3HO7A

Crystal structure of oxyr from porphyromonas gingivalis
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
TGRLNIAVLPTIAPYLLPRVFPIWKKELAGLEIHVSEMQTSRCLASLLSGEIDMAIIASKAETEGLEDDLLYYEEFLGYVSRCEPLFEQDVIRTTEVNPHRLWLLDEGHCFRDQLVRFCQMKGLHERQTAYSGGSMEAFMRLVESGQGITFIPQLTVEQLSPSQKELVRPFGMPRPVREVRLAVRQDYSRRKLREQLIGLLRSAVPSDMHKLQTGQHLAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords OxyR
publication title Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
pubmed doi rcsb
source organism Porphyromonas gingivalis
total genus 69
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A02
4UACA 2XXQA 5JK4A 4QSDA 4KYEA 1FQDA 4EDPA 1GVCA 2GRVA 4LQ2A 2VD2A 2Y7WA 3GBBA 3HO7A 3UGWA 1S9TA 3H6WA 3FJMA 3BKIB 3IJOB 4KYSA 5IAIA 1FQBA 3RT6B 5CRYA 3FVNA 5CBSA 3GLBA 4YZZA 3RN8A 3FZVA 3V8XB 5CM6A 4H65A 3KBRA 5J1DA 2XXUA 3UN6A 4XKQA 1SYHA 3EHUA 4DLDA 2D5WA 2W7YA 1R9QA 1Q35A 5AE4A 4IGRA 1Y4TA 5CC2A 1Y3QA 3IB1A 4OYVA 3TZAA 1LCFA 3PV0E 3PPQA 3RT8A 2I0CA 3K00A 5FHMA 5H8SA 2XXWA 4HW8A 1HSLA 1MY2A 1JVXA 4M4GA 1B5JA 4LZ5A 3TFLA 2NUVA 4NWDA 3C9HA 3DP8A 3PUWE 1XVXA 3PUXE 4KYDA 5FHOA 3IO6A 1TFDA 3EHTA 3OO8A 1MXYA 1B1HA 1M5EA 4MLVA 3MP8A 1YTVA 4OHNA 1GTKA 2OLBA 1M5BA 3SETA 5KDTB 4QSEA 4BDLA 1UIUA 4NWCA 1LB8A 4ZZAA 4MLQA 3KEIA 4F3SA 4U1OA 2X26A 4KCDA 4R74A 5I57B 2B65A 3K6VA 1IXIA 1JW1A 1MM7A 4NTLA 1MY0A 3KJ7A 2Q2AA 4EF1A 1P1QA 3MPLA 1BKAA 2AYSA 2OCUA 4OERA 2XXXA 2F6PA 2YJPA 3HHFA 3DELB 1QUKA 2I0BA 4H6DA 2UVHA 4NF8B 3CG3A 4F3BA 1D9YA 5DTBA 3TPAA 3O6HA 1H76A 1Y9UA 3VVEA 4OESA 2HEUA 3HSTA 3IOTA 3QK6A 4ZZEA 4YU0A 2AL4A 1OQGA 1PBPA 3VV5A 3UORA 3N26A 1MXVA 3LUYA 1LSTA 3RUMA 1UTBB 5M2VA 3CG1A 1S50A 5ICQA 1B52A 1MXZA 1WDNA 1OVTA 1AIVA 3KGCA 1MRPA 1SQYA 2PVUA 3K0VA 2V3TA 1I69A 4DXUA 