2DWJA

Structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with raffinose at 2.3 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with raffinose at 2.3 resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwjA02
1FTJA 3R7XA 1B4HA 4GIZA 3S9LC 2ZYKA 1B32A 3MQ9A 4IY6A 5I59A 1P1QA 5IAIA 1N04A 3VVEA 1LGBC 3C33A 4ZDMA 4YICA 4PFTA 2NWJA 1TXFA 2UVHA 3BFUA 1IXHA 4HS7A 1MDP1 1QKAA 2RKMA 1HSLA 2ZYMA 4IY5A 1VE4A 1N3XA 1LB9A 4EXLA 3UK4A 3V5AA 2DSFA 2R71A 1B6HA 3PD8A 1MQIA 1Z7ME 2Z8DA 1JEVA 3LUYA 4JXIA 2B65A 3VV5A 3TKDA 2HZKA 2GHBA 1LFGA 2VOZA 1B3LA 3TYHA 3C4MA 1MXZA 1ZU0A 5B7DA 5H8FB 5HM4B 1MY0A 1O7TA 1EZPA 3V8XB 4NF6A 4U4XA 2OBGA 4LVQA 2NOOA 1DTGA 3IO4A 4H6DA 4IO7A 3T96B 2OK2A 4H8JA 4JB7A 4QHQA 5AE4A 4IGRA 3RPWA 2Y7RA 1BLFA 1ZBMA 3K6VA 3L6GA 3G3GA 1ZJLA 3G7WA 3OD7A 3FGSA 5TU0A 1OVBA 2H4IA 3MJNA 3C32A 3TCGA 5I58B 5ICQA 3IL1B 3RT8A 5CBSA 4H65A 1A99A 3G3FA 4IO2A 1LFHA 3SEWA 3QAXA 4AB6A 1OLCA 3K02A 1SW1A 4FIMA 4BDQA 1QUJA 5I57A 3RT6B 4G2ZA 1MM6A 5BWJA 3U1OA 3FVKA 1M5CA 5DVJA 1US4A 1JVYA 3PMXA 1MH4A 3MVZA 5EHMA 1JVXA 4G77A 4R6HA 5FHNA 5I2KA 1QW0A 3V83A 3OENA 5KCJA 2DE3A 3DM0A 3FD3A 5F1QA 1KWHA 2PT1A 1NNPA 1CE2A 4OHNA 3FASA 3TPAA 4F3SA 3S9EA 1MM7A 3HHGA 4LP2B 3OEMA 3KJTA 5CI5A 1B7HA 3H6UA 3LC8A 3O28A 3ONMA 3OO7A 3PV0E 4GOTA 2LAOA 2VD3A 1H76A 3QUJA 5AA1A 3I6VA 1MG1A 4FJPA 3SERA 5JK4A 4KR5A 2DE2A 1PB9A 3RLFE 5LOMA 1H43A 4ZZAA 3H6TA 5I58A 1B7ZA 3QYTA 3Q28A 3HPIA 3CIJA 5M2VA 1OMPA 2F36A 1MY3A 2O7IA 2XXHA 3TCFA 3H6WA 3EHSA 4JDFA 1POTA 2XXYA 1RYOA 3OO6A 4OQOA 4TLMB 2GH9A 3TDJA 1JEUA 2OWSA 3MPKA 3IOUA 2Y7WA 2QS1A 3Q26A 5DT6A 5EHSA 1Y1ZA 1MS7A 1BKAA 2D5WA 4MFIA 1R9QA 4FEBA 4MH5A 2ABHA 4R75A 1PDAA 1F9BA 1MY2A 3TTMA 1GR2A 4G8NA 3H06B 1FW0A 4PETA 4EDPA 4U1ZA 1NH8A 1NNFA 3MBPA 1A8EA 1OQGA 3F11A 4G8MA 4F3PA 1SQYA 2A5SA 2R6GE 4N13A 4ZEKA 1MH3A 1USYE 3KN3A 4X1DA 4GF8A 3A09A 4RYAA 1IXGA 2DVZA 3OXNA 1ELJA 4F1UA 1NH7A 2ESNA 1P99A 3G3HA 3E3KA 4ISUA 5A5XB 4F22A 1MQJA 1Y3PA 1Y4CA 2O6AA 3PPPA 5CMBA 1R1NA 3OELA 3DP4A 4QSEA 1MXUA 3RQTA 4EQ9A 1QVSA 4XKPA 4GQOA 1POY1 1MXVA 3K0VA 1DOTA 2UVJA 3MP6A 4Q0CA 