2DWJA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with raffinose at 2.3 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with raffinose at 2.3 resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwjA02
2V3QA 4H67A 4DZ1A 3CG1A 5I58B 3EF7A 5LOMA 1WODA 3VV5A 3T22A 4R9FA 2R9JA 3TQWA 2O7UA 3L6GA 3ILTB 4BDMA 1FTKA 1OVBA 2X7QA 4ELPA 3GXAA 4X1DA 3O2AA 1P99A 2F35A 2DXRA 1B7UA 3UGWA 2THIA 4RPOA 1OQHA 4IO4A 1XS5A 3TMGA 1B51A 1UIUA 3T9XB 2V25A 4LQ2A 1R9QA 3G3KA 4GWOA 1KWHA 3VFJA 4IO3A 4OHNA 2ZMBA 2OJTA 3MQ9A 5FTHA 3N6TA 2Y7PA 1B3FA 4TOZA 2VOZA 2QPQA 2XXRA 3BFUA 3GZGA 4HCYA 2XXUA 4E0WA 4IO7A 3PUWE 3SKPA 5CMMA 3D4GA 3CSGA 1SQYA 3HCQA 3OXNA 1GR2A 2OLBA 3H4ZA 2OCUA 3FJMA 4DLDA 1DSNA 3MZ9A 2ZYKA 2HZKA 3FJ7A 3THIA 3T96B 3QK6A 4QFOA 3H06B 1DMBA 4O3CA 5L9SA 3GLBA 1SI1A 4X48A 5M2VA 4YZZA 3FJGA 4OEUA 1B52A 4H0WA 2Q89A 4NF8A 2HEUA 1QUIA 3LSFB 4WKMA 3VVDA 4IO2A 4F3BA 1M5EA 2UVGA 3B6QA 4R74A 1WDNA 1MDP1 3G3HA 4U2RA 3O29A 2F7BA 3JZJA 3MVXA 4XKPA 4F1UA 4G8MA 1Y1ZA 4ZE9A 2Y7KA 4EF2A 3C32A 1MY1A 4L17A 2Z8FA 4DXBA 3S9MC 1NL5A 3TTMA 2UVIA 4OFLA 5KZTA 1M5DA 3DM0A 4NMYA 3PPPA 1A40A 2I4BA 2DP8A 1FTOA 4JBZA 3PMXA 4XXUA 3TTKA 4G77A 2I0BA 3ECRA 2QSXA 1Y3QA 4XTCQ 4NF6A 4FORA 1B1HA 2O1MA 1MH4A 3RTFB 1ZLQA 4N13A 2PT1A 1Q35A 3QAXA 1OQGA 3FV1A 1IXIA 2F7CA 1URDA 1Y3NA 2ESNA 2V3TA 2XXIA 4ZECA 4NF6B 1MG1A 4OEVA 1MRPA 4HTGA 1XC1A 3KG2A 2AIXA 1IXGA 1TWYA 1Y4CA 1MPBA 1US5A 3IORA 5CMCA 3MVZA 3V8XB 3Q28A 4P0IA 3RUMA 1SW1A 2R71A 3TTNA 4GF8A 3VE1B 1ZU0A 3LBSA 1QJMA 2O1LA 3MP1A 3MJNA 2DSFA 5CBSA 4LZ5A 3ODBA 2VP1A 1JW5A 3G3FA 1JW1A 3S9EA 1EZPA 3T9VA 3TCGA 3OSQA 3RNNA 3LSWA 3VLWA 3FASA 4HW8A 4WEPA 3PPRA 3PV0E 4ZEKA 3CFXA 5L9MA 3PPOA 3RGYA 1YTVA 2HAUA 4H5GA 4JSDA 3IB2A 2H5YA 1B5IA 3GBBA 3PU5A 3E13X 2FNCA 1M5BA 1ZKBA 4IB2A 4WEDA 1MXYA 4U4SA 4C1TA 1BP5A 4OETA 2GRVA 1P1WA 3K1NA 1D9VA 3PUZE 4OTEA 3FV2A 1H43A 4OFJA 4JWXA 3TTLA 1TFAA 4PP0A 2F78A 1OLAA 3K1PA 3ONMA 1ZBMA 1MY3A 5L8DA 3TYHA 2O51A 2FA7A 4P0GA 3MP8A 3QSLA 3OO6A 3U94A 4H1XA 4BDLA 4F3GA 1WVJA 4F31B 1PBPA 4GLIA 2CZLA 3HN0A 1YAEA 1JVXA 3OSRA 3KEIA 1TFDA 4OERA 