4OVJA

Extracellular solute-binding protein family 1 from alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius dsm 446
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DSKPVVTLTFGFWGDAKEEAVTLAAVKAFEKAYPNIHIQTEFGGPFNQYFTKLSTEVAGGNAPDIMQMDYEYIDAYAKEGQLLNLKGAKGINISTISPSVLKSGYIDGGLYGIPNALNNYAVIYDEAAFAKAGYHGQRVSWQQWADILEKVHKATGKWAENDDESWQTFGYWARQHGQHLYNASGTKLGFTESTLVSYLNYWANLRKEGVVPPGTVTSLIKQTADPTDPMVQGKSDAELTWVNYVVSLQSEMTRSLALALPPTQPGGEEGLYIKPSQFWSIYSKTKYPQQAELFVNFLLNNVQAGKALGLVRGIPVSSSVRTQLMASGTSAPEKAEFQLVNEALKVATPIDPPPPQHDKEIDQDFANMVQAVQYGKETPQQGAEQFMQEANDLLQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein family 1
publication title extracellular solute-binding protein family 1 from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
rcsb
source organism Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain atcc 27009 / dsm 4
total genus 139
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ovjA02
2M8CA 4NMYA 4Q0CA 2VP1A 4LZ7A 4YICA 4U1OA 2RC8A 1BLFA 1N7XA 2AL4A 2QRYA 1VFEA 1FQEA 4ZZAA 3FUZA 3H4ZA 4FAJA 1A99A 3SESA 4C1TA 3OENA 4POWA 1M5EA 1NKXA 1SI1A 4F3GA 3MVXA 3QUJA 4DIGA 4M4GA 4QFOA 3MBPA 3U8QA 2RKMA 4RK9A 4BDMA 4GQOA 1QVSA 5LOMA 1NNFA 3KN8A 4WEDA 1TXFA 3OO6A 4O3AA 3TQWA 2RC7A 4ELOA 3C31A 4FATA 4KCDA 1IQ7A 5F1QA 3UA8A 3SEYA 5H8SA 3FVOA 1DOTA 4NF6B 4G68A 4POXA 1Y3NA 5K2XA 1FQBA 3JYRA 1IXGA 1MY3A 4JBZA 1DPEA 1NNKA 1SVXB 1A55A 3IOWA 2DOJA 2UVHA 4MFIA 1QKBA 3C4MA 5BWJA 4XKPA 2DWAA 1MPDA 3MZBA 5J1DA 4O3CA 2UVJA 1SW5A 1N3XA 3K6XA 1QKAA 5TPAA 4ELPA 4BDRA 4R6KA 3MPLA 1NMUA 2NXOA 3MPKA 4QFPA 2DE4A 3B6WA 5ICQA 3I3VA 2THIA 5DEXA 1CB6A 4R9FA 3W15C 5HM4B 1GTKA 2XXTA 4KYSA 3W9WA 3E3KA 1Y1MA 3GBAA 1B32A 4THIA 1FTKA 2H4IA 4RNSA 1P1QA 3A09A 2V3TA 5I84A 1XT8A 2P1SA 4RPNA 4NF4A 3IB2A 4X1BA 1HSEA 2OJTA 4XKQA 