4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
3CSGA 4ELOA 1EH3A 5TPAB 2UVHA 1R9QA 4NF6B 2OK2A 5FTIA 1QUJA 2HFBA 3ZSFA 4QF9A 4E0XA 3KGCA 4ESWA 1LFGA 3MVXA 2ZYNA 2ZNUA 2XXHA 3QK6A 4OXVA 3THIA 3G3JA 1VFEA 3QUJA 3H06B 4G4PA 5FHMA 4OHNA 4TLLB 5I57A 1R1NA 5AA2D 5K2XA 1TFDA 2VD2A 1CB6A 3A3CA 4ESXA 3CVGA 2F8DA 3D4CA 4G8HA 3SEVA 5L9OA 1XOCA 3HV1A 4OEUA 5FHNA 1B2HA 3UN6A 3W15C 3MC2A 1O63A 2GFEA 2QPQA 1EZ9A 4NF5A 1B4ZA 2DSFA 3V83A 2REJA 4RK9A 3HHGA 1URGA 4OFOA 4BDOA 4R72A 3T9UA 3K4UA 1B52A 1ZMGA 3T96B 4U2RA 2HQ0A 4WEDA 4N07A 2I49A 1ANFA 4WXJA 3MP1A 3OMBA 1SW5A 3JV9A 2THIA 5DVFA 1R9LA 5H8NA 3N5LA 4NF4A 2UYEA 2DWIA 4X1DA 2XHDA 3SEUA 1BTJA 3O97A 4G77A 1B4HA 1P1UA 4LZ8A 2A5SA 5L9MA 1LGBC 3ILUB 4OETA 3DP4A 1I6AA 3O9PA 3QYTA 3UP9A 3FVGA 3GBAA 3PPNA 2OBGA 4F2OA 1MXWA 1XS5A 4R73A 1NNFA 4LQ5A 4LZ7A 1DPEA 4MF3A 1IZ1A 4ZDMA 5M2VA 1FQBA 5KDTB 2XXYA 4MLQA 3A09A 1WVJA 2Q9TA 1AH5A 1B32A 3TTKA 2HXWA 2DE3A 3AXFA 1NH7A 1SW2A 3DM0A 4F3SA 3K2DA 1FTOA 5K2YA 5JTYA 3CG3A 4R2FA 1OMPA 4JBZA 4IY6A 1MQGA 3OEKA 3IK6B 4LUBA 4OFLA 1N7WA 5CMMA 2DS9A 4H6DA 1NKXA 2UYFA 1SW4A 5AA4B 1JETA 2DP8A 1N84A 1UTHA 3TZAA 3MUQA 2R9JA 1IEJA 1PB7A 4PFTA 4IO4A 2B65A 2D21A 2A5TB 2RCBA 5AA1A 2Y7RA 1MY2A 3U1OA 5HM4B 5H8QB 4Q5TA 2I4CA 2NWJA 2VGQA 1MQHA 2UVIA 4O3BA 4UA8A 3K1PA 3KJTA 3LR1A 5DVIA 2GH9A 5B70A 3G3KA 1B46A 2RF1A 1FTJA 3PD8A 4YB5A 1Y3QA 4EXLA 1BP5A 1SD3A 4Z7EA 1XT8A 1XVYA 2W7YA 4ELRA 1LB9A 3TQLA 4EQ7A 1Y3PA 1ATGA 2UVGA 4TOZA 1MXXA 3DLNA 1GTKA 4GOTA 1LSTA 5I2KA 1EU8A 2XX8A 5EHSA 4BLAA 1NNTA 4GD5A 4M4GA 1USYE 3SDFA 3MAMA 4ZS9A 4ZEDA 2XX9A 5CMCA 3H6UA 1B3FA 3B6QA 4LA9A 4OWDA 1KWHA 1B5IA 4ZEIA 1MQIA 1DPPA 2QMXA 5ELVA 2YLNA 3L6HA 2IEEA 4DCYA 3KG2A 4LVQA 3M3LA 2O7IA 3PMXA 2CMOA 4RY1A 2YJPA 1M5BA 1OLCA 3OD7A 3OELA 1GV8A 3E13X 1OQGA 5HPQA 3ONMA 2HCAA 1BLFA 4RA1A 3K01A 5H8SA 3QXMA 1ZIUA 2F97A 2F7AA 1L5TA 1B3GA 5I56A 3IX1A 5A5XA 1BIYA 1LB8A 1WDNA 5TP9B 2XXVA 4PE5B 2XXRA 4NF8B 4EQBA 3M8UA 4ECFA 4IGRA 2YPNA 1UIUA 5KCJA 1GR2A 3C32A 3F11A 4THIA 4F29A 5F7VA 1JVXA 3M3FA 4G68B 1P1WA 2BJJX 