1JW1A

Crystallization and structure determination of goat lactoferrin at 4.0 resolution: a new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCAISLPEWSKCYQWQRRMRKLGAPSITCVRRTSVLECIRAIAGKNADAVTLDDGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTEKSPQTHYYAVAVVKKGSNFKLDQLQGQKSCHMGLGRSAGWNIPVGILRPPLSWTESAEPLQGAVARFFSASCVPCVDGKAYPNLCQLCKGVGENKCACSSQEPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKENLIWELLRKAQEKFGKNKSQRFQLFGSPEGRRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVKARCTRVVWCAVGPEEQSKCQQWSEQSGQNVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVMAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSSLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESSADWAKNLNREDFRLLCLDGTTKPVTEAQSCYLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEKYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallization and structure determonation of goat lactoferrin at 4.0A resolution: A new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
pubmed rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords LACTOFERRIN
total genus 99
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A03
1P1UA 1H43A 3FV2A 2F35A 4IY6A 5K2XA 3C9HA 5FTIA 5DVJA 2FYIA 5CMCA 2UYFA 1LBBA 1B5HA 3FVNA 3TEPA 4KYSA 5IAIA 3VVFA 1LBCA 1MXYA 5H8NA 3PPQA 1B5JA 5I56B 4YMBA 1OLCA 3GBBA 4BDQA 4ZEBA 3O9PA 4ZEIA 1HSJA 3PUZE 4R9FA 1H44A 3B6TA 4DIGA 3ECRA 5AA2A 3PGFA 3G3IA 4C1TA 1Y1MA 4XKQA 4ZE9A 4NWDA 3Q25A 1QKAA 4JXIA 1LAGE 5JTYB 4M4GA 2V3UA 4DDDA 3CFZA 1P1OA 4XKPA 1XOCA 4BDMA 5I84A 3U92A 3ZSFA 4FAJA 1BP5A 3MVWA 1SI0A 3QIMA 1BIYA 2D3IA 3VVDA 4U4XA 1SDXA 1LB9A 4GIZA 3T9HB 4YKIA 1PBQA 4N6PA 1B0HA 1MDQA 3F11A 3U72A 1N0TA 4JDFA 4GL8A 1N84A 3T9VA 3FXQA 2AL5A 1PC3A 2YPNA 1MXXA 2Y7PA 1P99A 3FV1A 4AB5A 1OVTA 1QUKA 3U93A 3KG2A 4GWOA 3VVEA 4RPOA 2FA7A 4OHNA 4M1VA 1MQGA 2VHAA 3IOWA 1AH5A 2PT2A 4OERA 3FJMA 3MPLA 2ANJA 2Z8EA 4NWCA 4H6DA 2GHBA 2H25A 2ZNUA 3L6HA 2OWSA 1JVYA 3VV5A 3T9UA 2ZYNA 4H8IA 5AA2D 5HPQA 4UA8A 3KOSA 3MZ1A 1AMFA 4PETA 3Q29A 1LAXA 3TCHA 1FTOA 1Q1KA 4FECA 4DCYA 2E0SA 