4JSDA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaribiose
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Sugar binding protein
total genus 212
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsdA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsdA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsdA02
1CB6A 4IGTA 2DSFA 4RK9A 3T9VA 3T22A 3QSLA 3U93A 5ITPA 3IL1B 4YU0A 4BDNA 3T96B 1B3FA 4U21A 4QRZA 4THIA 3CFZA 1F9BA 4Z7EA 3OSQA 3IORA 4OHNA 3CG1A 4RY1A 3FVNA 4HW8A 4I8CA 4XKNA 2FA7A 3MP8A 4OQOA 4QFPA 4WEDA 3TMGA 4F1VA 3E4RA 3PUZE 2F8DA 1EZ9A 3O28A 3DP4A 1TWYA 1URGA 1N7XA 5KDTA 2ZYNA 1POY1 2PBWA 2PX1A 4WXJA 2GHBA 5DVJA 1S7YA 1XHYA 5I58A 3OOAA 1LBBA 4TLMB 2YPNA 2X7QA 2QMXA 2UYEA 3U1OA 4FE8A 3M8UA 4EQ9A 2ZYOA 2FNCA 4OTEA 2F78A 3F11A 2A5TA 2ESNA 3V5AA 2GH9A 2F34A 4I62A 3ONMA 3MVYA 3U92A 1B0HA 5L8DA 1VSOA 4GL0A 1QUJA 1NKXA 2F36A 4YAHX 4LONB 5CBRA 3L6GA 3SEUA 1A40A 4QSEA 1MDQA 3G7WA 3RPWA 1R9QA 3SERA 3B6QA 2VHAA 2H4IA 3K01A 5EHSA 2RKMA 2O7UA 3I5OA 4FIMA 1GV8A 3I3VA 1USYH 3VXBA 2DWJA 5BWJA 2Q88A 3PD8A 4NF5B 3V8XB 1N04A 3N6UA 1B32A 5ICQA 3K6VA 5L9MA 5I57A 1FQAA 4FECA 4FEBA 4JB7A 4U1OA 2V3QA 3UP9A 1EH3A 4KFQA 3CVGA 2OK2A 4YKIA 1Y1MA 4ISUA 4K3FA 4NF8A 3CR9A 3Q28A 1RYOA 1YCJA 2OCUA 1PDAA 1XVYA 4IO7A 1MY2A 2XXUA 4PETA 5I56A 4EF1A 4C1TA 3K00A 1MXYA 2UXAA 5TP9B 1FTKA 3PUVE 3B6WA 3PMXA 3FATA 3PUXE 2F97A 4Q8RA 1LFIA 5IAIA 1BTJA 1QUKA 2UVHA 2G29A 1UIUA 3RT6B 3TUSA 2O1LA 2V3TA 1Y4CA 2F6GA 1FQCA 1B5IA 1IUDA 1B40A 1UIVA 2M8CA 3HHGA 4UA8A 5CRYA 1D9VA 5F7VA 1MPBA 3K1PA 3BFTA 1SW2A 3HV1A 3OELA 1NNKA 5FTIA 2B4LA 1B2HA 5AA4A 1JVXA 3FXUA 3OEMA 1S9TA 3UORA 2PYYA 3PMVA 4P11A 1IITA 3IAZA 3TYHA 5A5XA 4DXBA 3JYRA 3KSXA 2AL5A 4YB7A 