4NF6B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and ppda
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein, receptor
total genus 84
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B02
4ELPA 4I8CA 1M5FA 3TTKA 4QFPA 4FIMA 3Q25A 3RLFE 4XXUA 3U94A 5L9OA 3M3FA 3W9WA 5I58A 3RQTA 3JV9A 4Q5TA 4LONB 1B5HA 1LAHE 1MXXA 3E3KA 4KYDA 3TTRA 4GL0A 2F6PA 4FAJA 1B6HA 3R26A 2NVUB 2OLBA 2I6EA 2PT2A 4X9TA 1Q35A 1N3XA 2HAVA 4F29A 1JEVA 1AH5A 2ZMBA 3DP4A 3KOTA 1QUKA 3T9UA 3CR9A 1MDP1 1RYXA 3K6VA 3PPQA 2DWIA 3PUXE 4I1DA 4OMBA 4ZEBA 4JDFA 3CIJA 2ZYMA 3U93A 3RTFB 1R9QA 1FQDA 2UVHA 3T96B 1LFHA 4NE4A 2HZKA 2B3FA 3FUZA 3QUJA 1OVTA 4R6HA 2F97A 3EHSA 4OYVA 3N5LA 3O6HA 1YCJA 5I56A 5ELVA 4U1ZA 5EHSA 2ZYOA 4QSDA 5DEXB 5AE4A 1OIBA 2V25A 2ANJA 5H8QA 2O7UA 3VXBA 2VD3A 2Q8JA 2E0SA 4OENA 3FXRA 1T0KA 2LAOA 3D4CA 5B7DA 1S7YA 4F2QA 1ZBMA 3A3UA 4K3FA 2H99A 4PE5B 5TP9A 4GQOA 1PB7A 1LBCA 4H6DA 3CFLA 1RKMA 2VHAA 3KSJA 1NL5A 4FECA 2Q2CA 3H7MA 3BBRA 3L6HA 1A40A 4G8HA 3OEKA 3RUMA 1SDXA 1M5BA 4GL8A 4ZEKA 5HM4B 3SESA 1SI0A 4U2RA 2Q9TA 5FTIA 3G3FA 1R9LA 2AYSA 1B52A 3UGWA 3OENA 2ABHA 1A54A 3PD8A 4PFUA 4E0XA 2CMOA 3IOTA 3OO8A 3KN8A 1B0HA 2UYEA 4GFRA 2RINA 3W15C 1H3DA 4OESA 3O6GA 5AA3A 1A55A 1NNKA 2DXYA 3EPEA 3O97A 3T66A 2XX9A 2DS9A 2GHAA 5L8DA 5K2XA 4BDOA 4H0WA 3Q28A 1SYHA 4JB7A 3I6VA 2QS4A 3UIFA 4YKIA 3H06B 2VGQA 2V93A 3CVGA 3IORA 4NMYA 3U1OA 5I58B 4C1UA 1Y9UA 1MXUA 2I49A 1P1NA 3RN8A 3H4ZA 2GFEA 1H43A 4YICA 4DXUA 4ISUA 3VE1B 3QIMA 4KCCA 2DE2A 4GVOA 1USYH 4GWOA 1MS7A 1P99A 4LATA 4IO5A 2XXXA 4X48A 2H98A 4ELQA 1B7ZA 3FATA 4RK2A 4QSEA 1DPEA 5M2VA 3TZAA 1P1WA 4NF5A 4ECFA 1N84A 2AL5A 1XVXA 3DELB 2I48A 3KGCA 3KBRA 3RTWB 3FZVA 4GF8A 3OMBA 2XD3A 4G4PA 2DWJA 3KN7A 4OHNA 3USDA 1AL3A 3MVZA 1B40A 1FQCA 3PD9A 2O69A 3C34A 4JXIA 1R1NA 3SEVA 3ZKKA 4GOTA 2PMSA 5I56B 5KDTA 3GBBA 3FASA 1FCKA 5TPAA 3IOUA 4HCYA 3R7XA 4MF3A 3PUYE 4H8IA 3C35A 2X7QA 2RCBA 3K1NA 3TYHA 4YAHX 2PT1A 3FVNA 3IO6A 1VE4A 1B4HA 4DLDA 4ZECA 2XXPA 1OLAA 4ZS9A 4QFNA 3MW0A 1A8FA 3LSWA 3MWBA 4IO3A 1DSNA 3CFXA 4G77A 1IXHA 3K1MA 4EQ7A 2XD2A 1N7XA 4NF8A 