5TU0A

1.9 angstrom resolution crystal structure of maltose-binding periplasmic protein male from listeria monocytogenes in complex with maltose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
SDEKTLTVSVDAGYKDYVNKIKGDFEKDNDVKVKVVEKDMFETLEALPLDGPAGTAPDVMMSAFDRIGSLGQQGHLAEVKLGNKDDYDEKDQKQVTIDDKIYGAPAIIETLVLYYNKDLLDKAPATFKDLETLSKDSRFAFTSEKGKNTGFLAKWTDFYFSYGLLAGYGGYVFGDEGTNPKDIGLNNKGSVEGITYATKWFQDVWPKGMQDNKSADDFIQDQFVKGKAAAILGGPWSAANYKEAKINYGVAKIPTLNNGKEYSPFAGGKGWVVSNYSKNKDVAQKWLDYVTNQKNQETLYDMTNEVPANLKARDTAKSKNDELTNAVIEQYKNAQPMPNIPEMSEVWTGAENLKFDAASGSKTPQPSADDAVKVIEDNVTQKYTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Maltose-Binding Periplasmic Protein MalE from Listeria monocytogenes in Complex with Maltose.
rcsb
molecule keywords Lmo2125 protein
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes serovar 1/2a
total genus 142
structure length 385
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5tu0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5tu0A02
5CMKA 4H5GA 4NF4A 2DWHA 3ZS6A 3EHTA 1OIBA 1ZLQA 1D9YA 4GIZA 5I2NB 3TAJA 4PP0A 5ELVA 4EQBA 1PB9A 1OQGA 3C35A 3PMWA 4Q8RA 4QFNA 2DWIA 2DE4A 1H43A 2OBGA 1SD3A 3RPWA 2F5XA 3DM0A 3W9WA 1B4HA 3S4UA 2QMXA 2AIXA 4KQPA 2Z8FA 3MPKA 1IIWA 1PEBA 4H6DA 1SI0A 3OOAA 3CRBA 3G3JA 1LBBA 3QAXA 1MXWA 1RYXA 5FTIA 2B3BA 4HS7A 1MQHA 4XKRA 4RJZA 4TQUQ 1ANFA 2I48A 4Q30B 3TFLA 1Y3PA 2DOJA 3O6GA 4YB6A 5TU0A 2O6AA 3MVYA 3G3HA 4KYDA 4KPTA 2HZKA 1UIUA 3SEXA 1VFEA 3VVEA 4X48A 2O51A 4E0WA 2H4IA 3S9NC 2A5TA 1AH5A 3FD3A 2UYFA 4YMAA 2ZXTA 2HFBA 3Q29A 3MP1A 2O1MA 3H06B 1IXGA 4K3FA 4C1TA 4HCYA 4OQOA 4F22A 5H8NB 2ZMBA 3V83A 1M5DA 1SYHA 2VGQA 4QFPA 1AMFA 3IJXB 3G3KA 1ZTYA 3PD8A 1IUDA 1PBQA 2DVCA 5H8HA 1MPCA 3HHFA 4AQ4A 1HSEA 3OO6A 3KFMA 4WKMA 2DSFA 3CSGA 2VP1A 2X7PA 5HBCA 3C4MA 4YICA 1FQAA 1OVBA 1NFTA 4DIGA 3UK4A 4QF9A 1MRPA 4YB7A 1N84A 1KWHA 4YKJA 4FIMA 4BDOA 3TKDA 4YU0A 4EF1A 2FA7A 2AL5A 4H67A 4ZZAA 3KOTA 2OK2A 4RXLA 2GRVA 4O3BA 3EN3A 3FIRA 5JTYB 1N3XA 1MY4A 3D4CA 3F11A 3TQWA 5KCJB 2DE2A 1FTMA 