1N3WA 3O6HA 4NF8A 3HO7A 3IL1B 3VDFA 4YB6A 4U2RA 1AL3A 5H8SA 5BUUA 3S9EA 1DSNA 4G4PA 2UYEA 3O6IA 1Z7NE 2NOOA 3G3KA 5DVIA 4RPNA 2F5XA 2OWTA 3K1PA 3DP6A 3I5OA 1CB6A 2VD3A 1IXHA 2H5YA 3O28A 5AA4A 1EZ9A 3OO7A 1M5DA 2OBGA 4GQOA 1P1NA 4KR5A 3ILTB 2O6AA 3PV0E 5L9MA 4YU0A 4GOTA 4GVOA 4I1DA 1A99A 4ELQA 2DXYA 3OEMA 2GH9A 1TT1A 4HCWA 4Q8RA 5AA3A 1ZJLA 1B46A 2XXUA 3TQLA 5IKBA 1FQFA 1M5CA 5DT6A 1SQYA 3EPEA 1KWHA 3LUYA 1FQAA 1TXFA 1MS7A 4OESA 1S9TA 4MLVA 4AQ4A 2DWHA 3TTRA 1MY4A 4DXCA 3C4MA 4PFUA 5I2NB 1SI1A 1B40A 1OQGA 5DTBA 2HXWA 2REGA 2GFEA 4G77A 3H7MA 4XKRA 5ICQA 3C35A 1UTBA 1B7UA 4OETA 2ZNSA 2V3TA 4ONYA 4PQJA 4ELRA 2H9BA 1N04A 1M5BA 1H3DA 1NNPA 1B3LA 3OSQA 4OYVA 4LONB 3VLWA 1GR2A 3FGSA 3V5AA 3BBRA 1NNTA 3PU5A 3CVGA 4FJPA 1UTHA 3RGYA 3PMVA 5LOMA 1NKXA 2QSXA 1GTKA 4LATA 4YKKA 2F7CA 2DWAA 3FVOA 4WKMA 1IEJA 4O3BA 1JVXA 4RJZA 2Y7IA 2ZYMA 4X9TA 2QMXA 2R9JA 1D3KA 1B7ZA 1B5IA 3THIA 2GHAA 1TFDA 3R7XA 4JBZA 2NWJA 3RNNA 3G3GA 3Q27A 3IB0A 2I4BA 2XX7A 1O64A 1A8EA 3W9WA 1GVCA 3FD3A 4NF6B 3S9MC 3QUJA 4NF4B 3FJ7A 4DCXA 5CMBA 4QHQA 3UORA 3QXMA 2B3BA 5F1QA 1US5A 3O2AA 3A09A 2XXTA 3MVZA 2XXWA 1R9QA 2R6GE 1POY1 3WAFA 3FUZA 3CG1A 1OVBA 1PDAA 4QRZA 3TCFA 5CRYA 2V25A 2P1SA 3FVGA 4O3CA 4LQ2A 5CM6A 3H6VA 3EHUA 2XXVA 4YMAA 4F29A 5H8HA 3U1OA 2XD2A 1D9YA 3ONMA 1QW0A 3CIJA 4U21A 3K01A 3MVXA 1VE4A 2XXIA 5KDTB 3O29A 4ZE8A 2OLBA 1USYE 3BFTA 4QFPA 3TQWA 2BJJX 5I57B 1B1HA 3M3FA 4JB7A 3QK6A 1MQJA 3C31A 2Q89A 3MC2A 2F36A 4G68A 3IR1A 3N6UA 4XTCQ 3N26A 5A5XB 5ISUA 2PT1A 3CI8A 4R6HA 3C32A 1B6HA 2F34A 2M8CA 4R75A 4TQUQ 4OVJA 4P0IA 4YZZA 5TP9B 4OZ9A 1URDA 2HFBA 5CMMA 1SD3A 4ELOA 1B4HA 1Y4TA 1N76A 5CBRA 4ZS9A 1TFAA 3FXUA 4OTEA 1SW1A 1VFEA 3OMBA 2V3QA 3BFUA 2YLNA 4DXUA 1DTGA 1IXCA 3JYRA 4GF8A 5EYFA 4NMYA 5L9SA 3U94A 4R74A 1D9VA 2XXPA 4N13A 3A3CA 3KJ7A 5DVFA 2Z8FA 1B3HA 3SEXA 3T96B 4IO2A 4LZ5A 3RT6B 2DOJA 5H8FB 3CFXA 2AYSA 3G3JA 1IZ1A 1JQFA 4X48A 5CI5A 5H8QA 4KHZE 3G3FA 4GFRA 1MDP1 4G8MA 3E4RA 1VFDA 2A5TA 3TYHA 5L8DA 2F6PA 3H03A 3TKDA 1NH8A 3I6VA 3G3HA 4IO3A 4R9GA 1ZLQA 3MQ9A 4GXAA 3IO6A 4RK2A 4LQ5A 4EQ7A 1NNFA 