1JW1A

Crystallization and structure determination of goat lactoferrin at 4.0 resolution: a new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCAISLPEWSKCYQWQRRMRKLGAPSITCVRRTSVLECIRAIAGKNADAVTLDDGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTEKSPQTHYYAVAVVKKGSNFKLDQLQGQKSCHMGLGRSAGWNIPVGILRPPLSWTESAEPLQGAVARFFSASCVPCVDGKAYPNLCQLCKGVGENKCACSSQEPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKENLIWELLRKAQEKFGKNKSQRFQLFGSPEGRRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVKARCTRVVWCAVGPEEQSKCQQWSEQSGQNVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVMAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSSLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESSADWAKNLNREDFRLLCLDGTTKPVTEAQSCYLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEKYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallization and structure determonation of goat lactoferrin at 4.0A resolution: A new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
pubmed rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Metal binding protein
total genus 99
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A03
5AA4B 3S4UA 3EHUA 2F6GA 2X26A 2Q89A 5ICTA 1MXZA 4ELPA 3LSFB 3WAEA 3OO9A 5AA2A 3D4GA 3K4UA 2XXIA 3HHFA 4F3SA 4BDLA 4N07A 3QK6A 2UVJA 3KSJA 4LP2B 1MQGA 3O66A 4EF1A 3H6TA 2I3WA 1GV8A 4LA9A 5H8QB 2VP1A 5CMCA 4QSEA 5CMBA 3TTKA 1B46A 3IX1A 4HCYA 4I8CA 2F7AA 3CVGA 3RTWB 2B3BA 5ISUA 5DTBA 1YPNA 3VVDA 4FEBA 4F2OA 1Y1ZA 4G4PA 4Q5TA 3T22A 3O9PA 3LSLA 4YAHX 1PC3A 3G3FA 1RYXA 4PETA 3PPPA 5I59A 1QKAA 3ZKKA 1FW0A 5I2NA 4EUOA 4YU0A 4NE4A 4LONB 1MG1A 3ZS6A 2QSXA 3CRBA 5H8HB 3P7IA 2HEUA 3HN0A 4G68B 3C32A 1I6AA 2VHAA 3A3UA 2DWIA 4U21A 2GHAA 1AL3A 2Z8FA 4IO6A 5AA3A 1WDNA 2ONSA 1QUKA 5CMMA 1TWYA 4IB2A 3FUZA 4QSDA 1P1UA 2Q2CA 3CI8A 2Y7IA 5L9OA 5AE4A 2ZMBA 5CBSA 2QS1A 