3B6TA 4U1ZA 4NMYA 4EQ7A 4R72A 1LAXA 2UVGA 4X9TA 3A09A 3VVDA 3N6UA 2HAVA 4M1VA 2I49A 1UTHB 3CI8A 4GXAA 2O84X 4U21A 3T9XB 4EXKA 2UXAA 4R6YA 3K6WA 4GXSB 2CZLA 2XXUA 4QFKA 4DDDA 4UACA 3QYTA 4BLAA 1MPDA 5ITPA 4OEVA 2NWJA 1QW0A 1B7HA 1S50A 5H8NA 2THIA 1JW5A 2X7QA 4WEDA 3ZKLA 3HO7A 1FTJA 5I58B 1S9TA 5DVJA 2DXRA 4ELOA 4KCDA 4MBPA 1A54A 4XKQA 3FVGA 4HW8A 4FAJA 5CM6A 1MXXA 1NNPA 2W7YA 3K1MA 1M5EA 3UIFA 1IXHA 2PYYA 3SEYA 3IOUA 4JDFA 1B32A 1B1HA 3PMVA 1B0HA 3L6GA 3LSLA 5HPQA 2HXWA 3TUSA 2H98A 1B51A 1HSLA 4IO6A 4TOZA 3ONMA 2QPQA 1B3LA 4RK2A 4DXBA 1MDP1 5J1DA 5I2KB 1BLFA 5JTYA 1MY0A 5A5XB 3C31A 4P0GA 2Q88A 2KLFA 2OWSA 2F7CA 3KJ7A 3JYRA 1EZ9A 3DP6A 2IEEA 3FJMA 2PT2A 1MM6A 4GFRA 3B6QA 2O1LA 4R9FA 3TQLA 1LFHA 4X1DA 1GGGA 4MH5A 4PFUA 3KEIA 3TTNA 4OHNA 3HN0A 2P2AA 1QJMA 3S9MC 4F3SA 5FTHA 2I4CA 1AIVA 2X26A 4F31B 3T9UA 3FATA 3W15C 2O7IA 3VLWA 4IO4A 3IO4A 4XTCQ 3PPPA 2Q89A 1L5TA 4Q5TA 4HCWA 1NH8A 4OFOA 3L6HA 4JBZA 3CG1A 3TTLA 4NF5A 2D21A 4ESXA 4R6HA 1LAGE 5AA2B 1MG1A 4E0XA 3K1PA 2Z22A 2G29A 2DVZA 5BWJA 1MY1A 1M5BA 3V89B 1ATGA 4H8IA 3DLNA 4RK9A 4ZDMA 2GHAA 2Q2CA 4AB6A 2REJA 4PE5B 3HSTA 4OMBA 2LAOA 2XD2A 3E3KA 2YLNA 5CI5A 3MC2A 1YAEA 2Q8JA 1XC1A 4KFQA 4YKPA 5CC2A 1FQCA 5DEXA 4ZS9A 4TLLB 4OENA 3MW0A 4H5FA 4WXJA 3EHSA 4THIA 3UA8A 2OCUA 1F9BA 1OVTA 1HSJA 2I4BA 3FV1A 4PETA 4YMBA 2XX7A 2PX1A 1MH3A 3M3FA 3OEMA 1J1NA 4MF3A 4N07A 2UVHA 2DS9A 1OLAA 1BP5A 5AA4B 2OZZA 3K00A 3PUYE 4ELQA 4I62A 2XXRA 5AA1A 1JEUA 3T9HB 2AL4A 3RTWB 4EDPA 2XD3A 4POXA 4Z7EA 1LAFE 3IB2A 1P1WA 3O9PA 4Z0IA 3U8QA 3T93B 1I6QA 3K1NA 4OWDA 3TPAA 1GTKA 3FVNA 5TP9A 1FTOA 4PFYA 2HEUA 2ABHA 3VVFA 3D4GA 1NMUA 3GLBA 3RQTA 3IJOB 3TCFA 5H8FA 2NOOA 4DXCA 2O7UA 1AOVA 3W9VA 3OSRA 3B6WA 4U22A 1RKMA 4IY5A 2ANJA 2WKYA 2O69A 3KGCA 2GH9A 3SERA 4OZ9A 4M4GA 3BFUA 3T22A 3VDFA 4KR5A 1JQFA 2D5WA 4GRKA 2F7BA 3R7XA 3IO6A 1B7ZA 2HZLA 4ND9A 4PFTA 5DVFA 1Y3NA 3KN7A 5IKBA 2F78A 2BJJX 2QMWA 3TMGA 4YKKA 3GZGA 2Y7IA 4FATA 2QRYA 4GF8A 4NWCA 1N7WA 3VFJA 1IXCA 4ZEKA 3OENA 2I3VA 4JSOA 3R26A 5DTBA 3IOVA 3K01A 1IITA 1JVXA 3RLFE 1EZOA 