4OVJA

Extracellular solute-binding protein family 1 from alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius dsm 446
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DSKPVVTLTFGFWGDAKEEAVTLAAVKAFEKAYPNIHIQTEFGGPFNQYFTKLSTEVAGGNAPDIMQMDYEYIDAYAKEGQLLNLKGAKGINISTISPSVLKSGYIDGGLYGIPNALNNYAVIYDEAAFAKAGYHGQRVSWQQWADILEKVHKATGKWAENDDESWQTFGYWARQHGQHLYNASGTKLGFTESTLVSYLNYWANLRKEGVVPPGTVTSLIKQTADPTDPMVQGKSDAELTWVNYVVSLQSEMTRSLALALPPTQPGGEEGLYIKPSQFWSIYSKTKYPQQAELFVNFLLNNVQAGKALGLVRGIPVSSSVRTQLMASGTSAPEKAEFQLVNEALKVATPIDPPPPQHDKEIDQDFANMVQAVQYGKETPQQGAEQFMQEANDLLQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title extracellular solute-binding protein family 1 from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
molecule tags Transport protein
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain atcc 27009 / dsm 4
total genus 139
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA02
4F3PA 4O3BA 1QULA 1B58A 4F1VA 1JVYA 5DVIA 3H06B 2V3UA 4XKQA 3LBSA 4ZZEA 1B9JA 5K2YA 4R6HA 3QXMA 2FYIA 1OVTA 3TCHA 4LZ7A 2Y7KA 4L17A 4KI0E 2ZNUA 2YPNA 5H8FA 1ZMGA 3FVOA 3TTRA 5ITOA 1AH5A 5IAIA 2ONSA 1Y1ZA 4U1ZA 1DPEA 4R9GA 1S7YA 3B7DA 5A5XB 2F35A 5H8SA 1DOTA 4RA1A 1H44A 2B3BA 4R73A 3MAMA 3QIMA 4NMYA 3CG1A 1NFTA 2Y7IA 3RPWA 1OIBA 1S50A 1SYIA 4XXUA 1OLCA 4PQJA 3KSJA 3PUYE 2G93A 1BP5A 3MZ9A 2O6AA 3FJMA 3QK6A 1ZKBA 4NF5A 4OFJA 4FAJA 5ITPA 4M4GA 1FW0A 4NF8A 3GZGA 4F2OA 4XKPA 2BJJX 3ILTB 4TLLB 3FJ7A 1P1OA 2R71A 4F1YA 1MH3A 3LSLA 1BKAA 3V89B 2D21A 4RK9A 3U93A 5HBCA 2DWIA 4OEVA 1MY2A 3CVGA 5I56B 2XXVA 4YAHX 2PT2A 3HV1A 3DLNA 5CC2A 3R6UA 4YKPA 2V3TA 3T9XB 3S2VA 1M5EA 1SBPA 2F97A 2B3FA 1FQBA 3MP1A 3C4MA 2QL3A 1TT1A 4KR5A 1MQIA 5DVFA 2RF1A 5TP9A 4F3SA 4P11A 4F2QA 5AA3A 5B70A 2RC9A 3OELA 4NE4A 1RYXA 1VFEA 3G7WA 2XX8A 4OFOA 2DS9A 