4OVJA

Extracellular solute-binding protein family 1 from alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius dsm 446
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DSKPVVTLTFGFWGDAKEEAVTLAAVKAFEKAYPNIHIQTEFGGPFNQYFTKLSTEVAGGNAPDIMQMDYEYIDAYAKEGQLLNLKGAKGINISTISPSVLKSGYIDGGLYGIPNALNNYAVIYDEAAFAKAGYHGQRVSWQQWADILEKVHKATGKWAENDDESWQTFGYWARQHGQHLYNASGTKLGFTESTLVSYLNYWANLRKEGVVPPGTVTSLIKQTADPTDPMVQGKSDAELTWVNYVVSLQSEMTRSLALALPPTQPGGEEGLYIKPSQFWSIYSKTKYPQQAELFVNFLLNNVQAGKALGLVRGIPVSSSVRTQLMASGTSAPEKAEFQLVNEALKVATPIDPPPPQHDKEIDQDFANMVQAVQYGKETPQQGAEQFMQEANDLLQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title extracellular solute-binding protein family 1 from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
rcsb
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain atcc 27009 / dsm 4
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
total genus 139
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA02
3DLNA 5H8SA 1R1NA 4HCYA 2O7UA 3TTMA 3O29A 4RY1A 1NNFA 4DCYA 3QUJA 1POTA 3UK4A 5HBCA 5IAIA 4HW8A 2ALUA 3VVDA 2OWTA 3EF7A 3IOVA 3U8QA 5ICQA 3PPNA 1QKBA 3FIRA 4IO3A 4MFIA 2R9JA 1AMFA 3MP8A 1MY4A 5BWJA 3CRBA 3D4GA 5TP9B 3M3LA 2YPNA 4GLIA 2REGA 1SI1A 1B40A 4ELOA 4H5FA 2DWAA 1SBPA 2H25A 4G68C 3R6UA 1JW1A 4KPTA 4H8JA 1US5A 2Q89A 3MQ9A 1GV8A 5I57A 4OQOA 1FTMA 4BDMA 1FTLA 2DQVA 4ZEFA 1BKAA 1SYIA 1RYXA 1NH8A 2UVHA 5H8HA 2DE4A 2VHAA 2ONKE 4XKQA 4ZZEA 1SW2A 4ELQA 3U92A 1ZKBA 3G3FA 3GBAA 3TTKA 1URDA 3W9WA 3G3JA 5I2KA 1MM6A 3K4UA 4OHNA 3FXUA 2XX7A 4PETA 4NF5B 3TZAA 2F34A 3C36A 4KYEA 2M8CA 2I4BA 3H6WA 3HSTA 1LAXA 2E0SA 2CZLA 1B7HA 1LSTA 3FD3A 1MY3A 3MPKA 3VV5A 3QXMA 4ELPA 4MLQA 2XXYA 3IJXB 1O63A 3UA8A 4IO5A 3DM0A 3MP1A 1D9YA 2VD2A 4YMBA 4MF3A 2XXIA 3RNNA 4U21A 2HXWA 3I3VA 4KHZE 4R2FA 3K6XA 4TLLB 3EPEA 3TCHA 