4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
b'RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
3K1PA 2I48A 5DT6A 2GHAA 4MF3A 3QYTA 3SETA 4G68C 2D5WA 2Z8FA 2VHAA 3E9XA 3PPOA 4TLMB 3UIFA 4OEVA 3FIRA 5K2YA 5L9MA 2F5XA 2Y84A 3V83A 3HN0A 4NMYA 4UA8A 4FEDA 3C34A 5AA2A 4IB2A 1JVXA 2X7QA 5CBRA 1VR5A 2QMWA 4X1BA 4R6HA 4HCWA 3B6QA 4F1YA 3CR9A 1MPDA 2OCUA 3KG2A 3VVFA 3T9VA 3CIJA 3SESA 3LSFB 4DCXA 2R71A 5HM4B 2UYFA 4E0WA 4EXLA 4LATA 1GVCA 3PMXA 3C9HA 4OESA 3DELB 2ONRA 3HV1A 4GOTA 2X26A 3SEYA 2REJA 1SW2A 3TYHA 1YPNA 3PPQA 1SDXA 3QUFA 3RY3A 3ZKKA 3KOTA 3RN8A 1II5A 3FV1A 3OO9A 4YAHX 1OVBA 5DEXB 2V3TA 2Y7RA 1EZ9A 2XD3A 1BP5A 4ZZAA 4NF8B 5AA4B 3H6VA 3TFLA 4OFOA 4L17A 1GTKA 2Z8EA 4LP2B 3ODBA 4XXUA 5FHNA 5L8DA 3OXNA 4NF4A 5H8SA 5TP9A 5I57B 1LAFE 4ESXA 2QL3A 4ZEFA 3IL1B 2O68A 4DCYA 4KQPA 3LSWA 1BKAA 4FEBA 1P1UA 5ITPA 4F3PA 3H6TA 3TKDA 3L6GA 1LSTA 2OWSA 3IO4A 1UTHA 3IAZA 1DOTA 3VXBA 2DP8A 4IGTA 4Q5TA 1JEVA 1B0HA 4P0GA 4AB6A 4NTLA 2AL5A 3EHTA 4G2ZA 3VVDA 4C1TA 2F7AA 4THIA 4R9GA 3OO8A 1MH4A 1FTKA 4X48A 2QPQA 3RGYA 4BDOA 5ELVA 1MM6A 4BDLA 1Y9UA 2XXTA 2F6PA 3O28A 3K6VA 4ND9A 1VSOA 2QS1A 4E0XA 1N3XA 1XT8A 2HXWA 4R73A 3VV5A 3HHFA 3OEMA 4I1DA 4PFWA 3IX1A 3GXAA 2XD2A 4YMAA 4BDQA 1UTBA 4U21A 3QK6A 4LZ8A 1F9BA 2P2AA 2UVHA 3ILUB 3D4GA 1B3LA 1B4ZA 4G8HA 1B7UA 4G77A 3RT6B 3O66A 3IB2A 1IQ7A 1FQAA 1WVJA 1R9LA 1DPPA 4BDMA 4TOZA 3LBSA 1QVSA 3T9HB 4NEDA 5FTIA 4GF8A 3FZVA 1B7HA 3RT8A 3ZS6A 1MY0A 3FUZA 3U72A 1JETA 1HSEA 1ZU0A 3CSBA 3O97A 3OEKA 3VLUA 1ELJA 3PUVE 1S50A 3FXQA 2ZMBA 1XVYA 1O7TA 3FVKA 4U4SA 1QULA 1SD3A 2H9BA 4LONB 1URSA 3H6WA 4JB7A 3C4MA 4X1DA 3W15C 2PT1A 1LB8A 5B70A 3H7MA 5H8FA 1B3HA 5H8NB 1HSJA 4PP0A 2PYYA 2O51A 4N07A 4F18A 5CMMA 4OQOA 4NE4A 4ZEDA 1P1OA 3VVEA 3MZ9A 1ZKBA 2Y7IA 4KI0E 5I56B 5I58A 2A5SA 2I3VA 2F36A 4ELPA 3S9MC 2GFEA 3FGSA 3KOSA 3BKIB 2RCAA 4OENA 1TXFA 4AB5A 1B7ZA 4QFKA 4ZEIA 3BFUA 3V8XB 1H45A 3I5OA 1H3DA 2PT2A 2Y7KA 4OETA 3MJNA 5DTBA 1SW5A 2H99A 1EH3A 1NH7A 2I4CA 4LZ7A 5A5XB 4I8CA 4JBZA 4RK9A 4RY1A 3UN6A 3PD8A 1M5DA 2W7YA 2ANJA 2DWIA 2HQ0A 