4M1VA

Crystal structure of the ancestral soluble variant of the human phosphate binding protein (hpbp)
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
378
structure length
378
Chain Sequence
ADINGGGATLPQKLYQTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKAAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELSTYASDKEPTWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGTNAVDLSVKELCGVFSGRITDWSGITGSGRSGPIQVVYRSESSGTTELFTRFLNAKCTTETGTFAVTTTFANSYSGGLTPTAGAVAATGSQGVMTALNDTTVAEGRITYMSPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVANGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPVPAAADRTNPDVWVPVFGATTGAGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTTQVRDFFTKHYGTSNNNDAAIEANAFVPLPSNWKAAIRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ancestral mutations as a tool for solubilizing proteins: The case of a hydrophobic phosphate-binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Unidentified prokaryotic organism
molecule keywords Phosphate-binding protein
total genus 118
structure length 378
sequence length 378
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4m1vA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4m1vA01
2Z23A 3QYTA 1WDNA 3O6GA 2GHAA 1KWHA 4ELQA 3P7IA 4M4GA 2ZNUA 4ECFA 2H99A 1B0HA 1S50A 3C4MA 1NNFA 2RKMA 4DDDA 5I57A 3Q25A 4IY6A 5BUUA 4GQOA 5FHMA 1ZTYA 3KBRA 3KJ7A 4M1VA 4QSDA 4OTEA 5CC2A 4ESWA 5FHNA 3KEIA 1VR5A 4RJZA 4LZ7A 1ANFA 1B1HA 3SEYA 4FORA 1L5TA 2AL5A 3JYRA 2ZYOA 2I49A 2W7YA 1B1XA 3A09A 4R9GA 4WKMA 1FTJA 5TPAB 4NE4A 1AIVA 5H8NB 4KYEA 5ITPA 2QS1A 5FTIA 3G3JA 1M5CA 3FVKA 1B9JA 3SETA 3RTWB 3CR9A 1SW5A 2UYEA 2Q2CA 4ZZEA 5B7DA 4F3BA 3KN3A 1H76A 2PT2A 1MQHA 2UYFA 2F36A 2DE4A 4YAHX 1Y3QA 4GLIA 4XTCQ 3PUZE 1XC1A 2OJTA 2NVUB 2B65A 1I6QA 4FEDA 1NH8A 3I6VA 1O63A 1XHYA 2DOJA 1II5A 1M5BA 1MY3A 5H8SA 4G8HA 1B5IA 3MWBA 3FXRA 4OHNA 3CI8A 5KZTA 4HS7A 2F7AA 2XXYA 1MXXA 4ZDMA 4H67A 1PB7A 4X1DA 1XVYA 2PMSA 1RYOA 2REJA 1HSEA 1Y20A 1Z7ME 4NF4A 2YPNA 3KN8A 3O28A 3MQ9A 1D9YA 3PMVA 4DXBA 4EXLA 4FJPA 1OVBA 3PPOA 1JW4A 3R6UA 3K6XA 