4KFQA

Crystal structure of the nmda receptor glun1 ligand binding domain in complex with 1-thioxo-1,2-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5h)-one
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and pharmacological characterization of a novel N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor antagonist at the GluN1 glycine binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-27
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kfqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kfqA02
1OQHA 1MS7A 3OEKA 3VVEA 5IAIA 1MH4A 3PMVA 3SEWA 4FE8A 4F1UA 3IB2A 5CBRA 4I9DA 3OD7A 3LSFB 4H5GA 3O28A 4X1BA 5FHMA 1B9JA 3RPWA 1DTZA 3ZS6A 2DWHA 1USYE 1UTBA 4U23A 4EF2A 2ZMBA 3EPEA 4Q0CA 4IO7A 4O3AA 4GXAA 1JQFA 2AIXA 3ECRA 5TPAA 2Y7KA 2UYEA 5HM4B 1H44A 3BFTA 4PP0A 4F3BA 2O1LA 5EHSA 1ZTYA 2V3TA 3EHUA 2Y7PA 1R9LA 2AL5A 3I5OA 3Q25A 5TP9A 3IOVA 3KSXA 4NF4A 2ZYNA 4LVQA 4H65A 2F5XA 1AOVA 3K00A 4UACA 1B3GA 1VFDA 3Q29A 2RC9A 1MY3A 2XX7A 3Q28A 3CI8A 1H76A 3W9WA 2Q88A 4FIMA 4O3CA 3PPRA 4ESWA 4ZZAA 4H6DA 1UIVA 4OWDA 1DSNA 4KD5A 2GFEA 1PEBA 4YB5A 3KFMA 3KSJA 4I62A 3KN8A 2ONKE 3R7XA 3FXQA 2Q2CA 1RKMA 1P1UA 3EHTA 1ANFA 4U22A 1IZ1A 3CVGA 3MBPA 4ELRA 2IA4A 4IO3A 3MW0A 3A3UA 1CE2A 3MPLA 1I6QA 1D4NA 4QFOA 5L9OA 5I57A 5I59A 3UIFA 3KJ7A 3FJ7A 2ZNTA 1DOTA 3MVZA 2CMOA 2O84X 4Q30B 2RF1A 3K6WA 4DLDA 5ICQA 4AB6A 4F39A 1MQHA 4JXIA 5DVIA 4MH5A 1SQYA 2VD3A 2PBWA 2VGQA 3HHGA 4ZE9A 3SESA 4NF6A 3H03A 2R6GE 1JVYA 1UTBB 1LSTA 4ZECA 1FQDA 5TPAB 1USYH 1NNTA 3PV0E 1QKBA 5JEIA 3IJOB 2W7YA 3O6HA 4OENA 1Q1KA 1LGBC 2QPQA 5AA1A 3RUMA 5TP9B 1H45A 4HCYA 3JYRA 4NF4B 2WKYA 3TKDA 1GVCA 3UGWA 1B1HA 1P1QA 3I6VA 1N7WA 2QRYA 3K6XA 2H5YA 4TOZA 3U92A 3SEVA 1LBCA 4KQPA 4QFKA 1Y3QA 2E1SA 2O68A 3S9MC 3JV9A 2P0SA 1FQBA 1WDNA 4GL8A 4OERA 5L9SA 2V93A 4NEDA 4F2QA 3DM0A 3ILUB 3FJMA 4BDOA 4F1YA 1M5BA 4AQ4A 5I2NA 5CI5A 3RT6B 1BLFA 4MF3A 1AIVA 2IEEA 2XXIA 2VD2A 3ZSFA 1Y1ZA 3FD3A 1A55A 