4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
2D3IA 1XT8A 5I58A 1BLFA 4BLAA 3IX1A 5I57B 4OERA 4R75A 1IEJA 1EZ9A 4ZEDA 1LAXA 3FUZA 4QFNA 2B3FA 4QFLA 4MF3A 2F7AA 3N6UA 3G3GA 2A5SA 1MDQA 3DLNA 3BFUA 5EHMA 3M3LA 1IITA 1WVJA 1URSA 2FA7A 4RXLA 1EH3A 5AA2D 1B3EA 1EU8A 1B58A 1VFEA 1Y3NA 3TCHA 3MZBA 1Z7NE 4ELQA 3Q28A 2P0SA 1N84A 4ELPA 1EZPA 2ZYOA 1N7WA 1B46A 5AA4B 1ANFA 5L9SA 1BP5A 1D4NA 4G8HA 4HTGA 3T9UA 4XIGQ 4U1ZA 5TU0A 1JEVA 1O63A 3PUWE 2H25A 2I0CA 3R7XA 3V89B 1AL3A 1Y20A 1I6QA 3CG1A 1A55A 3O6HA 4F1VA 3PPQA 1GVCA 3PPNA 1QUJA 3HHGA 2THIA 3Q27A 2B3BA 1QUKA 2O51A 1ZBMA 5FHNA 4BDLA 1IXCA 3L6HA 3A3CA 3MVWA 4UA8A 2X26A 3TTMA 3OENA 3KFMA 4Q0CA 3O29A 1PBPA 5H8NA 1LB9A 2Y7KA 2F5XA 2DE3A 3GLBA 3EHSA 3H6WA 3TELA 3IR1A 2YLNA 2UVHA 4BDMA 5CBRA 3MVYA 3IK6B 1IUDA 4YB6A 1UTHA 2OLBA 4NMYA 5H8FA 5DTBA 1LAGE 1B2HA 2DXRA 2I3VA 2DVCA 2V3QA 1OQHA 1MXVA 3QUFA 1FTMA 2PYYA 1I6AA 3IOTA 4YKIA 2OWSA 4GLIA 5KZTA 5B70A 1DSNA 3KSJA 1FQEA 1IXHA 3G3JA 2ONSA 3I3VA 4GL0A 3R6UA 1B3GA 1B3FA 5M2VA 2F6GA 4XKQA 4QSDA 2RCAA 2XXWA 4R6KA 1LFGA 4NF6B 2ZYMA 1SBPA 2VD2A 3Q29A 4ONYA 3B6WA 3TFLA 2FYIA 3HO7A 1MM6A 1MQHA 1Q35A 2NUVA 5L9OA 5L8DA 4F19A 4N13A 4G4PA 1Y4CA 3IB0A 4Q8RA 4OETA 3ONMA 3CIJA 5KDTA 2QS4A 3SKPA 3W9WA 3VE1B 4AB5A 4H6DA 1OLCA 4WEPA 2F97A 5I2KA 2HCAA 4KFQA 1JW1A 1MPCA 4QSCA 3H06B 4DXUA 4THIA 1MQDA 2XD3A 1HSEA 4ZZAA 1MXWA 1B32A 3OMBA 3UGWA 5H8SA 1NNFA 3CFXA 2W7YA 2BJJX 3MPLA 1B5JA 1P1WA 3KOSA 4M4GA 4U22A 3VLVA 1IZ1A 4YZZA 1MQJA 1ZMGA 2I58A 3UIFA 4TLMB 1H45A 5ITOA 4Z0IA 1M5FA 2REGA 1IQ7A 4EF2A 4F3SA 2F8DA 3MVXA 3HPIA 3RPWA 2DOJA 2WKYA 1NNKA 2DS9A 4QFOA 3LBSA 4NTLA 3FVNA 4LATA 2Q8JA 1XC1A 2PT2A 1POTA 2QSXA 1P1OA 2DE4A 3HCQA 1R9QA 2P1SA 5IKBA 3E3KA 1OVBA 1NFTA 5EYFA 1PB7A 3VLUA 4YMBA 4YAHX 4F2QA 4X48A 3C35A 1IXGA 3RTWB 3VXBA 5KDTB 3H4ZA 3MW0A 4FJPA 3IB2A 3PUVE 4GFRA 3MZ1A 2ESNA 4R73A 4ZS9A 5I2KB 4FEBA 4H0WA 3KEIA 4HCWA 3W9VA 2F78A 4YU0A 3RY3A 4H1XA 1DTGA 3RUMA 5J1DA 1SDXA 5KCJA 3MBPA 1R9LA 4OEVA 4BDNA 2P2AA 3FGSA 3L6GA 2CZLA 2REJA 2Y7PA 1B6HA 3TCFA 1SI0A 1SW5A 