3L6HA 4ZE9A 3SESA 1POY1 3VDFA 4DXCA 3HHGA 4NMYA 3GXAA 4NF8A 4ESWA 1H3DA 1MM6A 1Y3PA 2IA4A 2PBWA 1US5A 5L8DA 2FNCA 1MQDA 2RC7A 4GQOA 1ZU0A 3OEKA 1A7LA 2RF1A 3IO4A 3U72A 1B3GA 2OZZA 4XTCQ 3CR9A 4PFTA 1MDQA 4H67A 1HSJA 4GXAA 1B5HA 3T66A 2GHBA 3DM0A 3TQLA 4HCWA 3EN3A 4BLAA 3S9MC 1IQ7A 1QUIA 3U92A 2OWTA 3HV1A 2RC8A 3H3GA 3C31A 2QL3A 4RYAA 3GZGA 5H8QA 4POXA 2Y7KA 1ANFA 2H25A 4R6HA 4C1UA 1P1UA 4BDOA 1ZIUA 4G8MA 3TCFA 3KG2A 2PX1A 4OEUA 3B7DA 2CZLA 3QUFA 2DWHA 3MVWA 4WXJA 1O63A 3SDFA 2A5TA 4NF6B 5JTYA 4ZEBA 4LA9A 1P1WA 3QYTA 4OEVA 4G2ZA 5ELVA 4JBZA 2DVCA 4YB7A 1H43A 2FA7A 2Q89A 5TP9B 2HQ0A 4R75A 1BIYA 1B2HA 1B1XA 5EHSA 2P0SA 2P2AA 3N5LA 2DSFA 3FUZA 3CIJA 3TTLA 4PE5B 5I58A 1FTOA 3E13X 1ELJA 5CMMA 5HPQA 3KOTA 1SW4A 3MBPA 3MZ9A 3KN7A 1FTLA 3VVFA 3DLNA 3MUQA 3QIMA 1P1OA 1B7HA 1B4HA 1EZPA 3O29A 4G8HA 3KN3A 1B05A 4Q5TA 1FQEA 5FHNA 4WEDA 4POWA 3FJGA 3R26A 4QRZA 5KCJA 3S2VA 2UYEA 2VHAA 4ZS9A 4TOZA 3C36A 2F7AA 3CFZA 4OENA 4F3PA 4JDFA 5I56A 2O68A 4P11A 3O66A 1URSA 2Z8FA 4GIZA 2OK2A 4LP2B 3VFJA 3IX1A 4L17A 5LOMA 5FTHA 4AB5A 4O3BA 2H5YA 1J1NA 1NKXA 3IOUA 2PT2A 3Q29A 4R72A 3E3KA 3H6VA 4YB5A 5ISUA 1II5A 1DOTA 3KJTA 3RNNA 3CFXA 5FTIA 4R2FA 3K02A 2Z22A 1MG1A 4DE8A 1SW2A 1PB7A 1N7WA 1LGBC 1FTJA 5I59B 4KFQA 2UVIA 5TU0A 2XXYA 1DMBA 1FW0A 3OENA 2VOZA 2THIA 3G3FA 5A5XA 3MPKA 1JETA 4NF5B 4O3AA 5CMKA 4FIMA 2QMXA 2OJTA 4RPOA 1FQAA 1UQWA 4IO6A 3MC2A 1B5IA 2PYYA 3VE1B 2DE4A 1F9BA 1VFEA 2VD3A 3EF7A 3OEMA 2Y7RA 3K6XA 5I2NA 3FASA 3PD9A 1B3FA 4JXIA 4FEDA 3O6GA 3MWBA 2Y7PA 4Z7EA 2O7UA 4OFJA 2QS2A 1LCTA 1LLSA 4WEPA 2V3UA 1ZJLA 2DS9A 1IXGA 4OFOA 1ZMGA 2V93A 4JWXA 2UVGA 3C33A 1O7TA 4MH5A 1MPCA 3T93B 4XIGQ 3H4ZA 3TYHA 2RCBA 1DPEA 1A8EA 3TCHA 3KOSA 1R1NA 1SD3A 2E1SA 2XXVA 3ECRA 3M3FA 3OSRA 3VLUA 