4OEVA 2X26A 4MF3A 2DE2A 4EXKA 3SETA 2P2AA 3MAMA 2NUVA 4OFOA 2RINA 3B6TA 4C0RA 2QS2A 1TWYA 2NVUB 2P0SA 5CMCA 4Q8RA 1B7ZA 3OO8A 4F22A 5IKBA 4Z0IA 5AA2A 2PT2A 1P99A 1B7UA 1IUDA 4U23A 1OLCA 3MVYA 4PFWA 3IB0A 3VE1B 3IAZA 5L9SA 4R72A 1D9VA 3N26A 2WKYA 3HV1A 5DVJA 4DXCA 1XS5A 3LBSA 3LC8A 4AB6A 3KG2A 4U4SA 2O51A 1P1WA 4I1DA 1SYHA 3G3JA 3IB1A 4TQUQ 2Z22A 4ZDMA 4P0GA 4KCCA 4OWDA 3KOTA 3O28A 3VVFA 1ZU0A 2YJPA 1MXXA 3GBBA 1MXYA 2Q2CA 3FVKA 2HCAA 1OQHA 2DVZA 2ONKE 2ZNSA 1MXVA 3TELA 5ICTA 2CZLA 2R6GE 4FJPA 2V25A 3LSXA 1XC1A 4PE5B 3DP4A 5I57A 3T9VA 4GL8A 4ECFA 2RC9A 1QJMA 3RT8A 3FZVA 4JB7A 1Y4CA 2ZYOA 4BLAA 1IEJA 1HSLA 5AA4A 1ZTYA 2I48A 4GRKA 2F36A 3IJOB 4GL0A 3G3KA 2REGA 3CVGA 4G68B 4EDPA 3OEMA 2HFBA 4NWCA 4RXLA 4OQOA 2R71A 3O66A 3R26A 4U21A 3K6UA 4E0XA 2HEUA 3H6WA 1SDXA 4KR5A 1MQJA 1I6QA 1B51A 1II5A 1URDA 3HO7A 4LONB 4L17A 4WXJA 1Q1KA 2AYSA 5FHOA 4G77A 4Q5TA 2Z8EA 1B4ZA 2X7PA 2I4BA 2O1LA 5H8NA 5DT6A 5BUUA 3HHFA 5L9OA 3RUMA 2I58A 3S9LC 5TPAB 1FTLA 3USDA 4LZ8A 4H6DA 2I0BA 3PGFA 3S9MC 3G3GA 1OQGA 3K01A 4ZS9A 4NF6A 2GH9A 5DEXB 3K00A 1URSA 3ILUB 3TCGA 3GLBA 3CG1A 2XXVA 3UGWA 4XXUA 4IO7A 4OERA 4LQ2A 2XD2A 4NF4B 4RYAA 3LSLA 2O68A 1H45A 3CG3A 4RPOA 2F7AA 3K6VA 1B2HA 1MY1A 3IK6B 1SW4A 4X9TA 4F3SA 1Y3QA 2XXYA 1JEVA 1LAGE 5DVIA 3SDFA 1L5TA 1BIYA 4EUOA 5AA2B 3E4RA 1TFAA 1PBQA 3FXUA 1N0TA 2YLNA 3U92A 1DTGA 3FVGA 5K2YA 2PYYA 1JW5A 1R9LA 3KOSA 4IY5A 1MXUA 2OCUA 4XKRA 4ESWA 5IAIA 1QUKA 3FASA 2VHAA 3KFMA 4H0WA 1B3HA 3KGCA 1PBPA 3EHSA 3UK4A 4NF5A 1KWHA 3RQTA 2VD3A 1B0HA 3O6GA 3T96B 3BFUA 4BDQA 3RN8A 3V8XB 3ECRA 3KSXA 1S7YA 4IO4A 2O6AA 3IOTA 4QRZA 3FV1A 2PMSA 5I57B 4G4PA 1A40A 3S9EA 1LCTA 1ELJA 4FEDA 4X1DA 2VD2A 2QS3A 3SERA 2QPQA 1NL5A 1D9YA 3Q25A 3TCHA 4NE4A 2I6EA 1ATGA 1MS7A 2DP8A 5AA4B 1B58A 4ZEBA 3TFLA 4YAHX 3ZS6A 1ZMGA 2XXUA 3N5LA 1LLSA 2H5YA 