4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
b'RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
3TTKA 1B1HA 3BFUA 4TLLB 4EQ9A 1B5HA 2Y7IA 4ZE8A 2QRYA 1S7YA 4TOZA 4BDNA 4ZEDA 3UIFA 3IL1B 3PUYE 5DTBA 3OEMA 3EF7A 4NWCA 4O3AA 4R73A 5ICTA 1FQDA 3C35A 3R7XA 3UK4A 3H06B 4DE8A 4Q30B 3O6GA 2NUVA 2DWAA 4YKIA 4NF4B 1ZU0A 4ELRA 2O68A 2AL4A 3FVGA 4EXLA 3MUQA 3TCGA 4TLMB 5KDTB 1P1OA 2GH9A 2ZNTA 1B3GA 4QFKA 3QSLA 3TFLA 1TXFA 1PB8A 4EF1A 1ZJLA 3E3KA 3E4RA 4YKKA 3HO7A 3ODBA 4F1UA 5AA3A 3O29A 4TQUQ 1D4NA 1QUJA 3HV1A 1AMFA 1MQIA 1MS7A 1LB9A 4QFPA 3PPOA 3ONMA 2O1LA 4OYVA 3OENA 4M1VA 4ZEFA 4U1OA 2O7UA 4F18A 4R74A 5AA1A 3RTWB 3DP8A 4BDQA 2V93A 4H0WA 3T22A 3QXMA 2XXIA 1H3DA 4AQ4A 3O6IA 1SI0A 3OSRA 4ESXA 5L9SA 3CG3A 3DP6A 3SKPA 4XXUA 3W9WA 3LUYA 5DVIA 2D21A 4AB5A 3H6VA 3M8UA 1MXUA 4KCCA 1POTA 4G2ZA 2ESNA 4N13A 3FVOA 4PE5B 3IO4A 1B32A 2XXHA 2ONSA 1RYOA 3S2VA 2F5XA 3K00A 4IO6A 3G3KA 1JETA 3ILUB 2RKMA 3K1PA 3RT8A 5B7DA 1L5TA 3B6WA 2G93A 1N04A 1PBPA 4H6DA 3Q28A 5H8QB 5HM4B 1SYHA 3IOWA 3SEWA 4U4SA 1Y1MA 2F6GA 1F9BA 3L6GA 3D4CA 4P0IA 1Y4CA 3U93A 2RC7A 2Y7KA 1B3HA 3MQ9A 4ZDMA 3CFXA 1OQHA 5BWJA 1EZOA 5H8FB 3RUMA 2DYXA 4FE8A 4NF6B 4ONYA 1SW4A 2AYSA 1PB7A 3EHUA 1O64A 4MBPA 1P99A 4IY5A 1JW4A 4BDRA 1P1WA 4ZE9A 2ZYMA 3TEPA 3U1OA 3B6QA 4P0GA 2DE4A 5DVFA 4GWOA 1A99A 4U22A 1JEVA 5LOMA 3BFTA 3PUWE 5KDTA 3FVNA 1OLAA 3MW0A 4BDOA 2GHAA 1A7LA 1NH8A 1A8EA 3CFLA 1ZMGA 4F3SA 2QL3A 3IB1A 2XXYA 3LBSA 2P0SA 1NH7A 1DPEA 3FATA 4U23A 4YB5A 1NKXA 4H5FA 4HTGA 4GOTA 4WXJA 2P2AA 2WKYA 1QUIA 1ANFA 5AE4A 1OLCA 3OOAA 4DXBA 1NNPA 3IX1A 3O9PA 3CSBA 2DXRA 1LB8A 3S4UA 2FNCA 2W7YA 5DYHA 3HPIA 4ZEKA 1D9YA 3KN3A 3FZVA 4OERA 4F1VA 2RC9A 5EHSA 2NVUB 3LSLA 2XHDA 1PC3A 1NNKA 2R9JA 4N6PA 3C34A 2UVIA 4FECA 1LAGE 2F6PA 2QS1A 4ZEBA 3N5LA 3KOTA 3KOSA 1UIUA 5IAIA 3OEKA 4GF8A 3ILTB 2DOJA 1LLSA 4RK9A 4LZ5A 3PD9A 4KD5A 4C1UA 4R2FA 1Q35A 4KHZE 2F7CA 4U21A 2Z8FA 3M3LA 3VE1B 1MG1A 1IXIA 2THIA 4ISUA 2DWJA 4JWYA 2F7BA 1SQYA 1DOTA 3IOUA 5J1DA 5IKBA 3Q27A 1Y4TA 3T9UA 1JNFA 2O51A 3R26A 3PMXA 3KBRA 2OBGA 2M8CA 3LSXA 