1BTJA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe, apo form, crystal form 2
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Ligand-induced conformational change in transferrins: crystal structure of the open form of the N-terminal half-molecule of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 94
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1btjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1btjA02
3I6VA 1LBCA 3TTRA 5CBSA 1DPPA 3W9WA 3Q25A 5L9OA 4QFKA 3JV9A 5I2NB 4ZE8A 2RKMA 1WODA 2BJJX 3H6VA 1B05A 3VXCA 4H5FA 5ICQA 2B65A 2F34A 3O97A 4DCXA 2RINA 5I84A 1NKXA 3S2VA 3TQWA 2O7IA 3OSRA 1A55A 3QUFA 2OZZA 1R9QA 1UIUA 2I4BA 1MQJA 3N26A 2OCUA 3GBBA 4F3GA 1JVXA 2O68A 1EH3A 2RC7A 4F3BA 4R9GA 2ZNSA 1NNFA 3SERA 2I0CA 3IR1A 2RCBA 3R7XA 4U21A 2H99A 4XIGQ 4KYEA 4X1DA 4U4XA 2PVUA 4JSOA 4OERA 4PE5B 4G4PA 1MDQA 4GQOA 3PPPA 1SW5A 3U8QA 3MJNA 4NF6A 1CB6A 4OEVA 2F78A 4QSEA 5HPQA 1TFDA 1B2HA 1SQYA 4KFQA 2FNCA 2O1LA 2NOOA 4OFOA 4IO2A 3RY3A 1Q1KA 1SW2A 1QUJA 1I6QA 3ILUB 3B6TA 1RYXA 2G93A 2Q89A 3B6QA 3IB2A 4BDNA 2I4CA 4YMAA 3TZAA 4G68A 3K6UA 2HCAA 3QSLA 2DE2A 1A8EA 3K01A 1LAFE 2H5YA 2R9JA 4NF6B 1OLCA 1URSA 3PPQA 2A5SA 3TAJA 3O6IA 2XXUA 4Z7EA 5JTYA 2Q88A 4MLQA 2PMSA 4UA8A 5FHNA 1TWYA 3AXFA 3H4ZA 3A3CA 4OQOA 4YKPA 3V8XB 1MH4A 1PB7A 1LAXA 2HQ0A 3Q26A 5AA2D 2V3UA 5AA2B 2F7CA 2GH9A 3TELA 1JVYA 3MP6A 4G68B 4RYAA 4MFIA 3R6UA 3SETA 5LOMA 2XXHA 3M3KA 3K2DA 3QUJA 3KG2A 3LBSA 2F36A 4ZEIA 2NWJA 1VE4A 5K2YA 4M1VA 4KHZE 4F22A 1BTJA 2VP1A 5M2VA 5TPAB 2PT1A 5JTYB 1KWHA 2Z8EA 5ICTA 1B9JA 5I59B 4JSDA 3H6TA 4H5GA 4RNSA 4R74A 2DVCA 1B40A 4YZZA 4FEDA 2VOZA 4ZECA 1Y4CA 3HV1A 2ZXTA 3VE1B 3D4GA 3S9NC 4YB5A 1FTMA 3KGCA 1PBQA 4EQ7A 1TT1A 