3U92A 1B40A 5HM4B 3QAXA 1A7LA 4KHZE 2QL3A 3FXQA 4PFWA 3EQ1A 2PMSA 1JETA 1FTLA 3OXNA 4RK2A 5FTIA 3GBAA 1POY1 1B9JA 1H43A 4Q30B 3D4GA 3TYHA 3S9NC 5AA1A 1SW4A 2DWJA 3U94A 3VFJA 3U8QA 2E0SA 1R1NA 4OTEA 2V3TA 4OYVA 4RJZA 2HFBA 2QS2A 4I8CA 3TZAA 4H67A 4G77A 1UTBB 1II5A 3QUJA 3O97A 2HQ0A 4IO3A 2O69A 2HEUA 2Q2AA 3O28A 1Q1KA 2O7IA 4TQUQ 2GH9A 4JWYA 5I59A 1N3WA 3A3UA 3K6XA 3V8XB 3S9MC 5DVJA 1B52A 2ONRA 1T0KA 3IO6A 5ICQA 2VGQA 2XX8A 2ONKE 3K01A 3UP9A 4F39A 4GVOA 4XTCQ 1Y1ZA 4F2OA 2HAUA 3H03A 4F22A 2GHAA 2RINA 1H44A 2XXTA 3KSXA 1AH5A 2VD3A 3A09A 4KYSA 5KCJB 4F3BA 5I2NA 5AA2A 2O84X 2HXWA 2H9BA 5ISUA 2RC9A 4NF8B 1LGBC 4IGRA 1VSOA 4IO6A 3RGYA 4IO2A 1DOTA 1VE4A 1IXIA 4M1VA 4MBPA 3K4UA 3OO8A 4NF5B 2NVUB 4EQBA 1H3DA 1MRPA 4WKMA 1JEUA 4GOTA 1Y9UA 3DP6A 5FTHA 3K6UA 4P0IA 4I9DA 3I6VA 4C0RA 2PVUA 4R6YA 4PQJA 3H6VA 1MQIA 5DYHA 4ZE8A 1M5BA 1OLAA 3SEWA 5DEXB 2D21A 4JB7A 1US4A 2AL4A 4ESXA 4FAJA 4ZE9A 4JWXA 4R72A 3K1NA 1B5HA 5JTYA 3CFLA 4FORA 5CRYA 5ICTA 3SEVA 2X7QA 1AIVA 3FV1A 2XXRA 1RYXA 3G3HA 3RQTA 3GBBA 3GZGA 1NH8A 5I59B 3O6GA 5TP9B 2ZYNA 4OFJA 1MXZA 4ELRA 1S9TA 1P1QA 1QUIA 1A40A 1MQGA 4NF4A 3RTFB 3VV5A 3IORA 3PMVA 1HSJA 4QSEA 3TKDA 3K6WA 5I58B 3O2AA 3U93A 3MP1A 2PX1A 3TPAA 5I2NB 5BWJA 4F1UA 3H6UA 4JSDA 1ZLQA 4OWDA 1QULA 2ZNUA 2DYXA 4U21A 3CSGA 3SDFA 2ZMBA 4O3BA 5A5XA 3SETA 4C1TA 3S4UA 1SYIA 2I4CA 3MZ9A 2G29A 3PPRA 2R6GE 3M3KA 1UIUA 1N04A 1B5IA 4OVJA 3QIMA 1M5DA 1ZTYA 1QKAA 4MH5A 4KR5A 4RA1A 1XS5A 4EDPA 3E13X 1GGGA 4NWDA 2V25A 1I6BA 3OSQA 1M5CA 3FJ7A 2H98A 3CVGA 4OESA 3MP6A 2QMWA 4QF9A 1NNTA 4RY1A 1SW1A 1XVXA 4DIGA 2Q2CA 3VVFA 3CI8A 5IAIA 3WAEA 1S50A 5H8HA 2F7BA 2XXXA 3T96B 3QK6A 3LSXA 4O3AA 5JTYB 3N94A 3FIRA 1MY0A 4LZ5A 1LBCA 3ZS6A 3PMXA 1B4HA 4IO7A 4TLLB 1QVSA 3K00A 3WAFA 2HZKA 1HSLA 2Z23A 3OO6A 2DQVA 5AE4A 4KQPA 1N76A 3K2DA 4O3CA 2LAOA 3E4RA 1B7HA 2IA4A 3VLWA 4E0WA 3IO4A 4NF4B 3UORA 2DSFA 4QFKA 4ELOA 1JVXA 2CMOA 2DVZA 2Q88A 3UA8A 2PBWA 2XXUA 5H8NB 3M8UA 2O7UA 4IY5A 4MLVA 3BKIB 1B3HA 2G93A 4P0GA 1MY2A 3RNNA 2I3WA 2OJTA 3TQLA 5F1QA 3MVZA 1OQGA 3KN8A 