3Q29A 3DP4A 4O3CA 2CZLA 1Y3QA 2I58A 2YJPA 4YAHX 3CIJA 3TELA 2YPNA 4KI0E 1DTGA 3CRBA 3WAFA 4KYSA 3IB2A 3I6VA 1MXWA 3U92A 3SERA 1QJMA 4X1BA 3K1MA 1QW0A 1LAFE 2I0CA 3FIRA 3OO6A 3MWBA 1QKAA 3FGSA 4PFUA 4U1ZA 2B3BA 1GV8A 3HN0A 1DPPA 3IAZA 4IGRA 4OWDA 1N84A 3G3GA 1AOVA 1LFGA 2DE2A 2AL5A 4XKQA 2Y7WA 2ONRA 3BBRA 3MZ1A 4E0WA 3P7IA 1NFTA 1MRPA 1XVYA 3RPWA 5I2KB 4QSDA 2PYYA 2DS9A 2V25A 3VDFA 3SEUA 3Q26A 1FQCA 1LBBA 1B7UA 1A8FA 3OSQA 3V5AA 1FQEA 4I62A 2XXVA 3K4UA 4FORA 4IGTA 3MVWA 3W9VA 3OO7A 1JQFA 4HS7A 3SEXA 4DXCA 3O97A 5ITPA 3K6XA 5FTIA 5L8DA 4RK2A 2RC8A 3IORA 1B1XA 3K01A 4RPOA 3RQTA 1GGGA 4F39A 2H9BA 1JVYA 3VFJA 2PBWA 5DVJA 5F1QA 5I58A 3V83A 5ISUA 3T9VA 3TAJA 4Q8RA 1Y9UA 3U72A 4C0RA 2VP1A 4LQ5A 4ZS9A 3RT6B 5I57A 2HAVA 3MPKA 3QYTA 4PFTA 1SYIA 3B6TA 1FTJA 1CE2A 3VXBA 5I2NB 4POWA 1YAEA 5H8NA 4XKPA 4QSEA 1B4ZA 2XXQA 3IO6A 1Z7NE 3VV5A 4OFJA 1QKBA 1PDAA 3FXQA 4ZEIA 3FJMA 4XIGQ 4OXVA 1J1NA 4XKNA 2ABHA 1H76A 5I59A 3I3VA 3FJ7A 2XXRA 3IR1A 5CI5A 1B9JA 3C4MA 1B46A 1MXYA 1JVXA 5M2VA 1FTOA 2Y84A 3RTFB 4E0XA 4G8MA 4JSOA 2O1MA 2O84X 2X7PA 1SDXA 1URDA 1VFEA 1IIWA 5H8SA 2Z23A 1MXZA 4NMYA 3RY3A 3VXCA 4MLVA 1TFDA 1YTVA 3SESA 1B51A 1NNFA 2OWSA 3BKIB 1MXXA 1P1UA 4F2OA 1SBPA 1D3KA 3UA8A 3PGFA 4R6KA 3FV1A 3K6WA 5TPAB 3TZAA 4R72A 3GZGA 2QJEA 2NOOA 1O7TA 2Z8EA 5FHOA 5I2KA 4QF9A 2VHAA 3PPPA 4F19A 4F2QA 1DMBA 1CB6A 2HAUA 2XD3A 3VVFA 5L9OA 2RCAA 3N26A 2Q88A 2R71A 1IEJA 4LZ8A 2I4BA 3G3HA 3KG2A 2OLBA 4NF5B 3HHFA 1DSNA 1VR5A 4U2RA 3QK6A 3MP1A 2ALUA 3TODA 1ATGA 3EQ1A 3K2DA 3PUVE 2H99A 3B7DA 2Q9TA 3H7MA 1NNTA 2X26A 1Y3NA 4JSDA 5K2YA 3MZ9A 3PD8A 4OFOA 4IB2A 1SW2A 3ECRA 1B05A 1IXCA 3FD3A 4JWOA 2DSFA 4YZZA 3IK6B 3TQWA 2ANJA 4NE4A 1NMUA 3M3FA 1MPBA 4GL0A 2HFBA 4IO5A 3EHTA 5I2NA 4H5GA 3VLUA 4LZ7A 4MH5A 1GVCA 1B52A 2LAOA 3O2AA 1MY0A 1FQAA 1FTMA 1US5A 4R2BA 3K0VA 1I6QA 3FVKA 1D9VA 4DLDA 3TTRA 4ELOA 4YICA 1XC1A 3ZSFA 1AH5A 4JDFA 2F78A 3KEIA 1B7HA 2O6AA 4F22A 3KGCA 4RYAA 5CMCA 1XS5A 1B5IA 2H5YA 5JK4A 4EDPA 4OEUA 2UYEA 2QS2A 4ZZEA 1ZBMA 4H8IA 5I84A 3L6HA 2UYFA 3RLFE 4OZ9A 2HCAA 1WDNA 3G3FA 