4OVJA

Extracellular solute-binding protein family 1 from alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius dsm 446
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DSKPVVTLTFGFWGDAKEEAVTLAAVKAFEKAYPNIHIQTEFGGPFNQYFTKLSTEVAGGNAPDIMQMDYEYIDAYAKEGQLLNLKGAKGINISTISPSVLKSGYIDGGLYGIPNALNNYAVIYDEAAFAKAGYHGQRVSWQQWADILEKVHKATGKWAENDDESWQTFGYWARQHGQHLYNASGTKLGFTESTLVSYLNYWANLRKEGVVPPGTVTSLIKQTADPTDPMVQGKSDAELTWVNYVVSLQSEMTRSLALALPPTQPGGEEGLYIKPSQFWSIYSKTKYPQQAELFVNFLLNNVQAGKALGLVRGIPVSSSVRTQLMASGTSAPEKAEFQLVNEALKVATPIDPPPPQHDKEIDQDFANMVQAVQYGKETPQQGAEQFMQEANDLLQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
publication title extracellular solute-binding protein family 1 from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
rcsb
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain atcc 27009 / dsm 4
molecule tags Transport protein
total genus 139
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA02
1ZJLA 4HW8A 3TEPA 3MZ1A 1TT1A 4TQUQ 1QUIA 3S9NC 2RCBA 3K02A 2XXRA 1IUDA 1A99A 4H5GA 4KYDA 1MXVA 3JV9A 1PBPA 1S50A 5CMBA 2I0BA 4U4XA 4H65A 4FATA 5JTYB 2G93A 1DPEA 3MC2A 1Y20A 1P1QA 3H7MA 2V84A 1B52A 2BJJX 1MXWA 3TYHA 2F78A 3MVZA 3KOTA 4F1VA 3C34A 1B3FA 3PUWE 2DS9A 5FTHA 3OXNA 1EZOA 1NNTA 1P1WA 4F18A 1MY1A 3EQ1A 3GBBA 3G3HA 4TLMB 5H8FA 3IOUA 2FYIA 1BKAA 4GIZA 1YCJA 2F7CA 4FAJA 2ABHA 3W9VA 1D3KA 1LBBA 4YKKA 2O7UA 4IGRA 4ELRA 4NE4A 3RUMA 4LQ2A 3T96B 3CFLA 1R6ZA 3PPOA 1SI1A 1O63A 3N6TA 4NEDA 3O9PA 4JSDA 4FIMA 4ELOA 4PFUA 4QHQA 3OD7A 2A5TA 1PBQA 2E0SA 3BKIB 2P2AA 1UIVA 2HCAA 2RKMA 3T22A 1B0HA 5EHMA 4DDDA 3CI8A 1FTKA 3UIFA 5CMCA 1B46A 4RK2A 2ZYNA 3MQ9A 4OQOA 1R9QA 1OQHA 1M5FA 3OELA 1B4ZA 4KYSA 1VR5A 5CRYA 3S2VA 3C35A 2UYFA 3M3KA 3KSJA 2ONRA 1HSJA 2DP8A 5AA3A 2AIXA 2O7IA 2QPQA 3MAMA 3UGWA 2YPNA 5J1DA 2THIA 2QMXA 1MY2A 3OO9A 4IO5A 2QS2A 4R75A 4QF9A 1TFAA 1B3GA 4MFIA 3U72A 4G8NA 1IXGA 4ZECA 3RPWA 2H5YA 3CFZA 3CRBA 3B6QA 4BDRA 3VVDA 1JVYA 3MPLA 3KN8A 3TAJA 5KDTA 2Q9TA 1MH3A 3FD3A 4I9DA 4PP0A 3CR9A 4EUOA 1ZMGA 5CI5A 