2O84X

Crystal structure of k206e mutant of n-lobe human transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVEHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Serotransferrin
publication title Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Metal transport
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X02
3G3JA 4ESXA 5DVIA 4EQ7A 1ZTYA 3C34A 3CI8A 1FQEA 4U4SA 3CVGA 3RLFE 4DE8A 2XXRA 1VFEA 3OELA 4IO2A 3CFLA 3MVZA 3UIFA 2O6AA 5H8NB 3PPNA 3WAFA 3KN3A 1B7HA 1O64A 1AMFA 1FW0A 1P1OA 4YKPA 1LSTA 4RPOA 1MY3A 4RY1A 2Q89A 3HCQA 4X48A 4DCYA 4KR5A 1EH3A 1D3KA 4IY6A 3IL1B 3IOVA 3DP4A 3OO7A 4FJPA 3FVOA 3LC8A 1A54A 2VGQA 3H6UA 4XXUA 2M8CA 2I4CA 4GRKA 3TKDA 4ESWA 2HFBA 3SEXA 5IKBA 3MW0A 2Y7KA 5I56B 4GF8A 1MH4A 4JWXA 3DM0A 2DWJA 3SEVA 1LAHE 5H8SA 2DE4A 2YJPA 5CM6A 4IO5A 4JSOA 1UTHA 2HAUA 2XXXA 3C32A 4ZE8A 3F11A 2F7CA 3FATA 3CG1A 2ALUA 2VD2A 2XXPA 1LGBC 3MVXA 2HCAA 3MZBA 3GLBA 3A3CA 4EF1A 4QFPA 4OETA 1B51A 3TTKA 4MFIA 1MS7A 2DP8A 1D9VA 5I58A 3K6WA 1AIVA 2OWSA 4ONYA 2O69A 3VVFA 2XXHA 4G77A 3FV1A 3CSBA 1B2HA 3G3GA 4ELRA 3RNNA 3PPRA 5I84A 1LAGE 3PMXA 4KCCA 3BKIB 3MWBA 2ONRA 2QSXA 3GBAA 3PUYE 3O97A 1OVTA 4E0WA 2DWIA 4I1DA 3QSLA 5AA2D 1A8FA 1SW1A 1GV8A 2F35A 1Z7ME 3EN3A 4BDOA 2ZYKA 3TPAA 3KG2A 1MQHA 4YB7A 4H0WA 2RINA 5L9SA 2F6PA 3Q25A 4GOTA 1MG1A 5EYFA 1ZU0A 1MXVA 4BDMA 2PT1A 1PBQA 5JTYA 3QUJA 3H6WA 3TEPA 4OFOA 2F78A 1JQFA 4KPTA 2OCUA 4BDRA 4NF8A 4ELOA 1SI0A 3CR9A 1LCFA 4R6HA 2QPQA 4U2RA 2HXWA 2HQ0A 3RT6B 3TELA 4IY5A 3UP9A 1NH7A 1ATGA 1WVJA 3TMGA 4EUOA 1DPEA 2ABHA 1A40A 2REGA 4H65A 3TTRA 1SDXA 3SKPA 3MPKA 1B5JA 2UYEA 1P1WA 4MLQA 4ZEKA 3ECRA 3FJGA 3CIJA 1OLCA 4ECFA 4GFRA 5I57B 5IAIA 5JTYB 1OIBA 1NKXA 1MY1A 5JK4A 4Q30B 2DE2A 4DXCA 3GZGA 3W9VA 3KN8A 4NF8B 3MPLA 1Y1ZA 3H6VA 1DTZA 3FVNA 1ZJLA 4F22A 4ELQA 1NNTA 3ZSFA 2I4BA 1D4NA 4F1UA 2O84X 2ZYNA 5TPAB 1TFAA 2DS9A 1XT8A 4YKIA 1NH8A 2LAOA 5DTBA 3ZKLA 3LBSA 3TUSA 2FYIA 4LA9A 4R6YA 4ZEIA 1URSA 3MBPA 4XKRA 4JBZA 3IOUA 3DP6A 4P11A 3QK6A 1DSNA 4NF4A 3FASA 4O3BA 3T9XB 3MP1A 4XTCQ 4H5GA 4KI0E 1Y9UA 4G8MA 4ND9A 3U8QA 1YTVA 4LZ7A 3TCHA 3W15C 5DYHA 3KSJA 3DP8A 3ZKKA 