4NF5B

Crystal structure of glun1/glun2a ligand-binding domain in complex with glycine and d-ap5
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
279
structure length
273
Chain Sequence
NHLSIVTLEEAPFVIVEDICVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein, receptor
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural Insights into Competitive Antagonism in NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 84
structure length 273
sequence length 279
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf5B01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4nf5B02
5I59B 3T96B 1NNTA 3EF7A 1A99A 4EF1A 2G29A 3IOVA 2I3VA 3B6TA 4OEVA 4YKJA 2H9BA 5ITOA 4F18A 4KQPA 3HN0A 1P1OA 2GHBA 4F3BA 3PD9A 4OYVA 1XOCA 3KJTA 1IXHA 2Y84A 3C31A 3H4ZA 2O69A 5I2KB 4OQOA 2DQVA 2KLFA 2F5XA 3IB0A 3LR1A 2F7BA 4EQ9A 4H65A 4QSEA 1B7HA 4H8IA 4N07A 1I69A 1WVJA 3TTLA 2Q88A 2ZXTA 3JZJA 1S7YA 4DZ1A 2I49A 1MH3A 3KBRA 4THIA 1T0KA 5TPAA 1MDP1 5CBSA 3N6UA 1IUDA 2XXTA 4G68C 1JVYA 3VVEA 3A09A 3PPNA 2NVUB 2QRYA 1Y4CA 5JEIA 5A5XA 2H99A 1II5A 3IB2A 4QFOA 5KCJB 2UVHA 1Y3NA 2AYSA 1R6ZA 2XXVA 1M5EA 1DTGA 4WEDA 2NOOA 1POY1 4ISUA 4GL0A 4RYAA 4NE4A 1FQAA 1R1NA 3HHGA 4YZZA 2QPQA 4FE8A 5ICQA 1B46A 1MXWA 3OO8A 3VLUA 2P1SA 2XXYA 3CSGA 2HAUA 3MP1A 4LA9A 2Y7IA 2HXWA 1SBPA 1URDA 1ZU0A 4X48A 2XD2A 2PT1A 2Q2AA 4NF6A 2XX7A 3SKPA 1Z7ME 3VV5A 4PFTA 3H6WA 2F78A 4KHZE 3KN3A 4EQ7A 4EF2A 3OEKA 4X1DA 4BDNA 1GTKA 3WAFA 1WDNA 4G8HA 1MY3A 2O7IA 1NL5A 3K6VA 3MP6A 1MXZA 3O6GA 2ZNSA 4PFWA 1QJMA 1BIYA 1D9VA 4RPNA 3MQ9A 3ODBA 4XXUA 3S9NC 1N7XA 1JW1A 5KZTA 1XT8A 3G3KA 3TUSA 3KSXA 1SD3A 2V3QA 4R9GA 5TU0A 2THIA 3VXBA 1M5BA 3MJNA 3K0VA 4LONB 3IJXB 2I3WA 3IAZA 1N7WA 3QUFA 4OVJA 3HCQA 1MM6A 4DDDA 2X7PA 1QVSA 