2AL5A 2OLBA 3PUWE 3K6VA 2O1MA 2V3TA 1B2HA 1I6QA 4KYDA 1B51A 4NF6A 2ZNUA 3FGSA 4PE5B 4U22A 3T9XB 4ECFA 4KFQA 4XTCQ 5F1QA 3KSXA 1PB8A 3JV9A 4OYVA 2QS4A 3EQ1A 2UVIA 1QUJA 4RPNA 2DYXA 4PFUA 1NNTA 1PDAA 2B3BA 2Z8FA 1A8FA 3IB0A 4YB6A 2W7YA 3MUQA 3TYHA 3VVFA 1Q1KA 1ZJLA 2UXAA 1URSA 1QUKA 2Y7WA 3CG1A 4R6KA 4TLMB 2A5TB 2NOOA 2RCBA 3Q25A 4EXLA 4MLVA 1MDP1 4TQUQ 5H8QA 1B1XA 1FQEA 1POY1 3LSXA 2XXHA 2ONSA 2DOJA 4I9DA 3O6IA 3VLWA 5JTYA 1UIUA 3E9XA 1B0HA 3FJGA 1Y9UA 4Q30B 3UIFA 4OFLA 5CBRA 5I58A 2Z8EA 5I84A 1DPPA 3D4CA 1TWYA 4O3CA 5K2XA 3IOUA 4OENA 4N13A 1IQ7A 3FVOA 1B05A 2XXWA 3H7MA 5DVJA 1MXYA 2FNCA 4DCXA 3H6VA 5AA2D 3O6GA 3TTLA 3HCQA 3PPRA 4XKPA 3DELB 2QS1A 2ZXTA 3IO6A 3SEYA 1MG1A 2XXQA 1PB9A 1USYH 3W15C 3EHSA 4Q8RA 2QS2A 4QFOA 1NNKA 4LUBA 3K00A 4FORA 4OETA 5CMKA 4OFJA 2E1SA 2AL4A 2I58A 2O6AA 2I6EA 4EQ9A 2ONRA 3KGCA 2Z23A 3KJTA 4GF8A 3U93A 3EN3A 4NMYA 1LFGA 3MP6A 2XXRA 3BFTA 1YTVA 1MY2A 2F78A 2XXTA 4M1VA 2IA4A 3VDFA 4BDNA 1B46A 1QKAA 4BDRA 4DLDA 4ESXA 3H03A 4P0GA 1S9TA 1MS7A 1XVXA 4QF9A 5F7VA 3K0VA 1SW4A 4WEPA 4C0RA 1YPNA 1N0TA 1MQHA 4R75A 1VSOA 1B1HA 1LBCA 2UYEA 4GOTA 1MY0A 1A55A 1SD3A 3G3HA 3R7XA 3OSQA 1WVJA 5DEXB 4IO6A 4L17A 1DSNA 5I2KB 3CIJA 3TTRA 3IL1B 3MVXA 2A5TA 3VVEA 1JW5A 5ELVA 2NXOA 3M8UA 5EHSA 4PQJA 3QSLA 4IB2A 1SDXA 5DYHA 3K1PA 3RY3A 3V89B 1B5IA 1ZU0A 2ANJA 2ZNTA 4U1OA 5EYFA 4NE4A 1DPEA 1PB7A 1RKMA 1BP5A 1DOTA 2DP8A 2GH9A 4LQ2A 1B3EA 1AOVA 1P99A 2FYIA 1M5EA 3G3GA 3KOTA 3OEMA 3SEXA 3E3KA 5KDTA 3LSLA 3MVWA 1LAFE 4JSDA 1ZIUA 3TUSA 2DSFA 3G3IA 4F2OA 3IOWA 1A40A 2QS3A 4PFTA 1LFIA 1XT8A 3PUYE 3V5AA 1N3XA 1A8EA 2O69A 1BIYA 1AH5A 1Y1ZA 3BKIB 1OLCA 4KD5A 1XS5A 4NF4A 4UACA 4DDDA 2XXXA 4R6YA 3IR1A 5DTBA 3Q28A 1NMUA 2I49A 1QJMA 3PGFA 2G93A 4X1DA 3O6HA 2X26A 3SESA 3QK6A 5H8FA 3B6QA 3HPIA 4GVOA 2H98A 1DTZA 3ZS6A 1FQCA 1LAGE 1QULA 