4X9TA

Crystal structure of a tctc solute binding protein from polaromonas (bpro_3516, target efi-510338), no ligand
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
TYPSRPIELIVPYPAGGGTDVLGRAFALASVKHLPQNLIVVNKPGASGAIGWADVINGKPEGYKVALLATDLMTQPNMGLTKITHEDFIPIARLNYDPAAITVRADAPWNTVEEFLAAAKQGDFRVGNGGNGSTWHLAAAAVEDKTGVKFNHIPFAGAAPAALSLLGGHIEAITVSAAEVYAYTSTGKLKTLAVMSEQRIKGFEKVPTLKERNIDISIGTWRGLAVTKGTPPEIVNVLRAATAKIVTEQSLRDALDRQNMGYAYAEGEAFGAVMARDHAFYKGLINKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Uncharacterized protein UPF0065
publication title Crystal structure of a TctC solute binding protein from Polaromonas (Bpro_3516, Target EFI-510338), no ligand
rcsb
source organism Polaromonas sp. (strain js666 / atcc baa-500)
molecule tags Unknown function
total genus 92
structure length 288
sequence length 288
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4x9tA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4x9tA01
3C36A 4RXLA 5I2NA 4ISUA 2ANJA 3LBSA 1RYXA 3RNNA 1IUDA 3M3FA 4QSEA 4I9DA 3CI8A 2NWJA 3VVEA 1B5JA 4H1XA 1MXYA 1TFAA 3FD3A 4KYSA 5TU0A 3UN6A 1MS7A 4YKIA 3W9WA 3RT8A 3UK4A 1B52A 5ICQA 5KCJA 2XD3A 1I6QA 2XXXA 3PUZE 1QKAA 4KR5A 2XXHA 1EZ9A 3MAMA 5JTYA 2DSFA 1FCKA 2RF1A 3I6VA 1XC1A 4RPOA 4RYAA 4U23A 4I62A 2X7QA 4QFLA 3VLWA 1MDP1 3U92A 4OYVA 1IXGA 5H8SA 1B7ZA 3Q27A 3RN8A 5FTIA 5ITOA 4BDRA 1B40A 4O3BA 2DXRA 2BJJX 1J1NA 1XHYA 3OELA 1DSNA 3FUZA 5KDTB 3OO8A 1Y4CA 3G7WA 4DE8A 4C1UA 2ZXTA 3RT6B 1FQCA 1A55A 2UVHA 2HAUA 3M3KA 3G3FA 4JB7A 4HS7A 1I69A 2CZLA 3RLFE 1FQEA 1MY0A 1SVXB 1D4NA 1EH3A 2ZYKA 3HO7A 3SEUA 3G3KA 3PUXE 3GLBA 1JVXA 5CMMA 2O1MA 4R9FA 4GXSB 4BDMA 2V3UA 4X1DA 2DE2A 3Q26A 3K1NA 1ZU0A 3SETA 4O3CA 3K1MA 2ESNA 4R6HA 3GBAA 4PFWA 4IGTA 4WXJA 5CC2A 1MM6A 3TCFA 2QMWA 1XVYA 1M5EA 4THIA 1N3XA 2LAOA 4IY6A 5I58B 3OEKA 3RUMA 4OQOA 1N76A 1OVBA 2P2AA 4WKMA 3IO6A 3LSLA 4P0IA 4POXA 2F7AA 4F22A 4OFJA 1Z7NE 4YAHX 2Y7PA 3WAFA 3QIMA 3D4CA 1B3LA 2DS9A 1S50A 4DZ1A 4ELOA 2A5TA 4C1TA 1DTZA 3PUYE 1SW4A 1IXCA 4EF2A 4U4SA 1P99A 