3PMVA 2F6GA 1Y3PA 4FEBA 3OENA 2UVJA 1MDP1 3K00A 1Y20A 4QFNA 4EQBA 1JQFA 1OQGA 4K3FA 2DWHA 1B3GA 1AL3A 2RC9A 1M5EA 1Z7NE 3OO7A 1R1NA 4NF8A 5L9SA 3H7MA 1DTZA 1H43A 5CC2A 4HW8A 1D9VA 2ONKE 1SYHA 1MS7A 1MQHA 4JWYA 2IEEA 2XX7A 1IITA 2QS4A 1US5A 4NE4A 4U2RA 2CMOA 4ZEBA 1O7TA 2YPNA 5K2XA 3S9MC 3OMBA 3A3UA 4ZEFA 5H8SA 1RKMA 1AOVA 4JB7A 1A54A 1PB9A 2B3BA 4PFUA 4G8MA 1IQ7A 4O3AA 3Q28A 1XVYA 1SYIA 2AL5A 3ILTB 2HZKA 1SI1A 4ZZAA 3RUMA 3RN8A 4PFTA 5BWJA 4RY1A 2Z22A 2VD2A 3T93B 3F11A 3KOSA 3OEKA 3VVDA 1IXHA 2NUVA 1OMPA 3U93A 1UTHB 1N76A 3PUXE 3OO9A 4HCWA 2NXOA 3CG1A 1D4NA 2AYSA 1M5BA 1CE2A 4H65A 4DXCA 2V84A 4OXVA 1A99A 5FTHA 4LQ5A 2LAOA 1A40A 3H6WA 2XXVA 2X7PA 3FD3A 3FXQA 1QULA 4C0RA 4PQJA 3PU5A 4OETA 3MP1A 4ZZEA 2UXAA 2W7YA 4YKIA 3T9XB 1BP5A 2QS1A 4DXUA 1ZJLA 3OSQA 3LSLA 1EZPA 1H3DA 2Y7IA 4QRZA 1MXVA 2UYFA 1US4A 2DE4A 5FTIA 3CVGA 1OVTA 1LB8A 3CSBA 3IJOB 2DXRA 3IAZA 3CFXA 4LZ8A 3CFZA 4XKQA 3QK6A 4R72A 4OZ9A 4GD5A 1NNKA 4G8NA 1Y1MA 3TPAA 3HHFA 1A7LA 1QUKA 4AB5A 3HN0A 1YTVA 4U1OA 1B0HA 1OQHA 1MY2A 2A5TA 1NFTA 3O6GA 1H45A 4FIMA 2Z23A 2DWJA 2Z8DA 3SEWA 2O69A 1BKAA 1MRPA 2XXIA 2XXQA 1AMFA 4YKKA 4F2OA 4Q0CA 3LR1A 3LC8A 4OESA 3I5OA 1N7WA 4BDRA 1N7XA 2HAVA 4JDFA 4HCYA 1M5FA 4AQ4A 5DVJA 4ZS9A 1MXWA 3SEUA 3TQLA 4ZEKA 4JBZA 3MBPA 4XTCQ 3K02A 4IY5A 2ONSA 1IUDA 3VVEA 3U1OA 2XXWA 4NEDA 5CMKA 2F5XA 2ABHA 3DP4A 2Y84A 3QXMA 1IIWA 4E0XA 3K6WA 1XHYA 2V3QA 2PT2A 1ANFA 5H8FA 1BIYA 4GIZA 5DVFA 1USYE 1NNTA 4ELOA 4QF9A 1FW0A 1BLFA 4RA1A 2XXPA 4FAJA 2ESNA 4H1XA 3OEMA 3FATA 1VFDA 1LGBC 2QJEA 3O29A 4KCCA 4KD5A 3OXNA 3FIRA 1YAEA 4F29A 5L8DA 4ONYA 2GHBA 4LATA 3SEXA 2HXWA 3VLVA 2ANJA 4YMBA 2E0SA 3T96B 1ZTYA 4G68C 3TTNA 4OENA 2VHAA 3FJ7A 2OLBA 4C1TA 2X7QA 3W9VA 