4JSDA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaribiose
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 212
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsdA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsdA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsdA02
3T9HB 3Q29A 3TELA 2Z22A 1MQJA 2PT1A 5AA2D 4IB2A 4M4GA 3MQ9A 3HPIA 4FJPA 2DQVA 4Q30B 1EZPA 1N3XA 4KFQA 1NH8A 2VOZA 3SEVA 1MY0A 3G3GA 2YLNA 4EUOA 1LGBC 5IAIA 1JQFA 1JVXA 1M5FA 3MC2A 4C0RA 4OYVA 4H5GA 1I6QA 3RN8A 3H3GA 2XHDA 4LQ2A 3FXQA 1VE4A 3LR1A 4UA8A 1J1NA 1B46A 4HCWA 4GF8A 4ZECA 4GVOA 2FYIA 1EU8A 2F35A 4TOZA 3B7DA 1IIWA 2RC8A 3PPPA 3PUWE 1FTKA 4E0XA 3O97A 1PB9A 1ZIUA 3IR1A 3FVNA 1S9TA 2QJEA 1B4ZA 2DXRA 2XXYA 1DPEA 1QUKA 2ALUA 4U22A 2XXXA 1MRPA 3SEWA 4I1DA 2Y7PA 3C9HA 2H4IA 4R74A 1IXGA 3MWBA 3EN3A 3UK4A 3CRBA 5B7DA 1LCFA 1FQBA 2WOPA 1BP5A 4F1UA 3P7IA 5I2NA 1YAEA 1TWYA 1Y3NA 1AL3A 4JSDA 2UVIA 3FV1A 1I69A 1UQWA 3MUQA 3VV5A 5ITPA 2NXOA 3VVEA 3G3FA 3T93B 5H8FA 4ZEIA 1H44A 5I2KB 4TLMB 2NOOA 1MPBA 3FJMA 4X1DA 1MXZA 3LSWA 2O84X 1NMUA 3ZKLA 1R9QA 3D4GA 4H0WA 4Q5TA 1EZ9A 3UA8A 4BDNA 1A55A 1BTJA 2F5XA 2DE3A 3C35A 4IGRA 3L6GA 3FJ7A 3BFTA 1VSOA 1LAHE 2Z8FA 2ZYOA 1XT8A 1O63A 3USDA 3V89B 4YB5A 5TPAB 2ZYKA 1GV8A 1B3HA 1LB9A 3PPRA 1UTHB 5DTBA 4PQJA 2OCUA 5CBRA 1D9VA 1OVTA 4ZEBA 4IY6A 3MVWA 3B6TA 2QL3A 1MQHA 3QUFA 3SEXA 4PFWA 1EH3A 4XKQA 5DVFA 2WOKA 3HO7A 1TFDA 3IL1B 1H76A 4JWXA 4AB5A 2CMOA 5DEXA 4RJZA 2QS2A 4AB6A 2O7UA 2I4CA 4G8NA 2V3UA 4GFRA 3K6VA 3N94A 3W9WA 4BDMA 1YCJA 3H03A 4H5FA 3EF7A 1IZ1A 4RK9A 4LONB 3M3KA 1OQGA 2DWJA 2I3WA 1XVXA 1PEBA 3I5OA 1N04A 3ILUB 3RTFB 2NVUB 5H8HB 1MXUA 5B70A 5AA2A 1R6ZA 5CBSA 5ICTA 2Y7WA 3PUYE 1A40A 1BIYA 1MG1A 1VFDA 2AL4A 2YPNA 4YZZA 2M8CA 3S9LC 2YJPA 3BKIB 4YICA 5LOMA 3LSXA 5AA1A 4ESWA 1Y1ZA 1SYIA 1P1UA 3RLFE 3DP4A 3MZ1A 3RYBA 2Q9TA 1H43A 1N7WA 3SEYA 4OESA 1BKAA 4G4PA 2A5TA 1N84A 5I2NB 3H06B 5FHNA 3GBAA 4BDQA 