4E0XA 3ZS6A 1LAFE 5H8HA 1L5TA 4EXKA 1USYE 4IB2A 2BJJX 1IXCA 3N6TA 3FV2A 3TODA 1MDP1 4OQOA 2HZLA 2ZNUA 3LSWA 3SEYA 4N13A 1MY3A 3M3KA 4KR5A 4MF3A 4OZ9A 2DE2A 2O6AA 2GHAA 3F11A 2DWJA 3K01A 1LB9A 1NNPA 4JSOA 2ZMBA 2R9JA 1B0HA 2NXOA 1N3WA 5ICTA 2UYFA 1FTMA 1MPBA 3RQTA 1WVJA 1GGGA 1PC3A 1SYIA 2REGA 3C4MA 4EQ9A 4PP0A 3R7XA 3V5AA 4KCCA 4EQBA 5AA2B 2DQVA 3OO9A 1QW0A 2ALUA 4F2QA 2QMWA 2HAVA 5KZTA 4U21A 4LZ8A 4QF9A 3KSJA 2HCAA 3O2AA 4PQJA 4DCYA 1A99A 3MP1A 4KD5A 3A3CA 2DWAA 4YKKA 2QRYA 2Z23A 3LC8A 4X1DA 3PPNA 3FVGA 4QFOA 2V25A 1PB9A 3SEXA 3C35A 1B51A 2PT1A 2AIXA 1Y4CA 2NWJA 3K1MA 5AA4B 1N0TA 1ZKBA 4TLMB 3FJ7A 1Y1ZA 1QKBA 5JEIA 2ANJA 4GXSB 3BFTA 4ZECA 2ABHA 4RXLA 1B6HA 1EH3A 5KDTA 3TTRA 5L9OA 3HPIA 3QUJA 3TEPA 3HN0A 4ZE8A 2HFBA 4U22A 4I9DA 4Q30B 3ILTB 1P99A 5DEXB 1NNTA 2Q2CA 4DXBA 2UVJA 1SW1A 1QVSA 1LAHE 4MBPA 1MQIA 1B3HA 3TDJA 1VR5A 3PPPA 5I57A 1D9VA 3IJXB 4LONB 1IZ1A 5CMCA 3D4GA 3V83A 4ELOA 2I49A 1HSEA 1XC1A 3KN8A 1LBBA 2F97A 2X7PA 2RINA 4LZ7A 1MH4A 2DVZA 1BLFA 4K3FA 3RLFE 5L9MA 4F29A 3H7MA 3H03A 3LBSA 3PU5A 4JWOA 5AA2D 1QULA 4PETA 4XKRA 1DPPA 3ONMA 1B3EA 4ZEDA 3LSXA 1TT1A 1Y3NA 4G8NA 3ODBA 4XKNA 1UTBA 3Q25A 1MS7A 1B3LA 4ELQA 3FGSA 4R2BA 3I3VA 2D3IA 1OQHA 4C1TA 2ZYOA 2F8DA 4JB7A 4GLIA 4IY5A 4R9GA 3T9HB 4GL8A 2DYXA 3B6TA 5DVIA 1JW4A 5HBCA 4I62A 4U4XA 4QFPA 1USYH 5AA3A 1CE2A 3N94A 4G68C 1H45A 4G4PA 4R9FA 1JVYA 4NE4A 2DOJA 3R6UA 2DWIA 4O3CA 3WAFA 1N04A 1BTJA 4IGTA 5DVFA 3E4RA 2V3QA 4RA1A 3A09A 3PGFA 3QAXA 2I48A 3G3JA 3FATA 4QHQA 5B7DA 3C32A 1MH3A 1LAXA 2F78A 4OXVA 1JEVA 3SEVA 5CMBA 4IO5A 2HAUA 3RY3A 4GVOA 5AA1A 3SKPA 1DTGA 4ND9A 3VVDA 3KSXA 4ZDMA 3CSBA 2Z8EA 1I6QA 2GFEA 5H8NB 3WAEA 1WODA 1NMUA 2O7IA 4ELRA 3IOVA 4NF6A 3FVOA 1SI1A 4U1ZA 3T9UA 2ZXTA 2RC9A 1GR2A 2XXPA 