2O84X

Crystal structure of k206e mutant of n-lobe human transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVEHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X02
2RC9A 3SESA 4LONB 1Y9UA 1R9QA 3VXCA 3C35A 2D21A 4G2ZA 3RT6B 2OWTA 1MQDA 3ODBA 4EXKA 4MFIA 4IY5A 3B6WA 5K2XA 4YKKA 3M3KA 4G8NA 4AB6A 2X7PA 2Z8EA 1DPPA 4MBPA 2H99A 3IL1B 2AYSA 4XKNA 5AA1A 1S50A 1USYE 5CMCA 3G3FA 1TXFA 2RINA 4HTGA 1SW5A 3USDA 4ND9A 3WAFA 4MF3A 4KR5A 4G8HA 4O3CA 2Q89A 1H3DA 3PUZE 3N5LA 4NTLA 3BBRA 1MXYA 3IO6A 3EQ1A 1Y3NA 2FNCA 4JBZA 1O64A 1B1HA 3E4RA 3FXRA 4EUOA 4OTEA 1IXIA 3D4CA 5L9MA 4Q30B 3MP8A 3C31A 2XXTA 1MY4A 3BKIB 4F31B 1B32A 2OLBA 1CE2A 3A3UA 4JXIA 1SYIA 1B4HA 1PEBA 4YB5A 1POY1 3JZJA 1FTKA 2H25A 4G77A 1B51A 3Q25A 3OEKA 4F2QA 4XKRA 3HV1A 4NF4A 3FGSA 2O68A 2W7YA 2R6GE 4TLLB 1IEJA 1BKAA 5TP9B 1L5TA 1B05A 1UTBA 4GL8A 1SI0A 4R73A 3QYTA 3H6TA 1Y4TA 3RGYA 3FASA 2RF1A 2M8CA 5ICQA 3C36A 2OCUA 3TCHA 5EYFA 1A55A 2IA4A 2ALUA 3UIFA 1JW4A 3KEIA 1JVYA 3MPLA 4Z0IA 5IAIA 4EF2A 2QJEA 1LB9A 4ZZAA 2XXXA 5AA3A 4U21A 4ESWA 1N7XA 3QUJA 3KJ7A 2V3UA 2ABHA 3JV9A 4JWYA 1PB9A 2UVHA 2ZNSA 3OSQA 3C33A 4F3GA 1MH3A 5A5XB 4ELPA 1OQGA 2XX9A 1DTZA 1SW2A 3TCGA 3IAZA 4F18A 2QSXA 4OFOA 4QSCA 5DVJA 2LAOA 3H6WA 4ZDMA 2NVUB 5HM4B 4FIMA 2F8DA 1B1XA 4WEPA 4F1UA 4F1VA 1ZIUA 1GVCA 3H6UA 1B7ZA 2CMOA 3IOUA 1LGBC 2F97A 1PDAA 4LA9A 1YPNA 4F3BA 1JNFA 3K6VA 1NMUA 1FQBA 4OZ9A 3T96B 5ITPA 3CFLA 1HSEA 2ZYOA 5M2VA 3FJ7A 1A54A 3T66A 1OIBA 3QUFA 1WVJA 5FHMA 2ESNA 3MAMA 1VFEA 4IO3A 5HBCA 2Y7KA 3A09A 3N6UA 3O66A 4NEDA 1Q35A 4IO2A 3UA8A 3LSFB 2I0CA 5I57A 1JEVA 4QFPA 3BFTA 2HQ0A 1AH5A 3ONMA 1MY0A 4XKPA 2DWJA 3CSBA 1IITA 4POWA 1M5BA 1B6HA 3T9VA 1D9YA 2DE3A 3ILTB 3C9HA 5H8HB 5TU0A 1TFDA 4PFYA 3LR1A 1MY2A 3VLVA 2F78A 3O6GA 2OK2A 4E0WA 3SERA 5KZTA 4BDMA 3N26A 4U22A 1H76A 5AA4B 4YKJA 2H4IA 5I59B 1R6ZA 3SEYA 1N76A 1ELJA 4EDPA 2XXYA 2UYEA 1MS7A 3T9XB 1EZPA 4RY1A 5L8DA 5I58A 2F6PA 2O6AA 4I9DA 3VLUA 2R9JA 4Q0CA 3MUQA 3VLWA 1ZTYA 4OEUA 3PD9A 3U93A 4GRKA 4FATA 5B7DA 4N07A 3WAEA 4R9FA 4DCYA 2O1MA 4RPOA 3O9PA 3H4ZA 2PMSA 1LCTA 4ZEDA 4GVOA 