4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
5ICQA 2F34A 3SESA 1JETA 1IUDA 1D4NA 3U72A 4TOZA 2GH9A 4JWYA 5H8SA 4LA9A 3T9XB 4DCXA 4YU0A 3MPKA 1SQYA 3HN0A 1UTHA 1AOVA 3LUYA 2HFBA 3Q26A 1YCJA 3C31A 4LONB 4NF8B 2RC7A 1ZTYA 2O6AA 4OENA 4KI0E 1Y3PA 5FTHA 4QSDA 3ZSFA 3W15C 3O28A 2DQVA 2F7BA 4HS7A 3FV1A 4LATA 1H43A 2HXWA 4KYDA 3QAXA 4FAJA 1NMUA 1B3LA 4NMYA 1IQ7A 3V83A 4DE8A 3CG3A 3VE1B 1H3DA 1QUJA 2ZXTA 4YB6A 4I9DA 3FXRA 3Q29A 1LFHA 2H9BA 4R6HA 4RA1A 1UTBB 5DVIA 1JNFA 3T9UA 3JZJA 4IO7A 3PPNA 4KPTA 2VD2A 3M3LA 1BLFA 2XXHA 5H8HA 4WXJA 1B3FA 1IZ1A 4U21A 4YZZA 3TYHA 3KBRA 3RN8A 3IO4A 4GOTA 1XOCA 2F7AA 4OWDA 3BFUA 3PGFA 3K02A 3GBBA 4FJPA 4KR5A 2ZYNA 3KSJA 4FORA 3UK4A 5DEXA 3ODBA 3MP6A 3TKDA 1TFDA 1J1NA 3PV0E 4F2QA 5F7VA 4RPNA 3M3KA 1B40A 3S9NC 5DYHA 2V93A 4RK9A 4HCWA 3MZBA 4ZE9A 4ZECA 2O84X 2DYXA 1BKAA 4G68A 1VR5A 2Q8JA 4PFTA 1TT1A 4H8JA 2FNCA 5AA2B 2OWTA 1MXXA 4JXIA 2DE2A 3IOTA 4C1TA 1SYHA 1SW1A 2Z8FA 4QSEA 4EXKA 5TU0A 3VFJA 2UXAA 1QKBA 2GFEA 1SD3A 3HV1A 4RY1A 2XX9A 1RKMA 2NUVA 3CFLA 4G77A 3I6VA 2Z8DA 4OESA 3V89B 5ISUA 3MVXA 3LSWA 3FGSA 5JTYB 2Q89A 3T93B 3TTMA 1LFGA 1MY3A 1ZKBA 1IIWA 5H8FA 3KOSA 4EF1A 4M1VA 2DVCA 5HPQA 1MDP1 5EYFA 3K01A 4WEDA 2F6PA 1XS5A 5ITOA 3MVZA 2XXRA 3PUZE 3CFXA 4F1YA 3RPWA 4ESWA 3IJOB 3K6WA 3FVGA 3RTFB 5CBRA 4MH5A 1AL3A 3K00A 5TP9A 1B0LA 4H65A 2DS9A 3S9MC 2QSXA 1JVYA 2D3IA 3FIRA 3R26A 2FYIA 4OFLA 3VDFA 1D3KA 1SW5A 2XXIA 3OEKA 1HSLA 4FATA 3TFLA 2OK2A 3K6XA 1R6ZA 1JVXA 3OEMA 3TCFA 1M5DA 2FA7A 2Y7KA 3W9WA 3FJMA 1YAEA 4Q30B 4C0RA 1LLSA 1P1QA 1QJMA 1Y3QA 4NF5A 3TTNA 2IA4A 4RNSA 5KDTA 2V3UA 2XXWA 2UVGA 3KZGA 1FQBA 1SI1A 1M5BA 3TODA 1A99A 4U4XA 5AA2D 2O1LA 3H4ZA 1T0KA 4O3BA 3UP9A 1NNFA 4IO4A 3H06B 3MWBA 3H6UA 4DIGA 1Y4TA 3OXNA 1MY0A 1M5FA 3EHTA 1S7YA 5KCJB 4U1ZA 4YMAA 4KQPA 1TFAA 4PE5B 3L6GA 4R9GA 4F3SA 5CI5A 3HCQA 5A5XA 1WVJA 1II5A 3K1NA 3V5AA 1N0TA 4LQ2A 4NF6B 1MQDA 4IY6A 1QULA 3IOUA 5B70A 1ELJA 2VHAA 4IB2A 5TPAA 4HCYA 1P1OA 3QUJA 3OELA 3IX1A 1US4A 1URGA 2CZLA 1LSTA 4PFUA 4DDDA 3C32A 1EH3A 1B3HA 1RYOA 4F29A 2XD3A 