4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
2D21A 2Z23A 1QVSA 3KFMA 1N76A 4E0WA 1YPNA 4F1YA 3M3FA 3L6HA 2XXIA 5ISUA 1H45A 1OLAA 1IXIA 4XKQA 1YAEA 3HSTA 2F6GA 1OVBA 3H03A 4OTEA 4R75A 3CI8A 5CM6A 2DE2A 2ZYKA 1USYE 4I62A 4DXCA 3TTMA 1OQGA 3CFZA 2XHDA 1BP5A 4BLAA 3MC2A 3EPEA 2VGQA 2HFBA 2UXAA 3CG3A 1B7HA 4GL0A 3S9NC 2DYXA 4ONYA 3G7WA 4IO3A 5CRYA 3P7IA 3TTLA 1VR5A 3RT6B 2D3IA 1IZ1A 5B7DA 1O63A 1OVTA 2M8CA 4RXLA 2Z8DA 2A5TB 2NOOA 1FQCA 1XVXA 2QS4A 3VVFA 1IQ7A 4DIGA 4AQ4A 1NFTA 1FTMA 4OEUA 1OLCA 2I58A 2Q88A 5H8HB 3TQLA 1XVYA 5M2VA 2I4CA 4OXVA 5I2NA 3Q29A 2Y84A 3OEMA 3RN8A 3V89B 1URDA 3DM0A 2VHAA 3C4MA 4GXSB 3FXUA 3R6UA 5CBSA 1A7LA 4JXIA 2RC9A 3T9UA 4PQJA 4QF9A 3T93B 4NF5B 4GFRA 1I6AA 3D4CA 2XX7A 4TLMB 3TTKA 1IIWA 3R7XA 3ECRA 1MXZA 2F7BA 4YAHX 1ZBMA 4U22A 4F1VA 5AA2D 3VLWA 4FAJA 1MY3A 3IJXB 3PD9A 5JTYB 5AA2B 1A99A 4KFQA 2DVZA 1PB7A 1SW5A 3TCFA 2RKMA 5DTBA 3KEIA 1KWHA 1ZMGA 1ZJLA 4ESXA 4GWOA 2YLNA 4C1TA 3TFLA 5I2KA 3RLFE 3QYTA 3HPIA 1POY1 3PPNA 1JW1A 2OK2A 4ZEBA 4WXJA 5I59B 2Y7IA 4NF8A 2IEEA 3FVGA 1SBPA 1UQWA 3QIMA 4WEPA 2ABHA 2I0CA 4FORA 4KI0E 1PB8A 3U8QA 1D3KA 2DXYA 2GHAA 1PEBA 3MVWA 3V5AA 3IORA 4NEDA 3CSBA 4LP2B 2DQVA 2LAOA 4ZEKA 3U1OA 3V83A 5TP9A 3BBRA 3EF7A 1US4A 4C0RA 4DDDA 2O1LA 4YMAA 3RT8A 4BDRA 4RK2A 1MY2A 3C31A 4GXAA 4ELPA 3PV0E 1A55A 4G8MA 1DPEA 4EXLA 5I57B 4PE5B 1S9TA 3H6TA 1Y3QA 3A3UA 3VDFA 2CMOA 2A5TA 1MY4A 1A8EA 3FJ7A 4IY5A 3SEYA 1PB9A 3K0VA 4R72A 4DXUA 3KSJA 4FE8A 1BLFA 2E1SA 5BWJA 4E0XA 3CFXA 3BKIB 4O3CA 3RGYA 2IA4A 5AE4A 4Q8RA 4IGTA 3G3FA 4XXUA 4EDPA 1TXFA 4QHQA 5H8HA 2NXOA 1SW4A 3EQ1A 3K02A 3PU5A 1ATGA 3VVEA 4DE8A 5A5XA 1N0TA 3M3LA 4IO7A 3FJMA 4OQOA 4H65A 3FASA 4KCDA 1ZU0A 1FTLA 4OYVA 1P1WA 3O6HA 4DCXA 1B6HA 1DTGA 4F3SA 1HSLA 3HHGA 3DELB 4NF5A 2X26A 3FV1A 2XXVA 3SETA 2V3TA 3RPWA 3ILTB 3WAFA 2XXXA 1FQBA 1IEJA 2Y7PA 1NNTA 4H8IA 2NUVA 3S9LC 3CG1A 5JTYA 1SDXA 4PFTA 2OCUA 1EZPA 1GTKA 1B51A 1R1NA 4O3AA 5H8QA 1O64A 1GVCA 2ESNA 1DTZA 4IB2A 4H5GA 5L8DA 4QFLA 3GBBA 5HM4B 3BFTA 2BJJX 3U94A 5L9MA 4YKKA 1FQDA 5IKBA 5KDTA 