4ZE9A

Se-pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 144
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze9A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze9A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze9A02
2NOOA 1WDNA 3GXAA 5I2KB 1BLFA 1F9BA 3GBBA 5H8NA 2I48A 1SDXA 2FNCA 4MF3A 4OVJA 2XX9A 2OWSA 3E3KA 2CMOA 1Y4TA 3O28A 3OOAA 1IUDA 4R9FA 2CZLA 4F19A 2Z8DA 1N84A 5A5XB 2AL4A 3K4UA 3CR9A 5CI5A 4F1VA 2NUVA 3RTFB 2XXYA 4MBPA 3C9HA 4OEVA 3FATA 4HCYA 3EF7A 4X1DA 4OFJA 5JTYB 4QF9A 2DVCA 1YCJA 3USDA 4BDMA 2HAVA 3CFXA 3T96B 5L9SA 3TELA 1B51A 5A5XA 1VFDA 2B3BA 1B05A 3CG3A 5DVIA 2O7UA 1Z7ME 4YB6A 3VVFA 4I8CA 3PUYE 1AOVA 1B58A 5I2NB 4YB7A 5JTYA 4KCDA 3G7WA 2DE4A 4EXLA 4F18A 3ILUB 1OMPA 3FGSA 4O3AA 3PGFA 5ITOA 4LVQA 3U92A 3DRHA 2AL5A 4BDLA 1IITA 1LAXA 2ZYNA 5DEXB 5KDTB 3T9HB 3TPAA 4HCWA 3T93B 3VXCA 1NNFA 5I2NA 3MP6A 4FAJA 1O64A 2XXHA 5FTHA 1MQIA 3VE1B 1LAGE 5H8SA 2FYIA 3O6HA 2ZNSA 1S9TA 1VSOA 1M5EA 4ZE9A 2Q8JA 3LSXA 4O3BA 1FW0A 5DEXA 5KDTA 3TCHA 1NMUA 1HSLA 2A5SA 3MPLA 2Y7IA 4F3GA 1Y3NA 1UQWA 1OIBA 1GVCA 4KQPA 4G68C 1GTKA 5B70A 2F7AA 3JZJA 2HQ0A 3UORA 3CSBA 2XXIA 4HS7A 3PU5A 4YKPA 3V5AA 1FTMA 3GBAA 4MH5A 2Y7WA 4IO7A 4GQOA 1ZMGA 1CB6A 3H6WA 4YKJA 3UIFA 3BBRA 4HTGA 1US4A 1GGGA 3N6TA 3MVYA 2H9BA 2XD2A 3B6QA 3EHUA 1DPEA 3IR1A 2Q2CA 2QS3A 4DLDA 3E4RA 1AH5A 3KEIA 4EUOA 4OQOA 1ZTYA 3SEWA 3VLVA 4KYSA 2O69A 3MP8A 3VV5A 2OBGA 3QAXA 4U4SA 3RY3A 1B40A 3P7IA 4OETA 1GV8A 3SEXA 2Q9TA 3B6TA 3RLFE 2QJEA 4DCXA 4H0WA 4Q8RA 5KCJB 3ODBA 2B65A 1B7UA 3PUWE 1O63A 1TFAA 4IO3A 4XXUA 2RC7A 4U22A 4RPNA 3VVEA 3VFJA 5AA2B 4FORA 4N13A 3PPQA 5I84A 3C33A 1POTA 3IAZA 4OERA 2O1LA 3Q25A 3MW0A 5TP9B 3VDFA 2F7CA 2RC8A 5CC2A 4FEDA 4GLIA 4G8MA 1XVYA 3K6WA 1R9QA 5DYHA 2O6AA 4RYAA 4QHQA 3BFUA 1MXVA 3FJGA 5AA2A 2ZMBA 2F78A 4F22A 1LAFE 2PYYA 4JSDA 4R6HA 2PT2A 5J1DA 5TP9A 2AIXA 1Y4CA 1FQDA 1DMBA 5EYFA 5FTIA 2IEEA 3ILTB 3MJNA 3G3IA 