4M1VA

Crystal structure of the ancestral soluble variant of the human phosphate binding protein (hpbp)
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
378
structure length
378
Chain Sequence
ADINGGGATLPQKLYQTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKAAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELSTYASDKEPTWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGTNAVDLSVKELCGVFSGRITDWSGITGSGRSGPIQVVYRSESSGTTELFTRFLNAKCTTETGTFAVTTTFANSYSGGLTPTAGAVAATGSQGVMTALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVANGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPVPAAADRTNPDVWVPVFGATTGAGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTTQVRDFFTKHYGTSNNNDAAIEANAFVPLPSNWKAAIRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Ancestral mutations as a tool for solubilizing proteins: The case of a hydrophobic phosphate-binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule tags Protein binding
molecule keywords Phosphate-binding protein
total genus 118
structure length 378
sequence length 378
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m1vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4m1vA01
2Q8JA 5AA2B 2F7BA 3VV5A 3OSRA 4MLVA 3N6TA 5DVFA 2F7CA 1B7HA 2I0BA 1MDP1 1ZTYA 2VHAA 1NL5A 3O29A 4QFKA 4R73A 5H8QB 4NWDA 3ZKLA 2Y7KA 2F8DA 5CMBA 2XD2A 3H6WA 2O1LA 3M3KA 1A40A 4PP0A 5ICTA 3T93B 3IORA 4R9FA 3UIFA 2I3WA 4OWDA 5CBSA 2DQVA 2V3QA 1Y9UA 1MM6A 4LZ7A 1GV8A 3BFTA 2Z22A 4OHNA 3D4CA 2H4IA 4R2FA 4X9TA 3FXRA 3IOWA 1SW2A 3C34A 3QSLA 3T96B 1P99A 4HCYA 1Z7ME 3E3KA 1QUIA 3Q25A 4GF8A 4QHQA 3VVDA 2DP8A 2WKYA 2Y7RA 3K00A 3QUJA 4JSOA 1IZ1A 1N7XA 3FUZA 4G68B 4DCYA 3IO6A 5L9SA 4MFIA 2Z8DA 3LR1A 2I0CA 4RK2A 5A5XA 2ZNSA 3JZJA 1B3EA 1YCJA 2XX8A 4ND9A 1XOCA 3OELA 3R26A 5DT6A 1AH5A 1H43A 3CVGA 5DEXB 3RPWA 3VDFA 3CR9A 1Y1MA 3M3LA 5DVIA 4F22A 1SI0A 1RYXA 4QFNA 3KSXA 4WEPA 4N13A 3KSJA 4NF4B 5JTYB 3V8XB 2OK2A 3CSGA 1FQCA 4FJPA 4IGTA 3SDFA 3W15C 5IKBA 1FTKA 1BKAA 4G77A 4YB7A 2YLNA 1DPEA 1MQHA 1A8EA 3V5AA 3S9MC 1MXVA 3RGYA 5BUUA 1EZOA 4WXJA 4XKPA 