3IR1A 2ONSA 2DWJA 3BFTA 1B3EA 2O69A 5I59B 1WDNA 1GVCA 3OO7A 2QMXA 3G3IA 5H8HA 1LAFE 2V3UA 3HSTA 1YTVA 3FJGA 1SW1A 1ZIUA 4G8NA 3KN3A 3DELB 3PPPA 2R9JA 2B3FA 4BDLA 4DDDA 3E9XA 3H6TA 2D3IA 3H6VA 4F1YA 3ZKKA 1JNFA 3DP8A 1MPCA 4E0WA 2FYIA 4R9GA 5H8NB 1B5HA 1PEBA 5CMMA 1XVYA 3O6HA 4OFLA 3VLVA 1LGBC 3TQLA 2W7YA 1A8EA 4H67A 1A54A 3TTRA 4IGTA 4QFLA 3FXRA 2QS1A 1MQHA 1MY2A 3UN6A 4F19A 3H6UA 4ZEDA 2XXRA 5I2KA 2F8DA 4UA8A 2H98A 1LFHA 4ND9A 4F3BA 4N13A 1FQCA 1P1NA 3EHTA 4LVQA 5FHNA 1DMBA 4OZ9A 4K3FA 3VV5A 4H8JA 3H7MA 1PC3A 4QF9A 1B7HA 1ZJLA 3N6UA 3QYTA 1URGA 4KHZE 3T9HB 3F11A 4IO6A 1BTJA 4FECA 2LAOA 2F7BA 5H8QA 3A3UA 3K6WA 4ESXA 4G8MA 3IJXB 4IO3A 1Y4TA 4GVOA 4R74A 1IXIA 4WEPA 3KBRA 2F6GA 2FNCA 1Y1ZA 3CFXA 1AMFA 4NF5B 1LCFA 1JW4A 1B05A 4NEDA 1RYXA 2CMOA 2GRVA 5I2NA 2O7UA 1O63A 1VR5A 3K1MA 4F39A 3G3FA 2PT1A 2Q88A 2UVGA 5TP9A 4MBPA 3M3FA 3V89B 1ANFA 4OMBA 5ITOA 1JW1A 5TU0A 1AOVA 3FD3A 3P7IA 4QSDA 2HAUA 1NH7A 2ANJA 2Y7IA 4G2ZA 1OLAA 1MG1A 4PFYA 4XKNA 5CMBA 1AH5A 4F1UA 3U1OA 1UQWA 1LAXA 4HCWA 1MRPA 3IOUA 4BDNA 3M8UA 4H5FA 3Q29A 4QFNA 1SYIA 3KJTA 5I58A 3PU5A 3EHUA 1EZOA 5H8HB 4LATA 5CBSA 3SEVA 1H43A 3T9XB 1S9TA 1UTHB 3C36A 1N04A 1B3GA 4AB5A 1WODA 2OLBA 4G8HA 1LB8A 3C9HA 1EU8A 1Y3PA 1QUIA 5HPQA 2I4CA 1SBPA 3IORA 1MQDA 4QSCA 3TUSA 2GFEA 2O7IA 3MWBA 3G3HA 3OOAA 3T66A 4XIGQ 4HS7A 1B1HA 2RCBA 1JVXA 3U93A 2F34A 4DZ1A 4TOZA 2ALUA 1MQGA 4JWOA 4YB5A 5ITPA 1RKMA 3SEUA 1MXWA 2QSXA 3PUZE 5F7VA 5I59A 1FQFA 2XX8A 4GLIA 5JTYA 5AA2D 3QUFA 3DLNA 1TT1A 5EHSA 5I2KB 3QAXA 4OVJA 1JVYA 4ZE9A 1LFGA 3I5OA 1MPBA 3GXAA 2OBGA 2XXPA 3T9UA 2DS9A 4MH5A 5KDTA 3OXNA 4IY6A 1YCJA 2F78A 4N6PA 3HN0A 4GXAA 4DCYA 5FTIA 1UIUA 3PMWA 4FEBA 4PQJA 2ZMBA 4P11A 1QULA 3D4CA 1B40A 1MH4A 3QXMA 5H8QB 3K1PA 5JK4A 4F18A 3C33A 5CRYA 2DWHA 1VFDA 3PPOA 3SKPA 3KSJA 3UORA 5CMKA 4PFUA 5FHMA 