3IX1A 3PPQA 4DCXA 1A8FA 3BFUA 1SW2A 5FHNA 3T66A 1YPNA 2XXHA 1B46A 2H25A 5I57B 5I59B 3VE1B 1NH7A 1WVJA 4ELPA 4EUOA 2P2AA 2PYYA 2V25A 3B6TA 4FORA 4DIGA 4FEDA 4G68A 3O6IA 4HTGA 5DYHA 1BIYA 1FTLA 2UYFA 3QK6A 5JK4A 4YB7A 1PC3A 1DPPA 4NF6B 4YB6A 1SW5A 5I2KA 5B70A 1D3KA 3TCHA 2Y7RA 2YJPA 2XXPA 3S2VA 3GXAA 3LSLA 2OWTA 3DLNA 4RPOA 1I6BA 4GL0A 3MVYA 1LB8A 1DMBA 4OFJA 2A5TB 1QULA 4ECFA 3KG2A 1H3DA 1XC1A 1MXUA 3OO9A 1S7YA 4ZZEA 4M4GA 1YCJA 3A09A 3CRBA 5CRYA 2F35A 4ZE8A 4OYVA 4YZZA 3TDJA 2DSFA 1A8EA 3K1MA 5FTHA 3MAMA 4Q5TA 2XXYA 3S9EA 5CMBA 4F3PA 1SW4A 1LCTA 4JWOA 4ZEKA 3EHSA 4RA1A 3LSWA 4NF8A 5L9MA 3TQWA 3U94A 4LZ5A 2Z8EA 4RNSA 2O1MA 3CFXA 4DXUA 2OJTA 3TTRA 2RC8A 4NWCA 3L6HA 1A54A 2ONRA 3PUXE 3IOTA 3GBBA 3OSRA 5I2NB 3C35A 5F7VA 4R73A 4OZ9A 3IAZA 3RQTA 1Y3NA 2XXXA 3D4CA 4N07A 5L8DA 3OENA 3OO8A 1LFIA 3OO7A 3TQLA 4Q8RA 5DVFA 1LAHE 1JEVA 3LR1A 2PVUA 3C33A 1Y4TA 2XD2A 1MQJA 4ZS9A 3S9LC 4WXJA 3K01A 4HW8A 4G68B 2O7UA 4U4XA 1FTMA 2XD3A 2THIA 1KWHA 2RCAA 3G3JA 3DELB 3MJNA 1FTKA 1B5JA 1HSJA 3V83A 5I2KB 5H8HA 4M1VA 3L6GA 1IITA 1SW1A 4LATA 1VSOA 3FUZA 2I58A 1AH5A 1ZMGA 2I4BA 3T9HB 1LFHA 4DZ1A 1GV8A 3MC2A 5I58B 5DEXA 2XHDA 1MXVA 2Y84A 1SI0A 4QFPA 1Q35A 5AA2D 1OLCA 2NOOA 3H6UA 1M5EA 2X26A 5KZTA 3IK6B 4E0XA 3K02A 4GXSB 4NF8B 3E9XA 1ZJLA 5AA3A 2XXRA 2B3FA 4RK2A 2G93A 1QW0A 3PPPA 4LUBA 1MQDA 1SVXB 2XX8A 2F36A 2XX9A 2R9JA 4YICA 4OEUA 1N3XA 1NNFA 4FATA 1IXCA 3AXFA 4LZ8A 4JB7A 4R9GA 1IXHA 4YAHX 3TTNA 2DWAA 4XKQA 3MZ1A 2HXWA 4WEPA 3BBRA 1B0LA 1ZLQA 4EXLA 2B3BA 1M5DA 1TT1A 3T9VA 3ZKKA 1LLSA 3F11A 3MQ9A 2F7AA 3RGYA 4DDDA 5BUUA 5ITPA 3FXUA 2G29A 4ELOA 1MPBA 1D9YA 4BDNA 3N94A 4EQ7A 1MXXA 4KYDA 3TMGA 3RTFB 1LAXA 2FYIA 4C0RA 1CB6A 4ZDMA 4GIZA 1B52A 1B32A 2ZNUA 3IR1A 1XS5A 1QUJA 1XHYA 4RPNA 3HN0A 2QS4A 1FQFA 3H3GA 2REGA 1NNKA 5H8HB 4EQBA 3M3LA 1B7HA 4QFNA 3TELA 4Z7EA 2M8CA 2DE3A 4HCWA 3VLVA 4DE8A 3THIA 3K6UA 3FV1A 2O69A 4FJPA 1D9VA 4QSEA 5DEXB 3N5LA 2RINA 4G68C 3N26A 2I3VA 2Y7WA 