2I58A 2I4CA 4H0WA 4H8JA 5TP9A 1OLAA 2I3VA 5F1QA 3G3GA 4XKPA 3O28A 1RKMA 3S9NC 2O1LA 1XHYA 2XX8A 2Y84A 4ONYA 2F6GA 2H9BA 3Q26A 4F19A 4IO4A 4R6YA 5BUUA 2F5XA 1O64A 2I4BA 1YPNA 2G93A 2GH9A 5HM4B 1ZBMA 1IEJA 1SVXB 4Z0IA 2ONSA 3U1OA 3TCGA 1MXWA 1XOCA 4P0IA 1B7UA 2B3BA 3PPRA 3FXQA 2XXTA 3DP4A 4F1UA 4MFIA 3I5OA 4NEDA 5K2YA 5I2KB 3MQ9A 4OETA 2B3FA 2FYIA 1TXFA 4KPTA 2O69A 1SBPA 2F34A 1LFIA 5CBRA 2QS4A 3I6VA 3W9WA 3W9VA 1IIWA 2A5SA 3SEWA 3EPEA 1Q1KA 1PB8A 1MXUA 3PPOA 4OWDA 3T96B 4AB6A 1B46A 4IO2A 4YB6A 3VXCA 2DP8A 3SEUA 3TTKA 2RCAA 4FE8A 5I59A 2X7QA 4LUBA 1B40A 1PBQA 3ILUB 1A8FA 1FQCA 3RTFB 4NF5A 3E9XA 1N76A 1NNFA 1M5DA 1N3XA 3FVKA 4IO3A 1JEUA 4G77A 3PUZE 1IXHA 1M5FA 4U4SA 3UA8A 2F35A 4ECFA 1UIVA 5B70A 2VP1A 3IB2A 1A55A 3THIA 1JW5A 3C34A 1A54A 2VGQA 1B4ZA 3B6QA 5EYFA 4F2OA 4QFLA 4IO7A 5TPAB 4HTGA 4OTEA 1N7XA 2ONKE 2QJEA 1SDXA 2IEEA 4EXLA 3MVXA 2XXHA 1B32A 2NVUB 2I6EA 3FXRA 3U8QA 2O84X 4OMBA 1I6AA 5IKBA 3TQWA 5H8FB 4U23A 4H5GA 4PFUA 1UTHB 3K1NA 3VXBA 2QPQA 4GWOA 3K6UA 4I8CA 3OXNA 5F7VA 4F1VA 1XS5A 4Q8RA 1BP5A 1DSNA 3T9XB 5TPAA 3K2DA 1MXXA 1NFTA 3MVYA 3T9VA 1VE4A 3ZSFA 2F7CA 2RKMA 4GD5A 4BDMA 2H98A 4ZEKA 4DCXA 3L6GA 3A3UA 2O1MA 3KZGA 4ISUA 4KHZE 3RTWB 4GRKA 3OELA 5H8FA 2ZYNA 3BFUA 1UTHA 4X9TA 1NH8A 3OD7A 3MVZA 5AA2A 4EF2A 1SW5A 4WKMA 3G3HA 4DZ1A 3O9PA 4RNSA 3UP9A 1B7ZA 3K6WA 3P7IA 3K4UA 3IK6B 4FJPA 4QFNA 4F3GA 1PEBA 1AL3A 1MY4A 1CB6A 5ITOA 3Q27A 4H8IA 2UXAA 3W15C 4KQPA 1R9LA 1AH5A 1AMFA 1ZLQA 2ZYMA 2CMOA 1OIBA 1N84A 2O51A 3MZ1A 3MP6A 3S9LC 4FEBA 1B0LA 1MQJA 4E0WA 5L9SA 3CSGA 4FAJA 2Q9TA 3OOAA 4ZEIA 2KLFA 5DVJA 1D3KA 3H6TA 4FORA 3OO7A 3CRBA 2DXYA 4YMAA 1Y1MA 2QS1A 2Y7IA 5AA4A 1FCKA 1YCJA 4RY1A 2F36A 3AXFA 3TUSA 3G7WA 4THIA 2PMSA 3FIRA 4JWYA 4ZEFA 1S7YA 3IL1B 