4ZE9A

Se-pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 144
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze9A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze9A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze9A02
3FTOA 1ZBMA 3K4UA 4QSCA 1B0LA 4IGRA 1ZMGA 1IXHA 4MBPA 5A5XB 1N7WA 4U21A 1MQJA 5M2VA 4JB7A 2QL3A 1R9LA 4MFIA 3U1OA 1FQEA 2Z23A 3KSJA 3EPEA 3VLWA 4NF4B 1OLAA 1YTVA 2UYEA 1FTJA 1FQDA 2XXVA 1D9YA 2IA4A 4RXLA 3SEWA 1SBPA 5H8HA 2UVIA 4NEDA 3M3FA 4FJPA 1D9VA 3H06B 4OFOA 1BLFA 1O63A 3OMBA 1MXXA 4GL8A 4ELPA 3OENA 5HBCA 1IEJA 2XXPA 1ELJA 2AL4A 4ZDMA 2A5TB 2XX9A 3S9LC 4QFPA 4ZE9A 1S9TA 4E0WA 4I9DA 5DYHA 3KJTA 4H8JA 3M3LA 3MP8A 1POY1 1WDNA 5EHMA 4K3FA 3EF7A 3W9VA 4BDOA 1M5DA 3PUYE 2NOOA 4OENA 1ZU0A 1M5EA 4I1DA 4YB7A 4L17A 2RF1A 3K6UA 3IOUA 4EUOA 2PYYA 1D3KA 1PB9A 1JVXA 4RA1A 1N7XA 2REJA 1URDA 2OCUA 1P1OA 5AA2B 4ELOA 3K0VA 4MLVA 2UVHA 4XKNA 3TTRA 1GGGA 3RTFB 1XVXA 1JW1A 1XT8A 2I48A 2XX8A 2Z8FA 2I49A 1Q1KA 4IY5A 1QKBA 4PQJA 3MVWA 2OJTA 1MM7A 3CHGA 1NNTA 3CG3A 5ELVA 1DPPA 3VXBA 4POWA 4WEDA 1MG1A 1MXVA 1Z7ME 1QUKA 4AQ4A 1IQ7A 5AA4A 1ANFA 2F35A 1B7HA 4GOTA 1OVBA 1IZ1A 1S7YA 1CE2A 3UK4A 1IXIA 3QAXA 2XX7A 3B6WA 5I2KA 2E0SA 2X26A 3DRGA 2GFEA 5FHOA 1A55A 2ESNA 5CBRA 1MY4A 3SKPA 3G3HA 1UTBA 3HSTA 2GHAA 1J1NA 3PU5A 1N3WA 3RT8A 1JVYA 1NNKA 3PGFA 2RC7A 4NF6B 3UP9A 5K2YA 3SEYA 1A8FA 1L5TA 3MC2A 5I2NB 4JBZA 1A7LA 4G68B 2R71A 2HAVA 3PAMA 4NWCA 3CG1A 1LB9A 5TPAB 2ANJA 4F39A 4IO6A 3CIJA 3FVKA 1FQAA 3JZJA 2P1SA 4DZ1A 2DS9A 2DYXA 1B51A 2Q9TA 3SEUA 4EXLA 3N26A 4KCCA 4P0GA 5KDTB 4DIGA 1MY3A 1FQBA 1SYIA 3N6UA 1POTA 2XXUA 1OLCA 5I84A 4ZEBA 2UXAA 1R1NA 4ISUA 1UIUA 1NH7A 3ZSFA 1LAGE 5JK4A 3TZAA 1MXWA 5I57A 1NNPA 3E9XA 3C35A 4GD5A 3FXUA 3FD3A 1JNFA 3C32A 3DELB 4ZEIA 4YAHX 3O28A 5AE4A 4EQBA 4QRZA 3S9EA 3G3IA 1NKXA 3U8QA 2O69A 3K1NA 4H1XA 3SETA 2O1LA 4DCXA 4WEPA 3PPOA 4LP2B 4NTLA 3G3KA 4YKKA 1DPEA 2HZKA 4IO5A 