2DWJA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with raffinose at 2.3 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with raffinose at 2.3 resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwjA02
2Q89A 1SYHA 5BUUA 3TKDA 1B40A 2DE4A 2M8CA 5FHOA 3MBPA 4EQBA 4GF8A 4U4XA 3HV1A 4H6DA 2O7IA 4F2QA 3BBRA 3RTWB 4I8CA 1P1NA 3ZKLA 4BLAA 4QHQA 5JTYA 2XXXA 2RC9A 1O63A 1IXGA 4LP2B 1MXUA 2ALUA 4G68C 5F1QA 4BDNA 1GVCA 3R26A 4WEDA 5FTIA 1Q1KA 3TCFA 1Y20A 1B32A 3FD3A 3N6UA 2QS4A 1ZKBA 3EHUA 1RYOA 2D21A 5H8HB 4R72A 4RPNA 1NNPA 2XXHA 2HZKA 2XX8A 4F2OA 3O9PA 5TPAA 2DWHA 3C4MA 3S9NC 3MVZA 5CMKA 5L9OA 5DYHA 4NF5B 2ZNUA 1M5CA 3MW0A 4YKIA 2XXPA 1Y9UA 4LZ7A 2BJJX 5I2NB 1N3XA 4G2ZA 3VE1B 4NWDA 1SYIA 3K4UA 3IORA 4YZZA 5H8FA 3CIJA 4ELPA 4H8JA 4U22A 2I49A 3D4CA 3TMGA 1QKAA 4DZ1A 3BKIB 3FVNA 3TELA 3PD8A 3PPOA 2R9JA 3IB2A 3K1MA 4R9FA 4RYAA 3CR9A 3ILTB 3EPEA 5KZTA 3MZBA 4R2FA 5TP9B 3MP6A 4GXAA 1IXIA 2OJTA 5I57B 4DCXA 3MZ1A 1SDXA 3MVYA 4H67A 3OOAA 2D5WA 4RA1A 3MPLA 5DTBA 1DOTA 4EDPA 1N04A 3HCQA 2UXAA 4F3SA 2Y7KA 2DQVA 1BIYA 2DE3A 4UA8A 1MY4A 3TFLA 4BDOA 3IJXB 1B5IA 1OLCA 2P0SA 1TWYA 4QFNA 1B7HA 4ZEIA 4JB7A 4F22A 4ZS9A 1HSJA 3Q27A 3VVFA 5L9MA 1YCJA 1R1NA 3LSXA 2ESNA 3W9WA 4NEDA 3R6UA 4IY6A 4ZE8A 2OCUA 2QMXA 1B5HA 1F9BA 2HXWA 4NF4B 4C0RA 4AB6A 1IXHA 1UTBB 2AYSA 5ICTA 4KD5A 1MG1A 4P0GA 1Z7ME 3PUZE 1FTOA 3FV1A 4F3GA 1ELJA 2B3FA 2NOOA 3IOVA 3Q26A 3CVGA 1FQDA 1MPBA 2O84X 3IOTA 2HAUA 1QVSA 3VLWA 1LFGA 1CB6A 5H8QA 1MPDA 4HS7A 3O66A 5EYFA 1ZU0A 1MQGA 1GTKA 3RQTA 3TZAA 3TEPA 2OBGA 1B46A 1VE4A 4EQ7A 3T93B 3DP6A 1LSTA 2PT2A 2XXQA 4Z7EA 1URGA 3TTLA 1MPCA 4F29A 1MDQA 2ONKE 2LAOA 3T9VA 2I0BA 3RPWA 3VVDA 1SD3A 5CMMA 1MXVA 1P1OA 4YB6A 2I6EA 4OFOA 4RK9A 1UTHB 2VGQA 1B7ZA 3TTKA 4GD5A 3M8UA 4GL0A 1JW1A 2F7BA 3PPPA 4DDDA 2F78A 1B3HA 3FJMA 1JVXA 4G8HA 3QYTA 5A5XA 3LC8A 3OENA 1S50A 1LLSA 2QPQA 3VFJA 1MS7A 3SEYA 3KJTA 