4NF6B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and ppda
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
280
structure length
278
Chain Sequence
b'DDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein, receptor
total genus 84
structure length 278
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf6B02
1NKXA 2UXAA 4EDPA 1A8FA 3TTMA 3B6WA 5A5XB 2YPNA 4IO6A 3H6TA 2ESNA 1MH3A 1B9JA 1AIVA 3OOAA 4FAJA 3TTKA 2LAOA 1N84A 4F39A 4GF8A 4OVJA 2DE4A 4POWA 1B46A 4F1UA 2Z22A 3IJOB 5L9OA 2FNCA 2XXHA 3U94A 3QUJA 2B3FA 1NNFA 3C32A 2D5WA 2O84X 5L8DA 4H5GA 2XXVA 1WDNA 3EHSA 3D4GA 3FJ7A 2DSFA 4LUBA 3KOSA 4H5FA 1B3LA 1B5JA 1R1NA 4KYEA 1J1NA 2UVHA 3TYHA 4C1TA 3RTWB 1URSA 5AA4B 1OVBA 1XT8A 3GBBA 2BJJX 4X9TA 4EXLA 3IAZA 3S4UA 2PYYA 3UORA 5CMCA 1B0HA 4R2BA 1MPBA 4XIGQ 4ZE9A 3C34A 3JV9A 4ELRA 1LFGA 1SYIA 2B3BA 4QSCA 1B7ZA 3FVOA 4RYAA 2P2AA 5I57A 1JW5A 1PC3A 2Z8EA 4MBPA 2ONRA 3TQWA 3DELB 2DWIA 3MWBA 2Z8DA 4N07A 4ELPA 1XHYA 3TEPA 4IB2A 3RN8A 4PFTA 1FW0A 5EHMA 2DXRA 1LBCA 4L17A 1PB7A 5J1DA 4NWCA 2XD2A 3N94A 4NF8A 3CFXA 1AL3A 4BDQA 4U1OA 3QIMA 2RKMA 4F2OA 1SVXB 3MJNA 3H4ZA 3VE1B 5FTHA 3K2DA 1AH5A 1QUJA 4YB5A 2P0SA 2OCUA 2W7YA 2QJEA 2D21A 1MY3A 3RT6B 4G77A 1YCJA 4DZ1A 2E0SA 4DIGA 4MLVA 3O6IA 5EYFA 4X48A 2Q8JA 1NNTA 1PEBA 3RNNA 3FVNA 1S9TA 1ZU0A 2I4BA 1SW1A 3FZVA 1T0KA 3OENA 3V83A 3O6GA 2QRYA 3TCGA 2XX9A 1NH7A 4IO7A 4KI0E 4OZ9A 3FJGA 3L6HA 3RY3A 1TFAA 2O1MA 3R7XA 3O6HA 3DM0A 2GFEA 4WKMA 3R26A 2VP1A 3U72A 1P1NA 4G68B 1ANFA 3CG1A 4EXKA 1LLSA 2RC8A 4NWDA 4R6KA 1XVXA 3TZAA 1IZ1A 4ESWA 5I2KA 2Q9TA 2ZMBA 4DCXA 2HQ0A 4U22A 4Q0CA 5F1QA 4F3BA 1MY4A 1H45A 2Z8FA 3H6UA 4GQOA 5I2NB 3U8QA 3A3CA 3D4CA 3KJTA 1P1UA 2YJPA 3MUQA 2I58A 1P1OA 3K6XA 2XXIA 4F31B 4PFYA 1B6HA 1VR5A 3MW0A 3HCQA 3T96B 3K1MA 4QSEA 3IB1A 4LZ7A 1ZTYA 3SEWA 2A5TB 2D3IA 4PFUA 3VDFA 1QW0A 4ND9A 1MQGA 1B32A 3M3KA 1P99A 4X1DA 5AA2D 4YB6A 5AA2A 2ZNSA 3S9EA 3IB2A 