4PFWA 3V8XB 1BIYA 4H8IA 4ZE8A 3TCGA 2ALUA 4PFTA 3IB1A 5CBSA 3WAFA 4MLVA 3FVKA 3U93A 2RF1A 4GLIA 3B7DA 1IXHA 3LSLA 3DLNA 4DZ1A 1N04A 1EH3A 5LOMA 1MG1A 4XKNA 4IO6A 3ILTB 1GGGA 2AL5A 5TP9A 4Q8RA 1B40A 1FQFA 1RKMA 2OBGA 2DXRA 1YTVA 3KZGA 3FATA 3PUXE 4IB2A 3H6UA 4R6KA 1O7TA 4H1XA 1MQDA 1AL3A 3G3JA 4GD5A 5AA4B 3P7IA 4ISUA 3N94A 2D21A 3PU5A 4OEVA 2O68A 1URSA 4H67A 5DYHA 5CMKA 1A8EA 4EXLA 3DP8A 5DTBA 2H4IA 3SKPA 4I62A 2E1SA 3HN0A 4WEDA 1SI0A 3K6UA 4PQJA 1B7ZA 1B1XA 3K4UA 1N76A 3CFXA 5CMMA 3ZSFA 3UN6A 4OENA 3CG1A 1P1OA 3B6TA 2QSXA 3H3GA 3I5OA 4G77A 4F2OA 4R74A 3K0VA 4PFYA 1XOCA 1FQAA 3S9MC 4X1DA 1QJMA 3K1NA 4IO2A 4KCDA 5CBRA 3VFJA 2XXWA 2ZNTA 1VFEA 3O28A 1B05A 3TMGA 2DVZA 4NTLA 3KJ7A 4M4GA 2P0SA 3QYTA 4NF5A 3KSXA 2NUVA 4ZZEA 3RTFB 1FQDA 1RYXA 1XVYA 4LONB 4XIGQ 4WXJA 3K2DA 1OLCA 3U1OA 3QXMA 4BDMA 2I4BA 2X26A 5A5XB 4KQPA 1J1NA 1JEUA 1US5A 3MVYA 5HM4B 2DWAA 3IORA 1LGBC 3F11A 1OMPA 4GOTA 1BLFA 3QSLA 1I6BA 4L17A 4ZZAA 3S9EA 3EPEA 4GRKA 1IIWA 1NMUA 4JWXA 2Z8DA 4WEPA 3DP6A 5TU0A 1PB9A 4YICA 3OMBA 4QRZA 3K1PA 1A8FA 4JWOA 4GL8A 3PUZE 1B3EA 4ND9A 4YU0A 4FORA 3T9UA 1EZ9A 2ESNA 2UYEA 4K3FA 4OVJA 5FHOA 4RJZA 1JQFA 2R71A 3MZBA 3TUSA 4EQBA 4FEBA 4THIA 5I58B 4LUBA 2W7YA 1DSNA 2REJA 1DMBA 1JEVA 1D9YA 3TPAA 3PD9A 5KZTA 3IK6B 2XX8A 4BDNA 2I49A 3MUQA 2OWSA 3E9XA 2RC9A 5F1QA 3ZS6A 1B5JA 1PC3A 5I2KB 4OEUA 1LBCA 4IO4A 3I6VA 4EDPA 1A54A 2RC7A 1JW4A 3K1MA 4F1UA 1IXCA 3VV5A 3IOVA 3TELA 4R72A 3RGYA 2Q2CA 3BFTA 1DTZA 3G3IA 2PT2A 4RYAA 4NF4B 1B7UA 1MRPA 2REGA 3EN3A 1MPDA 1IEJA 3Q29A 4I1DA 4LQ5A 1FTLA 5K2XA 1QUJA 1JNFA 4RA1A 4OTEA 2Y7KA 4QFKA 1HSEA 3FXUA 1QVSA 2F8DA 1XC1A 1R1NA 2I6EA 2ZXTA 3VLWA 3KN3A 3OEKA 1Y3QA 1MDQA 2XD2A 3MP8A 3GXAA 4FE8A 4O3AA 1LAFE 4KD5A 1USYE 1LSTA 1LAXA 3Q26A 1AOVA 1LAGE 5H8NB 2DQVA 5DVJA 1SW2A 4TOZA 1XS5A 1B4HA 2QMWA 4H5FA 4YMAA 2YLNA 5H8HB 5IKBA 3OOAA 5M2VA 1F9BA 1RYOA 4LA9A 3FV2A 4XKPA 4Z7EA 3PUVE 3USDA 3H03A 1N7WA 2I3VA 4G68B 4F3PA 5CC2A 3IB0A 4MBPA 3O6IA 5AA4A 4KHZE 3SEWA 4AB5A 4UACA 2KLFA 2CZLA 4M1VA 5EYFA 3EHUA 2Z22A 3VVFA 4G8HA 