2Y7RA 1Y1ZA 1I6AA 4F1YA 4H5GA 2I0BA 3W9WA 1B5JA 4AB5A 2GFEA 1LAFE 4HCYA 3D4CA 1ANFA 3G3FA 3T9HB 2B65A 1US5A 3IL1B 4IGTA 3U93A 3MP8A 3IO4A 3MPKA 1YAEA 1LAGE 1EZOA 2B3FA 4OTEA 5TPAB 3TCHA 1PEBA 5B7DA 2XX8A 2G93A 3OXNA 1IEJA 4GRKA 1JETA 4FEBA 4BDRA 3CI8A 2Q89A 3LSFB 4G8MA 3PMVA 1VSOA 3KOTA 5CC2A 2NUVA 4YKPA 1CE2A 1ZTYA 4I8CA 4JWOA 1WODA 4JSOA 4U21A 2RCAA 1M5CA 1AIVA 3U72A 5CI5A 2F6PA 3PPOA 3FIRA 2XXIA 5JTYB 5AA1A 3UA8A 2HFBA 3USDA 2ZNTA 4R74A 3K1NA 3CFZA 2XD3A 2UXAA 5I58A 3FXUA 2UVJA 2QMXA 1UQWA 1VFEA 4JWYA 1H43A 4HTGA 3L6GA 3ILUB 1OVTA 2O7UA 4GQOA 4P11A 4WXJA 3KN8A 3T9VA 4OMBA 3FVGA 1QUJA 4EXLA 3VVFA 5CRYA 3V5AA 3VLVA 1LAXA 3N26A 1NNFA 1SYIA 2XXWA 3RNNA 1JNFA 2QS4A 5HBCA 4H67A 4DXBA 4JSDA 1ZKBA 2O1MA 1FTOA 3UGWA 4TOZA 5BUUA 4QHQA 4O3CA 1XHYA 2DXYA 4GFRA 1NNPA 3KFMA 1R9LA 4ELPA 5ELVA 3H6VA 3RT6B 1DOTA 1MXVA 1N76A 3O6HA 3OEMA 3TTNA 2O84X 1XVYA 5H8HA 4ESWA 2QS3A 4NF4B 5CMBA 5L9OA 4JXIA 2ONSA 4PFYA 5I56A 2O6AA 4ONYA 2F7AA 1I6BA 5I57B 1RYOA 5KDTA 1FQEA 4IY5A 4HS7A 4IO3A 3Q29A 2HZKA 5F7VA 1NFTA 3W15C 1A8EA 2ANJA 4L17A 2A5TA 3QIMA 3R26A 3PD8A 2NWJA 1EH3A 1GGGA 1YPNA 5IKBA 1NH8A 5FHOA 3G7WA 4BDOA 4QFLA 4YMBA 3OO6A 4FEDA 1ZBMA 1B1HA 4LUBA 1BLFA 3UN6A 2OBGA 3GBAA 3MVZA 1M5FA 4R9FA 5H8FA 4I1DA 4BLAA 4F1VA 1QULA 1DMBA 3PV0E 3FXRA 4NTLA 5JK4A 4OXVA 2I6EA 5FHMA 2FNCA 3IJOB 1TXFA 1NNKA 2D21A 1R9QA 4OEUA 2QSXA 4ZE8A 4YKKA 2OZZA 1OQHA 1DPEA 3KGCA 3KZGA 3K6UA 5AA2D 3EHTA 5AA4B 3LC8A 3BBRA 3FVNA 2DWHA 1MY4A 5I2NB 3IB1A 1EZ9A 1A7LA 3TQWA 3C36A 5I58B 3C32A 4OENA 3H6UA 3MVWA 5AA2A 4KYDA 1XC1A 4FJPA 4NWCA 3TQLA 4F2QA 2H5YA 3DLNA 2XXQA 3G3GA 2O1LA 4U1OA 5TP9A 1LLSA 5H8QA 1OLCA 2DYXA 4LQ2A 3KJ7A 4ELQA 2F7CA 4JBZA 3G3HA 3I5OA 1B58A 1QUIA 3I3VA 4LZ5A 2X7QA 3Q28A 1B4ZA 5DVFA 