2Q2AA 4KFQA 5JEIA 1FQAA 4H65A 3OSQA 1N04A 4ZE8A 1UIVA 4R74A 3QYTA 3IB0A 4TOZA 4JSOA 1PBQA 4QRZA 1IXHA 1ELJA 3GZGA 1MRPA 4IB2A 3L6HA 3CFLA 3MPKA 3Q29A 1MH3A 1TFDA 1B46A 3C4MA 5I2KA 1N7WA 1FQDA 1Y9UA 4GXAA 2PVUA 3OD7A 3TELA 2XXQA 3MZBA 4PQJA 4OENA 3CFZA 4KI0E 2F6GA 4FJPA 4ZDMA 3PUVE 4ESWA 4JWYA 1O63A 5EHSA 1N3WA 3OOAA 3ODBA 4K3FA 5DEXA 1VR5A 1SW2A 3MPLA 3U8QA 2RC9A 2Y7IA 1TXFA 3PV0E 3C33A 4IO5A 3RQTA 3IAZA 3SKPA 3RTWB 2F35A 1SQYA 1O7TA 1AH5A 3MP8A 3RTFB 2XXWA 1DPEA 3FVGA 5CMCA 2OWSA 1MPDA 4P11A 3LSWA 1N84A 3KJTA 4H5FA 3CFXA 1UTBB 4XTCQ 5I56A 2ZYNA 3E4RA 1B6HA 1P1OA 3OXNA 1MQHA 1VFEA 1NMUA 5I59B 1ZTYA 1NH8A 2GHBA 5EHMA 3KG2A 3UGWA 2O1LA 3EF7A 1R1NA 3K6UA 5I84A 3BFUA 4ZS9A 4LZ8A 2YPNA 3O97A 1XOCA 2O68A 4AB6A 3RPWA 4ND9A 3JYRA 5L9SA 1SI1A 2ONKE 1DTGA 2F36A 1EZOA 3O66A 2QMXA 3FVNA 5BUUA 1RKMA 1MY1A 2ZNUA 5TP9B 3T9HB 2UVGA 3A3UA 5L9OA 1RYOA 2DE3A 3OENA 2Z23A 5F1QA 1FTKA 1P1UA 2QPQA 4DXUA 5AE4A 2HZKA 4AB5A 4FE8A 4ZEKA 4GL8A 1S9TA 2H99A 2UYEA 4TLLB 3OO9A 4U1OA 4NE4A 2OJTA 4KYDA 2FA7A 4YKPA 1NNKA 5ISUA 1II5A 5TPAB 4ELQA 4RJZA 4ZEDA 5EYFA 2DQVA 3IO4A 5AA4A 3K4UA 2RC7A 4NF4A 2THIA 4MLVA 4OEUA 2XXIA 1BP5A 4MF3A 3FJ7A 3TYHA 3TFLA 1GTKA 1CE2A 4PFTA 1ZIUA 3IOUA 1OQHA 1UIUA 1GR2A 3KEIA 4I1DA 4LP2B 4EQBA 1NNPA 3OMBA 5J1DA 2QS4A 1A8EA 4F19A 1MQIA 4YICA 4X9TA 3EHSA 1A40A 3SESA 1UTHA 1BTJA 2PBWA 2O84X 2I58A 4RA1A 2PT1A 3CSGA 2OK2A 3LSXA 5LOMA 1B3HA 4DIGA 3TTKA 3JV9A 4XKQA 1MPCA 4N6PA 5HBCA 3MC2A 3ZS6A 5DT6A 3G3IA 3IJXB 1A8FA 2NXOA 1ZJLA 1BLFA 4BLAA 4IO2A 3TODA 4H67A 4M4GA 3SERA 5JK4A 3QAXA 3V83A 2E1SA 5H8QA 4R73A 2B3BA 3CVGA 5DTBA 1PBPA 3SEYA 4F39A 1Y20A 1GV8A 2QL3A 2H98A 1VE4A 1HSEA 2REGA 1ANFA 3O9PA 3PMVA 3SEVA 2XXTA 5H8NA 2H9BA 4RNSA 2Q8JA 3TQLA 5HPQA 4F1VA 2AL5A 3FXUA 5FHOA 4DLDA 3EHUA 2Y7WA 2V25A 3FV2A 5CM6A 1LBCA 1JW4A 3PPOA 3DP6A 4MH5A 5I2NB 5H8HA 3O29A 4LATA 4IO4A 3H6UA 1URDA 4EXLA 1SW1A 2ONRA 4EQ9A 1JW5A 1S7YA 3QUJA 2F34A 4OETA 4LONB 4FEDA 3MUQA 1LCTA 3CG1A 1D9VA 5KCJB 3W9VA 1WODA 1ZLQA 3U94A 4H6DA 2XHDA 3IB1A 4LZ5A 1JEUA 3TTMA 3TTRA 