1I6AA 2Y7RA 4LA9A 1RYOA 2QSXA 3PMXA 3ZKKA 4OERA 3OO9A 2FYIA 5AA4A 3MVWA 3SDFA 2ZYMA 2XXTA 4L17A 1SQYA 2YPNA 1B3HA 4FORA 4OESA 2QS2A 3IOWA 3R6UA 4F3PA 1Y1MA 2M8CA 3LUYA 1B4ZA 3RT8A 3H6WA 2OLBA 4DCXA 3VE1B 3VXBA 4G68B 4RY1A 3EQ1A 4PQJA 1OMPA 2NVUB 2G93A 4G8NA 2QS1A 5CRYA 2GHBA 4R9GA 4F1UA 5DVIA 2XXPA 1B3GA 1PBPA 4AB5A 3IOTA 4LZ5A 3IB1A 4O3AA 3H03A 5CBRA 2V3QA 5EYFA 5I2NA 1N3WA 2ZYOA 4OTEA 2VOZA 3PV0E 4U4SA 5FHMA 1TT1A 1B5IA 4F18A 1SW5A 5EHMA 2DP8A 1MQDA 1WODA 3OELA 3EF7A 4DCYA 3KOSA 1B5HA 2ONKE 3A3UA 3CFZA 3T9VA 1B46A 3WAEA 5IAIA 4JWYA 4DZ1A 1UQWA 3T96B 1QULA 1MQGA 4R6KA 3LSFB 3BKIB 3M8UA 3CG3A 4GL8A 3K6VA 3PPNA 1QUJA 1A8EA 4ZEDA 4GQOA 1TWYA 2FNCA 1PDAA 3U72A 1Z7NE 3TELA 4P11A 3C33A 4FEDA 4OETA 1OLCA 4F39A 2E1SA 3PUVE 4MLQA 1N7XA 2V3UA 2XXYA 5F1QA 1MQJA 4NEDA 3CFLA 4R73A 1MPBA 4KHZE 3VXCA 1P99A 2PVUA 3VLUA 1P1NA 3SEWA 3T66A 3VV5A 2XX9A 2P0SA 1MXVA 1Q35A 1UTBB 1IXIA 1SVXB 3FVKA 1XT8A 3H6UA 2Z8DA 1IQ7A 3QK6A 5H8QB 3H7MA 3GBAA 2HAUA 2HCAA 3RUMA 4JWOA 1URSA 1DSNA 2AYSA 2NXOA 1ZKBA 5I59B 4DE8A 4F3GA 3FJ7A 3HV1A 4ONYA 3IL1B 1USYE 3M3LA 2XXWA 1JVYA 5ISUA 2PMSA 4R75A 4ZEFA 4C1UA 3GXAA 2ONRA 3FXUA 3CSBA 3KBRA 1XOCA 3MP8A 1UIVA 2IA4A 1MY2A 2RF1A 3KSJA 3PPOA 2F36A 2Q9TA 4QSEA 5I57B 1FTKA 1A55A 1MXUA 1I6BA 4IGTA 5B7DA 1BKAA 1PB7A 2F6GA 1FTLA 5KCJA 1WVJA 5M2VA 2XHDA 2OJTA 1B2HA 1SW2A 4ZE8A 1B3FA 5CBSA 4I9DA 4KCCA 3MAMA 1DMBA 2QS3A 3A3CA 1UTHA 2XXQA 2V25A 3QIMA 2QS4A 4I8CA 4LZ7A 1IEJA 1ZMGA 4MLVA 4LONB 3KJTA 4IO3A 1URDA 1UTBA 4QHQA 3TDJA 4KYSA 4R74A 4XKPA 5L9SA 4H0WA 3ECRA 1Y9UA 1O63A 1SYIA 2R71A 3DP4A 5H8QA 4U4XA 3MVZA 3TCGA 1A40A 5B70A 5KDTB 2GFEA 2VD2A 5ICQA 5I58A 3O2AA 4BDRA 3EHUA 3MQ9A 1N0TA 3UORA 5I84A 2DWJA 1BIYA 3PPRA 2HQ0A 3N5LA 3JZJA 3Q26A 4U23A 1B52A 5H8SA 1OQHA 3Q27A 1EH3A 1A99A 4G77A 3ZSFA 5HM4B 2ZNSA 1B9JA 4R2FA 2XXXA 3S9EA 5CMBA 3G3IA 4KD5A 4IO2A 3H6TA 1US4A 1XVYA 5I57A 5KZTA 3TTKA 2VD3A 4FECA 4IY6A 5I2KA 1R1NA 3EPEA 1M5FA 5A5XA 4OFJA 4NF4B 4F2OA 4NF8B 3KZGA 1LB9A 1POTA 1LSTA 1YCJA 3DELB 1NNKA 3S9LC 1LCTA 4QSCA 1FQDA 4DXUA 3H6VA 4QFOA 