5H8FB 1I69A 2V93A 1MM6A 4X1BA 1WVJA 1SBPA 3MVZA 4MLVA 3TYHA 4TLMB 3DLNA 1GGGA 3PUZE 4GVOA 1SD3A 5CMCA 1ZMGA 3UGWA 4NF4B 2CZLA 3CG3A 1SVXB 4TQUQ 3FUZA 2V3TA 1GTKA 1P99A 5AE4A 4U1ZA 1VFEA 3HHGA 4GF8A 1OIBA 4YICA 4FORA 3K6XA 2DYXA 3RPWA 3CR9A 4I1DA 1I6BA 5AA2A 2KLFA 2DWIA 1FCKA 1N84A 4RPOA 1M5DA 1LSTA 1XS5A 1L5TA 1FQDA 3IORA 1DSNA 3VLUA 2DS9A 2FA7A 2H25A 4PFWA 4MF3A 5JEIA 3H03A 3S9EA 2ZYNA 3THIA 4IO3A 4X48A 5I57A 4F3SA 3T22A 2P1SA 3MQ9A 5TPAA 3U92A 1IXCA 3KN3A 5H8QA 1YCJA 1R9LA 4LZ7A 1B5HA 4RK2A 5I59A 5HM4B 2ZYOA 4POWA 4G77A 4JWXA 1PEBA 3DM0A 3PPRA 2XX9A 3QIMA 1LB9A 1Q35A 3KN8A 3MZBA 5ITPA 4RXLA 4NTLA 4OFJA 4DZ1A 4OTEA 3FJGA 4RPNA 1FQFA 1D9YA 3PPOA 3SESA 1JNFA 3KFMA 4DIGA 5JK4A 1POY1 4JXIA 1EZOA 4YB6A 5I57B 3N6UA 4GFRA 1VR5A 1Z7ME 3PMXA 1LAHE 1N0TA 5B7DA 1QVSA 4I8CA 3VDFA 3W15C 5H8QB 3BKIB 1Y1ZA 5ELVA 5TP9B 5J1DA 5CRYA 4QHQA 1B58A 3PUWE 1ZIUA 2I58A 1MXYA 1P1NA 3EQ1A 2ZNTA 2M8CA 3OO8A 4ZE9A 1TXFA 4ESWA 1MPDA 1JW1A 1YPNA 3FVNA 5IAIA 4DE8A 2O84X 1UTBB 4NWDA 3KJ7A 2OK2A 5A5XB 5H8HB 4TLLB 2O51A 1EZ9A 5H8NB 4BDQA 5L9MA 3ODBA 2HZLA 3IOWA 4Q30B 5CM6A 4DLDA 1OVBA 3CFLA 4G2ZA 3B6WA 3FV1A 1UTHA 3FVOA 1VSOA 1Y3QA 1SI0A 2I3VA 4KCDA 1F9BA 4BDOA 4QFPA 4HTGA 3PUVE 3A09A 4WEPA 4Q5TA 3EPEA 1FQCA 2O6AA 5BUUA 2H4IA 4R2FA 5KDTA 4TOZA 3FV2A 1GVCA 1ZBMA 1S9TA 4KR5A 1FTLA 4YU0A 1B0LA 1JETA 5EYFA 1D3KA 3E4RA 3ECRA 2DP8A 4RK9A 2ZNUA 4IGTA 1P1UA 3MVXA 2PBWA 1NH7A 3GLBA 1I6AA 4HS7A 3SKPA 2YLNA 4OWDA 1PBPA 1UIVA 3FZVA 4EF2A 2I3WA 1LFHA 3QYTA 4DCYA 5KCJB 4LP2B 1JW4A 4IO4A 3HCQA 3TTLA 3RTFB 4N07A 2VD3A 2DOJA 2F7BA 1MQIA 3V5AA 2DQVA 3EN3A 3LUYA 5KDTB 1MQGA 1MXXA 4WXJA 3H6UA 4IO7A 3S4UA 1LFGA 1IXGA 4IY6A 1IEJA 3SDFA 3KEIA 1O63A 2F6PA 4YKJA 2RC8A 2UYEA 