2VHAA

Debp
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
276
structure length
276
Chain Sequence
APAAGSTLDKIAKNGVIVVGHRESSVPFSYYDNQQKVVGYSQDYSNAIVEAVKKKLNKPDLQVKLIPITSQNRIPLLQNGTFDFECGSTTNNVERQKQAAFSDTIFVVGTRLLTKKGGDIKDFADLKGKAVVVTSGTTSEVLLNKLNEEQKMNMRIISAKDHGDSFRTLESGRAVAFMMDDALLAGERAKAKKPDNWDIVGKPQSQEAYGCMLRKDDPQFKKLMDDTIAQVQTSGEAEKWFDKWFKNPIPPKNLNMNFELSDEMKALFKEPNDKAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Shigella flexneri
publication title Crystal Structure of a Glutamate/Aspartate Binding Protein Complexed with a Glutamate Molecule: Structural Basis of Ligand Specificity at Atomic Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC BINDING TRANSPORT PROTEIN
total genus 98
structure length 276
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vhaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vhaA02
3B6QA 1PB9A 3DP4A 4JDFA 1B52A 1S7YA 3CG1A 3IAZA 1VR5A 1I6QA 3OELA 4U22A 2R9JA 2XX7A 3QSLA 5JTYA 2DXYA 1ATGA 3C35A 3CFXA 1D9YA 3FZVA 4H1XA 2Y7WA 1PEBA 3PUXE 3MQ9A 4RXLA 1B58A 3PPOA 3LSXA 1XT8A 1MQHA 4NF5A 4QRZA 2VGQA 3EF7A 4GFRA 3CRBA 4R2BA 4IO2A 4GXAA 4L17A 3OSQA 2O69A 5B70A 4R6KA 2DOJA 5H8NB 2AYSA 1BLFA 3ECRA 3U93A 3T9XB 2B65A 1P1QA 3G7WA 1JVXA 1UTHB 4F1VA 2O84X 3USDA 2Z8FA 1R9LA 3RNNA 2R6GE 5JEIA 1QJMA 3O9PA 5DT6A 3TCFA 4U4XA 5AA3A 1IUDA 1QVSA 4LA9A 1AIVA 3S9MC 1M5CA 1OLAA 3ZKKA 3MBPA 3O2AA 2NUVA 3QAXA 3FD3A 4QFNA 3K02A 5DVIA 1USYE 3G3KA 5M2VA 1EH3A 1JQFA 3IK6B 3TTRA 1MG1A 3RLFE 5I84A 1FQEA 2ZYOA 3CI8A 3G3JA 4GL8A 3OO6A 3ZS6A 1NNPA 1MS7A 3PUYE 2XXWA 1MY1A 4R72A 1FQBA 1EU8A 2H25A 4FEBA 5F1QA 5IKBA 3MW0A 1FTOA 1USYH 1O63A 4DCYA 3F11A 4PFTA 4WEDA 3OO8A 5K2XA 4E0WA 2O1MA 1LAXA 2XXPA 4IGTA 4F39A 3C34A 4LVQA 4NF6A 4EF1A 3FVNA 1MH3A 2ONRA 3HPIA 3VVEA 1SD3A 1B5JA 4H6DA 1LFIA 