1HSEA 4JSDA 3FJGA 5I59B 5TPAA 3LC8A 3MVYA 4EQ9A 1MPDA 4EQBA 2Y7RA 1XC1A 3V8XB 3W9VA 1JNFA 3K0VA 3PPRA 1TWYA 1VR5A 4QFLA 5B7DA 4YKPA 4FE8A 5H8NB 4R2FA 4F2OA 1IITA 4KD5A 2DP8A 3DELB 3RQTA 1RYXA 4XIGQ 3SEWA 1JW1A 5AA2B 3PUVE 4H67A 3RLFE 3C34A 5CBSA 1H45A 3OO9A 4OFOA 1QUIA 3H6TA 1Y4CA 4KYEA 3N94A 4JWXA 3QAXA 3GBAA 1Y20A 3PMWA 3TCGA 3USDA 3RY3A 1MQIA 3N5LA 1LFGA 3FXRA 3GZGA 3ILUB 2HEUA 3CSGA 4ELPA 3AXFA 5B70A 2OZZA 4OEVA 1Z7ME 5J1DA 1F9BA 2UVGA 3MZ9A 4THIA 2DVCA 1M5FA 2DSFA 2ZYOA 2ZYKA 3VFJA 4OWDA 5HM4B 4NEDA 1A8FA 4DE8A 2D5WA 1DTZA 2CZLA 5I2KB 4H65A 4I9DA 2I48A 2Q2AA 1Y3PA 1B32A 2ZXTA 1URGA 1Y3NA 1BTJA 3KSXA 3T9XB 1POTA 4H1XA 4E0XA 2V93A 2G93A 2O1MA 1US4A 4F1VA 4NTLA 3UIFA 4F3BA 1IIWA 4U1ZA 3MBPA 3CRBA 4IGRA 3TPAA 2QMWA 2RC8A 5I2NA 1SW5A 4K3FA 4OFLA 1N3XA 1N7WA 1IUDA 4PP0A 3K6WA 3PD9A 3TUSA 2Z8DA 3TTMA 2Y7KA 1VSOA 1FQDA 1LSTA 4NF8B 4ZDMA 2HZLA 3IB2A 3FVKA 5I58A 3JZJA 1JW4A 2ONKE 4DLDA 2WKYA 2AL4A 3HHFA 2CMOA 1S50A 2XX8A 1LGBC 3UP9A 1IXIA 2OJTA 4PE5B 3EHSA 3PPOA 2Q8JA 1XS5A 2QRYA 2ALUA 4UACA 3ZS6A 2VGQA 3HN0A 2XXRA 3OD7A 3S2VA 1ZBMA 4F3PA 4ZEKA 5BWJA 4IGTA 1R1NA 4KYDA 4LUBA 3N6TA 1FCKA 1FTMA 1OQHA 1FTLA 1GV8A 2V84A 2DE4A 5JK4A 1P1QA 2I4CA 1O63A 3PD8A 2A5SA 2OK2A 1XHYA 1AIVA 3RUMA 4OXVA 1FQEA 1EU8A 1QJMA 3VE1B 4IO4A 5DEXB 5F7VA 3KGCA 3GLBA 4EDPA 3TZAA 4JWYA 4F22A 1UTBB 4RNSA 2RINA 3DP4A 4F39A 3KN7A 1A55A 1SW4A 1OMPA 5ICTA 4GD5A 2ONSA 4PFTA 3DLNA 3HCQA 1Y1ZA 4KPTA 1AOVA 3SEUA 1B05A 3PUWE 3EHTA 2PMSA 3Q28A 2HCAA 3TDJA 4X1DA 5M2VA 4Q5TA 1PB7A 4TLLB 3RT8A 2X7PA 4QF9A 4KCCA 4IO6A 4QFKA 2PBWA 1JEVA 1ZTYA 1CE2A 5JEIA 4H5FA 1YAEA 3QSLA 1J1NA 5HBCA 4E0WA 4LVQA 4NE4A 4F1YA 4BLAA 5EHMA 4EF2A 1MY1A 3LR1A 1I69A 5K2YA 3C36A 4BDNA 4ECFA 3D4GA 2RC7A 4N07A 4FEBA 2HZKA 4NF5B 1HSLA 1NMUA 2AIXA 3RTFB 1FQCA 2H4IA 2DXRA 5TP9A 4Q0CA 2I3WA 2F97A 3E9XA 3DP8A 2W7YA 3TMGA 2DVZA 4R2BA 4YB5A 5KCJA 3EQ1A 1ZIUA 4HW8A 4I62A 3IORA 4IY5A 1P1WA 4R72A 3S4UA 3R26A 3K6UA 4O3AA 1USYH 3KEIA 4RXLA 4DXBA 1MXVA 5H8HB 2RKMA 4WXJA 3B6QA 4YICA 3RTWB 4ZZEA 2G29A 1ZU0A 1R9LA 5DYHA 1LCTA 1IQ7A 2F7BA 2QL3A 4OQOA 1FTKA 