4ESWA 4R6YA 4R9GA 1PC3A 4HCWA 3OO9A 4KI0E 4GL8A 3B6QA 3WAFA 3C33A 5JEIA 1FQBA 5CRYA 5ITOA 2Z23A 1B3LA 3PD8A 4IO2A 4RJZA 5HBCA 1LFHA 2XXRA 1XC1A 3S4UA 3VVEA 3MQ9A 4N6PA 1KWHA 1SW1A 1FQFA 2O69A 2PMSA 3A3UA 3FJMA 4LA9A 5H8NB 3BFUA 2QMXA 4ELQA 5HM4B 4OXVA 4ZEIA 3ZS6A 4F2OA 1D9YA 4YMBA 4PFUA 4ELPA 2RC7A 1NNFA 3L6HA 4NTLA 4U1OA 3O97A 4F3SA 2QSXA 4G2ZA 1R9QA 4YICA 1TFAA 3GBBA 3RN8A 1I6BA 2IA4A 1M5DA 3FV2A 3RUMA 1BTJA 5CBRA 4R75A 3KN8A 4G8HA 4P11A 1B3GA 1DPPA 2PX1A 1MXYA 3IL1B 3ILTB 1MH3A 3S2VA 4C1UA 3DLNA 3MPLA 1QVSA 3PPQA 5EYFA 1Y4CA 4GOTA 4HTGA 1QUKA 4DXBA 5I84A 2O7UA 3ODBA 3CIJA 1YTVA 3C35A 3OO8A 1LCFA 3IB1A 4I8CA 4NF5A 4U23A 5AA2D 4RXLA 3HN0A 3OENA 3H06B 4YB6A 1B52A 1MPBA 4POXA 2ABHA 2RCAA 3KEIA 1D3KA 1MQDA 2D21A 3MZ1A 1SW5A 3PUZE 5ITPA 3MZ9A 3OD7A 1B4HA 1IITA 1LAHE 2O68A 2CMOA 3DP4A 4YKKA 1AMFA 3O2AA 1SYHA 3T22A 4LUBA 1IXIA 1MXWA 1P1OA 4F18A 4OQOA 1GVCA 2QS1A 4KPTA 1ZBMA 1S50A 1SBPA 3HPIA 3K1NA 2H99A 3TQLA 4BDLA 3CSBA 4H6DA 5I57B 2AL4A 3C32A 2B3BA 2DWJA 2RF1A 1QW0A 3EPEA 3SEUA 4LVQA 3UP9A 4OTEA 1QUJA 4PFTA 1R1NA 5FHNA 3RY3A 3BKIB 4NMYA 1WVJA 1H76A 4PETA 4PFWA 5F7VA 1DMBA 1MY3A 1H3DA 3MZBA 2P2AA 5TP9B 1IXGA 4EF2A 4ESXA 2HZKA 1AOVA 2AYSA 3PMXA 2NWJA 1B1XA 2G93A 1RKMA 3K6VA 2D3IA 3CFLA 4R6KA 1F9BA 4RYAA 2DXRA 4POWA 2RINA 1N0TA 1VE4A 3OEMA 3EHUA 3H3GA 5DEXA 1IXHA 5AA2A 1B2HA 4RPNA 1IIWA 4LATA 4RY1A 4EQBA 4GRKA 2VOZA 4F31B 4FEBA 4XTCQ 4RK9A 4DCXA 5B7DA 2OWTA 4WKMA 4ZE8A 4O3BA 5H8SA 4IY5A 4XKNA 4NF5B 1O7TA 3O6GA 4TLMB 3IX1A 4ZE9A 1T0KA 2HFBA 1LCTA 2E0SA 2ESNA 1JW4A 2F36A 2VGQA 3K4UA 3OOAA 4GIZA 3MJNA 4JDFA 4NF6B 1JETA 1PB9A 4MH5A 2I4BA 4U1ZA 5I2NB 4KQPA 4LQ5A 4QFLA 1XHYA 3TEPA 1S9TA 1OLCA 2PT2A 1POTA 1ZMGA 2HEUA 3CG1A 3QAXA 2F6PA 3B7DA 2XXIA 1GR2A 2DWHA 3CFXA 4ZS9A 4C1TA 4ELRA 4NE4A 2Y7WA 3TTMA 5FHMA 5J1DA 1P1NA 5KDTB 4YZZA 3IK6B 2ZNUA 3TZAA 4Z0IA 4MLQA 4OVJA 4ZEBA 4N07A 1GGGA 3DP8A 1B32A 2H25A 2XXXA 1DSNA 1OQGA 1MXXA 3FZVA 4HS7A 4NWCA 3TCHA 3U8QA 1TWYA 3FJGA 2GFEA 4RPOA 4G8MA 1MY0A 4FE8A 4NF4A 4QRZA 2YJPA 2THIA 4LQ2A 4XKRA 1BP5A 3EN3A 4YB5A 3SEWA 3GXAA 2DOJA 3K01A 2HQ0A 