1B05A 1ZBMA 4BDNA 2F7AA 4EXKA 2Q2CA 2HZLA 3TTKA 1YCJA 4F3GA 5I59A 2M8CA 2REJA 2W7YA 1Y1MA 4TOZA 4AQ4A 1NKXA 1FCKA 3OOAA 4O3AA 5B7DA 4LZ8A 1GGGA 3PMVA 2NOOA 2XX8A 4K3FA 1WVJA 4NEDA 4Q8RA 4C1UA 1NH7A 3ODBA 3H6VA 1B3EA 1GV8A 4GXSB 3RT8A 3H4ZA 4KR5A 3I3VA 2I49A 4XKPA 1LB9A 4GVOA 4ZECA 2Z23A 3O97A 4NMYA 3KN8A 3EQ1A 4LZ5A 5I2KA 3ONMA 4WEPA 5L9OA 1XOCA 3UP9A 1VSOA 3LSWA 1A8EA 4RK2A 3SERA 1A55A 4M4GA 2HAUA 3N6UA 3W9VA 1H76A 4P11A 2VHAA 1FTMA 2G93A 4MBPA 5CM6A 3C4MA 2Z22A 2V84A 2H98A 3DLNA 4E0XA 4HS7A 4PFWA 1FW0A 4FECA 1MM6A 5CRYA 4TLMB 3TTLA 4JBZA 2H4IA 4YAHX 4LP2B 4OQOA 1M5DA 2F6GA 3GBBA 3U92A 2ZMBA 3E3KA 3TELA 3PD9A 4RJZA 3CFLA 2GFEA 4ZEBA 3QXMA 2XXUA 4EQ9A 3OO9A 4O3CA 1SW4A 3TFLA 1B4ZA 5I59B 5I56B 5DTBA 4YKIA 1ANFA 3ZKLA 5ICTA 1BTJA 1TFDA 2Y7KA 2UYEA 2DWHA 4POXA 3IOTA 2XXTA 2F6PA 1AL3A 1N76A 4H65A 1AMFA 3MP8A 4GIZA 1LSTA 4FAJA 1MXVA 1SW1A 2VD2A 3MC2A 1POY1 4U2RA 1N84A 4R74A 2XXXA 3PPQA 1GVCA 1H45A 5L9SA 1PB7A 4YKKA 1QUKA 2I3WA 1LAFE 3Q28A 5I2KB 3OXNA 3R6UA 5AA2D 1HSJA 4NE4A 1Y1ZA 2X26A 5FHOA 3KSXA 5A5XB 2RCAA 3KGCA 3Q25A 4Q30B 3T9HB 1Y4CA 3RUMA 4R6HA 5JK4A 3BFTA 4G8MA 4QFOA 2PYYA 4RPNA 1I6BA 2F78A 4X1DA 1N7WA 4UA8A 4YMBA 4GRKA 3B6WA 3VXBA 1RKMA 4ECFA 1MDP1 3MP6A 1IXHA 4N6PA 3FJMA 1MY0A 3LUYA 1B0LA 4F19A 3TCHA 3KFMA 1PB8A 1ZTYA 5H8QB 1QW0A 3CSBA 2KLFA 3RGYA 2DWAA 3KN3A 1GR2A 1YTVA 4R6YA 1ZLQA 1B0HA 2UVGA 3TDJA 3OEKA 1B5IA 1POTA 1IQ7A 1LAGE 3D4CA 2I6EA 1MM7A 1URDA 5J1DA 1Y3QA 2QRYA 3FVKA 3V83A 3THIA 1AOVA 2F7BA 1LGBC 1DPPA 3FGSA 4KYSA 2FYIA 4R75A 3UGWA 3S2VA 1LCTA 2VOZA 1R1NA 3FVOA 3FXRA 4Z7EA 1IZ1A 5CMCA 2ZYMA 2F35A 1D4NA 5CMMA 3FXQA 4F2OA 1B3GA 4F3BA 2OWSA 4X48A 2H5YA 4IO7A 3EHUA 3MVWA 4HCWA 2XD2A 2DYXA 4IY5A 4BDRA 3VDFA 3OENA 3SEXA 4F22A 3A3UA 4IB2A 1B6HA 4FE8A 1NL5A 4YKJA 4UACA 1IITA 4NF8B 2DE2A 3CSGA 