1TFAA 3QSLA 4XTCQ 3LC8A 2VGQA 1MY1A 1M5CA 4HS7A 1SD3A 4DLDA 4QFNA 3OSQA 3RT8A 4R74A 3G3IA 1SI0A 4U21A 3Q29A 1IITA 2FA7A 2ZYKA 3UGWA 1EZPA 4F18A 4H5GA 4BDMA 3K1PA 1HSEA 4MH5A 1GV8A 4X1DA 1B40A 1UTHB 3U8QA 1XC1A 4F22A 5BUUA 2Q2AA 4R2BA 3K6WA 3QUFA 1N0TA 3RQTA 2GFEA 3IB2A 3E4RA 1LFIA 3T9VA 3Q26A 4OHNA 1L5TA 2XX7A 1B51A 1OQHA 3K1NA 2O7IA 1ZIUA 4H8IA 3S9EA 1MXZA 4TLMB 2QSXA 4ZECA 3ZS6A 4QFOA 4G8HA 1B1XA 2DE2A 5ICQA 2P0SA 3I6VA 3Q27A 3OO8A 3OXNA 4JWYA 1B0HA 3K2DA 3F11A 3DM0A 4OEUA 1A7LA 4RNSA 3U72A 3QUJA 2FNCA 1MDQA 2VD3A 2H98A 3U94A 2H4IA 4GLIA 2HCAA 4NWDA 4ELRA 3T9HB 4RPNA 2Y7WA 1T0KA 1J1NA 2A5SA 3UK4A 1N7WA 4H67A 1OVBA 2ZNSA 1EH3A 4X1BA 2THIA 1IXGA 1FTJA 3KJTA 3OSRA 3FJGA 1B3EA 4P0IA 1D9VA 4LP2B 3L6HA 3MVXA 5H8QB 4QHQA 1IXCA 3OEMA 2RC7A 3FV1A 2GH9A 3K4UA 1LBBA 3HN0A 4R9FA 3V83A 4RXLA 3RN8A 1QUJA 4G2ZA 3M3LA 4G8MA 5EYFA 4QF9A 4GOTA 4DIGA 3VVEA 3FVGA 4K3FA 3RY3A 3H6UA 4ZEFA 1CB6A 2DOJA 4PFUA 2Z23A 3USDA 4PE5B 2O51A 3QYTA 3P7IA 3SEUA 4ZE9A 1MY0A 3MP8A 3CSGA 1A8EA 4GXSB 1HSJA 3AXFA 4UA8A 2Q8JA 2XXIA 1FTMA 3S9MC 1R6ZA 4EQ9A 2NXOA 4BDNA 3HHGA 3O6IA 5A5XA 1A40A 3WAFA 1LAHE 5ICTA 1Q1KA 3PPNA 4NEDA 3TPAA 4Z0IA 3JYRA 1JETA 3U92A 3OEKA 1IIWA 1UIVA 3K00A 3FUZA 3TCGA 4JWXA 3FV2A 5H8NB 2DP8A 4R72A 3RLFE 3WAEA 2ZXTA 3K01A 4M1VA 3BFUA 3W9WA 4Q30B 3FZVA 4R6KA 5CMBA 4XKRA 3TTKA 3O66A 2F7BA 4GVOA 3ODBA 2I3VA 2IA4A 2AL5A 1B0LA 1IXHA 3N5LA 1LLSA 3C9HA 1N84A 3H3GA 4RY1A 1MM6A 4EXKA 5I56A 3EF7A 3TMGA 2E1SA 1SVXB 2QMXA 1M5DA 2O7UA 4DCYA 5I2NB 3KSXA 3PMWA 3MP6A 3TFLA 5I57B 4H5FA 4OQOA 2HEUA 1I6QA 1WVJA 1EZ9A 1O64A 4FORA 3UN6A 3HCQA 1MY4A 3ZKLA 1B1HA 2Q89A 2H99A 1SW2A 1MG1A 3MZ1A 3A3CA 4POXA 4I8CA 2Q2CA 2PMSA 4BDQA 2R9JA 2QJEA 1URSA 1XHYA 2F78A 1I6AA 4IO5A 3KFMA 3CFZA 4WXJA 3TEPA 2I3WA 3SETA 5I59B 5IKBA 4GRKA 4GXAA 3VLUA 4MFIA 2KLFA 1BTJA 