4F39A

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/agonist
source organism Rattus norvegicus
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
total genus 78
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f39A02
1LLSA 3T66A 4XTCQ 3G7WA 2F36A 5B7DA 1LB9A 3K01A 4IY6A 4G2ZA 1B51A 2X26A 4OVJA 1FQBA 4NTLA 3CFLA 1O64A 5JTYB 1NH7A 4LUBA 2VGQA 3LSWA 5DEXB 1LSTA 5CM6A 1MY0A 5TP9B 2QMXA 3RUMA 5AA4B 4KYSA 4X48A 3B6QA 3HHGA 4ISUA 3C34A 1JVXA 1VFDA 1I6AA 2RC8A 3VFJA 3FXUA 1M5CA 2REJA 3CG3A 1B0LA 1FTMA 3LC8A 4H6DA 2BJJX 1LFIA 1OVBA 3FV2A 1D9YA 4H5FA 2DWAA 2QL3A 4YB7A 3MZBA 3K02A 3HSTA 3TMGA 2I48A 3ZS6A 2Q8JA 1LB8A 3LBSA 3KSXA 1N84A 4EUOA 2I4CA 4QHQA 4FECA 2NVUB 3QK6A 2Y7WA 3C31A 1PB7A 3ODBA 3G3JA 1OMPA 4QFOA 3PUXE 3JZJA 4KI0E 5K2XA 3N6UA 4KFQA 4LONB 2Y7PA 2F97A 5H8SA 3E9XA 1B52A 1BIYA 4XKNA 5AA2B 4QFKA 3TAJA 2RCAA 4JWOA 4AQ4A 4I1DA 1HSLA 4FEBA 2F5XA 5ICTA 2ONRA 1ZKBA 1LFGA 1O7TA 1R6ZA 3A3CA 4IO2A 3USDA 2DE3A 4JBZA 3PUVE 2CZLA 3TZAA 3K1NA 3SESA 4PFYA 2V25A 4F3GA 3FJ7A 2VD3A 3TEPA 4H8IA 3K00A 1YAEA 2XXVA 2Q89A 3K2DA 3EHUA 1MQGA 3DP4A 5CMMA 4QFLA 1DMBA 3Q29A 3TTKA 4ZEKA 3GBBA 2H9BA 3OO6A 3PU5A 1A54A 1SYHA 5I59B 3FGSA 4U23A 4ZDMA 5FHOA 4O3BA 3AXFA 1IXHA 5EHSA 1B5HA 3ILTB 1MDP1 3VVFA 4HCYA 1MPBA 2O84X 4GWOA 1AMFA 5DTBA 4ESXA 4KCDA 1FW0A 5I56A 4AB5A 3CI8A 2V3UA 2QJEA 3PUYE 4F18A 4BDOA 1SI1A 4TLLB 1B3GA 3MZ1A 1USYE 2XXTA 1XVYA 1JETA 1UTBB 3H03A 1H43A 3FATA 4G77A 1XVXA 3TTNA 2HZLA 1M5DA 4OFOA 1Y3QA 2CMOA 2QSXA 3U8QA 3K4UA 2V3QA 1Y1MA 4N07A 3GBAA 4QFNA 4EQBA 3UN6A 3DELB 2I0BA 4Q8RA 4H0WA 2UYFA 1B32A 3T9HB 2DP8A 5JEIA 1H45A 4Q0CA 3CRBA 2O68A 2VD2A 4NE4A 3TUSA 1LAHE 4KQPA 3PUZE 1NH8A 1BLFA 3DP6A 4I8CA 4ZEDA 2Y7KA 5L8DA 5J1DA 2Q2CA 4OFLA 1WDNA 3T9UA 3H06B 4R72A 3C32A 4PE5B 1EZOA 1SYIA 4MH5A 3VLUA 2X7QA 4F1VA 1M5BA 1MXZA 4NF4A 1IXIA 4HCWA 1N0TA 1QW0A 2HQ0A 4LP2B 3THIA 2QS3A 4EF2A 4GQOA 3S9LC 2O69A 4ZEFA 3CG1A 1ZJLA 1TWYA 3V83A 2VP1A 3RNNA 5L9OA 1P1QA 2RC7A 5JK4A 2Q2AA 4MF3A 5I84A 5H8NB 3BBRA 1A8EA 2R71A 3BKIB 3V89B 4BLAA 5I57A 1YTVA 1R9QA 1B5IA 2XD2A 1CB6A 3G3HA 2DWHA 1UIVA 1MH3A 