1Q35A 5FHNA 2UYEA 4LQ5A 4KPTA 4G8NA 1I6BA 2O7IA 4QSDA 2THIA 3QAXA 3SESA 3K6UA 2CZLA 2ONRA 1ELJA 3TKDA 1LFGA 3MZBA 2P0SA 2UVGA 4PETA 3T22A 1D9VA 5DT6A 4NTLA 4YZZA 4MLVA 1AIVA 3G3IA 1YCJA 4N6PA 3HV1A 3UA8A 1NNKA 4HCWA 4G8HA 4NWDA 2XX8A 4OWDA 1DMBA 3FXQA 2O7UA 4YB5A 1ZIUA 3EHTA 2XXRA 2DVCA 4XKRA 1Z7NE 3BFUA 4GF8A 2H99A 5K2XA 4ZEIA 5I57A 1J1NA 4RNSA 4U1OA 2PX1A 4ZZAA 3W15C 4BDMA 1JEUA 1B46A 2QJEA 3KOTA 5KZTA 1SYHA 1JVYA 2Y7WA 2QL3A 1MRPA 3K2DA 5JEIA 1DPPA 3N26A 3LSWA 4ELQA 4F22A 3B7DA 4ECFA 5FTIA 3HCQA 5I58B 4QFPA 2HQ0A 2Y7RA 2XD2A 2UVHA 1LAFE 4H6DA 5I56B 4U2RA 3OO9A 1PBQA 1SI1A 4NE4A 1SYIA 5EHSA 3FIRA 4H1XA 4R74A 1MM6A 2F36A 1F9BA 1EZOA 3ILUB 2Q9TA 3KSXA 3SEUA 3T9XB 5TPAB 4EQBA 4AB6A 4FEBA 5DVIA 4K3FA 1MQIA 2RF1A 3TODA 4OMBA 2DWAA 2HEUA 4WKMA 4IO6A 2OLBA 3D4GA 3KN7A 3LC8A 1R6ZA 3PPRA 3VLUA 1MQGA 2GH9A 2OBGA 5CMCA 3C35A 3M8UA 2ALUA 4RA1A 3KN3A 3IOUA 3G3JA 4KHZE 4R2BA 2XX9A 1H43A 3RY3A 1B32A 4NMYA 3RTFB 4FIMA 4M4GA 2PVUA 4BDNA 2UVIA 5HBCA 1FQEA 4F1UA 4KR5A 5HPQA 1BKAA 1MM7A 2RC7A 4H8JA 2I48A 2RINA 4MLQA 1N04A 2A5SA 4P0IA 1SI0A 4ND9A 3TYHA 3MP8A 1B5JA 1UTBB 1B3EA 5ICTA 4LA9A 4RY1A 3K6WA 3QUJA 4KYEA 4KYDA 4R73A 1MH3A 3LR1A 3MVXA 2ZNSA 3UIFA 1QKAA 2XXPA 1SD3A 2I4BA 4F29A 3L6GA 2E0SA 3OSQA 1CE2A 4YB6A 4MH5A 4QSEA 3ZKLA 4F3PA 3AXFA 1QULA 4DLDA 1TT1A 4M1VA 4NF4B 4U23A 1M5DA 2UVJA 1MDQA 1FW0A 2Y7KA 3PPOA 2H5YA 1Y1ZA 1QUIA 1LBBA 3MZ1A 2HZKA 5DEXB 5BUUA 4BDOA 4N13A 2B3FA 2VD3A 2DWJA 4LUBA 3OO6A 3OO8A 2V93A 4OHNA 2XXWA 3S9EA 3QSLA 2I3VA 1B0HA 2XD3A 1MXUA 1NH8A 4QFNA 3UP9A 1LAHE 2P2AA 3B6QA 5IAIA 4JSDA 4ISUA 1T0KA 2H98A 4X48A 3LSXA 4LZ7A 1VFEA 1SVXB 1B5HA 3GZGA 4OENA 3OD7A 3MAMA 3SEXA 4I9DA 3USDA 3GBAA 2HCAA 1L5TA 2P1SA 2F97A 1R9QA 3MVZA 3N94A 4YB7A 1B4ZA 1UIVA 2QS2A 2O69A 4O3BA 1LGBC 2RC8A 3MVYA 4FEDA 1JW5A 1NNPA 3KJTA 2ONSA 4EQ7A 3FXRA 3G3KA 5F1QA 2V25A 1B7ZA 1PDAA 1XT8A 1AMFA 4FATA 2VP1A 3RQTA 2Q8JA 4HCYA 2HXWA 2Q2AA 2DE3A 1ANFA 2O1MA 4GD5A 4PFWA 4ZE8A 1H76A 3KBRA 2PT2A 3FVKA 1WVJA 4OEVA 4JWYA 1P1QA 1AOVA 3RUMA 2FYIA 2ZXTA 4IO5A 3PPPA 1B52A 