2HXWA 5ELVA 2ZYKA 3OEKA 3PUWE 4M1VA 1MY4A 4OXVA 4GIZA 4R2FA 3RPWA 3WAFA 4R6YA 5JEIA 3CI8A 4RJZA 2E1SA 4KQPA 5I2NB 2DXYA 5AE4A 3PV0E 4YB6A 5TP9B 2OK2A 2Z8DA 2QL3A 2YPNA 2Y7RA 1R6ZA 4I62A 1HSJA 3MP1A 3S4UA 3PPNA 4XTCQ 4QHQA 1LBBA 3K02A 2OZZA 3CSBA 3OSQA 1J1NA 3MZ1A 2F7CA 1UTBA 4P0IA 3C32A 3VDFA 3MUQA 1FQDA 1FW0A 1VE4A 4OESA 1M5FA 1O7TA 3R6UA 3FIRA 2Q8JA 4DLDA 5I58B 2Y7WA 1IZ1A 2XX9A 1QW0A 4X48A 1BKAA 1OVTA 3VXBA 3PUVE 1M5DA 3FJ7A 4H8IA 5I56A 4YB7A 1I6AA 5FTHA 3OSRA 4F2OA 4GD5A 1GGGA 3H03A 4I8CA 4U4XA 3TZAA 2G29A 1ZKBA 3CSGA 3OD7A 1SI0A 3CIJA 3M3KA 3IO6A 4HW8A 4OEUA 1IITA 1SQYA 2FA7A 2ZYNA 3M3LA 1I69A 3TPAA 4QFKA 5H8FA 4DCXA 3OMBA 1TFDA 2PVUA 2HZLA 4BDOA 2Q89A 1WVJA 1JETA 1SD3A 4YKIA 3LSWA 3EF7A 1B5IA 1B6HA 1S50A 4YZZA 4IO2A 3TMGA 3KN7A 1OIBA 5CC2A 1NNPA 5JTYB 4ISUA 4LQ5A 2A5SA 2QMWA 3VVDA 4NTLA 4F1VA 1NH8A 4TLMB 1SW2A 3SEWA 2Z23A 1UTHA 4HTGA 4KPTA 4ZZEA 3N94A 4TLLB 2XHDA 4OENA 5KDTB 3U94A 4ONYA 2BJJX 4R73A 1GR2A 3MVWA 4AQ4A 4GXSB 4I9DA 3TAJA 3C35A 3FXQA 1T0KA 4JWXA 3FGSA 4UACA 2UXAA 3Q26A 3Q27A 1POY1 2V93A 4DE8A 1B1XA 3DP6A 1D3KA 2I49A 3PUXE 3CR9A 3PD8A 3MZ9A 3VXCA 1A8FA 2F35A 3W9VA 3G7WA 3K0VA 2PX1A 3T22A 1B52A 3K4UA 2B3BA 4ZECA 1MXZA 5B7DA 3E13X 3TCFA 3RY3A 2DWIA 2F6PA 4DXUA 1M5BA 2G93A 4YKJA 1FCKA 3K1NA 4F29A 3RTWB 4GWOA 4FORA 4F31B 5ISUA 3N6TA 1LSTA 1MH3A 3OELA 1US5A 2D21A 4KD5A 2V84A 2IEEA 2F97A 3FATA 2Z8FA 3OO9A 4HCYA 1N84A 4F3PA 4JSOA 4U22A 4QSEA 3L6GA 3MW0A 2X7QA 4ZEKA 3ONMA 2RCAA 4YMAA 1IXCA 2NOOA 1FQAA 2AL5A 1R1NA 1PB8A 3MP8A 2UYFA 2XXIA 1H76A 2PBWA 1UTBB 2VGQA 2O84X 4H65A 3O9PA 4LZ5A 2GHBA 3BKIB 4EQ7A 1B0LA 2Y84A 4OETA 2NWJA 3S2VA 2UYEA 4NWDA 5KCJA 4H5GA 1RYOA 3MC2A 3O6IA 1N3WA 3CFZA 4ZE8A 2KLFA 1LBCA 5I56B 1JEUA 5CBRA 4N07A 5DYHA 2I3WA 2HQ0A 3PMXA 1M5CA 4ZEFA 4U2RA 4JDFA 3VVEA 1B3FA 1MM7A 1FTOA 2D5WA 3TTKA 