4NF5B 2QMXA 4F3PA 4U23A 3ODBA 1MM6A 1BP5A 4U4SA 2AIXA 3HSTA 2A5TA 4NF6A 2Y7RA 1B52A 3DLNA 2PX1A 2O84X 3B6TA 3C9HA 5H8FA 2IA4A 3UP9A 4DCYA 4THIA 3SERA 2KLFA 5DTBA 5ICTA 4R75A 1DTGA 5TP9B 3G3GA 1VSOA 4WEDA 1H45A 5I84A 1NNTA 1H44A 1LFGA 1I69A 1SI1A 3FVNA 4UA8A 3FIRA 4BDLA 3MPKA 2B3FA 4FAJA 1POY1 1SI0A 1OQGA 4ZZAA 5EHSA 3T9HB 2XXTA 3W15C 3DELB 1P1UA 1WVJA 4E0WA 3VLUA 3OXNA 1GR2A 3VFJA 1MH4A 4ESXA 1SW1A 3RLFE 1AH5A 2F5XA 4GL0A 2HQ0A 3E3KA 5AA2D 2HAVA 2AL4A 3VXBA 3TPAA 2DVCA 3MP1A 2F6GA 4EF1A 1JEUA 3TYHA 1T0KA 4O3CA 2ANJA 4YMAA 3TKDA 2OZZA 3T22A 4U1OA 1J1NA 4MLQA 5L9MA 3RTFB 4IO2A 1IUDA 3CG3A 4G77A 4ONYA 5KDTA 2QRYA 4I8CA 1MQDA 4NMYA 3VLWA 5EHMA 5AA4B 3H6UA 4GD5A 2QPQA 4U1ZA 1TXFA 2O69A 4FECA 1DTZA 1GTKA 3LC8A 5HBCA 1Y1MA 5AA1A 3IL1B 3TCGA 3L6HA 5I58A 5IKBA 1MXWA 1MXUA 5H8HB 4JWOA 1MY4A 2I48A 4WXJA 4OERA 3HCQA 2DE3A 4F1YA 2G29A 2ONKE 1B3GA 4GXAA 4IGRA 1FW0A 4F39A 4C1UA 4LQ2A 3OEMA 1IXIA 1LFHA 5CMCA 1B51A 4OEUA 1IXCA 4H65A 2DQVA 2DE2A 3LSFB 1N3XA 2QL3A 3K1NA 5KCJA 4G2ZA 5IAIA 2I0CA 4PQJA 3N94A 4H1XA 4L17A 3KG2A 4JXIA 5L8DA 2Q2AA 1O64A 1VE4A 3EHTA 4LP2B 1DSNA 1MPBA 3MZBA 1FTLA 4OEVA 1P1QA 5JK4A 1RYXA 1QUIA 1FTMA 5LOMA 2OK2A 3UGWA 2F35A 2I6EA 3MP8A 2CMOA 3MZ1A 4TQUQ 3OSQA 4YMBA 3I3VA 3IO4A 4R6YA 3UK4A 3MVYA 4JSDA 2X7QA 1POTA 4Z0IA 2XXIA 3K4UA 2QMWA 2Y84A 3FJMA 3TTLA 3T9VA 1D3KA 5TPAA 4F1VA 3U8QA 3TODA 4QFOA 5H8NA 4I62A 2PVUA 1TFDA 4R73A 4AB6A 1FQAA 3SDFA 4ZEBA 3KOSA 4PFYA 4QFLA 3HHFA 1JQFA 4IB2A 4KQPA 3U72A 5I2KA 1ZBMA 4ELRA 3RPWA 2ESNA 3CVGA 2ZYMA 1NL5A 3LSXA 2O1LA 1EZ9A 2DP8A 3RGYA 3R26A 1N04A 4LQ5A 2XD2A 3UN6A 3OOAA 4AB5A 5AA2B 5DVIA 4RK2A 1PB8A 2UVJA 3C32A 2O51A 2ONRA 3BFUA 1N7XA 3TUSA 4X1BA 1MY1A 2Q8JA 1B6HA 1MPCA 1MXYA 4YB5A 3IO6A 4DE8A 3ONMA 2D3IA 4H5FA 3R7XA 2Y7PA 1PB9A 2BJJX 1ZKBA 1N3WA 1EH3A 1MRPA 3GZGA 4LVQA 4XIGQ 4YU0A 1JETA 4FE8A 4KCDA 4Q0CA 5I56B 4QFNA 4F3GA 2REGA 3Q28A 3VVFA 5TU0A 3IAZA 1I6AA 1SW2A 4OXVA 3MVXA 3O6HA 1DPPA 1GGGA 3CSBA 4QSEA 4R6HA 4KFQA 5CBRA 3SKPA 3MVWA 1PBPA 3IOWA 2O7IA 4HCYA 5J1DA 2UVIA 3PPQA 2RC7A 4ELOA 3FZVA 4EDPA 4OETA 2X26A 2XXXA 1FTOA 3O66A 