2HEUA 1GR2A 3SERA 1JVXA 4FECA 1UQWA 2V3UA 3KFMA 2R9JA 1QULA 5CC2A 1TT1A 1MH4A 1PBQA 4EQ9A 2NXOA 3Q27A 1LAHE 4DXCA 2H98A 1ZMGA 1B5IA 5H8FB 4LATA 3S9LC 1VFDA 4DXUA 3W9VA 4H67A 1MDP1 5DVFA 1HSJA 4H65A 5DT6A 2VHAA 1H44A 3OSQA 1PDAA 3KEIA 3MBPA 3M3FA 4KR5A 3H03A 3C31A 2XXTA 3HPIA 3PU5A 2UYEA 4F1VA 4F22A 5CMBA 1OLCA 2RF1A 1UTBB 3PV0E 3WAEA 4QFLA 3Q26A 1II5A 5ISUA 1N3WA 4H8IA 4RY1A 4EUOA 5CRYA 3H6WA 4R6YA 1JW1A 3DP6A 3GLBA 4AQ4A 1R6ZA 4JSDA 1N0TA 2O7UA 1FTOA 4GD5A 4ZEBA 5K2YA 4QSDA 5JTYA 3LR1A 1SBPA 2GRVA 3CIJA 1S50A 4OFOA 3LC8A 2F97A 3K02A 2O1LA 3BFTA 1RYOA 4EQ7A 4HW8A 4R9GA 4R9FA 2Y7IA 4G8NA 3MC2A 1H43A 4XKPA 4LA9A 5TP9A 2Q2AA 3MAMA 2QMXA 4O3AA 1IXHA 4QFPA 4JSOA 1SDXA 2DWHA 2F34A 2Y7WA 2I3VA 1LFIA 3TPAA 2XXXA 1B4HA 1LBBA 3PMVA 4GXAA 4IO4A 5ICQA 1MY2A 1EH3A 4RXLA 4RK2A 3N6TA 5I58A 4THIA 1RYXA 3SEYA 2O6AA 3CFLA 2REJA 3RGYA 4C1UA 3VV5A 2XX8A 4RNSA 1MRPA 1N7WA 5CMKA 1PB8A 1SI1A 2XX7A 3B6QA 3VVEA 3KGCA 2ALUA 3O9PA 3W9WA 1USYE 1D3KA 1P1WA 3WAFA 3U92A 1WODA 3SESA 3IO6A 4GWOA 2RC9A 3UGWA 5L9MA 1TXFA 4DDDA 3GBAA 2R71A 2QS2A 2Z23A 4MF3A 3LSXA 2XXWA 2QMWA 4OYVA 1A55A 3E9XA 4LZ8A 3SEVA 1PB9A 2GHAA 4GL8A 2Y7RA 4YZZA 3S9NC 3GZGA 1VFEA 3MZ9A 4ZEDA 3G3GA 1MY1A 4XKNA 4YB7A 1LCTA 1FCKA 4OEUA 2REGA 3HSTA 4H8JA 2DXYA 1I69A 2H4IA 2H5YA 5IAIA 5DTBA 1SW2A 5H8NB 1B52A 3T93B 1IXGA 5HM4B 4HS7A 5A5XA 3PUXE 2IA4A 3VVDA 1ELJA 1N04A 1LFHA 4KCDA 3SDFA 4R73A 3CFZA 4U1ZA 3TELA 1XC1A 1IXIA 5DVIA 3N6UA 3TMGA 1EZPA 5KZTA 1B3HA 4GRKA 4LONB 4BLAA 2QL3A 2V25A 1DPPA 1HSLA 1Y20A 1JQFA 2AIXA 3PMWA 1M5DA 2V84A 3CSGA 2QS1A 1O63A 1KWHA 4RK9A 4Q5TA 5F7VA 5H8QB 5M2VA 3FXRA 1BP5A 3I5OA 3T22A 1EU8A 4NMYA 5CBRA 4MH5A 1JEUA 1POY1 5AA4A 1B2HA 1MQHA 4ZECA 3T9VA 5I56B 3MZBA 4IO5A 3IOUA 5ITPA 2RC7A 3H7MA 2O7IA 4OESA 2ONKE 3PUVE 1BIYA 4KFQA 3FXQA 4R74A 1DTGA 4U21A 4M4GA 3VXCA 1TWYA 3TFLA 1M5BA 1EZ9A 4IY6A 1Z7ME 2PX1A 2XHDA 4U4XA 2H9BA 5AA3A 4IO3A 2I48A 4GIZA 1ZBMA 