2QPQA 4YKKA 4QFLA 2V25A 2OZZA 3K00A 4TLMB 1PC3A 3FVKA 5I58B 2I3VA 1B5JA 4NEDA 4XKPA 3PUZE 3IOTA 2X7PA 2WOLA 3U8QA 3F11A 2NVUB 1USYH 2R6GE 2DXRA 4YMBA 1Z7NE 4QFPA 4ZZEA 1MXZA 4RK2A 1PB9A 1MM7A 3W15C 4LP2B 1IIWA 2Y7PA 3DP6A 5CMKA 3PPOA 4LATA 3S9MC 4QSCA 3DP8A 2I58A 3Q27A 4GXSB 5I58A 1QW0A 1LFIA 3LVUA 2LAOA 4FJPA 4Z0IA 5CMMA 3OD7A 1SYIA 5AA1A 4GD5A 3OSQA 3PPPA 1IQ7A 5FHOA 4O3CA 4OWDA 3T66A 2Z8FA 2XX7A 2I0BA 3RYBA 5JEIA 1FQAA 2H4IA 3IO4A 4FECA 4OMBA 3FVNA 2YJPA 4POXA 5CBRA 1N3XA 1SYHA 4H5FA 3E9XA 4KHZE 5M2VA 1HSEA 1N04A 1OVBA 5AA4B 3OEKA 4NF8B 4FIMA 3H7MA 3CIJA 4LA9A 2P1SA 3R6UA 1P1WA 2XXXA 1Y20A 1QVSA 4NE4A 5DVFA 3OO9A 3H4ZA 3IB2A 3SERA 3TZAA 3C4MA 3FJ7A 3HCQA 4THIA 5EHSA 2XXQA 2DWHA 3KZGA 4M4GA 4P0GA 4ECFA 4NWCA 3S4UA 2QL3A 4RY1A 5HBCA 2Y84A 2E0SA 1PB7A 4OEUA 3W9VA 2D5WA 5AA4A 3KG2A 4NF8A 3N94A 3IORA 3OMBA 3RUMA 3W9WA 2ONRA 3S9LC 2F8DA 2PMSA 3THIA 4DXBA 1RYXA 5H8HB 1EU8A 3JYRA 3H6TA 1BIYA 1ZJLA 3PAMA 4R73A 2NWJA 2V3UA 1B4HA 3B6WA 3FTOA 4OTEA 4PP0A 1P1NA 4FE8A 2O84X 1AL3A 1M5FA 5KZTA 4Q0CA 1B5HA 4JWYA 3HPIA 3DP4A 4NTLA 2DS9A 3Q29A 3KN8A 2X26A 3HHFA 4NWDA 4R2FA 3LSLA 2QS4A 3KN3A 1SW2A 5H8HA 2ABHA 4IGTA 3RYAA 3M8UA 4YAHX 3QUJA 3LSFB 3A3UA 3SEUA 4JWXA 2UVIA 4PE5B 3CG1A 5ICTA 3K6VA 3RNNA 1P99A 1J1NA 4WXJA 1NNTA 3FIRA 1JW5A 1URDA 5I2KA 1YPNA 1P1OA 1LSTA 4F2OA 1MH3A 1M5DA 4H67A 1FTOA 1JW4A 1MQGA 3U93A 3TTRA 4G2ZA 3VLWA 4AB6A 2D3IA 2DOJA 4GL8A 1TT1A 1QKAA 4IGRA 3RQTA 1DOTA 3H6VA 4QFKA 3K1PA 4K3FA 4R74A 3KJTA 1ZLQA 3U72A 5I57B 2VD3A 3PD9A 1URSA 3ZSFA 2B4LA 3JV9A 4ESWA 2DYXA 2REJA 5K2XA 1L5TA 2THIA 4I62A 3LBSA 1URGA 3UP9A 4E0WA 1B3FA 3N5LA 1B4ZA 1A8EA 1H76A 3K02A 1B7ZA 1USYE 1FQBA 2D21A 1OQGA 3K6UA 1DTGA 3TCGA 3V8XB 3V83A 4OZ9A 1MXUA 5AA3A 1XVXA 2RCBA 2DQVA 1NH7A 5I57A 3FZVA 1JVXA 3C31A 4DZ1A 1MDP1 1TWYA 4M1VA 4R2BA 4YKIA 1LFGA 3DELB 1HSJA 4QFOA 3FXUA 1QUJA 1MY4A 3SESA 1SQYA 3OXNA 1US5A 2R71A 3DRJA 3FVGA 4U23A 3RGYA 