3EF7A 1OQHA 1Y9UA 3RQTA 1CE2A 1Q1KA 1B05A 4NF8B 3MAMA 4GWOA 1VFDA 1XT8A 3KJTA 3TAJA 3QIMA 2Z8EA 1YTVA 4EQBA 4DXCA 5I59B 3HO7A 1B46A 4ISUA 4XKRA 4U22A 4JDFA 1SVXB 5DEXB 1QVSA 4Q5TA 4GXSB 1NKXA 4RY1A 4TLMB 1BIYA 4F18A 3TTKA 4ZS9A 1B3HA 3IB2A 5BWJA 2DYXA 2O7UA 3PUYE 4ND9A 4JSOA 4XKQA 2QS3A 3AXFA 3PUVE 4BDNA 4C1TA 1FTKA 1PEBA 2ZXTA 3N26A 3IK6B 2NWJA 2QS2A 3RY3A 2QSXA 4U21A 1B7HA 2GFEA 4YKIA 3ZKLA 4U4XA 3TZAA 5AA4A 5B70A 2GRVA 3KFMA 3CG1A 3U1OA 3PV0E 2E1SA 1N0TA 4EXKA 2G93A 2V93A 1XOCA 3K6WA 1BLFA 2UXAA 4POWA 1OLAA 4JB7A 3MVZA 4Z7EA 5HM4B 4PE5B 1QUJA 2DS9A 4PFTA 1R1NA 2DXYA 3GBAA 2F7BA 4MBPA 3LSLA 4AQ4A 4PFWA 3K1MA 3TTRA 2HZLA 1JVYA 2I4BA 2P1SA 3C31A 3FXQA 3PUXE 4QF9A 3FVOA 1FQBA 4KHZE 5H8QB 1LAHE 5AE4A 3S9MC 1TFAA 4N13A 4F29A 3A3UA 2D21A 3IOVA 3PPNA 3D4CA 1LAXA 1A40A 1PDAA 1MQIA 3OO9A 5JEIA 3CIJA 4OFOA 3BBRA 3K6VA 3E9XA 5ELVA 1A8EA 1WODA 2NXOA 2XXQA 1B5JA 4R74A 1IIWA 3TTNA 3HPIA 1A99A 4N6PA 3HV1A 1B40A 4HW8A 2ABHA 2PYYA 2VD3A 3Q27A 2Z8FA 4Q8RA 3EPEA 2OWTA 4BDOA 5DT6A 4MLVA 3V83A 2Y7KA 2GHBA 1DMBA 3S9LC 3LUYA 4H0WA 3N5LA 1IQ7A 2RCAA 1JW1A 4IY5A 5AA3A 3GLBA 3IB1A 3RT8A 3T9UA 3TQLA 3H4ZA 3PU5A 5FTHA 3OSRA 1MG1A 2R6GE 3THIA 4EQ9A 1B58A 3TDJA 4F2QA 3PPPA 3W9VA 4YICA 4OZ9A 3K02A 3O97A 1RKMA 5L9OA 2Q89A 3O29A 4RK9A 4MF3A 4G68B 1N84A 3G3HA 1QKAA 1A7LA 3RN8A 5A5XB 1MXZA 1URSA 1P99A 1MPDA 4GF8A 1QKBA 4WEPA 1QJMA 1Y4TA 2F6PA 5AA2A 2WKYA 4OWDA 2ZNSA 4X9TA 3M8UA 3F11A 3ZSFA 2H25A 2HCAA 4RPNA 3FXUA 3CFXA 4IO4A 4LATA 3FV1A 1HSJA 1YPNA 4NF4B 2PBWA 2I58A 1LSTA 2F8DA 3MW0A 4P0IA 2NUVA 4FIMA 4DXUA 2I0BA 2VHAA 1UQWA 2QJEA 5ICQA 2A5SA 3JZJA 2B3BA 2XXWA 3SESA 2DWAA 2E0SA 2ZYNA 3K0VA 5H8FB 3FV2A 1QULA 4X48A 5L9SA 4QHQA 5K2YA 3HHGA 1BKAA 2M8CA 4R2FA 2DSFA 4NWDA 2OBGA 3TEPA 4FEBA 1EZOA 2VOZA 3OELA 4O3AA 2AYSA 3M3KA 1UIVA 1H43A 5CBSA 2V25A 1UTBB 1US4A 2F34A 4ZEDA 3B6QA 1B7ZA 2I3WA 3VXCA 4OFJA 4YKJA 1LLSA 4NF8A 5ITOA 1P1WA 2RINA 3TQWA 3V8XB 4F3SA 2Y7WA 3CFLA 2R71A 1TWYA 3FASA 3BFTA 3S9EA 1TT1A 3G3FA 1US5A 3MUQA 4GVOA 1P1NA 3S2VA 3HN0A 3DP4A 1UTHB 5DEXA 3U94A 3VE1B 2Y7IA 4P0GA 1BTJA 1B4HA 3MC2A 4GOTA 