3MW0A 5TP9B 1P99A 3OD7A 3TCFA 1ZKBA 3G3IA 1IEJA 1BKAA 3DP4A 3VE1B 3JV9A 1NFTA 1VE4A 4GF8A 1NNKA 1WODA 2OLBA 1LBCA 4LZ8A 3N6UA 3OEMA 4H65A 3VLWA 2HZLA 5HPQA 4E0WA 2ANJA 2DXYA 2H4IA 2XXYA 1LGBC 1OMPA 3T93B 2QRYA 1B1XA 4Q8RA 1Y4TA 1Y20A 2I48A 3IB0A 3HV1A 4WEPA 1MS7A 1NKXA 5KDTA 3MC2A 2XXQA 2DQVA 4YKPA 4KPTA 2O1LA 1TFAA 1IXHA 2ZYKA 2NUVA 3KZGA 4GWOA 1SYHA 2IA4A 3FVNA 1MY3A 4X1BA 4U4XA 4IGRA 4JBZA 4R9FA 1UQWA 1FTOA 2P0SA 3K1PA 3K1MA 1MH3A 1LFHA 2O1MA 1MPCA 4QFLA 3C9HA 2OK2A 4HCWA 1B52A 3OSRA 1EZPA 1XC1A 4WKMA 1N0TA 3S9EA 2Y7RA 2I3VA 3VXCA 2DWAA 1B6HA 3TUSA 4EQ7A 4JSDA 3FGSA 3W9VA 1FQCA 5I57B 1CE2A 3U94A 1IXIA 3IOTA 1P1OA 3SERA 4U2RA 3TCHA 2DS9A 3E9XA 3GZGA 4ZE9A 1CB6A 2XXXA 1B2HA 4NWDA 1T0KA 1LAHE 1O63A 3JYRA 3LUYA 1UIUA 1NL5A 4RY1A 4QHQA 5EYFA 2RCBA 3EQ1A 3AXFA 3K6UA 1PB9A 5I56A 2DP8A 4U22A 4IY5A 3FXRA 2XX9A 4PFUA 5CRYA 2NOOA 1SD3A 3L6GA 4RPNA 2NWJA 1JW1A 4ESWA 1A7LA 1JEVA 2QS2A 5KCJA 1MDP1 4EF2A 3I5OA 1BTJA 5DVIA 2ZNTA 3SESA 1MY4A 4O3CA 4F31B 4GD5A 3OXNA 4RK2A 3O2AA 1ZTYA 2XX8A 4M1VA 2VD3A 3JZJA 4IO3A 3H4ZA 1MQHA 2B65A 3TTMA 4F1VA 4QFOA 1OQGA 1IXCA 4IY6A 4ELQA 1NH7A 1MH4A 3DLNA 2F34A 3KN3A 3B6TA 4FAJA 1OVTA 3SETA 1MPBA 4NWCA 1SW2A 4QRZA 1OQHA 1JW4A 3U72A 2QJEA 3K6WA 1UTBA 1N04A 1M5BA 3FASA 3MZ1A 4TOZA 3QUJA 1NNPA 4OWDA 2OBGA 1TXFA 3G3HA 3V89B 4P11A 5HM4B 4TLLB 2REJA 3HCQA 4ZZEA 4Z7EA 5I58B 3PPNA 4QFPA 1FQFA 1S9TA 2O69A 3TFLA 3C35A 4MBPA 1A99A 2ALUA 4TLMB 5LOMA 4G8NA 2OWTA 2QS4A 3G3KA 4DZ1A 4PQJA 4ELRA 4ESXA 4FJPA 5BWJA 3PMVA 4JDFA 3K2DA 2ZXTA 4RK9A 2PYYA 4YKKA 3FV1A 4R73A 4ND9A 2HFBA 3TQLA 1SW4A 4G2ZA 5AA2D 1ZJLA 5I84A 4N13A 3ODBA 1MXVA 3M3LA 1A8FA 4H8JA 4DXCA 4F22A 2R6GE 2ZNUA 4F3PA 1ZMGA 4R9GA 1RKMA 3TMGA 3EHSA 3IB2A 4NEDA 1N7XA 2GRVA 3H03A 1GGGA 3OO8A 4ZE8A 1ZIUA 2PT1A 4Z0IA 3PPRA 2R9JA 2QL3A 1IQ7A 4LZ7A 5K2XA 1SDXA 1FTJA 3PUZE 3RPWA 1TT1A 5F7VA 4DXBA 