2VHAA

Debp
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
276
structure length
276
Chain Sequence
b'APAAGSTLDKIAKNGVIVVGHRESSVPFSYYDNQQKVVGYSQDYSNAIVEAVKKKLNKPDLQVKLIPITSQNRIPLLQNGTFDFECGSTTNNVERQKQAAFSDTIFVVGTRLLTKKGGDIKDFADLKGKAVVVTSGTTSEVLLNKLNEEQKMNMRIISAKDHGDSFRTLESGRAVAFMMDDALLAGERAKAKKPDNWDIVGKPQSQEAYGCMLRKDDPQFKKLMDDTIAQVQTSGEAEKWFDKWFKNPIPPKNLNMNFELSDEMKALFKEPNDKAL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of a Glutamate/Aspartate Binding Protein Complexed with a Glutamate Molecule: Structural Basis of Ligand Specificity at Atomic Resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC BINDING TRANSPORT PROTEIN
source organism Shigella flexneri
molecule tags Transport protein
total genus 98
structure length 276
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-11-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vhaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2vhaA02
4U4SA 3BFTA 3ZSFA 3FVOA 2O84X 2X7PA 3N6UA 4PETA 1B1HA 4N07A 3BKIB 3TQLA 4XKPA 4OZ9A 3VVEA 4P0GA 3W15C 4THIA 1ZBMA 1B3FA 1NH7A 1FQCA 4DZ1A 4GOTA 5L9SA 4FE8A 3K4UA 3CR9A 3KOSA 4LONB 4OXVA 3B6QA 2ZNUA 2I0CA 4RPOA 4YB6A 1MM7A 2F78A 3EF7A 2B65A 1VFEA 4QFOA 4OTEA 3T9UA 3PMXA 3PV0E 2ANJA 3MP8A 1Y3QA 2Y7KA 3EN3A 1KWHA 3T66A 3EQ1A 3JYRA 4NF4A 3R26A 1DSNA 4F2OA 4BDOA 3VE1B 2XX7A 2QRYA 4PFTA 4H5GA 4M1VA 4XTCQ 5KCJB 1R9QA 1OIBA 2QL3A 1B3LA 5HPQA 1SW5A 2DE4A 3CFZA 4XKRA 5JEIA 4F19A 1IQ7A 3TTLA 1ZJLA 3LBSA 4N6PA 4RK9A 1LAXA 3QK6A 4OERA 3N26A 4IB2A 5BUUA 1B9JA 3RN8A 1P1UA 3TTRA 4QFPA 3KZGA 4EXLA 2X26A 4Z0IA 4GD5A 1UIVA 3A09A 3PUWE 1OMPA 3TYHA 5FTIA 5H8HA 1B51A 4PFUA 4NMYA 2GFEA 3G7WA 4ZZAA 4OVJA 4POWA 1MXZA 4DDDA 3K0VA 3MVWA 2V84A 1OLAA 5I2KB 4ELPA 3KSJA 2O6AA 3UP9A 2HFBA 3S9LC 3VVFA 3HCQA 3S9NC 4JWOA 4FJPA 1Y1MA 1A40A 4F3GA 