4JSDA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with laminaribiose
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular details of ligand selectivity determinants in a promiscuous beta-glucan periplasmic binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 212
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4jsdA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jsdA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4jsdA02
3HHGA 2QS4A 1FTLA 4YZZA 3CI8A 4OMBA 2O68A 4LZ7A 3T93B 2W7YA 3MZBA 1N0TA 3ODBA 3V83A 5I2KA 2HCAA 1NL5A 3FASA 4OYVA 1A7LA 3TTKA 1LLSA 3PPQA 3MAMA 1FCKA 1N76A 1P99A 4UA8A 4GL8A 3MUQA 3Q28A 2OLBA 4HCYA 2XXUA 3PUZE 1B51A 1ZLQA 1L5TA 3LSWA 3KFMA 4HS7A 3CIJA 4RYAA 5B7DA 3RUMA 5K2XA 1AOVA 3K6WA 1ANFA 1BTJA 1FQEA 3RQTA 1FTMA 1MH4A 1DPPA 1S9TA 4BDQA 3U8QA 3OENA 3OSQA 4E0XA 2H5YA 4RK9A 2XXRA 4AQ4A 3KBRA 3CSGA 1BLFA 2QPQA 1FQBA 1EZOA 4H1XA 3TKDA 3IK6B 2V93A 4O3AA 1AMFA 1JW4A 2V3QA 4PETA 4EUOA 4WEPA 4ECFA 2F7AA 4RNSA 3BKIB 5FHOA 1R9LA 2PX1A 4R9FA 3W9VA 3B6WA 5A5XB 2ZYOA 5ELVA 4DIGA 3KSXA 3MJNA 4P0GA 3H6VA 5IKBA 4WKMA 3DRHA 3A09A 4POWA 4OERA 4YB6A 1PC3A 3R26A 4PFUA 1BP5A 2RC7A 3CFXA 1NNFA 4R74A 2IA4A 2LAOA 4GIZA 2PYYA 3R7XA 3LSFB 5H8FB 3MVWA 3UIFA 5H8SA 4G8NA 2B4MA 1FQAA 3PAMA 2F78A 2R9JA 2F34A 4LATA 3IJOB 2I48A 4Q0CA 1TFDA 3VLVA 4O3CA 2DE4A 3MWBA 3TPAA 3SEXA 3HSTA 4IB2A 2QMXA 4F22A 4JWXA 3TCGA 3EF7A 4IY5A 3I3VA 1MQJA 4DLDA 2XXWA 2GHAA 5I2NA 5CC2A 5I2KB 4R6HA 4R72A 1T0KA 3L6HA 3O6PA 4MLVA 3E13X 4N13A 3QUJA 4AB6A 4BDOA 5I56A 4X9TA 1ZMGA 4OESA 1TWYA 1EH3A 2E0SA 4ELQA 5AA2A 1Y4CA 1F9BA 2O7UA 5HPQA 3TUSA 1I6BA 2H99A 5CRYA 2NWJA 3IAZA 2A5SA 2G93A 1H43A 3FXRA 1S7YA 3TAJA 3FD3A 2PBWA 5HBCA 3E3KA 4KCDA 4U22A 3GZGA 1P1WA 