4ZDMA 4ZE9A 1CB6A 1D4NA 2FNCA 4KYSA 5H8FB 1MPCA 2Z8DA 4F18A 3OO7A 2RC9A 4ELRA 5H8SA 4OQOA 3Q27A 3HHGA 1SVXB 3LUYA 3L6HA 3G7WA 3H7MA 3PMWA 1FTJA 3GXAA 2D5WA 1D3KA 3FVOA 3ONMA 3TTKA 2H98A 4G77A 1FQEA 3I6VA 4RPNA 3RY3A 3A3CA 4DCYA 2NUVA 4GL0A 1OLAA 3FASA 4WXJA 4DDDA 4F19A 4L17A 4YU0A 2HXWA 5BUUA 2HAUA 4M1VA 3VLWA 3K00A 1JW4A 4Z7EA 1B3GA 1AIVA 1URSA 5DEXB 2W7YA 1A8EA 3B6WA 5FHOA 1QKAA 3S9MC 3O6IA 1YTVA 3HCQA 3TYHA 1B2HA 3TKDA 3OMBA 4LZ8A 3QSLA 3U93A 4QFKA 1USYH 4ND9A 4EXKA 3PUXE 1FTMA 3G3KA 2DVZA 3E4RA 5I59A 3KN7A 1ATGA 3MP6A 1P99A 4FORA 3B6QA 1H45A 4GXSB 4F3BA 2P0SA 5AA2B 2THIA 3IB0A 1B40A 4F29A 5I58A 4KYEA 2RCAA 3CG3A 3TODA 3PUZE 1B7UA 4G2ZA 3MP1A 1US5A 2HQ0A 1POTA 4QFNA 2ZXTA 4XXUA 3ZSFA 2IEEA 2OLBA 2A5TB 4UACA 4DCXA 3TDJA 5CMBA 4ISUA 4NWCA 2Y84A 3T22A 3TZAA 3SETA 4P11A 2O1LA 4DXCA 3FXUA 1JNFA 3FD3A 1NNTA 1SD3A 1M5BA 2X26A 4OZ9A 3OO8A 1Y4TA 3U8QA 1QKBA 4ZEKA 4JDFA 3MZBA 3LBSA 3AXFA 3TCGA 1GGGA 4U4SA 3DRHA 4IY5A 1PB7A 3HHFA 1WDNA 4PE5B 3TTRA 3C34A 3DRIA 1H3DA 4RNSA 3OSRA 4TQUQ 3OENA 3R6UA 2FA7A 2REGA 1KWHA 2AIXA 4PP0A 4MF3A 1FQDA 1MXWA 3CFLA 3EHSA 2Y7IA 3H6VA 2H25A 3PAMA 3S2VA 4QRZA 2V3QA 2HZKA 4G8MA 1R9LA 1N3WA 3DELB 4PETA 4NTLA 4OFLA 2F34A 3C31A 4EQ7A 4FAJA 3OSQA 2BJJX 3U94A 4U23A 2GH9A 3R26A 2UVGA 3CR9A 5L8DA 4YKJA 3O6PA 1OQHA 5I59B 4QHQA 1Z7NE 3W15C 4OEVA 3DRGA 4H8JA 3VXBA 2R6GE 2B3BA 1MY4A 1O64A 2QSXA 3PPQA 1IQ7A 1MQIA 3RGYA 3FJGA 5I58B 3TPAA 1XVYA 2V3TA 3VE1B 1P1NA 1AMFA 4NMYA 1IITA 2ZNTA 4ELOA 4GL8A 2Q8JA 5J1DA 2V84A 2WOLA 5AE4A 2H99A 3RQTA 4QFPA 2H9BA 3FATA 3IB1A 4POXA 3N6UA 1Y1MA 3N26A 4ELPA 2ZYMA 5H8NA 3H6WA 1N0TA 2XD3A 4BLAA 3K2DA 5I57A 3IAZA 1OMPA 1TXFA 4PFTA 2QRYA 1M5CA 2QS3A 1GR2A 2HZLA 1BLFA 3UORA 3THIA 3KBRA 4FE8A 3LSLA 4AQ4A 1R1NA 5CM6A 4OENA 1M5DA 1LAXA 1LSTA 5JK4A 1UTBA 1PBPA 4GRKA 3MPLA 3TUSA 2NWJA 5ICQA 2DWAA 3BFUA 3KN8A 1L5TA 5HPQA 3OO6A 2DE4A 3QXMA 4HTGA 1EZOA 4OXVA 1NNFA 1Y4CA 1B0LA 3C4MA 2UYFA 