2V3UA 3TZAA 1UTBB 2RC9A 4O3AA 1A7LA 1PBPA 5CI5A 5DVFA 2Q8JA 4QSCA 1MDQA 5CRYA 3ILTB 3UN6A 1PDAA 3VLWA 1Q35A 4G8HA 1O7TA 4FECA 1NL5A 3OEKA 3PD8A 2ZNTA 5TP9A 4KFQA 1OVBA 3IJXB 5B7DA 4OERA 2NOOA 1Y4CA 2F6GA 4U1ZA 2GH9A 3R26A 1LBCA 1LBBA 3RQTA 1MY2A 2AYSA 3O28A 3FV2A 4XKQA 2I3VA 1B4ZA 1IXIA 3I3VA 3K6UA 1MM6A 2DXRA 1ZLQA 5DEXA 3BBRA 3TCFA 5CMCA 5HPQA 3PMWA 2RF1A 3SETA 4NE4A 3U93A 5TP9B 4WEPA 1MY0A 1TT1A 4DZ1A 1B9JA 1NNKA 4QHQA 3VV5A 1PB9A 2ONSA 2DE3A 3SDFA 1YAEA 1QULA 2GFEA 3PUVE 1FQDA 1NFTA 5B70A 3RGYA 2O51A 2UVGA 1SW5A 2FA7A 3O6GA 1SI1A 5DEXB 1B6HA 1H44A 4DDDA 5I59A 2Y84A 1MQGA 3KJTA 4ZS9A 3KZGA 4KCDA 3TQWA 4BLAA 1PB8A 4NMYA 3V5AA 4GVOA 3CRBA 1PEBA 1IUDA 2PX1A 2F7AA 4BDLA 2XXUA 4C1UA 4OEUA 3LR1A 5BWJA 2X7QA 4F18A 2PT2A 3IORA 3H03A 4EQ9A 4ZE9A 1AOVA 2QL3A 2O1LA 3B7DA 3CFZA 4ZZEA 1MPDA 3C36A 5FHOA 4R9GA 1GVCA 2VOZA 5I2NA 1KWHA 4Z0IA 3IO6A 1JNFA 2H9BA 2V3TA 4GIZA 3K1NA 1B7ZA 1PB7A 3C9HA 1M5BA 1CB6A 2D5WA 3HO7A 3E3KA 3OSQA 1XS5A 1FTJA 4LQ5A 3B6QA 4OMBA 4RNSA 4RJZA 4POWA 3O6HA 3IR1A 2QS4A 3KGCA 5I56A 4F19A 2I0CA 2NVUB 2Z8DA 4EQBA 3M3KA 4G68A 2O7UA 2VD3A 2Q2CA 1B3GA 3SESA 1EZ9A 5I2NB 4EXLA 3HHFA 5ELVA 3D4CA 1JVYA 2ZMBA 1XVYA 1SW4A 1LB8A 4IO3A 3D4GA 3U94A 1MRPA 4R73A 4F2QA 2Q88A 1MDP1 4OTEA 2ZYOA 2Q2AA 3K1PA 5LOMA 5ITOA 2HZKA 3IOTA 4MLVA 4C0RA 3IB2A 2UXAA 4G68B 2P2AA 4LATA 1SW2A 1Q1KA 4G2ZA 3SEUA 3PUXE 4UA8A 2D3IA 2PYYA 2XHDA 1QUIA 4IO7A 4OFJA 3PGFA 3CSGA 2UVJA 2Z23A 1R9LA 3T96B 5H8HA 1WODA 4ZZAA 3EF7A 3S2VA 3R7XA 2HEUA 1OLAA 4KYSA 1QKAA 1YPNA 4DIGA 4OFLA 2Z8FA 2DWAA 2RC7A 3I6VA 4YKKA 1WDNA 4U22A 2DQVA 3K6XA 3CG3A 2ZXTA 2F8DA 1ZMGA 1A99A 1MM7A 2E1SA 3U92A 4THIA 2B3BA 1B3EA 3FJ7A 5K2XA 1Y1MA 1FQCA 3G3KA 4U23A 3PU5A 4R72A 3FVKA 2D21A 5H8HB 3T66A 1M5FA 3RT8A 4R2BA 1N0TA 4WKMA 4LONB 1JW4A 3RN8A 4EXKA 4BDQA 1XC1A 1URGA 5K2YA 5ISUA 1SYHA 3VLUA 5I57A 3EPEA 2HAVA 1MXZA 1PC3A 4TOZA 3V8XB 2UYFA 5FTHA 4RXLA 3Q27A 4OXVA 3OO9A 5H8FA 1USYH 1US4A 1LFHA 2XXWA 5TPAA 3Q26A 3G7WA 4GWOA 4F3GA 4YB6A 3KN7A 4OQOA 4LZ5A 1NNFA 4LUBA 3HSTA 4WEDA 3N5LA 3TQLA 4R6KA 1IIWA 3PMVA 3FXQA 3O66A 2FNCA 1B1HA 2IEEA 5AA2A 3GBBA 2V25A 1B46A 