4FIMA 2XX7A 5I59B 1R9LA 4WKMA 4YB7A 1URSA 5AA2D 4TOZA 1MQHA 1B7UA 4O3AA 2XD3A 1JVYA 1ANFA 2PMSA 3N5LA 5CBRA 2Z22A 3MVWA 1GR2A 1YAEA 5I2KA 1LFHA 3B6QA 3WAFA 3SEVA 4POXA 1M5EA 1MRPA 2PT1A 2FA7A 4OHNA 2VOZA 2H9BA 4YKKA 4XKPA 1PC3A 2ABHA 1PB7A 4ZZEA 4XKQA 2GHBA 4U21A 5ITOA 1LB9A 3CFXA 1B05A 2OWTA 3VXCA 1D9YA 3CG1A 2I3VA 4KHZE 1JQFA 3G3JA 2Q9TA 3MC2A 2F97A 4OETA 1B4HA 4ZDMA 2VD2A 4PFUA 2UVGA 3FXRA 1EZOA 3OEMA 3GZGA 4THIA 3KOSA 4KCDA 1QUKA 3H3GA 2RINA 1KWHA 2DOJA 4H5GA 2FNCA 5K2XA 1BKAA 4E0WA 4LATA 3IL1B 3PPRA 4F1YA 5CRYA 5AA2B 3IR1A 4JDFA 3TUSA 3KN3A 2Y7IA 4OTEA 4XKNA 1RYXA 2Q2AA 2XD2A 2RCAA 1DTZA 5H8NB 1I6BA 3QIMA 1Y3NA 4R6YA 4YKJA 1GV8A 4OYVA 4QSCA 4XTCQ 4MH5A 5I58B 4NF6A 2ANJA 3A09A 3E4RA 2O51A 2DSFA 2X26A 1LBBA 4ONYA 1IXCA 1T0KA 1XC1A 1OQGA 3KN8A 1B3LA 1IIWA 1LFIA 4F39A 5FHNA 4QSDA 3C34A 2GRVA 2E0SA 1HSEA 2R6GE 5EHSA 4Q5TA 2F6PA 2XXYA 4LZ8A 4DXBA 4OVJA 5H8SA 4MF3A 1S7YA 5AA4B 4C1UA 4PE5B 3B6WA 4N6PA 3PUXE 4ECFA 3UGWA 5EHMA 1P1QA 4KFQA 4F19A 3LUYA 4WEPA 3U94A 2F7CA 4FJPA 4LQ5A 3KOTA 4PFWA 4H0WA 3HN0A 4OZ9A 1WDNA 5KDTB 1Y4TA 4PQJA 3HPIA 3L6HA 3G3FA 2X7QA 3TAJA 5AA1A 1R9QA 3JZJA 2DXRA 4GWOA 1NMUA 4DXCA 1PDAA 4GL8A 5KCJB 2PX1A 5H8HA 4YAHX 2PVUA 4P11A 2DS9A 1LBCA 3RTFB 4NMYA 1UIVA 1Y3QA 3MVXA 4DLDA 4DIGA 1MM6A 4OQOA 4HCWA 4PP0A 3USDA 1QKBA 1XS5A 4MLVA 3I3VA 2REGA 3AXFA 2RCBA 4JBZA 4U1ZA 2Y7RA 2NWJA 3Q28A 4RNSA 4X9TA 2HFBA 5DVIA 2I4BA 1B52A 2H4IA 5DVJA 3UIFA 5F7VA 3OSRA 4P0IA 3TODA 3P7IA 4RJZA 1MY1A 5JK4A 3FXQA 4LA9A 3G3IA 5JTYB 1B0LA 1I6AA 3V5AA 1JW5A 1TFDA 2W7YA 3N26A 3E9XA 1MQJA 1PEBA 2O68A 4GXSB 1A40A 1P1UA 3FATA 4EF1A 3G3KA 3IOUA 3KSJA 1IEJA 1SVXB 5FHMA 2I3WA 4KI0E 5I56A 2QS1A 3U1OA 2H98A 4F3PA 3TPAA 3T9XB 2F8DA 3IO4A 1EZ9A 3N94A 5BWJA 3CRBA 3SKPA 3RUMA 3VV5A 1MY0A 1JEUA 3KGCA 3GXAA 5CMBA 2ZYNA 3K1PA 1HSLA 4HW8A 1ZJLA 4X1DA 1YTVA 5H8FB 3OEKA 3O6HA 2UVJA 4R75A 3PD9A 1PB9A 1J1NA 3C36A 