5ITPA 4G68B 3OENA 1UIUA 5I56A 3SEVA 3MP8A 1WVJA 1MY3A 2ESNA 2F8DA 5ITOA 3UK4A 4PFWA 4MFIA 3MAMA 1MXWA 3LSLA 1BKAA 3QYTA 1DPPA 1II5A 3HHGA 4U22A 3WAEA 3FZVA 5JTYA 4I8CA 3VLUA 2ABHA 2PVUA 3MJNA 1UQWA 1LAFE 3K6VA 3HPIA 3S9NC 3K4UA 1MH4A 2F7AA 4MBPA 2REJA 2XHDA 1QULA 3PMXA 3O6GA 3PPNA 4IO7A 1NFTA 5L9OA 1MH3A 3CFLA 3V83A 3T66A 1FTJA 2NVUB 4P0GA 3K6XA 5H8QB 1JW5A 1BLFA 4ZEFA 1ANFA 4F31B 3OELA 3CSBA 3KN3A 3OSRA 1YPNA 2A5TB 3H06B 3B7DA 1FW0A 1DMBA 2HAVA 5ELVA 2X26A 1ZMGA 4L17A 2Y84A 3OO8A 4JSOA 1XVXA 1JETA 1UIVA 5TPAB 4OENA 4POWA 5FTHA 4Z0IA 4QSDA 4TLMB 4QFOA 5FHNA 4AB6A 3R6UA 2UVJA 1XT8A 1LLSA 2DWIA 2PX1A 2Z23A 4JWOA 4R6YA 4C0RA 2QS3A 3CG3A 3OEKA 2KLFA 2QS4A 3E3KA 4XKNA 1MM7A 3S9LC 4YAHX 2P2AA 3LSFB 3M8UA 3MPKA 4MLQA 1URSA 2LAOA 1LB8A 1ELJA 1EH3A 1B2HA 5I2KA 4R73A 2HQ0A 4KQPA 2D21A 2VD2A 1A40A 2P0SA 4H5GA 3TODA 3I3VA 3TTLA 2I3VA 1NL5A 3M3KA 1ZKBA 4OMBA 4Q30B 2DWJA 4FEDA 2QS1A 4HCYA 3IX1A 3PUXE 2IEEA 2O7IA 4OEUA 1B0LA 1D4NA 3TFLA 1FQBA 3G7WA 2YJPA 5EHSA 1SYHA 2F6GA 4RY1A 4ZECA 1S7YA 4EXLA 3MUQA 1PB9A 1JEUA 2FNCA 2E1SA 1PEBA 1MQDA 3L6GA 3SDFA 4LZ8A 4X1BA 3EN3A 1OLAA 3MZBA 3QUFA 4IB2A 3KN8A 1PB8A 3IOVA 1B4ZA 5FHOA 3ZKLA 1LCFA 1B3GA 3C33A 2Q2CA 3PPPA 1LFIA 3V89B 2I49A 1MY0A 4U4SA 3DM0A 1EZOA 3T22A 1QKBA 1Y3QA 4F3GA 2O69A 2Q88A 2QS2A 3W15C 4FATA 1I6AA 4LA9A 2DE3A 3IJXB 2O84X 5AA4B 2O68A 2XXYA 2I0BA 3TAJA 4QSCA 1MY2A 2XX9A 1B3FA 3EF7A 4YKJA 5AE4A 5CMKA 4G68C 1I6BA 3TTKA 3MP6A 3IOUA 2NXOA 3JV9A 2PYYA 3KOTA 5DEXA 1A54A 4QFNA 3O97A 4ISUA 5FHMA 4F2QA 2Q9TA 3TTNA 3PUYE 1QVSA 2X7QA 2O1LA 2XD3A 4GRKA 3UGWA 2O51A 1I6QA 3VXBA 3IO4A 4KI0E 4RK9A 5I58B 1B52A 4MF3A 4KFQA 3A3UA 1M5EA 3SETA 2F78A 1RYOA 2B65A 4F3SA 3KFMA 1O7TA 4C1UA 1SVXB 2UXAA 4EF1A 3IJOB 2XXHA 3T93B 3ZKKA 4NF6A 2DS9A 1Y9UA 5CC2A 4NF4A 3Q26A 4POXA 4RA1A 4IO5A 1SYIA 4U23A 3TELA 5KZTA 3IOTA 3SESA 4GXSB 3MWBA 1MQHA 4TOZA 3H6WA 3LSWA 4G2ZA 2RC9A 4FORA 3IK6B 1N7XA 3H6UA 4HS7A 2RCAA 1MXZA 4PFYA 3RPWA 3SKPA 1B3EA 3B6WA 4QSEA 1XVYA 1B9JA 2NUVA 4GLIA 3RN8A 3D4CA 3OO6A 1PBPA 1Q35A 3K02A 2DYXA 1SBPA 3FIRA 3GXAA 1LFHA 3SEYA 4MH5A 