4OVJA

Extracellular solute-binding protein family 1 from alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius dsm 446
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DSKPVVTLTFGFWGDAKEEAVTLAAVKAFEKAYPNIHIQTEFGGPFNQYFTKLSTEVAGGNAPDIMQMDYEYIDAYAKEGQLLNLKGAKGINISTISPSVLKSGYIDGGLYGIPNALNNYAVIYDEAAFAKAGYHGQRVSWQQWADILEKVHKATGKWAENDDESWQTFGYWARQHGQHLYNASGTKLGFTESTLVSYLNYWANLRKEGVVPPGTVTSLIKQTADPTDPMVQGKSDAELTWVNYVVSLQSEMTRSLALALPPTQPGGEEGLYIKPSQFWSIYSKTKYPQQAELFVNFLLNNVQAGKALGLVRGIPVSSSVRTQLMASGTSAPEKAEFQLVNEALKVATPIDPPPPQHDKEIDQDFANMVQAVQYGKETPQQGAEQFMQEANDLLQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title extracellular solute-binding protein family 1 from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
rcsb
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain atcc 27009 / dsm 4
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
total genus 139
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA02
1M5FA 1MXUA 4N6PA 4ZE8A 3UGWA 3R6UA 4FIMA 4F22A 1VE4A 1B0HA 2P2AA 2RINA 2O51A 2PVUA 5ITOA 4KYEA 1LAHE 1SW2A 3RGYA 4ELOA 3AXFA 5KDTA 5DEXA 2HFBA 1JQFA 4GFRA 4G68B 3TFLA 5CM6A 1D9YA 4OEVA 2THIA 3O97A 4R73A 4TOZA 4DCXA 4EXLA 4F3PA 5AA4A 5LOMA 1AH5A 1QKAA 1Y4CA 2NXOA 2QL3A 2Y7KA 4G68A 2DWAA 4U21A 3FV2A 2X26A 4H5GA 4GLIA 4U2RA 2F7BA 3T22A 1D3KA 3PUZE 5JTYA 3G3FA 1Y20A 2UVJA 3PPQA 2AL4A 3S2VA 3SEVA 3VFJA 3C31A 3QXMA 2Z8DA 3GLBA 4LVQA 3M3FA 1MM7A 3TZAA 5IAIA 4FECA 1FTLA 2DE3A 4QFLA 3MBPA 1LGBC 2W7YA 3V5AA 3U8QA 5I58B 4QFKA 1MY1A 4PFYA 5ICQA 3C34A 3FVNA 1MXXA 4DIGA 2F6GA 4TQUQ 4F3BA 2QJEA 2V3UA 2UYEA 3MVXA 1OQHA 3KJTA 2GHAA 3Q27A 3K1NA 4GF8A 4OEUA 2DSFA 4PFTA 4R2BA 4QRZA 3RT6B 1FTJA 4JSDA 2ALUA 2XX8A 3BBRA 4IO7A 3KJ7A 4LP2B 4QHQA 3THIA 1MQGA 2RCBA 2F8DA 1IQ7A 1B7ZA 2H99A 3FJ7A 1FQEA 1LB8A 1MQIA 1POTA 1UTHA 3A3UA 3KGCA 5DVIA 5AA2D 3CSGA 2E1SA 1JEVA 2DVZA 1NFTA 1QW0A 3DP8A 3E3KA 3MZBA 2QS1A 4NTLA 4R9GA 3QIMA 1B0LA 3FXUA 4Q5TA 3FJMA 5TPAA 3RN8A 2I48A 3PPPA 2F78A 1ZJLA 4OQOA 3O6HA 1MQDA 3OD7A 1Z7ME 4X48A 4H0WA 