5TU0A

1.9 angstrom resolution crystal structure of maltose-binding periplasmic protein male from listeria monocytogenes in complex with maltose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
SDEKTLTVSVDAGYKDYVNKIKGDFEKDNDVKVKVVEKDMFETLEALPLDGPAGTAPDVMMSAFDRIGSLGQQGHLAEVKLGNKDDYDEKDQKQVTIDDKIYGAPAIIETLVLYYNKDLLDKAPATFKDLETLSKDSRFAFTSEKGKNTGFLAKWTDFYFSYGLLAGYGGYVFGDEGTNPKDIGLNNKGSVEGITYATKWFQDVWPKGMQDNKSADDFIQDQFVKGKAAAILGGPWSAANYKEAKINYGVAKIPTLNNGKEYSPFAGGKGWVVSNYSKNKDVAQKWLDYVTNQKNQETLYDMTNEVPANLKARDTAKSKNDELTNAVIEQYKNAQPMPNIPEMSEVWTGAENLKFDAASGSKTPQPSADDAVKVIEDNVTQKYTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.9 Angstrom Resolution Crystal Structure of Maltose-Binding Periplasmic Protein MalE from Listeria monocytogenes in Complex with Maltose.
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes serovar 1/2a
molecule keywords Lmo2125 protein
total genus 142
structure length 385
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5tu0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5tu0A02
1QUIA 4GXAA 2XX9A 3MVYA 2XXXA 2XXYA 2V84A 3G3JA 5ISUA 1ZBMA 1JW5A 4YU0A 1B7HA 1EZOA 1TXFA 5DVFA 4XIGQ 1FTKA 2DE2A 1QKAA 4PFYA 1A55A 3U93A 4GF8A 2F5XA 1LB9A 4O3AA 2Y84A 3KBRA 2F34A 3T22A 4NE4A 1YAEA 3RTFB 1MXUA 4X48A 1M5EA 4XKPA 3BFTA 3O6IA 2ESNA 2I6EA 2ZYKA 1LAFE 1MG1A 4GXSB 1URSA 3UN6A 1VR5A 3PU5A 3SEWA 3U1OA 1JW1A 3MBPA 2QS3A 4QFPA 4ZZEA 4NWCA 3TTLA 4NF6A 2GHBA 4EF2A 4LZ8A 3FVKA 4H5GA 3H7MA 5ELVA 3ILUB 3U8QA 5JTYA 5H8HA 3A3UA 5AA3A 5HPQA 4XTCQ 3UORA 1FQFA 1Y1ZA 1SI1A 3IX1A 2V93A 2F35A 4RPNA 1IZ1A 4IGTA 4NEDA 3IOTA 5IAIA 3FUZA 5EHMA 1L5TA 1POY1 2I4CA 4XKQA 3KFMA 1SVXB 4YZZA 4OENA 4OTEA 4OHNA 3PUWE 4NF6B 4RNSA 1R9QA 1LBCA 4NF8A 3LC8A 2DWIA 2GRVA 3HPIA 1H3DA 4R2FA 3GLBA 3FZVA 5L8DA 3M3LA 4O3CA 3H03A 5JTYB 5H8HB 2RF1A 4JWOA 3K00A 2Z22A 3FJGA 4HCYA 5DVIA 1FCKA 1B3HA 1WVJA 1N04A 4ECFA 4LONB 2HZKA 1RKMA 2QL3A 3TDJA 3OELA 1B3LA 2R9JA 5A5XA 4YICA 1M5DA 2DXRA 1LSTA 2M8CA 3MPLA 1JW4A 4F22A 2HCAA 4NF8B 5JK4A 3UGWA 4LA9A 2G29A 4F3PA 2I49A 