2XXHA 2NOOA 2Z8EA 3IB2A 3TFLA 4KFQA 1H76A 2RCBA 5DTBA 3GLBA 3TELA 5L8DA 3HPIA 3BBRA 1IEJA 1MY1A 2IEEA 1MXYA 4E0WA 2QS3A 5ITOA 3OO7A 3SEYA 1Y9UA 2OBGA 4H8JA 2HXWA 5I57A 3N26A 1PB8A 1QUKA 1JQFA 3U72A 3S9MC 3M8UA 3KOSA 1O63A 1R6ZA 2I4CA 3RT8A 1GGGA 1UIVA 4K3FA 2V3UA 3RLFE 1MM6A 3U92A 4IO3A 3ONMA 4IGTA 4F29A 1GTKA 3IB1A 1PDAA 1ZIUA 4ELOA 1NNKA 3D4GA 1QKBA 3G3GA 2ANJA 1M5BA 5CM6A 4QF9A 3Q26A 1LB9A 4G8MA 3MQ9A 4JB7A 1ELJA 4X1DA 3SERA 2WKYA 1MS7A 5EHMA 4PP0A 4H5FA 2HFBA 1Q35A 2DP8A 2M8CA 1A55A 4M1VA 3CSBA 5CBRA 2F5XA 2F7CA 4EDPA 3U94A 3VXCA 2O6AA 5FTIA 5I2NB 3S2VA 3B7DA 4P11A 3KSJA 1RYXA 1Z7ME 4ZEBA 3UN6A 1EU8A 5I56B 1YAEA 4I9DA 4OFJA 1A54A 4XKQA 3IO4A 2P1SA 1TFAA 1LB8A 2R6GE 3O6HA 3OD7A 3TZAA 5AA2B 5DYHA 2Z8DA 2VOZA 3M3FA 4YB7A 4LP2B 2ONRA 1QUJA 3HHFA 4GXAA 3LUYA 5TP9A 2I6EA 2GRVA 1MM7A 4HW8A 3IB0A 1R9QA 4KYEA 2VGQA 3C32A 3O6IA 4Q30B 4RY1A 1JW1A 4OZ9A 3K1PA 1WDNA 5ICTA 2PVUA 2Z22A 3O6GA 4ZEDA 3CFLA 3KJ7A 3TQLA 5JK4A 4FATA 2HEUA 1FQCA 3K4UA 1OLCA 3C31A 3DELB 3IX1A 3JZJA 4NF4A 2XX9A 2QSXA 2UVGA 2F6GA 3TTLA 3FV2A 1B7HA 3USDA 5I57B 3PPOA 1LFHA 4OHNA 2G29A 4MH5A 2UYEA 3O97A 2FA7A 3DP8A 3T9UA 4GL0A 3T9XB 3VE1B 1TT1A 4H65A 1SI0A 2I58A 4QFNA 1MQDA 1B46A 3RNNA 4C1TA 3RT6B 3DP4A 1MH3A 2QMWA 1FTOA 5ICQA 4QSEA 1N04A 3TMGA 3FUZA 2XXXA 4YU0A 3SETA 1LAFE 4RXLA 1LSTA 3C4MA 4HCWA 4KI0E 4JWYA 4ZEFA 3K00A 3RTWB 3ZSFA 1OQHA 4R75A 3IR1A 3R6UA 5M2VA 1B5HA 2WOKA 1NMUA 3FV1A 1D9YA 1IIWA 4U4SA 3SEWA 3C36A 1MRPA 3G3KA 4ND9A 2Q8JA 1PEBA 4YKPA 4LQ5A 5BUUA 2Y7KA 1B3EA 3G3IA 4R6YA 3TQWA 2REGA 2RF1A 1B5JA 5CBSA 3PUVE 1RYOA 3DRKA 2HZLA 3UGWA 1I69A 4BDRA 3C34A 3QUFA 3KN7A 5I58A 4ESXA 3CRBA 3N6TA 5EYFA 3RYBA 1OVBA 4JSOA 5TP9B 5I59A 4RJZA 2NUVA 5AE4A 4R9GA 2P0SA 1M5FA 1B1HA 1N7XA 