2RCBA 3KN3A 1H45A 4ESWA 3V5AA 3ILTB 1Y20A 3KN8A 1FW0A 4POWA 1NL5A 4ZECA 1SW4A 2Z8EA 3MPLA 1SW1A 1TXFA 1LAHE 1Q1KA 1DOTA 4F29A 1NNFA 4O3CA 4BDQA 3PUZE 5I56B 3K2DA 5EHSA 3THIA 1USYH 4GL0A 1ELJA 3RT6B 4ZEIA 3PD9A 1ZU0A 5DT6A 4YAHX 2I0BA 3TEPA 3MZBA 1MS7A 3RTFB 5AA2A 4OEUA 4ELRA 2QJEA 3RN8A 2VHAA 3N94A 1N04A 4KYEA 4LZ8A 3O28A 1FQFA 1H44A 3K6UA 4NF8A 1LCFA 1SDXA 4XIGQ 4G8MA 5JEIA 2I0CA 4YB5A 3G7WA 3U1OA 4GWOA 5H8HB 3IR1A 4FE8A 1M5CA 3K4UA 2A5SA 3H3GA 1EZPA 1B58A 3MZ1A 1QKAA 3HCQA 3ODBA 3FASA 3UP9A 3HHGA 4EUOA 4YZZA 1TFDA 3FXQA 3SESA 1NKXA 1DTGA 3N6TA 2ZNTA 3IAZA 1VFDA 3S2VA 1JETA 2RCAA 1VR5A 5I56A 3LC8A 1Y4CA 4G68C 3QXMA 5BUUA 1LBCA 5ITOA 2DYXA 2ONSA 4EXLA 1B3EA 4LP2B 3SEUA 3E9XA 2I58A 1URGA 5K2XA 3RGYA 1SI1A 4X1BA 3V8XB 2Y7WA 3FJGA 2XX8A 1FCKA 2QL3A 3ILUB 1SBPA 3FZVA 5TPAB 1LB8A 4BDMA 5F7VA 4EF2A 1YPNA 3OMBA 3KSXA 1ZJLA 3C36A 3P7IA 4GLIA 5L9OA 2REGA 3USDA 5CMCA 1WDNA 4F2QA 1MM7A 4LUBA 3OO8A 1N76A 5FHNA 1BTJA 4F1VA 2UVIA 4ISUA 4ZEBA 2Z23A 4TLMB 3MWBA 4IB2A 3HPIA 3G3FA 3MUQA 1MQIA 3QUJA 5AA2D 4GD5A 2B65A 4U1OA 2Q2AA 3MP6A 1POY1 4NE4A 3MBPA 1B6HA 2ZYNA 1QUKA 1VE4A 1YTVA 2R9JA 2F97A 3OSQA 3OXNA 1QUIA 3FUZA 1GVCA 1B0LA 4BDNA 4RPNA 4NF6B 1JW4A 3RNNA 1B05A 2XXHA 3BBRA 3DP8A 4G8HA 1PC3A 1ZIUA 2DE3A 5FHOA 4ZE9A 1LFGA 1A8FA 4NTLA 5K2YA 1R9LA 4Q0CA 3E13X 3MVXA 3Q28A 3UGWA 5L8DA 4G68A 2PT1A 1S7YA 3G3GA 1CB6A 3VLVA 2DQVA 1CE2A 5TPAA 4RPOA 1EU8A 2RC7A 3K0VA 3QSLA 3TZAA 2Y7PA 1MDQA 2UYEA 3FXRA 3C32A 4RYAA 3LR1A 4KI0E 4QSDA 3TTMA 1VSOA 2YJPA 3TTRA 1II5A 1O64A 2F8DA 5DYHA 3IK6B 2I3WA 1DTZA 2RINA 3FVOA 4NF5B 3CFXA 3H4ZA 4C0RA 3O6IA 3C34A 4UA8A 1JEVA 3TCHA 3WAFA 3B7DA 4DLDA 1B40A 1AL3A 4U2RA 3MJNA 3LBSA 2H5YA 3C9HA 3I6VA 5AE4A 1JW1A 4IO7A 1MXYA 4WEPA 3Q25A 3IX1A 4NF6A 1P1QA 3U92A 2I6EA 3CVGA 1US5A 5JK4A 1GR2A 1NNTA 2H9BA 4JB7A 2ALUA 1NH7A 3OEKA 2D3IA 3K02A 4GVOA 4F19A 2DWAA 4OYVA 4I1DA 3PUWE 5DEXB 1LLSA 4NWDA 2O68A 3O6HA 3N26A 2XXIA 4QRZA 3I5OA 2PBWA 1QVSA 4XXUA 3BFTA 3JV9A 1Y1ZA 3O29A 3CIJA 4FEBA 3IB0A 1MH4A 1A7LA 4IGRA 1XS5A 3TODA 1LGBC 3FGSA 3CR9A 4P0IA 