4QRZA 5I57B 1LAGE 3P7IA 3OO7A 2Y84A 2V3TA 3IK6B 2VHAA 5ITPA 3FXQA 3AXFA 3QXMA 2ALUA 4KQPA 4NF8B 3U94A 4MBPA 4P11A 1MY3A 3A3CA 3EHUA 1POY1 4ESXA 3UK4A 5CI5A 3VDFA 3CSBA 3GZGA 3WAEA 3OSQA 3LSWA 3V83A 2DQVA 2QMWA 2I6EA 1B6HA 4LQ2A 4KHZE 2XXVA 4NE4A 1BP5A 3G3GA 4DCXA 5I2NA 1JW1A 1MRPA 2XXIA 3MAMA 3HV1A 4RYAA 2PX1A 5TU0A 4F2QA 5TP9A 1SYHA 2UYEA 3KBRA 4JBZA 1D4NA 4HCWA 4NF4B 4G4PA 4Q30B 1UTHB 4H8IA 1IITA 1US4A 4HW8A 1B40A 1A55A 2OCUA 1M5DA 1NNTA 3OO8A 1TXFA 5M2VA 2DE2A 2Q9TA 1S50A 2D3IA 2RCAA 2HAVA 1OVBA 4O3BA 1ANFA 1D3KA 4OESA 3MP6A 4MH5A 3IOUA 2UVGA 2ZNTA 2FA7A 2Z23A 2F6PA 5I84A 3W9WA 3RPWA 5L9OA 1URDA 3MC2A 3PGFA 4G68C 1AL3A 4QFKA 2G29A 5DEXA 2F7BA 3L6HA 5HM4B 1A8EA 3TUSA 3PPNA 4NTLA 2FYIA 3GLBA 3HN0A 5H8HB 3E4RA 3IB1A 3G3KA 4X1BA 2AIXA 3C33A 1POTA 2DXYA 2XX8A 3FXRA 4R73A 5AA2B 2REGA 1LBCA 4EXKA 4AB5A 4U21A 4EUOA 3OO9A 3O29A 3VLWA 3QSLA 3MPLA 3PUVE 3DP4A 4GVOA 1JNFA 4MFIA 3TAJA 3S9EA 5TPAB 1Z7NE 3SDFA 3FATA 3PD9A 1LCFA 1XOCA 4Q5TA 3T22A 3H4ZA 4KFQA 2Y7IA 1QJMA 4ZEBA 1Q35A 1LFHA 1QKAA 2RC7A 1N7WA 1NKXA 4JB7A 1SDXA 3T9VA 1I6AA 2Z8EA 1LSTA 4BDNA 3MVXA 2PT1A 3OENA 3UA8A 3K02A 4YMBA 4ECFA 4LZ5A 4OENA 2H4IA 1B7UA 4IGRA 2R6GE 1YCJA 3CFLA 5HBCA 1B1XA 4PP0A 4JSOA 4MLQA 3S4UA 3IOWA 3OXNA 1BLFA 1NNPA 3RNNA 2O1LA 4PE5B 4YB5A 5I2NB 3LUYA 2DWAA 1DTGA 2DWHA 4PFWA 4XXUA 5TP9B 1B2HA 1P1WA 5IAIA 3M3KA 1MQIA 1YAEA 3B6WA 2F34A 3RTWB 3TTKA 1MXWA 1EH3A 3C31A 3KSXA 2P0SA 4I62A 4IY5A 4ELOA 2ONRA 4YMAA 2D5WA 2ZNSA 2OK2A 4ZE9A 3VLUA 4U2RA 2V93A 1URSA 1JVYA 3IJXB 2XXTA 3WAFA 5CBSA 4OFJA 3N5LA 2RC9A 1VSOA 1FQBA 4HCYA 5ITOA 2GHBA 3RT8A 1ZLQA 4KR5A 1MH4A 2QS2A 3VLVA 1I6BA 5EHMA 3S9MC 3OOAA 1NNFA 3B6TA 1GR2A 2P2AA 4Q8RA 3KG2A 3S2VA 5H8FA 2QS1A 2HCAA 3QIMA 4LATA 4NF6A 4GFRA 4RA1A 2XXYA 1P99A 2R9JA 1B5JA 4KPTA 2VD3A 1IIWA 2Q2CA 4YB7A 3K6UA 2I48A 