1ANFA 2G29A 5AE4A 1OLCA 1KWHA 4QHQA 3SEUA 2QMXA 3EHUA 1N7XA 5ITPA 2Y7WA 1Y4CA 4JWXA 3IB0A 1N04A 1AIVA 3GBAA 4X1BA 3GXAA 3MBPA 3ZKLA 4WKMA 2RCBA 2I3VA 1MQIA 3USDA 4KCCA 1DTGA 3DP6A 3U1OA 1JW4A 5ICTA 2A5SA 2DE4A 3FJ7A 2P1SA 3TTRA 2ONKE 1LAHE 3V8XB 3C36A 1P1WA 4F18A 4F3BA 3U8QA 4R72A 3AXFA 2QMWA 3L6HA 5DT6A 3MAMA 3PPRA 2ZYOA 4G8NA 4F1UA 4U4SA 1JW5A 4H6DA 3G3JA 5KZTA 2REGA 4LVQA 4EXLA 3C35A 2V84A 2OWSA 4U1OA 3IOWA 4R6KA 3CIJA 5FHNA 1MH3A 1LFIA 3KN8A 4TLLB 3C4MA 3DM0A 4H8IA 5DVFA 4OQOA 1WODA 2UVIA 4RPOA 5FHOA 3QSLA 4RXLA 4KYEA 1XC1A 1N7WA 2DP8A 3HHFA 4Q8RA 4Q5TA 1EZPA 2PT1A 4JSOA 3B6WA 1EZ9A 1PEBA 3Q25A 4NF8A 4POXA 5HBCA 1S9TA 1IITA 3O2AA 2UYFA 4ZE8A 3C33A 3VVDA 2GRVA 4X1DA 2XXPA 3E3KA 4ZDMA 4ZEIA 2H5YA 1CB6A 5I56B 2X26A 4QSCA 4ZEBA 4NWDA 1A54A 3LC8A 5H8NB 1XVYA 2A5TB 3RLFE 1A7LA 1A8FA 2DWIA 4GQOA 4WEPA 2ZYKA 1SVXB 5I58B 4F3GA 3IJXB 2PYYA 3OSRA 1IXHA 2H4IA 3ILTB 5CMBA 1A40A 3DELB 2DOJA 1GR2A 3E4RA 2DVZA 2AL4A 4N07A 3TZAA 1NFTA 3S4UA 3HPIA 3T66A 3ZS6A 3VLVA 2E0SA 1OVTA 1PB7A 4I1DA 1NNPA 2V3TA 3MP8A 4ZZEA 4OZ9A 1LAFE 2QS2A 1B7HA 4YB7A 3I3VA 2Z22A 3PU5A 5I2NB 1UTHB 2I3WA 1Z7NE 3GZGA 3QIMA 3FATA 4GXSB 2I58A 2R9JA 4EQ9A 1OQHA 2Q2CA 3JYRA 5IKBA 4H67A 2XX7A 1H45A 4P0IA 1OMPA 1M5CA 3KJ7A 3ILUB 4FE8A 5L9SA 3H6TA 3KFMA 3PMWA 3E13X 5CM6A 2QS4A 1NH8A 4BDNA 4JBZA 1BTJA 2RC8A 4LZ5A 3TQLA 3OENA 5JEIA 1XHYA 1MQJA 3CSBA 2HQ0A 1GV8A 3MP1A 5FHMA 3CRBA 1B9JA 5F1QA 2LAOA 2P2AA 3UIFA 4R74A 4KD5A 3A09A 3F11A 3FVKA 5JTYA 2HCAA 3SKPA 1H76A 2B3FA 3CFZA 2H25A 1SBPA 4IO2A 3EPEA 2Y7PA 1URDA 4ZEFA 1POTA 3T9VA 1B1XA 1GGGA 4XKQA 3H03A 4GRKA 3G3IA 4ZEDA 3CG1A 4DXUA 1MXVA 1I6BA 1EU8A 2PMSA 4UA8A 2O7IA 2DXYA 2YJPA 4XIGQ 1R9LA 3H3GA 2VD3A 1JW1A 1XVXA 3I5OA 1UIVA 3MZ1A 2DWHA 1Y1ZA 1I69A 4E0XA 2ABHA 4G68B 5CMKA 4XKPA 3TQWA 3PUYE 2ZNSA 5CRYA 3N26A 1R9QA 3DLNA 3Q27A 1LGBC 3KN7A 1Y1MA 1OQGA 3TEPA 1URSA 4GD5A 4FEBA 1ZJLA 3UN6A 4PFWA 4F39A 2XXUA 2UVJA 3KN3A 1SI0A 5L8DA 1ATGA 5H8QB 4BDQA 5AA3A 4JSDA 3SETA 5H8FB 4H5GA 3KSXA 4N6PA 5I2KA 2F5XA 4QF9A 1FTKA 1P1NA 3O6HA 4XKRA 3KJTA 