3HO7A

Crystal structure of oxyr from porphyromonas gingivalis
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
TGRLNIAVLPTIAPYLLPRVFPIWKKELAGLEIHVSEMQTSRCLASLLSGEIDMAIIASKAETEGLEDDLLYYEEFLGYVSRCEPLFEQDVIRTTEVNPHRLWLLDEGHCFRDQLVRFCQMKGLHERQTAYSGGSMEAFMRLVESGQGITFIPQLTVEQLSPSQKELVRPFGMPRPVREVRLAVRQDYSRRKLREQLIGLLRSAVPSDMHKLQTGQHLAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords OxyR
publication title Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
pubmed doi rcsb
source organism Porphyromonas gingivalis
total genus 69
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A02
1S7YA 2O69A 3RQTA 3EPEA 3V83A 3LSXA 2Y7IA 2Z8FA 2LAOA 4IO7A 3CIJA 3N6TA 1B3HA 1H3DA 4RYAA 4OFLA 3K2DA 4HCYA 2XXIA 3M3LA 3MP1A 4FORA 2FA7A 4PP0A 3MAMA 4EXLA 4YZZA 3QSLA 1A99A 3VE1B 1MDP1 5AA2B 1OQHA 3SEUA 4GWOA 1OIBA 3TCHA 3MC2A 3JV9A 1FQCA 4JSDA 4NWDA 1USYH 3H06B 4GQOA 3ONMA 3S9EA 3K1PA 2IEEA 5CMMA 4HCWA 1D9VA 3A09A 3FJ7A 3K6XA 3RY3A 2X7PA 4ZE8A 3FVKA 3Q26A 5HM4B 3D4GA 4KCDA 1Y20A 4QFLA 4ZDMA 3IB2A 1MM6A 1H43A 3U72A 1J1NA 3IO6A 1IIWA 3PPQA 4R73A 3F11A 5AA2A 1XHYA 1SW1A 4F1YA 4JSOA 4RK2A 1IZ1A 1VE4A 3PU5A 2Z23A 2Q2CA 4Q0CA 3LC8A 2UVGA 1NNTA 2FYIA 3MZBA 3G7WA 3R6UA 2DQVA 1R6ZA 1PBPA 1DOTA 4NF6B 4RNSA 1CE2A 3E3KA 3VDFA 1B0HA 4F31B 1LAGE 3H7MA 4PQJA 1PB8A 5H8FB 4F19A 3C31A 1HSLA 1DPPA 2XXYA 1H76A 2Q89A 1XVXA 1DMBA 4R2FA 2DS9A 1QKAA 1TFDA 3O66A 3KBRA 3RT8A 2O7IA 4F39A 3T9UA 2HZKA 1MS7A 4YKJA 4OERA 3M3KA 1FTKA 2PT1A 5DVFA 2QRYA 1IITA 4UACA 1SW2A 2I6EA 2H4IA 2DWJA 2VP1A 1UTHB 3KSJA 4EQ7A 4GVOA 1A7LA 4FAJA 1LFHA 4M4GA 4I62A 1M5DA 1WODA 2Q8JA 2OBGA 1FTOA 1P1OA 1Y4TA 4F1UA 3KOTA 3TAJA 3MP6A 3UIFA 4I1DA 4MLQA 3KEIA 3MP8A 4HTGA 3SEVA 2QS2A 3TTRA 4X48A 3ILTB 4PFTA 1MQGA 3WAFA 