4F3BA 1MPDA 1AOVA 3FVKA 3KSXA 4MH5A 4ZEIA 4H5GA 3CSGA 5CC2A 3FGSA 4LZ7A 3E9XA 1MM6A 3IO4A 3O66A 2NXOA 4M1VA 1B58A 5I2NA 4NWDA 4E0WA 3ZS6A 3TTMA 4R2BA 1RYOA 2RCAA 3BFUA 3C9HA 1IUDA 1GGGA 1CE2A 1I6QA 4R75A 4DE8A 1P1UA 3SETA 1CB6A 3LC8A 3EHTA 4F1YA 1L5TA 3W9VA 1S50A 3TMGA 1SW4A 1B3HA 5EHMA 3PPOA 4QF9A 2XXUA 4EF2A 3V83A 4WXJA 2F35A 2HAUA 4POWA 4WEDA 2QMWA 1F9BA 3JZJA 1NKXA 2H4IA 4NF6A 3MP6A 3QSLA 4JBZA 5EYFA 4QFKA 2VOZA 1XHYA 4EXLA 3T93B 4FORA 4DIGA 4Q30B 4RJZA 3HSTA 1URSA 4NWCA 1IZ1A 1IIWA 1MH4A 3VVEA 1TWYA 3OSQA 4OZ9A 3RPWA 1IXIA 4G8MA 4ESXA 4MBPA 1MQIA 4POXA 1ZLQA 2QSXA 5FHOA 1MM7A 1N04A 1B46A 2VD2A 1MQDA 1MY4A 4NF5B 4RPOA 1LLSA 5AA2A 3Q29A 5JEIA 4QHQA 3MPKA 3DLNA 3T9VA 2A5SA 5CRYA 3SERA 1ATGA 5K2YA 1B3FA 1JVYA 1Y4CA 1BKAA 2NUVA 2OCUA 4RYAA 5KDTB 4XKRA 3OD7A 4HTGA 1PBPA 4QRZA 1LFIA 4YB6A 5AA2D 4OEVA 3PUVE 4N13A 4OFJA 1PDAA 1M5DA 1QJMA 3TPAA 2ZYNA 4XIGQ 4HS7A 5ICTA 1H44A 4U21A 3FXQA 1LAFE 5JTYA 1PEBA 1LCTA 4P11A 1I6BA 3G3GA 2V3QA 3FVGA 2F7BA 3M3KA 1NH8A 3B6QA 4I9DA 3E4RA 2A5TA 2F8DA 1SI1A 3OO7A 4YB7A 4O3AA 1D3KA 1MQHA 2WKYA 2PBWA 4IB2A 2XXQA 1LAGE 1ANFA 2X7PA 3VV5A 1H76A 3C33A 1PB8A 2F36A 3TQLA 4OQOA 2I58A 3CRBA 2GRVA 5CMKA 1QVSA 5CMMA 4XKPA 2PYYA 3LUYA 3MC2A 4H1XA 1AIVA 4H67A 5I57A 5F7VA 1TFAA 1MH3A 5FHNA 5KCJA 2OBGA 5ITPA 1FQFA 2G29A 4KFQA 1YAEA 1JETA 1MY0A 2Y7IA 4NTLA 3IB0A 4DXCA 4JWXA 1GVCA 3G7WA 3VLWA 4GXSB 3RT6B 3ILUB 3DP6A 2I0BA 4NF6B 4F39A 3FJMA 2DQVA 3EN3A 4NF4A 5CM6A 1URGA 4R6YA 4F3GA 4Z7EA 2D21A 3GLBA 4GRKA 2DWAA 3MP8A 3R6UA 1POY1 3CFZA 3CSBA 1YTVA 4UA8A 3FV1A 5F1QA 1PBQA 2AIXA 4KPTA 3TTLA 1JVXA 3K01A 1OLCA 5AA4B 1VSOA 2YLNA 2AL4A 2DWHA 1NNTA 4OFLA 5DTBA 2BJJX 5AA2B 2DVCA 1VR5A 3FIRA 2GHBA 3U8QA 1B9JA 1NH7A 4ZZAA 1SD3A 2I3WA 4ZEFA 2XXIA 5I84A 2GH9A 3PUZE 4YMBA 1MRPA 1MPCA 4LUBA 3IB2A 5H8FB 4G68B 3TFLA 5JK4A 3I3VA 1FW0A 1QULA 3G3HA 3OSRA 3O2AA 3CI8A 1Y3NA 2X26A 3KJ7A 4MLQA 1LCFA 1SQYA 1Z7ME 1B3LA 5L9SA 4F19A 2ZNSA 4R73A 3IL1B 1SW2A 3H3GA 4G68C 1QKBA 1Y20A 1SYIA 4R6KA 3PPNA 3TEPA 5JTYB 1MG1A 3WAFA 4OEUA 2DOJA 5LOMA 3SEUA 1P1OA 4L17A 1PC3A 1ZJLA 4IO7A 1I6AA 