3KN8A 1FTJA 4NTLA 3IOUA 3DRJA 4OETA 4RA1A 1IXCA 3RGYA 3ECRA 3O28A 4XXUA 3MZ1A 2NVUB 1VSOA 3SEUA 1XT8A 4BDNA 3PUWE 1FQDA 3LSLA 1B4HA 3VVEA 4NF4B 1XS5A 3MPKA 5DVJA 4I8CA 4YKKA 2DS9A 3O29A 3S4UA 2AIXA 2AYSA 4Q8RA 3DLNA 3FVGA 4IGRA 1MXVA 4OEVA 1JEUA 3FJGA 3FTOA 3VLUA 2RC8A 2XXYA 3RTFB 4FAJA 1SBPA 3FVKA 3UA8A 4Z7EA 4PFWA 4ZZAA 5HM4B 4LZ5A 4F39A 4ISUA 3K6UA 1D9VA 4ZE9A 3KEIA 2PMSA 4QFLA 1UTBA 3DRIA 3O66A 1D3KA 3RYAA 1IXIA 1GR2A 5J1DA 4XKRA 4XTCQ 1XC1A 1B4ZA 1ZJLA 3FIRA 3QXMA 1B58A 1Y1ZA 3CVGA 1TXFA 3T9VA 1OIBA 2I49A 4JBZA 2Y7PA 2CZLA 4HTGA 1EZPA 4DXBA 1B7UA 3EQ1A 3CR9A 4NF8A 3JYRA 3O9PA 4F3PA 5KZTA 4O3BA 4OXVA 1UIUA 2ALUA 4QSDA 3TEPA 2KLFA 3LC8A 3MVYA 1OQGA 3M3LA 2REJA 3OEKA 1B3FA 3QYTA 1SDXA 4G68A 4EF2A 1JW5A 3B6QA 1URSA 3TCHA 4N07A 5I58B 4IO2A 1JNFA 1B0LA 3MVZA 5KDTA 4DCXA 5I59B 4BDLA 1AIVA 3LSXA 2B4LA 2H98A 4TLLB 1IZ1A 4MF3A 3CG1A 3HV1A 2P2AA 3U1OA 3K0VA 3FJ7A 1SW5A 2DE2A 3SESA 2F7BA 3H6TA 1SW1A 1B5IA 1VFDA 1MXZA 4FORA 1MXWA 5TPAA 3K01A 2XXPA 1D4NA 3VXBA 1PB7A 4OWDA 3FGSA 1VE4A 4UACA 2GH9A 3QAXA 1SVXB 1NNTA 4F3BA 1N7WA 4FEDA 1H45A 1KWHA 1B3LA 4ELPA 3EHSA 1NH8A 3MZ9A 5L9SA 2O1MA 3M3KA 4H8IA 1S50A 5CMMA 3CHGA 3K02A 5CMBA 1B9JA 3TCFA 3RN8A 4ZZEA 2H4IA 2O1LA 3UP9A 4QRZA 1UTBB 1LAGE 2O69A 1AH5A 1P1QA 4ZEKA 1Z7NE 4G4PA 1FTKA 3G3JA 3CG3A 4M4GA 3N5LA 2RKMA 3S9NC 2H25A 3DRGA 2OWTA 1MQIA 2XD2A 1MQHA 4LQ2A 1P1OA 2Y7WA 3H7MA 2VD2A 4NF6A 4ZE8A 4TLMB 1WVJA 2I3WA 4GVOA 4NF8B 1Y3QA 2PT2A 3TTRA 1ZBMA 3MPLA 3C35A 2F35A 4NF5A 1B3GA 5H8HA 3MW0A 1Y3NA 3K2DA 4IO6A 1I6QA 2DVZA 1LFGA 2F97A 5CMCA 1MQGA 4R2BA 1DOTA 3DRFA 1PB9A 4FE8A 4U1OA 1VR5A 3OELA 1HSEA 2RC9A 4G68B 1NH7A 4NMYA 4GRKA 3G3HA 2UXAA 5FHMA 3WAFA 2VHAA 2Q2AA 3PD8A 3H4ZA 4OTEA 1LCTA 4JXIA 2X26A 5KDTB 4JDFA 1WODA 