4KI0E 4E0WA 2QS3A 3MBPA 1OQGA 1N7XA 2CZLA 1P1QA 4FECA 1POY1 5HBCA 4H0WA 4IO2A 2Z22A 3M3FA 3V8XB 4EDPA 1UTHA 1EH3A 3FUZA 1VFDA 2V3QA 3N26A 3T22A 4WKMA 4XXUA 3EHUA 2F6PA 3VLVA 1IXCA 3O6HA 1JVYA 4F22A 1II5A 5LOMA 4PFWA 2Q9TA 2I0CA 4QF9A 3UN6A 3N6UA 1R9LA 3TFLA 4H67A 4FJPA 1A54A 4YB5A 2O1LA 4IB2A 3N94A 3TQLA 4N07A 5DT6A 3T9VA 4TQUQ 2NOOA 3O6IA 1QVSA 4F3PA 1I6BA 1B3LA 2XHDA 2Y84A 4OESA 3EHTA 4OENA 2B3FA 2XD2A 4EUOA 4ELRA 3CVGA 3A3CA 2QMXA 3V5AA 1WDNA 4O3BA 5ICQA 2H99A 4F1VA 2M8CA 2GHBA 1F9BA 2B3BA 4F18A 2O51A 2I4CA 2R71A 5JTYB 1URSA 5F1QA 4YU0A 4I9DA 1P99A 4DDDA 3C34A 2P0SA 5FHOA 1MM7A 3FV1A 4XKRA 2O7UA 1VFEA 1MQHA 1QW0A 2ZNSA 1B5IA 3BKIB 2H5YA 1N04A 2XXVA 4OFOA 4KYDA 4POXA 5ITPA 3PPOA 1BTJA 4MBPA 2DE2A 1ELJA 3SEXA 1GV8A 2F7BA 4PE5B 4DCYA 4OEVA 2REJA 4H65A 3KN7A 1B52A 2UXAA 4IO4A 4YMBA 3QYTA 2UVIA 4IO3A 3PUYE 1SI1A 3DLNA 1B7HA 1Y3PA 1N7WA 5JTYA 5DEXB 2AYSA 4N6PA 2V3UA 1M5FA 2AIXA 2I48A 5I59B 3IB0A 5FHNA 1LFGA 3DP6A 2ZXTA 3U92A 3H6WA 2YJPA 1B0LA 1USYE 4NF5A 2A5TA 3T96B 4F2OA 1QJMA 1BIYA 2F7AA 1QUIA 4NWCA 4FE8A 2I49A 1Z7NE 2RF1A 3OD7A 3PUXE 4IO6A 2RC8A 3S9NC 2OK2A 4TLLB 1B3FA 3JYRA 3IB1A 4GLIA 3O2AA 1N3WA 4O3AA 3IJOB 4G4PA 2XXQA 1JETA 3C32A 5I56A 5DEXA 3RN8A 4U21A 4OYVA 1IQ7A 5IKBA 3CI8A 1GVCA 3I3VA 5A5XA 2XXRA 4ELPA 1NKXA 3IJXB 4NTLA 4R2BA 4RXLA 2ZYNA 4IGTA 3TCGA 2I58A 3IO4A 4U4SA 3SESA 4QSDA 4OXVA 1R1NA 3KSXA 5CI5A 1MDQA 1MXUA 1MXXA 5BWJA 1GR2A 1SW5A 1YTVA 1ZTYA 3ECRA 4U2RA 3TKDA 3FASA 3VXBA 3QXMA 4QHQA 4ECFA 1ZIUA 3VVEA 1LSTA 3FZVA 4F29A 4X1DA 1IUDA 1OLCA 1ZBMA 4G8MA 4GL8A 1Q1KA 3RUMA 4MH5A 4OMBA 5DTBA 3GBBA 5DVIA 3OENA 2H25A 3G3HA 3ZKKA 5HPQA 4F3GA 4M1VA 2F97A 1Z7ME 1MQJA 3OSQA 1QULA 3O28A 2UYEA 1RYOA 1B7UA 3LSFB 1EZOA 3PGFA 3SEWA 1IEJA 1POTA 4IO5A 3SERA 