2F6PA 2ONSA 2E0SA 3SEYA 3FJGA 4GXAA 1B0HA 3V89B 4H5FA 2QS4A 1MDQA 4JSOA 2H25A 1JW5A 3Q25A 1FTKA 5L8DA 3UGWA 3KN7A 2HZLA 3VVDA 2ZNSA 5KZTA 5I59A 1MRPA 1QULA 2Y7KA 2XD2A 4NF4B 3G3GA 1US5A 3LSLA 4F19A 3KOSA 4F18A 1LCFA 2F36A 4R9GA 3S9NC 4R74A 1B1XA 2V93A 2GHBA 4YKPA 5CMKA 2RCAA 4XIGQ 1I6QA 2DWJA 3O6HA 3VLWA 3MWBA 1NL5A 4G68C 3FATA 1TFAA 1FTLA 3LSXA 1DTGA 1B7HA 4C1TA 1AL3A 4RPNA 4EF1A 1URDA 3SEWA 1VE4A 4ZECA 3G3FA 5IAIA 3OSQA 1NNPA 1T0KA 4FORA 2DOJA 1FW0A 2XXTA 2F35A 4ZE8A 1LCTA 3MVYA 4POXA 2QS2A 3N6UA 4OYVA 1AOVA 1MY1A 1ZJLA 4KCCA 1N76A 2XXQA 3IO6A 3PPQA 1PDAA 5DEXA 3IB1A 3LSFB 3LC8A 4LONB 2RC9A 4EDPA 2DE4A 5B7DA 3BKIB 1A99A 5H8FA 2Y84A 3HO7A 5ICQA 3BFUA 2QS3A 3FGSA 5EHMA 3HCQA 3TCFA 3USDA 3Q27A 3H6VA 4H5GA 2DVZA 1N04A 1MS7A 5H8HB 1HSEA 1LAFE 1YAEA 3VXCA 4Q30B 2FNCA 2F6GA 3O2AA 4F1YA 5L9SA 3TODA 2XXXA 3Q28A 4XKPA 4OQOA 3PPPA 2O84X 1MDP1 2PT2A 3GLBA 4F2QA 1DTZA 1P1NA 2Y7IA 3FV2A 3FXUA 2H5YA 3VE1B 4OERA 1UTBA 3U92A 2Q2AA 4OMBA 4MH5A 1QJMA 3WAEA 2NUVA 2I0CA 3O6IA 4O3CA 4Z0IA 5CM6A 3I5OA 4EQ9A 4DXBA 1DSNA 1OQHA 1Y9UA 3EF7A 3KSJA 4ZEKA 2V25A 3V8XB 2R71A 3C4MA 1SI1A 3JYRA 1NMUA 1B9JA 2NOOA 2Q88A 3RUMA 2UXAA 4ELQA 4OFJA 4X9TA 1M5DA 1J1NA 1EZOA 4JWYA 4FIMA 4GFRA 2F78A 1N0TA 1R6ZA 3RNNA 4X1BA 1O64A 4F3BA 4GL0A 1US4A 2Z8DA 4YICA 4FE8A 5F1QA 1JQFA 3RGYA 3EPEA 4N6PA 4U1OA 3H7MA 4BDRA 4LZ5A 4QSEA 5TPAA 4R9FA 1IITA 3EHSA 4P0IA 4BDQA 4N13A 5ITPA 3TEPA 1F9BA 1H43A 4NF6A 1LAGE 2PYYA 4DLDA 3MP6A 1VFDA 4IO2A 3HSTA 3BBRA 1D3KA 3RPWA 4GRKA 3O66A 3U8QA 2ZMBA 3PGFA 4NMYA 3VLUA 3KSXA 4H65A 5FHOA 4U1ZA 3OSRA 4GVOA 4FEDA 1QW0A 4HS7A 3PV0E 1XC1A 1OVTA 3S9LC 4P0GA 1D9VA 2DYXA 1IXHA 4ZZEA 3M3KA 3HN0A 3O29A 1Y4CA 4DDDA 3K0VA 1SYHA 3TTRA 4JXIA 5CI5A 3MW0A 1Q35A 1S50A 4TQUQ 4IO7A 4OVJA 2O68A 1AMFA 4YKJA 1GVCA 3CR9A 3OO6A 4ZZAA 4XKNA 3RTFB 1SW1A 1IXCA 2AL5A 1B6HA 3CRBA 5IKBA 1SQYA 3FVOA 1IQ7A 2VOZA 2F5XA 3MZ9A 3RTWB 1B58A 1O7TA 4ELPA 1SDXA 4NWDA 4HW8A 5HBCA 3Q29A 3UA8A 2I58A 4C1UA 2XX7A 1JEUA 4KPTA 4O3AA 1S9TA 3K6WA 3IAZA 2NVUB 2XXPA 4F3PA 2OCUA 1NFTA 3FVKA 3VLVA 