3EHTA 4DXBA 4FECA 2ONRA 4H67A 4LUBA 5DTBA 3C34A 3K1PA 4POXA 1AIVA 5TU0A 4AB6A 4P0IA 2AIXA 2HAUA 3IB0A 4BDLA 1P1WA 4H8IA 4WKMA 1J1NA 1LCFA 4RJZA 4ZEDA 1B7HA 2F35A 2PYYA 2Q2CA 2QMWA 4NF5A 4R9FA 4MH5A 3PMWA 3I3VA 1B3LA 4MBPA 1LBBA 3K1NA 3L6HA 3K4UA 4DDDA 2Y7RA 3HPIA 2X26A 4EQ9A 1B51A 5FHMA 1MY4A 2QSXA 3H06B 5I58B 1B46A 3TDJA 3UK4A 3KBRA 3O66A 3VV5A 1N04A 1JEVA 4GLIA 4F39A 3KSJA 3GXAA 4F1UA 3IJXB 3U72A 1LFIA 3E9XA 2QL3A 1MXUA 2Q2AA 5AA4B 4I62A 4LZ5A 3MPLA 5CMBA 4NF5B 4P11A 3SEYA 4R6KA 3VLWA 2I48A 2QRYA 1DPEA 2XD3A 4H6DA 2XXXA 4YB7A 3TCGA 1AH5A 5F7VA 3QAXA 3KN7A 4LA9A 3G3GA 2OWTA 5EHMA 2DXYA 3S9LC 3TODA 1B4HA 4WEDA 3UP9A 3K1MA 4NF4A 2V25A 2GFEA 4GXAA 4EXLA 3N5LA 3BFUA 3OELA 1XOCA 1ELJA 3LSWA 4R73A 2F8DA 3WAEA 1A8FA 2XHDA 1S7YA 4QFOA 1B3HA 3IK6B 1QW0A 1MPCA 1II5A 2GHAA 3UIFA 3OD7A 3FXUA 3M3FA 3HSTA 3CIJA 3C33A 1ZLQA 5DEXB 2O1MA 4NWCA 2ZYMA 1NL5A 2HFBA 2UVGA 1LAGE 3ZSFA 3O2AA 3PV0E 2REJA 1B7UA 1QUIA 2I6EA 2E1SA 3JZJA 1JEUA 3LSXA 1H44A 1B4ZA 1FTOA 2OJTA 3IOVA 3VXBA 2I0BA 4THIA 3RLFE 4OYVA 3TCFA 4H8JA 4NMYA 3DP8A 3V89B 4R75A 5I2KA 1PDAA 3K0VA 3MAMA 4ISUA 5ISUA 4U4SA 4F2QA 2PX1A 1B5JA 2RCAA 3IX1A 3RQTA 3TTMA 4R6YA 4LQ2A 5F1QA 1PB8A 3USDA 4GWOA 3CSGA 2Y7WA 3KOTA 3FGSA 4OFLA 1QKBA 1B52A 5HBCA 3MZ9A 3OO6A 2I49A 3UORA 2GRVA 3RT8A 2OWSA 1Y9UA 1LCTA 1SW4A 2YJPA 1ZKBA 3EHUA 3SEVA 3TCHA 5I56A 4GXSB 3N94A 4OHNA 5DT6A 5EHSA 2DVZA 4PETA 4IO5A 2UVHA 5TP9A 3KSXA 3DELB 3VVFA 4GRKA 1ZU0A 1FTJA 1QJMA 3H3GA 4BLAA 1UQWA 5I2KB 4N13A 4F3PA 4JWOA 1N3WA 2O7UA 1DTGA 4FE8A 1R6ZA 1MY3A 3E13X 3MW0A 5AA1A 3LSFB 3RNNA 1UTBA 3TTKA 5A5XA 4Q8RA 4Z0IA 5H8HA 1WDNA 1RYOA 2R6GE 3MVWA 1N3XA 1M5CA 3KZGA 3IO4A 5IKBA 4EF1A 4ZDMA 5H8NA 5I56B 1ATGA 4C1UA 1B1HA 3JYRA 3FVGA 