1XVYA 1SW2A 2CMOA 4P0IA 5KCJA 3H3GA 2QJEA 4THIA 1GV8A 1B32A 1A99A 4F18A 3TODA 4QFOA 3Q27A 4R2FA 3U93A 4OQOA 3C9HA 1MY2A 4RK2A 1URDA 1B05A 5H8NA 5TPAB 1P1NA 3FATA 4DE8A 1POY1 3PPNA 2DWIA 3PGFA 4MBPA 3KG2A 4YMAA 4F3GA 3BFUA 4R73A 3EN3A 1EZ9A 1NFTA 4ZEIA 4U21A 3PD9A 2THIA 3MP8A 3S9LC 1PBPA 4F1VA 4GFRA 4L17A 5F7VA 4LUBA 3OEMA 4YKJA 4WEDA 1MXUA 3W9WA 1MPCA 1IXHA 1USYH 4X1BA 4U23A 2VP1A 3N6UA 3TTMA 4DXCA 1N3XA 2F6PA 2Q2CA 5JEIA 1SW4A 3LBSA 4GLIA 1N3WA 1QKAA 1LBBA 5DT6A 4YICA 2XXTA 4NF6B 4GQOA 4EQ7A 2D3IA 1QUIA 2YLNA 3VDFA 4KYSA 1MPBA 4F31B 4KCCA 2Z8FA 2X7QA 3QK6A 1M5EA 1MY4A 1P1UA 1DPEA 2ZXTA 4H6DA 5H8HB 4NF5B 1IUDA 2ABHA 4AB5A 2QS1A 2QRYA 5LOMA 5ISUA 4EF1A 3OO6A 2ZNUA 4RPOA 2A5TA 4QHQA 4MFIA 3PPRA 3HN0A 2AL4A 4N6PA 3PMVA 1II5A 3K1NA 2GFEA 3H6UA 2XXVA 1MY3A 1YPNA 1AL3A 4H67A 3PPPA 2V84A 3AXFA 2B3BA 5TU0A 4LZ8A 3EHTA 5CMKA 5H8QA 1QJMA 2ZNTA 4ZS9A 3PUXE 3PUYE 3ILUB 3RPWA 4MLQA 4RPNA 5KCJB 3GXAA 2YJPA 3MP6A 4EXKA 3MP1A 3DP6A 4EQBA 3IL1B 3ZKKA 4F2QA 2ZYNA 2O84X 4FJPA 3N94A 1YTVA 2HQ0A 4NEDA 3OOAA 2QL3A 4G2ZA 5H8NB 4IO4A 2O7IA 2UYFA 5IAIA 5FHNA 3OXNA 4LVQA 4U4XA 2OCUA 3OSRA 2HAUA 2DYXA 4KYDA 4GWOA 3IOWA 2XHDA 4YKIA 1FQFA 5AA4A 4ONYA 2DQVA 2H9BA 2ZMBA 2ZYMA 2DXRA 3I5OA 4DXUA 4X48A 1VFEA 1SYIA 4OVJA 1US4A 4FECA 4QFKA 1H3DA 2Q9TA 2OJTA 1MPDA 4U1ZA 3QSLA 1QVSA 1XHYA 2DE3A 3KOTA 2FYIA 2PT1A 3F11A 3GBAA 1JEVA 4LA9A 3MVXA 1QW0A 1LAHE 3W15C 1MDP1 4KPTA 4F1UA 2Y7RA 1SYHA 1DMBA 3FJMA 2ZNSA 4ZDMA 2RINA 3KGCA 3P7IA 4R6KA 4IO5A 2VD3A 1PBQA 2XXIA 4U2RA 4YAHX 4OEUA 1OLAA 4XKPA 3IOTA 3K1MA 1LFIA 3KZGA 2X7PA 2D5WA 4H5GA 5DVFA 2O51A 1LBCA 3A3CA 2Y7IA 1DSNA 4JSDA 3KN3A 1IITA 3FVNA 2UVJA 3T66A 5I84A 2A5TB 2I3VA 5L9OA 1UTHA 2GHBA 1SI1A 1LCFA 3C33A 1CE2A 1O7TA 1YCJA 3OMBA 3VV5A 