1B05A 3IORA 4L17A 2DWAA 2KLFA 4KYDA 2AIXA 5FHMA 3VFJA 4XKRA 3C9HA 4TOZA 1L5TA 4R2BA 2CMOA 2Y84A 2HAVA 1FQBA 2D21A 2I4BA 2Q89A 2UYFA 3R26A 4H67A 3TCHA 2HCAA 4RY1A 2I0CA 4QSCA 2Z8EA 1S50A 2E1SA 1XVYA 5H8NB 1D3KA 2NUVA 1ATGA 3LR1A 4FEDA 1DSNA 4M4GA 3KGCA 4XXUA 3USDA 1FCKA 1JQFA 2GFEA 3G3IA 1RKMA 1B5JA 2DWHA 5CMCA 4AB5A 4BDLA 1QUKA 5DTBA 4KCDA 3FXUA 4ZS9A 1ZLQA 1DMBA 4JWYA 4MF3A 3S2VA 4FAJA 3IOVA 3N94A 1EZ9A 4IO3A 2I4CA 2I3VA 3PUVE 3TQWA 3LBSA 1SBPA 1NFTA 3EHTA 4RK9A 3A3CA 4ZEIA 2ZNSA 2XXVA 4R73A 2VD2A 4UA8A 1FTOA 4OETA 4F18A 3JV9A 1PEBA 4FE8A 4I9DA 1SD3A 1QKBA 4OERA 1FTKA 4Q30B 3TQLA 3UORA 2XX7A 4NTLA 3VVDA 3TUSA 2ONRA 4ONYA 2ZYOA 1USYH 1B58A 2F97A 1Y3NA 3DP8A 1A54A 3IR1A 3FJMA 2DWJA 4OTEA 3M3FA 4G68A 5HBCA 5AA4B 5KDTA 3Q27A 4ECFA 1TWYA 1B51A 2Y7IA 3EHUA 3CFZA 3VVFA 3H7MA 3UP9A 3OO8A 1NL5A 4LQ5A 4DLDA 1UIVA 2REJA 4IO4A 3VLVA 1TT1A 4R72A 2A5TA 3A3UA 2V3QA 3H3GA 4NWCA 1FQFA 5AA2A 2ZNTA 3MZBA 3CG1A 2ONKE 1MXYA 2ZYNA 3IK6B 4XKQA 1N84A 3QSLA 2UXAA 3PUYE 4QFKA 5ITOA 3SEXA 3KOSA 1WVJA 1JW5A 4YU0A 3THIA 3PUWE 3VXBA 2Z8FA 3K6WA 4O3CA 5J1DA 3VLUA 4GL8A 4LZ8A 1B3HA 2RINA 4YKPA 4DDDA 1B1HA 1EZOA 4KPTA 1B3EA 3CSGA 2DOJA 2YJPA 1LSTA 4ELPA 3IX1A 2I6EA 1GTKA 2F8DA 3K2DA 4GLIA 2M8CA 1PB8A 4OFOA 1B5HA 1T0KA 3T93B 1I69A 3B6TA 3MPLA 2X7PA 4ZE8A 4Q8RA 4FATA 2W7YA 4I8CA 3C34A 4IO5A 3K6XA 3B6QA 1YCJA 5A5XA 3EPEA 3ZSFA 1B2HA 2Q8JA 1Z7NE 2I58A 2HAUA 4QFNA 4ESWA 4WEDA 4EQ7A 1B0LA 3EN3A 3LSFB 2THIA 1GGGA 5CMMA 1ZIUA 1OIBA 1MXXA 4QFPA 1GVCA 3W9WA 4MBPA 4RK2A 5AA2B 2YLNA 4I1DA 1EH3A 2R9JA 4P0IA 5I59B 1ZKBA 1RYXA 5H8QA 2B3FA 2PBWA 1LAFE 1OVTA 1Q1KA 3H03A 3KFMA 3L6HA 2RC8A 3O9PA 4F2QA 3JZJA 4GXAA 1MQGA 4OXVA 4Z7EA 2DE4A 3CFXA 3D4CA 4F29A 4F3BA 1M5DA 4YKJA 1GV8A 3QIMA 3PPOA 2VP1A 3K1MA 2H5YA 3U92A 3WAEA 5KZTA 2H98A 1ANFA 4WXJA 4I62A 1LAGE 4H1XA 3RGYA 1AOVA 2V3TA 3D4GA 1LFIA 3U8QA 2XXWA 4DXCA 1FQDA 1YTVA 1URSA 2F7BA 4EF2A 3E13X 3RN8A 2DYXA 3SEVA 4G8HA 4FECA 2O51A 2RC7A 3R6UA 4U4SA 4KYEA 2HXWA 3IB0A 1CB6A 2QMWA 1B40A 3KSJA 3PPQA 2P0SA 1XHYA 4G68C 4ELOA 2I0BA 1AH5A 1SVXB 2F7CA 1MDQA 2OLBA 2QS2A 4TQUQ 3DP6A 