4PFTA 3O6GA 2D21A 2DE4A 3DP6A 1NNPA 3PUWE 3FATA 3WAFA 2R6GE 3K4UA 1ANFA 5DVJA 1GV8A 4PQJA 1FQDA 2HAUA 1MXUA 1LLSA 3U94A 3TODA 2FYIA 3M3KA 5I59A 4EQ7A 3FASA 5CC2A 3PV0E 3K00A 2QS4A 3G3GA 4YKIA 1B2HA 1OVTA 3K1MA 3PUZE 1MY3A 3LR1A 3AXFA 2O7UA 3T9XB 3A3CA 2Y7PA 5H8HB 1B9JA 5ISUA 2GHBA 4KYSA 2PX1A 3USDA 1QUIA 2ESNA 3PUYE 1B1XA 3K01A 1SW1A 3TELA 3MVYA 4Q30B 4KFQA 4F19A 1US4A 1AL3A 3EPEA 2AYSA 1N0TA 4FORA 4XKPA 2O7IA 2UVJA 3RNNA 3Q29A 1ZMGA 1NKXA 4H6DA 2B65A 5AA2B 3C36A 3VLWA 3O9PA 3PPPA 3KN3A 1LAHE 2HCAA 2THIA 3K0VA 1Y4TA 2DVZA 3I3VA 5AA2D 1QKAA 2YJPA 4Q0CA 3K1NA 3IOUA 2XXPA 4KCCA 3PPNA 1LAGE 4POXA 4DXCA 1LCFA 4N6PA 3E13X 2G29A 1DMBA 4G68A 5I2KA 2DQVA 4QHQA 3JZJA 1BTJA 2XXQA 4N13A 3Q28A 5TPAA 1PBPA 2XX9A 5AA1A 3G3HA 2F34A 1RKMA 2AL4A 3GZGA 5CBSA 1A99A 4HW8A 4U2RA 3HSTA 3RUMA 2RKMA 1OLCA 3Q27A 2OZZA 5JEIA 3UA8A 3B7DA 4H8JA 1A8EA 1M5CA 2E1SA 3T93B 4O3CA 1B4HA 3KSXA 4DZ1A 1YAEA 4GRKA 4JDFA 1AIVA 2Y7WA 2M8CA 3OD7A 1H44A 4NF4B 5TP9B 2DOJA 4Z0IA 2OWTA 2FA7A 1ZIUA 5M2VA 1P99A 3TCFA 2DWAA 5KDTA 3MUQA 4PFYA 2I49A 4F3BA 4WEPA 4ZEKA 2DE3A 2Q8JA 2QSXA 3B6TA 1B32A 1BLFA 3T9UA 3IR1A 4GWOA 1QUJA 2NXOA 1PBQA 3FVOA 4FE8A 1UTHB 2ZYKA 2P1SA 1MY1A 5EYFA 2I6EA 1LAXA 3DP8A 4EXKA 3N5LA 1TFAA 2VGQA 4NF5A 3LUYA 4OERA 4IO4A 4ZECA 1MQIA 3OMBA 2QS3A 3TAJA 4IO2A 1B5HA 4M1VA 1PEBA 2IEEA 2UVIA 3MP6A 2XXYA 3MVZA 4DE8A 4POWA 1DTZA 1IXHA 3B6WA 3KGCA 1B46A 4U22A 1RYOA 1OLAA 4OMBA 4ZEBA 3DP4A 5IAIA 3EHSA 2O6AA 3JV9A 5BUUA 1MQJA 5FHOA 1B05A 4ONYA 3EN3A 4ZE8A 2RCBA 4R2BA 3SEWA 4HCYA 2DS9A 1JW4A 4EQ9A 3IORA 2A5TB 2HAVA 3C35A 4WEDA 3VDFA 1MXWA 2V25A 1UTBB 4H5FA 2XXIA 3A3UA 4DDDA 2FNCA 1FCKA 3G3KA 4OXVA 3G3FA 1D9YA 1FTMA 3S9EA 1QJMA 3CSGA 4YKKA 5CI5A 3L6HA 1P1WA 2H5YA 4ESWA 4GXSB 3TTKA 1S7YA 1N04A 1IEJA 3K02A 1Z7NE 3IK6B 4BDRA 4IO5A 3N26A 3MW0A 1FW0A 2QS2A 3FVGA 1DTGA 4U23A 5CRYA 2F7BA 5B7DA 5KCJA 1FTJA 1I6AA 3D4CA 1YTVA 4R6KA 5JK4A 3TEPA 1XS5A 3H3GA 4RNSA 1UIUA 1DPEA 1SQYA 1I6BA 4NWCA 3LSXA 4P11A 1MDP1 1R6ZA 4NWDA 4QFOA 3BFTA 4IO6A 4JXIA 4F29A 4HTGA 1B5IA 4I9DA 2Q2AA 1Y3QA 3DM0A 3GLBA 