4OTEA 3THIA 5JEIA 4DZ1A 3UK4A 3B6WA 2ALUA 4OWDA 4R6YA 2Y7PA 3V89B 3R26A 4BDRA 4QFKA 2ONSA 2WKYA 1B1HA 3E13X 4LZ7A 4ZE9A 4OZ9A 4ZEKA 1B46A 4K3FA 3U1OA 3VVFA 4H6DA 1LAXA 4RY1A 5H8SA 1O63A 1XVYA 4HW8A 2DYXA 1MQDA 2QS1A 3I5OA 2PX1A 2ZYMA 4DLDA 2RCBA 1ZMGA 2OJTA 5AA1A 5I2KA 1FQBA 3HCQA 1A8EA 3JZJA 5ITOA 4LA9A 4YKIA 3SEYA 3KFMA 3W9WA 1I69A 4O3CA 2PVUA 4YKKA 4DXCA 4LZ8A 1NH7A 4YMAA 3ZKLA 2Y7WA 4RA1A 3VVDA 4DIGA 1A8FA 3ZSFA 3S9LC 3P7IA 1QUKA 2QL3A 1ZJLA 4EF1A 3U8QA 3U94A 4R74A 4H5FA 3TYHA 3A3UA 1FQDA 3MVZA 4U22A 2HAVA 2KLFA 5L9OA 3OEMA 4JXIA 1XC1A 1BP5A 4X9TA 1NFTA 3C9HA 1FW0A 3L6HA 1RKMA 4R72A 4WEDA 3FXUA 3PD9A 1A55A 3B6TA 3C35A 5AA2D 4JBZA 3FIRA 3TQWA 3FD3A 4QRZA 3TUSA 5ELVA 4RPNA 3PPNA 3PMXA 2F6GA 4G77A 3IOTA 3PPRA 1XOCA 1Y4CA 2HZLA 3FVNA 3OMBA 1YCJA 4U1OA 5FTHA 3OO9A 4N13A 5H8NA 3K00A 2O84X 1LB9A 1N3XA 1B3GA 1UQWA 2E1SA 3MVWA 3OXNA 2X26A 2Y7RA 4BLAA 2ZNUA 1NNFA 2DE3A 4OEUA 1EZ9A 1M5EA 2VHAA 1SW4A 5AE4A 5CMCA 4MLVA 4U1ZA 1EZPA 2AL4A 3TZAA 4OQOA 4C1UA 4NF4A 1ZLQA 4KYSA 4TLMB 5KCJB 5I2NB 4P11A 4EF2A 4KR5A 1TT1A 3IOUA 4E0XA 1JW4A 5TPAA 2F5XA 4QFPA 3W15C 1R9QA 4QSCA 1DTZA 3G3GA 1I6QA 4ELQA 3QUFA 3BBRA 2Y7KA 2DVZA 2NXOA 3MQ9A 3TPAA 3HPIA 5M2VA 3MZ9A 4R6KA 3O29A 3K0VA 1T0KA 3MW0A 1B6HA 4JDFA 1SYIA 3GLBA 1B05A 3T9XB 1ATGA 4H8IA 2RC9A 1OMPA 2GHAA 2XX7A 4Z0IA 4X1BA 1UIVA 4LATA 1RYXA 3KN8A 4U4XA 3TDJA 1B51A 1B4ZA 1JW1A 1DTGA 1OVTA 3RT6B 2Z8EA 3TELA 1OLAA 1MH4A 4LUBA 1NH8A 3QUJA 5KCJA 5I2NA 4GIZA 4ESXA 2DSFA 1LGBC 1P1WA 4MFIA 2D21A 3KJ7A 1B7ZA 5CMKA 3EN3A 4G68B 5H8QB 3MWBA 4NEDA 4PETA 3CG3A 4F2QA 3PV0E 2NWJA 4JWOA 1JNFA 3GZGA 1MXZA 5KDTA 1O64A 3CFXA 4ISUA 3RPWA 4OETA 4KPTA 2UVHA 3H4ZA 1MH3A 2PBWA 5AA4A 1P1NA 1SDXA 3S2VA 4P0GA 4NF5B 4ESWA 2A5TB 1B5JA 1LFIA 4EXKA 4KD5A 