3SEXA 3PD9A 2HXWA 1DSNA 4DLDA 4I1DA 3VDFA 3PPOA 4YZZA 1US4A 5ICQA 3C34A 4GL8A 4G8MA 3S2VA 4NF8B 1SW1A 3CFZA 1ANFA 3S9NC 4BDOA 2X7PA 2A5SA 1IXGA 1R6ZA 4YMBA 2F8DA 2AL4A 1BP5A 1DMBA 4R72A 4WEDA 4NTLA 2HAVA 2M8CA 4ZDMA 5JTYA 3TPAA 3PGFA 4NF4A 2E0SA 3N26A 4RPOA 4MFIA 3ECRA 1S50A 3RN8A 3HPIA 3T9HB 2A5TB 4MH5A 2O7UA 2F35A 1B3LA 1M5CA 1QW0A 1D4NA 4NF5B 1SI1A 3QXMA 1FQDA 4F1YA 3PD8A 3IL1B 3FVGA 5BUUA 1FQEA 2XD2A 5A5XB 4DIGA 5AA4A 4LQ2A 4LATA 4OMBA 5F1QA 2ONRA 1LB9A 3K1NA 2PVUA 4ONYA 1LSTA 2XXUA 2HAUA 1B3GA 1B7UA 2O68A 4PE5B 3FD3A 4AQ4A 4F3BA 2PT2A 4DE8A 4POXA 4P0GA 5H8SA 4ELOA 4HTGA 4C1TA 1LFGA 5ELVA 5I2KB 4ZEDA 5EHMA 4GOTA 3IOWA 1B9JA 3CG3A 5H8NB 5FHNA 4DDDA 3PU5A 1LLSA 4BDQA 5H8QA 4F39A 4U4SA 1AOVA 1PB7A 3CFLA 3USDA 2O51A 3C33A 3PV0E 1IITA 2QS3A 4QF9A 2LAOA 3ZSFA 3E4RA 3MZ9A 4LQ5A 4RNSA 2NXOA 1MDQA 3KN8A 3MAMA 4OVJA 2F78A 1ZBMA 2A5TA 2DVCA 1VR5A 4NF5A 3VV5A 5ITPA 2GHBA 1VSOA 1P1WA 2Y7KA 5ITOA 3OO6A 4F29A 2B3FA 5EHSA 4OERA 5KZTA 5H8FB 4XIGQ 2DVZA 3EHTA 1Y3PA 4KYSA 2ZYMA 2XXHA 1GVCA 5H8HA 4G68A 3UA8A 1LAFE 2Q2AA 1B0HA 4H1XA 5AA1A 5CMKA 1AH5A 3O6HA 3O29A 2ABHA 1MM7A 2H5YA 3UN6A 3TTLA 1FTKA 2UVHA 5L9SA 3OSQA 5K2YA 2XXWA 1JETA 4FATA 1PEBA 2DWHA 2VGQA 3B6WA 2D21A 3TODA 5TP9A 4X9TA 3N5LA 1O64A 4OESA 3N6TA 4O3BA 1IIWA 3IO6A 2CZLA 4F19A 3V83A 2R71A 1JQFA 2Y7WA 3GLBA 2VOZA 5CC2A 3W15C 3SEUA 3IOVA 1USYE 1LAXA 1MQIA 3KOTA 2F5XA 3TCGA 2G29A 4K3FA 3O6IA 4AB5A 1JEUA 4OQOA 1B5IA 5IAIA 1II5A 4UACA 1A54A 4M4GA 5DVFA 2ZYNA 1BIYA 1MXWA 3A09A 5H8FA 3FJ7A 3K6VA 4NF6B 3FJMA 4R2FA 4RJZA 1S7YA 4H5GA 4ISUA 3CIJA 2XD3A 4E0XA 4XTCQ 5JK4A 4G77A 2VD2A 4P0IA 3OO7A 3U93A 3I6VA 4JXIA 4DXUA 3O6GA 3T9VA 1IUDA 2Z23A 5DEXB 3V5AA 4AB6A 4FEDA 1J1NA 1SQYA 1LBBA 2DYXA 1PBPA 3KOSA 4R6KA 2F7BA 3B6QA 3K02A 2HCAA 1Y1MA 3RTFB 4FE8A 1EZ9A 1B4HA 3RQTA 3EF7A 5FTIA 4GXAA 4QFKA 5L8DA 5I57A 3TTNA 2H9BA 3MWBA 4ZECA 