2DSFA 1MXUA 4QFKA 3K1PA 4NMYA 3CSGA 2DXYA 4F3SA 3MUQA 2HXWA 1N0TA 3TELA 4UACA 4TLMB 3Q28A 2CZLA 3MW0A 1B0HA 4FORA 4N07A 1IUDA 2YJPA 3OD7A 3LVUA 1SW1A 1AOVA 3DP6A 3H6TA 4R9FA 4ZE8A 2FA7A 3PD8A 4MLQA 5HM4B 3RTWB 4NF5A 3T96B 4BDLA 1IIWA 3THIA 2VOZA 3DRIA 2ONSA 1RYOA 2HEUA 5LOMA 2I58A 1MQIA 1H43A 5CMKA 2VGQA 3SEVA 1TWYA 1B4ZA 1R9QA 4NF8A 3KEIA 2A5SA 3PMWA 3O66A 5ICQA 3GXAA 1A8EA 1P99A 3A3UA 4RY1A 2M8CA 3OSQA 5I59A 5FTHA 2FYIA 3TFLA 4PFWA 3DP4A 3GBAA 4FATA 5F1QA 3V8XB 4TOZA 3HHFA 4XIGQ 1VR5A 4Q5TA 3M3KA 3B6QA 1MY0A 3H7MA 1LGBC 1UTHB 1YPNA 4ZEFA 3K6WA 4LUBA 1MH3A 4G4PA 4OWDA 3KJ7A 5F7VA 1TXFA 1Y3QA 2ZYMA 4JXIA 1FTKA 4G8NA 3RLFE 5TU0A 4KYEA 3DP8A 5I56B 3V5AA 4OETA 2PT2A 2VHAA 3T9HB 5L9MA 2ZNTA 4U22A 1MH4A 1M5BA 4F3PA 3CRBA 5TP9B 5JTYB 2H98A 3BFUA 5CMMA 1VFEA 2V93A 5BUUA 3FJMA 4F3GA 3F11A 1SDXA 4FECA 2QSXA 3RT6B 5H8SA 4HW8A 3QUFA 2HQ0A 4H65A 4G77A 3DRHA 1SVXB 1B5HA 1FW0A 3PPRA 2UVJA 3KOTA 1PDAA 2F36A 2ZNUA 3IOTA 2O7IA 1NL5A 3KGCA 3WAFA 3UGWA 1QKAA 5KZTA 4R9GA 4KYSA 2V84A 3KFMA 1EZPA 2E1SA 3C31A 1MQDA 3T66A 4RYAA 3ODBA 2ONKE 3H6VA 3QXMA 1LSTA 4EDPA 2V3TA 4DXUA 1XOCA 3Q26A 4DXCA 2B3FA 2H25A 3HO7A 3KN3A 2W7YA 1TFDA 3VVEA 1B58A 1JEUA 3FXRA 1DTGA 4H0WA 3MP1A 5CMCA 5L9OA 4Z0IA 4OEUA 1MY1A 2O68A 4G68C 4R74A 4IO7A 3HV1A 3LUYA 5IKBA 1Y4TA 1VFDA 4HS7A 3LSWA 5H8FB 4RPOA 3IJXB 3SERA 2I3WA 4H8IA 3IAZA 1WODA 3FVOA 4LZ5A 3HCQA 1MQHA 3W9WA 4G8HA 2ZYOA 1GR2A 1D4NA 2QS4A 3ONMA 3C36A 3N94A 3RPWA 1HSLA 1FTOA 1H44A 3IR1A 1NMUA 5DVIA 1SW2A 3IJOB 4XXUA 5H8NA 1PBQA 3O29A 4OVJA 3Q29A 1ZJLA 3H3GA 4G2ZA 3IOWA 2Y84A 4X1BA 3V83A 3GBBA 4RK2A 3MP6A 4R75A 2PBWA 1TT1A 1B05A 2LAOA 1HSEA 1ZLQA 1A99A 3KN7A 3D4CA 4R72A 5A5XA 1ZTYA 2F7BA 5IAIA 3DRJA 1IXGA 5CM6A 1HSJA 2VD2A 4NF4A 1EZOA 1DOTA 4TLLB 3VDFA 4X48A 3OSRA 1B3EA 3MAMA 1YAEA 3CFXA 1O7TA 4GL0A 3IX1A 2Y7IA 3KZGA 1FCKA 4MH5A 3QIMA 1GVCA 5I58B 2R6GE 4LQ2A 4C0RA 2Q8JA 5ICTA 3GLBA 5JEIA 4IO3A 3G7WA 