1Q1KA 4H65A 3HSTA 2OWTA 2W7YA 3ZS6A 3TEPA 4TQUQ 5B7DA 3PUVE 3U94A 1VR5A 1XC1A 2RCAA 4G8NA 1ANFA 3IO6A 3R7XA 1MG1A 2ONSA 2ZNUA 4NF5B 1IXCA 2X7QA 3L6HA 1ELJA 4OFOA 3TTNA 2BJJX 3EPEA 4EQ7A 1S50A 4NF6B 4WKMA 3IB1A 4ONYA 4WEDA 1ZIUA 3O66A 4MLVA 3TFLA 4F3BA 1B1HA 1XS5A 4ZEFA 1Y1ZA 2DWAA 4U21A 3FV2A 4YICA 2GRVA 4I9DA 5CMBA 4R72A 4KFQA 2E1SA 5CBSA 2Q88A 4X48A 3MZBA 3BFTA 2QS2A 4LUBA 4NF5A 2B3FA 1MQJA 3KOSA 3CHGA 1A7LA 5F7VA 1MXYA 1SI0A 2WKYA 3TMGA 1SVXB 3LR1A 4NF6A 1MY2A 3N6UA 1IXIA 2DVZA 4MLQA 4LZ5A 3FXQA 3I6VA 4H6DA 3GLBA 1BTJA 2GFEA 4QSDA 4GOTA 4GRKA 1UIVA 3TKDA 5CMCA 5KCJA 1NNKA 3HV1A 3IJXB 3UA8A 3CSGA 4U1ZA 2IA4A 1LCTA 5BWJA 1IZ1A 4FEBA 4ZEKA 3PD8A 4KCCA 1R9LA 4EF2A 4N07A 4I1DA 2VP1A 1MS7A 5TPAB 4KPTA 3IOUA 2I49A 3E13X 5H8FB 4H8JA 2WOPA 4U4XA 2HCAA 2ZNTA 4P11A 5FHMA 3EHSA 1A40A 4EQBA 1N76A 3UK4A 2YPNA 3ONMA 4ZECA 2Q2AA 4PETA 2OLBA 4H8IA 1UTHB 2F34A 2A5TB 1MM6A 2ZYOA 3TTLA 1MQDA 1NFTA 1D9VA 3TQLA 5FHNA 1QJMA 3O2AA 5TPAA 2XXUA 1SD3A 4X1BA 5H8FA 4JWOA 3MP1A 5F1QA 1SW4A 2RC9A 2V3QA 1LB9A 3H3GA 5I59B 2DWIA 3TDJA 3KGCA 3K0VA 2UXAA 3K1NA 1LBCA 3M3KA 4IY6A 1TFDA 3O9PA 2AYSA 2G29A 3IK6B 3IX1A 1UTHA 2A5TA 3O6IA 2ALUA 3KN7A 1NL5A 2I6EA 2XX8A 1MY3A 1H3DA 3QSLA 4F29A 1GR2A 2P2AA 2HZLA 1N3WA 3RPWA 1B5IA 1DTZA 3AXFA 1A8FA 3KFMA 3IB0A 4RPOA 1OLAA 2OJTA 1EZ9A 4ZEIA 1RYOA 2KLFA 4EXKA 3L6GA 4F31B 3PMVA 3MZ9A 2I4CA 5H8QB 3MC2A 3RT8A 3DRKA 1UTBB 1SBPA 5I56B 4YB5A 4EQ9A 1EH3A 4JDFA 2XHDA 1D3KA 4ZDMA 4ELQA 3O97A 3FV1A 2UVJA 1DSNA 3G3HA 4BDQA 3H06B 2I3WA 3FXRA 3PMXA 2ONKE 4AQ4A 3OO8A 4E0XA 1UTBA 3RN8A 4Q30B 4LONB 2GH9A 3FUZA 5I56A 2QMXA 4OXVA 3TODA 3H03A 3SETA 3Q28A 1MPDA 1ZU0A 3SDFA 4U1OA 1AIVA 3KJ7A 4GF8A 2O68A 1MPBA 1OVTA 4ZS9A 4XKRA 3KSJA 4DDDA 2F35A 2DE3A 3MBPA 1WVJA 2VOZA 3C32A 4G8HA 1N7WA 4EDPA 1XHYA 2OK2A 2XXVA 2GHAA 1B2HA 3MQ9A 3TTKA 4ELRA 1LGBC 4GXAA 3MVZA 1UIUA 1RKMA 4JB7A 2UVHA 1MDQA 4C1UA 4YMAA 1B1XA 2ZYMA 3C36A 4ZZAA 1YAEA 