1DTGA 4G68B 3BBRA 1UTHA 3KZGA 3MWBA 5AA1A 1Y9UA 2RCBA 2HXWA 3OOAA 3ECRA 2XD3A 2F7AA 4KD5A 4ZEIA 1Y20A 3FD3A 1B05A 1B7UA 3KN3A 4EF2A 2NWJA 3PPPA 4ELQA 1MPCA 4H1XA 3TZAA 1QUIA 5LOMA 1B3HA 1QKBA 2I58A 1H45A 2QMWA 4FECA 3V8XB 1M5BA 1NL5A 4OMBA 4YICA 4QRZA 4F29A 2F7CA 3K6UA 1CE2A 3IX1A 2XXWA 3PMVA 2XXTA 4IO3A 3D4CA 3PD8A 2ONRA 4F19A 4EF1A 1MPDA 5F1QA 2AIXA 3TODA 5CRYA 1H43A 2DWJA 1NH7A 3C31A 5JTYB 2O1LA 3EPEA 2QS4A 2OK2A 4R2FA 1DMBA 3VLWA 3RUMA 3MZBA 1VR5A 3IB0A 5AA2B 4LATA 4PFTA 1JEVA 1ZBMA 4F1UA 2CMOA 1XOCA 3FGSA 5H8QA 2XD2A 2REGA 1FTLA 1LAXA 4KYDA 5JK4A 3IORA 3UP9A 2HAUA 2O69A 2I6EA 2REJA 4TOZA 1RYOA 4GIZA 3VFJA 4Q8RA 3R26A 3N6TA 4KYEA 5TPAB 1US4A 1US5A 3TAJA 5FHNA 2NUVA 2UVHA 2UYFA 4N13A 3KBRA 2LAOA 4GD5A 1MPBA 1ZLQA 4U4XA 5FHOA 3PMXA 4JSOA 4RPOA 4O3AA 4ELOA 1IXIA 1A54A 3VE1B 1TFDA 1JVXA 1YTVA 1QUKA 1SQYA 2XXHA 4POWA 5FHMA 1MXWA 3DP4A 2Q9TA 4AB6A 3CSBA 1H76A 4KCDA 3TTLA 2D5WA 3IAZA 5B7DA 4LZ5A 4QFPA 3G3KA 1FQCA 3KN7A 1LCFA 1VE4A 3B6WA 2R6GE 4JWOA 5H8NA 1DPPA 3S9NC 3THIA 4YKKA 1VSOA 3W15C 3C34A 3DELB 3MVZA 1Y3PA 3OD7A 2UVJA 2NVUB 1ZTYA 4ZEDA 4JDFA 2X26A 4YZZA 4GWOA 5BWJA 1Y1MA 1ZJLA 3K0VA 2GHAA 2RC8A 3RT6B 4IO4A 3TYHA 4GL0A 3LR1A 4PFYA 2ZNTA 3FIRA 4E0WA 2VHAA 1II5A 4IO2A 2ZYOA 2PT1A 4IGRA 4N6PA 1N3XA 4OYVA 2PX1A 4ECFA 5AE4A 2IEEA 4YKJA 4XIGQ 3KOSA 3CFLA 1NMUA 3EHTA 1NNFA 3O6HA 1RKMA 1JW5A 4PP0A 3PV0E 1M5FA 1FTOA 2GRVA 2XXYA 2DWAA 1P99A 2OJTA 5I2NA 1P1WA 5I2KB 1YPNA 1MXYA 2F6GA 1FQDA 5I57A 1UTBB 4IY5A 4ZE8A 4IGTA 3B6QA 2XHDA 3ZKKA 5EHMA 4QSCA 3TTMA 3VVDA 1PDAA 2YLNA 2XX9A 3CRBA 3A3UA 2YJPA 2V25A 3EN3A 1JEUA 5H8HA 2I0CA 4E0XA 4F3GA 2VOZA 3K6XA 5CMKA 4ISUA 3TUSA 3UA8A 4YB5A 5I59A 3ILUB 1XT8A 3RNNA 3T96B 3PD9A 3IL1B 4HW8A 1ANFA 4G68A 2ONKE 4IY6A 5FTHA 3IR1A 4BLAA 2F5XA 3PUVE 5J1DA 1EU8A 4ONYA 1R9QA 3RTFB 1Q35A 3SEWA 