5DT6A 3RQTA 1Y3PA 3MPLA 1MDQA 1QUJA 3E13X 4QFOA 2A5TA 1RYXA 1A40A 1JQFA 2Z22A 3ILTB 2Z8DA 4EF1A 3LSXA 3IB1A 2I0BA 1MRPA 1B1HA 4H5FA 3K01A 3TDJA 1AMFA 5DEXB 4E0XA 3E3KA 4GLIA 3K6XA 4YKJA 4QF9A 3I5OA 4PETA 1SI1A 5H8QB 3PPNA 5AA2A 2F6GA 2D3IA 1P1NA 2X7PA 3IL1B 2QRYA 2RKMA 4PFUA 3PUZE 3P7IA 3PUXE 2I0CA 4ND9A 2DVCA 3T22A 3JV9A 2R9JA 1Y1ZA 1YCJA 4Q30B 4AB6A 3Q27A 3PPPA 2F8DA 1QVSA 4NWDA 1KWHA 3SEXA 3L6HA 4X9TA 4P11A 3CFZA 2ABHA 4R2BA 4GRKA 1MPBA 4DXBA 3MZ1A 3IB0A 1JETA 4LONB 3G3FA 4I8CA 3BKIB 1BKAA 3TPAA 4EQ9A 3LSLA 1B3GA 4R73A 1EU8A 2DE3A 4AB5A 5FHMA 1B7ZA 4EQ7A 2DE2A 2NVUB 2F97A 5DVFA 5CMBA 2HAUA 1Y3NA 4U1OA 4ZEKA 2RCAA 1MXZA 4FEBA 3MVYA 2NXOA 1H76A 3EHSA 3TKDA 1UIVA 1B46A 3PV0E 1JW5A 2B4MA 3QUJA 2XXWA 4BLAA 3C4MA 5EHSA 3L6GA 4ZS9A 5DVJA 1MY2A 2HCAA 3CR9A 3RN8A 1M5FA 1OVTA 1QJMA 2XD3A 4QSEA 4ZECA 1DSNA 1SYHA 2Q89A 3C9HA 4NF6A 3DRKA 5CI5A 5DTBA 3HN0A 3OEKA 5BWJA 3S2VA 3TCFA 5I2NA 3AXFA 4G68A 3T9VA 2QJEA 4WXJA 3TODA 4Q0CA 1SW5A 2WOPA 3TQLA 5KCJB 1SI0A 2GRVA 1VSOA 5TPAA 2BJJX 3PPQA 3ZKKA 4YMBA 4IY6A 2B3BA 3RYBA 2DWAA 1EZ9A 1H45A 3V89B 2PT1A 2B65A 1LFIA 2H9BA 2V25A 4YKIA 1QUIA 2DWJA 5KDTA 3T9UA 2Y7WA 1GTKA 4JSOA 4F1YA 4C1UA 2G29A 4JWXA 1XC1A 1EH3A 2ALUA 4UA8A 3S9MC 4LA9A 1II5A 4NE4A 4POXA 2ZXTA 3QSLA 3PUWE 5B70A 2G93A 1AL3A 1ZIUA 3UA8A 4YMAA 3I6VA 3OXNA 4KFQA 5H8HB 3QK6A 4RNSA 2O6AA 4OEVA 3IK6B 2GH9A 1LCTA 4KR5A 4ZZAA 3ILUB 3FIRA 4BDMA 3ECRA 4IB2A 3C33A 3USDA 4N6PA 3OO8A 4YKPA 4FAJA 4FIMA 1Q35A 1B1XA 3G3JA 3IORA 4U1ZA 2REGA 2XXYA 4I62A 1QW0A 4OMBA 4BDNA 4PE5B 2O51A 3CVGA 4F19A 1OQGA 1NFTA 3KSXA 4Z7EA 3U93A 4U2RA 4OFLA 4Q8RA 3FUZA 4DE8A 3SDFA 3TEPA 2F34A 2ZNSA 1LCFA 2PX1A 1SD3A 4QHQA 3EQ1A 3UORA 2F7AA 4KYDA 4LZ8A 4PP0A 2Q88A 4F2QA 3KOSA 3FZVA 4OTEA 2VD3A 1USYH 4KPTA 3G3GA 4F2OA 4OYVA 2PVUA 3B7DA 4OZ9A 5CBSA 5FHNA 3O6IA 3RY3A 3HHGA 3IO4A 1N84A 4X1DA 2RC9A 3PUVE 2ZMBA 3CSBA 1OQHA 1XHYA 1JEVA 3EHUA 2OZZA 1US4A 1P1UA 4KQPA 