1OVBA 3G3JA 1MPDA 3CRBA 4G8NA 1MXVA 5EHMA 1N76A 1GGGA 3IOVA 5CBRA 1LAHE 4F3SA 4G2ZA 3MUQA 1JVXA 2XXXA 2XXTA 1BLFA 2F8DA 3Q27A 1MG1A 4ZZAA 4ND9A 4G68A 5H8QA 2ZYOA 4FEDA 3VV5A 1Y3QA 4GFRA 1Y3NA 1DPEA 5L8DA 2VD3A 5I56B 5I84A 4QFOA 4ZECA 4ZZEA 1LLSA 2PYYA 2DWHA 1FQFA 4BDMA 5A5XB 3DP4A 2ABHA 3H03A 4XKPA 2ANJA 2V3TA 1URDA 3CFZA 3PUVE 3G3FA 4ZEIA 3TTLA 4FEBA 3MPKA 4OHNA 3Q25A 1A40A 1B40A 3K6WA 4IGRA 4R9GA 2VOZA 2H9BA 3TTMA 3KZGA 2V84A 4H1XA 5I57B 4H5GA 4GD5A 3EHSA 2P1SA 1B58A 3CFLA 4JWXA 3PMVA 3VFJA 3HV1A 4LONB 2G93A 2GH9A 4KYEA 4P0IA 2QSXA 1UTBB 4Q5TA 1FCKA 3K6VA 3LSLA 1P1UA 3H6VA 5F7VA 3G3KA 4C1TA 2F34A 3K6UA 1FTLA 3C36A 2OWSA 3MZ1A 1YPNA 3ODBA 2XXWA 3USDA 4G8HA 4XKQA 3T93B 3OO8A 3IL1B 4FIMA 2UVJA 3LR1A 1PDAA 3GBAA 2NUVA 2BJJX 2Q88A 4U23A 5I57A 3FJGA 2ONKE 1LCTA 3QK6A 5H8HB 2FNCA 5CRYA 5K2XA 4GOTA 2V25A 3FVOA 1MXYA 2UYFA 4YB7A 1IXHA 2D5WA 2A5SA 3SKPA 3E9XA 3CSBA 4WXJA 3HO7A 4Z7EA 3L6GA 1UTBA 2W7YA 5B7DA 2RKMA 4XKNA 3B7DA 3K4UA 3QIMA 3PPPA 3RNNA 3QAXA 2F7CA 4DXBA 1EU8A 4UA8A 1Y9UA 4ZEFA 3AXFA 3H3GA 5I2KB 1HSEA 1LCFA 4LZ5A 4LQ2A 3OOAA 2V93A 3UA8A 3FJMA 1FQEA 3M8UA 1FQAA 1B1XA 5H8HA 1ZKBA 4YB6A 1US4A 4POWA 2I0BA 2RCAA 3R7XA 1M5CA 4ELOA 4WEPA 2HEUA 2GRVA 1LBCA 2Q2AA 3Q29A 2VD2A 3WAEA 1H45A 4I8CA 1YAEA 2RC7A 3RTFB 3BFTA 1QUJA 2DWIA 5I58B 3HHGA 3OO6A 3MVXA 4FATA 3CG1A 5EYFA 1AIVA 3FXRA 5KZTA 1MY4A 1SD3A 5DYHA 3IK6B 1IXIA 2XD3A 4RJZA 2H98A 2HCAA 2I4BA 1MY0A 4XTCQ 4KQPA 1LB8A 1UIUA 1NL5A 5H8NB 3FGSA 2I3VA 4LVQA 3H6TA 3KGCA 2B65A 3ILUB 4IY6A 3VLWA 3OEKA 2D3IA 1SYHA 2O1MA 4LP2B 2THIA 1H44A 3DELB 5BUUA 3O9PA 3LSWA 5DVJA 4PFYA 5TP9B 1D3KA 1SVXB 4OVJA 4NF4B 1NNPA 1NMUA 5I58A 4AB5A 2P2AA 1AMFA 1BKAA 2REGA 3C4MA 2XX9A 5TPAB 5L9SA 1SBPA 2HAUA 3KOSA 4YAHX 2QS4A 3IX1A 