3O29A 4WEPA 4OENA 3IL1B 4F3SA 1LFHA 1D4NA 3CFLA 1EZOA 1WODA 1Y9UA 4KR5A 1A55A 4H5GA 1TXFA 1N0TA 2DSFA 2HFBA 1Y3PA 5ELVA 2O1MA 2DWJA 4LQ5A 4ND9A 4ZE8A 3I5OA 1XOCA 1B3LA 2QMWA 5IAIA 1I6AA 4YZZA 5JK4A 1OLCA 1NNPA 1O7TA 4KYDA 3BKIB 1SW5A 2ESNA 4DXCA 2UVGA 3H6UA 2QSXA 2ZYKA 4Z7EA 1D9YA 5L8DA 3WAEA 4U2RA 3ZKLA 2HXWA 4R6YA 1B32A 1IXHA 1LBBA 4NF4B 3I3VA 4GVOA 1EZPA 1NKXA 3RT6B 2G93A 4RK9A 1MY1A 1IEJA 2XXRA 1CE2A 4UA8A 4L17A 3K01A 4KYEA 2F6GA 2FA7A 3FASA 4F1UA 1ATGA 4PFTA 4PFYA 4PFUA 3TCFA 4XTCQ 1IXGA 5L9OA 5DT6A 2XXTA 4NF4A 3K1MA 4UACA 3K6XA 1LLSA 3QXMA 2UYFA 4KD5A 3V89B 3PMWA 3FVOA 1JEVA 1BKAA 2VGQA 3C35A 3IOVA 1PBPA 2XXPA 4DIGA 3A09A 1XT8A 2HEUA 4H1XA 3TYHA 4QRZA 4F39A 3HHGA 4Q5TA 3DM0A 3MWBA 4HW8A 4QSEA 1II5A 3D4CA 2QS1A 3TQWA 3FD3A 4TLLB 4C0RA 2HAUA 3S9EA 1BP5A 4XKQA 4X9TA 4XIGQ 1VFEA 4MFIA 4LQ2A 3LSWA 3MZ1A 4OHNA 2O51A 1M5CA 2Z23A 2VD2A 5CRYA 3T9XB 3WAFA 5CM6A 2DP8A 5AE4A 1I6BA 4GFRA 4JBZA 3O6GA 1OQHA 3CFZA 3O6PA 1P1UA 4IO2A 5HM4B 1B3GA 3B7DA 1B52A 1FQCA 2NXOA 1MQHA 3C34A 3CVGA 3MAMA 4BLAA 3DLNA 5K2YA 4DCYA 2Q89A 4G77A 2RF1A 2RINA 3LUYA 1MXWA 3ECRA 1MXXA 3G3KA 5L9MA 1AMFA 2H25A 1QUIA 3MUQA 3G3JA 4ZEBA 3R26A 2I0CA 3KSXA 1LAHE 4TOZA 2Y7RA 2QRYA 1FTJA 4F3PA 4C1TA 3QIMA 3S9NC 1VE4A 1B0HA 2DE2A 2H5YA 4IO6A 4RA1A 5DTBA 2DXYA 1ZKBA 3PPRA 3SKPA 1R1NA 1KWHA 1A99A 2REGA 1T0KA 3TAJA 4F2QA 4OESA 5LOMA 1MH4A 1LCFA 4IY5A 3OSRA 3UN6A 1PEBA 3KBRA 3A3CA 1FQEA 2H98A 4G68B 3VXBA 2PX1A 3TTMA 1MRPA 1ZBMA 3T9VA 3FJMA 1R6ZA 1MPCA 3Q26A 1M5BA 2GHBA 2ZXTA 2I4BA 1FTKA 1B3EA 4IO5A 2PBWA 4ESXA 1H44A 3OO6A 3CRBA 3U1OA 3OEMA 1QKBA 4YU0A 1S7YA 2UYEA 4NMYA 4OYVA 2F5XA 2V3TA 3S2VA 2WOKA 5ICQA 2RKMA 1JVYA 4G68A 1PB8A 1QULA 2XXWA 3UGWA 1Y3QA 3HO7A 3SEYA 4GWOA 1B3HA 3TUSA 3MVWA 3CI8A 4RJZA 5ISUA 1SI1A 1B7HA 4IO4A 3DRIA 4QFNA 1FQFA 2VHAA 3PUXE 3T22A 3IJOB 1A54A 2PT1A 2V93A 5I59A 5IKBA 2H99A 1YTVA 3RTWB 2F6PA 1JQFA 1H45A 5BUUA 2HZKA 2F97A 3IOWA 