3O9PA

The structure of the escherichia coli murein tripeptide binding protein mppa
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
509
structure length
509
Chain Sequence
TVLAEKQELVRHIKDEPASLDPAKAVGLPEIQVIRDLFEGLVNQNEKGEIVPGVATQWKSNDNRIWTFTLRDNAKWADGTPVTAQDFVYSWQRLVDPKTLSPFAWFAALAGINNAQAIIDGKATPDQLGVTAVDAHTLKIQLDKPLPWFVNLTANFAFFPVQKANVESGKEWTKPGNLIGNGAYVLKERVVNEKLVVVPNTHYWDNAKTVLQKVTFLPINQESAATKRYLAGDIDITESFPKNMYQKLLKDIPGQVYTPPQLGTYYYAFNTQKGPTADQRVRLALSMTIDRRLMTEKVLGTGEKPAWHFTPDVTAGFTPEPSPFEQMSQEELNAQAKTLLSAAGYGPQKPLKLTLLYNTSENHQKIAIAVASMWKKNLGVDVKLQNQEWKTYIDSRNTGNFDVIRASWVGDYNEPSTFLTLLTSTHSGNISRFNNPAYDKVLAQASTENTVKARNADYNAAEKILMEQAPIAPIYQYTNGRLIKPWLKGYPINNPEDVAYSRTMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Periplasmic murein peptide-binding protein
publication title Compensating Stereochemical Changes Allow Murein Tripeptide to Be Accommodated in a Conventional Peptide-binding Protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Peptide binding protein/peptide
total genus 166
structure length 509
sequence length 509
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3o9pA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o9pA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3o9pA02
2HAVA 1TT1A 3L6HA 5I59B 1B40A 4M4GA 3MUQA 1BP5A 1N3XA 3BKIB 4R2BA 2F97A 3Q25A 1MM7A 2I48A 4P0GA 4OFLA 2XXVA 4WEPA 1NFTA 2IA4A 4NF4B 3MP1A 5TPAA 1QKBA 1MPCA 3MP8A 3UP9A 1SW2A 3V8XB 5DVFA 2ZMBA 4FEDA 4QFNA 1LSTA 5H8HA 4NF8A 3SDFA 1LCTA 2YLNA 4X1BA 3OO6A 1A99A 5DEXB 3C9HA 3PUXE 5I2KA 3D4CA 1AIVA 2O7UA 3H6UA 4G68A 4TLLB 4EQBA 3OO7A 2P1SA 1OVBA 3VLWA 4FATA 4HTGA 5CMMA 5I84A 3RLFE 4DZ1A 1NKXA 4F2OA 1B3HA 4JXIA 1JW4A 2B3FA 3SKPA 2D21A 4ELQA 4GXSB 3IJXB 3E13X 3QUJA 1O64A 