4F19A 4YAHX 3T93B 4E0WA 2UVIA 2VD3A 1UIVA 4DXUA 3KEIA 4PQJA 1UIUA 2V3TA 2DS9A 1QUKA 3U8QA 3FJMA 4N13A 2V3UA 1UTHA 1FTMA 3FATA 1L5TA 1F9BA 1DPPA 5I56B 5K2XA 3QAXA 3DP6A 3ONMA 4GLIA 3FASA 2REGA 2M8CA 1UTBB 1SI1A 3TTKA 3MVYA 2ABHA 4X1BA 3TYHA 4GIZA 5DEXB 2ZYOA 1JEUA 4XKPA 4IO7A 2XXRA 4TQUQ 3MAMA 4G68B 5HPQA 4H1XA 3TELA 4GWOA 2R6GE 3QXMA 5FHNA 2PBWA 3VVDA 2QS2A 2DOJA 4GF8A 3CVGA 5ISUA 4PE5B 5M2VA 5H8FB 2F6GA 2Z8EA 1N04A 2Y7WA 2OJTA 3O28A 1OQGA 3HV1A 3RN8A 1ATGA 2AIXA 4RNSA 5IAIA 1YCJA 4NMYA 4OFOA 3GLBA 1KWHA 1P1NA 3FXQA 3C4MA 1SW2A 4Q0CA 1MQJA 5H8SA 3VLWA 3S9MC 4F29A 3K00A 4M1VA 3V83A 2PX1A 2VHAA 2V84A 1MRPA 4OESA 2I58A 2ZNUA 4YB5A 1IXCA 2DP8A 4IY6A 3UORA 1GVCA 2ZYNA 2ESNA 4EUOA 3BFTA 4ND9A 4C1TA 2PVUA 3TAJA 4DCXA 1MDQA 3IK6B 1MG1A 4ZEIA 5I84A 4OWDA 3O97A 4GVOA 3TPAA 3IOWA 2Q8JA 3E13X 2RC9A 2IA4A 2XXHA 3PUYE 2XX9A 1HSJA 1FTKA 5L9MA 4JWXA 3RT8A 1B52A 3I6VA 1QKBA 4IB2A 3CFXA 1OLAA 2Z22A 1GV8A 1LB9A 3MPLA 3SEXA 1TFAA 4LQ5A 3ECRA 3HHFA 3PPQA 4RK2A 2LAOA 1VFDA 1MH4A 3UP9A 3PGFA 3F11A 4YKIA 3TDJA 4Q30B 2XXPA 3O9PA 2GHAA 4KR5A 3SEYA 4UA8A 4ZS9A 2I4CA 5AE4A 1FCKA 5A5XB 4ZDMA 2D3IA 1B3EA 1ZMGA 4IO5A 1IIWA 4RXLA 2ZMBA 4NEDA 1XS5A 1Y1MA 1JVXA 3FV1A 4OFJA 1SW1A 5LOMA 3O66A 1SQYA 4OHNA 3SDFA 1P99A 1P1UA 1QW0A 3TEPA 4IO4A 1CB6A 4EXKA 1B2HA 2CZLA 3RTWB 3CRBA 3E3KA 4XKRA 3PUXE 5EHSA 3HPIA 3CG1A 4GXAA 1N3XA 1MXUA 4OZ9A 4DCYA 2DE2A 5H8NA 3RUMA 1N0TA 2Q2CA 2UYEA 1LCFA 5CMKA 2UVGA 4NF6B 5HM4B 3OD7A 1B51A 1OVBA 3BKIB 1O63A 4LVQA 3G3IA 4XKQA 1FW0A 2GH9A 1MPBA 1Z7NE 3E9XA 4KYEA 4TLMB 2HCAA 4F2OA 3B6WA 1MQGA 3ZKLA 4H5FA 1VR5A 3TMGA 5DT6A 5DVJA 3OSQA 3H03A 5I2KA 3VXCA 4F1UA 4Z7EA 3O2AA 1D4NA 3T9UA 4YB7A 2H4IA 1JW5A 4OETA 1ELJA 2XXXA 4G8NA 5DTBA 5K2YA 4F39A 1NH7A 3C35A 1B40A 1B9JA 