1M5CA 1MY4A 2FNCA 1Y3PA 3N6UA 2O7IA 3UP9A 2ANJA 1NH8A 4WKMA 4IGRA 4LONB 3PMWA 3GZGA 4YKIA 2V3UA 3S9NC 3IL1B 1PDAA 4H8JA 2AYSA 1EH3A 4N6PA 1QUKA 3U1OA 3OMBA 1Y4CA 3CG1A 3FV2A 4RJZA 3IO6A 1RYXA 4NMYA 1N0TA 1SBPA 4ELQA 4DXCA 3KN7A 1MRPA 5ITOA 1JW4A 3MP1A 5I84A 4EXKA 1OLAA 3IB0A 5H8SA 1GGGA 1FCKA 1PBPA 2O6AA 2I48A 1H43A 4TLLB 3VXCA 1I6AA 2ZYKA 4U1OA 2Q89A 4MLQA 1A7LA 2QMWA 3G3FA 3TFLA 4G4PA 1TXFA 4I1DA 2ZYOA 4PE5B 3USDA 3MWBA 4OFLA 1N04A 2OBGA 4LA9A 3BKIB 3RY3A 2PT1A 4OVJA 2I4CA 3C36A 2HAUA 4JSOA 4IB2A 3HHFA 2DOJA 4GFRA 1XOCA 3G3KA 4P0GA 3R6UA 3U8QA 4ISUA 1QJMA 1EZ9A 2VOZA 3VLWA 1MQGA 5H8NA 4U21A 5CMCA 4F31B 2X7QA 4OXVA 3TTLA 1RYOA 1FTJA 1S9TA 4ESXA 3SETA 1HSLA 1LAFE 1O7TA 3MZBA 1HSEA 4QRZA 4WEDA 5I56A 2DE4A 1TFAA 3T96B 2HFBA 4KPTA 2LAOA 3MPKA 3C4MA 3FGSA 5H8FA 2XXUA 3LSXA 3QYTA 4X9TA 4YKJA 4GOTA 1WODA 1MXZA 1OMPA 3RT8A 5IKBA 4OTEA 4MLVA 3W9VA 4IY5A 2ALUA 1B5IA 1IXGA 1JVXA 3UK4A 2PX1A 4RYAA 4R6KA 3VVFA 3HO7A 1B4ZA 3V5AA 1FQAA 2DVCA 4MBPA 1US4A 4PFUA 1P1WA 5CBSA 2HZKA 2RCBA 2Q8JA 4THIA 3N6TA 3GLBA 3RN8A 4LQ5A 3TAJA 1MY2A 3SEXA 2HZLA 3IORA 1JETA 5AA2A 2XXQA 4TLMB 1MM6A 4F22A 4JSDA 2F97A 4OETA 3TZAA 1VE4A 3OEMA 5CMKA 2V3QA 3LC8A 2YLNA 1B7UA 2R71A 3LUYA 3EN3A 1URGA 3C34A 3T93B 1I69A 1MY0A 3QIMA 4H67A 4IY6A 3T22A 1OVTA 1DPEA 3PPNA 1VR5A 2Q2AA 1QKAA 4E0WA 3B7DA 3TCFA 1PBQA 1B51A 3FASA 1N7XA 2F78A 4BDMA 3V8XB 3SEYA 3HCQA 3C31A 4KYEA 2F6PA 2NWJA 3SEUA 5CMMA 5H8NB 5H8QA 1P1NA 2DXRA 3ODBA 3K2DA 3QUFA 1FTOA 5I56B 3V89B 3PU5A 4BDLA 5DT6A 5DVJA 3MP8A 3OXNA 3PUWE 4KR5A 3E13X 4ZEIA 3H7MA 4I8CA 4F29A 5H8FB 3K0VA 1IIWA 1B6HA 3U72A 1QUIA 3T9XB 3KZGA 4YMBA 2A5SA 1B58A 2RKMA 1LFGA 3KJTA 3PMXA 1O63A 5KCJA 3FVNA 5B7DA 2PT2A 1QVSA 1B3FA 2HCAA 2GH9A 4X1DA 3B6WA 3IOUA 4DCYA 4G77A 4KCDA 2HEUA 5AA2B 4GD5A 2ONSA 3DP4A 3IO4A 1XVYA 4LZ7A 3KN3A 3OELA 4F1VA 4RY1A 2ABHA 4AB5A 3RNNA 4OESA 1IEJA 2DWIA 1MPCA 4KHZE 1FQCA 4F3SA 3FJGA 3IJXB 2BJJX 2ESNA 2PMSA 3TUSA 3FVGA 4H8IA 5FTIA 2GHAA 