1MQHA 5CM6A 3K1MA 4XTCQ 3PMWA 3LBSA 3M8UA 1VFDA 2ONRA 3G3GA 2I0BA 1ZBMA 3H3GA 2Z8DA 1US5A 1LSTA 3FVKA 3SDFA 3RQTA 2Q88A 4R6YA 3DM0A 4G68A 4BDNA 2AIXA 4IO6A 3M3FA 2DWIA 1XHYA 1SD3A 3PUYE 4DIGA 3MWBA 4NF5B 2DP8A 1N84A 3TKDA 5IKBA 3T9HB 4AB5A 1B5JA 4ZEIA 1EZOA 3UN6A 3OOAA 3C32A 2V3TA 4M1VA 3W9WA 5I2NB 3MZ9A 1PC3A 3OMBA 1MM7A 1BLFA 5A5XA 2D5WA 1B7UA 4FAJA 4EF1A 4H5FA 5KCJB 3OELA 3E3KA 5I2KA 2I4BA 1QVSA 2B3FA 4G68C 1SBPA 2V93A 4RXLA 4BLAA 3DP8A 4ELRA 4X9TA 4TQUQ 1VE4A 3C34A 3RTWB 1QW0A 3TAJA 1ANFA 5DTBA 4XXUA 4F1YA 2XHDA 2DYXA 1FQFA 4HCWA 4QFLA 4ONYA 2Y7IA 5AA2B 3LC8A 3TMGA 3EF7A 3DLNA 5BWJA 3CR9A 1RYOA 4R72A 3FVOA 5ELVA 1B4ZA 4KPTA 2GH9A 4LQ2A 3K6XA 3MVYA 3QXMA 1LFIA 1VSOA 5ISUA 1NL5A 2UYFA 3TQWA 4G4PA 4IGRA 4KYDA 1XT8A 2DXYA 4DXUA 3MVWA 3K1PA 2XXVA 3TTRA 1XVXA 5H8QA 4GD5A 2Y7PA 4EQ9A 1FTOA 5DEXA 1SW4A 4KD5A 1S9TA 4KFQA 3RPWA 3KOSA 4P0GA 4JSOA 4YICA 2IEEA 4QFKA 2RCBA 5H8HA 4H0WA 1WDNA 4OVJA 2E1SA 3KSJA 3G3JA 5CC2A 3K01A 1VR5A 3G3KA 4F39A 3I3VA 4H8IA 3IX1A 4NWDA 2Q8JA 3VVEA 4QSDA 2V3QA 1USYH 3RN8A 4IGTA 1P1QA 3HHFA 3IB0A 4NF8A 3SEVA 3TFLA 5CBRA 4OXVA 4DCXA 4H8JA 1FTLA 4GIZA 4WXJA 3TTNA 2I6EA 4QSEA 5I84A 3QSLA 3CG1A 3FV2A 2ZNTA 2ZNUA 1S7YA 2NWJA 3U1OA 1MY1A 2VP1A 4POXA 2A5TB 1B3EA 2O1LA 1DPEA 2F7AA 2P0SA 3DELB 1A8EA 1URGA 5F7VA 3PUWE 3MBPA 1POTA 4QF9A 5TPAA 3SEUA 3UK4A 2Z23A 3PUVE 3KJTA 1JW1A 4ZEFA 1DOTA 1NNFA 4F2OA 2XXUA 2WKYA 3MP6A 3B6QA 1R1NA 1A8FA 4GXAA 2GFEA 4AQ4A 4H1XA 3TCFA 3O6HA 4ZE8A 4BDRA 3H7MA 1NH7A 4ZZEA 2QL3A 4RPNA 1UTHA 5H8FA 3GBBA 2DE4A 3OXNA 3W15C 1MH4A 3LUYA 3IOTA 5I56A 4OHNA 4MLVA 1B2HA 2O7UA 4NF6B 5KDTB 4GQOA 4KCDA 1QKBA 2VGQA 3A3CA 4R2FA 3V8XB 4Q8RA 3OD7A 3QIMA 1UQWA 2F7CA 4YU0A 4GWOA 2O69A 3V5AA 4YB6A 3FJGA 1D3KA 1QULA 1N0TA 1Z7NE 2QS4A 2G29A 1JW5A 3V89B 4DDDA 1P1NA 2THIA 1P1WA 1H43A 4IO4A 3TPAA 2PT1A 1Z7ME 1B3FA 1ZMGA 4R2BA 3RTFB 3K6UA 4YMBA 3FUZA 2RKMA 3UORA 5HPQA 3PPOA 1QUKA 4ISUA 3CFZA 4FEBA 2Y84A 2I48A 1FTMA 5H8NB 1DMBA 3FZVA 3FVGA 1XOCA 1LAFE 3N6TA 4RYAA 4LUBA 1MPDA 3CI8A 3VDFA 3MZBA 1A40A 3FXQA 3GZGA 4U4XA 2I3WA 4BDOA 3GXAA 1LFGA 1MXWA 