4GOTA 1NNKA 1JNFA 5DEXA 3DP6A 1MPDA 1TWYA 4BDRA 1SI0A 2OBGA 3CVGA 2NOOA 4GF8A 4F1YA 2Q88A 4HCYA 1MQHA 4GL0A 4OFLA 4BDQA 3PMXA 3MAMA 4YAHX 1B58A 3IAZA 1EU8A 1NL5A 2ZNSA 2QS3A 3JZJA 1RYXA 2H4IA 5H8QB 3GBAA 4UA8A 3G3IA 2ZNTA 1M5CA 1OMPA 4M1VA 2XXIA 3B6WA 1QJMA 1I6BA 1R6ZA 3OSQA 4F39A 4FATA 4EUOA 4JSDA 2XX7A 3EHSA 1T0KA 2A5TB 4U2RA 5JTYB 3TAJA 1AOVA 1MQGA 3IB0A 3U93A 3O97A 4BDNA 4YICA 4DIGA 4P0GA 4G68B 3RPWA 5EHMA 4H5FA 4RPNA 4LATA 1B9JA 3KFMA 3ZKLA 2XHDA 1FQFA 3LSFB 1OLCA 1MY1A 3JV9A 4NF4B 5BWJA 3S9EA 3N6UA 5DYHA 1D4NA 1US4A 2E0SA 4QFKA 2XD3A 4AQ4A 1GV8A 5I58B 3H06B 2Q8JA 1LFHA 4QSCA 4OVJA 3IORA 2R71A 3PUVE 2I3WA 1Y20A 4IY6A 4Q0CA 2M8CA 3BBRA 2AL5A 2YLNA 4PFYA 4PFWA 5DT6A 1XT8A 4I1DA 2ZYKA 2HZKA 4G68A 1Z7NE 3MJNA 1TFAA 5KCJB 1URDA 3PMVA 3QXMA 4ELPA 1POTA 3PMWA 2XX9A 4NF4A 3VLVA 4RK9A 3UK4A 3D4CA 2LAOA 1URGA 5I56B 2G29A 3CFLA 3CI8A 3O6IA 1EZ9A 3G3KA 3PD8A 3TTNA 3RGYA 2H99A 3OMBA 4YMBA 4ESXA 1EZOA 2D21A 2V84A 3V89B 5K2XA 4XXUA 3Q28A 1FTKA 1YAEA 3UIFA 2QSXA 3FD3A 2YPNA 5I84A 5H8NA 1OVBA 3QSLA 5ITPA 1Z7ME 3HCQA 4X48A 3MW0A 3U94A 4HS7A 3M8UA 3MZBA 3FV1A 4N6PA 5A5XB 3FXUA 1P1NA 3OO6A 1IITA 3USDA 4YKPA 1KWHA 2REJA 1LAGE 2DE3A 1NH7A 3EQ1A 1VSOA 1ZTYA 1ATGA 3VLWA 4EQ7A 4F22A 1VFDA 5CI5A 3ZKKA 3S4UA 2Z8DA 1A40A 5I2NB 1QUJA 2OWSA 1LBCA 1PDAA 4TQUQ 4LVQA 3LSLA 3JYRA 2XD2A 3LR1A 4R73A 4X1BA 1H44A 2XXRA 3H6UA 3IR1A 4YKIA 3TELA 4N07A 4DDDA 3PUYE 1QKAA 2ONRA 3M3LA 2P1SA 3IOWA 4RJZA 3K1PA 4R6KA 4C0RA 2HXWA 4H1XA 1RYOA 1IUDA 2ESNA 3TKDA 2WKYA 5I2KA 3SERA 4LQ5A 4FECA 4F31B 1JQFA 1XVYA 4YKJA 3TTMA 2R6GE 3T22A 1LFGA 4TLLB 5H8HB 4RK2A 4F18A 4GFRA 2F7BA 4KI0E 2DXRA 3TMGA 1DTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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