4I1DA 1A99A 1KWHA 2WKYA 2Q88A 3H6VA 4LONB 3IJOB 2X7QA 1XS5A 1PB8A 4EXLA 1Y3NA 2QS1A 3SEYA 2ZYMA 2OCUA 3LSXA 2DE4A 1JW1A 3K02A 4GL8A 5K2XA 4LVQA 4DXCA 1A55A 2HZKA 2ALUA 3N6UA 3PUZE 4AB5A 1D9YA 3DP6A 1LB9A 3EQ1A 1LAFE 4MF3A 1Y3QA 1QJMA 2UYEA 1MQDA 3H03A 1B32A 4DXUA 5JTYA 1SW1A 3IK6B 4U23A 4ESXA 1HSLA 1F9BA 2XXUA 1N76A 3C36A 5TU0A 3HO7A 3IOUA 4KHZE 1JQFA 3I5OA 3M3KA 4LQ5A 4ESWA 3G3FA 1TXFA 4FEBA 1MY3A 5AA2A 3V5AA 5HPQA 3DP8A 2V3QA 1USYE 3VXCA 3GLBA 5F7VA 1B5JA 4KPTA 3PPRA 3EHUA 4JSDA 1D4NA 1Y4CA 2DQVA 2QPQA 3LUYA 4GFRA 1LBCA 1I69A 5I58B 3OO7A 1LGBC 3JV9A 5TPAA 2UVIA 4FEDA 3HPIA 4NF4B 4YKIA 3KG2A 1AIVA 4FIMA 3C32A 5L9MA 2Z8DA 4BDOA 5CI5A 2G29A 1FCKA 3JZJA 3N94A 1SW5A 5H8HB 3IOWA 2A5TB 2PYYA 2OZZA 4NWCA 1URGA 3E13X 1ELJA 4FE8A 4QFKA 5KDTB 3MVWA 4EQBA 1IUDA 3FVNA 3EHSA 4YMAA 2HAVA 2I0BA 3W9VA 1PB9A 4LA9A 4FJPA 3FATA 3MJNA 3PU5A 5HM4B 3KJ7A 1POTA 1B5HA 1NH8A 1FQFA 3O97A 3T66A 5JEIA 4MBPA 4Z7EA 3C33A 1JW4A 1SDXA 3PUWE 2O68A 3K6VA 5AA4A 4U2RA 1SI1A 5KCJA 3IO6A 4NTLA 4JBZA 1GR2A 4FATA 5CBSA 3H7MA 2UXAA 4OFLA 2XXXA 1MXXA 3RGYA 4ZS9A 3M8UA 1PEBA 3TDJA 4HCWA 4ZZAA 4I9DA 3Q28A 3GBAA 1A8FA 5CM6A 2I49A 3TQWA 4F39A 5DVJA 3ONMA 4MLQA 5AA2D 5CMMA 3CR9A 4Q5TA 3SESA 4ELPA 4BDRA 2AL4A 1MH4A 4OWDA 4G68C 5I2KA 5ELVA 2I48A 1UTBA 3MC2A 5ISUA 1NNPA 1B3GA 1GTKA 4WEPA 3SEVA 3D4GA 3SDFA 1YAEA 2Y84A 3PGFA 3RTWB 4ND9A 4EDPA 4HCYA 4R75A 4JB7A 4OZ9A 4OTEA 4ZDMA 4X9TA 1EZOA 1LCTA 2CZLA 4I62A 4F3BA 2OWSA 3SKPA 4JXIA 4U1OA 3OO6A 3IJXB 4TQUQ 1POY1 3U1OA 4ZEKA 5I84A 1FTKA 4OENA 4DXBA 3HSTA 2V93A 1N3WA 5DTBA 4P0GA 1Z7NE 4OVJA 3SEXA 4G8NA 1URDA 5DEXB 1B3FA 1GGGA 3TQLA 1BLFA 1FQAA 4F31B 1DTZA 4LZ8A 2DVZA 4NF6B 4LUBA 4BDLA 1B46A 2XXRA 2E0SA 3C35A 3OMBA 3KGCA 1Y4TA 3UIFA 4H6DA 2AYSA 2F36A 3TKDA 3CIJA 3GXAA 1MQGA 3VV5A 2Z8EA 3FASA 1OQGA 2DYXA 2Y7RA 2NOOA 3O29A 