1JQFA 3EHSA 1H44A 3FIRA 3RUMA 4PQJA 2F7BA 1AL3A 4NWCA 3H06B 3S9LC 3ZKKA 4RA1A 1FW0A 1LAGE 1MPBA 1NNPA 2NOOA 3IORA 1XVYA 4F22A 5K2YA 1UIVA 4MLQA 1JEUA 1B0LA 2I49A 3CG3A 1FQDA 1LLSA 1Y3QA 2HXWA 4QFOA 4ELQA 4YKIA 3CSGA 1PBQA 4X1DA 2QRYA 2XXQA 4JDFA 3PV0E 2GHAA 1IXHA 2UVIA 1M5CA 2DE2A 1MQGA 3VE1B 3UP9A 1LAXA 4YB7A 3O29A 3RT8A 3SEXA 1OVBA 3O6IA 3U72A 2F35A 3PPQA 1II5A 2XD3A 4DLDA 3TELA 2OBGA 2ZXTA 3PUXE 2Y7RA 3KGCA 4PFUA 2ANJA 4U1ZA 4FJPA 1QKAA 4M4GA 1FQAA 3RLFE 1FCKA 3G3HA 1OLCA 4LQ5A 5JK4A 3QK6A 4WEDA 4GF8A 4GLIA 4NMYA 5F1QA 3H6VA 5TP9A 4U2RA 4QRZA 3Q27A 3FXUA 1SI1A 4ELOA 4R75A 4KYSA 1I69A 4WKMA 1NNKA 5DVIA 2QS3A 1B5IA 3R6UA 3IJOB 1M5FA 2VHAA 4N6PA 4ESXA 1N3WA 1WODA 3HCQA 4NF4B 3EHTA 3O97A 3IO4A 3MP1A 2AL5A 1URDA 1UTBB 3KN3A 3OEMA 3CVGA 5L9OA 4DE8A 1Y1ZA 3OO9A 3EN3A 4IO7A 1LBBA 2PVUA 4OENA 2G93A 3HN0A 5KDTA 1B46A 3OO8A 2B3BA 4LP2B 3T22A 4Z7EA 1MQJA 3VV5A 1OQHA 1YAEA 2QMXA 3HHGA 4ZEKA 3Q26A 4KCCA 5CBSA 1YCJA 2XXIA 4H5GA 3EHUA 2I3VA 2NXOA 1A7LA 3JYRA 3MC2A 4F3PA 4LATA 2Q2CA 4PETA 4U4SA 3CIJA 4K3FA 5FHOA 2DQVA 3I5OA 4RK9A 3TEPA 4MH5A 3MJNA 3U92A 4HCYA 1P99A 3KBRA 4I62A 5ITOA 1PBPA 3OO6A 3TTKA 4PP0A 1GGGA 4TLMB 3AXFA 3K1NA 2P2AA 3QAXA 1J1NA 1PB8A 1US4A 3TTLA 2ZYMA 1B52A 4GOTA 1N04A 2OJTA 4QHQA 5EHMA 3B7DA 2XXHA 4GFRA 1KWHA 2UXAA 1Y4CA 1T0KA 1NFTA 4KI0E 1B3HA 4ECFA 2O51A 5AE4A 5AA2D 2Z8FA 4DXBA 4IY6A 4ZS9A 3FATA 4E0XA 1MQIA 2QS1A 2XX8A 3K4UA 3PU5A 3VFJA 1I6QA 1O7TA 2XXRA 1M5EA 4GL0A 4OWDA 3OENA 3MQ9A 2B65A 4N13A 1MXVA 4UA8A 3IJXB 3MVXA 4FORA 2ONKE 1N3XA 1Y1MA 4F29A 1B5HA 3FVNA 1TT1A 2V25A 1NKXA 5I57B 1IZ1A 1GR2A 4YMAA 2HCAA 1OLAA 3GLBA 1R9LA 5AA4A 4ZEBA 5I59A 4IO5A 4ZECA 5DT6A 1Y3PA 4RJZA 3LSWA 1D4NA 2HFBA 3DP6A 2RCAA 1SVXB 3E13X 3O2AA 4YZZA 3PPNA 2ZYNA 1GV8A 4X1BA 2REGA 4Q5TA 1B40A 2YPNA 4KQPA 1MRPA 4U23A 1AMFA 4XIGQ 2DOJA 2GRVA 2V84A 1MXXA 5I58B 5EHSA 3K2DA 1EH3A 2PT2A 1SW1A 5DVFA 2XX7A 2PBWA 3V83A 2ONSA 1F9BA 2ZYKA 3T9UA 4DXCA 4BDQA 4U1OA 5CI5A 1QUIA 3S9NC 1O63A 3FV1A 2OZZA 1DSNA 3GBAA 1B3LA 3K6WA 4JB7A 1N7WA 3M3LA 1LCFA 1BTJA 5JEIA 1B3GA 2Y7WA 5CRYA 1OVTA 2DXRA 