1PDAA 4AQ4A 4N6PA 3H06B 3MP6A 1SW5A 3KEIA 4ZEKA 3ONMA 3N5LA 5ITPA 5K2YA 1ZIUA 4NF6B 2Y84A 4RXLA 3VXCA 1SQYA 3R7XA 4OFOA 3HPIA 5TPAB 2F34A 3H6WA 4U22A 3QIMA 4GF8A 4DXCA 4BDQA 1QW0A 3KBRA 1UTBB 1MXUA 3PMVA 3G7WA 2D3IA 3FJGA 3TDJA 4YB6A 1FTOA 4YZZA 2V93A 3SESA 1A40A 2XXQA 1LB9A 5DT6A 1JW5A 1LFHA 2Y7IA 1Y4CA 5DEXA 3O66A 2H25A 4PE5B 2XXIA 1ELJA 1UTHA 4ZEIA 5AA2B 2XX7A 2DWHA 3HV1A 2VD3A 3QK6A 1Z7ME 4P0GA 5A5XA 3VLVA 4QSCA 2XHDA 1IXIA 2AL4A 4F3BA 2ZYKA 3PD8A 1N3WA 1MM7A 1ZKBA 4HS7A 3IOTA 4U2RA 1PB7A 3OO6A 4GXAA 1GVCA 3MW0A 3TQWA 1QKBA 3VDFA 2B65A 2ZYMA 1VFDA 2A5SA 1TXFA 2HQ0A 3WAEA 3TZAA 3IJXB 2O1MA 1NNKA 4FECA 3FXRA 4U4SA 1SVXB 1M5CA 1GTKA 3K6XA 5HBCA 1SD3A 1URGA 4G8MA 5B7DA 2GHBA 4EXKA 2HAUA 3T9HB 3BFUA 5I58A 3U92A 3Q27A 4NWDA 1SDXA 1WDNA 3ECRA 3FXQA 4QFLA 4YMBA 3R6UA 2IEEA 3K01A 1JW1A 4EQ9A 2OLBA 4X1BA 5JEIA 4EQ7A 2O51A 1MQHA 3ZKLA 1IZ1A 3LR1A 3C9HA 3IJOB 4YAHX 1B32A 5I2KA 4BLAA 4GFRA 4LP2B 1ZBMA 3EF7A 3MP1A 3IX1A 1MY0A 4OXVA 1Y9UA 4R6YA 2QJEA 1B58A 2I48A 4IY6A 4ELQA 1FQCA 3G3FA 4YKPA 1B9JA 2NWJA 2PT1A 3OEMA 2H99A 4ECFA 4QFPA 2HXWA 4NF8B 5HPQA 3HO7A 3L6HA 3K00A 3GBAA 3S9LC 4NF4A 1TWYA 4X48A 5ELVA 4RPOA 3FV1A 2HZKA 3A3UA 2G29A 3T9VA 4DIGA 4HTGA 1LCFA 1TFDA 3V5AA 1MXXA 4F29A 2GRVA 3RY3A 2I4CA 4TLLB 1BTJA 3TQLA 2Q88A 3TTRA 1POY1 1US4A 1MH4A 4MLQA 3ODBA 3JYRA 1MM6A 2PX1A 3TCFA 2ANJA 4XTCQ 1NNFA 1GR2A 4IGTA 4NMYA 3A09A 4F1YA 2Q2AA 3SEVA 4ZEBA 5JTYA 5H8NA 1N84A 2P1SA 3M8UA 4N13A 5H8HA 3G3GA 1UQWA 1EU8A 4E0WA 1A55A 4G68A 4QSEA 1VSOA 1P1UA 2UVGA 4JDFA 3HSTA 3C31A 2DXYA 2ZMBA 5BWJA 3CSGA 3KGCA 1B5IA 2DOJA 5AA1A 3Q25A 5H8SA 2GH9A 3VLUA 3T66A 4U1ZA 3TTKA 4C0RA 2UXAA 1SW4A 1Q1KA 5KDTB 2XD3A 4GXSB 1BP5A 2DSFA 2ONKE 5ITOA 1Y4TA 1B7HA 3VVEA 1MQJA 3D4CA 4KYEA 4DCYA 1B1HA 5L9SA 1FTMA 3LSXA 2PBWA 3DELB 1UTBA 1B2HA 4IY5A 2FNCA 5I2NB 3MBPA 1N7XA 3VXBA 2LAOA 2R9JA 3RNNA 3O6HA 1AIVA 1MPBA 1OVBA 3PUYE 1Y1ZA 2DE3A 1DPPA 2DE4A 1OVTA 3E3KA 5DVFA 3Q28A 1WODA 4HCYA 2O84X 3SERA 3HHFA 3OENA 2QL3A 4HCWA 5FHMA 1USYH 1M5DA 1L5TA 5JK4A 1Y1MA 4GL0A 5AA2A 4OHNA 