5DVIA 1POY1 4LA9A 2DVCA 4ZZEA 1N76A 1MY3A 3FGSA 4OTEA 5EHMA 1SW2A 1JEVA 4F1YA 1Z7ME 4IO5A 3Q28A 2OWSA 2Q88A 4LZ7A 4EQ9A 3K01A 1VFEA 4N6PA 1LFGA 3TQWA 3VVDA 2RKMA 4NF6A 4KD5A 1SQYA 2DP8A 4JWYA 3SEUA 2AYSA 2QPQA 3EHUA 3QYTA 2R9JA 5BWJA 1S7YA 1FCKA 3K6XA 1B3EA 2ZNUA 2DE2A 4F39A 1CE2A 1IXIA 4F3SA 3A09A 3QK6A 4F31B 4JB7A 4H65A 4FIMA 3CG1A 2PBWA 2QMWA 3C33A 4DXBA 1B5JA 1DSNA 3K1NA 3ZS6A 3PD9A 3WAEA 2UVJA 4ELQA 4BDLA 1DMBA 3S4UA 2HFBA 1SBPA 2OK2A 4G68A 1TFAA 4ZEFA 1LFHA 3QUJA 3UN6A 2O1MA 4P0GA 4ZZAA 2RINA 2X7QA 3T96B 4DIGA 3T66A 1B32A 1MM7A 1XHYA 3V8XB 3E9XA 1US4A 3FTOA 3DP6A 2X7PA 3OEKA 3WAFA 1DTGA 5I57B 3O9PA 3H4ZA 3W9VA 3F11A 3M3LA 4R9GA 1A99A 2I48A 3MVZA 4KYDA 5CRYA 3IO4A 4ECFA 5L9SA 2HCAA 1B6HA 1NH7A 1WODA 1S50A 4HCYA 4QSEA 1P1OA 1B58A 3ZKKA 4QSCA 1PB8A 2H5YA 1UTBB 3CFZA 3O66A 1Y3PA 4DXUA 2F36A 4YKIA 4MBPA 2CZLA 1MDQA 1QUJA 1MH3A 3PV0E 3RNNA 1B1HA 5AA4A 3MVXA 4R6KA 4RXLA 4X1BA 3FXRA 4JSOA 1ZTYA 2DOJA 2E0SA 3ODBA 4MLQA 3IO6A 4F22A 4OEUA 3TAJA 2PVUA 3QIMA 1LBCA 2XXWA 2I4BA 5A5XA 4ZS9A 1JEUA 3O28A 2GHBA 2VD2A 2XD2A 1OIBA 4FEDA 3MW0A 1B4HA 4F3PA 1MM6A 4OVJA 4NWDA 1NFTA 1FQFA 5I56A 4TLLB 5CI5A 3O2AA 1TT1A 3IJXB 1VR5A 2DXYA 3DRFA 4N07A 4NF6B 3K4UA 1NNPA 1MXVA 3OELA 1IXHA 4PFUA 3EHTA 2F7BA 3O29A 3TFLA 1WVJA 5F7VA 2VD3A 4H8IA 4XKRA 1HSLA 4JWOA 4WEPA 5I84A 4IO7A 4OERA 4GXAA 5AA3A 4Z0IA 2ABHA 1T0KA 3PPOA 4OHNA 1RYOA 4XIGQ 1LB8A 4R75A 3OD7A 3RYAA 2ONSA 1IXCA 4FEBA 1M5EA 3UGWA 4NE4A 1D9YA 1XC1A 2ZYNA 2F7CA 4G68B 1LCTA 4GOTA 2F97A 3DP8A 4DLDA 4IGTA 1IEJA 4YKPA 2HAVA 1B5HA 3IOUA 3IK6B 5TU0A 3MVYA 3IOWA 3U92A 1A54A 3PMXA 5FTIA 5JTYA 4LATA 3ILTB 2P1SA 2GHAA 3SKPA 3OEMA 3TTLA 1MY1A 1JW1A 4X9TA 1UIUA 1OVBA 2PYYA 3LVUA 2PT2A 1MH4A 4FATA 5IKBA 4WKMA 1URDA 4U1OA 4NF4A 3T9UA 4JBZA 3KN3A 5AA4B 4EXLA 2OWTA 4XTCQ 4MH5A 3KZGA 1Y20A 1MY2A 1SYHA 1Q1KA 3I3VA 2IA4A 2F8DA 2I0BA 2G29A 1O7TA 1MS7A 2DYXA 5A5XB 1NKXA 3BBRA 2O69A 2I49A 4BDRA 4I62A 5ISUA 