4KFQA

Crystal structure of the nmda receptor glun1 ligand binding domain in complex with 1-thioxo-1,2-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5h)-one
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Crystal structure and pharmacological characterization of a novel N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor antagonist at the GluN1 glycine binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 82
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-27
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kfqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kfqA02
3HSTA 2W7YA 4IO6A 2F6GA 4BLAA 1CE2A 4FE8A 2O51A 2D3IA 4N13A 2XXXA 2F5XA 1SI0A 2DE2A 2O1LA 4LZ5A 4F2OA 4OZ9A 2Z22A 2HQ0A 2PBWA 3CSBA 3TELA 5TPAA 1I6BA 1IIWA 1H44A 2XXQA 1YPNA 5I58B 1OVTA 2I0BA 4M4GA 4EF1A 1WODA 3W9WA 4UA8A 1OVBA 1SW5A 3UA8A 3C33A 1PEBA 3BFUA 3D4CA 2Z8EA 1NFTA 5ICTA 2GFEA 1LBCA 1FCKA 3U8QA 4YKKA 1SW1A 2I4CA 4F22A 3TZAA 2V25A 3HV1A 2CZLA 3O6IA 4ELRA 4E0WA 4ONYA 3C4MA 1WDNA 5TPAB 3R7XA 1LCFA 1ZMGA 3Q28A 1NNPA 3N26A 4GXAA 3CI8A 1QKAA 2LAOA 1M5FA 4MF3A 1AIVA 3BBRA 4OQOA 1FQDA 4GRKA 1POTA 1Y20A 2UVJA 3MP8A 5H8SA 2P1SA 1M5DA 2V84A 1QUIA 1L5TA 1MY4A 3K2DA 1QKBA 1B5JA 1S7YA 4GFRA 4JB7A 2P2AA 3CR9A 3DP8A 3UK4A 3W15C 3K6VA 3I3VA 3K6WA 4RJZA 4K3FA 2ESNA 4X1BA 4R9GA 3K4UA 1LAFE 2ZXTA 4TQUQ 2DVZA 2Q88A 3TYHA 4NF8B 2F7CA 3USDA 4F3PA 2Z8FA 3UP9A 1USYH 1B7ZA 1VFEA 1N0TA 2QL3A 2XX9A 4GIZA 4YU0A 1B58A 3PD9A 5DEXA 5HBCA 3KN8A 3IX1A 2THIA 2I3VA 3SESA 2F6PA 3A3UA 4P0IA 1IITA 1MG1A 4KYEA 4FEDA 2PT2A 3TKDA 1EH3A 5CC2A 1MH4A 3LSWA 4DCYA 1UTBA 4XKPA 3LR1A 3GBAA 3EHSA 3MW0A 5L9SA 2H5YA 1NNFA 3TMGA 1B3GA 2QS2A 1PBPA 1M5BA 1FTKA 4TLLB 3RY3A 2R6GE 5DEXB 1QUKA 1ATGA 5CRYA 2XXRA 4LVQA 4PETA 4DXCA 3H03A 1MPDA 4ELPA 5CMCA 1PBQA 3OXNA 1UTHA 4YB7A 2RC8A 3OO6A 5AA2A 4NTLA 4GL0A 1UTBB 3SERA 2A5SA 1NMUA 3E13X 1B40A 1N3XA 2IA4A 4BDNA 1XC1A 1JW4A 2PX1A 2I58A 3UORA 4LONB 2ZNSA 3S4UA 1Q35A 