3TKDA 2HQ0A 2HZLA 1B4ZA 4YMAA 1Y1ZA 3K6XA 1ZU0A 5H8HA 2A5TB 2D3IA 4WKMA 1EU8A 2B3BA 3U92A 2OJTA 4ELRA 2ZNUA 5ICQA 3K4UA 4HW8A 2XXVA 3TAJA 5ISUA 3TTNA 4O3CA 3QUFA 3OOAA 4IO4A 4GD5A 1UTBA 2O1LA 2RC8A 3K6UA 3H6VA 5L9MA 3MZBA 1MY3A 2FA7A 2IA4A 1LAXA 3C36A 1XC1A 5KCJB 4QSCA 4Q8RA 5ITOA 4YKPA 3VDFA 1TFDA 5H8NA 3KOSA 2HCAA 1UIUA 2Z8DA 3JYRA 3QYTA 3LSLA 5HBCA 2W7YA 1DPPA 2F78A 1B5IA 3MVWA 1JW4A 4U4SA 5H8QB 3BFTA 1MXVA 2V84A 1D4NA 3TCGA 1B3GA 2Z23A 2UYFA 4NF4B 1OMPA 4LZ5A 4R72A 5HPQA 2XXHA 3UP9A 3TUSA 2Z8EA 5TP9B 4RK9A 1MDQA 1Y4TA 2RF1A 4EQ9A 1B2HA 3OEMA 4IGTA 3V5AA 4ZDMA 3KJTA 1NNFA 4TQUQ 2OWSA 3S9LC 3SDFA 4KQPA 3HHFA 2RC7A 3LSFB 4ELOA 1OQGA 4LP2B 1QUJA 4RY1A 3RNNA 1FQBA 1S9TA 2ESNA 3FD3A 1EZ9A 3P7IA 3PV0E 3PUWE 3SEXA 3IK6B 4YKKA 3UA8A 2XXWA 1LB9A 3DP8A 3OO6A 4PP0A 3PMXA 4P0IA 3RT8A 4YB5A 2H9BA 2NWJA 1R6ZA 1POTA 5J1DA 4PFTA 3MPLA 2F34A 4R2FA 4FJPA 2YJPA 3KFMA 4MFIA 2QL3A 1JQFA 4KD5A 1O63A 1FTJA 5H8SA 3FJ7A 3T22A 3LSXA 2I4BA 5IKBA 3MVYA 4EQBA 2OZZA 1IXCA 1NMUA 2F5XA 3SKPA 3E13X 3B6WA 3C4MA 4U23A 4IGRA 4Z0IA 2REJA 1US4A 3HV1A 3CG1A 4ND9A 1Q1KA 3FXUA 1NFTA 4LQ5A 3N6TA 2HEUA 3TELA 4FATA 3WAEA 3PU5A 3IB1A 2P2AA 1B0LA 2O7IA 2ONKE 1IITA 4QFOA 1QW0A 2XHDA 3T9XB 1BP5A 4THIA 3Q26A 4PETA 1MXZA 1UTBB 3A3CA 1IQ7A 4HCWA 3OELA 2RC9A 2UVGA 2ONRA 5CBRA 4OXVA 5I59A 3QK6A 1WODA 2Y7PA 1LFGA 2P1SA 4YU0A 4RNSA 5TPAB 4JWOA 3ONMA 4FE8A 2DE4A 4XKQA 1ZMGA 2DE3A 3KEIA 1FQAA 4BDQA 3D4GA 1TXFA 4EUOA 3SEYA 3O9PA 3MJNA 4EF1A 3K2DA 1Y3PA 2Y84A 3O28A 4IY5A 3UK4A 2XXRA 4ZE9A 1DTZA 4WEPA 1O7TA 2G93A 4KYSA 3VFJA 2Y7RA 4AB6A 3N94A 1KWHA 1WDNA 4NF8B 3IR1A 4TOZA 3K02A 3OO9A 1GV8A 1SVXB 4NEDA 4BDNA 1MY2A 3C31A 3SEWA 2Z22A 3MP1A 5CMCA 3TDJA 1OVBA 4ZE8A 2NOOA 1B32A 1N7WA 3PMVA 5I2NB 2DYXA 3UN6A 3M8UA 5CMBA 3LBSA 3FJGA 4AQ4A 1JNFA 3MVXA 4OVJA 2DSFA 5BUUA 4XTCQ 1O64A 1JW5A 1HSJA 4U1OA 2ONSA 4DXBA 4G8NA 4F3PA 3QXMA 3VLVA 4MLVA 2HFBA 1MY1A 2QMXA 2F7AA 3O6IA 3C32A 3HCQA 2CZLA 4F18A 2FYIA 5FHMA 3VVDA 1Z7NE 3MAMA 4DDDA 1UTHA 4BDMA 4PFYA 1MXWA 2D5WA 1VFEA 2R6GE 1ELJA 3FVOA 3HO7A 1BTJA 3B6TA 1N0TA 3DM0A 4KCDA 4ONYA 4DCXA 3H6UA 