4NF6B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and ppda
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein, receptor
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 84
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B02
2Z23A 3A09A 4F1YA 1XS5A 3PD8A 4IO4A 3ODBA 3PPQA 2H99A 3H6VA 3K6VA 3BFTA 5TP9A 2Q8JA 2DE4A 3MVXA 3CRBA 2UVHA 2O1MA 3ECRA 3W15C 4ELOA 3FV1A 1A7LA 1MDQA 4IY5A 4F39A 2LAOA 3HCQA 4DXBA 5K2XA 2F7CA 3VXBA 2PT2A 4FECA 2F8DA 4H6DA 5H8HB 2Y7WA 3U93A 3U92A 4R9FA 4NF6A 2Q9TA 3HHGA 1IXIA 3MAMA 2H5YA 2HZLA 4DXUA 3KSXA 4EDPA 1B32A 5DVJA 3B6WA 2UYEA 4GOTA 3V83A 3KN3A 3OXNA 4KCDA 3EPEA 3HO7A 3IR1A 4YKKA 4GD5A 3MPLA 5AA4A 4DCYA 5I56A 2ZMBA 3LSXA 2DWAA 3Q29A 1B3EA 3RNNA 3U94A 5L9OA 5DT6A 1P1QA 3F11A 3H3GA 3L6GA 4YICA 1MQIA 3K1MA 3TPAA 1B4HA 5DEXA 1B05A 1PB7A 1UTHA 2F78A 2I4CA 3MVYA 5A5XA 2D21A 2PX1A 4ELRA 1DTGA 3UGWA 3C9HA 4MLVA 4LZ7A 4AB5A 4TLLB 2I49A 2ZYNA 5KDTA 2Z8EA 3B6QA 4YMBA 3JZJA 1NNFA 4QFOA 2BJJX 1ZU0A 4XTCQ 1ELJA 4KCCA 4NTLA 4PFWA 4G68B 2CZLA 3QSLA 1EZPA 4F1VA 4H8IA 3PD9A 4GXSB 1MG1A 5ELVA 5CBSA 4KPTA 4YKIA 1XHYA 1MM7A 3TTRA 4OXVA 1Y1MA 4RYAA 4IO3A 5F1QA 2DVCA 4Z7EA 3M3FA 4QHQA 2Q88A 1B7ZA 2A5TA 4U1OA 2DOJA 2ZXTA 1LGBC 2QS2A 2DWIA 1O63A 3G3IA 4PP0A 4XKQA 4MF3A 3IB0A 4I9DA 1R6ZA 1Y3PA 3MUQA 1XT8A 4QF9A 2ZYMA 4GFRA 1B5IA 3THIA 2OZZA 3O2AA 2Q2AA 3UORA 2OBGA 3TDJA 4IO7A 3ZS6A 4BDMA 2W7YA 4GVOA 2CMOA 1N04A 1IXCA 2AYSA 5BUUA 1M5CA 1Y4TA 4I62A 4GXAA 1FTLA 4YKPA 1NKXA 4H67A 4EXLA 3FZVA 4ELQA 1FCKA 1OVTA 2G93A 3ILTB 3QIMA 4G2ZA 3H06B 3R6UA 2Y7RA 4JWXA 4POWA 2UVIA 4X1DA 2X7PA 4ZZEA 3CSBA 4MBPA 3HN0A 2F7BA 1GGGA 2H9BA 1MXXA 5TP9B 2WKYA 3S9NC 1XC1A 3FASA 2Y7IA 2GRVA 2OWTA 3FXQA 3Q28A 4PFYA 3VDFA 1A8FA 1B4ZA 1B6HA 5FTIA 3MC2A 4EQ7A 4DLDA 5I57A 2REJA 1MXVA 1LSTA 5CM6A 3FGSA 4JBZA 3TTNA 1LCTA 3OOAA 5CMMA 4NF6B 4TQUQ 4LA9A 1Y3QA 1EH3A 4ZEBA 5AA2D 1WODA 5H8QA 4FIMA 5B7DA 3G3KA 3IB1A 1FTOA 1UQWA 1RKMA 5H8FA 3PUYE 5CMCA 4ZDMA 5M2VA 4BDRA 3IJOB 2QRYA 3RGYA 3H6TA 2F5XA 2RF1A 1JEUA 1ZJLA 2YPNA 1LAXA 5AA4B 3CFXA 1URGA 1B3HA 2ZNTA 3N94A 4NMYA 5I56B 2XXTA 4QFNA 1TT1A 