1B40A 3OSRA 4LQ2A 3KOTA 3C4MA 2DQVA 4E0XA 2X7PA 3E13X 5CBSA 3QUFA 1US4A 3PUYE 5JK4A 2Y7KA 3MP8A 4BDOA 4OFJA 2HCAA 3UA8A 2THIA 3O2AA 1UTHB 3HV1A 5FTIA 1XVYA 2NUVA 2ZYMA 3I3VA 1OMPA 3VFJA 4QHQA 3QXMA 1LAFE 3P7IA 3S2VA 3PGFA 4WEDA 3PPNA 5I59B 4TOZA 1SD3A 4KYSA 3IB0A 3G3KA 3ONMA 2DVZA 2OLBA 5IKBA 2V93A 3ILUB 3IK6B 3MP6A 4G68C 5K2XA 4POXA 1MXYA 4U23A 3UN6A 4RA1A 3K00A 5TU0A 2ZYKA 3KSJA 2ONSA 1GGGA 1MDQA 1B58A 4P11A 4E0WA 5JEIA 3IX1A 4G8HA 1SQYA 4I62A 3MVYA 4JB7A 2HAVA 4LP2B 4G68A 4WEPA 2HFBA 1B5HA 3USDA 1SYHA 5KCJB 4KPTA 1PBPA 3LSFB 4O3BA 4F3SA 3FXUA 2IEEA 2AL5A 4RJZA 1A99A 1OLAA 4NF5B 2OBGA 2QS4A 1OVTA 1Y1MA 1AMFA 4PQJA 5I2NA 2HAUA 1R9QA 1MM7A 3BKIB 4BDRA 2PT1A 3RT8A 1URDA 4KYDA 3SEUA 1MQDA 4M1VA 4BDLA 2H99A 3G3IA 5TPAB 4OXVA 3TCHA 1O7TA 4EF2A 3E3KA 3RPWA 2XXRA 4U4SA 4PETA 1Q35A 3EHUA 4NF6B 4JWXA 2OZZA 4MLQA 3G7WA 2A5TA 4IY5A 1NL5A 1M5CA 1SI0A 1Y3QA 2PMSA 1MXXA 3EF7A 4N13A 1A54A 5KDTB 3A3UA 3HO7A 3KN7A 5DEXB 1FQFA 3SEXA 4PFWA 4QFKA 1FTJA 1MXVA 1ZJLA 1ZIUA 1DSNA 3ZS6A 4F1YA 1D4NA 3V89B 3V8XB 3ILTB 3ZSFA 3IOWA 1USYH 3B6TA 2G93A 1TFDA 5H8HB 2F5XA 2F78A 4R6HA 5H8FA 4IGTA 4R2FA 3VXBA 4RPNA 1LCFA 3M8UA 4ZE8A 4K3FA 3SKPA 4QFOA 4H1XA 3A09A 4GFRA 4NF4B 3T9UA 4IGRA 2ZXTA 4GL0A 4PE5B 2P1SA 3IO4A 2DYXA 3FD3A 5CMMA 3C9HA 2NOOA 2I0BA 3FIRA 3MZ1A 4OEVA 1YTVA 1N3XA 4GLIA 3N5LA 3FUZA 4KQPA 1UTBA 3IOTA 2DE2A 1SW4A 3PPOA 4XKRA 4I9DA 4DCYA 1VE4A 2VGQA 1MXZA 3K6WA 3KSXA 1DTZA 2ZYOA 5HBCA 4ZEFA 4QF9A 4F19A 4QFNA 3OO9A 5L9SA 1D9YA 3IJXB 1JETA 2DP8A 3C36A 4FIMA 1M5FA 2HZKA 4OMBA 1Y9UA 3FV1A 1LGBC 1FQBA 1B7UA 3KZGA 1B7HA 3LBSA 1US5A 1YAEA 1F9BA 2HZLA 1B3GA 1FTLA 3CRBA 3TDJA 3EN3A 4U2RA 2DVCA 4I8CA 3TAJA 2ANJA 4YAHX 1QUIA 3RQTA 2QS3A 3IOVA 5LOMA 3UK4A 1MQJA 3SETA 4F2QA 3TTLA 3T9HB 1A7LA 2O69A 2E1SA 4GVOA 4FE8A 2DOJA 4FATA 1FQDA 3OD7A 2F7CA 2DWAA 2VD2A 1OQGA 1FQAA 2R6GE 2OWSA 1BLFA 2AYSA 4OENA 1P1QA 2DWJA 1LAGE 3QYTA 4DXBA 5H8SA 