3GZGA 3G3KA 2F7AA 4QSDA 4PP0A 2XD2A 4R6HA 1SDXA 1MY0A 1MH3A 1NH8A 1B7ZA 1OLAA 3P7IA 2OBGA 4GL0A 3HO7A 2G29A 3VFJA 3MWBA 3OOAA 3EF7A 3RTWB 1B3EA 3T66A 3D4CA 1USYH 5CBRA 1FQEA 3M8UA 1Y4TA 4OEUA 2D3IA 4EXKA 1POTA 3MZ1A 1HSEA 3IOTA 1MG1A 3K6VA 5KCJA 1TFAA 1HSJA 4F19A 2XXRA 3U94A 3E3KA 4F1VA 3Q27A 4UACA 1URDA 3M3LA 4LONB 3C35A 2DWAA 4YAHX 3TKDA 2B3FA 2H9BA 2NVUB 2XXTA 4PFYA 2ZYKA 1DOTA 3T9VA 3UN6A 3FJMA 3G3IA 3TEPA 3TUSA 5ITOA 4M4GA 3ZKLA 3G7WA 2H98A 2Y7PA 3C32A 3C4MA 4O3CA 3RT6B 3WAFA 4F18A 4KYSA 1MY1A 3G3JA 1Y3NA 3IL1B 3MP8A 4EUOA 4KYDA 1DMBA 2ALUA 1T0KA 2THIA 4NF8B 5FHOA 3ZS6A 5DVIA 3ZKKA 2P0SA 4XKRA 3BBRA 3MPKA 3O6HA 3V83A 4N6PA 5B70A 4ESXA 2DSFA 3ONMA 2HEUA 1GV8A 3G3FA 3IO6A 3L6GA 2QS2A 2IA4A 2D5WA 3IOUA 3O28A 3R26A 3PD9A 2Q9TA 4G8HA 1NMUA 2ZMBA 4IB2A 5AA3A 2D21A 4IO6A 2REGA 4GOTA 5KZTA 4ND9A 1P1QA 4F31B 3PPNA 4F1YA 1LLSA 1FTKA 3C9HA 4XXUA 1HSLA 4IGRA 1MM7A 3BFTA 4QSCA 4KPTA 5I58A 2WKYA 3TFLA 4XKPA 3UA8A 3TMGA 1P1OA 1URGA 2QPQA 4U23A 4QFLA 4FATA 1XC1A 4GL8A 1JW5A 4KI0E 2QMXA 3G3HA 3CRBA 4ELPA 3PGFA 5AA4A 2R71A 4EDPA 5CMMA 3C36A 1MXZA 1B6HA 1SW1A 2UVIA 3FASA 2Q8JA 1MPBA 3B7DA 3GBAA 1MQDA 1NNPA 3DP6A 2XXYA 3T9UA 1PC3A 3Q29A 3O9PA 4H0WA 4E0WA 1IZ1A 2AL4A 5CI5A 2DE3A 2RF1A 4ELQA 1IXIA 3FXRA 4I9DA 3KJTA 4ELRA 5DYHA 5I2NA 3C31A 3RGYA 1EU8A 1XVXA 2XX8A 3EHSA 1B3FA 4XKNA 3PUYE 1B5IA 2FYIA 4OVJA 4LVQA 3MUQA 4P0GA 1XT8A 2Y7KA 4O3BA 4OMBA 4KQPA 3FVKA 1QKAA 1H76A 4X9TA 1FQBA 4R2BA 3PD8A 1FQAA 3T9HB 3N6TA 2QS3A 4L17A 4FJPA 3CI8A 4ECFA 1GR2A 5DEXA 3IB1A 2Z8FA 3MVYA 1S50A 2F97A 3MC2A 2A5TB 4BDMA 1O64A 1B32A 4U22A 1B1XA 2P2AA 2VGQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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