4GQOA 4GOTA 2HZKA 4IO4A 3CIJA 4NF4B 1MY3A 3T9UA 3K2DA 1LFGA 5EHSA 4BDOA 2XXIA 2HQ0A 2Y7IA 3MWBA 1N0TA 5I57A 3PV0E 2RCBA 5H8SA 2E1SA 1SW2A 2XXYA 3W15C 3MVZA 3GLBA 4LATA 2DS9A 2I0CA 5F7VA 2YPNA 3H7MA 3V8XB 1Z7ME 2XHDA 1NNTA 2XXHA 3TAJA 4O3BA 3U94A 3H6UA 1KWHA 5DVFA 4Q5TA 3HHFA 1OVBA 1DSNA 2NWJA 3KZGA 4OEUA 1JW5A 2ZNTA 2DSFA 1A8FA 4ONYA 3V5AA 1SBPA 4KQPA 2Y84A 3UORA 4NWCA 5TP9A 4P0GA 5AA1A 2B3FA 1ZJLA 4AB6A 4MH5A 3IOWA 1LBBA 3LSFB 4H8JA 4QFLA 4DCXA 1XVXA 2GHBA 3PUVE 1QULA 3E4RA 3K1PA 1FQAA 1M5EA 4GD5A 3MVXA 4OENA 2QL3A 1JETA 4JWOA 1MQDA 3O28A 3K1NA 1B2HA 3Q26A 3TKDA 3TUSA 5H8FA 1PC3A 4FORA 4YZZA 4I9DA 5L8DA 3EN3A 3WAEA 1MPDA 4YICA 3IO4A 2RINA 3RY3A 2O7IA 4KI0E 3D4GA 2F7CA 3K00A 4IO3A 4G68C 3MVYA 2R71A 3MPKA 2UXAA 1BP5A 5I57B 5EYFA 3UIFA 3IL1B 4DDDA 2PBWA 4JWXA 5FHNA 3K4UA 2VD3A 3K6XA 3FATA 2YJPA 1UIUA 1O7TA 1CE2A 1T0KA 4JSOA 2RKMA 4WXJA 1BIYA 4MF3A 2OK2A 1DTGA 2HEUA 4XKQA 3EPEA 1NMUA 1M5FA 2GHAA 3KSJA 4QFKA 5I56A 3VV5A 4BDQA 4RYAA 3S9NC 2XXVA 3MJNA 2QJEA 4DXCA 2F36A 4LQ5A 5TP9B 1UQWA 2X7PA 3FV2A 1B51A 1CB6A 2HAVA 3PMXA 1S50A 1JW4A 1VFDA 1JNFA 4M1VA 5ISUA 3WAFA 2THIA 1H43A 4OFLA 2ABHA 1P1WA 2AL5A 4QSCA 3BFUA 1WDNA 3C9HA 1VE4A 4DIGA 4RA1A 2I4CA 4POWA 3MP1A 5H8FB 5I58A 2Q89A 2UYFA 4G77A 5A5XA 3I6VA 1A40A 3O6GA 3SKPA 3SETA 4G8HA 4ESXA 3IB2A 1NH8A 4LUBA 2RC7A 3IR1A 4PETA 3M3KA 3QK6A 2HXWA 3OD7A 2RC8A 1SYIA 4XTCQ 5BUUA 5ICQA 3RTFB 3CFZA 2FNCA 4RY1A 4NWDA 2RC9A 3FV1A 1Y3NA 4F3PA 4KCDA 3IB1A 1N3WA 1GTKA 3FJGA 1Q1KA 5H8QA 3PUWE 2Z8EA 1B3HA 1SYHA 2ZYKA 2XXQA 2YLNA 2V3TA 4OEVA 1FQCA 3QUFA 1LAHE 2AL4A 2D21A 3T9VA 4KCCA 1MQGA 3HCQA 2FA7A 3L6GA 1IEJA 4YU0A 4OWDA 1MPCA 5CI5A 1S9TA 2OJTA 1MXYA 3OEMA 1RYXA 4GWOA 4R2FA 3VLUA 1US4A 4Z0IA 3GZGA 5AE4A 3TPAA 4IY6A 2H99A 1EZPA 3GBAA 3I5OA 3A09A 2DP8A 4DZ1A 3O6HA 3PMWA 2PT1A 