4Z7EA 3MJNA 4F3PA 5HM4B 2H4IA 3RTWB 5H8NB 3R26A 1NNPA 2Y7RA 1ZLQA 1PBPA 3O9PA 3OO6A 3TELA 3FVKA 4AB5A 3MVYA 3TQLA 5I58B 1N84A 2RINA 4WEDA 2VD3A 1MM7A 2Q2AA 2YJPA 3PUVE 4FEBA 4NF8A 1MPBA 5B7DA 3VLVA 1B52A 1B4ZA 4R9FA 2F97A 4GXAA 3KN8A 5J1DA 4RA1A 3UORA 4X9TA 3IAZA 3PD8A 2QPQA 1MRPA 3K1NA 3SEWA 1Y20A 5I56B 4HS7A 4G8NA 4NF6B 4IY5A 3QAXA 4NTLA 1IUDA 1UIVA 4ESWA 3PPOA 3MC2A 4ISUA 4JWOA 1LLSA 2GHBA 3B6WA 1EZ9A 2DXYA 2RCAA 4H1XA 4RJZA 2VOZA 5H8FB 1TT1A 1KWHA 3RGYA 1MDQA 2I3VA 3RT8A 3LSWA 2Y7PA 4EDPA 4R6HA 4NWCA 4DZ1A 3KJ7A 1B0LA 5I59A 1OQHA 5TU0A 4EQBA 2XX9A 5L9SA 3O2AA 2RC7A 1D9VA 1LAHE 4MH5A 3TEPA 1R6ZA 4PP0A 2QJEA 5I2NA 1B3GA 3GXAA 4NF5A 3EHTA 3V8XB 3VE1B 2XHDA 4RPOA 4YB7A 1B32A 3U1OA 1H45A 3WAFA 3ONMA 1H76A 2ZMBA 4LQ5A 1H44A 1MPDA 3KSJA 3E4RA 4NF4B 2DE3A 4C1TA 4ZEKA 2QMWA 2F6PA 3H3GA 3T96B 2V84A 1SYHA 5AA2A 4EF2A 4F3GA 1OVBA 4IO2A 1M5FA 1J1NA 2HCAA 5L8DA 1OLAA 4KI0E 4U4SA 2KLFA 2H5YA 3CFZA 4F1VA 4YMAA 2I4CA 4G68A 5B70A 1FTKA 2BJJX 3SDFA 3DP8A 4ZECA 1MXXA 1I6BA 1ZBMA 1LGBC 3E13X 5KCJB 5DT6A 3BFUA 4WKMA 1B7ZA 1FQAA 3PD9A 3N26A 2IEEA 3PV0E 2FA7A 4GL0A 4YKPA 4YKKA 4OVJA 5AA4A 3K6WA 1Y3PA 4U23A 1A54A 1N76A 3SETA 4LP2B 1P1NA 3N6TA 3UP9A 1JVXA 3IOTA 4IY6A 1US4A 2GHAA 4G68B 2DE2A 3B6TA 3FV1A 2O84X 4OEVA 2HFBA 5JTYB 2B65A 1JNFA 3IK6B 2NWJA 3VXBA 2PX1A 3CFXA 1I69A 3S9LC 5CMCA 4FATA 4Q5TA 1R9QA 2F7CA 2Z8DA 3FVNA 1MH4A 2XD2A 1RYOA 3FV2A 1DTGA 2AIXA 3L6HA 3OOAA 5CI5A 2THIA 4OMBA 2DWHA 2NVUB 4JSOA 2QMXA 2Y84A 3O28A 3QUFA 5CRYA 3FZVA 3MZ9A 1TFAA 3PU5A 4R2BA 3FXQA 2B3FA 3TFLA 1UTHB 5I2NB 3B7DA 4JBZA 4KR5A 1B4HA 3N6UA 1ZMGA 2XX8A 3GZGA 1NFTA 1P1WA 3EHUA 5IKBA 3DP6A 4F19A 2Q2CA 3TODA 2YLNA 1P1OA 4LVQA 1MQJA 1P1UA 3MPLA 1Y3QA 3C4MA 4IO7A 5FHMA 1VFEA 2I0BA 4N07A 4YICA 5TPAB 3ODBA 1MQGA 2HEUA 4XKRA 4X1BA 3THIA 1JVYA 3O66A 3OXNA 4F1UA 4F3SA 1MXWA 