1I69A 5I59A 3PPQA 4JXIA 3GBBA 4RNSA 1LFIA 4JSDA 2Y84A 4R2BA 4XKNA 2CMOA 2V93A 1D3KA 1Y3QA 5ICTA 1Y4TA 4RA1A 3SETA 5TP9B 4FJPA 2R6GE 1FQBA 2F34A 1QKBA 1H3DA 2RKMA 5H8FB 1O7TA 4OFLA 1R6ZA 1GV8A 1XVXA 4YKIA 3TYHA 1D4NA 3UN6A 5AA3A 1DPEA 1MXZA 1FQEA 3O66A 3MZ9A 3AXFA 4LQ2A 1T0KA 3PGFA 3QUFA 1MY3A 1P1UA 1XHYA 4LVQA 4IO5A 2ESNA 2RC8A 4N6PA 4OVJA 3SEVA 3M3KA 3RY3A 4F3BA 5CMMA 4MFIA 2F35A 4LQ5A 2V84A 2H99A 4HTGA 1B1XA 4PFWA 5LOMA 4ECFA 4G2ZA 3U93A 4F1YA 2ZYKA 3OO7A 2F6PA 2P1SA 2B3FA 4GOTA 4N13A 2V3TA 1TFAA 3IORA 2E0SA 3K6XA 1PB8A 5KDTA 3PUXE 1IZ1A 3U94A 1D9VA 2F7AA 3E4RA 1B7UA 2ZNUA 1DPPA 2H25A 3OD7A 4G4PA 3PU5A 4JWXA 4ZZEA 3SKPA 3I3VA 4ELPA 5L9MA 2OWTA 4EQ9A 1Z7ME 4H8JA 4H65A 2Y7KA 2RC9A 2NUVA 3LSWA 1JNFA 4OXVA 4LATA 4BDLA 1B5JA 3KG2A 3O97A 2UVJA 4QFLA 1R9QA 2DXYA 2XXVA 2A5TB 3FV2A 4H1XA 3LSXA 1ZBMA 1P1OA 1H76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CMKA 4H5GA 4NF4A 2ZZWA 2DWHA 3ZS6A 3EHTA 1OIBA 1ZLQA 1D9YA 4GIZA 5I2NB 3TAJA 4PP0A 5ELVA 4EQBA 1PB9A 5T3JA 4P9KA 1OQGA 4N6KA 3C35A 3PMWA 5ESYA 4Q8RA 4NQ8A 4QFNA 2DWIA 2DE4A 1H43A 2OBGA 1SD3A 3RPWA 2F5XA 3DM0A 2CEYA 3W9WA 1B4HA 4HE1A 3S4UA 2P3NA 2AIXA 2QMXA 4KQPA 2Z8FA 3MPKA 1IIWA 1PEBA 4PE3A 4H6DA 1SI0A 3OOAA 3CRBA 3G3JA 1LBBA 3QAXA 1MXWA 1RYXA 5FTIA 2B3BA 4HS7A 1MQHA 4XKRA 4RJZA 4GWWA 4TQUQ 1ANFA 2I48A 5IZ3A 4Q30B 4AS5A 3TFLA 1Y3PA 2DOJA 3O6GA 4YB6A 4PGNA 3U65A 5TU0A 2O6AA 3MVYA 3G3HA 4H45A 4KYDA 4KPTA 4P3LA 2HZKA 1UIUA 3SEXA 1VFEA 3VVEA 4X48A 2O51A 4E0WA 2H4IA 4XEQA 3S9NC 2A5TA 4NN3A 1AH5A 5IGAA 3FD3A 2UYFA 4YMAA 2ZXTA 2HFBA 1FPFA 3Q29A 3MP1A 2O1MA 3H06B 1IXGA 4K3FA 4N8GA 4HCYA 4OQOA 4C1TA 4F22A 5H8NB 2ZMBA 3V83A 1M5DA 1SYHA 2VGQA 4QFPA 1AMFA 4PC9A 3IJXB 3G3KA 1ZTYA 3PD8A 2F3DA 1IUDA 1PBQA 2DVCA 4PDDA 1MPCA 5H8HA 1NV4A 3HHFA 4AQ4A 1HSEA 3OO6A 3KFMA 4N81A 4WKMA 2DSFA 3CSGA 2VP1A 2X7PA 5HBCA 3C4MA 4YICA 1FQAA 1OVBA 1NFTA 4P56A 4DIGA 3UK4A 4N15A 4QF9A 1LBYA 1MRPA 4YB7A 1N84A 1KWHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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