3G3GA 3OENA 3ZSFA 4QRZA 3GZGA 3IOWA 5IKBA 4ELOA 1TWYA 1DTZA 4G2ZA 5ITOA 1LFGA 4UA8A 1B5JA 4I9DA 4N6PA 4HW8A 1N3WA 5B70A 3FGSA 5A5XB 3FV1A 1MY3A 2A5SA 4IY5A 3KZGA 1R6ZA 1P1WA 4GVOA 2Q8JA 4OESA 3O2AA 1LCFA 1OQGA 1DPEA 3OMBA 3PPNA 5KZTA 2F7BA 1Q35A 3GBAA 1IXCA 3K1NA 3H6WA 2QMXA 1MY4A 2ABHA 3UIFA 3CFZA 3RTWB 3OSQA 4OQOA 3RT6B 4AQ4A 2V3UA 1Z7NE 5H8QA 2NXOA 2UYEA 3O66A 5AA2A 3ONMA 4GQOA 2PBWA 2XXVA 3VLWA 2PT1A 1UQWA 2XXRA 4P0GA 1VE4A 2V3TA 4DXCA 1GGGA 3N5LA 2XD3A 1R1NA 3TEPA 1IXGA 1UTBB 2QMWA 3QSLA 3A3CA 3CSGA 1URGA 3EHSA 3LSLA 4LZ5A 4WEDA 2ONKE 2Q2CA 3FXUA 1QKBA 1B52A 3PMVA 3K01A 5H8QB 5FHNA 1MQIA 5AA2B 1P99A 3GXAA 3OXNA 4H67A 1MY2A 1LFIA 1OIBA 1UIVA 1MQHA 2F6GA 1Y3PA 4OEUA 3MPKA 4MFIA 2DVZA 1AH5A 3F11A 5I56A 4U4SA 3RQTA 4POXA 2ZYMA 1MDP1 2HQ0A 4OXVA 3T66A 4JDFA 1SQYA 4ZEFA 1SI0A 4BDOA 3C32A 2D3IA 4F1VA 3TTRA 3LSFB 4EDPA 1B4HA 2V25A 1P1NA 5TU0A 3C31A 1YTVA 2NUVA 1MM7A 3VDFA 3V8XB 2IEEA 4RPOA 4G8NA 2I0BA 4EUOA 4L17A 3PMXA 4LQ2A 3BBRA 2GH9A 1S7YA 3K1MA 3KJTA 4X1BA 1TFDA 1DPPA 3Q29A 4PP0A 5I56B 4PFTA 4LUBA 1JETA 3G7WA 2GHAA 3HO7A 5HBCA 3CRBA 3L6HA 1ATGA 3PUVE 3K6UA 3PUXE 1LBBA 1NL5A 4OERA 1N7WA 1MRPA 1ZTYA 2O7IA 2REGA 1BKAA 4GWOA 4OWDA 3IO6A 4NF5A 1ZLQA 1H43A 3UP9A 1KWHA 3IB1A 3MVZA 4OFJA 2PX1A 3CFLA 5CI5A 4FEBA 1LB8A 2VP1A 2P0SA 3KOSA 1Z7ME 2F97A 1MY1A 4H1XA 3N94A 4EQBA 4C1TA 1IQ7A 2Y7WA 2H5YA 2W7YA 2OK2A 4JBZA 3MZ1A 4HS7A 1B7ZA 2XHDA 1FQCA 2DWAA 3TCFA 1VFEA 3PPRA 1HSLA 4OFOA 2I3WA 4P11A 3IO4A 4F1UA 1PB8A 2X7PA 3D4GA 1IEJA 2FYIA 1DTGA 3HHGA 3PUYE 3O29A 3WAFA 3KN3A 1D3KA 1A40A 4H65A 2RC9A 4N07A 4G68C 4UACA 3H6VA 4OFLA 5KDTA 1USYE 3H6UA 3CI8A 4YMBA 4FAJA 1YCJA 2UXAA 3TCHA 4N13A 3OOAA 2ZXTA 2B3FA 1FQBA 1FTJA 4KR5A 1B40A 1QULA 3IORA 4QFKA 2XXUA 4ZEBA 3VV5A 3BKIB 4YKJA 1NNFA 2YJPA 2RKMA 3OEMA 5F1QA 3MVXA 1SYHA 2PVUA 5L9SA 3PPQA 1O63A 1GR2A 5L9MA 1MXVA 2I3VA 3HN0A 4HTGA 3DP6A 5KDTB 3G3FA 3CG1A 3CG3A 4EXKA 1HSEA 5CBRA 3QK6A 2CZLA 5I2NA 5AA4A 1O7TA 3DM0A 4OZ9A 3IOVA 3QYTA 1BLFA 3MP6A 2X7QA 1Y4TA 5EYFA 3MW0A 2YPNA 5BWJA 2DWHA 1POTA 1MQGA 5J1DA 3FATA 1SW1A 