4YB5A 3MJNA 1OQGA 4QF9A 4FEDA 4LVQA 4LP2B 5KCJA 2RCAA 3S9LC 1IXCA 1H76A 5H8FB 5I2KA 3K1MA 4PFYA 1I6AA 1JVXA 4F3PA 2H5YA 1UTBA 4YMBA 4QFLA 2NWJA 2IA4A 3FZVA 4LQ2A 3A09A 2PVUA 1J1NA 3ONMA 2QMXA 1B0LA 4K3FA 3EHSA 1FTLA 3OO8A 3B6WA 5AA2B 4QFNA 4Q8RA 1M5DA 3FJMA 5CBSA 3PV0E 1QUKA 3OMBA 2RKMA 4OVJA 2QJEA 3LUYA 1MXUA 5KCJB 3M3LA 4JWYA 1TXFA 3PPPA 3T9UA 4PP0A 5I2KB 3UK4A 3TFLA 2YLNA 3IO4A 2H25A 3T9VA 5CMKA 4GL8A 4RK2A 2CZLA 3EHTA 1I69A 3C4MA 3TTNA 1VSOA 3GXAA 4E0XA 4NWDA 3G3FA 3WAEA 3MZ9A 3LSLA 4IGRA 4FEBA 2GHAA 2E0SA 3HV1A 1L5TA 2I58A 4P0GA 3PPQA 1UIUA 3RPWA 1FQAA 1IQ7A 2QRYA 2O7IA 3VLVA 3H6TA 2ZNSA 1XOCA 4PFTA 4R74A 4QSDA 1URDA 3JV9A 3RTFB 1A8EA 2H98A 1BKAA 2XXIA 3MUQA 4YKJA 3QUFA 1LCTA 3OEMA 3QYTA 1B0HA 4DCXA 1B52A 1M5CA 3CFXA 2Y7RA 3THIA 4DLDA 3O9PA 1YCJA 2V93A 1MPBA 2Z8EA 1UQWA 3U1OA 1B58A 2B3FA 3QXMA 3MVWA 4KHZE 4R75A 2ONKE 5F7VA 1SQYA 3KOSA 1LAFE 3HPIA 3FXUA 2ZYMA 3G3IA 3O2AA 4WXJA 2XXQA 5CMBA 4TQUQ 1JW1A 2VP1A 1Y20A 4F1VA 4OWDA 4R9FA 3FXRA 5DVJA 1FTKA 2I0BA 1FCKA 1MXYA 3O6IA 4H5FA 1Y3QA 3PD9A 4FE8A 1GR2A 2PMSA 4JXIA 1Y3NA 5HM4B 3N26A 1A55A 1ZBMA 2R9JA 2I6EA 5F1QA 2GRVA 3N6TA 3H3GA 4HTGA 1I6BA 2R6GE 3B6TA 4XIGQ 4H8IA 5FHMA 2ZNUA 3PUZE 5CMMA 1D9YA 3L6GA 2AL5A 1EZOA 5KDTA 2B65A 4H67A 3K01A 2XXVA 1OQHA 1MXXA 3TYHA 4M4GA 3T9HB 3ODBA 3VE1B 2XD2A 4ZDMA 3MC2A 1LFIA 2WKYA 3S9EA 3EQ1A 5L9MA 2V3QA 3VXCA 1O63A 4FORA 2DXYA 1FQFA 2UVIA 5L8DA 2DOJA 1DTGA 3OO6A 2RCBA 4X1BA 2OK2A 2F36A 3KJ7A 4FAJA 5ICTA 5KDTB 2GHBA 4JB7A 3TTMA 1XVXA 3FIRA 3VFJA 3PPOA 1US5A 4OYVA 3RTWB 2Y7IA 1EU8A 5J1DA 2QMWA 4ZEBA 4H6DA 4KD5A 3VDFA 3OENA 4KQPA 4IGTA 2OWTA 4NF6B 1F9BA 3S9MC 3H4ZA 1UIVA 4OHNA 1N76A 2QS3A 5BUUA 1B3LA 1II5A 1P99A 2OLBA 3K0VA 4Q5TA 4F2OA 2XD3A 4RA1A 5AA3A 1NNPA 2OBGA 3TTLA 4GD5A 4F29A 3MAMA 5ICQA 4R2FA 4O3CA 2I3WA 3Q28A 4HS7A 3SEYA 1R6ZA 1MPCA 4RPNA 3KOTA 3C31A 1TWYA 4GL0A 3S9NC 3MZ1A 2OZZA 2YPNA 3K6VA 2XXYA 1IXGA 1LAXA 3A3UA 4EDPA 1RKMA 1B7UA 1QW0A 4AB6A 1B05A 3VVDA 3OXNA 2O68A 4IB2A 2DYXA 3H7MA 1BLFA 2RC8A 2XX7A 1N7XA 1B4HA 1FQBA 1R1NA 3JYRA 3HHGA 4X9TA 4N6PA 1QUJA 4ZEFA 2HZLA 2O1MA 1QKBA 1JETA 4NF5A 2DSFA 1IXHA 4POXA 