3O9PA

The structure of the escherichia coli murein tripeptide binding protein mppa
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
509
structure length
509
Chain Sequence
TVLAEKQELVRHIKDEPASLDPAKAVGLPEIQVIRDLFEGLVNQNEKGEIVPGVATQWKSNDNRIWTFTLRDNAKWADGTPVTAQDFVYSWQRLVDPKTLSPFAWFAALAGINNAQAIIDGKATPDQLGVTAVDAHTLKIQLDKPLPWFVNLTANFAFFPVQKANVESGKEWTKPGNLIGNGAYVLKERVVNEKLVVVPNTHYWDNAKTVLQKVTFLPINQESAATKRYLAGDIDITESFPKNMYQKLLKDIPGQVYTPPQLGTYYYAFNTQKGPTADQRVRLALSMTIDRRLMTEKVLGTGEKPAWHFTPDVTAGFTPEPSPFEQMSQEELNAQAKTLLSAAGYGPQKPLKLTLLYNTSENHQKIAIAVASMWKKNLGVDVKLQNQEWKTYIDSRNTGNFDVIRASWVGDYNEPSTFLTLLTSTHSGNISRFNNPAYDKVLAQASTENTVKARNADYNAAEKILMEQAPIAPIYQYTNGRLIKPWLKGYPINNPEDVAYSRTMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein/peptide
molecule keywords Periplasmic murein peptide-binding protein
publication title Compensating Stereochemical Changes Allow Murein Tripeptide to Be Accommodated in a Conventional Peptide-binding Protein.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 166
structure length 509
sequence length 509
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3o9pA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o9pA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3o9pA02
4BDLA 3P7IA 1PBPA 3RN8A 5BWJA 3JYRA 1Y9UA 1FCKA 4RK2A 3R7XA 1SVXB 3F11A 2Z8FA 4NMYA 1VE4A 1AH5A 3IK6B 3Q29A 3MZBA 3M8UA 4EXLA 3M3FA 1FTKA 2RKMA 3IOWA 3FGSA 2Z22A 1POY1 2XX8A 3EHUA 4F29A 4GD5A 4U23A 3K02A 4OWDA 3H06B 2XXVA 4IO7A 4H6DA 1B7ZA 3T66A 1USYE 2P1SA 4JB7A 3O2AA 4POWA 5I2NA 3CVGA 4JDFA 2OBGA 4QFKA 1QUIA 3PD9A 4OXVA 3UORA 5B70A 3GLBA 2QS2A 3RGYA 1MQJA 1WVJA 1B3FA 4DCYA 1NL5A 5H8FB 1URGA 1ANFA 3IOUA 3VVFA 1B2HA 2ZYNA 4GLIA 1RYXA 5AA2D 4NE4A 5I57B 2G93A 1P1WA 3OEMA 4HS7A 1OQGA 3L6HA 4RPOA 1FTJA 1MH4A 2DWJA 2I3WA 2ALUA 1JQFA 1LFGA 3O66A 1MQGA 1Z7ME 3PPQA 1TWYA 4R74A 2QPQA 4OENA 5F7VA 1B0HA 3LSXA 