4X48A 3FVNA 1MPBA 3OMBA 1IEJA 3PD9A 1SI0A 2V84A 4JWXA 1JW4A 3OOAA 4OESA 3N5LA 5AA2D 3SEYA 2REGA 5H8NA 3RNNA 1B4ZA 1S9TA 3GLBA 4MLVA 3U72A 1XC1A 2DXYA 2OZZA 4U2RA 3SDFA 5I57B 2ZXTA 3C36A 3ILUB 4UACA 1N76A 4LONB 2AYSA 1HSEA 5ELVA 5KDTB 4LZ5A 5I56A 1P1UA 1QULA 2G93A 3KN7A 1MQDA 4C1TA 4H5GA 2O69A 3MVYA 3TMGA 3QUFA 4PP0A 1P1OA 3VLWA 4GVOA 4BDNA 3UN6A 1I6AA 4N07A 4RPNA 4YMAA 2O1LA 5I2KB 4BDMA 5H8HA 4BDRA 4XTCQ 3TODA 4R2FA 2RC9A 3IO6A 4FORA 2E0SA 3W15C 4NF5B 2H25A 2F5XA 1UTBA 4HW8A 3M3KA 4KQPA 4OMBA 4OEVA 2Q2AA 1SYIA 3SESA 3PPRA 1B1XA 2VGQA 2VHAA 3EF7A 3LSWA 4XKNA 1JETA 3VDFA 1XS5A 1VR5A 4OWDA 4XIGQ 5CC2A 1XOCA 1M5FA 2I48A 2V93A 2Y7PA 3FUZA 3IJOB 3K01A 3O6GA 3IB2A 1LAHE 4ND9A 1MY4A 5F7VA 5BUUA 5IKBA 1IUDA 1FQAA 3FXQA 3GBAA 1WODA 2O7UA 4Z0IA 3RY3A 2UVIA 1PC3A 2XXUA 1D9YA 3OSRA 4F2OA 1IXIA 3FIRA 2F34A 3MW0A 4YB6A 4KI0E 4X1BA 2Q9TA 2F35A 2V25A 4K3FA 1MY1A 3FZVA 5L9SA 3G3JA 2QS3A 4NEDA 4GD5A 1H44A 1DPPA 1NKXA 4EF1A 3O97A 4LATA 1A8FA 1URGA 2O84X 3LSXA 4PFWA 3TEPA 4KD5A 2P2AA 1MPCA 4QSDA 5I2NA 3KOTA 1N7XA 1JNFA 2ANJA 2NXOA 3OSQA 1Y3QA 1N0TA 2QJEA 2QSXA 3HCQA 1Y9UA 2XXPA 4U1OA 3TELA 4OENA 2Z23A 2PX1A 5H8QB 4F3GA 4GXSB 1LCTA 1XVXA 4OEUA 5L9MA 4OVJA 2RCAA 3DELB 3O2AA 2DXRA 3MZ9A 4IO6A 4KCCA 4LA9A 4RA1A 5TP9A 3MP1A 3W9VA 3KN8A 1B7UA 1J1NA 3K1PA 3T22A 3PPNA 1O63A 4NWDA 1LBCA 3N6TA 2YPNA 2GHAA 1B46A 1SW4A 1P1NA 4GFRA 4JSOA 3UIFA 4NF4A 4ELQA 3ODBA 1TFAA 1BIYA 1I6QA 2I49A 4OYVA 5H8SA 1URDA 2XXIA 1LCFA 1Y1MA 2DWIA 4RNSA 1SI1A 1NNKA 2FNCA 2DP8A 2O68A 2WKYA 3ZKKA 3AXFA 4JSDA 2HEUA 3MAMA 4NF5A 4YZZA 3BBRA 4O3AA 2ZNUA 4P0GA 4ZEBA 4JWOA 3T9HB 1YPNA 4YKIA 4THIA 3SKPA 2IA4A 3FJGA 2F78A 3DLNA 2F6GA 2V3UA 4DE8A 4NF8B 3QXMA 2QMXA 1Q35A 5JTYB 1FQCA 1PBPA 2DS9A 3P7IA 3TFLA 1UTHB 1VSOA 3MWBA 2X26A 1AMFA 4ZECA 5L8DA 2CZLA 2GRVA 1LAXA 1N7WA 2ZMBA 3G3KA 1B5IA 4U23A 4G68B 1IXCA 1B3GA 1B9JA 3CVGA 3O66A 3C31A 4QF9A 4ZEFA 1PBQA 3HO7A 4LQ2A 4QFOA 4DZ1A 4F19A 1IIWA 1P1WA 5TP9B 3KSXA 4C0RA 4NMYA 5K2YA 3S4UA 3HV1A 3TZAA 4ZEDA 2XX8A 3PMWA 4WEPA 2I3WA 4IB2A 4C1UA 3QK6A 4RJZA 3CSBA 3KBRA 1O64A 2UVGA 1YAEA 1IITA 2F6PA 