1FQFA 4BDLA 1M5BA 5LOMA 3Q26A 4MLQA 1B51A 1B3FA 1MXUA 2VHAA 1IUDA 3TTMA 3AXFA 1Y20A 4DCXA 2R6GE 3PPOA 2Q2CA 5IAIA 1SI1A 5DEXB 1UTHB 1A55A 5A5XB 4EXKA 2V3TA 2GFEA 3BKIB 3VLWA 1DSNA 3WAFA 4ZEKA 3K00A 1GV8A 1URDA 1J1NA 4FORA 5CRYA 4YU0A 1ZIUA 1FQAA 4C1TA 2V84A 5AA3A 4LZ8A 1NH7A 3LSFB 3O29A 4OFJA 3A3UA 5DVFA 1LFIA 1IXHA 1I6QA 2DXRA 3IO6A 1FW0A 4G68A 1MY2A 4OESA 3CI8A 1P1UA 4KYDA 2V25A 1QUJA 1SW5A 1HSEA 3N6TA 2I3WA 2Z22A 1MY0A 2R71A 1BLFA 5DVIA 4U22A 2A5TB 2Z8DA 3TEPA 3S9EA 2HAUA 2IA4A 3FVNA 3SEXA 3S9MC 4U21A 3PUZE 1WVJA 2ZYKA 1N76A 2ZYOA 3OSQA 1VSOA 5H8SA 4NF8A 4Q0CA 1MQJA 3V89B 3W9WA 4ZE9A 4ECFA 3VE1B 3K1PA 2ALUA 1DPPA 4GF8A 3DP4A 1IEJA 5H8NA 1L5TA 1TXFA 2O6AA 2DQVA 4OTEA 1B0LA 5ITOA 4RK9A 4E0XA 2Y84A 1EZ9A 3LBSA 5JTYB 1LCFA 3WAEA 3O9PA 2F36A 1URSA 3M8UA 4F2QA 4O3AA 3RTFB 1FQDA 4U2RA 2XXRA 3T96B 3SEVA 1N84A 3C31A 4WKMA 3KJTA 4U23A 4UACA 2I0CA 4P11A 5I59A 1P1NA 2DWJA 3O66A 1PBPA 4F19A 2AL5A 3EHSA 3ILUB 1QUKA 4WXJA 3PUWE 2F6GA 4KI0E 4QSEA 1OLAA 4I8CA 3MPKA 2P0SA 3CSGA 5AA1A 1Z7ME 2GH9A 2DVZA 3PMXA 5HM4B 4GWOA 5I57B 3QUFA 1T0KA 2RKMA 4GL0A 3W9VA 1SW1A 1DPEA 2I4BA 3VXCA 3S4UA 1MRPA 2V3QA 3MVZA 1PBQA 1MY4A 1MDP1 5BWJA 3HV1A 3IB2A 3SDFA 1Q1KA 1US5A 5H8QB 1B46A 1H45A 1USYH 1FQCA 1QUIA 2F35A 1Z7NE 5H8FB 1JETA 3MVWA 2A5SA 3VVEA 3HHFA 5J1DA 2DE2A 3KFMA 4QFLA 4HW8A 3KN8A 2DP8A 1B5HA 3P7IA 4LATA 2ONRA 4JXIA 4O3CA 3C33A 3O6HA 3VV5A 3K0VA 2PBWA 3G3JA 1R9LA 3T66A 4OETA 1BIYA 3OO7A 2RCAA 4PFUA 3VVDA 1B7UA 1II5A 3T9VA 1NH8A 3PMWA 1B40A 4RXLA 3T9HB 1R1NA 4G8NA 4F3BA 4OQOA 1NL5A 4JSDA 4HTGA 3BFUA 2O69A 3IL1B 1SYIA 2UVJA 3QAXA 4Q30B 2HZKA 4YB5A 4R2FA 3IX1A 1CE2A 5I2KA 4ZZAA 3MZ1A 3EHTA 4JSOA 1QJMA 3QUJA 2H4IA 2R9JA 3C36A 4L17A 4F29A 5ICTA 4LZ5A 3FJGA 3T93B 1SYHA 4IY6A 1RYXA 4HS7A 2XXVA 4R72A 4YZZA 4XKRA 1A54A 4LQ5A 4IGTA 1MY1A 3FJMA 1VFEA 3G3HA 1JW4A 4NF8B 2Y7PA 5CMKA 2XXIA 3DLNA 4ELPA 4XKNA 3K02A 2DXYA 4R74A 4R6HA 4R6YA 3OENA 3TCHA 1XVYA 3TZAA 5H8NB 3GZGA 3DP8A 4PFTA 2QL3A 3Q25A 4RPOA 4XKPA 1Y3NA 5TPAB 3RQTA 1TFDA 3FIRA 3TKDA 3RUMA 3TQLA 3KJ7A 2ONSA 5B70A 4R73A 2OK2A 1SW4A 2UXAA 1FTJA 5JTYA 4PETA 