3O6GA 1AOVA 3VFJA 4H5FA 3KGCA 3JV9A 2B3FA 2F97A 3M8UA 1SI0A 4RY1A 3MJNA 2HAUA 1WDNA 2FNCA 2CMOA 4I9DA 1WVJA 4WKMA 1MM6A 3OMBA 4R2FA 3PMWA 2HZKA 1EZPA 4O3CA 1HSEA 2RCBA 3O6HA 2PT2A 1T0KA 3LC8A 5I58A 5I59B 3ILTB 3MW0A 2O69A 1H76A 4OEVA 4NF5B 4E0WA 1TWYA 3O2AA 3CIJA 3DM0A 1N3XA 3Q27A 1MQDA 3CG1A 4ZZEA 3PPRA 3IO6A 3TDJA 3CG3A 2XXQA 4ZEIA 1LFGA 1H44A 1FQEA 3IB2A 3O28A 4UACA 3H6UA 5JK4A 3SEVA 5DTBA 4F18A 4GQOA 5AA4A 3C4MA 2ABHA 3CRBA 3O97A 5IKBA 2I49A 4EQBA 3MPKA 1RYXA 1MXYA 3H03A 3E9XA 2XXRA 5KDTB 3DELB 3TFLA 2A5SA 4KYDA 3I3VA 2R71A 3ECRA 1OQGA 1JW4A 3KOTA 4KCCA 1Z7ME 3LSXA 4GWOA 2QPQA 2V25A 4IY6A 4KCDA 1LLSA 2LAOA 3W9VA 5I56B 1P1OA 2OJTA 4R9FA 4LQ5A 1ZKBA 3G3FA 3H3GA 3FD3A 2XXUA 3TCFA 1HSLA 3GXAA 5F1QA 1M5CA 2ONKE 1J1NA 1FCKA 1HSJA 5AA3A 1SD3A 4BDQA 3K1PA 4GXSB 2XXHA 1D9VA 4GL0A 3N94A 1NFTA 3PPPA 1BTJA 4QFLA 3R6UA 3ZKLA 3HO7A 3TODA 3MP1A 2B3BA 1MY4A 3MZ9A 5H8FB 3V89B 2Y7WA 1QVSA 4NF6B 2O7UA 1ZIUA 5CMCA 3K6VA 1Y3PA 3B7DA 3ZS6A 1MPCA 3TTMA 5DVJA 4WEDA 3OELA 1N7XA 2HQ0A 4G77A 5CM6A 3FXUA 4H1XA 4R6KA 4BDRA 5ICQA 3MZBA 1JETA 1USYE 5H8NA 1PEBA 1ZU0A 1PBQA 4NWDA 2YPNA 1OQHA 1D9YA 3O9PA 1B0HA 4IO7A 4I1DA 2H25A 2Z22A 4DE8A 1IUDA 4NEDA 1B7HA 3ONMA 1MH3A 2DVCA 4YAHX 5I58B 1SI1A 5L9MA 2NUVA 3K1MA 2QMXA 4QHQA 3RT6B 1FTKA 3IOTA 4XKQA 1FW0A 4GXAA 2Q2AA 5AA1A 3VVDA 4OFLA 1FTLA 3DP8A 3C35A 3JZJA 1NL5A 2VP1A 1B32A 2XXPA 3K6XA 3FJMA 2GRVA 2OZZA 4ONYA 5DYHA 2HXWA 3MUQA 1MXXA 1XT8A 3C36A 3T9HB 2Y7PA 2VD2A 4F1YA 1IEJA 4YKKA 2F6GA 4OWDA 3SKPA 2REJA 1A8FA 2E1SA 1TFDA 2F8DA 4HS7A 2QS4A 3QUJA 4FAJA 4JWYA 1DMBA 5CBRA 5DT6A 4N13A 3Q25A 1LFIA 1B5HA 3FJGA 2DYXA 1B7ZA 3KN7A 4AB6A 4GIZA 1DTZA 1PB8A 4ZECA 3IJOB 3FGSA 1RYOA 2O1MA 4KYSA 2RKMA 4JDFA 1FTJA 3MBPA 1FQAA 2PMSA 2O51A 2XD2A 1B58A 4C0RA 5EYFA 4U1ZA 3LSLA 1XC1A 3FIRA 4DCYA 1URGA 1H43A 3ZKKA 4DXUA 