3Q25A 4POXA 3T66A 4F39A 1A40A 5TPAB 5I2NB 4QRZA 3SETA 5AA4A 3FVGA 4OZ9A 4DCYA 3ZS6A 2B3BA 3E4RA 1II5A 2PT2A 2G29A 3ECRA 3CR9A 3PU5A 5CRYA 3FV2A 2PYYA 2QRYA 5I56B 4N6PA 1AL3A 1OQHA 3BFTA 2O1MA 3ILTB 1US5A 2X7QA 4NF8A 2NVUB 2QPQA 4GWOA 2PMSA 5B70A 3M8UA 2OCUA 3CRBA 2XD2A 3I3VA 2RCBA 2AL5A 1B0HA 4E0XA 4YMBA 3PUXE 1HSJA 1SW2A 3MUQA 1WDNA 4R9GA 3TTKA 3MZ1A 4HTGA 4YB7A 2AL4A 3N26A 4H5FA 4RXLA 1VFEA 4IGTA 2BJJX 2D3IA 4PFUA 4KHZE 4MLQA 3O6IA 4KFQA 5DVFA 3RTFB 1N3WA 3WAFA 3S9NC 4BDOA 1IQ7A 2Y7KA 3CFLA 3JYRA 4DCXA 3IOTA 5KCJB 4OFLA 5H8HB 1R6ZA 2DVCA 2OJTA 1SW5A 1H3DA 1Y4TA 5JTYA 5I84A 2XXQA 1MQHA 3E9XA 3K4UA 2FA7A 2OWTA 1ZTYA 3IJXB 4HCWA 3HSTA 4GRKA 3TTLA 1PB7A 4BLAA 2HFBA 4R6KA 4EQBA 4NE4A 3BKIB 4DXUA 4RPOA 3S9MC 3MVXA 3H6VA 3K1NA 3O29A 1Y20A 3IB1A 4WKMA 2XHDA 4H8IA 4DIGA 5ICTA 2PVUA 3B7DA 5DVIA 1UIUA 4NF4B 5EYFA 2H9BA 2UYEA 4Q5TA 3OO9A 4H0WA 3VXCA 4AQ4A 5H8FA 1D4NA 1DTZA 4QFLA 5FHOA 3KJ7A 1ZMGA 5TPAA 3FATA 4M1VA 1B52A 4GL0A 5DEXA 4ESXA 5DYHA 3T9VA 3MVWA 3TTNA 4ELRA 3MC2A 3GXAA 3UGWA 3I5OA 1SYHA 2ONSA 1A55A 3PGFA 5FTIA 3TAJA 4E0WA 1AIVA 2HZLA 2FYIA 3IAZA 4POWA 1BTJA 3GBBA 3KZGA 1B3FA 1MRPA 5L9OA 1MPDA 2XD3A 2XXTA 4R9FA 5ISUA 4EUOA 2Q88A 1M5EA 3MP8A 4YAHX 1UQWA 2RF1A 1FTMA 1EU8A 1VFDA 1SDXA 3C35A 1FTLA 4LUBA 3U93A 3CI8A 4R74A 3VE1B 4PE5B 2H99A 4PFYA 1D9VA 3M3LA 3V89B 1DPEA 3RUMA 5CBRA 4OFJA 1I6BA 2DQVA 1JW1A 3HHFA 1QUIA 3O6HA 5CM6A 2Q2CA 1S7YA 1OLAA 4NF6B 4R6YA 4F1YA 1TFDA 5AA3A 5JEIA 2XXXA 1NNTA 4O3BA 1R9LA 4G4PA 1H45A 3IOWA 3K6UA 3KEIA 3LSLA 1FQEA 2XXRA 2XX9A 3FJ7A 3KG2A 4LZ7A 4YB5A 5DEXB 2HQ0A 4EXKA 4ZE9A 3H4ZA 3UA8A 4F1VA 5HPQA 1LBBA 4HCYA 4YKKA 3RTWB 1LLSA 3ZKLA 1LB8A 3CG3A 5ITPA 1A7LA 4KYSA 3T9XB 1UTHA 2ALUA 3Q29A 4ZZEA 2QS4A 3GZGA 4X9TA 3FXRA 3N6UA 2A5TB 5K2XA 4P11A 4DXBA 5CMKA 2QL3A 1UTBB 3PUZE 3PMVA 4JBZA 4F31B 3U94A 1XT8A 3OEKA 4U21A 3K00A 2Z22A 1QJMA 3HN0A 3FV1A 4U22A 1BP5A 5FTHA 2P1SA 1IZ1A 4PQJA 3TTRA 4TLLB 3EQ1A 1M5BA 3B6WA 3FVOA 3SEUA 1MXWA 3T9UA 2F7AA 2IEEA 1NMUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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