3TCGA 5JTYB 1LAFE 2I4CA 3ZKLA 1MY4A 4MFIA 3K02A 2OWTA 4FEBA 2DVCA 2XXUA 4KCCA 3OSRA 2Z8EA 3FVOA 3B6QA 1MPBA 4YZZA 1URSA 4F29A 3DP4A 1P1WA 2DVZA 5K2YA 4R6KA 1OVTA 3FATA 1R9QA 1MQJA 2F5XA 2OZZA 4GF8A 1HSLA 3KN7A 3FASA 3T9VA 3H03A 4G2ZA 4R9GA 4G68A 1IEJA 1Z7ME 1GGGA 4IO3A 1P1QA 4N13A 2PX1A 1FQBA 4L17A 4RY1A 2V3QA 3KSJA 1GVCA 1M5BA 3MVWA 4QFPA 3Q28A 4XKRA 3PPPA 3PPRA 1QULA 3O2AA 2XXVA 2Y84A 3PD8A 1PB7A 1Y1MA 2Z22A 3TTLA 5I57A 2V93A 3KSXA 4R75A 1FTOA 4OERA 1H45A 4TQUQ 1N7XA 1Y3PA 4GD5A 1B5HA 1B2HA 3RY3A 2NOOA 2E0SA 2QS2A 5AA1A 5AA2A 2ZNTA 1P1NA 2RINA 1MXWA 3VFJA 1Y3QA 1JNFA 5IKBA 3OO6A 4NMYA 1M5FA 1LFIA 2ZYMA 2RKMA 1B05A 2QS3A 2QJEA 4QSCA 4ECFA 4PP0A 3IORA 2A5SA 2A5TB 1UQWA 3IOVA 4OESA 2I49A 2OCUA 3T96B 3C9HA 2PT2A 3MZ1A 1OQGA 3UP9A 1B0LA 5A5XA 3G3HA 5CI5A 4OWDA 3SDFA 3BBRA 5H8FA 3MVYA 1JVYA 1B58A 3A3CA 4EUOA 5I2KB 3K01A 4NWDA 3DM0A 3EPEA 2XXRA 4QFOA 1XVXA 1LFGA 2DOJA 4N07A 2O7UA 2Z8DA 3O6HA 3FJGA 3T9XB 1B3GA 4ZZAA 1IXIA 2WKYA 3O6IA 3MVXA 4YKJA 3MVZA 4F1YA 3OO7A 4H5GA 3SEXA 4Z7EA 5FHMA 1A54A 4ELPA 5DEXB 3EHTA 2H4IA 2R9JA 3CRBA 3U1OA 3O28A 1M5CA 2P0SA 2O6AA 1Y3NA 1ATGA 1IIWA 4GQOA 2HAVA 3KBRA 1MY2A 1OLAA 1MDQA 4YU0A 1QVSA 4NF6A 3V5AA 4NF8A 3T93B 3LC8A 4LZ7A 4OZ9A 3VE1B 4OTEA 2R6GE 5I56B 4R6YA 3N94A 1WVJA 2FYIA 3BKIB 3B6TA 1ZMGA 4IO7A 2D21A 4QF9A 3PPQA 4OFLA 1IITA 3MZ9A 2XXYA 3TEPA 1US5A 4HW8A 2M8CA 2UVIA 4XIGQ 2HEUA 4UA8A 3VV5A 4F18A 3S2VA 2DYXA 3E9XA 3VXCA 4EXKA 1I6AA 1LAXA 5DVFA 2ZNSA 2P1SA 2PYYA 4ZZEA 1US4A 3FJMA 3MBPA 1BKAA 1TT1A 5AA2D 4DCXA 2HQ0A 1M5DA 2F7BA 1MXUA 2R71A 3TMGA 2I48A 5CMBA 4R2FA 4YKKA 1LAHE 3T66A 1POY1 3S4UA 4YMAA 4RK2A 4G8MA 4F1UA 1IQ7A 3H7MA 3TTNA 2O69A 4JSDA 1BIYA 3TQWA 4GOTA 1AOVA 3USDA 5AA4B 3FVKA 1MG1A 1B3FA 2DWIA 3LSFB 4NF4B 2XX9A 4WEDA 3H6TA 1PB8A 4QFNA 3M8UA 4FECA 1SYHA 3DELB 2NUVA 5KZTA 2F97A 1PB9A 4X48A 1B9JA 2PMSA 4U22A 4BDOA 2QS1A 2ZMBA 2DXYA 2QSXA 5IAIA 3IR1A 4NF5A 3MP1A 1B4HA 1SD3A 3UORA 3HV1A 1CB6A 2F78A 3ZKKA 2GFEA 3OEMA 4XXUA 4HCYA 4LVQA 3MP6A 2ZYOA 5CRYA 1YAEA 4XKPA 4E0XA 5DVIA 4DXCA 1UTHB 