2HXWA

Crystal structure of peb3 from campylobacter jejuni
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
231
structure length
229
Chain Sequence
DVNLYGPGGPHTALKDIANKYSEKTGVKVNVNFGPQATWFEKAKKDADILFGASDQSALAIASDFGKDFNVSKIKPLYFREAIILTQKGNPLKIKGLKDLANKKVRIVVPEGAGKSNTSGTGVWEDMIGRTQDIKTIQNFRNNIVAFVPNSGSALFAQDQADAWITWIDWSKSNPDIGTAVAIEKDLVVYRTFNVIAKEGASKETQDFIAYLSSKEAKEIFKKYGWREH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural context for protein N-glycosylation in bacteria: The structure of PEB3, an adhesin from Campylobacter jejuni.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Major antigenic peptide PEB3
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Campylobacter jejuni
total genus 76
structure length 229
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hxwA02
2ZYOA 3C34A 3USDA 1MXUA 5FTIA 2DXRA 4DXUA 1SW2A 5I2NB 1Y4TA 4OFLA 5H8HA 3V83A 3TYHA 3RPWA 4EDPA 4NF5B 2O1MA 4X1BA 1FTOA 5CMCA 4ND9A 3T93B 3EN3A 3CVGA 2XX8A 4DXCA 1QJMA 3TCFA 1SI1A 3IOUA 1GR2A 1MPBA 4KYSA 4JSDA 3C33A 4N6PA 2Z8FA 2DXYA 3KFMA 4EQBA 5DVIA 2V3QA 5EHSA 4OFJA 5DTBA 5ITOA 3U1OA 1IUDA 4ZE8A 2OWTA 3MAMA 3RLFE 4KYDA 4OMBA 4ZEDA 4U23A 2ZYKA 4TOZA 4F22A 3B7DA 1N0TA 3E4RA 3G3KA 2Q2AA 3UP9A 5CRYA 4H1XA 4RXLA 3ZKKA 3S9EA 3VVDA 3HN0A 3MC2A 1FTMA 1OMPA 2RKMA 2F7CA 1LB9A 1ELJA 5H8NA 1MQGA 3SETA 5H8NB 4YKJA 4KPTA 5B7DA 4U1OA 1MXWA 3HV1A 1UQWA 4FORA 3EHUA 2ONKE 3SERA 5I57A 1O64A 3ZS6A 3U72A 3FXRA 1B2HA 4XKNA 3H06B 4IB2A 1FQBA 3FUZA 1NNKA 4EXKA 3FJMA 1UTBA 4G8MA 5I59A 4BDNA 4ELQA 3FATA 4JWYA 1Y9UA 1B5HA 5ELVA 4RA1A 2RC7A 1ZMGA 3UA8A 4JDFA 1AL3A 2H99A 1SW5A 3DM0A 5K2XA 1RYXA 5JTYA 1GV8A 1SW1A 5DT6A 4F19A 5BUUA 1EH3A 3N5LA 3U92A 3I6VA 3LR1A 5I58A 2DVZA 1RKMA 4I8CA 2Y7IA 4LVQA 1B5IA 3OO8A 4F1VA 2H9BA 3PPRA 4NE4A 