3S9NC 3FVKA 3FXRA 4GQOA 2XX9A 4UA8A 3FIRA 3F11A 2WKYA 4IO3A 3G3JA 3V89B 2XXQA 4LZ7A 3VLWA 4F29A 2LAOA 2O1MA 2HZKA 1B3HA 3CG3A 2UVGA 4OMBA 1EZ9A 4ZEDA 1MQHA 4YB7A 2XXHA 3MP1A 2BJJX 1S9TA 3IB2A 3HSTA 4F1VA 5HPQA 2ZYNA 4YB6A 4E0XA 3VXBA 1B3EA 1HSLA 4NF5A 3FD3A 3C35A 3Q25A 1B3GA 1JW4A 1S7YA 3PUYE 3GBBA 4XIGQ 1B6HA 4LA9A 4R75A 2Q8JA 4BDOA 3BFUA 3EF7A 2AL5A 4ZEIA 2RKMA 1D9VA 3KFMA 1Q35A 1XVXA 1SQYA 1LFIA 4G8NA 4NMYA 4JB7A 1B1XA 1KWHA 3Q28A 5K2YA 1A8FA 2XXPA 1B5JA 2XXIA 2M8CA 1DSNA 1O64A 3TKDA 1PC3A 2V93A 4KYSA 5F7VA 3H6UA 3H6TA 4MBPA 4Q8RA 5TPAB 4U4XA 3TCGA 3U93A 1FTKA 2H9BA 5BWJA 1R9LA 3L6HA 4QFNA 4ELPA 1B40A 1SVXB 5I84A 1UIVA 1N7XA 3O66A 5DVFA 3ZKLA 1ZLQA 2DWJA 3KSJA 4KYDA 5TU0A 3TQLA 4IGTA 4R72A 2F35A 5L8DA 3UIFA 4F3SA 3LR1A 4Z0IA 4F1YA 1DOTA 3KOSA 3S9LC 1ZTYA 4ZS9A 4HCYA 4BDLA 5HBCA 2RF1A 5CMCA 2Z8EA 4GWOA 3MP8A 3H6WA 3C33A 5L9SA 5KDTB 2O69A 3JV9A 1FQCA 1OQGA 5K2XA 1PBPA 1SW5A 2DE2A 5J1DA 1DTZA 3TDJA 3ZKKA 3A3CA 2G29A 4DZ1A 2NWJA 4H8JA 1ELJA 3ONMA 2HAVA 1B5IA 4F1UA 1JVXA 3A09A 3LUYA 4ZDMA 5TP9A 1P99A 2GHBA 3KSXA 4F3GA 1MG1A 4R6HA 3CVGA 5JTYB 3HN0A 4BDNA 3IB0A 3T66A 4G8HA 3K0VA 2B65A 5FHMA 1A7LA 1JNFA 3W15C 4F19A 5KZTA 3LSXA 3T9UA 4XXUA 4XKRA 3PGFA 4AQ4A 5AA3A 4X1DA 4FEBA 3K1PA 2REGA 1P1NA 2OWTA 3PU5A 4IY6A 3RPWA 3W9WA 1DPPA 1WVJA 3JYRA 2QRYA 1LBCA 1S50A 2VHAA 4KQPA 4H8IA 4P11A 5H8HA 3TTLA 4BDRA 1TT1A 3WAEA 1LLSA 5EYFA 2CMOA 1B05A 3MZ9A 1URSA 2F7CA 4JSOA 4ZEBA 1XS5A 2Z23A 4YAHX 2VD3A 4OTEA 2UXAA 1PB8A 2IA4A 3CG1A 2R9JA 4RPNA 4WEPA 4DE8A 5CC2A 5JK4A 4F2OA 1I6AA 2QSXA 2I0BA 2NUVA 2UVIA 4YZZA 1YAEA 4PFUA 1R6ZA 2V3QA 4H5FA 2H5YA 4H1XA 4F39A 2XXUA 2DP8A 3CFLA 3FASA 4THIA 1QULA 5H8QB 2QS3A 3Q29A 4G8MA 4R74A 4IO5A 1L5TA 3CRBA 2X7PA 3CSBA 4EF2A 3EPEA 3K00A 3IOUA 4HS7A 1OVBA 2OZZA 2QS2A 4GD5A 3S4UA 4LUBA 5ICTA 3MPKA 2KLFA 4WKMA 1BLFA 1B51A 4MF3A 1TFDA 2Q9TA 3TQWA 4GXAA 3RLFE 3SESA 1EH3A 4OERA 1F9BA 5CBRA 3LSFB 4HCWA 5EHMA 3P7IA 1M5DA 4LQ5A 1XVYA 1N7WA 4GXSB 2AYSA 4BLAA 5I57B 3Q26A 4RY1A 1SW4A 3OO9A 3USDA 3IB1A 1P1WA 2I3WA 3HPIA 3LSLA 