3U93A 3C32A 2YLNA 2GH9A 4DDDA 1MXVA 4GFRA 4GLIA 1MH4A 3E3KA 3QUFA 3GXAA 5F7VA 4TLMB 4H0WA 4ZEIA 4EQ7A 3H4ZA 1LCFA 3MQ9A 3HHGA 4KPTA 2CMOA 3AXFA 1WDNA 2I4BA 4F2QA 5B70A 3HSTA 2XX7A 4POWA 3N6TA 5H8QB 1FTJA 1OMPA 3MWBA 1R6ZA 3T9UA 1NNTA 5FHNA 5H8NB 3IK6B 1T0KA 1QUIA 1EU8A 3QSLA 3PUWE 1DPPA 4EF1A 4IO6A 1L5TA 2B65A 4H8JA 2H5YA 3D4GA 1YCJA 5KDTA 1B5IA 5M2VA 3ZSFA 4OXVA 2B3FA 3CSBA 4FORA 4EDPA 1AIVA 4KQPA 3KFMA 1H43A 1PC3A 5H8HB 4F3PA 4MBPA 1LBBA 1B32A 2RCAA 3K0VA 1B4ZA 2HZLA 3P7IA 5B7DA 4PE5B 4HCWA 3FV1A 1D9YA 2D3IA 1NNFA 4KHZE 2VGQA 1LLSA 4Z0IA 1LFHA 1D3KA 3KJ7A 3HPIA 1YTVA 1QUJA 4FAJA 1B1XA 3A09A 4I8CA 1DMBA 4BDNA 1LB8A 1B3EA 4OFOA 3TZAA 1Y4TA 3TDJA 1MXZA 1XT8A 2VD2A 3O6GA 4C0RA 3E13X 4LQ5A 2HXWA 1I6BA 3HHFA 3PMWA 1PDAA 2Y7RA 3THIA 1ZBMA 3G3GA 3V8XB 3TCHA 1Q1KA 2HCAA 5I58A 3QK6A 3KOTA 1B0HA 1A7LA 2IEEA 4NTLA 4G68C 2QRYA 1TWYA 3B7DA 3C35A 2DWHA 4F3SA 3ECRA 2VP1A 1B1HA 1Q35A 4Q30B 2Q89A 2REJA 4Q8RA 1FQFA 1H3DA 1MY3A 4E0WA 1YPNA 5FTHA 4OEVA 1FTMA 3MJNA 2XXPA 4PFUA 3EN3A 4GWOA 3GBBA 3PD9A 4G68B 3U72A 2I3VA 3IB2A 3TAJA 4GIZA 4NWCA 4BDLA 4AQ4A 3M3LA 4XKNA 2UVJA 3R6UA 3R26A 2RCBA 3W15C 5L9MA 1QKBA 3UIFA 3KZGA 3MW0A 4Q0CA 3VVDA 1F9BA 4JBZA 4QSDA 2VHAA 4YB5A 1NL5A 3ILTB 3JZJA 5DYHA 2ABHA 1JETA 2DWJA 3T22A 3FGSA 4UACA 4YB7A 5ICTA 3K1PA 3PGFA 1DOTA 1HSJA 1LAGE 1SW5A 3EQ1A 4RK9A 4OVJA 3HN0A 3CG3A 5I57B 3N26A 1B7UA 5DVJA 3Q25A 3KN3A 3HCQA 3H06B 5AA3A 2H25A 1O64A 3FXRA 2DP8A 1SDXA 3H6WA 4F31B 5AA2B 3K6WA 1MQDA 1JQFA 3IX1A 3LUYA 4ESXA 4ZE9A 2IA4A 2Q2CA 3F11A 3S9NC 2UYFA 3RGYA 1H44A 5BWJA 1QW0A 2NVUB 2Q88A 3DLNA 4YB6A 3K6XA 4LA9A 4ZECA 1PEBA 1N0TA 2I0BA 1NFTA 3FIRA 4F3GA 1UTBA 4F3BA 2DE4A 2F7CA 3FXQA 1A99A 1AMFA 4R2BA 3WAEA 4M1VA 5I59A 4IGRA 3PPNA 5A5XB 4GVOA 4OHNA 2I6EA 1EZPA 5H8FB 3CIJA 2RC8A 3DP8A 2ONSA 3S9EA 2ALUA 3TUSA 1XS5A 5L8DA 3TPAA 3R7XA 1OLCA 2Q9TA 2X7PA 4JXIA 2O51A 4DCYA 3IOTA 2G93A 5TP9A 3KN8A 1VSOA 4GL0A 1QJMA 4KYEA 3QXMA 3TKDA 1MM7A 2VD3A 3K6VA 4RPNA 1MQGA 2DWAA 1NKXA 3I3VA 4G4PA 1AL3A 4PETA 3IOWA 3PU5A 3B6WA 2F6PA 4Q5TA 2Z8FA 