1VFEA 2Q89A 3KN7A 3HHFA 3TUSA 4QSDA 5CC2A 2PVUA 3GBAA 3JYRA 4P0GA 5CI5A 1MRPA 1VFDA 3LBSA 4FEDA 1JW5A 3TDJA 4AB5A 2B3FA 2Z8FA 4KHZE 3ONMA 1UIUA 3N94A 2F5XA 1B3HA 2R6GE 2R9JA 4KYSA 1P1UA 1OMPA 3TCFA 3E9XA 3PPNA 3TAJA 3QXMA 1US5A 1WODA 1LAGE 1MS7A 1Y3QA 4F29A 1FQAA 4OEUA 3KFMA 1ELJA 3QYTA 4U2RA 1B4ZA 4DXUA 1JNFA 1SDXA 1DTGA 1OVBA 3Q28A 3IB2A 4H0WA 4BDNA 3FVKA 5KCJA 5L9OA 5AE4A 5TPAA 3TCGA 3G3GA 4G8NA 4ZECA 5HPQA 2XX9A 5F1QA 4PQJA 1MQJA 2QS2A 3HO7A 3PMWA 1MPDA 2F6GA 2R71A 3KN3A 4OENA 5CMMA 4DLDA 3LSXA 4OFJA 3RNNA 2XXPA 1XT8A 2QS4A 3VFJA 1LAXA 4IO5A 2XD3A 1ZLQA 3H4ZA 1NH7A 1URGA 3OSQA 1UTBB 1EZPA 2DYXA 5K2XA 3KOSA 2F97A 1P1WA 4OESA 1N3XA 4XKQA 3T9VA 1A55A 1MH4A 4MBPA 1NMUA 1USYE 4FATA 1NNKA 3KJTA 1O64A 1N3WA 1UTHB 2QS3A 3DM0A 1MDQA 3DELB 4L17A 4ELOA 1A99A 1POY1 3SEXA 2M8CA 4NF8A 4R72A 2OCUA 2QPQA 4GXAA 2ZYKA 2HZLA 2I58A 5I59B 1XS5A 5L8DA 3FD3A 3R6UA 3SERA 3MP1A 4BLAA 3OO6A 3A3CA 4ISUA 1O63A 1JEUA 4IO4A 4Q8RA 3TPAA 1QJMA 2DS9A 4JWXA 3K2DA 3OO7A 4LZ8A 1BLFA 2O7IA 4GFRA 3R7XA 1FTJA 1I6AA 3MVXA 3BBRA 3IO4A 4I1DA 4K3FA 4H67A 1L5TA 3LSWA 1JVYA 3FIRA 1PB8A 4FIMA 3MP6A 4LONB 4NF8B 3TYHA 1TT1A 1M5BA 3FASA 4OMBA 5H8FB 4NEDA 3UORA 3TKDA 5I2KB 3IB0A 1YPNA 4UACA 3FVNA 2DSFA 2I48A 1ATGA 2Y7IA 2P0SA 4Z7EA 1MY1A 4KYEA 1MM7A 2HCAA 2UVHA 3FVGA 5ELVA 1SI1A 5DTBA 5ICQA 4JSDA 1B46A 2PYYA 2XXUA 3T66A 4IO6A 3UA8A 2QJEA 5M2VA 1DOTA 1Y3NA 3C9HA 3G3HA 1MXZA 3EQ1A 1D9VA 4EF1A 5DVJA 5B70A 1PBQA 1PDAA 4X48A 2V84A 4JXIA 3SEYA 3HCQA 1LBBA 3I5OA 4U22A 3F11A 1QKBA 1LLSA 1LFIA 3O28A 2G29A 2ONSA 4PE5B 3USDA 1IUDA 2YPNA 2GRVA 2A5SA 2V93A 2ZXTA 4GXSB 1BIYA 2XHDA 4JWOA 1DTZA 2H9BA 2XXQA 2HAUA 3I3VA 3K6WA 3W9VA 2UVJA 1LSTA 1URDA 3K0VA 4O3AA 1VSOA 2XX7A 2ZYNA 3HV1A 3U94A 3EF7A 4R74A 4R2BA 1II5A 1TFDA 1N7WA 2F35A 1Y3PA 3MVWA 3PGFA 4U4SA 5TP9A 1ZIUA 1N84A 5FTHA 3UK4A 4C0RA 4OYVA 3LSFB 1ZKBA 1XVYA 3OMBA 4M4GA 4JWYA 3VXCA 3K6UA 1NNPA 5KDTA 2UYFA 4FORA 3MAMA 4QSCA 3TTNA 1Y1ZA 2Y7PA 3FV1A 4DXCA 4X1DA 5I58B 5EHSA 3TFLA 3GLBA 1MXUA 1PEBA 2Y84A 3E13X 3H7MA 3LUYA 5I57A 3PMVA 2ONRA 1LAFE 2VP1A 3TMGA 1B40A 3HHGA 3RTFB 3WAEA 