4QFKA 5CMBA 3HN0A 3MPKA 1PC3A 3VXCA 4JSOA 2VD2A 2QMXA 3QXMA 2OWSA 3CSGA 4GQOA 2DXRA 3T66A 1M5BA 3K00A 3ZKKA 2R9JA 4RYAA 3G3GA 2GRVA 1UTHB 1DSNA 1URSA 3V8XB 2DSFA 3T96B 4OESA 1USYH 1GGGA 3SERA 1GV8A 3K6XA 4H67A 3H4ZA 4FJPA 3RNNA 3N6TA 2DP8A 1B1HA 1MPCA 4MFIA 3FGSA 3PUYE 4RPOA 2QS3A 3VFJA 3IOVA 1MG1A 3PUXE 4IO2A 4NF4A 3O6GA 2I3WA 2HAUA 1B2HA 2QRYA 3FJGA 1IXHA 1H44A 2F35A 4JWOA 1P99A 1B3FA 2F34A 3KOSA 5AA2A 3R26A 4F39A 2F7CA 2REGA 1MQHA 4NWCA 4G2ZA 4POXA 3F11A 2PMSA 4BDLA 3ZS6A 4OFJA 3E4RA 3THIA 1MQJA 3GXAA 3GLBA 4DXBA 4BDQA 2F5XA 4DCYA 4JB7A 4PP0A 3TTNA 3CVGA 2QMWA 4G4PA 5I59A 3O2AA 2DWHA 3CRBA 3SEVA 4YKPA 3MPLA 2ZNTA 1AL3A 2O51A 4LONB 2DWIA 5DYHA 3S9MC 3EHUA 1BIYA 5F7VA 4XKNA 1B40A 3UK4A 2KLFA 1B0LA 4Q5TA 3DP4A 3TDJA 2YJPA 2UYFA 3MJNA 3DP6A 1MXVA 3FVOA 3H06B 4FECA 2XXQA 2Z8FA 3FVNA 3VLVA 1RYOA 4KD5A 5LOMA 2F7AA 3O97A 3FATA 1QUJA 5H8NB 5B70A 1MH4A 3UORA 3ZSFA 1XC1A 1JNFA 4XTCQ 1MXXA 1ZLQA 5L9SA 1M5EA 2F6PA 4F3GA 3K1PA 3PMWA 1IITA 4GVOA 3UN6A 5ITPA 1N84A 4ESWA 4ZEDA 4EQ9A 3B6TA 4ZZEA 3PD8A 2O68A 3IB1A 1S7YA 2X7PA 1MS7A 4YICA 1B3HA 1Z7ME 3E13X 4YKIA 1FTKA 3O6IA 3IOTA 2XXHA 1LCFA 4LVQA 3H6VA 3MP6A 3FUZA 1Y9UA 4EUOA 1Y1MA 4LZ8A 1JW4A 4OZ9A 4Q30B 1B7UA 1Y3PA 1EU8A 2RCAA 3JV9A 4PFYA 2GFEA 4GIZA 3OOAA 4X1DA 5I2KB 2HZLA 1LB8A 1NH7A 1SQYA 3VXBA 1ZTYA 4RPNA 2RCBA 1BTJA 3OEKA 1JETA 2WKYA 4NF8B 4TLLB 1FTOA 1RKMA 1QW0A 3VVDA 1MQDA 4P0GA 3ONMA 4R6KA 1TFDA 3W9VA 5DVJA 3KGCA 1FTJA 1ZKBA 4ZDMA 2AL5A 4C1UA 5TP9B 3H6UA 2AL4A 5EHMA 4R9GA 4R9FA 3TCGA 4JBZA 2R6GE 3RTWB 4U1ZA 2W7YA 1OMPA 3Q27A 3S2VA 3IO4A 3DLNA 1P1NA 2QPQA 2ZYOA 4OETA 3OO7A 1QUKA 4QRZA 1JEVA 3LBSA 4F3BA 3N6UA 3IX1A 1Q1KA 1N3XA 1MXYA 5FHMA 5FTHA 3SDFA 1LCTA 1Y4TA 2B65A 1MXWA 3C9HA 1LAGE 5AA1A 3TAJA 4GL8A 1PBPA 3K4UA 3Q26A 3PUVE 2Z22A 2DOJA 4MF3A 5AA4B 4OFLA 3Q28A 5A5XB 2AYSA 4XKPA 3IL1B 2Q89A 3K01A 1O7TA 1N3WA 3C32A 2ZYMA 4XIGQ 5I84A 1OQHA 1NMUA 3U72A 2OWTA 3JZJA 5H8NA 3PUZE 3TQWA 3LSLA 1NNFA 3MZ9A 3MBPA 3FV2A 2OJTA 1II5A 2REJA 3PPQA 3PGFA 4U4XA 3SEWA 3QUFA 2B3BA 4RJZA 1VSOA 4OFOA 2GHBA 