2THIA 1YPNA 1FTOA 3PGFA 3PPRA 3V8XB 1B7UA 1NNPA 4X1BA 1D9VA 4IO2A 1GTKA 3CG3A 1II5A 2QS1A 3EQ1A 1QKAA 2IEEA 2Q88A 3TCFA 3N26A 4JSDA 3L6GA 3KZGA 3S2VA 2O84X 1D9YA 3OXNA 5I59B 3QAXA 5DVFA 2B65A 2XX7A 1ZKBA 3ODBA 1USYE 5DYHA 2ZYKA 3H03A 3Q27A 3K1PA 3MQ9A 2E1SA 3I5OA 4DZ1A 3AXFA 4X1DA 4F22A 4O3BA 2RKMA 4OFOA 4H65A 2QRYA 2FNCA 4KHZE 5I2KA 1A8EA 1BIYA 4BDLA 4F31B 1DMBA 1B05A 3N6UA 2XXYA 2R9JA 3S9MC 4U22A 1FTKA 1BLFA 1TT1A 4F2OA 3BKIB 1LBBA 1LGBC 3MZ1A 4H8JA 2I4CA 2F6GA 2OK2A 3G3KA 3MZ9A 1DOTA 3IOWA 2ALUA 3G3IA 2O1MA 3HHGA 1N76A 3FV2A 3MUQA 1VFDA 3T9HB 2H5YA 3HN0A 2O68A 3H6WA 3M3LA 1URDA 5A5XA 4GXAA 1LB8A 4R9FA 3S9EA 5IAIA 2UVJA 2DP8A 1FQEA 4AB5A 3IAZA 2M8CA 4GLIA 2PVUA 2I0CA 2DVZA 4I62A 3ECRA 3B7DA 3MBPA 5I57B 1B3EA 4Q0CA 1HSLA 2ZNTA 4BLAA 4RA1A 4ESWA 1P1QA 2XX8A 2UXAA 4JSOA 3VVFA 1Y1MA 4FEBA 4KI0E 4F1VA 3IOVA 2DXRA 1GR2A 1EZOA 1UTHB 1A99A 1FTMA 2QJEA 2KLFA 1M5CA 1JW1A 2VP1A 2O6AA 4C0RA 1N3WA 3GBAA 4PFWA 4G2ZA 2QS3A 3H6TA 3HPIA 4YZZA 4XKNA 4EXKA 3F11A 4U4XA 5DVJA 1B7HA 4IO6A 1MQJA 4N07A 1QUIA 1HSEA 1B1HA 2PX1A 2F7CA 1M5EA 2H25A 3RY3A 2YPNA 1DTGA 1ZIUA 4KYEA 2P0SA 1JEUA 1MPBA 4LA9A 2Q2AA 4LVQA 5KZTA 3UORA 1IXGA 4P0GA 3RGYA 2Y7WA 1OQHA 3VLUA 2QPQA 3GXAA 2UVIA 3EF7A 4IY6A 3IX1A 1B1XA 3TODA 4TLLB 2HXWA 4F1UA 1WVJA 3V89B 5AA1A 1EH3A 3K0VA 4RPNA 4EDPA 4M4GA 5I2KB 1XOCA 2V3UA 3VXCA 1XVYA 4OTEA 3S4UA 3S9NC 2R71A 1B5JA 1B51A 3IJOB 4OERA 4QFLA 3ZSFA 3G3JA 3U72A 1PB9A 5B70A 3THIA 3IJXB 2V3TA 5BWJA 2OWTA 3PPPA 1A7LA 4TLMB 3K00A 1AMFA 5CI5A 4R9GA 1LSTA 5DEXA 2Z8FA 5H8HB 1IEJA 1SW1A 3KG2A 4F3SA 1EZPA 4FEDA 3EHUA 1Y3QA 1US5A 3TCHA 5A5XB 5DVIA 3GZGA 2XXTA 3KN3A 4ZEDA 2ZXTA 4UACA 4OWDA 1XS5A 4LQ2A 3O29A 1UIVA 2I3VA 1SW5A 1MQGA 3TQWA 3LR1A 4RXLA 1MXYA 2REGA 5DT6A 5CBSA 2Q89A 1XT8A 4JWYA 4GIZA 5AA4A 1ZTYA 4LZ8A 1SBPA 4PQJA 4H5FA 5H8NB 1J1NA 5FTHA 4DCYA 5TU0A 3A09A 4N6PA 1I69A 1UQWA 4R74A 4YKJA 4ZZEA 3ZKLA 3PMWA 1FTLA 4C1TA 5H8FA 4G68A 3ILTB 4BDRA 4OETA 2Y7KA 1H45A 4KR5A 2O51A 2QS2A 3K6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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