2OZZA 3SEUA 2HZLA 3T96B 1KWHA 1ZJLA 1QKBA 4KFQA 4YZZA 1OVTA 5AA4A 2Z23A 5AA4B 3ILTB 4AB5A 1R9LA 1DMBA 2V3TA 4YAHX 1N3XA 3PMXA 1T0KA 4WXJA 1MH3A 1MPDA 2PX1A 1LCTA 5AA2D 2DE2A 4NMYA 3V89B 2DWAA 2Q2CA 4UA8A 3OD7A 1URDA 1JW4A 3FZVA 5CMKA 2HCAA 3ECRA 1B1HA 5FHOA 3G3FA 3AXFA 4XIGQ 3EQ1A 1QUJA 2OLBA 3FVOA 4ZEIA 1IXIA 2ZNUA 1TWYA 2RCBA 3JZJA 3KOSA 2KLFA 3O6GA 4F3GA 4F2QA 1DSNA 4KD5A 3MZ9A 3EPEA 3B6TA 3RT8A 5I2KB 3KOTA 3KJ7A 5AA3A 3Q28A 1R9QA 3CFXA 1XS5A 1B6HA 1MDP1 1SVXB 5I56A 4BDOA 4BDLA 4OYVA 2F97A 3A3CA 5B70A 4FECA 3LSFB 4ZECA 3MP6A 3A09A 2QSXA 5BWJA 2Y7PA 4EUOA 1MH4A 3MWBA 1IZ1A 4LP2B 3O97A 1MPCA 1Y3QA 3MVZA 3PMWA 2O7IA 4WEPA 3OEMA 3IR1A 3DELB 4M1VA 3M8UA 5KZTA 5ICTA 4HS7A 4KCCA 3R26A 4P0GA 2D5WA 1B3FA 1UTHA 5HM4B 4JWOA 3JV9A 5AA1A 1B40A 3ZKLA 3IOWA 3TFLA 3IL1B 2AL5A 3TODA 1UIUA 3VDFA 2O6AA 3UORA 1TFAA 4RPNA 1D3KA 1BP5A 3SEXA 1M5DA 3Q27A 3CG3A 3MVXA 4GOTA 3C9HA 4ELPA 1P1WA 4G68B 3EHTA 3C36A 1F9BA 1JW1A 3HCQA 1S9TA 4R74A 3ILUB 3TAJA 1NH8A 4FIMA 5TPAB 3T66A 4ZEFA 4AQ4A 1XVXA 3IB2A 3MPLA 1ZIUA 3FXUA 1MY1A 3V5AA 4ZEBA 2XXQA 4GLIA 3WAEA 3CR9A 3RTWB 4OENA 4F39A 1FQEA 1MS7A 4BDQA 1B0LA 4IO2A 1GGGA 4QFKA 1IITA 1NL5A 1GTKA 2VGQA 1LBBA 3O29A 2RCAA 3QIMA 3C31A 2V3UA 5EHMA 1HSLA 4RPOA 4GRKA 1IQ7A 2VP1A 2O7UA 1H43A 5DEXA 1B7HA 4R2BA 5DEXB 3KZGA 3THIA 3PPNA 2HAVA 1M5EA 4DZ1A 2O51A 4O3AA 1MQDA 1ANFA 3QUJA 3K2DA 3HSTA 4H5FA 5CMBA 3H6UA 5DVFA 3KJTA 1PBPA 3CIJA 1BIYA 4OFOA 4X48A 3U8QA 3OSQA 5FHNA 5M2VA 2QL3A 1L5TA 2F6PA 3KG2A 4F18A 3T9VA 2UVJA 4EQ9A 1MQJA 4DE8A 4NF6B 2QS2A 1PB8A 4ESWA 2DWIA 4OESA 1VE4A 4XKPA 1P99A 2H5YA 4IY6A 3CSBA 1I69A 2P2AA 4QHQA 4GL8A 1I6BA 4DXBA 1FW0A 4IO7A 2XX9A 2QS1A 3M3FA 4FEBA 2DP8A 4HTGA 4RK9A 1MXVA 4F31B 3VVEA 5I2NA 3GLBA 1MY4A 4TLLB 1B52A 1Y4CA 3KN8A 4I9DA 4Z0IA 4NF5A 2NUVA 4KYEA 3Q26A 