1UIUA 3H03A 4N07A 2O7IA 5I59B 1OLCA 3FXUA 2QS1A 1H76A 1Y9UA 1B52A 2QMWA 4R75A 4F3PA 2XX7A 2ESNA 3O28A 3G7WA 4IO6A 2DS9A 5L9MA 3HPIA 3MP8A 2O7UA 2NOOA 4FE8A 2FNCA 3IK6B 5FHMA 3TTLA 5CI5A 4ND9A 3MW0A 4N13A 3EQ1A 1HSJA 2F97A 4UA8A 3IOTA 1EU8A 4FEBA 1GR2A 4ZEFA 2PT1A 1A40A 3U1OA 4KQPA 2YLNA 1US4A 3S2VA 4EUOA 1XVXA 1IIWA 3C34A 1NNKA 2IEEA 4KYSA 1FTKA 1YAEA 2FA7A 2ZNUA 1S7YA 5TU0A 1MXZA 2XD2A 2DYXA 3M3KA 3E13X 1N3XA 1B9JA 1M5EA 2XXXA 3O6IA 4HCWA 1ZLQA 4NWCA 2NVUB 3UK4A 5AE4A 5KCJA 3PPPA 3MQ9A 4FATA 4X9TA 4OENA 2H98A 3D4GA 4DZ1A 4THIA 4FAJA 1JVYA 4MFIA 1DTZA 4YMAA 4FEDA 4I1DA 3FV2A 4N6PA 3FJ7A 2QMXA 5DTBA 5CC2A 3T9XB 3TELA 1Q35A 1GTKA 2HQ0A 3SEYA 3FVKA 4ZE8A 4NF4A 5HPQA 2G29A 4AB6A 3FATA 1B0HA 3PV0E 1IZ1A 3CFLA 4ONYA 1UTBB 2O1LA 1MPCA 3FVGA 3TCGA 1LFGA 4POXA 4BDNA 2RC7A 4NWDA 4GLIA 1B5JA 3JV9A 4OEVA 1LBCA 5I2KB 3SKPA 4NF5B 2NXOA 2HXWA 3TFLA 4H5FA 1NNPA 1SD3A 1LB8A 3GXAA 1ZBMA 4P0GA 3IAZA 1LBBA 1JNFA 3BBRA 2HAVA 4IGRA 3IOUA 3V8XB 1MS7A 2XX9A 3TYHA 4G8MA 2XX8A 4OMBA 1R9QA 1SQYA 3C35A 4Q5TA 4EF1A 3IORA 4U4XA 3IO4A 3HSTA 2V93A 1IITA 5JEIA 3G3GA 2B3FA 1UIVA 3MWBA 3PGFA 4QRZA 3FXRA 2VOZA 1JEVA 3PUXE 1H44A 3OMBA 5TPAA 4KR5A 2XXUA 3T22A 1PB8A 2QJEA 2Z8FA 5AA2A 3E3KA 3TAJA 1FTMA 3KSJA 4PE5B 3T9UA 3MP1A 4LP2B 4DDDA 1MQGA 4JWYA 1S50A 3TCFA 1ZTYA 4FJPA 3N6UA 1SBPA 2F6PA 3CFZA 3PPNA 4U4SA 4C0RA 1WDNA 4YB7A 1TWYA 4LONB 4EQ9A 1JQFA 2DSFA 1QKAA 1XOCA 4EF2A 3LSWA 3VLUA 4R9GA 2AIXA 3KEIA 3VVFA 3MJNA 3IOVA 3FVOA 1B2HA 1OQHA 1CB6A 3QXMA 4G68C 2I0BA 2OLBA 4ESWA 3TQWA 1MXYA 4KYEA 1MM6A 1VE4A 4WEDA 3DP6A 2D5WA 3E4RA 5JK4A 3OELA 5ITPA 3N5LA 1AIVA 3ZKKA 2DWHA 3LUYA 4F3SA 2HEUA 4F22A 3MZ9A 1PDAA 1A99A 2VD2A 3JYRA 2OWSA 3FD3A 1P1OA 4H0WA 3OEMA 3IJXB 1I6BA 1MPBA 4F2OA 1GVCA 3MZBA 5KCJB 1JW1A 2O51A 4LUBA 3C4MA 1MH4A 4BDOA 2KLFA 2OCUA 1N3WA 1S9TA 2F7AA 3EF7A 2F34A 1I6AA 3C32A 4BLAA 5I2NA 4NF4B 1RYOA 2NUVA 4BDQA 3S9LC 1ANFA 2XHDA 4KD5A 1D3KA 2PMSA 4C1UA 2I3VA 3OO6A 4QSCA 3E9XA 4M1VA 1YTVA 1YPNA 4NEDA 3KOSA 2HFBA 2Y7KA 2V3UA 3KG2A 3K6UA 1PB9A 3H7MA 5EHSA 1UTBA 1N0TA 4JWOA 4LQ2A 1B3GA 4XIGQ 4ZECA 1TFAA 1AOVA 4F31B 