4TOZA 3P7IA 3RN8A 2ZYMA 1LCTA 2HQ0A 4QFNA 2F8DA 3JYRA 4LATA 2O7IA 3PUZE 1MQIA 4LA9A 3VFJA 1B5JA 3DP4A 4GFRA 3TTNA 5TP9A 3BBRA 2OJTA 5LOMA 4IO4A 3UGWA 1BLFA 1UTBB 2Y7KA 3PMXA 5DVFA 2O51A 4I62A 4POWA 2RC8A 3ZSFA 2I3WA 1GVCA 4EXKA 5I57B 1MXVA 1B5HA 4F2QA 2P0SA 5CMMA 2UYFA 1T0KA 2O1LA 1TFDA 1NKXA 4QSCA 1MY1A 3KOSA 3VLUA 2XXPA 3Q29A 1AL3A 4GD5A 5CC2A 1MXUA 3CR9A 3K6UA 1GGGA 3CVGA 4GQOA 5I56A 4RNSA 3KG2A 3OD7A 1Z7NE 1UTBA 1I6AA 1PC3A 3KN7A 3OO7A 3Q26A 4G77A 4RK9A 3OO8A 2QRYA 4JDFA 1Y4CA 1H43A 2Q8JA 1DMBA 1OIBA 3M3KA 4K3FA 4ZEIA 5ICTA 5KZTA 3M3FA 2VP1A 3SKPA 5JEIA 2PT2A 3WAEA 3MAMA 3ZKLA 4PFWA 1IXIA 3CSGA 1XHYA 4U1ZA 3GLBA 3LR1A 5BUUA 1VR5A 2D21A 4FEDA 1GR2A 3TAJA 4N6PA 4O3AA 5ITPA 4YKIA 4DXCA 1SW1A 1OVTA 4U2RA 5DEXA 3HN0A 2RF1A 1USYE 4ND9A 2ESNA 2X7QA 5KDTB 3C9HA 4OXVA 5FHNA 1OMPA 2DS9A 4X48A 5TPAA 4U4XA 2OCUA 3S9NC 2H9BA 2Y7IA 5H8HB 3LBSA 1HSEA 5L9OA 2CMOA 4OEUA 4R72A 3RLFE 1II5A 3MZ1A 1FTOA 3AXFA 1ANFA 1SW5A 3C31A 3GBBA 3H4ZA 4WXJA 3RQTA 1EZOA 4GWOA 2XXVA 4G8MA 1LB9A 3K02A 3ILUB 3K2DA 1SI0A 1CE2A 3FVGA 3H6TA 1VE4A 3F11A 1Y1MA 3A09A 5ISUA 3K01A 3K1MA 1FW0A 4KQPA 5ITOA 1B7UA 1WODA 1S7YA 3CG3A 3HO7A 1FQDA 4ZE9A 1B58A 1AIVA 4ZEDA 3T66A 3CFLA 4ELRA 2F35A 5L9MA 2ZYKA 4QSDA 1B3HA 3H6UA 4GL8A 4H6DA 4LZ5A 4R9GA 1FQBA 3TPAA 1QW0A 4F3BA 1IZ1A 2HZLA 3IO4A 4KYSA 2PBWA 4F18A 4FAJA 3T9HB 1NL5A 4DIGA 3FJ7A 2ABHA 3L6GA 3UN6A 3SEVA 3TCGA 1ELJA 1FQFA 1EH3A 1Z7ME 4YZZA 3OMBA 4JWYA 1GTKA 1IITA 1YCJA 3OEKA 3PPQA 3KBRA 2QSXA 4ZS9A 2OWSA 1M5DA 3QIMA 1O7TA 3RUMA 3S2VA 3C34A 3U94A 1D3KA 1M5BA 2ZYNA 1P1QA 3QYTA 4HTGA 3MW0A 3HHGA 2HZKA 4LZ8A 1TXFA 1XC1A 3IORA 1JQFA 4NWDA 3A3UA 3C33A 4O3BA 4OESA 2OZZA 3LC8A 3TQWA 2DVZA 2PVUA 3G7WA 4FIMA 5DVIA 5AE4A 4F31B 3OELA 2F36A 4EF1A 1Y4TA 4OWDA 4F29A 3KEIA 4ZE8A 1Y3NA 4QRZA 3N94A 1PEBA 1S50A 4BDOA 1VFDA 3T9UA 