4WKMA 2QRYA 1B05A 3Q27A 3QIMA 3SETA 4OWDA 4U2RA 5I2KA 2OZZA 4GD5A 2ESNA 1SQYA 1MRPA 2DWIA 3EN3A 4BDNA 4U1ZA 4TQUQ 5ITPA 4OYVA 1LAGE 3B6TA 1RYOA 3Q26A 5DVIA 4OEUA 3PD8A 4E0XA 2A5TA 4OXVA 2ZYNA 1IIWA 3IK6B 2NWJA 2QPQA 3H4ZA 3PD9A 1PB9A 3K1PA 5A5XA 3SERA 3T9VA 3K6XA 4YMAA 3HV1A 1B6HA 3KZGA 5H8HB 4RK2A 4U21A 4C1UA 3ILUB 2OJTA 3IOTA 5TU0A 4DCXA 2I58A 3HO7A 4R73A 3WAFA 3MP6A 3RT6B 1Y4CA 4F29A 1Y1ZA 3O29A 1US5A 1Q35A 4EXLA 4IO3A 3U93A 3IORA 3P7IA 4DXCA 1FCKA 3G3FA 4IO5A 4RY1A 1QJMA 1Y4TA 2DS9A 1N76A 1B4HA 2XXPA 1MQIA 1LFHA 1NKXA 3KJ7A 2Z23A 1XT8A 3QUJA 2HZKA 5KDTA 3MVXA 4ELOA 1B7UA 4F39A 4EQ7A 3Q25A 4DIGA 1OQHA 1S9TA 2XXHA 4LQ2A 1KWHA 5FHNA 4GLIA 1OVTA 5TPAA 2NXOA 4NF6A 2G29A 4YMBA 2XX9A 4JB7A 4ZE8A 2XXRA 4JWXA 3PGFA 2ANJA 1POY1 1D9VA 1QUJA 1D4NA 2PYYA 4R6HA 3QYTA 4E0WA 1SW1A 2PBWA 2RC9A 3DP8A 4G68A 3H6UA 1FQAA 3T22A 4FIMA 2P0SA 4NWCA 4FORA 3QAXA 3CFZA 2FYIA 2DXRA 1ATGA 2VOZA 3HN0A 2E1SA 2DVCA 3IOWA 1B58A 1IITA 3Q28A 4RJZA 3CVGA 4TLMB 1A7LA 3SEWA 1UQWA 1VSOA 2Y7RA 4OMBA 1N3WA 1BP5A 2HXWA 4QRZA 3S4UA 4KCCA 2UVJA 3OENA 1Z7NE 3B7DA 4O3AA 1ZBMA 5DT6A 2X7PA 2PT2A 2ZXTA 3KBRA 3U94A 1UTHA 4H67A 3ZSFA 5H8FB 3K1MA 4OZ9A 2DE2A 1H76A 2B65A 3I3VA 1XS5A 4DXBA 2D3IA 2NUVA 3C33A 4GL0A 3TCHA 4X1DA 4XKRA 1US4A 2OK2A 2ZYOA 5H8QB 1NL5A 1XC1A 1SBPA 4P0GA 1B1XA 1IZ1A 2F35A 4EDPA 2F78A 4Q5TA 2O7UA 3KFMA 1PB8A 3T93B 3FVGA 5LOMA 3W15C 1QKBA 2XXWA 3FASA 4R6YA 2FA7A 5L9SA 5I2NA 1SW5A 3U1OA 3OEMA 2UXAA 2RKMA 4NF4B 4C1TA 3O9PA 3VV5A 3O2AA 2Z8EA 4QFPA 4F1YA 5CMKA 3FXQA 3N6TA 3M3LA 1AH5A 5F1QA 2VHAA 4PP0A 5CC2A 4MBPA 4YAHX 1AOVA 1JEVA 4MLQA 1GTKA 2UVGA 3V5AA 1NNPA 2E0SA 3FV1A 4ND9A 4DCYA 4HW8A 2FNCA 3OO8A 3IJXB 3RGYA 3L6HA 3OO7A 3K0VA 3C4MA 4YU0A 1JNFA 1HSEA 4LZ7A 2F7AA 2OLBA 3K6VA 1ZIUA 1TFDA 3TTRA 3ECRA 1P1UA 1UIUA 4DDDA 2H5YA 3RY3A 1PBPA 3IB1A 5CMCA 3LSLA 3OSRA 1SW2A 3PPNA 1FQEA 3N94A 1N7WA 4G8HA 4ESWA 2UYEA 4XXUA 3QUFA 5ICQA 2P2AA 3CFXA 4NF5A 1TXFA 1FTOA 2LAOA 2ONKE 1R1NA 2ZNSA 3S9EA 5ISUA 2O1MA 4MFIA 3HPIA 4DXUA 1ZMGA 4ZECA 3BFTA 2V3TA 3EPEA 4P0IA 1FQDA 5I58A 1N7XA 1MY3A 1NFTA 5A5XB 3OOAA 4DLDA 4XIGQ 