1Y4TA 2O51A 4G2ZA 1B9JA 3T96B 1DPEA 4KFQA 4NF8A 3KOTA 3IOUA 3KJ7A 1O64A 3TTNA 5I58B 1UIVA 1B3LA 3JZJA 4F31B 4NF4A 2F8DA 1A7LA 2F5XA 1N04A 3EHTA 1TFAA 4G68B 3C36A 3UN6A 5HM4B 4XKRA 1EZOA 2A5TA 4P0IA 1TXFA 2HCAA 1MY4A 2XX9A 3TZAA 3ILUB 4ELQA 4OHNA 3M3FA 4BDLA 2F97A 3RTWB 3QUJA 1JEVA 3IO6A 4U4SA 1MH4A 1MRPA 2G29A 3HV1A 4MLQA 1B1XA 2QMWA 4THIA 2O7UA 4EXLA 3TTMA 1H3DA 5FTHA 3UK4A 2LAOA 2QS1A 4KHZE 4KD5A 4RPOA 3SEWA 2ESNA 1B46A 1AH5A 4JB7A 3PPNA 4EF2A 1XHYA 4OFJA 2V25A 4ELOA 2Q2AA 2QPQA 4X1BA 1D3KA 3Q29A 3SEVA 4WKMA 3T22A 3E9XA 1R9QA 3A3CA 3W9WA 3ILTB 5H8HB 1IXCA 1L5TA 3VE1B 3DP8A 4N07A 1ELJA 1PBPA 5AA2A 1DTZA 4ESWA 3O6IA 3PUZE 4KYEA 2RF1A 3G3HA 1B32A 5BWJA 1PBQA 2CMOA 4X9TA 3CVGA 3QYTA 3O66A 1HSLA 3QIMA 4YB7A 3Q27A 2Q8JA 1N3XA 4YKPA 1OIBA 4OMBA 3CR9A 3VLVA 4TQUQ 1OLCA 3K6WA 4RNSA 1BKAA 2A5TB 2V93A 1R6ZA 1JVYA 4YMAA 4QHQA 4OETA 4JSDA 2Y7RA 3T66A 3LC8A 3IX1A 3MZ1A 3H6WA 4BLAA 2ONSA 3OMBA 2PX1A 2ZNSA 1F9BA 5IAIA 2GRVA 4ND9A 1PDAA 1B3FA 4F1UA 2X7QA 1MXUA 3FUZA 4ZZAA 4G4PA 5ITPA 1URGA 2ZYNA 2O68A 4PFUA 1MXWA 1IXIA 4ZEKA 4U1ZA 4R9FA 5ITOA 1FTJA 1YPNA 1ZU0A 1DMBA 3SEYA 3R26A 3S9LC 2WKYA 3DM0A 4ZEFA 4QSEA 1FQDA 1M5BA 1MQIA 4I62A 3MUQA 4U21A 3VVFA 2REGA 2UVJA 4C0RA 1B40A 2OLBA 2I4BA 3KG2A 4XKNA 3MPLA 4TLLB 3PD8A 5TU0A 1XS5A 3G3IA 3RN8A 2I0BA 3FXUA 1LFHA 3U1OA 4OTEA 1MPBA 3HN0A 3KN7A 3TODA 2XD3A 4QF9A 2DQVA 5CBSA 3V89B 5I2NA 4ZS9A 1RYOA 1ZMGA 2ONKE 1VFEA 2I3VA 5AA2B 1NFTA 2XXRA 3LSLA 1Y9UA 3TYHA 4FATA 2P0SA 2ALUA 4PE5B 4EDPA 3TQLA 1II5A 2DWIA 4OERA 4H5GA 2DVCA 3B7DA 5LOMA 1LLSA 4YB5A 3MZBA 3G3GA 2QSXA 3HO7A 4IGRA 2Y7PA 3KEIA 5L9MA 2OBGA 4U1OA 1MY2A 4ISUA 1OQGA 1TWYA 2AIXA 4OZ9A 2B3BA 3K0VA 2OCUA 2QMXA 5KCJA 4F3SA 1B7UA 4LONB 5JTYB 3K6UA 3H6TA 2A5SA 1B4HA 1FTKA 5DEXA 4ZZEA 3S9EA 2I48A 1SDXA 2D5WA 2V3QA 2PVUA 4XIGQ 