3MPKA 2DVCA 2XXUA 3H6VA 3U92A 1JEVA 1L5TA 4FE8A 1LAFE 2V3TA 1FTLA 1S9TA 2VHAA 2QSXA 2ZXTA 3UP9A 4FORA 2DWJA 3R7XA 3T9UA 4ZZAA 2HQ0A 1A7LA 2ZYOA 4Q8RA 3SETA 1NL5A 4KQPA 3RGYA 4G77A 3N6TA 1B5JA 4BDMA 4U4SA 1URDA 3K6WA 1Q35A 1D3KA 3E13X 3RLFE 2ZNSA 1Y4CA 4YKPA 1OMPA 1B58A 4DE8A 2F6GA 2P1SA 4NTLA 4I9DA 2Y7PA 2DE2A 4IGRA 4WXJA 2O1LA 3O97A 3O2AA 3KN7A 2YJPA 1DPEA 1LAHE 3VLUA 3PV0E 3OO9A 4F18A 4ESWA 1WVJA 4FATA 5AA3A 1BP5A 3B6TA 3BFUA 3FVOA 3KBRA 1AOVA 1R6ZA 3O6IA 3THIA 1XVYA 1B4ZA 2PYYA 4C1TA 4KCCA 2F7AA 3C32A 5IAIA 3TYHA 3K1NA 1POY1 1NH7A 1FTKA 1SBPA 3CG3A 1A8EA 1MXYA 3QUFA 1SI0A 2A5TB 2V3QA 1Z7NE 1P99A 1JW4A 3CSGA 3IJOB 4NF8A 2R71A 1OIBA 1IITA 4ESXA 1FQBA 1FQEA 1M5BA 2Q88A 4YMBA 3ECRA 2XHDA 2Z23A 4F31B 1POTA 3K0VA 3IB1A 3K6UA 5L9SA 5H8QB 4JWYA 3I5OA 2RC7A 4MFIA 2Y84A 1IUDA 3PUWE 4ISUA 2XXRA 1B2HA 4Q30B 2DWAA 2OLBA 3KJ7A 4QRZA 1QJMA 1MY2A 3QAXA 1SW1A 5DEXA 2RF1A 4YICA 3FJGA 4R6KA 4E0XA 5HBCA 4KPTA 1MH3A 2YLNA 1PBPA 1H45A 4QSEA 5A5XB 1IZ1A 4R74A 3Q29A 3FVGA 2H25A 3PPQA 3MP1A 5L8DA 3ILUB 2QMWA 2VP1A 3TTMA 1B3FA 4ELQA 3I6VA 2THIA 3VXBA 1MXZA 4IGTA 3K02A 2V93A 4H8IA 3MQ9A 1OQHA 2V25A 2GFEA 3ONMA 4GVOA 4LZ5A 4PETA 5JEIA 3PUVE 4GOTA 4QFPA 3QXMA 3KSXA 3FVKA 5I2KB 4DXUA 3OELA 3PMVA 3CI8A 4R6HA 1N76A 1B3GA 3KZGA 2HCAA 2H5YA 1VFEA 2PBWA 1NKXA 3RN8A 3C35A 3E3KA 2XXTA 5CC2A 4ZE9A 1DSNA 1LAGE 4AB5A 1MQDA 4OERA 4U2RA 4M4GA 2O1MA 2XXWA 3K6VA 4IO2A 3SEWA 3MAMA 3ODBA 4QFLA 1XVXA 4I62A 4GIZA 2F36A 3FIRA 4TLMB 2I58A 2F34A 1DPPA 2DVZA 4G68A 1B1HA 4BDQA 3DLNA 4OEUA 2NXOA 2AL5A 1ZTYA 4IO3A 3MZ9A 1AIVA 3T22A 2CZLA 2YPNA 1ZBMA 4POWA 4OWDA 5KDTA 2VD3A 4K3FA 1TT1A 3RY3A 1XHYA 3U93A 4IB2A 2OWSA 5FTHA 3K6XA 2HEUA 1A8FA 1I69A 2G29A 4O3BA 2IA4A 1A99A 4RPOA 3S4UA 4NF6B 1ZMGA 3MP8A 3OO8A 3PGFA 3V8XB 1US5A 1LCTA 3JV9A 2NUVA 4Q0CA 2D3IA 3CSBA 2XXIA 1O64A 4NWCA 1FW0A 3B7DA 2Z8FA 2B3BA 2B65A 3TDJA 2DXYA 5ELVA 3FXUA 3C9HA 