3VVFA 1SYIA 4X1BA 5ELVA 4JWXA 3KOSA 3LR1A 4O3AA 4BDQA 4FIMA 2I0CA 2V3TA 2FNCA 2OLBA 2VOZA 4WEPA 2OBGA 1LGBC 1KWHA 2G29A 5TPAA 1FW0A 4NF6B 5CBRA 5HM4B 4LUBA 4NF8B 3ONMA 3N6UA 3SEWA 3IL1B 4JWOA 3K2DA 3G3JA 2O7IA 3S9MC 4H8IA 3VLUA 4F2OA 1URGA 4U21A 5CBSA 2GHAA 4HTGA 1IZ1A 2YJPA 2F8DA 1NH7A 4FATA 2D5WA 1USYE 3KGCA 4PFYA 1R9LA 3H6VA 2GRVA 2W7YA 3V89B 1LSTA 3L6GA 4P0GA 4G77A 1LB9A 1POTA 4LQ2A 1VFDA 3BFTA 4KD5A 3S9LC 3FZVA 2UXAA 2KLFA 3PMXA 2AYSA 1H76A 4JDFA 4G8NA 2I3WA 3VLVA 1USYH 1QUKA 1SI0A 1B7HA 1FTLA 1SBPA 4QHQA 3VXBA 2XD2A 4DXBA 1B51A 3VDFA 3ILUB 4ZEBA 1Y1ZA 1MXXA 4NEDA 1JEVA 5K2XA 4IY5A 2XX8A 4ELRA 5CMKA 3I5OA 2AL4A 4U2RA 4R72A 4YMBA 4QFKA 1OIBA 3H3GA 3IJOB 3K00A 5ITPA 4U4XA 3C31A 2HFBA 2AIXA 3UA8A 4ONYA 4NF5B 3C34A 4GRKA 4U1ZA 4KCDA 3N5LA 4G8HA 2V84A 1JW1A 2X26A 4OMBA 3CR9A 2Y7KA 4ZEFA 4MLQA 1ZKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C36A 4RXLA 5I2NA 1NV0A 4ISUA 1FPEA 2ANJA 3LBSA 1RYXA 3RNNA 1IUDA 3M3FA 4QSEA 4I9DA 3CI8A 2NWJA 3VVEA 1B5JA 3FXBA 4H1XA 1MXYA 1TFAA 3FD3A 4KYSA 5F24A 5EQ9A 5TU0A 3UN6A 1MS7A 2DDKA 4YKIA 3W9WA 3RT8A 3UK4A 1B52A 5ICQA 5KCJA 2XD3A 1I6QA 2XXXA 3PUZE 1QKAA 4KR5A 2XXHA 5I7IA 1EZ9A 4P8BA 3MAMA 5JTYA 2DSFA 1FCKA 2RF1A 3I6VA 1XC1A 4RPOA 4RYAA 4U23A 4I62A 5EQ8A 4NF0A 3T0JA 2X7QA 3B8BA 1FPGA 4QFLA 2CZHA 3VLWA 1MDP1 4PGNA 3U92A 4OYVA 1IXGA 5H8SA 1B7ZA 3Q27A 3RN8A 5FTIA 5ITOA 4BDRA 1B40A 5I3SA 4O3BA 2DXRA 2BJJX 1J1NA 4DI4B 2QVUA 1XHYA 3OELA 4P47A 1DSNA 3FUZA 5KDTB 3OO8A 1Y4CA 3D1RA 3G7WA 4DE8A 4GX6A 4C1UA 2ZXTA 3RT6B 1FQCA 1A55A 2UVHA 2HAUA 3M3KA 4N81A 3G3FA 4JB7A 4HS7A 1I69A 2CZLA 3RLFE 1FQEA 1MY0A 1SVXB 1D4NA 1EH3A 2ZYKA 3HO7A 1VDWA 1NV2A 3SEUA 3G3KA 3PUXE 1G0IA 3GLBA 1JVXA 5CMMA 2O1MA 4R9FA 4GXSB 4BDMA 5I5PA 2V3UA 4O7IA 5FBPA 4X1DA 5LTCA 2DE2A 3Q26A 3K1NA 1ZU0A 3SETA 4O3CA 5IZ3A 3K1MA 2ESNA 4R6HA 3GBAA 1IMDA 2WEFA 4PFWA 4IGTA 4GBVA 4WXJA 5CC2A 1AWBA 1MM6A 3TCFA 2QMWA 1XVYA 1M5EA 4THIA 2HPGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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