2ZYNA 3PMXA 4ZS9A 5J1DA 1H3DA 5I58A 3E9XA 3E3KA 1LSTA 3TZAA 3DP8A 4OERA 3O28A 5H8QB 1MY0A 5I56A 2OZZA 4THIA 4L17A 3LSFB 1VFDA 4I1DA 2V84A 3A3CA 4G68C 2H25A 4NF6B 3TUSA 1B5IA 4LZ5A 5CMMA 4F2QA 1NKXA 4UACA 5KDTB 2I49A 5CI5A 1B4HA 5ICQA 5H8FB 3G3HA 4KYSA 4HS7A 5TPAA 1DOTA 4IGRA 4JDFA 1JVXA 1UIUA 1Y20A 3IAZA 2PT1A 3EN3A 5AA3A 1S50A 1B3LA 4ZE9A 2XXUA 1FQFA 4I8CA 3TMGA 1LAXA 3OMBA 1QJMA 2X7QA 4ZECA 1FQAA 5CC2A 2V3UA 3OENA 3MUQA 3QK6A 1B05A 3T9VA 3OXNA 4U4SA 4EF2A 3I6VA 4WEDA 1LBCA 3IJOB 1XOCA 3C33A 1IUDA 1SW2A 1AH5A 3FD3A 1CB6A 3A09A 1LB9A 2NVUB 3LUYA 3KZGA 5KCJB 3OSRA 3IOWA 2H9BA 1R9LA 2D5WA 3FZVA 1US5A 4UA8A 3MW0A 4Q0CA 1M5FA 4MBPA 1WDNA 4F18A 3O29A 1UTBA 3CFLA 3O66A 4G68B 3TCHA 4H5FA 1LFIA 1TWYA 4EXKA 3IK6B 4EF1A 1GR2A 1N7WA 2YPNA 1QKBA 1MDP1 4GOTA 1SW1A 1IXGA 3B6WA 2F78A 3KG2A 1N7XA 5AA4A 4POWA 3CR9A 4ELRA 2R71A 5K2YA 4HW8A 4RK9A 2ZNUA 3KN8A 3S4UA 3K1NA 3I5OA 4R6YA 3TPAA 2FNCA 1POTA 5DEXA 1I6QA 1OIBA 2XXTA 4R6HA 2V3QA 1XS5A 1P1UA 1YTVA 2Q2CA 1VE4A 3HO7A 3C34A 3IO6A 1LFHA 3WAEA 3VV5A 1HSJA 1B3GA 3M3KA 3T9HB 3C36A 1IXCA 4F19A 1JQFA 3U92A 2ZMBA 4JWXA 1MY1A 2PYYA 4KCCA 4Z7EA 1MPDA 3VE1B 4KQPA 3TTRA 3K6VA 1RYXA 4YMBA 4AB5A 3ODBA 4Z0IA 3PMVA 3TELA 2DE4A 2XXYA 3H7MA 3O9PA 2ONKE 3IR1A 1LLSA 4NF6A 5CBRA 2I0BA 2G93A 1WODA 4F31B 5H8SA 1FCKA 1URGA 4QFOA 1B9JA 2Z8EA 4OVJA 5CMKA 4X1BA 5H8FA 1HSEA 5DVFA 4ELOA 2O6AA 4TQUQ 2AIXA 3HHFA 1A40A 3K1MA 2I6EA 3IB2A 3H6WA 2G29A 3EHSA 3IB0A 4G77A 1EH3A 1M5CA 1B1XA 1TFAA 1B58A 4QSCA 5I2NB 2NWJA 3N5LA 4F2OA 1XHYA 5JK4A 3MWBA 3W9WA 4X9TA 5L9OA 4R2FA 4DZ1A 2HAVA 1NL5A 4H0WA 5ITOA 2O84X 2F8DA 1D9YA 3UGWA 4U21A 2ANJA 3KJ7A 2VOZA 1I69A 4PFUA 5KCJA 1Y4CA 1P1OA 4LQ2A 4YU0A 4GLIA 3SKPA 3TEPA 1A8FA 2FA7A 1Y3NA 4N07A 4TOZA 5ELVA 4G68A 3H3GA 1D4NA 4ZEFA 3Q25A 5FHOA 2QSXA 1EZ9A 2QS1A 5EYFA 3I3VA 2DS9A 1UTHA 1A54A 2H4IA 4IY6A 4YKJA 3PUWE 4P11A 4GRKA 5TU0A 4IO4A 2PBWA 3JYRA 3U93A 3MQ9A 4LATA 3CIJA 1MPBA 4HTGA 3OELA 3MP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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