5FHOA 1MDQA 2R9JA 4DCYA 3UK4A 5FHMA 4AB5A 3I6VA 4R6YA 4R9FA 1B5JA 2F34A 2HCAA 4IGRA 1ANFA 4G2ZA 2Z8FA 3PPPA 5TU0A 1SYHA 2PVUA 4ESWA 3O6GA 3EHUA 3GXAA 3V83A 1NNTA 1CE2A 3DRJA 3FASA 1JQFA 4P0IA 3QYTA 2PT2A 4N07A 5ICQA 1BLFA 5AA1A 5L9SA 5HM4B 4P11A 4F19A 2GH9A 5F1QA 1MQHA 4Q30B 1MXVA 2HQ0A 1OMPA 2DE3A 2XXWA 1O63A 4EF2A 2B4LA 3MJNA 4JBZA 3TODA 2D5WA 1XVYA 1YAEA 3H7MA 3OEKA 3ZS6A 5AA2B 4DCXA 2WOKA 4EXKA 3PPNA 1JVXA 3VE1B 4U1OA 2DSFA 1Q35A 5CC2A 1SBPA 1US4A 3HHFA 4QHQA 4IY6A 3VXCA 3IOTA 3U8QA 2XXIA 2XXYA 3QIMA 3HHGA 3K1NA 4DXBA 2ANJA 3DLNA 4FIMA 4GIZA 2VD2A 4E0XA 3H6WA 4RK9A 3PUZE 4PQJA 2F35A 2ZNUA 4DE8A 1YTVA 3PUWE 2XX8A 2Y7PA 4R74A 2RINA 4BLAA 1NH7A 3KN8A 1NNKA 2GFEA 3SERA 1QULA 2H4IA 1TFDA 1XT8A 4XKRA 1F9BA 4TOZA 3PPQA 3DP6A 3EHTA 3UA8A 3MW0A 1Y3PA 3CI8A 2I3VA 1D9YA 2H25A 1EH3A 2F36A 3TYHA 4JB7A 4C0RA 5JTYB 3R7XA 2ZYNA 1N3WA 2RC8A 3MPLA 1SW1A 2F6GA 3IOUA 2I0BA 4R2FA 3IR1A 1URDA 3VVDA 2D3IA 1USYH 3IO4A 1I69A 3TQWA 3DRKA 4DDDA 4NWDA 1TFAA 4I62A 1BIYA 2UVGA 3C31A 2RKMA 4OZ9A 4TQUQ 4X9TA 2CMOA 3IB0A 1SI1A 1Z7ME 4LUBA 4YB6A 1DPPA 5F7VA 2O51A 1B3LA 4F3SA 2F5XA 3PD9A 1VSOA 3RQTA 1FTKA 4U1ZA 3KGCA 4KYEA 4F1UA 1DSNA 4RJZA 3IX1A 2UVJA 3PMVA 3RT8A 3Q27A 4GLIA 1UIUA 1OQGA 3RY3A 1Y4TA 4KCCA 5HBCA 1IUDA 3LVUA 1MY0A 2XX7A 3ONMA 3VXBA 1OQHA 3WAEA 4OHNA 1MXXA 5B7DA 3HN0A 4ELRA 4F31B 2HZKA 2XXHA 4QFPA 1RKMA 1B6HA 4ZE9A 2O1LA 3C36A 3SETA 1OVTA 1NNPA 3T93B 2UVIA 5J1DA 3MVWA 4K3FA 4LQ5A 3CHGA 5CMBA 5L9OA 3KG2A 3HV1A 3K6XA 5DVIA 1AMFA 4OMBA 1ZTYA 2FA7A 1MPDA 4L17A 2THIA 4NEDA 4LA9A 4OWDA 2DWJA 1PB9A 1LB9A 2X7PA 2NUVA 4ZEKA 3SESA 3G3KA 4PFTA 5I2NB 4ZEDA 3ECRA 3M3LA 5I58B 1R9QA 1SD3A 1MY2A 1UTHA 3K6UA 4Z7EA 4MF3A 3S9MC 5ELVA 3MPKA 4GD5A 3HSTA 3CSBA 4MH5A 4F1VA 2VP1A 2R71A 4H8JA 3O28A 4LONB 