1II5A 5TPAA 1BTJA 1B7ZA 4FATA 3IOVA 2HQ0A 3EHSA 4N07A 1LFIA 3GBAA 4PQJA 4R6YA 2E1SA 4WKMA 3S9MC 4GXAA 4Z0IA 5DEXA 4OESA 4ELPA 3TDJA 2QPQA 3QUFA 4I8CA 4LATA 4XTCQ 4IO2A 3H6TA 3FJGA 4NF5A 3ZS6A 1QULA 3S9NC 1TFAA 5TP9A 2DWIA 5CBSA 4H8JA 1GTKA 4I9DA 3LC8A 1EU8A 1N76A 2VD2A 2XXUA 4FIMA 5KZTA 5HBCA 1US4A 3OMBA 4QRZA 5I58B 1H43A 1VE4A 3UN6A 2YLNA 1IQ7A 3KN8A 1XT8A 5B70A 1PBQA 1MY1A 3ZKKA 4KR5A 1IUDA 5I57B 1YCJA 4G68C 3THIA 3PU5A 5CMKA 3CG1A 2XX8A 2I3WA 4DZ1A 2DVZA 4F3BA 1Y3PA 5H8NB 3TKDA 1OVBA 2XX9A 3UORA 3GLBA 4GQOA 3K6UA 2REJA 1XHYA 4LQ2A 4PFYA 4YMBA 3CFZA 3D4GA 3GXAA 2DQVA 4OETA 3GBBA 3KSXA 5I59B 2PVUA 1B40A 2H4IA 4RPNA 5AA2B 2A5TB 1HSLA 2UVHA 5JTYB 3KJTA 3HHGA 5EHMA 5AA2D 3C32A 5KCJB 2Z8DA 4F3PA 1R9LA 3N6TA 3EN3A 3FV2A 3JV9A 3KZGA 1EZPA 3VVDA 4FEDA 3IB0A 3MVZA 3C9HA 2VOZA 2PT2A 3OO9A 2DXYA 4U4XA 1M5FA 2NXOA 4NTLA 1LCFA 1JEUA 1TWYA 4EXKA 3PV0E 1VSOA 1UIVA 3M3KA 2DWHA 4KYDA 3CVGA 3MZBA 3W15C 4OQOA 4BDLA 2UVJA 4FAJA 1AL3A 2IEEA 3MJNA 3AXFA 3O28A 3S9EA 2P1SA 2QMXA 2XX7A 4JXIA 2OJTA 2RCBA 1MM6A 1BIYA 4OHNA 5HPQA 2I49A 4QFNA 4GXSB 1H44A 4LA9A 1A55A 1ZIUA 1USYH 4GL8A 3FXUA 1URGA 5ITOA 1P1NA 3VVEA 2O7IA 2QMWA 1B58A 2RINA 5CM6A 4LVQA 2OCUA 4HCYA 4NF8B 3MP6A 4R75A 4BLAA 4UA8A 5JEIA 1BKAA 1MPCA 1N3XA 2XXTA 2VGQA 4F1YA 1MH4A 1FW0A 2OK2A 3SEYA 2BJJX 2DVCA 2HZLA 4POXA 1BLFA 1MY2A 3KFMA 4RJZA 1URSA 2QSXA 4NWDA 4YMAA 1S50A 4UACA 1B0LA 4HW8A 5AA2A 2A5TA 3PPRA 5JTYA 5I56B 5KCJA 4JWXA 1SD3A 4EUOA 3RN8A 1ELJA 4QHQA 3OXNA 1YPNA 5L9MA 3DELB 1DTZA 1PB9A 1QVSA 4ZZAA 4DXUA 1UTBA 2QS4A 2X7QA 4PFWA 3CI8A 4M4GA 3T96B 2NWJA 4L17A 4F29A 1MPDA 3PPQA 4G77A 1M5BA 1KWHA 3USDA 5EYFA 1RKMA 2A5SA 4QSCA 1MM7A 1MXVA 1Q1KA 1HSEA 1LCTA 4DDDA 4KPTA 1B3EA 1N3WA 4DCYA 2REGA 4O3BA 4ELQA 3N6UA 5DEXB 2I0BA 3MAMA 3T9HB 2GFEA 2Q8JA 4KFQA 4YB6A 1NL5A 4G4PA 3ZKLA 2V3UA 2H25A 1AIVA 5CC2A 3H6WA 3CSGA 5TP9B 1FQBA 3V89B 4C1TA 5AA4B 3G3IA 3VLVA 1UQWA 2QS3A 3A3UA 5ELVA 1N0TA 5FTHA 2B65A 1A40A 4DIGA 1FTKA 2XXWA 1OMPA 3FASA 4AB6A 3KN7A 3H3GA 3A09A 4ZECA 4GIZA 3T66A 4XKRA 1ZKBA 3RGYA 4Z7EA 2R6GE 1S9TA 4QFOA 