1D9VA 2Z22A 3TTKA 2UVIA 3KJTA 1UTHB 3SEXA 1ZJLA 5H8FB 4G2ZA 1N7XA 1SVXB 3VDFA 3EHTA 4H5FA 2GRVA 1B51A 1LBBA 2ZNSA 3N5LA 5H8QA 1GR2A 2VP1A 4FECA 4OHNA 4L17A 2XXYA 1DMBA 3T22A 3T93B 3KJ7A 4F29A 5TPAA 2PT1A 3I5OA 3IOUA 3SEYA 2D5WA 1A8EA 2DWIA 3HV1A 3ILUB 5F7VA 3KBRA 2OBGA 1NMUA 3RT6B 4JDFA 1FQFA 3B7DA 2OK2A 4LQ2A 2F7CA 3IAZA 4H5GA 1XVYA 3H6TA 4YMAA 5ELVA 2Q89A 1ELJA 1NKXA 5CMKA 3RT8A 5JK4A 4IB2A 1P1UA 4ZEFA 4BDRA 2UYEA 3BBRA 4LQ5A 1I69A 2R71A 4DLDA 2Z8EA 4H8JA 3G3IA 2XX9A 5HPQA 5CBSA 4KI0E 1MY4A 2O1MA 2ZYKA 4R2BA 4F3GA 2KLFA 2XXIA 1UIVA 2NXOA 4RK9A 1SI1A 5LOMA 2VOZA 1PB8A 3C36A 4LUBA 3IJXB 1USYE 4OZ9A 4UACA 1YAEA 4LP2B 3VXCA 3ZKKA 4GL8A 1YTVA 4R2FA 3TODA 4POWA 2O6AA 2RCBA 3F11A 2R9JA 1J1NA 1CB6A 1NNPA 4F18A 5CI5A 3FXRA 3T66A 3QSLA 2UVJA 4JWOA 2B65A 3JYRA 4HW8A 4ND9A 3TTNA 4PFUA 5I57A 4ZDMA 1A8FA 3O66A 1QKBA 3HHFA 3DM0A 1EZOA 2H99A 1XOCA 5L9MA 3DELB 5H8QB 1WDNA 3SEUA 3TCGA 3TMGA 5DVFA 4MLQA 1LLSA 5TPAB 3EPEA 3T9HB 4YB5A 1URGA 3OO9A 4DXBA 1L5TA 4OQOA 2V84A 2F36A 4PETA 3O6IA 3S2VA 1KWHA 1TXFA 3OSRA 1YCJA 1IIWA 1Y3QA 2X7PA 3MJNA 3FVOA 3M3FA 2I49A 2AIXA 5I84A 1UQWA 4BDQA 2RF1A 2ZXTA 3FVKA 1DTZA 1N0TA 2YJPA 1BKAA 2OCUA 3IB1A 5BUUA 4XKRA 4YKPA 1SW2A 3IL1B 4JXIA 2H5YA 2DP8A 5CMBA 4U2RA 4EQ7A 5CMMA 3PMWA 2YPNA 1B1HA 3V5AA 4GF8A 2F34A 3FJMA 1O64A 3Q25A 4E0XA 2I4BA 5DT6A 4GWOA 4R74A 3H7MA 1VR5A 4I1DA 3CRBA 1H76A 1A99A 2Z8FA 3S9LC 3C34A 4IO5A 2F35A 2NWJA 3B6QA 1R6ZA 1FQDA 4DDDA 1ZKBA 4GXAA 4PP0A 3PUYE 3OEMA 2DWAA 3LSLA 3P7IA 2O1LA 1LCFA 4R6HA 4PE5B 3MP8A 1MS7A 4NEDA 4OEUA 4OFLA 3CR9A 3ZSFA 3OELA 1DPPA 4LONB 2XX7A 4EXKA 1B3LA 3MUQA 4R9FA 5B7DA 3CSBA 4KCCA 4GQOA 3EN3A 3HN0A 1B7ZA 2DE2A 1SD3A 3PPOA 4YB7A 4QHQA 4XXUA 1JNFA 4G68A 3THIA 1FTJA 1BIYA 3FXUA 4DE8A 4DCXA 3U72A 2O68A 3N26A 3S9EA 3TTLA 4AQ4A 4NF6A 4F1YA 1FTOA 3PPPA 4POXA 4PFTA 1LFHA 1ZIUA 4X1DA 2OWTA 2XHDA 1OMPA 4ZEIA 1FQCA 3OOAA 3QYTA 3K1MA 4AB6A 4Z7EA 1A54A 3U1OA 3C9HA 1DPEA 4PFYA 3G3FA 1B05A 4GIZA 3PD9A 2M8CA 2HZLA 2ALUA 2GHBA 5K2YA 1SQYA 4U4SA 1NH7A 4IGTA 1LFIA 1D9YA 4ZEKA 3N6TA 5AA2B 