3I6VA 3C32A 3SESA 4YZZA 4F3SA 4X48A 4H8JA 1O7TA 2UVIA 3FVNA 5DVIA 1XHYA 3VXBA 3FV1A 3VXCA 4DIGA 3OD7A 2QSXA 5KZTA 4F39A 4ESWA 1JW5A 4Q0CA 1Y1ZA 3TMGA 1SW1A 4ZDMA 1XS5A 3BBRA 5B7DA 3H6VA 1QKBA 3Q29A 3I5OA 4G68A 2G93A 4IO5A 1TT1A 3SERA 2ONSA 3SEWA 1B4ZA 4IO3A 2Q88A 4MF3A 1VFDA 3MWBA 4ELQA 3FZVA 3M3LA 3TKDA 2IA4A 1I69A 4GLIA 4DXCA 4F29A 2O68A 1QUJA 2E0SA 1MQGA 3K1NA 4C1UA 4R74A 2D21A 4U23A 1ZTYA 3OSRA 4GRKA 1Y3NA 2PVUA 4Z7EA 4H67A 1SW4A 4JSDA 3O66A 2DWIA 1US5A 3E3KA 3SEXA 1MY1A 3Q26A 2RF1A 3HHFA 1MPBA 4KD5A 4YU0A 2VGQA 1PB7A 1MDQA 2I3VA 3TQWA 2DVZA 3OEKA 4U1OA 5DVFA 3RGYA 1A99A 1B4HA 4LA9A 1GGGA 2ZYMA 1SYIA 4TOZA 3UORA 4LP2B 1H3DA 1H45A 4OMBA 3CFXA 4I8CA 3H6WA 3ILUB 4TQUQ 4OYVA 4OETA 2XXWA 5DEXB 1MG1A 2DS9A 4TLLB 2IEEA 5H8QA 3EPEA 1MY0A 3PD8A 3H06B 4NF8A 2VOZA 4R6YA 4RPNA 1M5FA 2QS3A 2ESNA 4QSEA 3RY3A 4F1UA 2ZYKA 1EZ9A 4RK2A 3CI8A 4BDLA 4R9GA 1O63A 1SBPA 4WXJA 3K00A 1I6QA 4GL8A 4U22A 4JXIA 1FTOA 3A3UA 4HTGA 5ISUA 3PUYE 1FTMA 4OEUA 1Y4TA 1LB8A 4K3FA 2XX9A 1JEUA 1P1NA 1QULA 1NNKA 4ZE8A 3USDA 3IAZA 5AE4A 3KFMA 4R72A 3TPAA 1DOTA 3FUZA 4MLVA 4LZ8A 3L6GA 1B3HA 2NOOA 2NXOA 1NMUA 1MY2A 4IGTA 3C9HA 2A5TA 1UTHA 3ODBA 3IO4A 1NH8A 1IXCA 5B70A 3IOVA 3O6IA 2DOJA 2Z8DA 4KYEA 2GHAA 4DXBA 4X1DA 5A5XA 4EF2A 1N84A 3KJ7A 4C1TA 2DP8A 4RJZA 3E13X 3SETA 2HZLA 4IO2A 5K2XA 5BWJA 4G68B 2YJPA 4OQOA 4L17A 2F35A 1B0LA 3RLFE 3OO6A 3SEUA 4EF1A 2I58A 4BLAA 1WODA 3M3FA 2PBWA 1B5IA 3HPIA 4R75A 5CMMA 4M4GA 1USYH 1PDAA 1SQYA 2Q8JA 1MQHA 3QUFA 1B52A 4F1VA 1UQWA 5ELVA 1FQFA 3TCGA 2HEUA 5LOMA 2Q89A 3IB0A 1PB9A 3R7XA 3LR1A 1TFAA 4ZS9A 4G8NA 2WKYA 1QUKA 5J1DA 4EQ7A 3HSTA 5AA2A 1FQDA 1LAFE 4QFNA 3K01A 5EHSA 1SVXB 2RINA 1DPEA 3UN6A 2AL5A 3TCHA 1Y4CA 1VR5A 4E0XA 2CZLA 4KI0E 1CB6A 4H65A 2YLNA 4U4XA 3K2DA 1S9TA 1OVTA 5TPAA 4PQJA 4FEBA 1MQJA 3UIFA 1N3WA 3IR1A 5H8QB 