3LSFB 4YB6A 4QRZA 5I58A 3TTNA 1SW4A 2O69A 3RT8A 4EDPA 1PDAA 1MY0A 1IXIA 3QIMA 1Y20A 5H8QB 3VE1B 3ZS6A 1LAXA 4KQPA 2GFEA 4TQUQ 2YPNA 3PV0E 1N3XA 4H65A 3KZGA 1RYOA 2DYXA 3B6WA 1LCTA 1MPBA 2UYEA 2I48A 1SDXA 3K6UA 2F5XA 1GV8A 1JW4A 3IB2A 2NVUB 3PGFA 4PQJA 5JTYA 1B7UA 1OLAA 4IGTA 3V8XB 5ICTA 2ZXTA 2LAOA 3TTMA 1QUKA 4GRKA 1SBPA 4F3SA 2ZNTA 1H3DA 2PT2A 1L5TA 4EQ9A 5TPAA 2DXRA 3TDJA 2PX1A 2H4IA 1MXVA 2Z8DA 4MH5A 1B0LA 4F1VA 3SEXA 2ZNUA 4KPTA 2B4LA 3T9VA 2W7YA 3O97A 3OO8A 1PC3A 1ZIUA 4U22A 2X26A 3QXMA 2OWSA 4RJZA 1Y3QA 5K2YA 3PPOA 4DLDA 3O9PA 2O7IA 2IEEA 2I4CA 3EN3A 3PPRA 4GL0A 2PBWA 3E9XA 2F35A 2E0SA 3RY3A 4KHZE 2OZZA 1P1NA 5IAIA 3UK4A 3VXCA 3DELB 4F22A 2DXYA 1LB9A 1LBCA 4QSEA 3MPLA 1MXZA 1BKAA 4OQOA 4E0WA 5KDTA 2I3VA 4WEPA 4F39A 3G3JA 1B5HA 5DEXA 4YKPA 3E4RA 1R9LA 3DP4A 5I56B 3HN0A 5L9OA 4DXBA 5LOMA 1B51A 1B3LA 1S50A 3K0VA 4NEDA 3KN8A 3KEIA 3PUXE 1URDA 4I9DA 1B4ZA 4XKPA 4NWCA 5B7DA 3E13X 3G3IA 4WKMA 1QULA 3IOTA 4UA8A 3BFTA 4JWXA 3D4CA 5CBSA 2WOKA 3JV9A 4I62A 2XD3A 3H7MA 3ILUB 4XKQA 4FECA 3K01A 3S9EA 4O3BA 3MZ9A 4NF4A 3FVGA 3N5LA 5FTIA 4JXIA 3ONMA 4JBZA 1IITA 4G2ZA 1DSNA 3JZJA 4PP0A 4YKIA 1MQIA 1MY3A 5ITOA 2GHAA 3OSQA 3OO7A 5H8FA 1FQDA 3H6WA 2I0CA 4OTEA 4LONB 1UIUA 2HQ0A 4MF3A 4ISUA 1P1OA 1B32A 3MZ1A 4DXUA 2UVIA 3KN7A 2HXWA 5BUUA 4EQ7A 2DSFA 2QL3A 4GQOA 3VXBA 4KR5A 3W9VA 2O1LA 3Q27A 3TUSA 2F8DA 3C32A 3PUVE 3KJ7A 3H3GA 4IO2A 1WODA 5I58B 1JEVA 3PU5A 1ZLQA 1FQBA 3A3UA 1LFHA 1JNFA 3C33A 4G8NA 4RY1A 5AE4A 3FUZA 1LCFA 1N0TA 3FJ7A 1LSTA 3TODA 3RUMA 3OSRA 4G8MA 2VD2A 5TU0A 4QFOA 1H76A 2PVUA 4YAHX 4F2OA 4KCCA 1IQ7A 1XHYA 2HCAA 1FTMA 1VR5A 4DE8A 1NH8A 1S9TA 1FTOA 3K1PA 1PB9A 2UXAA 3FJGA 3UA8A 1UTBA 1OMPA 1SD3A 2Q9TA 1JW1A 4H67A 4R9GA 2H98A 5JTYB 4LUBA 4O3CA 1FQCA 3PUZE 4LZ5A 3IR1A 3K4UA 3GBBA 3K00A 2VHAA 4F19A 2F36A 4G4PA 5TPAB 4NF8A 5K2XA 3DP8A 1MY2A 4I1DA 4IB2A 3SKPA 4WEDA 3TQWA 3TTKA 2F7CA 2QS1A 2P0SA 1OLCA 