3O6GA 3BBRA 1B7UA 1PB7A 2OLBA 5AA4B 2XXQA 4R6KA 2DP8A 3S4UA 1MPDA 2WKYA 2UYFA 3C34A 1XVYA 1OMPA 3TTLA 5J1DA 2THIA 1XS5A 2VP1A 1P1QA 1I69A 5L8DA 4ONYA 2WOKA 4QFLA 1UTHA 5I2KB 3M8UA 3A09A 3VVDA 1M5CA 2D21A 3FJGA 1URSA 3RGYA 3OOAA 3TTNA 3O6PA 3H03A 5EYFA 1OIBA 3WAEA 1UTBB 4ESXA 3TAJA 4R6YA 4YICA 4YU0A 3E4RA 2V3QA 5I56A 3N5LA 1O64A 3TCGA 4IO4A 2O1MA 3B6TA 4JWYA 3S9NC 1B32A 2F5XA 4IO2A 2FNCA 3CI8A 3OO9A 1DTZA 5HPQA 1I6BA 4P0IA 4XTCQ 4JSDA 4G8MA 1PBPA 4F31B 4LZ7A 3RYAA 1FTMA 3OO6A 5TP9A 2OWTA 5JTYA 2GHBA 4RK9A 3DM0A 3FASA 3K02A 3MBPA 3FXQA 2I6EA 4U4XA 3BFTA 3R7XA 4R6HA 2DXRA 1Y20A 3LBSA 3DRFA 1BIYA 2AYSA 4QFNA 4ECFA 3W15C 4N13A 4F1UA 4DDDA 3R26A 4PFTA 1GV8A 3U92A 3KBRA 3K1MA 3MZ9A 1LFGA 3ZS6A 2B4LA 2QPQA 4EXKA 2I4BA 5B7DA 5AA3A 2HZLA 3IB2A 3HPIA 2CMOA 5I57B 1UQWA 3O2AA 4OQOA 4GQOA 2KLFA 1B9JA 4KHZE 4F3BA 3IO6A 1PC3A 3CFLA 2I3VA 4FEDA 3K2DA 1PB8A 3OO7A 4ZZEA 4XKRA 2O84X 1LFHA 2WOLA 3SESA 3FV1A 2XXHA 3OELA 3LR1A 4GF8A 4FE8A 2YLNA 1IITA 4O3CA 3TTMA 1B5JA 3MVZA 4BDRA 1FQFA 1B6HA 5H8FA 3UN6A 1TFAA 3FV2A 4F18A 4LQ5A 1SQYA 2HFBA 2XXTA 3MVXA 3EN3A 1PEBA 3RUMA 1LBBA 1MM6A 4HCWA 2QS2A 3EHTA 2RINA 3OEMA 4ELQA 1B40A 4M4GA 3FJ7A 4GXSB 3VFJA 3K00A 4GIZA 4XKQA 2OWSA 3JYRA 3Q25A 4NF5B 1NH8A 4GFRA 1P1WA 4BDQA 2F6PA 1LAHE 3KN8A 3VLVA 1VE4A 1FTLA 2ONRA 2RCBA 3VVFA 1N04A 5K2XA 1B3FA 3TCHA 4U4SA 3H6WA 1IXCA 4NF8B 4YZZA 4ZEDA 2YPNA 3R6UA 3MZBA 3DLNA 2QMXA 3KG2A 5L9SA 1JW4A 1MS7A 1NNFA 5I59B 3TTKA 2I4CA 1B2HA 2IEEA 3FGSA 1USYE 3LC8A 4O3AA 3VE1B 2Q2AA 1AH5A 1B52A 4JWOA 3T9XB 4PFYA 5I58A 2H5YA 5CRYA 3VV5A 4QSDA 3ZKLA 3PMXA 1SW4A 3U72A 2X7QA 5ITOA 2ZYKA 2QS1A 3GZGA 4ELRA 4GVOA 2PMSA 4EF2A 1B4HA 3T93B 3MJNA 4HCYA 2OBGA 3H6UA 4GWOA 2F78A 4M1VA 4KD5A 3K6VA 5DEXA 3MPKA 2Q2CA 1AIVA 1R6ZA 4LATA 2RC8A 3TMGA 3O6HA 3LSFB 4WKMA 3O9PA 3UIFA 4DLDA 3MQ9A 4OERA 4JDFA 5H8QA 1ATGA 1LB8A 4H6DA 4GXAA 1CB6A 2P0SA 2XHDA 2V3UA 3N6TA 4F22A 3TQWA 1I6QA 5CC2A 