3FJMA 1POY1 2OWTA 3FJ7A 3T9HB 1IIWA 4KFQA 3B7DA 3KFMA 3MBPA 5AA2B 3IB0A 3T93B 4OENA 4JWOA 3DP8A 3H3GA 4GLIA 1LFIA 4KD5A 2I3VA 4PFYA 2ABHA 5I58B 3T66A 4ZEFA 3RN8A 3KOTA 2XXUA 4EUOA 1VR5A 4F3GA 1MY4A 4GIZA 1FQFA 1Y20A 1II5A 3DP6A 1P99A 2LAOA 1LAXA 3KBRA 4YKKA 2X7QA 4KI0E 1JVYA 3TMGA 3K6UA 3K1NA 1GGGA 3IOTA 3PMVA 4GL8A 3VFJA 4GXSB 4BDLA 1QVSA 3OXNA 3C33A 1ZTYA 4PP0A 1A54A 1ELJA 2XXIA 4FAJA 1SYIA 4R6KA 3OO9A 4K3FA 3N94A 3WAFA 2RC8A 3R7XA 1YTVA 4IY5A 4F1UA 1D4NA 5I84A 1QKAA 3P7IA 1HSJA 4RXLA 3G3HA 3MP8A 4X48A 3E3KA 5AA4A 5I57B 3QIMA 4JSDA 3FXRA 1A40A 3ILTB 2QL3A 4I62A 2VHAA 5CBSA 2QS1A 3VDFA 4I8CA 2OLBA 1M5CA 3MVWA 1SI0A 3T9VA 5H8QA 5DYHA 2PT1A 4G2ZA 1A7LA 2H9BA 4NF5B 5JEIA 2ESNA 4U23A 2I48A 4HTGA 5DT6A 5J1DA 3C36A 2F7BA 2I3WA 4G8MA 1B7UA 3IO4A 3SERA 2HEUA 2DVCA 3L6GA 4RJZA 1IXIA 1Q1KA 1POTA 3EHUA 2ZYKA 4OEVA 5FTHA 4WKMA 2UVJA 4ZE9A 4OESA 2VD3A 2QSXA 5H8NB 3O28A 2VP1A 1MXVA 2PMSA 4YMBA 3DELB 1M5FA 3SETA 3FXQA 2X7PA 3S2VA 1FQEA 2AYSA 3FZVA 3A3UA 2F7CA 4DIGA 4RYAA 3TCHA 2Z22A 3G7WA 3MZ1A 3ECRA 3LSWA 1A8FA 2FYIA 3TCGA 3LUYA 1N7XA 2QRYA 1Z7NE 2Q8JA 2I6EA 4HCYA 1JEVA 3CFZA 3C34A 3TUSA 1H76A 2PBWA 2I4BA 3FIRA 4NWCA 3UK4A 3TKDA 4M1VA 3E4RA 3I6VA 4QSDA 1Y1ZA 5I2NA 3QSLA 2PVUA 4YU0A 2V3UA 1PBPA 5BWJA 1H3DA 1B40A 3IB2A 1MPBA 5JK4A 1H44A 2Q89A 5JTYB 4OTEA 1MH4A 2G29A 5CMBA 4C0RA 5EYFA 4AB6A 4U4XA 2P2AA 3GZGA 2NXOA 3PMWA 2Z8FA 4KHZE 5TP9A 4TLMB 2IA4A 4NF8A 1UTHB 4H0WA 3C35A 1QKBA 2V3QA 4AB5A 4DZ1A 4DXUA 1M5EA 3MJNA 4KYSA 4ND9A 1SBPA 4MLVA 3VXBA 1IXGA 3CSBA 4G68A 2XXWA 1Y1MA 1N3XA 4XTCQ 2RINA 1AIVA 1N3WA 2DQVA 5DVJA 3MPKA 3K6XA 1OIBA 5AA3A 4R2BA 3CIJA 4U22A 3EQ1A 4MBPA 4OZ9A 3CI8A 3VV5A 3PUYE 4QFOA 1PBQA 1B0LA 3GBBA 5CRYA 5ICTA 1FQAA 3QAXA 2GHAA 1DOTA 1MG1A 4F22A 2FA7A 2XD3A 1B5JA 1YCJA 3PPRA 2DXYA 3HHFA 1MY3A 3GXAA 3OENA 4IO5A 4U21A 4ZEBA 4ISUA 4MFIA 3TYHA 3IJXB 4IGTA 1H45A 1A8EA 3PPOA 3S9EA 4YMAA 2WKYA 5ISUA 3IORA 2DXRA 3RLFE 5I2KB 3U94A 2O1MA 1FTMA 4H67A 3ZS6A 1OLAA 3TAJA 3PD9A 4LP2B 3FUZA 3SEXA 1A55A 2D3IA 3QUFA 2D5WA 2OZZA 1QUKA 4RPOA 4U4SA 