3FATA 2ZYOA 3W9WA 4ZZAA 5DYHA 2E1SA 1JVXA 4ZS9A 4RA1A 3OEKA 4GXSB 3LC8A 3MVZA 3E13X 2P2AA 4ECFA 3EPEA 1MM6A 3PPQA 1B4ZA 1XT8A 1B58A 1NNFA 3KFMA 1MQJA 4KCDA 4GIZA 4KR5A 3QYTA 3O28A 4I62A 3FXQA 5TPAB 4L17A 4IO2A 4KYDA 3RGYA 1NH8A 1MY1A 4FIMA 3TYHA 2CMOA 3LBSA 1XVXA 1MXXA 4BDNA 1OIBA 2NVUB 1B05A 3TELA 1DOTA 3A3CA 3K01A 4LUBA 1FQBA 2XX7A 2Y7PA 3C36A 4MLQA 1DPPA 3QSLA 4DCXA 4F1UA 1Y3QA 1ZU0A 2DE3A 2F36A 2UYEA 1Q1KA 2I4BA 2GH9A 5B7DA 2XXPA 1SBPA 3LSWA 5L9MA 3LR1A 3DM0A 2RC8A 1M5FA 2I6EA 2HZKA 4GRKA 2FNCA 1A8EA 4U1ZA 1YAEA 2ESNA 3IORA 1EH3A 3TEPA 2AL5A 5FHMA 1M5DA 1DTGA 2QMWA 4XKQA 4Q0CA 1LAGE 2I49A 1TFDA 4YB7A 4R6HA 3VLUA 3MUQA 4IGTA 1B7HA 2V3TA 5B70A 4LZ5A 4GL0A 3FJGA 1UIVA 1AMFA 2DXRA 5I58A 1A40A 3H06B 2OCUA 4JWXA 3CSGA 2I0BA 1XS5A 5I59B 4PFTA 4H8IA 5I2NB 3VFJA 2UVGA 1VFEA 4FECA 4OFJA 2V3UA 2GFEA 4HS7A 3QIMA 1PB8A 1US5A 4H67A 4JWYA 1M5EA 3ONMA 4OZ9A 3UK4A 1URGA 3UP9A 3DP8A 1QUIA 1NNTA 4GVOA 2AIXA 1MXYA 3B7DA 3BKIB 4OENA 1MRPA 1HSEA 1URSA 2O84X 5TU0A 3OENA 4GLIA 3DELB 3CG1A 2QPQA 3BBRA 1N3XA 1USYH 3VLVA 3MP8A 3Q28A 1HSLA 2WKYA 2Q88A 4UA8A 2FA7A 4XKNA 1RYOA 1PBQA 4H5FA 4OHNA 2O7IA 2H25A 1MY2A 1L5TA 3MQ9A 3MZBA 4XXUA 1VFDA 1N7WA 3SEYA 2Z22A 1D9YA 1Q35A 1D3KA 1P1NA 2UYFA 3WAFA 2V3QA 2DOJA 4H6DA 4RYAA 3HSTA 3ILTB 3M8UA 4Q30B 4OFOA 2THIA 4KYEA 2V25A 1OLAA 2AYSA 2P1SA 4EDPA 1QULA 1N3WA 1QVSA 3IJXB 4NF8A 3L6HA 5KDTB 3UORA 3FZVA 1B40A 2D3IA 4H0WA 2Q8JA 3R6UA 3FVOA 2RC9A 1ZLQA 3U8QA 2XHDA 1N84A 3T9UA 1JW5A 3D4CA 1QUJA 4ZEKA 4POWA 3PUXE 1B5JA 5IKBA 2F6PA 1EZOA 1I6QA 3SDFA 4U23A 4OTEA 2G93A 4DCYA 1MPDA 2RF1A 3Q27A 1FTMA 5M2VA 3H7MA 1Y3NA 3IJOB 3SEVA 2FYIA 3G7WA 1P1QA 2O6AA 3MPLA 4OEVA 3PUWE 2YPNA 3HO7A 3GBAA 1KWHA 4YB6A 1A55A 3CSBA 2ZNSA 3E3KA 2V84A 3R26A 2Y84A 5A5XA 2I4CA 4C1UA 3Q25A 3VXBA 4IO5A 3H3GA 1LB8A 3M3KA 1WVJA 1YCJA 1Z7ME 2I58A 3TQWA 3MP6A 5I56B 3MVWA 2OWSA 3UIFA 