3E13X 5CRYA 4DE8A 2H98A 2OWTA 5FHMA 3B7DA 3N26A 1B0LA 1FW0A 1Y3QA 3HCQA 4PFUA 4BLAA 3LBSA 5I2NB 3ZKKA 5AA4B 4BDLA 4U21A 1Y1MA 3T9XB 1IIWA 2I48A 4H8IA 4MLVA 1OVTA 2DE4A 4ZDMA 4F3BA 1SW2A 3K0VA 1II5A 2AIXA 4JXIA 3SESA 4ESWA 4ELRA 1MH3A 4R6HA 2DYXA 4JSDA 2Z23A 4WKMA 2DQVA 4RY1A 3EQ1A 4R9FA 3MP1A 4WEPA 5B7DA 3VLUA 2DVCA 1MXXA 4JSOA 1ZU0A 3U72A 3KEIA 3LUYA 2IA4A 1AIVA 3R26A 5ICTA 3MC2A 4KPTA 4KCDA 5K2YA 2GFEA 3S9MC 5AA2D 1B7UA 3PPPA 3SEYA 1OVBA 4BDMA 4U4XA 3ZS6A 2OJTA 3MZBA 3OO6A 2DOJA 4KYSA 3C36A 3KSJA 3TTKA 1B5HA 1I69A 1MH4A 3I6VA 1OQHA 4WXJA 3TTMA 1BIYA 4PETA 1LAXA 1MXWA 3FASA 4MF3A 4I8CA 4EQ9A 5AA1A 3O9PA 2QS1A 4LATA 3U92A 3FJ7A 2FNCA 1LLSA 4QSDA 3B6TA 2XX8A 3BFUA 2AYSA 3TPAA 4R2BA 3G3IA 1FQEA 1VSOA 3TFLA 4TLLB 3EHUA 1NH8A 1QVSA 5CMKA 4Q0CA 3VXBA 3B6WA 4FJPA 1P1QA 4XKNA 3PUZE 3FXRA 4QSCA 3TTNA 4IO3A 1N76A 3V5AA 2Q89A 4YB6A 4ELPA 3FIRA 5HM4B 1XS5A 2VOZA 4ONYA 4ZEKA 2D21A 1USYH 4E0XA 2O69A 1PB7A 1QW0A 5EHSA 2DE3A 3CVGA 3T9HB 4G8HA 1Y4CA 3IB0A 3K4UA 4KFQA 2HFBA 2THIA 3SERA 1MS7A 4G77A 2VD2A 3TCGA 1Y3NA 4RJZA 3S9EA 3MZ9A 4Z0IA 3USDA 1Q1KA 1US5A 3K02A 4QFNA 4FATA 2XXWA 3HSTA 2Z8DA 1B3EA 2B65A 1A8EA 2ZYNA 3E9XA 3T93B 2F8DA 4IO4A 4G4PA 4IO2A 3TQLA 3T96B 3SEXA 4QSEA 4LQ5A 3VVEA 2X26A 3PD8A 2VGQA 3FXQA 1AOVA 1MDQA 4YKIA 3EF7A 3CR9A 2ZNUA 2A5TA 4G68A 4DCXA 1Y20A 1XT8A 4MBPA 2ALUA 2AL4A 3UA8A 3RT8A 3JV9A 1TFAA 3IJOB 3KN8A 4H8JA 2OZZA 3HHFA 3OO7A 5TPAA 5ICQA 5KCJA 1LFHA 1B5IA 3ECRA 2O1MA 5I58A 1QUKA 3W15C 4H6DA 3Q27A 2KLFA 3D4CA 3VXCA 2RC8A 4EQ7A 3SEUA 2QS2A 1B2HA 2A5TB 4G68B 1ZMGA 1SYIA 1AL3A 3H6TA 1MPCA 3PGFA 3FD3A 3RY3A 3S2VA 5DYHA 2CMOA 3VLVA 4MH5A 5TPAB 4QF9A 5I58B 1SW4A 2DSFA 3I5OA 3C33A 4U1OA 4ZEIA 1PDAA 5CM6A 4F2OA 2ONRA 3OO8A 4GLIA 4C1UA 3IAZA 1EZPA 4U1ZA 2PYYA 2HAUA 3TELA 1A8FA 3VE1B 2O6AA 4JWYA 2O51A 1B1XA 1PBPA 4ZE8A 4FEDA 2R71A 4GFRA 4RK2A 3H06B 4KCCA 5H8FA 4DZ1A 4R72A 2HEUA 4U23A 4NF5B 2E1SA 2HAVA 1A7LA 4DXBA 3PV0E 5DEXA 4R6KA 1OLCA 3QUJA 3SETA 1N84A 4IO6A 4FORA 3KGCA 3OD7A 1B9JA 1N0TA 3LSWA 2P1SA 2REJA 2DXYA 2PMSA 3ODBA 3S9LC 1FQDA 2DWJA 