1A8FA 3LC8A 1QKBA 2HCAA 4DCXA 3IO6A 3FVKA 4YKIA 4LZ8A 4ESWA 2OWTA 1HSLA 1QULA 2NVUB 2XXVA 3E4RA 4R6HA 4H8IA 2IEEA 2ONRA 1NH7A 3KJTA 1FQEA 4F19A 4FEBA 4AQ4A 1A7LA 2XD2A 2Q2CA 3JYRA 3RLFE 2A5SA 3SETA 1MQHA 2DWAA 1N7WA 1B7ZA 4OWDA 4YB6A 2H9BA 3TTRA 1F9BA 3SEYA 5CRYA 3QIMA 2ZYNA 2Z23A 5H8QA 4QFPA 3K4UA 1NNTA 2YJPA 4FATA 5HPQA 3RT8A 3QUFA 2PX1A 4YKPA 2F8DA 2RC9A 4JB7A 3UA8A 2Z8EA 2Y7IA 5H8QB 3T93B 1BTJA 1O64A 2QMWA 3SEXA 1PDAA 2XXXA 3CR9A 4LZ7A 1JNFA 4JWYA 2G29A 4MH5A 2PT2A 4X9TA 3SESA 1MQGA 1XT8A 4KQPA 3PMWA 4F39A 3ZS6A 1USYH 1D9YA 2O69A 1LFIA 4DXCA 2DWHA 3K6VA 2CMOA 1PEBA 1UTHA 3ZKLA 3W9VA 2I58A 4C0RA 3W9WA 5HM4B 5H8HA 4ISUA 2O7IA 3DP8A 3IOWA 2DWJA 2RC7A 2ZNSA 4POXA 2O68A 1AMFA 1UTHB 2XXTA 4ZZEA 1URGA 1Y20A 4F29A 1B0LA 3H6UA 4RXLA 5H8HB 2BJJX 2QJEA 2NOOA 3R7XA 3M8UA 2RINA 4GFRA 5H8FA 5BUUA 4Z7EA 5KDTA 2X7PA 2Q2AA 3H6VA 4GRKA 1QW0A 4KCCA 1RYXA 4G4PA 2FYIA 2RCBA 3MPLA 1VFEA 3EHUA 4R2BA 2D3IA 5ISUA 3B6TA 2IA4A 4ELQA 1USYE 1S9TA 3UORA 4NWCA 3TKDA 3KOSA 1LSTA 1MXWA 1MQIA 1ATGA 3G3GA 1AIVA 4F3SA 2B65A 3CFZA 4EUOA 1UQWA 4ZE8A 1SI0A 2KLFA 4G2ZA 3Q27A 2XHDA 4GL0A 2UXAA 4ND9A 1FW0A 1B1XA 2ABHA 4OZ9A 2Q9TA 3RN8A 3K01A 1LAXA 4QFLA 1B3HA 1I6BA 3OO9A 5FHMA 1LGBC 4IO5A 3JV9A 5A5XA 5KCJA 1R9LA 3TCHA 2WKYA 1M5FA 1POY1 1JVYA 4YKKA 1I6QA 3C9HA 4QSEA 3U8QA 3BKIB 1R1NA 4EQ7A 3RT6B 2I3WA 3BBRA 1DTZA 4LONB 3ILUB 3S9LC 4H65A 2ZYOA 3CI8A 3OEMA 5CMBA 2XXPA 3EPEA 4KYDA 4PETA 1PBQA 2VD2A 3B6WA 1P1UA 4ONYA 3UN6A 3H3GA 3KN3A 1XHYA 4EQ9A 1RYOA 4MLVA 3MP6A 1I69A 3FXUA 1LBCA 1N3WA 4ZEIA 4FIMA 2H25A 1OMPA 3SEWA 2R6GE 1SYIA 4R9GA 2Y7RA 3QUJA 3N26A 2DE2A 4JSOA 1H44A 3MBPA 3U1OA 3CVGA 2F36A 3FVNA 5K2XA 1DOTA 3PGFA 4F18A 3MWBA 4UACA 4NF8B 1QUKA 5IAIA 3IB0A 4U21A 4LATA 2Q88A 1GGGA 3FXRA 1SD3A 4QHQA 3SDFA 1P1QA 3VXBA 4F2QA 1LAHE 1EZ9A 3H03A 3TODA 4QFKA 1NNKA 1A8EA 4F3PA 4N6PA 4E0XA 3MVWA 3R6UA 1SW4A 3TEPA 4Q8RA 1EH3A 1JETA 5DT6A 2V93A 1L5TA 2P2AA 4GIZA 5I84A 3V83A 2D21A 4THIA 1PB8A 3FD3A 5DEXA 1NNFA 2OWSA 1YCJA 2PVUA 3OOAA 3KSXA 1SYHA 3WAEA 2GH9A 2VD3A 1FQBA 3A09A 1A99A 3T9HB 5DEXB 4HCWA 3TQLA 3G7WA 4F1VA 2XXQA 