A 4PFWA 2CMOA 3SEXA 3O29A 3ZKKA 3CG3A 3TTLA 3QUJA 3N5LA 5AA1A 3RNNA 4POXA 1PB8A 4YAHX 3CSBA 1IITA 1MY2A 1FTOA 1SYHA 1ZTYA 4NWDA 1Y3PA 4FE8A 3SEWA 1IXHA 1B5HA 4Q5TA 1SVXB 2UVHA 3ZS6A 2XXXA 3MVYA 3Q27A 3MVWA 2XXTA 2H98A 4Z7EA 3DLNA 4N07A 4BDOA 4XKQA 1MPCA 3VXBA 2H4IA 3TAJA 4RPOA 3V89B 1NKXA 3RN8A 1A7LA 4TOZA 4HCYA 3HV1A 3RGYA 3L6GA 4GXAA 2REJA 3FXQA 4OHNA 2VOZA 4FECA 3H6VA 2DXYA 3KN7A 1MXXA 5HPQA 1JETA 5I2NB 3FXUA 5M2VA 1Y4TA 3G3HA 2V84A 3MZ9A 3AXFA 3CVGA 4EQ9A 4R9FA 4LONB 1QUIA 4EQ7A 3PMVA 5H8NB 1MQIA 4F2OA 4NEDA 1WDNA 4O3AA 5EHSA 4H5GA 2V3UA 2AIXA 2Y7IA 1LAHE 5L9MA 1YPNA 1I6QA 1UQWA 3H6WA 4U21A 1TXFA 1LAFE 4YICA 1JW5A 1ZLQA 3T22A 3FIRA 4F3BA 2O7UA 5I2NA 4RYAA 4E0XA 1MXVA 4G8HA 2V3TA 1US5A 1B05A 2Q89A 1PDAA 2Z8FA 5H8NA 1SD3A 2H99A 3G3KA 3O6IA 1LLSA 4BDQA 1EU8A 3K00A 5I84A 2G29A 1ZIUA 3OO7A 3FXRA 1N3XA 5IAIA 1VSOA 2F6GA 3SKPA 1MG1A 2F35A 3E3KA 2THIA 3PUXE 3UN6A 3GZGA 3C9HA 1MPBA 4X9TA 1SW2A 3R7XA 4YKJA 1FTLA 3IB2A 3GLBA 4ZS9A 1MQGA 4C1TA 2OBGA 3V83A 4IY5A 5AA2D 4F3GA 3G7WA 4PQJA 3VVEA 3JYRA 3L6HA 2B3FA 3DELB 4R6HA 2Q8JA 4ND9A 1MPDA 3FJMA 3FVNA 4R73A 4IY6A 1POTA 4BDLA 4JSDA 4RJZA 2X7PA 4HCWA 4ZEBA 4UA8A 4EXLA 3K01A 4C1UA 2HAUA 2R71A 1B2HA 1B0LA 1UTBB 1PB9A 4I1DA 2HCAA 5I56B 1S7YA 1JW1A 4R74A 1RKMA 3UIFA 4Z0IA 3U8QA 4E0WA 4DXBA 4POWA 4ZEFA 2PX1A 1XT8A 3K1PA 4H0WA 4IO2A 4LQ2A 3RUMA 5AA2B 2VP1A 5F7VA 4EXKA 4ESWA 1DOTA 1B3HA 1OVTA 2AYSA 1S9TA 3PPNA 3SERA 4HW8A 1JQFA 2UVJA 2GH9A 5B7DA 2G93A 4KYSA 1NH7A 4ISUA 1UTBA 3HN0A 4WXJA 2Q88A 4IB2A 3K6WA 5H8SA 1A8EA 2HEUA 1XOCA 3C33A 3E4RA 1FW0A 2VD3A 3LUYA 4ZE9A 2HFBA 4BLAA 2E1SA 3H6UA 4R2BA 3ZKLA 1LFIA 4XKPA 4ZZEA 5AA2A 4PFUA 5A5XB 2V93A 3IX1A 2YLNA 1VFDA 1Q1KA 5F1QA 3S9MC 1SYIA 4GRKA 3VLUA 5AA4A 1BKAA 2PT2A 1JVYA 3VV5A 5CBRA 1M5FA 1XHYA 1B3FA 1MM6A 5DVFA 2DP8A 4MFIA 3KEIA 2XXRA 1MM7A 1B1HA 1AMFA 3M8UA 