1L5TA 2I3WA 1B32A 4TOZA 3TMGA 4AQ4A 5FHMA 4JWYA 1PEBA 4GXAA 4NF6A 3DM0A 4PFUA 1GTKA 3TCFA 4RPOA 1JEUA 3MVYA 1CB6A 5TU0A 5H8FA 1I6AA 4DCXA 1FTJA 3PMWA 3K01A 2OWTA 1TXFA 4BDNA 2ZYKA 3RGYA 5TP9A 5ICTA 1DSNA 1M5BA 4YICA 1WVJA 3B6QA 1URGA 3UP9A 2DWAA 4NF8B 1FTMA 4R6HA 4RK9A 2DXYA 3HSTA 2DP8A 3FATA 2PT2A 2F35A 3N5LA 2R9JA 3TODA 3O97A 4JB7A 3LUYA 5KDTB 5EHSA 4R75A 2CMOA 3MPLA 3O6GA 4GRKA 5CBSA 3K1NA 1D4NA 1VSOA 4QSEA 2ZNTA 5AA4B 1S9TA 2XXUA 3VLUA 3D4CA 3IORA 1XS5A 3SDFA 3Q28A 1JW5A 3EF7A 4GF8A 3TTNA 4EQ9A 3KG2A 4HS7A 3I6VA 5K2YA 3T66A 5CM6A 2QMWA 1N84A 3UGWA 1IXGA 3FVGA 4THIA 4DXUA 4L17A 1LBBA 2X7QA 4NF8A 3S4UA 1B3EA 3S9MC 5J1DA 4Q30B 2YPNA 4MF3A 4ZS9A 1HSJA 1MY2A 2F78A 3T9HB 2IA4A 1B5HA 4KHZE 3TEPA 1ZU0A 1AOVA 3RLFE 2DOJA 1JEVA 5ISUA 4BDQA 1ANFA 2E0SA 3PD8A 1Y1MA 1PC3A 2XX8A 4F3BA 2DVCA 3IAZA 1PB9A 3FV2A 4R9FA 3K02A 4KFQA 2O6AA 3MJNA 1AL3A 4YKPA 2QJEA 5FTIA 2O68A 4G68C 1LAFE 2OCUA 3W9VA 4BDOA 1KWHA 3KN3A 4KCCA 3KJTA 1NNKA 1B9JA 2R6GE 4GL0A 1B4HA 1US5A 4AB6A 4NMYA 2ESNA 4GXSB 3H6UA 5CMBA 4QFNA 4ZEDA 4IY5A 3SETA 4C0RA 1MXWA 1Q35A 1PB7A 4OFJA 4LQ5A 1O7TA 3C33A 4BDLA 1D9YA 3HHFA 2RINA 3PUZE 3RTWB 2NVUB 1AH5A 2OLBA 3LBSA 1S50A 1JQFA 1N0TA 2HFBA 5B70A 3IOWA 4H8JA 1SI0A 3OELA 2ZMBA 5L9MA 1MQIA 4XIGQ 2DE4A 5IAIA 1B2HA 1MRPA 1XT8A 2OZZA 3DP8A 2XXHA 2DXRA 2QPQA 3K1MA 4NE4A 1QKBA 5AA3A 2XXPA 2HQ0A 3G3IA 4Q8RA 3VXCA 3ZS6A 4ONYA 2VGQA 1MPCA 3IR1A 3OO7A 2ONRA 5CC2A 1SQYA 3GXAA 3U93A 1MY1A 4DE8A 1Y1ZA 5I59A 1VR5A 4ZEBA 3CSGA 1TFAA 3E4RA 2F36A 3PUWE 2PMSA 2G29A 5JK4A 3HN0A 1MY3A 1MPBA 3FXQA 1TWYA 4EQBA 2HXWA 3CR9A 3EQ1A 3TTKA 1PBQA 2GFEA 2Z8DA 3OSRA 2AL5A 2YLNA 3BFUA 3UORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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