1UTBB 4IY6A 1M5EA 1OIBA 2H98A 3K02A 3QAXA 3KZGA 4EF2A 4GXAA 3CSGA 2AIXA 4PFYA 2DVZA 3HCQA 3K1MA 5H8HA 3O6GA 4NWDA 1RKMA 1N7WA 4BDRA 4F22A 3R7XA 1PB7A 5EHMA 3H6WA 3RT8A 1PEBA 3DP8A 2UYFA 3QUJA 2WOPA 2LAOA 1JW5A 2ABHA 1ANFA 2BJJX 4RA1A 4H0WA 5HBCA 2ZNSA 3SKPA 1QULA 3FTOA 1DPEA 3TZAA 1B3GA 4NF5A 3G3FA 3TEPA 3RTFB 1MXVA 1KWHA 1FQFA 5ICTA 2I49A 2Y7KA 3IB2A 1OVTA 5B7DA 1DPPA 3OO7A 1M5BA 4EQ7A 2RC9A 4RXLA 2QL3A 1J1NA 3H6UA 3S4UA 5J1DA 4F29A 5JK4A 5CI5A 4JWYA 4ZZAA 3W9WA 4R6HA 3RNNA 3EPEA 4MH5A 4M4GA 1B5HA 3FVKA 2AYSA 4NWCA 3KN3A 4E0XA 4RPOA 4YB5A 3EHUA 3TTKA 2NOOA 1MQJA 1P1WA 3T9HB 1JW1A 4EXLA 2F5XA 4FJPA 3N26A 3DRGA 1MXWA 3IO4A 5I2NA 5I58B 3PPRA 4R72A 2CMOA 3Q27A 2DXRA 4QFLA 1OMPA 4U23A 1SYIA 2W7YA 2WKYA 4G68C 2A5TB 1LFHA 4RK2A 4WKMA 3MP6A 3ILUB 1Y3QA 4ONYA 1MXUA 4BDQA 4ZEBA 2ZMBA 2HZKA 4DIGA 3MP1A 1Z7NE 4OENA 1B7HA 3GBBA 3G3HA 3OD7A 5TPAA 5KZTA 4IY5A 1DMBA 3DRHA 4KR5A 5JTYB 5I84A 4H1XA 5DVFA 4NMYA 2V84A 1FCKA 1FTOA 3FUZA 2DE4A 1LLSA 3L6HA 4H5FA 1IEJA 3CSBA 4U22A 1FW0A 4R9GA 3M3LA 3QIMA 1Y9UA 2I3WA 4F31B 3IB0A 1S50A 4DZ1A 2CZLA 5CMBA 5CMCA 4MBPA 1OLCA 1PC3A 3KN8A 3OMBA 5I57B 3MZ1A 3DP6A 1NNTA 1XVXA 3A3CA 1P1UA 4FEDA 2R6GE 4O3CA 2ANJA 3IOUA 4HTGA 4NF4A 3VE1B 2OBGA 4NF8B 2DQVA 5I59A 3RN8A 1XOCA 1R1NA 5I56B 1MDP1 1B3EA 3K2DA 2DWAA 2HEUA 4NEDA 3TPAA 2V25A 4Q30B 4JDFA 4Q0CA 5CM6A 3O6IA 3FASA 3LUYA 1URSA 2I58A 4G68A 1VFDA 3IOVA 2VP1A 1I69A 2I4CA 3TQWA 3CFXA 3IOTA 5ITOA 2Y7IA 4H67A 4YMAA 1LGBC 3U8QA 1O63A 2E1SA 4G4PA 3OO9A 1QVSA 4PE5B 4TLLB 3ZSFA 4JSOA 1LB9A 3O66A 1WDNA 4R9FA 1BP5A 4WEPA 4Z0IA 4UACA 2XXIA 3H03A 5L9OA 4LZ8A 2DWIA 2QS1A 5AA4B 2XXHA 4TOZA 5F1QA 4ZEFA 3OEKA 3MZ9A 3M3KA 2OLBA 1ZLQA 4JXIA 2D5WA 3O29A 1MH4A 5A5XB 1ZJLA 