3IJXB 4NF8A 3JZJA 2HEUA 3QAXA 3MPLA 1IITA 1WODA 3MVYA 4OVJA 3C31A 2E0SA 2F35A 2UXAA 3KSJA 2OWTA 1MQDA 5H8HB 2ZNUA 4EQBA 3UGWA 2Q2AA 1GR2A 4MFIA 4R9GA 2HXWA 1EH3A 3QUJA 4PP0A 4JB7A 2PMSA 2D3IA 4OTEA 1IXHA 1FQFA 3MC2A 1LAHE 1B4HA 5TU0A 4H67A 5I56A 3G3JA 2B3FA 4G68B 4WEPA 4GD5A 1T0KA 2ZYOA 1WVJA 3K02A 3O66A 1MQHA 2FA7A 1JW1A 3S9LC 3TPAA 3R6UA 1HSJA 1MY3A 1N7XA 4IO4A 4NF4A 2V3TA 4OEVA 1OQGA 2Q89A 3DM0A 4YKPA 3LSFB 2I6EA 4F3GA 3LSWA 1RYXA 1LAXA 1B6HA 2FYIA 4YKJA 4EF2A 3TQLA 1R1NA 5CBRA 3RNNA 2ZYNA 4IO7A 2ZNSA 3IOTA 4IY6A 4R6HA 3TCHA 1SW5A 3TCFA 4OMBA 3SEVA 3H4ZA 5FHMA 1POY1 4IO3A 3IJOB 4YB7A 3C36A 1Y20A 2ZMBA 4I1DA 4GVOA 1I69A 4HCWA 5F7VA 2ZXTA 4X9TA 3CR9A 5AA4A 3EPEA 4THIA 3TUSA 3OO8A 3F11A 2I3VA 3I5OA 4DCXA 2IA4A 1M5EA 3SDFA 4EQ7A 4FEBA 2PT1A 3H03A 4P11A 5BUUA 3TTMA 3TMGA 4ND9A 1R9QA 3FUZA 3DLNA 4R9FA 5A5XB 4G8NA 4G8HA 1UTHB 1MY4A 1SW1A 4MLQA 2F97A 2UVGA 1LGBC 1O63A 5H8QA 3PMWA 3UP9A 3VLWA 2F34A 4RNSA 5H8HA 1B5JA 4PETA 2D5WA 1XVXA 1I6AA 3TTNA 1ZLQA 3TTLA 1B3FA 3C33A 4RY1A 3FXRA 3PUZE 1ZTYA 1JW5A 4YU0A 4BDMA 5ICQA 4QFLA 3K1NA 3MVXA 2XXXA 1A54A 4OENA 2CMOA 5K2XA 1MDP1 5H8FA 4LONB 4LP2B 1EZ9A 4NF6A 2V3QA 3LR1A 3MBPA 1B2HA 4G68A 1LSTA 3E13X 4X1DA 3HCQA 3G7WA 1OVTA 1SI1A 3E9XA 3HSTA 4Q5TA 3SETA 4GLIA 5CMBA 2Z22A 1IXGA 1MH3A 3K6VA 3MP8A 2Y7PA 1N7WA 2KLFA 3OD7A 2I4CA 4JBZA 4F31B 1VFDA 1UTBB 4ECFA 1FCKA 4RXLA 2H98A 3H6UA 2XD2A 2RF1A 4X48A 1MQGA 3U94A 2F36A 1BP5A 2O69A 3O6HA 1H45A 2HZKA 2I48A 2ONKE 2AIXA 2VD3A 1XOCA 1Z7ME 4KYEA 4KCDA 4K3FA 1FTLA 4H65A 2GHBA 5FHNA 1SVXB 3N94A 2GRVA 4LUBA 4H1XA 2F7AA 2G29A 4RA1A 1B3LA 3OELA 2DP8A 5CRYA 1TT1A 3Q25A 3T9XB 1LBCA 1I6BA 3PUXE 2PX1A 2OZZA 1LFHA 2Y7RA 4ESWA 4GRKA 5CMMA 3TYHA 5DT6A 3V8XB 2F8DA 3WAEA 1IZ1A 4Q0CA 4NEDA 2DE3A 3PPNA 1R6ZA 2Q2CA 1QUKA 3QIMA 1Y1ZA 1M5DA 1M5CA 1USYE 3PMVA 2V84A 4OFLA 3JYRA 5A5XA 1OIBA 2XXPA 4KQPA 1UTHA 1MQJA 3KJ7A 3A3CA 4GFRA 4FJPA 1MDQA 4MF3A 4WEDA 1B0HA 1PEBA 1P1QA 3U8QA 3T93B 2ZYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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