2Q9TA 1CE2A 3PUWE 1AH5A 1B1XA 3R6UA 2QS1A 2Y7PA 4F1YA 3K00A 4ZEDA 2X7PA 4N13A 5EHSA 5ITPA 4MF3A 3TAJA 1POTA 2V84A 1M5EA 3IB1A 3M8UA 2XXTA 1MQIA 2VHAA 4TLLB 4I62A 3MVYA 4XKNA 4X1DA 1UTHB 1USYE 1GGGA 4NF5B 2P1SA 4EF2A 1RYXA 3TCGA 1JEUA 1BTJA 4PFUA 1S9TA 4NWCA 1ELJA 3AXFA 3UGWA 3N94A 5I58B 1P1UA 3TDJA 1ZIUA 5AE4A 3BFTA 4Q0CA 4F31B 4FATA 3FGSA 3ZS6A 1VR5A 3FVGA 1IZ1A 1B5HA 1P1NA 5AA1A 1NMUA 2G29A 1GTKA 1FTOA 1ANFA 5DT6A 3W9WA 1B5IA 1N7WA 5A5XA 1VE4A 3UORA 3L6HA 3KSXA 2UVHA 5HBCA 2Y7WA 4PETA 2H4IA 3QAXA 3IK6B 4JWOA 4YAHX 3KBRA 1EZPA 4G68C 3MQ9A 3V89B 3K02A 3QIMA 4YMAA 3FD3A 3H06B 2XX8A 4LZ8A 1IITA 2AIXA 3SEWA 1H3DA 1VFDA 2R71A 2DVCA 1MY4A 4DXUA 1AL3A 3V83A 5A5XB 4PFWA 2A5SA 1LB9A 1QVSA 1JEVA 4HCYA 3LSXA 4MH5A 1MH3A 3G3HA 3BFUA 1HSLA 3RUMA 4I8CA 1DPPA 3KFMA 2CMOA 5EHMA 3HN0A 3VXBA 4TLMB 1Y4TA 1Y3PA 3VVEA 1LLSA 2OJTA 3Q29A 4QRZA 5M2VA 3IOWA 3SERA 2G93A 3MP8A 3TODA 4GQOA 4DXBA 3C33A 1N84A 3MP6A 4U4XA 2ESNA 1TFDA 2F34A 3M3FA 1N3XA 4C1TA 1SD3A 1XHYA 2H99A 1SVXB 1QJMA 1B3FA 1S50A 4GXSB 3IB0A 4XKPA 3P7IA 4BDNA 2BJJX 3ILUB 3OSRA 2QS2A 2PBWA 4AQ4A 2XX9A 1N3WA 3K4UA 3S4UA 1JW5A 4YU0A 5FTIA 4G8NA 4FIMA 4F3BA 3OD7A 3IX1A 5TU0A 1HSJA 2NUVA 4AB5A 4GXAA 1H43A 3RY3A 5H8QA 4P0IA 1MQDA 4OENA 3IAZA 5JEIA 5L9OA 4NF4B 2KLFA 3DLNA 1ZKBA 2REJA 4NTLA 3N6UA 2THIA 4PE5B 3LSFB 4F3SA 3EHUA 4QSEA 1N04A 5AA4A 5CBRA 3USDA 4QFOA 2DWHA 1R9QA 2I49A 4OZ9A 2Z22A 4MBPA 2NXOA 4YZZA 3FUZA 4M1VA 1SBPA 3LSWA 4N07A 4L17A 1B3HA 4IO6A 4ISUA 4ELPA 5H8QB 4JSDA 4U1OA 1I6QA 2A5TA 4YICA 3IJOB 1IEJA 2AL4A 4U21A 4OEVA 1BP5A 1DMBA 1B32A 1S7YA 1B40A 3KEIA 2W7YA 2P0SA 4ZECA 1H45A 1MQJA 3C35A 3E4RA 1DOTA 1LFGA 4G4PA 5AA4B 4HCWA 1MXWA 1Z7NE 4KYDA 3DELB 4GLIA 2DVZA 1FTMA 4RYAA 3O29A 1POY1 1P1QA 4RK9A 4QFKA 5CC2A 2X26A 5KZTA 1OMPA 2A5TB 4UACA 4H8JA 2ANJA 4JDFA 3JZJA 2I48A 4NEDA 3E13X 4NF6A 5FHNA 4IO4A 1SYIA 4KYEA 4Z7EA 4F39A 3OOAA 1T0KA 4OESA 4H1XA 1BIYA 2F5XA 5H8NA 3K2DA 2F7BA 3E9XA 1RYOA 3U72A 4PQJA 3I5OA 2F97A 3UA8A 5I59B 3T93B 1HSEA 4HW8A 4I9DA 3T22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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