4F3GA 4P11A 3KBRA 4ELQA 3MBPA 4HW8A 1R1NA 3PPNA 3KSXA 3UGWA 1ZMGA 1FQEA 1H43A 1TT1A 2XXUA 3MUQA 4R2FA 4RYAA 3IOVA 1NNTA 1B40A 1FQFA 2B3FA 3A3CA 4NF6A 4UACA 5KDTB 1NMUA 4AQ4A 5DEXB 2HEUA 3C34A 3SETA 2FYIA 1SYIA 2O51A 2B4MA 4F31B 3RLFE 2REGA 2XXRA 2AL4A 4KD5A 2DWIA 3RNNA 3CHGA 2FNCA 2ZYMA 1B6HA 5CI5A 3U72A 4N07A 4XIGQ 1XVYA 3KJTA 3IO6A 5ELVA 1B4HA 3Q28A 1NNFA 1B46A 3FV1A 1JVYA 4OFJA 3IB1A 4R9FA 2OCUA 2I6EA 3LUYA 2RC8A 3UIFA 4GF8A 4U4SA 1DPEA 4PETA 3FVOA 4R2BA 1GGGA 5M2VA 3CG1A 4FE8A 3KG2A 3MW0A 3B6TA 4NF4B 1BLFA 4LZ7A 1EZOA 2AIXA 3OXNA 4U1OA 1XOCA 4R72A 2XXTA 1PEBA 3TCFA 5AA1A 4DXCA 2UVJA 2RC7A 3TMGA 1R9QA 1QJMA 2PYYA 4JWOA 4F1UA 4PFTA 4FATA 3M3KA 4THIA 3DRJA 3AXFA 2QMXA 3K2DA 1I69A 5HBCA 2OJTA 2XHDA 1B58A 1CE2A 4MBPA 1NKXA 3IL1B 2QJEA 3DLNA 3VFJA 4H5FA 4KYDA 3FXRA 3HO7A 2IA4A 4POXA 4IO6A 3B6QA 4P0GA 1JETA 2XXHA 3S4UA 2UVGA 5H8HA 4ELOA 2O6AA 3QUFA 2GHBA 3G3GA 1AL3A 2VD3A 4QHQA 4BDOA 4R75A 2M8CA 3LBSA 2AL5A 4NWDA 3U92A 3DM0A 4QFPA 1A7LA 2B3BA 1PB7A 1UTBB 3K6VA 3MAMA 1SW5A 1TFAA 2H99A 4QF9A 3TKDA 4DZ1A 2E1SA 4BLAA 1JVXA 3LSWA 5HPQA 3CFXA 1AMFA 1YAEA 1AOVA 4NF8B 3HHFA 1DTGA 1N7XA 1NNKA 4KYEA 3ILTB 4NF5A 4JSOA 4YKKA 3G3FA 4LATA 1VSOA 1QUJA 4MFIA 5EYFA 3O6PA 2V93A 3G7WA 4ELPA 1N04A 3BBRA 4GXSB 3Q26A 4DIGA 3ZKKA 3VVDA 3E3KA 3OELA 1J1NA 3TCHA 1Z7NE 1Y4TA 2I0BA 3QK6A 4YMAA 3CSBA 1A8FA 3MQ9A 3USDA 1LB8A 2REJA 3S9LC 4NF6B 2RF1A 2QSXA 5FTHA 4M4GA 2A5SA 1F9BA 3C35A 4YB5A 3ODBA 5DVJA 4IY6A 1FW0A 2RINA 3LSLA 5DTBA 4OHNA 2F7AA 4OETA 3T9HB 4TLMB 3G3HA 4G8HA 4LVQA 2B65A 1B1HA 3H03A 3TZAA 4RXLA 2WOLA 1S7YA 4M1VA 3H6VA 4OEUA 4ESWA 4N13A 3U1OA 1HSLA 4U1ZA 2O84X 3UP9A 3OD7A 2GRVA 1ZKBA 4H5GA 3C4MA 3IAZA 1H45A 3G3KA 2VOZA 3N6TA 3U8QA 4G68C 1I6BA 3PMVA 1IIWA 3M3LA 3MPKA 4QFNA 2OWTA 4H8JA 1ZTYA 5FHNA 1QW0A 2F78A 2O7UA 1XC1A 3C36A 3VDFA 4U21A 3MVXA 2AYSA 1Q1KA 5CRYA 1MDQA 3V5AA 3SEVA 4H0WA 2Q2AA 1VFDA 1LAGE 1I6AA 3O6GA 