5DVFA 3FV2A 2QS2A 1QW0A 4F1UA 3SERA 3DELB 4L17A 3LBSA 1A54A 4ZEKA 1LGBC 3LSLA 2Q8JA 3G3HA 3KG2A 3T9HB 3FGSA 3H6TA 2OK2A 2E1SA 3QK6A 3OO7A 3U72A 1LB8A 1UQWA 3SEXA 1SW2A 3SESA 3RT8A 2ONRA 4NF5A 1MY3A 1YPNA 4OFJA 1VFDA 4GLIA 5I2NA 4YB5A 4G8NA 3FJ7A 1USYE 3UORA 2REJA 2ZYKA 4IY5A 5IKBA 4HTGA 1SQYA 4IO6A 3EQ1A 3PUYE 4QFOA 1PBQA 1LCFA 3EF7A 1TFAA 3K2DA 2FYIA 4EUOA 4OEVA 3FASA 3GBAA 1Y1MA 2UVHA 4LVQA 1EU8A 1XOCA 4O3CA 4LUBA 3QUJA 1NNFA 1D4NA 3VVEA 2O7UA 3GLBA 4JXIA 4KYDA 4NE4A 5CBSA 3SEUA 3W9VA 4RY1A 3MUQA 1FQAA 1RKMA 1FCKA 5TP9A 1B6HA 5I57A 1EZPA 4JWXA 5J1DA 1N3WA 2G93A 1Y3PA 4BDRA 4ZEFA 3H6WA 1NNKA 1FQFA 1CE2A 4GFRA 3K01A 5TPAB 2GHAA 2RKMA 2UYEA 3TQWA 4H1XA 1MDP1 3C31A 5I84A 1MQIA 4LQ2A 1US4A 4JWOA 3WAEA 3T66A 4FEDA 4MLQA 3SDFA 3O28A 4F3BA 3OXNA 1SI1A 4PFTA 3C33A 3KEIA 4FECA 4TLLB 4OESA 1BTJA 1PB8A 5LOMA 5I56B 3PPNA 2UVIA 3RNNA 5DT6A 2F35A 4GQOA 3ZS6A 2ONSA 4NF4A 1MM7A 3PU5A 4JSOA 1UTBA 3S9EA 3H7MA 4M1VA 4KR5A 2WKYA 1UIUA 3OSQA 3IO6A 5ISUA 1QUIA 2GH9A 4G4PA 2Y7WA 3HHFA 1DTGA 4YU0A 3EN3A 5K2YA 5CMCA 3V89B 4IO7A 4QF9A 4XXUA 3H06B 2XX9A 5ICQA 1OVTA 1FTJA 1EH3A 2AIXA 3H03A 3DP4A 3HHGA 1H3DA 4LONB 4XIGQ 3G7WA 3KFMA 4I1DA 3W15C 1FTMA 1ZLQA 5TU0A 2V84A 3TCGA 1XT8A 1UTHA 2A5TA 1H76A 3O29A 4GRKA 1IQ7A 2ZNTA 3A3CA 3DP8A 2QJEA 2QRYA 3FUZA 4OMBA 4OFLA 4OENA 1ATGA 3V83A 1M5DA 4RXLA 3MWBA 3G3GA 3UN6A 5I59A 1Y1ZA 3EHTA 4HCYA 5CI5A 4R2BA 1AL3A 2CMOA 1AH5A 3TCHA 1JETA 3ZSFA 3UA8A 1JNFA 1B3EA 3OD7A 3LR1A 2QL3A 1QULA 3M3LA 3HSTA 4IO5A 4N13A 1I6QA 4ELRA 4DCYA 1O7TA 1WODA 3S9MC 1N84A 3M3KA 3TQLA 1DMBA 4U23A 1AMFA 4BDLA 2O69A 3OMBA 4AQ4A 2OZZA 4NF8B 3OO6A 1QUJA 5CM6A 3IX1A 1BLFA 1GGGA 2HAVA 3HO7A 4G8MA 4YMAA 5ITPA 1NH8A 2UYFA 4ND9A 4IO4A 3IK6B 3TTNA 3T96B 1SW4A 1VR5A 2DYXA 4PFYA 4XKRA 3LSWA 4ZEBA 3LSFB 3D4GA 2A5SA 4RK2A 2XXVA 3CFLA 1MXXA 4EQ9A 2Z8EA 5AA2A 3H6UA 3FZVA 4EF2A 5DEXB 1P1WA 1OLAA 2RC8A 2Q2CA 2X7PA 