2QS4A 4ZZAA 3MVXA 4LZ5A 3IO4A 4GXSB 4QFLA 1R9LA 3TEPA 5FHMA 4FEBA 3B6TA 1QKBA 3FV1A 1AL3A 5JTYB 4YMAA 1P99A 1NH8A 1N3WA 3G3JA 1VE4A 3HO7A 2ESNA 2XXQA 3O6GA 1P1QA 4QSEA 1YTVA 4R6YA 1AIVA 4ZECA 1H76A 2P0SA 5A5XA 1IXIA 3IAZA 2DQVA 3CG1A 4G8NA 1PBQA 3K6UA 1LAGE 1DPEA 3TCGA 3A3CA 3D4CA 5ITOA 2O1MA 4FORA 1GVCA 2UVGA 4LUBA 3O9PA 2X26A 2XX9A 1FQDA 2RC9A 3TELA 5JTYA 1IEJA 3MBPA 4NWCA 2RC7A 2QRYA 3R26A 4OVJA 3U92A 1BIYA 4YB5A 1LBBA 1QVSA 1H45A 3C34A 3H6TA 4ZEDA 5CRYA 5IKBA 3K2DA 1MDP1 2ABHA 2FYIA 1FQCA 3MW0A 1NNPA 1OQHA 2I0CA 2I4BA 2Y7RA 1JEUA 3TCHA 2HZLA 1M5DA 1ANFA 3TTRA 1YAEA 2YJPA 2NXOA 3A3UA 3RQTA 1N76A 1D4NA 3RTFB 4LZ8A 5I59B 4QSDA 4H65A 2A5TB 4OTEA 3SEUA 1MQDA 3SESA 1LCTA 2XXVA 4F22A 3S9NC 4LATA 2QJEA 2O51A 4Q8RA 2GHAA 2ZXTA 4KI0E 2I4CA 1ZU0A 1P1NA 4EQBA 4XTCQ 3OXNA 3ECRA 3O66A 2HQ0A 1N0TA 3O97A 3TQWA 1LCFA 1USYE 4ZEIA 4OENA 3UP9A 2X7QA 5ITPA 2Q2AA 5I2KB 4PP0A 2F97A 3FJ7A 5I59A 4QFOA 4QFPA 3U94A 1NNFA 1RYXA 3ONMA 4I62A 2A5TA 4ELOA 2F36A 3BKIB 2D3IA 2GFEA 1F9BA 3PUZE 3IO6A 1MDQA 5TPAB 2IA4A 3FD3A 2VHAA 1LFGA 3O6HA 1TFAA 3LC8A 1XS5A 1QUKA 1A54A 3MQ9A 2UYEA 2QMWA 5TP9B 4KYDA 5K2XA 1QUJA 4OXVA 4LVQA 4FIMA 3TTMA 3LBSA 4ELRA 3VFJA 5I2KA 2ANJA 1Y1ZA 3EPEA 3CFLA 3VVDA 3W15C 3MPKA 4JBZA 2H25A 1H3DA 4F3SA 1R6ZA 4X1BA 4GIZA 3OMBA 4WEPA 5AA3A 3MZ1A 5H8QB 1NMUA 1IIWA 3PPPA 4DIGA 1DTZA 1O64A 3SEVA 2H5YA 2UVIA 2XXIA 4P0GA 5L9OA 3EHSA 4F19A 4XKRA 2OK2A 1D3KA 3IOUA 1T0KA 2F7AA 3EHUA 4NF6B 1FQAA 3CR9A 4KYEA 3PUYE 3Q26A 2ONRA 4NF8B 4GF8A 1OLCA 2Y7WA 4F31B 4F2QA 3P7IA 3G3IA 3MP6A 3TFLA 3PMXA 4H6DA 5CC2A 3LSXA 1D9VA 2H9BA 3PPOA 5DEXB 5I58B 3KGCA 3QXMA 3T9XB 1Y1MA 1SQYA 4ELQA 4EUOA 1XVYA 1UTHB 1URSA 2ZNTA 4C0RA 3IJXB 5CM6A 1P1OA 1PB7A 1A40A 3MVZA 4OWDA 3I3VA 4OETA 4F3PA 3IOVA 4GVOA 4HTGA 1LFHA 3K6XA 1OQGA 1S50A 3C36A 1DSNA 5H8FB 3TMGA 3B6QA 3IL1B 2PT1A 1BP5A 1HSEA 