1NH8A 1DSNA 1TWYA 2ZYOA 1P1QA 3I5OA 1UTHB 3V8XB 3RNNA 3OOAA 2F36A 4NF6A 3KFMA 1IEJA 1FQBA 3N6UA 4L17A 5AA2B 1YAEA 1MM6A 3UGWA 5KDTA 1UIVA 3MPKA 2D5WA 4NWDA 3MZBA 4WKMA 1FTLA 1JETA 2XXUA 1Y9UA 2Q2CA 3VXBA 2H98A 3MWBA 1R9LA 5F1QA 4XKQA 3MC2A 3HPIA 4IO4A 4LA9A 2PVUA 4I1DA 4ELQA 1LAHE 2UYFA 3KOTA 1GTKA 4YKIA 4R2FA 1BP5A 4NF6B 4IGTA 3VDFA 1IXIA 2DXRA 2V3UA 5KDTB 4RPOA 3TTNA 4POWA 4KQPA 2O69A 4U22A 3TQLA 4EQBA 3C34A 2XXIA 4O3BA 1EZOA 3OO8A 3CFZA 1MQGA 1DOTA 4ESWA 1MXXA 4RYAA 5I2NA 4LQ5A 2O7IA 4FORA 2F97A 3TPAA 4TOZA 2H9BA 4IY6A 3GXAA 1LB9A 4R74A 3G3JA 3FJ7A 4PFUA 2VHAA 1H43A 4ZE9A 3MAMA 2QS1A 2KLFA 1ZTYA 3FUZA 3M3LA 4GVOA 3M3FA 4DXBA 3LSLA 4DCXA 5I2NB 1MRPA 1URGA 1B2HA 4BDOA 4GXSB 4Z7EA 4GOTA 4U2RA 3RPWA 1B46A 1BKAA 3H7MA 5IAIA 5ITPA 4GQOA 3M3KA 1SI1A 5AA3A 3B6WA 5H8NA 3RLFE 2V3QA 5DT6A 3LUYA 3PMWA 4EXKA 4OTEA 1AL3A 3GLBA 1H45A 3TCFA 2DE3A 2DP8A 1N76A 4FECA 2OBGA 3RUMA 4JWOA 3CVGA 4ZEBA 3S9LC 4OFJA 4KYSA 1OQHA 4R73A 1ZBMA 4F29A 1B3FA 2F7AA 3OELA 4U4XA 5DYHA 2XXPA 4PFTA 3CSGA 4LZ8A 1P1UA 5H8NB 3O97A 5F7VA 1R6ZA 4R2BA 1SQYA 4RA1A 1F9BA 1OLAA 3IOWA 1Y3PA 3ECRA 4GL8A 4IGRA 3K01A 3VVDA 4IO5A 4OHNA 2PYYA 2WKYA 5EYFA 1B7HA 2QS4A 4TLMB 4U1ZA 2O1MA 3OEKA 1RYXA 1SVXB 4G8NA 4OMBA 1USYE 3FASA 3KGCA 3FGSA 3QXMA 4QF9A 1OQGA 4U21A 1IXHA 5H8FA 1M5EA 1HSLA 1QJMA 1ANFA 4EF2A 1TT1A 5CBRA 4LZ7A 2F7BA 1DPPA 3KZGA 1DTGA 1JNFA 2XHDA 3PPRA 2UVGA 4EXLA 2QJEA 4UACA 3VLWA 4ZZEA 4JSDA 3H6UA 1FQFA 3PUVE 2GRVA 1B52A 3O6GA 4NF4A 5H8FB 4X1DA 4ZEKA 3MZ1A 4I62A 3HHGA 1SW4A 3ILTB 4OWDA 3FVNA 4ISUA 3RGYA 5EHSA 2OWTA 4ND9A 4QHQA 1B0LA 1II5A 3IJOB 4R6KA 1B51A 1SW2A 1MY3A 1JW1A 3PUXE 2PMSA 4OENA 1IQ7A 4Q0CA 4OFLA 2PT1A 2YLNA 4NF4B 4NF8A 4KYDA 2NUVA 4G8HA 4XXUA 5CMMA 4DIGA 1HSJA 1B6HA 4XIGQ 4F3BA 2F8DA 1AH5A 4WEPA 2DYXA 4G68C 1B5IA 1NKXA 1LFIA 3MVYA 2CMOA 2G93A 1MPCA 1LAXA 1EU8A 2ZYNA 1JVYA 3BKIB 2IEEA 4U1OA 1LSTA 1MH3A 2Q2AA 2RF1A 1UQWA 4HTGA 2REJA 4GLIA 3FJGA 3RTWB 2R71A 3RT8A 3H6TA 1Z7NE 3N94A 2HZKA 