4JB7A 4O3BA 3A3CA 3L6GA 3QUJA 4DXBA 2HAVA 1ATGA 1LB8A 2V3TA 2XXPA 2Y7RA 4F3SA 1H45A 3THIA 1URDA 5F7VA 3FVNA 3FGSA 1N3XA 1OQGA 1IQ7A 3SDFA 3H6TA 1YAEA 5I59B 2WKYA 4JBZA 4KFQA 1I6AA 1FW0A 4ZDMA 5I56B 1FQBA 3PPPA 2ZYOA 1B51A 3PV0E 5DVIA 3T93B 5IAIA 2OJTA 4ZS9A 3KOSA 1B3HA 4EF2A 4KI0E 3LSWA 4U1OA 3C33A 4PETA 2XXUA 2QS3A 4POXA 5KCJB 1Y3NA 4F39A 5I84A 2M8CA 2OK2A 1IITA 2RC8A 1Q35A 3K6VA 3PPQA 2UVHA 3C32A 2D5WA 1D9VA 3OSQA 4H0WA 4JWYA 3IL1B 4NF5B 4IO7A 3TTNA 4OZ9A 3T9XB 1ANFA 2XX9A 2PVUA 1MQGA 1R9LA 2DWJA 1MY3A 2DE2A 1SW1A 3U8QA 4KCCA 3FVOA 4WKMA 2B3BA 3SEXA 4EF1A 1B5HA 3MPKA 1VE4A 5FHNA 1A7LA 3RQTA 1AH5A 2F5XA 2XXHA 4NF8A 1WVJA 1CE2A 4LVQA 3DP4A 3N6UA 1P1NA 4F22A 3BBRA 4UA8A 2OZZA 1MS7A 1ZLQA 3RT6B 1JETA 3QUFA 1OLAA 3W15C 4OFJA 3B6WA 4H6DA 1UIUA 2ZNUA 5EHSA 2Z23A 3TODA 3KFMA 2VHAA 4R2BA 3K6WA 5ICQA 2YJPA 4POWA 1XVXA 1MQIA 2ZNSA 4LZ5A 1Y3PA 3MVWA 4OWDA 2O6AA 4R9GA 4F31B 3EHTA 4OFLA 3UP9A 5I57B 1QKAA 2Q8JA 4H8JA 2HFBA 3LC8A 4ESWA 4X9TA 3RLFE 2I58A 1NH8A 5H8QB 3DM0A 2F7BA 2F6PA 3AXFA 4RK9A 4DXUA 4ZEDA 3I3VA 4C1UA 4LATA 1SYIA 4DE8A 1N0TA 3IR1A 4AB6A 4YB7A 1LAHE 2Y7WA 1H76A 2V25A 3OO8A 2H9BA 1NH7A 3KG2A 1M5BA 2VP1A 1B3LA 2R6GE 3RT8A 2NVUB 1SYHA 3QAXA 1MPCA 4ZE9A 2XXYA 5ICTA 1OIBA 3O2AA 4QFOA 2OCUA 5ISUA 3MWBA 3PMXA 4KPTA 4ELPA 1KWHA 3MJNA 3D4GA 1DTGA 2Q89A 2F36A 4GWOA 4Q0CA 3E13X 4OESA 4P11A 4BDLA 1MXZA 3OSRA 2DWIA 2O69A 1T0KA 3FJMA 3UK4A 3RN8A 5I2NA 2V3QA 2DVCA 2QS1A 1ZTYA 3KJTA 3V89B 4FEDA 2RINA 3C36A 1M5EA 1B6HA 3ZKKA 1YPNA 3UORA 4GQOA 3E4RA 5B70A 2X7QA 4GVOA 1HSLA 1PB8A 4Z0IA 3V83A 2XXVA 2Z8EA 3ILUB 2V3UA 3FIRA 5L8DA 1MXYA 2GFEA 5FTIA 4F19A 2PMSA 5H8FB 4BDOA 1LCTA 4R2FA 4RPNA 2IA4A 1H3DA 4MF3A 2OWTA 2VGQA 4IO3A 3TKDA 3G3KA 3O29A 3O6GA 3LSFB 1NNPA 3IO6A 2UVIA 1I69A 3TCHA 5I59A 2B3FA 4G2ZA 2F97A 1S7YA 5CM6A 3R26A 3PPNA 5AE4A 2XXTA 5I56A 4P0IA 5BUUA 1JVXA 4XXUA 2A5TB 3FUZA 1CB6A 1PEBA 2AYSA 2HZLA 1AMFA 3TFLA 1O64A 4DCXA 1POTA 3N26A 1NL5A 3SEUA 1S9TA 2HEUA 3UA8A 3S4UA 4Q30B 4YB5A 3RTWB 2RCAA 5KCJA 3GZGA 2CMOA 2UVJA 4QSDA 1DOTA 3FVGA 