3FATA 3M3KA 3MUQA 4EF2A 3RT6B 4FJPA 2RKMA 2NWJA 2A5SA 3TKDA 1MRPA 4EDPA 1A8FA 5EHMA 3IB1A 5I57B 2B65A 1FQBA 1IUDA 2Y7PA 2ZYNA 1UTHA 1IZ1A 3OEKA 1OLAA 4PFTA 3KSJA 5H8FA 4G68B 4G4PA 4TLMB 2RC8A 4U22A 3ODBA 1OMPA 2PYYA 4AB5A 1FTKA 4XKNA 2XXUA 3UGWA 1B0HA 4KD5A 3TZAA 4JWYA 3UORA 3ZSFA 3PD8A 2O69A 4GWOA 4OESA 5CMBA 3JV9A 5ICQA 5DYHA 4JWXA 4H5FA 2VD2A 2I49A 1HSLA 2IEEA 2O1LA 1USYH 3C31A 3HCQA 2HAVA 2NUVA 4LP2B 2R6GE 4G68A 5I56A 1B6HA 1Y4CA 1ZKBA 3A09A 4KFQA 3T9UA 2E0SA 3PGFA 1MH4A 2ZYOA 5TU0A 3VDFA 1SI0A 4L17A 5DVIA 5B70A 4PETA 1Q35A 4OFOA 3RLFE 1PBPA 3IORA 4AQ4A 1B46A 3S4UA 4MF3A 4GL8A 1JNFA 1AOVA 2XX7A 3GBBA 3FASA 3HHGA 2OCUA 4ONYA 2XD3A 4H8IA 1P1WA 4Q0CA 3H3GA 5FHOA 2F8DA 1QKAA 3ILUB 3V8XB 4G2ZA 3KJTA 3FVOA 2W7YA 1CB6A 4R2FA 2NVUB 4OFLA 2F5XA 3WAFA 2DVZA 2DE2A 3EQ1A 3IB0A 4GFRA 3PUWE 2LAOA 2M8CA 5FTHA 1EH3A 3IJOB 2OLBA 4NF5B 4YZZA 1A99A 1N7XA 2FA7A 3K1MA 1H44A 1MY1A 4ESXA 1HSJA 3UA8A 3EHTA 4K3FA 2RCAA 1ZJLA 1PEBA 2QS3A 1ZBMA 2PVUA 1LB8A 4IO7A 4LZ7A 5CI5A 3GBAA 1MY3A 1URDA 3LSWA 4F1YA 5KCJB 2V3QA 1SW5A 1Y3QA 3TDJA 3K1NA 2PBWA 1US4A 1M5CA 3VXCA 3MP8A 5FTIA 2OWTA 3IOTA 4OQOA 4YB6A 2ZNUA 2DS9A 3LSFB 3B6WA 1SW4A 3MC2A 1P1UA 4MLQA 4KHZE 1B51A 4RPNA 4NTLA 3N6UA 4KCCA 4F18A 1QW0A 2I3WA 3H7MA 3TQLA 1N04A 2O84X 2D21A 3F11A 1MQJA 3KBRA 2DYXA 5KCJA 3FUZA 3W9WA 1TT1A 3IOWA 3MJNA 2AL5A 5AE4A 2ONKE 4TQUQ 3FVKA 3T96B 4NMYA 1B52A 3Q29A 4JWOA 2I3VA 2GHBA 4U1ZA 4WEDA 2Y84A 2DVCA 5CMCA 1MXYA 1OIBA 2XX8A 3QAXA 4KPTA 2DWJA 1EZPA 2P2AA 3GXAA 4WKMA 1O63A 3G3GA 1MY4A 5BUUA 4I8CA 1TWYA 3OENA 3WAEA 4FATA 1DTGA 2BJJX 2AL4A 2XXHA 1LAXA 3EN3A 2HZKA 2ZMBA 4PFYA 3UK4A 1M5BA 1I6BA 2KLFA 2WKYA 3O2AA 4PE5B 3TPAA 4OEUA 3FZVA 5KDTB 1B5JA 4YKPA 1FQEA 4N6PA 3KFMA 3TTKA 1Y3NA 2OWSA 3M3LA 2O6AA 4U4SA 3OD7A 4GL0A 4R6KA 3R6UA 3JZJA 5KZTA 4F39A 3IR1A 5LOMA 2ONSA 3I5OA 4TLLB 1Z7NE 3TTNA 