1VE4A 2DXRA 2FA7A 3FZVA 1D3KA 3MWBA 1MPDA 5ITPA 4I9DA 5ICTA 3CSBA 1MXXA 4FORA 2NXOA 1MY1A 1TT1A 3P7IA 4GL8A 4XIGQ 1SI0A 1B3HA 2YLNA 3JYRA 3PUZE 3FV2A 3U92A 4Z0IA 1B4HA 3FJGA 2VOZA 1LGBC 1MY2A 2DE4A 1BP5A 3QYTA 2HQ0A 2QS1A 4JDFA 1B05A 3TZAA 4LZ7A 4EDPA 5L9SA 3M8UA 4F3GA 1MS7A 2OWTA 4MH5A 3MW0A 3EHSA 3K2DA 3FJ7A 2ONKE 4YB6A 1B32A 2Z8DA 3W9VA 5CMCA 4G4PA 1H76A 2GRVA 1H3DA 4AQ4A 3PMXA 3GXAA 1FQCA 3IORA 1B7ZA 1N3WA 4AB6A 3VFJA 1DSNA 4F22A 1EZPA 2F36A 3K1PA 4FAJA 2VP1A 2DVCA 2Q9TA 4KPTA 4IGRA 3S4UA 4F31B 3K6XA 4P0GA 3ZSFA 2YPNA 3OO7A 2XHDA 3LSLA 2PMSA 2V93A 4NF5A 3QSLA 3GBBA 3ZKKA 1IITA 1TWYA 1P1WA 4R2BA 2AL4A 2VGQA 4FIMA 2HAVA 3SEVA 3C34A 2QJEA 3TFLA 3V89B 1JQFA 1AMFA 1LAHE 1B3FA 4RK9A 5AA3A 2W7YA 5FTHA 5CM6A 2E0SA 2ZYKA 3R6UA 4K3FA 1NKXA 3EHUA 3EPEA 4OFLA 1B0LA 2XXUA 2RINA 5H8HB 1HSEA 1A54A 3B7DA 3A3CA 3CIJA 2DWJA 4ZECA 3OELA 3K01A 1S9TA 4BDLA 2E1SA 3KG2A 2RC7A 3O29A 4BDMA 2RCBA 2D5WA 2X26A 3ILTB 3CFLA 5EHMA 2ZYMA 4U4SA 3H6TA 4QSDA 2PYYA 4MBPA 5KDTB 4N6PA 4FECA 3UK4A 4U23A 5DYHA 1SDXA 2A5TB 4IO6A 1OIBA 4UACA 4H8JA 4O3BA 3PU5A 1OMPA 2VD2A 5BWJA 2YJPA 4F3SA 4ZZAA 2OLBA 4IO2A 3RY3A 1FTLA 1RYXA 1YTVA 2F34A 3KN7A 3K6WA 1Y4TA 3RQTA 3U94A 2DWAA 3OOAA 3A3UA 1P1QA 3LBSA 1SVXB 4LZ8A 4RJZA 3U1OA 3MVXA 4C1UA 4ELRA 2BJJX 3K1MA 3N6TA 4ZE9A 1US4A 4XKNA 5JTYA 3HSTA 1MQIA 3SEWA 4DE8A 3JV9A 2P0SA 4MLVA 5J1DA 1MQDA 4ZEBA 2V25A 3S9EA 3FGSA 2Y7PA 4ELOA 4DIGA 1LFGA 4GOTA 3IX1A 1FQFA 3TTMA 1B5HA 4U2RA 3H06B 1PB7A 3C33A 3LSWA 3SETA 1AOVA 1QKAA 4R72A 1FQBA 2B3BA 3TCGA 3LSXA 2WKYA 3PUVE 4OERA 2IEEA 5AA2B 3Q27A 2H25A 4EQBA 2CMOA 4R6KA 2OK2A 1MM7A 1AL3A 2O68A 2RF1A 4NF5B 1TFDA 5TP9B 3MC2A 3DP4A 4QSCA 5H8QB 4G77A 1Y20A 1A8FA 3DELB 4MLQA 4ECFA 4GD5A 3RTFB 1H45A 4M4GA 4NF8A 3MUQA 4NWDA 