1FTMA 2Q88A 3T96B 5TP9B 3O6IA 4FECA 5TP9A 1MQIA 4ECFA 2VHAA 4GOTA 1QUIA 4AB6A 2YJPA 3I5OA 4GWOA 5AE4A 5EHSA 1LGBC 2HXWA 1P99A 1B51A 3TCHA 4EQ7A 5KCJB 2A5SA 5CRYA 3HO7A 3FJMA 4RA1A 2XD2A 1B2HA 1VFEA 3CRBA 2P2AA 2Y84A 1WODA 2XXXA 4OESA 4FJPA 4ELPA 4F22A 1QVSA 1A55A 3W9WA 2XXRA 1VFDA 1JW1A 3RTFB 1RYXA 4NMYA 4NF6B 2ESNA 2AL4A 4IY5A 3E3KA 3G3IA 3BFUA 4KR5A 1S7YA 1N76A 3KFMA 2XX9A 4PFYA 4G68C 3L6GA 3CFZA 5H8NA 1MQDA 4G8MA 3TCFA 1DOTA 5FHNA 4R73A 2Q2AA 1M5DA 4OXVA 3DELB 4PETA 1PB7A 3KJ7A 4LATA 3G3FA 4ZZEA 1JW5A 3TDJA 1D3KA 1QJMA 1WDNA 2OLBA 1H45A 3JYRA 1FTOA 3OSRA 2NXOA 3FGSA 3LR1A 4GXAA 5TPAB 3TPAA 4QFKA 2DE2A 5BUUA 3RUMA 3FIRA 3EF7A 2X26A 5H8HB 5H8FA 4NF8B 3PD8A 1AOVA 3S9NC 5AA4A 3ILTB 5I2KB 4DLDA 3OELA 4LP2B 2DXRA 4G68B 1XOCA 1M5CA 4NTLA 3FTOA 1M5EA 4FORA 4BDNA 1M5FA 4MLQA 3BBRA 2ZXTA 3U94A 3SEVA 3O2AA 1Y20A 3TTMA 2OJTA 2DWHA 5DTBA 1SVXB 2V93A 1D9VA 1HSJA 1NH8A 4WKMA 1ZMGA 2RF1A 1B0HA 4ZEIA 3PUYE 4U21A 2QS3A 1UTBA 5EYFA 4RYAA 3GBAA 3KEIA 4RK2A 3OSQA 3UGWA 1Q1KA 1WVJA 3E9XA 3MZ1A 3TUSA 3IO6A 2OBGA 3C33A 4Q8RA 3OENA 3OMBA 3K1MA 5I57A 3FV1A 2HFBA 2RC9A 3DP4A 3JV9A 2DE4A 1ZLQA 2VGQA 2O69A 3SEYA 3T9XB 1O7TA 1BKAA 2Z8EA 3CR9A 3JZJA 1DTGA 1MRPA 1FCKA 1A7LA 4YKKA 4BDOA 2AYSA 2PYYA 1IIWA 1Z7NE 2VD3A 3TTNA 2QS4A 3LSLA 3EQ1A 2F7BA 5CMKA 5DYHA 2AIXA 4RXLA 2W7YA 4RPOA 4H6DA 3K00A 3PMWA 3S4UA 4KPTA 1MQJA 4GF8A 3TAJA 1H43A 4NF5A 1M5BA 3DM0A 2DVZA 3O6HA 3ZKLA 5EHMA 3PPRA 4OEUA 3OXNA 3FUZA 4DXCA 1EZOA 1AL3A 4MBPA 1B05A 3PPOA 3S2VA 4LQ2A 2A5TA 1L5TA 3IB1A 3KN7A 4XKNA 3DRFA 2QMWA 1Y1ZA 4R75A 1B4HA 1MXZA 4LZ7A 2O68A 3QSLA 4KYSA 3CG3A 3MVZA 1YPNA 1LAXA 1N7WA 3LC8A 3VLUA 3FD3A 4OVJA 1GV8A 3VV5A 1RYOA 5KDTA 1FQDA 5K2YA 4F29A 5H8SA 3HPIA 3S9LC 3GLBA 2AL5A 3K2DA 1OIBA 5ITOA 3D4GA 1H76A 3G3JA 2H99A 