1SYHA 2H25A 5TP9B 5HM4B 1YTVA 4LP2B 2Y7KA 2V3TA 3H4ZA 1UTHB 5JK4A 2F7BA 2QRYA 5DVFA 1CB6A 3C9HA 3U93A 1Y1ZA 4YICA 4YZZA 3SEYA 1B9JA 4FEBA 3R26A 1NFTA 3FXUA 3SEWA 4GL8A 3C31A 1NNPA 2O1MA 5FHMA 2QS3A 3ZSFA 3CG3A 1TXFA 1I6QA 4Q30B 4EUOA 2WOPA 4KCDA 2R9JA 4R6HA 3CR9A 4E0XA 4IO4A 2NWJA 1EH3A 1XVXA 4GIZA 4NTLA 5H8HB 3OMBA 4BDQA 4K3FA 4X1DA 4U2RA 2ONSA 2A5TA 2ONKE 3MVWA 4PFWA 1LLSA 3TTLA 4KYSA 3K1NA 2VGQA 1DOTA 3H6TA 2Q89A 2P2AA 3MVZA 1IUDA 2V3QA 4RNSA 2Y7IA 1YCJA 1ATGA 1R6ZA 3B7DA 2G29A 1Q35A 1MQDA 1FQAA 2Y7PA 3HCQA 3KOTA 3S2VA 5JEIA 3LR1A 2D3IA 3VV5A 1BTJA 3EQ1A 2Q8JA 2ESNA 5FHOA 3FASA 5EHSA 1MRPA 1SI1A 3T22A 1A54A 1M5CA 3N6UA 1VFEA 4GOTA 4C1TA 4RPNA 4NF5B 3RQTA 4N6PA 1OVBA 2DE4A 2XXIA 1MM7A 2DE3A 2KLFA 3U94A 5A5XB 4C1UA 2PT1A 1IEJA 1TFDA 4U4XA 2Q88A 3UN6A 2ONRA 3PAMA 2VP1A 1MG1A 4O3AA 1Y1MA 1IZ1A 1LGBC 3CFLA 3PUYE 1SI0A 1OVTA 3RT6B 2ANJA 4F3PA 2GH9A 3QYTA 2BJJX 3WAFA 3HPIA 3RTWB 3TAJA 4ZE8A 2XD2A 5DT6A 1M5DA 1MH3A 3EHSA 3W9WA 4R6YA 2THIA 1M5EA 3KGCA 2PMSA 1A99A 1B52A 2D21A 3KSJA 3TQLA 1OQHA 5KCJA 4EXKA 4IGRA 2F6PA 3L6GA 1KWHA 4BDRA 1SW1A 1A55A 3EF7A 2NUVA 4ECFA 4LQ2A 1B05A 5AA2A 5KZTA 1DTZA 3FJMA 4X9TA 3FXQA 1B7HA 3KOSA 4C0RA 5L8DA 1UQWA 1GR2A 4BDNA 1B5JA 3IX1A 1A8EA 5H8NA 2XXXA 5AA4A 4G68A 5TP9A 3TCGA 4GVOA 3S9MC 2Q2CA 1UTHA 5CMCA 3ZKLA 1N84A 2H9BA 2Z23A 1QKBA 1XS5A 4R6KA 5I84A 2YLNA 5IKBA 2ZMBA 1EZPA 5ISUA 1SQYA 1MXXA 1N3WA 4F2QA 4OESA 3CI8A 2F97A 2X7PA 3SESA 1M5FA 3FTOA 1ELJA 4H1XA 1USYH 2RCAA 1URSA 3O29A 4FORA 3OENA 1RKMA 3W15C 4FIMA 2X7QA 4EF1A 3IB0A 4DDDA 3KN3A 3T9XB 3OO9A 2H5YA 3PMXA 1DMBA 2RC9A 2XX9A 4ZECA 3GZGA 3OO6A 4Q8RA 1PBQA 2V25A 2A5TB 4MLVA 4JSDA 4YMBA 3A09A 4XTCQ 2DS9A 5I59A 4OYVA 1DPPA 3CRBA 4XKRA 2CMOA 2WKYA 5F1QA 3TELA 2YJPA 4QSCA 2RCBA 4Z7EA 1O64A 1B3EA 1MY4A 1OIBA 3IO4A 3FZVA 4EF2A 2I58A 4HTGA 3DRFA 1GTKA 1B1XA 1B3GA 4DCXA 1MQHA 4F3BA 3BFUA 3K6XA 3T96B 1ZJLA 4H8IA 3TTRA 1NH7A 