2QRYA 3FXQA 1MXUA 3BKIB 4AQ4A 5CBRA 2QS2A 1H3DA 1LSTA 2O1MA 4DCXA 2OBGA 1IQ7A 1LB8A 3OO9A 1LFHA 3MPLA 5L8DA 3A09A 3TCFA 5H8FB 5AA4B 1AMFA 4IO6A 5KCJB 2H25A 3IO4A 4PETA 2X7PA 3VLVA 2DXYA 3MPKA 4C1UA 3TTNA 3H6TA 4YB7A 3UORA 3LSWA 2ANJA 1R9LA 1B4ZA 1B5IA 3GBBA 1PC3A 3E3KA 5L9OA 2F34A 2ZMBA 2B65A 1N7XA 4U4SA 1JNFA 1P1NA 3OENA 1WODA 3H6WA 2OWTA 3O6GA 1IEJA 2ZYNA 3T93B 4XKNA 2O84X 4OXVA 5KZTA 3FXUA 3E9XA 1YCJA 4UACA 3CI8A 1MRPA 4NF5B 4EUOA 4KFQA 3SERA 4NF8B 4DZ1A 5I58A 2RINA 1B3LA 2UVGA 3L6GA 2PBWA 3MQ9A 4RK2A 2DSFA 4NF4A 4C0RA 4GQOA 2Y7PA 3BFTA 2F6PA 4YMBA 3KEIA 4YU0A 5EHSA 4WKMA 3T22A 1DSNA 2A5TA 1QW0A 1MQJA 1P1QA 3PPOA 4KYSA 2H9BA 2Z22A 4GF8A 3Q25A 3KOTA 5KDTA 1QKAA 1XVXA 2Z8FA 1MXVA 3S9LC 1TWYA 1MS7A 3IOVA 4IB2A 2VP1A 4THIA 3TELA 2DVCA 1B6HA 2OLBA 4PFWA 4DE8A 1ATGA 1B7ZA 1GVCA 4EQ7A 5TP9B 3B6TA 4H0WA 1UIUA 2DWHA 1XVYA 1VFDA 2F8DA 3QAXA 2DXRA 3I3VA 3K1MA 1LFGA 3FXRA 1UQWA 3MUQA 2XXPA 3PUXE 4YB6A 5DT6A 3IOTA 2P2AA 4U22A 1OLAA 5FTIA 5DYHA 1AL3A 3S4UA 4RJZA 2I4BA 2W7YA 1MQHA 3CG3A 3MVYA 4OESA 4IO7A 3O9PA 5M2VA 4ZEBA 1NNKA 4HTGA 4H65A 3M3FA 4QSEA 1B2HA 2M8CA 4OETA 4OERA 3VDFA 1B52A 1MM7A 3IB1A 3T9UA 3G3GA 4G77A 1FQEA 4DDDA 3HHFA 3VXBA 1USYH 4H8JA 3MW0A 1AOVA 1NNTA 1Z7ME 3G3JA 2HQ0A 1O7TA 4LQ2A 1PB7A 4X48A 1ZU0A 4QFLA 3O28A 1N04A 4Q0CA 2RKMA 2HZLA 3H4ZA 1BIYA 2DE3A 4O3CA 4C1TA 3MBPA 2RCAA 3ZSFA 2ESNA 2ABHA 4R6YA 3R7XA 1PBQA 1B7HA 3LSFB 1O63A 5L9SA 2H5YA 2QS3A 1LAGE 4RYAA 1R1NA 3CFXA 3N26A 3O2AA 1QVSA 2P1SA 4KQPA 1B4HA 4QSDA 2V84A 1OMPA 3FVKA 1SW4A 5DEXA 2XXQA 4WEDA 3G3HA 4G4PA 2GHBA 1I6BA 3VVFA 1P1UA 1NKXA 1D3KA 1MDP1 1IZ1A 2I4CA 1S9TA 2HFBA 4NF6A 5CMCA 1WDNA 1PBPA 2VD2A 4N07A 4KCCA 2D3IA 3PPQA 1SYHA 2PVUA 4MLVA 3KN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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