3SEUA 3O9PA 1FQEA 3MVWA 3R26A 2QMWA 4GWOA 3CG1A 4EQ9A 2HAUA 5KCJA 4KI0E 1M5CA 1PDAA 3U72A 5AA2D 1B0HA 5FHMA 4AB6A 5CMKA 2QS3A 4PQJA 3L6GA 2XXTA 1LGBC 2FA7A 4YMAA 3DM0A 4F31B 2ONKE 4F1YA 5I59A 2UVIA 3MP1A 4C1UA 5DVIA 3G3GA 2F34A 5I57A 4R6YA 4QRZA 1FQAA 3TCGA 3H6VA 3MVXA 4ZECA 5ICQA 2B65A 5KCJB 4H65A 4H1XA 2DVCA 3GZGA 2ZYMA 3E3KA 5FHOA 3KJ7A 5JTYB 3RQTA 2XD2A 2DWIA 1XHYA 2OJTA 2XXVA 5I59B 3KSXA 3KG2A 1DTZA 4Z0IA 3DELB 1IXGA 5K2YA 3FXRA 5I57B 1OIBA 4IY5A 4LQ2A 1A54A 1LCTA 4JSOA 1FTJA 2GH9A 3Q27A 3VFJA 3ZSFA 1OMPA 5AA1A 3QIMA 1GR2A 3E4RA 1BIYA 1Y1ZA 3K02A 3SKPA 3MBPA 1PB7A 4I9DA 3QYTA 3G3KA 3G7WA 4JXIA 4DDDA 3H4ZA 1HSEA 4KCCA 3MVZA 3FVGA 4YKPA 3LC8A 1XVXA 1P1OA 4EUOA 3LSFB 1LFGA 1JW5A 4YB5A 3K0VA 3SEXA 2RCAA 1A7LA 3V89B 3OSQA 3V83A 3PUWE 3CRBA 2REGA 1B4HA 4LUBA 3CIJA 2DE4A 4OERA 4N07A 3IO4A 4NMYA 3PMXA 1B9JA 4OVJA 4HW8A 5L8DA 3VVEA 4XKNA 2NOOA 2UYEA 4AB5A 1Y3NA 3UN6A 1US5A 5I2KA 2XX7A 1MXYA 5LOMA 1GGGA 1MXWA 4YB6A 3LBSA 4P11A 1QUJA 1NNKA 4OFOA 3IO6A 1J1NA 4JDFA 3RTFB 2VOZA 5AE4A 1FW0A 3CG3A 4H0WA 5ITOA 3O29A 4LATA 1LBBA 5I56A 1XOCA 4P0GA 4YAHX 1JVXA 2XXYA 1AOVA 2E1SA 2YJPA 2X26A 1O63A 5DTBA 3FXUA 5ELVA 3PV0E 3A3CA 3E9XA 3KEIA 5B70A 4THIA 5I2KB 1CB6A 4RPNA 1LLSA 2Z23A 1PB9A 4N6PA 2OLBA 2VP1A 3Q26A 4NE4A 3EQ1A 2XXHA 3MPLA 1N7WA 2ZMBA 3T93B 5I56B 2V3TA 1IUDA 2I49A 2QMXA 3TAJA 1B3HA 3IJXB 3PUYE 4RK9A 1JEVA 4IO7A 4YKJA 1D9VA 4X9TA 3FD3A 4U23A 3OSRA 1URDA 3IL1B 3TODA 3T9VA 2HFBA 1SYIA 1MPBA 1GVCA 4ZZAA 1Z7ME 1US4A 3SETA 1P1WA 1N04A 2D21A 4G68A 3VXCA 4AQ4A 1R9QA 1ZU0A 5FHNA 3I6VA 2I4BA 3TTRA 2HZLA 1MQDA 3IB2A 1VR5A 2O84X 2Y7PA 3U93A 2H25A 4DZ1A 3KBRA 1OLCA 2B3FA 3FV1A 2ZNTA 1ZIUA 4FATA 4M1VA 3FVOA 3T96B 2XX8A 1B4ZA 1S9TA 3IAZA 4R72A 5I84A 3IR1A 4F3SA 3ODBA 2BJJX 3G3IA 3ILUB 4KR5A 1NNTA 4O3AA 2VD2A 3C31A 5CI5A 4G68B 5JK4A 1VE4A 2QRYA 1SDXA 1H76A 2Y7WA 1GV8A 4GD5A 3QAXA 1S50A 3EPEA 2I48A 5BUUA 3PPPA 1WVJA 5TU0A 4F3GA 1VSOA 3FZVA 3U94A 3EHTA 3OMBA 3N5LA 2DXYA 1KWHA 5M2VA 