3ECRA 3VXBA 4OETA 2KLFA 1HSJA 2I3VA 1S7YA 1JVXA 3PPRA 2UVGA 4KFQA 2DE2A 3MUQA 3QIMA 5I2KA 1MPCA 1SD3A 1B51A 2IEEA 3HSTA 3S9NC 2F7AA 4O3CA 1ZJLA 4FECA 5H8QA 2DWAA 5H8HB 2P1SA 5JK4A 1P1QA 3AXFA 4QSEA 3T9XB 1B5HA 2DVCA 4TOZA 3U92A 3P7IA 4OEVA 3TTLA 4NF6A 5CM6A 5I2NA 3GZGA 1EU8A 2X7QA 3PUWE 2UXAA 2V3TA 4F1YA 1B3FA 4F19A 1UQWA 2OLBA 1B9JA 3G3KA 4GWOA 1JW1A 1MY4A 4Q0CA 4DIGA 3O6HA 4WEDA 3V89B 1B5JA 4Q5TA 1J1NA 3C4MA 4MF3A 1PB7A 3M3FA 1LBCA 1FTLA 3RT6B 2H98A 1JQFA 2DVZA 2Q2AA 3K6XA 3FXUA 1N04A 3PUYE 2DE4A 1XVXA 3VE1B 5EHMA 1Z7NE 4BDOA 2ZNTA 4GVOA 3TODA 4JBZA 1ZU0A 4LP2B 2RCBA 1Q1KA 5AA4B 1B58A 4HW8A 1ANFA 5FTIA 1FQEA 3KG2A 3CI8A 3E4RA 4F39A 1H44A 1US4A 4E0WA 5DYHA 1UTBA 5AA3A 1FW0A 4EUOA 4F1UA 2DE3A 1YAEA 4I9DA 4U4XA 1EZ9A 4XXUA 5AA4A 4F3GA 3IOVA 2AIXA 4H5FA 5I56B 2GH9A 3M8UA 3VVFA 3G3JA 2CZLA 3TTRA 2NXOA 3VLWA 4AB6A 3OXNA 2ZYOA 1CE2A 2O84X 3TTKA 4XIGQ 5BWJA 4GD5A 2XXVA 5TPAB 3U1OA 4DDDA 3PPPA 2FNCA 1CB6A 3MVYA 4QF9A 4LZ5A 3B6TA 4THIA 1VR5A 3PD9A 3KBRA 3MVZA 1AIVA 5I59A 1I6QA 5CMCA 4ZZEA 4F3PA 1MQGA 2V25A 3PPOA 2OJTA 4P0IA 2GHAA 4KCDA 3K1PA 1LB8A 4H65A 1M5EA 3I6VA 5CMKA 3CFZA 2NVUB 3RLFE 5A5XB 1IXCA 5H8HA 4QFOA 1AL3A 1B6HA 4EQ7A 2NUVA 2H5YA 3DP6A 3MWBA 3O6IA 3O9PA 2X7PA 4G68C 2I49A 1M5FA 1SW4A 4ZEFA 2E1SA 3K02A 3MPKA 2ALUA 2BJJX 4QFPA 2REJA 5JTYA 3C31A 1MQIA 3N5LA 4ZEKA 1WDNA 4UA8A 2ANJA 3L6GA 3MBPA 5K2YA 3UGWA 1HSLA 4EDPA 4TLLB 5FHOA 5AA1A 1N76A 2HXWA 2PT1A 3B6WA 4IO3A 1B5IA 1OIBA 1UIVA 2D5WA 2RC9A 2VD2A 1RYOA 3FGSA 1B1HA 4KR5A 3PV0E 4OZ9A 1LGBC 5L9MA 5I58A 1Y4TA 3H6UA 1LB9A 3VLUA 2UVIA 2GHBA 3EHSA 3IOUA 2OWSA 1GTKA 1I69A 4G4PA 4H1XA 4OFOA 2DXYA 4U21A 4X1BA 3T9HB 5H8FA 1B7UA 4IGRA 3U93A 5KCJB 3K1MA 1B0HA 1MY2A 2OZZA 1IQ7A 3KJ7A 4H5GA 1A7LA 1EH3A 3A09A 4OERA 5H8NA 2F78A 3C36A 3CRBA 4YKJA 2HAVA 5ISUA 4IB2A 1B7ZA 2XXTA 3Q29A 3FJ7A 2X26A 3SKPA 1A54A 1OQHA 2LAOA 4H8JA 3T9UA 1M5CA 4BDRA 4DZ1A 3SESA 4ECFA 2ONKE 3RTWB 3TQWA 3SETA 3IR1A 4E0XA 1FQDA 1URSA 1FCKA 1UTHA 2XXWA 4ZZAA 1NH8A 2V3UA 3G3IA 3Q26A 4GQOA 3G7WA 3TELA 4KD5A 2FA7A 1A8FA 3PU5A 3IJOB 3FXQA 4ZEDA 2ZMBA 3VLVA 4F1VA 