3M3FA 4QFKA 3B7DA 3FJGA 1GGGA 2QSXA 1ZMGA 3CIJA 3MP1A 1N84A 1B3EA 1AH5A 1RYOA 3FGSA 4U23A 3G3FA 4ECFA 2DWHA 4YB7A 2Z23A 2ZYMA 3EF7A 4QFNA 4XIGQ 3RTWB 3CFXA 3VLWA 2OZZA 5KDTA 4F1VA 3OO6A 4MH5A 1DMBA 2DWAA 4IGTA 5BWJA 2F7CA 2UXAA 4F29A 5DTBA 2XD2A 1H43A 4R9GA 2Q2CA 2I58A 4JB7A 2UYFA 3PV0E 1I6AA 1GR2A 5TPAA 4ZE8A 3PPQA 1B4ZA 4X48A 2I0BA 1O7TA 2B3BA 2DXRA 1IXCA 5DT6A 5TP9A 3RPWA 1JW4A 5JK4A 3N94A 4KQPA 4DXUA 4RK9A 4G77A 1NL5A 1GV8A 3FV2A 3VE1B 1J1NA 1Y9UA 5ICTA 3DP4A 5CMKA 1PC3A 1EZ9A 4YU0A 4U4XA 4DZ1A 4H8JA 3THIA 1B7UA 1M5EA 1CE2A 3PU5A 5H8QA 1DPPA 5HBCA 2VGQA 3KSXA 3E9XA 1ATGA 4RK2A 4YMBA 3TODA 2I6EA 4QRZA 1SDXA 3U1OA 1B4HA 1LBCA 1YCJA 3LSLA 4NF6A 3QUFA 2D5WA 4OEVA 3MPLA 3PPRA 1B1XA 4NF8A 4BDNA 3BFTA 3CSGA 3BFUA 3OO8A 3N26A 4FAJA 4THIA 2OJTA 1MH3A 2F7BA 5HM4B 4YKKA 3RY3A 4IO4A 5I58A 5DEXA 4JDFA 3KG2A 1ELJA 2Z8EA 1IXGA 4DLDA 3K0VA 1B3GA 5ISUA 1B7ZA 4IO6A 1N7WA 4MLVA 1QJMA 3TCFA 2F6PA 3FVGA 2DWIA 4H1XA 4LQ5A 1UIVA 3H03A 4Q30B 3S2VA 2QMXA 3T93B 4YKIA 3PUVE 5EYFA 4QHQA 1MY0A 5FHNA 1B32A 3LR1A 3S9EA 4DCYA 2XXYA 3W9VA 1L5TA 4ELPA 4MBPA 1NNTA 1IQ7A 1I69A 3TUSA 5L9SA 3E13X 2XHDA 4G68C 3DP6A 3S9LC 3U93A 4GQOA 4OMBA 1FCKA 1II5A 4ZDMA 3ILTB 4NF4B 4U2RA 1LSTA 5I57A 4AB6A 5CMMA 3QK6A 3HSTA 3DM0A 4IGRA 1POY1 2V25A 4OFJA 4R72A 4KR5A 1BLFA 1OVBA 1B9JA 3OOAA 3PD9A 3KOTA 2RINA 4DXCA 5J1DA 3QYTA 5AA4B 1D9YA 3OSRA 2F78A 2CZLA 1B40A 4DCXA 3IK6B 2ZYKA 3V5AA 1B3LA 4DDDA 2QS2A 2YPNA 1UIUA 2HXWA 3TYHA 4GOTA 4IO3A 2QL3A 5JEIA 4NF4A 4N13A 5DVJA 1B58A 4O3BA 1FQFA 1Y20A 4O3CA 2FNCA 2PMSA 3C35A 3CFZA 4FEDA 3QIMA 3O28A 3RT8A 3MWBA 1SW1A 3C4MA 1NNKA 4DE8A 1MS7A 3Q28A 3HPIA 3KN3A 1LGBC 1VR5A 2RF1A 3K4UA 3T9HB 1FTJA 1MXWA 3T66A 2XXPA 4X1DA 2DE3A 5ELVA 3SDFA 4OZ9A 3OEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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