4WEDA 4ECFA 3K1PA 1TXFA 1LFHA 1Y1MA 4QFKA 2AYSA 3MQ9A 5L9OA 2H99A 3WAEA 3IORA 3WAFA 3PGFA 4QSEA 1QVSA 1D3KA 4KHZE 4NEDA 4ZEIA 3QUFA 4XTCQ 2P0SA 4ESXA 2O7UA 5FTIA 1YCJA 3TTLA 3T22A 2X7QA 2AL4A 1BLFA 3ONMA 4Q5TA 3F11A 4XKRA 4DE8A 1A55A 1MQJA 5H8HA 2Q9TA 3TDJA 1B7UA 2VGQA 4BDLA 3SEVA 2DWHA 4WXJA 1RKMA 1B1XA 3HO7A 1B3LA 4JWXA 1IXCA 3IK6B 5CM6A 3IB0A 4PP0A 4PFYA 4OEVA 1FTOA 4H6DA 3MP6A 4ZEFA 3H06B 3KSJA 1B5HA 5ISUA 3G3HA 4OEUA 4QFNA 4G4PA 1R1NA 1H3DA 4R6HA 1URSA 4LP2B 4FAJA 1A40A 3U92A 2O68A 4KCDA 2H4IA 1ZLQA 5H8HB 4F2QA 3FIRA 5HM4B 4MLVA 1XS5A 4MFIA 2NXOA 2DS9A 2NVUB 1N84A 4DLDA 1O64A 5DVFA 2QSXA 2DOJA 4JWYA 4QFLA 2Y7IA 4O3CA 3HN0A 3N6TA 5J1DA 3B6TA 2HXWA 3THIA 3A09A 4HCWA 2F35A 4QFPA 3S2VA 3BFTA 2E0SA 1MQHA 2ANJA 3PPQA 3DP4A 1I6AA 3SEYA 1DMBA 3TFLA 4G77A 5L9MA 1LB8A 1POY1 5BWJA 1VFDA 3JZJA 4QSCA 3TCHA 3T9XB 4F19A 1ELJA 5IKBA 4IO2A 3Q25A 5A5XA 5JTYA 2F78A 1SD3A 3PD8A 4BDMA 4OETA 4RY1A 1JQFA 3PPOA 4JBZA 2R9JA 3VLVA 3EF7A 4BDQA 2AL5A 2XXWA 2ONSA 4X48A 3HHFA 4I8CA 4U4SA 3O28A 5A5XB 3C32A 1N7XA 4FJPA 4F39A 1Y4CA 3OEMA 2RINA 3FXQA 4MLQA 1SYHA 2G29A 3VV5A 2OWSA 2AIXA 3W9VA 1MXZA 2RCBA 3IOVA 3K6UA 2FNCA 3HCQA 2DQVA 3AXFA 3IB1A 4G8MA 1I69A 2UXAA 3JYRA 4E0XA 1D4NA 2OZZA 3G3FA 3TTMA 2OK2A 3D4GA 4HS7A 1N3WA 4R9FA 3P7IA 4MBPA 3O2AA 2FYIA 3QSLA 2Q89A 3C36A 4DXUA 1A8EA 3SDFA 3FATA 5H8QA 4RK2A 5K2XA 4H5GA 1B3EA 4POXA 5HPQA 5DVJA 1NH7A 2HCAA 2RC7A 1MDP1 2Y7KA 4F1VA 3VLUA 3ZKLA 1MM7A 4YMBA 3OO9A 3B6QA 2Y7RA 3C35A 2NWJA 4KFQA 5B7DA 3MUQA 1FQCA 3C9HA 2Z8DA 3CFXA 2GHAA 4RXLA 1SBPA 5TP9A 4IB2A 3KJTA 3GBBA 3VE1B 4EDPA 1QULA 3IOTA 1P99A 4QFOA 4F1UA 3RN8A 5H8QB 4FIMA 4EQ7A 3SEWA 3O6HA 4Q30B 5AA4A 1YTVA 3FJMA 4ZEDA 2HEUA 1Y4TA 3LSXA 4H5FA 3QUJA 2ZYKA 1MXVA 3PMVA 1B05A 5TP9B 3DP6A 3L6HA 1PB8A 1TFDA 3TUSA 3UIFA 2M8CA 1MY2A 2RC9A 4OYVA 1B1HA 3TQWA 2DSFA 2I0CA 2Y84A 1XVYA 3K1NA 3V5AA 1T0KA 5AA4B 2I3WA 4BDRA 1XT8A 2VD3A 4H67A 2UVHA 3EHUA 3OO7A 3TTKA 1DPEA 1FTMA 1QW0A 2DWAA 1A8FA 3QK6A 4ZE8A 