5I56B 2XXPA 1UTHA 3GBBA 3VDFA 4OWDA 3MZ9A 4RK2A 3LSFB 5F1QA 4R72A 3EPEA 2OZZA 3T9XB 3PU5A 1FQCA 1JW5A 1Y3QA 3FZVA 4LUBA 5FHMA 3QAXA 2XX8A 1B5IA 1URGA 4LVQA 3DM0A 1A7LA 1ZMGA 2QS4A 2DSFA 1MQDA 3JZJA 3MJNA 3N5LA 3MP8A 3CI8A 3O6HA 1NL5A 5HM4B 5H8QA 3OO9A 3SERA 4GWOA 3KG2A 3VVFA 2KLFA 3HV1A 2REJA 4BDOA 3Q25A 4QF9A 4U1ZA 4DZ1A 5H8HA 4NF5A 1QW0A 2B65A 3RTWB 2A5SA 1FW0A 3TTMA 4KHZE 5KCJA 4H67A 1XS5A 2Y7RA 3IOVA 5JTYB 3M3FA 1B05A 1LAGE 3MBPA 4EF2A 4I9DA 2O51A 3U72A 4R6HA 3K6UA 4RPOA 4Q8RA 3RT8A 2Z8EA 4GQOA 4IO2A 3G3IA 2XXRA 2GFEA 1GTKA 4NF4B 3VLVA 1Y9UA 1F9BA 3TCFA 5L9MA 3DLNA 4KQPA 4R2FA 2F6PA 2OJTA 3HN0A 5HBCA 2XXVA 2R71A 1XOCA 3HSTA 3SDFA 3MAMA 2HEUA 2UXAA 1B51A 4G8HA 5FTHA 4IO6A 1UIVA 3FIRA 2ZMBA 4R2BA 4X48A 4O3BA 3MPKA 3E3KA 2G93A 2I3VA 1RKMA 3KSXA 2ONKE 5KZTA 4OETA 4LQ5A 2RF1A 1SI1A 3UP9A 1JETA 3IJOB 4JXIA 2O68A 3K6WA 3K02A 1PC3A 4H6DA 3RPWA 2E1SA 4KR5A 1LAFE 3GLBA 4ESXA 2DWHA 4GLIA 2RC7A 2UVHA 1YPNA 1FTLA 3S9NC 2XX7A 4OFOA 3PMVA 5ITOA 4YAHX 5H8QB 1Q35A 2AL5A 1QULA 5TP9A 5KDTA 3PPNA 1B9JA 1B52A 1DOTA 1ZU0A 3KOTA 2RCBA 5DT6A 3S9EA 4YB6A 3KFMA 4NEDA 1MXYA 2F7AA 2I58A 4RA1A 3CSBA 1A8FA 4H1XA 4NF5B 1MPDA 1IUDA 4GIZA 4C1TA 3KEIA 2VGQA 2DS9A 5KCJB 4F3GA 3KOSA 5H8NB 1I6AA 1HSJA 2XXHA 2B4MA 3TEPA 5K2YA 3RUMA 3OOAA 1ELJA 2XXUA 1B0HA 1SW4A 1N7XA 1JVYA 4MLVA 4C1UA 3CFXA 4I8CA 1RYXA 1GVCA 3OXNA 1QVSA 4PFYA 2XXQA 3H6TA 3TMGA 4K3FA 1AH5A 3G3HA 4NF8A 1LFIA 1ZKBA 2B4LA 1B7HA 5CMMA 2XXTA 3CVGA 4RYAA 4FECA 1ZLQA 4R9FA 1MXXA 1MQGA 4F2OA 3N6TA 3PUVE 4N13A 4QSDA 3O6GA 4LP2B 2D21A 3D4CA 3CSGA 3TCHA 2LAOA 2I0CA 3KJTA 2P2AA 2Q2AA 1B3FA 3TQLA 2GRVA 2V93A 4POWA 4F2QA 2B3FA 5K2XA 4QFLA 2F6GA 3FVKA 5CC2A 2O6AA 3KJ7A 3CIJA 4OFJA 3EQ1A 4HW8A 4ZEDA 1PBQA 4RY1A 4R6YA 3R7XA 2UYEA 1FQAA 4R73A 3V83A 4KPTA 3FUZA 1II5A 2PX1A 2QMXA 1SW5A 2ESNA 5EHSA 2F78A 4DE8A 1QUIA 3T9VA 4F1VA 3IORA 1I6BA 1SI0A 3TTNA 3KSJA 4GD5A 3ECRA 3VLUA 3FVGA 4P0IA 3DRJA 3IX1A 3M8UA 