4Q5TA 2I6EA 1MXXA 4H65A 3KG2A 4WEDA 4FIMA 4YICA 5DVIA 1MM7A 3MPKA 2IEEA 4IY6A 1BTJA 1Y1MA 2QMXA 2RC7A 4RNSA 2XXQA 3BFTA 3PV0E 3K6VA 1Z7ME 4LZ7A 4JSOA 3LR1A 1FTKA 3R26A 3C4MA 1P99A 3K02A 3HSTA 4EQ9A 4U23A 1LCTA 4G68B 4ZECA 3TUSA 1USYH 1QW0A 3C33A 3ZKLA 4EUOA 1WODA 4U1OA 4WXJA 4GXSB 1AMFA 2QRYA 2AYSA 1JQFA 4G8MA 2XXVA 4HS7A 3C31A 1CE2A 3RN8A 3KN7A 4U4XA 3OD7A 3TDJA 3UN6A 3JZJA 4KYEA 1B7UA 3USDA 3Q26A 1N3XA 2ZNTA 4IO4A 3B6TA 3FATA 5CC2A 3FD3A 2E1SA 4NWCA 3AXFA 1NL5A 3PU5A 2V3UA 4RYAA 2NOOA 1M5EA 1FQBA 3FASA 5CM6A 2HAVA 1MXUA 4K3FA 1JVYA 3FVGA 3ODBA 2Q9TA 4F31B 1ZU0A 1LB8A 1YPNA 2QS3A 2I0BA 3PUZE 4KYDA 1MXYA 1B4ZA 1AOVA 5A5XB 1OIBA 2ABHA 2XD2A 1Y3PA 1US5A 5AA3A 1MDP1 3VVDA 1O7TA 1MPBA 4F3PA 3V83A 4FE8A 4I62A 4QRZA 5JEIA 2RC8A 4KPTA 3MC2A 2A5TA 3KN3A 3GXAA 3T9VA 5ITPA 3K0VA 2FNCA 4ISUA 4G8NA 2AL5A 4TOZA 3LC8A 4RPOA 3TAJA 1TWYA 4OMBA 1GV8A 4N07A 4OFOA 1RYOA 3VVEA 5H8HB 3OEKA 2VHAA 4XKPA 1GTKA 4YKJA 3RLFE 2UYFA 1B0HA 3MQ9A 5CMCA 4P11A 4GD5A 4ZZEA 1UTBA 2F6PA 5FHMA 1S7YA 2Y7WA 4X1BA 1MG1A 3E9XA 3CFZA 4RPNA 2V93A 3LUYA 1RKMA 3PUXE 3TTRA 1LAHE 4OXVA 4XKNA 1MY1A 3SERA 5I56A 3LSFB 4FATA 3KGCA 2I48A 4DXCA 1LSTA 3IJOB 2Z8DA 4FEDA 3FV2A 1PBQA 1P1NA 2RKMA 2Y7IA 5HBCA 5FHOA 1PEBA 1FW0A 3FZVA 4ESWA 1B0LA 4GRKA 2UVGA 3K1PA 4BDOA 4DCYA 2H4IA 2DXYA 3D4CA 3MWBA 1Y4TA 3MAMA 4LA9A 3PD8A 4KD5A 2ANJA 1SYHA 1URDA 1MH3A 1TFAA 1TT1A 4OENA 4QFPA 4C1UA 4LVQA 4G68C 4EXLA 4NF8A 1XHYA 1F9BA 3H3GA 1MPDA 2XXPA 2A5TB 1PB9A 1FCKA 2UXAA 1PC3A 3G3KA 4ECFA 3EF7A 3IOVA 3LSWA 1QJMA 3C32A 3W15C 4JBZA 4NF5A 1D3KA 4X9TA 5EHSA 1TFDA 1ATGA 3KOTA 3DP8A 3G7WA 3QXMA 4YKKA 3IOWA 1FQAA 1MH4A 3CG3A 5AA4A 4ZEBA 1LAFE 2QJEA 4LZ8A 5DEXA 3O9PA 1PDAA 3DP4A 3KZGA 3EHUA 3UK4A 2DWHA 2GFEA 3ILTB 4EF1A 3FJGA 4R9GA 3PGFA 1JW5A 4KCDA 3OO7A 2Y7RA 2QPQA 1JW4A 4N6PA 1MY3A 2QS1A 4HCYA 5I56B 3TEPA 5TP9A 3SESA 4DZ1A 4H8IA 3ECRA 2XXHA 2Y84A 3TQWA 1B1XA 4NE4A 1VFDA 1OVTA 3T9XB 2OZZA 4MFIA 3JV9A 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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