4PP0A 3O29A 3G3FA 5ELVA 5DYHA 3KBRA 2DVZA 3JYRA 5CBRA 4FEDA 1IXGA 1LBCA 4HW8A 1Z7NE 4NF5B 1FTLA 3PGFA 1UTBA 3KJTA 1SVXB 3HHGA 1ZKBA 1HSEA 3SESA 2DE3A 3TEPA 3KOSA 1OVTA 3HSTA 1I69A 1URSA 4F18A 4OFOA 4GLIA 3TQWA 2Z8DA 1FQFA 4I8CA 4IO5A 1J1NA 4NTLA 2PT2A 1DOTA 2PMSA 3GXAA 4C1TA 3FVGA 2GH9A 2NXOA 3IJXB 3FJ7A 1SI1A 5I2NB 2UVHA 1TT1A 2F34A 3SDFA 1OMPA 3K01A 4ZDMA 3L6HA 4HTGA 1JEUA 2Q88A 4GF8A 3N5LA 5EHMA 4DLDA 4ZE9A 4G68A 4Q0CA 2NVUB 4OYVA 1Y20A 3C33A 1B7ZA 5CC2A 5AA4A 2ZNUA 1QKBA 2Q9TA 4ZEIA 4GL0A 3PPPA 3DP6A 2V3UA 3TCGA 1MXZA 1QUIA 4KYDA 4OXVA 3H06B 4JWYA 2QS4A 5KCJB 1D9VA 2O1LA 3BBRA 3TMGA 1P99A 4LZ7A 4PQJA 2ZXTA 4XXUA 4EUOA 3IB0A 2QS2A 5DEXB 4NF6B 3SEUA 2BJJX 4FIMA 5CMKA 3C32A 4PFYA 4H67A 1SW5A 5HBCA 1UTBB 4DXBA 1MXXA 1US5A 3OO7A 4ZE8A 4DE8A 1YAEA 1OQHA 2P2AA 1I6AA 2D3IA 2DXRA 4QSDA 1SQYA 4R73A 1H44A 3N26A 3LR1A 3N6TA 3PPRA 5K2YA 2ANJA 3M8UA 5H8HA 3IOVA 3MAMA 3VLWA 2O6AA 5KDTA 3T93B 3VXCA 1QKAA 1B7HA 4H5FA 3R7XA 2CZLA 3S4UA 4ELRA 4OVJA 1XC1A 3K1MA 3MZ9A 1A99A 3FASA 3JV9A 1A54A 4R9GA 2P1SA 3U8QA 5FTIA 4RK9A 3CG3A 1NNKA 2H9BA 3ZSFA 1P1NA 2OZZA 3BKIB 3IORA 2UVIA 1WODA 4EQ7A 3C31A 5TPAA 4HCYA 5AA4B 3EHSA 1N7XA 3PU5A 4I1DA 2VP1A 3RQTA 4JXIA 4H0WA 2HFBA 4FJPA 1EZ9A 1JW1A 1P1OA 4ELPA 2OWTA 1LB8A 4DXUA 1B5HA 1SI0A 4KPTA 4MLVA 2IA4A 3DELB 4OESA 3H3GA 5CMBA 1Y3PA 1P1UA 5HPQA 3LBSA 5FHMA 4F2QA 4IO6A 5H8NA 4ZEDA 3RT6B 3B6TA 4EQBA 3U72A 3H03A 1Q35A 1MQJA 1UTHA 3VVDA 2E0SA 4LQ2A 3IJOB 4G8NA 1XVYA 3UA8A 3M3LA 3AXFA 4BDMA 5KZTA 3RPWA 5KDTB 2DE4A 2QS3A 3OSRA 2IEEA 4H8IA 1B1HA 3FIRA 3E13X 4N13A 3N94A 3P7IA 1IIWA 4QFPA 2I58A 4YB6A 4MFIA 5DVJA 4AB5A 1ZIUA 4F29A 4F1YA 3VFJA 4U23A 1NNFA 2DWJA 3K6VA 1QUJA 1LCFA 1MDQA 5TPAB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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