4PFWA 3CR9A 4YB5A 1AMFA 1TWYA 3K6VA 3OO6A 3PMVA 5A5XA 4U1ZA 1GVCA 3FVGA 2B3BA 3M8UA 3U94A 3O9PA 1MH3A 2DWHA 3B7DA 3MC2A 3MUQA 4WEDA 5AA1A 3SDFA 3SEUA 3WAFA 4FAJA 2R6GE 5H8NB 3ODBA 3HO7A 4KFQA 2DOJA 4NF6A 4YICA 5ITPA 3V83A 5CMMA 4JDFA 4LONB 1P1QA 3T9HB 1IXHA 2XXYA 1USYH 3H3GA 4GIZA 3E13X 3N26A 4YMBA 5HM4B 3IO4A 3TCFA 3FGSA 1VSOA 3K6XA 4MFIA 3UP9A 1R1NA 2FYIA 2RC8A 3PUXE 2UYFA 1ZIUA 1IZ1A 1FCKA 4GVOA 2RCAA 2ZYOA 1CB6A 3H4ZA 4GL8A 2XXWA 3K02A 2Q89A 4Q0CA 1A54A 4H6DA 4O3BA 4U4SA 4X1BA 5DT6A 5H8FB 5AE4A 2H4IA 2GFEA 3IX1A 3G7WA 4OXVA 1MXZA 1P1UA 1XOCA 3EN3A 5DTBA 5TP9B 1NNFA 4OESA 1JETA 1I6BA 4IO4A 3UN6A 1ANFA 1CE2A 1LCFA 3I5OA 5CI5A 1MXYA 1EU8A 2I4CA 3O2AA 3PUWE 2Y7RA 4GOTA 4YKJA 1ZBMA 1MM6A 1EZPA 3SKPA 2A5TA 3IJXB 4KHZE 1MQJA 5H8SA 1H43A 4R6KA 1NNKA 4UACA 1UIUA 4EQ7A 3IJOB 4LZ5A 2I4BA 3MPLA 4BDMA 3MQ9A 4NF4A 3EHUA 4ELRA 1B4HA 5CMKA 3OMBA 2X7QA 4O3CA 3ILTB 3TTRA 1YTVA 4I62A 1B52A 1UTHB 3OO8A 5ELVA 1M5BA 1FQDA 3OSQA 1NNPA 3SEXA 3TTMA 4I9DA 1A8EA 3KBRA 4IGRA 3K6WA 2VP1A 3QK6A 3E9XA 1SYHA 3RY3A 4OHNA 3QSLA 2DE4A 1N76A 5I2NB 1IUDA 1MRPA 4K3FA 4ONYA 3OEMA 3D4CA 1QUJA 3B6WA 2Y7WA 3VXCA 5EHSA 3ZSFA 4C1TA 1T0KA 3N6UA 2IEEA 4AB5A 2ONSA 3N6TA 3HV1A 3KN7A 1MS7A 4KR5A 3TAJA 3VE1B 1B5HA 4OZ9A 4RXLA 1GGGA 3T9VA 1B3LA 1B32A 1NH8A 3MAMA 2XXTA 2Z8FA 3KN3A 4QF9A 1MY4A 1MPCA 2PT1A 4TLLB 2Q2CA 1IXCA 1R9QA 3B6QA 4LZ8A 4P0IA 1IIWA 2A5TB 2O84X 1SD3A 3FJGA 3GBAA 2B3FA 5B7DA 2DWIA 4OFJA 1NNTA 3TTKA 5CBSA 3ILUB 3QYTA 5DYHA 3MW0A 3U1OA 4X9TA 1LAFE 2P1SA 1QUIA 3PV0E 3VV5A 5I56A 1M5CA 2H98A 4ELQA 3OO7A 1AIVA 1US5A 3MVWA 1LAGE 4RJZA 1LSTA 2I0CA 2F7AA 2PYYA 2VGQA 2ZNSA 3CFXA 4O3AA 2OJTA 2PT2A 4MLQA 1YPNA 3RT8A 3CFZA 4IO2A 5FTHA 5AA4B 1LFHA 2F34A 1B2HA 2Y7IA 2PMSA 3OEKA 1LFGA 2H25A 2HQ0A 2HZLA 4PETA 5DEXB 3R7XA 3PUVE 5JEIA 1WDNA 4R9FA 4G4PA 5L9OA 4I8CA 4OVJA 2ZMBA 4KD5A 1MH4A 1SDXA 1H76A 5I57A 1JW1A 3TELA 2OK2A 3DP4A 2DS9A 4JXIA 1A55A 3T93B 1YCJA 1OLCA 2ONKE 3C9HA 1IXIA 3E4RA 3SETA 2Q2AA 3MP6A 4NF5B 1VR5A 3C36A 4ZZAA 3SEWA 1I69A 1B4ZA 4QSEA 1QKBA 1VFDA 5AA2A 