4QF9A 3G3JA 1A54A 1LB8A 2P1SA 4YU0A 2XXWA 4O3AA 4KD5A 4U23A 3S4UA 2PBWA 3IOUA 4EQBA 1LCTA 3OEKA 3Q25A 5AA4A 4PFTA 4OFOA 4XIGQ 4R2FA 3OENA 1MY4A 2ZNTA 4F1YA 3KFMA 4I9DA 4M4GA 5BWJA 5TPAA 3LR1A 1B40A 4ZS9A 5I59A 3IR1A 2REGA 3A3UA 4RNSA 3VVFA 1FQAA 1BIYA 3FUZA 1ANFA 5CI5A 5AA4B 2Y7WA 2V84A 1B3EA 3RY3A 3BFTA 5AA2D 5TPAB 3O9PA 3H6WA 4EF1A 4LQ5A 3N6UA 1QKAA 4YB5A 1FQFA 2NUVA 4RA1A 5K2YA 3IOVA 3E3KA 1MH3A 1IQ7A 4Q5TA 2Z8DA 4N07A 4R72A 5F1QA 3RQTA 5J1DA 1N84A 4DDDA 1R6ZA 3PMVA 3P7IA 4Z0IA 1XOCA 3K0VA 2XXHA 4I8CA 3KGCA 4WXJA 1Y9UA 2RKMA 2B3BA 1S50A 4RYAA 3ZSFA 1II5A 2ZXTA 3I5OA 4MFIA 1QUJA 1LAFE 3MZ1A 3W15C 4LA9A 1HSEA 5ICQA 2NXOA 4KCDA 2XX8A 3CG3A 2ZNUA 3TUSA 3VXCA 3IO4A 2DQVA 5I56A 1LB9A 1IITA 3OO7A 1B0HA 4EDPA 3V5AA 3SEVA 1MQDA 4H5FA 4KYSA 2REJA 2H98A 4G8NA 2DYXA 4JDFA 4FECA 1AOVA 1B05A 2I49A 4FEDA 1FCKA 2ZYMA 2OK2A 1MPDA 1SDXA 3IK6B 1B46A 4OYVA 3IAZA 3OMBA 1MDQA 1FTMA 1ELJA 3USDA 3IL1B 1N3XA 2QRYA 5HBCA 3HPIA 1IXCA 3WAFA 4MBPA 4KI0E 4YICA 1SBPA 2GHAA 4OMBA 3QXMA 3V89B 4GXSB 1P1OA 3HO7A 3CIJA 4ELRA 4G68A 4PQJA 3IJXB 1OVTA 4FJPA 1N76A 4KHZE 2VGQA 3OD7A 5AA2A 4HS7A 3FVGA 2E0SA 3O6HA 2Z22A 1N0TA 4R6KA 5ICTA 4BDRA 4G68B 3TELA 4TLLB 3M3FA 3TAJA 5B70A 4GXAA 3N94A 4LP2B 4QSCA 5ITOA 2HAVA 1MY2A 1DPEA 2GFEA 2QL3A 1EU8A 5CMKA 4Q30B 1H3DA 2I4CA 2DE3A 4GD5A 3KZGA 2F97A 1Y3PA 2I48A 5AA3A 1B4HA 2DS9A 2GHBA 4U22A 4EXLA 5IKBA 3MUQA 3N5LA 1SW5A 4KFQA 5L9OA 4FAJA 2I3VA 5I57A 1NMUA 3EQ1A 1GV8A 1LAGE 1FTJA 5H8SA 1B2HA 3CRBA 3FVOA 2DOJA 2OBGA 1TT1A 5FHOA 3CFLA 2HFBA 4BLAA 1Z7NE 2AYSA 4XKQA 4MLQA 1FQDA 1OLCA 4DE8A 1OIBA 2OZZA 3K2DA 1A55A 4F22A 3DP4A 5DTBA 3MC2A 3MAMA 3O28A 5H8FB 2UYEA 1B9JA 5KDTB 1VR5A 1EZOA 5AE4A 3RTWB 4POWA 1GVCA 3DLNA 3KOTA 1ZTYA 3KSJA 3U72A 4AB6A 4KR5A 3K6UA 5B7DA 4K3FA 3MPKA 3VLUA 3EHSA 2I6EA 4P11A 1MM7A 3PUXE 5ITPA 1VSOA 5ELVA 1LCFA 1D3KA 4U1OA 2XXYA 2XX7A 2LAOA 1B6HA 4ZEDA 4C1UA 4KPTA 2RCAA 3M3KA 4NF4A 3KN7A 3SERA 4IY6A 4QFNA 1MXVA 3K6WA 4R75A 4GVOA 4RK9A 5A5XB 3FATA 5KCJB 2F7AA 2G93A 3T9UA 4R6YA 4NF4B 5JEIA 4ESXA 1UTBA 3TFLA 3TZAA 1YPNA 1MXZA 2QS4A 3O6IA 4Q0CA 1NFTA 5JTYA 