3PMWA 4XXUA 5F7VA 4F3GA 5BUUA 4OVJA 1FTMA 3G3KA 3TUSA 2QPQA 2QSXA 3T9UA 4E0WA 2I4BA 2QRYA 1PBQA 2V3QA 3V83A 1I6AA 1MQDA 1N3XA 3CIJA 2G93A 5DEXB 1JNFA 2LAOA 1IUDA 4MLQA 4DLDA 2P2AA 3W9WA 1HSJA 4ZS9A 4OEVA 1MM6A 4HCWA 4YB7A 1D4NA 3G3HA 3GBBA 1CB6A 1ANFA 2UVJA 4YMAA 3QIMA 5JEIA 4DCYA 4QFOA 4IO5A 1XVXA 3MUQA 1XOCA 3FVNA 5DT6A 5DTBA 3ZKLA 1MPDA 2H99A 2Z8FA 4R75A 5I2KA 3FVOA 1MPBA 3DELB 4JB7A 3CSBA 1SD3A 5CMCA 1B4ZA 3JZJA 4ZEDA 4OETA 4KI0E 5LOMA 1OLAA 1B3GA 2DS9A 3THIA 4QHQA 4KHZE 4PE5B 3O6HA 4Q30B 1NNKA 1JVYA 1BP5A 3M3KA 5AE4A 4F2QA 1QUJA 1B0HA 3QXMA 2Y7IA 4JWXA 2O84X 5I59A 4ZE9A 4FIMA 2QS4A 4QFLA 4KYEA 3KG2A 4YAHX 3W9VA 1WDNA 3M8UA 3RUMA 4Z7EA 3MP8A 2Q88A 5I2KB 1NKXA 4LZ7A 3A09A 1JEVA 2OBGA 3Q25A 4X1DA 4ZECA 3B6QA 4P0IA 3OSRA 2F7CA 5ITPA 1DMBA 4R6YA 3K2DA 2ZYOA 3IJXB 2H9BA 1LCTA 4ZZAA 3VFJA 1O64A 1NMUA 4IB2A 5I59B 2I58A 3S9NC 3RLFE 1NFTA 1B6HA 1ZJLA 3K6WA 3TYHA 2ZNTA 4FECA 2OWSA 2HZLA 2XXIA 2ZNSA 4C0RA 3MWBA 2XXHA 1PEBA 3JYRA 3T9VA 4DXUA 4OMBA 4DIGA 3EHTA 4EXLA 2XXQA 4TQUQ 2R6GE 1DOTA 4F18A 1LGBC 2NOOA 4F3SA 3LSXA 4NF4A 3TQWA 1FTLA 2ZMBA 4BDNA 3O97A 2H4IA 3MQ9A 4PFWA 3N6TA 4I62A 2UYFA 4H0WA 1MXYA 4M4GA 1PB9A 3SEVA 4ISUA 5CMBA 5H8SA 5FTHA 3QAXA 5TP9A 3H3GA 1EZ9A 1JQFA 1RYXA 3QUFA 2F6PA 3PPOA 4R9GA 1B46A 4GL0A 2Y7PA 4IGRA 3K1PA 3IB2A 4ND9A 3E4RA 5CBSA 3N6UA 4NF4B 5DVJA 1SW5A 1XC1A 5FHOA 3H4ZA 4F29A 1UTBA 3U94A 4TLMB 1B51A 3MVWA 2BJJX 2PT2A 4RYAA 4EF1A 4F31B 2D5WA 2OCUA 3CFXA 1F9BA 4KD5A 4BDQA 3EPEA 2RINA 4YKKA 1NNPA 1M5BA 1NNTA 4TOZA 1N7XA 5I57A 5TP9B 2QJEA 3RGYA 1BTJA 4RK9A 3VVFA 1OMPA 1GVCA 1I6QA 4R74A 3M3FA 2OLBA 4U2RA 2XXPA 3IR1A 2AL5A 4GOTA 1NH7A 1S50A 3PD9A 2B3BA 5I84A 1WODA 3AXFA 3OO9A 1TT1A 4DDDA 1UIUA 3I3VA 1P1UA 2ONSA 2RCAA 2RCBA 4ESXA 4F19A 1LAGE 2UVIA 4OYVA 3IK6B 2YLNA 4ELQA 1P1OA 5I57B 4NWDA 3Q28A 2NWJA 4Q5TA 1FQAA 4H5FA 1ELJA 4NMYA 1MXZA 1UTHA 1R9LA 1IXHA 4BDRA 3R6UA 1S9TA 1VFDA 1YPNA 4F1YA 2F7AA 2Y7KA 2H25A 2NVUB 4M1VA 3VVDA 5FTIA 2UVHA 1FTOA 4FE8A 1I6BA 2Z8EA 1XHYA 1Y9UA 3IOUA 3MJNA 2DP8A 3IL1B 1QJMA 4NTLA 1GTKA 3SKPA 2Q2AA 1D9YA 