2KLFA 3A3UA 3MJNA 2O6AA 5H8NA 1N7WA 4U1OA 1II5A 3PMXA 4UACA 1USYH 1M5FA 5I58A 5M2VA 1H43A 3IOWA 3O6GA 2ZMBA 4ZECA 1NFTA 4F1VA 3S2VA 2F5XA 2I4CA 3IB0A 4H5FA 2NVUB 1FQCA 3U8QA 1B0HA 4EXKA 2DWIA 1B51A 3EHSA 1VSOA 3PMWA 2I0CA 1A55A 4FEBA 4X48A 4R73A 5HM4B 5HPQA 2HZLA 5AA4A 1TXFA 3JYRA 5B70A 3K00A 1NNTA 5AE4A 4R9GA 1SW5A 3IAZA 3VLVA 3CFZA 4X1BA 4KYSA 1N7XA 3H4ZA 4ELOA 1MXWA 3DM0A 4H65A 3Q25A 3TTRA 3UK4A 4N07A 3GBBA 2AL4A 2P2AA 3VDFA 4TQUQ 3L6GA 3RT6B 4JSDA 4FAJA 1LAXA 3QSLA 1N0TA 1H44A 1D9VA 1ZIUA 1B1XA 3BFTA 1OVBA 4ZEDA 2IEEA 2V3UA 5B7DA 2H99A 4KYEA 2Z8DA 4MBPA 5KCJA 2I48A 4Z0IA 1MH4A 3M3FA 3F11A 3ZKKA 1B9JA 2QS3A 4G68B 4EXLA 2DP8A 4OXVA 2ZYMA 4QFKA 3S9LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q89A 1SYHA 5BUUA 3TKDA 1B40A 2DE4A 1YYZA 1FTAA 2M8CA 4G61A 5FHOA 3MBPA 4EQBA 4GF8A 4U4XA 2WBBA 3HV1A 4I40A 4H6DA 1CNQA 1FBGA 2O7IA 4F2QA 3BBRA 3RTWB 4I8CA 1P1NA 3ZKLA 4BLAA 3BIHA 4QHQA 5JTYA 2XXXA 2RC9A 1O63A 1IXGA 4LP2B 1MXUA 4N91A 1NV5A 2ALUA 4G68C 4HXVA 3T0JA 1FBPA 5F1QA 4BDNA 1GVCA 3R26A 3NOHA 4WEDA 5FTIA 1YXIA 1Q1KA 3TCFA 1Y20A 1NUXA 5I3SA 1B32A 3FD3A 3N6UA 2QS4A 4PBQA 1ZKBA 3EHUA 1RYOA 2D21A 3RPLB 5H8HB 4R72A 4RPNA 4NG7A 1NNPA 1IMAA 2XXHA 2HZKA 2XX8A 4F2OA 3O9PA 5TPAA 2DWHA 3C4MA 1NV1A 3S9NC 3MVZA 1FJ9A 5CMKA 5L9OA 5DYHA 4NF5B 1NV4A 2ZNUA 1M5CA 3MW0A 4YKIA 2XXPA 1Y9UA 4LZ7A 2BJJX 5I2NB 1N3XA 4G2ZA 3VE1B 4NWDA 4OVQA 1SYIA 3K4UA 4QXDA 3IORA 4YZZA 5H8FA 3CIJA 4ELPA 4H8JA 4U22A 2I49A 3D4CA 3TMGA 1QKAA 4MCOA 5IZ3A 4DZ1A 1LEVA 3BKIB 3FVNA 3TELA 4NAPA 3PD8A 3PPOA 2R9JA 3IB2A 3K1MA 4R9FA 1XI6A 4RYAA 3CR9A 3ILTB 3EPEA 5KZTA 3MZBA 4R2FA 5TP9B 2FVZA 3MP6A 4GXAA 1IXIA 2OJTA 5I57B 4GX6A 4DCXA 3MZ1A 1SDXA 3MVYA 1RDXA 4H67A 3OOAA 2D5WA 4RA1A 3MPLA 5DTBA 1DOTA 4EDPA 3HFUA 1N04A 3HCQA 1FPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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