2F7AA 2F7CA 4ISUA 2H99A 2F5XA 3CSGA 3N6TA 2P1SA 2ZXTA 1O64A 2UXAA 2THIA 4FEDA 4WEPA 1N0TA 3QAXA 5CRYA 1A7LA 2Y7RA 4JWXA 4X9TA 2H9BA 4FIMA 3F11A 3BFUA 2NVUB 4LUBA 4ND9A 2XXXA 3V5AA 1GTKA 3KJTA 2XHDA 1IXIA 3LSFB 4QSDA 1PC3A 2F36A 4LVQA 5AA2D 4QSCA 1AIVA 4YKIA 3H6TA 1F9BA 3KN3A 5JTYA 1S7YA 4P0IA 3RQTA 1IXHA 1YPNA 2A5TB 4O3AA 1GV8A 4XIGQ 1IZ1A 4F3PA 3C34A 4ZEDA 1VE4A 2DWJA 5A5XB 1YTVA 1CE2A 1AMFA 4G8HA 4TLMB 1GVCA 2DXRA 3MVYA 1B3EA 1L5TA 2UVHA 3PPOA 4EDPA 2V3QA 3SEYA 3PUZE 4RXLA 4YICA 3T96B 4QF9A 4R6HA 3U1OA 1IXGA 1Y20A 3UGWA 2ZYNA 3D4CA 4H6DA 4XKNA 5AA4B 2OWTA 5F7VA 1JQFA 3EHTA 3CVGA 4YKPA 3T9XB 2V3UA 1UTBA 2W7YA 3MZ1A 2AYSA 1PBPA 3PU5A 4R2BA 2I3WA 4G2ZA 1M5EA 1MXUA 2DSFA 1ATGA 3G3IA 2OWSA 3G3JA 3HHGA 3G3HA 3IX1A 2O7IA 3TEPA 4FECA 3U93A 4ZEFA 3TTNA 2I0BA 3TELA 3IORA 1R6ZA 3QYTA 1MDP1 3GBAA 2AL4A 1R1NA 2I4BA 1LBBA 4FORA 2OLBA 1MPDA 3GBBA 4F22A 3DLNA 1N04A 4NWCA 2H98A 1Y9UA 1AH5A 3IL1B 3D4GA 4LZ7A 5FHNA 5CMKA 4RNSA 1QUIA 1DPPA 3FVGA 3KEIA 4FATA 1Q1KA 3U72A 3V8XB 4G8MA 3RTFB 3VV5A 1MS7A 3MVZA 5ICTA 1XVXA 5KCJA 3RUMA 5I59A 2PYYA 4NF5A 1LAHE 1MXVA 1B3GA 2I4CA 4OFOA 1OLCA 1SW2A 4UA8A 4PFYA 3KN8A 1M5BA 1B46A 1LGBC 3U8QA 1EZOA 5K2YA 4ZEKA 3PMVA 2H5YA 5FTHA 2ZYOA 2OBGA 5H8NB 3FASA 2DE3A 1ZMGA 1B05A 3H7MA 4AQ4A 3EHSA 3FV2A 5FHOA 3PPQA 5JTYB 1QW0A 4YKJA 1BKAA 2GH9A 2ZMBA 1ELJA 4H0WA 2XD3A 3K6WA 4POXA 1II5A 5CC2A 1N76A 3Q28A 5KDTA 2UVJA 2UYFA 3FJ7A 4GF8A 1XVYA 1A54A 1UIUA 2M8CA 5CMBA 5I2KA 2Z8FA 2QJEA 4IO6A 4DLDA 1LB9A 1JVXA 5FHMA 1P1QA 5I56A 2X7QA 4ELRA 1EU8A 2NWJA 3T93B 5L8DA 2RC8A 2KLFA 1LCTA 3MQ9A 1R9LA 5H8SA 5I57A 4IO4A 3OEMA 4OHNA 1JEVA 3DP6A 1BIYA 1RKMA 4BDMA 3FVKA 3U92A 1UTBB 4EQ9A 3THIA 3TZAA 4F3BA 2BJJX 4F31B 3PUXE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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