5F1QA 4NWDA 1II5A 2Z8DA 3PUVE 5AA4A 3TTMA 4GRKA 1A40A 3KOTA 4QSCA 1B1XA 2ZYMA 4YKKA 4TQUQ 1UQWA 1B7ZA 4G8HA 5A5XA 5FHOA 1T0KA 1B3LA 4ND9A 2H4IA 3UORA 2F34A 4L17A 1TFDA 3G3HA 5H8QB 4G8MA 4K3FA 3FATA 3K4UA 3W15C 3VDFA 1J1NA 3TPAA 4NF5A 1GR2A 3O29A 1MDQA 1R9QA 2DE2A 3LBSA 2I3WA 4PFWA 5EHMA 2H98A 3Q27A 1DTGA 3UN6A 2Q9TA 1SDXA 1B4HA 3E4RA 1FW0A 3H6VA 1IUDA 4IO4A 2RC7A 5KDTA 4F19A 1AL3A 3C9HA 2D21A 4PFTA 1MDP1 2DYXA 2DXYA 2OK2A 4QSDA 5KCJB 3H4ZA 2UXAA 5BWJA 5HBCA 4U1ZA 4OFOA 3OSQA 1ELJA 2D5WA 1B0HA 1SI1A 3O2AA 3H6TA 4C1TA 3MVXA 2DVZA 4YU0A 1ZIUA 4R75A 2KLFA 1BP5A 4HS7A 1SYHA 3PUZE 1BTJA 4G8NA 2E0SA 2F8DA 5EYFA 2F7BA 1JNFA 3ILTB 3K1PA 1B2HA 2YPNA 4KCCA 1Z7NE 1ATGA 1B40A 1Y20A 1Y9UA 4EDPA 4KFQA 1MH3A 3JZJA 4JWYA 2QMXA 3OOAA 5AA4B 1R1NA 1P99A 3WAEA 3M3FA 1UIUA 4FAJA 3S4UA 3P7IA 1R6ZA 1TWYA 5A5XB 1LCFA 4IGTA 1OQGA 4IO6A 4GQOA 2DP8A 2I0BA 2X7PA 3O6GA 2OCUA 4BDRA 4LP2B 4R6HA 3FVOA 4NF5B 1VFEA 4OHNA 2REJA 3CSGA 2ZXTA 1MG1A 3G7WA 3TCGA 3D4GA 2UVJA 1F9BA 1B3EA 4ONYA 3VFJA 1POY1 1UTHA 2I6EA 5J1DA 3WAFA 3K1NA 4R74A 5KDTB 3SKPA 1B5HA 3MP6A 3Q26A 4XXUA 2A5TA 2CZLA 2DS9A 3HPIA 5HPQA 1YAEA 4BDQA 4JDFA 1MQIA 2H9BA 1PB9A 1YTVA 1OIBA 3IOWA 3KBRA 4U4SA 2UVIA 3PUYE 3MVWA 1LB9A 4OMBA 4XKNA 2H99A 1JEUA 4ZEBA 2QJEA 1SD3A 5CC2A 3KGCA 1NL5A 5ICTA 1M5FA 1IXIA 4XIGQ 4H5FA 4EQ9A 3FIRA 4R2FA 3A3CA 3VVDA 2VHAA 4BLAA 4ZEDA 1PB7A 4R2BA 1GTKA 1EU8A 4U2RA 3H06B 3HV1A 4GVOA 3EF7A 5CM6A 4IO2A 3I3VA 3KEIA 2OZZA 4G2ZA 3SDFA 2I0CA 3QAXA 3QUJA 2F7CA 3CFLA 3TYHA 4F3GA 3FXRA 3RTWB 4OQOA 2F6GA 5M2VA 1LAGE 1NMUA 2DWJA 5K2XA 3FVKA 2HQ0A 4ZEFA 3SERA 4POXA 4R72A 4LQ2A 4NTLA 3G3GA 4YMAA 4XKRA 1B3HA 3U93A 3RLFE 3GBAA 5ELVA 2B65A 4KI0E 2NUVA 1NNPA 4QFLA 4JWXA 2GRVA 1IQ7A 1BKAA 2V84A 3HSTA 3DP8A 3CFZA 4JBZA 3TODA 4R6YA 4RXLA 3K6VA 3T9UA 1UTHB 4O3BA 3CSBA 4F2OA 3EQ1A 4X48A 4MFIA 3O97A 4XTCQ 5I58A 3DP6A 4IO5A 4P0IA 1B05A 1SYIA 4H1XA 2UVHA 5JTYA 1MY1A 4XKPA 3G3IA 2QS1A 3H6WA 4FECA 3FZVA 3ZKLA 3R26A 