3H06B 1FTLA 4X48A 2G29A 5FTHA 4YZZA 3IOVA 1R1NA 2GHBA 3FJ7A 3H3GA 3KZGA 4F3BA 3ODBA 5L8DA 3ZKKA 1LAFE 3MZ9A 3MC2A 1GGGA 4ZE8A 4AQ4A 1ATGA 3A09A 2DOJA 5ITPA 2H5YA 1FQAA 3IL1B 4QFLA 3KJTA 5M2VA 3K02A 4U4XA 4POXA 3H03A 5JK4A 1B7HA 3KBRA 4XXUA 1A8FA 3T9UA 3T22A 2DQVA 4DXUA 3ZSFA 3FJGA 4ELOA 2KLFA 4GRKA 3N26A 1EZ9A 4RPNA 1SW5A 1EU8A 2REJA 3BFTA 1LFGA 5B70A 3K4UA 2E1SA 1J1NA 5ISUA 3FV2A 1IXHA 2B4MA 3K0VA 3RTWB 4JDFA 5H8QA 1R9LA 1JEVA 1ZIUA 3CIJA 4G77A 2Y7IA 4OYVA 4EF1A 2PBWA 3PV0E 1VR5A 3PGFA 4F2QA 3CSGA 3LUYA 3UORA 3PAMA 3VDFA 3KOTA 1LB8A 2GHAA 1B46A 3VFJA 4IO7A 4QFOA 2Z8DA 1MXWA 1IQ7A 4YMBA 2VOZA 4THIA 3MWBA 1MPBA 3CVGA 3Q29A 4H5FA 3EN3A 4OETA 4U4SA 1LBBA 1UQWA 1H44A 2Y7KA 3G7WA 4BDMA 3GBBA 2BJJX 1UTHB 1XVXA 1LBCA 5DT6A 4G8HA 4PP0A 1ZBMA 1VE4A 5I56A 4XKPA 5FTIA 2ZNTA 4QSEA 1LCFA 1MXUA 4LZ5A 4KCDA 1PDAA 1BTJA 3TELA 4IO3A 1POTA 4MLVA 3F11A 3N6UA 1Y4CA 5A5XA 4F18A 1P1OA 2R6GE 4ZEFA 3AXFA 1LLSA 3USDA 4XTCQ 3U92A 3C4MA 1FQEA 3DRGA 1B1XA 4ESXA 4KFQA 4RY1A 1P1WA 2WOPA 4C1TA 4OTEA 1URSA 1JETA 4JWOA 4N6PA 1I6BA 3FATA 1JNFA 1P1NA 1ZKBA 3U72A 4XKQA 1GTKA 1P1UA 3KOSA 4GVOA 3T9HB 1MY3A 4POWA 1FQCA 3PUVE 2DWIA 4NE4A 1MQGA 5H8NB 3CFLA 3QXMA 3O97A 2XHDA 3H6VA 2F7CA 3KSXA 2XXQA 2O7IA 3UIFA 3CFXA 4EQ9A 2I6EA 1I6AA 1DPEA 1Y3NA 4JWYA 4ONYA 1MDP1 2B65A 4YKPA 2H98A 3CG1A 2X7QA 3DRHA 1MY1A 2QS1A 1ZU0A 1B5IA 1KWHA 3R6UA 3GZGA 5JEIA 4R6KA 4OFOA 5H8FB 3U1OA 4ISUA 5CBRA 5I59A 4OERA 4Q5TA 2RC7A 5AA4B 4PE5B 4O3AA 4F3PA 4YAHX 1US5A 1ZJLA 3A3UA 2OCUA 3FVNA 4TLMB 3ILUB 4EUOA 1QW0A 4JSOA 2ZYMA 4NF4A 3G3GA 1S9TA 1PBPA 5CBSA 1B3GA 3RYAA 3OOAA 3TTKA 4UA8A 1QUJA 1GR2A 3VLVA 1SI0A 1AH5A 4I9DA 3UN6A 2V84A 3IAZA 4O3CA 4XIGQ 2Q89A 2O1MA 5DEXA 2DYXA 4LVQA 2QL3A 4X1DA 3TQLA 1FTJA 1UTBB 3VVFA 1B52A 2ZYOA 1SW4A 4G8NA 