2DYXA 1YTVA 3MZBA 3PUYE 1Z7NE 2XXUA 4MF3A 2X7PA 2B65A 2F6GA 2OBGA 3K1MA 5F7VA 1NNFA 4LZ8A 4HCYA 3KEIA 2F36A 4FEDA 3H4ZA 4ESXA 2Z8EA 1SBPA 1P1OA 3PGFA 1MXZA 2XXTA 3PMVA 3UN6A 3C4MA 5KDTB 4ELOA 3HPIA 4R73A 2RC9A 5TU0A 3PPQA 1JEVA 4HW8A 3SEVA 4YMBA 1TXFA 3O2AA 4OQOA 1B1XA 4QFOA 1SDXA 1B5JA 4Z7EA 1I6QA 3QK6A 2HQ0A 1HSJA 2YPNA 3H6VA 1SW4A 2HAUA 3MW0A 2Y7WA 1QKAA 2V84A 3PUZE 3IORA 5LOMA 1B0HA 1VR5A 4OEUA 4E0XA 2X7QA 2QMWA 4QFLA 4JXIA 4QSEA 2QS3A 3KBRA 1US5A 1YCJA 1IXCA 1I6AA 5H8FB 4PE5B 2ZMBA 3FJ7A 3M3KA 3W9VA 1VSOA 4R75A 3IJXB 2Q9TA 4R9GA 4MLQA 2ONRA 1TFDA 3RQTA 3IO6A 3K02A 3S2VA 5HBCA 1PBQA 1URGA 3FVNA 3TTNA 1OLAA 3H03A 2M8CA 1H3DA 1OQHA 2THIA 2F35A 4RYAA 1N3WA 3R6UA 1QUIA 5ISUA 2UVIA 2DS9A 2FYIA 4EXLA 4X9TA 1D9YA 2NOOA 4I1DA 3CI8A 4EF2A 4Q5TA 1BTJA 2G29A 1Y3PA 4OVJA 2Z22A 4IGTA 1OIBA 3TQLA 3PPOA 1MM6A 1LAFE 3G3JA 3UGWA 5HPQA 3K0VA 4F3SA 3S9NC 3TELA 4U4SA 1LB8A 1VFEA 1P1NA 2XD3A 4HCWA 4TLMB 1DTGA 1IXGA 3FD3A 3I5OA 4JSOA 1FTLA 4P0IA 3TTRA 5CM6A 2F7AA 4IO5A 1SD3A 1D4NA 3QYTA 2O68A 1MG1A 4LZ7A 1S7YA 3TMGA 3PD9A 2DE4A 3FXQA 4U21A 2H98A 2DVCA 4H6DA 3MP1A 2AL4A 5CBRA 3CG1A 3LSXA 3C35A 1ZBMA 2ESNA 4LQ5A 1AH5A 3QXMA 4G8NA 2B3FA 1FQAA 5TP9B 2ZXTA 2ALUA 2XXYA 3FVKA 2ABHA 3E9XA 4IO6A 1N7XA 1SYHA 1N04A 3L6HA 1UIVA 3TTMA 5AA2B 1B32A 1USYH 3H3GA 5I2KA 4DIGA 1B3EA 4YMAA 2I0BA 3G3HA 3K00A 5I84A 3QAXA 2AYSA 1CE2A 1MXXA 3DP6A 3N6UA 4GIZA 1EZ9A 4Q0CA 3TZAA 2V93A 3ONMA 1RYOA 1PC3A 2QS4A 2H25A 1A55A 2IEEA 1H76A 4YB7A 4GD5A 3RT6B 4ZDMA 4NF8A 2GHBA 4U2RA 4NF8B 2F8DA 3TCHA 2ZYNA 3K6WA 3IK6B 4XKRA 3HHGA 2Y7KA 4E0WA 4ZZEA 3DLNA 4OTEA 2O1LA 5J1DA 1DTZA 1Q1KA 3IB0A 4PFUA 2REJA 3H6WA 4MLVA 2VD3A 3O66A 5K2YA 4NTLA 4YKIA 1P1UA 5FHMA 5EYFA 3FVGA 4R72A 2HZKA 3E3KA 1M5FA 1OVBA 2X26A 2UYEA 4G68A 2PVUA 3RTFB 1BLFA 4TQUQ 4GVOA 