2DWIA 1Q35A 3FATA 3G3FA 2O51A 4PFYA 3S9LC 4M1VA 3V83A 1MG1A 2VD3A 3U72A 4JB7A 3KOTA 4F3BA 2Q88A 4YU0A 3N26A 3THIA 4ONYA 2F34A 3QUFA 1B05A 2Q9TA 2QMWA 1NFTA 3H6VA 4AQ4A 1OLAA 1TXFA 4GL0A 3O66A 3OEKA 4BDMA 4EXKA 2O1MA 4BDQA 1Y20A 2AL5A 3UN6A 1USYH 2XXYA 3JV9A 4G68A 4FAJA 2A5TB 5I56A 5IAIA 5LOMA 4YKIA 2I4CA 2RC8A 3LC8A 4ZDMA 4DE8A 1NNTA 3W9WA 3IAZA 4KYDA 4H8IA 5TU0A 4YMAA 2O6AA 2QRYA 4TQUQ 4IY6A 4F2QA 2REGA 4EXLA 1IEJA 1FTOA 2RKMA 3S9EA 2Z8EA 3ZSFA 3RQTA 3MC2A 4KCCA 3Q27A 4R6HA 3IOTA 1QULA 1B0LA 2W7YA 3D4GA 2A5TA 1D4NA 3QK6A 1SQYA 2ZYMA 3IJXB 2NOOA 3KZGA 4IO7A 2Q2CA 3EHTA 3MP8A 2PBWA 2QL3A 1OVTA 1HSEA 3MW0A 2OBGA 3H6TA 4YAHX 4RNSA 2UYEA 3SEVA 3FVOA 3ILUB 1SYIA 3N6UA 4RA1A 3RT8A 4OFLA 1LFGA 1SVXB 3ZKKA 1PBPA 3H03A 2FYIA 4EQ9A 3KGCA 5KZTA 1JEVA 1R6ZA 3CG3A 3PUVE 2XXHA 4YKPA 3PUXE 1FTMA 3LSLA 2B65A 1QKAA 4GLIA 4I62A 1H45A 2I6EA 4Q30B 1R9LA 1NKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WYKA 2FBPA 2I0BA 1MDP1 4NWDA 3M3KA 4PP0A 4R9FA 3UIFA 1MM6A 3D4CA 2H4IA 3IOWA 4HCYA 4QHQA 4GF8A 2DP8A 2WKYA 3K00A 4DCYA 1VDWA 1N7XA 3FUZA 5L9SA 5A5XA 2ZNSA 1YCJA 2XWVA 5AA2B 3U65A 5DEXB 1G0IA 3M3LA 1SI0A 2GQ1A 4QFNA 3KSXA 4JVDA 1FQCA 1FSAA 5IKBA 1FTKA 3RGYA 5BUUA 5JEIA 4AS4A 1FQBA 2Z23A 1B3LA 4RJZA 1XC1A 4N6PA 4LA9A 4OXVA 4ZEIA 4F2OA 4PFUA 3L6HA 4U1OA 3O97A 4YICA 1R9QA 3KN8A 4P11A 1DPPA 1MXYA 4IR8A 5EQ7A 1Q9DA 3DLNA 3MPLA 5I3SA 5EYFA 4DXBA 3CIJA 3OO8A 5AA2D 2ABHA 2RCAA 4MNCA 1B4HA 1AMFA 3O2AA 3T22A 1MXWA 5I57B 2AL4A 2DWJA 3SEUA 3B8BA 4PFTA 4PGPA 1R1NA 5ET6A 1H76A 1NUZA 1MY3A 1AOVA 2DDKA 4P47A 4ESXA 5IZ1A 3K6VA 4R6KA 2Q8MA 5DEXA 3EHUA 5AA2A 1IXHA 4GRKA 4GWZA 4RK9A 4DCXA 2OWTA 4WKMA 2CEYA 4TLMB 1T0KA 4O7MA 1LCTA 2VGQA 1JW4A 4NF6B 4MH5A 4GBVA 4LQ5A 1S9TA 2HEUA 3B7DA 3CFXA 4C1TA 2Y7WA 3IK6B 4E0WA 1GGGA 3DP8A 1B32A 3TCHA 3U8QA 2YJPA 4LQ2A 3EN3A 4QSDA 5CC2A 3E78A 4MMPA 4P0GA 1MRPA 1VFDA 3LBSA 1JW5A 4AB5A 2F5XA 1B3HA 2R6GE 2R9JA 3PPNA 1US5A 1MS7A 4F29A 1FQAA 1B4ZA 4DXUA 1DTGA 3IB2A 3FVKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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