1B52A 3UN6A 3KJ7A 2GFEA 4R75A 1Q35A 1P1OA 3IJXB 4POWA 2A5SA 5ELVA 4N6PA 4JWOA 4OESA 1O7TA 3IJOB 1B46A 2H9BA 2DE2A 2XD3A 4U2RA 3CFLA 1LCTA 5H8HB 3T9XB 1O64A 5JTYA 3EQ1A 2HFBA 3D4CA 1A8FA 2Z22A 3GBAA 4EQBA 1MS7A 3E13X 2RCAA 3FD3A 2WOLA 3C35A 3FV1A 3H6VA 5AE4A 1QW0A 1PB9A 4IO4A 3JV9A 4E0WA 4QFNA 3O2AA 2XXTA 2YJPA 2Q89A 2VD3A 3PU5A 1PBQA 3OO8A 3C9HA 1FQBA 1GR2A 3UK4A 2DE3A 1Z7ME 1N3WA 1JEVA 4LP2B 5K2YA 4R74A 4ZEIA 3HHFA 3QUFA 1D9YA 4GRKA 4R6YA 1NNPA 2R71A 3PAMA 4ELPA 1LAHE 4QFOA 3C34A 3GXAA 1YAEA 5ISUA 1JW4A 2D21A 4JBZA 3M3FA 3K6UA 3WAEA 3Q26A 1LAFE 4GQOA 2H99A 2XX8A 3C4MA 3G3GA 2THIA 4AQ4A 4QSCA 1MM6A 2HQ0A 3BFUA 1VFEA 4F2OA 1LFGA 3TELA 3B7DA 4LVQA 4YKKA 1B3LA 4GVOA 4KHZE 2GHAA 1RYXA 4F2QA 3QXMA 3KGCA 3GZGA 1QJMA 4ZS9A 3KJTA 1CE2A 4OWDA 2UVGA 3R6UA 1B05A 2Q2AA 3PUYE 4TQUQ 2F6PA 1A54A 4KCCA 2HXWA 2HAUA 1UQWA 3Q25A 3A09A 5CMMA 2DS9A 1US5A 4GLIA 1EZOA 4GL8A 2I0BA 3CHGA 2FYIA 3TODA 1PB8A 1H44A 1SI1A 2XXYA 5I2NB 3K1NA 3FVGA 1SI0A 1MPCA 3TTMA 5CBSA 3MC2A 5HM4B 5DT6A 2RCBA 4LUBA 3KSJA 3PPQA 3K6WA 4P0IA 2ZXTA 4G2ZA 4GWOA 3V83A 4ZDMA 1IXIA 4ELRA 4FAJA 4OERA 4M1VA 5TPAB 3MVXA 5FHMA 3W15C 3N94A 2DP8A 3S9EA 2B3FA 4RYAA 4G8MA 4LZ7A 4LQ5A 1YPNA 4LA9A 1H3DA 1MQDA 4OEVA 4KYSA 4EXKA 4MLVA 1Y20A 3MWBA 1ZBMA 3BKIB 4OXVA 4KI0E 1IQ7A 3LR1A 4NTLA 4BDOA 3C32A 2QSXA 5DEXB 2Y7WA 3OSRA 2Q8JA 5DYHA 4HCYA 1N3XA 1HSEA 2OWSA 2XX9A 4ELOA 1Y3NA 1LCFA 3HO7A 4MFIA 3PV0E 4KYDA 3WAFA 1FTMA 3MBPA 3MQ9A 1MQIA 3VVFA 4NF4B 1GVCA 4I9DA 5I59B 2IA4A 1MQGA 3DRFA 2RINA 4F3GA 4G8NA 3G3IA 5FTHA 3RY3A 3IOWA 5AA3A 1POTA 3FJMA 4YICA 3MJNA 3VV5A 3SETA 2QJEA 1BKAA 3LSFB 1M5CA 1JQFA 4GIZA 3PUWE 1Y3PA 3Q29A 1JNFA 1UTHA 1B4HA 3C33A 1A7LA 4G68B 1HSLA 2NWJA 3PD9A 1B7UA 4KYEA 