4ESXA 3OEKA 3TQLA 3MVWA 2OJTA 1ZKBA 4F3PA 2FA7A 5I84A 3QAXA 3K4UA 2I0CA 2V3QA 3LSWA 1AOVA 1NNKA 3EQ1A 1FQEA 4QRZA 4F18A 2NWJA 1UIVA 5I57B 1MG1A 1FTKA 2PT2A 3KG2A 3LSLA 2QPQA 3DP4A 2O68A 3PPPA 4UA8A 1LAXA 4XKQA 5ELVA 1UIUA 4F3GA 2Y7PA 4NF8B 1N7XA 2QSXA 2KLFA 1JVYA 1Y4TA 2UVGA 3ODBA 4ONYA 3PUWE 3C35A 3CI8A 2M8CA 3O29A 1H3DA 3L6GA 1H76A 2ZYNA 1QKBA 4RPOA 3Q28A 2B65A 3K1PA 5H8NA 4Z0IA 4LQ5A 3ZKLA 5EHSA 4GOTA 2F36A 3QK6A 1LSTA 3W15C 2OK2A 1FQCA 2FYIA 4ZEKA 5AA1A 4G4PA 4R72A 2ZNTA 1D9VA 2I6EA 2Q88A 1GV8A 2F7BA 4YKIA 4HCYA 2RCAA 4TLLB 3CSBA 3N26A 4NE4A 3KN3A 1IIWA 3O97A 3B7DA 3K0VA 1CE2A 1B0LA 3RUMA 4YKPA 5H8QA 1NMUA 2RINA 3EHTA 4MFIA 3UP9A 1IEJA 1OQHA 5I2KB 3H3GA 4YICA 1RKMA 4BDMA 4ELOA 3F11A 3PD9A 4C0RA 2GH9A 5I56A 3FJMA 2ZNUA 1I6AA 1N76A 4KHZE 3JZJA 3MPKA 2X26A 3HHFA 5DYHA 3G3FA 3VLVA 1FTMA 4YMBA 2XXPA 3T9XB 4FEBA 3CR9A 3T66A 3R6UA 3DLNA 2XD3A 5CI5A 4P0IA 1O64A 1QJMA 3VLWA 4ZDMA 3G3HA 1URGA 1MXWA 1B3FA 4YMAA 1NH8A 3TTNA 2XXUA 3Q25A 4EQBA 4R75A 1MY0A 2F35A 2F7AA 3PPQA 1R9LA 3AXFA 3BBRA 4ZEIA 2NVUB 3OEMA 1ATGA 2OWTA 4OETA 3VVFA 5AA2B 2UVJA 3PPRA 2AL4A 1IXCA 4KD5A 4NEDA 3U93A 1GTKA 3OO7A 3RTFB 1MXUA 1BKAA 1A8EA 4O3CA 3OO8A 5ITOA 4JWOA 1UTHA 3TUSA 4YKKA 4YU0A 4HTGA 5BWJA 4LVQA 3FGSA 1GVCA 5I59A 1IQ7A 3PMXA 2I49A 4OERA 1LB8A 2XXQA 3H06B 3TKDA 1LB9A 3KBRA 2ABHA 3UIFA 3O66A 4IO2A 3TODA 4BDNA 2Y84A 1JW4A 4JDFA 4ZZAA 2F8DA 1I6QA 1WVJA 2A5SA 1Q1KA 3K6UA 3OO6A 4FEDA 3BFUA 1IITA 4OHNA 3FVKA 2YLNA 3GXAA 1IUDA 4ECFA 4OWDA 4AB5A 1DOTA 3RLFE 4TQUQ 5KCJA 4OFLA 1YPNA 4GXSB 2XXYA 1QVSA 1Y3NA 3MPLA 4ZS9A 1DPEA 1B05A 3TTRA 4P0GA 1POTA 3JYRA 4NF5A 4NTLA 3V5AA 1QUKA 5JTYB 3OXNA 3HN0A 2CZLA 5B70A 1DMBA 3KJ7A 2VD3A 3IORA 2Q2CA 4JWYA 3IR1A 4G8MA 5TPAA 3LUYA 3K6VA 3IL1B 4ZZEA 2V3TA 3EPEA 1Z7NE 4NF6A 5DVJA 1Y4CA 1B3EA 5HPQA 3DP8A 3FV2A 4EF1A 4N6PA 3MVXA 1CB6A 1OIBA 5TP9B 3VLUA 1Y1ZA 2DS9A 1Y3PA 4FJPA 4PP0A 5KDTA 4OTEA 1HSEA 3OMBA 5DEXA 