5I58B 2QPQA 4QSDA 1MH3A 3RY3A 4JDFA 4IO5A 2QS3A 1BTJA 2B65A 4NF5A 4R6KA 2XXYA 1IXGA 3KBRA 1B1XA 3RTWB 3TUSA 3QYTA 3L6HA 3DELB 5K2YA 3TMGA 3RLFE 4RPNA 3QK6A 4GIZA 5FHOA 1OIBA 5FHNA 4ISUA 2VD3A 1LAHE 2Q89A 4X1BA 3KOTA 3H4ZA 3IOWA 1VFDA 4H1XA 2PVUA 1AH5A 5EHMA 3USDA 3ZKLA 5IKBA 3CR9A 3PU5A 1LAGE 2DE3A 4MH5A 2X7QA 3ZSFA 1QKBA 2ABHA 4M4GA 3SESA 2AL4A 1H3DA 4RK2A 4ZEDA 3KGCA 2ZNSA 3RPWA 3N26A 4OERA 5AA2B 2XXPA 5I84A 1LLSA 3D4CA 1MXWA 1SDXA 3G3FA 3MP6A 2H25A 4DIGA 1M5FA 3OD7A 4OYVA 3M3LA 1MQHA 5CBRA 2I48A 4JB7A 2XXQA 3K6XA 4GL8A 1B58A 2QS4A 4GRKA 1NMUA 4IO2A 2YJPA 1P1WA 2E0SA 2HCAA 4G4PA 3EHUA 2ANJA 1SVXB 4ZS9A 1MQDA 3GLBA 3K1NA 2XXHA 1SW2A 3B7DA 1A8EA 3RT8A 4F3GA 3GBBA 4F18A 3TTKA 4G77A 3O6GA 2RINA 4G8HA 2B3BA 2GHAA 1EZOA 3V5AA 4WEPA 3Q27A 2RC9A 1AL3A 3UN6A 3VLVA 4YAHX 1N7XA 1NNTA 1QW0A 1YCJA 1FQBA 4TOZA 4H8JA 4Q8RA 3LSLA 1Y4CA 3UA8A 3SEWA 3DM0A 3SEUA 1LFHA 1HSLA 5H8HA 1KWHA 4OVJA 1ZKBA 5DYHA 5KZTA 3OO9A 2UYFA 3K6WA 1D4NA 5ISUA 4K3FA 1MY3A 2P2AA 1B1HA 1OMPA 2REGA 4IB2A 4R2BA 3LR1A 5I2NB 3MBPA 2RCBA 4RA1A 4Z0IA 3I5OA 2PYYA 4RNSA 1BKAA 4OFOA 4DE8A 4LVQA 5ICQA 3OSRA 1FQEA 3PPRA 1JW5A 4HCYA 2M8CA 5L9SA 5HBCA 3OO8A 3RN8A 4O3BA 3UP9A 4F1UA 4XXUA 4ZEIA 5FTHA 1BP5A 2O68A 2D3IA 3ONMA 3RT6B 3FUZA 4NE4A 2RC8A 5F7VA 1PC3A 3K2DA 2E1SA 4E0WA 4QFKA 3KN7A 2VGQA 1VR5A 2UVGA 4QFPA 3B6TA 5KDTB 4OEUA 1IQ7A 3GBAA 5I58A 4YKJA 4PQJA 1N7WA 4OZ9A 1P99A 2O84X 1B3LA 1JVXA 1ATGA 4OWDA 3LC8A 1QULA 3I3VA 3EN3A 4KHZE 1D9YA 3UIFA 4EQBA 1DOTA 4H65A 5L8DA 4YB6A 3K01A 3H6WA 4OHNA 3K4UA 3U72A 3PUVE 1D9VA 2XD3A 2X26A 3A3CA 1OVBA 1O64A 2I6EA 1QVSA 1DMBA 4RJZA 5CMBA 1AMFA 4OFLA 1LAFE 3SERA 2THIA 2VP1A 3CG3A 3SETA 2OJTA 1Y1ZA 4ESXA 3CG1A 4X48A 1NFTA 1H43A 4DXCA 4U1ZA 1LB9A 1PEBA 1ZMGA 3I6VA 3CIJA 4RY1A 2I58A 3PMVA 1SI0A 3TODA 3OEKA 1POTA 1OQGA 4GQOA 4P0IA 3R7XA 2P1SA 1I69A 4KFQA 3CVGA 4AQ4A 3VFJA 1B7HA 2FYIA 1F9BA 1M5DA 3H6UA 2XXWA 1MPDA 3O97A 3KZGA 2GHBA 2QSXA 3R26A 2NWJA 1O7TA 3U8QA 5EYFA 1POY1 4TLMB 1USYE 4H5GA 2ONKE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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