3H06B 1IUDA 3ONMA 4RYAA 1ZJLA 5H8FB 4UACA 5DVFA 4GLIA 1MXXA 4H65A 1A7LA 1QUKA 2REGA 2HEUA 5CMKA 4QF9A 5I58B 3SDFA 4GFRA 4QFNA 3KSJA 1H43A 4X9TA 5FTHA 4JWYA 5HPQA 1SI0A 5J1DA 3MP1A 3GBBA 4NF6A 1N76A 1OMPA 2RINA 1POTA 2V84A 1UIVA 3KEIA 1USYH 5EHMA 1MRPA 2VD2A 2RC9A 2QRYA 3IOTA 3O6IA 1B52A 5TU0A 3CFZA 2Q2CA 4H67A 1Y1MA 1JW1A 3H4ZA 2VD3A 3UGWA 1NMUA 4GXAA 1PB9A 1EZPA 3TUSA 1GR2A 2YPNA 3T22A 1NL5A 1AMFA 4LVQA 5H8QB 3SKPA 3KZGA 1Y3PA 3FJMA 1R1NA 1B6HA 5ICTA 3G3JA 4KPTA 3QXMA 2X7PA 4R2FA 2Q88A 4C1UA 1CE2A 1LGBC 3QSLA 3VXCA 1SW4A 3LC8A 3TTLA 3PUXE 1TFDA 3OELA 4F22A 1XHYA 1MH3A 4DXBA 5L9OA 5LOMA 4DXUA 1GGGA 2HZKA 3MZ1A 3KN8A 1Y3NA 5H8NA 1O63A 3FV2A 4WXJA 5K2XA 3U8QA 3VLVA 1WDNA 4IO7A 3K6XA 1M5BA 3RPWA 2PMSA 4PE5B 3TMGA 3N94A 4G8NA 1JEUA 2V3UA 1B3EA 4OEUA 5F1QA 4O3AA 1J1NA 5HBCA 5ITOA 2F78A 3OOAA 4KYEA 3MP8A 3P7IA 1MDQA 2O1LA 2VP1A 4RA1A 5JTYA 1A8FA 2XXRA 1MPCA 1B3FA 2HFBA 3CFXA 2OJTA 4F31B 4GD5A 4F2QA 3TQLA 3U1OA 2D3IA 4YU0A 5AE4A 4ISUA 3QUJA 4GVOA 4OVJA 3U93A 1LBCA 3M3LA 1MM7A 4EUOA 3FXUA 4G68B 4MLQA 4H5GA 3UK4A 5DYHA 5I2KB 1MY4A 2O84X 2B3FA 4GIZA 1OQHA 2DWJA 2F35A 4OWDA 2XXHA 5IKBA 3IOWA 2RF1A 5F7VA 4OZ9A 3OSRA 3WAEA 1JW5A 2XXWA 2P0SA 4G8MA 3R26A 4IY6A 1D9VA 3TCHA 4XKQA 4DIGA 3S9LC 1B51A 3TQWA 1FTLA 1I6QA 1N7WA 4KR5A 3MPLA 2XX8A 2Z8DA 1Q35A 1MQGA 1VFEA 4YKJA 2F8DA 1Y1ZA 4HS7A 2DXYA 1LBBA 3MBPA 2DSFA 4H8IA 1NNKA 3C33A 4H1XA 3H03A 1MS7A 1S9TA 4C0RA 2KLFA 3M3FA 4RJZA 2ZYMA 5H8HA 3ILTB 4FECA 4QSDA 3MVXA 3IJOB 5I2NA 1MQDA 1A54A 3CVGA 4F1UA 5KDTB 4RXLA 2ONKE 3N6UA 5L9SA 4F2OA 1PC3A 3RQTA 1MPBA 3FXRA 2DXRA 4FIMA 1FTOA 2H25A 3FD3A 2Z22A 1B0LA 4KHZE 2Q89A 4EDPA 1PB7A 1US5A 2QJEA 4RPOA 2NOOA 4R6YA 3OO7A 4R74A 4PFUA 4QFLA 3TPAA 2DWHA 4EF2A 4F1VA 4NF5B 4K3FA 3JYRA 1TWYA 1AOVA 4RPNA 1MQHA 1QW0A 1O64A 2I3WA 3KBRA 1M5EA 2GH9A 1FQBA 1EU8A 1JQFA 2O69A 1VFDA 4DLDA 3R6UA 5CM6A 4OHNA 4FJPA 1T0KA 5KZTA 4ELRA 3U92A 3BBRA 1QKBA 4ECFA 3PGFA 1B5JA 3OENA 4OFLA 1HSLA 4YB5A 5EHSA 1R9QA 4LZ5A 4KD5A 3R7XA 3DLNA 3TTNA 4BLAA 4MBPA 4MLVA 1A40A 1D4NA 2F97A 4R75A 1LFIA 1SI1A 1SBPA 4OYVA 