2M8CA 4KI0E 3T9UA 1B6HA 5EHMA 2Z22A 3QUFA 4R9GA 1PDAA 1POY1 2V84A 3EQ1A 3M3LA 4RNSA 4AB5A 1DPPA 1Y1MA 4DXUA 2F7BA 4POWA 1I6QA 4ISUA 4GIZA 3HN0A 1Q35A 1JETA 2Y7KA 2R9JA 4LZ8A 4ELOA 4R6KA 3KOTA 4P0IA 1B9JA 3G3GA 3N26A 4PQJA 1FCKA 3OENA 1JEUA 1JNFA 2ANJA 2Z8EA 1QUKA 4OFLA 1PBQA 3QYTA 4EF1A 4BDNA 3VLUA 3SEVA 5TU0A 3K2DA 5AA2D 2B4MA 4DE8A 5H8QA 4F1YA 3EN3A 3MPKA 4XKNA 1FTLA 3VVDA 3QK6A 1JW1A 1NH8A 1N7XA 4BDRA 2OCUA 2P0SA 4G4PA 2O7IA 4JXIA 2F36A 5ITPA 1B46A 3OO7A 4N6PA 4BDOA 5HPQA 3PPNA 2YLNA 3DRGA 4GL0A 1LB8A 5H8NB 3PV0E 4ZEDA 1I69A 2XD3A 4R75A 3LC8A 4IB2A 1P1QA 1SW1A 1MY0A 3DRFA 4ELPA 4PFWA 3GZGA 3EHTA 4JSOA 5DVJA 3ZKKA 3D4GA 3G3FA 4FATA 1B0LA 4LZ7A 4RXLA 3OELA 1H43A 3M3FA 2PVUA 3MVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NOOA 1WDNA 3GXAA 5I2KB 1BLFA 1F9BA 3GBBA 5H8NA 2I48A 1SDXA 2FNCA 4MF3A 4OVJA 2XX9A 2OWSA 3KBZA 3E3KA 2CMOA 3MYUA 4I40A 1Y4TA 3O28A 3OOAA 2WYPA 1IUDA 4R9FA 2CZLA 4F19A 2Z8DA 1N84A 4DI3D 5A5XB 2AL4A 5IZ3B 3K4UA 3CR9A 5CI5A 4F1VA 2NUVA 3RTFB 2XXYA 4MBPA 4OANA 3C9HA 4OEVA 3FATA 4HCYA 3EF7A 4X1DA 4OFJA 5JTYB 4QF9A 2DVCA 2OWZA 1YCJA 3USDA 4BDMA 2HAVA 3CFXA 3T96B 5L9SA 3TELA 1B51A 5A5XA 1VFDA 2B3BA 1B05A 3CG3A 1IMDA 5DVIA 2O7UA 1Z7ME 4YB6A 3VVFA 4I8CA 3PUYE 4N91A 1AOVA 1B58A 5I2NB 4YB7A 5JTYA 4KCDA 3G7WA 2DE4A 4EXLA 1FBCA 4F18A 3HFUA 3LUZA 4KXPA 3ILUB 1OMPA 4LN5A 5FBPA 3FGSA 4O3AA 3PGFA 5ITOA 4QBAA 1FBEA 4LVQA 3U92A 3DRHA 2AL5A 2HXRA 4BDLA 1IITA 1LAXA 2ZYNA 5DEXB 5KDTB 4HXVA 3T9HB 2QFLA 3TPAA 4HCWA 3T93B 3VXCA 1NNFA 1NUXA 5I2NA 3MP6A 4FAJA 1O64A 2XXHA 5J16A 5FTHA 1MQIA 2KR0A 3VE1B 1LAGE 5H8SA 2FYIA 5IM2A 3O6HA 2ZNSA 1S9TA 1VSOA 1M5EA 4ZE9A 2Q8JA 4PBHA 3LSXA 4O3BA 5A5LA 1FW0A 5DEXA 5KDTA 3TCHA 1NMUA 1HSLA 2A5SA 3MPLA 2Y7IA 4F3GA 1Y3NA 1UQWA 3IFAA 1OIBA 1GVCA 4KQPA 5EQAA 4G68C 1GTKA 5B70A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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