1AMFA 4BDQA 2V3TA 1JEVA 3KZGA 4POXA 3IR1A 1DPEA 3T93B 4OYVA 2DXRA 5KDTB 3FVGA 1ZIUA 3K1PA 3MZ9A 4QFPA 1OVTA 1H3DA 4G8NA 4OMBA 5F7VA 3SEXA 4KYSA 2THIA 1MQJA 3IJOB 3S9NC 4MH5A 3EN3A 1B3LA 4G4PA 1LCTA 3IORA 1MY2A 4RA1A 4OVJA 4PFUA 2P2AA 1NH7A 3MP6A 1FQCA 2FA7A 3SEWA 1FQDA 1Y4CA 1OMPA 3H7MA 3IB0A 3H6VA 1ZMGA 1ZU0A 4NF5A 2V3QA 4H8JA 2RF1A 4PETA 4TLLB 2I3VA 3H6TA 4ZE9A 3OO8A 1PC3A 1LFIA 3TMGA 1IEJA 1Q35A 1MDQA 1OLCA 5TP9A 1MH3A 3G7WA 2FYIA 5KCJB 1Y3PA 3BKIB 5DYHA 1MXVA 1I6BA 3TCHA 4Q30B 2CZLA 2XXVA 5HPQA 2D5WA 2UVHA 2O68A 1NNPA 1SBPA 2F78A 1B7UA 1R9QA 4KPTA 2Q9TA 4HTGA 3CSGA 4DIGA 4ELPA 2DWHA 1GVCA 4ZECA 3VLVA 2HFBA 2OCUA 1D4NA 3UA8A 2IEEA 1QW0A 4KYDA 1P1OA 2RC9A 1AOVA 4OESA 5F1QA 4DZ1A 3OEKA 1LBBA 3Q29A 5I2NB 1YCJA 4QSCA 5CMMA 3C33A 1MS7A 3G3KA 3FATA 3U93A 3ILTB 1MDP1 1SYHA 4E0XA 4LA9A 3TTMA 1EZPA 1LGBC 4OQOA 1LB8A 1SDXA 2XX8A 3IJXB 1ELJA 4EUOA 1USYE 4RYAA 4F22A 2OLBA 3PD8A 4YZZA 5I2KB 3T66A 4G68A 4LONB 1SW4A 3EQ1A 5A5XA 1ZJLA 5CRYA 2PT1A 3EHSA 1FQEA 2H9BA 2XXPA 2F97A 4F1UA 2FNCA 3TELA 5JTYB 3RNNA 4H8IA 3OD7A 1VFEA 2Z8DA 1JVXA 2XX9A 3PGFA 5CMKA 1F9BA 4YKKA 5H8HA 1QUKA 1Y3NA 2XXHA 3V89B 4I1DA 3ZS6A 4KI0E 3MJNA 1MM7A 3L6GA 4ZEIA 3LR1A 2RCBA 4GL8A 3W9WA 3PMWA 3RT6B 2YJPA 4BDMA 3M3LA 2V3UA 2XXRA 5FHOA 4O3BA 1D9VA 1XVXA 3KN7A 1R9LA 4KR5A 3FD3A 3V5AA 3MBPA 1URGA 3M3FA 2HZKA 4XXUA 3UORA 3WAFA 4F31B 4OFLA 1JW5A 1XS5A 1Y1ZA 4G68C 4DCXA 4JWXA 2ONSA 3QAXA 3KSXA 2Q88A 4ZEKA 5CMBA 5M2VA 2RC8A 5I57B 3T96B 4HCWA 3C35A 3QXMA 4G8MA 1UTBA 2Z22A 3C36A 3OMBA 4LUBA 4GRKA 1Z7NE 3E4RA 1URDA 2DVZA 3LSWA 1IZ1A 2DWJA 3OO7A 1MY0A 3DP8A 1LCFA 1UIUA 4EQ7A 5DVFA 1NMUA 3K6UA 5CI5A 4IO3A 4FATA 4GIZA 4IO6A 1B2HA 2XX7A 3C34A 1UTHA 3KOTA 4YKPA 1B32A 3H03A 3O2AA 3GBBA 3LBSA 3G3IA 4U2RA 1B5HA 4R6KA 5DVJA 1NFTA 3WAEA 3DM0A 2O6AA 4KCCA 1NNKA 3FGSA 1B3FA 2HXWA 4R72A 3FUZA 2ZNTA 3B6WA 4IO7A 1SQYA 3DP6A 3QUJA 3IOTA 1A54A 3VVEA 4KD5A 4RPOA 2H4IA 2XD3A 3D4GA 4PP0A 1R6ZA 3H3GA 1USYH 3PPRA 1SD3A 4N07A 2X7PA 3OENA 3S4UA 1IXGA 1EU8A 3FJGA 1N76A 2P0SA 3PMXA 1SYIA 1OIBA 3PUWE 1IXHA 3ZKKA 4EF2A 3SEVA 4XKPA 2H98A 4ZE8A 4DLDA 