1FQEA 4Z0IA 1XVXA 3OO6A 3QSLA 2QSXA 3E3KA 2Z23A 2I49A 1URSA 1ZBMA 4PQJA 3M3KA 4POWA 4FEBA 4P11A 3VV5A 5AE4A 4R9FA 3KOSA 4YKPA 1EZOA 2NXOA 3C32A 3PPOA 1OVBA 1MXWA 1MPDA 4PFYA 1ZU0A 3ONMA 4N13A 1A99A 2NVUB 2OWSA 1N84A 4C1UA 2OLBA 1EZPA 1JW1A 4EF1A 4H0WA 3TTKA 5LOMA 1URDA 3MZ9A 5K2YA 5TU0A 3PGFA 1NFTA 2QS3A 3M8UA 3PD8A 4F18A 1MXYA 1Z7ME 3MUQA 4QF9A 3CG3A 1MM7A 1S50A 3UA8A 4QHQA 1LBBA 1US5A 2O51A 1PB8A 3IB1A 2UVGA 2HAVA 1XT8A 2Z22A 5DTBA 4UA8A 2QS2A 2AL4A 1N76A 3TEPA 2GHBA 4RK9A 2ZNSA 2Z8FA 3O9PA 4DXBA 5ISUA 3CR9A 3CIJA 4NE4A 1O64A 2VP1A 1Y1MA 2D3IA 2Y7IA 3O66A 4OEVA 1N3WA 4KYSA 2QL3A 1NKXA 1ZKBA 4PETA 2XXTA 1L5TA 4GF8A 1P1OA 4GWOA 4GLIA 3VLUA 1AMFA 3VXBA 2DQVA 1POTA 1JW5A 5JTYB 3PD9A 2XXWA 3QXMA 3B6QA 2P1SA 2FA7A 2XXVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQHA 1MS7A 3OEKA 3VVEA 5IAIA 5ET6A 1MH4A 3PMVA 3SEWA 4FE8A 5EQ7A 4F1UA 3IB2A 5CBRA 4I9DA 3OD7A 1NV7A 3LSFB 4H5GA 2HXRA 3O28A 4X1BA 5FHMA 1B9JA 3RPWA 2DDKA 1DTZA 1FTAA 3ZS6A 2DWHA 1USYE 1UTBA 4U23A 2Y5LA 4P56A 4EF2A 2ZMBA 3EPEA 4Q0CA 4IO7A 4O3AA 4GXAA 1JQFA 2AIXA 3ECRA 5TPAA 2Y7KA 2UYEA 5HM4B 1H44A 2QVUA 3BFTA 4PP0A 3T1BA 5LTCA 1SPIA 4F3BA 2O1LA 5EHSA 4AS4A 1ZTYA 2V3TA 3EHUA 2Y7PA 1R9LA 2AL5A 3I5OA 3Q25A 3B50A 5TP9A 3IOVA 3KSXA 4NF4A 4X8RA 2ZYNA 4LVQA 4H65A 2WBBA 2F5XA 1AOVA 3K00A 2BJIA 1IMDA 4UACA 1B3GA 1VFDA 3Q29A 2RC9A 1MY3A 2XX7A 4DI4B 3KC0A 3Q28A 3ISPA 3CI8A 1AWBA 1H76A 3W9WA 2Q88A 4FIMA 4O3CA 3PPRA 4ESWA 4ZZAA 4H6DA 1UIVA 5I5PA 4OWDA 1DSNA 4KD5A 2GFEA 1IMBA 1PEBA 4YB5A 3KFMA 3KSJA 4I62A 3KN8A 4PC9A 2ONKE 3R7XA 1RDZA 3FXQA 2Q2CA 1RKMA 1P1UA 3EHTA 1ANFA 4U22A 1IZ1A 3CVGA 3MBPA 4ELRA 2IA4A 4IO3A 3MW0A 3A3UA 1CE2A 3MPLA 1I6QA 1D4NA 4QFOA 5L9OA 4PAIA 5I57A 5I59A 3UIFA 3KJ7A 1NV5A 3FJ7A 2ZNTA 1DOTA 3MVZA 4N6DA 2CMOA 2O84X 4Q30B 2RF1A 3K6WA 4DLDA 5ICQA 4AB6A 4F39A 3A29A 4P47A 1MQHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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