4F3GA 2XXXA 3CG3A 3MVXA 3H6VA 2I3WA 4I8CA 1FQEA 5DEXB 4YKJA 4KR5A 1NFTA 2X7PA 1UTHB 3PGFA 3FASA 1MDP1 1P99A 3CIJA 1LFGA 3H4ZA 2F6GA 4YKIA 4ESXA 4G68C 2DYXA 1GV8A 4OYVA 4F2QA 1SBPA 1ZU0A 1XHYA 3IOWA 4R73A 4LZ7A 3PPRA 4JXIA 3MZ9A 4R6HA 1H43A 2VOZA 3IO4A 3CVGA 3FJ7A 4OMBA 2Z8FA 3SEYA 1LFIA 4XKRA 2ONSA 2H98A 4NF6A 3U94A 2NOOA 3TTLA 2O1LA 2QS4A 5TPAA 3IB2A 3OO7A 3M3LA 3CSBA 1D4NA 4G4PA 5L9OA 4NWCA 2VD2A 3LUYA 4E0XA 2F35A 3EHSA 3O97A 4ONYA 2PYYA 2F7AA 3GLBA 4Q5TA 4XKQA 2NXOA 4OETA 1II5A 1I6QA 3LBSA 4U23A 2GHAA 2I0CA 4QFNA 1B0LA 4JSOA 3SETA 1H44A 1QUKA 5TP9B 1LLSA 5I57A 3IAZA 5L9MA 4R9FA 2QRYA 2Y7PA 3PMWA 3FZVA 4DLDA 4O3CA 5H8QA 1Z7NE 1XT8A 4N07A 1NKXA 4MH5A 4ZEFA 1FTJA 3VE1B 3JZJA 3W9WA 4OERA 1FCKA 3HHGA 3M3FA 1EZPA 3KN7A 4RNSA 3TTMA 1QULA 3HCQA 3C4MA 5AA2D 4FJPA 4U21A 4LZ8A 4RY1A 2FA7A 1MY4A 4C1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZJLA 4HW8A 3TEPA 1DBZA 3B50A 1FPDA 2XWIA 2CZHA 5EYGA 3MZ1A 1TT1A 2WYKA 2JJKA 4TQUQ 1LBWA 1QUIA 3S9NC 2RCBA 3K02A 2XXRA 1FPKA 1IUDA 4O94A 1FJ6A 1A99A 1LBXA 4H5GA 4KYDA 1MXVA 4MX6A 3JV9A 4OVQA 4MNIA 1PBPA 1S50A 5CMBA 2I0BA 4U4XA 4H65A 4FATA 1FBGA 5JTYB 5IZZA 2G93A 1DPEA 3MC2A 1Y20A 1P1QA 3H7MA 3IFAA 2V84A 1B52A 2BJJX 1MXWA 3TYHA 2F78A 3MVZA 3KOTA 4F1VA 3C34A 1B3FA 2ZZWA 4P56A 3PUWE 2DS9A 5FTHA 3OXNA 1NUXA 1EZOA 1NNTA 1P1WA 4F18A 1MY1A 3EQ1A 3GBBA 3G3HA 4TLMB 5H8FA 3IOUA 2FYIA 1BKAA 4P47A 4GIZA 1YCJA 2F7CA 4FAJA 4MHFA 2ABHA 3W9VA 1D3KA 4PTKA 3QMFA 1LBBA 3T1BA 4GWYA 4YKKA 2O7UA 4IGRA 4ELRA 4NE4A 4O7IA 4MNPA 3RUMA 4LQ2A 3T96B 3CFLA 1R6ZA 3PPOA 4NAPA 3BIHA 1SI1A 1O63A 3N6TA 4NEDA 3O9PA 4JSDA 4FIMA 4ELOA 4PFUA 4QHQA 3OD7A 2A5TA 1PBQA 2E0SA 3BKIB 2P2AA 1UIVA 2HCAA 2RKMA 3T22A 1B0HA 5EHMA 4DDDA 1NUYA 3CI8A 1FTKA 3UIFA 5CMCA 1B46A 4RK2A 1QGXA 2ZYNA 3MQ9A 4OQOA 1R9QA 2CZIA 1OQHA 1IMCA 1M5FA 3OELA 1B4ZA 4KYSA 1VR5A 5CRYA 2XWOA 3S2VA 3C35A 2UYFA 3M3KA 3KSJA 2WX9A 2ONRA 1HSJA 2DP8A 5AA3A 2AIXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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