2HXWA 1JNFA 2F6PA 3KN8A 3S9MC 2F6GA 5B7DA 3M3LA 3O28A 3E4RA 1JEVA 3FVGA 1SW5A 3MQ9A 3G3JA 1NFTA 2Q89A 2G29A 2X7QA 3FATA 3Q29A 1EZOA 4Z7EA 1S7YA 3K1NA 5I58B 2CMOA 5H8HA 5FHNA 5ICTA 3K01A 4Q30B 2I4CA 2H25A 2RCBA 1M5EA 4UACA 1XOCA 1L5TA 1B1HA 3MP1A 3MVZA 3ECRA 2PBWA 5BUUA 5AE4A 4ISUA 5FHMA 1A40A 4NF4A 1NNPA 1B1XA 3OELA 4ELQA 3U1OA 4JBZA 3I6VA 1MPCA 4XTCQ 3CVGA 1ZLQA 2UVIA 1I6BA 1MQIA 3THIA 3QSLA 4YKJA 3TCFA 1BTJA 3H6VA 4I1DA 4F29A 2GHBA 3CG3A 2DE3A 5FHOA 1MPDA 2WKYA 1MS7A 2VOZA 4H6DA 3HHGA 1B4ZA 1QKAA 2PVUA 4JXIA 4G2ZA 2I3WA 3PD8A 4XXUA 3ZKKA 4FORA 4KCCA 4AB6A 1XS5A 4TLMB 4DE8A 1VSOA 4H0WA 2UYFA 3C33A 4LZ5A 4HCWA 3PUZE 4WXJA 2O51A 1B51A 4X1BA 1MM6A 4DLDA 4Q8RA 4OQOA 5CM6A 3FASA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NKXA 2UXAA 4EDPA 1A8FA 3TTMA 3B6WA 5A5XB 2YPNA 4IO6A 3H6TA 2ESNA 1MH3A 1B9JA 1AIVA 3LV0A 3OOAA 4MEVA 4FAJA 3TTKA 2LAOA 1N84A 4F39A 4GF8A 4OVJA 4PF8A 2DE4A 4POWA 1B46A 3MYUA 4X04A 4F1UA 2Z22A 3IJOB 5L9OA 2HXRA 4N81A 2FVZA 2FNCA 4PFIA 2XXHA 4PCDA 3U94A 3QUJA 2B3FA 1NNFA 1AWBA 3C32A 2D5WA 2O84X 5L8DA 4H5GA 2XXVA 1WDNA 3EHSA 3D4GA 3FJ7A 2DDKA 2DSFA 4LUBA 3KOSA 2OWZA 4H5FA 1B3LA 1B5JA 1R1NA 1LBZA 1J1NA 4KYEA 2UVHA 3TYHA 4C1TA 4N4UA 4O8MA 1URSA 3RTWB 5AA4B 1OVBA 1XT8A 3GBBA 2BJJX 3IFCA 4X9TA 4EXLA 3IAZA 3S4UA 2FIXA 2PYYA 3UORA 2F3BA 5CMCA 1B0HA 4R2BA 2VT5A 1MPBA 4XIGQ 4ZE9A 3C34A 1NUWA 3JV9A 4ELRA 1LFGA 1SYIA 3ISPA 2B3BA 4QSCA 1B7ZA 3FVOA 4RYAA 4N91A 2P2AA 5I57A 1JW5A 1PC3A 2Z8EA 4MBPA 2ONRA 5ET5A 3TQWA 5EQ9A 3DELB 2DWIA 3MWBA 1FPLA 2Z8DA 4PBQA 4N07A 4ELPA 1XHYA 3TEPA 4IB2A 3RN8A 4OVSA 5DW8A 4PFTA 1FW0A 2WBBA 5EHMA 5LTCA 2FIEA 2DXRA 1LBCA 4L17A 2QVUA 1PB7A 4MNIA 4PFBA 5J1DA 4NWCA 2XD2A 3N94A 4NF8A 3CFXA 1AL3A 4BDQA 4U1OA 3QIMA 2RKMA 4F2OA 2P3NA 1SVXB 3MJNA 3H4ZA 3VE1B 5FTHA 1FPKA 3K2DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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