1UTBB 4EUOA 3QAXA 4ZZEA 1URDA 3EQ1A 2ONRA 3IAZA 3PPNA 4JWOA 3IOTA 3PPOA 2Q88A 3TPAA 2OBGA 1J1NA 4ESXA 1LCTA 1Y3QA 3BFTA 2XD3A 1PB7A 1P1OA 2GH9A 4FORA 4YU0A 3QUJA 2ESNA 1XHYA 4OFLA 2D3IA 4HTGA 3TODA 1XC1A 5I2KA 5I59B 3IK6B 4NWCA 3UA8A 3CIJA 4JWYA 5I56B 1WODA 1OMPA 1NL5A 2V25A 4ZEFA 3S9EA 1US4A 4DXCA 1PB9A 1BP5A 2I49A 3MVZA 4G77A 1FQFA 3HHGA 3RTFB 1JW5A 2FA7A 3IOVA 3H06B 2Y7PA 3G3KA 2YJPA 2HXWA 3TTNA 1TXFA 4GL0A 1H44A 1QJMA 3K2DA 4DXBA 4F31B 1MXVA 4EXKA 2HCAA 3KG2A 5H8NA 4JWXA 3B6TA 4U1OA 3RUMA 1GTKA 2HAUA 1Y1MA 3LC8A 4LATA 3VLVA 2REJA 4E0WA 4ZE9A 3IL1B 2NVUB 2O6AA 3C32A 3DLNA 3G3GA 4FE8A 4MH5A 5BUUA 1FTMA 3O6IA 1URGA 1MY0A 2P0SA 2PX1A 1B58A 4C0RA 1FTOA 1POY1 4PP0A 4ECFA 1NMUA 4QFOA 1MY3A 3M3KA 4U23A 3IR1A 2RC7A 3GXAA 4YKPA 3N94A 4YMAA 1JVYA 2F6PA 3DM0A 4KCCA 4NF6B 4OENA 2O7UA 5B70A 3G3IA 3UORA 4EDPA 1PDAA 2ZYMA 3FXQA 1O7TA 1ZU0A 2VOZA 4ISUA 4TLMB 4EQBA 2I6EA 2DQVA 4NWDA 5I2KB 2ZNTA 4OETA 2F5XA 4DLDA 4Z7EA 2R71A 3KEIA 1ZKBA 3MJNA 3VVFA 3VLUA 2ZNUA 3SERA 1BTJA 3FUZA 4POXA 4RK9A 5KCJB 4M1VA 3SEYA 1M5EA 1USYE 2D5WA 4RK2A 5DVJA 1BKAA 5L9MA 1II5A 2OWSA 1VFEA 1LB9A 2RC9A 1DMBA 3OOAA 4R2FA 3PD9A 1RYXA 1Y1ZA 3LBSA 3PMXA 5FHOA 5ISUA 2ABHA 1N04A 4ZECA 1UQWA 1Y4TA 2YLNA 1I6QA 1H45A 4NEDA 4F18A 3K01A 4H65A 1B3FA 4FEDA 1OVTA 4NE4A 4OWDA 1GV8A 4AB6A 1QVSA 4DXUA 2YPNA 1Z7NE 4XKPA 1MDQA 1GR2A 3LSWA 4JBZA 5CRYA 4POWA 1IITA 3N5LA 4NF4B 2O7IA 1MPBA 3FV1A 2DVCA 3MZ1A 1SI1A 1RKMA 2O68A 4QFPA 3T96B 3O6GA 3IOWA 3U72A 3OENA 2V84A 5CMBA 2F36A 4HW8A 5I59A 2PBWA 4FATA 4XKQA 3IORA 4RA1A 4RPOA 5M2VA 5KCJA 1SBPA 1A99A 1N0TA 3MWBA 1ATGA 3VDFA 5I58A 2XXXA 1O63A 2DXYA 2FNCA 3RTWB 3KZGA 4F2QA 1UTBA 1IEJA 2XX7A 2E0SA 4OFOA 3R26A 4G68C 1Y3NA 1EZOA 2A5SA 3DP6A 2V3TA 3H7MA 2I58A 4QSCA 2VD2A 1B7HA 1NKXA 4BDQA 4H67A 4ESWA 4G2ZA 3IO6A 2Z22A 4YKIA 3I3VA 4EF1A 1HSJA 2NOOA 4FJPA 1B1HA 3EHSA 3K1MA 1AL3A 3U92A 3TEPA 2OCUA 1NH7A 3BKIB 3KN8A 4LQ2A 1B9JA 1AOVA 1ZMGA 3GZGA 4ZEKA 3V8XB 5I2NA 3TYHA 4KPTA 4I1DA 1XT8A 1RYOA 3FZVA 4XKNA 1MY2A 4IO6A 3I6VA 1N84A 1FQBA 3O28A 3CI8A 4MLVA 