3BFUA 4I62A 1DTZA 4NF4A 5B70A 4WKMA 1MQHA 2F35A 4TLLB 3DM0A 4MF3A 1GR2A 4POWA 3IR1A 1B6HA 3GZGA 1JW4A 4YICA 4H0WA 4PP0A 1PBQA 5I57A 4YMAA 1UTHB 3EN3A 3PUWE 1B5IA 3T66A 3SEUA 1O7TA 3Q25A 1I6QA 1A40A 3FVKA 3B6QA 4F3PA 2UYFA 3VE1B 1Q35A 2RKMA 4KYSA 1ZJLA 1Y9UA 1D9YA 2F8DA 3MBPA 4BDQA 2R9JA 3WAEA 4KI0E 4HW8A 3CR9A 3C9HA 4MFIA 3HO7A 1PC3A 2OWSA 4QFNA 2I48A 1O64A 3SESA 1IXIA 1MPCA 3IO6A 2I4BA 1Q1KA 2HEUA 3TCFA 4U1ZA 5CBRA 3EQ1A 2QMWA 1POTA 1USYE 1LBBA 3FUZA 3TKDA 1MXYA 3PPPA 1SW5A 3ZS6A 3S2VA 5AA4A 4ZEFA 2F97A 4U22A 3TTRA 3K4UA 1M5DA 5I2NA 3M3KA 3OSRA 4R73A 3K02A 4X9TA 4QFKA 1AH5A 4Q5TA 4JB7A 1MY0A 1Y3QA 2DVZA 2FYIA 1PBPA 2I0CA 2R71A 2P2AA 3KOSA 5I59A 1B3GA 2QL3A 3M3LA 3MZ9A 4E0XA 1URGA 4DLDA 4KD5A 4R75A 5CMMA 1ZIUA 1SW4A 4HCWA 3S9LC 4RY1A 4H6DA 5DVIA 3H3GA 3OMBA 1PB9A 1B0HA 4LP2B 3QUJA 4QF9A 4RPOA 1A55A 1EU8A 3RPWA 2PT2A 3D4GA 2A5SA 3SERA 4WEPA 2ONRA 1HSLA 2H98A 1IQ7A 4PETA 4PFUA 3KSJA 1RKMA 4ZEKA 4G2ZA 3MZBA 4P0IA 1FQDA 3QK6A 1IZ1A 4U4XA 4NF8B 4Q8RA 1N84A 2DE3A 3IOUA 3H7MA 4YU0A 4KCDA 3O6IA 3G3JA 3T9XB 4DXCA 2OCUA 2ALUA 3AXFA 1USYH 5FTIA 3PMWA 4QRZA 1FTJA 3L6HA 2Z8FA 4C0RA 1UTBA 4POXA 2HZLA 5KCJA 4ZZEA 3FVOA 4LATA 3OENA 5F1QA 2REJA 2AL5A 5DEXA 1LBCA 4FATA 1JEVA 3N94A 4XTCQ 1LFIA 4G68A 3THIA 1BKAA 1S50A 4R6YA 4ZEDA 3IOTA 1PDAA 3UIFA 3LUYA 1B7UA 3V8XB 4R6HA 2O51A 1NMUA 3RLFE 3DP8A 1J1NA 1B3LA 3TODA 2DWIA 1IXGA 3N5LA 4O3AA 3Q26A 1B1XA 5L8DA 3CG3A 1LCTA 3PPRA 1PB8A 4RA1A 4QFPA 2DSFA 3R7XA 3FD3A 3T22A 4KCCA 1Y3PA 1URSA 3MZ1A 2RC8A 4GXSB 1H44A 1LB8A 2Y7KA 4KFQA 5H8NB 1LSTA 1ZLQA 3M3FA 1XVXA 3VDFA 4ESXA 3RGYA 5EYFA 1SYHA 3OO9A 3E4RA 4R2FA 1BTJA 2Z23A 1LFHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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