2AIXA 2LAOA 4ZZAA 4G77A 4GXAA 4MFIA 5TPAA 1QW0A 1POY1 1PB9A 1MDQA 4ZEKA 1SYIA 1EZPA 1HSEA 2WKYA 2NWJA 3T9UA 2F78A 3W15C 3B6WA 2R9JA 3O9PA 4POXA 4F3BA 4LATA 3OXNA 2HFBA 1A54A 2Y84A 4U22A 4FAJA 4F1YA 4GF8A 3S9MC 1MQHA 4EQ7A 1LFIA 4I62A 3KSJA 4THIA 2QRYA 3IO4A 4IO3A 1LCFA 2QJEA 2D21A 1A8EA 3CRBA 2XXRA 3GBAA 1B7UA 1IIWA 1Z7ME 2CZLA 3IJOB 5KCJB 1WVJA 4YU0A 2GFEA 1LSTA 1NKXA 4MBPA 4RJZA 3IB1A 1NMUA 1QULA 2PBWA 1II5A 4NWDA 5AE4A 1IEJA 1SQYA 5H8QB 4ONYA 5CC2A 4G4PA 1B05A 4AB6A 1O7TA 2ZNSA 3UIFA 4F1UA 4ZS9A 1D9VA 2VD2A 2RC8A 3MBPA 1ZLQA 1QVSA 3S4UA 3K1PA 2E1SA 3FIRA 1MQIA 1AIVA 1P1QA 5L9MA 2XX7A 4N13A 1LGBC 4NF6A 4XTCQ 3RNNA 3Q29A 4IO4A 1Y20A 2F34A 5DVJA 3TTKA 3QSLA 1B4ZA 2OWSA 4R6HA 4NF4B 3SEYA 3VV5A 1OLCA 4C1TA 3VLWA 1R1NA 4DCYA 4R9FA 2NVUB 3OO9A 3VVFA 4POWA 4ZE9A 3HO7A 1B9JA 4PP0A 4PFYA 4LQ2A 3IAZA 1FQCA 5A5XB 1QUKA 2RF1A 2NXOA 3EHSA 2YLNA 4FATA 4L17A 3PV0E 4H67A 4OHNA 2PYYA 3HHFA 3G3IA 4R6YA 1NNPA 3IOTA 1A40A 1EU8A 3A3UA 2OJTA 2XD2A 3PUWE 4XXUA 2I6EA 3PU5A 2HXWA 5JK4A 1LAHE 1BKAA 2UXAA 1EZOA 1OQGA 3C32A 4BDRA 3MUQA 3VLUA 1WDNA 5H8HB 3K01A 3MVWA 4DCXA 2CMOA 3OEKA 1URSA 2DQVA 2XXVA 5KDTA 5JEIA 4KHZE 1B7ZA 1ZKBA 3W9WA 3FV2A 2DWJA 3PPPA 3PUVE 1MY2A 3N6TA 1S50A 3IOVA 3KN3A 4LA9A 3KGCA 4GL0A 2I4BA 1TT1A 2XXHA 3S9LC 2YJPA 3H7MA 3FV1A 1ATGA 5L9SA 4KQPA 4G2ZA 1NNTA 3FGSA 3CFLA 1CB6A 2IA4A 1IXHA 4YKKA 4YB6A 5H8FA 3LSLA 4ECFA 4X1DA 2I4CA 4R6KA 4EF1A 1YPNA 3GZGA 3RY3A 1XC1A 1JEUA 5L8DA 4UACA 4H65A 3K6UA 1JQFA 3TPAA 1A7LA 2D3IA 5IAIA 3OO7A 2XHDA 2FA7A 4DLDA 2UYFA 3H6TA 4NWCA 2G93A 1J1NA 3TUSA 5I57B 1POTA 2DSFA 3O28A 3TQWA 2I58A 2OK2A 2Q89A 4IGRA 4RNSA 3LSWA 3F11A 2I0CA 2O69A 3K6XA 3MVYA 1FCKA 4IY5A 4OETA 3DP8A 3CSGA 2ANJA 1UTBB 5I59B 4C0RA 1DOTA 2P1SA 2XXIA 3LBSA 4M4GA 3TCGA 2I3VA 4OXVA 3N26A 2F5XA 2HEUA 4YB5A 