3IR1A 3SESA 4FEBA 4Q8RA 3MPLA 3BFTA 4IB2A 2O7UA 1B3LA 4DE8A 1B1HA 3C9HA 4IO6A 1ZBMA 4DXCA 5AE4A 3OOAA 4H8JA 3IOUA 2PX1A 2R6GE 1XVXA 3FD3A 1PC3A 3KJ7A 2O6AA 1ZU0A 3TTNA 3I3VA 2AL4A 2B3BA 1MY0A 1EZPA 4G8NA 3U93A 2V84A 4RK2A 3SKPA 4LATA 4R75A 1LBCA 4WEPA 5CC2A 3PUXE 2HAVA 2AIXA 2M8CA 4GF8A 2P0SA 2E1SA 3O6GA 4QSCA 4FECA 4F31B 2Y7WA 4EF2A 2OWSA 4RNSA 1PB8A 5I56B 2H99A 5A5XB 3IL1B 1P1QA 4I1DA 4XXUA 1DMBA 4YKIA 5H8HA 4KCDA 1JW4A 4I9DA 3B6WA 4PETA 1BKAA 1I69A 5KCJB 3OO7A 4FJPA 1NNKA 4JDFA 2G93A 3KZGA 4QRZA 4NTLA 5BUUA 3H03A 2O51A 2Z8EA 3ODBA 4Q0CA 1MQJA 1NH8A 2X26A 3H6TA 1SVXB 3EHTA 3PUVE 4XKQA 2REGA 3CFLA 2B3FA 2GRVA 1LAHE 3EN3A 3MQ9A 4QFKA 1URSA 2HZKA 3ZKKA 2OJTA 4F39A 4DCXA 4QHQA 1B5HA 1S7YA 4QFLA 5I59B 3MZBA 4NE4A 3R26A 4F1VA 2RC7A 5LOMA 3OO8A 4KYDA 3TFLA 3S9MC 3PU5A 3FVNA 5DTBA 3R6UA 1YPNA 4BDNA 1RKMA 4NEDA 4BDMA 5ITOA 3VVEA 1QUIA 1MH3A 2ONRA 1MPCA 2F34A 4XKRA 3TELA 2DE2A 4QFNA 5KDTA 3ZKLA 3OEMA 4YB7A 3JZJA 3K1MA 1FCKA 2QMWA 4GWOA 1P1OA 2O69A 1ZLQA 1Y4TA 1CE2A 2V3TA 1HSLA 1RYXA 3TDJA 2Z23A 3MVZA 1B05A 5TU0A 4GQOA 4LQ2A 1I6BA 3N26A 2HAUA 3CG1A 1ZKBA 4KQPA 3TQWA 3K02A 5CBRA 3H6WA 1B7ZA 3T22A 3TTMA 5I2NB 1UIVA 3KN3A 4H1XA 2ANJA 4R6YA 3K00A 2Y7PA 4PQJA 2RKMA 2Q2CA 1B51A 2O1LA 3FV1A 4UACA 1B3HA 5DEXB 4QFPA 4H8IA 4PFUA 1RYOA 1OVBA 5H8FB 3V5AA 1B3EA 1MM7A 3PUZE 3UIFA 4KR5A 3S4UA 2A5TA 4IO3A 2DWAA 1D9YA 1Z7ME 4PFWA 1USYH 3RQTA 1JNFA 3IJOB 3CFXA 3TTLA 1MXZA 2QJEA 2ZXTA 1FQCA 4YAHX 2P1SA 3C31A 4P11A 3RY3A 2DWHA 3B6TA 1LLSA 3E9XA 3G3IA 2ZNTA 3RT6B 1TT1A 1PEBA 3TPAA 4L17A 2ALUA 3T9XB 1UTBB 3IOVA 4AQ4A 3D4GA 1LBBA 3U72A 1IUDA 2ZYMA 4KYEA 2H98A 3HPIA 3VVFA 4JB7A 1UQWA 1MQDA 3K6VA 3RT8A 4EXKA 1MPDA 5AA2A 4R6HA 1TWYA 1PB9A 4FATA 1MXUA 4ONYA 1Y3NA 1WODA 3PUWE 2KLFA 4YZZA 5I58A 1LFHA 1TXFA 4HCWA 1FQDA 3W9VA 3H4ZA 3FASA 1JW1A 1MXYA 3KEIA 2H4IA 3LBSA 4JWXA 2CZLA 3IOWA 1MM6A 4E0WA 4POWA 3W9WA 3UORA 3N6TA 2ZYOA 2I0BA 3Q26A 1VSOA 3KN8A 1XHYA 2ONKE 4YB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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