5CMMA 4U22A 2E0SA 5K2XA 3RNNA 5L9OA 3FJMA 4YKPA 3LR1A 3K6VA 1B1HA 1LAHE 1EU8A 4IY6A 2I0CA 1T0KA 3TODA 1UTHB 3MAMA 5H8NA 2ANJA 4XKRA 1ZKBA 2F36A 1DSNA 3Q26A 2VHAA 3KSXA 1M5CA 3HV1A 3P7IA 1SBPA 4K3FA 3FVGA 3E3KA 2O68A 3WAEA 4LP2B 4GIZA 3UK4A 1RYOA 4KQPA 2WKYA 3O28A 2XX7A 1MY0A 1J1NA 1CE2A 2UVGA 1IITA 3DLNA 1IXIA 1B05A 3C4MA 3V89B 5KCJB 1URDA 4YB5A 3ILTB 3KJ7A 4LVQA 1A99A 3TAJA 1B32A 4THIA 3R7XA 3L6GA 1MQJA 5H8NB 4AB6A 4I1DA 1EH3A 3C34A 4GL8A 1GV8A 1D9VA 1M5FA 1SDXA 3SDFA 1H44A 4GD5A 2XXTA 5CC2A 3RN8A 4RXLA 1XVYA 3DP4A 2FA7A 3S4UA 4X9TA 2XD2A 2RC7A 3DP8A 3EN3A 3OEKA 1A54A 1H45A 4PQJA 4POWA 2Q9TA 4IO7A 4RA1A 2HXWA 1AMFA 5M2VA 2F78A 4G8MA 2O7UA 3C9HA 3O6GA 2O1LA 3KOTA 4KYDA 3TKDA 4O3BA 1H76A 1ZIUA 4AB5A 3KN7A 3K6XA 4Q8RA 3TZAA 4GRKA 3TMGA 1JEUA 4F39A 2VD3A 2Y7RA 5H8FB 1US4A 1JVXA 4R73A 1B58A 3RPWA 1B3FA 3C35A 1PC3A 3FV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUIA 4GXAA 2XX9A 3MVYA 2XXXA 2XXYA 2V84A 3G3JA 5ISUA 1ZBMA 1JW5A 5IZZA 4YU0A 1B7HA 4PBHA 1EZOA 3CHGA 1TXFA 5DVFA 2WYKA 4XIGQ 2Q8MA 1FTKA 2DE2A 1QKAA 4PFYA 5EQ8A 1A55A 4GX4A 3U93A 4PFRA 4GF8A 2F5XA 4GWWA 1LB9A 4O3AA 2Y84A 3KBRA 1XI6A 2F34A 3T22A 4MNPA 4NE4A 1YAEA 3RTFB 1MXUA 4X48A 1M5EA 4XKPA 4P3LA 5ET5A 3BFTA 1DCUA 3O6IA 2ESNA 2I6EA 2ZYKA 1FBGA 1LAFE 1MG1A 4GXSB 1URSA 3UN6A 1VR5A 3PU5A 3SEWA 3U1OA 1JW1A 3MBPA 4KXPA 2QS3A 4QFPA 4ZZEA 4NWCA 4PF6A 3TTLA 4NF6A 2GHBA 4EF2A 4LZ8A 3FVKA 4H5GA 3H7MA 1NV5A 5ELVA 3ILUB 3U8QA 5JTYA 5H8HA 4XEQA 3A3UA 5AA3A 5HPQA 4XTCQ 3UORA 4MHFA 1FQFA 1NV3A 1Y1ZA 1SI1A 1KA0A 3IX1A 4PE3A 4PTKA 2V93A 2F35A 4RPNA 1IZ1A 4IGTA 4NEDA 3IOTA 5IAIA 3GYYA 1NV7A 3FUZA 4GWZA 5EHMA 1L5TA 1POY1 2Y5KA 2I4CA 4XKQA 3KFMA 1SVXB 4MCOA 4YZZA 4OENA 4OTEA 4OHNA 3PUWE 4NF6B 4RNSA 1R9QA 1LBCA 4NF8A 3LC8A 2DWIA 1DK4A 2GRVA 3HPIA 1H3DA 4R2FA 3GLBA 2ZZXA 3FZVA 1LBWA 5L8DA 3M3LA 4O3CA 3H03A 5JTYB 3BIGA 5H8HB 2RF1A 4JWOA 3K00A 2Z22A 3FJGA 4HCYA 4DI4B 1LBXA 5DVIA 1FCKA 1B3HA 1WVJA 1N04A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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