3TTLA 1XHYA 1MXYA 4PFUA 4GQOA 3TZAA 4BDQA 1LFHA 1NNFA 1XC1A 4YMAA 1PEBA 1MH4A 2DS9A 1XS5A 3QAXA 2F6PA 4YKIA 3FZVA 4I8CA 5I57B 1I6QA 3KSJA 1DTZA 4KD5A 3FVGA 3HCQA 1B7UA 2DXYA 2V3TA 2ABHA 4KHZE 1IITA 2V3QA 1IEJA 3DP8A 4OFJA 4KQPA 3Q26A 4G4PA 5IAIA 5AA3A 1B7ZA 1LAGE 4Q0CA 1HSEA 4YKJA 1MG1A 3FXRA 3O6PA 1LFIA 2LAOA 5CM6A 3C32A 4C1UA 3TMGA 4U23A 2PX1A 3FXUA 4NF5B 4IO6A 4QF9A 3TFLA 3DRIA 1JVYA 3FVOA 1SYIA 3TTRA 3A3CA 1UIVA 3QUFA 4QRZA 4FEBA 4ND9A 4R9GA 3M3FA 1TWYA 2E0SA 1NL5A 5AA2A 2A5TB 2QJEA 3TCGA 3I3VA 2ONKE 3N6TA 1B5HA 4N13A 3IOWA 4HCWA 4H5GA 4GFRA 3EPEA 3G3HA 5ICTA 1N84A 3IB2A 2H9BA 1B32A 3MAMA 3V5AA 3FVKA 2FNCA 2NOOA 1Y3QA 4I1DA 4ZS9A 2G93A 1SDXA 4Z0IA 3OO8A 4E0WA 1USYE 3MQ9A 4HS7A 1N0TA 4ZZAA 5KDTB 2DVCA 4F39A 4H0WA 5DVJA 2QSXA 4ZDMA 2OWTA 5K2XA 4PFWA 2WOLA 3N94A 3PMXA 2CZLA 1D4NA 3M3KA 2O84X 4EXLA 2HZLA 4BDRA 1B4ZA 4GL8A 2I49A 1GVCA 3OO9A 2Y7RA 4H65A 3OEMA 5CMCA 4YB5A 5JTYA 1IXCA 3MP6A 2ALUA 2QPQA 1PB8A 2HAUA 3SEXA 3IJOB 2Z22A 2Q8JA 3IORA 2M8CA 4ZECA 4U2RA 5BWJA 3K1PA 3PU5A 3B6TA 1MY4A 3B6WA 2F8DA 4GL0A 5LOMA 2Z23A 3P7IA 3B7DA 2B3BA 1H3DA 4OQOA 3IK6B 2F7AA 2XXUA 1DMBA 3V89B 2V3UA 2QRYA 1ELJA 4NWCA 1B9JA 5H8QB 3H6TA 3RT6B 2ZNSA 4JWXA 3KN3A 1URGA 4JSDA 1JEUA 2I3WA 2DWAA 2F78A 4F3GA 2XD3A 1QKAA 3W15C 4RNSA 3C34A 4R6HA 5CI5A 2HEUA 2I58A 4IO2A 1FQBA 2PMSA 3O9PA 3C35A 4U22A 2PT1A 3O29A 3TEPA 4IGTA 4H8IA 1OLCA 1TXFA 4UACA 4H1XA 3Q28A 1CB6A 4YB7A 4LZ8A 4QSCA 2P0SA 1QUKA 3TKDA 1IZ1A 3K6WA 2V25A 4F1YA 3RYBA 1N7XA 2UYEA 3FXQA 3RGYA 5I56B 1SQYA 4YU0A 2RCAA 3RPWA 4FAJA 2REGA 2NVUB 1II5A 2I0CA 4OENA 2Y7WA 2Q9TA 5I2NA 3K6VA 4O3BA 5IKBA 3LSFB 4WXJA 2ONSA 2O6AA 4QSDA 2OZZA 4M1VA 5I58A 3T9VA 5KZTA 3S9EA 5A5XB 4FE8A 3RN8A 1YCJA 4IO5A 2WKYA 3R26A 4BDLA 1B1HA 1A8EA 1IXGA 3MBPA 3T66A 2XXTA 