1LAXA 3G3HA 4NF8B 3K4UA 4YKKA 3C4MA 1OIBA 2QMWA 3O29A 4N07A 1PEBA 1SI0A 4EQ9A 2UVHA 1A40A 4PE5B 3S9MC 3TCHA 2DXRA 2AIXA 2OLBA 2CZLA 1OLAA 2I3VA 2XXVA 1PBQA 4IY5A 4XTCQ 5IKBA 1SW1A 3MVYA 4GRKA 3RNNA 1D4NA 5FTIA 1B7UA 4N13A 2ZYKA 3OELA 3FATA 4U22A 3VVEA 1MDP1 1N3XA 1JEUA 2XHDA 3UK4A 1N3WA 2ZXTA 3PD8A 1Y3PA 1B46A 3PMWA 1H3DA 5H8QA 5FHNA 3VVDA 3TMGA 2GRVA 1HSEA 2QPQA 3HCQA 4KI0E 2QS4A 2XXRA 3RQTA 3FVOA 1LBBA 3HHFA 5F1QA 2G93A 4IB2A 3D4GA 4WXJA 1DTGA 1MPDA 3H6VA 5H8FA 1IXGA 2DYXA 2O1LA 3OXNA 4OYVA 2XD2A 3K6UA 4R6YA 2F97A 1SYIA 2QMXA 4PQJA 1FW0A 3ZS6A 5A5XB 1FQAA 3EHTA 4C1UA 1BIYA 5H8HB 1MXWA 4M4GA 1Q1KA 4KCDA 2D21A 3T9XB 4L17A 3DELB 4NF8A 4RYAA 4DDDA 5AA2B 4P0GA 1Y9UA 2HEUA 3QUFA 2ANJA 2Y84A 1DPEA 3L6GA 3M3LA 3OSRA 4QSDA 3TUSA 3KOTA 4Q30B 1QUKA 3ECRA 4ND9A 4RNSA 3W9VA 4DCYA 3JZJA 1TFAA 3H03A 3PPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZE8A 1VE4A 2P2AA 2PVUA 3RGYA 4ELOA 1SW2A 4N8GA 5DEXA 4G68B 5CM6A 2THIA 4TOZA 1QKAA 2NXOA 3WAEA 4U2RA 1D3KA 3PUZE 4I40A 3PPQA 3C31A 2DE3A 2W7YA 3U8QA 4PFYA 2QJEA 5IM2A 1FTJA 5EQ9A 3BBRA 3THIA 1MQGA 2RCBA 1B7ZA 4KYSA 2QS1A 4Q5TA 3OD7A 4H0WA 3FXRA 3FIRA 2WKYA 1FSAA 3V89B 2O1MA 1EZ9A 1MQHA 4YB7A 3MP1A 1S9TA 3IB2A 2F3DA 5HPQA 2ZYNA 1B3EA 1HSLA 4NF5A 3C35A 3Q25A 1S7YA 4XIGQ 1B6HA 4R75A 3QMFA 2AL5A 3KFMA 1NV0A 1LFIA 1SQYA 1FBFA 5IZ3B 4JB7A 1B1XA 3Q28A 1A8FA 1B5JA 2XXIA 1O64A 4MBPA 3U93A 1FTKA 3T0JA 3L6HA 5I84A 3O66A 2DWJA 3LR1A 4P9KA 4F1YA 2P3NA 2Z8EA 4GWOA 5KDTB 3JV9A 2DE2A 1JVXA 4F3GA 4ZDMA 3CVGA 1FPIA 3RPLA 5FHMA 1JNFA 5KZTA 4MEVA 4X1DA 3K1PA 4IY6A 2VHAA 4P11A 5H8HA 4H8IA 2WBDA 4KXPA 1XS5A 4DE8A 3CG1A 2R9JA 5ET8A 2NUVA 4PFUA 1R6ZA 2V3QA 4H5FA 4PFIA 1D9QA 3Q29A 4G8MA 4IO5A 2V4CA 2KQZA 3CSBA 3K00A 4GD5A 4N91A 3MPKA 1BLFA 3RPLB 3TQWA 3RLFE 3RYDA 3SESA 4LQ5A 1M5DA 1XVYA 2AYSA 4UABA 3OO9A 3LSLA 4PFWA 1AMFA 1TWYA 3K6VA 3OO6A 4O94A 5A5XA 3O9PA 1MH3A 3B7DA 3MUQA 5AA1A 4GWWA 4NAPA 3SEUA 2R6GE 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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