3T96B 1MH4A 2NWJA 1MM6A 4MLQA 3TTKA 5DVJA 2PBWA 1OIBA 2OLBA 1P1UA 1MDQA 4LP2B 3LSXA 3OO7A 2V3QA 3PUWE 3U94A 1A8EA 4PETA 2CMOA 5AA1A 5TP9B 3TDJA 1NL5A 4IY5A 4FEDA 4G8HA 4X9TA 1IXIA 1GVCA 3ECRA 1B7ZA 1ZLQA 2XD2A 1AH5A 5I57A 2Y7RA 1MY4A 3LR1A 3DP8A 4E0WA 1PB9A 1N84A 3EQ1A 1OVBA 4ONYA 5CMCA 3B7DA 2OZZA 4P11A 1MS7A 4RK2A 3D4CA 4ECFA 3WAEA 2OJTA 1JEUA 3QYTA 2F6GA 5JK4A 4NF5B 3MZ9A 3H7MA 4YAHX 3MW0A 4I62A 1B2HA 3SEXA 5KDTB 1B5JA 3A3CA 2HEUA 3ONMA 1ZBMA 4QFNA 3O29A 4GFRA 1CE2A 1LCFA 2I48A 2XHDA 3M3FA 1B0HA 1BP5A 1SW2A 1USYE 5DTBA 2AIXA 1QW0A 3U92A 2XXXA 4XKNA 1MG1A 2PVUA 4MF3A 3MUQA 2QS1A 2QPQA 4ELRA 1MXYA 2QRYA 1YPNA 1D9YA 1LAGE 5I59B 3O9PA 4FIMA 1GTKA 2GHBA 3S2VA 5AA4B 3TPAA 1IEJA 1VSOA 4M4GA 1Y3NA 3KOTA 3TTLA 2RINA 3N5LA 2XXTA 4H1XA 4H5FA 4OEUA 3K2DA 3UGWA 1MXWA 3BBRA 1DPPA 3THIA 3O66A 1RYXA 4RYAA 2O7UA 1Z7ME 4ND9A 5BWJA 2E1SA 1B5HA 1QUKA 4ZEKA 4OYVA 4Q0CA 1MPCA 3UA8A 3MVYA 5L9OA 1A55A 1L5TA 4TLMB 3TELA 5H8NA 2O68A 2Q9TA 3K6UA 3K1PA 4ZS9A 4LZ7A 2I49A 2RKMA 3S9EA 4OEVA 3IO6A 3RNNA 1MPDA 3IAZA 3CSGA 1FTOA 3RGYA 4QFPA 2Z8EA 3SDFA 3PMVA 2NXOA 2RF1A 3MQ9A 4L17A 1AMFA 2DWJA 3TMGA 3H6WA 3A3UA 4IO3A 3UORA 1BIYA 1VFDA 1PB8A 1TWYA 3FV2A 4IO6A 4YMBA 1HSJA 4R9FA 1FTLA 5FTIA 4AB6A 4YKPA 3MVWA 1NH7A 1IXCA 4YKKA 1D9VA 4G4PA 3LSLA 1DTZA 4ELPA 4MLVA 2QJEA 5L9MA 1B3GA 4EQBA 1B52A 3R7XA 2DXRA 4Z0IA 3QUFA 4OXVA 4F3PA 4R6YA 3OD7A 1VE4A 4FECA 1FQEA 3IB1A 1MRPA 4BLAA 3PPQA 3FXQA 5I2NA 4KYSA 1UTBA 4IO5A 2BJJX 4NEDA 4XTCQ 1POY1 1QKAA 3HO7A 3VV5A 4NF4B 5M2VA 3SEWA 3VVFA 4LQ5A 3IB2A 3G7WA 1XT8A 4U2RA 1F9BA 1NNTA 3MC2A 5K2YA 4O3AA 3FD3A 2KLFA 2QL3A 3DP4A 3TCGA 5LOMA 4JWOA 3VXBA 4GWOA 2VGQA 3C9HA 4H0WA 5EHSA 1O64A 4LZ8A 3K4UA 5K2XA 1FQFA 4MBPA 3PD8A 4JB7A 1ZMGA 3B6TA 1EZOA 1Y9UA 1MQHA 2ZNTA 4QFKA 2ONSA 1FQCA 5CMMA 4GL8A 2HZLA 1Q1KA 4N13A 2ZYMA 3RTWB 2F78A 3PPOA 4Z7EA 4F31B 1S50A 3OO9A 2QS3A 4OFOA 5BUUA 1Y20A 2ESNA 2H98A 4DXCA 5AA2A 4F2OA 4AQ4A 4R2BA 4DXBA 3K6VA 1HSEA 2DSFA 4F19A 2O1MA 1B46A 3M8UA 3P7IA 2NOOA 2B65A 3O6GA 3ZKKA 1LBBA 2ZNUA 1R1NA 3FUZA 4GLIA 3FASA 