3SKPA 2XXXA 4POWA 1MY1A 3EHTA 2P1SA 2DOJA 4LATA 3PMWA 2O51A 2F6PA 5DEXA 1B7HA 4R75A 5TP9A 1EZ9A 4KD5A 3S9MC 1GR2A 3TODA 5AA4A 3KG2A 3R26A 1JQFA 3R6UA 2AYSA 4F3SA 3PUWE 4JSOA 3FXRA 3QSLA 4IO6A 3UIFA 3LSXA 1EZPA 1IEJA 4PFTA 1MDQA 1WODA 1NNTA 4IB2A 3G3KA 5KDTB 1S7YA 1URGA 5IKBA 1EU8A 5HPQA 2PT1A 4HTGA 5BUUA 1Y3PA 1AIVA 2I3VA 3DM0A 1LCTA 5EHMA 4QSEA 1MY4A 4NF6B 1POTA 3M3FA 1H44A 4R2FA 3HCQA 4ZZAA 3D4CA 1URDA 4FJPA 1I69A 2ONSA 1MM7A 3FVNA 3CR9A 3E4RA 3IR1A 5HM4B 1DTGA 1MS7A 2G93A 3TQWA 4ONYA 2DSFA 1NNKA 3FZVA 5B70A 5AA2A 3MVZA 4RPOA 3IB2A 3H6TA 1QKAA 3TDJA 1R9LA 1HSJA 2F34A 3CSGA 2W7YA 2O6AA 3CIJA 2PX1A 2Y7IA 4BDQA 4YICA 4P11A 4POXA 1I6QA 5DYHA 3B6WA 1JVYA 3RLFE 2Q88A 3MP1A 4OTEA 3V8XB 5KZTA 4THIA 1UTHB 1PBQA 5IAIA 2RCBA 3U72A 4OERA 3L6GA 3IB0A 1LAXA 3TYHA 2H25A 4PFUA 2Q9TA 1ELJA 1LBBA 1M5FA 4OENA 5DVFA 1B3FA 4F3BA 4GIZA 3OSQA 4FEDA 1JW1A 2AIXA 3UA8A 4F2QA 2ZMBA 4GF8A 4GRKA 3SEXA 3HHFA 4L17A 2O7IA 3MVWA 2B3FA 4PETA 3A3UA 4QF9A 2XXIA 1IXCA 3RTFB 3MJNA 2QS4A 3SEYA 4R9FA 5I2NB 1WVJA 3MPKA 1D3KA 2IEEA 1JW5A 1OLCA 1DPPA 4OETA 1A55A 4RYAA 4YB5A 4EQ9A 1VE4A 1BKAA 3EF7A 1P1NA 3VDFA 4OESA 4I9DA 3O6IA 4Z0IA 4FAJA 1SI0A 3S9NC 1FQCA 4TOZA 1SW4A 2HAVA 1SD3A 3IO6A 1J1NA 1MQJA 4X9TA 1USYH 4GXSB 2R9JA 1LGBC 4XKQA 4IGTA 4KYEA 3KN8A 3VLVA 1A40A 3SEVA 2XD3A 4F31B 2KLFA 1Q1KA 4KPTA 4M1VA 5KCJA 3ONMA 1Y9UA 2XHDA 1EH3A 2THIA 1T0KA 4X1BA 1JEUA 3GLBA 3C36A 4LVQA 3TQLA 4F1UA 4GFRA 1B46A 3O6GA 3DLNA 3OMBA 1SVXB 5I56B 3IO4A 5I58B 2NOOA 4K3FA 4FE8A 2UVHA 3PV0E 4EXKA 4NF8A 3PPQA 1IXGA 2F7BA 2OWTA 4ELPA 1B7ZA 5H8NA 4YB6A 2XX8A 4RA1A 2V93A 3M8UA 4EF1A 3UORA 3TCFA 4F22A 4BDRA 2M8CA 2YJPA 3IOUA 2GH9A 4IY5A 1QULA 1XOCA 2PVUA 2UVIA 3FUZA 3MBPA 1RYXA 4ZZEA 1S50A 4U22A 4I62A 4C0RA 4GL8A 4HS7A 2I3WA 2DXYA 1N04A 2DQVA 2XXUA 2Z8DA 4ZEIA 3PPRA 4ELRA 3FJMA 4OHNA 4WEPA 3S2VA 2O1LA 5AE4A 3JYRA 1I6BA 4F19A 4N13A 4IGRA 1MM6A 1PDAA 2WKYA 4YKIA 3UK4A 2YLNA 2AL4A 4F3PA 3JV9A 1YPNA 1ZLQA 4QSDA 1LAFE 4ZS9A 4U4SA 4RK9A 1L5TA 3MZ9A 2ZYMA 5H8HA 2HCAA 1B5JA 3LUYA 1QUKA 3RQTA 3OEKA 3MAMA 3MWBA 4G4PA 3TELA 3M3KA 3I6VA 2Y84A 4LA9A 1B40A 