2AL4A 3PGFA 2REGA 1MPDA 1B3HA 2VGQA 4OETA 4ND9A 4F1UA 4F3PA 2Y7RA 1A8EA 1ZMGA 3A3UA 4OZ9A 2QMWA 1ZKBA 3FZVA 2XX7A 3T93B 1B6HA 1QKAA 2OJTA 5FHOA 1ELJA 1SQYA 5M2VA 2XXXA 1DTZA 1NMUA 3N6TA 1B4ZA 3CG3A 1TXFA 1WVJA 4IB2A 3FGSA 4XKPA 1B51A 4C0RA 2B3BA 3VVEA 4QFKA 4N13A 5H8NA 3SESA 1IXGA 1N76A 1II5A 1MG1A 4DCYA 3TQLA 4ZZEA 3O6PA 3UA8A 1AH5A 4XKQA 3S9LC 2RC8A 4DDDA 1VE4A 5EYFA 1JETA 4NE4A 2I4BA 3KEIA 4QF9A 3K0VA 2G93A 1P1QA 4F3SA 2XXRA 3S2VA 4FORA 3IX1A 3IB1A 4YZZA 4OFJA 3K4UA 3FJ7A 3HSTA 2O84X 2O6AA 3EHTA 1XC1A 4QSDA 1DSNA 5DEXA 1XS5A 4QHQA 3RLFE 3ZS6A 1B0LA 5FHNA 5H8FA 5JEIA 3H6TA 1B1HA 1AL3A 1Q1KA 1SW4A 2X26A 2OWTA 2H5YA 3TFLA 2Y7PA 3EN3A 2XXVA 3U94A 2V3UA 3KFMA 1SD3A 1Y4TA 3CI8A 2P2AA 4R6KA 2F7CA 1B9JA 4IO6A 4XTCQ 3RGYA 3DELB 2XXPA 1ZTYA 3VDFA 5TU0A 2R9JA 1A55A 3VFJA 2DWHA 1TFDA 4X1BA 1FQEA 1QUIA 4NF6A 2OZZA 2XXQA 5LOMA 5I2KA 3LSWA 3OENA 1MXZA 3RQTA 4PFTA 4R2FA 3RUMA 1MH3A 2PT2A 1QKBA 3T9UA 3TAJA 3TCFA 1A99A 1Y1ZA 2Q2CA 3PPNA 4H8JA 2HZLA 3FIRA 1LAGE 4BDMA 4ESXA 3PMWA 2XD2A 4N07A 2QS2A 4Q5TA 1GGGA 1HSJA 1MY0A 3OO6A 3MZBA 3AXFA 2P0SA 2PMSA 5H8QA 4YMBA 3ODBA 1SW1A 4PQJA 3FV2A 4YKPA 1IIWA 5CMKA 3H4ZA 3W9VA 5H8SA 3TCHA 2KLFA 4H6DA 4H65A 3SEWA 3LC8A 4R73A 3BBRA 4PP0A 1B7ZA 4L17A 1T0KA 4I1DA 3IK6B 3KOSA 3QYTA 3TCGA 1FQDA 3MVZA 1OQHA 2I48A 1LAXA 5AA1A 2REJA 4XXUA 4LATA 3TKDA 3VXCA 4PFWA 3TTRA 4OVJA 3JZJA 1AOVA 1I6QA 2Y84A 1MRPA 3SEYA 2O68A 1TT1A 4G8HA 3MUQA 1R9LA 4RNSA 1R6ZA 4BDLA 3EHSA 2GRVA 2I6EA 3MW0A 5K2XA 1YTVA 3H06B 4HS7A 2RF1A 1DOTA 4ZE9A 4ZEKA 4X48A 3H3GA 4JWXA 3DM0A 5AA2B 3IO6A 4HCWA 1H43A 2VD2A 4GF8A 1EU8A 4KQPA 3QK6A 1ATGA 3K6XA 2O7IA 4U4XA 1UTHB 1OQGA 2UVJA 4F3BA 2ZYKA 3TTNA 4F1YA 1IXHA 4U1ZA 3O9PA 3KBRA 3RTWB 2D3IA 4DE8A 