2GRVA 3LUYA 3O97A 4NF8B 4ONYA 4ZEBA 3FUZA 1UTHA 1FCKA 2ZNSA 2Z22A 1MPCA 3C32A 1IXCA 1BTJA 4OTEA 5CMBA 4QFPA 3T93B 2LAOA 2D3IA 3ECRA 2ZYOA 4EUOA 4DE8A 4GXSB 4Q0CA 3MVZA 5CM6A 1LBBA 2RKMA 2PMSA 2XXUA 4PFYA 3OSRA 4R74A 4BDLA 5HPQA 5I59B 1YAEA 5JK4A 2AYSA 2PYYA 3MWBA 3IX1A 1N04A 1NH7A 1IXGA 4THIA 5H8NA 4ZZAA 3FJMA 1B9JA 4KCCA 4G2ZA 4H67A 4OERA 4FE8A 3MBPA 4QFLA 2UVGA 3PMVA 2RC9A 3CSBA 3ILTB 1H3DA 4Z0IA 1LFHA 3RTFB 2DVCA 1B3LA 3VXCA 1MXZA 3IB1A 1B3FA 2I0CA 4FJPA 2V3UA 2WKYA 4JXIA 4MBPA 4XXUA 3SERA 2P1SA 1ZTYA 4E0XA 3C35A 5AA2B 1MH3A 3I6VA 3IJOB 4YB5A 4H0WA 4DXBA 4P0IA 4E0WA 5FTHA 3FATA 4I1DA 2DWJA 3KFMA 2PT1A 3H06B 1OQGA 4EQ7A 4F1YA 3IB2A 5A5XB 1HSJA 1QUIA 3USDA 1CB6A 3SEUA 3RT6B 1QVSA 1ATGA 2V93A 3MZBA 3G3KA 3PUXE 4DXUA 1URGA 4F22A 1LB8A 1XOCA 3FASA 1WDNA 5FTIA 3KN3A 4RK2A 3HV1A 5K2YA 3V83A 2X7PA 2DXRA 2VGQA 2F7BA 1XVYA 1B6HA 1N3WA 4NEDA 4IGTA 4XIGQ 1D4NA 4JWXA 1L5TA 3W9VA 3S9EA 3N5LA 2NUVA 5AA1A 1JEVA 1IIWA 4OFOA 3S4UA 3TDJA 5A5XA 5AA3A 5CBSA 1O64A 3T22A 1F9BA 3RPWA 4H65A 1A99A 4QFKA 2QL3A 1SVXB 4RXLA 3KZGA 1M5CA 2O68A 2OBGA 2DWIA 4YKJA 3T9VA 1N7WA 2V25A 4LZ7A 4GRKA 4POXA 2HAVA 2XD3A 1PBQA 4YAHX 2Q9TA 5FHOA 4G4PA 2UVJA 5EHMA 4AQ4A 4XKNA 1HSLA 4I8CA 4OZ9A 4H8IA 1EU8A 1Q35A 1LCFA 4AB6A 1SQYA 3Q27A 2OK2A 4GIZA 2A5SA 3U72A 2GFEA 5KCJA 5H8QB 2HAUA 3OENA 1EZPA 3TKDA 1JEUA 2H99A 2F5XA 2R6GE 2R71A 4BDQA 3A3CA 1FTJA 4LONB 1IXHA 1MQDA 2F6GA 3FXRA 3I5OA 3LSFB 1N7XA 2P2AA 2Q88A 3JZJA 4G8HA 4M4GA 3PPPA 4P11A 4UA8A 5M2VA 4KCDA 4H5GA 4RYAA 3TCFA 3PMWA 4IGRA 4F39A 5AA4B 1A7LA 1JETA 4FECA 3ZKKA 2F7AA 1IEJA 4ZDMA 4YU0A 3CI8A 4QHQA 2REJA 4HCWA 2G29A 3OO9A 2D5WA 2V3QA 4R73A 2I48A 3TMGA 4C1UA 4QSEA 3S9MC 1UQWA 4BLAA 1JW4A 3HHFA 4JB7A 1R9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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