4P0IA 1MPCA 3FD3A 1FQCA 4EQBA 4NF5A 1I6BA 5B70A 3IB2A 4FEDA 4JWXA 1JVXA 2UVGA 5I2NA 1QUJA 4G68B 4OFJA 4OESA 1ZKBA 3I6VA 3KG2A 4ZE9A 3U8QA 4OYVA 2XXPA 2H98A 5KCJA 4I1DA 4H65A 4YKPA 4O3BA 3K02A 1B9JA 4LZ7A 2XXWA 4PFWA 1FTJA 2I58A 1DTGA 5JTYB 3HO7A 4GXSB 1EU8A 4LZ8A 2DS9A 2H9BA 2NUVA 2KLFA 2VD2A 4EXLA 2PX1A 3OSRA 1MXZA 1YTVA 3S9MC 2BJJX 3TQLA 2DVZA 1AOVA 1OMPA 3HPIA 5AA2A 2R71A 4H6DA 5I2KB 1LB8A 5CMKA 3OO7A 1B0HA 3SETA 3FJMA 1B58A 3KZGA 4OQOA 1XS5A 1UIUA 2O84X 1LAHE 4OMBA 1PB7A 3TYHA 4I8CA 3CFXA 2FA7A 2GHBA 3G7WA 3SKPA 3MVZA 3K00A 1IXGA 3ZKLA 1ATGA 2D3IA 1MY3A 4BDLA 3E9XA 1IQ7A 4R6HA 5CMMA 4OERA 3O28A 3IOWA 3K0VA 3RNNA 1H45A 4C1UA 5LOMA 2DSFA 4JSDA 3DP4A 2I4CA 3PPRA 1Q1KA 2QMWA 3ECRA 2FYIA 1URSA 1XC1A 1HSLA 2P1SA 2X7QA 4G8MA 3Q29A 4TOZA 3MZ1A 2RC7A 1P1UA 2RC8A 5H8QB 3ZS6A 1LBCA 4RK2A 4R74A 1M5DA 5DEXB 4KHZE 3D4GA 2O7IA 3C4MA 4FE8A 3KOTA 4HW8A 4X48A 2F34A 4UACA 3CRBA 3MPKA 2OWSA 3T93B 1FQEA 3ZSFA 3EPEA 3IR1A 1MDP1 2X26A 3L6GA 3KFMA 4H67A 2QPQA 3MW0A 2HZKA 4HS7A 4DZ1A 4JWOA 1AIVA 4EQ7A 3KN8A 1NH8A 2VD3A 4IB2A 1MXUA 1IXCA 2PYYA 1ZU0A 3Q28A 2UVJA 4P11A 1IUDA 2A5SA 4NF8B 1RKMA 4R6KA 2F36A 3SEWA 3VVDA 5L9SA 1GTKA 2XD2A 1HSJA 4OFLA 2REJA 3HSTA 3P7IA 3THIA 2HAVA 2A5TA 3KSXA 4XKQA 3N94A 4KYEA 1BIYA 3LSXA 2DWAA 1B7HA 1TWYA 4QFNA 1A99A 4THIA 1P1OA 1ZLQA 4NE4A 2F5XA 5FTHA 2F6GA 2HAUA 2DWHA 3R7XA 4L17A 3VXBA 2DVCA 3PPPA 4LVQA 1MDQA 1ZJLA 1RYXA 4OETA 1Y20A 1BP5A 2ZMBA 1EZ9A 3TZAA 2Q9TA 3PMVA 5TPAB 1LFHA 5FTIA 2YLNA 4C1TA 1JETA 4F19A 3B6TA 4OEVA 4PE5B 3R26A 4NF6A 3L6HA 5DYHA 4R9GA 5BUUA 3TTMA 4C0RA 5CMBA 1TFAA 3S2VA 3PGFA 4YAHX 3H03A 2HEUA 3IB1A 1D9VA 3S4UA 1UTHB 2H5YA 1CB6A 3W9VA 5H8FB 1I6AA 5JTYA 4PFTA 4RNSA 5I56B 3TUSA 1MG1A 3LSLA 1SYHA 5ICTA 3S9EA 1NNTA 4FECA 5FHNA 2QS2A 2CZLA 1IIWA 3PMXA 3KN7A 3UGWA 2YJPA 5H8SA 3VVFA 3PD8A 3U94A 4F3SA 3TODA 3TDJA 1SQYA 4LZ5A 2E0SA 1MM6A 4O3AA 5J1DA 3RY3A 3IK6B 3F11A 5H8NA 2AL4A 1QJMA 2VOZA 3G3IA 2HZLA 2Q2AA 3BFUA 2Z22A 1SDXA 3ILUB 3IOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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