1MXXA 4X9TA 3LSXA 4DXUA 4O3BA 3FXQA 2H25A 2I0CA 1LBCA 1NFTA 3MPKA 4DCXA 3G3KA 3USDA 1IXCA 2ONKE 3LSLA 4YKJA 2ZNTA 4ESWA 1MY1A 4OEUA 4OMBA 4YB6A 1MY3A 4LQ2A 1SDXA 3KG2A 5HPQA 1US4A 2Z8EA 1N84A 3TTLA 1B5JA 3O97A 3KN7A 1FTLA 4R2BA 1MQHA 5AA2D 5H8NB 3C31A 1AMFA 2IEEA 4KPTA 1NNFA 3VLUA 4GOTA 4U4SA 5KCJB 3S9NC 3GLBA 4FATA 4AB5A 3ILTB 4F19A 4AB6A 3UIFA 4ZEDA 2ONRA 4MLQA 4F18A 4ECFA 2HCAA 5BUUA 4X1DA 4IO5A 4KD5A 4O3AA 1B1XA 3DRKA 2NVUB 2Z8DA 3VLWA 2Q9TA 4IO3A 2O1MA 3HPIA 1OLAA 2PT1A 4IO2A 1BLFA 2O51A 2ALUA 5H8FB 3D4GA 1M5DA 2P1SA 5B70A 1SYHA 2F35A 1ZU0A 5IKBA 2ZYMA 2DYXA 5DVIA 2Z23A 3LBSA 3UGWA 4EDPA 3E3KA 2NUVA 1PBPA 1NH8A 1SW5A 2YLNA 3FVOA 2HAVA 5AA2A 2VOZA 1I6AA 4ZECA 4GXSB 1VR5A 4BLAA 2PVUA 2ZNUA 2DXYA 4OFLA 3SEXA 2F7AA 4ZE8A 4NF6B 4C1UA 4DLDA 1MM7A 1D4NA 5I2KB 1H76A 1D3KA 2V93A 1USYE 2DVCA 4KCDA 3SDFA 2E0SA 1AIVA 3DLNA 3P7IA 1MY4A 2B65A 3T66A 1SBPA 4G77A 4GFRA 3FJGA 4DXCA 2QPQA 4ELQA 3CRBA 4RPNA 3S9MC 3RYAA 2NXOA 3SEVA 3I6VA 3V89B 1EZPA 1M5FA 2QS4A 5TP9A 2RC7A 2B4MA 1GTKA 2I3VA 1OVBA 2UVIA 5KDTB 2O69A 2DOJA 3OXNA 5DTBA 3G3JA 1WODA 3DRIA 4OYVA 5H8QB 3U72A 3ZKKA 1LB8A 1LSTA 3THIA 2F7BA 4XKRA 3O6HA 2XHDA 2QS3A 4JSDA 3H7MA 3PPPA 1IZ1A 4EUOA 3MPLA 3PPOA 3VLVA 3ZKLA 3EF7A 2ONSA 2X7PA 5KCJA 5L9SA 4PFUA 1B58A 3MAMA 3E9XA 3MVWA 1DTGA 4GD5A 3N5LA 4P0GA 1JEUA 1UTBA 4OFOA 3DRJA 1NL5A 4H5GA 2WOKA 5CC2A 3C36A 4RJZA 3TDJA 1FTJA 4POXA 3FXRA 3ECRA 4F39A 3HN0A 1TFAA 1NH7A 2Z8FA 3KOTA 1P99A 1I6BA 2XXWA 2QRYA 3LVUA 1P1NA 1XT8A 4IGRA 3RYBA 3IR1A 4XIGQ 3B6TA 3CIJA 1L5TA 1H45A 1JVYA 1ZIUA 1N0TA 1BIYA 1SVXB 4MF3A 1URDA 4H8IA 3R26A 3VVDA 4LZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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