4YU0A 4KFQA 4H1XA 1P1UA 3JZJA 3R7XA 1FTMA 3FV2A 4WKMA 5H8FB 1JQFA 3Q28A 2I0CA 3MJNA 2A5TA 2DQVA 4OYVA 3KJ7A 1PDAA 4KYEA 2ONRA 2DVCA 4YKKA 2IA4A 4U1ZA 3LUYA 5AA3A 3TTLA 2XD3A 2GHAA 3PD9A 3QIMA 1H3DA 2RF1A 3KEIA 3LR1A 2ZXTA 4KI0E 5HBCA 4R75A 2B65A 1VSOA 5A5XA 1POTA 4RA1A 5L9MA 4Q30B 3GZGA 1D4NA 3QK6A 3IX1A 5CM6A 4F2QA 1XHYA 4R2BA 1Z7ME 1EZPA 3DM0A 1USYH 3EN3A 3HHGA 5L8DA 1Y9UA 3PPRA 3VLWA 4RY1A 5M2VA 1IXHA 3ILTB 3QSLA 4Z7EA 1CE2A 2H99A 4G68C 3CFLA 3L6HA 1MDP1 2Y7KA 4IGRA 2ZYMA 2XXHA 1IIWA 2XXWA 2QS4A 1MY0A 2H9BA 1EH3A 2DE3A 4NF8A 3SEXA 1US4A 4IO5A 4O3BA 1NFTA 3H06B 3IOVA 2ABHA 3U72A 4DXBA 3MP6A 1XVXA 4GOTA 4GF8A 4PFTA 5AA1A 2OWTA 2DXRA 1MQIA 1ZLQA 4JXIA 3O97A 2Q2AA 3CRBA 2DSFA 1FTJA 4FE8A 3EPEA 5DVFA 4PP0A 3AXFA 2V3QA 1GV8A 3VFJA 4ZEIA 4EXLA 5B70A 1AL3A 1ZBMA 1B9JA 1NNTA 1MM6A 4OTEA 3RGYA 1B4HA 4FIMA 1B3LA 1Q35A 3FJMA 2OWSA 4LUBA 3IL1B 2XXXA 4EQ9A 1DTZA 3H3GA 3ODBA 5CI5A 3FVNA 3TTMA 2Y7PA 3C34A 1EZ9A 4OFJA 3MVZA 1P1OA 3PMVA 4LP2B 3JV9A 5KCJB 4C1UA 2F5XA 1DPPA 2E0SA 3RT6B 4MLQA 2VOZA 4LA9A 2XXQA 3MQ9A 1MDQA 1OVBA 3RLFE 4KYDA 3TEPA 3TODA 2ZNUA 5EHMA 3D4GA 2QJEA 3TDJA 2XX7A 2ZNTA 1BP5A 3O2AA 2REJA 3A3CA 4JSDA 3S9NC 3B7DA 3TYHA 2A5TB 1PB9A 2HZKA 1YPNA 1H44A 1A7LA 3LSFB 2HAVA 3UP9A 3TTNA 4EF2A 4EQBA 3V83A 2UVIA 3IO4A 3I6VA 1OMPA 3WAEA 1USYE 4ELQA 3RTFB 4JWYA 1LAHE 3PPQA 5KZTA 3THIA 3RNNA 3TKDA 3T93B 3K2DA 3KZGA 3ZSFA 5DTBA 1YAEA 2ESNA 4YMBA 1R9QA 1N76A 1QUJA 5A5XB 1DSNA 2H25A 4R6HA 3EQ1A 4IB2A 2I3VA 1B5JA 2Q9TA 1O64A 4YKPA 3HPIA 4EF1A 1B46A 2AIXA 2O1MA 1N7WA 4PETA 4MLVA 1UIVA 3ZKLA 3UIFA 1F9BA 3PUYE 3VLUA 1XOCA 1Y20A 1LB9A 1PB7A 1I6BA 3V5AA 3BBRA 4NF8B 3HCQA 2DYXA 1AIVA 3O29A 4OHNA 5EYFA 1LFIA 4RK2A 4ELRA 3B6QA 4GFRA 1Z7NE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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