3LSFB 4IO4A 1B3LA 3VVDA 4DZ1A 1FTLA 4H1XA 3FVOA 3G3GA 4GVOA 3FJGA 4M4GA 5I57B 3N5LA 2F6GA 3MVYA 3VVEA 4PQJA 1ZU0A 4LZ5A 3W9VA 1MXYA 1VR5A 4JSDA 2D21A 1FTJA 5AA3A 3TTLA 5L9MA 1ANFA 1IQ7A 1DTZA 3IOVA 4NEDA 2I4BA 1NMUA 5I2KB 1OLAA 4OEVA 1P1OA 3KOTA 4MLVA 3ZKLA 1QUIA 1NNFA 1B0HA 4JDFA 1MQDA 3GZGA 3OO9A 3H7MA 1N3XA 2A5TB 4KHZE 4PFWA 4YKJA 3C9HA 1M5EA 4G8NA 4LZ8A 4N6PA 1GGGA 3UP9A 3H6VA 3R7XA 2ABHA 3WAEA 3ZKKA 2I49A 5HBCA 3RTWB 3UGWA 5JTYA 3SDFA 3OXNA 4Q30B 1B3EA 3MUQA 4OQOA 4G8MA 5FHMA 2XXYA 5F7VA 2QS1A 3RT8A 1MY2A 4BDLA 3QXMA 1TT1A 2HEUA 3KEIA 4H5GA 5ELVA 3FVKA 2OBGA 3D4GA 3FD3A 4LQ5A 5H8FA 3KSJA 3KN3A 3TPAA 1QVSA 3MQ9A 3IAZA 1SDXA 3MC2A 1OQGA 2D5WA 1DOTA 1URSA 2OCUA 1MPDA 5K2YA 2PMSA 3O66A 5H8QA 1LBCA 1MG1A 4RNSA 1AL3A 1A99A 3TKDA 1CE2A 4H65A 1TFAA 3E3KA 3PPOA 2DWJA 5CBRA 2Z8FA 3KOSA 5TPAB 5EYFA 3KN7A 4R6KA 3MP8A 3VE1B 3EQ1A 3MW0A 2RF1A 4JXIA 1BTJA 5KCJB 1B9JA 2ALUA 5AA1A 5M2VA 4RXLA 4G68B 3U92A 3F11A 3IX1A 2F7CA 4NWDA 2DVZA 1OIBA 4H8JA 4WXJA 4R2BA 2F8DA 4UA8A 1PC3A 1MXXA 1MQHA 2OWSA 1FQFA 1ZTYA 1B3HA 3FIRA 5CMBA 3PMXA 3W9WA 4NF8B 5ITOA 1P99A 2QS2A 2Z22A 2ZNTA 1XHYA 1MXWA 2REGA 4AB6A 3TTMA 4FATA 1DSNA 3SEUA 3GXAA 2XXQA 4O3CA 3E13X 2H99A 4U1OA 2A5SA 3EHSA 2H98A 3TCGA 1B1HA 2H4IA 4Z7EA 4DE8A 1MXVA 4UACA 3O97A 3T96B 5I59A 2YPNA 4GOTA 5CI5A 2DYXA 1Z7ME 2GRVA 4WEDA 1MPCA 1GV8A 2XX7A 2ZYKA 3IJOB 1FTKA 3OD7A 2HAUA 3I5OA 4NMYA 5CRYA 4QSCA 3VXCA 1II5A 3IL1B 4R74A 3N26A 4ZE9A 2I0CA 3O6HA 2GFEA 1UTBA 4ECFA 2RINA 5CBSA 1P1WA 1MXUA 2ZNUA 1DPEA 4GXAA 4U4XA 3CSBA 4OFJA 1GVCA 4KYDA 3MPLA 1RKMA 3VXBA 3PMVA 3RPWA 4F2OA 3RN8A 3LR1A 1VFEA 5AA2D 2GHAA 1IUDA 1F9BA 4ELQA 5FTHA 1MH4A 1PEBA 3T9XB 1Y3NA 4ZEBA 3C35A 2GHBA 4G68C 4JWYA 3VLWA 4YKPA 2AL5A 4BDMA 2V84A 4KR5A 4RPNA 1O63A 2B3BA 4YKKA 2IA4A 3H3GA 4YZZA 3OELA 5BWJA 3O28A 3A09A 4IO7A 3K6WA 3K6UA 1B4ZA 1YCJA 1JW4A 2HFBA 1B2HA 3KJTA 4NF5B 3H6WA 4XKPA 3BFUA 2DE4A 3KGCA 4R9GA 2I6EA 2QMWA 1H3DA 5FTIA 3G3IA 2R6GE 3TFLA 1A8FA 1Y20A 5DVJA 1LCFA 3PPPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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