3CFLA 2I0CA 1Y20A 1B3GA 3S2VA 3ECRA 3O6HA 1XC1A 1IIWA 4TLLB 4QSEA 5CMBA 4U4XA 1IXIA 1NH8A 4KCDA 4H0WA 3W9VA 1Y4CA 2BJJX 1I69A 1SVXB 4ZZEA 3G7WA 3I6VA 4IGRA 1EZOA 5DEXA 1LCTA 3E4RA 4Q8RA 4U1OA 1ZBMA 5AA4A 4NF8A 4GL0A 5KCJB 3Q25A 3MC2A 3MWBA 5CMCA 2CZLA 1ZTYA 2XXVA 4XIGQ 4ZE9A 3KFMA 4R9FA 5I57A 1IXCA 4YB7A 2F7CA 3T66A 3IOVA 1DSNA 3F11A 4JWXA 3W9WA 3MZBA 1ATGA 3TTRA 3PU5A 2ZNSA 3CRBA 4YKPA 3EQ1A 3VE1B 4OFJA 4ELQA 2LAOA 1FQCA 3K6UA 1PDAA 4IO3A 5DVIA 1P1NA 1A55A 2ZXTA 1B40A 2V3QA 4F3GA 2V93A 2WKYA 2OBGA 2YLNA 3IB0A 2I4BA 1TT1A 2H4IA 1N7XA 3CG3A 3SERA 2A5TA 2IA4A 3N6TA 1USYE 4R72A 3HHGA 4QFPA 4GL8A 4NF6B 2UVGA 4MFIA 3C32A 3PPRA 3UP9A 3ZKLA 3MAMA 3HPIA 1IXGA 1MY2A 4P0IA 2DVCA 2ZNUA 4YB6A 2NVUB 4XTCQ 1FQEA 4QRZA 4YZZA 3V89B 2ABHA 3PD9A 4O3BA 4IY5A 1POY1 1VE4A 4FAJA 2XXUA 4LUBA 3HO7A 4LQ5A 5I84A 3EHUA 2OLBA 1MG1A 2ONSA 2XX7A 2ZYNA 3IO6A 1WODA 2RC7A 1PB8A 4BDNA 2UXAA 4XKNA 1N3WA 1RYXA 4M4GA 2CMOA 2RC8A 4ZDMA 3S9NC 3G3IA 4WKMA 1FQFA 3SEVA 2H98A 1SYHA 3O2AA 1IZ1A 1IITA 3FJ7A 3FJGA 4F39A 2PVUA 4JSDA 3VFJA 4KYDA 2QMXA 3THIA 4YMBA 2GRVA 2PBWA 3MVWA 1LFHA 1XOCA 4PETA 2F6GA 3GBAA 2AIXA 1KWHA 2VOZA 3HCQA 3TCGA 4GQOA 4ZS9A 3TZAA 3UORA 4Z7EA 3V5AA 2ZNTA 2Z23A 1NNFA 3A09A 1YCJA 1B1HA 2B3BA 1AH5A 2I0BA 3KJ7A 1MXZA 1LB9A 1P1QA 3SEUA 2NWJA 3E3KA 1SYIA 4JSOA 2DE2A 4YICA 1BIYA 2Q9TA 3IB1A 4TQUQ 4EF1A 1XVXA 5I59B 4EQBA 5FHMA 5JTYB 3OO6A 4AQ4A 3SEXA 1OQGA 4QSCA 1MXVA 2DYXA 3ZSFA 4LQ2A 3T96B 5BWJA 3PMWA 3CI8A 4OTEA 3TDJA 3RLFE 1URGA 1M5FA 3K2DA 3OSQA 3KJTA 5I56A 5H8QA 2XXXA 1H76A 4FATA 3TTMA 2OK2A 5AA3A 4F3SA 4G4PA 3MQ9A 1L5TA 2ZYOA 3FVNA 2UYEA 3QAXA 3QIMA 3O29A 1UQWA 1LFGA 1MXYA 2HZLA 3RTFB 1Z7ME 3IJXB 4U1ZA 1ZLQA 3K6WA 3CG1A 3EF7A 1URDA 1B58A 3PMVA 4I62A 1Q1KA 3H6UA 2XHDA 4XKRA 3RTWB 5A5XA 3C31A 3KN7A 3MPKA 2R9JA 5TPAB 2ALUA 3M8UA 1CB6A 1JNFA 3Q26A 5I2NB 1JVYA 2NUVA 3S4UA 2I58A 2G93A 2O1MA 2E0SA 1D3KA 1NNTA 4LA9A 5ICQA 4RK2A 4MH5A 1NFTA 3LSLA 4JWOA 1N84A 1OIBA 4ELOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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