1MY0A 1S7YA 1VE4A 2P0SA 4BDNA 3TCFA 4ECFA 3VLVA 3GBAA 3Q26A 5EHMA 4ZEFA 1UTBB 1VFDA 1Y4TA 4JXIA 1POTA 5JTYB 5CBRA 2B3FA 4ZDMA 1Q1KA 3R26A 3EN3A 4XKRA 1B32A 1ZIUA 1MXXA 2UYFA 3B7DA 4ZZAA 3S9NC 1MXUA 3C31A 4H8JA 1CE2A 3H7MA 4U1ZA 2O84X 3O66A 5F7VA 5EHSA 1BKAA 2RF1A 2HZLA 2YLNA 2M8CA 4BDOA 4G68C 4KYEA 3HHFA 2DVZA 3RPWA 3AXFA 5DVIA 2D5WA 3I3VA 4IY5A 3HV1A 3ZKKA 4EXKA 2QMXA 2UVJA 1JEVA 1NKXA 4X1BA 1BLFA 5EYFA 1AH5A 1SVXB 4LVQA 4PE5B 3D4CA 1B5JA 1B5HA 1CB6A 1PB7A 2YPNA 4OVJA 2ONKE 3FGSA 3M3LA 3VVEA 1MPCA 3T66A 1N04A 1MS7A 1SW2A 5TP9A 4O3BA 4LUBA 1US4A 1JW4A 3PUVE 3O97A 2XX9A 1XVYA 4NEDA 1DPPA 3UIFA 5FHNA 2F5XA 1H76A 3L6HA 4H6DA 5AA1A 2VHAA 5TP9B 5FTIA 3DP6A 2ALUA 3TPAA 4GL8A 4RY1A 4IGTA 5I59B 5I2KA 1QVSA 1PB9A 1PC3A 3LUYA 5DVJA 1T0KA 2QS3A 3C36A 3LSLA 3MVYA 1LLSA 2W7YA 4G8HA 1IUDA 4M1VA 2UVHA 1JQFA 3IB1A 4OQOA 1HSJA 4NTLA 2ONSA 2XD3A 5I2KB 3IOTA 3K1MA 3E9XA 1MQJA 1LBBA 4R73A 2X26A 1ZJLA 3F11A 3MW0A 3QYTA 4DCYA 1LFGA 1FQCA 4FE8A 3FXQA 5I2NA 1D4NA 5TU0A 4ELOA 3K00A 3C4MA 4YB7A 3EHTA 2AL4A 1AL3A 2Y84A 1DTGA 5DVFA 3A3CA 4OXVA 4YMAA 2QS1A 3PD9A 1FTLA 5I2NB 3IJOB 4QSDA 4GQOA 4DIGA 4MF3A 2H99A 1IXHA 3UK4A 3TDJA 2O6AA 2E1SA 4IO6A 5I56B 4TQUQ 3OO8A 2QS2A 1M5CA 3C34A 1TXFA 4U4XA 1B3GA 3Q29A 1B7HA 4YMBA 3MZBA 3C33A 3VDFA 4RK2A 2H4IA 2AL5A 2PMSA 3KBRA 2I0CA 3HHGA 1MM6A 5DYHA 1B58A 3O6GA 1Z7ME 4RJZA 4NF5A 1O7TA 3K02A 3CSBA 2A5TA 3C35A 4F2OA 1NNPA 3PUYE 1XVXA 4BDQA 4OENA 4IGRA 2ANJA 1URSA 1LFHA 2F34A 2F6PA 1JEUA 3OELA 4AB5A 4YKJA 1I6AA 4PFWA 2RC8A 2DVCA 1IZ1A 4NF5B 1RKMA 4XKNA 1B4ZA 3FIRA 3PPNA 4TLMB 2HXWA 3U93A 2A5TB 4NE4A 1IEJA 4QRZA 3UP9A 4ZEBA 3LSXA 2DXYA 1Y1MA 2HQ0A 1O63A 2PYYA 5AA2B 3K6XA 4DXUA 3DELB 3PD8A 2DWIA 1UIVA 5H8NA 1N7XA 5CM6A 4I62A 4OESA 3PPQA 3G3IA 3U92A 3FZVA 4UA8A 3I6VA 1B3LA 4RPNA 1J1NA 4PFUA 1GTKA 4NWDA 2F6GA 4JWOA 4PFYA 4GOTA 1H45A 1IIWA 5H8NB 5I58A 2DE4A 3HSTA 5JK4A 2NWJA 1NH8A 1ZMGA 5CC2A 4I1DA 1P1NA 3SEUA 3S2VA 3KJ7A 3H6TA 2V3UA 2Q8JA 3IX1A 3KN8A 5I57B 4YAHX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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