1PBQA 2OK2A 3MVXA 1B58A 3LSWA 2I4BA 3M8UA 2QMXA 4KI0E 4HW8A 1POY1 3WAFA 2QS2A 4OEVA 2OWSA 2RCBA 1B0LA 3RNNA 2FYIA 4IB2A 4DIGA 1OLAA 3SEUA 1HSLA 1B3FA 2GRVA 4HCYA 3LBSA 1B3EA 1T0KA 3N5LA 3MVYA 1LAHE 3VVEA 1P1QA 3K01A 3H4ZA 1PC3A 5KCJA 5AA2D 2DP8A 1A40A 5L9MA 3W9VA 1MM6A 3B6QA 2UVHA 1EZPA 3SEWA 4H67A 5HPQA 1Y1MA 3LSXA 1S50A 2I4CA 2IEEA 2XXPA 4YICA 1IXIA 4ZEBA 2YPNA 4R72A 1N04A 1MS7A 1R6ZA 4NF6A 2UYFA 1FQFA 3QK6A 2NWJA 2ONRA 3E4RA 3MZBA 4IO4A 1A54A 3OD7A 3U93A 4EDPA 2ZYKA 1Y9UA 2UXAA 1MH3A 4WEDA 3O66A 4KYDA 3THIA 2Q2CA 1NMUA 1FW0A 3EHSA 4MFIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VPNA 2HAVA 1TT1A 3L6HA 5I59B 1B40A 4M4GA 3MUQA 1BP5A 1N3XA 3BKIB 4R2BA 2F97A 4PDDA 3Q25A 1MM7A 2I48A 4P0GA 4OFLA 2XXVA 4WEPA 1NFTA 4PAIA 2IA4A 4GX3A 4NF4B 3MP1A 5TPAA 1QKBA 1MPCA 3MP8A 3UP9A 3IFAA 1SW2A 3V8XB 5DVFA 3FXBA 2ZMBA 4FEDA 3KC0A 4QFNA 1LSTA 5H8HA 4NF8A 3SDFA 1LCTA 1LBXA 2YLNA 3OO6A 4X1BA 1A99A 5DEXB 4MJOA 3C9HA 1RDXA 1Q9DA 3PUXE 5I2KA 3D4CA 1AIVA 4N8GA 2HXRA 2O7UA 3H6UA 4G68A 4TLLB 5EQ7A 4EQBA 3OO7A 4O8MA 2P1SA 1OVBA 1FPJA 3VLWA 4FATA 4HTGA 1FBCA 5CMMA 5I84A 3RLFE 4DZ1A 1NKXA 4F2OA 1B3HA 4JXIA 1JW4A 2B3FA 3SKPA 4MHFA 2D21A 4N15A 4ELQA 4GWXA 4GXSB 3IJXB 4OA4A 3E13X 1RDYA 3QUJA 1O64A 5FHOA 1MDQA 2R9JA 4OVQA 4DCYA 5IZ3A 3UK4A 5FHMA 4AB5A 1RDZA 3I6VA 4R6YA 4R9FA 4HE0A 1B5JA 1LBVA 2F34A 2HCAA 4IGRA 1ANFA 4G2ZA 2Z8FA 3PPPA 5TU0A 1SYHA 2PVUA 2F3DA 4ESWA 3O6GA 3EHUA 3GXAA 3V83A 1NNTA 1CE2A 3DRJA 3FASA 1JQFA 4P0IA 3QYTA 2PT2A 4PDHA 4N07A 5ICQA 1BLFA 5AA1A 5L9SA 5HM4B 4P11A 4F19A 2GH9A 5F1QA 1MQHA 4Q30B 1MXVA 1IMAA 3LV0A 2HQ0A 1OMPA 2DE3A 2XXWA 1O63A 4EF2A 2B4LA 3MJNA 4JBZA 3TODA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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