5ISUA 3OO6A 3IX1A 5I56A 2XHDA 2A5TB 4NF6B 1YAEA 1HSLA 4XKNA 1DOTA 1M5DA 1A8FA 3QK6A 3O6IA 4R9FA 4QRZA 3TFLA 1GV8A 4I9DA 5EYFA 1S9TA 1LB9A 4RNSA 3FJ7A 5CM6A 3H06B 2OWSA 4P11A 1S7YA 3B7DA 4C0RA 3QUFA 1N7WA 1B3EA 3ILUB 4UACA 2HAUA 4IO5A 1M5EA 4H6DA 3T9XB 3U92A 2V84A 4YB6A 3A3CA 4F2OA 4GFRA 1B4ZA 2HEUA 5I59A 4LZ5A 1MQGA 4H5GA 2ZYKA 1M5FA 3IOUA 5K2XA 3USDA 2R9JA 4K3FA 3UIFA 1ZLQA 1AL3A 3I5OA 2LAOA 5I2NA 4NEDA 3Q26A 3ECRA 4JWYA 3GXAA 3H6WA 1LBCA 1CB6A 3K00A 3N6UA 4LZ8A 2VGQA 2QS4A 2YLNA 4NTLA 1JNFA 2I4CA 2XXUA 3SEUA 2DWIA 1PBQA 4OENA 2ZMBA 1ATGA 1LAGE 3O9PA 3CRBA 4R2BA 2UVGA 2F7CA 3CFZA 3K2DA 4YB7A 3PD9A 1IITA 5JTYA 3TCFA 2VD2A 3QSLA 5I58B 3N6TA 3KSJA 3VVDA 4IGTA 2NOOA 4NWCA 3MPLA 4BLAA 3VV5A 3KGCA 2GH9A 1O7TA 1B0LA 4ZEFA 4RXLA 2O1MA 5H8QA 1FCKA 4MFIA 1LAFE 4TOZA 4QFKA 2ALUA 4F19A 3RUMA 3EHUA 4JBZA 1A55A 3VDFA 3E13X 1FQFA 3K01A 2VP1A 2H5YA 3JV9A 4BDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z23A 3QYTA 2P3NA 1WDNA 3O6GA 2GHAA 1KWHA 4ELQA 3P7IA 4M4GA 2ZNUA 2XWVA 4ECFA 2H99A 4MNIA 1B0HA 1S50A 3C4MA 1NNFA 2XA5A 2RKMA 4DDDA 3FBPA 1LBVA 5I57A 3Q25A 4XEQA 4IY6A 5BUUA 4GQOA 5FHMA 1ZTYA 3KBRA 3KJ7A 4M1VA 4QSDA 4OTEA 5CC2A 4ESWA 5FHNA 3KEIA 1VR5A 4RJZA 4LZ7A 1ANFA 1B1HA 3SEYA 4FORA 1L5TA 2AL5A 3JYRA 2ZYOA 1EYJA 2I49A 2W7YA 1B1XA 3A09A 4R9GA 4WKMA 1FTJA 5TPAB 1DK4A 4NE4A 1AIVA 4PFRA 2P3VA 5H8NB 4KYEA 2PCRA 5ITPA 2QS1A 4G61A 5FTIA 3G3JA 1M5CA 3FVKA 1B9JA 3SETA 4P1LA 4NHBA 3RTWB 1JP4A 3CR9A 1SW5A 2UYEA 2Q2CA 4ZZEA 5B7DA 1FBCA 4F3BA 3KN3A 4PBHA 1H76A 2PT2A 1MQHA 2UYFA 2F36A 2ZZXA 3IFAA 2DE4A 4YAHX 1Y3QA 4GLIA 4XTCQ 3PUZE 1XC1A 1KA1A 2OJTA 2NVUB 4NN3A 1IMFA 2B65A 1I6QA 4N8GA 4FEDA 2QFLA 1NH8A 3I6VA 1O63A 4OVPA 1XHYA 2DOJA 1II5A 1M5BA 1MY3A 2VPOA 5H8SA 4G8HA 1B5IA 3MWBA 3FXRA 4OHNA 3CI8A 3E78A 1G0IA 5KZTA 4HS7A 2F7AA 2XXYA 1MXXA 4PTKA 4ZDMA 4H67A 1PB7A 4X1DA 1XVYA 2PMSA 1RYOA 2REJA 1HSEA 1Y20A 1Z7ME 4NF4A 2YPNA 1FJ9A 3KN8A 3O28A 3MQ9A 1D9YA 3PMVA 4DXBA 4PBQA 3LV0A 4EXLA 1NV5A 4FJPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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