3UGWA 2V93A 5JEIA 2DE4A 4OYVA 3K0VA 3C4MA 3GBBA 1ATGA 2Z8DA 1Y4CA 4GFRA 2ONKE 4TQUQ 2OZZA 4YKJA 5I2KA 4JWOA 2XXTA 1H43A 2DE2A 5KCJB 3MBPA 4IO7A 4BDMA 1SW5A 4F2QA 5H8NA 2DSFA 2REGA 1O7TA 3M3FA 4KFQA 3RLFE 3T66A 2Z8EA 4KI0E 2PBWA 4R74A 4X1DA 5HBCA 1PDAA 3KG2A 1R9QA 3H6UA 3U92A 1MY0A 1LFIA 1H76A 4EXLA 1QKBA 2YLNA 3G3GA 4JB7A 3EN3A 3N94A 3TTRA 1UTBB 4IO4A 2PX1A 3FV2A 3K00A 2Q9TA 3S9MC 3CR9A 3MVXA 1I6BA 3KJ7A 3THIA 2IEEA 4KD5A 3H6WA 4GQOA 4BLAA 1H45A 4XKRA 1N76A 5DT6A 1B3EA 1FTLA 3R7XA 3F11A 4N6PA 5CI5A 1URDA 3T9XB 3RT8A 1FCKA 5J1DA 4U1OA 1B1HA 4G8HA 3OELA 3RNNA 4EQ9A 1SYIA 3V8XB 2HQ0A 4R2BA 2X7QA 1POTA 3TDJA 1R1NA 3T96B 5CBRA 2QMXA 3RUMA 4O3AA 4THIA 1UTHB 4ZEIA 2RCAA 2H99A 1YTVA 3KN7A 1ELJA 2RC7A 3QAXA 1LCFA 2KLFA 4YMAA 3VVFA 4EXKA 3RT6B 4OETA 1H3DA 4RXLA 1R9LA 3KGCA 4MLVA 1OLCA 3H6VA 1B3FA 3IOUA 3PMWA 4QFNA 3IK6B 4WXJA 3DP6A 4KCCA 4HW8A 2XXRA 1NMUA 4BDRA 4MF3A 3Q29A 2RINA 1JVYA 4NF6A 2PMSA 3IR1A 1DTZA 2UXAA 3LSXA 3FVKA 4PFWA 3OMBA 4YICA 1XHYA 3KSXA 1QJMA 3RY3A 3MJNA 2XXVA 4R75A 4OEUA 4PFYA 4XKPA 5FHOA 1LCTA 1B3HA 3PMXA 3KEIA 2F97A 4G68C 1Z7NE 1GTKA 2RKMA 1BLFA 3TAJA 1GR2A 1I69A 3G3JA 5DVJA 3FXUA 4KHZE 4YKIA 2OJTA 3GXAA 4I9DA 1FQAA 5DEXA 5AA2B 3IAZA 3U1OA 3IB1A 1IZ1A 2W7YA 3VVEA 3BFTA 1B32A 4PP0A 1XVYA 1UTHA 5FTHA 3TKDA 4KQPA 1XOCA 4F3GA 3MVYA 4EQBA 3MP1A 3MPKA 3HHGA 1JNFA 4OXVA 4JSOA 4YB5A 2H98A 2F7CA 3SEWA 3OOAA 3PUYE 1B7ZA 1HSJA 3CFXA 4LVQA 3BFUA 4F18A 1MXUA 3I3VA 1B51A 1D9VA 1SVXB 5JTYB 5CM6A 1F9BA 3FIRA 1DPEA 3C31A 1AIVA 4NF4B 2D5WA 4R6YA 4X48A 3S9LC 1H44A 3KJTA 4FORA 3QUFA 1POY1 2I0CA 1B5HA 1B0LA 1MQDA 1EU8A 5TPAA 3ILUB 3TZAA 1OVBA 2BJJX 4NMYA 3K6XA 1SI0A 4QSCA 3PUVE 4OFLA 3ZKLA 4C0RA 3KBRA 2DWJA 3Q26A 2UVIA 2YJPA 3IO4A 3SKPA 4ZEFA 4ZEBA 1Y9UA 3O97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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