2PMSA 4LZ5A 4U2RA 4ONYA 2ANJA 3PD8A 4G68C 2XXIA 3DRKA 2VHAA 5ELVA 5EYFA 3K1MA 1B1XA 4THIA 5TP9B 1LLSA 2V25A 2XX9A 5KDTB 1ZJLA 1DTZA 5DVJA 2ONRA 5CMCA 4EDPA 4O3AA 4OMBA 4EQBA 3RT6B 2WKYA 3Q26A 1NNKA 4MFIA 1AOVA 1B3LA 3JV9A 4KCCA 4Q0CA 3UIFA 3K1PA 3IB2A 3IOTA 1LBBA 1PDAA 1P1QA 4KI0E 4XKNA 4U4XA 4EF1A 3GZGA 4YKKA 3A3UA 2O7IA 1B7ZA 2D3IA 4WEDA 3E13X 1DPPA 5CMKA 5L9OA 3FV2A 5DYHA 4HS7A 4NF8B 3C32A 5JEIA 3KGCA 2QS1A 2DWIA 1ZBMA 1ANFA 3C36A 1SW1A 1USYE 3VXCA 2OBGA 2Z23A 4XKPA 4YB7A 1SDXA 3PGFA 5I2KA 2VP1A 3K0VA 3G3JA 1OLCA 3SESA 4YMAA 3U1OA 4IO4A 3LC8A 2Q89A 3V5AA 2I6EA 4ZE8A 3H6UA 2Q2CA 4U21A 3CHGA 1P1WA 3JYRA 2Y7KA 1QJMA 1FTOA 2ZNSA 1HSEA 3VFJA 1MDP1 5TPAA 4E0WA 4KCDA 4IO3A 4QFOA 4YMBA 4O3CA 5M2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T9HB 3Q29A 3KBZA 3TELA 2Z22A 1MQJA 2PT1A 5AA2D 4IB2A 4M4GA 3MQ9A 3HPIA 3BIGA 4FJPA 2DQVA 4Q30B 1EZPA 1N3XA 1FBHA 4KFQA 4GWSA 1NH8A 2VOZA 3SEVA 1MY0A 3G3GA 2YLNA 4EUOA 4AS5A 1LGBC 5IAIA 1JQFA 1JVXA 1M5FA 3MC2A 4C0RA 4OYVA 4H5GA 1I6QA 3RN8A 5A5LA 3H3GA 2XHDA 4LQ2A 3FXQA 1VE4A 3LR1A 4UA8A 1J1NA 1B46A 4HCWA 4GF8A 4ZECA 4GVOA 2FYIA 1EU8A 2F35A 4TOZA 3B7DA 4P1LA 1IIWA 4MNIA 2RC8A 3PPPA 5IZ1A 5IM2A 3PUWE 1FTKA 5IZ3B 4E0XA 4NHBA 3O97A 1RDXA 1PB9A 1ZIUA 3IR1A 3FVNA 1S9TA 2QJEA 1B4ZA 2DXRA 2XXYA 1DPEA 1QUKA 2ALUA 4U22A 2XXXA 4N81A 2CZKA 1MRPA 3SEWA 2KQZA 5T3JA 4I1DA 2Y7PA 3C9HA 2H4IA 4R74A 1IXGA 3MWBA 3EN3A 3UK4A 3CRBA 5B7DA 1LCFA 1FQBA 2WOPA 1BP5A 4F1UA 3P7IA 5I2NA 1YAEA 1TWYA 1Y3NA 1AL3A 4JSDA 2UVIA 3FV1A 1I69A 3B8BA 1UQWA 3MUQA 3VV5A 5ITPA 2NXOA 3VVEA 1K9ZA 3G3FA 1YZ0A 3T93B 5H8FA 4ZEIA 2F3BA 1H44A 5I2KB 4TLMB 2NOOA 1MPBA 3FJMA 4X1DA 1MXZA 4NGUA 3LSWA 2O84X 4LN5A 5M2VA 3SZPA 1NMUA 3ZKLA 1R9QA 3D4GA 4H0WA 4Q5TA 1EZ9A 3UA8A 4DI3D 1FRPA 4BDNA 1A55A 1BTJA 2F5XA 2DE3A 3C35A 4IGRA 3L6GA 1IMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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