3WAEA 3FV2A 4ZEDA 4ZEKA 1AIVA 5ITPA 4GWOA 2Y7WA 2HZKA 4ONYA 2OK2A 1EU8A 2Y7RA 4XKNA 3QUJA 1MS7A 3FVKA 4ZEIA 1US4A 5L9SA 1M5BA 3O28A 3KFMA 3VLVA 5A5XA 3FATA 4TLLB 3CIJA 4OEVA 4LA9A 1O7TA 3OEKA 2QS4A 4OFOA 1JW5A 4Q0CA 4I8CA 1US5A 4AB5A 4G77A 2CZLA 1MY1A 3SERA 2DOJA 1EZ9A 3TEPA 1H44A 3SEUA 2NOOA 3FIRA 3MVYA 2HAVA 3BKIB 1MM6A 4KFQA 5I2KA 2V3UA 1IXHA 1D9VA 4YKJA 3O6HA 3QAXA 3RYBA 3MP1A 1MXYA 3HSTA 5L9MA 4ZZEA 4TOZA 2DVCA 1UIVA 3N94A 1WDNA 5KCJB 1A40A 2XXPA 3I3VA 2QMWA 3OOAA 3RPWA 2DP8A 4GFRA 4AB6A 3I6VA 4WXJA 2DE2A 4QSDA 3PD8A 5AA2B 5CC2A 5H8SA 2HFBA 2D5WA 2ABHA 3MJNA 1YPNA 1HSJA 3ECRA 3FD3A 3H6UA 4ZZAA 2UVHA 5H8NB 2O68A 3VLWA 3IJXB 5AA4B 4G68B 3TFLA 1LAFE 4OVJA 1D4NA 5CMBA 2R6GE 4ZS9A 1MXUA 5I2NB 4ZEFA 3THIA 5CM6A 4IO3A 4QFLA 3N26A 1POTA 3SDFA 3EHTA 4YB7A 1XT8A 4JWYA 2I49A 3T9UA 4XXUA 4ZDMA 5I57A 3DRGA 4OFLA 5AA3A 2XXWA 4F1YA 4HCWA 2OLBA 4IY5A 1P1QA 3IORA 3CSGA 4ESXA 2XXYA 3TYHA 5CMMA 2F6GA 4EQBA 1ZU0A 3DRIA 4FAJA 1BP5A 4ZE9A 3PUWE 3S9NC 1SW2A 1O63A 3VLUA 4P0IA 3V89B 5H8QA 3MC2A 4IO5A 1Y4CA 3MP6A 2DQVA 4PFUA 5I59B 1T0KA 1QKAA 2DVZA 4X1BA 4FEDA 1N76A 2V84A 3IJOB 4PFYA 3MWBA 3D4GA 4GXAA 4ND9A 1IXGA 3GXAA 4RK9A 1N7WA 2HAUA 3FVNA 1MDP1 2ZNSA 5ICQA 2Y84A 4F18A 5DYHA 1B5IA 1D3KA 1LFIA 3GBAA 2R71A 4LQ5A 3MP8A 2I4BA 3DRHA 2FA7A 2HZLA 1Y3PA 1BIYA 1MPCA 4RA1A 1B3HA 1IXCA 3T93B 1MPDA 1GVCA 1Y3NA 5CBRA 5CMKA 3RYAA 2F34A 4YU0A 3QSLA 2DWHA 4Z0IA 2NXOA 3PMWA 3TPAA 3V83A 3PPPA 4OMBA 1QVSA 4L17A 3K6WA 5EHMA 4MLQA 1D9YA 3LC8A 4ZEBA 4X48A 1P1UA 1HSEA 2DWAA 1ZBMA 1FTLA 4HCYA 4BDMA 2ZYOA 3VVEA 2ZYKA 5DVIA 4ELRA 1LAHE 2Z8EA 4OERA 4R73A 4FJPA 1MXWA 1LBBA 4LZ8A 3R6UA 2UYFA 3EPEA 2XX7A 4KI0E 3HV1A 2XXQA 5I2KB 3Q25A 3O6IA 4OZ9A 5I56A 4Q5TA 3LVUA 1JEUA 1P99A 3DRKA 4PE5B 1PB8A 3CFZA 3HHGA 1II5A 3I5OA 3K1MA 5J1DA 3DP6A 3RTFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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