2VOZA 3D4GA 4GFRA 4GQOA 5JTYB 3T22A 3UK4A 3PD8A 2XXXA 2XXPA 3D4CA 2XXWA 5I58B 4K3FA 2DOJA 3K6VA 1DPPA 3RUMA 4KCDA 4Q8RA 4H8JA 3O6HA 4P11A 1O63A 1MRPA 3MZ1A 3KSXA 4QF9A 2FNCA 1N76A 3GXAA 3WAFA 1NH7A 1XVYA 4WKMA 1LFHA 3CFZA 3EF7A 4XKQA 1M5BA 2R6GE 1ZU0A 2REGA 1JETA 1B3LA 2I48A 2B3BA 2QMXA 1US4A 1PEBA 3T9XB 4O3BA 5TP9A 2QPQA 1N7WA 2E0SA 4U1ZA 2W7YA 1GVCA 3Q25A 3B6QA 3U93A 3OENA 5AA2A 3LC8A 2ZNTA 1NFTA 1USYE 4C1UA 1XT8A 3BFTA 3VLVA 3MJNA 5L9OA 1SI0A 3VXBA 1Y1ZA 4PFTA 3TDJA 2GRVA 2DE3A 1AOVA 1JVYA 1AMFA 1DPEA 4JB7A 2O84X 3TTLA 4O3CA 1B51A 1M5CA 5CMMA 3FASA 3MPKA 4KI0E 4LZ5A 4QRZA 4QFNA 5I56B 1Q35A 5CI5A 1PDAA 1B3HA 4FE8A 4F2OA 2H4IA 2UVHA 1JW5A 3N94A 4OEVA 3G3GA 1JVXA 2ONSA 3TEPA 2I49A 4QSCA 4U4XA 1JNFA 2Z8DA 4RK2A 4GWOA 1FTKA 2A5TA 1YAEA 2A5TB 5F1QA 3SDFA 3BFUA 1B58A 2R71A 1UTHB 4OWDA 2GH9A 3MQ9A 4N07A 2ZYMA 1ZTYA 2RINA 3SKPA 2Y7RA 3G7WA 4DDDA 3ZSFA 2PT2A 1B4HA 3OO6A 4PFWA 1MY3A 4BLAA 4JBZA 4ELRA 1MY0A 2DWHA 3BKIB 3K1NA 4YICA 4H8IA 5FTHA 2UVGA 2GHAA 2VHAA 3VXCA 2PT1A 2Q88A 1FQFA 5DYHA 3OELA 3FJGA 4PETA 2PMSA 4OERA 3OMBA 4MH5A 3OOAA 1PB7A 3R7XA 3P7IA 4KR5A 3T9HB 3ODBA 4YKPA 2A5SA 4NEDA 3L6GA 5ICQA 2I3WA 3RGYA 3KN7A 3K4UA 1B46A 4G8HA 2V25A 3O6IA 1R6ZA 2BJJX 3GBBA 5H8SA 1WODA 4FJPA 5KCJA 3M3LA 1XHYA 3I3VA 1LAXA 3U94A 1VFDA 3VE1B 3OSRA 2F7BA 1A8FA 1LLSA 5H8QA 3BBRA 3V8XB 4RY1A 1B3GA 1MXYA 4PQJA 4QFPA 1MM7A 3JYRA 2P0SA 3IX1A 4OZ9A 1H45A 4F29A 4H5GA 4GXSB 3DP4A 3RN8A 3PUXE 4QSDA 1LBCA 3SEWA 1Y3NA 4G68C 4H0WA 4BDMA 1LFGA 3MP8A 2Q8JA 4F3PA 1FQDA 5CBSA 4WEDA 1Y1MA 3LUYA 2OCUA 4NF4A 4LONB 5ITPA 5IKBA 3SESA 3VFJA 1H44A 3E13X 1LAGE 1N84A 5A5XA 4JWXA 1XOCA 3QUFA 4Q30B 4ISUA 3TKDA 1A99A 1FTJA 4LUBA 4R2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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