1MDQA 4G2ZA 3MJNA 3T9HB 4NF5A 4KPTA 3T66A 2YPNA 3K6XA 3PPNA 2ALUA 1B32A 4C0RA 3S9EA 5CBSA 4F18A 3H3GA 5CMBA 4IO3A 4ZDMA 2GHBA 2O6AA 2V93A 4HCYA 2B3BA 1O7TA 5KZTA 1ZJLA 4OXVA 2RKMA 3RT6B 2XD3A 5FTHA 1AMFA 4GF8A 4RNSA 1MS7A 1RYOA 4PFWA 4FEBA 4H8JA 4YICA 3S9MC 3VVFA 2DWJA 2ZNUA 3IOUA 3K00A 1EZPA 4NF5B 4R75A 1LAGE 3M8UA 2I6EA 3B7DA 4H8IA 3K1MA 3KN3A 2HAVA 3MZ9A 1D9YA 1JEUA 4MH5A 3R6UA 3FVKA 1TFAA 3OENA 3JV9A 1MQIA 1BTJA 1ZKBA 4ZS9A 3ZKKA 3S9NC 1MY1A 4NWCA 1MY0A 3KN7A 2A5TA 2OCUA 1EZ9A 3H6WA 4OESA 3U1OA 1IZ1A 3ZS6A 5JEIA 1Q1KA 2ONRA 3TEPA 3FV2A 1NL5A 1A99A 4PE5B 3CFLA 3KOSA 2ABHA 4C1TA 5EHMA 3T9UA 3EN3A 1MXUA 4YZZA 1I6QA 4ELOA 3PU5A 4KD5A 1P1NA 3PUZE 2X7PA 2A5TB 1Y3QA 1UIUA 2QPQA 3O66A 3OD7A 1PC3A 3Q29A 4QSDA 3DLNA 2Q8JA 4Q8RA 5I58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HSTA 4NQ8A 2W7YA 4IO6A 2F6GA 4BLAA 1CE2A 4FE8A 2O51A 2D3IA 4N13A 2XXXA 2OX3A 2F5XA 3LUZA 1FPDA 1NV5A 1SI0A 2DE2A 4MHFA 2O1LA 4OANA 4LZ5A 4F2OA 4OZ9A 2Z22A 2HQ0A 2PBWA 3CSBA 3TELA 1NUZA 5TPAA 4PFBA 1I6BA 1IIWA 4OVSA 1H44A 2XXQA 1YPNA 5I58B 1OVTA 2I0BA 4M4GA 3IFCA 4EF1A 2ZZWA 1LBVA 1WODA 3W9WA 4UA8A 1OVBA 1SW5A 3UA8A 3C33A 1PEBA 3BFUA 3D4CA 2Z8EA 1NFTA 5ICTA 2GFEA 1LBCA 1FCKA 3U8QA 4YKKA 2P3NA 1SW1A 3BIHA 2I4CA 4F22A 3TZAA 2V25A 3HV1A 2CZLA 3O6IA 4GX4A 4ELRA 4NX1A 4E0WA 4ONYA 3C4MA 1WDNA 5TPAB 3R7XA 1LCFA 4N8GA 1ZMGA 3Q28A 1NNPA 3N26A 5EQAA 4GXAA 3CI8A 1QKAA 2LAOA 1M5FA 4MF3A 1AIVA 2V4CA 3BBRA 4OQOA 1FQDA 2FIEA 4GRKA 1POTA 1Y20A 2UVJA 3MP8A 5H8SA 2P1SA 1M5DA 2V84A 1QUIA 1L5TA 1MY4A 1IMDA 1FSAA 3K2DA 1QKBA 1B5JA 1S7YA 4GFRA 4JB7A 2P2AA 3CR9A 3DP8A 3UK4A 3W15C 3K6VA 1K9ZA 3I3VA 3K6WA 4RJZA 4K3FA 2XXKA 2ESNA 2Y5KA 4X1BA 4R9GA 1SPIA 3K4UA 1LAFE 2ZXTA 4TQUQ 2DVZA 4HE0A 2Q88A 3TYHA 4NF8B 3ISPA 2F7CA 3USDA 4F3PA 2Z8FA 3UP9A 1USYH 1B7ZA 1VFEA 1N0TA 1NV7A 2QL3A 2XX9A 4GIZA 4YU0A 1B58A 3PD9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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