4XKPA 1I6AA 2XXXA 1Y9UA 1ZKBA 4O3BA 1FQCA 3MWBA 4HTGA 2DVZA 1MXYA 4RJZA 2O7UA 2DE4A 4MF3A 2UVGA 1MDP1 2Y7KA 3FVGA 5ITPA 4IGTA 3PMVA 1A54A 1MPCA 1N76A 2DOJA 4YB6A 4KI0E 4C1TA 2H4IA 2DQVA 4H5GA 3FVNA 1LAXA 2DWHA 1F9BA 1MQGA 3TYHA 4U23A 4KCDA 3A3CA 2AIXA 2D5WA 3I3VA 1Y4CA 2NUVA 1Z7NE 4OESA 1B3HA 1B5IA 1BP5A 2H99A 4R2FA 2ZYNA 1LBCA 3D4GA 3QYTA 1T0KA 4ESWA 3TUSA 1S50A 2DWIA 2XD2A 1QULA 2XXIA 3O97A 4DCYA 1BTJA 1H3DA 5FTIA 2Z8EA 1B3LA 2Y7PA 4RPNA 1N3XA 5AA1A 4TQUQ 1Y1MA 2QS3A 4LVQA 2QMWA 3VLUA 4H67A 4F29A 3PD9A 4THIA 3U94A 3FATA 2OK2A 2NWJA 2Y7RA 1LLSA 1WVJA 3VXCA 4OHNA 2XXRA 2AL5A 4OXVA 4F1VA 3RNNA 2P2AA 3IOVA 4OFJA 5KCJA 4YB5A 5H8NB 5ISUA 1DMBA 1US5A 1RKMA 1LAFE 1URGA 5AA2D 3H4ZA 2F7CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FTOA 1ZBMA 3K4UA 5EQAA 4QSCA 1B0LA 2XWIA 4IGRA 1ZMGA 1IXHA 4N8YA 4MBPA 5A5XB 3PTYA 1N7WA 4U21A 1MQJA 5M2VA 4JB7A 2QL3A 1R9LA 4MFIA 3U1OA 1FQEA 2Z23A 3KSJA 4MHFA 3EPEA 3VLWA 4NF4B 1OLAA 1YTVA 2UYEA 1FTJA 1FQDA 2XXVA 1D9YA 3A29A 4XF5A 2IA4A 4H46A 4RXLA 3SEWA 1SBPA 5H8HA 2UVIA 4NEDA 3M3FA 4FJPA 1D9VA 2QVRA 2WYKA 3H06B 4OFOA 1BLFA 1O63A 3OMBA 1MXXA 4GL8A 3RPLB 4ELPA 3OENA 5HBCA 1IEJA 2XXPA 1ELJA 2AL4A 4ZDMA 2A5TB 2XX9A 3S9LC 4QFPA 4ZE9A 1S9TA 1AWBA 4E0WA 4I9DA 4I3EA 3KJTA 5DYHA 5IZ3A 4H8JA 3M3LA 3MP8A 1POY1 1WDNA 5EHMA 4K3FA 3EF7A 3W9VA 4BDOA 1M5DA 2CEYA 4XEQA 3PUYE 2NOOA 4OENA 1ZU0A 1M5EA 3MSTA 4I1DA 4YB7A 4L17A 2RF1A 3K6UA 3IOUA 4EUOA 2PYYA 1D3KA 4MX6A 1PB9A 4PAKA 1JVXA 4RA1A 1N7XA 2REJA 1URDA 2OCUA 1P1OA 5AA2B 4ELOA 3K0VA 4MLVA 2UVHA 4XKNA 3TTRA 1GGGA 1KA1A 3RTFB 1XVXA 3RYDA 5I5PA 1JW1A 2BJIA 1XT8A 2I48A 2XX8A 2Z8FA 2I49A 1Q1KA 4IY5A 1QKBA 4PQJA 3MVWA 2OJTA 1MM7A 3CHGA 1NNTA 3CG3A 5ELVA 4PAIA 1DPPA 5EYGA 3VXBA 4P47A 4POWA 4WEDA 1MG1A 4P1EA 1MXVA 1Z7ME 1QUKA 4AQ4A 2MKZA 1IQ7A 4N6KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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