1VFEA 3G3FA 3JV9A 4GL0A 4ELQA 4OETA 1LB8A 3K0VA 3EF7A 3W9VA 3O6IA 2THIA 3IOVA 4POWA 5H8HB 2DWAA 4ELOA 3OSQA 4EUOA 2Q2AA 4MFIA 3EHSA 1PDAA 2PX1A 4DLDA 3G3GA 3MPLA 4F1VA 3R6UA 4PFYA 4YICA 2I4CA 4BDLA 4EF2A 1O7TA 5DEXB 1LCTA 3T22A 4R2FA 2UYEA 2IEEA 4IGTA 3PMXA 4G2ZA 4BDRA 4K3FA 1FQDA 1LAXA 1ZIUA 1US5A 3PUVE 1WDNA 2O51A 4OTEA 3FVOA 2F97A 2VP1A 4NWCA 5H8QA 4AB5A 3MJNA 4DCYA 3SERA 1B58A 1YTVA 2R71A 4OERA 2HAUA 3S9LC 4U23A 1I6AA 2DE3A 3HSTA 1TXFA 2D21A 2XX8A 2ZMBA 3E9XA 1DMBA 2REJA 4OHNA 4X48A 3G3HA 1NKXA 1NNKA 2X7QA 2RCAA 3Q28A 2XXQA 2OBGA 2F7CA 4C1UA 3SEVA 1MM7A 1B6HA 4BDOA 2F35A 4KHZE 4YB5A 4O3CA 3T9HB 4G8MA 3VLUA 4EQ7A 2OCUA 4R73A 3EN3A 5KCJA 3LBSA 3IR1A 3D4GA 1ZU0A 2I0CA 2O69A 1FTMA 2I6EA 4HW8A 3H6VA 2HZKA 3RY3A 3FZVA 1H44A 2RC9A 2WKYA 4NF6A 2M8CA 3CI8A 3N94A 4KCDA 3QK6A 4GXAA 1JEVA 2Y7IA 1OLAA 2Y84A 1Q35A 3KG2A 4UACA 3FXUA 2I0BA 2P0SA 3RT6B 2F36A 2VOZA 5I2KB 3OO6A 4NE4A 3IL1B 4THIA 1B3EA 4ESXA 2YLNA 3FVNA 3VXCA 4YKIA 1JQFA 1SDXA 4QFOA 3PPPA 3SEYA 1LB9A 2W7YA 1MQGA 3N6UA 1MXUA 5IAIA 3QXMA 1MY1A 1PBQA 3RQTA 4F22A 3IK6B 2R6GE 4HTGA 1N76A 4NTLA 2Q88A 5I59A 1USYH 3BKIB 3HHGA 1QVSA 2I4BA 4I8CA 5AA4A 3PUXE 5J1DA 3TCHA 3RUMA 4RJZA 5I84A 1B5IA 1B4HA 3KGCA 1DOTA 5I57B 4OMBA 5A5XB 4DZ1A 3K1MA 1N3XA 2ANJA 4LUBA 1SW4A 1MY2A 5B7DA 4KFQA 2H99A 4PQJA 2GHAA 4P0GA 4EDPA 2AYSA 4OVJA 1PC3A 4TQUQ 5EHMA 5TPAB 3VLWA 3G3KA 5CBSA 1FTJA 1IXGA 3OO8A 3OOAA 4XXUA 1QUIA 5CC2A 2D5WA 1P99A 1M5EA 2XXVA 4OFJA 4PP0A 4G68C 1B1HA 2V25A 3OMBA 3BFTA 1FCKA 3GLBA 2Z23A 1PBPA 2ALUA 2F8DA 2HAVA 1B51A 3VVEA 4GIZA 2X7PA 4ZZAA 2XXYA 4JDFA 1B32A 1I6QA 1B05A 5I56A 2YPNA 4GF8A 2NVUB 3B6QA 4GVOA 2A5TA 4R75A 3PD9A 3TUSA 4QFLA 1MPBA 2UVHA 1UQWA 3CR9A 3N6TA 4ISUA 1DPEA 4BDMA 5I58A 1B7UA 2G93A 1LBCA 1N3WA 3U93A 1B4ZA 2PT2A 1O63A 2ONRA 1SYIA 3C34A 3TAJA 4YKJA 1MXZA 3LSFB 3IORA 1FW0A 3KEIA 3FJGA 4QRZA 1UIUA 4U22A 5HM4B 1FQAA 4NF4A 3WAFA 3RT8A 2B3BA 3CVGA 5ELVA 3O97A 1DSNA 4IGRA 2AL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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