4FIMA 2UVHA 1UTHB 4NF5A 3IAZA 3OXNA 4H0WA 5KDTA 2RF1A 3K00A 3BKIB 3LSXA 5I57A 1SW2A 2GRVA 4H8JA 4XXUA 2VOZA 1MXUA 2HAUA 4ESWA 4R6KA 2ZNTA 3M3LA 5A5XA 2ONRA 4KCDA 1MG1A 1GGGA 2IA4A 1B7HA 3U8QA 1LAHE 1YCJA 1DPEA 4Z7EA 3VLVA 1B51A 2O7UA 3ODBA 4F18A 1NNKA 2DQVA 2I0CA 2I58A 3MW0A 1B1XA 2H98A 1MRPA 2VP1A 1EZPA 1OIBA 5TU0A 3O66A 1DOTA 3P7IA 5AA1A 4RYAA 1WDNA 2H99A 2OCUA 1R6ZA 1L5TA 4BDOA 2Z22A 4G8HA 4LZ7A 4U1OA 4EXKA 3SERA 3CR9A 3VXCA 4OFJA 2DE2A 2QJEA 3E13X 4F19A 1MPCA 3HV1A 2QPQA 4ND9A 2R71A 3UN6A 1T0KA 4WEPA 1RKMA 4GL0A 4BDLA 4DZ1A 3UA8A 1WODA 3IB1A 4F1UA 3H4ZA 5H8FA 4P11A 1A7LA 2RCBA 1YTVA 2I6EA 3LBSA 3K1NA 3K2DA 1IXGA 1QUJA 3KJTA 3FATA 3KSJA 4WEDA 4ESXA 2Y7WA 3KBRA 3H3GA 3HSTA 4YB7A 4G8NA 5KCJB 2B3FA 3FASA 2ZMBA 1H76A 1B58A 3OOAA 4BDRA 1MPBA 2XXQA 3KZGA 4HTGA 2THIA 2UVIA 4LP2B 2XXXA 4ZZAA 1NH7A 3K1MA 4ZEDA 1ATGA 1MM6A 4EUOA 5I59A 3MP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P1UA 1H43A 3FV2A 2F35A 4IY6A 5K2XA 3C9HA 4FBPA 4PAIA 4GWZA 5FTIA 5DVJA 2FYIA 5CMCA 2UYFA 2FIXA 1LBBA 1B5HA 3FVNA 3TEPA 4KYSA 5IAIA 3VVFA 5IZ3A 3ROJA 1LBCA 3U65A 1MXYA 5H8NA 5EYHA 3PPQA 1B5JA 1NV5A 5I56B 4YMBA 1OLCA 3GBBA 4BDQA 5EQ8A 4ZEBA 3O9PA 4PF8A 4ZEIA 1HSJA 3PUZE 4R9FA 1H44A 3B6TA 4DIGA 3ECRA 5AA2A 3PGFA 4DI3D 3G3IA 4C1TA 1Y1MA 3T0JA 4XKQA 4ZE9A 4NWDA 3Q25A 1QKAA 4JXIA 1LAGE 2FVZA 5JTYB 4M4GA 2V3UA 4DDDA 3CFZA 1P1OA 4XKPA 1XOCA 4BDMA 5J16A 4GX4A 5I84A 4MNIA 3U92A 3ZSFA 4FAJA 1FPEA 1BP5A 3MVWA 1SI0A 3QIMA 1BIYA 2D3IA 3VVDA 4U4XA 2PFYA 1SDXA 2PFZA 1LB9A 3LUZA 4GIZA 1NUWA 3T9HB 1FPBA 4YKIA 1PBQA 4N6PA 1B0HA 1MDQA 3F11A 3U72A 1N0TA 4JDFA 4GL8A 1N84A 3T9VA 3FXQA 2AL5A 1PC3A 2YPNA 1MXXA 2Y7PA 4NGUA 1P99A 3FV1A 4AB5A 1OVTA 4X8RA 1LBWA 1QUKA 3U93A 3KG2A 4GWOA 3VVEA 4RPOA 2FA7A 4OHNA 4M1VA 1MQGA 2VHAA 3IOWA 1AH5A 2PT2A 4OERA 3FJMA 3MPLA 2ANJA 4PAKA 2Z8EA 4NWCA 4HE0A 4H6DA 2GHBA 2H25A 2ZNUA 3L6HA 2OWSA 1JVYA 4PAFA 3VV5A 3T9UA 2ZYNA 4P1EA 4GX6A 4H8IA 5AA2D 5HPQA 4UA8A 3KOSA 3MZ1A 1AMFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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