3V8XB 2UVHA 1LAXA 4NWDA 4OFLA 3TTNA 3QIMA 5H8QB 3B6TA 3D4CA 1Y4TA 4TQUQ 4OENA 4PFTA 3GBBA 3CFZA 3RY3A 3IOVA 4EQ9A 1URGA 2UVIA 4KR5A 2DWJA 1DTGA 5DEXA 4ZECA 2RCAA 3MBPA 4F3SA 1CB6A 2BJJX 3FXQA 1GVCA 1ZTYA 3FVOA 5DVIA 2B3FA 2DWHA 5EHSA 4GOTA 3IORA 3ILTB 4OFOA 2Q89A 5AA4B 1M5DA 3IJXB 1DTZA 2Z23A 2HAVA 3VVFA 4F19A 4TOZA 1B2HA 2Q88A 1FW0A 3PMWA 2F36A 3HCQA 3UORA 1ZKBA 3Q29A 5AA2D 1NKXA 4KD5A 4WXJA 1LGBC 3MC2A 5AA1A 1UQWA 2ESNA 2I4BA 4GD5A 5K2YA 1SQYA 3UK4A 2NXOA 1XVXA 3HO7A 2R71A 1USYE 3H6WA 2OZZA 4YB5A 4I62A 2DSFA 4C1UA 5JTYA 4QFPA 4I1DA 4QSCA 4DDDA 1B7ZA 1MDQA 4PE5B 4G77A 1B0HA 4BLAA 5AA3A 1US5A 4G68C 4PFYA 2I0CA 4KQPA 1A8EA 1IQ7A 3EPEA 3WAEA 3LR1A 4GF8A 3FXUA 3VFJA 4Z0IA 1A40A 2DVCA 2E1SA 1O64A 1UTHB 2OWSA 3VLWA 5ITPA 3ZS6A 1BKAA 1N84A 3V89B 2WOLA 1ZU0A 3SKPA 3E4RA 4DCYA 2ONKE 3VVDA 3THIA 1JVYA 3O2AA 3PMXA 3PV0E 1BIYA 2QS2A 4NE4A 4YMBA 3H03A 1Y3PA 1M5CA 1JVXA 4C0RA 2HZKA 1J1NA 3K6VA 4BDMA 4IY6A 2F8DA 4LONB 5BWJA 3TDJA 1XOCA 2D21A 3V5AA 5DEXB 2ZYKA 4EXLA 3OO8A 2FNCA 1H44A 1JETA 3IO6A 3JV9A 1NNPA 5F1QA 4F1YA 2OK2A 4DZ1A 4FIMA 5CI5A 4Q5TA 1QULA 1A8FA 1MY0A 4JWOA 1ATGA 2V25A 1IXGA 3T22A 3K6XA 1SD3A 1Y1MA 4FEBA 2XXQA 5L9MA 3T96B 2ONSA 2Y84A 2DXYA 5B70A 3SDFA 1OMPA 4XKNA 1POTA 2WOPA 2DWAA 4KHZE 3SEVA 3L6GA 1RKMA 5A5XA 4PQJA 3DM0A 1Y20A 2YPNA 3G3FA 2XX7A 5FTHA 5JTYB 1B3HA 3S9EA 4ESWA 2I0BA 3E9XA 3T9HB 4F2OA 3PU5A 3OO9A 1R1NA 3FZVA 2XD3A 2DOJA 2V3TA 5H8FA 3H06B 4ELRA 1HSLA 3I6VA 4GXSB 4G8HA 1Q1KA 4IO7A 3BFTA 3ZKLA 4XIGQ 3LVUA 2B65A 4NWCA 3KJTA 1MG1A 3Q25A 2AL5A 3A3UA 4POXA 4H0WA 3G7WA 1B40A 1HSJA 3EHUA 2XX8A 3TYHA 1OVTA 1B52A 1MXXA 1B1XA 1B6HA 1I6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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